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chr1	1640294	.	TTCCTCCTCC	T	444.86	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0368;AN=380;BaseQRankSum=5.180;DP=370;FS=2.217;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.1668;InbreedingCoeff=0.1497;MQ=13.04;MQ0=966;MQRankSum=-0.446;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.426;SB=2.76;SZ=-9;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=6.3947;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDK11A:ENSG00000008128.14:-:deletionNFS:8/14:CDK11A-207:ENST00000401097.3:2343_942_314_EEEE->E:CDK11A-003:ENST00000357760.2:2340_939_313_EEEE->E:CDK11A-004:ENST00000358779.5:2313_912_304_EEEE->E:CDK11A-005:ENST00000378633.1:2352_951_317_EEEE->E:CDK11A-001:ENST00000404249.3:2343_942_314_EEEE->E:CDK11A-008:ENST00000356200.2:2241_840_280_EEEE->E:CDK11A-009:ENST00000378630.2:2241_840_280_EEEE->E:CDK11A-206:ENST00000378638.1:2241_840_280_EEEE->E
chr1	1684347	rs112506726	CCCT	C,CCCTCCT	13679.70	PASS	AA=1;AC=36,434;AF=0.02715,0.32730;AN=1326;BaseQRankSum=-13.231;DB;DP=2903;DS;FS=0.981;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=13.7754;InbreedingCoeff=0.4163;MQ=62.58;MQ0=1;MQRankSum=-0.701;QD=13.90;ReadPosRankSum=1.762;SB=-4732.47;SZ=3;TR=28;TU=CCT;VQSLOD=8.3028;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NADK:ENSG00000008130.10:-:deletionNFS:5/5:NADK-003:ENST00000341426.5:1341_1337_446_G*->*:NADK-002:ENST00000341991.3:1341_1337_446_G*->*:NADK-001:ENST00000344463.4:1776_1772_591_G*->*:NADK-202:ENST00000378625.1:1776_1772_591_G*->*:NADK-201:ENST00000342348.5:1245_1241_414_G*->*,2:NADK:ENSG00000008130.10:-:insertionNFS:5/5:NADK-003:ENST00000341426.5:1341_1337_446_G->EEG:NADK-002:ENST00000341991.3:1341_1337_446_G->EEG:NADK-001:ENST00000344463.4:1776_1772_591_G->EEG:NADK-202:ENST00000378625.1:1776_1772_591_G->EEG:NADK-201:ENST00000342348.5:1245_1241_414_G->EEG
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chr1	1887091	.	CG	C	8091.08	PASS	AA=0;AC=328;AF=0.20551;AN=1596;BaseQRankSum=14.724;DP=2440;FS=3.071;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.0036;InbreedingCoeff=0.1572;MQ=69.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.852;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.217;SB=-2698.93;SZ=-1;TR=10;TU=CCCG;VQSLOD=9.0752;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:deletionFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_2215
chr1	1887111	rs34659723	GC	G	6948.77	PASS	AA=0;AC=312;AF=0.19822;AN=1574;BaseQRankSum=14.312;DB;DP=2408;FS=12.536;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=9.5748;InbreedingCoeff=0.1534;MQ=70.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.969;QD=17.12;ReadPosRankSum=-2.495;SB=-2505.16;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.1572;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:deletionFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_2195
chr1	1887113	.	CT	C	448.23	PASS	AA=0;AC=130;AF=0.09924;AN=1310;BaseQRankSum=16.594;DP=2058;FS=1.575;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.0678;InbreedingCoeff=0.1945;MQ=55.83;MQ0=0;MQRankSum=-5.326;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.016;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.5127;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:deletionFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_2193
chr1	1900105	.	T	TTC	8077.74	PASS	AA=.;AC=355;AF=0.19527;AN=1818;BaseQRankSum=28.614;DP=4933;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.4422;InbreedingCoeff=0.1319;MQ=56.73;MQ0=0;MQRankSum=-9.987;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.496;SB=-3616.02;SZ=.;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=6.1194;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:insertionFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_1214
chr1	1900106	rs61233860	T	TC,TCTC	29596.36	PASS	AA=2;AC=1,405;AF=0.00054,0.22059;AN=1836;BaseQRankSum=-17.011;DB;DP=4982;DS;FS=1.490;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=20.5198;InbreedingCoeff=0.1395;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=-11.021;QD=34.26;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-13135.19;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.3225;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:insertionFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_1213,2:C1orf222:ENSG00000142609.12:-:insertionNFS:1/3:C1orf222-201:ENST00000270720.7:2289_1213_405_K->EK
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chr1	2288959	.	T	TGCCCC	46.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00066;AN=1514;BaseQRankSum=-0.738;DP=2641;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.0624;InbreedingCoeff=0.0884;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=1.133;ReadPosRankSum=0.383;SZ=5;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8981;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MORN1:ENSG00000116151.7:-:insertionFS:2/4:MORN1-001:ENST00000378531.3:1494_948:MORN1-002:ENST00000378529.3:1053_948
chr1	2338019	rs61752093	CAG	C	121.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1818;BaseQRankSum=2.991;DB;DP=3630;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.9342;InbreedingCoeff=0.0453;MQ=61.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.928;ReadPosRankSum=-1.121;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.2212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEX10:ENSG00000157911.5:-:deletionFS:3/3:PEX10-001:ENST00000288774.3:1041_876:PEX10-002:ENST00000447513.2:981_816:PEX10-003:ENST00000507596.1:975_816
chr1	2430086	.	G	GCC,GGTGGGGGCC,GTGGGGGCC	872.74	PASS	AA=0;AC=0,84,0;AF=0.00000,0.07778,0.00000;AN=1080;BaseQRankSum=1.032;DP=1208;FS=0.000;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=19.9925;InbreedingCoeff=0.4368;MQ=83.58;MQ0=0;MQRankSum=-4.031;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-196.61;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.8277;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLCH2:ENSG00000149527.10:+:spliceOverlap:5/7:PLCH2-202:ENST00000378486.3:4251:PLCH2-203:ENST00000378488.3:4143:PLCH2-001:ENST00000343889.3:3177:PLCH2-002:ENST00000278878.5:3507:PLCH2-204:ENST00000449969.1:3390,2:PLCH2:ENSG00000149527.10:+:spliceOverlap:5/7:PLCH2-202:ENST00000378486.3:4251:PLCH2-203:ENST00000378488.3:4143:PLCH2-001:ENST00000343889.3:3177:PLCH2-002:ENST00000278878.5:3507:PLCH2-204:ENST00000449969.1:3390,3:PLCH2:ENSG00000149527.10:+:spliceOverlap:5/7:PLCH2-202:ENST00000378486.3:4251:PLCH2-203:ENST00000378488.3:4143:PLCH2-001:ENST00000343889.3:3177:PLCH2-002:ENST00000278878.5:3507:PLCH2-204:ENST00000449969.1:3390
chr1	2434441	.	GCCT	G	1395.66	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.00810;AN=1728;BaseQRankSum=6.839;DP=3884;DS;FS=1.342;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.0190;InbreedingCoeff=-0.0046;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-4.274;QD=21.81;ReadPosRankSum=-0.422;SB=-757.18;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCH2:ENSG00000149527.10:+:deletionNFS:3/7:PLCH2-201:ENST00000288766.5:1500_1416_472_SP->S:PLCH2-003:ENST00000378483.1:1494_1410_470_SP->S:PLCH2-001:ENST00000343889.3:3177_3093_1031_SP->S
chr1	2435830	.	TTCC	T	44.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00130;AN=1536;DP=2833;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.3497;InbreedingCoeff=0.0734;MQ=55.82;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=CCT;VQSLOD=5.9550;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCH2:ENSG00000149527.10:+:deletionNFS:3/7:PLCH2-202:ENST00000378486.3:4251_3429_1143_VS->V:PLCH2-203:ENST00000378488.3:4143_3321_1107_VS->V:PLCH2-002:ENST00000278878.5:3507_2685_895_VS->V
chr1	2492946	.	AG	A	787.47	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00305;AN=1968;BaseQRankSum=3.599;DP=4192;DS;FS=6.191;HR=4;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.8455;InbreedingCoeff=0.0314;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.783;QD=16.75;ReadPosRankSum=1.916;SB=-320.49;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.4235;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNFRSF14:ENSG00000157873.11:+:deletionFS:1/3:TNFRSF14-009:ENST00000409119.1:582_565
chr1	2560818	.	CCAG	C,CCAGCAG	101.56	PASS	AA=0;AC=22,36;AF=0.02144,0.03509;AN=1026;BaseQRankSum=2.347;DP=1477;DS;FS=1.002;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=10.7545;InbreedingCoeff=0.4322;MQ=64.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=0.79;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-95.57;SZ=-3;TR=22;TU=AGC;VQSLOD=8.3723;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMEL1:ENSG00000142606.10:-:deletionNFS:4/4:MMEL1-202:ENST00000378411.4:1869_106_36_VT->T:MMEL1-001:ENST00000378412.3:2340_106_36_VT->T:MMEL1-006:ENST00000502556.1:1869_106_36_VT->T:MMEL1-201:ENST00000288709.6:2313_79_27_VT->T,2:MMEL1:ENSG00000142606.10:-:insertionNFS:4/4:MMEL1-202:ENST00000378411.4:1869_106_36_V->LLV:MMEL1-001:ENST00000378412.3:2340_106_36_V->LLV:MMEL1-006:ENST00000502556.1:1869_106_36_V->LLV:MMEL1-201:ENST00000288709.6:2313_79_27_V->LLV
chr1	2938407	rs4013154	CAGA	C	9515.49	PASS	AA=0;AC=233;AF=0.13164;AN=1770;BaseQRankSum=14.962;DB;DP=3636;DS;FS=5.152;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.4736;InbreedingCoeff=0.1363;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=-4.755;QD=20.46;ReadPosRankSum=-1.248;SB=-4223.93;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=8.7737;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ACTRT2:ENSG00000169717.4:+:deletionNFS:2/2:ACTRT2-001:ENST00000378404.2:1134_157_53_QK->Q:ACTRT2-201:ENST00000543312.1:987_157_53_QK->Q
chr1	3428125	.	CTCTGA	C	60.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00059;AN=1708;BaseQRankSum=2.048;DP=4262;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=27.7505;InbreedingCoeff=0.1122;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.457;ReadPosRankSum=-0.045;SZ=-5;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.5763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MEGF6:ENSG00000162591.10:-:deletionFS:2/2:MEGF6-007:ENST00000356575.4:4626_1103:MEGF6-001:ENST00000294599.4:3690_788
chr1	3545061	.	T	TC	17.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1808;DP=4309;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.8256;InbreedingCoeff=0.0397;MQ=56.72;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRG1L:ENSG00000158109.9:+:insertionFS:3/3:TPRG1L-002:ENST00000344579.5:642_536:TPRG1L-001:ENST00000378344.2:819_713:TPRG1L-201:ENST00000456805.2:690_584
chr1	3550057	.	TTA	T	4.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00060;AN=1678;BaseQRankSum=1.866;DP=2907;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=11.3365;InbreedingCoeff=0.0865;MQ=71.53;MQ0=0;MQRankSum=0.830;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.986;SB=-28.31;SZ=-2;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.8446;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR8:ENSG00000116213.10:-:deletionFS:2/2:WDR8-001:ENST00000270708.7:1383_827:WDR8-002:ENST00000378322.3:1308_827
chr1	3687969	.	TTA	T	233.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1812;BaseQRankSum=4.230;DP=3895;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.5275;InbreedingCoeff=0.0020;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=0.448;ReadPosRankSum=0.095;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.4708;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC27:ENSG00000162592.3:+:deletionFS:1/1:CCDC27-001:ENST00000294600.2:1971_1853
chr1	3782230	.	AAGACCCG	A	95.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1800;BaseQRankSum=1.474;DP=3993;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.3079;InbreedingCoeff=-0.0035;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=-1.060;ReadPosRankSum=-0.085;SZ=-7;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3356;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DFFB:ENSG00000169598.10:+:deletionFS:1/8:DFFB-203:ENST00000378212.2:351_265
chr1	3789079	.	A	AC	7.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2020;BaseQRankSum=1.400;DP=4591;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=11.8724;InbreedingCoeff=0.0683;MQ=62.49;MQ0=3;MQRankSum=-0.889;ReadPosRankSum=-1.524;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.3117;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DFFB:ENSG00000169598.10:+:insertionFS:4/8:DFFB-001:ENST00000378209.3:1017_725:DFFB-201:ENST00000338895.3:813_725:DFFB-004:ENST00000339350.3:825_533:DFFB-007:ENST00000378206.1:825_533
chr1	4772582	.	GCCA	G	80.34	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.00845;AN=1538;BaseQRankSum=3.359;DP=2501;FS=7.736;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.8371;InbreedingCoeff=0.1534;MQ=67.92;MQ0=1;MQRankSum=-2.026;QD=1.49;ReadPosRankSum=-2.497;SB=-81.59;SZ=.;TR=22;TU=ACC;VQSLOD=6.5539;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AJAP1:ENSG00000196581.5:+:deletionNFS:2/2:AJAP1-002:ENST00000378190.3:1236_652_218_AT->A:AJAP1-001:ENST00000378191.3:1236_652_218_AT->A
chr1	5965829	.	C	CA	15.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;BaseQRankSum=-1.037;DP=4561;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.7041;InbreedingCoeff=0.0365;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=1.628;ReadPosRankSum=0.461;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.1478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPHP4:ENSG00000131697.12:-:insertionFS:1/2:NPHP4-001:ENST00000378156.4:4281_1626
chr1	6279447	.	TGGAG	T	205.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1844;DP=3896;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.0245;InbreedingCoeff=0.0569;MQ=57.53;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2939;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF207:ENSG00000158286.8:+:deletionFS:1/2:RNF207-001:ENST00000377939.4:1905_1885
chr1	6295798	.	GAGC	G	48.76	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0100;AN=500;BaseQRankSum=0.978;DP=589;FS=10.651;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=6.8495;InbreedingCoeff=0.2253;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.071;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.931;SB=4.97;SZ=-3;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=5.2957;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ICMT:ENSG00000116237.9:-:deletionNFS:2/3:ICMT-001:ENST00000343813.5:855_174_58_LY->Y:ICMT-201:ENST00000362035.3:351_174_58_LY->Y
chr1	6529182	rs113541584	TTCCTCC	T,TTCC	7320.76	PASS	AA=.;AC=29,147;AF=0.01797,0.09108;AN=1614;BaseQRankSum=7.521;DB;DP=4239;DS;FS=3.478;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=29.2582;InbreedingCoeff=0.2868;MQ=56.65;MQ0=4;MQRankSum=-1.037;QD=13.03;ReadPosRankSum=4.011;SB=-2600.66;SZ=.;TR=26;TU=CCT;VQSLOD=7.4940;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PLEKHG5:ENSG00000171680.14:-:deletionNFS:13/13:PLEKHG5-003:ENST00000377740.3:2559_2400_800_EGE->E:PLEKHG5-001:ENST00000377748.1:3252_2400_800_EGE->E:PLEKHG5-002:ENST00000400915.3:3189_2337_779_EGE->E:PLEKHG5-207:ENST00000537245.1:3258_2406_802_EGE->E:PLEKHG5-004:ENST00000377732.1:3132_2280_760_EGE->E:PLEKHG5-205:ENST00000535355.1:3228_2376_792_EGE->E:PLEKHG5-005:ENST00000340850.5:3021_2169_723_EGE->E:PLEKHG5-202:ENST00000377728.3:3021_2169_723_EGE->E:PLEKHG5-203:ENST00000377737.2:3021_2169_723_EGE->E:PLEKHG5-204:ENST00000400913.1:3021_2169_723_EGE->E:PLEKHG5-206:ENST00000535966.1:2739_1887_629_EGE->E:PLEKHG5-201:ENST00000377725.1:2793_2169_723_EGE->E:PLEKHG5-006:ENST00000544978.1:2793_2169_723_EGE->E,2:PLEKHG5:ENSG00000171680.14:-:deletionNFS:13/13:PLEKHG5-003:ENST00000377740.3:2559_2400_800_EG->G:PLEKHG5-001:ENST00000377748.1:3252_2400_800_EG->G:PLEKHG5-002:ENST00000400915.3:3189_2337_779_EG->G:PLEKHG5-207:ENST00000537245.1:3258_2406_802_EG->G:PLEKHG5-004:ENST00000377732.1:3132_2280_760_EG->G:PLEKHG5-205:ENST00000535355.1:3228_2376_792_EG->G:PLEKHG5-005:ENST00000340850.5:3021_2169_723_EG->G:PLEKHG5-202:ENST00000377728.3:3021_2169_723_EG->G:PLEKHG5-203:ENST00000377737.2:3021_2169_723_EG->G:PLEKHG5-204:ENST00000400913.1:3021_2169_723_EG->G:PLEKHG5-206:ENST00000535966.1:2739_1887_629_EG->G:PLEKHG5-201:ENST00000377725.1:2793_2169_723_EG->G:PLEKHG5-006:ENST00000544978.1:2793_2169_723_EG->G
chr1	6529186	.	TC	T	639.40	PASS	AA=.;AC=30;AF=0.01634;AN=1836;BaseQRankSum=14.443;DP=4473;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=18.9215;InbreedingCoeff=0.0348;MQ=56.47;MQ0=9;MQRankSum=-1.663;ReadPosRankSum=-1.310;SZ=.;TR=26;TU=CCT;VQSLOD=5.3957;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLEKHG5:ENSG00000171680.14:-:deletionFS:13/13:PLEKHG5-003:ENST00000377740.3:2559_2396:PLEKHG5-001:ENST00000377748.1:3252_2396:PLEKHG5-002:ENST00000400915.3:3189_2333:PLEKHG5-207:ENST00000537245.1:3258_2402:PLEKHG5-004:ENST00000377732.1:3132_2276:PLEKHG5-205:ENST00000535355.1:3228_2372:PLEKHG5-005:ENST00000340850.5:3021_2165:PLEKHG5-202:ENST00000377728.3:3021_2165:PLEKHG5-203:ENST00000377737.2:3021_2165:PLEKHG5-204:ENST00000400913.1:3021_2165:PLEKHG5-206:ENST00000535966.1:2739_1883:PLEKHG5-201:ENST00000377725.1:2793_2165:PLEKHG5-006:ENST00000544978.1:2793_2165
chr1	6536010	.	TCTC	T	31.74	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.00280;AN=1788;BaseQRankSum=3.062;DP=4087;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.9614;InbreedingCoeff=0.1349;MQ=59.76;MQ0=1;MQRankSum=0.891;ReadPosRankSum=-0.353;SZ=.;TR=19;TU=CCT;VQSLOD=6.8666;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PLEKHG5:ENSG00000171680.14:-:deletionNFS:12/13:PLEKHG5-003:ENST00000377740.3:2559_361_121_SS->S:PLEKHG5-001:ENST00000377748.1:3252_361_121_SS->S:PLEKHG5-002:ENST00000400915.3:3189_298_100_SS->S:PLEKHG5-207:ENST00000537245.1:3258_367_123_SS->S:PLEKHG5-004:ENST00000377732.1:3132_241_81_SS->S:PLEKHG5-205:ENST00000535355.1:3228_337_113_SS->S:PLEKHG5-005:ENST00000340850.5:3021_130_44_SS->S:PLEKHG5-202:ENST00000377728.3:3021_130_44_SS->S:PLEKHG5-203:ENST00000377737.2:3021_130_44_SS->S:PLEKHG5-204:ENST00000400913.1:3021_130_44_SS->S:PLEKHG5-201:ENST00000377725.1:2793_130_44_SS->S:PLEKHG5-006:ENST00000544978.1:2793_130_44_SS->S
chr1	6634787	.	A	ATGGTGC	295.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1800;BaseQRankSum=-1.387;DP=4456;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.2785;InbreedingCoeff=0.0332;MQ=60.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.757;ReadPosRankSum=-0.426;SZ=6;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.3733;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAS1R1:ENSG00000173662.14:+:insertionNFS:2/4:TAS1R1-001:ENST00000333172.6:2526_595_199_M->MVL:TAS1R1-201:ENST00000328191.4:1443_595_199_M->MVL
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chr1	6646959	rs3833475	GCCTGCCTTC	G	48180.14	PASS	AA=1;AC=902;AF=0.57306;AN=1574;BaseQRankSum=25.498;DB;DP=3486;DS;FS=1.116;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=34.7070;InbreedingCoeff=0.1963;MQ=62.60;MQ0=0;MQRankSum=-11.484;QD=29.22;ReadPosRankSum=6.069;SB=-19732.93;SZ=9;TR=26;TU=CCCTGCCTT;VQSLOD=6.4641;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZBTB48:ENSG00000204859.6:+:deletionNFS:1/2:ZBTB48-201:ENST00000545645.1:396_163_55_ACLP->A
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chr1	8716306	.	T	TCGGTCC	1002.23	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00391;AN=2048;BaseQRankSum=-1.064;DP=5747;DS;FS=2.034;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=30.0013;InbreedingCoeff=0.1819;MQ=64.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.940;QD=32.33;ReadPosRankSum=-2.504;SB=-386.43;SZ=6;TR=26;TU=CCCGGTCTCGGT;VQSLOD=5.7323;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RERE:ENSG00000142599.13:-:insertionNFS:3/5:RERE-001:ENST00000337907.3:4701_51_17_R->RDR:RERE-015:ENST00000400907.2:1755_51_17_R->RDR:RERE-014:ENST00000400908.2:4701_51_17_R->RDR
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chr1	10209244	.	TA	T	4.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1948;BaseQRankSum=2.520;DP=4652;DS;FS=2.271;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.0711;InbreedingCoeff=-0.0225;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.855;SB=-30.00;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=4.8931;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBE4B:ENSG00000130939.13:+:deletionFS:3/4:UBE4B-002:ENST00000253251.8:3522_2207:UBE4B-001:ENST00000343090.6:3909_2594:UBE4B-201:ENST00000377157.3:3186_1859
chr1	10529374	.	TC	T	11.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1926;BaseQRankSum=2.285;DP=5803;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.0716;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=65.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.504;ReadPosRankSum=1.340;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.3479;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DFFA:ENSG00000160049.6:-:deletionFS:2/2:DFFA-001:ENST00000377038.3:996_158:DFFA-002:ENST00000377036.2:807_158
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chr1	11090275	.	T	TGAG	67.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;BaseQRankSum=2.900;DP=5301;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.8535;InbreedingCoeff=0.0072;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.786;ReadPosRankSum=-1.270;SZ=3;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.7616;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MASP2:ENSG00000009724.12:-:insertionNFS:1/2:MASP2-001:ENST00000400897.3:2061_1255_419_T->LT
chr1	11097782	.	TGGA	T	22.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;DP=4965;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.8454;InbreedingCoeff=-0.0063;MQ=57.47;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9073;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MASP2:ENSG00000009724.12:-:deletionNFS:1/2:MASP2-001:ENST00000400897.3:2061_976_326_IF->F
chr1	11166706	.	CAT	C	1012.47	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00279;AN=2148;BaseQRankSum=3.963;DP=6135;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.7858;InbreedingCoeff=-0.0396;MQ=76.43;MQ0=1;MQRankSum=-0.237;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.450;SB=-585.45;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.0968;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTOR:ENSG00000198793.6:-:deletionFS:1/4:MTOR-201:ENST00000536289.1:4215_4171
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chr1	11254613	.	CA	C	9	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1872;DP=5674;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=17.6014;InbreedingCoeff=0.0022;MQ=57.35;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.1916;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANGPTL7:ENSG00000171819.4:+:deletionFS:1/1:ANGPTL7-001:ENST00000376819.3:1041_768
chr1	11710778	.	ACG	A,ACGCG	55.14	PASS	AA=.;AC=12,86;AF=0.01126,0.08068;AN=1066;BaseQRankSum=8.090;DP=1448;DS;FS=2.594;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=12.0513;InbreedingCoeff=0.3116;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.402;QD=0.00;ReadPosRankSum=0.857;SB=-71.66;SZ=.;TR=4;TU=CG;VQSLOD=5.6308;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FBXO2:ENSG00000116661.8:-:deletionFS:2/2:FBXO2-001:ENST00000354287.4:891_136:FBXO2-201:ENST00000452872.2:591_136,2:FBXO2:ENSG00000116661.8:-:insertionFS:2/2:FBXO2-001:ENST00000354287.4:891_136:FBXO2-201:ENST00000452872.2:591_136
chr1	11710779	.	CGCG	C,CGCGGCG	2552.95	PASS	AA=1;AC=29,240;AF=0.0347,0.2871;AN=836;BaseQRankSum=-3.958;DP=1259;DS;FS=3.722;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=10.1739;InbreedingCoeff=0.5437;MQ=54.13;MQ0=0;MQRankSum=1.012;QD=9.35;ReadPosRankSum=1.265;SB=-1345.17;SZ=3;TR=11;TU=CGG;VQSLOD=8.1048;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FBXO2:ENSG00000116661.8:-:deletionNFS:2/2:FBXO2-001:ENST00000354287.4:891_135_45_AY->Y:FBXO2-201:ENST00000452872.2:591_135_45_AY->Y,2:FBXO2:ENSG00000116661.8:-:insertionNFS:2/2:FBXO2-001:ENST00000354287.4:891_135_45_A->AAA:FBXO2-201:ENST00000452872.2:591_135_45_A->AAA
chr1	11710790	.	C	CGGG	926.48	PASS	AA=.;AC=138;AF=0.12849;AN=1074;BaseQRankSum=4.354;DP=1467;DS;FS=6.999;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.0455;InbreedingCoeff=0.1824;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=0.701;QD=6.35;ReadPosRankSum=2.967;SB=-434.15;SZ=.;TR=11;TU=CGG;VQSLOD=5.9661;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FBXO2:ENSG00000116661.8:-:insertionNFS:2/2:FBXO2-001:ENST00000354287.4:891_124_42_A->PA:FBXO2-201:ENST00000452872.2:591_124_42_A->PA
chr1	11810270	.	G	GCC,GCCCTGCC	611.42	PASS	AA=0;AC=2,31;AF=0.00114,0.01761;AN=1760;BaseQRankSum=-0.728;DP=3773;DS;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=28.4056;InbreedingCoeff=0.2073;MQ=67.03;MQ0=0;MQRankSum=-4.084;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.508;SZ=2;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.0165;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AGTRAP:ENSG00000177674.10:+:insertionFS:1/7:AGTRAP-012:ENST00000510878.1:468_395,2:AGTRAP:ENSG00000177674.10:+:insertionFS:1/7:AGTRAP-012:ENST00000510878.1:468_395
chr1	11827113	.	GAC	G	108.37	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00123;AN=1624;DP=2783;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.0989;InbreedingCoeff=0.0368;MQ=57.18;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.0418;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf167:ENSG00000215910.3:+:deletionFS:1/2:C1orf167-201:ENST00000433342.1:4422_1453
chr1	11842379	rs111419348	GC	G	55.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1714;DB;DP=2955;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.9094;InbreedingCoeff=0.0111;MQ=58.19;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=6.4739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf167:ENSG00000215910.3:+:deletionFS:1/2:C1orf167-201:ENST00000433342.1:4422_3066
chr1	11861365	.	TGGA	T	24.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1784;BaseQRankSum=1.499;DP=3783;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.8315;InbreedingCoeff=0.0650;MQ=64.91;MQ0=0;MQRankSum=0.720;ReadPosRankSum=2.213;SZ=-3;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=5.8292;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MTHFR:ENSG00000177000.6:-:deletionNFS:4/4:MTHFR-201:ENST00000376583.3:2094_451_151_MM->M:MTHFR-007:ENST00000376585.1:2094_451_151_MM->M:MTHFR-002:ENST00000376590.3:1971_328_110_MM->M:MTHFR-001:ENST00000376592.1:1971_328_110_MM->M
chr1	11893660	.	A	AG	7.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;DP=5774;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.2033;InbreedingCoeff=0.1275;MQ=58.27;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.3083;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CLCN6:ENSG00000011021.16:+:insertionFS:3/11:CLCN6-001:ENST00000346436.6:2610_1337:CLCN6-202:ENST00000376487.3:2544_1271:CLCN6-005:ENST00000376496.3:2862_1337
chr1	12073416	.	ATTG	A	989.22	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.00422;AN=1896;DP=5608;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.8303;InbreedingCoeff=0.0255;MQ=57.73;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=GTT;VQSLOD=6.0794;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFN2:ENSG00000116688.9:+:deletionNFS:2/5:MFN2-201:ENST00000376320.4:1389_1338_446_TL->T:MFN2-002:ENST00000376337.2:1311_1260_420_TL->T
chr1	12337129	.	C	CA	4.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=0.719;DP=6093;DS;FS=4.757;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=18.5586;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.513;QD=0.77;ReadPosRankSum=0.137;SB=-32.22;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.7769;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VPS13D:ENSG00000048707.8:+:insertionFS:2/4:VPS13D-003:ENST00000356315.4:13092_3484:VPS13D-001:ENST00000358136.3:13167_3484
chr1	12343587	.	A	AT	5.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=1.616;DP=6536;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.7740;InbreedingCoeff=0.1487;MQ=63.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.270;ReadPosRankSum=-0.398;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1153;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:VPS13D:ENSG00000048707.8:+:insertionFS:2/4:VPS13D-003:ENST00000356315.4:13092_5428:VPS13D-001:ENST00000358136.3:13167_5428
chr1	12779563	.	C	CT	1366.21	PASS	AA=0;AC=48;AF=0.02534;AN=1894;BaseQRankSum=10.428;DP=5133;DS;FS=2.296;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.6717;InbreedingCoeff=0.1411;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=5.414;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.862;SB=-863.12;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.7788;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AADACL3:ENSG00000188984.7:+:insertionFS:1/2:AADACL3-002:ENST00000359318.5:1053_84
chr1	12819395	.	A	AG	16.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=2.424;DP=4886;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=19.2396;InbreedingCoeff=0.0666;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;ReadPosRankSum=1.227;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.6597;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf158:ENSG00000157330.5:+:insertionFS:2/2:C1orf158-001:ENST00000288048.5:585_378:C1orf158-002:ENST00000376210.3:471_264
chr1	12837705	.	G	GCC	715.60	PASS	AA=1;AC=26;AF=0.01276;AN=2038;BaseQRankSum=8.163;DP=5408;DS;FS=18.218;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.1999;InbreedingCoeff=-0.0269;MQ=56.04;MQ0=8;MQRankSum=-6.667;QD=5.19;ReadPosRankSum=2.904;SB=-162.70;SZ=-2;TR=8;TU=CTGT;VQSLOD=4.7906;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRAMEF12:ENSG00000116726.4:+:insertionFS:1/1:PRAMEF12-001:ENST00000357726.4:1452_1415
chr1	12888601	rs113914674	G	GC	43683.72	PASS	AA=1;AC=1452;AF=0.99588;AN=1458;BaseQRankSum=-2.849;DB;DP=2217;DS;FS=1.780;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=9.7912;InbreedingCoeff=0.1065;MQ=55.16;MQ0=90;MQRankSum=2.019;QD=29.96;ReadPosRankSum=2.487;SB=-19690.54;SZ=-1;TR=8;TU=CCCG;VQSLOD=8.4742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRAMEF11:ENSG00000204513.4:-:insertionFS:1/2:PRAMEF11-201:ENST00000331684.7:1434_46
chr1	12907352	.	TC	T	478.17	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00466;AN=2148;BaseQRankSum=2.598;DP=7239;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=33.3286;InbreedingCoeff=0.0477;MQ=47.44;MQ0=33;MQRankSum=-0.145;ReadPosRankSum=1.871;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.9446;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPCL1:ENSG00000179172.7:-:deletionFS:1/1:HNRNPCL1-001:ENST00000317869.6:882_791
chr1	12907357	.	CT	C	316.45	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00372;AN=2150;BaseQRankSum=4.382;DP=7588;DS;FS=10.733;HR=5;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=34.0274;InbreedingCoeff=0.1125;MQ=47.88;MQ0=9;MQRankSum=0.850;QD=5.75;ReadPosRankSum=2.483;SB=-160.05;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.1927;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPCL1:ENSG00000179172.7:-:deletionFS:1/1:HNRNPCL1-001:ENST00000317869.6:882_786
chr1	12908064	.	CA	C	4186.22	PASS	AA=0;AC=33;AF=0.01593;AN=2072;BaseQRankSum=10.137;DP=10926;DS;FS=0.990;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=30.8925;InbreedingCoeff=-0.0241;MQ=39.92;MQ0=142;MQRankSum=-1.159;QD=8.93;ReadPosRankSum=2.611;SB=-1962.32;SZ=-1;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=5.7178;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPCL1:ENSG00000179172.7:-:deletionFS:1/1:HNRNPCL1-001:ENST00000317869.6:882_79
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chr1	14105094	.	AGAG	A	14.85	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00099;AN=2028;BaseQRankSum=3.060;DP=4810;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.8466;InbreedingCoeff=0.0899;MQ=66.25;MQ0=1;MQRankSum=-1.904;ReadPosRankSum=-2.385;SZ=.;TR=30;TU=AAGAGGAGGAGGAGG;VQSLOD=4.7774;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:deletionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_804_268_EE->E:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_804_268_EE->E:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_804_268_EE->E:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_201_67_EE->E:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_201_67_EE->E
chr1	14105121	.	TGAA	T,TGAAGAA	5578.54	PASS	AA=.;AC=23,303;AF=0.01120,0.14752;AN=2054;BaseQRankSum=-2.701;DP=5179;DS;FS=2.623;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=21.3466;InbreedingCoeff=0.1100;MQ=64.16;MQ0=4;MQRankSum=-0.563;QD=5.92;ReadPosRankSum=2.874;SB=-2204.62;SZ=.;TR=17;TU=AAG;VQSLOD=7.6808;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:deletionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_831_277_DE->D:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_831_277_DE->D:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_831_277_DE->D:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_228_76_DE->D:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_228_76_DE->D,2:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:insertionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_831_277_D->DEE:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_831_277_D->DEE:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_831_277_D->DEE:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_228_76_D->DEE:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_228_76_D->DEE
chr1	14106394	rs2308040	A	ACTC	85064.64	PASS	AA=1;AC=966;AF=0.49286;AN=1960;BaseQRankSum=-38.817;DB;DP=5685;DS;FS=1.177;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.8804;InbreedingCoeff=0.1285;MQ=72.27;MQ0=0;MQRankSum=-6.051;QD=36.67;ReadPosRankSum=6.701;SB=-37937.31;SZ=-3;TR=8;TU=AACT;VQSLOD=7.3764;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:insertionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_2104_702_T->TP:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_2104_702_T->TP:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_2104_702_T->TP:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_1501_501_T->TP:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_1501_501_T->TP
chr1	14106397	.	C	CCTG	27669.40	PASS	AA=1;AC=904;AF=0.47280;AN=1912;BaseQRankSum=25.994;DP=5850;FS=1.542;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.0265;InbreedingCoeff=0.0145;MQ=60.63;MQ0=0;MQRankSum=-9.564;QD=21.45;ReadPosRankSum=3.907;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8594;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:insertionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_2107_703_P->PA:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_2107_703_P->PA:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_2107_703_P->PA:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_1504_502_P->PA:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_1504_502_P->PA
chr1	14106978	.	TA	T	4.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;BaseQRankSum=1.408;DP=5390;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.7121;InbreedingCoeff=0.0722;MQ=67.79;MQ0=1;MQRankSum=0.837;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-31.35;SZ=-1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.5217;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:deletionFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_2688:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_2688:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_2688:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_2085:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_2085
chr1	14108059	.	AAAG	A	163.23	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00194;AN=2066;BaseQRankSum=4.015;DP=5159;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.8886;InbreedingCoeff=0.0819;MQ=73.24;MQ0=0;MQRankSum=0.188;ReadPosRankSum=-0.915;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=7.7021;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRDM2:ENSG00000116731.15:+:deletionNFS:5/8:PRDM2-001:ENST00000235372.6:5157_3769_1257_KE->K:PRDM2-201:ENST00000311066.5:5049_3769_1257_KE->K:PRDM2-202:ENST00000400800.3:5046_3769_1257_KE->K:PRDM2-004:ENST00000343137.4:4446_3166_1056_KE->K:PRDM2-003:ENST00000413440.1:4446_3166_1056_KE->K
chr1	14925622	.	C	CG	153.66	PASS	AA=0;AC=53;AF=0.1345;AN=394;BaseQRankSum=3.140;DP=350;FS=9.441;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.0752;InbreedingCoeff=0.2759;MQ=53.86;MQ0=0;MQRankSum=0.169;QD=3.84;ReadPosRankSum=-0.875;SZ=1;TR=14;TU=CGG;VQSLOD=5.8226;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KAZN:ENSG00000189337.10:+:insertionFS:3/6:KAZN-001:ENST00000376030.2:2328_129:KAZN-202:ENST00000422387.2:1266_129:KAZN-006:ENST00000503743.1:1266_129
chr1	15497708	.	TG	T	4.80	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;DP=3025;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=14.1611;InbreedingCoeff=0.0201;MQ=64.64;MQ0=0;SB=-29.37;SZ=.;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.3434;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf195:ENSG00000204464.3:-:deletionFS:2/2:C1orf195-201:ENST00000424792.1:216_67:C1orf195-001:ENST00000376005.3:381_67
chr1	15893740	.	CT	C	25.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2068;BaseQRankSum=2.055;DP=6378;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.4321;InbreedingCoeff=0.0144;MQ=65.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.881;ReadPosRankSum=-2.466;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=4.7987;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJC16:ENSG00000116138.7:+:deletionFS:2/4:DNAJC16-005:ENST00000375849.1:1968_1925:DNAJC16-001:ENST00000375847.3:2349_1925
chr1	16065102	.	AC	A	13.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1728;DP=3547;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.6740;InbreedingCoeff=0.0267;MQ=57.56;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5654;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A34:ENSG00000162461.7:+:deletionFS:1/1:SLC25A34-001:ENST00000294454.5:915_611
chr1	16073524	.	C	CGA	1279.11	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.01069;AN=1778;BaseQRankSum=10.124;DP=4143;DS;FS=0.574;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.5224;InbreedingCoeff=0.0427;MQ=63.66;MQ0=0;MQRankSum=-8.177;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.081;SB=-726.36;SZ=2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.5149;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM82:ENSG00000162460.6:+:insertionFS:1/1:TMEM82-001:ENST00000375782.1:1032_920
chr1	16073527	.	T	TG	846.38	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.01230;AN=1788;BaseQRankSum=10.130;DP=4169;DS;FS=1.207;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.7002;InbreedingCoeff=0.0228;MQ=63.67;MQ0=0;MQRankSum=-7.006;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.277;SB=-535.72;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.3866;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM82:ENSG00000162460.6:+:insertionFS:1/1:TMEM82-001:ENST00000375782.1:1032_923
chr1	16200729	.	A	AT	59.40	PASS	AA=.;AC=23;AF=0.01199;AN=1918;BaseQRankSum=-2.198;DP=5026;DS;FS=8.541;HR=10;HRun=10;HU=T;HaplotypeScore=12.3305;InbreedingCoeff=0.1009;MQ=71.14;MQ0=0;MQRankSum=3.223;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.888;SB=-211.74;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=5.2445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:insertionFS:1/2:SPEN-201:ENST00000375753.2:1119_120
chr1	16245448	.	G	GTT	28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1848;BaseQRankSum=-1.002;DP=4516;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.7064;InbreedingCoeff=0.1477;MQ=65.97;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1789;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:insertionFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_1423
chr1	16247388	.	CA	C	13.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1986;DP=4006;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.2018;InbreedingCoeff=0.0502;MQ=63.86;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.1312;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:deletionFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_1659
chr1	16255141	.	GGA	G	68.62	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00327;AN=2140;BaseQRankSum=6.246;DP=6307;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.6865;InbreedingCoeff=0.0649;MQ=77.36;MQ0=1;MQRankSum=1.823;ReadPosRankSum=-1.575;SZ=-2;TR=12;TU=AG;VQSLOD=6.5693;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:deletionFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_2406
chr1	16255554	.	CA	C	5.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2062;BaseQRankSum=2.909;DP=5150;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.1003;InbreedingCoeff=0.0938;MQ=72.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;ReadPosRankSum=-1.402;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5442;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:deletionFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_2819
chr1	16259647	.	TAGC	T	1087.62	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.00970;AN=1856;BaseQRankSum=7.879;DP=4976;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.4347;InbreedingCoeff=0.1345;MQ=65.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.411;QD=15.99;ReadPosRankSum=1.077;SB=-666.44;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.3789;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:deletionNFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_6912_2304_NS->N
chr1	16263730	.	C	CA	7.80	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00059;AN=1700;BaseQRankSum=2.734;DP=3658;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.2225;InbreedingCoeff=0.0037;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.016;ReadPosRankSum=-0.374;SZ=.;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=4.9758;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEN:ENSG00000065526.5:+:insertionFS:1/2:SPEN-001:ENST00000375759.3:10995_10099
chr1	16270667	rs111756461	CTGGGTGAACAAGCTGA	C,CGGGTGAACAAGCTGA	2784.81	PASS	AA=0;AC=28,2;AF=0.01832,0.00131;AN=1528;BaseQRankSum=8.585;DB;DP=2175;FS=10.637;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=32.2782;InbreedingCoeff=0.2152;MQ=56.88;MQ0=1;MQRankSum=-4.374;QD=46.41;ReadPosRankSum=0.510;SB=-1190.90;SZ=-16;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0245;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZBTB17:ENSG00000116809.6:-:deletionFS:1/6:ZBTB17-204:ENST00000448462.2:1530_1310,2:ZBTB17:ENSG00000116809.6:-:deletionFS:1/6:ZBTB17-204:ENST00000448462.2:1530_1310
chr1	16271632	.	C	CCTCCTCTTG	500.70	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00061;AN=1642;BaseQRankSum=-1.672;DP=3618;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=32.3362;InbreedingCoeff=0.2130;MQ=63.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.307;ReadPosRankSum=-1.105;SZ=.;TR=23;TU=CCTCTTGCT;VQSLOD=5.4023;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZBTB17:ENSG00000116809.6:-:insertionNFS:5/6:ZBTB17-202:ENST00000375733.2:2433_727_243_E->QEEE:ZBTB17-001:ENST00000375743.4:2412_727_243_E->QEEE:ZBTB17-203:ENST00000444654.1:2169_484_162_E->QEEE:ZBTB17-205:ENST00000537142.1:2166_481_161_E->QEEE:ZBTB17-204:ENST00000448462.2:1530_538_180_E->QEEE
chr1	16525095	.	T	TC	6.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1832;BaseQRankSum=-2.448;DP=4364;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=16.1093;InbreedingCoeff=-0.0322;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=1.251;ReadPosRankSum=0.993;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.0411;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF19:ENSG00000142632.10:-:insertionFS:2/3:ARHGEF19-001:ENST00000270747.3:2409_2396:ARHGEF19-002:ENST00000421561.1:1509_1496
chr1	16727305	rs80260069	G	GCTT	15860.88	PASS	AA=1;AC=201;AF=0.10996;AN=1828;BaseQRankSum=-17.298;DB;DP=4206;DS;FS=9.945;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.7431;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-7.268;QD=28.94;ReadPosRankSum=2.026;SB=-6328.61;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.3248;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SPATA21:ENSG00000187144.7:-:insertionNFS:2/3:SPATA21-001:ENST00000335496.1:1410_1084_362_L->KL:SPATA21-201:ENST00000540400.1:1341_1015_339_L->KL
chr1	17085050	.	C	CCT	108.11	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00100;AN=2006;BaseQRankSum=-1.970;DP=7569;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.8548;InbreedingCoeff=0.2654;MQ=27.12;MQ0=1664;MQRankSum=-0.336;ReadPosRankSum=-0.578;SZ=2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.1559;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MST1P9:ENSG00000186715.5:-:insertionFS:3/3:MST1P9-001:ENST00000334998.4:2070_1425:MST1P9-003:ENST00000442552.2:2148_1425:MST1P9-201:ENST00000389184.2:1695_1332
chr1	17085995	.	G	GC	331.14	PASS	AA=.;AC=42;AF=0.03079;AN=1364;BaseQRankSum=-1.390;DP=2119;DS;FS=25.409;HR=7;HRun=7;HU=C;HaplotypeScore=10.0002;InbreedingCoeff=0.1677;MQ=49.25;MQ0=291;MQRankSum=-0.581;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.469;SB=-57.20;SZ=.;TR=9;TU=CCCG;VQSLOD=4.8888;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MST1P9:ENSG00000186715.5:-:insertionFS:2/3:MST1P9-001:ENST00000334998.4:2070_902:MST1P9-003:ENST00000442552.2:2148_902
chr1	17085999	.	CCCCG	C	642.10	PASS	AA=.;AC=69;AF=0.04759;AN=1450;BaseQRankSum=5.151;DP=2303;DS;FS=12.133;HR=7;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3987;InbreedingCoeff=0.1908;MQ=35.38;MQ0=161;MQRankSum=-3.069;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.952;SB=-324.66;SZ=.;TR=7;TU=C;VQSLOD=6.1705;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MST1P9:ENSG00000186715.5:-:deletionFS:2/3:MST1P9-001:ENST00000334998.4:2070_898:MST1P9-003:ENST00000442552.2:2148_898
chr1	17086002	rs3982176	CG	C	7903.44	PASS	AA=.;AC=1357;AF=0.92565;AN=1466;BaseQRankSum=2.874;DB;DP=2349;DS;FS=1.347;HR=7;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=21.5403;InbreedingCoeff=0.1781;MQ=54.12;MQ0=127;MQRankSum=-0.738;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.525;SZ=.;TR=7;TU=C;VQSLOD=7.0236;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MST1P9:ENSG00000186715.5:-:deletionFS:2/3:MST1P9-001:ENST00000334998.4:2070_895:MST1P9-003:ENST00000442552.2:2148_895
chr1	17086084	.	C	CG	309.94	PASS	AA=1;AC=128;AF=0.1475;AN=868;BaseQRankSum=10.468;DP=1028;FS=16.595;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=10.3197;InbreedingCoeff=0.2193;MQ=51.18;MQ0=87;MQRankSum=-10.815;QD=2.17;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-201.88;SZ=-1;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=5.6115;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MST1P9:ENSG00000186715.5:-:insertionFS:3/3:MST1P9-001:ENST00000334998.4:2070_813:MST1P9-003:ENST00000442552.2:2148_813:MST1P9-201:ENST00000389184.2:1695_826
chr1	17557127	rs35372998	TC	T,TCC	11.73	PASS	AA=0;AC=4,57;AF=0.00213,0.03029;AN=1882;BaseQRankSum=-2.594;DB;DP=4133;FS=13.238;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=17.1211;InbreedingCoeff=0.1584;MQ=60.37;MQ0=0;MQRankSum=6.890;ReadPosRankSum=-6.897;SB=-145.34;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=4.9715;culprit=ReadPosRankSum;set=vqsr-filterIngt;VA=1:PADI1:ENSG00000142623.8:+:deletionFS:1/4:PADI1-001:ENST00000375471.4:1992_1114,2:PADI1:ENSG00000142623.8:+:insertionFS:1/4:PADI1-001:ENST00000375471.4:1992_1114
chr1	17690093	.	TGGA	T	27.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1838;BaseQRankSum=2.626;DP=4247;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.4317;InbreedingCoeff=0.0649;MQ=56.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.676;ReadPosRankSum=-0.732;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=6.2710;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PADI4:ENSG00000159339.8:+:deletionNFS:1/3:PADI4-001:ENST00000375448.4:1992_1835_612_LE->L
chr1	17718671	rs68044603	AG	A	68316.87	PASS	AA=1;AC=1776;AF=1.00000;AN=1776;BaseQRankSum=-2.391;DB;DP=3810;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=12.9761;InbreedingCoeff=0.0331;MQ=65.89;MQ0=0;MQRankSum=2.066;QD=32.64;ReadPosRankSum=1.408;SB=-31346.91;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=9.7145;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC004824.1:ENSG00000197996.5:+:deletionFS:1/1:AC004824.1-201:ENST00000358481.5:2085_1025
chr1	17720934	.	A	AC	18.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1842;BaseQRankSum=0.976;DP=4188;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.3001;InbreedingCoeff=-0.0490;MQ=56.97;MQ0=0;MQRankSum=1.752;ReadPosRankSum=1.960;SZ=1;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=5.2092;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC004824.1:ENSG00000197996.5:+:insertionFS:1/1:AC004824.1-201:ENST00000358481.5:2085_1321
chr1	18024214	.	T	TGTGTGC	59.32	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00102;AN=1964;BaseQRankSum=2.050;DP=3980;DS;FS=2.181;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.8504;InbreedingCoeff=0.0560;MQ=72.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.597;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.691;SB=-38.82;SZ=6;TR=7;TU=GT;VQSLOD=6.4259;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ARHGEF10L:ENSG00000074964.11:+:insertionNFS:1/8:ARHGEF10L-205:ENST00000457829.1:3129_3073_1025_C->CVR
chr1	18807704	.	CTG	C	20.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00059;AN=1700;DP=3376;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.9992;InbreedingCoeff=0.0321;MQ=66.06;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2404;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KLHDC7A:ENSG00000179023.6:+:deletionFS:2/2:KLHDC7A-201:ENST00000540290.1:2088_40:KLHDC7A-001:ENST00000400664.1:2334_229
chr1	19202820	.	TG	T	32.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1764;BaseQRankSum=1.120;DP=3830;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.9032;InbreedingCoeff=-0.0106;MQ=56.13;MQ0=0;MQRankSum=1.678;ReadPosRankSum=1.380;SZ=-1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.6472;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH4A1:ENSG00000159423.11:-:deletionFS:3/6:ALDH4A1-002:ENST00000290597.5:1692_1327:ALDH4A1-001:ENST00000375341.3:1692_1327:ALDH4A1-203:ENST00000538309.1:1512_1147
chr1	19209135	.	CAA	C	116.89	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00095;AN=2102;BaseQRankSum=1.818;DP=5461;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=18.1172;InbreedingCoeff=0.0038;MQ=67.49;MQ0=0;MQRankSum=0.732;ReadPosRankSum=0.714;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.0646;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH4A1:ENSG00000159423.11:-:deletionFS:1/6:ALDH4A1-201:ENST00000375334.4:588_530
chr1	19408294	rs79454783	G	GC	34806.41	PASS	AA=1;AC=741;AF=0.38959;AN=1902;BaseQRankSum=-22.207;DB;DP=4909;DS;FS=2.530;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=12.4402;InbreedingCoeff=0.1222;MQ=70.26;MQ0=0;MQRankSum=4.101;QD=21.35;ReadPosRankSum=-2.044;SB=-15692.39;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=9.1462;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBR4:ENSG00000127481.9:-:insertionFS:1/9:UBR4-002:ENST00000375225.3:777_7
chr1	19446705	.	GC	G	7.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;DP=5400;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.0060;InbreedingCoeff=0.0378;MQ=57.48;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5089;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBR4:ENSG00000127481.9:-:deletionFS:4/9:UBR4-201:ENST00000375217.2:15531_10258:UBR4-202:ENST00000375226.2:15480_10207:UBR4-001:ENST00000375254.3:15552_10279:UBR4-203:ENST00000375267.2:15615_10279
chr1	19597274	.	TC	T	1331.16	PASS	AA=0;AC=44;AF=0.02318;AN=1898;BaseQRankSum=10.210;DP=3884;DS;FS=13.179;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.4400;InbreedingCoeff=0.1544;MQ=52.50;MQ0=160;MQRankSum=-2.224;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.645;SB=-595.66;SZ=-1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.7749;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AKR7L:ENSG00000211454.7:-:deletionFS:3/3:AKR7L-004:ENST00000388886.3:891_370:AKR7L-001:ENST00000429712.1:996_370:AKR7L-201:ENST00000420396.2:462_33
chr1	19621504	.	GT	G	35.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2038;BaseQRankSum=2.283;DP=5499;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.7018;InbreedingCoeff=0.0856;MQ=66.01;MQRankSum=2.170;ReadPosRankSum=1.475;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1449;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL035413.1:ENSG00000203345.2:-:deletionFS:1/1:AL035413.1-201:ENST00000513218.2:369_7
chr1	19644187	.	CTG	C	27.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1828;BaseQRankSum=0.966;DP=3809;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.9478;InbreedingCoeff=0.0619;MQ=60.57;MQ0=0;MQRankSum=0.925;ReadPosRankSum=0.338;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.8546;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PQLC2:ENSG00000040487.8:+:deletionFS:2/3:PQLC2-002:ENST00000375153.3:876_16:PQLC2-001:ENST00000375155.3:876_16
chr1	19810808	.	T	TG	677.76	PASS	AA=0;AC=149;AF=0.08713;AN=1710;BaseQRankSum=14.891;DP=3588;FS=10.698;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.9780;InbreedingCoeff=0.1881;MQ=56.23;MQ0=0;MQRankSum=1.070;QD=3.03;ReadPosRankSum=0.183;SZ=1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.2388;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CAPZB:ENSG00000077549.11:-:insertionFS:1/7:CAPZB-202:ENST00000375145.4:1005_65
chr1	19810813	.	C	CT	381.55	PASS	AA=0;AC=105;AF=0.05966;AN=1760;BaseQRankSum=15.174;DP=3758;FS=6.905;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.5954;InbreedingCoeff=0.1830;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=1.393;QD=1.97;ReadPosRankSum=2.570;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.0118;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CAPZB:ENSG00000077549.11:-:insertionFS:1/7:CAPZB-202:ENST00000375145.4:1005_62
chr1	20021023	.	GAA	G	540.73	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00282;AN=1774;BaseQRankSum=3.748;DP=4261;DS;FS=2.108;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=22.9161;InbreedingCoeff=0.0677;MQ=63.75;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=19.31;ReadPosRankSum=1.064;SB=-248.07;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.0247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMCO4:ENSG00000162542.7:-:deletionFS:3/3:TMCO4-002:ENST00000375127.1:1743_1404:TMCO4-001:ENST00000294543.6:1905_1404:TMCO4-201:ENST00000375122.2:1785_1284
chr1	20501497	.	CACCT	C	698.04	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00368;AN=1900;DP=4782;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.1546;InbreedingCoeff=0.0581;MQ=57.13;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=ACCC;VQSLOD=7.4245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLA2G2C:ENSG00000187980.6:-:spliceOverlap:2/2:PLA2G2C-001:ENST00000429261.2:450:PLA2G2C-201:ENST00000247992.5:453
chr1	20880267	.	C	CGAG	130.30	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.0123;AN=648;BaseQRankSum=-0.228;DP=996;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.9820;InbreedingCoeff=0.1640;MQ=56.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.421;ReadPosRankSum=-0.962;SZ=.;TR=17;TU=AGG;VQSLOD=6.9850;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FAM43B:ENSG00000183114.6:+:insertionNFS:1/1:FAM43B-001:ENST00000332947.4:990_801_267_D->DE
chr1	21030994	.	TCTC	T	26.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00063;AN=1582;BaseQRankSum=1.587;DP=3750;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.5565;InbreedingCoeff=0.0340;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.437;ReadPosRankSum=0.592;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.7335;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF17:ENSG00000117245.7:-:deletionNFS:3/4:KIF17-009:ENST00000247986.2:3090_1069_357_IK->K:KIF17-004:ENST00000400463.3:3087_1069_357_IK->K:KIF17-001:ENST00000375044.1:2790_769_257_IK->K
chr1	21051006	.	TG	T	4.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00059;AN=1702;BaseQRankSum=1.329;DP=3312;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.6086;InbreedingCoeff=0.1315;MQ=72.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.250;QD=1.25;ReadPosRankSum=0.084;SB=-30.93;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8492;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SH2D5:ENSG00000189410.7:-:deletionFS:2/2:SH2D5-003:ENST00000444387.2:1272_513:SH2D5-001:ENST00000375031.1:1020_261
chr1	21220003	.	C	CA	268.31	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00157;AN=1914;DP=4893;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.0225;InbreedingCoeff=-0.0514;MQ=57.93;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.8455;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF4G3:ENSG00000075151.13:-:insertionFS:2/12:EIF4G3-007:ENST00000374933.3:744_721:EIF4G3-209:ENST00000544689.1:744_721
chr1	21307733	.	GA	G,GAA	1863.30	PASS	AA=.;AC=131,84;AF=0.07384,0.04735;AN=1774;BaseQRankSum=5.277;DP=4118;DS;FS=24.182;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=14.8979;InbreedingCoeff=0.3214;MQ=54.77;MQ0=0;MQRankSum=1.305;QD=3.55;ReadPosRankSum=-4.212;SB=-1107.72;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.3740;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:EIF4G3:ENSG00000075151.13:-:deletionFS:1/12:EIF4G3-204:ENST00000400415.2:5346_609,2:EIF4G3:ENSG00000075151.13:-:insertionFS:1/12:EIF4G3-204:ENST00000400415.2:5346_609
chr1	21801435	.	TGTCTCCCAG	T	12025.25	PASS	AA=0;AC=93;AF=0.04358;AN=2134;BaseQRankSum=18.095;DP=6276;DS;FS=7.732;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=47.0420;InbreedingCoeff=0.0704;MQ=53.64;MQ0=9;MQRankSum=-5.734;QD=26.96;ReadPosRankSum=-3.574;SB=-5342.74;SZ=-9;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3014;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NBPF3:ENSG00000142794.11:+:deletionNFS:5/5:NBPF3-201:ENST00000318249.5:1902_983_328_VSPR->V:NBPF3-002:ENST00000342104.5:1866_983_328_VSPR->V:NBPF3-203:ENST00000454000.2:1692_773_258_VSPR->V:NBPF3-001:ENST00000318220.6:1734_815_272_VSPR->V:NBPF3-202:ENST00000417552.2:1062_815_272_VSPR->V
chr1	21904139	.	TG	T	54.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00062;AN=1608;BaseQRankSum=0.755;DP=2782;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=10.8501;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=66.99;MQ0=0;MQRankSum=1.171;ReadPosRankSum=-0.883;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.2265;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALPL:ENSG00000162551.9:+:deletionFS:7/7:ALPL-002:ENST00000374832.1:1575_1573:ALPL-001:ENST00000374840.3:1575_1573:ALPL-201:ENST00000425315.2:1575_1573:ALPL-202:ENST00000539907.1:1344_1342:ALPL-203:ENST00000540617.1:1410_1408:ALPL-003:ENST00000374829.1:513_511:ALPL-004:ENST00000374830.1:513_511
chr1	21978086	.	AAC	A	74.18	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.01189;AN=1682;BaseQRankSum=3.501;DP=3663;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.7689;InbreedingCoeff=0.1702;MQ=70.39;MQ0=2;MQRankSum=0.717;QD=1.08;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-44.26;SZ=.;TR=15;TU=AAACAG;VQSLOD=6.7986;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RAP1GAP:ENSG00000076864.12:-:deletionFS:1/7:RAP1GAP-010:ENST00000374757.3:984_77
chr1	22032985	.	C	CT	36.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1964;BaseQRankSum=1.355;DP=5167;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.5774;InbreedingCoeff=0.0077;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.287;ReadPosRankSum=1.760;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3299;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP48:ENSG00000090686.11:-:insertionFS:4/5:USP48-001:ENST00000308271.9:3108_2186:USP48-201:ENST00000400301.1:2952_2186:USP48-009:ENST00000529637.1:3144_2222:USP48-002:ENST00000374732.3:1566_800
chr1	22033385	rs112985732	GAA	G,GA,GAAA,GAAAA	2283.19	PASS	AA=.;AC=22,192,186,41;AF=0.01196,0.10435,0.10109,0.02228;AN=1840;BaseQRankSum=6.045;DB;DP=4453;DS;FS=0.208;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=14.6753;InbreedingCoeff=0.4099;MQ=68.86;MQ0=1;MQRankSum=1.851;QD=1.51;ReadPosRankSum=-2.161;SB=-1926.09;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=8.5560;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:USP48:ENSG00000090686.11:-:deletionFS:1/5:USP48-009:ENST00000529637.1:3144_1976,2:USP48:ENSG00000090686.11:-:deletionFS:1/5:USP48-009:ENST00000529637.1:3144_1976,3:USP48:ENSG00000090686.11:-:insertionFS:1/5:USP48-009:ENST00000529637.1:3144_1976,4:USP48:ENSG00000090686.11:-:insertionFS:1/5:USP48-009:ENST00000529637.1:3144_1976
chr1	22172688	.	AC	A	7.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00060;AN=1654;BaseQRankSum=1.685;DP=3120;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.6889;InbreedingCoeff=0.0696;MQ=67.04;MQ0=0;MQRankSum=-1.585;ReadPosRankSum=-2.342;SZ=-1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=4.9650;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSPG2:ENSG00000142798.11:-:deletionFS:1/2:HSPG2-001:ENST00000374695.3:13176_8377
chr1	22181235	.	C	CCGG	86.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00129;AN=1556;BaseQRankSum=-0.388;DP=3525;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.6254;InbreedingCoeff=0.1381;MQ=55.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.310;ReadPosRankSum=-1.951;SZ=3;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.0267;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HSPG2:ENSG00000142798.11:-:insertionNFS:2/2:HSPG2-001:ENST00000374695.3:13176_6157_2053_V->PV:HSPG2-201:ENST00000430507.1:489_7_3_V->PV
chr1	22222688	.	A	AC	10.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;DP=5471;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.5731;InbreedingCoeff=0.1073;MQ=60.55;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AGCC;VQSLOD=6.0643;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSPG2:ENSG00000142798.11:-:insertionFS:1/2:HSPG2-001:ENST00000374695.3:13176_179
chr1	22834540	.	T	TC	17.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;BaseQRankSum=-2.447;DP=4924;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.0530;InbreedingCoeff=0.1308;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=0.483;ReadPosRankSum=-1.777;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.0237;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZBTB40:ENSG00000184677.11:+:insertionFS:3/5:ZBTB40-202:ENST00000374651.4:3384_1071:ZBTB40-001:ENST00000375647.4:3720_1407:ZBTB40-203:ENST00000404138.1:3720_1407
chr1	22838560	.	CAAG	C	21.04	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00293;AN=2050;BaseQRankSum=3.757;DP=4972;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.7194;InbreedingCoeff=0.0605;MQ=73.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.511;ReadPosRankSum=-0.619;SZ=-3;TR=16;TU=AAG;VQSLOD=5.3398;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZBTB40:ENSG00000184677.11:+:deletionNFS:3/5:ZBTB40-202:ENST00000374651.4:3384_2058_686_PK->P:ZBTB40-001:ENST00000375647.4:3720_2394_798_PK->P:ZBTB40-203:ENST00000404138.1:3720_2394_798_PK->P
chr1	23240245	rs56871920	GA	G,GAA	112.54	PASS	AA=0;AC=52,60;AF=0.02658,0.03067;AN=1956;BaseQRankSum=4.081;DB;DP=3922;DS;FS=3.513;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=10.3114;InbreedingCoeff=0.1645;MQ=69.50;MQ0=0;MQRankSum=1.159;QD=0.30;ReadPosRankSum=-0.713;SB=-269.60;SZ=-1;TR=9;TU=A;VQSLOD=7.5442;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EPHB2:ENSG00000133216.11:+:deletionFS:1/6:EPHB2-001:ENST00000400191.3:3168_3050,2:EPHB2:ENSG00000133216.11:+:insertionFS:1/6:EPHB2-001:ENST00000400191.3:3168_3050
chr1	23240275	.	CAG	C	6.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2080;BaseQRankSum=1.566;DP=4701;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.2248;InbreedingCoeff=0.0035;MQ=71.32;MQ0=0;MQRankSum=1.432;ReadPosRankSum=0.344;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4416;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPHB2:ENSG00000133216.11:+:deletionFS:1/6:EPHB2-001:ENST00000400191.3:3168_3080
chr1	23640065	.	TC	T	6.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2102;DP=5697;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.6136;InbreedingCoeff=0.0584;MQ=72.14;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1734;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPR:ENSG00000125944.12:-:deletionFS:5/5:HNRNPR-001:ENST00000302271.6:1902_1148:HNRNPR-003:ENST00000374612.1:1902_1148:HNRNPR-002:ENST00000374616.3:1911_1157:HNRNPR-202:ENST00000427764.2:1788_1034:HNRNPR-201:ENST00000426846.2:1422_668
chr1	23640180	.	C	CA	4.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2006;BaseQRankSum=1.601;DP=5055;DS;FS=2.037;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.6307;InbreedingCoeff=0.2281;MQ=75.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.386;SB=-3.93;SZ=1;TR=9;TU=AAAC;VQSLOD=6.6531;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HNRNPR:ENSG00000125944.12:-:insertionFS:5/5:HNRNPR-001:ENST00000302271.6:1902_1033:HNRNPR-003:ENST00000374612.1:1902_1033:HNRNPR-002:ENST00000374616.3:1911_1042:HNRNPR-202:ENST00000427764.2:1788_919:HNRNPR-201:ENST00000426846.2:1422_553
chr1	23966894	rs3072132	T	TAAG	48565.72	PASS	AA=1;AC=590;AF=0.27909;AN=2114;BaseQRankSum=-15.860;DB;DP=5769;DS;FS=9.655;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.0201;InbreedingCoeff=0.1080;MQ=69.89;MQ0=0;MQRankSum=-4.013;QD=31.54;ReadPosRankSum=1.829;SB=-22069.19;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.9274;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MDS2:ENSG00000197880.4:+:insertionNFS:1/1:MDS2-001:ENST00000374555.3:423_278_93_V->VR
chr1	23966897	.	G	GAAT	16219.90	PASS	AA=1;AC=537;AF=0.25235;AN=2128;BaseQRankSum=27.140;DP=5905;FS=2.600;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.0172;InbreedingCoeff=0.0280;MQ=67.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.985;QD=16.47;ReadPosRankSum=6.191;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=4.8872;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MDS2:ENSG00000197880.4:+:insertionNFS:1/1:MDS2-001:ENST00000374555.3:423_281_94_R->RI
chr1	24021229	.	T	TG	7.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00046;AN=2154;BaseQRankSum=0.844;DP=7300;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=19.6622;InbreedingCoeff=-0.0234;MQ=54.84;MQ0=1;MQRankSum=1.070;ReadPosRankSum=0.519;SB=-1.00;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.2787;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL11:ENSG00000142676.8:+:insertionFS:1/1:RPL11-001:ENST00000374550.3:537_344
chr1	24390612	.	AC	A	39.23	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1886;BaseQRankSum=2.311;DP=5435;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.2966;InbreedingCoeff=0.1050;MQ=65.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.374;QD=4.90;ReadPosRankSum=-0.097;SB=-61.91;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.0419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYOM3:ENSG00000142661.12:-:deletionFS:4/5:MYOM3-202:ENST00000330966.7:4323_3581:MYOM3-001:ENST00000374434.3:4314_3572:MYOM3-003:ENST00000338909.5:993_251:MYOM3-203:ENST00000374442.5:996_257
chr1	24658025	.	GC	G	5.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;DP=5755;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.4877;InbreedingCoeff=0.1893;MQ=67.35;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6178;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GRHL3:ENSG00000158055.11:+:deletionFS:3/5:GRHL3-002:ENST00000350501.5:1881_127:GRHL3-005:ENST00000361548.4:1809_127:GRHL3-003:ENST00000236255.4:1824_142
chr1	24687459	.	AC	A	7.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1852;BaseQRankSum=1.131;DP=4712;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.8602;InbreedingCoeff=0.0179;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=0.867;ReadPosRankSum=0.261;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf201:ENSG00000001460.12:-:deletionFS:4/6:C1orf201-002:ENST00000337248.4:1005_810:C1orf201-202:ENST00000374409.1:1005_810:C1orf201-001:ENST00000003583.8:864_669:C1orf201-204:ENST00000440416.1:864_669
chr1	24976571	.	CAAG	C	59.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2100;BaseQRankSum=2.459;DP=5487;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.8252;InbreedingCoeff=-0.0158;MQ=61.05;MQ0=2;MQRankSum=0.837;ReadPosRankSum=1.519;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.8108;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SRRM1:ENSG00000133226.10:+:deletionNFS:4/4:SRRM1-001:ENST00000323848.8:2715_515_172_PR->P:SRRM1-002:ENST00000374389.3:2742_515_172_PR->P:SRRM1-201:ENST00000447431.2:2751_515_172_PR->P:SRRM1-202:ENST00000537199.1:957_212_71_PR->P
chr1	24989157	.	GCTC	G	111.57	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00098;AN=2048;BaseQRankSum=3.819;DP=4679;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.9789;InbreedingCoeff=0.1084;MQ=75.09;MQ0=2;MQRankSum=-0.904;ReadPosRankSum=-0.823;SZ=-3;TR=15;TU=CCT;VQSLOD=6.9038;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SRRM1:ENSG00000133226.10:+:deletionNFS:3/4:SRRM1-001:ENST00000323848.8:2715_1490_497_GS->G:SRRM1-002:ENST00000374389.3:2742_1475_492_GS->G:SRRM1-201:ENST00000447431.2:2751_1484_495_GS->G
chr1	24995796	.	CCAAA	C	55.22	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.00247;AN=2024;BaseQRankSum=3.802;DP=4226;DS;FS=7.079;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.1224;InbreedingCoeff=0.0471;MQ=61.90;MQ0=22;MQRankSum=-3.141;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-48.89;SZ=.;TR=8;TU=AAAC;VQSLOD=5.5854;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SRRM1:ENSG00000133226.10:+:deletionFS:3/4:SRRM1-001:ENST00000323848.8:2715_1922:SRRM1-002:ENST00000374389.3:2742_1949:SRRM1-201:ENST00000447431.2:2751_1958
chr1	25124249	.	A	AG	22.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2098;DP=5213;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.2952;InbreedingCoeff=-0.0317;MQ=60.10;MQ0=30;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLIC4:ENSG00000169504.9:+:insertionFS:2/2:CLIC4-001:ENST00000374379.4:762_89:CLIC4-201:ENST00000444041.2:624_89
chr1	25667052	.	CA	C	5.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;BaseQRankSum=1.645;DP=4450;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.0632;InbreedingCoeff=0.0028;MQ=57.73;MQ0=0;MQRankSum=1.963;ReadPosRankSum=0.465;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM50A:ENSG00000183726.6:+:deletionFS:1/1:TMEM50A-001:ENST00000374358.4:474_75
chr1	25669535	.	TG	T	6.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;DP=4701;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.4663;InbreedingCoeff=0.0725;MQ=66.97;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.4264;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM50A:ENSG00000183726.6:+:deletionFS:1/1:TMEM50A-001:ENST00000374358.4:474_177
chr1	26131655	.	C	CG,CGAC,CGAG	203.82	PASS	AA=0;AC=0,71,39;AF=0.00000,0.03971,0.02181;AN=1788;BaseQRankSum=-3.401;DP=4161;DS;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=27.9517;InbreedingCoeff=0.2490;MQ=65.89;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=0.43;ReadPosRankSum=-11.700;SZ=1;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=5.2096;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SEPN1:ENSG00000162430.12:+:insertionFS:3/3:SEPN1-201:ENST00000354177.4:1671_324:SEPN1-001:ENST00000361547.2:1773_426:SEPN1-002:ENST00000374315.1:1671_324,2:SEPN1:ENSG00000162430.12:+:insertionNFS:3/3:SEPN1-201:ENST00000354177.4:1671_324_108_C->CD:SEPN1-001:ENST00000361547.2:1773_426_142_C->CD:SEPN1-002:ENST00000374315.1:1671_324_108_C->CD,3:SEPN1:ENSG00000162430.12:+:insertionNFS:3/3:SEPN1-201:ENST00000354177.4:1671_324_108_C->CE:SEPN1-001:ENST00000361547.2:1773_426_142_C->CE:SEPN1-002:ENST00000374315.1:1671_324_108_C->CE
chr1	26161768	.	GTTTCACTGAT	G	631.42	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00209;AN=1910;BaseQRankSum=4.887;DP=5371;DS;FS=2.939;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=41.4164;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=67.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.783;QD=37.14;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-275.54;SZ=-10;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.6642;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf135:ENSG00000127423.6:-:deletionFS:2/2:C1orf135-201:ENST00000538789.1:1116_790:C1orf135-001:ENST00000374298.3:1074_790
chr1	26189346	.	TGAG	T	67.65	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00110;AN=1820;DP=5052;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.6192;InbreedingCoeff=0.0206;MQ=56.58;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.0095;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAQR7:ENSG00000182749.5:-:deletionNFS:1/1:PAQR7-001:ENST00000374296.3:1041_985_329_TA->A
chr1	26299200	.	AC	A	113.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2022;BaseQRankSum=2.319;DP=5203;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.2333;InbreedingCoeff=0.1026;MQ=62.86;MQ0=0;MQRankSum=0.604;ReadPosRankSum=-0.645;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAFAH2:ENSG00000158006.8:-:deletionFS:2/2:PAFAH2-001:ENST00000374282.3:1179_933:PAFAH2-004:ENST00000374284.1:1179_933
chr1	26315961	.	G	GC	133.28	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00221;AN=1810;BaseQRankSum=0.442;DP=4619;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=14.3555;InbreedingCoeff=0.0316;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=0.163;ReadPosRankSum=0.811;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.7123;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAFAH2:ENSG00000158006.8:-:insertionFS:2/2:PAFAH2-001:ENST00000374282.3:1179_222:PAFAH2-004:ENST00000374284.1:1179_222
chr1	26349532	.	GCCT	G	35.68	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00113;AN=1776;BaseQRankSum=3.683;DP=4155;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.0114;InbreedingCoeff=0.1744;MQ=69.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.550;ReadPosRankSum=0.364;SZ=-3;TR=16;TU=CCT;VQSLOD=6.5394;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EXTL1:ENSG00000158008.5:+:deletionNFS:1/1:EXTL1-001:ENST00000374280.3:2031_395_132_CL->C
chr1	26369132	.	TCTC	T	30.20	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1866;BaseQRankSum=2.242;DP=5090;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.2898;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.206;ReadPosRankSum=1.895;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.4670;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC30A2:ENSG00000158014.8:-:deletionNFS:3/3:SLC30A2-201:ENST00000417288.2:825_640_214_NP->P:SLC30A2-004:ENST00000374276.3:1119_640_214_NP->P:SLC30A2-001:ENST00000374278.3:972_493_165_NP->P
chr1	26387675	.	ACT	A	198.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1848;DP=4356;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.0261;InbreedingCoeff=0.1218;MQ=65.11;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.5103;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM63:ENSG00000158022.6:-:deletionFS:1/1:TRIM63-001:ENST00000374272.3:1062_483
chr1	26510310	.	AC	A	394.61	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.02143;AN=1400;BaseQRankSum=3.878;DP=1693;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=C;HaplotypeScore=6.5227;InbreedingCoeff=0.1207;MQ=71.78;MQ0=0;MQRankSum=0.858;QD=5.33;ReadPosRankSum=0.709;SB=-17.09;SZ=-1;TR=7;TU=C;VQSLOD=5.9279;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CNKSR1:ENSG00000142675.11:+:deletionFS:3/4:CNKSR1-001:ENST00000361530.6:2142_844:CNKSR1-007:ENST00000374253.5:2163_865:CNKSR1-003:ENST00000531191.1:1368_70
chr1	26527998	.	TAGCATGGAA	T	443.52	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1984;BaseQRankSum=3.671;DP=4863;DS;FS=3.469;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=35.3419;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=67.48;MQ0=0;MQRankSum=-3.915;QD=36.96;ReadPosRankSum=2.069;SB=-181.03;SZ=-9;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.3873;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CATSPER4:ENSG00000188782.3:+:deletionNFS:1/1:CATSPER4-001:ENST00000456354.2:1419_1353_451_VSME->V
chr1	26606457	.	TG	T	7.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00066;AN=1526;BaseQRankSum=1.052;DP=2464;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.1504;InbreedingCoeff=0.0706;MQ=62.88;MQ0=0;MQRankSum=0.322;ReadPosRankSum=-0.932;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.1955;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SH3BGRL3:ENSG00000142669.8:+:deletionFS:1/3:SH3BGRL3-201:ENST00000374243.3:681_210
chr1	26608795	.	G	GGGGGCT	528.28	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.00958;AN=1462;BaseQRankSum=-1.550;DP=2208;DS;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.1236;InbreedingCoeff=0.1469;MQ=54.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.916;ReadPosRankSum=-0.711;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.1888;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:insertionNFS:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203_1198_400_Q->SPQ:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464_1459_487_Q->SPQ:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464_1459_487_Q->SPQ:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563_1558_520_Q->SPQ:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563_1558_520_Q->SPQ:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834_829_277_Q->SPQ
chr1	26608843	rs66614970	C	CAGGACA,CGGGACA	6391.09	PASS	AA=.;AC=26,255;AF=0.02226,0.21832;AN=1168;BaseQRankSum=1.485;DB;DP=1246;FS=14.905;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=21.5333;InbreedingCoeff=0.3140;MQ=67.24;MQ0=25;MQRankSum=-2.065;QD=21.30;ReadPosRankSum=-6.312;SB=-1926.58;SZ=.;TR=77;TU=ACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGG;VQSLOD=5.3815;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:insertionNFS:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203_1150_384_G->CPG:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464_1411_471_G->CPG:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464_1411_471_G->CPG:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563_1510_504_G->CPG:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563_1510_504_G->CPG:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834_781_261_G->CPG,2:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:insertionNFS:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203_1150_384_G->CPG:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464_1411_471_G->CPG:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464_1411_471_G->CPG:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563_1510_504_G->CPG:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563_1510_504_G->CPG:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834_781_261_G->CPG
chr1	26608853	.	GCCGGGA	G	171.60	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0049;AN=818;BaseQRankSum=2.963;DP=903;FS=1.396;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=23.6668;InbreedingCoeff=0.1728;MQ=46.99;MQ0=18;MQRankSum=-3.519;ReadPosRankSum=-1.061;SZ=.;TR=77;TU=ACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGG;VQSLOD=6.1842;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:deletionNFS:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203_1140_380_GPS->S:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464_1401_467_GPS->S:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464_1401_467_GPS->S:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563_1500_500_GPS->S:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563_1500_500_GPS->S:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834_771_257_GPS->S
chr1	26608877	.	GCCGGGA	G	9605.10	PASS	AA=.;AC=319;AF=0.26277;AN=1214;BaseQRankSum=9.883;DP=1404;FS=42.177;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.2985;InbreedingCoeff=0.2134;MQ=63.13;MQ0=28;MQRankSum=-5.068;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.162;SB=-3749.08;SZ=.;TR=77;TU=ACCGGGACCGGGACTGGGGCCGGG;VQSLOD=5.5373;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:deletionNFS:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203_1116_372_GPS->S:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464_1377_459_GPS->S:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464_1377_459_GPS->S:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563_1476_492_GPS->S:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563_1476_492_GPS->S:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834_747_249_GPS->S
chr1	26609354	.	CCT	C	124.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00113;AN=1768;DP=4313;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6146;InbreedingCoeff=0.0927;MQ=58.37;MQ0=0;SZ=-2;TR=7;TU=CT;VQSLOD=7.3439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:spliceOverlap:6/9:UBXN11-003:ENST00000314675.7:1203:UBXN11-002:ENST00000357089.4:1464:UBXN11-201:ENST00000374217.2:1464:UBXN11-004:ENST00000374221.3:1563:UBXN11-001:ENST00000374222.1:1563:UBXN11-008:ENST00000374223.1:834
chr1	26611842	.	G	GT	12.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1862;BaseQRankSum=-1.016;DP=3721;DS;HR=4;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.3083;InbreedingCoeff=0.0070;MQ=62.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;ReadPosRankSum=-2.123;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=4.9220;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBXN11:ENSG00000158062.13:-:insertionFS:2/9:UBXN11-203:ENST00000436301.2:750_740:UBXN11-204:ENST00000535108.1:501_491
chr1	26646767	.	A	AT	21.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;BaseQRankSum=-2.442;DP=5153;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=23.8162;InbreedingCoeff=0.0699;MQ=57.17;MQ0=0;MQRankSum=1.454;ReadPosRankSum=1.640;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.3227;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD52:ENSG00000169442.4:+:insertionFS:1/1:CD52-001:ENST00000374213.2:186_160
chr1	26664918	.	TC	T	4.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1946;BaseQRankSum=0.910;DP=4836;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.7028;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=72.10;MQ0=1;MQRankSum=0.187;QD=1.05;ReadPosRankSum=-0.491;SB=-31.45;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4154;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AIM1L:ENSG00000176092.8:-:deletionFS:2/4:AIM1L-001:ENST00000527815.1:2364_773:AIM1L-201:ENST00000308182.5:1851_260
chr1	26670393	.	T	TC	106.34	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00116;AN=1718;BaseQRankSum=0.351;DP=3580;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.9219;InbreedingCoeff=0.1032;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=0.198;ReadPosRankSum=1.380;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.1302;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AIM1L:ENSG00000176092.8:-:insertionFS:1/4:AIM1L-001:ENST00000527815.1:2364_134
chr1	26673138	.	G	GCCT	1392.07	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.00722;AN=1662;DP=3479;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.5721;InbreedingCoeff=0.0379;MQ=56.86;MQ0=0;SZ=3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.9042;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AIM1L:ENSG00000176092.8:-:insertionNFS:2/4:AIM1L-202:ENST00000449629.1:279_11_4_A->EA:AIM1L-203:ENST00000538018.1:1224_11_4_A->EA
chr1	27100181	.	CGCA	C,CGCAGCAGCA	313.30	PASS	AA=.;AC=42,45;AF=0.02542,0.02724;AN=1652;BaseQRankSum=1.103;DP=3817;DS;FS=1.665;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=27.2354;InbreedingCoeff=0.3994;MQ=66.36;MQ0=0;MQRankSum=-1.222;QD=0.92;ReadPosRankSum=-2.330;SB=-231.10;SZ=.;TR=24;TU=AGC;VQSLOD=7.8234;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARID1A:ENSG00000117713.13:+:deletionNFS:3/4:ARID1A-001:ENST00000324856.7:6858_3977_1326_PQ->P:ARID1A-002:ENST00000457599.2:6207_3977_1326_PQ->P:ARID1A-003:ENST00000374152.2:5709_2828_943_PQ->P,2:ARID1A:ENSG00000117713.13:+:insertionNFS:3/4:ARID1A-001:ENST00000324856.7:6858_3977_1326_P->PQQQ:ARID1A-002:ENST00000457599.2:6207_3977_1326_P->PQQQ:ARID1A-003:ENST00000374152.2:5709_2828_943_P->PQQQ
chr1	27105675	.	GGAA	G	14.20	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00195;AN=2048;BaseQRankSum=3.611;DP=5483;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.8361;InbreedingCoeff=0.0023;MQ=61.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.715;ReadPosRankSum=0.010;SZ=-3;TR=15;TU=AAG;VQSLOD=5.6315;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID1A:ENSG00000117713.13:+:deletionNFS:4/4:ARID1A-001:ENST00000324856.7:6858_5286_1762_GE->G:ARID1A-002:ENST00000457599.2:6207_4635_1545_GE->G:ARID1A-003:ENST00000374152.2:5709_4137_1379_GE->G:ARID1A-201:ENST00000540690.1:1842_270_90_GE->G
chr1	27106330	.	T	TG	15.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1824;BaseQRankSum=1.169;DP=4961;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.9382;InbreedingCoeff=0.0183;MQ=56.91;MQ0=0;MQRankSum=0.550;ReadPosRankSum=1.226;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.1199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID1A:ENSG00000117713.13:+:insertionFS:4/4:ARID1A-001:ENST00000324856.7:6858_5941:ARID1A-002:ENST00000457599.2:6207_5290:ARID1A-003:ENST00000374152.2:5709_4792:ARID1A-201:ENST00000540690.1:1842_925
chr1	27621107	.	T	TG	13.55	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00271;AN=1842;BaseQRankSum=-0.412;DP=5416;DS;HR=8;HRun=8;HU=G;HaplotypeScore=16.4169;InbreedingCoeff=0.0658;MQ=57.45;MQ0=0;MQRankSum=0.889;ReadPosRankSum=-2.083;SZ=1;TR=8;TU=G;VQSLOD=4.8943;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDTC1:ENSG00000142784.10:+:insertionFS:2/2:WDTC1-201:ENST00000319394.3:2034_860:WDTC1-001:ENST00000361771.3:2031_860
chr1	27683229	.	CCTT	C	218.99	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00352;AN=1704;BaseQRankSum=2.994;DP=3213;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.8613;InbreedingCoeff=0.0506;MQ=65.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.653;ReadPosRankSum=-0.999;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.6592;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAP3K6:ENSG00000142733.8:-:deletionNFS:3/5:MAP3K6-007:ENST00000357582.2:3867_3376_1126_EA->A:MAP3K6-202:ENST00000374040.2:3843_3352_1118_EA->A:MAP3K6-001:ENST00000493901.1:3867_3376_1126_EA->A
chr1	27699670	rs28357092	AG	A	761.99	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.01457;AN=1716;BaseQRankSum=4.491;DB;DP=3286;DS;FS=7.594;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=10.6074;InbreedingCoeff=0.0746;MQ=65.78;MQ0=0;MQRankSum=1.174;QD=11.37;ReadPosRankSum=-1.303;SB=-436.70;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.4162;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCN3:ENSG00000142748.8:-:deletionFS:2/3:FCN3-001:ENST00000270879.4:900_350:FCN3-002:ENST00000354982.2:867_317
chr1	27875352	.	AAGG	A	88.58	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00256;AN=1562;BaseQRankSum=2.934;DP=3287;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.4883;InbreedingCoeff=0.1291;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=0.141;ReadPosRankSum=-0.631;SZ=-3;TR=21;TU=AGG;VQSLOD=7.3850;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AHDC1:ENSG00000126705.7:-:deletionNFS:2/2:AHDC1-201:ENST00000247087.4:4812_3275_1092_FQ->Q:AHDC1-001:ENST00000374011.2:4812_3275_1092_FQ->Q
chr1	27875517	rs111827498	AAGG	A	1305.62	PASS	AA=0;AC=32;AF=0.02054;AN=1558;BaseQRankSum=6.578;DB;DP=2807;DS;FS=3.849;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.1397;InbreedingCoeff=0.1105;MQ=55.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.945;SB=-645.20;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=8.2341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHDC1:ENSG00000126705.7:-:deletionNFS:2/2:AHDC1-201:ENST00000247087.4:4812_3110_1037_FF->F:AHDC1-001:ENST00000374011.2:4812_3110_1037_FF->F
chr1	28075620	.	CAAAG	C	38.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2088;BaseQRankSum=2.165;DP=5365;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.3039;InbreedingCoeff=0.0813;MQ=79.66;MQ0=0;MQRankSum=2.009;ReadPosRankSum=-1.460;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.9937;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM76A:ENSG00000009780.10:+:deletionFS:3/6:FAM76A-003:ENST00000010299.6:1026_656:FAM76A-001:ENST00000373954.5:924_554:FAM76A-007:ENST00000530324.1:867_554
chr1	28211867	.	T	TG	17.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;BaseQRankSum=0.620;DP=5326;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=17.8742;InbreedingCoeff=0.0149;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.870;ReadPosRankSum=-1.281;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4249;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf38:ENSG00000130775.11:+:insertionFS:4/4:C1orf38-201:ENST00000328928.7:1545_1394:C1orf38-002:ENST00000373921.3:1932_1781:C1orf38-001:ENST00000373925.1:783_708:C1orf38-005:ENST00000373927.3:372_297
chr1	28240807	rs35424955	CGGGT	C	1463.99	PASS	AA=1;AC=21;AF=0.01238;AN=1696;BaseQRankSum=7.257;DB;DP=2965;FS=6.328;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.4717;InbreedingCoeff=0.0235;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=-3.305;QD=22.87;ReadPosRankSum=-0.725;SB=-664.32;SZ=4;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.8834;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPA2:ENSG00000117748.5:-:deletionFS:1/3:RPA2-004:ENST00000313433.7:1077_148
chr1	28240948	.	TC	T	7.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1836;BaseQRankSum=2.242;DP=3823;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.0426;InbreedingCoeff=0.0379;MQ=71.80;MQ0=0;MQRankSum=0.211;ReadPosRankSum=-0.630;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0420;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPA2:ENSG00000117748.5:-:deletionFS:2/3:RPA2-004:ENST00000313433.7:1077_7:RPA2-001:ENST00000373912.3:813_7
chr1	28268832	.	C	CCG	27849.09	PASS	AA=0;AC=1000;AF=0.55371;AN=1806;BaseQRankSum=30.674;DP=4473;DS;FS=19.993;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.6754;InbreedingCoeff=0.2239;MQ=64.35;MQ0=3;MQRankSum=-2.402;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.247;SB=-9484.97;SZ=2;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.6297;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SMPDL3B:ENSG00000130768.7:+:insertionFS:1/4:SMPDL3B-201:ENST00000373890.2:807_108
chr1	28268833	rs11386058	C	CCG,CG	2135.75	PASS	AA=0;AC=101,474;AF=0.05568,0.26130;AN=1814;BaseQRankSum=8.969;DB;DP=4470;DS;FS=11.579;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=33.6038;InbreedingCoeff=0.3562;MQ=64.42;MQ0=3;MQRankSum=-0.702;QD=1.83;ReadPosRankSum=4.060;SB=-1585.50;SZ=2;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.5643;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SMPDL3B:ENSG00000130768.7:+:insertionFS:1/4:SMPDL3B-201:ENST00000373890.2:807_109,2:SMPDL3B:ENSG00000130768.7:+:insertionFS:1/4:SMPDL3B-201:ENST00000373890.2:807_109
chr1	28268834	rs71294467	CA	C	24846.04	PASS	AA=0;AC=1191;AF=0.65512;AN=1818;BaseQRankSum=32.838;DB;DP=4373;DS;FS=7.513;HR=5;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=24.8704;InbreedingCoeff=0.1642;MQ=64.40;MQ0=3;MQRankSum=-0.161;QD=12.36;ReadPosRankSum=-3.447;SB=-10554.92;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.2697;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SMPDL3B:ENSG00000130768.7:+:deletionFS:1/4:SMPDL3B-201:ENST00000373890.2:807_110
chr1	28286607	rs113646118	CCTT	C	878.36	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01391;AN=1150;BaseQRankSum=4.628;DB;DP=1787;DS;FS=0.746;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.4987;InbreedingCoeff=0.0828;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.525;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.170;SB=-471.48;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=8.1632;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XKR8:ENSG00000158156.7:+:deletionNFS:1/1:XKR8-001:ENST00000373884.5:1188_27_9_LL->L
chr1	28564457	.	CAGA	C,CAAGA	51.18	PASS	AA=0;AC=1,0;AF=0.00053,0.00000;AN=1888;BaseQRankSum=2.749;DP=6066;DS;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=23.1973;InbreedingCoeff=0.0632;MQ=57.38;MQ0=0;MQRankSum=2.357;QD=4.74;ReadPosRankSum=0.324;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.3931;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATPIF1:ENSG00000130770.12:+:deletionNFS:1/5:ATPIF1-001:ENST00000335514.5:321_289_97_QK->Q,2:ATPIF1:ENSG00000130770.12:+:insertionFS:1/5:ATPIF1-001:ENST00000335514.5:321_289
chr1	28785729	.	GA	G,GAA	148.22	PASS	AA=0;AC=84,43;AF=0.04357,0.02230;AN=1928;BaseQRankSum=3.529;DP=4555;DS;FS=0.446;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=11.2251;InbreedingCoeff=0.2566;MQ=68.10;MQ0=0;MQRankSum=0.486;QD=0.10;ReadPosRankSum=-0.259;SB=-329.88;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.2912;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PHACTR4:ENSG00000204138.7:+:deletionFS:3/3:PHACTR4-001:ENST00000373839.3:2109_150:PHACTR4-004:ENST00000373836.3:2139_180:PHACTR4-201:ENST00000373838.3:1938_147,2:PHACTR4:ENSG00000204138.7:+:insertionFS:3/3:PHACTR4-001:ENST00000373839.3:2109_150:PHACTR4-004:ENST00000373836.3:2139_180:PHACTR4-201:ENST00000373838.3:1938_147
chr1	28864489	.	CT	C	4.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=2.353;DP=4756;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.0780;InbreedingCoeff=0.0753;MQ=69.81;MQ0=0;MQRankSum=0.789;QD=1.11;ReadPosRankSum=1.092;SB=-31.35;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.3346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RCC1:ENSG00000180198.9:+:deletionFS:4/4:RCC1-004:ENST00000373831.3:1359_1329:RCC1-001:ENST00000373832.1:1266_1236:RCC1-003:ENST00000373833.5:1266_1236:RCC1-201:ENST00000398958.2:1266_1236
chr1	29323778	.	C	CT	6.55	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1890;DP=5142;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=14.9702;InbreedingCoeff=0.0585;MQ=57.32;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5563;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EPB41:ENSG00000159023.13:+:insertionFS:9/11:EPB41-202:ENST00000358989.4:2484_784:EPB41-001:ENST00000343067.4:2595_733:EPB41-201:ENST00000356093.2:2496_733:EPB41-203:ENST00000373798.1:2595_733:EPB41-205:ENST00000398863.2:2304_733:EPB41-002:ENST00000373797.1:2163_733:EPB41-206:ENST00000398865.2:2142_733:EPB41-004:ENST00000349460.4:1926_106:EPB41-003:ENST00000373800.3:1767_106
chr1	29342220	.	TACA	T	76.11	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00153;AN=1956;BaseQRankSum=3.390;DP=4578;DS;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.7012;InbreedingCoeff=0.1314;MQ=67.27;MQ0=1;MQRankSum=3.753;ReadPosRankSum=-3.172;SZ=-3;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5255;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EPB41:ENSG00000159023.13:+:deletionNFS:11/11:EPB41-202:ENST00000358989.4:2484_897_299_FT->F:EPB41-001:ENST00000343067.4:2595_846_282_FT->F:EPB41-005:ENST00000347529.3:2328_741_247_FT->F:EPB41-201:ENST00000356093.2:2496_846_282_FT->F:EPB41-203:ENST00000373798.1:2595_846_282_FT->F:EPB41-204:ENST00000398861.2:2115_528_176_FT->F:EPB41-205:ENST00000398863.2:2304_846_282_FT->F:EPB41-002:ENST00000373797.1:2163_846_282_FT->F:EPB41-206:ENST00000398865.2:2142_846_282_FT->F:EPB41-004:ENST00000349460.4:1926_219_73_FT->F:EPB41-003:ENST00000373800.3:1767_219_73_FT->F
chr1	29447804	.	T	TC,TCC	19.17	PASS	AA=0;AC=23,7;AF=0.01740,0.00530;AN=1322;BaseQRankSum=0.162;DP=2010;DS;FS=69.672;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=13.7620;InbreedingCoeff=0.2793;MQ=62.28;MQ0=0;MQRankSum=0.771;QD=0.00;ReadPosRankSum=-3.364;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4023;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TMEM200B:ENSG00000253304.1:-:insertionFS:2/2:TMEM200B-002:ENST00000420504.2:924_537:TMEM200B-001:ENST00000521452.1:924_537,2:TMEM200B:ENSG00000253304.1:-:insertionFS:2/2:TMEM200B-002:ENST00000420504.2:924_537:TMEM200B-001:ENST00000521452.1:924_537
chr1	29475218	.	CCTT	C	94.08	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.01000;AN=2000;BaseQRankSum=4.738;DP=5249;DS;FS=0.934;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.3626;InbreedingCoeff=0.1302;MQ=74.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.233;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.393;SB=-163.39;SZ=-3;TR=15;TU=CTT;VQSLOD=7.8007;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SRSF4:ENSG00000116350.9:-:deletionNFS:1/3:SRSF4-001:ENST00000373795.4:1485_1189_397_ED->D
chr1	31437727	.	C	CG	39.96	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01055;AN=1516;BaseQRankSum=2.491;DP=3904;DS;FS=7.793;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=19.3325;InbreedingCoeff=0.2553;MQ=54.18;MQ0=0;MQRankSum=0.259;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-113.99;SZ=1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.5309;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PUM1:ENSG00000134644.10:-:insertionFS:9/10:PUM1-002:ENST00000373741.4:3675_2225:PUM1-011:ENST00000373742.2:3384_1940:PUM1-001:ENST00000257075.5:3561_2117:PUM1-004:ENST00000373747.3:3570_2120:PUM1-201:ENST00000373749.4:2781_1331:PUM1-202:ENST00000423018.2:3135_1685:PUM1-014:ENST00000424085.2:2835_1391:PUM1-010:ENST00000426105.2:3567_2117:PUM1-013:ENST00000440538.2:3489_2039
chr1	31821721	.	ACT	A	64.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2120;DP=5945;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.2561;InbreedingCoeff=0.0720;MQ=61.95;MQ0=15;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.0944;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZCCHC17:ENSG00000121766.10:+:deletionFS:4/4:ZCCHC17-001:ENST00000344147.5:726_464:ZCCHC17-002:ENST00000373714.1:726_464:ZCCHC17-202:ENST00000546109.1:702_440:ZCCHC17-201:ENST00000422613.2:732_470
chr1	31845859	.	C	CATAG	87.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1784;BaseQRankSum=-0.157;DP=4193;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.4030;InbreedingCoeff=0.0554;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;ReadPosRankSum=-0.483;SZ=4;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.1004;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FABP3:ENSG00000121769.3:-:endOverlap:1/1:FABP3-001:ENST00000373713.2:402
chr1	31902256	.	ACC	A,AC	370.98	PASS	AA=0;AC=6,1;AF=0.00324,0.00054;AN=1850;BaseQRankSum=4.250;DP=5250;DS;FS=0.000;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=19.7697;InbreedingCoeff=0.1937;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=2.100;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.922;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=8.4662;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:deletionFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_911:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_896:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_884:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_896,2:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:deletionFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_911:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_896:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_884:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_896
chr1	31905889	rs3050461	A	AAAG,ACAG,AG	54855.31	PASS	AA=1;AC=5,1187,5;AF=0.00274,0.64934,0.00274;AN=1828;BaseQRankSum=-14.437;DB;DP=3804;DS;FS=0.270;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=15.3645;InbreedingCoeff=0.3370;MQ=67.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.695;QD=29.33;ReadPosRankSum=0.086;SB=-18714.55;SZ=-3;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=9.4409;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:insertionNFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_1116_372_T->TK:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_1101_367_T->TK:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_1089_363_T->TK:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_1101_367_T->TK,2:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:insertionNFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_1116_372_T->TQ:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_1101_367_T->TQ:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_1089_363_T->TQ:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_1101_367_T->TQ,3:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:insertionFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_1116:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_1101:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_1089:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_1101
chr1	31905903	rs76847226	A	AGCC,AGCG	28122.28	PASS	AA=1;AC=277,608;AF=0.15372,0.33740;AN=1802;BaseQRankSum=27.512;DB;DP=4129;DS;FS=48.246;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=24.8508;InbreedingCoeff=0.3720;MQ=65.77;MQ0=0;MQRankSum=-7.149;QD=13.75;ReadPosRankSum=13.865;SB=-10183.02;SZ=-3;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=5.4462;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:insertionNFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_1130_377_Q->QP:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_1115_372_Q->QP:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_1103_368_Q->QP:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_1115_372_Q->QP,2:SERINC2:ENSG00000168528.7:+:insertionNFS:4/4:SERINC2-002:ENST00000373710.1:1395_1130_377_Q->QR:SERINC2-202:ENST00000536859.1:1380_1115_372_Q->QR:SERINC2-001:ENST00000373709.3:1368_1103_368_Q->QR:SERINC2-201:ENST00000536384.1:1380_1115_372_Q->QR
chr1	32100819	.	TTACCC	T	58.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=2.067;DP=4743;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.5302;InbreedingCoeff=0.0456;MQ=62.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.156;ReadPosRankSum=1.934;SZ=-5;TR=7;TU=ACT;VQSLOD=5.0376;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEF1:ENSG00000162517.8:-:spliceOverlap:2/2:PEF1-001:ENST00000373703.4:855:PEF1-201:ENST00000440872.2:423
chr1	32101000	.	CAGG	C	214.42	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00216;AN=1856;BaseQRankSum=4.673;DP=3940;DS;FS=1.469;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.2849;InbreedingCoeff=-0.0045;MQ=55.51;MQ0=24;MQRankSum=-1.895;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-138.77;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.2097;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEF1:ENSG00000162517.8:-:deletionNFS:2/2:PEF1-001:ENST00000373703.4:855_148_50_AP->P:PEF1-201:ENST00000440872.2:423_148_50_AP->P
chr1	32131530	.	TGG	T	16.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1816;BaseQRankSum=2.414;DP=4712;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=16.4310;InbreedingCoeff=0.0650;MQ=63.42;MQ0=1;MQRankSum=-0.147;ReadPosRankSum=-1.048;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.6265;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:COL16A1:ENSG00000084636.11:-:deletionFS:2/3:COL16A1-201:ENST00000271069.6:4815_3409:COL16A1-001:ENST00000373672.3:4815_3409
chr1	32279897	.	G	GAC	26.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1748;BaseQRankSum=-0.255;DP=4370;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.9203;InbreedingCoeff=0.1177;MQ=65.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.507;ReadPosRankSum=-2.122;SZ=2;TR=9;TU=AC;VQSLOD=6.7907;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SPOCD1:ENSG00000134668.7:-:insertionFS:3/6:SPOCD1-007:ENST00000360482.2:3651_1038:SPOCD1-008:ENST00000533231.1:3612_1038:SPOCD1-202:ENST00000373648.2:1635_1038
chr1	32379996	rs61601948	CTATT	C	5615.54	PASS	AA=0;AC=48;AF=0.02286;AN=2100;BaseQRankSum=15.067;DB;DP=6217;DS;FS=19.168;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.4225;InbreedingCoeff=0.0946;MQ=73.79;MQ0=0;MQRankSum=-6.638;QD=24.85;ReadPosRankSum=-0.188;SB=-2298.31;SZ=-4;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.0903;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL136115.1:ENSG00000212673.1:+:deletionFS:1/1:AL136115.1-201:ENST00000391369.1:318_262
chr1	32671834	.	AG	A	54.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1744;DP=3934;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=11.9934;InbreedingCoeff=0.0768;MQ=66.09;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.9804;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IQCC:ENSG00000160051.7:+:deletionFS:2/2:IQCC-201:ENST00000291358.6:1401_122:IQCC-001:ENST00000537469.1:1641_362
chr1	32674742	.	T	TG	900.91	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00718;AN=1810;BaseQRankSum=-5.319;DP=4905;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=15.0256;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=64.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.014;ReadPosRankSum=-0.798;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=8.5147;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCDC2B:ENSG00000222046.2:+:insertionFS:1/1:DCDC2B-002:ENST00000409358.1:1050_48
chr1	32678189	.	C	CCTAT	81.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;DP=4097;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.4329;InbreedingCoeff=0.0986;MQ=67.98;MQ0=0;SZ=4;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.6364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCDC2B:ENSG00000222046.2:+:insertionFS:1/1:DCDC2B-002:ENST00000409358.1:1050_626
chr1	32798312	.	AGAG	A	99.16	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00097;AN=2072;BaseQRankSum=2.306;DP=5031;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.1436;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=58.14;MQ0=11;MQRankSum=0.211;ReadPosRankSum=1.082;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.7600;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HDAC1:ENSG00000116478.7:+:deletionNFS:2/2:HDAC1-001:ENST00000373548.3:1449_1383_461_EE->E:HDAC1-201:ENST00000373541.2:870_804_268_EE->E
chr1	33291803	.	GA	G	82.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1916;BaseQRankSum=2.709;DP=5542;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.0121;InbreedingCoeff=0.0881;MQ=67.01;MQ0=1;MQRankSum=-0.575;ReadPosRankSum=0.458;SZ=-1;TR=10;TU=ATTGG;VQSLOD=7.6763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S100PBP:ENSG00000116497.13:+:deletionFS:5/5:S100PBP-001:ENST00000373475.5:1227_103:S100PBP-002:ENST00000373476.1:1227_103:S100PBP-003:ENST00000356689.3:1029_103:S100PBP-008:ENST00000398243.3:1026_103:S100PBP-201:ENST00000531123.1:1026_103
chr1	33361215	.	CA	C	52.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1798;BaseQRankSum=2.469;DP=4626;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=14.5974;InbreedingCoeff=-0.0024;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=2.573;ReadPosRankSum=-0.172;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.9980;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM54:ENSG00000121900.12:-:deletionFS:2/2:TMEM54-002:ENST00000329151.5:510_241:TMEM54-001:ENST00000373463.3:669_400
chr1	35227005	.	CT	C	2275.25	PASS	AA=0;AC=31;AF=0.01591;AN=1948;BaseQRankSum=11.862;DP=5412;DS;FS=1.294;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=17.0037;InbreedingCoeff=0.0804;MQ=56.94;MQ0=0;MQRankSum=3.413;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.848;SB=-1250.50;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.8632;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJB4:ENSG00000189433.5:+:deletionFS:1/1:GJB4-001:ENST00000339480.1:801_150
chr1	35227007	.	TTGTC	T	2186.14	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01230;AN=1952;BaseQRankSum=9.362;DP=5408;DS;FS=3.075;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.7594;InbreedingCoeff=0.0368;MQ=64.14;MQ0=0;MQRankSum=-5.994;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.647;SB=-1127.51;SZ=-4;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.2818;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJB4:ENSG00000189433.5:+:deletionFS:1/1:GJB4-001:ENST00000339480.1:801_152
chr1	35453574	.	A	AT	24.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1934;BaseQRankSum=-2.448;DP=4534;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=11.8304;InbreedingCoeff=-0.0304;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=1.649;ReadPosRankSum=1.403;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=4.9638;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMYM6:ENSG00000163867.11:-:insertionFS:1/4:ZMYM6-001:ENST00000357182.4:3978_3109
chr1	35580282	.	GATA	G	5442.96	PASS	AA=0;AC=48;AF=0.02688;AN=1786;BaseQRankSum=15.546;DP=4122;DS;FS=5.286;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.3890;InbreedingCoeff=0.1716;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=-3.893;QD=24.97;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-2451.18;SZ=-3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=8.3059;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZMYM1:ENSG00000197056.5:+:deletionNFS:3/3:ZMYM1-002:ENST00000359858.4:3429_2851_951_DN->D:ZMYM1-001:ENST00000373330.1:3429_2851_951_DN->D:ZMYM1-003:ENST00000373329.1:3204_2626_876_DN->D
chr1	35656532	.	TG	T	7.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;DP=5678;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.4298;InbreedingCoeff=0.0356;MQ=57.53;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.4083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SFPQ:ENSG00000116560.6:-:deletionFS:1/1:SFPQ-001:ENST00000357214.5:2124_1082
chr1	35790967	.	CAA	C	6.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1952;DP=4638;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=A;HaplotypeScore=15.5260;InbreedingCoeff=0.1368;MQ=63.24;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=A;VQSLOD=6.0853;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZMYM4:ENSG00000146463.7:+:deletionFS:2/2:ZMYM4-001:ENST00000314607.6:4647_46:ZMYM4-201:ENST00000373297.2:4380_46
chr1	35859298	.	A	AC	9.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;BaseQRankSum=-0.999;DP=4615;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.9734;InbreedingCoeff=0.1169;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=0.647;ReadPosRankSum=0.421;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9159;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZMYM4:ENSG00000146463.7:+:insertionFS:2/2:ZMYM4-001:ENST00000314607.6:4647_2869:ZMYM4-201:ENST00000373297.2:4380_2602
chr1	35863125	rs113590506	A	AAGG	115.20	PASS	AA=1;AC=1;AF=0.00047;AN=2106;BaseQRankSum=-2.997;DB;DP=5441;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.6664;InbreedingCoeff=-0.0161;MQ=76.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.219;ReadPosRankSum=1.428;SZ=-3;TR=10;TU=AAGAG;VQSLOD=7.0587;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMYM4:ENSG00000146463.7:+:insertionNFS:2/2:ZMYM4-001:ENST00000314607.6:4647_3178_1060_K->KE:ZMYM4-201:ENST00000373297.2:4380_2911_971_K->KE
chr1	36203659	.	TTTC	T	4200.80	PASS	AA=0;AC=63;AF=0.03271;AN=1926;BaseQRankSum=9.367;DP=3768;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.4982;InbreedingCoeff=0.1776;MQ=66.77;MQ0=4;MQRankSum=-0.013;QD=21.43;ReadPosRankSum=0.078;SB=-1040.20;SZ=-3;TR=15;TU=CTT;VQSLOD=8.0413;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionNFS:4/5:CLSPN-001:ENST00000251195.5:3999_3598_1200_IG->G:CLSPN-005:ENST00000318121.3:4020_3598_1200_IG->G:CLSPN-003:ENST00000373220.3:3828_3406_1136_IG->G:CLSPN-004:ENST00000520551.1:3861_3439_1147_IG->G
chr1	36209107	.	TTCC	T	61.37	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00047;AN=2114;DP=5799;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.0043;InbreedingCoeff=0.0614;MQ=71.08;MQ0=0;SZ=.;TR=11;TU=CCT;VQSLOD=5.5864;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionNFS:4/5:CLSPN-001:ENST00000251195.5:3999_2991_997_EF->F:CLSPN-005:ENST00000318121.3:4020_2991_997_EF->F:CLSPN-003:ENST00000373220.3:3828_2799_933_EF->F:CLSPN-004:ENST00000520551.1:3861_2832_944_EF->F
chr1	36214421	rs71857282	CTTTTTTTTTTTT	C,CT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTTTT	2038.29	PASS	AA=.;AC=23,266,53,734;AF=0.01376,0.15909,0.03170,0.43900;AN=1672;BaseQRankSum=-3.849;DB;DP=3538;DS;FS=6.197;HR=25;HU=T;HaplotypeScore=36.6897;InbreedingCoeff=0.6687;MQ=60.76;MQ0=66;MQRankSum=-1.817;QD=0.57;ReadPosRankSum=1.416;SB=-702.15;SZ=.;TR=25;TU=T;VQSLOD=9.1423;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionNFS:1/5:CLSPN-201:ENST00000544356.1:1974_1971_657_KN,2:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionFS:1/5:CLSPN-201:ENST00000544356.1:1974_1971,3:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionFS:1/5:CLSPN-201:ENST00000544356.1:1974_1971,4:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:insertionFS:1/5:CLSPN-201:ENST00000544356.1:1974_1971
chr1	36228817	.	CA	C	18.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1972;BaseQRankSum=2.284;DP=4702;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.2858;InbreedingCoeff=0.0940;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=2.915;ReadPosRankSum=-2.652;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.9149;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLSPN:ENSG00000092853.8:-:deletionFS:5/5:CLSPN-001:ENST00000251195.5:3999_688:CLSPN-005:ENST00000318121.3:4020_688:CLSPN-003:ENST00000373220.3:3828_688:CLSPN-004:ENST00000520551.1:3861_688:CLSPN-201:ENST00000544356.1:1974_688
chr1	36316470	.	T	TC	12.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=-0.238;DP=5079;DS;HR=1;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=20.5091;InbreedingCoeff=-0.0414;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=1.547;ReadPosRankSum=0.043;SB=-2.50;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.1727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF2C4:ENSG00000134698.10:+:insertionFS:1/1:EIF2C4-001:ENST00000373210.3:2586_2293
chr1	36474329	.	C	CG	14.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1770;BaseQRankSum=1.532;DP=3905;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.6858;InbreedingCoeff=0.0580;MQ=65.22;MQ0=0;MQRankSum=3.154;ReadPosRankSum=-1.211;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1032;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF2C3:ENSG00000126070.12:+:insertionFS:2/4:EIF2C3-003:ENST00000373191.3:2583_832:EIF2C3-002:ENST00000246314.6:1881_130
chr1	36553705	.	TC	T	30.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1786;BaseQRankSum=1.859;DP=4528;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=18.7651;InbreedingCoeff=-0.0247;MQ=56.39;MQ0=0;MQRankSum=1.037;ReadPosRankSum=-0.389;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.0528;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEKT2:ENSG00000092850.7:+:deletionFS:1/1:TEKT2-001:ENST00000207457.3:1293_1211
chr1	36557249	.	CAG	C	85.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1998;BaseQRankSum=2.493;DP=4717;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.4586;InbreedingCoeff=-0.0184;MQ=62.10;MQ0=0;MQRankSum=1.291;ReadPosRankSum=-1.881;SB=-60.47;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9454;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADPRHL2:ENSG00000116863.8:+:deletionFS:2/3:ADPRHL2-001:ENST00000373178.4:1092_339:ADPRHL2-201:ENST00000540867.1:852_99
chr1	36603482	.	AC	A	4.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=1.507;DP=5504;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.1301;InbreedingCoeff=0.1094;MQ=69.37;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-34.35;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.6861;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TRAPPC3:ENSG00000054116.7:-:deletionFS:3/4:TRAPPC3-001:ENST00000373166.3:543_338:TRAPPC3-004:ENST00000373162.1:405_200:TRAPPC3-005:ENST00000373163.1:405_200
chr1	36603795	.	C	CTTTGT	1256.72	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00332;AN=2110;BaseQRankSum=-2.838;DP=7209;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=38.7951;InbreedingCoeff=0.1134;MQ=67.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.177;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.907;SB=-577.31;SZ=.;TR=18;TU=GTTTT;VQSLOD=7.1096;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TRAPPC3:ENSG00000054116.7:-:insertionFS:1/4:TRAPPC3-003:ENST00000373159.1:357_279
chr1	36643700	rs3045695	GAGA	G	1987.26	PASS	AA=.;AC=83;AF=0.06346;AN=1308;BaseQRankSum=6.149;DB;DP=1841;FS=1.635;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=10.3679;InbreedingCoeff=0.1158;MQ=55.92;MQ0=0;MQRankSum=-2.680;QD=17.43;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-1129.93;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.5163;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MAP7D1:ENSG00000116871.10:+:deletionNFS:4/5:MAP7D1-001:ENST00000316156.4:2412_1495_499_EK->E:MAP7D1-002:ENST00000373150.4:2427_1510_504_EK->E:MAP7D1-009:ENST00000373151.2:2526_1606_536_EK->E:MAP7D1-003:ENST00000373148.4:1134_244_82_EK->E
chr1	36807490	.	TG	T	10.39	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00115;AN=1746;BaseQRankSum=1.120;DP=4060;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.0185;InbreedingCoeff=0.0803;MQ=66.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.910;ReadPosRankSum=-0.887;SZ=-1;TR=9;TU=ATGG;VQSLOD=5.7121;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STK40:ENSG00000196182.6:-:deletionFS:3/4:STK40-001:ENST00000373129.3:1308_1174:STK40-003:ENST00000373130.3:1323_1189:STK40-004:ENST00000373132.3:1308_1174
chr1	36808867	.	GGC	G	29.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1844;DP=4112;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.8769;InbreedingCoeff=0.0466;MQ=60.20;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.3124;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STK40:ENSG00000196182.6:-:deletionFS:1/4:STK40-002:ENST00000359297.2:1254_1187
chr1	36921845	.	AG	A	44.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1854;BaseQRankSum=1.715;DP=4105;DS;HR=6;HRun=6;HU=G;HaplotypeScore=11.9377;InbreedingCoeff=0.0763;MQ=65.44;MQ0=0;MQRankSum=1.680;ReadPosRankSum=-0.039;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=6.8203;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MRPS15:ENSG00000116898.7:-:deletionFS:1/1:MRPS15-001:ENST00000373116.5:774_579
chr1	38018306	.	GCTT	G	42.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2030;DP=5876;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.6440;InbreedingCoeff=0.1402;MQ=68.54;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.2858;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SNIP1:ENSG00000163877.7:-:deletionNFS:2/2:SNIP1-001:ENST00000296215.5:1191_267_89_SK->K:SNIP1-201:ENST00000436196.2:1143_219_73_SK->K
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chr1	38270016	.	TCAAC	T	98.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2102;DP=5795;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.4636;InbreedingCoeff=0.0838;MQ=66.33;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.7524;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YRDC:ENSG00000196449.3:-:deletionFS:1/1:YRDC-001:ENST00000373044.2:840_725
chr1	38397630	.	T	TA	372.92	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00169;AN=1770;DP=3390;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.5482;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=68.39;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.1123;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INPP5B:ENSG00000204084.6:-:insertionFS:5/7:INPP5B-201:ENST00000373023.2:2982_487:INPP5B-001:ENST00000373024.3:2742_487:INPP5B-003:ENST00000373026.1:2982_487:INPP5B-202:ENST00000373029.2:2487_487:INPP5B-004:ENST00000373021.1:960_487
chr1	39311719	.	A	AG	7.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1856;BaseQRankSum=-0.093;DP=4670;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.9060;InbreedingCoeff=0.0165;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=1.208;ReadPosRankSum=0.580;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRAGC:ENSG00000116954.7:-:insertionFS:1/1:RRAGC-001:ENST00000373001.3:1200_940
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chr1	39340858	.	CA	C	7.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1912;DP=5232;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.9874;InbreedingCoeff=-0.0084;MQ=58.75;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.8683;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJA9:ENSG00000131233.8:-:deletionFS:3/3:GJA9-202:ENST00000454994.2:1545_913:GJA9-201:ENST00000357771.3:1548_913:GJA9-001:ENST00000360786.3:1548_913
chr1	39341401	.	C	CA	247.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=-3.767;DP=5963;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=16.1297;InbreedingCoeff=0.1188;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=2.240;ReadPosRankSum=-2.092;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.1687;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJA9:ENSG00000131233.8:-:insertionFS:3/3:GJA9-202:ENST00000454994.2:1545_370:GJA9-201:ENST00000357771.3:1548_370:GJA9-001:ENST00000360786.3:1548_370
chr1	39352250	.	T	TC	11.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1984;BaseQRankSum=0.111;DP=5439;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.5134;InbreedingCoeff=0.0231;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.356;ReadPosRankSum=-0.245;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7273;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RHBDL2:ENSG00000158315.6:-:insertionFS:4/5:RHBDL2-202:ENST00000372985.3:1152_1078:RHBDL2-203:ENST00000538156.1:1113_1039:RHBDL2-201:ENST00000289248.2:912_838:RHBDL2-001:ENST00000372990.1:912_838
chr1	39352264	.	T	TC	12.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1994;BaseQRankSum=-2.448;DP=5468;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=20.4472;InbreedingCoeff=0.0391;MQ=59.20;MQ0=0;SB=0.54;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RHBDL2:ENSG00000158315.6:-:insertionFS:4/5:RHBDL2-202:ENST00000372985.3:1152_1064:RHBDL2-203:ENST00000538156.1:1113_1025:RHBDL2-201:ENST00000289248.2:912_824:RHBDL2-001:ENST00000372990.1:912_824
chr1	39763351	.	A	AC	14.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2026;BaseQRankSum=2.477;DP=5071;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.4868;InbreedingCoeff=0.1458;MQ=61.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.673;ReadPosRankSum=-0.399;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.7432;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:insertionFS:8/14:MACF1-201:ENST00000317713.7:16293_2430:MACF1-001:ENST00000361689.2:16293_2430:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_2430:MACF1-205:ENST00000539005.1:15903_2430:MACF1-207:ENST00000545844.1:16293_2430:MACF1-030:ENST00000524432.1:4125_2304:MACF1-029:ENST00000530262.1:6086_2877:MACF1-202:ENST00000372900.2:3189_2910
chr1	39768612	.	AT	A	40.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;BaseQRankSum=3.227;DP=5441;DS;HR=5;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.5622;InbreedingCoeff=0.0692;MQ=63.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.840;ReadPosRankSum=-2.199;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=4.8317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:deletionFS:7/14:MACF1-201:ENST00000317713.7:16293_2666:MACF1-001:ENST00000361689.2:16293_2666:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_2666:MACF1-205:ENST00000539005.1:15903_2666:MACF1-207:ENST00000545844.1:16293_2666:MACF1-030:ENST00000524432.1:4125_2540:MACF1-029:ENST00000530262.1:6086_3113
chr1	39768616	.	TG	T	24.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;BaseQRankSum=3.433;DP=5521;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.6786;InbreedingCoeff=0.0733;MQ=63.72;MQ0=0;MQRankSum=-2.103;ReadPosRankSum=-1.998;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=5.3115;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:deletionFS:7/14:MACF1-201:ENST00000317713.7:16293_2670:MACF1-001:ENST00000361689.2:16293_2670:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_2670:MACF1-205:ENST00000539005.1:15903_2670:MACF1-207:ENST00000545844.1:16293_2670:MACF1-030:ENST00000524432.1:4125_2544:MACF1-029:ENST00000530262.1:6086_3117
chr1	39788323	.	CG	C	6.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;DP=4852;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.6507;InbreedingCoeff=0.0685;MQ=65.94;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=5.3899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:deletionFS:7/14:MACF1-201:ENST00000317713.7:16293_4088:MACF1-001:ENST00000361689.2:16293_4088:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_4088:MACF1-205:ENST00000539005.1:15903_4088:MACF1-207:ENST00000545844.1:16293_4088:MACF1-030:ENST00000524432.1:4125_3962:MACF1-029:ENST00000530262.1:6086_4535
chr1	39798401	.	G	GA	11.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1980;BaseQRankSum=2.485;DP=5348;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.5658;InbreedingCoeff=0.0760;MQ=60.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.480;ReadPosRankSum=2.321;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5806;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:insertionFS:2/14:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_6156:MACF1-005:ENST00000289893.4:17817_1461
chr1	39798630	.	G	GA	6.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;DP=5303;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=15.2691;InbreedingCoeff=0.1279;MQ=59.53;MQ0=0;SB=-30.84;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.9794;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MACF1:ENSG00000127603.15:+:insertionFS:2/14:MACF1-028:ENST00000372915.3:22167_6385:MACF1-005:ENST00000289893.4:17817_1690
chr1	40228259	.	G	GC	254.22	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00341;AN=2052;BaseQRankSum=6.420;DP=5399;DS;FS=6.138;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.7284;InbreedingCoeff=0.0337;MQ=57.29;MQ0=1;MQRankSum=-2.262;QD=6.36;ReadPosRankSum=2.654;SB=-182.89;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.0270;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPIE:ENSG00000084072.12:+:insertionFS:1/4:PPIE-003:ENST00000372830.1:945_908
chr1	40228263	.	G	GA	366.21	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.00392;AN=2042;BaseQRankSum=6.372;DP=5392;DS;FS=9.208;HR=5;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=15.9753;InbreedingCoeff=0.0763;MQ=56.92;MQ0=5;MQRankSum=-3.490;QD=7.32;ReadPosRankSum=-0.007;SB=-234.30;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.2282;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPIE:ENSG00000084072.12:+:insertionFS:1/4:PPIE-003:ENST00000372830.1:945_912
chr1	40236166	.	GA	G	236.82	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.01613;AN=1860;BaseQRankSum=4.313;DP=3561;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=10.2858;InbreedingCoeff=0.1111;MQ=41.98;MQ0=18;MQRankSum=-5.336;QD=3.95;ReadPosRankSum=-2.186;SB=-133.46;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=7.6072;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OXCT2:ENSG00000198754.4:-:deletionFS:2/2:OXCT2-001:ENST00000327582.5:1554_762:OXCT2-201:ENST00000542949.1:798_761
chr1	40432283	.	A	AC	11.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;BaseQRankSum=1.609;DP=5401;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.5651;InbreedingCoeff=0.0013;MQ=56.91;MQ0=1;MQRankSum=0.746;ReadPosRankSum=1.210;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8634;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFSD2A:ENSG00000168389.13:+:insertionFS:3/3:MFSD2A-002:ENST00000372809.5:1632_764:MFSD2A-001:ENST00000372811.5:1593_725:MFSD2A-201:ENST00000420632.2:1125_257
chr1	40702565	.	G	GA	5.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;DP=6017;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=20.7134;InbreedingCoeff=0.0826;MQ=57.57;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.6324;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RLF:ENSG00000117000.6:+:insertionFS:2/2:RLF-001:ENST00000372771.4:5745_2191:RLF-201:ENST00000535839.1:4824_1270
chr1	40737593	.	A	AC	20.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;DP=4420;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.4046;InbreedingCoeff=0.0185;MQ=58.00;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.9923;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMPSTE24:ENSG00000084073.4:+:insertionFS:1/1:ZMPSTE24-001:ENST00000372759.3:1428_655
chr1	40756542	.	GT	G,GTT	79.30	PASS	AA=.;AC=24,42;AF=0.01173,0.02053;AN=2046;BaseQRankSum=2.029;DP=4795;DS;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=11.0691;InbreedingCoeff=0.1672;MQ=76.23;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=0.35;ReadPosRankSum=-0.496;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5903;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZMPSTE24:ENSG00000084073.4:+:deletionFS:1/1:ZMPSTE24-001:ENST00000372759.3:1428_1076,2:ZMPSTE24:ENSG00000084073.4:+:insertionFS:1/1:ZMPSTE24-001:ENST00000372759.3:1428_1076
chr1	40919905	.	AGG	A	20.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2048;DP=4610;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.6931;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=61.56;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.7150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF643:ENSG00000187801.9:+:deletionFS:1/4:ZNF643-001:ENST00000411995.2:1605_158
chr1	40928401	.	A	AG	8.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=-0.143;DP=5498;DS;HR=5;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.4008;InbreedingCoeff=0.0495;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;ReadPosRankSum=-0.049;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.7831;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF643:ENSG00000187801.9:+:insertionFS:3/4:ZNF643-001:ENST00000411995.2:1605_745:ZNF643-201:ENST00000361584.3:1299_439:ZNF643-202:ENST00000431552.2:1398_538
chr1	40980308	rs58904273	T	TA	295.92	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1916;DB;DP=4710;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.2065;InbreedingCoeff=0.0546;MQ=58.49;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.8352;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DEM1:ENSG00000164002.7:+:insertionFS:3/3:DEM1-001:ENST00000296380.4:1122_92:DEM1-003:ENST00000358527.2:1122_92:DEM1-002:ENST00000372703.1:1122_92
chr1	40981007	.	CTG	C	4482.20	PASS	AA=0;AC=61;AF=0.03020;AN=2020;BaseQRankSum=11.365;DP=5176;DS;FS=8.317;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.5167;InbreedingCoeff=0.0943;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=2.742;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.648;SB=-2108.91;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.7953;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DEM1:ENSG00000164002.7:+:deletionFS:3/3:DEM1-001:ENST00000296380.4:1122_791:DEM1-003:ENST00000358527.2:1122_791:DEM1-002:ENST00000372703.1:1122_791
chr1	40981245	.	C	CG	1367.47	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.01008;AN=1884;BaseQRankSum=3.940;DP=5089;DS;FS=0.577;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.2729;InbreedingCoeff=0.0971;MQ=66.80;MQ0=1;MQRankSum=3.611;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-629.87;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.4225;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DEM1:ENSG00000164002.7:+:insertionFS:3/3:DEM1-001:ENST00000296380.4:1122_1029:DEM1-003:ENST00000358527.2:1122_1029:DEM1-002:ENST00000372703.1:1122_1029
chr1	41012242	.	TACC	T	76.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2086;DP=5294;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.3464;InbreedingCoeff=0.0499;MQ=79.02;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.2106;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF684:ENSG00000117010.11:+:deletionNFS:1/3:ZNF684-001:ENST00000372699.3:1137_247_83_YP->S
chr1	41012568	.	CTG	C	50.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2134;DP=6262;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.7436;InbreedingCoeff=0.0809;MQ=78.53;MQ0=1;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.0592;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF684:ENSG00000117010.11:+:deletionFS:1/3:ZNF684-001:ENST00000372699.3:1137_573
chr1	41228567	.	CTG	C	9.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2058;DP=5523;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.3415;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=65.28;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.7216;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NFYC:ENSG00000066136.13:+:deletionFS:11/12:NFYC-202:ENST00000372658.5:606_263:NFYC-201:ENST00000372655.2:702_263:NFYC-007:ENST00000308733.5:1377_569:NFYC-006:ENST00000372651.1:1008_569:NFYC-004:ENST00000372652.1:1320_569:NFYC-005:ENST00000372654.1:1008_569:NFYC-015:ENST00000425457.2:1065_569:NFYC-002:ENST00000427410.2:894_455:NFYC-011:ENST00000440226.2:1008_569:NFYC-001:ENST00000447388.3:1008_569:NFYC-017:ENST00000456393.2:1005_569
chr1	41481863	.	ATCT	A	186.12	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00402;AN=1740;DP=3936;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.4578;InbreedingCoeff=0.0022;MQ=56.96;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CTCTT;VQSLOD=6.6848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLFNL1:ENSG00000171790.11:-:deletionNFS:6/6:SLFNL1-001:ENST00000302946.8:1224_1139_380_MK->K:SLFNL1-003:ENST00000359345.1:1224_1139_380_MK->K:SLFNL1-002:ENST00000372611.1:1047_962_321_MK->K:SLFNL1-004:ENST00000372613.2:1080_995_332_MK->K:SLFNL1-201:ENST00000397197.2:1080_995_332_MK->K:SLFNL1-202:ENST00000439569.2:1224_1139_380_MK->K
chr1	41483805	.	GTCC	G	110.77	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00226;AN=1768;BaseQRankSum=2.505;DP=4005;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.4239;InbreedingCoeff=0.1041;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.535;ReadPosRankSum=0.599;SZ=.;TR=19;TU=CCT;VQSLOD=6.9471;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLFNL1:ENSG00000171790.11:-:deletionNFS:5/6:SLFNL1-001:ENST00000302946.8:1224_459_153_DS->S:SLFNL1-003:ENST00000359345.1:1224_459_153_DS->S:SLFNL1-004:ENST00000372613.2:1080_459_153_DS->S:SLFNL1-201:ENST00000397197.2:1080_459_153_DS->S:SLFNL1-202:ENST00000439569.2:1224_459_153_DS->S
chr1	41514507	.	C	CT	13.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;BaseQRankSum=-1.157;DP=4532;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.2132;InbreedingCoeff=0.0549;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.088;ReadPosRankSum=0.438;SZ=1;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=6.2105;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCMH1:ENSG00000010803.12:-:insertionFS:11/11:SCMH1-003:ENST00000337495.5:1947_1161:SCMH1-202:ENST00000361705.3:1776_990:SCMH1-001:ENST00000372597.1:1776_990:SCMH1-206:ENST00000456518.2:1443_657:SCMH1-005:ENST00000326197.7:1983_1131:SCMH1-205:ENST00000402904.2:1983_1131:SCMH1-204:ENST00000397174.2:1857_1071:SCMH1-201:ENST00000361191.5:1734_948:SCMH1-004:ENST00000372595.1:1800_948:SCMH1-002:ENST00000372596.1:1734_948:SCMH1-203:ENST00000397171.2:1734_948
chr1	42046105	.	GCCT	G	316.12	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1922;BaseQRankSum=4.418;DP=5673;DS;FS=1.232;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.9527;InbreedingCoeff=0.1282;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.695;QD=24.19;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-168.80;SZ=-3;TR=12;TU=CCT;VQSLOD=8.1293;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HIVEP3:ENSG00000127124.9:-:deletionNFS:4/4:HIVEP3-001:ENST00000247584.5:7221_4364_1455_AS->S:HIVEP3-002:ENST00000372583.1:7221_4364_1455_AS->S:HIVEP3-201:ENST00000372584.1:7218_4364_1455_AS->S:HIVEP3-202:ENST00000429157.2:7218_4364_1455_AS->S
chr1	42629125	.	GTTC	G	188.05	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00099;AN=2024;DP=4441;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.7238;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=71.68;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.1870;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GUCA2A:ENSG00000197273.3:-:deletionNFS:1/1:GUCA2A-001:ENST00000357001.2:348_232_78_LK->K
chr1	42660725	.	TG	T	5.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;DP=4543;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.1115;InbreedingCoeff=0.0382;MQ=58.95;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1579;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FOXJ3:ENSG00000198815.4:-:deletionFS:5/6:FOXJ3-001:ENST00000361346.1:1869_770:FOXJ3-201:ENST00000361776.1:1767_668:FOXJ3-002:ENST00000372572.1:1869_770:FOXJ3-202:ENST00000372573.1:1869_770:FOXJ3-203:ENST00000545068.1:1869_770
chr1	42865111	.	C	CG	13.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=1.201;DP=5240;DS;HR=3;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.1058;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=57.79;MQ0=0;MQRankSum=1.018;ReadPosRankSum=0.882;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.2246;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIMKLA:ENSG00000177181.9:+:insertionFS:1/1:RIMKLA-001:ENST00000431473.2:1176_200
chr1	43002199	.	AAG	A	402.86	PASS	AA=0;AC=87;AF=0.04179;AN=2082;BaseQRankSum=9.658;DP=5062;DS;FS=6.133;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.2517;InbreedingCoeff=0.0391;MQ=76.02;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=1.75;ReadPosRankSum=-0.668;SB=-379.02;SZ=-2;TR=17;TU=AG;VQSLOD=7.1012;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC30:ENSG00000186409.9:+:deletionFS:3/5:CCDC30-201:ENST00000340612.3:2352_44:CCDC30-001:ENST00000342022.4:2352_44:CCDC30-203:ENST00000428554.2:2352_44
chr1	43239278	.	CAT	C	33.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;DP=4922;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.7986;InbreedingCoeff=0.0520;MQ=64.02;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.1604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf50:ENSG00000164008.7:+:deletionFS:1/2:C1orf50-001:ENST00000372525.4:600_240
chr1	43263770	.	TG	T	264.76	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00258;AN=1936;BaseQRankSum=3.518;DP=5261;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.9836;InbreedingCoeff=0.0585;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.732;ReadPosRankSum=0.977;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.1012;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf50:ENSG00000164008.7:+:deletionFS:1/2:C1orf50-201:ENST00000536543.1:687_582
chr1	43316696	.	TG	T	11.66	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1920;DP=5210;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.8433;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=58.82;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9509;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF691:ENSG00000164011.12:+:deletionFS:7/7:ZNF691-003:ENST00000372503.1:939_160:ZNF691-202:ENST00000397044.3:948_160:ZNF691-201:ENST00000372502.1:921_133:ZNF691-005:ENST00000372504.1:921_133:ZNF691-004:ENST00000372506.1:855_67:ZNF691-002:ENST00000372507.1:855_67:ZNF691-001:ENST00000372508.3:855_67
chr1	43396211	.	ACT	A	461.80	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.00318;AN=1888;BaseQRankSum=3.934;DP=4313;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.1744;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=62.85;MQ0=0;MQRankSum=1.765;QD=15.92;ReadPosRankSum=0.676;SB=-285.02;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.8115;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC2A1:ENSG00000117394.12:-:deletionFS:1/4:SLC2A1-003:ENST00000372500.3:705_602
chr1	43621934	.	ACT	A	485.07	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.00281;AN=2136;DP=6246;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.9839;InbreedingCoeff=0.0843;MQ=62.24;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.1551;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM183A:ENSG00000186973.5:+:deletionFS:5/5:FAM183A-003:ENST00000410048.1:321_271:FAM183A-201:ENST00000335282.3:405_355:FAM183A-001:ENST00000409706.1:405_355:FAM183A-002:ENST00000410025.1:249_199:FAM183A-006:ENST00000409337.1:135_85
chr1	43675672	.	TTCTC	T	265.54	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00095;AN=2110;DP=5782;DS;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.0202;InbreedingCoeff=0.0588;MQ=71.84;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=CT;VQSLOD=6.8941;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR65:ENSG00000243710.3:+:deletionFS:1/2:WDR65-001:ENST00000528956.1:2097_2014
chr1	43685059	.	G	GTTA	372.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2102;DP=5977;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.2787;InbreedingCoeff=0.0778;MQ=69.29;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.1342;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR65:ENSG00000243710.3:+:insertionNFS:1/2:WDR65-002:ENST00000372492.4:3753_2098_700_V->VI
chr1	43688508	.	T	TCAC	283.99	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00153;AN=1966;BaseQRankSum=-4.231;DP=5077;DS;FS=3.819;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.0368;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=62.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.878;QD=25.42;ReadPosRankSum=-0.629;SB=-67.52;SZ=3;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.8658;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR65:ENSG00000243710.3:+:insertionNFS:1/2:WDR65-002:ENST00000372492.4:3753_2546_849_V->VT
chr1	43825007	.	TCA	T	11.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00061;AN=1630;BaseQRankSum=2.585;DP=2580;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.2565;InbreedingCoeff=0.0682;MQ=61.13;MQ0=42;MQRankSum=-0.641;ReadPosRankSum=-0.994;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6351;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDC20:ENSG00000117399.8:+:deletionFS:3/3:CDC20-001:ENST00000310955.6:1500_121:CDC20-002:ENST00000372462.1:1500_121:CDC20-201:ENST00000437896.2:1428_121
chr1	43850142	.	A	AT	74.20	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00687;AN=1892;BaseQRankSum=-4.938;DP=4759;DS;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=12.4498;InbreedingCoeff=0.1387;MQ=71.92;MQ0=0;MQRankSum=0.614;ReadPosRankSum=-0.888;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.8208;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MED8:ENSG00000159479.12:-:insertionFS:1/3:MED8-002:ENST00000290663.6:906_885
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chr1	44685149	.	G	GGTAC	137.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1796;BaseQRankSum=-1.916;DP=5346;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.7496;InbreedingCoeff=0.0464;MQ=57.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.321;ReadPosRankSum=-0.731;SZ=4;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.7911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMAP1:ENSG00000178028.8:+:spliceOverlap:3/4:DMAP1-002:ENST00000315913.5:1404:DMAP1-001:ENST00000361745.6:1404:DMAP1-003:ENST00000372289.2:1404
chr1	45271217	.	T	TGAA	47.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=-0.142;DP=4832;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.7139;InbreedingCoeff=0.1349;MQ=68.17;MQ0=0;MQRankSum=0.790;ReadPosRankSum=-2.433;SZ=3;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.9550;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLK3:ENSG00000173846.7:+:insertionNFS:2/2:PLK3-201:ENST00000543983.1:1866_1733_578_V->VK:PLK3-001:ENST00000372201.4:1941_1808_603_V->VK
chr1	45275939	.	CTTG	C	107.27	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00111;AN=1796;DP=4370;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.2347;InbreedingCoeff=0.1133;MQ=57.79;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.1949;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BTBD19:ENSG00000222009.4:+:deletionNFS:3/3:BTBD19-008:ENST00000409335.2:762_141_47_CL->C:BTBD19-201:ENST00000450269.1:876_141_47_CL->C:BTBD19-202:ENST00000453418.1:489_141_47_CL->C
chr1	45295115	rs56126236	CAG	C	159.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1784;DB;DP=4798;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.7145;InbreedingCoeff=-0.0127;MQ=56.70;MQ0=1;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=8.3709;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTCH2:ENSG00000117425.9:-:deletionFS:2/2:PTCH2-201:ENST00000447098.2:3441_1174:PTCH2-001:ENST00000372192.3:3612_1174
chr1	45407181	.	C	CT	43.47	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00198;AN=2022;BaseQRankSum=-0.988;DP=5688;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=12.9739;InbreedingCoeff=0.1042;MQ=69.97;MQ0=1;MQRankSum=1.492;ReadPosRankSum=-0.790;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.6279;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF2B3:ENSG00000070785.12:-:insertionFS:2/2:EIF2B3-001:ENST00000360403.2:1359_451:EIF2B3-002:ENST00000372183.3:1239_451
chr1	45923450	.	C	CG	17.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2038;BaseQRankSum=-1.023;DP=5343;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.9574;InbreedingCoeff=-0.0130;MQ=62.21;MQ0=2;MQRankSum=1.680;ReadPosRankSum=1.478;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1715;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TESK2:ENSG00000070759.11:-:insertionFS:5/6:TESK2-201:ENST00000341771.6:1629_8:TESK2-202:ENST00000372083.4:1668_8:TESK2-002:ENST00000372084.1:1629_8:TESK2-001:ENST00000372086.3:1716_8:TESK2-203:ENST00000451835.2:381_8
chr1	45973216	.	T	TA	264.07	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00198;AN=2018;DP=5590;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.0698;InbreedingCoeff=0.0357;MQ=68.93;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.0705;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMACHC:ENSG00000132763.9:+:insertionFS:1/1:MMACHC-001:ENST00000401061.4:849_270
chr1	46032295	.	GC	G	89.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1842;DP=5356;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.8291;InbreedingCoeff=0.0616;MQ=62.54;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=6.9044;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKR1A1:ENSG00000117448.9:+:deletionFS:2/2:AKR1A1-002:ENST00000351829.4:978_139:AKR1A1-001:ENST00000372070.3:978_139
chr1	46073832	.	A	AG	12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00046;AN=2158;BaseQRankSum=-2.448;DP=6959;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.0463;InbreedingCoeff=0.0098;MQ=53.34;MQ0=35;MQRankSum=0.761;ReadPosRankSum=1.511;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4853;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NASP:ENSG00000132780.11:+:insertionFS:4/6:NASP-001:ENST00000350030.3:2367_1249:NASP-203:ENST00000537798.1:2175_1057:NASP-202:ENST00000402363.3:2373_1255:NASP-201:ENST00000341288.5:2067_949
chr1	46096265	.	CTGT	C	290.75	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00154;AN=1954;DP=5855;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.2832;InbreedingCoeff=0.1294;MQ=59.42;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.9616;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPBP1L1:ENSG00000159592.6:-:deletionNFS:2/2:GPBP1L1-001:ENST00000290795.3:1425_1058_353_ST->T:GPBP1L1-201:ENST00000355105.3:1425_1058_353_ST->T
chr1	46159242	.	CT	C	24.75	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00093;AN=2142;BaseQRankSum=3.278;DP=6220;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.6550;InbreedingCoeff=-0.0402;MQ=59.32;MQ0=2;MQRankSum=-4.553;ReadPosRankSum=-1.342;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM69:ENSG00000159596.6:+:deletionFS:1/1:TMEM69-001:ENST00000372025.4:744_409
chr1	46739329	.	TG	T	8.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2000;BaseQRankSum=1.605;DP=4821;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.6820;InbreedingCoeff=0.0508;MQ=63.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;ReadPosRankSum=-0.675;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7293;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAD54L:ENSG00000085999.6:+:deletionFS:3/3:RAD54L-001:ENST00000371975.4:2244_1520:RAD54L-201:ENST00000442598.1:2244_1520:RAD54L-202:ENST00000535499.1:1704_980
chr1	46739369	.	GA	G	100.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2028;BaseQRankSum=2.647;DP=5482;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.0581;InbreedingCoeff=0.0898;MQ=70.96;MQ0=0;MQRankSum=1.504;ReadPosRankSum=0.663;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.5685;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAD54L:ENSG00000085999.6:+:deletionFS:3/3:RAD54L-001:ENST00000371975.4:2244_1560:RAD54L-201:ENST00000442598.1:2244_1560:RAD54L-202:ENST00000535499.1:1704_1020
chr1	46751418	.	T	TAGA	366.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1890;BaseQRankSum=-2.051;DP=4083;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.6224;InbreedingCoeff=0.1285;MQ=72.58;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;ReadPosRankSum=-2.120;SZ=3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=8.0160;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LRRC41:ENSG00000132128.11:-:insertionNFS:3/3:LRRC41-001:ENST00000343304.6:2439_1111_371_T->ST:LRRC41-201:ENST00000254454.6:651_597_199_L->LL:LRRC41-202:ENST00000371972.5:2088_1045_349_T->ST
chr1	46808689	.	ACTT	A	70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2010;DP=4534;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.0976;InbreedingCoeff=0.0275;MQ=69.21;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.6146;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL122001.2:ENSG00000255901.1:+:deletionNFS:1/1:AL122001.2-201:ENST00000545070.1:1959_1174_392_TS->T
chr1	46808856	.	A	AG	795.20	PASS	AA=0;AC=131;AF=0.09493;AN=1380;BaseQRankSum=15.363;DP=2525;FS=8.800;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.7837;InbreedingCoeff=0.1131;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.050;QD=2.63;ReadPosRankSum=1.293;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL122001.2:ENSG00000255901.1:+:insertionFS:1/1:AL122001.2-201:ENST00000545070.1:1959_1341
chr1	46808858	rs76976909	G	GC	9606.73	PASS	AA=0;AC=255;AF=0.14774;AN=1726;BaseQRankSum=-12.309;DB;DP=3197;DS;FS=0.503;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=11.0832;InbreedingCoeff=0.2078;MQ=60.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.080;QD=19.61;ReadPosRankSum=-2.530;SB=-4427.16;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=7.5665;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL122001.2:ENSG00000255901.1:+:insertionFS:1/1:AL122001.2-201:ENST00000545070.1:1959_1343
chr1	46809252	.	T	TC	11.23	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00048;AN=2088;BaseQRankSum=-2.448;DP=5437;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.1673;InbreedingCoeff=0.0673;MQ=67.32;MQ0=0;MQRankSum=0.164;ReadPosRankSum=1.332;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.5722;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL122001.2:ENSG00000255901.1:+:insertionFS:1/1:AL122001.2-201:ENST00000545070.1:1959_1737
chr1	46871375	.	CT	C	63.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00063;AN=1598;BaseQRankSum=2.619;DP=2651;DS;HR=6;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.7313;InbreedingCoeff=0.0954;MQ=55.97;MQ0=0;MQRankSum=0.917;ReadPosRankSum=-0.637;SZ=-1;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.4324;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAAH:ENSG00000117480.10:+:deletionFS:1/2:FAAH-001:ENST00000243167.8:1740_694
chr1	46876561	.	GCC	G	757.80	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.00559;AN=1790;DP=3855;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.4639;InbreedingCoeff=0.1247;MQ=57.22;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=CCTG;VQSLOD=8.5061;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAAH:ENSG00000117480.10:+:deletionFS:1/2:FAAH-201:ENST00000396325.4:453_450
chr1	47048942	.	GCTT	G	132.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1966;BaseQRankSum=2.251;DP=4268;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.3615;InbreedingCoeff=-0.0140;MQ=72.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.857;ReadPosRankSum=0.666;SB=-80.00;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=6.7169;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MKNK1:ENSG00000079277.13:-:deletionNFS:7/8:MKNK1-004:ENST00000371945.4:1275_94_32_RR->R:MKNK1-001:ENST00000371946.4:1398_94_32_RR->R:MKNK1-202:ENST00000396306.2:801_76_26_RR->R:MKNK1-016:ENST00000341183.5:1044_94_32_RR->R:MKNK1-203:ENST00000428112.2:1044_94_32_RR->R:MKNK1-204:ENST00000545730.1:402_94_32_RR->R:MKNK1-010:ENST00000465783.1:276_94_32_RR->R
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chr1	47403744	.	A	AG	8.36	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00093;AN=2146;DP=6403;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.6207;InbreedingCoeff=0.0303;MQ=57.98;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2146;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP4A11:ENSG00000187048.8:-:insertionFS:3/4:CYP4A11-001:ENST00000310638.4:1560_261:CYP4A11-201:ENST00000371904.4:1563_261:CYP4A11-002:ENST00000371905.1:1368_261
chr1	47501577	.	A	AG	7.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;DP=5629;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=17.1632;InbreedingCoeff=0.0430;MQ=57.47;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.0170;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP4X1:ENSG00000186377.6:+:insertionFS:2/2:CYP4X1-201:ENST00000538609.1:1527_589:CYP4X1-001:ENST00000371901.3:1530_592
chr1	47610097	.	AG	A	189.64	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00095;AN=2112;BaseQRankSum=2.550;DP=5874;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.1319;InbreedingCoeff=0.0604;MQ=48.14;MQ0=39;MQRankSum=0.240;ReadPosRankSum=0.115;SZ=-1;TR=12;TU=AAGAGG;VQSLOD=7.5180;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP4A22:ENSG00000162365.7:+:deletionFS:3/3:CYP4A22-003:ENST00000371890.3:1266_704:CYP4A22-001:ENST00000371891.3:1560_859:CYP4A22-002:ENST00000294337.3:1368_859
chr1	47610223	.	TG	T	1156.95	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.01422;AN=2110;BaseQRankSum=6.639;DP=7324;DS;FS=1.663;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.2926;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=33.45;MQ0=377;MQRankSum=2.977;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.936;SB=-648.71;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.6318;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP4A22:ENSG00000162365.7:+:deletionFS:2/3:CYP4A22-001:ENST00000371891.3:1560_899:CYP4A22-002:ENST00000294337.3:1368_899
chr1	47746266	.	C	CT	7.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1916;BaseQRankSum=0.475;DP=6215;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=18.7675;InbreedingCoeff=0.0637;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.610;ReadPosRankSum=1.368;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STIL:ENSG00000123473.10:-:insertionFS:5/6:STIL-201:ENST00000243182.6:3864_1864:STIL-202:ENST00000337817.5:3864_1864:STIL-001:ENST00000360380.3:3864_1864:STIL-004:ENST00000371877.3:3867_1864:STIL-008:ENST00000396221.2:3813_1864
chr1	47770587	.	G	GA	5.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1852;BaseQRankSum=2.052;DP=4586;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=14.0566;InbreedingCoeff=0.0310;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=1.262;ReadPosRankSum=1.356;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1420;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STIL:ENSG00000123473.10:-:insertionFS:5/6:STIL-201:ENST00000243182.6:3864_126:STIL-202:ENST00000337817.5:3864_126:STIL-001:ENST00000360380.3:3864_126:STIL-004:ENST00000371877.3:3867_126:STIL-008:ENST00000396221.2:3813_126
chr1	47904668	rs3046924	T	TCCGCAC	11318.19	PASS	AA=.;AC=278;AF=0.9929;AN=280;BaseQRankSum=-1.225;DB;DP=363;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.6708;InbreedingCoeff=0.3119;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.972;QD=27.40;ReadPosRankSum=1.141;SB=-4595.67;SZ=.;TR=18;TU=ACCCGC;VQSLOD=8.8745;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FOXD2:ENSG00000186564.5:+:insertionNFS:1/1:FOXD2-001:ENST00000334793.5:1488_861_287_H->HPH
chr1	47904673	.	A	ACCCGCC	7241.62	PASS	AA=.;AC=261;AF=0.4130;AN=632;BaseQRankSum=3.865;DP=754;FS=14.048;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.0372;InbreedingCoeff=0.0850;MQ=52.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.272;QD=30.43;ReadPosRankSum=7.556;SZ=.;TR=18;TU=ACCCGC;VQSLOD=4.9755;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FOXD2:ENSG00000186564.5:+:insertionNFS:1/1:FOXD2-001:ENST00000334793.5:1488_866_289_H->HPP
chr1	48705003	.	TG	T	67.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=2.898;DP=4383;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=11.5703;InbreedingCoeff=0.0447;MQ=65.82;MQ0=0;MQRankSum=0.131;ReadPosRankSum=-0.407;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.1057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC5A9:ENSG00000117834.8:+:deletionFS:3/4:SLC5A9-001:ENST00000236495.5:2121_1546:SLC5A9-004:ENST00000438567.2:2046_1471:SLC5A9-007:ENST00000533824.1:2109_1534
chr1	48821388	.	AC	A	4.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2006;BaseQRankSum=1.845;DP=4689;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=8.7918;InbreedingCoeff=0.0909;MQ=83.11;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=1.34;ReadPosRankSum=1.167;SB=-31.96;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.9600;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPATA6:ENSG00000132122.6:-:deletionFS:2/3:SPATA6-001:ENST00000371847.3:1467_1148:SPATA6-201:ENST00000396199.3:1251_932
chr1	49201966	.	C	CT	59.75	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.00983;AN=1932;BaseQRankSum=-3.663;DP=5348;DS;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=16.2638;InbreedingCoeff=0.1079;MQ=65.01;MQ0=0;MQRankSum=2.323;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.033;SB=-159.95;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.9131;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BEND5:ENSG00000162373.7:-:insertionFS:2/2:BEND5-001:ENST00000371833.3:1266_1053:BEND5-201:ENST00000294347.3:402_189
chr1	51049377	.	G	GC	24.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1998;BaseQRankSum=-0.012;DP=4297;DS;HR=4;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.8967;InbreedingCoeff=-0.0424;MQ=64.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.260;ReadPosRankSum=-0.087;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.8358;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAF1:ENSG00000185104.13:-:insertionFS:3/5:FAF1-201:ENST00000371778.4:1953_978:FAF1-001:ENST00000396153.2:1953_978:FAF1-203:ENST00000545823.1:1227_252
chr1	51767912	.	GC	G,GCC,GCCCCC	274.73	PASS	AA=.;AC=86,81,117;AF=0.07038,0.06628,0.09574;AN=1222;BaseQRankSum=-1.440;DP=1737;FS=124.227;HR=10;HU=C;HaplotypeScore=15.1141;InbreedingCoeff=0.5720;MQ=68.90;MQ0=0;MQRankSum=2.989;QD=0.41;ReadPosRankSum=-3.056;SB=-103.54;SZ=.;TR=10;TU=C;VQSLOD=4.7561;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTC39A:ENSG00000085831.11:-:deletionFS:1/8:TTC39A-002:ENST00000262676.5:1263_1104,2:TTC39A:ENSG00000085831.11:-:insertionFS:1/8:TTC39A-002:ENST00000262676.5:1263_1104,3:TTC39A:ENSG00000085831.11:-:insertionFS:1/8:TTC39A-002:ENST00000262676.5:1263_1104
chr1	51864783	.	A	AG	20.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1974;DP=5548;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.8421;InbreedingCoeff=0.0807;MQ=59.98;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.8678;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPS15:ENSG00000085832.12:-:insertionFS:3/4:EPS15-002:ENST00000371730.2:2289_1571:EPS15-001:ENST00000371733.3:2691_1973:EPS15-201:ENST00000396122.4:1722_1004
chr1	52135453	.	GGCT	G	17.58	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00288;AN=2082;BaseQRankSum=3.530;DP=5948;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.3907;InbreedingCoeff=0.1066;MQ=78.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.534;ReadPosRankSum=0.684;SZ=-3;TR=16;TU=CTG;VQSLOD=6.7276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OSBPL9:ENSG00000117859.14:+:deletionNFS:1/12:OSBPL9-204:ENST00000530544.1:1968_4_2_GC->G
chr1	52255035	rs3830865	CAAG	C	197.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;DB;DP=5500;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.2489;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=57.70;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=8.1196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NRD1:ENSG00000078618.13:-:deletionNFS:5/6:NRD1-001:ENST00000352171.7:3456_3329_1110_CE->E:NRD1-002:ENST00000354831.7:3660_3533_1178_CE->E:NRD1-202:ENST00000539524.1:3264_3137_1046_CE->E:NRD1-201:ENST00000371665.2:1662_1535_512_CE->E:NRD1-204:ENST00000546169.1:3447_3329_1110_CE->E
chr1	52306063	rs35723519	ATCT	A	59516.91	PASS	AA=0;AC=1242;AF=0.60467;AN=2054;BaseQRankSum=25.360;DB;DP=5470;DS;FS=12.468;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.4892;InbreedingCoeff=0.2166;MQ=63.18;MQ0=0;MQRankSum=5.368;QD=26.65;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-29135.96;SZ=-3;TR=14;TU=CTT;VQSLOD=8.3317;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NRD1:ENSG00000078618.13:-:deletionNFS:5/6:NRD1-001:ENST00000352171.7:3456_465_155_DD->D:NRD1-002:ENST00000354831.7:3660_465_155_DD->D:NRD1-202:ENST00000539524.1:3264_69_23_DD->D:NRD1-204:ENST00000546169.1:3447_465_155_DD->D:NRD1-203:ENST00000544028.1:2244_69_23_DD->D
chr1	52549013	.	T	TG	36.24	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00141;AN=2124;DP=5504;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.0501;InbreedingCoeff=0.0276;MQ=60.15;MQ0=30;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9687;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BTF3L4:ENSG00000134717.13:+:insertionFS:2/4:BTF3L4-001:ENST00000313334.8:477_170:BTF3L4-006:ENST00000484036.1:438_170
chr1	52827212	.	TTCCTCC	T,TTCC	256.24	PASS	AA=.;AC=8,19;AF=0.00426,0.01011;AN=1880;BaseQRankSum=4.995;DP=4545;DS;FS=13.666;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=24.6889;InbreedingCoeff=0.2194;MQ=60.32;MQ0=1;MQRankSum=-0.702;QD=3.71;ReadPosRankSum=0.745;SB=-144.23;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=7.1019;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CC2D1B:ENSG00000154222.7:-:deletionNFS:4/5:CC2D1B-202:ENST00000371575.3:372_291_97_EGL->L:CC2D1B-201:ENST00000371573.1:2268_33_11_EGL->L:CC2D1B-003:ENST00000284376.3:2559_291_97_EGL->L:CC2D1B-001:ENST00000371586.2:2577_291_97_EGL->L,2:CC2D1B:ENSG00000154222.7:-:deletionNFS:4/5:CC2D1B-202:ENST00000371575.3:372_291_97_EG->G:CC2D1B-201:ENST00000371573.1:2268_33_11_EG->G:CC2D1B-003:ENST00000284376.3:2559_291_97_EG->G:CC2D1B-001:ENST00000371586.2:2577_291_97_EG->G
chr1	52911672	.	A	AG	13.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=-0.240;DP=4397;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.9278;InbreedingCoeff=0.0525;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.007;ReadPosRankSum=0.419;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.4704;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZCCHC11:ENSG00000134744.9:-:insertionFS:2/3:ZCCHC11-005:ENST00000257177.4:4938_3696:ZCCHC11-001:ENST00000371544.3:4935_3696
chr1	52956418	.	G	GC	10.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;DP=4530;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.4838;InbreedingCoeff=0.2435;MQ=65.26;MQ0=1;SZ=1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.7373;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZCCHC11:ENSG00000134744.9:-:insertionFS:2/3:ZCCHC11-005:ENST00000257177.4:4938_1374:ZCCHC11-001:ENST00000371544.3:4935_1374
chr1	53108657	.	TG	T	4.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1890;BaseQRankSum=1.239;DP=5196;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.8363;InbreedingCoeff=0.1115;MQ=68.46;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.075;SB=-28.91;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7620;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM159A:ENSG00000182183.10:+:deletionFS:1/1:FAM159A-004:ENST00000517870.1:573_305
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chr1	53370388	.	AC	A	86.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1784;BaseQRankSum=1.854;DP=3880;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.3729;InbreedingCoeff=-0.0192;MQ=56.89;MQ0=0;MQRankSum=1.786;ReadPosRankSum=1.938;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.6505;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ECHDC2:ENSG00000121310.11:-:deletionFS:3/4:ECHDC2-001:ENST00000358358.5:786_539:ECHDC2-002:ENST00000371522.4:879_632:ECHDC2-201:ENST00000536120.1:741_494
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chr1	54507406	.	TG	T	4.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=1.852;DP=4673;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=9.9015;InbreedingCoeff=0.0468;MQ=74.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.286;QD=0.62;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-28.60;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.8733;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM59:ENSG00000116209.6:-:deletionFS:5/6:TMEM59-001:ENST00000234831.5:972_616:TMEM59-005:ENST00000371341.1:579_223:TMEM59-003:ENST00000371344.1:579_223:TMEM59-002:ENST00000371348.1:579_223:TMEM59-201:ENST00000371338.3:849_649
chr1	54511320	.	GTGC	G	107.85	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00204;AN=1956;BaseQRankSum=3.081;DP=5053;DS;FS=6.771;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.3308;InbreedingCoeff=0.0352;MQ=61.38;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=7.70;ReadPosRankSum=1.304;SB=-45.88;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.1295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM59:ENSG00000116209.6:-:deletionNFS:1/6:TMEM59-004:ENST00000371337.3:438_435_145_H*->*
chr1	54605318	rs76608277	TG	T,TGCG,TGG,TGGG,TGGGG	42929.02	PASS	AA=.;AC=27,423,930,254,83;AF=0.01432,0.22428,0.49311,0.13468,0.04401;AN=1886;BaseQRankSum=5.269;DB;DP=3858;DS;FS=1.775;HR=8;HU=G;HaplotypeScore=21.3643;InbreedingCoeff=0.7560;MQ=76.90;MQ0=0;MQRankSum=1.472;QD=19.29;ReadPosRankSum=-1.851;SB=-15876.36;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=7.6112;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:deletionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1225,2:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1225,3:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1225,4:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1225,5:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionNFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1225_409_M->PH
chr1	54605319	rs77544356;rs79375531	G	GC	53826.37	PASS	AA=.;AC=1265;AF=0.66439;AN=1904;BaseQRankSum=-18.125;DB;DP=3858;DS;FS=16.843;HR=8;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.8773;InbreedingCoeff=0.1643;MQ=76.51;MQ0=0;MQRankSum=2.537;QD=25.87;ReadPosRankSum=10.966;SB=-25579.21;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=6.6942;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1224
chr1	54605321	.	G	GGA	1919.15	PASS	AA=.;AC=216;AF=0.11356;AN=1902;BaseQRankSum=-5.819;DP=3985;DS;FS=0.506;HR=8;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.3994;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=65.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.677;QD=3.57;ReadPosRankSum=3.394;SB=-1337.73;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.2547;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1222
chr1	54605324	.	G	GT	358.30	PASS	AA=.;AC=119;AF=0.07560;AN=1574;BaseQRankSum=-4.858;DP=3410;FS=2.878;HR=8;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.3101;InbreedingCoeff=0.1205;MQ=77.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.893;QD=1.29;ReadPosRankSum=4.478;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.7111;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1219
chr1	54605325	.	G	GT	363.12	PASS	AA=.;AC=119;AF=0.07532;AN=1580;BaseQRankSum=-4.223;DP=3391;FS=5.614;HR=8;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.3035;InbreedingCoeff=0.1346;MQ=77.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.002;QD=1.31;ReadPosRankSum=4.496;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.0643;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDCP2:ENSG00000157211.10:-:insertionFS:1/1:CDCP2-001:ENST00000371330.1:1350_1218
chr1	55075552	.	G	GC	23.79	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1984;BaseQRankSum=-1.399;DP=4740;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.3913;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=58.14;MQ0=1;MQRankSum=1.049;ReadPosRankSum=1.070;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.2943;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM151A:ENSG00000162391.5:-:insertionFS:1/3:FAM151A-001:ENST00000302250.2:1758_1147
chr1	55080374	.	G	GT	201.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1872;DP=4913;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.2187;InbreedingCoeff=0.0994;MQ=57.09;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=GT;VQSLOD=8.4838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM151A:ENSG00000162391.5:-:insertionFS:3/3:FAM151A-201:ENST00000294370.4:1197_574:FAM151A-001:ENST00000302250.2:1758_574:FAM151A-002:ENST00000371304.1:936_574
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chr1	55134545	.	CT	C	43.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2008;DP=4071;DS;HR=3;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.6737;InbreedingCoeff=-0.0547;MQ=65.40;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.6029;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR8:ENSG00000184313.13:+:deletionFS:6/8:HEATR8-202:ENST00000414867.2:3867_1399:HEATR8-001:ENST00000421030.2:3972_1324:HEATR8-201:ENST00000339553.5:3135_1324:HEATR8-016:ENST00000395690.2:3093_1324:HEATR8-012:ENST00000409996.1:2676_28:HEATR8-204:ENST00000545244.1:1623_28
chr1	55165826	.	G	GTGC	125.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2012;DP=5344;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.1100;InbreedingCoeff=-0.0061;MQ=65.31;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.6508;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR8:ENSG00000184313.13:+:insertionNFS:3/8:HEATR8-201:ENST00000339553.5:3135_3080_1027_G->GA:HEATR8-016:ENST00000395690.2:3093_3087_1029_W->WC:HEATR8-009:ENST00000371287.3:1179_4_2_V->VL
chr1	55181280	.	CTAAG	C	4363.63	PASS	AA=0;AC=77;AF=0.04221;AN=1824;BaseQRankSum=13.306;DP=4335;DS;FS=11.495;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.0519;InbreedingCoeff=0.1264;MQ=62.21;MQ0=0;MQRankSum=-3.372;QD=21.18;ReadPosRankSum=0.313;SB=-915.59;SZ=-4;TR=10;TU=AAGT;VQSLOD=7.8030;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HEATR8:ENSG00000184313.13:+:spliceOverlap:1/8:HEATR8-202:ENST00000414867.2:3867
chr1	55181589	.	AAC	A	91.86	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00116;AN=1730;DP=3353;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.0491;InbreedingCoeff=0.0467;MQ=57.53;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=6.6827;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC4:ENSG00000243725.1:+:deletionFS:1/2:TTC4-001:ENST00000371281.3:1164_8
chr1	55352315	.	TTC	T	90.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;BaseQRankSum=3.819;DP=3348;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=10.9913;InbreedingCoeff=0.0368;MQ=77.15;MQ0=1;MQRankSum=-1.088;ReadPosRankSum=2.927;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.8445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHCR24:ENSG00000116133.6:-:deletionFS:1/4:DHCR24-201:ENST00000535035.1:1428_84
chr1	55505552	rs35574083	A	AC,ACTG	1612.24	PASS	AA=.;AC=4,215;AF=0.00301,0.16165;AN=1330;BaseQRankSum=-0.457;DB;DP=1966;DS;FS=1.879;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=16.1285;InbreedingCoeff=0.4276;MQ=67.83;MQ0=1;MQRankSum=-0.468;QD=7.53;ReadPosRankSum=-1.602;SB=-756.51;SZ=.;TR=23;TU=CTG;VQSLOD=8.3870;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PCSK9:ENSG00000169174.9:+:insertionFS:2/3:PCSK9-001:ENST00000302118.5:2079_42:PCSK9-201:ENST00000452118.2:618_42,2:PCSK9:ENSG00000169174.9:+:insertionNFS:2/3:PCSK9-001:ENST00000302118.5:2079_42_14_P->PL:PCSK9-201:ENST00000452118.2:618_42_14_P->PL
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chr1	55590142	.	C	CT	7.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2042;DP=5217;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.2375;InbreedingCoeff=0.1749;MQ=64.10;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0654;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:USP24:ENSG00000162402.7:-:insertionFS:2/2:USP24-001:ENST00000294383.5:7863_4120:USP24-201:ENST00000407756.1:7383_3640
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chr1	57372342	.	AT	A	6.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1884;BaseQRankSum=2.272;DP=4921;DS;FS=2.053;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=10.3869;InbreedingCoeff=0.1145;MQ=71.35;MQ0=1;MQRankSum=-0.284;QD=1.56;ReadPosRankSum=0.612;SB=-31.74;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6870;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C8A:ENSG00000157131.10:+:deletionFS:1/1:C8A-001:ENST00000361249.3:1755_1099
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chr1	57476862	.	C	CT	12.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;DP=4829;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.8235;InbreedingCoeff=-0.0099;MQ=57.44;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1885;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DAB1:ENSG00000173406.10:-:insertionFS:7/8:DAB1-010:ENST00000371231.1:1767_1627:DAB1-004:ENST00000371233.1:1668_1528:DAB1-003:ENST00000371234.4:1668_1528:DAB1-201:ENST00000371236.1:1668_1528:DAB1-202:ENST00000414851.2:1614_1474:DAB1-203:ENST00000420954.2:1662_1522:DAB1-204:ENST00000439789.2:1410_1270
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chr1	59004823	.	AT	A	4.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;BaseQRankSum=1.911;DP=4953;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=10.5620;InbreedingCoeff=0.2154;MQ=74.56;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=1.34;ReadPosRankSum=0.450;SB=-32.81;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.9452;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OMA1:ENSG00000162600.6:-:deletionFS:2/2:OMA1-201:ENST00000358603.2:1461_144:OMA1-001:ENST00000371226.3:1575_144
chr1	59004897	.	TAGAC	T	36.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;DP=4839;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.1490;InbreedingCoeff=0.0287;MQ=58.07;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9644;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OMA1:ENSG00000162600.6:-:deletionFS:2/2:OMA1-201:ENST00000358603.2:1461_70:OMA1-001:ENST00000371226.3:1575_70
chr1	59134325	.	T	TC	18.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=0.682;DP=4019;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.8020;InbreedingCoeff=-0.0383;MQ=58.10;MQ0=0;MQRankSum=0.746;ReadPosRankSum=0.904;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1433;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYSM1:ENSG00000162601.5:-:insertionFS:1/1:MYSM1-001:ENST00000472487.1:2487_1746
chr1	59147619	.	C	CT	11.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1828;BaseQRankSum=0.647;DP=4294;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=12.6647;InbreedingCoeff=0.0582;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.511;ReadPosRankSum=0.305;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4544;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYSM1:ENSG00000162601.5:-:insertionFS:1/1:MYSM1-001:ENST00000472487.1:2487_1097
chr1	59812016	.	CG	C,CGG	69.21	PASS	AA=0;AC=9,20;AF=0.00485,0.01079;AN=1854;BaseQRankSum=2.644;DP=5353;DS;FS=0.992;HR=7;HU=G;HaplotypeScore=14.2577;InbreedingCoeff=0.1615;MQ=64.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.248;QD=0.00;ReadPosRankSum=-0.118;SB=-124.25;SZ=-1;TR=7;TU=G;VQSLOD=6.0212;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FGGY:ENSG00000172456.11:+:deletionFS:2/4:FGGY-001:ENST00000303721.7:1656_411:FGGY-005:ENST00000371218.4:1728_411,2:FGGY:ENSG00000172456.11:+:insertionFS:2/4:FGGY-001:ENST00000303721.7:1656_411:FGGY-005:ENST00000371218.4:1728_411
chr1	60106962	.	GATATCTGT	G	579.16	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00214;AN=1872;DP=4939;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=38.2651;InbreedingCoeff=0.0999;MQ=57.32;MQ0=0;SZ=-8;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.9717;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FGGY:ENSG00000172456.11:+:deletionFS:1/4:FGGY-005:ENST00000371218.4:1728_1232
chr1	60499170	.	G	GA	9.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1940;DP=5455;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=16.0385;InbreedingCoeff=0.0692;MQ=58.74;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.6179;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf87:ENSG00000162598.8:-:insertionFS:1/2:C1orf87-001:ENST00000371201.3:1641_1007
chr1	61331062	.	TA	T	11.80	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1852;BaseQRankSum=1.488;DP=4215;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.4531;InbreedingCoeff=0.0565;MQ=62.27;MQ0=0;MQRankSum=0.018;ReadPosRankSum=0.399;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NFIA:ENSG00000162599.10:+:deletionFS:1/8:NFIA-002:ENST00000371191.1:1599_20
chr1	62175071	.	AATC	A	41.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;DP=4879;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.7826;InbreedingCoeff=0.0025;MQ=58.70;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3986;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TM2D1:ENSG00000162604.6:-:deletionNFS:4/4:TM2D1-001:ENST00000371180.1:810_463_155_SS->S:TM2D1-201:ENST00000294613.5:624_277_93_SS->S:TM2D1-008:ENST00000371178.1:531_277_93_SS->S:TM2D1-007:ENST00000371177.1:561_277_93_SS->S
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chr1	62675497	.	AC	A	315.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=3.952;DP=4941;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.0557;InbreedingCoeff=0.0129;MQ=58.26;MQ0=0;MQRankSum=2.477;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-140.02;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.8162;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:L1TD1:ENSG00000240563.1:+:deletionFS:1/1:L1TD1-001:ENST00000498273.1:2598_1051
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chr1	62675662	.	G	GA	158.48	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.00674;AN=2078;BaseQRankSum=7.057;DP=4683;DS;FS=5.397;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=17.4287;InbreedingCoeff=-0.0162;MQ=62.67;MQ0=0;MQRankSum=-3.678;QD=2.37;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-147.45;SZ=.;TR=15;TU=AGG;VQSLOD=4.8057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:L1TD1:ENSG00000240563.1:+:insertionFS:1/1:L1TD1-001:ENST00000498273.1:2598_1216
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chr1	62675691	.	GGAA	G	194.92	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00340;AN=2056;BaseQRankSum=3.808;DP=4924;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.5192;InbreedingCoeff=0.0089;MQ=61.56;MQ0=2;MQRankSum=-3.096;ReadPosRankSum=-0.509;SZ=.;TR=14;TU=AAG;VQSLOD=6.8305;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:L1TD1:ENSG00000240563.1:+:deletionNFS:1/1:L1TD1-001:ENST00000498273.1:2598_1245_415_EE->E
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chr1	62920950	.	AT	A	106.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=3.900;DP=4504;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=12.3843;InbreedingCoeff=0.0136;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.464;ReadPosRankSum=0.306;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.2030;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DOCK7:ENSG00000116641.10:-:deletionFS:1/5:DOCK7-203:ENST00000395441.3:2799_2751
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chr1	62976302	.	A	AC	13.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2002;DP=4136;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.2786;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=69.69;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.8348;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DOCK7:ENSG00000116641.10:-:insertionFS:4/5:DOCK7-201:ENST00000251157.5:6390_4298:DOCK7-004:ENST00000340370.5:6330_4232:DOCK7-202:ENST00000371140.4:6423_4325:DOCK7-203:ENST00000395441.3:2799_515
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chr1	63063667	.	CAACT	C	32.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1952;DP=4249;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.7517;InbreedingCoeff=0.0934;MQ=69.00;MQ0=0;SZ=-4;TR=12;TU=AACT;VQSLOD=6.0871;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANGPTL3:ENSG00000132855.4:+:deletionFS:1/1:ANGPTL3-001:ENST00000371129.3:1383_430
chr1	63119432	.	CT	C	7.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1884;BaseQRankSum=2.667;DP=4488;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.8380;InbreedingCoeff=0.0805;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.991;ReadPosRankSum=-0.695;SZ=-1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.8899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DOCK7:ENSG00000116641.10:-:deletionFS:4/5:DOCK7-201:ENST00000251157.5:6390_353:DOCK7-004:ENST00000340370.5:6330_353:DOCK7-202:ENST00000371140.4:6423_353:DOCK7-001:ENST00000404627.2:1899_353
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chr1	63299729	.	TTG	T	137.23	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1880;DP=4536;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.2273;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=69.80;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=7.9123;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATG4C:ENSG00000125703.8:+:deletionFS:3/3:ATG4C-201:ENST00000540025.1:1353_954:ATG4C-001:ENST00000317868.4:1377_954:ATG4C-002:ENST00000371120.3:1377_954
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chr1	63788983	.	CGGCCGGAGCCGG	C	316.58	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0082;AN=736;DP=820;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.4150;InbreedingCoeff=0.1482;MQ=53.84;MQ0=0;SZ=-12;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.4769;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FOXD3:ENSG00000187140.4:+:deletionNFS:1/1:FOXD3-001:ENST00000371116.2:1437_254_85_AAGAG->A
chr1	63944439	.	CATT	C	37.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2034;BaseQRankSum=2.634;DP=4219;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.7231;InbreedingCoeff=-0.0226;MQ=71.19;MQ0=1;MQRankSum=-0.305;ReadPosRankSum=-0.362;SZ=-3;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=4.8971;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITGB3BP:ENSG00000142856.12:-:deletionNFS:3/3:ITGB3BP-017:ENST00000271002.10:534_250_84_DE->E:ITGB3BP-008:ENST00000371092.3:651_367_123_DE->E:ITGB3BP-201:ENST00000283568.8:513_250_84_DE->E
chr1	64017485	.	A	AC	18.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1780;DP=3518;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.2094;InbreedingCoeff=0.0624;MQ=57.82;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7471;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFCAB7:ENSG00000203965.7:+:insertionFS:1/1:EFCAB7-001:ENST00000371088.4:1890_1036
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chr1	64686563	.	T	TA	62.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1822;DP=3819;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.8918;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=59.45;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.6141;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBE2U:ENSG00000177414.7:+:insertionFS:2/2:UBE2U-002:ENST00000371077.3:966_479:UBE2U-001:ENST00000371076.3:681_479
chr1	65117944	rs61673130	GTAT	G	113.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2088;DB;DP=5367;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.5967;InbreedingCoeff=0.0507;MQ=66.93;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=ACGTG;VQSLOD=7.1988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACHD1:ENSG00000158966.9:+:deletionNFS:2/2:CACHD1-201:ENST00000371073.2:3825_1491_497_TY->T:CACHD1-001:ENST00000290039.5:3672_1338_446_TY->T
chr1	66798174	.	T	TG	21.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;BaseQRankSum=-0.990;DP=5177;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.0047;InbreedingCoeff=0.0705;MQ=58.18;MQ0=0;MQRankSum=0.705;ReadPosRankSum=1.582;SZ=1;TR=7;TU=GT;VQSLOD=6.4593;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE4B:ENSG00000184588.13:+:insertionFS:1/5:PDE4B-007:ENST00000371045.5:1695_102
chr1	67125825	.	AGAG	A,AAG	2803.18	PASS	AA=.;AC=329,22;AF=0.28024,0.01874;AN=1174;BaseQRankSum=11.945;DP=1036;FS=17.353;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=35.9741;InbreedingCoeff=0.4770;MQ=38.54;MQ0=85;MQRankSum=-4.793;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.439;SB=-1505.61;SZ=.;TR=23;TU=AAAG;VQSLOD=6.0154;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SGIP1:ENSG00000118473.14:+:deletionNFS:2/8:SGIP1-203:ENST00000371038.5:2577_484_162_RE->K:SGIP1-204:ENST00000407289.3:2496_484_162_RE->K,2:SGIP1:ENSG00000118473.14:+:deletionFS:2/8:SGIP1-203:ENST00000371038.5:2577_484:SGIP1-204:ENST00000407289.3:2496_484
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chr1	67131955	.	AGAT	A	50.10	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0042;AN=716;BaseQRankSum=1.537;DP=1538;FS=4.580;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.6550;InbreedingCoeff=0.0545;MQ=53.41;MQ0=200;MQRankSum=-0.969;QD=2.78;ReadPosRankSum=0.829;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.3911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139147.1:ENSG00000248458.2:-:deletionNFS:1/1:AL139147.1-201:ENST00000502413.2:546_485_162_LI->I
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chr1	67450498	.	G	GA	8.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2062;BaseQRankSum=0.525;DP=4955;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=13.0972;InbreedingCoeff=0.0295;MQ=68.65;MQ0=0;MQRankSum=1.075;ReadPosRankSum=0.065;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.2176;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MIER1:ENSG00000198160.9:+:insertionFS:4/10:MIER1-009:ENST00000401041.1:1698_1613:MIER1-202:ENST00000371017.3:1602_1517:MIER1-001:ENST00000357692.2:1590_1505:MIER1-002:ENST00000355356.3:1539_1454
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chr1	67558763	rs111337099	A	ATG	1442	PASS	AA=0;AC=124;AF=0.06126;AN=2024;BaseQRankSum=18.594;DB;DP=4438;FS=4.191;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.3348;InbreedingCoeff=0.0895;MQ=66.58;MQ0=0;MQRankSum=-1.681;QD=4.08;ReadPosRankSum=-0.451;SB=-861.06;SZ=2;TR=10;TU=AT;VQSLOD=5.4879;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf141:ENSG00000203963.5:-:insertionFS:3/6:C1orf141-203:ENST00000371006.1:1203_1128:C1orf141-004:ENST00000371007.1:1203_1128:C1orf141-204:ENST00000544837.1:1203_1128
chr1	67558869	.	CTCATT	C	1273.82	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00546;AN=1830;BaseQRankSum=6.956;DP=4079;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.3293;InbreedingCoeff=0.1822;MQ=69.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.954;QD=34.43;ReadPosRankSum=0.165;SB=-682.68;SZ=-5;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.4005;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf141:ENSG00000203963.5:-:deletionFS:3/6:C1orf141-203:ENST00000371006.1:1203_1022:C1orf141-004:ENST00000371007.1:1203_1022:C1orf141-204:ENST00000544837.1:1203_1022
chr1	67559085	.	T	TG	6.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=-0.112;DP=4158;DS;HR=6;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=11.7326;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=2.804;ReadPosRankSum=0.820;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.2230;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C1orf141:ENSG00000203963.5:-:insertionFS:3/6:C1orf141-203:ENST00000371006.1:1203_806:C1orf141-004:ENST00000371007.1:1203_806:C1orf141-204:ENST00000544837.1:1203_806
chr1	67568933	.	TAG	T	1181.62	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.01113;AN=2066;BaseQRankSum=8.626;DP=4843;DS;FS=2.788;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.2703;InbreedingCoeff=0.1167;MQ=72.25;MQ0=0;MQRankSum=0.709;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.368;SB=-624.94;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.5431;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf141:ENSG00000203963.5:-:deletionFS:1/6:C1orf141-202:ENST00000371005.2:843_547
chr1	67721576	.	AT	A	9.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;DP=4650;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.5864;InbreedingCoeff=0.0441;MQ=66.91;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.1857;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL23R:ENSG00000162594.9:+:deletionFS:4/9:IL23R-001:ENST00000347310.5:1890_1205:IL23R-204:ENST00000431791.1:825_692:IL23R-205:ENST00000441823.1:612_479:IL23R-202:ENST00000395227.1:1125_440
chr1	67793965	.	A	AC	10.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2060;BaseQRankSum=-0.997;DP=4753;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=11.0773;InbreedingCoeff=0.0066;MQ=70.85;MQ0=0;MQRankSum=1.269;ReadPosRankSum=0.333;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=4.8503;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL12RB2:ENSG00000081985.6:+:insertionFS:4/4:IL12RB2-001:ENST00000262345.1:2589_562:IL12RB2-203:ENST00000544434.1:2331_562:IL12RB2-201:ENST00000371000.1:1980_562:IL12RB2-202:ENST00000541374.1:1980_562
chr1	67804320	.	G	GTTA	57.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1920;BaseQRankSum=-2.446;DP=4788;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.6142;InbreedingCoeff=0.1099;MQ=67.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;ReadPosRankSum=-1.727;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1819;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IL12RB2:ENSG00000081985.6:+:insertionNFS:4/4:IL12RB2-001:ENST00000262345.1:2589_972_324_M->ML:IL12RB2-203:ENST00000544434.1:2331_972_324_M->ML:IL12RB2-201:ENST00000371000.1:1980_972_324_M->ML:IL12RB2-202:ENST00000541374.1:1980_972_324_M->ML
chr1	67880882	.	AC	A	4.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1830;BaseQRankSum=1.820;DP=3541;DS;FS=2.389;HR=2;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=11.0444;InbreedingCoeff=0.0289;MQ=70.46;MQ0=18;MQRankSum=0.913;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.204;SB=-31.88;SZ=-1;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=5.1193;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SERBP1:ENSG00000142864.10:-:deletionFS:4/4:SERBP1-005:ENST00000361219.6:1182_1092:SERBP1-006:ENST00000370990.5:1209_1119:SERBP1-001:ENST00000370994.4:1164_1074:SERBP1-002:ENST00000370995.2:1227_1137
chr1	68903930	rs62642586	A	AT	17.37	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00157;AN=1908;BaseQRankSum=-1.033;DB;DP=4627;DS;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=13.4502;InbreedingCoeff=0.1105;MQ=69.55;MQ0=0;MQRankSum=0.805;ReadPosRankSum=-0.994;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=6.5469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPE65:ENSG00000116745.6:-:insertionFS:1/1:RPE65-001:ENST00000262340.5:1602_1068
chr1	68943615	.	G	GT	12.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2060;BaseQRankSum=1.251;DP=4745;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.4371;InbreedingCoeff=-0.0121;MQ=53.35;MQ0=13;MQRankSum=-0.025;ReadPosRankSum=1.563;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DEPDC1:ENSG00000024526.11:-:insertionFS:2/3:DEPDC1-001:ENST00000370966.5:1584_1301:DEPDC1-002:ENST00000456315.2:2436_2153
chr1	70573487	.	A	AG	20.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1842;DP=4240;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.4405;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=57.38;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6029;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC7:ENSG00000033122.11:+:insertionFS:4/6:LRRC7-002:ENST00000310961.4:4488_4358:LRRC7-001:ENST00000035383.5:4614_4484:LRRC7-202:ENST00000370957.3:3942_3812:LRRC7-203:ENST00000415775.2:2466_2336
chr1	70701988	.	AT	A	32.61	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00153;AN=1962;BaseQRankSum=3.512;DP=4458;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=13.6287;InbreedingCoeff=0.1449;MQ=61.98;MQ0=1;MQRankSum=1.514;ReadPosRankSum=-0.431;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5646;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:deletionFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_51
chr1	70702009	.	CTTTT	C	293.34	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0037;AN=820;BaseQRankSum=1.336;DP=1966;FS=2.707;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=21.9342;InbreedingCoeff=0.1245;MQ=52.91;MQ0=37;MQRankSum=-1.274;QD=20.95;ReadPosRankSum=0.507;SZ=.;TR=16;TU=CTTCTTT;VQSLOD=6.4161;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:deletionFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_30
chr1	70702015	.	CTT	C,CT,CTTT,CTTTTTTTT	1137.60	PASS	AA=.;AC=36,155,175,289;AF=0.02250,0.09688,0.10938,0.18063;AN=1600;BaseQRankSum=-0.108;DP=3729;DS;FS=3.502;HR=17;HU=T;HaplotypeScore=26.9210;InbreedingCoeff=0.6656;MQ=58.70;MQ0=84;MQRankSum=1.458;QD=0.67;ReadPosRankSum=-6.735;SB=-1513.01;SZ=.;TR=17;TU=T;VQSLOD=6.5110;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:deletionFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_24,2:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:deletionFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_24,3:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:insertionFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_24,4:AL353771.1:ENSG00000232674.2:-:insertionNFS:1/1:AL353771.1-201:ENST00000444353.2:102_24_8_K->KKK
chr1	70758106	.	T	TC	8.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1852;BaseQRankSum=-2.448;DP=3978;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.4321;InbreedingCoeff=0.0658;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.826;ReadPosRankSum=1.376;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1467;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD13C:ENSG00000118454.8:-:insertionFS:2/2:ANKRD13C-002:ENST00000262346.6:1521_1075:ANKRD13C-001:ENST00000370944.4:1626_1180
chr1	70895533	.	TG	T	39.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1816;DP=4402;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.5282;InbreedingCoeff=-0.0070;MQ=57.69;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTH:ENSG00000116761.7:+:deletionFS:3/3:CTH-002:ENST00000346806.2:1086_513:CTH-001:ENST00000370938.3:1218_645:CTH-201:ENST00000411986.2:1122_549
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chr1	74575211	.	TG	T	209.09	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00058;AN=1734;BaseQRankSum=2.769;DP=3333;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.8077;InbreedingCoeff=0.0207;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.616;ReadPosRankSum=0.542;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=7.1150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRIQ3:ENSG00000162620.10:-:deletionFS:4/5:LRRIQ3-201:ENST00000354431.4:1875_734:LRRIQ3-008:ENST00000395089.1:1875_734:LRRIQ3-004:ENST00000370909.2:576_410:LRRIQ3-202:ENST00000388972.3:897_734
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chr1	74937856	.	ATCT	A	295.62	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00214;AN=1870;DP=4869;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.9993;InbreedingCoeff=0.1378;MQ=66.91;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=8.6767;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LRRC53:ENSG00000162621.4:-:deletionNFS:1/1:LRRC53-201:ENST00000416014.2:1530_1450_484_YA->A
chr1	75037857	rs76571187	CCCT	C	14848.10	PASS	AA=0;AC=257;AF=0.12285;AN=2092;BaseQRankSum=0.707;DB;DP=5633;DS;FS=0.870;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.2392;InbreedingCoeff=0.0959;MQ=69.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.761;QD=19.67;ReadPosRankSum=-0.563;SB=-6397.42;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=7.7140;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf173:ENSG00000178965.9:-:deletionNFS:1/2:C1orf173-001:ENST00000326665.5:4593_3537_1179_GE->E
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chr1	75065591	.	T	TCTA	31.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1940;BaseQRankSum=-1.014;DP=5078;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.3992;InbreedingCoeff=0.0658;MQ=61.17;MQ0=0;MQRankSum=0.136;ReadPosRankSum=0.173;SZ=3;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf173:ENSG00000178965.9:-:insertionNFS:2/2:C1orf173-001:ENST00000326665.5:4593_1514_505_D->VD:C1orf173-002:ENST00000420661.2:1602_923_308_D->VD
chr1	75072298	.	A	AT	88.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2082;BaseQRankSum=-1.756;DP=5733;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=16.6607;InbreedingCoeff=0.1088;MQ=83.40;MQ0=0;MQRankSum=0.862;ReadPosRankSum=-1.105;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.9360;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf173:ENSG00000178965.9:-:insertionFS:2/2:C1orf173-001:ENST00000326665.5:4593_1476:C1orf173-002:ENST00000420661.2:1602_885
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chr1	75172844	.	TA	T	78.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1862;BaseQRankSum=2.869;DP=4189;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.4152;InbreedingCoeff=-0.0096;MQ=60.90;MQ0=1;MQRankSum=0.618;ReadPosRankSum=-0.227;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.7609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CRYZ:ENSG00000116791.9:-:deletionFS:3/4:CRYZ-001:ENST00000340866.5:990_675:CRYZ-201:ENST00000417775.1:990_675:CRYZ-002:ENST00000370872.3:579_264
chr1	75229741	rs112765232	AATG	A	720.37	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.00485;AN=2062;BaseQRankSum=6.976;DB;DP=5243;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.7259;InbreedingCoeff=0.0354;MQ=71.27;MQ0=1;MQRankSum=-0.505;ReadPosRankSum=-0.044;SZ=.;TR=17;TU=ATG;VQSLOD=7.8556;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TYW3:ENSG00000162623.9:+:deletionNFS:3/3:TYW3-001:ENST00000370867.3:780_724_242_ND->N:TYW3-201:ENST00000421739.2:528_472_158_ND->N:TYW3-202:ENST00000457880.2:681_625_209_ND->N
chr1	75702741	.	A	AGTT	189.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;BaseQRankSum=-2.262;DP=4674;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.7261;InbreedingCoeff=0.0759;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=-3.283;ReadPosRankSum=-1.874;SZ=3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.9417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC44A5:ENSG00000137968.11:-:insertionNFS:5/5:SLC44A5-001:ENST00000370859.3:2154_671_224_L->QL:SLC44A5-203:ENST00000536707.1:2271_788_263_L->QL:SLC44A5-002:ENST00000370855.5:2160_671_224_L->QL:SLC44A5-202:ENST00000535790.1:2139_650_217_L->QL:SLC44A5-201:ENST00000535611.1:1770_281_94_L->QL
chr1	76261059	rs72482955	CTG	C	2904.70	PASS	AA=.;AC=71;AF=0.03440;AN=2064;BaseQRankSum=9.961;DB;DP=4421;DS;FS=1.826;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.2900;InbreedingCoeff=0.1129;MQ=66.41;MQ0=4;MQRankSum=1.996;QD=16.41;ReadPosRankSum=2.527;SB=-1397.16;SZ=.;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.2572;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RABGGTB:ENSG00000137955.10:+:deletionFS:1/4:RABGGTB-201:ENST00000370824.2:963_922
chr1	76262859	.	GAGC	G	17.87	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00188;AN=1592;BaseQRankSum=2.659;DP=3039;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.9227;InbreedingCoeff=0.1689;MQ=58.36;MQ0=0;MQRankSum=0.547;ReadPosRankSum=1.042;SZ=.;TR=18;TU=AGC;VQSLOD=6.7793;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MSH4:ENSG00000057468.6:+:deletionNFS:1/1:MSH4-001:ENST00000263187.3:2811_189_63_RS->R
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chr1	77334292	rs60179124	G	GCAGCAA	3757.32	PASS	AA=.;AC=81;AF=0.06221;AN=1302;BaseQRankSum=-1.126;DB;DP=1731;DS;FS=0.484;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.0197;InbreedingCoeff=0.1754;MQ=56.85;MQ0=6;MQRankSum=-2.932;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.799;SB=-1636.07;SZ=.;TR=24;TU=AGC;VQSLOD=7.6194;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ST6GALNAC5:ENSG00000117069.9:+:insertionNFS:1/2:ST6GALNAC5-003:ENST00000477717.1:1011_126_42_Q->QQQ
chr1	78024345	rs79671213	C	CTAT	104052	PASS	AA=0;AC=1237;AF=0.63632;AN=1944;BaseQRankSum=-18.548;DB;DP=4693;DS;FS=0.493;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.5278;InbreedingCoeff=0.1810;MQ=70.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.794;QD=45.38;ReadPosRankSum=2.070;SB=-49268.55;SZ=3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.0154;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AK5:ENSG00000154027.14:+:insertionNFS:3/3:AK5-001:ENST00000354567.2:1689_1679_560_S->SI:AK5-002:ENST00000344720.5:1611_1601_534_S->SI:AK5-009:ENST00000478255.1:234_224_75_S->SI
chr1	78024348	rs72506825	T	TTA	41674.66	PASS	AA=0;AC=1156;AF=0.58032;AN=1992;BaseQRankSum=37.131;DB;DP=4918;DS;FS=0.300;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.4592;InbreedingCoeff=0.0487;MQ=70.01;MQ0=0;MQRankSum=-7.601;QD=17.34;ReadPosRankSum=6.188;SB=-19936.04;SZ=2;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.9038;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AK5:ENSG00000154027.14:+:insertionFS:3/3:AK5-001:ENST00000354567.2:1689_1682:AK5-002:ENST00000344720.5:1611_1604:AK5-009:ENST00000478255.1:234_227
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chr1	78511798	.	GGAA	G	49.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00154;AN=1296;DP=1729;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.7148;InbreedingCoeff=0.0439;MQ=61.86;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=6.0210;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GIPC2:ENSG00000137960.5:+:deletionNFS:1/1:GIPC2-001:ENST00000370759.3:948_20_7_GK->G
chr1	78560754	.	T	TA	9.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2118;BaseQRankSum=-1.791;DP=5308;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=13.3204;InbreedingCoeff=0.0529;MQ=73.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.041;ReadPosRankSum=-2.260;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4098;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GIPC2:ENSG00000137960.5:+:insertionFS:1/1:GIPC2-001:ENST00000370759.3:948_545
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chr1	79094074	.	T	TG	15.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;BaseQRankSum=0.274;DP=4682;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=19.0509;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;ReadPosRankSum=-0.255;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7396;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IFI44L:ENSG00000137959.10:+:insertionFS:1/2:IFI44L-001:ENST00000370751.4:1359_474
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chr1	85018771	.	GA	G,GAA	92.32	PASS	AA=.;AC=50,54;AF=0.02857,0.03086;AN=1750;BaseQRankSum=3.254;DP=3808;DS;FS=2.850;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=10.6176;InbreedingCoeff=0.2296;MQ=67.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=0.32;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-355.78;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.2347;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SPATA1:ENSG00000122432.10:+:deletionFS:1/2:SPATA1-201:ENST00000263717.5:1380_1344,2:SPATA1:ENSG00000122432.10:+:insertionFS:1/2:SPATA1-201:ENST00000263717.5:1380_1344
chr1	85029076	.	AC	A	61.22	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00441;AN=1814;BaseQRankSum=1.291;DP=3607;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.4877;InbreedingCoeff=0.1071;MQ=68.71;MQ0=0;MQRankSum=0.980;ReadPosRankSum=-4.986;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3406;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CTBS:ENSG00000117151.6:-:deletionFS:2/2:CTBS-001:ENST00000370630.4:1158_821:CTBS-003:ENST00000370625.1:885_548
chr1	85039998	rs3217269	CGCAGCGCCA	C,CAGCAGCGCCA	2494.15	PASS	AA=.;AC=187,51;AF=0.16461,0.04489;AN=1136;BaseQRankSum=9.980;DB;DP=1266;FS=2.485;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=18.1266;InbreedingCoeff=0.4748;MQ=64.38;MQ0=1;MQRankSum=3.785;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-955.79;SZ=.;TR=34;TU=AGCAGCGCC;VQSLOD=9.5255;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CTBS:ENSG00000117151.6:-:deletionNFS:1/2:CTBS-001:ENST00000370630.4:1158_101_34_RLAA->A,2:CTBS:ENSG00000117151.6:-:insertionFS:1/2:CTBS-001:ENST00000370630.4:1158_101
chr1	85040024	.	CAGCAGCGCT	C	1094.43	PASS	AA=.;AC=88;AF=0.07407;AN=1188;BaseQRankSum=10.181;DP=1419;FS=15.915;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.5923;InbreedingCoeff=0.1515;MQ=63.63;MQ0=0;MQRankSum=5.032;QD=8.76;ReadPosRankSum=4.093;SB=-612.97;SZ=.;TR=34;TU=AGCAGCGCC;VQSLOD=6.3207;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CTBS:ENSG00000117151.6:-:deletionNFS:1/2:CTBS-001:ENST00000370630.4:1158_75_25_LALL->L
chr1	85537660	rs74765968	CA	C	420.01	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.00782;AN=2046;BaseQRankSum=6.402;DB;DP=4653;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=A;HaplotypeScore=12.3584;InbreedingCoeff=0.0197;MQ=81.66;MQ0=0;MQRankSum=3.596;QD=6.46;ReadPosRankSum=-1.242;SB=-256.26;SZ=-1;TR=7;TU=A;VQSLOD=7.3136;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR63:ENSG00000162643.8:+:deletionFS:3/3:WDR63-002:ENST00000294664.6:2676_36:WDR63-001:ENST00000326813.8:2559_36:WDR63-004:ENST00000370596.1:2559_36
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chr1	85598680	.	A	AC	45.38	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00472;AN=1908;BaseQRankSum=15.125;DP=4186;DS;FS=2.887;HR=6;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.4455;InbreedingCoeff=0.0678;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=2.696;QD=0.83;ReadPosRankSum=0.702;SB=-176.56;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.5461;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR63:ENSG00000162643.8:+:insertionFS:3/3:WDR63-002:ENST00000294664.6:2676_2675:WDR63-001:ENST00000326813.8:2559_2558:WDR63-004:ENST00000370596.1:2559_2558
chr1	85648677	.	T	TCAA	248.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;DP=4929;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=27.3614;InbreedingCoeff=-0.0398;MQ=57.61;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9687;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYDE2:ENSG00000097096.8:-:insertionNFS:1/1:SYDE2-002:ENST00000341460.5:3585_1648_550_N->LN
chr1	86814437	.	TC	T	5.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00163;AN=1844;BaseQRankSum=2.443;DP=3489;FS=15.717;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.4203;InbreedingCoeff=0.1519;MQ=65.70;MQ0=0;MQRankSum=3.989;QD=0.85;ReadPosRankSum=-3.894;SB=-1.44;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9988;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ODF2L:ENSG00000122417.9:-:deletionFS:4/10:ODF2L-201:ENST00000317336.7:2022_2018:ODF2L-202:ENST00000370566.2:1776_1772:ODF2L-203:ENST00000370567.1:1935_1931:ODF2L-204:ENST00000394731.1:1542_1538
chr1	86820288	.	C	CT	12.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1856;BaseQRankSum=0.663;DP=4676;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=23.7853;InbreedingCoeff=-0.0384;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.118;ReadPosRankSum=-0.111;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1024;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ODF2L:ENSG00000122417.9:-:insertionFS:7/10:ODF2L-205:ENST00000441121.2:1749_1536:ODF2L-201:ENST00000317336.7:2022_1692:ODF2L-202:ENST00000370566.2:1776_1446:ODF2L-203:ENST00000370567.1:1935_1605:ODF2L-204:ENST00000394731.1:1542_1212:ODF2L-002:ENST00000294678.2:1863_1644:ODF2L-001:ENST00000359242.3:1911_1692
chr1	86820290	.	T	TA	50.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1854;BaseQRankSum=0.530;DP=4700;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=23.6977;InbreedingCoeff=-0.0125;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=1.825;ReadPosRankSum=-0.194;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.2609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ODF2L:ENSG00000122417.9:-:insertionFS:7/10:ODF2L-205:ENST00000441121.2:1749_1534:ODF2L-201:ENST00000317336.7:2022_1690:ODF2L-202:ENST00000370566.2:1776_1444:ODF2L-203:ENST00000370567.1:1935_1603:ODF2L-204:ENST00000394731.1:1542_1210:ODF2L-002:ENST00000294678.2:1863_1642:ODF2L-001:ENST00000359242.3:1911_1690
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chr1	87025997	.	CT	C	249.95	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00146;AN=2056;BaseQRankSum=4.025;DP=4668;DS;HR=4;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.3751;InbreedingCoeff=0.0435;MQ=67.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.218;ReadPosRankSum=-0.334;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.0963;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLCA4:ENSG00000016602.8:+:deletionFS:1/2:CLCA4-001:ENST00000370563.3:2760_404
chr1	87045896	rs4001061	TCCTACA	T	86870.14	PASS	AA=.;AC=1474;AF=0.71415;AN=2064;BaseQRankSum=33.088;DB;DP=4949;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=31.0524;InbreedingCoeff=0.1444;MQ=89.23;MQ0=2;MQRankSum=-0.379;QD=31.64;ReadPosRankSum=3.031;SB=-41126.49;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0437;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CLCA4:ENSG00000016602.8:+:deletionNFS:1/2:CLCA4-001:ENST00000370563.3:2760_2628_876_DPT->D
chr1	87100112	.	GA	G	83.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2036;BaseQRankSum=3.332;DP=4683;DS;HR=5;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=13.1712;InbreedingCoeff=0.0101;MQ=65.46;MQ0=0;MQRankSum=0.872;ReadPosRankSum=-0.082;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.8120;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL356270.2:ENSG00000256068.1:+:deletionFS:1/1:AL356270.2-201:ENST00000541411.1:789_136
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chr1	89237405	.	GC	G	13.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2032;BaseQRankSum=1.809;DP=4593;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.7732;InbreedingCoeff=0.0537;MQ=66.46;MQ0=0;MQRankSum=1.258;ReadPosRankSum=0.457;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.9904;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PKN2:ENSG00000065243.13:+:deletionFS:4/6:PKN2-202:ENST00000370513.5:2811_828:PKN2-001:ENST00000370521.3:2955_828:PKN2-002:ENST00000316005.7:1815_828:PKN2-201:ENST00000370505.3:2484_357
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chr1	89448604	.	T	TGG	39.81	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00290;AN=2068;BaseQRankSum=4.673;DP=5605;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.7395;InbreedingCoeff=0.0630;MQ=51.32;MQ0=63;MQRankSum=-4.003;ReadPosRankSum=-1.131;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8452;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBMXL1:ENSG00000213516.5:-:insertionFS:2/2:RBMXL1-001:ENST00000321792.5:1173_906:RBMXL1-201:ENST00000399794.2:1173_906
chr1	89449508	.	ATT	A,AT,ATTT	288.87	PASS	AA=.;AC=14,135,121;AF=0.00728,0.07024,0.06296;AN=1922;BaseQRankSum=6.383;DP=4737;DS;FS=0.632;HR=11;HU=T;HaplotypeScore=16.1773;InbreedingCoeff=0.3660;MQ=57.96;MQ0=45;MQRankSum=0.337;QD=0.35;ReadPosRankSum=-1.544;SB=-732.08;SZ=.;TR=11;TU=T;VQSLOD=7.9663;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RBMXL1:ENSG00000213516.5:-:endOverlap:2/2:RBMXL1-001:ENST00000321792.5:1173:RBMXL1-201:ENST00000399794.2:1173,2:RBMXL1:ENSG00000213516.5:-:endOverlap:2/2:RBMXL1-001:ENST00000321792.5:1173:RBMXL1-201:ENST00000399794.2:1173,3:RBMXL1:ENSG00000213516.5:-:endOverlap:2/2:RBMXL1-001:ENST00000321792.5:1173:RBMXL1-201:ENST00000399794.2:1173
chr1	89473441	.	GT	G,GTT	334.06	PASS	AA=0;AC=57,117;AF=0.02847,0.05844;AN=2002;BaseQRankSum=1.099;DP=5167;DS;FS=5.817;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=12.7613;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=72.74;MQ0=0;MQRankSum=1.336;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.978;SB=-726.64;SZ=-1;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.7014;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GBP3:ENSG00000117226.6:-:deletionFS:2/2:GBP3-008:ENST00000370481.3:1788_1754:GBP3-001:ENST00000370482.1:1692_1658,2:GBP3:ENSG00000117226.6:-:insertionFS:2/2:GBP3-008:ENST00000370481.3:1788_1754:GBP3-001:ENST00000370482.1:1692_1658
chr1	89521792	.	T	TA	119.91	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.00688;AN=2036;BaseQRankSum=9.996;DP=4561;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.9425;InbreedingCoeff=-0.0150;MQ=49.75;MQ0=308;MQRankSum=-6.081;ReadPosRankSum=-1.613;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.9048;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP1:ENSG00000117228.7:-:insertionFS:3/3:GBP1-001:ENST00000370473.4:1779_1275:GBP1-201:ENST00000422952.2:1074_570:GBP1-202:ENST00000542693.1:1668_1164
chr1	89616151	.	G	GT	1048.04	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.00894;AN=2014;BaseQRankSum=-8.232;DP=5517;DS;FS=0.576;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=15.6133;InbreedingCoeff=0.0550;MQ=60.73;MQ0=0;MQRankSum=2.229;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.208;SB=-623.91;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=8.0592;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP7:ENSG00000213512.1:-:insertionFS:1/1:GBP7-001:ENST00000294671.2:1917_733
chr1	89616176	.	A	AC	17.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2104;BaseQRankSum=-2.448;DP=5527;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.5457;InbreedingCoeff=-0.0153;MQ=61.54;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1260;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP7:ENSG00000213512.1:-:insertionFS:1/1:GBP7-001:ENST00000294671.2:1917_708
chr1	89630478	.	TG	T	24.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2046;BaseQRankSum=1.415;DP=4479;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=12.8081;InbreedingCoeff=0.0035;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.110;ReadPosRankSum=-1.184;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.7955;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP7:ENSG00000213512.1:-:deletionFS:1/1:GBP7-001:ENST00000294671.2:1917_254
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chr1	89658683	.	T	TA	202.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2142;BaseQRankSum=-1.157;DP=6390;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.1885;InbreedingCoeff=0.0025;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.821;ReadPosRankSum=-1.913;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.6341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP4:ENSG00000162654.7:-:insertionFS:1/2:GBP4-001:ENST00000355754.6:1923_574
chr1	89662858	.	GCCA	G	31.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2078;BaseQRankSum=3.135;DP=5100;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.3858;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=60.36;MQ0=0;MQRankSum=0.237;ReadPosRankSum=0.164;SZ=-3;TR=13;TU=ACC;VQSLOD=6.5176;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP4:ENSG00000162654.7:-:deletionNFS:1/2:GBP4-001:ENST00000355754.6:1923_170_57_AI->I
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chr1	89729566	.	GC	G	331.53	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00241;AN=2072;BaseQRankSum=3.438;DP=5210;DS;FS=5.477;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.4822;InbreedingCoeff=0.0953;MQ=77.03;MQ0=0;MQRankSum=2.031;QD=15.07;ReadPosRankSum=-1.867;SB=-181.91;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.7013;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP5:ENSG00000154451.10:-:deletionFS:2/2:GBP5-201:ENST00000343435.5:1761_1215:GBP5-001:ENST00000370459.3:1761_1215
chr1	89729612	.	T	TG	6.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1928;BaseQRankSum=-2.447;DP=5203;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.3507;InbreedingCoeff=-0.0085;MQ=59.10;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.8726;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GBP5:ENSG00000154451.10:-:insertionFS:2/2:GBP5-201:ENST00000343435.5:1761_1169:GBP5-001:ENST00000370459.3:1761_1169
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chr1	89733171	.	T	TG	12.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1932;BaseQRankSum=-1.400;DP=4890;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.1464;InbreedingCoeff=0.0121;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.301;ReadPosRankSum=0.272;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.0031;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBP5:ENSG00000154451.10:-:insertionFS:2/2:GBP5-201:ENST00000343435.5:1761_357:GBP5-001:ENST00000370459.3:1761_357
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chr1	91180300	.	TTCC	T	192.46	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1850;BaseQRankSum=2.776;DP=4300;DS;FS=1.588;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.7108;InbreedingCoeff=0.1024;MQ=57.21;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.047;SB=-89.51;SZ=-3;TR=8;TU=CCTT;VQSLOD=7.5145;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BARHL2:ENSG00000143032.6:-:deletionNFS:1/1:BARHL2-001:ENST00000370445.3:1164_639_213_EG->G
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chr1	91405102	.	CTTT	C	20.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2072;DP=5822;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=19.1495;InbreedingCoeff=0.0924;MQ=70.40;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.0540;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF644:ENSG00000122482.15:-:deletionNFS:3/6:ZNF644-001:ENST00000337393.5:3984_1809_603_KH->H:ZNF644-201:ENST00000370440.1:3984_1809_603_KH->H:ZNF644-202:ENST00000536941.1:1953_525_175_KH->H
chr1	91405499	.	TG	T	8.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2128;BaseQRankSum=2.491;DP=6111;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.2868;InbreedingCoeff=0.0679;MQ=77.69;MQ0=0;MQRankSum=0.267;ReadPosRankSum=-1.485;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF644:ENSG00000122482.15:-:deletionFS:3/6:ZNF644-001:ENST00000337393.5:3984_1412:ZNF644-201:ENST00000370440.1:3984_1412:ZNF644-202:ENST00000536941.1:1953_128
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chr1	92447227	.	GAGC	G,GAGCAGC	162.79	PASS	AA=.;AC=31,41;AF=0.01620,0.02142;AN=1914;BaseQRankSum=3.931;DP=4528;DS;FS=1.839;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=15.9799;InbreedingCoeff=0.2856;MQ=71.88;MQ0=1;MQRankSum=-0.218;QD=0.81;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-157.92;SZ=.;TR=21;TU=AGC;VQSLOD=8.3490;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BRDT:ENSG00000137948.12:+:deletionNFS:5/6:BRDT-001:ENST00000362005.3:2844_1917_639_ES->E:BRDT-201:ENST00000394530.3:2706_1779_593_ES->E:BRDT-006:ENST00000399546.2:2844_1917_639_ES->E:BRDT-202:ENST00000402388.1:2844_1917_639_ES->E:BRDT-002:ENST00000370389.2:2625_1698_566_ES->E,2:BRDT:ENSG00000137948.12:+:insertionNFS:5/6:BRDT-001:ENST00000362005.3:2844_1917_639_E->ESS:BRDT-201:ENST00000394530.3:2706_1779_593_E->ESS:BRDT-006:ENST00000399546.2:2844_1917_639_E->ESS:BRDT-202:ENST00000402388.1:2844_1917_639_E->ESS:BRDT-002:ENST00000370389.2:2625_1698_566_E->ESS
chr1	92647642	.	CCTT	C	1001.15	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00421;AN=1902;BaseQRankSum=6.652;DP=4810;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.5393;InbreedingCoeff=0.0472;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.429;QD=21.76;ReadPosRankSum=1.956;SB=-557.83;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7766;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1107:ENSG00000069712.9:+:deletionNFS:2/2:KIAA1107-201:ENST00000409154.4:4230_3253_1085_PS->P:KIAA1107-001:ENST00000370378.4:4065_3088_1030_PS->P
chr1	92728419	.	C	CTTGA	200.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1856;DP=4519;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.9611;InbreedingCoeff=0.1299;MQ=69.54;MQ0=0;SZ=4;TR=8;TU=ACTT;VQSLOD=6.8280;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GLMN:ENSG00000174842.11:-:spliceOverlap:2/2:GLMN-001:ENST00000370360.3:1785:GLMN-201:ENST00000534881.1:1743
chr1	92732005	.	C	CA	18.65	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00164;AN=1828;DP=4292;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.4830;InbreedingCoeff=0.0128;MQ=58.71;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9392;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLMN:ENSG00000174842.11:-:insertionFS:2/2:GLMN-001:ENST00000370360.3:1785_1185:GLMN-201:ENST00000534881.1:1743_1143
chr1	92789513	.	CAAGT	C	112.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00046;AN=2152;DP=6102;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.9833;InbreedingCoeff=0.0357;MQ=65.55;MQ0=2;SZ=-4;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.5856;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPAP2:ENSG00000122484.6:+:deletionFS:2/2:RPAP2-001:ENST00000370343.3:1839_1036:RPAP2-201:ENST00000394482.1:1752_1036
chr1	92789570	.	AACTT	A	140.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2122;BaseQRankSum=2.946;DP=5859;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=25.8221;InbreedingCoeff=0.0325;MQ=59.39;MQ0=3;MQRankSum=-0.012;ReadPosRankSum=0.428;SZ=-4;TR=9;TU=ACTT;VQSLOD=6.9390;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPAP2:ENSG00000122484.6:+:deletionFS:2/2:RPAP2-001:ENST00000370343.3:1839_1093:RPAP2-201:ENST00000394482.1:1752_1093
chr1	93309247	.	TTAA	T	19.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2072;BaseQRankSum=1.923;DP=5550;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.3835;InbreedingCoeff=0.0463;MQ=64.08;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=6.4774;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM69A:ENSG00000154511.6:-:deletionNFS:1/2:FAM69A-001:ENST00000370310.4:1287_980_327_KD->D
chr1	93602504	.	T	TA	51.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;DP=5627;DS;FS=4.257;HR=1;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=16.7406;InbreedingCoeff=-0.0307;MQ=57.75;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.1780;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTF2:ENSG00000143033.11:+:insertionFS:4/5:MTF2-001:ENST00000370298.4:1782_1702:MTF2-003:ENST00000370303.4:1611_1531:MTF2-202:ENST00000540243.1:1476_1396:MTF2-203:ENST00000545708.1:1476_1396
chr1	93646355	.	GA	G	70.50	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00193;AN=1554;BaseQRankSum=2.161;DP=2475;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=9.2611;InbreedingCoeff=0.0377;MQ=56.34;MQ0=0;MQRankSum=4.082;ReadPosRankSum=-1.648;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3971;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC18:ENSG00000122483.12:+:deletionFS:1/3:CCDC18-003:ENST00000401026.3:4254_268
chr1	93672682	.	TAAC	T	110.30	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00158;AN=1898;DP=4373;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.0872;InbreedingCoeff=0.0853;MQ=61.89;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.1972;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC18:ENSG00000122483.12:+:deletionNFS:2/3:CCDC18-003:ENST00000401026.3:4254_1290_430_NN->N:CCDC18-202:ENST00000338949.4:2409_333_111_NN->N
chr1	94502312	rs62642572	TGAATCA	T	170.88	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1910;BaseQRankSum=3.000;DB;DP=4667;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.8104;InbreedingCoeff=0.0681;MQ=65.22;MQ0=0;MQRankSum=0.036;ReadPosRankSum=0.321;SB=-67.45;SZ=-6;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.6540;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA4:ENSG00000198691.6:-:deletionNFS:2/5:ABCA4-001:ENST00000370225.3:6822_3846_1282_SGP->P:ABCA4-204:ENST00000546054.1:3198_222_74_SGP->P
chr1	94953505	.	G	GT	7.05	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00111;AN=1806;BaseQRankSum=-1.111;DP=4385;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=14.5458;InbreedingCoeff=0.0415;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=0.642;ReadPosRankSum=1.490;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5450;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ABCD3:ENSG00000117528.7:+:insertionFS:3/5:ABCD3-001:ENST00000370214.4:1980_1123:ABCD3-202:ENST00000454898.2:2052_1195:ABCD3-203:ENST00000536817.1:1761_904
chr1	95307636	.	A	ATGAAG	22.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1862;BaseQRankSum=-0.002;DP=4564;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.4186;InbreedingCoeff=0.1728;MQ=61.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.221;ReadPosRankSum=0.103;SZ=5;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.3792;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC44A3:ENSG00000143036.12:+:insertionFS:6/6:SLC44A3-001:ENST00000271227.6:1962_841:SLC44A3-004:ENST00000446120.2:1854_733:SLC44A3-005:ENST00000527077.1:1758_637:SLC44A3-006:ENST00000529450.1:1863_745:SLC44A3-002:ENST00000467909.1:1818_697:SLC44A3-007:ENST00000532427.1:1722_601
chr1	95657345	.	C	CAA	4.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=-0.198;DP=4665;DS;FS=2.846;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=15.3035;InbreedingCoeff=0.0344;MQ=56.41;MQ0=1;MQRankSum=-0.483;QD=0.27;ReadPosRankSum=1.312;SB=0.97;SZ=2;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.4947;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM56:ENSG00000152078.5:+:insertionFS:1/1:TMEM56-001:ENST00000370203.4:792_713
chr1	95712384	.	TAAG	T	650.55	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00378;AN=1850;BaseQRankSum=5.638;DP=4572;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.6697;InbreedingCoeff=-0.0219;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.879;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.748;SB=-366.73;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.8817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RWDD3:ENSG00000122481.12:+:deletionNFS:1/3:RWDD3-002:ENST00000370202.4:804_762_254_LK->L
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chr1	100214310	.	T	TC	7.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1920;BaseQRankSum=1.119;DP=5255;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.2071;InbreedingCoeff=0.0975;MQ=59.44;MQ0=1;MQRankSum=1.477;ReadPosRankSum=0.759;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8732;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FRRS1:ENSG00000156869.7:-:insertionFS:2/2:FRRS1-001:ENST00000287474.4:1881_15:FRRS1-201:ENST00000414213.1:1779_15
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chr1	100584675	.	G	GT	8.95	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1880;BaseQRankSum=-1.123;DP=3995;DS;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=11.6056;InbreedingCoeff=0.1104;MQ=65.44;MQ0=0;MQRankSum=2.960;ReadPosRankSum=-1.412;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=5.5678;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SASS6:ENSG00000156876.7:-:insertionFS:3/3:SASS6-001:ENST00000287482.5:1974_568:SASS6-202:ENST00000539329.1:1893_487:SASS6-201:ENST00000535161.1:1473_67
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chr1	100618005	rs72388519	CTCT	C	5611.11	PASS	AA=0;AC=61;AF=0.02984;AN=2044;BaseQRankSum=16.344;DB;DP=4919;DS;FS=1.003;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.2551;InbreedingCoeff=0.0386;MQ=69.13;MQ0=0;MQRankSum=-3.852;QD=17.87;ReadPosRankSum=-1.164;SB=-2635.38;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.9477;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC39:ENSG00000122477.7:-:deletionNFS:4/4:LRRC39-201:ENST00000342895.3:1008_888_296_EE->E:LRRC39-001:ENST00000370137.1:1008_888_296_EE->E:LRRC39-202:ENST00000370136.2:1020_888_296_EE->E:LRRC39-002:ENST00000370138.1:1020_888_296_EE->E
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chr1	100750827	.	A	AT	18.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1844;BaseQRankSum=-0.150;DP=4688;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.0396;InbreedingCoeff=0.1378;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=1.511;ReadPosRankSum=1.573;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.8219;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RTCD1:ENSG00000137996.8:+:insertionFS:2/3:RTCD1-002:ENST00000260563.4:1140_882:RTCD1-001:ENST00000370128.4:1101_843
chr1	101185439	.	T	TC	4.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;DP=5399;DS;FS=2.167;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.5038;InbreedingCoeff=0.1146;MQ=58.11;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4402;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:VCAM1:ENSG00000162692.5:+:insertionFS:4/4:VCAM1-001:ENST00000294728.2:2220_23:VCAM1-002:ENST00000347652.2:1944_23:VCAM1-003:ENST00000370115.1:1623_23:VCAM1-004:ENST00000370119.3:2034_23
chr1	101339876	.	A	AC	95.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2094;DP=5762;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.2751;InbreedingCoeff=0.0098;MQ=58.32;MQ0=30;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.4295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXTL2:ENSG00000162694.9:-:insertionFS:3/3:EXTL2-002:ENST00000370113.3:993_615:EXTL2-001:ENST00000370114.3:993_615:EXTL2-201:ENST00000535414.1:954_576
chr1	101487311	.	TA	T	6.08	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1886;BaseQRankSum=2.100;DP=4521;DS;FS=2.056;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=11.7474;InbreedingCoeff=0.0255;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.114;QD=0.87;ReadPosRankSum=0.539;SB=-33.93;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.1451;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DPH5:ENSG00000117543.13:-:deletionFS:5/6:DPH5-003:ENST00000342173.7:855_146:DPH5-001:ENST00000370109.3:858_146:DPH5-201:ENST00000422396.2:705_146:DPH5-203:ENST00000434818.2:855_146:DPH5-002:ENST00000488176.1:858_146
chr1	101705901	.	CA	C	10.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=1.217;DP=4535;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.2246;InbreedingCoeff=0.0328;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.020;ReadPosRankSum=0.305;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9222;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S1PR1:ENSG00000170989.7:+:deletionFS:1/2:S1PR1-201:ENST00000424264.1:1353_1309
chr1	102302475	.	CG	C	25.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1928;DP=4663;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=13.3727;InbreedingCoeff=0.0726;MQ=59.60;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.1939;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OLFM3:ENSG00000118733.11:-:deletionFS:3/5:OLFM3-003:ENST00000370103.4:1377_176:OLFM3-001:ENST00000338858.5:1437_236:OLFM3-201:ENST00000359814.3:708_236
chr1	103471654	.	TC	T	9.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1750;DP=3252;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=8.8380;InbreedingCoeff=0.0667;MQ=64.58;MQ0=0;SZ=-1;TR=12;TU=CCTCTT;VQSLOD=5.2210;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COL11A1:ENSG00000060718.13:-:deletionFS:4/5:COL11A1-201:ENST00000353414.4:5304_1644:COL11A1-202:ENST00000358392.2:5457_1797:COL11A1-001:ENST00000370096.3:5421_1761:COL11A1-008:ENST00000512756.1:5073_1413
chr1	104076466	.	GAA	G,GA,GAAA	557.30	PASS	AA=0;AC=17,165,112;AF=0.00963,0.09343,0.06342;AN=1766;BaseQRankSum=1.003;DP=3945;DS;FS=1.996;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=24.7007;InbreedingCoeff=0.4114;MQ=66.15;MQ0=2;MQRankSum=0.705;QD=0.63;ReadPosRankSum=-1.394;SB=-776.41;SZ=-2;TR=12;TU=A;VQSLOD=8.0540;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RNPC3:ENSG00000185946.10:+:deletionFS:3/3:RNPC3-201:ENST00000423855.1:1554_346:RNPC3-001:ENST00000524631.1:1551_346:RNPC3-003:ENST00000533099.1:1554_346,2:RNPC3:ENSG00000185946.10:+:deletionFS:3/3:RNPC3-201:ENST00000423855.1:1554_346:RNPC3-001:ENST00000524631.1:1551_346:RNPC3-003:ENST00000533099.1:1554_346,3:RNPC3:ENSG00000185946.10:+:insertionFS:3/3:RNPC3-201:ENST00000423855.1:1554_346:RNPC3-001:ENST00000524631.1:1551_346:RNPC3-003:ENST00000533099.1:1554_346
chr1	107599382	.	C	CGAA	45.60	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00059;AN=1686;BaseQRankSum=-2.119;DP=2672;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.6314;InbreedingCoeff=0.0595;MQ=72.18;MQ0=0;MQRankSum=0.437;ReadPosRankSum=-1.662;SZ=.;TR=10;TU=CGG;VQSLOD=5.1437;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRMT6:ENSG00000198890.5:+:insertionNFS:1/3:PRMT6-001:ENST00000370078.1:1128_45_15_G->GE
chr1	108231052	.	AT	A	8.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1922;DP=5191;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.4304;InbreedingCoeff=0.0841;MQ=67.03;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5701;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:VAV3:ENSG00000134215.11:-:deletionFS:1/5:VAV3-005:ENST00000415432.2:864_2
chr1	108679326	.	A	AC	10.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;BaseQRankSum=0.773;DP=4769;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.5129;InbreedingCoeff=0.0211;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=1.742;ReadPosRankSum=1.629;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3244;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A24:ENSG00000085491.10:-:insertionFS:1/1:SLC25A24-001:ENST00000264128.8:1434_1383
chr1	108690926	.	G	GCA	194.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;DP=5246;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.1558;InbreedingCoeff=0.0137;MQ=57.09;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.4534;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A24:ENSG00000085491.10:-:insertionFS:1/1:SLC25A24-001:ENST00000264128.8:1434_905
chr1	108724604	.	AC	A	135.42	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00106;AN=1882;DP=4240;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=12.5590;InbreedingCoeff=0.0320;MQ=58.58;MQ0=1;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.9254;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A24:ENSG00000085491.10:-:deletionFS:1/1:SLC25A24-001:ENST00000264128.8:1434_357
chr1	109171128	.	A	AG	27.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;DP=4520;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.7395;InbreedingCoeff=0.1000;MQ=58.51;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=6.1147;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM102B:ENSG00000162636.10:+:insertionFS:3/3:FAM102B-003:ENST00000405454.1:1068_764:FAM102B-001:ENST00000370035.3:1083_764:FAM102B-201:ENST00000437902.1:1065_764
chr1	109193720	.	CAG	C	47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2088;BaseQRankSum=3.070;DP=4930;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.0758;InbreedingCoeff=-0.0148;MQ=73.67;MQ0=1;MQRankSum=-0.320;ReadPosRankSum=-1.266;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9908;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HENMT1:ENSG00000162639.11:-:deletionFS:3/3:HENMT1-003:ENST00000370031.1:1275_510:HENMT1-201:ENST00000370032.5:1182_510:HENMT1-001:ENST00000402983.1:1182_510
chr1	109261596	.	CT	C	128.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;BaseQRankSum=3.129;DP=4976;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.0341;InbreedingCoeff=0.1187;MQ=65.44;MQ0=0;MQRankSum=0.622;ReadPosRankSum=-1.013;SZ=-1;TR=6;TU=CT;VQSLOD=8.6081;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FNDC7:ENSG00000143107.4:+:deletionFS:2/2:FNDC7-001:ENST00000370017.3:2202_523:FNDC7-201:ENST00000271311.2:2205_526
chr1	109276137	.	C	CA	101.21	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1890;BaseQRankSum=-1.311;DP=4508;DS;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=13.4808;InbreedingCoeff=0.0236;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.446;ReadPosRankSum=-0.635;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=6.6845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FNDC7:ENSG00000143107.4:+:insertionFS:2/2:FNDC7-001:ENST00000370017.3:2202_2123:FNDC7-201:ENST00000271311.2:2205_2126
chr1	109440678	.	CAGA	C	68.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1834;DP=4251;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2765;InbreedingCoeff=0.1074;MQ=57.55;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=6.5633;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPSM2:ENSG00000121957.7:+:deletionNFS:2/2:GPSM2-201:ENST00000264126.3:2055_512_171_PE->P:GPSM2-001:ENST00000406462.1:2055_512_171_PE->P
chr1	109465156	.	TCAA	T	496.74	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00496;AN=2018;BaseQRankSum=5.640;DP=4907;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.7698;InbreedingCoeff=0.0913;MQ=72.00;MQ0=0;MQRankSum=-2.711;ReadPosRankSum=-1.082;SZ=-3;TR=10;TU=AAC;VQSLOD=7.4688;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPSM2:ENSG00000121957.7:+:deletionNFS:2/2:GPSM2-201:ENST00000264126.3:2055_1558_520_ST->S:GPSM2-001:ENST00000406462.1:2055_1558_520_ST->S
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chr1	109474021	.	AG	A	599.14	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00425;AN=1882;BaseQRankSum=6.212;DP=5054;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.0393;InbreedingCoeff=-0.0154;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=1.155;ReadPosRankSum=-2.615;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.9817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLCC1:ENSG00000121940.11:-:deletionFS:1/9:CLCC1-002:ENST00000369976.1:789_746
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chr1	110167935	.	T	TG	22.67	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00196;AN=1530;BaseQRankSum=4.753;DP=2674;HR=2;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=12.2372;InbreedingCoeff=0.1401;MQ=69.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.970;ReadPosRankSum=0.788;SZ=1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.6927;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AMPD2:ENSG00000116337.11:+:insertionFS:3/6:AMPD2-001:ENST00000342115.4:2397_21:AMPD2-011:ENST00000256578.3:2640_264:AMPD2-005:ENST00000528667.1:2640_264
chr1	110201473	.	CA	C	7.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2014;DP=6441;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=17.3001;InbreedingCoeff=0.1057;MQ=57.52;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4782;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GSTM4:ENSG00000168765.10:+:deletionFS:4/4:GSTM4-003:ENST00000326729.5:588_398:GSTM4-201:ENST00000336075.5:474_215:GSTM4-001:ENST00000369836.4:657_398:GSTM4-002:ENST00000369833.1:609_275
chr1	110257834	.	A	AT	4952.92	PASS	AA=0;AC=155;AF=0.07332;AN=2114;BaseQRankSum=25.818;DP=5641;DS;FS=2.555;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.2253;InbreedingCoeff=0.1588;MQ=55.56;MQ0=3;MQRankSum=-3.401;QD=9.43;ReadPosRankSum=4.677;SB=-2279.19;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.2471;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GSTM5:ENSG00000134201.5:+:insertionFS:3/3:GSTM5-001:ENST00000256593.3:657_539:GSTM5-004:ENST00000369812.4:714_596:GSTM5-002:ENST00000369813.1:609_416
chr1	110299686	.	A	AG	13.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=3.594;DP=4528;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=17.5289;InbreedingCoeff=-0.0613;MQ=59.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;ReadPosRankSum=-1.062;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9135;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPS8L3:ENSG00000198758.6:-:insertionFS:3/3:EPS8L3-003:ENST00000361852.4:1692_1071:EPS8L3-002:ENST00000361965.4:1782_1071:EPS8L3-001:ENST00000369805.3:1785_1074
chr1	110884856	.	TGAA	T	110.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2106;BaseQRankSum=2.859;DP=5511;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.3253;InbreedingCoeff=-0.0096;MQ=63.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;ReadPosRankSum=-1.433;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=6.6020;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM15:ENSG00000162775.9:+:deletionNFS:1/1:RBM15-001:ENST00000369784.3:2934_2829_943_SE->S
chr1	110931920	.	TG	T	6.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2112;DP=5686;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.3789;InbreedingCoeff=0.1084;MQ=80.95;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9071;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC16A4:ENSG00000168679.13:-:deletionFS:3/5:SLC16A4-001:ENST00000369779.4:1464_26:SLC16A4-004:ENST00000369781.4:960_26:SLC16A4-002:ENST00000472422.2:1320_26
chr1	111060847	.	TC	T	232.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;BaseQRankSum=2.735;DP=5111;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.6510;InbreedingCoeff=0.0830;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.426;ReadPosRankSum=0.297;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.8994;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNA10:ENSG00000143105.5:-:deletionFS:1/1:KCNA10-001:ENST00000369771.2:1536_563
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chr1	111783953	.	GC	G	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=0.744;DP=5133;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=22.5377;InbreedingCoeff=0.1011;MQ=70.83;MQ0=0;MQRankSum=1.551;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.342;SB=-39.18;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6978;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHI3L2:ENSG00000064886.8:+:deletionFS:5/5:CHI3L2-004:ENST00000369744.2:1143_893:CHI3L2-201:ENST00000369748.4:1173_923:CHI3L2-001:ENST00000445067.2:1173_923:CHI3L2-002:ENST00000466741.1:936_686:CHI3L2-012:ENST00000524472.1:936_686
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chr1	111962305	.	TAATC	T	38.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2038;DP=6006;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.9134;InbreedingCoeff=0.0851;MQ=69.45;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=AATC;VQSLOD=5.3761;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OVGP1:ENSG00000085465.10:-:deletionFS:4/4:OVGP1-001:ENST00000369732.3:2037_947:OVGP1-201:ENST00000369728.2:2229_1139:OVGP1-202:ENST00000434331.2:1461_371:OVGP1-203:ENST00000540696.1:558_472
chr1	112020370	.	A	AG	157.56	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00216;AN=1852;BaseQRankSum=-2.319;DP=4077;FS=3.840;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.1761;InbreedingCoeff=0.0405;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=2.629;QD=10.73;ReadPosRankSum=-1.591;SB=-83.81;SZ=1;TR=14;TU=AGGCCCC;VQSLOD=7.0958;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf162:ENSG00000143110.7:+:insertionFS:2/2:C1orf162-001:ENST00000343534.5:468_300:C1orf162-003:ENST00000369718.3:393_225
chr1	112269633	.	TG	T	17.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1822;DP=3907;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.6418;InbreedingCoeff=0.0322;MQ=59.40;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.5341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf183:ENSG00000197852.7:-:deletionFS:2/3:C1orf183-002:ENST00000444059.2:849_806:C1orf183-001:ENST00000357260.5:894_851
chr1	112302139	.	TCA	T	9.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2054;DP=4229;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.8678;InbreedingCoeff=0.0734;MQ=80.95;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.0594;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX20:ENSG00000064703.7:+:deletionFS:1/3:DDX20-001:ENST00000369702.4:2475_514
chr1	112303403	.	TG	T	9.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2022;BaseQRankSum=2.300;DP=5055;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.1832;InbreedingCoeff=0.0931;MQ=70.16;MQ0=0;MQRankSum=0.010;ReadPosRankSum=-0.170;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8824;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DDX20:ENSG00000064703.7:+:deletionFS:1/3:DDX20-001:ENST00000369702.4:2475_756
chr1	112305577	.	TATG	T	61.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2046;BaseQRankSum=2.822;DP=5499;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.9996;InbreedingCoeff=0.2056;MQ=77.21;MQ0=1;MQRankSum=-1.687;ReadPosRankSum=-0.410;SZ=-3;TR=10;TU=ATG;VQSLOD=6.6557;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DDX20:ENSG00000064703.7:+:deletionNFS:2/3:DDX20-001:ENST00000369702.4:2475_1260_420_NM->N:DDX20-002:ENST00000475700.1:1299_84_28_NM->N
chr1	113119620	.	A	AG	15.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00099;AN=2024;DP=4290;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.3809;InbreedingCoeff=-0.0172;MQ=71.62;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9688;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ST7L:ENSG00000007341.12:-:insertionFS:11/12:ST7L-001:ENST00000358039.4:1728_1233:ST7L-003:ENST00000360743.4:1635_1233:ST7L-002:ENST00000490067.1:1677_1182:ST7L-206:ENST00000544629.1:1533_1038:ST7L-011:ENST00000369669.1:1179_684:ST7L-202:ENST00000369668.2:1668_1233:ST7L-004:ENST00000343210.7:1668_1233:ST7L-008:ENST00000369666.1:1617_1182:ST7L-204:ENST00000538187.1:1500_1065:ST7L-205:ENST00000543570.1:1206_1182:ST7L-201:ENST00000369665.2:963_867
chr1	113231760	.	GGT	G,GGTGT	18.46	PASS	AA=.;AC=12,17;AF=0.00588,0.00833;AN=2042;BaseQRankSum=3.763;DP=5207;DS;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=15.6960;InbreedingCoeff=0.1800;MQ=76.83;MQ0=0;MQRankSum=0.462;QD=0.10;ReadPosRankSum=-1.641;SZ=.;TR=12;TU=GT;VQSLOD=6.9272;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MOV10:ENSG00000155363.12:+:spliceOverlap:6/7:MOV10-201:ENST00000285733.8:1692:MOV10-005:ENST00000357443.2:3012:MOV10-006:ENST00000369645.1:3012:MOV10-001:ENST00000413052.2:3012:MOV10-202:ENST00000369648.5:2826:MOV10-003:ENST00000369644.1:2844,2:MOV10:ENSG00000155363.12:+:spliceOverlap:6/7:MOV10-201:ENST00000285733.8:1692:MOV10-005:ENST00000357443.2:3012:MOV10-006:ENST00000369645.1:3012:MOV10-001:ENST00000413052.2:3012:MOV10-202:ENST00000369648.5:2826:MOV10-003:ENST00000369644.1:2844
chr1	113236722	.	AG	A	9.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=1.410;DP=4405;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.4505;InbreedingCoeff=0.0953;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=1.189;ReadPosRankSum=-2.739;SZ=-1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=6.1791;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MOV10:ENSG00000155363.12:+:deletionFS:6/7:MOV10-201:ENST00000285733.8:1692_1223:MOV10-005:ENST00000357443.2:3012_1223:MOV10-006:ENST00000369645.1:3012_1223:MOV10-001:ENST00000413052.2:3012_1223:MOV10-202:ENST00000369648.5:2826_1037:MOV10-003:ENST00000369644.1:2844_1055
chr1	113243115	.	A	AG	7.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1828;BaseQRankSum=1.777;DP=4456;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.2324;InbreedingCoeff=-0.0248;MQ=56.75;MQ0=0;MQRankSum=1.586;ReadPosRankSum=0.298;SZ=1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=4.8311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MOV10:ENSG00000155363.12:+:insertionFS:5/7:MOV10-005:ENST00000357443.2:3012_2998:MOV10-006:ENST00000369645.1:3012_2998:MOV10-001:ENST00000413052.2:3012_2998:MOV10-202:ENST00000369648.5:2826_2812:MOV10-003:ENST00000369644.1:2844_2830
chr1	113252851	.	CTTG	C	667.23	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.00847;AN=1772;BaseQRankSum=5.391;DP=4171;DS;FS=12.953;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.2978;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=65.43;MQ0=1;MQRankSum=0.052;QD=18.03;ReadPosRankSum=3.417;SB=-177.49;SZ=-3;TR=9;TU=GTT;VQSLOD=6.8159;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPM1J:ENSG00000155367.10:-:deletionNFS:2/2:PPM1J-001:ENST00000309276.6:1518_1452_484_KL->L:PPM1J-201:ENST00000359994.4:900_834_278_KL->L
chr1	113460319	.	GTCT	G	37.49	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1864;DP=5263;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.4653;InbreedingCoeff=-0.0252;MQ=57.11;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.8090;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC16A1:ENSG00000155380.7:-:deletionNFS:3/3:SLC16A1-201:ENST00000369626.3:1503_709_237_HP->P:SLC16A1-001:ENST00000538576.1:1503_709_237_HP->P:SLC16A1-202:ENST00000433570.4:1293_709_237_HP->P
chr1	114165493	.	C	CT	7.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1966;BaseQRankSum=0.682;DP=4592;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.4960;InbreedingCoeff=0.0721;MQ=62.49;MQ0=0;MQRankSum=0.818;ReadPosRankSum=1.887;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3136;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAGI3:ENSG00000081026.13:+:insertionFS:4/5:MAGI3-004:ENST00000307546.9:4446_1237:MAGI3-001:ENST00000369611.4:3378_1237:MAGI3-003:ENST00000369615.1:3378_1237:MAGI3-002:ENST00000369617.4:3453_1312
chr1	114225766	.	T	TAAGA	239.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2104;BaseQRankSum=-3.460;DP=5284;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.4443;InbreedingCoeff=-0.0204;MQ=71.62;MQ0=0;MQRankSum=0.647;ReadPosRankSum=0.841;SZ=4;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.6303;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAGI3:ENSG00000081026.13:+:insertionFS:2/5:MAGI3-004:ENST00000307546.9:4446_3576:MAGI3-201:ENST00000546156.1:1230_696
chr1	114246780	.	G	GC	7.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;BaseQRankSum=-1.016;DP=4260;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=11.4726;InbreedingCoeff=0.0473;MQ=67.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.173;ReadPosRankSum=-0.671;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4453;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHTF1:ENSG00000116793.10:-:insertionFS:7/8:PHTF1-202:ENST00000369597.4:2151_1678:PHTF1-201:ENST00000369596.2:2130_1654:PHTF1-011:ENST00000369598.1:2154_1678:PHTF1-010:ENST00000369600.1:2130_1654:PHTF1-001:ENST00000369604.1:2289_1813:PHTF1-203:ENST00000393357.2:2289_1813:PHTF1-002:ENST00000357783.2:1914_1813
chr1	114309735	.	G	GT	8.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1872;BaseQRankSum=-0.281;DP=4619;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.9583;InbreedingCoeff=0.0412;MQ=65.03;MQ0=0;MQRankSum=1.173;ReadPosRankSum=-1.296;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RSBN1:ENSG00000081019.9:-:insertionFS:1/1:RSBN1-001:ENST00000261441.5:2409_1921
chr1	114340181	.	TC	T	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2004;BaseQRankSum=1.905;DP=5130;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=10.6495;InbreedingCoeff=0.0838;MQ=68.80;MQ0=1;MQRankSum=-2.274;QD=1.06;ReadPosRankSum=2.223;SB=-31.03;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.0228;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RSBN1:ENSG00000081019.9:-:deletionFS:1/1:RSBN1-001:ENST00000261441.5:2409_1181
chr1	114380740	rs112873647	A	AATT	427.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;DB;DP=5180;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.8343;InbreedingCoeff=0.0377;MQ=58.34;MQ0=0;SZ=3;TR=12;TU=AATTAG;VQSLOD=7.8180;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTPN22:ENSG00000134242.10:-:insertionNFS:6/7:PTPN22-001:ENST00000359785.5:2424_1282_428_S->NS:PTPN22-004:ENST00000528414.1:2259_1117_373_S->NS:PTPN22-202:ENST00000538253.1:1692_550_184_S->NS:PTPN22-006:ENST00000420377.2:2388_1282_428_S->NS:PTPN22-007:ENST00000525799.1:2007_901_301_S->NS:PTPN22-201:ENST00000354605.5:2076_1282_428_S->NS
chr1	114495494	.	GC	G	5.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2092;BaseQRankSum=2.038;DP=4642;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.9031;InbreedingCoeff=-0.0108;MQ=70.18;MQ0=1;MQRankSum=-2.857;ReadPosRankSum=-0.100;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8161;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HIPK1:ENSG00000163349.15:+:deletionFS:8/10:HIPK1-006:ENST00000426820.2:3846_1396:HIPK1-004:ENST00000369554.2:3498_1183:HIPK1-201:ENST00000369555.1:3498_1183:HIPK1-202:ENST00000369558.1:3633_1183:HIPK1-009:ENST00000369561.4:3531_1183:HIPK1-001:ENST00000443627.1:3633_1183:HIPK1-002:ENST00000369559.4:3228_1183:HIPK1-007:ENST00000340480.4:2511_61
chr1	114940460	.	G	GC	20.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=-1.113;DP=5299;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.9811;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=1.026;ReadPosRankSum=1.919;SZ=1;TR=8;TU=CCTG;VQSLOD=5.6592;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM33:ENSG00000197323.6:-:insertionFS:3/3:TRIM33-001:ENST00000358465.2:3384_3194:TRIM33-002:ENST00000369543.2:3333_3143:TRIM33-201:ENST00000450349.2:2280_2090
chr1	115168454	.	TTA	T	5.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=1.881;DP=4957;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.8144;InbreedingCoeff=0.0655;MQ=64.93;MQ0=2;MQRankSum=1.371;ReadPosRankSum=-1.379;SZ=-2;TR=5;TU=AT;VQSLOD=6.0040;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DENND2C:ENSG00000175984.8:-:deletionFS:4/4:DENND2C-201:ENST00000369540.4:2787_152:DENND2C-005:ENST00000393274.1:2787_152:DENND2C-001:ENST00000393276.3:2616_152:DENND2C-202:ENST00000393277.1:2451_152
chr1	115218558	.	TG	T	10.55	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00103;AN=1940;BaseQRankSum=2.748;DP=5404;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.8724;InbreedingCoeff=0.0254;MQ=60.27;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMPD1:ENSG00000116748.14:-:deletionFS:3/3:AMPD1-002:ENST00000369538.3:2331_1542:AMPD1-001:ENST00000520113.2:2343_1554:AMPD1-201:ENST00000353928.6:2244_1455
chr1	115401277	.	T	TG	15.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1918;BaseQRankSum=-0.149;DP=4594;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.9539;InbreedingCoeff=0.0013;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.661;ReadPosRankSum=1.242;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3416;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYCP1:ENSG00000198765.6:+:insertionFS:3/3:SYCP1-002:ENST00000369518.1:2931_401:SYCP1-001:ENST00000369522.3:2931_401:SYCP1-201:ENST00000536734.1:2388_401
chr1	115527488	.	TG	T	4.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1750;BaseQRankSum=0.868;DP=3216;FS=0.000;HR=4;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.1597;InbreedingCoeff=0.0740;MQ=62.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.474;QD=2.02;ReadPosRankSum=-2.133;SB=-24.73;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.1925;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYCP1:ENSG00000198765.6:+:deletionFS:2/3:SYCP1-002:ENST00000369518.1:2931_2702:SYCP1-001:ENST00000369522.3:2931_2702
chr1	115537600	.	GA	G,GAA	157.38	PASS	AA=0;AC=36,61;AF=0.01991,0.03374;AN=1808;BaseQRankSum=3.019;DP=3221;FS=0.000;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=9.5589;InbreedingCoeff=0.1815;MQ=61.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.715;QD=0.66;ReadPosRankSum=0.092;SB=-236.01;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.1960;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SYCP1:ENSG00000198765.6:+:deletionFS:2/3:SYCP1-002:ENST00000369518.1:2931_2891:SYCP1-001:ENST00000369522.3:2931_2891,2:SYCP1:ENSG00000198765.6:+:insertionFS:2/3:SYCP1-002:ENST00000369518.1:2931_2891:SYCP1-001:ENST00000369522.3:2931_2891
chr1	115576826	.	A	AT	16.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=-2.081;DP=5292;DS;HR=1;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.5154;InbreedingCoeff=-0.0013;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.608;ReadPosRankSum=0.194;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSHB:ENSG00000134200.2:+:insertionFS:2/2:TSHB-201:ENST00000256592.1:417_395:TSHB-001:ENST00000369517.1:417_395
chr1	115828720	.	GCA	G	13.13	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00188;AN=1596;BaseQRankSum=2.343;DP=2733;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.2281;InbreedingCoeff=0.0975;MQ=68.28;MQ0=0;MQRankSum=0.252;ReadPosRankSum=1.570;SZ=-2;TR=12;TU=AC;VQSLOD=6.0643;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NGF:ENSG00000134259.3:-:deletionFS:1/1:NGF-001:ENST00000369512.2:726_697
chr1	116243912	rs72554069	TATC	T	57.55	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.00280;AN=2142;BaseQRankSum=4.256;DB;DP=7474;DS;FS=2.732;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=27.5522;InbreedingCoeff=0.0672;MQ=71.73;MQ0=1;MQRankSum=0.363;QD=0.25;ReadPosRankSum=0.038;SB=-59.62;SZ=.;TR=18;TU=ATC;VQSLOD=5.7620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASQ2:ENSG00000118729.8:-:deletionNFS:3/3:CASQ2-001:ENST00000261448.5:1200_1150_384_NS->S:CASQ2-201:ENST00000446755.2:1062_1012_338_NS->S:CASQ2-202:ENST00000456138.2:987_937_313_NS->S
chr1	116577813	.	TG	T	7.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2022;DP=5021;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.5414;InbreedingCoeff=0.0381;MQ=68.77;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.0699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC22A15:ENSG00000163393.8:+:deletionFS:1/2:SLC22A15-001:ENST00000369503.4:1644_950
chr1	116933001	.	T	TC	11.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;DP=4622;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.3939;InbreedingCoeff=0.1200;MQ=58.12;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9153;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATP1A1:ENSG00000163399.10:+:insertionFS:4/5:ATP1A1-001:ENST00000295598.5:3072_1190:ATP1A1-204:ENST00000537345.1:3072_1190:ATP1A1-201:ENST00000339159.5:2043_1187:ATP1A1-202:ENST00000369496.4:2979_1097
chr1	117120142	.	A	AAG	19.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2138;DP=6232;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.5160;InbreedingCoeff=0.0524;MQ=77.74;MQ0=1;SZ=2;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.1530;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF3:ENSG00000143061.13:-:insertionFS:3/3:IGSF3-002:ENST00000318837.6:3645_3437:IGSF3-201:ENST00000369483.1:3645_3437:IGSF3-001:ENST00000369486.3:3585_3377
chr1	117122288	rs56982445	G	GCC,GTCC	109.82	PASS	AA=.;AC=106,58;AF=0.05644,0.03088;AN=1878;BaseQRankSum=16.876;DB;DP=3800;DS;FS=16.353;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=30.4294;InbreedingCoeff=0.2756;MQ=62.68;MQ0=15;MQRankSum=-0.982;QD=0.32;ReadPosRankSum=3.799;SB=-313.91;SZ=.;TR=21;TU=CGT;VQSLOD=7.3711;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:IGSF3:ENSG00000143061.13:-:insertionFS:3/3:IGSF3-002:ENST00000318837.6:3645_3120:IGSF3-201:ENST00000369483.1:3645_3120:IGSF3-001:ENST00000369486.3:3585_3060,2:IGSF3:ENSG00000143061.13:-:insertionNFS:3/3:IGSF3-002:ENST00000318837.6:3645_3120_1040_D->ED:IGSF3-201:ENST00000369483.1:3645_3120_1040_D->ED:IGSF3-001:ENST00000369486.3:3585_3060_1020_D->ED
chr1	117122307	.	T	TC	36.57	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00103;AN=1936;BaseQRankSum=12.531;DP=4307;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=16.6261;InbreedingCoeff=0.1183;MQ=58.45;MQ0=27;MQRankSum=-1.552;ReadPosRankSum=3.921;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.6773;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IGSF3:ENSG00000143061.13:-:insertionFS:3/3:IGSF3-002:ENST00000318837.6:3645_3101:IGSF3-201:ENST00000369483.1:3645_3101:IGSF3-001:ENST00000369486.3:3585_3041
chr1	117504022	.	TGTG	T	435.20	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00335;AN=1790;DP=4457;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.9751;InbreedingCoeff=0.0108;MQ=57.26;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=7.1451;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTGFRN:ENSG00000134247.8:+:deletionNFS:2/2:PTGFRN-201:ENST00000544471.1:2217_948_316_NV->N:PTGFRN-001:ENST00000393203.2:2640_1371_457_NV->N
chr1	117509690	.	CAA	C	53.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;DP=5220;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.8839;InbreedingCoeff=0.0290;MQ=57.50;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.5250;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTGFRN:ENSG00000134247.8:+:deletionFS:2/2:PTGFRN-201:ENST00000544471.1:2217_1374:PTGFRN-001:ENST00000393203.2:2640_1797
chr1	117552578	.	AC	A	72.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2082;BaseQRankSum=2.009;DP=5348;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.7261;InbreedingCoeff=-0.0470;MQ=60.30;MQ0=1;MQRankSum=0.625;ReadPosRankSum=-0.686;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0183;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD101:ENSG00000134256.8:+:deletionFS:2/2:CD101-001:ENST00000256652.4:3066_150:CD101-201:ENST00000369470.1:3066_150
chr1	117644041	.	G	GC	13.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1978;BaseQRankSum=-0.298;DP=4845;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.6122;InbreedingCoeff=0.0662;MQ=62.10;MQ0=0;MQRankSum=0.667;ReadPosRankSum=1.299;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7591;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTF2:ENSG00000116830.5:+:insertionFS:1/1:TTF2-001:ENST00000369466.3:3489_3384
chr1	117944991	.	CA	C	5.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2046;BaseQRankSum=1.170;DP=4720;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.7868;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=62.64;MQ0=0;MQRankSum=1.072;ReadPosRankSum=-2.622;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.9769;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAN1A2:ENSG00000198162.6:+:deletionFS:1/3:MAN1A2-001:ENST00000356554.3:1926_486
chr1	117984881	.	C	CAA	29.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2046;DP=4943;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.3452;InbreedingCoeff=0.0653;MQ=70.44;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3127;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAN1A2:ENSG00000198162.6:+:insertionFS:2/3:MAN1A2-001:ENST00000356554.3:1926_884:MAN1A2-202:ENST00000369450.2:1128_176
chr1	118486040	.	AC	A	4.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=1.869;DP=5033;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.4045;InbreedingCoeff=0.0760;MQ=73.11;MQ0=0;MQRankSum=1.440;QD=1.08;ReadPosRankSum=1.253;SB=-30.68;SZ=-1;TR=9;TU=ATTC;VQSLOD=5.2699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR3:ENSG00000065183.10:+:deletionFS:1/2:WDR3-001:ENST00000349139.4:2832_1119
chr1	118506523	.	CTT	C	381.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2074;BaseQRankSum=4.078;DP=4936;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=16.5909;InbreedingCoeff=0.0320;MQ=74.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.769;ReadPosRankSum=-1.317;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.1230;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG17:ENSG00000155761.9:-:deletionFS:1/1:SPAG17-001:ENST00000336338.5:6672_6571
chr1	118558794	.	TG	T	5.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2024;BaseQRankSum=2.303;DP=5159;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.2853;InbreedingCoeff=0.0726;MQ=63.66;MQ0=0;MQRankSum=0.707;ReadPosRankSum=-0.821;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5913;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG17:ENSG00000155761.9:-:deletionFS:1/1:SPAG17-001:ENST00000336338.5:6672_4081
chr1	118574338	.	GTTC	G	16.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2062;BaseQRankSum=1.980;DP=5138;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.0350;InbreedingCoeff=0.0371;MQ=72.77;MQ0=0;MQRankSum=0.084;ReadPosRankSum=1.438;SZ=-3;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=6.1545;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG17:ENSG00000155761.9:-:deletionNFS:1/1:SPAG17-001:ENST00000336338.5:6672_3586_1196_HP->P
chr1	118598420	.	C	CG	6.61	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00055;AN=1832;BaseQRankSum=-0.100;DP=4342;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.5935;InbreedingCoeff=0.0118;MQ=58.05;MQ0=1;MQRankSum=0.884;ReadPosRankSum=1.643;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9646;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SPAG17:ENSG00000155761.9:-:insertionFS:1/1:SPAG17-001:ENST00000336338.5:6672_2658
chr1	118628550	.	GTA	G	166.13	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00158;AN=1894;BaseQRankSum=4.883;DP=5340;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.3966;InbreedingCoeff=-0.0083;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.707;ReadPosRankSum=1.464;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3622;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG17:ENSG00000155761.9:-:deletionFS:1/1:SPAG17-001:ENST00000336338.5:6672_1757
chr1	120056817	.	T	TG	79.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2086;DP=5177;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.6997;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=63.71;MQ0=17;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8654;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD3B1:ENSG00000203857.5:+:insertionFS:3/3:HSD3B1-201:ENST00000235547.6:1128_677:HSD3B1-001:ENST00000369413.3:1122_671:HSD3B1-004:ENST00000528909.1:1122_671
chr1	120056818	.	C	CAA	56.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2084;DP=5134;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.3700;InbreedingCoeff=0.0335;MQ=63.75;MQ0=19;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.7563;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD3B1:ENSG00000203857.5:+:insertionFS:3/3:HSD3B1-201:ENST00000235547.6:1128_678:HSD3B1-001:ENST00000369413.3:1122_672:HSD3B1-004:ENST00000528909.1:1122_672
chr1	120168580	.	CTT	C	70.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;BaseQRankSum=2.832;DP=5277;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.1173;InbreedingCoeff=0.0354;MQ=64.83;MQ0=0;MQRankSum=1.726;ReadPosRankSum=-0.443;SZ=-2;TR=8;TU=GTTT;VQSLOD=6.3189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF697:ENSG00000143067.4:-:deletionFS:1/1:ZNF697-001:ENST00000421812.2:1638_144
chr1	120345458	.	T	TC	7.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1872;DP=5697;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=18.3458;InbreedingCoeff=0.0991;MQ=57.59;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7983;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:REG4:ENSG00000134193.9:-:insertionFS:1/5:REG4-004:ENST00000369401.4:405_398
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chr1	144859816	rs72063878	TGGA	T,TGA	146.56	PASS	AA=0;AC=12,0;AF=0.00564,0.00000;AN=2128;BaseQRankSum=3.974;DB;DP=8781;DS;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=30.9645;InbreedingCoeff=0.1535;MQ=61.31;MQ0=5;MQRankSum=-0.115;QD=2.20;ReadPosRankSum=-1.454;SZ=-3;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=5.5342;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionNFS:5/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_6676_2226_IN->N:PDE4DIP-036:ENST00000530740.1:7296_6523_2175_IN->N:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_5950_1984_IN->N:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_6268_2090_IN->N:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_6268_2090_IN->N,2:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:5/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_6676:PDE4DIP-036:ENST00000530740.1:7296_6523:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_5950:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_6268:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_6268
chr1	144873962	rs11341221	CT	C	37769.60	PASS	AA=0;AC=573;AF=0.26357;AN=2174;BaseQRankSum=34.537;DB;DP=11604;DS;FS=12.338;HR=5;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=28.6768;InbreedingCoeff=-0.4162;MQ=65.30;MQ0=1;MQRankSum=3.639;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.765;SB=-16726.96;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.6214;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:4/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_5403:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_4863:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_4995:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_4995
chr1	144915623	rs66512216	AG	A	26734.97	PASS	AA=0;AC=396;AF=0.18384;AN=2154;BaseQRankSum=11.064;DB;DP=9614;DS;FS=5.063;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=32.4528;InbreedingCoeff=-0.4038;MQ=47.59;MQ0=66;MQRankSum=-3.881;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.803;SB=-12672.16;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.2183;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:11/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_2213:PDE4DIP-036:ENST00000530740.1:7296_2213:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_2000:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_1802:PDE4DIP-005:ENST00000369349.3:2910_1802:PDE4DIP-006:ENST00000313431.9:3399_2291:PDE4DIP-004:ENST00000369351.3:2967_1802:PDE4DIP-201:ENST00000369353.3:3393_2291:PDE4DIP-019:ENST00000529945.1:3351_2291:PDE4DIP-020:ENST00000479408.2:2223_1163:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_1802
chr1	144917827	rs11295415	CA	C	29669.81	PASS	AA=0;AC=496;AF=0.23265;AN=2132;BaseQRankSum=34.086;DB;DP=9596;DS;FS=0.252;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=29.8874;InbreedingCoeff=-0.3547;MQ=51.76;MQ0=335;MQRankSum=1.994;QD=8.44;ReadPosRankSum=1.447;SB=-15083.40;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.9907;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:11/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_1870:PDE4DIP-036:ENST00000530740.1:7296_1870:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_1657:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_1459:PDE4DIP-005:ENST00000369349.3:2910_1459:PDE4DIP-006:ENST00000313431.9:3399_1948:PDE4DIP-004:ENST00000369351.3:2967_1459:PDE4DIP-201:ENST00000369353.3:3393_1948:PDE4DIP-019:ENST00000529945.1:3351_1948:PDE4DIP-020:ENST00000479408.2:2223_820:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_1459
chr1	144918890	.	CTG	C	108.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=568;DP=2080;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.5947;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:11/17:PDE4DIP-037:ENST00000369359.4:7449_1707:PDE4DIP-036:ENST00000530740.1:7296_1707:PDE4DIP-001:ENST00000313382.9:6723_1494:PDE4DIP-003:ENST00000369354.3:7041_1296:PDE4DIP-005:ENST00000369349.3:2910_1296:PDE4DIP-006:ENST00000313431.9:3399_1785:PDE4DIP-004:ENST00000369351.3:2967_1296:PDE4DIP-201:ENST00000369353.3:3393_1785:PDE4DIP-019:ENST00000529945.1:3351_1785:PDE4DIP-020:ENST00000479408.2:2223_657:PDE4DIP-002:ENST00000369356.4:7089_1296
chr1	144946571	.	AG	A	105.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=558;DP=2970;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.3241;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:1/17:PDE4DIP-040:ENST00000530078.1:897_888
chr1	145014089	.	CA	C	33.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=3256;DS;HR=1;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SB=-35.80;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5484;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PDE4DIP:ENSG00000178104.13:-:deletionFS:1/17:PDE4DIP-027:ENST00000493130.2:474_453
chr1	145281970	rs59357820	GA	G	129.31	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00184;AN=2176;BaseQRankSum=4.874;DB;DP=14777;DS;FS=7.257;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=39.3694;InbreedingCoeff=-0.0110;MQ=51.30;MQ0=7;MQRankSum=-0.438;QD=2.31;ReadPosRankSum=-2.806;SB=-149.24;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9102;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NOTCH2NL:ENSG00000213240.6:+:deletionFS:2/3:NOTCH2NL-002:ENST00000362074.6:711_650:NOTCH2NL-003:ENST00000369340.3:711_650
chr1	145311885	.	CT	C	12.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1730;DP=3153;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.9182;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=23.94;MQ0=1472;SZ=-1;TR=11;TU=ACTG;VQSLOD=4.9697;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NBPF10:ENSG00000163386.13:+:deletionFS:2/6:NBPF10-003:ENST00000369338.1:2010_1134:NBPF10-203:ENST00000369364.5:519_165
chr1	145328400	.	AGAAGAC	A	182.85	PASS	AA=.;AC=29;AF=0.02651;AN=1094;BaseQRankSum=3.448;DP=1829;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.6470;InbreedingCoeff=0.2163;MQ=28.83;MQ0=877;MQRankSum=-2.525;QD=4.92;ReadPosRankSum=-2.414;SB=-83.47;SZ=.;TR=12;TU=AAGACG;VQSLOD=6.1918;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NBPF10:ENSG00000163386.13:+:deletionNFS:1/6:NBPF10-201:ENST00000342960.5:10662_4248_1416_EED->E
chr1	145415368	.	C	CGAG	145.73	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00132;AN=1510;BaseQRankSum=-0.441;DP=2676;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.2662;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=62.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.032;ReadPosRankSum=1.431;SZ=.;TR=19;TU=AGG;VQSLOD=7.6844;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HFE2:ENSG00000168509.13:+:insertionNFS:1/4:HFE2-001:ENST00000336751.5:1281_187_63_R->RG
chr1	145457015	.	CTCT	C	176.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00094;AN=2128;BaseQRankSum=3.292;DP=6516;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.0406;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=64.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.992;ReadPosRankSum=2.219;SZ=-3;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=6.9311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POLR3GL:ENSG00000121851.8:-:deletionNFS:2/2:POLR3GL-004:ENST00000369313.3:588_477_159_EY->Y:POLR3GL-001:ENST00000369314.1:657_546_182_EY->Y
chr1	145457039	.	CTCT	C,CTTCT	20.91	PASS	AA=0;AC=28,3;AF=0.01321,0.00142;AN=2120;BaseQRankSum=5.510;DP=6467;DS;FS=6.760;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=22.1991;InbreedingCoeff=0.0706;MQ=59.80;MQ0=1;MQRankSum=-1.411;QD=0.09;ReadPosRankSum=-0.819;SB=-80.43;SZ=-3;TR=16;TU=CTT;VQSLOD=6.3336;culprit=InbreedingCoeff;set=vqsr-filterIngt;VA=1:POLR3GL:ENSG00000121851.8:-:deletionNFS:2/2:POLR3GL-004:ENST00000369313.3:588_453_151_EK->K:POLR3GL-001:ENST00000369314.1:657_522_174_EK->K,2:POLR3GL:ENSG00000121851.8:-:insertionFS:2/2:POLR3GL-004:ENST00000369313.3:588_453:POLR3GL-001:ENST00000369314.1:657_522
chr1	145516653	.	CTG	C	22.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1988;DP=4000;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=12.3438;InbreedingCoeff=0.0224;MQ=72.49;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.1817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEX11B:ENSG00000131779.6:+:deletionFS:1/2:PEX11B-201:ENST00000537888.1:738_10
chr1	145560175	.	GATGCTCTGCACT	G	238.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1884;DP=4622;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=41.8974;InbreedingCoeff=0.1098;MQ=58.74;MQ0=0;SZ=-12;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.2273;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANKRD35:ENSG00000198483.7:+:deletionNFS:2/3:ANKRD35-001:ENST00000355594.4:3006_661_221_DALHY->D:ANKRD35-201:ENST00000453670.2:2733_388_130_DALHY->D
chr1	145567701	.	TG	T	26.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2054;DP=6068;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.7905;InbreedingCoeff=0.1388;MQ=68.41;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5359;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ANKRD35:ENSG00000198483.7:+:deletionFS:2/3:ANKRD35-001:ENST00000355594.4:3006_2951:ANKRD35-201:ENST00000453670.2:2733_2678
chr1	145586671	.	CTTTTA	C	1991.42	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.01328;AN=1882;BaseQRankSum=10.701;DP=5047;DS;FS=2.765;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.6892;InbreedingCoeff=0.1075;MQ=63.62;MQ0=0;MQRankSum=-8.528;QD=19.33;ReadPosRankSum=1.418;SB=-1019.68;SZ=-5;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.0679;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUDT17:ENSG00000186364.6:-:deletionFS:1/1:NUDT17-001:ENST00000334513.5:987_905
chr1	145586678	.	AC	A	868.57	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.01337;AN=1870;BaseQRankSum=9.919;DP=5042;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.6439;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=63.57;MQ0=0;MQRankSum=-8.552;QD=9.14;ReadPosRankSum=2.608;SB=-529.99;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.4918;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NUDT17:ENSG00000186364.6:-:deletionFS:1/1:NUDT17-001:ENST00000334513.5:987_898
chr1	145587769	.	ATG	A	55.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1836;DP=4415;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.3187;InbreedingCoeff=0.0404;MQ=63.64;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.5440;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUDT17:ENSG00000186364.6:-:deletionFS:1/1:NUDT17-001:ENST00000334513.5:987_545
chr1	145688133	.	C	CT	20.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;DP=5225;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.5717;InbreedingCoeff=0.0276;MQ=58.44;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.1662;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF115:ENSG00000121848.8:+:insertionFS:1/1:RNF115-001:ENST00000369291.4:915_828
chr1	145698924	.	T	TG	88.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;BaseQRankSum=1.268;DP=5655;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=16.1542;InbreedingCoeff=0.0204;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=1.060;ReadPosRankSum=-0.229;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.1125;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD160:ENSG00000117281.10:-:insertionFS:1/4:CD160-007:ENST00000369290.1:378_240
chr1	146658794	.	CTGA	C	33.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=1.947;DP=5603;DS;FS=2.989;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.1021;InbreedingCoeff=-0.0348;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.948;ReadPosRankSum=0.946;SZ=-3;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.6378;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FMO5:ENSG00000131781.8:-:deletionNFS:1/3:FMO5-001:ENST00000254090.4:1602_1287_429_QG->G
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chr1	146759362	.	A	AG	192.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1866;DP=4702;DS;HR=4;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=16.4645;InbreedingCoeff=0.0648;MQ=58.45;MQ0=1;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.8713;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHD1L:ENSG00000131778.12:+:insertionFS:4/6:CHD1L-001:ENST00000369258.4:2694_2270:CHD1L-203:ENST00000369259.3:2082_1658:CHD1L-204:ENST00000431239.1:2412_1988:CHD1L-202:ENST00000361293.5:1851_1427
chr1	147091662	.	CATG	C	48.10	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1984;DP=4492;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.2182;InbreedingCoeff=0.0222;MQ=64.82;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5409;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BCL9:ENSG00000116128.5:+:deletionNFS:1/1:BCL9-001:ENST00000234739.3:4281_1701_567_GM->G
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chr1	148009496	.	TC	T	515.63	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00395;AN=1770;BaseQRankSum=4.833;DP=12308;DS;FS=1.626;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=39.7606;InbreedingCoeff=0.0080;MQ=51.71;MQ0=3;MQRankSum=-0.095;QD=6.45;ReadPosRankSum=0.314;SB=-300.07;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NBPF14:ENSG00000122497.11:-:deletionFS:2/4:NBPF14-201:ENST00000369219.1:2766_1811:NBPF14-204:ENST00000434489.2:750_581
chr1	149400308	.	ACTC	A	193.68	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00253;AN=1578;BaseQRankSum=3.632;DP=2539;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=11.6794;InbreedingCoeff=0.0408;MQ=37.05;MQ0=6;MQRankSum=-1.995;ReadPosRankSum=-0.953;SZ=-3;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.8525;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HIST2H3PS2:ENSG00000203818.5:-:deletionNFS:1/1:HIST2H3PS2-001:ENST00000392948.1:411_235_79_FK->K
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chr1	149916629	.	TTTC	T	678.63	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00431;AN=1854;BaseQRankSum=5.116;DP=4313;DS;HR=5;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.9520;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=63.88;MQ0=0;MQRankSum=-3.296;ReadPosRankSum=-0.380;SZ=-3;TR=13;TU=CTT;VQSLOD=8.4067;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTUD7B:ENSG00000163113.8:-:deletionNFS:2/2:OTUD7B-001:ENST00000369135.3:2532_1659_553_KN->N:OTUD7B-201:ENST00000543330.1:2445_1659_553_KN->N
chr1	149949423	.	A	AC	14.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;BaseQRankSum=1.896;DP=4802;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.0941;InbreedingCoeff=-0.0172;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.148;ReadPosRankSum=0.378;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9862;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTUD7B:ENSG00000163113.8:-:insertionFS:2/2:OTUD7B-001:ENST00000369135.3:2532_23:OTUD7B-201:ENST00000543330.1:2445_23
chr1	150117035	.	T	TA	155.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;BaseQRankSum=-4.230;DP=5223;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.2525;InbreedingCoeff=0.0911;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.840;ReadPosRankSum=-0.340;SZ=1;TR=6;TU=ACT;VQSLOD=8.4363;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VPS45:ENSG00000136631.7:+:insertionFS:1/4:VPS45-201:ENST00000369128.5:1617_1553
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chr1	150201529	.	A	AT	27.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1966;BaseQRankSum=-0.464;DP=4655;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.3694;InbreedingCoeff=0.0726;MQ=61.49;MQ0=0;MQRankSum=1.859;ReadPosRankSum=1.519;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.0473;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANP32E:ENSG00000143401.10:-:insertionFS:3/7:ANP32E-001:ENST00000314136.8:807_369:ANP32E-005:ENST00000436748.2:684_246:ANP32E-002:ENST00000369119.3:663_225
chr1	150204213	.	CT	C	6.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2024;BaseQRankSum=1.707;DP=4227;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=10.7704;InbreedingCoeff=0.0320;MQ=69.50;MQ0=0;MQRankSum=0.977;ReadPosRankSum=-1.289;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANP32E:ENSG00000143401.10:-:deletionFS:4/7:ANP32E-001:ENST00000314136.8:807_106:ANP32E-004:ENST00000369114.5:450_106:ANP32E-005:ENST00000436748.2:684_106:ANP32E-006:ENST00000533654.1:498_106
chr1	150233876	.	A	AT	15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2024;BaseQRankSum=-2.448;DP=5506;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.6710;InbreedingCoeff=0.0761;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.398;ReadPosRankSum=0.758;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2264;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CA14:ENSG00000118298.5:+:insertionFS:1/1:CA14-001:ENST00000369111.3:1014_95
chr1	150255715	.	A	ACT	26.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2018;BaseQRankSum=-2.606;DP=4790;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.8215;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=64.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.503;ReadPosRankSum=-1.330;SZ=2;TR=10;TU=CT;VQSLOD=5.8168;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf51:ENSG00000159208.11:+:insertionFS:2/3:C1orf51-001:ENST00000290363.5:1158_38:C1orf51-002:ENST00000369095.1:1158_38
chr1	150278741	rs10623734	G	GGC,GTC	77564.64	PASS	AA=.;AC=2,1441;AF=0.00098,0.70776;AN=2036;BaseQRankSum=-29.531;DB;DP=4608;DS;FS=12.369;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=12.8896;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=64.01;MQ0=17;MQRankSum=3.936;QD=35.45;ReadPosRankSum=4.380;SB=-31997.17;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.6240;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL138795.1:ENSG00000215856.4:+:insertionFS:1/1:AL138795.1-201:ENST00000401002.4:363_48,2:AL138795.1:ENSG00000215856.4:+:insertionFS:1/1:AL138795.1-201:ENST00000401002.4:363_48
chr1	150278744	.	T	TCG	18877.08	PASS	AA=.;AC=1312;AF=0.65274;AN=2010;BaseQRankSum=26.366;DP=4560;FS=1.287;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.7862;InbreedingCoeff=0.0744;MQ=66.60;MQ0=15;MQRankSum=1.760;QD=13.28;ReadPosRankSum=5.601;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7549;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL138795.1:ENSG00000215856.4:+:spliceOverlap:1/1:AL138795.1-201:ENST00000401002.4:363
chr1	150297489	.	TG	T	4.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2072;BaseQRankSum=1.121;DP=4382;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.0455;InbreedingCoeff=0.0440;MQ=70.38;MQ0=0;MQRankSum=1.004;QD=1.02;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-30.94;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=4.8697;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRPF3:ENSG00000117360.8:+:deletionFS:2/3:PRPF3-001:ENST00000324862.6:2052_89:PRPF3-201:ENST00000414970.2:1905_89
chr1	150523468	.	AT	A,ATT	95.79	PASS	AA=.;AC=78,55;AF=0.04092,0.02886;AN=1906;BaseQRankSum=2.932;DP=4484;DS;FS=1.934;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=11.4840;InbreedingCoeff=0.2251;MQ=67.83;MQ0=0;MQRankSum=2.557;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.770;SB=-374.57;SZ=.;TR=12;TU=AAACAG;VQSLOD=6.9548;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL356356.1:ENSG00000225996.2:+:deletionFS:1/1:AL356356.1-201:ENST00000538795.1:465_397,2:AL356356.1:ENSG00000225996.2:+:insertionFS:1/1:AL356356.1-201:ENST00000538795.1:465_397
chr1	150527070	.	C	CTT	12.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1890;BaseQRankSum=2.456;DP=4716;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.9060;InbreedingCoeff=0.1163;MQ=66.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.609;ReadPosRankSum=-0.053;SZ=2;TR=9;TU=CTTT;VQSLOD=6.3884;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTSL4:ENSG00000143382.8:+:insertionFS:1/5:ADAMTSL4-202:ENST00000369039.5:3294_1263
chr1	150527085	.	G	GA	68.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;BaseQRankSum=-1.453;DP=4527;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.0287;InbreedingCoeff=-0.0046;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=0.358;ReadPosRankSum=1.100;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.0472;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTSL4:ENSG00000143382.8:+:insertionFS:1/5:ADAMTSL4-202:ENST00000369039.5:3294_1278
chr1	150531171	.	GC	G	268.52	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00270;AN=1852;BaseQRankSum=2.752;DP=4182;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=22.6386;InbreedingCoeff=0.0336;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=2.087;ReadPosRankSum=-1.941;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.4343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTSL4:ENSG00000143382.8:+:deletionFS:1/5:ADAMTSL4-002:ENST00000369041.5:2634_2605
chr1	150551491	.	GTCC	G	8.32	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00185;AN=1618;BaseQRankSum=2.061;DP=3275;DS;FS=5.225;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0151;InbreedingCoeff=0.1352;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.862;QD=0.92;ReadPosRankSum=-0.179;SB=-15.61;SZ=-3;TR=14;TU=CCT;VQSLOD=6.0275;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MCL1:ENSG00000143384.7:-:deletionNFS:3/3:MCL1-002:ENST00000307940.3:816_516_172_DE->E:MCL1-001:ENST00000369026.2:1053_516_172_DE->E:MCL1-201:ENST00000439749.2:840_303_101_DE->E
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chr1	151104783	.	CA	C	78.44	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00169;AN=1776;BaseQRankSum=1.697;DP=2826;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=9.3564;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=73.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;ReadPosRankSum=-0.641;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8291;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEMA6C:ENSG00000143434.10:-:deletionFS:1/1:SEMA6C-201:ENST00000392792.3:1614_1504
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chr1	151403289	.	T	TC	7.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=0.363;DP=4001;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.4418;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=0.773;ReadPosRankSum=0.554;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POGZ:ENSG00000143442.15:-:insertionFS:7/9:POGZ-001:ENST00000271715.2:4233_312:POGZ-201:ENST00000361398.3:4074_153:POGZ-002:ENST00000392723.1:4074_153:POGZ-016:ENST00000409503.1:4206_312:POGZ-011:ENST00000491586.1:4101_153:POGZ-017:ENST00000531094.1:4047_153:POGZ-202:ENST00000437847.3:1092_312
chr1	151495929	.	CA	C	32.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;BaseQRankSum=1.123;DP=4220;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.2487;InbreedingCoeff=0.0064;MQ=71.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.432;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-33.25;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8908;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CGN:ENSG00000143375.9:+:deletionFS:1/1:CGN-001:ENST00000271636.7:3612_1160
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chr1	151554653	.	CTGTT	C	2695.52	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.00994;AN=1912;BaseQRankSum=10.495;DP=6030;DS;FS=0.989;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.3987;InbreedingCoeff=0.1225;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.350;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.468;SB=-1366.13;SZ=-4;TR=9;TU=GTTT;VQSLOD=7.6722;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TUFT1:ENSG00000143367.10:+:deletionFS:1/7:TUFT1-204:ENST00000544350.1:543_480
chr1	151641071	.	T	TA	6.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1934;BaseQRankSum=0.722;DP=5001;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.0334;InbreedingCoeff=0.1031;MQ=67.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.310;ReadPosRankSum=-1.275;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX27:ENSG00000143376.8:+:insertionFS:3/3:SNX27-003:ENST00000458013.2:1626_1109:SNX27-001:ENST00000368843.3:1587_1109:SNX27-004:ENST00000368838.1:1308_830
chr1	151678722	.	TTGC	T,TTGCTGC	227.84	PASS	AA=.;AC=27,79;AF=0.02077,0.06077;AN=1300;BaseQRankSum=1.087;DP=2764;DS;FS=1.262;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=14.3836;InbreedingCoeff=0.4930;MQ=55.65;MQ0=20;MQRankSum=-3.515;QD=0.26;ReadPosRankSum=-1.378;SB=-75.60;SZ=.;TR=30;TU=CTGCTGCTGCTGTTG;VQSLOD=8.2458;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CELF3:ENSG00000159409.9:-:deletionNFS:3/4:CELF3-001:ENST00000290583.4:1398_1104_368_QQ->Q:CELF3-002:ENST00000290585.4:1248_954_318_QQ->Q:CELF3-202:ENST00000392706.3:783_489_163_QQ->Q,2:CELF3:ENSG00000159409.9:-:insertionNFS:3/4:CELF3-001:ENST00000290583.4:1398_1104_368_Q->QQQ:CELF3-002:ENST00000290585.4:1248_954_318_Q->QQQ:CELF3-202:ENST00000392706.3:783_489_163_Q->QQQ
chr1	151752574	.	CCT	C	56.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;DP=5581;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.8115;InbreedingCoeff=0.0644;MQ=65.80;MQ0=0;SB=-43.16;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.3922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TDRKH:ENSG00000182134.11:-:deletionFS:6/7:TDRKH-005:ENST00000368822.1:1686_274:TDRKH-003:ENST00000368823.1:1674_262:TDRKH-001:ENST00000368824.3:1686_274:TDRKH-004:ENST00000368825.3:1551_274:TDRKH-002:ENST00000368827.6:1686_274:TDRKH-009:ENST00000458431.2:1686_274
chr1	152080696	rs71585886	TC	T	53.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1974;DB;DP=4374;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.9345;InbreedingCoeff=0.0624;MQ=59.90;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=6.8150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_4997
chr1	152082956	.	GCTC	G	21.28	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00221;AN=1808;BaseQRankSum=2.320;DP=4216;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.7028;InbreedingCoeff=0.0906;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.138;ReadPosRankSum=0.102;SZ=-3;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=5.8322;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_2737_913_LQ->Q
chr1	152083769	.	TCTC	T	110.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1736;BaseQRankSum=2.840;DP=3529;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.8110;InbreedingCoeff=0.0518;MQ=61.60;MQ0=0;MQRankSum=-3.191;ReadPosRankSum=-1.017;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.8713;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_1924_642_RR->R
chr1	152083920	.	C	CCT	48.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1764;BaseQRankSum=2.302;DP=3638;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.2483;InbreedingCoeff=-0.0405;MQ=57.50;MQ0=1;MQRankSum=-2.033;ReadPosRankSum=0.368;SZ=2;TR=5;TU=CG;VQSLOD=5.0856;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:insertionFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_1773
chr1	152084333	.	TCTC	T	91.45	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00116;AN=1724;BaseQRankSum=2.446;DP=3597;DS;FS=8.158;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.8260;InbreedingCoeff=-0.0157;MQ=50.86;MQ0=17;MQRankSum=-1.167;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.134;SB=1.15;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.8848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_1360_454_RR->R
chr1	152084433	.	C	CCT	15.86	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00096;AN=1038;BaseQRankSum=1.371;DP=1522;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.8286;InbreedingCoeff=0.1230;MQ=36.58;MQ0=264;MQRankSum=-2.016;ReadPosRankSum=-0.937;SZ=.;TR=175;TU=AGCTGCTGCTCGCGCCTC;VQSLOD=5.7878;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:insertionFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_1260
chr1	152084693	.	TCTC	T	520.54	PASS	AA=.;AC=24;AF=0.01667;AN=1440;BaseQRankSum=5.920;DP=2162;DS;FS=2.529;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.2110;InbreedingCoeff=0.0986;MQ=46.96;MQ0=181;MQRankSum=-1.285;QD=7.77;ReadPosRankSum=0.190;SB=-295.54;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.7050;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_1000_334_RR->R
chr1	152084696	.	CCTCCTG	C	10.68	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00133;AN=1502;BaseQRankSum=2.389;DP=2265;DS;FS=1.651;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.1379;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=47.93;MQ0=123;MQRankSum=-0.208;QD=5.34;ReadPosRankSum=-2.405;SB=-8.24;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.2056;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_997_333_ERR->R
chr1	152084732	.	TCTC	T	46.26	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00184;AN=1634;BaseQRankSum=3.562;DP=2896;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.7905;InbreedingCoeff=0.0419;MQ=50.15;MQ0=36;MQRankSum=-3.490;ReadPosRankSum=-1.324;SZ=.;TR=47;TU=CCTCCTGCTGCTCGCGCCTCT;VQSLOD=5.9235;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_961_321_RR->R
chr1	152085296	.	GTTC	G	590.41	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00383;AN=1830;BaseQRankSum=5.065;DP=4900;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.3434;InbreedingCoeff=0.0129;MQ=56.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.284;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.698;SB=-339.35;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.5554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionNFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_397_133_PG->G
chr1	152086555	.	AT	A,ATT	11.06	PASS	AA=.;AC=20,34;AF=0.00999,0.01698;AN=2002;BaseQRankSum=0.833;DP=5166;DS;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=11.7345;InbreedingCoeff=0.1456;MQ=74.93;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=0.05;ReadPosRankSum=-1.125;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5607;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TCHH:ENSG00000159450.8:-:deletionFS:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832_2,2:TCHH:ENSG00000159450.8:-:endOverlap:1/1:TCHH-001:ENST00000368804.1:5832
chr1	152128168	.	TTGTC	T	25.17	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1980;BaseQRankSum=0.306;DP=6665;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=32.0955;InbreedingCoeff=0.2084;MQ=52.03;MQ0=119;MQRankSum=0.516;ReadPosRankSum=-1.093;SZ=-4;TR=14;TU=CTGT;VQSLOD=4.7589;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RPTN:ENSG00000215853.2:-:deletionFS:2/2:RPTN-001:ENST00000316073.3:2355_1407:RPTN-201:ENST00000541545.1:1320_372
chr1	152128977	.	GTC	G	176.06	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1984;DP=6501;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.9615;InbreedingCoeff=0.1369;MQ=60.10;MQ0=0;SZ=-2;TR=7;TU=CT;VQSLOD=8.1675;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RPTN:ENSG00000215853.2:-:deletionFS:1/2:RPTN-001:ENST00000316073.3:2355_598
chr1	152191289	.	CCTGAGCTAGA	C	405.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1936;DP=5170;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=38.4128;InbreedingCoeff=0.0021;MQ=50.81;MQ0=44;SZ=-10;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.3590;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HRNR:ENSG00000197915.5:-:deletionFS:1/1:HRNR-001:ENST00000368801.2:8553_2816
chr1	152195728	rs72142875	ATT	A,AT	48227.05	PASS	AA=.;AC=112,1629;AF=0.05732,0.83367;AN=1954;BaseQRankSum=9.877;DB;DP=4871;DS;FS=18.215;HR=11;HU=T;HaplotypeScore=15.0822;InbreedingCoeff=0.2632;MQ=69.95;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=18.12;ReadPosRankSum=1.786;SB=-19992.33;SZ=.;TR=11;TU=T;VQSLOD=8.3095;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HRNR:ENSG00000197915.5:-:endOverlap:1/1:HRNR-001:ENST00000368801.2:8553,2:HRNR:ENSG00000197915.5:-:endOverlap:1/1:HRNR-001:ENST00000368801.2:8553
chr1	152281026	.	TC	T	137.43	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00245;AN=2040;BaseQRankSum=5.274;DP=7160;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=33.4027;InbreedingCoeff=0.0677;MQ=54.13;MQ0=7;MQRankSum=2.817;ReadPosRankSum=-0.129;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=4.9678;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:1/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_6336
chr1	152282310	.	GC	G	39.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;BaseQRankSum=3.068;DP=4838;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.6541;InbreedingCoeff=0.0970;MQ=56.33;MQ0=98;MQRankSum=-0.319;ReadPosRankSum=-1.238;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.0076;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:1/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_5052
chr1	152282466	.	GT	G	19.68	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00103;AN=1942;BaseQRankSum=1.642;DP=4674;DS;HR=4;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.7627;InbreedingCoeff=0.0281;MQ=55.24;MQ0=0;MQRankSum=1.270;ReadPosRankSum=-0.232;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.1176;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:1/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_4896
chr1	152284040	.	CT	C	263.43	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00319;AN=1882;BaseQRankSum=1.742;DP=5408;DS;FS=3.717;HR=5;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.2130;InbreedingCoeff=0.1043;MQ=49.41;MQ0=14;MQRankSum=-0.640;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.607;SB=-146.98;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.7268;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:2/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_3322:FLG-203:ENST00000392689.3:966_943
chr1	152285076	.	CACTG	C	435.35	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00421;AN=1898;BaseQRankSum=3.274;DP=5307;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.0054;InbreedingCoeff=0.1028;MQ=56.68;MQ0=69;MQRankSum=-1.160;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.884;SB=-255.41;SZ=-4;TR=8;TU=ACTG;VQSLOD=7.4765;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:1/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_2286
chr1	152285721	.	GC	G	12.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2036;BaseQRankSum=1.034;DP=5230;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.3370;InbreedingCoeff=-0.0416;MQ=47.89;MQ0=108;MQRankSum=1.291;ReadPosRankSum=-0.436;SZ=-1;TR=10;TU=GGTGT;VQSLOD=5.0740;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:deletionFS:2/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_1641:FLG-203:ENST00000392689.3:966_237
chr1	152286113	.	A	AC	42.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1986;BaseQRankSum=0.874;DP=5419;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=15.4822;InbreedingCoeff=0.0832;MQ=55.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.129;ReadPosRankSum=-1.274;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.1746;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG:ENSG00000143631.9:-:insertionFS:1/4:FLG-001:ENST00000368799.1:12186_1249
chr1	152323500	.	GCCAGATC	G	507.72	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1916;BaseQRankSum=4.614;DP=6660;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=39.0656;InbreedingCoeff=0.2127;MQ=52.08;MQ0=130;MQRankSum=-3.640;ReadPosRankSum=-1.183;SZ=-7;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1919;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FLG2:ENSG00000143520.5:-:deletionFS:1/1:FLG2-001:ENST00000388718.4:7176_6762
chr1	152324355	.	G	GT	390.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2080;BaseQRankSum=-2.296;DP=7644;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=22.0431;InbreedingCoeff=0.0577;MQ=55.99;MQ0=3;MQRankSum=3.008;ReadPosRankSum=0.492;SZ=1;TR=10;TU=GT;VQSLOD=6.2717;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG2:ENSG00000143520.5:-:insertionFS:1/1:FLG2-001:ENST00000388718.4:7176_5907
chr1	152325798	.	CTG	C	112.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2100;BaseQRankSum=3.446;DP=7046;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5036;InbreedingCoeff=0.0974;MQ=58.37;MQ0=2;MQRankSum=0.216;ReadPosRankSum=-1.117;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=7.8958;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG2:ENSG00000143520.5:-:deletionFS:1/1:FLG2-001:ENST00000388718.4:7176_4464
chr1	152326321	.	G	GTA	288.45	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00093;AN=2144;BaseQRankSum=-3.287;DP=7858;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.3190;InbreedingCoeff=0.0511;MQ=58.31;MQ0=5;MQRankSum=1.282;ReadPosRankSum=-1.326;SZ=2;TR=6;TU=AGT;VQSLOD=6.4614;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG2:ENSG00000143520.5:-:insertionFS:1/1:FLG2-001:ENST00000388718.4:7176_3941
chr1	152330016	.	A	ATT	43.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2098;BaseQRankSum=2.133;DP=6511;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=21.5965;InbreedingCoeff=0.0157;MQ=67.13;MQ0=0;MQRankSum=0.340;ReadPosRankSum=0.403;SZ=2;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.5690;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLG2:ENSG00000143520.5:-:insertionFS:1/1:FLG2-001:ENST00000388718.4:7176_246
chr1	152681680	rs11269814	C	CAGCTCTGGGGGCTGCTGT,CTGT	114541.11	PASS	AA=.;AC=1170,0;AF=0.62367,0.00000;AN=1876;BaseQRankSum=-14.754;DB;DP=3377;DS;FS=7.400;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=41.2844;InbreedingCoeff=0.3284;MQ=63.19;MQ0=1;MQRankSum=-14.204;QD=77.34;ReadPosRankSum=6.686;SB=-54773.97;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.9437;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:LCE4A:ENSG00000187170.4:+:insertionNFS:2/2:LCE4A-201:ENST00000335535.3:300_129_43_S->SSSGGCC:LCE4A-001:ENST00000368777.1:300_129_43_S->SSSGGCC,2:LCE4A:ENSG00000187170.4:+:insertionNFS:2/2:LCE4A-201:ENST00000335535.3:300_129_43_S->SC:LCE4A-001:ENST00000368777.1:300_129_43_S->SC
chr1	152733723	.	G	GC	169.49	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00163;AN=1836;BaseQRankSum=0.032;DP=4431;DS;FS=2.955;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.8541;InbreedingCoeff=0.1096;MQ=66.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.085;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.550;SB=-113.71;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.8683;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KPRP:ENSG00000203786.4:+:insertionFS:1/1:KPRP-001:ENST00000368773.1:1740_1659
chr1	152733797	.	A	AT	869.91	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.00948;AN=2004;BaseQRankSum=-5.550;DP=5418;DS;FS=3.013;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=15.6021;InbreedingCoeff=0.1599;MQ=63.64;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=14.50;ReadPosRankSum=0.221;SB=-461.64;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=8.7555;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KPRP:ENSG00000203786.4:+:insertionFS:1/1:KPRP-001:ENST00000368773.1:1740_1733
chr1	152748913	.	CAAGTGCCCCACACCG	C	1173.28	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00482;AN=1868;BaseQRankSum=5.726;DP=3394;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=38.5381;InbreedingCoeff=-0.0022;MQ=55.29;MQ0=21;MQRankSum=-3.463;ReadPosRankSum=1.103;SZ=-15;TR=25;TU=AAGTGCCCTCCC;VQSLOD=5.3028;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LCE1F:ENSG00000240386.2:+:deletionNFS:1/1:LCE1F-001:ENST00000334371.2:357_66_22_PKCPTP->P
chr1	152749036	.	GGGTGGT	G	2331.01	PASS	AA=.;AC=71;AF=0.04399;AN=1614;BaseQRankSum=10.376;DP=2608;DS;FS=3.002;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.2667;InbreedingCoeff=0.0565;MQ=60.12;MQ0=70;MQRankSum=-4.896;QD=12.88;ReadPosRankSum=1.452;SB=-1230.80;SZ=.;TR=8;TU=GGT;VQSLOD=7.9874;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LCE1F:ENSG00000240386.2:+:deletionNFS:1/1:LCE1F-001:ENST00000334371.2:357_189_63_GGG->G
chr1	152883250	.	TG	T	12.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1920;BaseQRankSum=2.751;DP=4493;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.4153;InbreedingCoeff=0.0299;MQ=53.67;MQ0=1;MQRankSum=-2.150;ReadPosRankSum=-0.527;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7650;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IVL:ENSG00000163207.5:+:deletionFS:2/2:IVL-001:ENST00000368764.3:1758_977:IVL-201:ENST00000392667.2:1320_539
chr1	152883326	.	GC	G	77.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1842;BaseQRankSum=2.325;DP=4081;DS;HR=4;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.2021;InbreedingCoeff=0.0751;MQ=55.93;MQ0=18;MQRankSum=1.049;ReadPosRankSum=-2.431;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.2488;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IVL:ENSG00000163207.5:+:deletionFS:2/2:IVL-001:ENST00000368764.3:1758_1053:IVL-201:ENST00000392667.2:1320_615
chr1	152883430	.	TGGA	T	11.51	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00058;AN=1738;BaseQRankSum=1.386;DP=4152;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.7897;InbreedingCoeff=0.1136;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=-2.158;ReadPosRankSum=-0.987;SZ=.;TR=14;TU=AGG;VQSLOD=6.5103;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IVL:ENSG00000163207.5:+:deletionNFS:2/2:IVL-001:ENST00000368764.3:1758_1157_386_LE->L:IVL-201:ENST00000392667.2:1320_719_240_LE->L
chr1	153233488	.	C	CGGCGGT	3857.87	PASS	AA=.;AC=167;AF=0.1983;AN=842;BaseQRankSum=-6.821;DP=1043;FS=0.943;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.5985;InbreedingCoeff=0.2937;MQ=58.20;MQ0=1;MQRankSum=2.638;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.627;SB=-147.27;SZ=.;TR=17;TU=CGGTGG;VQSLOD=10.1861;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LOR:ENSG00000203782.4:+:insertionNFS:2/2:LOR-201:ENST00000392652.2:1002_63_21_G->GGG:LOR-001:ENST00000368742.3:939_63_21_G->GGG
chr1	153233991	rs11272549	A	ACTCGGGCGGCGG,ACTCTGGCGGCGG	1953.79	PASS	AA=.;AC=23,84;AF=0.0358,0.1308;AN=642;BaseQRankSum=7.193;DB;DP=600;FS=5.371;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=27.4071;InbreedingCoeff=0.3708;MQ=54.11;MQ0=0;MQRankSum=-4.824;QD=18.09;ReadPosRankSum=-2.619;SB=-671.28;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.7674;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LOR:ENSG00000203782.4:+:insertionNFS:2/2:LOR-201:ENST00000392652.2:1002_566_189_Y->YSGGG:LOR-001:ENST00000368742.3:939_566_189_Y->YSGGG,2:LOR:ENSG00000203782.4:+:insertionNFS:2/2:LOR-201:ENST00000392652.2:1002_566_189_Y->YSGGG:LOR-001:ENST00000368742.3:939_566_189_Y->YSGGG
chr1	153276382	.	CAGA	C	265.13	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00101;AN=1980;DP=4632;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.1211;InbreedingCoeff=0.0451;MQ=62.49;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.3662;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGLYRP3:ENSG00000159527.3:-:deletionNFS:1/1:PGLYRP3-001:ENST00000290722.1:1026_480_160_LK->K
chr1	153309722	.	TG	T	6.14	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1884;BaseQRankSum=1.947;DP=5032;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.4723;InbreedingCoeff=0.1063;MQ=68.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.463;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.315;SB=-34.08;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5096;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PGLYRP4:ENSG00000163218.10:-:deletionFS:2/2:PGLYRP4-001:ENST00000359650.5:1122_878:PGLYRP4-002:ENST00000368739.3:1110_866
chr1	153317666	.	CTGT	C	156.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1960;BaseQRankSum=2.800;DP=5079;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.7969;InbreedingCoeff=0.0473;MQ=63.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;ReadPosRankSum=-0.098;SZ=-3;TR=9;TU=GTT;VQSLOD=8.2247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGLYRP4:ENSG00000163218.10:-:deletionNFS:2/2:PGLYRP4-001:ENST00000359650.5:1122_332_111_SG->G:PGLYRP4-002:ENST00000368739.3:1110_320_107_SG->G
chr1	153520255	rs11390146	AC	A	85.61	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1858;DB;DP=5339;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.0258;InbreedingCoeff=0.0681;MQ=63.78;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.9264;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S100A3:ENSG00000188015.5:-:deletionFS:2/2:S100A3-002:ENST00000368712.1:306_209:S100A3-001:ENST00000368713.3:306_209
chr1	153587386	.	AG	A	8.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1916;DP=4349;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.2750;InbreedingCoeff=0.0849;MQ=70.09;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6553;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:S100A14:ENSG00000189334.4:-:deletionFS:4/4:S100A14-002:ENST00000344616.2:315_290:S100A14-201:ENST00000368701.1:315_290:S100A14-003:ENST00000368702.1:315_290:S100A14-001:ENST00000476873.1:315_290
chr1	153587795	.	CTGG	C	102.43	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00220;AN=1816;DP=4333;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.1264;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=57.40;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.3272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S100A14:ENSG00000189334.4:-:deletionNFS:4/4:S100A14-002:ENST00000344616.2:315_93_31_QY->Y:S100A14-201:ENST00000368701.1:315_93_31_QY->Y:S100A14-003:ENST00000368702.1:315_93_31_QY->Y:S100A14-001:ENST00000476873.1:315_93_31_QY->Y
chr1	153600586	.	TC	T	237.90	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00290;AN=1724;BaseQRankSum=2.788;DP=3416;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=11.1694;InbreedingCoeff=0.0398;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=1.750;ReadPosRankSum=0.511;SZ=-1;TR=6;TU=C;VQSLOD=7.2391;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S100A1:ENSG00000160678.7:+:deletionFS:1/3:S100A1-003:ENST00000368698.3:444_38
chr1	153600595	rs3841800	A	AC	246.02	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00465;AN=1722;BaseQRankSum=-1.975;DB;DP=3304;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.5802;InbreedingCoeff=0.0503;MQ=58.21;MQ0=0;MQRankSum=1.074;ReadPosRankSum=0.555;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7465;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:S100A1:ENSG00000160678.7:+:insertionFS:1/3:S100A1-003:ENST00000368698.3:444_47
chr1	153638193	.	C	CA	13.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2086;BaseQRankSum=0.715;DP=5721;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.2412;InbreedingCoeff=0.1589;MQ=68.95;MQ0=1;MQRankSum=-1.421;ReadPosRankSum=-2.263;SB=0.82;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.5939;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ILF2:ENSG00000143621.12:-:insertionFS:1/2:ILF2-001:ENST00000361891.4:1173_406
chr1	153745873	.	A	AAGG	53.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1818;BaseQRankSum=-1.078;DP=4143;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.5297;InbreedingCoeff=0.0857;MQ=63.13;MQ0=0;MQRankSum=0.573;ReadPosRankSum=1.052;SZ=3;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=6.7940;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL513523.4:ENSG00000256795.1:-:insertionNFS:1/1:AL513523.4-201:ENST00000536519.1:453_216_72_L->LL
chr1	153800686	.	C	CA	7.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1936;BaseQRankSum=2.866;DP=5807;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.6929;InbreedingCoeff=0.1591;MQ=65.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.890;ReadPosRankSum=0.890;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.0359;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GATAD2B:ENSG00000143614.7:-:insertionFS:1/1:GATAD2B-001:ENST00000368655.4:1782_138
chr1	153907278	rs3835302	CCTGCTGCTG	C,CCTGCTG,CCTGCTGCTGCTG	19123.54	PASS	AA=.;AC=479,32,240;AF=0.30983,0.02070,0.15524;AN=1546;BaseQRankSum=19.853;DB;DP=3587;DS;FS=11.516;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=34.1269;InbreedingCoeff=0.5431;MQ=67.05;MQ0=17;MQRankSum=3.614;QD=13.33;ReadPosRankSum=1.918;SB=-6383.82;SZ=.;TR=27;TU=CTG;VQSLOD=8.8232;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DENND4B:ENSG00000198837.5:-:deletionNFS:1/1:DENND4B-001:ENST00000361217.4:4491_2731_911_EQVS->S,2:DENND4B:ENSG00000198837.5:-:deletionNFS:1/1:DENND4B-001:ENST00000361217.4:4491_2731_911_EQ->Q,3:DENND4B:ENSG00000198837.5:-:insertionNFS:1/1:DENND4B-001:ENST00000361217.4:4491_2731_911_E->QQQQE
chr1	153984801	.	TGAG	T	228.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;DP=4980;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.8387;InbreedingCoeff=-0.0097;MQ=57.49;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.9535;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUP210L:ENSG00000143552.5:-:deletionNFS:3/3:NUP210L-201:ENST00000271854.3:5211_4699_1567_KT->T:NUP210L-001:ENST00000368559.3:5667_4699_1567_KT->T:NUP210L-002:ENST00000368553.1:2010_1498_500_KT->T
chr1	154171908	.	ATC	A	629.35	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.00642;AN=1868;BaseQRankSum=6.939;DP=5338;DS;FS=2.498;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.1674;InbreedingCoeff=0.1163;MQ=63.66;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=9.39;ReadPosRankSum=-1.038;SB=-298.61;SZ=-2;TR=7;TU=CT;VQSLOD=8.5116;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1orf189:ENSG00000163263.6:-:deletionFS:1/1:C1orf189-001:ENST00000368525.3:306_301
chr1	154229617	.	C	CA	15.59	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;BaseQRankSum=-2.448;DP=5252;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.7585;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=57.65;MQ0=0;MQRankSum=2.314;ReadPosRankSum=1.726;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8127;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBAP2L:ENSG00000143569.13:+:insertionFS:6/6:UBAP2L-201:ENST00000271877.7:3237_2269:UBAP2L-001:ENST00000361546.2:3264_2236:UBAP2L-202:ENST00000428931.1:3264_2236:UBAP2L-002:ENST00000343815.6:2952_2236:UBAP2L-204:ENST00000456955.2:1989_724:UBAP2L-203:ENST00000433006.2:1803_724
chr1	154245851	.	AGAT	A	138.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00149;AN=2008;BaseQRankSum=3.241;DP=4612;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.8967;InbreedingCoeff=0.0415;MQ=54.38;MQ0=34;MQRankSum=0.072;ReadPosRankSum=-1.638;SZ=-3;TR=12;TU=AAGATG;VQSLOD=4.8536;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HAX1:ENSG00000143575.10:+:deletionNFS:2/4:HAX1-001:ENST00000328703.7:840_93_31_ED->E:HAX1-005:ENST00000483970.2:864_93_31_ED->E
chr1	154245863	.	GGAA	G	270.19	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.01768;AN=1980;BaseQRankSum=4.745;DP=4588;DS;FS=2.821;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.2958;InbreedingCoeff=0.0486;MQ=61.87;MQ0=26;MQRankSum=1.417;QD=2.37;ReadPosRankSum=1.137;SB=-200.34;SZ=.;TR=16;TU=AAG;VQSLOD=7.3013;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HAX1:ENSG00000143575.10:+:deletionNFS:2/4:HAX1-001:ENST00000328703.7:840_105_35_EE->E:HAX1-005:ENST00000483970.2:864_105_35_EE->E
chr1	154493920	.	A	AC	116.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1854;BaseQRankSum=-0.642;DP=4336;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.1050;InbreedingCoeff=0.0002;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;ReadPosRankSum=0.236;SB=-35.29;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.8767;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TDRD10:ENSG00000163239.8:+:insertionFS:2/2:TDRD10-005:ENST00000368482.4:1056_334:TDRD10-002:ENST00000368480.3:1101_334
chr1	154524249	.	G	GC	5.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1940;BaseQRankSum=-1.020;DP=4716;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.3341;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=61.28;MQ0=0;MQRankSum=0.379;ReadPosRankSum=0.467;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.7112;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBE2Q1:ENSG00000160714.5:-:insertionFS:1/1:UBE2Q1-001:ENST00000292211.4:1269_1072
chr1	154560631	.	G	GT	5.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=-2.445;DP=5289;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=18.2607;InbreedingCoeff=0.0327;MQ=57.89;MQ0=0;MQRankSum=1.330;ReadPosRankSum=1.454;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4164;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAR:ENSG00000160710.10:-:insertionFS:3/4:ADAR-201:ENST00000292205.5:3810_3118:ADAR-001:ENST00000368474.4:3681_2989:ADAR-002:ENST00000368471.3:2796_2104
chr1	154570408	.	AAAG	A	115.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2020;BaseQRankSum=2.432;DP=4879;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.7929;InbreedingCoeff=0.0161;MQ=66.13;MQ0=1;MQRankSum=0.372;ReadPosRankSum=0.496;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.4402;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAR:ENSG00000160710.10:-:deletionNFS:4/4:ADAR-201:ENST00000292205.5:3810_1959_653_FS->S:ADAR-001:ENST00000368474.4:3681_1830_610_FS->S:ADAR-002:ENST00000368471.3:2796_945_315_FS->S:ADAR-202:ENST00000443129.2:2913_1830_610_FS->S
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chr1	154842199	rs58327065	GGCT	G,GCTGCT,GGCTGCT,GGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCT	4749.10	PASS	AA=.;AC=55,8,94,168,210;AF=0.03490,0.00508,0.05964,0.10660,0.13325;AN=1576;BaseQRankSum=-0.030;DB;DP=2420;DS;FS=1.469;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=33.2535;InbreedingCoeff=0.8697;MQ=58.10;MQ0=23;MQRankSum=-0.755;QD=5.38;ReadPosRankSum=-2.045;SB=-1335.16;SZ=.;TR=43;TU=CTG;VQSLOD=8.6157;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:deletionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_527_176_PP->P:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_242_81_PP->P,2:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:insertionFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_527:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_242,3:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:insertionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_527_176_P->QQP:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_242_81_P->QQP,4:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:insertionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_527_176_P->QQQQP:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_242_81_P->QQQQP,5:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:insertionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_527_176_P->QQQQQP:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_242_81_P->QQQQQP
chr1	154842330	.	TTGCTGCTGC	T,TTGCTGC	1014.57	PASS	AA=.;AC=24,38;AF=0.01893,0.02997;AN=1268;BaseQRankSum=4.579;DP=1836;DS;FS=6.174;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=16.5401;InbreedingCoeff=0.4622;MQ=54.28;MQ0=16;MQRankSum=-2.032;QD=15.85;ReadPosRankSum=2.050;SB=-907.51;SZ=.;TR=25;TU=CTG;VQSLOD=8.0384;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:deletionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_396_132_QQQQ->Q:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_111_37_QQQQ->Q,2:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:deletionNFS:2/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_396_132_QQ->Q:KCNN3-001:ENST00000271915.3:2196_111_37_QQ->Q
chr1	154842671	.	A	AG	98.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2038;BaseQRankSum=0.241;DP=4783;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.1628;InbreedingCoeff=0.0615;MQ=78.25;MQ0=0;MQRankSum=-3.977;ReadPosRankSum=-1.426;SZ=1;TR=8;TU=AAAG;VQSLOD=6.4049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNN3:ENSG00000143603.11:-:insertionFS:1/4:KCNN3-201:ENST00000539103.1:684_55
chr1	155003058	.	TG	T	10.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1940;DP=4743;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.2591;InbreedingCoeff=0.0547;MQ=64.14;MQ0=0;SZ=-1;TR=9;TU=GGGT;VQSLOD=5.3086;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCST2:ENSG00000163354.9:-:deletionFS:2/2:DCST2-002:ENST00000368424.3:2322_869:DCST2-201:ENST00000295536.5:1920_869
chr1	155057645	.	GGGGGTGGGCCCC	G	1791.88	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.01004;AN=1494;BaseQRankSum=5.142;DP=2359;DS;FS=14.679;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.7945;InbreedingCoeff=0.1366;MQ=72.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.125;QD=35.84;ReadPosRankSum=1.845;SB=-469.47;SZ=-12;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.7130;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EFNA3:ENSG00000143590.7:+:deletionNFS:3/3:EFNA3-202:ENST00000436288.2:702_192_64_SGVGP->S:EFNA3-001:ENST00000368408.3:717_207_69_SGVGP->S:EFNA3-201:ENST00000418360.2:639_207_69_SGVGP->S,1:RP11-540D14.8:ENSG00000251246.1:+:deletionNFS:1/1:RP11-540D14.8-001:ENST00000505139.1:702_192_64_SGVGP->S
chr1	155112545	.	CCA	C	13.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1788;BaseQRankSum=2.191;DP=4029;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.6101;InbreedingCoeff=-0.0380;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.317;ReadPosRankSum=0.025;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.6020;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DPM3:ENSG00000179085.7:-:deletionFS:3/3:DPM3-003:ENST00000368399.1:369_262:DPM3-002:ENST00000341298.3:279_172:DPM3-001:ENST00000368400.4:279_172
chr1	155142032	.	T	TG	18.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2108;DP=6340;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.5455;InbreedingCoeff=0.0318;MQ=61.57;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6700;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTCAP2:ENSG00000163463.6:-:insertionFS:1/1:KRTCAP2-001:ENST00000295682.4:489_373
chr1	155186381	rs60453236	G	GTA	2264.75	PASS	AA=.;AC=18;AF=0.00946;AN=1902;BaseQRankSum=-9.699;DB;DP=4514;DS;FS=8.375;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.3735;InbreedingCoeff=0.1451;MQ=35.55;MQ0=392;MQRankSum=0.938;QD=20.97;ReadPosRankSum=-0.762;SB=-907.57;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.5053;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GBAP1:ENSG00000160766.9:-:insertionFS:2/2:GBAP1-001:ENST00000368374.1:1080_427:GBAP1-201:ENST00000313929.7:909_427
chr1	155220111	.	GGCA	G	13.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00064;AN=1562;BaseQRankSum=0.804;DP=2790;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.0269;InbreedingCoeff=0.1257;MQ=61.65;MQ0=0;MQRankSum=-1.123;ReadPosRankSum=-0.667;SZ=-3;TR=11;TU=AGC;VQSLOD=6.1813;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FAM189B:ENSG00000160767.15:-:deletionNFS:4/5:FAM189B-201:ENST00000323361.4:1074_515_172_PR->R:FAM189B-002:ENST00000350210.2:1719_1178_393_PR->R:FAM189B-001:ENST00000361361.2:2007_1466_489_PR->R:FAM189B-004:ENST00000368368.3:1953_1412_471_PR->R
chr1	155247456	.	TG	T	13.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00081;AN=1238;BaseQRankSum=2.354;DP=1574;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=8.7775;InbreedingCoeff=0.0844;MQ=63.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.258;ReadPosRankSum=-1.574;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3050;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HCN3:ENSG00000143630.5:+:deletionFS:1/1:HCN3-001:ENST00000368358.3:2325_75
chr1	155292702	.	G	GC	30.55	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.0201;AN=798;BaseQRankSum=3.630;DP=771;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=8.5225;InbreedingCoeff=0.2208;MQ=51.62;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;ReadPosRankSum=-0.563;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.3778;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RUSC1:ENSG00000160753.11:+:insertionFS:2/5:RUSC1-001:ENST00000368352.5:2709_1138:RUSC1-002:ENST00000368354.3:2391_1138
chr1	155307491	.	C	CT	41.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1972;BaseQRankSum=-1.739;DP=5959;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.2275;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=65.19;MQ0=0;MQRankSum=0.390;ReadPosRankSum=-1.032;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.6921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASH1L:ENSG00000116539.5:-:insertionFS:2/2:ASH1L-001:ENST00000368346.3:8910_8870:ASH1L-002:ENST00000392403.3:8895_8855
chr1	155307999	.	G	GT	182.58	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.00867;AN=1960;BaseQRankSum=-1.487;DP=5535;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=14.3604;InbreedingCoeff=0.1091;MQ=67.21;MQ0=0;MQRankSum=0.145;ReadPosRankSum=-2.674;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5766;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ASH1L:ENSG00000116539.5:-:insertionFS:2/2:ASH1L-001:ENST00000368346.3:8910_8699:ASH1L-002:ENST00000392403.3:8895_8684
chr1	155448802	.	A	AG	6.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;DP=5879;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=16.5956;InbreedingCoeff=-0.0056;MQ=57.94;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3404;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ASH1L:ENSG00000116539.5:-:insertionFS:2/2:ASH1L-001:ENST00000368346.3:8910_3859:ASH1L-002:ENST00000392403.3:8895_3859
chr1	155707954	rs3841631	CAGA	C	3023.71	PASS	AA=0;AC=44;AF=0.02151;AN=2046;BaseQRankSum=12.086;DB;DP=6085;DS;FS=0.395;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.2814;InbreedingCoeff=0.0786;MQ=65.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.537;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.135;SB=-1720.51;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=8.6900;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DAP3:ENSG00000132676.10:+:deletionNFS:4/4:DAP3-002:ENST00000343043.3:1197_1118_373_TE->T:DAP3-001:ENST00000368336.5:1197_1118_373_TE->T:DAP3-201:ENST00000421487.2:1095_1016_339_TE->T:DAP3-202:ENST00000535183.1:1074_995_332_TE->T
chr1	155912102	.	TG	T,TGG	54.20	PASS	AA=0;AC=1,67;AF=0.00060,0.04051;AN=1654;BaseQRankSum=-0.896;DP=3636;DS;FS=42.463;HR=5;HU=G;HaplotypeScore=12.5283;InbreedingCoeff=0.2585;MQ=67.80;MQ0=0;MQRankSum=1.633;QD=0.00;ReadPosRankSum=-3.272;SB=-14.79;SZ=-1;TR=8;TU=CTGG;VQSLOD=4.9650;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RXFP4:ENSG00000173080.4:+:deletionFS:1/1:RXFP4-001:ENST00000368318.3:1125_602,2:RXFP4:ENSG00000173080.4:+:insertionFS:1/1:RXFP4-001:ENST00000368318.3:1125_602
chr1	156212357	.	CG	C	288.92	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00112;AN=1780;DP=4733;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.9484;InbreedingCoeff=-0.0335;MQ=56.21;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.6579;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PMF1:ENSG00000160783.12:+:deletionFS:2/5:PMF1-003:ENST00000320139.5:528_382:PMF1-007:ENST00000368276.4:663_517,1:BGLAP:ENSG00000242252.1:+:deletionFS:1/1:BGLAP-001:ENST00000368272.4:303_78
chr1	156354347	rs78966228	TC	T,TCC	17352.55	PASS	AA=1;AC=700,14;AF=0.38085,0.00762;AN=1838;BaseQRankSum=14.000;DB;DP=4500;DS;FS=0.591;HR=8;HU=C;HaplotypeScore=19.2779;InbreedingCoeff=0.2603;MQ=58.22;MQ0=1;MQRankSum=-1.098;QD=14.80;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-7635.80;SZ=1;TR=8;TU=C;VQSLOD=9.3115;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RHBG:ENSG00000132677.8:+:deletionFS:3/6:RHBG-001:ENST00000368249.1:1326_1264:RHBG-201:ENST00000255013.3:1119_1057:RHBG-203:ENST00000400992.2:1230_1168,2:RHBG:ENSG00000132677.8:+:insertionFS:3/6:RHBG-001:ENST00000368249.1:1326_1264:RHBG-201:ENST00000255013.3:1119_1057:RHBG-203:ENST00000400992.2:1230_1168
chr1	156504395	.	GC	G	4.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1738;BaseQRankSum=1.052;DP=3597;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.0529;InbreedingCoeff=0.0549;MQ=70.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.311;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.396;SB=-30.85;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IQGAP3:ENSG00000183856.6:-:deletionFS:1/1:IQGAP3-001:ENST00000361170.2:4896_3638
chr1	156504476	.	G	GCCA	59.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=-0.106;DP=4072;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.1281;InbreedingCoeff=0.0305;MQ=63.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.017;ReadPosRankSum=0.149;SZ=3;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=6.0779;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IQGAP3:ENSG00000183856.6:-:insertionNFS:1/1:IQGAP3-001:ENST00000361170.2:4896_3557_1186_A->VA
chr1	156551485	.	AG	A	10.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1790;BaseQRankSum=1.500;DP=4162;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.9977;InbreedingCoeff=0.0864;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.602;ReadPosRankSum=-0.749;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0799;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC24:ENSG00000187862.6:+:deletionFS:2/2:TTC24-201:ENST00000368236.3:1749_329:TTC24-006:ENST00000368237.3:1749_329
chr1	156553231	.	GC	G	2263.26	PASS	AA=0;AC=84;AF=0.04822;AN=1742;BaseQRankSum=8.782;DP=3892;DS;FS=2.821;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=11.9932;InbreedingCoeff=0.1184;MQ=66.66;MQ0=0;MQRankSum=4.116;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.740;SB=-1161.19;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=8.2721;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTC24:ENSG00000187862.6:+:deletionFS:2/2:TTC24-201:ENST00000368236.3:1749_1141:TTC24-006:ENST00000368237.3:1749_1141
chr1	156561557	rs58410616	G	GGGGCC,GGGGCCGGGCC,GGGGCGGGGCC,GGGGTC,GGGGTCCGGCC,GGGGTCGGGAC,GGGGTCGGGC,GGGGTCGGGCC,GGGGTCGGGCT,GTGGTCGGGCC	15583.56	PASS	AA=.;AC=54,143,54,111,8,8,10,109,6,4;AF=0.0687,0.1819,0.0687,0.1412,0.0102,0.0102,0.0127,0.1387,0.0076,0.0051;AN=786;BaseQRankSum=0.059;DB;DP=765;DS;FS=0.000;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=19.2694;InbreedingCoeff=0.9095;MQ=51.80;MQ0=1;MQRankSum=-0.764;QD=39.96;ReadPosRankSum=-0.960;SB=-3262.63;SZ=.;TR=18;TU=CCGGG;VQSLOD=8.6121;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,2:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,3:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,4:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,5:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,6:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,7:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,8:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,9:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921,10:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:spliceOverlap:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921
chr1	156561574	.	G	GGCC	5447.95	PASS	AA=.;AC=182;AF=0.2388;AN=762;BaseQRankSum=15.021;DP=828;FS=4.305;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.1738;InbreedingCoeff=0.0557;MQ=49.19;MQ0=1;MQRankSum=-7.367;QD=18.41;ReadPosRankSum=6.018;SB=-2333.82;SZ=.;TR=18;TU=CCGGG;VQSLOD=5.2692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:insertionNFS:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921_32_11_G->GP
chr1	156561575	.	G	GCC	2211.75	PASS	AA=.;AC=148;AF=0.1893;AN=782;BaseQRankSum=14.115;DP=851;FS=0.396;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.2234;InbreedingCoeff=0.0561;MQ=49.25;MQ0=1;MQRankSum=-8.912;QD=8.54;ReadPosRankSum=2.429;SB=-1261.27;SZ=.;TR=18;TU=CCGGG;VQSLOD=5.8497;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOA1BP:ENSG00000163382.6:+:insertionFS:1/4:APOA1BP-201:ENST00000446584.2:921_33
chr1	156564782	rs10598938	GTC	G	1371.39	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.00567;AN=2116;BaseQRankSum=7.328;DB;DP=6900;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.6853;InbreedingCoeff=0.1055;MQ=69.34;MQ0=0;MQRankSum=1.847;ReadPosRankSum=-2.153;SZ=.;TR=7;TU=CT;VQSLOD=8.8887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:deletionFS:1/4:GPATCH4-202:ENST00000368229.5:1338_1335
chr1	156565049	rs72559129	A	AAC,AC,ACC	204635.46	PASS	AA=1;AC=1914,2,12;AF=0.98356,0.00103,0.00617;AN=1946;BaseQRankSum=-3.538;DB;DP=6860;DS;FS=3.743;HR=4;HU=A;HaplotypeScore=17.8863;InbreedingCoeff=0.1998;MQ=63.98;MQ0=6;MQRankSum=-2.717;QD=53.81;ReadPosRankSum=1.867;SB=-93265.01;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=9.3992;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:insertionFS:2/4:GPATCH4-015:ENST00000438976.2:1128_1084:GPATCH4-001:ENST00000368232.4:1113_1069,1:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:spliceOverlap:1/4:GPATCH4-202:ENST00000368229.5:1338,2:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:insertionFS:2/4:GPATCH4-015:ENST00000438976.2:1128_1084:GPATCH4-001:ENST00000368232.4:1113_1069,3:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:insertionFS:2/4:GPATCH4-015:ENST00000438976.2:1128_1084:GPATCH4-001:ENST00000368232.4:1113_1069,3:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:spliceOverlap:1/4:GPATCH4-202:ENST00000368229.5:1338
chr1	156565503	.	C	CT	138.45	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.00961;AN=1978;BaseQRankSum=-1.719;DP=4753;DS;FS=15.418;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=12.2669;InbreedingCoeff=0.0481;MQ=66.98;MQ0=0;MQRankSum=0.331;QD=0.92;ReadPosRankSum=-4.047;SB=-182.55;SZ=1;TR=16;TU=CTTTTT;VQSLOD=4.8272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:insertionFS:3/4:GPATCH4-015:ENST00000438976.2:1128_630:GPATCH4-001:ENST00000368232.4:1113_615:GPATCH4-202:ENST00000368229.5:1338_615
chr1	156567678	.	C	CT	2010.21	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.01063;AN=2070;BaseQRankSum=-6.348;DP=5929;DS;FS=8.224;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.2111;InbreedingCoeff=0.1821;MQ=64.24;MQ0=0;MQRankSum=1.905;QD=18.61;ReadPosRankSum=-1.554;SB=-1017.33;SZ=1;TR=8;TU=AAGT;VQSLOD=8.2696;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GPATCH4:ENSG00000160818.11:-:insertionFS:1/4:GPATCH4-201:ENST00000334588.7:420_344
chr1	156568388	.	T	TG	193.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=-0.565;DP=5303;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=14.7894;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=1.738;ReadPosRankSum=-1.618;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=8.0498;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL365181.1:ENSG00000256027.1:+:insertionFS:1/1:AL365181.1-201:ENST00000368231.5:420_116
chr1	156568517	.	AT	A	26.39	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00141;AN=2126;BaseQRankSum=2.315;DP=5681;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.4243;InbreedingCoeff=-0.0232;MQ=84.63;MQ0=0;MQRankSum=0.695;ReadPosRankSum=2.113;SZ=-1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.3594;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL365181.1:ENSG00000256027.1:+:deletionFS:1/1:AL365181.1-201:ENST00000368231.5:420_245
chr1	156568672	.	T	TG	35.33	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1848;BaseQRankSum=-0.087;DP=4599;DS;HR=7;HRun=7;HU=G;HaplotypeScore=13.3106;InbreedingCoeff=0.1840;MQ=60.92;MQ0=0;MQRankSum=0.618;ReadPosRankSum=-0.335;SZ=.;TR=7;TU=G;VQSLOD=5.7911;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL365181.1:ENSG00000256027.1:+:insertionFS:1/1:AL365181.1-201:ENST00000368231.5:420_400
chr1	156640502	.	TC	T	22.54	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00170;AN=1760;BaseQRankSum=-2.033;DP=3523;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.0164;InbreedingCoeff=0.0632;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.020;ReadPosRankSum=-4.452;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.7666;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NES:ENSG00000132688.8:-:deletionFS:2/3:NES-001:ENST00000368223.3:4866_3478:NES-202:ENST00000515307.2:1293_574
chr1	156712317	rs60294423	A	AT	2493.75	PASS	AA=.;AC=86;AF=0.04541;AN=1894;BaseQRankSum=-11.313;DB;DP=4827;DS;FS=4.514;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=11.3713;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=67.18;MQ0=0;MQRankSum=1.053;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1159.35;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=8.3241;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:insertionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_815
chr1	156725325	.	TC	T	5333.13	PASS	AA=0;AC=69;AF=0.03503;AN=1970;BaseQRankSum=21.654;DP=5780;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.2979;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=66.35;MQ0=1;MQRankSum=0.976;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.278;SB=-2379.99;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.0462;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:deletionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_664
chr1	156727270	.	TAAATA	T	23679.75	PASS	AA=.;AC=532;AF=0.33799;AN=1574;BaseQRankSum=9.407;DP=2847;DS;FS=26.512;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.4109;InbreedingCoeff=0.2846;MQ=51.90;MQ0=17;MQRankSum=-7.301;QD=30.28;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-8615.88;SZ=.;TR=17;TU=AAAAT;VQSLOD=6.5146;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:deletionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_530
chr1	156727278	rs71959474	AT	A	674.42	PASS	AA=.;AC=231;AF=0.13415;AN=1722;BaseQRankSum=27.976;DB;DP=2932;FS=0.441;HR=4;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=18.3035;InbreedingCoeff=0.2942;MQ=52.86;MQ0=17;MQRankSum=-10.347;QD=1.47;ReadPosRankSum=9.700;SB=-607.67;SZ=.;TR=17;TU=AAAAT;VQSLOD=5.6007;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:deletionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_522
chr1	156727578	rs61636448	CAA	C,CA,CAAA,CAAAA	1283.59	PASS	AA=.;AC=37,207,175,141;AF=0.02336,0.13068,0.11048,0.08902;AN=1584;BaseQRankSum=-0.175;DB;DP=3254;DS;FS=12.931;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=13.3198;InbreedingCoeff=0.6978;MQ=56.83;MQ0=63;MQRankSum=1.290;QD=0.97;ReadPosRankSum=-2.912;SB=-1369.64;SZ=.;TR=17;TU=A;VQSLOD=9.3697;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:deletionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_460,2:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:deletionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_460,3:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:insertionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_460,4:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:insertionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_460
chr1	156728384	rs55668431	C	CAAAA	11848.92	PASS	AA=.;AC=679;AF=0.8007;AN=848;BaseQRankSum=1.547;DB;DP=1055;FS=1.559;HR=11;HRun=11;HU=A;HaplotypeScore=21.0758;InbreedingCoeff=0.2747;MQ=34.09;MQ0=157;MQRankSum=-2.135;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.459;SB=-4899.50;SZ=.;TR=11;TU=A;VQSLOD=7.9183;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL590666.1:ENSG00000203548.2:-:insertionFS:1/1:AL590666.1-201:ENST00000433692.2:1089_333
chr1	156783792	.	GGCA	G	27.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00068;AN=1474;BaseQRankSum=0.992;DP=2627;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.7562;InbreedingCoeff=0.1074;MQ=55.31;MQ0=1;MQRankSum=-0.087;ReadPosRankSum=0.132;SZ=-3;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.1066;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SH2D2A:ENSG00000027869.7:-:deletionNFS:3/3:SH2D2A-001:ENST00000368199.3:1170_415_139_RH->H:SH2D2A-201:ENST00000392306.2:1200_445_149_RH->H:SH2D2A-002:ENST00000368198.3:1116_361_121_RH->H
chr1	156812971	.	TC	T	141.13	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1868;DP=5142;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=15.4243;InbreedingCoeff=0.0163;MQ=57.65;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.8270;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INSRR:ENSG00000027644.4:-:deletionFS:1/1:INSRR-001:ENST00000368195.3:3894_2951
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chr1	156897344	.	TGG	T	21.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00063;AN=1594;BaseQRankSum=1.371;DP=3103;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=12.8471;InbreedingCoeff=0.0758;MQ=56.03;MQ0=0;MQRankSum=0.680;ReadPosRankSum=-0.559;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6258;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC71:ENSG00000160838.9:+:deletionFS:1/1:LRRC71-001:ENST00000337428.7:1680_719
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chr1	156933344	.	CCT	C	14.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;DP=4911;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.8713;InbreedingCoeff=0.1001;MQ=58.37;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.8375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF11:ENSG00000132694.14:-:deletionFS:2/3:ARHGEF11-002:ENST00000361409.2:4569_886:ARHGEF11-001:ENST00000368194.3:4689_1006
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chr1	157740427	.	CAG	C	640.47	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00424;AN=1886;BaseQRankSum=4.842;DP=4681;DS;FS=5.710;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.0947;InbreedingCoeff=0.0852;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=3.499;QD=14.89;ReadPosRankSum=2.172;SB=-375.11;SZ=-2;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.8322;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCRL2:ENSG00000132704.10:-:deletionFS:4/5:FCRL2-201:ENST00000292389.4:609_82:FCRL2-001:ENST00000361516.3:1527_82:FCRL2-004:ENST00000368181.4:609_82:FCRL2-202:ENST00000392274.3:1335_82
chr1	157773684	.	TG	T	8.26	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1888;DP=5423;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.8245;InbreedingCoeff=0.1072;MQ=64.59;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8180;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FCRL1:ENSG00000163534.10:-:deletionFS:3/3:FCRL1-001:ENST00000368176.3:1290_270:FCRL1-003:ENST00000491942.1:1287_270:FCRL1-002:ENST00000358292.3:1101_270
chr1	158066485	.	AG	A	186.15	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00154;AN=1948;BaseQRankSum=2.325;DP=4690;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.7228;InbreedingCoeff=-0.0368;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=2.227;ReadPosRankSum=0.016;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.3000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139010.1:ENSG00000256592.1:+:deletionFS:1/1:AL139010.1-201:ENST00000538436.1:627_170
chr1	158066511	.	CA	C	6.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1936;DP=4536;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=11.6198;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=65.31;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0833;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139010.1:ENSG00000256592.1:+:deletionFS:1/1:AL139010.1-201:ENST00000538436.1:627_196
chr1	158150908	.	TTC	T	75.62	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00182;AN=1646;BaseQRankSum=3.215;DP=2841;DS;FS=6.639;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=12.5852;InbreedingCoeff=0.0518;MQ=54.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.940;QD=7.56;ReadPosRankSum=-1.053;SB=-36.49;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1674;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD1D:ENSG00000158473.6:+:deletionFS:1/1:CD1D-001:ENST00000368171.3:1008_17
chr1	158151303	.	C	CT	388.43	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00401;AN=1744;BaseQRankSum=-2.925;DP=3944;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.6919;InbreedingCoeff=-0.0497;MQ=56.86;MQ0=0;MQRankSum=0.944;ReadPosRankSum=0.064;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=6.7922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD1D:ENSG00000158473.6:+:insertionFS:1/1:CD1D-001:ENST00000368171.3:1008_120
chr1	158152796	.	C	CA	120.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1966;BaseQRankSum=-1.256;DP=4799;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.4149;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=61.89;MQ0=20;MQRankSum=-0.391;ReadPosRankSum=-1.092;SZ=1;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=7.1363;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD1D:ENSG00000158473.6:+:insertionFS:1/1:CD1D-001:ENST00000368171.3:1008_736
chr1	158300835	.	AG	A	103.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2048;BaseQRankSum=2.416;DP=5497;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.5067;InbreedingCoeff=0.0861;MQ=71.83;MQ0=0;MQRankSum=1.010;ReadPosRankSum=0.707;SZ=-1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=8.2725;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD1B:ENSG00000158485.6:-:deletionFS:1/1:CD1B-001:ENST00000368168.3:1002_79
chr1	158436285	.	CTTAG	C	618.58	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00242;AN=2062;DP=5603;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=37.4946;InbreedingCoeff=0.1242;MQ=65.77;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.4118;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR10K1:ENSG00000173285.2:+:deletionFS:1/1:OR10K1-001:ENST00000289451.2:942_934
chr1	158533298	.	C	CA	486.10	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00492;AN=2034;BaseQRankSum=-2.846;DP=5751;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=17.2852;InbreedingCoeff=0.1032;MQ=62.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.403;ReadPosRankSum=-0.275;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=8.0777;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6P1:ENSG00000186440.1:-:insertionFS:1/1:OR6P1-001:ENST00000334632.1:954_97
chr1	158549526	.	AG	A	87.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2084;BaseQRankSum=-0.674;DP=5772;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=25.6830;InbreedingCoeff=0.0043;MQ=62.74;MQ0=0;MQRankSum=0.100;ReadPosRankSum=-0.591;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.7417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10X1:ENSG00000186400.3:-:deletionFS:1/1:OR10X1-001:ENST00000368150.1:981_164
chr1	158577030	.	CTT	C	253.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;BaseQRankSum=3.222;DP=5591;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=17.5442;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=66.21;MQ0=0;MQRankSum=0.624;ReadPosRankSum=-1.020;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=8.3114;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10Z1:ENSG00000198967.2:+:deletionFS:1/2:OR10Z1-001:ENST00000361284.1:942_802
chr1	158606479	.	CT	C	30.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;BaseQRankSum=0.661;DP=4814;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=18.1785;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=1.754;ReadPosRankSum=-0.121;SZ=-1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.5578;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTA1:ENSG00000163554.6:-:deletionFS:2/2:SPTA1-002:ENST00000368147.3:7251_5262:SPTA1-001:ENST00000368148.3:7260_5262
chr1	158632692	.	T	TC	20.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;BaseQRankSum=-1.135;DP=5289;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.2637;InbreedingCoeff=0.0832;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=0.284;ReadPosRankSum=0.295;SZ=1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.0935;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTA1:ENSG00000163554.6:-:insertionFS:2/2:SPTA1-002:ENST00000368147.3:7251_2264:SPTA1-001:ENST00000368148.3:7260_2264
chr1	158650515	.	G	GC	9.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;DP=4917;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.6345;InbreedingCoeff=0.0371;MQ=58.00;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.3442;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTA1:ENSG00000163554.6:-:insertionFS:2/2:SPTA1-002:ENST00000368147.3:7251_536:SPTA1-001:ENST00000368148.3:7260_536
chr1	158669509	.	AT	A	11.09	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00052;AN=1922;BaseQRankSum=2.686;DP=5041;DS;HR=7;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.4906;InbreedingCoeff=-0.0087;MQ=58.36;MQ0=1;MQRankSum=-1.331;ReadPosRankSum=-0.194;SZ=.;TR=7;TU=A;VQSLOD=5.1845;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR6K2:ENSG00000196171.2:-:deletionFS:1/1:OR6K2-001:ENST00000359610.2:975_934
chr1	158669770	.	CAG	C	109.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;DP=5905;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.2661;InbreedingCoeff=0.0694;MQ=62.05;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.1439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6K2:ENSG00000196171.2:-:deletionFS:1/1:OR6K2-001:ENST00000359610.2:975_673
chr1	158669774	.	C	CT	116.89	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1874;BaseQRankSum=3.296;DP=5993;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.1613;InbreedingCoeff=0.0941;MQ=61.84;MQ0=0;MQRankSum=-1.283;ReadPosRankSum=0.919;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.4333;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6K2:ENSG00000196171.2:-:insertionFS:1/1:OR6K2-001:ENST00000359610.2:975_669
chr1	158670074	.	CAG	C	218.10	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00098;AN=2046;BaseQRankSum=3.253;DP=6384;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.8552;InbreedingCoeff=0.1255;MQ=62.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;ReadPosRankSum=0.219;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.5060;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR6K2:ENSG00000196171.2:-:deletionFS:1/1:OR6K2-001:ENST00000359610.2:975_369
chr1	158687579	.	GT	G	28.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=1.730;DP=5301;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=15.8185;InbreedingCoeff=0.0326;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=1.692;ReadPosRankSum=-1.011;SB=-25.94;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.3890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6K3:ENSG00000203757.1:-:deletionFS:2/2:OR6K3-201:ENST00000368146.1:996_375:OR6K3-001:ENST00000368145.1:948_327
chr1	158725433	.	GC	G	7.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2080;BaseQRankSum=1.712;DP=6478;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=17.7010;InbreedingCoeff=0.0324;MQ=62.07;MQ0=0;MQRankSum=0.492;ReadPosRankSum=-0.082;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8964;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR6K6:ENSG00000180433.4:+:deletionFS:1/1:OR6K6-001:ENST00000368144.2:1032_828
chr1	158746674	.	A	AAG	218.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1950;BaseQRankSum=0.081;DP=5771;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.9282;InbreedingCoeff=0.0637;MQ=59.03;MQ0=1;MQRankSum=-0.142;ReadPosRankSum=2.220;SZ=2;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=7.4781;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6N2:ENSG00000188340.1:-:insertionFS:1/1:OR6N2-001:ENST00000339258.1:954_752
chr1	158815514	.	TCA	T	47.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2064;DP=4810;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.5589;InbreedingCoeff=0.0353;MQ=66.98;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.9748;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MNDA:ENSG00000163563.7:+:deletionFS:1/1:MNDA-001:ENST00000368141.4:1224_708
chr1	158815517	.	TGC	T	47.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2096;BaseQRankSum=2.941;DP=4846;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.4328;InbreedingCoeff=0.0048;MQ=70.05;MQ0=0;MQRankSum=0.926;ReadPosRankSum=1.616;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MNDA:ENSG00000163563.7:+:deletionFS:1/1:MNDA-001:ENST00000368141.4:1224_711
chr1	158913682	.	G	GC	48.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2120;BaseQRankSum=-1.087;DP=5416;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.9427;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=68.22;MQ0=0;MQRankSum=0.199;ReadPosRankSum=1.908;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.2980;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PYHIN1:ENSG00000163564.10:+:insertionFS:4/5:PYHIN1-004:ENST00000392252.3:1359_1078:PYHIN1-003:ENST00000392254.2:1386_1105:PYHIN1-002:ENST00000368138.3:1452_1078:PYHIN1-001:ENST00000368140.1:1479_1105
chr1	158946486	.	TCAAGGTCAC	T	193.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1832;DP=4097;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=33.8911;InbreedingCoeff=0.0013;MQ=57.66;MQ0=0;SZ=-9;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8468;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PYHIN1:ENSG00000163564.10:+:spliceOverlap:2/5:PYHIN1-004:ENST00000392252.3:1359:PYHIN1-003:ENST00000392254.2:1386
chr1	159032486	.	GT	G,GTT	253.71	PASS	AA=.;AC=85,87;AF=0.04531,0.04638;AN=1876;BaseQRankSum=5.999;DP=5184;DS;FS=6.942;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=15.2253;InbreedingCoeff=0.1824;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=2.451;QD=0.36;ReadPosRankSum=-2.835;SB=-693.69;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.5735;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AIM2:ENSG00000163568.9:-:deletionFS:1/1:AIM2-001:ENST00000368130.4:1032_1028,2:AIM2:ENSG00000163568.9:-:insertionFS:1/1:AIM2-001:ENST00000368130.4:1032_1028
chr1	159505195	.	T	TA	142.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1944;BaseQRankSum=-3.862;DP=6473;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.2055;InbreedingCoeff=0.0985;MQ=63.37;MQ0=0;MQRankSum=1.002;ReadPosRankSum=1.923;SB=-89.04;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.4875;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10J5:ENSG00000184155.7:-:insertionFS:1/1:OR10J5-001:ENST00000334857.2:930_603
chr1	159505208	.	AT	A	6.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1946;DP=6357;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.8221;InbreedingCoeff=0.1234;MQ=63.77;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=ATT;VQSLOD=6.0002;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR10J5:ENSG00000184155.7:-:deletionFS:1/1:OR10J5-001:ENST00000334857.2:930_590
chr1	159505529	.	TG	T	5.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=2.574;DP=6580;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=19.2483;InbreedingCoeff=0.1119;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=1.403;ReadPosRankSum=-2.050;SZ=-1;TR=8;TU=GGTT;VQSLOD=5.5702;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR10J5:ENSG00000184155.7:-:deletionFS:1/1:OR10J5-001:ENST00000334857.2:930_269
chr1	159505698	.	CAGTT	C	386.89	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1928;DP=6060;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=28.7827;InbreedingCoeff=-0.0346;MQ=58.09;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.6648;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10J5:ENSG00000184155.7:-:deletionFS:1/1:OR10J5-001:ENST00000334857.2:930_100
chr1	159505735	.	T	TC	11.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1926;BaseQRankSum=0.980;DP=5867;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=17.0837;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=0.470;ReadPosRankSum=1.244;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.7052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10J5:ENSG00000184155.7:-:insertionFS:1/1:OR10J5-001:ENST00000334857.2:930_63
chr1	160188123	.	G	GC	9.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=-2.448;DP=5775;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=17.9738;InbreedingCoeff=-0.0332;MQ=57.75;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0558;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DCAF8:ENSG00000132716.10:-:insertionFS:4/4:DCAF8-003:ENST00000326837.2:1794_1668:DCAF8-001:ENST00000368073.3:1794_1668:DCAF8-002:ENST00000368074.1:1794_1668:DCAF8-201:ENST00000540855.1:1737_1611
chr1	160192452	.	TG	T,TCG	6.33	PASS	AA=0;AC=2,0;AF=0.00106,0.00000;AN=1884;BaseQRankSum=2.052;DP=5463;DS;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=13.8833;InbreedingCoeff=0.1129;MQ=67.62;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.316;SB=-37.98;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1309;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DCAF8:ENSG00000132716.10:-:deletionFS:4/4:DCAF8-003:ENST00000326837.2:1794_1429:DCAF8-001:ENST00000368073.3:1794_1429:DCAF8-002:ENST00000368074.1:1794_1429:DCAF8-201:ENST00000540855.1:1737_1372,2:DCAF8:ENSG00000132716.10:-:insertionFS:4/4:DCAF8-003:ENST00000326837.2:1794_1429:DCAF8-001:ENST00000368073.3:1794_1429:DCAF8-002:ENST00000368074.1:1794_1429:DCAF8-201:ENST00000540855.1:1737_1372
chr1	160209873	.	GCTCTTCTTCCTC	G	1437.58	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00660;AN=1970;BaseQRankSum=3.570;DP=5370;DS;FS=2.497;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=47.6015;InbreedingCoeff=0.1193;MQ=65.83;MQ0=1;MQRankSum=-2.846;QD=15.29;ReadPosRankSum=3.746;SB=-702.62;SZ=-12;TR=30;TU=CCTCCTCTTCTT;VQSLOD=5.7359;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DCAF8:ENSG00000132716.10:-:deletionNFS:4/4:DCAF8-003:ENST00000326837.2:1794_337_113_QPRRR->R:DCAF8-001:ENST00000368073.3:1794_337_113_QPRRR->R:DCAF8-002:ENST00000368074.1:1794_337_113_QPRRR->R:DCAF8-201:ENST00000540855.1:1737_280_94_QPRRR->R
chr1	160719881	.	A	AC	9.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2016;BaseQRankSum=-1.010;DP=5398;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.3249;InbreedingCoeff=0.0252;MQ=61.13;MQ0=0;MQRankSum=1.325;ReadPosRankSum=1.807;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.7695;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLAMF7:ENSG00000026751.11:+:insertionFS:5/7:SLAMF7-003:ENST00000368042.3:687_326:SLAMF7-001:ENST00000368043.3:1008_647:SLAMF7-204:ENST00000458602.2:567_326:SLAMF7-002:ENST00000359331.4:891_647:SLAMF7-203:ENST00000458104.2:450_326
chr1	160783479	.	TTC	T	21.51	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00317;AN=1894;BaseQRankSum=9.922;DP=5690;DS;FS=2.168;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.0438;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=56.96;MQ0=0;MQRankSum=-3.476;QD=0.50;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-98.84;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.9188;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LY9:ENSG00000122224.10:+:deletionFS:7/10:LY9-001:ENST00000263285.4:1971_508:LY9-201:ENST00000341032.4:1566_508:LY9-203:ENST00000368041.1:1968_508:LY9-204:ENST00000542780.1:1116_508:LY9-003:ENST00000368037.3:1809_388:LY9-002:ENST00000392203.2:1581_388:LY9-007:ENST00000368036.1:1275_214
chr1	160783480	.	TCTC	T	1386.77	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00685;AN=1898;DP=5679;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.0014;InbreedingCoeff=0.0547;MQ=57.64;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.5926;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LY9:ENSG00000122224.10:+:deletionNFS:7/10:LY9-001:ENST00000263285.4:1971_509_170_FS->F:LY9-201:ENST00000341032.4:1566_509_170_FS->F:LY9-203:ENST00000368041.1:1968_509_170_FS->F:LY9-204:ENST00000542780.1:1116_509_170_FS->F:LY9-003:ENST00000368037.3:1809_389_130_FS->F:LY9-002:ENST00000392203.2:1581_389_130_FS->F:LY9-007:ENST00000368036.1:1275_215_72_FS->F
chr1	161141636	.	GGCAGTA	G	259.65	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1860;DP=4378;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.2012;InbreedingCoeff=0.0332;MQ=58.85;MQ0=0;SZ=-6;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.3310;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:B4GALT3:ENSG00000158850.9:-:deletionNFS:4/6:B4GALT3-001:ENST00000319769.5:1182_1152_384_ANH->H:B4GALT3-002:ENST00000367998.1:1182_1152_384_ANH->H:B4GALT3-203:ENST00000407555.3:1113_1083_361_ANH->H:B4GALT3-202:ENST00000367997.4:1179_1152_384_ANH->H
chr1	161166300	.	CT	C	6.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1844;BaseQRankSum=1.451;DP=5515;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.3555;InbreedingCoeff=-0.0091;MQ=57.85;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=4.7586;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTS4:ENSG00000158859.8:-:deletionFS:1/2:ADAMTS4-002:ENST00000367995.3:1020_1004
chr1	161197734	.	A	AACCACC,ACACC,ACCCCCC	11.10	PASS	AA=0;AC=3,15,17;AF=0.00170,0.00849,0.00963;AN=1766;BaseQRankSum=3.698;DP=3458;DS;FS=40.904;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=24.2773;InbreedingCoeff=0.2882;MQ=56.90;MQ0=1;MQRankSum=-1.654;QD=0.00;ReadPosRankSum=-5.030;SB=-15.47;SZ=6;TR=5;TU=AC;VQSLOD=4.8879;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TOMM40L:ENSG00000158882.7:+:insertionNFS:4/4:TOMM40L-002:ENST00000367987.1:927_439_147_T->NHP:TOMM40L-001:ENST00000367988.3:927_439_147_T->NHP:TOMM40L-202:ENST00000545897.1:825_337_113_T->NHP:TOMM40L-201:ENST00000542686.1:633_280_94_T->NHP,2:TOMM40L:ENSG00000158882.7:+:insertionFS:4/4:TOMM40L-002:ENST00000367987.1:927_439:TOMM40L-001:ENST00000367988.3:927_439:TOMM40L-202:ENST00000545897.1:825_337:TOMM40L-201:ENST00000542686.1:633_280,3:TOMM40L:ENSG00000158882.7:+:insertionNFS:4/4:TOMM40L-002:ENST00000367987.1:927_439_147_T->TPP:TOMM40L-001:ENST00000367988.3:927_439_147_T->TPP:TOMM40L-202:ENST00000545897.1:825_337_113_T->TPP:TOMM40L-201:ENST00000542686.1:633_280_94_T->TPP
chr1	161205730	.	A	AGG	180.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1884;BaseQRankSum=1.130;DP=5853;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=23.0590;InbreedingCoeff=-0.0046;MQ=57.20;MQ0=0;MQRankSum=1.419;ReadPosRankSum=-1.004;SZ=2;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.4131;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NR1I3:ENSG00000143257.6:-:insertionFS:22/23:NR1I3-030:ENST00000412844.2:948_58:NR1I3-025:ENST00000437437.2:921_58:NR1I3-033:ENST00000508740.1:936_58:NR1I3-024:ENST00000512372.1:804_58:NR1I3-031:ENST00000428574.2:1023_145:NR1I3-029:ENST00000442691.2:1020_145:NR1I3-032:ENST00000505005.1:891_145:NR1I3-019:ENST00000367981.3:975_58:NR1I3-014:ENST00000504010.1:843_58:NR1I3-015:ENST00000511676.1:960_58:NR1I3-036:ENST00000367979.2:1074_145:NR1I3-201:ENST00000367980.2:1074_145:NR1I3-002:ENST00000367982.4:1059_145:NR1I3-001:ENST00000367983.4:1047_145:NR1I3-011:ENST00000367984.4:930_145:NR1I3-012:ENST00000367985.3:945_145:NR1I3-009:ENST00000506209.1:894_58:NR1I3-013:ENST00000508387.1:357_58:NR1I3-027:ENST00000511748.1:357_58:NR1I3-016:ENST00000502985.1:444_145:NR1I3-026:ENST00000511944.1:444_145:NR1I3-008:ENST00000515452.1:717_145
chr1	161254153	.	CGGA	C	41.79	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00097;AN=2066;BaseQRankSum=2.334;DP=5640;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.7239;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=72.68;MQ0=0;MQRankSum=0.166;ReadPosRankSum=-0.550;SZ=-3;TR=16;TU=AGG;VQSLOD=6.8604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCP4L1:ENSG00000248485.1:+:deletionNFS:1/1:PCP4L1-001:ENST00000504449.1:207_89_30_AE->A
chr1	161335330	.	CA	C	5.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1884;BaseQRankSum=0.863;DP=5128;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.8023;InbreedingCoeff=0.0401;MQ=57.98;MQ0=0;MQRankSum=2.366;ReadPosRankSum=-1.171;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.6479;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf192:ENSG00000188931.3:-:deletionFS:1/1:C1orf192-001:ENST00000367974.1:534_334
chr1	161479860	.	C	CCTT	1623.22	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00621;AN=2092;BaseQRankSum=-5.116;DP=5928;DS;FS=1.450;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.0458;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=51.69;MQ0=16;MQRankSum=-2.093;QD=24.23;ReadPosRankSum=-0.695;SB=-811.86;SZ=3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.5046;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCGR2A:ENSG00000143226.7:+:insertionNFS:2/4:FCGR2A-001:ENST00000271450.6:954_615_205_V->VL:FCGR2A-002:ENST00000367972.4:951_612_204_V->VL
chr1	161600980	.	TC	T	128.28	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00144;AN=2088;BaseQRankSum=0.400;DP=6248;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=21.2881;InbreedingCoeff=0.0388;MQ=52.93;MQ0=1;MQRankSum=1.885;ReadPosRankSum=-2.687;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.6528;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCGR3B:ENSG00000162747.5:-:deletionFS:1/3:FCGR3B-001:ENST00000531221.1:810_13
chr1	161722210	.	AC	A	4.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2076;BaseQRankSum=2.285;DP=4695;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.2473;InbreedingCoeff=0.0482;MQ=71.57;MQ0=0;MQRankSum=0.130;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.062;SB=-30.93;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.8374;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP12:ENSG00000081721.6:+:deletionFS:1/1:DUSP12-001:ENST00000367943.4:1023_630
chr1	161816264	.	A	AT	58.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2108;BaseQRankSum=-2.992;DP=5366;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.9037;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=79.86;MQ0=0;MQRankSum=2.854;ReadPosRankSum=-1.690;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.3820;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATF6:ENSG00000118217.5:+:insertionFS:1/1:ATF6-001:ENST00000367942.3:2013_1213
chr1	161833012	.	A	AG	12.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2124;DP=5487;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.5999;InbreedingCoeff=-0.0359;MQ=72.13;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.9659;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATF6:ENSG00000118217.5:+:insertionFS:1/1:ATF6-001:ENST00000367942.3:2013_1629
chr1	162257210	.	TGAA	T	29.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1940;BaseQRankSum=1.945;DP=5149;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.0033;InbreedingCoeff=0.1367;MQ=60.06;MQ0=0;MQRankSum=0.299;ReadPosRankSum=-0.628;SZ=-3;TR=12;TU=AAG;VQSLOD=6.3251;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NOS1AP:ENSG00000198929.8:+:deletionNFS:2/3:NOS1AP-001:ENST00000361897.5:1521_254_85_LK->L:NOS1AP-008:ENST00000530878.1:1506_254_85_LK->L
chr1	162326887	.	CCAG	C	34.17	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00672;AN=1638;BaseQRankSum=2.577;DP=3584;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.0126;InbreedingCoeff=0.1911;MQ=70.95;MQ0=0;MQRankSum=-2.574;ReadPosRankSum=0.616;SZ=-3;TR=29;TU=AGCAGCTCCTCC;VQSLOD=7.0821;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NOS1AP:ENSG00000198929.8:+:deletionNFS:2/3:NOS1AP-001:ENST00000361897.5:1521_900_300_LQ->L:NOS1AP-008:ENST00000530878.1:1506_885_295_LQ->L
chr1	162343933	.	G	GC	94.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1820;BaseQRankSum=-3.232;DP=4162;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.0542;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=67.91;MQ0=0;MQRankSum=3.181;ReadPosRankSum=-2.105;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.5451;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf111:ENSG00000171722.6:-:insertionFS:1/1:C1orf111-001:ENST00000367935.4:786_691
chr1	165177331	.	TTGC	T,TTGCTGC	75.40	PASS	AA=0;AC=15,25;AF=0.00770,0.01283;AN=1948;BaseQRankSum=4.209;DP=4965;DS;FS=0.000;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=17.9874;InbreedingCoeff=0.1869;MQ=69.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=0.19;ReadPosRankSum=1.390;SB=-44.71;SZ=-3;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=8.2571;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LMX1A:ENSG00000162761.10:-:deletionNFS:3/3:LMX1A-002:ENST00000294816.2:1149_786_262_QD->D:LMX1A-001:ENST00000342310.3:1149_786_262_QD->D:LMX1A-003:ENST00000367893.4:1149_786_262_QD->D,2:LMX1A:ENSG00000162761.10:-:insertionNFS:3/3:LMX1A-002:ENST00000294816.2:1149_786_262_Q->QQQ:LMX1A-001:ENST00000342310.3:1149_786_262_Q->QQQ:LMX1A-003:ENST00000367893.4:1149_786_262_Q->QQQ
chr1	165182987	.	TCAG	T	31.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2076;BaseQRankSum=1.755;DP=5245;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.3210;InbreedingCoeff=0.0787;MQ=69.21;MQ0=0;MQRankSum=2.208;ReadPosRankSum=-1.166;SZ=-3;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.9992;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMX1A:ENSG00000162761.10:-:deletionNFS:3/3:LMX1A-002:ENST00000294816.2:1149_560_187_EE->E:LMX1A-001:ENST00000342310.3:1149_560_187_EE->E:LMX1A-003:ENST00000367893.4:1149_560_187_EE->E
chr1	166888531	.	TTG	T	454.18	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00266;AN=1880;BaseQRankSum=4.979;DP=5673;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.6838;InbreedingCoeff=0.1069;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=2.370;ReadPosRankSum=-1.744;SZ=-2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=8.0711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ILDR2:ENSG00000143195.7:-:deletionFS:1/7:ILDR2-005:ENST00000469934.2:1314_1308
chr1	166896383	.	CTCTT	C	104.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2060;BaseQRankSum=2.387;DP=5238;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.4864;InbreedingCoeff=0.0418;MQ=64.36;MQ0=0;MQRankSum=-2.650;ReadPosRankSum=-1.064;SZ=-4;TR=9;TU=CT;VQSLOD=5.3837;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ILDR2:ENSG00000143195.7:-:deletionFS:6/7:ILDR2-005:ENST00000469934.2:1314_915:ILDR2-001:ENST00000271417.2:1920_915:ILDR2-003:ENST00000525740.1:1539_534:ILDR2-007:ENST00000526687.1:1596_591:ILDR2-002:ENST00000528703.1:1743_738:ILDR2-006:ENST00000529071.1:1863_858
chr1	166960707	.	TG	T	8.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;BaseQRankSum=1.746;DP=4391;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.0424;InbreedingCoeff=0.0611;MQ=67.26;MQ0=2;MQRankSum=1.064;ReadPosRankSum=1.047;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.1833;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAEL:ENSG00000143194.7:+:deletionFS:2/3:MAEL-201:ENST00000367870.2:1212_225:MAEL-001:ENST00000367872.4:1305_318
chr1	167025086	.	G	GC	18.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1996;BaseQRankSum=-0.441;DP=5528;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.5738;InbreedingCoeff=0.0522;MQ=62.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.435;ReadPosRankSum=0.577;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7116;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPA33:ENSG00000143167.7:-:spliceOverlap:1/1:GPA33-001:ENST00000367868.3:960
chr1	167059487	.	CAG	C	67.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1956;BaseQRankSum=2.010;DP=5160;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.6821;InbreedingCoeff=0.1244;MQ=66.80;MQ0=0;MQRankSum=0.318;ReadPosRankSum=-1.782;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.5586;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GPA33:ENSG00000143167.7:-:deletionFS:1/1:GPA33-001:ENST00000367868.3:960_38
chr1	167095215	.	GA	G	78.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=1.123;DP=4132;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.1257;InbreedingCoeff=0.0052;MQ=58.64;MQ0=1;MQRankSum=-3.196;ReadPosRankSum=-2.196;SZ=-1;TR=8;TU=AG;VQSLOD=5.5641;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP27:ENSG00000198842.5:+:deletionFS:3/3:DUSP27-001:ENST00000271385.5:3477_847:DUSP27-201:ENST00000361200.2:3477_847:DUSP27-202:ENST00000443333.1:3477_847
chr1	167095397	.	CGAG	C	30.42	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00446;AN=1794;BaseQRankSum=1.803;DP=3900;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.5219;InbreedingCoeff=0.1021;MQ=67.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=0.85;ReadPosRankSum=0.138;SB=-40.00;SZ=-3;TR=15;TU=AGG;VQSLOD=6.4714;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP27:ENSG00000198842.5:+:deletionNFS:3/3:DUSP27-001:ENST00000271385.5:3477_1029_343_DE->D:DUSP27-201:ENST00000361200.2:3477_1029_343_DE->D:DUSP27-202:ENST00000443333.1:3477_1029_343_DE->D
chr1	167381258	.	TCAG	T	21.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1922;BaseQRankSum=2.441;DP=5476;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.4790;InbreedingCoeff=0.0596;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.812;ReadPosRankSum=-1.706;SZ=-3;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.4811;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POU2F1:ENSG00000143190.13:+:deletionNFS:6/7:POU2F1-201:ENST00000420254.3:1962_1549_517_SA->S:POU2F1-204:ENST00000541643.1:2232_1549_517_SA->S:POU2F1-004:ENST00000367865.1:2226_1543_515_SA->S:POU2F1-002:ENST00000367866.1:2301_1618_540_SA->S:POU2F1-202:ENST00000429375.2:2112_1429_477_SA->S:POU2F1-003:ENST00000367862.4:2268_1585_529_SA->S
chr1	167385324	rs34032944	TAAA	T,TA,TAA	7570.77	PASS	AA=.;AC=58,218,653;AF=0.03576,0.13440,0.40259;AN=1622;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=2959;FS=0.970;HR=19;HU=A;HaplotypeScore=17.6407;InbreedingCoeff=0.4929;MQ=60.53;MQ0=82;MQRankSum=5.583;QD=5.08;ReadPosRankSum=3.667;SB=-3265.58;SZ=.;TR=19;TU=A;VQSLOD=9.1141;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:POU2F1:ENSG00000143190.13:+:endOverlap:1/7:POU2F1-201:ENST00000420254.3:1962,2:POU2F1:ENSG00000143190.13:+:endOverlap:1/7:POU2F1-201:ENST00000420254.3:1962,3:POU2F1:ENSG00000143190.13:+:endOverlap:1/7:POU2F1-201:ENST00000420254.3:1962
chr1	167825463	.	T	TG	12.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;DP=5579;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=21.1851;InbreedingCoeff=0.0577;MQ=58.17;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8168;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADCY10:ENSG00000143199.11:-:insertionFS:3/4:ADCY10-001:ENST00000367851.4:4833_2111:ADCY10-002:ENST00000367848.1:4557_1835:ADCY10-202:ENST00000545172.1:4374_1652
chr1	167830118	.	GA	G	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=2.324;DP=5518;DS;FS=2.262;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=12.3321;InbreedingCoeff=0.1500;MQ=70.82;MQ0=0;MQRankSum=-1.254;QD=2.16;ReadPosRankSum=0.914;SB=-31.41;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.1909;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ADCY10:ENSG00000143199.11:-:deletionFS:3/4:ADCY10-001:ENST00000367851.4:4833_1800:ADCY10-002:ENST00000367848.1:4557_1524:ADCY10-202:ENST00000545172.1:4374_1341
chr1	168012293	.	T	TG	5.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;BaseQRankSum=1.148;DP=4638;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=13.5131;InbreedingCoeff=0.0276;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;ReadPosRankSum=0.498;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.1461;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCAF6:ENSG00000143164.11:+:insertionFS:4/4:DCAF6-003:ENST00000312263.6:2583_1527:DCAF6-001:ENST00000367840.3:2856_1758:DCAF6-011:ENST00000367843.3:2643_1587:DCAF6-201:ENST00000432587.2:2763_1665
chr1	168066241	.	G	GA	6.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1864;BaseQRankSum=-2.447;DP=5595;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.3895;InbreedingCoeff=-0.0494;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.706;ReadPosRankSum=-0.364;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR161:ENSG00000143147.10:-:insertionFS:8/8:GPR161-205:ENST00000546300.1:1248_262:GPR161-204:ENST00000539777.1:1356_370:GPR161-003:ENST00000537209.1:1650_664:GPR161-201:ENST00000271357.5:1590_604:GPR161-202:ENST00000361697.2:1590_604:GPR161-203:ENST00000367835.1:1590_604:GPR161-002:ENST00000367838.1:1590_604:GPR161-004:ENST00000367836.1:1194_208
chr1	168066356	.	CAG	C	23.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1814;BaseQRankSum=1.729;DP=4724;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.6794;InbreedingCoeff=0.0313;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=0.343;ReadPosRankSum=-0.467;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0081;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR161:ENSG00000143147.10:-:deletionFS:8/8:GPR161-205:ENST00000546300.1:1248_147:GPR161-204:ENST00000539777.1:1356_255:GPR161-003:ENST00000537209.1:1650_549:GPR161-201:ENST00000271357.5:1590_489:GPR161-202:ENST00000361697.2:1590_489:GPR161-203:ENST00000367835.1:1590_489:GPR161-002:ENST00000367838.1:1590_489:GPR161-004:ENST00000367836.1:1194_93
chr1	168105581	.	A	AG	503.91	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.02219;AN=1352;BaseQRankSum=-1.212;DP=1961;DS;FS=1.771;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=9.5731;InbreedingCoeff=0.1326;MQ=66.33;MQ0=0;MQRankSum=2.888;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.191;SB=-167.88;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=8.1128;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPR161:ENSG00000143147.10:-:insertionFS:1/8:GPR161-204:ENST00000539777.1:1356_54
chr1	168154033	.	T	TC	5.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;BaseQRankSum=0.741;DP=4354;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.0511;InbreedingCoeff=0.0117;MQ=58.73;MQ0=0;MQRankSum=0.414;ReadPosRankSum=0.420;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9478;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TIPRL:ENSG00000143155.8:+:insertionFS:2/2:TIPRL-001:ENST00000367833.2:819_301:TIPRL-002:ENST00000367830.3:537_301
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chr1	169349809	.	A	AC	14.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2106;BaseQRankSum=0.565;DP=5224;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.5038;InbreedingCoeff=0.0150;MQ=60.16;MQ0=0;MQRankSum=0.525;ReadPosRankSum=2.035;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.1795;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BLZF1:ENSG00000117475.9:+:insertionFS:2/3:BLZF1-002:ENST00000329281.2:1203_759:BLZF1-001:ENST00000367808.3:1203_759
chr1	169390789	.	GCTGAGC	G	45.04	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00094;AN=2124;BaseQRankSum=2.423;DP=5819;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=28.9675;InbreedingCoeff=0.1006;MQ=66.62;MQ0=4;MQRankSum=-2.449;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.520;SB=1.54;SZ=.;TR=7;TU=GGT;VQSLOD=5.8197;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C1orf114:ENSG00000117477.8:-:deletionNFS:3/3:C1orf114-001:ENST00000367805.3:1527_880_294_PPL->L:C1orf114-002:ENST00000367806.3:1530_880_294_PPL->L:C1orf114-201:ENST00000545005.1:1527_880_294_PPL->L
chr1	169446549	.	AAAG	A	108.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=2.656;DP=5374;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.7351;InbreedingCoeff=0.0997;MQ=63.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;ReadPosRankSum=-0.184;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=7.1608;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC19A2:ENSG00000117479.7:-:deletionNFS:2/3:SLC19A2-001:ENST00000236137.5:1494_651_217_FH->H:SLC19A2-003:ENST00000367802.3:1380_651_217_FH->H
chr1	169511208	.	ATG	A	18.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2074;DP=6408;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.7483;InbreedingCoeff=0.1547;MQ=64.37;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.1610;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:F5:ENSG00000198734.6:-:deletionFS:2/3:F5-002:ENST00000367796.3:6690_3135:F5-001:ENST00000367797.3:6675_3120
chr1	169512078	.	CTCT	C	538.03	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00155;AN=1938;BaseQRankSum=4.984;DP=5951;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=33.0771;InbreedingCoeff=-0.0137;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.650;ReadPosRankSum=0.442;SZ=-3;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=6.3479;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:F5:ENSG00000198734.6:-:deletionNFS:2/3:F5-002:ENST00000367796.3:6690_2265_755_EF->F:F5-001:ENST00000367797.3:6675_2250_750_EF->F
chr1	169564096	.	T	TG	40.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1912;BaseQRankSum=3.407;DP=5861;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=17.9885;InbreedingCoeff=0.1066;MQ=64.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.235;ReadPosRankSum=-1.943;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.2637;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SELP:ENSG00000174175.10:-:insertionFS:11/11:SELP-001:ENST00000263686.5:2493_2121:SELP-201:ENST00000367786.1:2307_1935:SELP-202:ENST00000367788.1:2307_1935:SELP-203:ENST00000367789.1:1941_1569:SELP-204:ENST00000367790.1:2493_2121:SELP-003:ENST00000367791.2:1935_1563:SELP-004:ENST00000367792.2:1941_1569:SELP-006:ENST00000367793.2:2307_1935:SELP-005:ENST00000367794.2:2307_1935:SELP-205:ENST00000367795.1:1935_1563:SELP-206:ENST00000544572.1:2373_2121
chr1	169762304	.	TA	T	36.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1966;DP=5193;DS;HR=2;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=13.2634;InbreedingCoeff=0.1274;MQ=61.80;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.4588;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf156:ENSG00000171806.7:-:deletionFS:2/2:C1orf156-002:ENST00000303469.2:1119_533:C1orf156-001:ENST00000310392.4:1119_533
chr1	169762757	.	AG	A	32.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;BaseQRankSum=1.464;DP=4826;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.3917;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=1.758;ReadPosRankSum=2.238;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.3210;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf156:ENSG00000171806.7:-:deletionFS:2/2:C1orf156-002:ENST00000303469.2:1119_80:C1orf156-001:ENST00000310392.4:1119_80
chr1	169764319	.	CG	C	11.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1766;BaseQRankSum=0.976;DP=3626;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.3685;InbreedingCoeff=-0.0409;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=2.131;ReadPosRankSum=0.775;SZ=-1;TR=7;TU=CCG;VQSLOD=5.0398;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf112:ENSG00000000460.11:+:deletionFS:1/4:C1orf112-202:ENST00000456684.1:1047_76
chr1	169823487	.	T	TC	21.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1962;BaseQRankSum=-0.026;DP=5316;DS;HR=3;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.7531;InbreedingCoeff=0.1451;MQ=58.42;MQ0=0;MQRankSum=0.646;ReadPosRankSum=0.551;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.9015;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCYL3:ENSG00000000457.8:-:insertionFS:3/3:SCYL3-003:ENST00000367770.1:2229_2093:SCYL3-001:ENST00000367771.5:2067_1931:SCYL3-201:ENST00000367772.4:2229_2093
chr1	169890869	.	G	GC	9.10	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;DP=5058;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.1590;InbreedingCoeff=0.0129;MQ=57.55;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.2384;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIFAP3:ENSG00000075945.8:-:insertionFS:5/5:KIFAP3-001:ENST00000361580.2:2379_2327:KIFAP3-003:ENST00000367767.1:2247_2195:KIFAP3-002:ENST00000367765.1:2259_2207:KIFAP3-201:ENST00000538366.1:2145_2093:KIFAP3-202:ENST00000540905.1:1485_1433
chr1	170043603	.	TTGC	T	37.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1896;BaseQRankSum=2.459;DP=4017;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0706;InbreedingCoeff=0.0508;MQ=61.31;MQ0=0;MQRankSum=3.335;ReadPosRankSum=-2.549;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIFAP3:ENSG00000075945.8:-:deletionNFS:2/5:KIFAP3-001:ENST00000361580.2:2379_6_2_QG->G:KIFAP3-003:ENST00000367767.1:2247_6_2_QG->G
chr1	170928642	.	G	GATATT	209.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1850;BaseQRankSum=-2.997;DP=4286;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.5642;InbreedingCoeff=0.0130;MQ=56.61;MQ0=0;MQRankSum=0.715;ReadPosRankSum=-0.017;SZ=5;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.7580;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf129:ENSG00000117501.10:+:insertionFS:2/2:C1orf129-201:ENST00000367759.4:2586_192:C1orf129-001:ENST00000367758.3:1722_192
chr1	171079942	.	AT	A	168.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;DP=5363;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.9174;InbreedingCoeff=0.0138;MQ=58.02;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.9037;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO3:ENSG00000007933.8:+:deletionFS:4/4:FMO3-201:ENST00000367755.4:1599_631:FMO3-001:ENST00000392085.2:1599_631:FMO3-202:ENST00000538429.1:1410_442:FMO3-203:ENST00000542847.1:1539_571
chr1	171083321	.	CT	C	11.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2092;DP=5476;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.3991;InbreedingCoeff=0.0508;MQ=72.81;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8351;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO3:ENSG00000007933.8:+:deletionFS:4/4:FMO3-201:ENST00000367755.4:1599_1002:FMO3-001:ENST00000392085.2:1599_1002:FMO3-202:ENST00000538429.1:1410_813:FMO3-203:ENST00000542847.1:1539_942
chr1	171086580	.	TA	T	6.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;DP=4730;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.4071;InbreedingCoeff=-0.0154;MQ=57.70;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0820;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO3:ENSG00000007933.8:+:deletionFS:4/4:FMO3-201:ENST00000367755.4:1599_1597:FMO3-001:ENST00000392085.2:1599_1597:FMO3-202:ENST00000538429.1:1410_1408:FMO3-203:ENST00000542847.1:1539_1537
chr1	171115566	.	AG	A	19.47	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00263;AN=1900;BaseQRankSum=0.954;DP=4310;DS;FS=1.121;HR=4;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=11.0106;InbreedingCoeff=0.0947;MQ=75.02;MQ0=1;MQRankSum=1.036;QD=1.08;ReadPosRankSum=-4.907;SB=-64.32;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.1113;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO6P:ENSG00000117507.3:+:deletionFS:1/1:FMO6P-003:ENST00000236166.2:1620_392
chr1	171162551	rs2020868	T	TGAC	18565.16	PASS	AA=0;AC=167;AF=0.08599;AN=1942;BaseQRankSum=1.055;DB;DP=4602;FS=1.569;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.4854;InbreedingCoeff=0.2600;MQ=63.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.682;QD=35.50;ReadPosRankSum=-1.111;SB=-7929.52;SZ=3;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.6942;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FMO2:ENSG00000094963.9:+:insertionNFS:2/2:FMO2-001:ENST00000209929.7:1416_210_70_S->SD:FMO2-201:ENST00000441535.1:1416_210_70_S->SD
chr1	171165801	.	GT	G	2270.12	PASS	AA=0;AC=139;AF=0.06625;AN=2098;BaseQRankSum=29.996;DP=6312;DS;FS=8.203;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=19.4312;InbreedingCoeff=0.2162;MQ=67.22;MQ0=2;MQRankSum=-0.838;QD=3.58;ReadPosRankSum=0.430;SB=-1207.03;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=6.2342;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FMO2:ENSG00000094963.9:+:deletionFS:2/2:FMO2-001:ENST00000209929.7:1416_335:FMO2-201:ENST00000441535.1:1416_335
chr1	171165802	rs28369860	TG	T	15663.84	PASS	AA=0;AC=183;AF=0.08714;AN=2100;BaseQRankSum=21.256;DB;DP=6323;DS;FS=5.978;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.0185;InbreedingCoeff=0.1781;MQ=67.26;MQ0=2;MQRankSum=0.847;QD=20.80;ReadPosRankSum=-0.144;SB=-6906.57;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=9.2858;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FMO2:ENSG00000094963.9:+:deletionFS:2/2:FMO2-001:ENST00000209929.7:1416_336:FMO2-201:ENST00000441535.1:1416_336
chr1	171178074	.	AC	A	169.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1856;BaseQRankSum=2.775;DP=4082;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.2015;InbreedingCoeff=0.0613;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=2.660;ReadPosRankSum=-1.013;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=8.2793;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO2:ENSG00000094963.9:+:deletionFS:2/2:FMO2-001:ENST00000209929.7:1416_1398:FMO2-201:ENST00000441535.1:1416_1398
chr1	171289040	.	C	CTGGA	210.93	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00096;AN=2092;BaseQRankSum=0.405;DP=5673;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.0118;InbreedingCoeff=0.0342;MQ=61.85;MQ0=0;MQRankSum=-2.254;ReadPosRankSum=-1.399;SZ=4;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3995;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMO4:ENSG00000076258.5:+:insertionFS:1/1:FMO4-001:ENST00000367749.3:1677_76
chr1	171510450	.	G	GT	8.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2120;BaseQRankSum=2.186;DP=5935;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.0625;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=75.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.352;ReadPosRankSum=1.343;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5028;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRRC2C:ENSG00000117523.10:+:insertionFS:6/8:PRRC2C-010:ENST00000338920.4:8454_3839:PRRC2C-001:ENST00000367742.3:8460_3845:PRRC2C-201:ENST00000392078.3:8697_3845:PRRC2C-204:ENST00000426496.2:8259_3839:PRRC2C-205:ENST00000451306.2:8553_3842:PRRC2C-202:ENST00000392080.3:7962_3110
chr1	171511148	.	GA	G,GAA	56.46	PASS	AA=0;AC=69,72;AF=0.03406,0.03554;AN=2026;BaseQRankSum=2.371;DP=5561;DS;FS=1.324;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=12.9388;InbreedingCoeff=0.1457;MQ=70.37;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=0.12;ReadPosRankSum=-1.726;SB=-519.52;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.6028;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PRRC2C:ENSG00000117523.10:+:deletionFS:6/8:PRRC2C-010:ENST00000338920.4:8454_4537:PRRC2C-001:ENST00000367742.3:8460_4543:PRRC2C-201:ENST00000392078.3:8697_4543:PRRC2C-204:ENST00000426496.2:8259_4537:PRRC2C-205:ENST00000451306.2:8553_4540:PRRC2C-202:ENST00000392080.3:7962_3808,2:PRRC2C:ENSG00000117523.10:+:insertionFS:6/8:PRRC2C-010:ENST00000338920.4:8454_4537:PRRC2C-001:ENST00000367742.3:8460_4543:PRRC2C-201:ENST00000392078.3:8697_4543:PRRC2C-204:ENST00000426496.2:8259_4537:PRRC2C-205:ENST00000451306.2:8553_4540:PRRC2C-202:ENST00000392080.3:7962_3808
chr1	171535477	.	TC	T	10.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2064;BaseQRankSum=1.346;DP=4581;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.5220;InbreedingCoeff=0.0173;MQ=76.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;ReadPosRankSum=0.448;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.1027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRRC2C:ENSG00000117523.10:+:deletionFS:6/8:PRRC2C-010:ENST00000338920.4:8454_6217:PRRC2C-001:ENST00000367742.3:8460_6223:PRRC2C-201:ENST00000392078.3:8697_6223:PRRC2C-204:ENST00000426496.2:8259_6217:PRRC2C-205:ENST00000451306.2:8553_6079:PRRC2C-202:ENST00000392080.3:7962_5488
chr1	171605222	.	TA	T	114.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=2.041;DP=5806;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=16.5712;InbreedingCoeff=-0.0052;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=2.171;ReadPosRankSum=1.470;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.9326;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYOC:ENSG00000034971.8:-:deletionFS:3/4:MYOC-001:ENST00000037502.5:1515_1358:MYOC-201:ENST00000357746.4:1374_1217:MYOC-202:ENST00000536591.1:1314_1157
chr1	172501716	.	AAC	A	38.55	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00050;AN=1988;BaseQRankSum=1.786;DP=5323;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.8466;InbreedingCoeff=0.0814;MQ=64.58;MQ0=0;MQRankSum=0.574;ReadPosRankSum=0.555;SZ=.;TR=8;TU=AC;VQSLOD=6.3738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf9:ENSG00000094975.8:+:deletionFS:1/2:C1orf9-002:ENST00000367723.3:4221_104
chr1	172522503	.	A	AG	12.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2034;DP=4886;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.0476;InbreedingCoeff=0.0259;MQ=68.12;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6240;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf9:ENSG00000094975.8:+:insertionFS:1/2:C1orf9-001:ENST00000263688.3:3765_281
chr1	173010651	.	T	TTTG	184.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;DP=4841;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.6985;InbreedingCoeff=0.0312;MQ=58.78;MQ0=0;SZ=3;TR=10;TU=GTTT;VQSLOD=6.9274;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNFSF18:ENSG00000120337.7:-:insertionNFS:2/2:TNFSF18-001:ENST00000404377.3:600_456_152_K->NK:TNFSF18-201:ENST00000239468.2:534_390_130_K->NK
chr1	173552687	.	C	CA	29.54	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1900;BaseQRankSum=-1.066;DP=4130;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=14.5851;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=63.66;MQ0=0;MQRankSum=0.440;ReadPosRankSum=-1.278;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.0191;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC9A11:ENSG00000162753.9:-:insertionFS:2/2:SLC9A11-001:ENST00000367714.3:3375_598:SLC9A11-201:ENST00000536496.1:1353_292
chr1	173636843	.	CT	C,CTT	589.12	PASS	AA=.;AC=51,22;AF=0.02568,0.01108;AN=1986;BaseQRankSum=9.022;DP=4127;DS;FS=59.692;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=14.3738;InbreedingCoeff=0.1733;MQ=56.42;MQ0=11;MQRankSum=1.090;QD=0.15;ReadPosRankSum=0.294;SB=-69.81;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2022;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BX248409.1:ENSG00000228394.2:-:deletionFS:1/1:BX248409.1-201:ENST00000453299.2:264_144,2:BX248409.1:ENSG00000228394.2:-:insertionFS:1/1:BX248409.1-201:ENST00000453299.2:264_144
chr1	173636845	rs76892513	TA	T,TAA	6261.33	PASS	AA=.;AC=297,74;AF=0.15405,0.03838;AN=1928;BaseQRankSum=11.520;DB;DP=4129;DS;FS=3.428;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=12.9120;InbreedingCoeff=0.2914;MQ=56.45;MQ0=11;MQRankSum=-1.252;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.385;SB=-2721.78;SZ=.;TR=11;TU=A;VQSLOD=8.2813;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BX248409.1:ENSG00000228394.2:-:deletionFS:1/1:BX248409.1-201:ENST00000453299.2:264_142,2:BX248409.1:ENSG00000228394.2:-:insertionFS:1/1:BX248409.1-201:ENST00000453299.2:264_142
chr1	173675440	.	CA	C,CAA,CAAA,CAAAA	8142.73	PASS	AA=.;AC=143,386,157,222;AF=0.09903,0.26731,0.10873,0.15374;AN=1444;BaseQRankSum=1.841;DP=2654;DS;FS=22.481;HR=18;HU=A;HaplotypeScore=19.3533;InbreedingCoeff=0.7014;MQ=53.59;MQ0=62;MQRankSum=0.089;QD=5.39;ReadPosRankSum=-4.950;SB=-2143.13;SZ=.;TR=18;TU=A;VQSLOD=6.7777;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:BX248409.2:ENSG00000251092.2:-:deletionFS:1/1:BX248409.2-201:ENST00000510430.2:333_292,2:BX248409.2:ENSG00000251092.2:-:insertionFS:1/1:BX248409.2-201:ENST00000510430.2:333_292,3:BX248409.2:ENSG00000251092.2:-:insertionFS:1/1:BX248409.2-201:ENST00000510430.2:333_292,4:BX248409.2:ENSG00000251092.2:-:insertionNFS:1/1:BX248409.2-201:ENST00000510430.2:333_292_98_E->F*
chr1	173854839	.	T	TG	12.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1834;DP=4470;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.5143;InbreedingCoeff=-0.0239;MQ=57.07;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.7816;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZBTB37:ENSG00000185278.8:+:insertionFS:3/6:ZBTB37-001:ENST00000367701.4:1512_1089:ZBTB37-203:ENST00000427304.1:1512_1089:ZBTB37-202:ENST00000367703.4:1236_813
chr1	173878927	.	A	AG	8.33	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1858;BaseQRankSum=-1.635;DP=5349;DS;FS=2.060;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=20.8542;InbreedingCoeff=-0.0421;MQ=57.25;MQ0=0;MQRankSum=2.347;QD=0.69;ReadPosRankSum=2.065;SB=-32.75;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.0103;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SERPINC1:ENSG00000117601.8:-:insertionFS:1/2:SERPINC1-001:ENST00000367698.3:1395_916
chr1	173881059	.	T	TG	15.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=-1.017;DP=6125;DS;HR=3;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=18.5129;InbreedingCoeff=0.0800;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=0.692;ReadPosRankSum=2.026;SZ=1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.1922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SERPINC1:ENSG00000117601.8:-:insertionFS:2/2:SERPINC1-201:ENST00000351522.5:780_502:SERPINC1-001:ENST00000367698.3:1395_502
chr1	173933127	.	T	TG	12.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=-0.126;DP=4687;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.5533;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=2.018;ReadPosRankSum=0.476;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4328;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RC3H1:ENSG00000135870.7:-:insertionFS:3/3:RC3H1-201:ENST00000258349.4:3402_1815:RC3H1-001:ENST00000367694.2:3378_1815:RC3H1-003:ENST00000367696.2:3402_1815
chr1	173952621	.	G	GC	17.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;DP=5394;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.8729;InbreedingCoeff=0.0519;MQ=57.84;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5833;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RC3H1:ENSG00000135870.7:-:insertionFS:3/3:RC3H1-201:ENST00000258349.4:3402_527:RC3H1-001:ENST00000367694.2:3378_527:RC3H1-003:ENST00000367696.2:3402_527
chr1	174190186	.	GTCT	G	385.56	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00265;AN=1888;BaseQRankSum=5.030;DP=4470;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.8824;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.037;ReadPosRankSum=0.606;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=8.3966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RABGAP1L:ENSG00000152061.16:+:deletionNFS:3/12:RABGAP1L-001:ENST00000251507.4:2448_215_72_SL->S:RABGAP1L-202:ENST00000367692.3:2481_215_72_SL->S:RABGAP1L-003:ENST00000357444.6:1818_104_35_SL->S
chr1	174976273	.	T	TG	20.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2136;BaseQRankSum=-2.448;DP=5904;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.5709;InbreedingCoeff=-0.0326;MQ=55.50;MQ0=31;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6894;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACYBP:ENSG00000116161.12:+:insertionFS:4/5:CACYBP-001:ENST00000367679.2:687_372:CACYBP-201:ENST00000450101.2:606_291:CACYBP-002:ENST00000367681.2:558_243:CACYBP-004:ENST00000405362.1:558_243
chr1	175092664	.	AG	A	26.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2030;BaseQRankSum=-0.959;DP=4846;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=22.0225;InbreedingCoeff=0.0387;MQ=62.02;MQ0=8;MQRankSum=1.287;ReadPosRankSum=0.724;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5164;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNN:ENSG00000120332.10:+:deletionFS:2/2:TNN-001:ENST00000239462.4:3900_2779:TNN-201:ENST00000539081.1:3369_2248
chr1	177242685	.	G	GT	8.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;DP=4939;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.6222;InbreedingCoeff=0.1008;MQ=58.41;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=AGTC;VQSLOD=5.8335;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM5B:ENSG00000198797.5:+:insertionFS:1/2:FAM5B-001:ENST00000361539.4:2352_731
chr1	178514560	rs34632529	A	AT	43461.76	PASS	AA=0;AC=790;AF=0.41232;AN=1916;BaseQRankSum=-30.983;DB;DP=5253;DS;FS=6.282;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=13.8900;InbreedingCoeff=0.1305;MQ=63.82;MQ0=0;MQRankSum=3.230;QD=23.56;ReadPosRankSum=-2.108;SB=-21226.32;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=9.0736;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf220:ENSG00000213057.4:+:endOverlap:2/2:C1orf220-002:ENST00000319387.2:321:C1orf220-201:ENST00000367638.1:321
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chr1	179077575	.	GA	G	45.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=2.028;DP=5263;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=17.1733;InbreedingCoeff=-0.0131;MQ=56.88;MQ0=0;MQRankSum=1.466;ReadPosRankSum=-0.648;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.4480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABL2:ENSG00000143322.15:-:deletionFS:8/11:ABL2-008:ENST00000367623.4:3486_2764:ABL2-001:ENST00000502732.1:3549_2827:ABL2-009:ENST00000507173.1:3177_2455:ABL2-010:ENST00000511413.1:3240_2518:ABL2-002:ENST00000344730.3:3195_2473:ABL2-201:ENST00000408940.3:3441_2719:ABL2-006:ENST00000504405.1:3132_2410:ABL2-005:ENST00000512653.1:3504_2782
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chr1	179308605	.	T	TA	7.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2028;BaseQRankSum=-0.584;DP=4688;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.4252;InbreedingCoeff=0.0569;MQ=68.60;MQ0=0;MQRankSum=0.836;ReadPosRankSum=1.207;SZ=1;TR=6;TU=AT;VQSLOD=5.2067;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SOAT1:ENSG00000057252.8:+:insertionFS:4/5:SOAT1-001:ENST00000367619.3:1653_422:SOAT1-002:ENST00000426956.1:780_422:SOAT1-203:ENST00000540564.1:1479_248:SOAT1-202:ENST00000539888.1:1458_227
chr1	179337954	.	G	GA	29.19	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00159;AN=1884;BaseQRankSum=-3.713;DP=4372;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=11.0422;InbreedingCoeff=0.0809;MQ=66.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.782;ReadPosRankSum=-0.815;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.2707;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AXDND1:ENSG00000162779.14:+:insertionFS:2/4:AXDND1-004:ENST00000367618.3:3039_117:AXDND1-203:ENST00000457238.2:1968_117
chr1	179503892	.	AGAG	A	119.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;DP=4700;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7312;InbreedingCoeff=-0.0143;MQ=58.58;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.7721;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AXDND1:ENSG00000162779.14:+:deletionNFS:2/4:AXDND1-004:ENST00000367618.3:3039_2826_942_AE->A:AXDND1-202:ENST00000360322.3:2691_2478_826_AE->A
chr1	179504025	rs72261568	AAAG	A	28905.75	PASS	AA=.;AC=668;AF=0.33135;AN=2016;BaseQRankSum=37.252;DB;DP=4964;DS;FS=8.124;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.5095;InbreedingCoeff=0.1405;MQ=74.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.033;QD=18.07;ReadPosRankSum=0.667;SB=-12201.50;SZ=.;TR=14;TU=AAG;VQSLOD=7.3186;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AXDND1:ENSG00000162779.14:+:deletionNFS:2/4:AXDND1-004:ENST00000367618.3:3039_2959_987_KE->K:AXDND1-202:ENST00000360322.3:2691_2611_871_KE->K
chr1	179521754	.	CTT	C	55.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1798;BaseQRankSum=2.261;DP=4273;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.6556;InbreedingCoeff=0.0729;MQ=65.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.782;ReadPosRankSum=-0.965;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.3272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPHS2:ENSG00000116218.8:-:deletionFS:2/2:NPHS2-001:ENST00000367615.4:1152_857:NPHS2-002:ENST00000367616.4:948_653
chr1	179632502	.	CT	C	15.31	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1872;DP=4579;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.3472;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=58.77;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.4094;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TDRD5:ENSG00000162782.11:+:deletionFS:3/3:TDRD5-001:ENST00000294848.8:2946_2363:TDRD5-002:ENST00000367614.1:2946_2363:TDRD5-201:ENST00000444136.1:3108_2525
chr1	179853880	.	G	GTC	480.45	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00583;AN=1886;BaseQRankSum=8.478;DP=5013;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.8401;InbreedingCoeff=0.0889;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=-4.522;ReadPosRankSum=-1.547;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.7532;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TOR1AIP1:ENSG00000143337.11:+:insertionFS:3/3:TOR1AIP1-011:ENST00000271583.3:1800_529:TOR1AIP1-201:ENST00000325993.5:1137_529:TOR1AIP1-004:ENST00000435319.2:1752_529
chr1	179853882	.	C	CA,CTCA	1850.73	PASS	AA=0;AC=3,12;AF=0.00158,0.00633;AN=1896;BaseQRankSum=-6.327;DP=5043;DS;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=20.8691;InbreedingCoeff=0.1476;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=-4.518;QD=29.01;ReadPosRankSum=-2.517;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1734;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TOR1AIP1:ENSG00000143337.11:+:insertionFS:3/3:TOR1AIP1-011:ENST00000271583.3:1800_531:TOR1AIP1-201:ENST00000325993.5:1137_531:TOR1AIP1-004:ENST00000435319.2:1752_531,2:TOR1AIP1:ENSG00000143337.11:+:insertionNFS:3/3:TOR1AIP1-011:ENST00000271583.3:1800_531_177_V->VS:TOR1AIP1-201:ENST00000325993.5:1137_531_177_V->VS:TOR1AIP1-004:ENST00000435319.2:1752_531_177_V->VS
chr1	179983136	.	T	TA	37.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2080;BaseQRankSum=-0.388;DP=5587;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=12.6161;InbreedingCoeff=0.0843;MQ=71.34;MQ0=0;MQRankSum=0.851;ReadPosRankSum=-1.981;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP350:ENSG00000135837.11:+:insertionFS:1/1:CEP350-001:ENST00000367607.3:9354_1548
chr1	179990122	.	A	AT	12.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;DP=4359;DS;HR=4;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.3379;InbreedingCoeff=0.0940;MQ=69.34;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.9471;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP350:ENSG00000135837.11:+:insertionFS:1/1:CEP350-001:ENST00000367607.3:9354_3213
chr1	180063259	.	C	CA	9.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1964;DP=5575;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.2447;InbreedingCoeff=0.0413;MQ=59.12;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.3761;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP350:ENSG00000135837.11:+:insertionFS:1/1:CEP350-001:ENST00000367607.3:9354_8019
chr1	180151312	.	GCT	G	10.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1762;BaseQRankSum=1.403;DP=4402;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.7267;InbreedingCoeff=0.0920;MQ=62.21;MQ0=0;MQRankSum=1.752;ReadPosRankSum=1.493;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7882;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:QSOX1:ENSG00000116260.12:+:deletionFS:2/2:QSOX1-003:ENST00000367600.5:1815_610:QSOX1-001:ENST00000367602.3:2244_610
chr1	180159653	.	TCC	T	1242.35	PASS	AA=0;AC=113;AF=0.05777;AN=1956;BaseQRankSum=26.242;DP=4834;DS;FS=7.170;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.0584;InbreedingCoeff=0.2313;MQ=68.22;MQ0=0;MQRankSum=1.972;QD=3.21;ReadPosRankSum=0.314;SB=-1020.84;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1488;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:QSOX1:ENSG00000116260.12:+:deletionFS:2/2:QSOX1-003:ENST00000367600.5:1815_1226:QSOX1-001:ENST00000367602.3:2244_1226
chr1	180165907	.	A	AAAAAC,AAACAC,AAAGCC	51.67	PASS	AA=0;AC=26,12,12;AF=0.01684,0.00777,0.00777;AN=1544;BaseQRankSum=3.751;DP=2499;FS=178.096;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=19.8152;InbreedingCoeff=0.3497;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.055;QD=0.00;ReadPosRankSum=-3.570;SB=-112.81;SZ=5;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=5.1194;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:QSOX1:ENSG00000116260.12:+:insertionFS:1/2:QSOX1-001:ENST00000367602.3:2244_1979,2:QSOX1:ENSG00000116260.12:+:insertionFS:1/2:QSOX1-001:ENST00000367602.3:2244_1979,3:QSOX1:ENSG00000116260.12:+:insertionFS:1/2:QSOX1-001:ENST00000367602.3:2244_1979
chr1	180283849	.	T	TC	6.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1942;BaseQRankSum=-2.447;DP=4881;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.6741;InbreedingCoeff=0.1390;MQ=60.04;MQ0=0;MQRankSum=1.508;ReadPosRankSum=1.468;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8545;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ACBD6:ENSG00000135847.4:-:insertionFS:1/1:ACBD6-001:ENST00000367595.3:849_672
chr1	180399352	.	G	GC	10.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;BaseQRankSum=-1.041;DP=4466;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=12.3098;InbreedingCoeff=0.0279;MQ=60.08;MQ0=0;MQRankSum=0.716;ReadPosRankSum=1.529;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.0677;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACBD6:ENSG00000135847.4:-:insertionFS:1/1:ACBD6-001:ENST00000367595.3:849_430
chr1	180772540	.	TC	T	4.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;BaseQRankSum=1.360;DP=4692;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.3702;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=75.03;MQ0=0;MQRankSum=1.639;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.731;SB=-27.87;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.7679;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XPR1:ENSG00000143324.9:+:deletionFS:2/2:XPR1-002:ENST00000367589.3:1896_240:XPR1-001:ENST00000367590.4:2091_240
chr1	180804155	.	A	AG	19.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=2.068;DP=5026;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.6190;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=0.454;ReadPosRankSum=0.842;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XPR1:ENSG00000143324.9:+:insertionFS:2/2:XPR1-002:ENST00000367589.3:1896_1280:XPR1-001:ENST00000367590.4:2091_1280
chr1	180905548	.	G	GACC	126.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1778;BaseQRankSum=-2.996;DP=3988;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.3737;InbreedingCoeff=0.0224;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=0.797;ReadPosRankSum=-0.017;SZ=3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9459;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1614:ENSG00000135835.6:+:insertionNFS:2/2:KIAA1614-001:ENST00000367588.4:3573_2503_835_D->DH:KIAA1614-002:ENST00000367587.1:2436_1366_456_D->DH
chr1	180949849	.	CCTGG	C	38.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2114;DP=5008;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.5519;InbreedingCoeff=-0.0339;MQ=59.73;MQ0=5;SZ=-4;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8196;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL162431.1:ENSG00000234237.2:+:deletionFS:1/1:AL162431.1-201:ENST00000457152.2:168_149
chr1	181019205	.	AG	A	11.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2134;DP=6288;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=17.4187;InbreedingCoeff=0.0422;MQ=54.29;MQ0=2;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.7083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MR1:ENSG00000153029.9:+:deletionFS:4/5:MR1-002:ENST00000282990.6:750_387:MR1-001:ENST00000367580.4:1026_387:MR1-201:ENST00000434571.2:645_387:MR1-004:ENST00000367578.1:618_342
chr1	181680101	.	AAG	A	25.53	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.01394;AN=1004;BaseQRankSum=3.665;DP=2815;FS=2.407;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.4814;InbreedingCoeff=0.0101;MQ=63.61;MQ0=0;MQRankSum=1.413;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.901;SZ=-2;TR=14;TU=AG;VQSLOD=5.4562;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACNA1E:ENSG00000198216.6:+:deletionFS:6/7:CACNA1E-006:ENST00000360108.3:6885_1067:CACNA1E-001:ENST00000367570.1:6813_1067:CACNA1E-003:ENST00000367573.2:6942_1067:CACNA1E-002:ENST00000526775.1:6756_1067:CACNA1E-201:ENST00000357570.5:6795_920:CACNA1E-202:ENST00000358338.5:6609_920
chr1	181686420	.	TG	T	6.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;BaseQRankSum=1.792;DP=4466;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.5465;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=65.27;MQ0=0;MQRankSum=0.233;ReadPosRankSum=-1.522;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4149;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACNA1E:ENSG00000198216.6:+:deletionFS:7/7:CACNA1E-006:ENST00000360108.3:6885_1507:CACNA1E-001:ENST00000367570.1:6813_1507:CACNA1E-003:ENST00000367573.2:6942_1507:CACNA1E-002:ENST00000526775.1:6756_1507:CACNA1E-201:ENST00000357570.5:6795_1360:CACNA1E-202:ENST00000358338.5:6609_1360:CACNA1E-203:ENST00000367567.4:5634_328
chr1	182772854	.	TG	T	8.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2120;BaseQRankSum=1.603;DP=6015;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=16.4420;InbreedingCoeff=0.0080;MQ=68.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.207;ReadPosRankSum=-0.286;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3168;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPL:ENSG00000135838.8:+:deletionFS:5/8:NPL-204:ENST00000367552.2:723_90:NPL-004:ENST00000367555.1:723_90:NPL-201:ENST00000258317.2:963_90:NPL-001:ENST00000367553.1:963_90:NPL-202:ENST00000367550.2:330_90
chr1	182791247	.	C	CAGTACCT	432.13	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1876;BaseQRankSum=-3.889;DP=5002;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=34.7181;InbreedingCoeff=0.0658;MQ=57.69;MQ0=0;MQRankSum=-3.051;ReadPosRankSum=1.174;SZ=7;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.9537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPL:ENSG00000135838.8:+:spliceOverlap:3/8:NPL-201:ENST00000258317.2:963:NPL-001:ENST00000367553.1:963:NPL-205:ENST00000367554.3:906
chr1	182821420	.	AAGG	A	583.50	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00417;AN=2156;BaseQRankSum=5.901;DP=6050;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.8999;InbreedingCoeff=0.0389;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=1.502;ReadPosRankSum=-0.795;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.8715;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHX9:ENSG00000135829.11:+:deletionNFS:2/2:DHX9-001:ENST00000367549.3:3813_305_102_EG->E:DHX9-201:ENST00000399175.2:1797_305_102_EG->E
chr1	182873553	.	CTCTT	C	40.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1980;DP=5376;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.2819;InbreedingCoeff=0.0767;MQ=64.44;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=CT;VQSLOD=5.6391;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SHCBP1L:ENSG00000157060.8:-:deletionFS:3/3:SHCBP1L-201:ENST00000287709.3:2169_1556:SHCBP1L-001:ENST00000367547.3:1962_1349:SHCBP1L-202:ENST00000423786.1:1605_992
chr1	182908602	.	AAATT	A	1012.96	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00485;AN=1854;DP=4137;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.5320;InbreedingCoeff=0.0773;MQ=58.63;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=AATT;VQSLOD=8.2311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SHCBP1L:ENSG00000157060.8:-:deletionFS:3/3:SHCBP1L-201:ENST00000287709.3:2169_1064:SHCBP1L-001:ENST00000367547.3:1962_857:SHCBP1L-202:ENST00000423786.1:1605_500
chr1	183091372	.	CT	C	18.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1952;BaseQRankSum=2.859;DP=5567;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=17.4300;InbreedingCoeff=0.0449;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.557;ReadPosRankSum=-0.942;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0241;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAMC1:ENSG00000135862.4:+:deletionFS:1/1:LAMC1-001:ENST00000258341.3:4830_2387
chr1	183502870	.	T	TACA	509.58	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00267;AN=1870;DP=4785;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.3977;InbreedingCoeff=0.0408;MQ=58.19;MQ0=0;SZ=3;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.0152;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMG7:ENSG00000116698.16:+:insertionNFS:6/6:SMG7-010:ENST00000507469.1:3537_1066_356_Y->YN:SMG7-002:ENST00000347615.2:3414_1066_356_Y->YN:SMG7-017:ENST00000515829.2:3276_1066_356_Y->YN:SMG7-001:ENST00000367537.3:3513_1153_385_Y->YN:SMG7-201:ENST00000456731.2:3150_940_314_Y->YN:SMG7-011:ENST00000508461.1:3438_940_314_Y->YN
chr1	183515266	.	G	GA	92.24	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.01173;AN=1876;BaseQRankSum=-3.771;DP=5087;DS;FS=8.659;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=15.3716;InbreedingCoeff=0.0353;MQ=64.56;MQ0=0;MQRankSum=1.645;QD=0.76;ReadPosRankSum=-2.870;SB=-247.32;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=4.9328;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMG7:ENSG00000116698.16:+:insertionFS:6/6:SMG7-010:ENST00000507469.1:3537_2398:SMG7-002:ENST00000347615.2:3414_2536:SMG7-017:ENST00000515829.2:3276_2398:SMG7-001:ENST00000367537.3:3513_2485:SMG7-201:ENST00000456731.2:3150_2272:SMG7-011:ENST00000508461.1:3438_2410
chr1	183711366	.	CGG	C	4.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1920;BaseQRankSum=1.992;DP=5490;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=20.4698;InbreedingCoeff=0.0455;MQ=57.26;MQ0=1;MQRankSum=1.500;QD=0.42;ReadPosRankSum=0.366;SB=-26.86;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4344;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RGL1:ENSG00000143344.9:+:deletionFS:3/6:RGL1-001:ENST00000304685.3:2412_74:RGL1-201:ENST00000367531.1:2412_74:RGL1-202:ENST00000536277.1:2301_74
chr1	183899380	.	CAG	C	63.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;DP=4877;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.5403;InbreedingCoeff=0.0035;MQ=57.58;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=6.3744;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLT25D2:ENSG00000198756.6:-:deletionFS:1/4:GLT25D2-201:ENST00000546159.1:1665_1648
chr1	184662248	.	TG	T	76.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;BaseQRankSum=2.405;DP=1357;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.5061;InbreedingCoeff=-0.0127;MQ=57.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.013;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.061;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.5383;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EDEM3:ENSG00000116406.12:-:deletionFS:1/3:EDEM3-201:ENST00000240560.6:468_404
chr1	184706161	.	C	CA	4.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2016;DP=5008;DS;FS=2.998;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=20.4590;InbreedingCoeff=0.0768;MQ=68.08;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.1266;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EDEM3:ENSG00000116406.12:-:insertionFS:2/3:EDEM3-001:ENST00000318130.7:2799_343:EDEM3-202:ENST00000367512.3:2718_214
chr1	185970868	.	T	TG	7.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;DP=4396;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.8436;InbreedingCoeff=-0.0077;MQ=58.86;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.8587;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HMCN1:ENSG00000143341.7:+:insertionFS:2/2:HMCN1-001:ENST00000271588.4:16908_4343:HMCN1-201:ENST00000367492.2:16557_4343
chr1	185984284	rs11267350	TTTGTAGTTCCA	T	1183.82	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00143;AN=2096;DB;DP=5516;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=49.5608;InbreedingCoeff=-0.0163;MQ=71.48;MQ0=0;SZ=-11;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.8303;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HMCN1:ENSG00000143341.7:+:spliceOverlap:2/2:HMCN1-001:ENST00000271588.4:16908:HMCN1-201:ENST00000367492.2:16557
chr1	186037032	.	G	GC	10.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1850;DP=4467;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.2078;InbreedingCoeff=0.0329;MQ=58.33;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8986;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HMCN1:ENSG00000143341.7:+:insertionFS:2/2:HMCN1-001:ENST00000271588.4:16908_7772:HMCN1-201:ENST00000367492.2:16557_7772
chr1	186094926	.	G	GGTAA	107.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2012;BaseQRankSum=3.629;DP=4708;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.7679;InbreedingCoeff=-0.0317;MQ=65.96;MQ0=0;MQRankSum=-2.291;ReadPosRankSum=1.275;SZ=4;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.4154;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HMCN1:ENSG00000143341.7:+:spliceOverlap:2/2:HMCN1-001:ENST00000271588.4:16908:HMCN1-201:ENST00000367492.2:16557
chr1	186273951	.	GTCC	G	48.87	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00199;AN=2006;BaseQRankSum=1.544;DP=4573;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.0011;InbreedingCoeff=0.0154;MQ=60.97;MQ0=3;MQRankSum=1.630;ReadPosRankSum=-0.892;SZ=.;TR=20;TU=CCT;VQSLOD=4.9737;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionNFS:3/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_372_124_ES->E:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_372_124_ES->E:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_495_165_ES->E
chr1	186273986	.	CAACAA	C	68.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2070;DP=4530;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.2997;InbreedingCoeff=0.0014;MQ=62.02;MQ0=2;SZ=-5;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=5.6862;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionFS:3/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_407:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_407:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_530
chr1	186275460	.	CAAG	C	2153.21	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.00820;AN=2072;BaseQRankSum=11.237;DP=5267;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.8086;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=73.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.261;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.609;SB=-873.57;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.8414;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionNFS:5/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_486_162_NK->N:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_486_162_NK->N:PRG4-003:ENST00000367485.4:3936_330_110_NK->N:PRG4-202:ENST00000367486.3:4086_480_160_NK->N:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_609_203_NK->N
chr1	186275715	.	AACT	A	741.46	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00475;AN=2104;BaseQRankSum=4.958;DP=5889;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.5137;InbreedingCoeff=0.1698;MQ=75.87;MQ0=0;MQRankSum=0.284;ReadPosRankSum=0.336;SZ=-3;TR=8;TU=ACT;VQSLOD=8.4378;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionNFS:5/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_741_247_ET->E:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_741_247_ET->E:PRG4-003:ENST00000367485.4:3936_585_195_ET->E:PRG4-202:ENST00000367486.3:4086_735_245_ET->E:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_864_288_ET->E
chr1	186276283	.	ACTC	A	1201.02	PASS	AA=0;AC=76;AF=0.04476;AN=1698;BaseQRankSum=9.876;DP=2442;FS=4.470;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.5643;InbreedingCoeff=0.0882;MQ=47.87;MQ0=6;MQRankSum=-6.323;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.447;SB=-634.77;SZ=-3;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=6.8905;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionNFS:4/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_1309_437_TP->T:PRG4-003:ENST00000367485.4:3936_1153_385_TP->T:PRG4-202:ENST00000367486.3:4086_1303_435_TP->T:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_1432_478_TP->T
chr1	186277781	.	AAAC	A	198.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1928;BaseQRankSum=3.850;DP=6352;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.8173;InbreedingCoeff=0.0089;MQ=57.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.273;ReadPosRankSum=1.543;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.2781;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionNFS:5/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_2807_936_KT->K:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_1517_506_KT->K:PRG4-003:ENST00000367485.4:3936_2651_884_KT->K:PRG4-202:ENST00000367486.3:4086_2801_934_KT->K:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_2930_977_KT->K
chr1	186278960	.	GGACT	G	82.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1860;DP=4935;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.1451;InbreedingCoeff=0.0365;MQ=57.17;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=ACTG;VQSLOD=5.2597;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRG4:ENSG00000116690.7:+:deletionFS:5/5:PRG4-002:ENST00000367483.4:4092_3334:PRG4-201:ENST00000367484.3:2802_2044:PRG4-003:ENST00000367485.4:3936_3178:PRG4-202:ENST00000367486.3:4086_3328:PRG4-001:ENST00000445192.2:4215_3457
chr1	186368338	rs59324641	AT	A,ATT	1487.17	PASS	AA=.;AC=291,362;AF=0.19769,0.24592;AN=1472;BaseQRankSum=1.662;DB;DP=3389;FS=4.520;HR=17;HU=T;HaplotypeScore=12.4801;InbreedingCoeff=0.5090;MQ=62.49;MQ0=19;MQRankSum=-0.794;QD=0.97;ReadPosRankSum=-0.463;SB=-1251.60;SZ=.;TR=17;TU=T;VQSLOD=8.4327;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C1orf27:ENSG00000157181.9:+:deletionFS:1/4:C1orf27-203:ENST00000432021.2:1005_1001,2:C1orf27:ENSG00000157181.9:+:insertionFS:1/4:C1orf27-203:ENST00000432021.2:1005_1001
chr1	186413437	.	GAAC	G	168.70	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1924;BaseQRankSum=3.696;DP=5378;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.8707;InbreedingCoeff=0.0744;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=2.328;ReadPosRankSum=1.329;SZ=-3;TR=8;TU=AAC;VQSLOD=8.1970;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDC:ENSG00000116703.12:-:deletionNFS:4/4:PDC-201:ENST00000340129.5:741_415_139_HI->I:PDC-001:ENST00000391997.2:741_415_139_HI->I:PDC-202:ENST00000456239.2:585_259_87_HI->I:PDC-002:ENST00000497198.1:585_259_87_HI->I
chr1	186934691	.	CT	C	7.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1918;DP=4962;DS;HR=1;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=14.4896;InbreedingCoeff=-0.0391;MQ=58.74;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.9202;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PLA2G4A:ENSG00000116711.7:+:deletionFS:2/3:PLA2G4A-001:ENST00000367466.3:2250_1730:PLA2G4A-202:ENST00000442353.2:2070_1550
chr1	192127772	.	AAAC	A	74.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1994;DP=4775;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.9915;InbreedingCoeff=0.1053;MQ=73.83;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=6.9785;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RGS18:ENSG00000150681.5:+:deletionNFS:1/1:RGS18-001:ENST00000367460.3:708_5_2_ET->E
chr1	193044964	.	A	AC	22.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1852;BaseQRankSum=-1.103;DP=4427;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.4728;InbreedingCoeff=-0.0177;MQ=57.94;MQ0=0;MQRankSum=2.223;ReadPosRankSum=1.774;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0570;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TROVE2:ENSG00000116747.8:+:insertionFS:6/7:TROVE2-006:ENST00000367444.3:1578_595:TROVE2-005:ENST00000367445.3:1605_595:TROVE2-003:ENST00000367443.1:1557_595:TROVE2-002:ENST00000367441.1:1617_595:TROVE2-001:ENST00000367446.3:1617_595:TROVE2-004:ENST00000400968.2:1617_595
chr1	193051372	.	A	AC	9.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1828;BaseQRankSum=0.743;DP=4342;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.4577;InbreedingCoeff=0.0254;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.351;ReadPosRankSum=0.166;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8163;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TROVE2:ENSG00000116747.8:+:insertionFS:7/7:TROVE2-006:ENST00000367444.3:1578_1260:TROVE2-005:ENST00000367445.3:1605_1260:TROVE2-003:ENST00000367443.1:1557_1260:TROVE2-002:ENST00000367441.1:1617_1260:TROVE2-001:ENST00000367446.3:1617_1260:TROVE2-004:ENST00000400968.2:1617_1260:TROVE2-201:ENST00000416058.2:792_435
chr1	193065776	.	AC	A	74.81	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1906;BaseQRankSum=2.896;DP=4363;DS;FS=1.775;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.2210;InbreedingCoeff=0.0783;MQ=75.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.642;QD=6.23;ReadPosRankSum=-1.748;SB=-66.21;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.4869;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLRX2:ENSG00000023572.4:-:deletionFS:2/2:GLRX2-002:ENST00000367440.3:498_477:GLRX2-001:ENST00000367439.3:495_474
chr1	193149732	.	CAG	C	14.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2046;BaseQRankSum=2.027;DP=5570;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.4868;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=63.83;MQ0=1;MQRankSum=-2.314;ReadPosRankSum=-0.036;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6097;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:B3GALT2:ENSG00000162630.5:-:deletionFS:1/1:B3GALT2-001:ENST00000367434.4:1269_961
chr1	196763713	rs35141752	GT	G	176.63	PASS	AA=1;AC=55;AF=0.03912;AN=1406;BaseQRankSum=7.165;DB;DP=2504;DS;FS=0.775;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=9.3719;InbreedingCoeff=0.2198;MQ=52.52;MQ0=13;MQRankSum=-2.909;QD=2.94;ReadPosRankSum=-3.995;SB=-127.90;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.8724;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CFHR3:ENSG00000116785.8:+:deletionFS:1/4:CFHR3-201:ENST00000542253.1:588_568
chr1	196857317	.	G	GT	7.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2032;BaseQRankSum=0.749;DP=4529;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=11.4957;InbreedingCoeff=0.0129;MQ=51.36;MQ0=78;MQRankSum=0.981;ReadPosRankSum=0.254;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.0259;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CFHR4:ENSG00000134365.6:+:insertionFS:4/4:CFHR4-002:ENST00000251424.4:996_37:CFHR4-201:ENST00000367416.2:1734_37:CFHR4-001:ENST00000367418.1:996_37:CFHR4-202:ENST00000538553.1:996_37
chr1	196887424	.	CA	C	179.77	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00147;AN=2042;BaseQRankSum=1.677;DP=4624;DS;HR=1;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=12.4161;InbreedingCoeff=0.0184;MQ=52.84;MQ0=42;MQRankSum=3.866;ReadPosRankSum=0.642;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.8346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CFHR4:ENSG00000134365.6:+:deletionFS:4/4:CFHR4-002:ENST00000251424.4:996_884:CFHR4-201:ENST00000367416.2:1734_1622:CFHR4-001:ENST00000367418.1:996_884:CFHR4-202:ENST00000538553.1:996_884
chr1	196920060	.	AAATT	A	625.96	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00335;AN=2088;BaseQRankSum=4.428;DP=4843;DS;FS=2.162;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.3391;InbreedingCoeff=0.0522;MQ=49.15;MQ0=36;MQRankSum=0.615;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.380;SB=-246.58;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.2245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CFHR2:ENSG00000080910.6:+:deletionFS:2/2:CFHR2-201:ENST00000367421.3:813_332:CFHR2-001:ENST00000367415.4:813_332
chr1	196928051	.	CAT	C	103.07	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00253;AN=1976;BaseQRankSum=3.354;DP=4365;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.6777;InbreedingCoeff=-0.0505;MQ=66.89;MQ0=0;MQRankSum=0.202;ReadPosRankSum=-0.256;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.9311;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CFHR2:ENSG00000080910.6:+:deletionFS:2/2:CFHR2-201:ENST00000367421.3:813_654:CFHR2-001:ENST00000367415.4:813_654
chr1	196963258	.	C	CA,CAA	438.34	PASS	AA=0;AC=11,11;AF=0.00603,0.00603;AN=1824;BaseQRankSum=-4.285;DP=3891;DS;FS=2.621;HR=7;HU=A;HaplotypeScore=13.1863;InbreedingCoeff=0.2038;MQ=69.17;MQ0=0;MQRankSum=1.515;QD=4.66;ReadPosRankSum=-1.812;SB=-261.95;SZ=1;TR=7;TU=A;VQSLOD=8.1029;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CFHR5:ENSG00000134389.8:+:insertionFS:2/2:CFHR5-201:ENST00000367414.5:1782_551:CFHR5-001:ENST00000256785.4:1710_479,2:CFHR5:ENSG00000134389.8:+:insertionFS:2/2:CFHR5-201:ENST00000367414.5:1782_551:CFHR5-001:ENST00000256785.4:1710_479
chr1	197026416	.	C	CA	12.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1918;BaseQRankSum=-2.448;DP=5589;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=16.8966;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=2.319;ReadPosRankSum=1.598;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.8511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:F13B:ENSG00000143278.3:-:insertionFS:1/1:F13B-001:ENST00000367412.1:1986_985
chr1	197055985	.	TAGA	T	112.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1792;DP=3872;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.5585;InbreedingCoeff=0.1081;MQ=67.95;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=7.6936;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ASPM:ENSG00000066279.11:-:deletionNFS:3/4:ASPM-201:ENST00000294732.7:5679_5524_1842_IS->S:ASPM-001:ENST00000367409.4:10434_10279_3427_IS->S:ASPM-002:ENST00000367408.1:3429_3274_1092_IS->S
chr1	197071537	.	ATCT	A	19.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2002;DP=5211;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.8791;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=63.11;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=5.7194;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASPM:ENSG00000066279.11:-:deletionNFS:2/4:ASPM-001:ENST00000367409.4:10434_6844_2282_FL->L:ASPM-202:ENST00000367406.5:4170_802_268_FL->L
chr1	197097755	.	A	AG	9.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2006;BaseQRankSum=-0.760;DP=3940;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.7985;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=69.88;MQ0=0;MQRankSum=1.160;ReadPosRankSum=1.084;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1540;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASPM:ENSG00000066279.11:-:insertionFS:3/4:ASPM-201:ENST00000294732.7:5679_2801:ASPM-001:ENST00000367409.4:10434_2801:ASPM-002:ENST00000367408.1:3429_551
chr1	197102632	.	TA	T	6.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1862;DP=4748;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.8252;InbreedingCoeff=0.0057;MQ=58.69;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=4.9478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASPM:ENSG00000066279.11:-:deletionFS:3/4:ASPM-201:ENST00000294732.7:5679_2267:ASPM-001:ENST00000367409.4:10434_2267:ASPM-002:ENST00000367408.1:3429_17
chr1	197108983	.	G	GT	8.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2058;BaseQRankSum=-2.437;DP=4770;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.4261;InbreedingCoeff=0.0586;MQ=83.05;MQ0=0;MQRankSum=2.100;ReadPosRankSum=-1.980;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9314;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASPM:ENSG00000066279.11:-:insertionFS:2/4:ASPM-201:ENST00000294732.7:5679_1940:ASPM-001:ENST00000367409.4:10434_1940
chr1	197297973	.	GGATGGAATT	G	185.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=2.836;DP=5721;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=41.5702;InbreedingCoeff=0.0509;MQ=63.60;MQ0=1;MQRankSum=-2.923;ReadPosRankSum=1.242;SZ=-9;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1971;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CRB1:ENSG00000134376.8:+:deletionNFS:4/8:CRB1-005:ENST00000367399.2:3885_492_164_QDGI->Q:CRB1-004:ENST00000367400.3:4221_492_164_QDGI->Q:CRB1-203:ENST00000538660.1:2613_492_164_QDGI->Q:CRB1-202:ENST00000535699.1:4149_285_95_QDGI->Q
chr1	197383063	rs71736607	C	CT	27.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;DB;DP=5099;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=14.5554;InbreedingCoeff=0.0784;MQ=58.16;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.9073;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CRB1:ENSG00000134376.8:+:insertionFS:1/8:CRB1-201:ENST00000367401.2:2823_51
chr1	197641219	.	ATC	A	19.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;DP=4379;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.2509;InbreedingCoeff=0.0686;MQ=58.69;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.3066;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DENND1B:ENSG00000213047.6:-:deletionFS:5/5:DENND1B-003:ENST00000367396.3:1281_244:DENND1B-004:ENST00000235453.4:1191_214:DENND1B-201:ENST00000400967.2:1191_214:DENND1B-202:ENST00000450419.2:2268_244:DENND1B-203:ENST00000542760.1:2328_244
chr1	198262092	.	A	AT	10.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1930;BaseQRankSum=-2.446;DP=4357;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.3497;InbreedingCoeff=0.1242;MQ=62.94;MQ0=0;MQRankSum=1.046;ReadPosRankSum=1.576;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.0403;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NEK7:ENSG00000151414.10:+:insertionFS:2/3:NEK7-001:ENST00000367385.4:909_607:NEK7-006:ENST00000538004.1:909_607
chr1	200378073	.	A	AG	7.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2042;BaseQRankSum=-2.838;DP=6034;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=16.0437;InbreedingCoeff=0.0845;MQ=63.46;MQ0=0;MQRankSum=0.456;ReadPosRankSum=0.408;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.8160;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF281:ENSG00000162702.5:-:insertionFS:3/4:ZNF281-001:ENST00000294740.2:2688_761:ZNF281-003:ENST00000367352.3:2580_653:ZNF281-002:ENST00000367353.1:2688_761
chr1	200378558	.	A	AG	7.97	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00160;AN=1252;BaseQRankSum=0.965;DP=1652;DS;FS=2.092;HR=8;HRun=8;HU=G;HaplotypeScore=8.3522;InbreedingCoeff=0.1705;MQ=75.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=1.33;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-40.11;SZ=1;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.6962;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF281:ENSG00000162702.5:-:insertionFS:3/4:ZNF281-001:ENST00000294740.2:2688_276:ZNF281-003:ENST00000367352.3:2580_168:ZNF281-002:ENST00000367353.1:2688_276
chr1	200594041	.	ATT	A,ATTT	158.98	PASS	AA=.;AC=4,22;AF=0.00204,0.01120;AN=1964;BaseQRankSum=1.088;DP=4928;DS;HR=8;HU=T;HaplotypeScore=16.2334;InbreedingCoeff=0.2126;MQ=68.04;MQ0=0;MQRankSum=0.769;QD=1.10;ReadPosRankSum=-1.044;SZ=.;TR=8;TU=T;VQSLOD=8.2839;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DDX59:ENSG00000118197.8:-:deletionFS:1/4:DDX59-001:ENST00000447706.2:1743_1731,2:DDX59:ENSG00000118197.8:-:insertionFS:1/4:DDX59-001:ENST00000447706.2:1743_1731
chr1	200613642	.	C	CA	9.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1922;BaseQRankSum=-0.115;DP=4742;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.0367;InbreedingCoeff=0.0233;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.876;ReadPosRankSum=0.865;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX59:ENSG00000118197.8:-:insertionFS:2/4:DDX59-002:ENST00000331314.6:1860_1600:DDX59-201:ENST00000367346.3:618_358
chr1	200823982	.	TAAC	T	193.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1856;BaseQRankSum=3.057;DP=4693;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.9314;InbreedingCoeff=-0.0100;MQ=57.82;MQ0=1;MQRankSum=0.670;ReadPosRankSum=-0.304;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.4285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAMSAP1L1:ENSG00000118200.10:+:deletionNFS:3/3:CAMSAP1L1-001:ENST00000236925.4:4470_3894_1298_DN->D:CAMSAP1L1-002:ENST00000358823.2:4437_3861_1287_DN->D:CAMSAP1L1-004:ENST00000413307.2:4389_3813_1271_DN->D
chr1	201008987	.	TG	T	133	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1776;BaseQRankSum=2.689;DP=4561;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=14.7360;InbreedingCoeff=-0.0163;MQ=56.62;MQ0=0;MQRankSum=1.185;ReadPosRankSum=-3.084;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.3500;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACNA1S:ENSG00000081248.6:-:deletionFS:2/2:CACNA1S-001:ENST00000362061.3:5622_5594:CACNA1S-002:ENST00000367338.3:5565_5537
chr1	201009083	.	AGTAGCTCT	A	1485.83	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00263;AN=1900;BaseQRankSum=7.175;DP=4666;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=34.3623;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=61.17;MQ0=0;MQRankSum=-6.911;ReadPosRankSum=1.300;SZ=-8;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.4165;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CACNA1S:ENSG00000081248.6:-:deletionFS:2/2:CACNA1S-001:ENST00000362061.3:5622_5498:CACNA1S-002:ENST00000367338.3:5565_5441
chr1	201175918	.	G	GC	447.39	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00201;AN=1994;BaseQRankSum=-0.437;DP=5600;DS;FS=2.154;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.9031;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=65.45;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=15.98;ReadPosRankSum=1.549;SB=-250.66;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.3369;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGFN1:ENSG00000163395.12:+:insertionFS:1/3:IGFN1-202:ENST00000335211.4:11127_1897
chr1	201177977	.	TG	T	4.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2042;BaseQRankSum=1.371;DP=4526;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.6845;InbreedingCoeff=0.0761;MQ=67.58;MQ0=1;MQRankSum=1.280;QD=1.06;ReadPosRankSum=1.367;SB=-31.37;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1387;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGFN1:ENSG00000163395.12:+:deletionFS:1/3:IGFN1-202:ENST00000335211.4:11127_3956
chr1	201293664	.	CT	C	8.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1844;BaseQRankSum=1.010;DP=4813;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.8179;InbreedingCoeff=0.0803;MQ=68.49;MQ0=0;MQRankSum=0.939;ReadPosRankSum=-0.980;SZ=-1;TR=9;TU=CCCT;VQSLOD=5.6164;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PKP1:ENSG00000081277.7:+:deletionFS:3/3:PKP1-201:ENST00000263946.3:2244_1852:PKP1-004:ENST00000352845.3:2244_1852:PKP1-001:ENST00000367324.3:2181_1789
chr1	201354890	.	GGT	G	19.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2008;BaseQRankSum=1.745;DP=4993;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.0263;InbreedingCoeff=0.0856;MQ=68.61;MQ0=0;MQRankSum=1.480;ReadPosRankSum=-0.718;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8454;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAD1:ENSG00000159166.9:-:deletionFS:2/2:LAD1-002:ENST00000367313.3:1596_1112:LAD1-001:ENST00000391967.2:1554_1070
chr1	201355710	.	GC	G	16.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1774;BaseQRankSum=2.051;DP=3522;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.3887;InbreedingCoeff=0.0136;MQ=57.57;MQ0=2;MQRankSum=1.295;ReadPosRankSum=-0.843;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9512;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAD1:ENSG00000159166.9:-:deletionFS:2/2:LAD1-002:ENST00000367313.3:1596_821:LAD1-001:ENST00000391967.2:1554_779
chr1	201356000	rs35016536	GC	G	1059.89	PASS	AA=0;AC=81;AF=0.04223;AN=1918;BaseQRankSum=17.900;DB;DP=3529;FS=3.012;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.4356;InbreedingCoeff=0.1205;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=-5.968;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.590;SB=-716.11;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.5144;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LAD1:ENSG00000159166.9:-:deletionFS:2/2:LAD1-002:ENST00000367313.3:1596_531:LAD1-001:ENST00000391967.2:1554_489
chr1	201356001	rs35016536	CCCA	C	6852.91	PASS	AA=0;AC=186;AF=0.09718;AN=1914;BaseQRankSum=15.499;DB;DP=3408;FS=2.540;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.9721;InbreedingCoeff=0.0872;MQ=68.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.501;QD=20.70;ReadPosRankSum=-5.078;SB=-2919.16;SZ=-3;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.6872;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAD1:ENSG00000159166.9:-:deletionNFS:2/2:LAD1-002:ENST00000367313.3:1596_530_177_GR->R:LAD1-001:ENST00000391967.2:1554_488_163_GR->R
chr1	202097524	.	ACTG	A	49.48	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00682;AN=1614;BaseQRankSum=2.489;DP=3321;DS;FS=1.517;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3508;InbreedingCoeff=0.1460;MQ=60.61;MQ0=0;MQRankSum=0.376;QD=1.10;ReadPosRankSum=1.124;SB=-43.47;SZ=-3;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=6.7816;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPR37L1:ENSG00000170075.6:+:deletionNFS:2/2:GPR37L1-001:ENST00000367282.4:1446_1286_429_DC->D:GPR37L1-201:ENST00000541334.1:1047_887_296_DC->D
chr1	202113619	.	GC	G	11.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00100;AN=1002;DP=1414;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=7.0168;InbreedingCoeff=0.0688;MQ=67.21;MQ0=1;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.4735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARL8A:ENSG00000143862.3:-:deletionFS:1/1:ARL8A-001:ENST00000272217.2:561_82
chr1	202183357	rs74355478	TG	T	4166.92	PASS	AA=0;AC=136;AF=0.08564;AN=1588;BaseQRankSum=6.493;DB;DP=2658;DS;FS=0.411;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.2290;InbreedingCoeff=0.0871;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=1.186;QD=20.23;ReadPosRankSum=-2.371;SB=-1056.34;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=7.7129;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LGR6:ENSG00000133067.12:+:deletionFS:1/5:LGR6-003:ENST00000439764.2:2487_75
chr1	202407189	.	G	GT	230.23	PASS	AA=.;AC=68;AF=0.03740;AN=1818;BaseQRankSum=-1.416;DP=4227;DS;FS=10.280;HR=10;HRun=10;HU=T;HaplotypeScore=13.2646;InbreedingCoeff=0.0810;MQ=60.51;MQ0=1;MQRankSum=0.465;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.209;SB=-189.32;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=5.9877;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPP1R12B:ENSG00000077157.15:+:insertionFS:1/6:PPP1R12B-011:ENST00000480184.1:1548_1495
chr1	202698969	.	G	GCT	12.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=2.415;DP=5963;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6455;InbreedingCoeff=0.1116;MQ=63.32;MQ0=0;MQRankSum=1.968;ReadPosRankSum=-3.140;SZ=2;TR=10;TU=CT;VQSLOD=5.8870;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KDM5B:ENSG00000117139.10:-:insertionFS:3/4:KDM5B-003:ENST00000367264.2:4743_4471:KDM5B-001:ENST00000367265.3:4635_4363:KDM5B-201:ENST00000538292.1:4161_3889
chr1	202731856	.	T	TG	14.96	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00095;AN=2100;BaseQRankSum=-1.263;DP=5462;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.0159;InbreedingCoeff=0.0706;MQ=73.68;MQ0=0;MQRankSum=0.743;ReadPosRankSum=1.478;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3716;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KDM5B:ENSG00000117139.10:-:insertionFS:3/4:KDM5B-003:ENST00000367264.2:4743_997:KDM5B-001:ENST00000367265.3:4635_889:KDM5B-201:ENST00000538292.1:4161_415
chr1	203023239	rs34595153	T	TG	7794.39	PASS	AA=.;AC=385;AF=0.21015;AN=1832;BaseQRankSum=30.420;DB;DP=4610;DS;FS=2.415;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.9961;InbreedingCoeff=0.1604;MQ=66.12;MQ0=0;MQRankSum=0.493;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.437;SB=-2994.16;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.3078;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PPFIA4:ENSG00000143847.10:+:insertionFS:1/5:PPFIA4-203:ENST00000447715.1:3558_1751
chr1	203023240	rs10635298	G	GC,GGC	28693.64	PASS	AA=2;AC=6,409;AF=0.00327,0.22301;AN=1834;BaseQRankSum=-21.650;DB;DP=4564;DS;FS=1.655;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=15.6119;InbreedingCoeff=0.1847;MQ=66.18;MQ0=0;MQRankSum=0.934;QD=29.67;ReadPosRankSum=0.440;SB=-11570.10;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=9.8899;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PPFIA4:ENSG00000143847.10:+:insertionFS:1/5:PPFIA4-203:ENST00000447715.1:3558_1752,2:PPFIA4:ENSG00000143847.10:+:insertionFS:1/5:PPFIA4-203:ENST00000447715.1:3558_1752
chr1	203134680	.	CA	C	21.64	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1888;BaseQRankSum=1.389;DP=4568;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.0682;InbreedingCoeff=0.0705;MQ=60.29;MQ0=0;MQRankSum=2.847;ReadPosRankSum=-2.085;SZ=-1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=4.9598;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADORA1:ENSG00000163485.11:+:deletionFS:3/4:ADORA1-002:ENST00000309502.3:981_633:ADORA1-201:ENST00000337894.4:981_633:ADORA1-001:ENST00000367236.4:981_633
chr1	203186864	.	TACTC	T	2773.72	PASS	AA=0;AC=39;AF=0.02021;AN=1930;BaseQRankSum=9.936;DP=3843;FS=9.169;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.2730;InbreedingCoeff=-0.0029;MQ=62.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.881;QD=14.99;ReadPosRankSum=-4.036;SB=-1196.37;SZ=-4;TR=10;TU=ACTT;VQSLOD=5.8091;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHIT1:ENSG00000133063.11:-:spliceOverlap:3/3:CHIT1-201:ENST00000535569.1:1374:CHIT1-007:ENST00000255427.3:1344:CHIT1-001:ENST00000367229.1:1401
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chr1	203186950	rs3831317	C	CACACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT,CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT	54473.86	PASS	AA=0;AC=1,315;AF=0.00054,0.16954;AN=1858;BaseQRankSum=-0.359;DB;DP=4094;DS;FS=2.837;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=70.4163;InbreedingCoeff=0.3036;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-16.583;QD=69.84;ReadPosRankSum=0.546;SB=-24803.61;SZ=24;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.8142;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CHIT1:ENSG00000133063.11:-:insertionNFS:3/3:CHIT1-201:ENST00000535569.1:1374_1046_349_W->*GLGGAMVW:CHIT1-007:ENST00000255427.3:1344_1016_339_W->*GLGGAMVW:CHIT1-001:ENST00000367229.1:1401_1073_358_W->*GLGGAMVW,2:CHIT1:ENSG00000133063.11:-:insertionNFS:3/3:CHIT1-201:ENST00000535569.1:1374_1046_349_W->*GLGGAMVW:CHIT1-007:ENST00000255427.3:1344_1016_339_W->*GLGGAMVW:CHIT1-001:ENST00000367229.1:1401_1073_358_W->*GLGGAMVW
chr1	203786224	.	AT	A,ATT	10.47	PASS	AA=0;AC=26,33;AF=0.01305,0.01657;AN=1992;BaseQRankSum=-0.390;DP=4441;DS;FS=0.000;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=10.4616;InbreedingCoeff=0.1870;MQ=55.68;MQ0=146;MQRankSum=-1.544;ReadPosRankSum=-0.808;SB=-181.19;SZ=-1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.7735;culprit=FS;set=vqsr-filterIngt;VA=1:ZC3H11A:ENSG00000058673.10:+:deletionFS:5/6:ZC3H11A-004:ENST00000332127.4:2433_26:ZC3H11A-201:ENST00000367210.1:2433_26:ZC3H11A-005:ENST00000367212.3:2433_26:ZC3H11A-003:ENST00000367214.1:2433_26:ZC3H11A-001:ENST00000545588.1:2433_26,2:ZC3H11A:ENSG00000058673.10:+:insertionFS:5/6:ZC3H11A-004:ENST00000332127.4:2433_26:ZC3H11A-201:ENST00000367210.1:2433_26:ZC3H11A-005:ENST00000367212.3:2433_26:ZC3H11A-003:ENST00000367214.1:2433_26:ZC3H11A-001:ENST00000545588.1:2433_26
chr1	204135374	.	GAGC	G	21.69	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00103;AN=1938;BaseQRankSum=2.903;DP=4658;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.3132;InbreedingCoeff=0.0513;MQ=65.22;MQ0=0;MQRankSum=0.288;ReadPosRankSum=0.594;SZ=-3;TR=14;TU=AGC;VQSLOD=6.3546;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:REN:ENSG00000143839.11:-:deletionNFS:2/3:REN-001:ENST00000272190.8:1221_48_16_LW->W:REN-201:ENST00000367195.2:1212_48_16_LW->W
chr1	204379104	.	T	TA	21.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1912;BaseQRankSum=-2.448;DP=5332;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.5927;InbreedingCoeff=-0.0076;MQ=58.01;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3668;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPP1R15B:ENSG00000158615.7:-:insertionFS:2/2:PPP1R15B-001:ENST00000367188.4:2142_1436:PPP1R15B-201:ENST00000543650.1:1872_1166
chr1	205589014	.	TGA	T	272.82	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00154;AN=1946;DP=5154;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.2140;InbreedingCoeff=0.1240;MQ=59.01;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.7111;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ELK4:ENSG00000158711.8:-:deletionFS:1/3:ELK4-002:ENST00000289703.4:1218_1160
chr1	205686523	rs34305872	G	GT,GTT	11269.67	PASS	AA=.;AC=435,61;AF=0.26819,0.03761;AN=1622;BaseQRankSum=-12.019;DB;DP=3337;DS;FS=9.355;HR=13;HU=T;HaplotypeScore=13.6261;InbreedingCoeff=0.2635;MQ=64.55;MQ0=0;MQRankSum=4.271;QD=9.13;ReadPosRankSum=-3.893;SB=-3970.79;SZ=.;TR=13;TU=T;VQSLOD=7.4673;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:NUCKS1:ENSG00000069275.10:-:insertionFS:1/3:NUCKS1-202:ENST00000367141.4:447_371,2:NUCKS1:ENSG00000069275.10:-:insertionFS:1/3:NUCKS1-202:ENST00000367141.4:447_371
chr1	206239431	.	AAAT	A	4071.67	PASS	AA=0;AC=31;AF=0.01621;AN=1912;BaseQRankSum=10.779;DP=5520;DS;FS=8.911;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.8843;InbreedingCoeff=0.0878;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.694;QD=24.38;ReadPosRankSum=0.638;SB=-1754.88;SZ=-3;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.8964;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf186:ENSG00000196533.6:-:deletionNFS:1/1:C1orf186-001:ENST00000331555.5:519_467_156_FV->V
chr1	206758610	.	GA	G	4.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1834;BaseQRankSum=1.030;DP=4385;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=11.6430;InbreedingCoeff=0.1218;MQ=68.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.244;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.377;SB=-33.00;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5768;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RASSF5:ENSG00000136653.13:+:deletionFS:4/5:RASSF5-004:ENST00000338603.2:1179_1087:RASSF5-201:ENST00000367118.2:1182_1087:RASSF5-001:ENST00000355294.4:1257_1087:RASSF5-003:ENST00000304534.8:798_628
chr1	206778799	.	TC	T	10.14	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00050;AN=2004;BaseQRankSum=1.991;DP=4908;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.0331;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=70.32;MQ0=0;MQRankSum=-2.367;ReadPosRankSum=1.208;SZ=.;TR=11;TU=CCCTT;VQSLOD=5.3178;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF2D:ENSG00000143486.9:-:deletionFS:3/3:EIF2D-001:ENST00000271764.2:1755_484:EIF2D-004:ENST00000367114.3:1383_484:EIF2D-201:ENST00000367111.2:813_400
chr1	206821782	.	TGAA	T	85.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2054;BaseQRankSum=2.093;DP=5263;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.2851;InbreedingCoeff=0.1189;MQ=73.14;MQ0=0;MQRankSum=1.394;ReadPosRankSum=-0.959;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.7278;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DYRK3:ENSG00000143479.11:+:deletionNFS:3/3:DYRK3-001:ENST00000367109.2:1767_1239_413_DE->D:DYRK3-004:ENST00000367106.1:1707_1179_393_DE->D:DYRK3-002:ENST00000367108.3:1707_1179_393_DE->D
chr1	206822260	.	AC	A	5.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;BaseQRankSum=1.656;DP=5125;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.7132;InbreedingCoeff=0.0326;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=1.373;ReadPosRankSum=-0.247;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4120;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYRK3:ENSG00000143479.11:+:deletionFS:3/3:DYRK3-001:ENST00000367109.2:1767_1717:DYRK3-004:ENST00000367106.1:1707_1657:DYRK3-002:ENST00000367108.3:1707_1657
chr1	207074902	.	A	AC	9.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1926;BaseQRankSum=1.340;DP=6218;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.4158;InbreedingCoeff=0.1809;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.931;ReadPosRankSum=-0.744;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=4.8668;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IL24:ENSG00000162892.11:+:insertionFS:2/3:IL24-001:ENST00000294984.2:621_367:IL24-002:ENST00000391929.3:624_370
chr1	207110492	.	AC	A	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1840;BaseQRankSum=2.123;DP=5424;DS;FS=2.072;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.8492;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=67.62;MQ0=0;MQRankSum=0.333;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.279;SB=-42.66;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.4443;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PIGR:ENSG00000162896.5:-:deletionFS:1/1:PIGR-001:ENST00000356495.4:2295_993
chr1	207134526	.	TC	T	33.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1776;BaseQRankSum=1.361;DP=4068;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=13.1027;InbreedingCoeff=-0.0233;MQ=56.77;MQ0=0;MQRankSum=0.147;ReadPosRankSum=-1.473;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=4.8112;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCAMR:ENSG00000162897.9:-:deletionFS:2/4:FCAMR-002:ENST00000324852.4:1734_695:FCAMR-201:ENST00000367087.3:1608_623
chr1	207200875	rs75903556	G	GT	636.54	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00568;AN=1762;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=3951;DS;FS=6.636;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.9631;InbreedingCoeff=0.0593;MQ=64.42;MQ0=0;MQRankSum=1.550;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.366;SB=-385.88;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.5653;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf116:ENSG00000182795.12:-:insertionFS:1/2:C1orf116-001:ENST00000359470.5:1806_69
chr1	207268712	.	G	GT	83.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2070;BaseQRankSum=-2.318;DP=5228;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=13.0880;InbreedingCoeff=0.0790;MQ=61.64;MQ0=114;MQRankSum=-0.034;ReadPosRankSum=-2.007;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.2296;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4BPB:ENSG00000123843.7:+:insertionFS:1/5:C4BPB-202:ENST00000451804.2:657_456
chr1	207644243	.	CCTGT	C	89.50	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00365;AN=1920;BaseQRankSum=3.679;DP=4742;DS;FS=12.663;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2329;InbreedingCoeff=0.1906;MQ=74.59;MQ0=0;MQRankSum=4.511;QD=8.95;ReadPosRankSum=-3.221;SB=-6.23;SZ=-4;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4112;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CR2:ENSG00000117322.12:+:deletionFS:4/4:CR2-003:ENST00000367057.3:3279_1384:CR2-001:ENST00000367058.3:3102_1384:CR2-002:ENST00000367059.3:2916_1384:CR2-201:ENST00000458541.2:3021_1384
chr1	207644244	.	CTGT	C	69.54	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00361;AN=1938;BaseQRankSum=3.849;DP=4792;DS;FS=9.836;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.9947;InbreedingCoeff=0.1805;MQ=74.62;MQ0=0;MQRankSum=4.504;QD=6.95;ReadPosRankSum=-3.844;SB=-6.40;SZ=-3;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4454;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CR2:ENSG00000117322.12:+:deletionNFS:4/4:CR2-003:ENST00000367057.3:3279_1385_462_PV->P:CR2-001:ENST00000367058.3:3102_1385_462_PV->P:CR2-002:ENST00000367059.3:2916_1385_462_PV->P:CR2-201:ENST00000458541.2:3021_1385_462_PV->P
chr1	207850757	.	CT	C	268.69	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00285;AN=2104;DP=5084;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.0196;InbreedingCoeff=0.0240;MQ=54.99;MQ0=31;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.7699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CR1L:ENSG00000197721.11:+:deletionFS:2/2:CR1L-003:ENST00000508064.2:1710_121:CR1L-201:ENST00000444269.2:1332_121
chr1	207941152	.	AG	A	131.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1932;DP=4363;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=18.3386;InbreedingCoeff=0.0528;MQ=61.82;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.2928;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD46:ENSG00000117335.13:+:deletionFS:8/12:CD46-202:ENST00000441839.2:1095_885:CD46-007:ENST00000322875.4:1200_930:CD46-002:ENST00000354848.1:1155_885:CD46-201:ENST00000361067.1:1158_930:CD46-008:ENST00000367047.1:1011_741:CD46-013:ENST00000480003.1:1113_885:CD46-001:ENST00000358170.2:1179_930:CD46-004:ENST00000367042.1:1134_885
chr1	208063100	rs11461538	GAA	G,GA,GAAA,GAAAA	30146.67	PASS	AA=.;AC=9,152,821,178;AF=0.00481,0.08128,0.43904,0.09519;AN=1870;BaseQRankSum=-17.662;DB;DP=4402;DS;FS=11.097;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=16.6640;InbreedingCoeff=0.3635;MQ=63.72;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=13.27;ReadPosRankSum=-2.438;SB=-12487.23;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=8.0317;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CD34:ENSG00000174059.11:-:deletionFS:1/5:CD34-003:ENST00000367036.3:684_83,2:CD34:ENSG00000174059.11:-:deletionFS:1/5:CD34-003:ENST00000367036.3:684_83,3:CD34:ENSG00000174059.11:-:insertionFS:1/5:CD34-003:ENST00000367036.3:684_83,4:CD34:ENSG00000174059.11:-:insertionFS:1/5:CD34-003:ENST00000367036.3:684_83
chr1	208063112	.	A	AC	33.80	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00052;AN=1928;BaseQRankSum=6.178;DP=4728;DS;HR=12;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=26.1305;InbreedingCoeff=0.1131;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.089;ReadPosRankSum=0.261;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=5.9159;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CD34:ENSG00000174059.11:-:insertionFS:1/5:CD34-003:ENST00000367036.3:684_71
chr1	210267893	rs2307890	TGAA	T	9865.22	PASS	AA=0;AC=184;AF=0.09725;AN=1892;BaseQRankSum=21.083;DB;DP=4084;DS;FS=2.192;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.9180;InbreedingCoeff=0.2898;MQ=67.85;MQ0=0;MQRankSum=-1.586;QD=24.42;ReadPosRankSum=-1.316;SB=-3375.51;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=9.6148;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SYT14:ENSG00000143469.12:+:deletionNFS:7/7:SYT14-202:ENST00000422431.1:1860_804_268_YE->Y:SYT14-004:ENST00000367019.1:1725_669_223_YE->Y:SYT14-001:ENST00000472886.1:1668_669_223_YE->Y:SYT14-203:ENST00000534859.1:1746_669_223_YE->Y:SYT14-201:ENST00000399639.2:1377_669_223_YE->Y:SYT14-003:ENST00000367015.1:1554_555_185_YE->Y:SYT14-204:ENST00000537238.1:1554_555_185_YE->Y
chr1	210804405	.	GTT	G	202.78	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00094;AN=2122;BaseQRankSum=2.537;DP=5390;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=21.3847;InbreedingCoeff=0.0060;MQ=64.70;MQ0=0;MQRankSum=0.430;ReadPosRankSum=1.090;SZ=.;TR=5;TU=GT;VQSLOD=7.7009;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HHAT:ENSG00000054392.8:+:deletionFS:1/10:HHAT-204:ENST00000391905.3:1557_1455
chr1	211192343	.	TG	T	6.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1988;BaseQRankSum=1.681;DP=6244;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.2558;InbreedingCoeff=0.1032;MQ=62.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;ReadPosRankSum=0.433;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.8855;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KCNH1:ENSG00000143473.7:-:deletionFS:2/2:KCNH1-001:ENST00000271751.4:2970_814:KCNH1-002:ENST00000367007.4:2889_814
chr1	211451581	.	CAGGT	C	33.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1818;BaseQRankSum=2.043;DP=4429;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.1624;InbreedingCoeff=0.0309;MQ=66.15;MQ0=0;MQRankSum=0.547;ReadPosRankSum=0.023;SZ=-4;TR=8;TU=AGGT;VQSLOD=5.4233;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RCOR3:ENSG00000117625.9:+:spliceOverlap:3/3:RCOR3-001:ENST00000367005.4:1488:RCOR3-002:ENST00000367006.4:1311:RCOR3-007:ENST00000452621.2:1350
chr1	211545792	.	GC	G	5.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1916;DP=5515;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.5807;InbreedingCoeff=0.0776;MQ=58.09;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRAF5:ENSG00000082512.10:+:deletionFS:4/4:TRAF5-201:ENST00000261464.5:1674_1422:TRAF5-006:ENST00000336184.2:1674_1422:TRAF5-202:ENST00000367004.3:1674_1422:TRAF5-203:ENST00000427925.2:1356_1104
chr1	212459454	.	T	TGTC	159.48	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00491;AN=1018;BaseQRankSum=-2.276;DP=1434;FS=1.387;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.8648;InbreedingCoeff=0.1710;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.575;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.873;SB=-84.83;SZ=3;TR=13;TU=CGT;VQSLOD=6.9418;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PPP2R5A:ENSG00000066027.4:+:insertionNFS:2/3:PPP2R5A-001:ENST00000261461.2:1461_2_1_M->MS:PPP2R5A-202:ENST00000542178.1:1461_2_1_M->MS
chr1	212553243	.	AG	A	208.38	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00140;AN=2138;BaseQRankSum=3.887;DP=6324;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.2184;InbreedingCoeff=0.0550;MQ=81.11;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=9.92;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-133.58;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9450;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM206:ENSG00000065600.8:-:deletionFS:2/2:TMEM206-001:ENST00000261455.4:1053_632:TMEM206-201:ENST00000535273.1:1236_815
chr1	212911853	.	G	GA	6.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1998;DP=4927;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=20.0205;InbreedingCoeff=-0.0192;MQ=67.17;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0038;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NSL1:ENSG00000117697.10:-:insertionFS:2/5:NSL1-201:ENST00000366975.6:723_620:NSL1-001:ENST00000366977.3:846_743
chr1	212985656	.	G	GA	25.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;DP=4452;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.1979;InbreedingCoeff=-0.0280;MQ=57.01;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TATDN3:ENSG00000203705.5:+:insertionFS:6/7:TATDN3-002:ENST00000366973.4:822_664:TATDN3-001:ENST00000366974.4:825_667:TATDN3-008:ENST00000526641.1:762_604:TATDN3-006:ENST00000532324.1:846_688:TATDN3-007:ENST00000531963.1:723_688:TATDN3-015:ENST00000526997.1:576_551
chr1	213180441	rs71147054	GAA	G,GA,GAAA,GAAAA	12929.18	PASS	AA=.;AC=62,389,479,196;AF=0.03609,0.22643,0.27881,0.11409;AN=1718;BaseQRankSum=-0.277;DB;DP=3482;DS;FS=1.833;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=13.7838;InbreedingCoeff=0.6942;MQ=62.23;MQ0=42;MQRankSum=1.687;QD=6.93;ReadPosRankSum=-2.398;SB=-4354.08;SZ=.;TR=17;TU=A;VQSLOD=7.0073;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ANGEL2:ENSG00000174606.7:-:deletionFS:1/6:ANGEL2-201:ENST00000310246.4:789_675,2:ANGEL2:ENSG00000174606.7:-:deletionFS:1/6:ANGEL2-201:ENST00000310246.4:789_675,3:ANGEL2:ENSG00000174606.7:-:insertionFS:1/6:ANGEL2-201:ENST00000310246.4:789_675,4:ANGEL2:ENSG00000174606.7:-:insertionFS:1/6:ANGEL2-201:ENST00000310246.4:789_675
chr1	213341259	.	GC	G	53.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;BaseQRankSum=1.706;DP=4294;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.7483;InbreedingCoeff=0.0437;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.657;ReadPosRankSum=2.084;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.1613;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPS6KC1:ENSG00000136643.7:+:deletionFS:4/4:RPS6KC1-002:ENST00000366959.3:3165_858:RPS6KC1-001:ENST00000366960.3:3201_894:RPS6KC1-202:ENST00000543470.1:2565_351:RPS6KC1-201:ENST00000543354.1:1983_3
chr1	213434979	.	GC	G	4.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;BaseQRankSum=1.530;DP=4452;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=9.9156;InbreedingCoeff=0.0551;MQ=74.95;MQ0=0;MQRankSum=0.243;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.037;SB=-27.93;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8897;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPS6KC1:ENSG00000136643.7:+:deletionFS:3/4:RPS6KC1-002:ENST00000366959.3:3165_2954:RPS6KC1-001:ENST00000366960.3:3201_2990:RPS6KC1-202:ENST00000543470.1:2565_2354
chr1	214171413	.	C	CT	17.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1960;BaseQRankSum=2.350;DP=4024;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.4364;InbreedingCoeff=0.0859;MQ=66.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;ReadPosRankSum=0.688;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.2103;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PROX1:ENSG00000117707.8:+:insertionFS:5/5:PROX1-201:ENST00000261454.4:2214_1535:PROX1-001:ENST00000366958.2:2214_1535:PROX1-202:ENST00000435016.1:2214_1535:PROX1-002:ENST00000498508.1:2214_1535:PROX1-203:ENST00000541470.1:930_251
chr1	214209031	.	C	CG	5.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1882;DP=5146;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.5227;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=58.48;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5632;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PROX1:ENSG00000117707.8:+:insertionFS:5/5:PROX1-201:ENST00000261454.4:2214_2068:PROX1-001:ENST00000366958.2:2214_2068:PROX1-202:ENST00000435016.1:2214_2068:PROX1-002:ENST00000498508.1:2214_2068:PROX1-203:ENST00000541470.1:930_784
chr1	214557048	.	GCCTCCT	G,GCCT,GCCTCCTCCT	198.76	PASS	AA=0;AC=6,33,32;AF=0.00313,0.01724,0.01672;AN=1914;BaseQRankSum=5.711;DP=4411;DS;FS=1.662;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=24.3615;InbreedingCoeff=0.3450;MQ=70.22;MQ0=0;MQRankSum=-2.730;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.080;SB=-194.16;SZ=-6;TR=19;TU=CCT;VQSLOD=8.6266;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PTPN14:ENSG00000152104.6:-:deletionNFS:1/2:PTPN14-001:ENST00000366956.4:3564_2150_717_APE->E,2:PTPN14:ENSG00000152104.6:-:deletionNFS:1/2:PTPN14-001:ENST00000366956.4:3564_2150_717_AP->P,3:PTPN14:ENSG00000152104.6:-:insertionNFS:1/2:PTPN14-001:ENST00000366956.4:3564_2150_717_A->EEEA
chr1	214814173	.	G	GA	9.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2072;BaseQRankSum=-1.003;DP=5508;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.8842;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=63.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.448;ReadPosRankSum=1.153;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.2038;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CENPF:ENSG00000117724.7:+:insertionFS:1/2:CENPF-001:ENST00000366955.3:9345_2492
chr1	215259816	.	A	AC	18.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1862;BaseQRankSum=-2.442;DP=4976;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.8614;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=1.798;ReadPosRankSum=1.515;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.5013;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNK2:ENSG00000082482.8:+:insertionFS:4/4:KCNK2-008:ENST00000391895.2:1269_140:KCNK2-007:ENST00000366948.3:459_140:KCNK2-002:ENST00000391894.2:1236_107:KCNK2-001:ENST00000444842.2:1281_152
chr1	215754348	.	T	TAA	169.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1980;BaseQRankSum=-2.456;DP=3898;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.6211;InbreedingCoeff=0.0407;MQ=58.73;MQ0=110;MQRankSum=1.446;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-92.95;SZ=2;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.2266;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCTD3:ENSG00000136636.6:+:insertionFS:1/3:KCTD3-201:ENST00000366945.1:723_660
chr1	215781437	.	C	CT	22.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1822;DP=4076;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.1768;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=58.02;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9362;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCTD3:ENSG00000136636.6:+:insertionFS:2/3:KCTD3-001:ENST00000259154.3:2448_1388:KCTD3-202:ENST00000366946.1:567_344
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chr1	216172388	.	T	TG	14.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=-0.168;DP=4227;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=20.2432;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=60.28;MQ0=0;MQRankSum=1.671;ReadPosRankSum=1.738;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USH2A:ENSG00000042781.8:-:insertionFS:2/3:USH2A-002:ENST00000307340.3:15609_6498:USH2A-201:ENST00000366943.2:15681_6498
chr1	216262447	.	T	TG	9.51	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=-0.200;DP=4852;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.5378;InbreedingCoeff=0.0656;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=0.765;ReadPosRankSum=1.545;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9180;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:USH2A:ENSG00000042781.8:-:insertionFS:2/3:USH2A-002:ENST00000307340.3:15609_4793:USH2A-201:ENST00000366943.2:15681_4793
chr1	216370054	.	G	GA	10.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2070;BaseQRankSum=-1.732;DP=4664;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.1161;InbreedingCoeff=-0.0057;MQ=77.95;MQ0=0;MQRankSum=0.310;ReadPosRankSum=0.493;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5667;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USH2A:ENSG00000042781.8:-:insertionFS:3/3:USH2A-002:ENST00000307340.3:15609_4092:USH2A-201:ENST00000366943.2:15681_4092:USH2A-001:ENST00000366942.3:4641_4092
chr1	216424327	.	GT	G	4.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;BaseQRankSum=0.752;DP=4794;DS;FS=2.417;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.3864;InbreedingCoeff=0.0757;MQ=71.34;MQ0=0;MQRankSum=0.879;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.354;SB=-38.43;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7290;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USH2A:ENSG00000042781.8:-:deletionFS:3/3:USH2A-002:ENST00000307340.3:15609_2085:USH2A-201:ENST00000366943.2:15681_2085:USH2A-001:ENST00000366942.3:4641_2085
chr1	216595579	.	G	GA	249.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1886;BaseQRankSum=-1.320;DP=5120;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.1617;InbreedingCoeff=0.0869;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.128;ReadPosRankSum=-1.697;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.8553;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USH2A:ENSG00000042781.8:-:insertionFS:3/3:USH2A-002:ENST00000307340.3:15609_100:USH2A-201:ENST00000366943.2:15681_100:USH2A-001:ENST00000366942.3:4641_100
chr1	217822277	.	GCT	G	25.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1822;DP=3917;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.4194;InbreedingCoeff=0.0509;MQ=68.48;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8159;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPATA17:ENSG00000162814.5:+:deletionFS:1/1:SPATA17-001:ENST00000366933.4:1086_122
chr1	218458718	.	AAAG	A	59.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2034;BaseQRankSum=1.872;DP=4303;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.9138;InbreedingCoeff=0.0231;MQ=76.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.637;ReadPosRankSum=1.353;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=6.3984;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRP15:ENSG00000067533.5:+:deletionNFS:1/1:RRP15-001:ENST00000366932.3:849_60_20_PK->P
chr1	218475690	.	C	CG	15.12	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00098;AN=2050;DP=4921;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.2324;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=66.57;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3472;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRP15:ENSG00000067533.5:+:insertionFS:1/1:RRP15-001:ENST00000366932.3:849_194
chr1	218504399	.	GC	G	221.27	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00257;AN=1946;BaseQRankSum=4.597;DP=4227;DS;FS=6.547;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.2873;InbreedingCoeff=0.0577;MQ=67.34;MQ0=1;MQRankSum=1.183;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.488;SB=-58.38;SZ=-1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=7.1683;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRP15:ENSG00000067533.5:+:deletionFS:1/1:RRP15-001:ENST00000366932.3:849_815
chr1	220174594	.	TG	T	6.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1952;BaseQRankSum=1.566;DP=4583;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=12.6344;InbreedingCoeff=0.0672;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=0.430;ReadPosRankSum=-0.456;SZ=-1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.4335;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPRS:ENSG00000136628.11:-:deletionFS:3/3:EPRS-001:ENST00000366923.3:4539_2067:EPRS-202:ENST00000536921.1:2925_2088:EPRS-201:ENST00000435048.1:2961_2139
chr1	220178677	.	GGAT	G	95.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=0.829;DP=4049;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.8335;InbreedingCoeff=-0.0175;MQ=65.81;MQ0=0;MQRankSum=-1.271;ReadPosRankSum=-1.294;SZ=-3;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.5218;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPRS:ENSG00000136628.11:-:deletionNFS:3/3:EPRS-001:ENST00000366923.3:4539_1976_659_PC->C:EPRS-202:ENST00000536921.1:2925_1997_666_PC->C:EPRS-201:ENST00000435048.1:2961_2048_683_PC->C
chr1	220195805	.	A	AC	9.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;DP=4950;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.8045;InbreedingCoeff=0.1702;MQ=59.11;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.9393;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EPRS:ENSG00000136628.11:-:insertionFS:3/3:EPRS-001:ENST00000366923.3:4539_999:EPRS-202:ENST00000536921.1:2925_999:EPRS-201:ENST00000435048.1:2961_1071
chr1	220231180	rs34887640	CT	C	24245.71	PASS	AA=0;AC=419;AF=0.20620;AN=2032;BaseQRankSum=26.536;DB;DP=4165;DS;FS=11.694;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=10.5455;InbreedingCoeff=0.1573;MQ=77.63;MQ0=1;MQRankSum=1.842;QD=22.72;ReadPosRankSum=-0.640;SB=-10605.86;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=8.4807;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BPNT1:ENSG00000162813.11:-:deletionFS:1/5:BPNT1-007:ENST00000354807.2:906_903
chr1	220240650	.	G	GT	15.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2040;BaseQRankSum=-2.442;DP=4432;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.2327;InbreedingCoeff=0.0068;MQ=77.03;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4784;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BPNT1:ENSG00000162813.11:-:insertionFS:5/5:BPNT1-201:ENST00000302686.3:975_468:BPNT1-007:ENST00000354807.2:906_468:BPNT1-001:ENST00000322067.6:927_468:BPNT1-202:ENST00000414869.2:819_360:BPNT1-203:ENST00000544404.1:762_303
chr1	220279315	.	CAT	C	13.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1990;DP=4546;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.7694;InbreedingCoeff=0.0794;MQ=73.99;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5689;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IARS2:ENSG00000067704.8:+:deletionFS:2/2:IARS2-201:ENST00000302637.5:3039_1149:IARS2-001:ENST00000366922.1:2823_933
chr1	220320861	.	T	TA	5.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2032;DP=4986;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.3038;InbreedingCoeff=0.0342;MQ=67.86;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.1795;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IARS2:ENSG00000067704.8:+:insertionFS:2/2:IARS2-201:ENST00000302637.5:3039_2923:IARS2-001:ENST00000366922.1:2823_2707
chr1	220325003	.	CCTT	C	19.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1964;DP=4734;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.3944;InbreedingCoeff=0.1526;MQ=61.01;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.1288;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RAB3GAP2:ENSG00000118873.10:-:deletionNFS:1/1:RAB3GAP2-001:ENST00000358951.2:4182_3971_1324_GM->M
chr1	220335569	.	A	AC	15.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1820;BaseQRankSum=-2.448;DP=4215;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.2485;InbreedingCoeff=0.0209;MQ=57.86;MQ0=1;MQRankSum=1.964;ReadPosRankSum=1.328;SB=1.17;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=4.8874;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAB3GAP2:ENSG00000118873.10:-:insertionFS:1/1:RAB3GAP2-001:ENST00000358951.2:4182_3196
chr1	220340649	.	TC	T	6.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1938;BaseQRankSum=2.398;DP=5733;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.8056;InbreedingCoeff=0.0943;MQ=64.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;ReadPosRankSum=-0.131;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0459;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RAB3GAP2:ENSG00000118873.10:-:deletionFS:1/1:RAB3GAP2-001:ENST00000358951.2:4182_3073
chr1	220359035	.	TA	T	4.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1930;BaseQRankSum=1.703;DP=4725;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=9.6713;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=71.33;MQ0=0;MQRankSum=1.061;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-31.15;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.8211;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAB3GAP2:ENSG00000118873.10:-:deletionFS:1/1:RAB3GAP2-001:ENST00000358951.2:4182_1828
chr1	220565627	rs71167227	CCCTTCCTT	C,CCCTT,CCCTTCCTTCCTT,CCCTTCCTTCCTTCCTT,CCCTTCCTTCCTTCCTTCCTT	32436.69	PASS	AA=.;AC=194,256,59,57,179;AF=0.11887,0.15686,0.03615,0.03493,0.10968;AN=1632;BaseQRankSum=-8.344;DB;DP=4014;DS;FS=4.230;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=53.5187;InbreedingCoeff=0.7052;MQ=69.56;MQ0=53;MQRankSum=-9.832;QD=18.24;ReadPosRankSum=2.237;SB=-3119.67;SZ=.;TR=29;TU=CCTT;VQSLOD=8.5174;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:deletionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_2,2:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:deletionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_2,3:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:insertionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_2,4:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:insertionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_2,5:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:insertionNFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_2_1_S->SLPSFLP
chr1	220565631	rs71725639	T	TC	22254.72	PASS	AA=.;AC=413;AF=0.21050;AN=1962;BaseQRankSum=-10.161;DB;DP=4117;DS;FS=6.681;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=26.7555;InbreedingCoeff=0.1477;MQ=66.43;MQ0=66;MQRankSum=3.025;QD=19.32;ReadPosRankSum=4.016;SB=-7937.16;SZ=.;TR=29;TU=CCTT;VQSLOD=5.4942;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:insertionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_6
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chr1	220565779	rs71167229	C	CTT	13386.71	PASS	AA=.;AC=503;AF=0.42991;AN=1170;BaseQRankSum=-9.775;DB;DP=1093;FS=0.567;HR=1;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=27.2981;InbreedingCoeff=0.0732;MQ=40.57;MQ0=163;MQRankSum=10.710;QD=23.86;ReadPosRankSum=-14.954;SB=-5645.44;SZ=.;TR=29;TU=CTTT;VQSLOD=5.7080;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:insertionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_141
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chr1	220578893	rs71793062	AACACACACAC	A,AACAC,AACACAC,AACACACAC,AACACACACACAC	48237.13	PASS	AA=.;AC=3,36,246,1107,158;AF=0.00150,0.01798,0.12288,0.55295,0.07892;AN=2002;BaseQRankSum=11.402;DB;DP=4588;FS=7.045;HR=3;HU=A;HaplotypeScore=37.3814;InbreedingCoeff=0.5818;MQ=63.55;MQ0=55;MQRankSum=3.759;QD=17.79;ReadPosRankSum=2.356;SB=-17759.55;SZ=.;TR=28;TU=AC;VQSLOD=10.0176;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:spliceOverlap:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315,2:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:spliceOverlap:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315,3:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:spliceOverlap:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315,4:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:spliceOverlap:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315,5:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:spliceOverlap:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315
chr1	220578905	.	CA	C	13735.89	PASS	AA=.;AC=2107;AF=0.99953;AN=2108;BaseQRankSum=1.936;DP=5091;FS=2.488;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.6873;InbreedingCoeff=0.1670;MQ=69.90;MQ0=55;MQRankSum=3.404;QD=8.24;ReadPosRankSum=4.197;SZ=.;TR=28;TU=AC;VQSLOD=5.4222;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC096644.2:ENSG00000256135.1:+:deletionFS:1/1:AC096644.2-201:ENST00000536450.1:315_300
chr1	220603288	rs3056666	AGTGT	A,AGT,AGTGTGT,AGTGTGTGT,AGTGTGTGTGT	43046.99	PASS	AA=.;AC=782,680,61,65,99;AF=0.42779,0.37199,0.03337,0.03556,0.05416;AN=1828;BaseQRankSum=3.264;DB;DP=4440;DS;FS=3.628;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=33.7574;InbreedingCoeff=0.8530;MQ=68.84;MQ0=92;MQRankSum=2.891;QD=15.94;ReadPosRankSum=2.036;SB=-14308.21;SZ=.;TR=25;TU=GT;VQSLOD=10.2761;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_151,2:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_151,3:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:insertionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_151,4:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:insertionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_151,5:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:insertionNFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_151_51_S->THTL
chr1	220603310	rs10553491	TGTGA	T	87066.71	PASS	AA=.;AC=1770;AF=0.87364;AN=2026;BaseQRankSum=-3.640;DB;DP=4533;DS;FS=1.146;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.1060;InbreedingCoeff=0.0674;MQ=69.37;MQ0=130;MQRankSum=9.121;QD=31.25;ReadPosRankSum=-3.599;SB=-42881.69;SZ=.;TR=25;TU=GT;VQSLOD=6.0362;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_129
chr1	220603312	rs10553491	TGA	T	44613.70	PASS	AA=.;AC=1774;AF=0.91917;AN=1930;BaseQRankSum=2.813;DB;DP=1375;DS;FS=5.015;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=28.0070;InbreedingCoeff=0.1435;MQ=70.17;MQ0=106;MQRankSum=5.667;QD=16.41;ReadPosRankSum=-13.806;SB=-19404.96;SZ=.;TR=25;TU=GT;VQSLOD=6.2197;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_127
chr1	220603321	rs57385744	GA	G	2716.73	PASS	AA=.;AC=254;AF=0.12247;AN=2074;BaseQRankSum=15.556;DB;DP=4729;DS;FS=4.021;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=33.5823;InbreedingCoeff=0.1158;MQ=62.91;MQ0=44;MQRankSum=0.004;QD=3.47;ReadPosRankSum=6.191;SB=-1464.20;SZ=.;TR=16;TU=AG;VQSLOD=6.3297;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_118
chr1	220603323	rs57298911	GA	G	2853.36	PASS	AA=.;AC=258;AF=0.12416;AN=2078;BaseQRankSum=15.114;DB;DP=4742;DS;FS=2.417;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=33.3962;InbreedingCoeff=0.1318;MQ=63.85;MQ0=38;MQRankSum=-1.348;QD=3.62;ReadPosRankSum=5.993;SB=-1590.05;SZ=.;TR=16;TU=AG;VQSLOD=5.9286;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC096644.1:ENSG00000224867.2:-:deletionFS:1/1:AC096644.1-201:ENST00000416839.2:153_116
chr1	220835285	.	G	GA	25.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1890;BaseQRankSum=0.485;DP=5906;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=15.9857;InbreedingCoeff=0.0307;MQ=57.94;MQ0=1;MQRankSum=1.318;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.5657;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MARK1:ENSG00000116141.10:+:insertionFS:3/3:MARK1-002:ENST00000366917.4:2388_2165:MARK1-001:ENST00000366918.4:2277_2054:MARK1-201:ENST00000402574.1:1938_1715
chr1	220935067	.	T	TA	22.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2032;DP=5991;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.7545;InbreedingCoeff=0.1860;MQ=61.95;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.2482;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MOSC2:ENSG00000117791.11:+:insertionFS:2/2:MOSC2-002:ENST00000359316.2:774_514:MOSC2-001:ENST00000366913.3:1008_514
chr1	222649451	.	G	GC	88.92	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00075;AN=1336;BaseQRankSum=-0.441;DP=1821;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=9.6916;InbreedingCoeff=0.0813;MQ=26.93;MQ0=687;MQRankSum=-1.772;ReadPosRankSum=0.235;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.2617;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL513314.2:ENSG00000256230.1:-:insertionFS:1/1:AL513314.2-201:ENST00000512171.2:1101_979
chr1	222696071	.	C	CA	149.26	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1884;BaseQRankSum=-3.127;DP=3780;DS;FS=1.580;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.0494;InbreedingCoeff=-0.0251;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=2.767;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.527;SB=-72.47;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0214;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HHIPL2:ENSG00000143512.8:-:insertionFS:1/1:HHIPL2-001:ENST00000343410.6:2175_2047
chr1	222717362	.	T	TC	125.31	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00160;AN=1876;BaseQRankSum=-2.941;DP=4092;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.5256;InbreedingCoeff=0.0708;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=2.069;ReadPosRankSum=-0.122;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.2309;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HHIPL2:ENSG00000143512.8:-:insertionFS:1/1:HHIPL2-001:ENST00000343410.6:2175_491
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chr1	222742981	.	T	TC	14.80	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1896;BaseQRankSum=-2.994;DP=4751;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.6318;InbreedingCoeff=-0.0141;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=0.358;ReadPosRankSum=1.907;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8651;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAF1A:ENSG00000143498.12:-:insertionFS:6/6:TAF1A-201:ENST00000350027.4:1353_765:TAF1A-001:ENST00000352967.4:1353_765:TAF1A-002:ENST00000366890.1:1011_423:TAF1A-202:ENST00000391882.1:1011_423:TAF1A-203:ENST00000433270.1:846_651:TAF1A-204:ENST00000543857.1:936_765
chr1	222794607	.	AG	A	5.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1932;DP=5121;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.1987;InbreedingCoeff=0.0138;MQ=58.51;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=4.8627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MIA3:ENSG00000154305.11:+:deletionFS:4/6:MIA3-002:ENST00000344507.1:1503_240:MIA3-202:ENST00000320831.8:5547_240:MIA3-203:ENST00000344441.6:5724_240:MIA3-001:ENST00000344922.5:5724_240
chr1	222835460	.	CCTT	C	134.73	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00104;AN=1914;BaseQRankSum=3.499;DP=4926;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.4570;InbreedingCoeff=0.0064;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=1.142;ReadPosRankSum=0.695;SZ=-3;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.6990;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MIA3:ENSG00000154305.11:+:deletionNFS:5/6:MIA3-202:ENST00000320831.8:5547_4999_1667_PS->P:MIA3-203:ENST00000344441.6:5724_5176_1726_PS->P:MIA3-001:ENST00000344922.5:5724_5176_1726_PS->P:MIA3-201:ENST00000284471.7:2358_1810_604_PS->P:MIA3-005:ENST00000340535.7:2358_1810_604_PS->P
chr1	222903028	.	C	CA	6.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;BaseQRankSum=-0.516;DP=4224;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.1906;InbreedingCoeff=0.0137;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.618;ReadPosRankSum=1.678;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.9776;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BROX:ENSG00000162819.7:+:insertionFS:3/3:BROX-001:ENST00000340934.5:1236_823:BROX-202:ENST00000539697.1:1140_727:BROX-201:ENST00000537020.1:1017_823
chr1	222905983	.	CAGA	C	62.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2050;DP=5337;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.0780;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=73.79;MQ0=0;SZ=-3;TR=11;TU=AAG;VQSLOD=7.1498;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BROX:ENSG00000162819.7:+:deletionNFS:3/3:BROX-001:ENST00000340934.5:1236_1163_388_PE->P:BROX-202:ENST00000539697.1:1140_1067_356_PE->P:BROX-201:ENST00000537020.1:1017_1003_335_QK->Q
chr1	223285671	.	C	CA	5.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;BaseQRankSum=-2.443;DP=5365;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.2793;InbreedingCoeff=0.0445;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=0.055;ReadPosRankSum=1.700;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6203;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR5:ENSG00000187554.7:-:insertionFS:2/2:TLR5-201:ENST00000342210.6:2577_703:TLR5-202:ENST00000540964.1:2577_703
chr1	223286347	.	TAGG	T	83.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1948;BaseQRankSum=2.058;DP=5243;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.8482;InbreedingCoeff=0.0836;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.692;ReadPosRankSum=-0.069;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.3609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR5:ENSG00000187554.7:-:deletionNFS:2/2:TLR5-201:ENST00000342210.6:2577_27_9_LG->G:TLR5-202:ENST00000540964.1:2577_27_9_LG->G
chr1	223536702	.	TTGC	T,TTGCTGC	1767.44	PASS	AA=.;AC=66,34;AF=0.04314,0.02222;AN=1530;BaseQRankSum=7.839;DP=3235;DS;FS=0.000;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=12.3789;InbreedingCoeff=0.3382;MQ=72.79;MQ0=1;MQRankSum=-0.171;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.531;SB=-654.20;SZ=.;TR=22;TU=CTG;VQSLOD=8.0551;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SUSD4:ENSG00000143502.8:-:deletionNFS:7/8:SUSD4-001:ENST00000343846.3:1473_66_22_QP->P:SUSD4-203:ENST00000366878.4:1473_66_22_QP->P:SUSD4-205:ENST00000542750.1:1266_66_22_QP->P:SUSD4-201:ENST00000271787.4:711_66_22_QP->P:SUSD4-004:ENST00000344029.6:873_66_22_QP->P:SUSD4-202:ENST00000342943.3:321_66_22_QP->P:SUSD4-007:ENST00000366877.3:321_66_22_QP->P,2:SUSD4:ENSG00000143502.8:-:insertionNFS:7/8:SUSD4-001:ENST00000343846.3:1473_66_22_Q->QQQ:SUSD4-203:ENST00000366878.4:1473_66_22_Q->QQQ:SUSD4-205:ENST00000542750.1:1266_66_22_Q->QQQ:SUSD4-201:ENST00000271787.4:711_66_22_Q->QQQ:SUSD4-004:ENST00000344029.6:873_66_22_Q->QQQ:SUSD4-202:ENST00000342943.3:321_66_22_Q->QQQ:SUSD4-007:ENST00000366877.3:321_66_22_Q->QQQ
chr1	223810443	.	CATT	C	35.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2034;BaseQRankSum=2.138;DP=5289;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.9437;InbreedingCoeff=-0.0398;MQ=67.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.809;ReadPosRankSum=0.494;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.9579;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPN8:ENSG00000203697.7:-:deletionNFS:1/2:CAPN8-201:ENST00000366872.5:2046_957_319_MR->R
chr1	223900468	.	CG	C	8.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0011;AN=934;DP=1551;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=8.8759;InbreedingCoeff=0.0572;MQ=55.25;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.8557;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPN2:ENSG00000162909.11:+:deletionFS:3/4:CAPN2-201:ENST00000366869.5:2190_213:CAPN2-001:ENST00000295006.5:2103_126:CAPN2-203:ENST00000540186.1:1572_126
chr1	223959627	.	AG	A	41.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2124;DP=6169;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.4799;InbreedingCoeff=0.0965;MQ=71.66;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.0455;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPN2:ENSG00000162909.11:+:spliceOverlap:4/4:CAPN2-202:ENST00000433674.2:1869:CAPN2-201:ENST00000366869.5:2190:CAPN2-001:ENST00000295006.5:2103:CAPN2-203:ENST00000540186.1:1572
chr1	223986233	.	CG	C	90.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1876;DP=4364;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.7181;InbreedingCoeff=0.0195;MQ=57.77;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.2156;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53BP2:ENSG00000143514.12:-:deletionFS:2/3:TP53BP2-001:ENST00000343537.7:3405_1632:TP53BP2-002:ENST00000391878.2:3018_1245
chr1	223998214	.	C	CT	27.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1912;DP=4306;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.4950;InbreedingCoeff=0.0115;MQ=58.98;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ACTC;VQSLOD=5.3993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53BP2:ENSG00000143514.12:-:insertionFS:1/3:TP53BP2-001:ENST00000343537.7:3405_291
chr1	224102762	.	C	CT,CTT	33341.74	PASS	AA=.;AC=827,507;AF=0.50000,0.30653;AN=1654;BaseQRankSum=-12.240;DP=2641;DS;FS=5.527;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=14.1986;InbreedingCoeff=0.6886;MQ=42.53;MQ0=124;MQRankSum=11.626;QD=21.16;ReadPosRankSum=12.102;SB=-9759.85;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=4.9220;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PARP1:ENSG00000143799.7:-:insertionFS:1/5:PARP1-202:ENST00000432338.2:750_729,2:PARP1:ENSG00000143799.7:-:insertionFS:1/5:PARP1-202:ENST00000432338.2:750_729
chr1	224102765	.	T	TA	316.88	PASS	AA=.;AC=23;AF=0.01319;AN=1744;BaseQRankSum=-1.897;DP=2725;DS;FS=13.885;HR=9;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.6906;InbreedingCoeff=0.2237;MQ=39.42;MQ0=90;MQRankSum=2.947;QD=2.83;ReadPosRankSum=5.436;SB=-230.89;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=4.9389;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PARP1:ENSG00000143799.7:-:insertionFS:1/5:PARP1-202:ENST00000432338.2:750_726
chr1	224102769	.	T	TC	117.24	PASS	AA=.;AC=58;AF=0.0595;AN=974;BaseQRankSum=-1.875;DP=1280;FS=0.439;HR=9;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.8327;InbreedingCoeff=0.2658;MQ=33.41;MQ0=195;MQRankSum=2.636;QD=0.32;ReadPosRankSum=1.570;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5606;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PARP1:ENSG00000143799.7:-:insertionFS:1/5:PARP1-202:ENST00000432338.2:750_722
chr1	224102777	.	C	CTTT	2769.62	PASS	AA=.;AC=606;AF=0.8145;AN=744;BaseQRankSum=-0.897;DP=1155;FS=4.111;HR=25;HRun=25;HU=T;HaplotypeScore=16.8047;InbreedingCoeff=0.3184;MQ=39.99;MQ0=232;MQRankSum=2.427;QD=3.35;ReadPosRankSum=1.843;SZ=.;TR=25;TU=T;VQSLOD=6.6588;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PARP1:ENSG00000143799.7:-:insertionNFS:1/5:PARP1-202:ENST00000432338.2:750_714_238_K->KK
chr1	224621396	.	AG	A	4.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00082;AN=1220;BaseQRankSum=0.294;DP=1583;FS=2.449;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.1342;InbreedingCoeff=0.0149;MQ=70.31;MQ0=0;MQRankSum=1.226;QD=0.63;ReadPosRankSum=-0.318;SB=-33.09;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9659;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR26:ENSG00000162923.10:-:deletionFS:2/3:WDR26-001:ENST00000414423.2:1986_412:WDR26-202:ENST00000366852.2:651_412
chr1	225142679	.	G	GA	37.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1988;BaseQRankSum=-2.991;DP=4257;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=A;HaplotypeScore=10.5479;InbreedingCoeff=0.0919;MQ=81.25;MQ0=0;MQRankSum=0.934;ReadPosRankSum=-0.476;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=6.8399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:6/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_96:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_96:DNAH14-012:ENST00000366849.1:1293_96:DNAH14-020:ENST00000400952.3:1362_96:DNAH14-015:ENST00000366848.1:687_96:DNAH14-201:ENST00000366850.3:687_96
chr1	225231636	.	GT	G	176.18	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00329;AN=1822;BaseQRankSum=4.104;DP=4117;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=10.1577;InbreedingCoeff=0.1413;MQ=71.08;MQ0=0;MQRankSum=2.614;ReadPosRankSum=0.164;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.1816;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_1863:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_1863
chr1	225237985	.	TA	T	6.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=2.583;DP=4273;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=10.6039;InbreedingCoeff=0.0370;MQ=68.76;MQ0=0;MQRankSum=0.243;ReadPosRankSum=-0.106;SZ=-1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.1821;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_1986:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_1986
chr1	225268114	.	C	CA	9.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;DP=5239;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.5202;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=58.59;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.9956;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_2800:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_2800
chr1	225268144	.	ACT	A	78.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=2.559;DP=5425;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.8830;InbreedingCoeff=0.0442;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=1.732;ReadPosRankSum=-0.811;SZ=-2;TR=7;TU=CT;VQSLOD=6.0762;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_2830:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_2830
chr1	225328430	rs77953334	TAGAG	T,TAGAGAG	21789.42	PASS	AA=.;AC=138,1668;AF=0.07263,0.87789;AN=1900;BaseQRankSum=-8.834;DB;DP=3944;DS;FS=0.000;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=48.9227;InbreedingCoeff=0.3640;MQ=69.06;MQ0=0;MQRankSum=-0.828;QD=9.35;ReadPosRankSum=-3.882;SB=-9647.72;SZ=.;TR=12;TU=AT;VQSLOD=5.4360;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:spliceOverlap:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548,2:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:spliceOverlap:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548
chr1	225328438	.	GAT	G,GATAT	1170.39	PASS	AA=.;AC=42,55;AF=0.02265,0.02967;AN=1854;BaseQRankSum=3.210;DP=3972;DS;FS=6.331;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=16.1565;InbreedingCoeff=0.1749;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=5.44;ReadPosRankSum=0.231;SB=-636.29;SZ=.;TR=11;TU=AT;VQSLOD=7.8130;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_4172:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_4172,2:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_4172:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_4172
chr1	225334918	rs80023327	CAATT	C	471.36	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00199;AN=2012;BaseQRankSum=5.555;DB;DP=4531;DS;FS=4.078;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.4347;InbreedingCoeff=0.0550;MQ=74.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.985;QD=22.45;ReadPosRankSum=-0.562;SB=-178.68;SZ=-4;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.0014;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_4856:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_4856
chr1	225340507	.	TG	T	16.01	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00100;AN=2002;BaseQRankSum=2.858;DP=4663;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.2441;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=64.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.284;ReadPosRankSum=0.223;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.3533;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_5067:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_5067
chr1	225380561	.	CAAAG	C	5289.40	PASS	AA=0;AC=58;AF=0.03092;AN=1876;BaseQRankSum=15.513;DP=4150;DS;FS=15.122;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.2126;InbreedingCoeff=0.1322;MQ=70.12;MQ0=0;MQRankSum=-2.386;QD=25.93;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-2060.80;SZ=-4;TR=9;TU=AAAG;VQSLOD=7.7063;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_5768:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_5768
chr1	225391950	.	AGTT	A	875.71	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00556;AN=1798;BaseQRankSum=7.118;DP=3849;DS;FS=8.121;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.2598;InbreedingCoeff=0.0005;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.510;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.348;SB=-380.25;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.1146;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionNFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_5886_1962_KV->K:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_5886_1962_KV->K
chr1	225428339	.	C	CA	373.36	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.00323;AN=1856;BaseQRankSum=-2.254;DP=3597;DS;FS=2.020;HR=5;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=9.9874;InbreedingCoeff=0.1186;MQ=63.21;MQ0=0;MQRankSum=2.211;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.065;SB=-188.39;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=8.1509;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_6497:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_6497
chr1	225458504	.	TCAAA	T	100.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2114;DP=5255;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.7601;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=78.05;MQ0=0;SZ=-4;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.9922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_7589:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_7589
chr1	225495214	.	T	TA	49.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1878;BaseQRankSum=-1.151;DP=4335;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.3431;InbreedingCoeff=0.0639;MQ=69.12;MQ0=1;MQRankSum=-0.763;ReadPosRankSum=-0.644;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4076;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_8778:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_8778
chr1	225511937	.	TA	T,TAA	159.88	PASS	AA=0;AC=24,3;AF=0.01264,0.00158;AN=1898;BaseQRankSum=4.062;DP=4697;DS;FS=2.032;HR=8;HU=A;HaplotypeScore=13.2852;InbreedingCoeff=0.1525;MQ=66.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.145;QD=0.00;ReadPosRankSum=-1.128;SB=-155.30;SZ=-1;TR=8;TU=A;VQSLOD=6.7109;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_9230:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_9230,2:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_9230:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_9230
chr1	225533748	.	CA	C,CAA	6.33	PASS	AA=0;AC=1,7;AF=0.00051,0.00355;AN=1970;BaseQRankSum=1.704;DP=4811;DS;FS=0.000;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=15.9055;InbreedingCoeff=0.1285;MQ=62.26;MQ0=0;MQRankSum=-1.312;QD=0.00;ReadPosRankSum=0.117;SB=-34.27;SZ=-1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=5.1879;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_10484:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_10484,2:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:insertionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_10484:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_10484
chr1	225534238	.	TA	T	10.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1838;DP=4307;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=19.3911;InbreedingCoeff=0.0077;MQ=58.05;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3182;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_10899:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_10899
chr1	225564998	.	CT	C	25.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;BaseQRankSum=2.849;DP=5000;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=20.9600;InbreedingCoeff=0.0838;MQ=67.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.838;ReadPosRankSum=-3.175;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1583;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_12270:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_12270
chr1	225565012	.	AC	A	29.49	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1860;BaseQRankSum=0.706;DP=4863;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=23.3248;InbreedingCoeff=-0.0151;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;ReadPosRankSum=0.007;SZ=-1;TR=9;TU=ATG;VQSLOD=6.3695;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH14:ENSG00000185842.10:+:deletionFS:2/6:DNAH14-202:ENST00000430092.1:13548_12284:DNAH14-005:ENST00000439375.2:13548_12284
chr1	225601583	.	AG	A	11.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;DP=4325;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.3692;InbreedingCoeff=0.0929;MQ=67.40;MQ0=0;SZ=-1;TR=10;TU=CTGTG;VQSLOD=5.7975;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC092811.1:ENSG00000203691.2:+:deletionFS:1/1:AC092811.1-201:ENST00000366845.2:348_8
chr1	225707033	rs71170086	ATCCAGGCGTTCCTGCCGC	A,ACCAGGCGTTCCTGCCGC	356.37	PASS	AA=.;AC=46,2;AF=0.02421,0.00105;AN=1900;BaseQRankSum=2.005;DB;DP=3188;FS=26.417;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=41.1051;InbreedingCoeff=0.4185;MQ=63.38;MQ0=6;MQRankSum=-3.155;QD=1.62;ReadPosRankSum=0.870;SB=-2.64;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.8173;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ENAH:ENSG00000154380.10:-:deletionNFS:4/4:ENAH-002:ENST00000284563.6:2454_726_242_DRERQER->R:ENAH-001:ENST00000366843.2:1713_669_223_DRERQER->R:ENAH-006:ENST00000366844.2:1776_669_223_DRERQER->R:ENAH-201:ENST00000538194.1:1599_666_222_DRERQER->R,2:ENAH:ENSG00000154380.10:-:deletionFS:4/4:ENAH-002:ENST00000284563.6:2454_726:ENAH-001:ENST00000366843.2:1713_669:ENAH-006:ENST00000366844.2:1776_669:ENAH-201:ENST00000538194.1:1599_666
chr1	226026383	.	GC	G	31.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1742;BaseQRankSum=1.163;DP=3450;DS;HR=7;HRun=7;HU=C;HaplotypeScore=11.3194;InbreedingCoeff=0.1278;MQ=67.47;MQ0=0;MQRankSum=1.451;ReadPosRankSum=0.110;SZ=-1;TR=7;TU=C;VQSLOD=5.8071;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EPHX1:ENSG00000143819.8:+:deletionFS:2/2:EPHX1-001:ENST00000272167.5:1368_393:EPHX1-201:ENST00000366837.4:1368_393
chr1	226032261	.	TCTC	T	71.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1820;BaseQRankSum=2.460;DP=5023;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.5556;InbreedingCoeff=0.0744;MQ=65.51;MQ0=1;MQRankSum=-1.936;ReadPosRankSum=1.272;SZ=-3;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=5.9569;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPHX1:ENSG00000143819.8:+:deletionNFS:2/2:EPHX1-001:ENST00000272167.5:1368_1103_368_IS->I:EPHX1-201:ENST00000366837.4:1368_1103_368_IS->I
chr1	226034839	.	TCTG	T	107.62	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.01143;AN=1750;BaseQRankSum=2.734;DP=4329;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.3942;InbreedingCoeff=0.0784;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=-2.605;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.540;SB=-103.56;SZ=.;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=6.8071;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM63A:ENSG00000196187.7:-:deletionNFS:1/2:TMEM63A-001:ENST00000366835.3:2424_2326_776_TY->Y
chr1	226253534	.	CAG	C	19.80	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00052;AN=1934;DP=5189;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.8977;InbreedingCoeff=0.2000;MQ=58.34;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.9437;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:H3F3A:ENSG00000163041.5:+:deletionFS:1/4:H3F3A-003:ENST00000366814.3:372_306
chr1	226924875	rs11278152	ACTGCCGCTG	A	5051.56	PASS	AA=.;AC=176;AF=0.2162;AN=814;BaseQRankSum=12.117;DB;DP=1000;DS;FS=12.420;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.6567;InbreedingCoeff=0.2659;MQ=67.50;MQ0=0;MQRankSum=-2.022;QD=19.89;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-1236.42;SZ=.;TR=19;TU=CCGCTGCTG;VQSLOD=9.0973;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ITPKB:ENSG00000143772.5:-:deletionNFS:3/3:ITPKB-001:ENST00000272117.3:2841_285_95_SSVS->S:ITPKB-201:ENST00000429204.1:2841_285_95_SSVS->S:ITPKB-002:ENST00000366784.1:1935_285_95_SSVS->S
chr1	227174332	.	T	TG	73.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1778;BaseQRankSum=-1.444;DP=4068;DS;HR=6;HRun=6;HU=G;HaplotypeScore=13.2165;InbreedingCoeff=0.0373;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=0.375;ReadPosRankSum=-2.363;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=6.5743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADCK3:ENSG00000163050.9:+:insertionFS:9/9:ADCK3-002:ENST00000366776.1:1719_1613:ADCK3-001:ENST00000366777.3:1944_1838:ADCK3-004:ENST00000366779.1:1944_1838:ADCK3-201:ENST00000405743.3:1797_1691:ADCK3-013:ENST00000366778.1:1788_1682:ADCK3-003:ENST00000366775.1:1479_1373:ADCK3-203:ENST00000446154.2:945_839:ADCK3-202:ENST00000433743.2:966_860:ADCK3-204:ENST00000458507.2:1107_1001
chr1	227279626	.	TAAC	T	230.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1920;DP=4591;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.8512;InbreedingCoeff=-0.0453;MQ=61.55;MQ0=0;SB=-69.91;SZ=-3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=7.1653;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDC42BPA:ENSG00000143776.12:-:deletionNFS:8/8:CDC42BPA-201:ENST00000334218.5:5346_2316_772_LT->T:CDC42BPA-203:ENST00000366764.2:5076_2316_772_LT->T:CDC42BPA-003:ENST00000366765.3:5199_2316_772_LT->T:CDC42BPA-204:ENST00000366766.2:5265_2316_772_LT->T:CDC42BPA-002:ENST00000366767.3:4917_2073_691_LT->T:CDC42BPA-001:ENST00000366769.3:5160_2316_772_LT->T:CDC42BPA-205:ENST00000535525.1:5100_2316_772_LT->T:CDC42BPA-202:ENST00000366762.2:2454_108_36_LT->T
chr1	228033699	.	G	GTCCAA	381.38	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00167;AN=1794;DP=3980;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.6693;InbreedingCoeff=0.0291;MQ=57.43;MQ0=0;SZ=5;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6598;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS38:ENSG00000185888.5:+:insertionFS:1/1:PRSS38-001:ENST00000366757.3:981_771
chr1	228033700	.	T	TCCAA	313.57	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00166;AN=1802;DP=3962;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.6929;InbreedingCoeff=0.0158;MQ=57.44;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7767;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS38:ENSG00000185888.5:+:insertionFS:1/1:PRSS38-001:ENST00000366757.3:981_772
chr1	228033701	.	T	TC	25.28	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00167;AN=1800;BaseQRankSum=3.824;DP=3961;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.0309;InbreedingCoeff=0.0031;MQ=57.44;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS38:ENSG00000185888.5:+:insertionFS:1/1:PRSS38-001:ENST00000366757.3:981_773
chr1	228263458	.	GCC	G	56.32	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1858;BaseQRankSum=2.083;DP=4830;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.4672;InbreedingCoeff=-0.0152;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=2.261;ReadPosRankSum=1.650;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.4420;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL136379.1:ENSG00000256855.1:-:deletionFS:1/1:AL136379.1-201:ENST00000539628.1:624_598
chr1	228263582	.	TC	T	4.40	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=2.596;DP=5187;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.8441;InbreedingCoeff=0.1057;MQ=68.35;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-31.69;SZ=.;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.8196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL136379.1:ENSG00000256855.1:-:deletionFS:1/1:AL136379.1-201:ENST00000539628.1:624_474
chr1	228333333	.	CAGG	C	36.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1748;BaseQRankSum=1.619;DP=4224;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2602;InbreedingCoeff=0.0651;MQ=64.67;MQ0=0;MQRankSum=-2.172;ReadPosRankSum=1.596;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GUK1:ENSG00000143774.9:+:deletionNFS:1/12:GUK1-030:ENST00000366721.1:600_120_40_SR->S,1:GUK1:ENSG00000143774.9:+:spliceOverlap:1/12:GUK1-202:ENST00000420445.2:516
chr1	228345912	.	CGAG	C	110.33	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0199;AN=654;BaseQRankSum=1.708;DP=885;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.3297;InbreedingCoeff=0.1889;MQ=55.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.626;QD=3.15;ReadPosRankSum=0.862;SB=-56.21;SZ=-3;TR=21;TU=AGG;VQSLOD=5.7688;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GJC2:ENSG00000198835.3:+:deletionNFS:1/1:GJC2-001:ENST00000366714.2:1320_453_151_GE->G
chr1	228351852	.	T	TAC	1424.83	PASS	AA=1;AC=20;AF=0.01068;AN=1872;BaseQRankSum=-1.116;DP=5642;DS;FS=0.771;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.1661;InbreedingCoeff=0.0414;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=2.173;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.437;SB=-492.12;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.8182;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf148:ENSG00000203684.5:-:insertionFS:1/1:C1orf148-001:ENST00000366713.1:333_299
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chr1	228464958	.	G	GA	19.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1774;DP=4600;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.9853;InbreedingCoeff=-0.0380;MQ=56.23;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6607;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:insertionFS:3/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_6698:OBSCN-001:ENST00000284548.11:19863_6698:OBSCN-201:ENST00000359599.6:8274_3239
chr1	228482630	.	AG	A	287.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2028;DP=5062;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.8541;InbreedingCoeff=-0.0023;MQ=55.08;MQ0=25;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9519;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:deletionFS:5/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_11545:OBSCN-001:ENST00000284548.11:19863_11545:OBSCN-201:ENST00000359599.6:8274_8086:OBSCN-202:ENST00000366707.4:16809_2902:OBSCN-203:ENST00000366709.4:11220_2902
chr1	228509585	.	C	CA	7.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00060;AN=1666;BaseQRankSum=-1.516;DP=3420;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.6130;InbreedingCoeff=0.0627;MQ=63.19;MQ0=0;MQRankSum=1.316;ReadPosRankSum=-0.492;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4154;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:insertionFS:4/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_15043:OBSCN-001:ENST00000284548.11:19863_15043:OBSCN-202:ENST00000366707.4:16809_7945:OBSCN-203:ENST00000366709.4:11220_6400
chr1	228543873	.	TC	T	191.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1922;BaseQRankSum=3.143;DP=5848;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.7279;InbreedingCoeff=-0.0141;MQ=59.90;MQ0=0;MQRankSum=1.656;ReadPosRankSum=-1.030;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.7529;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:deletionFS:2/7:OBSCN-001:ENST00000284548.11:19863_18683:OBSCN-203:ENST00000366709.4:11220_10040
chr1	228552765	.	AC	A	43.12	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00115;AN=1732;BaseQRankSum=3.028;DP=3959;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.1800;InbreedingCoeff=0.0186;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=0.949;ReadPosRankSum=-1.428;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8608;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:deletionFS:2/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_18925:OBSCN-202:ENST00000366707.4:16809_11827
chr1	228558992	.	CCA	C	175.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00076;AN=1310;BaseQRankSum=1.776;DP=1838;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.5965;InbreedingCoeff=0.0428;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=1.503;ReadPosRankSum=0.433;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.4108;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:deletionFS:2/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_20513:OBSCN-202:ENST00000366707.4:16809_13415
chr1	228559983	.	TCA	T	15.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00058;AN=1724;DP=3928;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.9390;InbreedingCoeff=-0.0166;MQ=56.22;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9767;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSCN:ENSG00000154358.13:+:deletionFS:2/7:OBSCN-204:ENST00000422127.1:23907_21504:OBSCN-202:ENST00000366707.4:16809_14406
chr1	228596041	.	TAGA	T	65.65	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00166;AN=1802;BaseQRankSum=2.963;DP=4479;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.1901;InbreedingCoeff=0.0591;MQ=56.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.144;ReadPosRankSum=0.789;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.5100;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TRIM17:ENSG00000162931.7:-:deletionNFS:3/4:TRIM17-002:ENST00000295033.3:1434_1295_432_YS->S:TRIM17-003:ENST00000366697.2:1434_1295_432_YS->S:TRIM17-001:ENST00000366698.2:1434_1295_432_YS->S
chr1	228596778	.	A	AC	263.78	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.00600;AN=1668;BaseQRankSum=-2.346;DP=3453;DS;HR=8;HRun=8;HU=C;HaplotypeScore=12.8991;InbreedingCoeff=0.1393;MQ=57.04;MQ0=0;MQRankSum=0.953;ReadPosRankSum=-2.064;SZ=.;TR=8;TU=C;VQSLOD=7.1937;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TRIM17:ENSG00000162931.7:-:insertionFS:1/4:TRIM17-006:ENST00000456946.2:1032_978
chr1	229385594	.	TCCTG	T	140.99	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00195;AN=2050;BaseQRankSum=2.480;DP=5726;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.8047;InbreedingCoeff=0.1010;MQ=62.18;MQ0=6;MQRankSum=-1.076;ReadPosRankSum=-2.786;SZ=.;TR=19;TU=CCTG;VQSLOD=5.2376;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM78:ENSG00000177800.2:+:deletionFS:1/1:TMEM78-001:ENST00000323223.2:411_153
chr1	229385667	rs34550518	CTT	C	2000.51	PASS	AA=.;AC=190;AF=0.09179;AN=2070;BaseQRankSum=28.163;DB;DP=5264;DS;FS=10.369;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=23.0904;InbreedingCoeff=0.0622;MQ=56.21;MQ0=10;MQRankSum=1.618;QD=2.87;ReadPosRankSum=4.790;SB=-1017.50;SZ=.;TR=19;TU=CTCTCTTT;VQSLOD=4.8829;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM78:ENSG00000177800.2:+:deletionFS:1/1:TMEM78-001:ENST00000323223.2:411_226
chr1	229385669	rs71561726	TTC	T	15230.51	PASS	AA=.;AC=311;AF=0.15126;AN=2056;BaseQRankSum=22.872;DB;DP=5232;DS;FS=1.275;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0504;InbreedingCoeff=0.0388;MQ=58.90;MQ0=18;MQRankSum=1.234;QD=16.39;ReadPosRankSum=0.569;SB=-6575.23;SZ=.;TR=19;TU=CTCTCTTT;VQSLOD=7.6018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM78:ENSG00000177800.2:+:deletionFS:1/1:TMEM78-001:ENST00000323223.2:411_228
chr1	229385705	.	TTC	T	140.95	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.01734;AN=2018;BaseQRankSum=6.380;DP=4934;DS;FS=1.409;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.5832;InbreedingCoeff=0.0442;MQ=58.42;MQ0=34;MQRankSum=1.193;QD=0.76;ReadPosRankSum=0.767;SB=-169.54;SZ=.;TR=16;TU=CTTT;VQSLOD=6.2745;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM78:ENSG00000177800.2:+:deletionFS:1/1:TMEM78-001:ENST00000323223.2:411_264
chr1	229385720	.	C	CCCTT	331.96	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00104;AN=1916;BaseQRankSum=1.743;DP=4970;DS;FS=10.279;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=27.3504;InbreedingCoeff=0.1838;MQ=55.87;MQ0=30;MQRankSum=-1.295;QD=36.69;ReadPosRankSum=-0.568;SB=-71.38;SZ=.;TR=23;TU=CCTT;VQSLOD=5.5646;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TMEM78:ENSG00000177800.2:+:insertionFS:1/1:TMEM78-001:ENST00000323223.2:411_279
chr1	229440954	.	A	AT	9.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2024;BaseQRankSum=-1.001;DP=4888;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=12.4431;InbreedingCoeff=0.0144;MQ=59.51;MQ0=41;MQRankSum=-0.353;ReadPosRankSum=1.012;SZ=1;TR=10;TU=ATTTT;VQSLOD=5.0173;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPHAR:ENSG00000213029.2:+:insertionFS:1/1:SPHAR-001:ENST00000366688.3:192_73
chr1	229602502	.	A	AC	18.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=0.650;DP=4719;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.8585;InbreedingCoeff=0.0482;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=1.873;ReadPosRankSum=1.872;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.3886;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUP133:ENSG00000069248.7:-:insertionFS:4/5:NUP133-002:ENST00000366679.1:3207_2078:NUP133-001:ENST00000261396.3:3471_2078:NUP133-201:ENST00000366681.2:3258_2078:NUP133-202:ENST00000537506.1:3423_2030
chr1	229768085	.	ATTG	A	272.54	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1868;DP=4453;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.8975;InbreedingCoeff=0.0344;MQ=59.25;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=8.0325;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:URB2:ENSG00000135763.5:+:deletionNFS:1/1:URB2-001:ENST00000258243.2:4575_196_66_IV->I
chr1	229773019	.	GA	G	7.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1900;BaseQRankSum=1.990;DP=5484;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=16.3555;InbreedingCoeff=-0.0410;MQ=57.76;MQ0=0;MQRankSum=-1.127;ReadPosRankSum=0.398;SZ=-1;TR=8;TU=AGGG;VQSLOD=5.5843;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:URB2:ENSG00000135763.5:+:deletionFS:1/1:URB2-001:ENST00000258243.2:4575_2659
chr1	230839998	.	T	TGGC	113.49	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00112;AN=1784;BaseQRankSum=-0.294;DP=5095;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=23.4756;InbreedingCoeff=0.1438;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=0.258;ReadPosRankSum=0.182;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.5665;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AGT:ENSG00000135744.6:-:insertionNFS:2/2:AGT-001:ENST00000366667.4:1458_1210_404_I->AI:AGT-201:ENST00000430091.2:1212_964_322_I->AI
chr1	231114480	.	C	CCAG	154.89	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0037;AN=802;DP=1087;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.5663;InbreedingCoeff=0.2337;MQ=54.91;MQ0=0;SZ=3;TR=18;TU=AGC;VQSLOD=6.2612;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTC13:ENSG00000143643.8:-:insertionNFS:3/3:TTC13-001:ENST00000366661.4:2583_97_33_G->LG:TTC13-002:ENST00000366662.4:2421_97_33_G->LG:TTC13-201:ENST00000414259.1:2424_97_33_G->LG
chr1	231114542	.	A	AAGC	233.64	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0062;AN=812;BaseQRankSum=-1.603;DP=1004;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=10.7825;InbreedingCoeff=0.2561;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;ReadPosRankSum=1.374;SZ=3;TR=21;TU=AGC;VQSLOD=7.1468;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC13:ENSG00000143643.8:-:insertionNFS:3/3:TTC13-001:ENST00000366661.4:2583_35_12_F->CF:TTC13-002:ENST00000366662.4:2421_35_12_F->CF:TTC13-201:ENST00000414259.1:2424_35_12_F->CF
chr1	231473476	.	A	ACATCGC	266.13	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00469;AN=1494;BaseQRankSum=-2.214;DP=2892;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=25.3674;InbreedingCoeff=0.0789;MQ=55.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.528;QD=11.57;ReadPosRankSum=-2.640;SB=-100.07;SZ=.;TR=15;TU=ATCGCC;VQSLOD=4.8185;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EXOC8:ENSG00000116903.6:-:endOverlap:1/2:EXOC8-001:ENST00000366645.1:2166,1:EXOC8:ENSG00000116903.6:-:insertionNFS:1/2:EXOC8-201:ENST00000360394.2:2178_16_6_S->AMS
chr1	231910440	.	AT	A	5.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;DP=5644;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.8510;InbreedingCoeff=0.0802;MQ=66.01;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=5.5971;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DISC1:ENSG00000162946.14:+:deletionFS:1/12:DISC1-205:ENST00000535944.1:1830_1690
chr1	232162292	.	CTCAT	C	30.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2054;DP=5374;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5696;InbreedingCoeff=0.1056;MQ=71.05;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=ATTC;VQSLOD=6.1802;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DISC1:ENSG00000162946.14:+:deletionFS:3/12:DISC1-002:ENST00000366637.3:2499_2353:DISC1-203:ENST00000366638.5:2661_2515:DISC1-204:ENST00000532576.2:2199_2053
chr1	232534965	.	TG	T	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1914;BaseQRankSum=1.439;DP=5050;DS;FS=2.089;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.3781;InbreedingCoeff=0.1014;MQ=70.39;MQ0=1;MQRankSum=0.982;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-31.75;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.0030;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIPA1L2:ENSG00000116991.6:-:deletionFS:3/3:SIPA1L2-201:ENST00000262861.4:5169_5077:SIPA1L2-001:ENST00000366630.1:5169_5077:SIPA1L2-002:ENST00000308942.4:2337_2245
chr1	232596890	.	GC	G	7.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1944;DP=4936;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.3864;InbreedingCoeff=0.0589;MQ=61.50;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9273;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIPA1L2:ENSG00000116991.6:-:deletionFS:3/3:SIPA1L2-201:ENST00000262861.4:5169_2838:SIPA1L2-001:ENST00000366630.1:5169_2838:SIPA1L2-002:ENST00000308942.4:2337_60
chr1	232619552	.	TG	T	13.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;BaseQRankSum=2.121;DP=1521;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.0809;InbreedingCoeff=0.0883;MQ=73.90;MQ0=1;MQRankSum=-0.030;QD=4.48;ReadPosRankSum=-1.899;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.3252;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIPA1L2:ENSG00000116991.6:-:deletionFS:2/3:SIPA1L2-201:ENST00000262861.4:5169_1967:SIPA1L2-001:ENST00000366630.1:5169_1967
chr1	232941008	.	AC	A	5.54	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00053;AN=1888;BaseQRankSum=1.779;DP=4682;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.5900;InbreedingCoeff=0.0242;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.662;ReadPosRankSum=-0.174;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2999;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1383:ENSG00000212916.3:+:deletionFS:1/1:KIAA1383-001:ENST00000418460.1:3144_239
chr1	233112197	.	C	CA	482.83	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00359;AN=1950;BaseQRankSum=-4.906;DP=4010;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.9093;InbreedingCoeff=0.0659;MQ=61.27;MQ0=0;MQRankSum=0.919;ReadPosRankSum=-2.462;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.6749;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NTPCR:ENSG00000135778.6:+:insertionFS:1/2:NTPCR-002:ENST00000366627.4:687_614
chr1	233161115	.	GC	G	89.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;BaseQRankSum=1.912;DP=4754;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.6153;InbreedingCoeff=0.0659;MQ=66.84;MQ0=0;MQRankSum=0.678;ReadPosRankSum=-0.373;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9104;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCNXL2:ENSG00000135749.13:-:deletionFS:2/4:PCNXL2-002:ENST00000258229.8:6414_4382:PCNXL2-001:ENST00000344698.2:2334_338
chr1	233337947	.	CT	C,CTT	198.42	PASS	AA=.;AC=79,82;AF=0.04089,0.04244;AN=1932;BaseQRankSum=3.070;DP=4869;DS;FS=0.809;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=12.3815;InbreedingCoeff=0.2104;MQ=67.07;MQ0=2;MQRankSum=1.787;QD=0.05;ReadPosRankSum=-1.395;SB=-486.25;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.8559;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PCNXL2:ENSG00000135749.13:-:deletionFS:1/4:PCNXL2-201:ENST00000430153.1:861_810,2:PCNXL2:ENSG00000135749.13:-:insertionFS:1/4:PCNXL2-201:ENST00000430153.1:861_810
chr1	233388207	.	A	AC	10.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1904;BaseQRankSum=-0.221;DP=5437;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=17.1550;InbreedingCoeff=-0.0363;MQ=58.19;MQ0=0;MQRankSum=1.158;ReadPosRankSum=1.571;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8668;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCNXL2:ENSG00000135749.13:-:insertionFS:1/4:PCNXL2-002:ENST00000258229.8:6414_2021
chr1	234563095	.	TC	T	5.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;BaseQRankSum=1.563;DP=4450;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.8127;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=61.43;MQ0=0;MQRankSum=1.664;ReadPosRankSum=-0.730;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7972;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TARBP1:ENSG00000059588.5:-:deletionFS:1/1:TARBP1-001:ENST00000040877.1:4866_3291
chr1	234563334	.	C	CTAAA	165.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2062;DP=4771;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.2009;InbreedingCoeff=0.0060;MQ=68.00;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9508;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TARBP1:ENSG00000059588.5:-:insertionFS:1/1:TARBP1-001:ENST00000040877.1:4866_3239
chr1	234744945	.	A	AGCT	409.98	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0367;AN=518;BaseQRankSum=-4.941;DP=611;FS=9.112;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=10.9887;InbreedingCoeff=0.1997;MQ=56.74;MQ0=0;MQRankSum=0.214;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.564;SB=-77.23;SZ=3;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=7.1046;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IRF2BP2:ENSG00000168264.6:-:insertionNFS:2/2:IRF2BP2-002:ENST00000366609.3:1764_296_99_L->QL:IRF2BP2-001:ENST00000366610.3:1716_296_99_L->QL
chr1	234895537	.	CT	C	127.29	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1908;DP=4756;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.0072;InbreedingCoeff=0.1518;MQ=65.51;MQ0=0;SZ=-1;TR=13;TU=CCCTG;VQSLOD=8.6378;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL360294.1:ENSG00000255646.1:-:deletionFS:1/1:AL360294.1-201:ENST00000539931.1:549_63
chr1	235324506	.	CT	C	26.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1926;BaseQRankSum=1.571;DP=4200;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=13.3747;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=62.52;MQ0=0;MQRankSum=1.096;ReadPosRankSum=-2.529;SZ=-1;TR=13;TU=CTCTTT;VQSLOD=6.0325;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM34:ENSG00000188739.9:-:deletionFS:3/3:RBM34-001:ENST00000408888.3:1293_36:RBM34-201:ENST00000366606.3:1278_21:RBM34-202:ENST00000400947.4:633_36
chr1	235350392	rs11335836	CTT	C,CT,CTTT,CTTTT	1524.78	PASS	AA=0;AC=143,268,156,459;AF=0.09286,0.17403,0.10130,0.29805;AN=1540;BaseQRankSum=-3.557;DB;DP=3821;DS;FS=6.154;HR=20;HU=T;HaplotypeScore=16.7229;InbreedingCoeff=0.8159;MQ=57.71;MQ0=22;MQRankSum=2.345;QD=0.72;ReadPosRankSum=-2.190;SB=-1173.15;SZ=-2;TR=20;TU=T;VQSLOD=10.7170;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:deletionFS:1/5:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1959,2:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:deletionFS:1/5:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1959,3:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:insertionFS:1/5:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1959,4:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:insertionFS:1/5:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1959
chr1	235357390	.	T	TG	14.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=1.141;DP=4795;HR=5;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.3965;InbreedingCoeff=-0.0317;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=2.478;ReadPosRankSum=-0.594;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.0903;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:insertionFS:4/5:ARID4B-202:ENST00000391856.3:3459_2063:ARID4B-004:ENST00000264183.3:3939_2063:ARID4B-001:ENST00000349213.3:3681_1805:ARID4B-201:ENST00000366603.2:3939_2063
chr1	235377266	.	CTCT	C	190.15	PASS	AA=.;AC=18;AF=0.00870;AN=2070;BaseQRankSum=13.250;DP=5683;DS;FS=9.916;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.8172;InbreedingCoeff=0.0728;MQ=65.71;MQ0=2;MQRankSum=0.871;QD=1.36;ReadPosRankSum=3.033;SB=-179.11;SZ=.;TR=14;TU=CTT;VQSLOD=5.3969;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:deletionNFS:4/5:ARID4B-202:ENST00000391856.3:3459_1659_553_ED->D:ARID4B-004:ENST00000264183.3:3939_1659_553_ED->D:ARID4B-201:ENST00000366603.2:3939_1659_553_ED->D:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1659_553_ED->D
chr1	235377278	rs113458177	TTCC	T	2640.40	PASS	AA=.;AC=65;AF=0.03231;AN=2012;BaseQRankSum=13.937;DB;DP=5463;DS;FS=1.205;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5305;InbreedingCoeff=0.1274;MQ=61.24;MQ0=4;MQRankSum=3.261;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.033;SB=-1149.86;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=9.1757;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:deletionNFS:4/5:ARID4B-202:ENST00000391856.3:3459_1647_549_EE->E:ARID4B-004:ENST00000264183.3:3939_1647_549_EE->E:ARID4B-201:ENST00000366603.2:3939_1647_549_EE->E:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1647_549_EE->E
chr1	235384966	.	TC	T	10.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1810;DP=3848;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.7134;InbreedingCoeff=0.0186;MQ=57.36;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8254;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID4B:ENSG00000054267.15:-:deletionFS:5/5:ARID4B-202:ENST00000391856.3:3459_1077:ARID4B-004:ENST00000264183.3:3939_1077:ARID4B-001:ENST00000349213.3:3681_1077:ARID4B-201:ENST00000366603.2:3939_1077:ARID4B-203:ENST00000439834.2:1965_1077
chr1	235875381	.	G	GA	13.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1776;BaseQRankSum=-0.239;DP=3407;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=9.7602;InbreedingCoeff=0.0298;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.564;ReadPosRankSum=1.209;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LYST:ENSG00000143669.8:-:insertionFS:2/3:LYST-001:ENST00000389793.2:11406_9901:LYST-201:ENST00000389794.3:11406_9901
chr1	236711373	.	AG	A	771.78	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00425;AN=1882;BaseQRankSum=2.714;DP=5767;DS;FS=7.604;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.3961;InbreedingCoeff=0.1512;MQ=64.61;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.612;SB=-117.02;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.1537;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:LGALS8:ENSG00000116977.12:+:deletionFS:12/12:LGALS8-024:ENST00000323938.6:873_785:LGALS8-003:ENST00000341872.6:954_866:LGALS8-201:ENST00000352231.2:1080_992:LGALS8-202:ENST00000356238.4:1077_989:LGALS8-002:ENST00000366584.4:954_866:LGALS8-203:ENST00000416919.2:903_815:LGALS8-014:ENST00000450372.2:1080_992:LGALS8-026:ENST00000525042.1:903_815:LGALS8-001:ENST00000526589.1:1080_992:LGALS8-007:ENST00000526634.1:954_866:LGALS8-008:ENST00000527974.1:1080_992:LGALS8-204:ENST00000432200.2:489_401
chr1	236749593	.	TA	T	4.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=0.786;DP=4446;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=14.5646;InbreedingCoeff=-0.0285;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=-2.336;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-32.13;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.8025;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR1:ENSG00000119285.6:-:deletionFS:2/3:HEATR1-002:ENST00000366581.2:6192_1875:HEATR1-001:ENST00000366582.3:6435_1875
chr1	236894562	.	C	CA	17.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=2.747;DP=4738;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.3476;InbreedingCoeff=-0.0394;MQ=57.59;MQ0=0;MQRankSum=0.665;ReadPosRankSum=-0.308;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5239;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACTN2:ENSG00000077522.6:+:insertionFS:3/5:ACTN2-001:ENST00000366578.4:2685_645:ACTN2-201:ENST00000542672.1:2685_645:ACTN2-202:ENST00000543526.1:855_645
chr1	236899904	.	CT	C	2184.91	PASS	AA=1;AC=596;AF=0.29159;AN=2044;BaseQRankSum=35.262;DP=5634;DS;FS=6.287;HR=5;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=21.6812;InbreedingCoeff=0.3545;MQ=74.16;MQ0=1;MQRankSum=1.419;QD=1.53;ReadPosRankSum=5.403;SB=-1736.47;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.1529;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ACTN2:ENSG00000077522.6:+:deletionFS:1/5:ACTN2-203:ENST00000545611.1:1992_26
chr1	237058673	.	C	CT	12.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2014;DP=4774;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.5169;InbreedingCoeff=-0.0199;MQ=65.61;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTR:ENSG00000116984.7:+:insertionFS:3/4:MTR-201:ENST00000417743.1:3357_2983:MTR-001:ENST00000366577.5:3798_3421:MTR-203:ENST00000535889.1:3645_3268
chr1	237872360	.	C	CT	9.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2092;DP=5113;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.0942;InbreedingCoeff=0.0495;MQ=70.41;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3872;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RYR2:ENSG00000198626.8:+:insertionFS:4/6:RYR2-001:ENST00000366574.1:14898_10098:RYR2-201:ENST00000360064.6:14922_10098:RYR2-205:ENST00000542537.1:14856_10056:RYR2-204:ENST00000542288.1:4263_969
chr1	237969493	.	C	CT	11.30	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00431;AN=1854;BaseQRankSum=-4.246;DP=4488;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=12.8170;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=2.286;ReadPosRankSum=-0.516;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.4342;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RYR2:ENSG00000198626.8:+:insertionFS:4/6:RYR2-001:ENST00000366574.1:14898_14202:RYR2-201:ENST00000360064.6:14922_14226:RYR2-205:ENST00000542537.1:14856_14160:RYR2-202:ENST00000536033.1:987_507
chr1	238053825	.	C	CCT	39.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1870;BaseQRankSum=-2.448;DP=4826;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2175;InbreedingCoeff=0.0395;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=0.939;ReadPosRankSum=0.591;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZP4:ENSG00000116996.5:-:insertionFS:1/1:ZP4-001:ENST00000366570.4:1623_111
chr1	240255568	rs35817759	GGGC	G	9079.68	PASS	AA=.;AC=501;AF=0.6342;AN=790;BaseQRankSum=7.452;DB;DP=880;FS=6.293;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=9.1774;InbreedingCoeff=0.2824;MQ=66.11;MQ0=0;MQRankSum=2.361;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.145;SB=-3998.83;SZ=.;TR=17;TU=CGG;VQSLOD=7.9742;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FMN2:ENSG00000155816.13:+:deletionNFS:1/6:FMN2-001:ENST00000319653.9:5169_159_53_GG->G
chr1	240256066	.	A	ACAG	130.84	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.00882;AN=1020;BaseQRankSum=1.986;DP=1588;FS=7.731;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.1933;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=0.779;ReadPosRankSum=-2.416;SZ=.;TR=19;TU=AGC;VQSLOD=7.3392;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FMN2:ENSG00000155816.13:+:insertionNFS:1/6:FMN2-001:ENST00000319653.9:5169_657_219_Q->QQ
chr1	240370839	.	A	ACCCCCT	876.74	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01254;AN=1356;BaseQRankSum=0.436;DP=2317;DS;FS=3.897;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.8463;InbreedingCoeff=0.1990;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.143;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-156.15;SZ=6;TR=14;TU=CCCCCT;VQSLOD=7.6268;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FMN2:ENSG00000155816.13:+:insertionNFS:1/6:FMN2-001:ENST00000319653.9:5169_2727_909_P->PPP
chr1	241680575	.	A	AC	49.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1918;DP=4372;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.8980;InbreedingCoeff=-0.0113;MQ=59.28;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2383;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FH:ENSG00000091483.6:-:insertionFS:1/1:FH-001:ENST00000366560.3:1533_174
chr1	241797426	.	A	AT	20.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2010;BaseQRankSum=0.755;DP=5320;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.3233;InbreedingCoeff=0.0738;MQ=63.12;MQ0=0;MQRankSum=0.588;ReadPosRankSum=-0.800;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.8295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHML:ENSG00000203668.1:-:insertionFS:1/1:CHML-001:ENST00000366553.1:1971_1643
chr1	241846828	.	CTG	C	355.73	PASS	AA=0;AC=60;AF=0.03000;AN=2000;BaseQRankSum=7.851;DP=4343;DS;FS=0.600;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.9570;InbreedingCoeff=0.0011;MQ=70.53;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=1.91;ReadPosRankSum=-1.553;SB=-328.62;SZ=-2;TR=14;TU=GT;VQSLOD=6.5304;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR64:ENSG00000162843.11:+:deletionFS:2/2:WDR64-201:ENST00000366552.2:3246_634:WDR64-202:ENST00000437684.2:2745_634
chr1	241850854	.	CATTCAT	C	122.05	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00108;AN=1858;DP=4276;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.8818;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=68.41;MQ0=0;SZ=-6;TR=9;TU=ATTC;VQSLOD=6.3172;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR64:ENSG00000162843.11:+:deletionNFS:2/2:WDR64-201:ENST00000366552.2:3246_901_301_HSL->L:WDR64-202:ENST00000437684.2:2745_901_301_HSL->L
chr1	243468071	.	GT	G	5.88	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1904;DP=3808;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=11.5907;InbreedingCoeff=0.0634;MQ=65.34;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.1306;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SDCCAG8:ENSG00000054282.10:+:deletionFS:4/4:SDCCAG8-202:ENST00000355875.4:2013_603:SDCCAG8-001:ENST00000366541.3:2142_732:SDCCAG8-203:ENST00000391846.1:1083_732:SDCCAG8-201:ENST00000343783.6:1707_297
chr1	244653772	.	AG	A	124.04	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00206;AN=1940;BaseQRankSum=4.795;DP=4456;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.9210;InbreedingCoeff=0.0818;MQ=71.13;MQ0=2;MQRankSum=0.217;ReadPosRankSum=0.891;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.0380;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf101:ENSG00000179397.12:+:deletionFS:3/4:C1orf101-001:ENST00000366534.4:2856_350:C1orf101-002:ENST00000366533.4:2499_350:C1orf101-202:ENST00000391841.2:2496_350
chr1	244855281	.	A	AT	5.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2022;BaseQRankSum=-0.406;DP=4713;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.1148;InbreedingCoeff=0.0095;MQ=56.05;MQ0=15;MQRankSum=1.199;ReadPosRankSum=1.703;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.8624;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPPDE1:ENSG00000121644.14:+:insertionFS:2/2:PPPDE1-002:ENST00000263831.7:486_211:PPPDE1-001:ENST00000302550.11:585_310
chr1	245006352	.	TA	T	82.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2052;DP=4741;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.6301;InbreedingCoeff=-0.0313;MQ=65.88;MQ0=4;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.0915;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM36A:ENSG00000203667.5:+:deletionFS:2/2:FAM36A-005:ENST00000366528.3:393_267:FAM36A-001:ENST00000411948.2:357_231
chr1	245019204	.	GCCT	G	25.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1910;DP=4752;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.9272;InbreedingCoeff=0.0565;MQ=58.53;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CCT;VQSLOD=6.2365;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPU:ENSG00000153187.11:-:spliceOverlap:3/3:HNRNPU-002:ENST00000283179.9:2478:HNRNPU-201:ENST00000427948.2:2253:HNRNPU-001:ENST00000444376.2:2421
chr1	245133549	rs10536649	GGC	G	6790.78	PASS	AA=0;AC=352;AF=0.4490;AN=784;BaseQRankSum=5.219;DB;DP=844;FS=5.145;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=12.5170;InbreedingCoeff=0.2728;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-3.098;QD=20.58;ReadPosRankSum=1.232;SB=-2041.78;SZ=-2;TR=8;TU=CG;VQSLOD=8.2514;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:deletionFS:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549_288,1:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:deletionFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_125
chr1	245133556	.	GCT	G	1141.38	PASS	AA=0;AC=289;AF=0.3595;AN=804;BaseQRankSum=12.003;DP=771;FS=4.612;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.4406;InbreedingCoeff=0.2453;MQ=60.98;MQ0=0;MQRankSum=-3.787;QD=6.04;ReadPosRankSum=3.830;SZ=-2;TR=8;TU=CG;VQSLOD=6.1311;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:spliceOverlap:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549,1:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:deletionFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_132
chr1	245133620	.	C	CCCT,CT	3040.74	PASS	AA=0;AC=343,2;AF=0.3907,0.0023;AN=878;BaseQRankSum=14.297;DP=893;FS=0.409;HR=4;HU=C;HaplotypeScore=11.1118;InbreedingCoeff=0.4702;MQ=56.24;MQ0=0;MQRankSum=-8.906;QD=12.41;ReadPosRankSum=2.559;SB=-1560.27;SZ=3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.4777;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:insertionNFS:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549_220_74_G->RG,1:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:insertionNFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_196_66_P->PS,2:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:insertionFS:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549_220,2:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:insertionFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_196
chr1	245133623	rs78699431	T	TCC,TCCTCC	12551.92	PASS	AA=0;AC=2,360;AF=0.0024,0.4348;AN=828;BaseQRankSum=-3.379;DB;DP=847;FS=3.379;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=10.6251;InbreedingCoeff=0.4134;MQ=49.03;MQ0=0;MQRankSum=-7.804;QD=56.26;ReadPosRankSum=1.415;SB=-4552.53;SZ=2;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.6781;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:insertionFS:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549_217,1:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:insertionFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_199,2:AL356512.1:ENSG00000179576.3:-:insertionFS:1/1:AL356512.1-201:ENST00000323801.3:549_217,2:EFCAB2:ENSG00000203666.7:+:insertionFS:1/3:EFCAB2-001:ENST00000366522.1:810_199
chr1	245848846	.	ACTC	A,ACTCCTC	494.55	PASS	AA=0;AC=2,18;AF=0.00108,0.00973;AN=1850;BaseQRankSum=1.539;DP=4036;DS;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=16.2191;InbreedingCoeff=0.1064;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.955;QD=7.63;ReadPosRankSum=-2.467;SZ=-3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=6.7800;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF26B:ENSG00000162849.9:+:deletionNFS:3/3:KIF26B-005:ENST00000407071.2:6327_2561_854_YS->Y:KIF26B-001:ENST00000366518.3:5184_1418_473_YS->Y:KIF26B-201:ENST00000413001.1:5175_1409_470_YS->Y,2:KIF26B:ENSG00000162849.9:+:insertionNFS:3/3:KIF26B-005:ENST00000407071.2:6327_2561_854_Y->YSS:KIF26B-001:ENST00000366518.3:5184_1418_473_Y->YSS:KIF26B-201:ENST00000413001.1:5175_1409_470_Y->YSS
chr1	245849310	.	C	CCCG	183.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00068;AN=1478;BaseQRankSum=-2.426;DP=2720;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.3581;InbreedingCoeff=0.1356;MQ=56.41;MQ0=0;MQRankSum=-0.417;ReadPosRankSum=1.070;SZ=3;TR=7;TU=CCG;VQSLOD=6.8315;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIF26B:ENSG00000162849.9:+:insertionNFS:3/3:KIF26B-005:ENST00000407071.2:6327_3025_1009_P->PA:KIF26B-001:ENST00000366518.3:5184_1882_628_P->PA:KIF26B-201:ENST00000413001.1:5175_1873_625_P->PA
chr1	245851228	.	CCAG	C	7.78	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00288;AN=1388;BaseQRankSum=1.594;DP=2363;FS=2.048;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.8969;InbreedingCoeff=0.1343;MQ=69.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.711;QD=0.39;ReadPosRankSum=0.488;SB=-22.72;SZ=.;TR=14;TU=AGC;VQSLOD=6.2718;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF26B:ENSG00000162849.9:+:deletionNFS:3/3:KIF26B-005:ENST00000407071.2:6327_4943_1648_AS->A:KIF26B-001:ENST00000366518.3:5184_3800_1267_AS->A:KIF26B-201:ENST00000413001.1:5175_3791_1264_AS->A
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chr1	247040467	.	GTGT	G	197.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2130;DP=5559;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.6500;InbreedingCoeff=-0.0313;MQ=61.97;MQ0=17;SZ=-3;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.7237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHCTF1:ENSG00000153207.10:-:deletionNFS:3/3:AHCTF1-002:ENST00000326225.3:6828_2825_942_TE->E:AHCTF1-001:ENST00000366508.1:6906_2903_968_TE->E:AHCTF1-201:ENST00000391829.2:6801_2798_933_TE->E
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chr1	247615260	.	AG	A	7034.02	PASS	AA=.;AC=689;AF=0.35010;AN=1968;BaseQRankSum=42.762;DP=5429;DS;FS=1.207;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=21.8836;InbreedingCoeff=0.1555;MQ=70.05;MQ0=0;MQRankSum=4.534;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.787;SB=-2679.92;SZ=.;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.4355;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2B11:ENSG00000177535.6:-:deletionFS:1/1:OR2B11-001:ENST00000318749.6:954_25
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chr1	247695116	.	TCTG	T	127.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1866;BaseQRankSum=2.634;DP=5485;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.3078;InbreedingCoeff=0.0913;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=-0.147;ReadPosRankSum=1.190;SZ=-3;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=6.7276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2C3:ENSG00000196242.6:-:deletionNFS:1/1:OR2C3-001:ENST00000366487.3:963_698_233_EG->G
chr1	247719752	.	G	GA	14.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1992;BaseQRankSum=0.739;DP=4876;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.8266;InbreedingCoeff=0.1042;MQ=61.33;MQ0=0;MQRankSum=0.301;ReadPosRankSum=1.461;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9809;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1orf150:ENSG00000169224.8:+:insertionFS:1/8:C1orf150-001:ENST00000366488.4:408_73
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chr1	247978541	rs35979231	AAGG	A	103289.56	PASS	AA=0;AC=1463;AF=0.76198;AN=1920;BaseQRankSum=25.234;DB;DP=5199;DS;FS=1.135;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.7004;InbreedingCoeff=0.1456;MQ=63.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.208;QD=37.71;ReadPosRankSum=-0.395;SB=-41342.88;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=9.0318;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR14A16:ENSG00000196772.3:-:deletionNFS:1/1:OR14A16-001:ENST00000357627.1:930_491_164_LS->S
chr1	248004279	.	CT	C	73.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1956;BaseQRankSum=2.470;DP=5965;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.9861;InbreedingCoeff=0.0907;MQ=66.49;MQ0=0;MQRankSum=1.653;ReadPosRankSum=-1.585;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.4900;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR11L1:ENSG00000197591.2:-:deletionFS:1/1:OR11L1-001:ENST00000355784.2:969_920
chr1	248028211	.	C	CA	20.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1744;DP=3410;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.7199;InbreedingCoeff=0.0085;MQ=57.68;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4700;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM58:ENSG00000162722.8:+:insertionFS:1/1:TRIM58-001:ENST00000366481.3:1461_721
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chr1	248059779	rs112696640	G	GA	13928.35	PASS	AA=0;AC=267;AF=0.12986;AN=2056;BaseQRankSum=-19.050;DB;DP=5146;DS;FS=2.118;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.8942;InbreedingCoeff=0.0927;MQ=71.57;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.351;SB=-6226.71;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.5707;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2W3:ENSG00000238243.2:+:insertionFS:2/2:OR2W3-001:ENST00000360358.3:945_891:OR2W3-201:ENST00000537741.1:945_891
chr1	248097335	.	AG	A	9.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2116;DP=5971;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.1259;InbreedingCoeff=0.0519;MQ=65.97;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=5.6349;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2AJ1:ENSG00000177275.3:+:deletionFS:1/1:OR2AJ1-001:ENST00000318244.3:987_265
chr1	248097344	.	A	ATT	38.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2098;BaseQRankSum=-2.448;DP=5986;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=19.0935;InbreedingCoeff=0.0691;MQ=66.16;MQ0=0;MQRankSum=1.045;ReadPosRankSum=1.328;SZ=2;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.5157;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2AJ1:ENSG00000177275.3:+:insertionFS:1/1:OR2AJ1-001:ENST00000318244.3:987_274
chr1	248097842	.	AC	A	177.58	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00106;AN=1880;BaseQRankSum=2.614;DP=4980;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.1645;InbreedingCoeff=-0.0233;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=0.648;ReadPosRankSum=0.267;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.8696;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2AJ1:ENSG00000177275.3:+:deletionFS:1/1:OR2AJ1-001:ENST00000318244.3:987_772
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chr1	248186128	.	CAAG	C	1674.31	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.01338;AN=2018;BaseQRankSum=6.997;DP=4684;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.3387;InbreedingCoeff=0.0558;MQ=55.57;MQ0=185;MQRankSum=0.631;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.142;SB=-917.95;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.8802;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2L5:ENSG00000197454.1:+:deletionNFS:1/1:OR2L5-001:ENST00000355281.1:939_879_293_NK->N
chr1	248201847	.	TC	T	82.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2150;DP=6970;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.0499;InbreedingCoeff=0.0779;MQ=59.62;MQ0=8;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.8718;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2L2:ENSG00000203663.2:+:deletionFS:1/1:OR2L2-001:ENST00000366479.2:939_278
chr1	248309081	.	T	TG	180	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00046;AN=2154;DP=7350;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=20.1156;InbreedingCoeff=-0.0254;MQ=53.36;MQ0=3;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.6288;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2M5:ENSG00000162727.3:+:insertionFS:1/1:OR2M5-001:ENST00000366476.1:939_632
chr1	248343349	rs34678055	G	GC	35.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2132;DB;DP=5956;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=14.8507;InbreedingCoeff=0.0013;MQ=57.17;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.5896;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2M2:ENSG00000198601.2:+:insertionFS:1/1:OR2M2-001:ENST00000359682.2:1044_62
chr1	248343355	.	CA	C	42.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2124;BaseQRankSum=2.977;DP=5874;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.3608;InbreedingCoeff=-0.0160;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-2.803;ReadPosRankSum=0.726;SZ=-1;TR=7;TU=AC;VQSLOD=5.5533;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2M2:ENSG00000198601.2:+:deletionFS:1/1:OR2M2-001:ENST00000359682.2:1044_68
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chr1	248525287	.	CTACG	C	4291.20	PASS	AA=0;AC=42;AF=0.02096;AN=2004;BaseQRankSum=14.158;DP=5551;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.1626;InbreedingCoeff=0.2221;MQ=55.16;MQ0=11;MQRankSum=-9.750;ReadPosRankSum=0.377;SZ=-4;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=6.0794;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2T4:ENSG00000196944.3:+:deletionFS:1/1:OR2T4-001:ENST00000366475.1:1047_405
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chr1	248525330	.	A	ACG	13150.57	PASS	AA=0;AC=380;AF=0.19153;AN=1984;BaseQRankSum=21.674;DP=4621;DS;FS=4.800;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.2519;InbreedingCoeff=0.1118;MQ=46.43;MQ0=170;MQRankSum=-11.899;QD=18.26;ReadPosRankSum=-0.394;SB=-6352.09;SZ=2;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.7266;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T4:ENSG00000196944.3:+:insertionFS:1/1:OR2T4-001:ENST00000366475.1:1047_448
chr1	248525638	rs34079073	CA	C	51467.66	PASS	AA=0;AC=834;AF=0.39714;AN=2100;BaseQRankSum=12.043;DB;DP=6018;DS;FS=4.144;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=19.8114;InbreedingCoeff=0.1177;MQ=59.25;MQ0=53;MQRankSum=7.214;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.719;SB=-24642.70;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=9.4335;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR2T4:ENSG00000196944.3:+:deletionFS:1/1:OR2T4-001:ENST00000366475.1:1047_756
chr1	248551591	.	A	AG	20.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2028;BaseQRankSum=-2.915;DP=6309;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=22.8472;InbreedingCoeff=0.0563;MQ=59.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.216;ReadPosRankSum=0.343;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.0055;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T6:ENSG00000198104.2:+:insertionFS:1/1:OR2T6-001:ENST00000355728.2:927_682
chr1	248569489	.	TG	T	36.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1946;BaseQRankSum=1.946;DP=5546;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=14.6921;InbreedingCoeff=0.0605;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=0.707;ReadPosRankSum=-0.604;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.0052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T1:ENSG00000175143.3:+:deletionFS:1/1:OR2T1-001:ENST00000366474.1:1110_194
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chr1	248636814	.	C	CT	93.89	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0376;AN=346;BaseQRankSum=5.186;DP=564;FS=3.988;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.6492;InbreedingCoeff=0.0680;MQ=24.62;MQ0=574;MQRankSum=0.463;QD=1.30;ReadPosRankSum=-3.520;SZ=.;TR=20;TU=ATCCTCCTC;VQSLOD=4.9579;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T3:ENSG00000196539.2:+:insertionFS:1/1:OR2T3-001:ENST00000359594.2:957_163
chr1	248636845	.	ACTT	A	69.76	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00209;AN=1432;DP=2051;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.0711;InbreedingCoeff=0.0211;MQ=23.35;MQ0=882;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=5.2558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T3:ENSG00000196539.2:+:deletionNFS:1/1:OR2T3-001:ENST00000359594.2:957_194_65_YF->Y
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chr1	248685829	.	CAA	C	4977.49	PASS	AA=0;AC=43;AF=0.02026;AN=2122;BaseQRankSum=13.668;DP=5681;DS;FS=1.944;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=19.3144;InbreedingCoeff=0.0997;MQ=64.37;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.410;SB=-2086.68;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.4890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2G6:ENSG00000188558.4:+:deletionFS:1/1:OR2G6-001:ENST00000343414.4:951_882
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chr1	248737895	.	T	TGGATGAGGA	1225.52	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00653;AN=1226;DP=1876;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7238;InbreedingCoeff=0.1311;MQ=21.35;MQ0=881;SZ=9;TR=20;TU=AGGAGGATG;VQSLOD=6.3527;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR2T34:ENSG00000183310.2:-:insertionNFS:1/1:OR2T34-001:ENST00000328782.2:957_164_55_H->LLIH
chr1	248790010	.	CAA	C,CA	133.43	PASS	AA=0;AC=4,2;AF=0.00223,0.00111;AN=1796;BaseQRankSum=3.741;DP=4562;DS;HR=4;HU=A;HaplotypeScore=19.4001;InbreedingCoeff=0.1703;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=1.450;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.096;SZ=-2;TR=8;TU=AGCC;VQSLOD=8.7297;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2T11:ENSG00000183130.2:-:deletionFS:1/1:OR2T11-001:ENST00000330803.2:951_420,2:OR2T11:ENSG00000183130.2:-:deletionFS:1/1:OR2T11-001:ENST00000330803.2:951_420
chr1	248790108	.	CAG	C	2466.24	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.01810;AN=1934;BaseQRankSum=4.450;DP=4784;DS;FS=8.183;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.8770;InbreedingCoeff=0.1871;MQ=61.16;MQ0=0;MQRankSum=3.668;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.865;SB=-1273.99;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.4943;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR2T11:ENSG00000183130.2:-:deletionFS:1/1:OR2T11-001:ENST00000330803.2:951_322
chr1	248801923	.	CAGAT	C	147.64	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00266;AN=1880;BaseQRankSum=-0.055;DP=4135;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.6968;InbreedingCoeff=0.0856;MQ=27.43;MQ0=259;MQRankSum=1.741;ReadPosRankSum=-2.550;SZ=-4;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5791;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T35:ENSG00000177151.3:-:deletionFS:1/1:OR2T35-001:ENST00000317450.3:972_637
chr1	248802249	.	T	TAGA	5251.86	PASS	AA=1;AC=246;AF=0.6721;AN=366;BaseQRankSum=-1.982;DP=530;DS;FS=1.931;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=6.7072;InbreedingCoeff=0.3237;MQ=26.37;MQ0=144;MQRankSum=-2.564;QD=17.81;ReadPosRankSum=-2.502;SB=-2503.33;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.8582;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR2T35:ENSG00000177151.3:-:insertionNFS:1/1:OR2T35-001:ENST00000317450.3:972_311_104_Y->FY
chr1	248802250	.	A	AGAG	2748.23	PASS	AA=1;AC=218;AF=0.3206;AN=680;BaseQRankSum=6.427;DP=777;DS;FS=4.938;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=8.5197;InbreedingCoeff=0.3515;MQ=28.87;MQ0=109;MQRankSum=0.971;QD=14.94;ReadPosRankSum=6.666;SB=-1126.14;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.8071;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:OR2T35:ENSG00000177151.3:-:insertionNFS:1/1:OR2T35-001:ENST00000317450.3:972_310_104_Y->LY
chr1	248813309	.	T	TA	2510.49	PASS	AA=0;AC=66;AF=0.03297;AN=2002;BaseQRankSum=6.119;DP=4921;DS;FS=14.869;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.6651;InbreedingCoeff=0.0741;MQ=43.54;MQ0=151;MQRankSum=-7.224;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.742;SB=-1310.99;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.9226;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T27:ENSG00000187701.3:-:insertionFS:1/1:OR2T27-001:ENST00000344889.3:954_877
chr1	248813650	.	CAGA	C	6879.06	PASS	AA=0;AC=212;AF=0.13748;AN=1542;BaseQRankSum=16.028;DP=2347;DS;FS=1.098;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=12.3745;InbreedingCoeff=0.1217;MQ=23.55;MQ0=964;MQRankSum=1.220;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.696;SB=-1868.63;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.2108;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2T27:ENSG00000187701.3:-:deletionNFS:1/1:OR2T27-001:ENST00000344889.3:954_536_179_CE->E
chr1	248813733	.	T	TC	984.14	PASS	AA=0;AC=37;AF=0.02390;AN=1548;BaseQRankSum=3.066;DP=2704;DS;FS=18.356;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.6869;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=28.20;MQ0=650;MQRankSum=-0.863;QD=5.79;ReadPosRankSum=-0.862;SB=-499.80;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.0225;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2T27:ENSG00000187701.3:-:insertionFS:1/1:OR2T27-001:ENST00000344889.3:954_453
chr1	249110820	.	CG	C	12.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1990;BaseQRankSum=2.638;DP=4654;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.7180;InbreedingCoeff=0.0939;MQ=69.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.591;ReadPosRankSum=-1.128;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9254;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SH3BP5L:ENSG00000175137.9:-:deletionFS:2/2:SH3BP5L-001:ENST00000366472.5:1182_288:SH3BP5L-201:ENST00000411742.2:1086_192
chr1	249210959	.	CAG	C	65.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2024;DP=5280;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.3737;InbreedingCoeff=0.0197;MQ=64.94;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.1037;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGBD2:ENSG00000185220.7:+:deletionFS:2/3:PGBD2-001:ENST00000329291.5:1779_176:PGBD2-201:ENST00000539153.1:1770_167
chr1	249211879	.	AAG	A	43.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2130;BaseQRankSum=2.113;DP=5987;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.3913;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=71.74;MQ0=0;MQRankSum=0.006;ReadPosRankSum=-1.674;SZ=-2;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.9396;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGBD2:ENSG00000185220.7:+:deletionFS:3/3:PGBD2-001:ENST00000329291.5:1779_1096:PGBD2-201:ENST00000539153.1:1770_1087:PGBD2-002:ENST00000355360.4:1026_343
chr2	1546305	.	C	CT	121.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1265;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.4596;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPO:ENSG00000115705.15:+:insertionFS:1/10:TPO-202:ENST00000337415.3:2790_2731
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chr2	10350552	.	AG	A	100.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1136;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=8.4015;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2orf48:ENSG00000163009.4:+:deletionFS:1/1:C2orf48-001:ENST00000381786.3:480_309
chr2	10917818	.	CAG	C	12.76	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0155;AN=388;BaseQRankSum=3.467;DP=808;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.4542;InbreedingCoeff=0.0547;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.689;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.203;SZ=-2;TR=14;TU=AG;VQSLOD=5.2104;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP6V1C2:ENSG00000143882.5:+:deletionFS:1/2:ATP6V1C2-002:ENST00000272238.4:1284_933
chr2	10959463	.	CAGG	C	208.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1379;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.5818;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDIA6:ENSG00000143870.8:-:deletionNFS:2/5:PDIA6-003:ENST00000404824.2:1467_100_34_AH->H:PDIA6-002:ENST00000404371.2:1479_112_38_AH->H
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chr2	11922326	.	GTCT	G	1413.56	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0134;AN=818;BaseQRankSum=8.245;DP=2490;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.3161;InbreedingCoeff=0.1082;MQ=62.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.302;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.715;SB=-720.64;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.9016;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LPIN1:ENSG00000134324.7:+:spliceOverlap:6/7:LPIN1-203:ENST00000449576.2:2928:LPIN1-003:ENST00000396099.1:2799:LPIN1-202:ENST00000425416.2:2691:LPIN1-004:ENST00000396098.1:1380:LPIN1-001:ENST00000256720.2:2673:LPIN1-005:ENST00000396097.1:1863
chr2	11959694	.	CT	C	4.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=344;BaseQRankSum=2.174;DP=1063;DS;FS=4.450;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=14.6871;InbreedingCoeff=-0.0040;MQ=63.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.418;QD=1.49;ReadPosRankSum=-1.666;SB=-47.47;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.7723;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LPIN1:ENSG00000134324.7:+:deletionFS:6/7:LPIN1-203:ENST00000449576.2:2928_2634:LPIN1-003:ENST00000396099.1:2799_2505:LPIN1-202:ENST00000425416.2:2691_2397:LPIN1-001:ENST00000256720.2:2673_2379:LPIN1-005:ENST00000396097.1:1863_1569:LPIN1-201:ENST00000404113.2:1176_882
chr2	14775299	.	GA	G	152.21	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0227;AN=308;DP=435;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.0644;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM84A:ENSG00000162981.11:+:deletionFS:1/4:FAM84A-201:ENST00000359969.5:1068_1030
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chr2	18765868	.	CGCT	C	75.36	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.01468;AN=1022;BaseQRankSum=3.824;DP=1913;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.0430;InbreedingCoeff=0.1757;MQ=66.58;MQ0=0;MQRankSum=1.049;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.537;SB=-61.32;SZ=.;TR=18;TU=CTG;VQSLOD=7.4137;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NT5C1B:ENSG00000185013.11:-:deletionNFS:2/2:NT5C1B-001:ENST00000304081.4:1653_635_212_RE->E:NT5C1B-002:ENST00000359846.2:1833_815_272_RE->E,1:NT5C1B-RDH14:ENSG00000250741.2:-:deletionNFS:1/1:NT5C1B-RDH14-002:ENST00000532967.1:1809_815_272_RE->E
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chr2	20240719	.	G	GT	7.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1267;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4547;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAPTM4A:ENSG00000068697.6:-:insertionFS:1/1:LAPTM4A-001:ENST00000175091.4:702_165
chr2	20818525	.	TG	T	4.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=582;BaseQRankSum=-0.325;DP=1118;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.6273;InbreedingCoeff=0.1000;MQ=69.69;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=0.96;ReadPosRankSum=0.577;SB=-31.15;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7623;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HS1BP3:ENSG00000118960.7:-:deletionFS:1/4:HS1BP3-201:ENST00000237821.5:909_820
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chr2	21231180	.	A	AT	4.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;BaseQRankSum=1.256;DP=1420;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=16.0194;InbreedingCoeff=0.1277;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.335;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-30.78;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.0102;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:APOB:ENSG00000084674.8:-:insertionFS:2/3:APOB-001:ENST00000233242.1:13692_8560:APOB-201:ENST00000535079.1:13035_8560
chr2	21233051	.	TG	T	8.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1135;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2565;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOB:ENSG00000084674.8:-:deletionFS:2/3:APOB-001:ENST00000233242.1:13692_6689:APOB-201:ENST00000535079.1:13035_6689
chr2	21233098	rs72653087	CTCA	C	245.71	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0063;AN=632;DB;DP=1390;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=8.0138;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOB:ENSG00000084674.8:-:deletionNFS:2/3:APOB-001:ENST00000233242.1:13692_6642_2214_EH->H:APOB-201:ENST00000535079.1:13035_6642_2214_EH->H
chr2	21255303	.	C	CG	18.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=985;FS=2.986;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=CTGTG;VQSLOD=5.0560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOB:ENSG00000084674.8:-:insertionFS:3/3:APOB-001:ENST00000233242.1:13692_1275:APOB-201:ENST00000535079.1:13035_1275:APOB-002:ENST00000399256.4:2487_1275
chr2	21266774	rs11279109	GGCAGCGCCA	G	3966.35	PASS	AA=.;AC=117;AF=0.2097;AN=558;BaseQRankSum=9.977;DB;DP=718;FS=1.069;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.9226;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=54.03;MQ0=0;MQRankSum=0.596;QD=18.45;ReadPosRankSum=-0.033;SB=-1707.50;SZ=.;TR=25;TU=AGCAGCGCC;VQSLOD=9.7694;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:APOB:ENSG00000084674.8:-:deletionNFS:3/3:APOB-001:ENST00000233242.1:13692_44_15_PALL->L:APOB-201:ENST00000535079.1:13035_44_15_PALL->L:APOB-002:ENST00000399256.4:2487_44_15_PALL->L
chr2	23980559	.	A	AT	7.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1454;DS;FS=3.008;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1054;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATAD2B:ENSG00000119778.9:-:insertionFS:1/2:ATAD2B-202:ENST00000546030.1:1881_1311
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chr2	24194200	.	TTG	T	184.87	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=474;DP=1365;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ=59.54;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.9911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBXN2A:ENSG00000173960.8:+:deletionFS:3/3:UBXN2A-001:ENST00000309033.4:780_96:UBXN2A-003:ENST00000404924.1:780_96:UBXN2A-201:ENST00000535786.1:621_96
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chr2	24387178	rs113322110	G	GC	112069.92	PASS	AA=.;AC=1987;AF=0.95254;AN=2086;BaseQRankSum=-9.359;DB;DP=4912;DS;FS=7.438;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.5328;InbreedingCoeff=0.1270;MQ=75.64;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=40.27;ReadPosRankSum=0.254;SB=-55744.45;SZ=.;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=10.5952;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC008073.1:ENSG00000219626.4:+:insertionFS:1/2:AC008073.1-007:ENST00000407625.1:960_905
chr2	24387179	.	C	CA	37447.45	PASS	AA=.;AC=1932;AF=0.92352;AN=2092;BaseQRankSum=14.475;DP=5020;DS;FS=3.713;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=23.2397;InbreedingCoeff=0.1093;MQ=76.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.844;QD=13.16;ReadPosRankSum=8.887;SB=-18597.56;SZ=.;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=4.8369;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC008073.1:ENSG00000219626.4:+:insertionFS:2/2:AC008073.1-201:ENST00000420135.2:972_904:AC008073.1-007:ENST00000407625.1:960_906
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chr2	25976484	.	A	AC	15.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1220;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.4107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASXL2:ENSG00000143970.11:-:insertionFS:4/4:ASXL2-001:ENST00000435504.3:4308_1061:ASXL2-202:ENST00000336112.4:4224_977:ASXL2-201:ENST00000272341.4:2757_281:ASXL2-004:ENST00000404843.1:2757_281
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chr2	26533996	.	GC	G	5.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0033;AN=614;BaseQRankSum=1.127;DP=1294;DS;FS=2.301;HR=3;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.5392;InbreedingCoeff=0.0446;MQ=67.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.139;QD=0.76;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-21.09;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3193;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR113:ENSG00000173567.10:-:deletionFS:4/4:GPR113-009:ENST00000333478.6:2622_2003:GPR113-201:ENST00000541401.1:2028_1409:GPR113-006:ENST00000421160.2:2994_2393:GPR113-004:ENST00000311519.1:3240_2600
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chr2	26693553	.	CCTT	C	137.97	PASS	AA=.;AC=22;AF=0.01340;AN=1642;BaseQRankSum=4.875;DP=4413;DS;FS=1.903;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.1827;InbreedingCoeff=0.0976;MQ=69.58;MQ0=1;MQRankSum=-1.389;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.807;SB=-144.55;SZ=.;TR=20;TU=CTT;VQSLOD=7.2648;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTOF:ENSG00000115155.11:-:deletionNFS:5/7:OTOF-005:ENST00000403946.3:5994_3931_1311_GT->T:OTOF-003:ENST00000339598.3:3693_1630_544_GT->T:OTOF-001:ENST00000272371.2:5994_3931_1311_GT->T:OTOF-004:ENST00000402415.3:3924_1861_621_GT->T:OTOF-002:ENST00000338581.6:3693_1630_544_GT->T
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chr2	27528483	.	A	AC	8.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1510;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5951;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM54:ENSG00000138100.8:+:insertionFS:3/3:TRIM54-201:ENST00000380073.3:579_104:TRIM54-001:ENST00000296098.4:1203_767:TRIM54-002:ENST00000380075.2:1077_641
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chr2	27591884	.	TCTCCAGCTG	T	126.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1456;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-9;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.2337;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF2B4:ENSG00000115211.10:-:deletionNFS:5/5:EIF2B4-001:ENST00000347454.4:1572_407_136_ETPS->S:EIF2B4-201:ENST00000414437.2:1563_398_133_ETPS->S:EIF2B4-007:ENST00000445933.2:1569_404_135_ETPS->S:EIF2B4-011:ENST00000451130.2:1632_467_156_ETPS->S:EIF2B4-002:ENST00000493344.2:1635_470_157_ETPS->S
chr2	27604480	.	CCTT	C	81.56	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0037;AN=802;BaseQRankSum=2.569;DP=2415;DS;FS=1.640;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.9997;InbreedingCoeff=0.0744;MQ=57.01;MQ0=0;MQRankSum=1.731;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-73.07;SZ=-3;TR=12;TU=CTT;VQSLOD=6.9870;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPM1G:ENSG00000115241.8:-:deletionNFS:4/4:PPM1G-001:ENST00000344034.4:1641_1627_543_AK->K:PPM1G-201:ENST00000350803.4:1641_1627_543_AK->K:PPM1G-203:ENST00000544412.1:1590_1576_526_AK->K:PPM1G-202:ENST00000395543.2:1044_1030_344_AK->K
chr2	27606852	rs112297510	CTCT	C	29.11	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0070;AN=710;DB;DP=2102;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=17;TU=CTT;VQSLOD=5.6803;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPM1G:ENSG00000115241.8:-:deletionNFS:4/4:PPM1G-001:ENST00000344034.4:1641_933_311_EM->M:PPM1G-201:ENST00000350803.4:1641_933_311_EM->M:PPM1G-203:ENST00000544412.1:1590_882_294_EM->M:PPM1G-202:ENST00000395543.2:1044_336_112_EM->M
chr2	27700098	.	G	GTTT	150.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=674;DP=1708;DS;HR=5;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.0375;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IFT172:ENSG00000138002.10:-:insertionNFS:3/3:IFT172-001:ENST00000260570.3:5250_1311_437_N->KN:IFT172-004:ENST00000359466.6:1599_1311_437_N->KN:IFT172-005:ENST00000416524.2:1536_1248_416_N->KN
chr2	27849892	.	CCTGT	C	95.69	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00642;AN=1090;BaseQRankSum=4.447;DP=3029;DS;FS=2.980;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.0468;InbreedingCoeff=0.0795;MQ=59.68;MQ0=19;MQRankSum=-4.657;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-63.62;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0557;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC121:ENSG00000176714.9:-:deletionFS:2/2:CCDC121-002:ENST00000394775.3:1323_1261:CCDC121-001:ENST00000324364.3:837_775
chr2	27849928	.	GTC	G	448.66	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.01011;AN=1088;BaseQRankSum=5.541;DP=2798;DS;FS=0.856;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.7282;InbreedingCoeff=0.1219;MQ=56.55;MQ0=43;MQRankSum=1.646;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.543;SB=-304.43;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.4918;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC121:ENSG00000176714.9:-:deletionFS:2/2:CCDC121-002:ENST00000394775.3:1323_1225:CCDC121-001:ENST00000324364.3:837_739
chr2	27850659	.	TC	T	49.54	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=710;BaseQRankSum=2.060;DP=1626;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.3103;InbreedingCoeff=0.0981;MQ=60.62;MQ0=137;MQRankSum=-0.428;QD=4.95;ReadPosRankSum=-1.483;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5898;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC121:ENSG00000176714.9:-:deletionFS:2/2:CCDC121-002:ENST00000394775.3:1323_494:CCDC121-001:ENST00000324364.3:837_8
chr2	27851373	.	A	AC	7.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1370;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3255;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC121:ENSG00000176714.9:-:insertionFS:1/2:CCDC121-002:ENST00000394775.3:1323_258
chr2	27851398	.	CGTA	C	118.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1423;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.8405;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC121:ENSG00000176714.9:-:deletionNFS:1/2:CCDC121-002:ENST00000394775.3:1323_233_78_RE->E
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chr2	29222135	.	GCTGGACACCC	G	127.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;DP=1633;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-10;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8350;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM179A:ENSG00000189350.7:+:deletionFS:2/2:FAM179A-003:ENST00000379558.3:3060_228:FAM179A-201:ENST00000403861.2:2895_228
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chr2	29293861	rs75460934	TGGG	T	1506.74	PASS	AA=0;AC=32;AF=0.0437;AN=732;BaseQRankSum=7.011;DB;DP=1143;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=12.8584;InbreedingCoeff=0.0761;MQ=67.49;MQ0=0;MQRankSum=-2.864;QD=18.83;ReadPosRankSum=-1.551;SB=-511.56;SZ=-3;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.7142;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2orf71:ENSG00000179270.5:-:deletionNFS:1/1:C2orf71-001:ENST00000331664.4:3867_3267_1089_PS->S
chr2	29380248	.	G	GT	132.61	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0045;AN=662;DP=1485;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=8.1666;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CLIP4:ENSG00000115295.13:+:insertionFS:1/7:CLIP4-201:ENST00000379543.5:2172_1437
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chr2	29416647	.	GCTC	G	341.97	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0282;AN=390;DP=872;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CCT;VQSLOD=6.4750;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALK:ENSG00000171094.11:-:deletionNFS:2/3:ALK-001:ENST00000389048.3:4863_4306_1436_RS->S:ALK-201:ENST00000431873.1:1353_796_266_RS->S
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chr2	31399452	.	CCT	C	137.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=536;DP=1407;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.3848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPN14:ENSG00000214711.5:-:spliceOverlap:1/1:CAPN14-201:ENST00000444918.2:2055
chr2	31422395	.	TCTC	T	669.34	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0072;AN=830;BaseQRankSum=3.660;DP=2303;DS;FS=6.035;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.0003;InbreedingCoeff=0.0754;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.336;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-283.06;SZ=.;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=7.2062;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPN14:ENSG00000214711.5:-:deletionNFS:1/1:CAPN14-201:ENST00000444918.2:2055_730_244_KI->I
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chr2	31589852	.	A	AT	95.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1362;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=7.5087;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XDH:ENSG00000158125.5:-:insertionFS:1/1:XDH-001:ENST00000379416.3:4002_2206
chr2	31611156	rs45462996	AC	A	252.68	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=494;DB;DP=1438;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=7.6206;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XDH:ENSG00000158125.5:-:deletionFS:1/1:XDH-001:ENST00000379416.3:4002_501
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chr2	32693007	.	A	AG	18.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1031;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.9094;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BIRC6:ENSG00000115760.9:+:insertionFS:1/1:BIRC6-001:ENST00000421745.2:14574_5608
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chr2	33783330	.	CAGG	C	67.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1188;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.2987;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RASGRP3:ENSG00000152689.13:+:deletionNFS:3/3:RASGRP3-001:ENST00000402538.3:2073_1632_544_CR->C:RASGRP3-006:ENST00000403687.3:2073_1632_544_CR->C:RASGRP3-004:ENST00000407811.1:2070_1629_543_CR->C
chr2	36759022	.	AAAG	A	40.31	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=1295;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=12;TU=AAAAG;VQSLOD=5.7986;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC007401.2:ENSG00000217075.1:-:deletionNFS:1/1:AC007401.2-001:ENST00000406220.1:228_207_69_FS->S
chr2	36774151	.	AC	A	16.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1145;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.2617;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CRIM1:ENSG00000150938.5:+:deletionFS:1/1:CRIM1-001:ENST00000280527.2:3111_2771
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chr2	37292978	.	A	AC	15.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1155;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR5B:ENSG00000008869.6:-:insertionFS:3/3:HEATR5B-001:ENST00000233099.5:6216_1253:HEATR5B-201:ENST00000354531.2:5949_1253:HEATR5B-202:ENST00000424416.1:2304_1253
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chr2	43458290	.	TGAA	T	101.83	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0047;AN=638;DP=1521;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.4442;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:THADA:ENSG00000115970.12:-:deletionNFS:4/8:THADA-202:ENST00000356975.3:5643_5440_1814_RE->E:THADA-002:ENST00000405006.4:5862_5659_1887_RE->E:THADA-001:ENST00000405975.2:5862_5659_1887_RE->E:THADA-203:ENST00000415080.2:4905_4702_1568_RE->E
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chr2	45149388	rs71752402	C	CT,CTTT,CTTTT,CTTTTT,CTTTTTT	23938.64	PASS	AA=.;AC=197,474,144,213,339;AF=0.11954,0.28762,0.08738,0.12925,0.20570;AN=1648;BaseQRankSum=0.824;DB;DP=3519;DS;FS=4.784;HR=17;HU=T;HaplotypeScore=32.9607;InbreedingCoeff=0.8832;MQ=61.35;MQ0=19;MQRankSum=0.665;QD=13.74;ReadPosRankSum=-2.059;SB=5475.10;SZ=.;TR=17;TU=T;VQSLOD=7.5363;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_113,2:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionNFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_113_38_R->KR,3:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_113,4:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_113,5:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionNFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_113_38_R->KKR
chr2	45149389	rs35030918	T	TTTC,TTTTC	19593.09	PASS	AA=.;AC=732,127;AF=0.37771,0.06553;AN=1938;BaseQRankSum=1.303;DB;DP=3831;DS;FS=4.131;HR=17;HU=T;HaplotypeScore=28.8546;InbreedingCoeff=0.2299;MQ=61.25;MQ0=19;MQRankSum=7.332;QD=14.39;ReadPosRankSum=4.842;SB=-7781.67;SZ=.;TR=17;TU=T;VQSLOD=6.2734;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionNFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_112_38_R->ER,2:AC012354.1:ENSG00000197735.3:-:insertionFS:1/1:AC012354.1-201:ENST00000354756.3:681_112
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chr2	61622367	.	TC	T,TAC	41.85	PASS	AA=.;AC=7,0;AF=0.0119,0.0000;AN=586;DP=931;DS;HR=2;HU=C;MQ0=1;SZ=.;TR=6;TU=AT;VQSLOD=5.4268;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:USP34:ENSG00000115464.9:-:deletionFS:3/3:USP34-001:ENST00000398571.2:10641_554:USP34-201:ENST00000263989.4:10185_98:USP34-202:ENST00000398569.2:9936_98,2:USP34:ENSG00000115464.9:-:spliceOverlap:3/3:USP34-001:ENST00000398571.2:10641:USP34-201:ENST00000263989.4:10185:USP34-202:ENST00000398569.2:9936
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chr2	65300071	.	AAGG	A	1701.44	PASS	AA=.;AC=18;AF=0.0222;AN=812;BaseQRankSum=9.097;DP=2366;DS;FS=24.851;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.6792;InbreedingCoeff=0.0878;MQ=69.06;MQ0=0;MQRankSum=-3.993;QD=17.28;ReadPosRankSum=-1.134;SB=-614.49;SZ=.;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=6.4220;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP68:ENSG00000011523.8:+:deletionNFS:4/5:CEP68-001:ENST00000377990.2:2274_1841_614_KG->K:CEP68-203:ENST00000546106.1:2013_1841_614_KG->K:CEP68-202:ENST00000545501.1:2103_1805_602_KG->K:CEP68-201:ENST00000537589.1:885_677_226_KG->K
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chr2	71047009	rs35420638	CCA	C	868.98	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0279;AN=466;DB;DP=1175;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.0416;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC4F:ENSG00000152672.3:-:deletionFS:2/2:CLEC4F-002:ENST00000426626.1:1704_76:CLEC4F-001:ENST00000272367.2:1770_76
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chr2	71360614	.	GATA	G	127.92	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00249;AN=1204;BaseQRankSum=3.673;DP=2955;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.9519;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=64.04;MQ0=3;MQRankSum=-2.417;QD=10.27;ReadPosRankSum=-1.880;SB=-55.58;SZ=.;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.7622;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH10:ENSG00000124383.3:+:deletionNFS:2/2:MPHOSPH10-001:ENST00000244230.2:2046_676_226_DN->D:MPHOSPH10-003:ENST00000425650.1:1626_256_86_DN->D
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chr2	71595545	.	GTTC	G	20.10	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0025;AN=394;DP=945;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=10;TU=CGGTT;VQSLOD=6.1320;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF638:ENSG00000075292.11:+:deletionNFS:7/9:ZNF638-001:ENST00000264447.4:5937_2029_677_VL->V:ZNF638-002:ENST00000409544.1:5937_2029_677_VL->V:ZNF638-201:ENST00000355812.3:3420_2029_677_VL->V:ZNF638-003:ENST00000410075.1:2757_2029_677_VL->V:ZNF638-202:ENST00000377802.2:2445_2029_677_VL->V:ZNF638-203:ENST00000394137.4:2640_766_256_VL->V:ZNF638-205:ENST00000544512.1:3075_2347_783_VL->V
chr2	71650120	.	AC	A	5.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;BaseQRankSum=1.999;DP=1510;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.2099;InbreedingCoeff=-0.0019;MQ=66.54;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=0.84;ReadPosRankSum=-1.092;SB=-28.93;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9880;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF638:ENSG00000075292.11:+:deletionFS:5/9:ZNF638-001:ENST00000264447.4:5937_3476:ZNF638-002:ENST00000409544.1:5937_3476:ZNF638-018:ENST00000409407.1:2757_296:ZNF638-204:ENST00000462695.3:1758_296:ZNF638-203:ENST00000394137.4:2640_2213
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chr2	72606881	.	T	TG	18.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1152;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1575;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:insertionFS:1/3:EXOC6B-001:ENST00000272427.6:2436_2099
chr2	72692271	.	T	TAA	32009.18	PASS	AA=1;AC=1830;AF=0.95912;AN=1908;BaseQRankSum=9.007;DP=4172;FS=2.006;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=20.9148;InbreedingCoeff=-0.0089;MQ=70.74;MQ0=0;MQRankSum=4.620;QD=22.54;ReadPosRankSum=7.219;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.7297;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:insertionFS:1/3:EXOC6B-003:ENST00000410104.1:2046_1998,1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:spliceOverlap:1/3:EXOC6B-201:ENST00000290144.3:2016
chr2	72692272	rs5832083	A	AAG	130333.96	PASS	AA=1;AC=1922;AF=0.99585;AN=1930;BaseQRankSum=-5.414;DB;DP=4177;FS=2.439;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=11.3428;InbreedingCoeff=0.0556;MQ=70.12;MQ0=1;MQRankSum=-1.446;QD=51.37;ReadPosRankSum=1.269;SB=-42900.04;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=9.2906;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:insertionFS:1/3:EXOC6B-003:ENST00000410104.1:2046_1997,1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:spliceOverlap:1/3:EXOC6B-201:ENST00000290144.3:2016
chr2	72692273	rs35274285	A	AGG	57958.01	PASS	AA=1;AC=1902;AF=0.97439;AN=1952;BaseQRankSum=6.088;DB;DP=4428;FS=1.737;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=25.8395;InbreedingCoeff=0.0393;MQ=71.40;MQ0=1;MQRankSum=-3.649;QD=21.59;ReadPosRankSum=12.047;SB=-19043.22;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0090;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:insertionFS:1/3:EXOC6B-003:ENST00000410104.1:2046_1996,1:EXOC6B:ENSG00000144036.9:-:spliceOverlap:1/3:EXOC6B-201:ENST00000290144.3:2016
chr2	73137086	rs10714152	CAAA	C,CA,CAA,CAAAA	3135.65	PASS	AA=.;AC=45,255,299,196;AF=0.02922,0.16558,0.19416,0.12727;AN=1540;BaseQRankSum=9.082;DB;DP=3246;DS;FS=5.720;HR=16;HU=A;HaplotypeScore=15.7495;InbreedingCoeff=0.7444;MQ=56.47;MQ0=85;MQRankSum=2.941;QD=1.46;ReadPosRankSum=3.153;SB=-2056.12;SZ=.;TR=16;TU=A;VQSLOD=10.3994;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC012366.2:ENSG00000255673.1:-:deletionNFS:1/1:AC012366.2-201:ENST00000538378.1:45_34_12_ET->T,2:AC012366.2:ENSG00000255673.1:-:deletionFS:1/1:AC012366.2-201:ENST00000538378.1:45_34,3:AC012366.2:ENSG00000255673.1:-:deletionFS:1/1:AC012366.2-201:ENST00000538378.1:45_34,4:AC012366.2:ENSG00000255673.1:-:insertionFS:1/1:AC012366.2-201:ENST00000538378.1:45_34
chr2	73466809	.	CT	C	12.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1473;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4973;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCT7:ENSG00000135624.10:+:deletionFS:2/7:CCT7-001:ENST00000258091.5:1632_45:CCT7-002:ENST00000409081.1:1506_45
chr2	73471135	.	A	AG	14.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1649;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3958;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCT7:ENSG00000135624.10:+:insertionFS:5/7:CCT7-001:ENST00000258091.5:1632_404:CCT7-002:ENST00000409081.1:1506_278:CCT7-204:ENST00000540468.1:1371_143:CCT7-203:ENST00000539919.1:1500_272:CCT7-201:ENST00000537131.1:1332_104
chr2	73487886	.	G	GC	8.69	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0052;AN=386;DP=789;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9078;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FBXO41:ENSG00000163013.6:-:insertionFS:2/2:FBXO41-201:ENST00000295133.5:2811_2455:FBXO41-001:ENST00000521871.1:2628_2272
chr2	73497956	.	TC	T	114.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1449;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.6199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXO41:ENSG00000163013.6:-:deletionFS:1/2:FBXO41-201:ENST00000295133.5:2811_88
chr2	73613014	.	GC	G	41.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=376;DP=422;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9664;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:deletionFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_18:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_18:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_18
chr2	73613031	rs66480235	TGGAGGA	T,TGGA,TGGAGGAGGA,TGGAGGAGGAGGA	1790.66	PASS	AA=.;AC=161,22,102,85;AF=0.3546,0.0485,0.2247,0.1872;AN=454;BaseQRankSum=-0.226;DB;DP=548;FS=3.761;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=13.0815;InbreedingCoeff=0.8482;MQ=65.97;MQ0=13;MQRankSum=1.762;QD=4.60;ReadPosRankSum=2.070;SB=-332.94;SZ=.;TR=39;TU=AGG;VQSLOD=11.0245;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:deletionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_35_12_LEE->L:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_35_12_LEE->L:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_35_12_LEE->L,2:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:deletionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_35_12_LE->L:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_35_12_LE->L:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_35_12_LE->L,3:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_35_12_L->LEEE:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_35_12_L->LEEE:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_35_12_L->LEEE,4:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_35_12_L->LEEEE:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_35_12_L->LEEEE:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_35_12_L->LEEEE
chr2	73675226	.	T	TTC	27856.26	PASS	AA=.;AC=1069;AF=0.55561;AN=1924;BaseQRankSum=40.609;DP=4773;FS=2.532;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.6575;InbreedingCoeff=0.2220;MQ=67.91;MQ0=0;MQRankSum=-11.838;QD=13.44;ReadPosRankSum=3.401;SB=-13094.01;SZ=.;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.3886;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_1569:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_1443:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_1569
chr2	73675227	rs34628045	T	TC,TCTC	95030.64	PASS	AA=.;AC=4,1113;AF=0.00204,0.56728;AN=1962;BaseQRankSum=-33.375;DB;DP=4780;FS=0.144;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=14.9965;InbreedingCoeff=0.2144;MQ=68.82;MQ0=0;MQRankSum=-16.586;QD=45.17;ReadPosRankSum=1.808;SB=-43955.79;SZ=.;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.1117;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_1570:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_1444:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_1570,2:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_1570_524_S->SP:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_1444_482_S->SP:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_1570_524_S->SP
chr2	73675229	rs76958489	T	TCCG	51341.54	PASS	AA=.;AC=1060;AF=0.53427;AN=1984;BaseQRankSum=38.287;DB;DP=5023;FS=0.578;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.2773;InbreedingCoeff=0.1000;MQ=70.47;MQ0=0;MQRankSum=-15.306;QD=22.63;ReadPosRankSum=5.253;SB=-23818.78;SZ=.;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.6289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_1572_524_S->SP:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_1446_482_S->SP:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_1572_524_S->SP
chr2	73675305	.	ACT	A	19.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DP=1398;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.1863;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:deletionFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_1648:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_1522:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_1648
chr2	73676197	.	CTGG	C	85.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=350;DP=918;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5709;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:deletionNFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_2540_847_TG->T:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_2414_805_TG->T:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_2540_847_TG->T
chr2	73680544	.	C	CT	16.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1232;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9172;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionFS:3/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_6887:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_6761:ALMS1-201:ENST00000377715.1:7686_6887
chr2	73717802	.	C	CCCTCT	67.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=1636;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=0.16;SZ=5;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.7642;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALMS1:ENSG00000116127.13:+:insertionFS:2/3:ALMS1-001:ENST00000264448.6:12504_8713:ALMS1-002:ENST00000409009.1:12378_8587
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chr2	85570800	rs10558033	AAGG	A	611.03	PASS	AA=0;AC=50;AF=0.02660;AN=1880;BaseQRankSum=9.740;DB;DP=5090;DS;FS=41.056;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.0102;InbreedingCoeff=-0.0024;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-4.238;QD=3.32;ReadPosRankSum=-2.667;SB=-119.70;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.7997;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RETSAT:ENSG00000042445.9:-:deletionNFS:2/3:RETSAT-001:ENST00000295802.4:1833_1655_552_LR->R:RETSAT-202:ENST00000457495.2:1650_1472_491_LR->R
chr2	85570874	rs70953934	CAGAT	C	49.57	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=460;DB;DP=1534;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-4;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RETSAT:ENSG00000042445.9:-:deletionFS:3/3:RETSAT-001:ENST00000295802.4:1833_1581:RETSAT-202:ENST00000457495.2:1650_1398:RETSAT-201:ENST00000263854.6:1446_1414
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chr2	97915362	.	AT	A	53.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.014;AN=72;DP=265;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=1;HU=A;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.7500;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD36:ENSG00000135976.11:+:deletionFS:3/7:ANKRD36-206:ENST00000461694.2:3624_3583:ANKRD36-204:ENST00000420699.2:5826_5782:ANKRD36-001:ENST00000461153.2:5826_5782
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chr2	101622815	.	T	TA	17.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1291;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;SZ=1;TR=8;TU=ACAG;VQSLOD=5.3138;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL31:ENSG00000071082.5:+:insertionFS:2/8:RPL31-001:ENST00000264258.3:378_350:RPL31-010:ENST00000409733.1:378_350
chr2	101624332	.	A	AAAG,AAGG	12558.34	PASS	AA=0;AC=88,0;AF=0.1158,0.0000;AN=760;BaseQRankSum=-18.201;DP=2368;DS;FS=0.270;HR=4;HU=A;HaplotypeScore=23.7602;InbreedingCoeff=0.1186;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.845;QD=30.26;ReadPosRankSum=-1.788;SB=-5001.50;SZ=3;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.0346;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TBC1D8:ENSG00000204634.8:-:insertionNFS:2/2:TBC1D8-011:ENST00000376840.4:3423_3374_1125_F->SF:TBC1D8-001:ENST00000409318.1:3468_3419_1140_F->SF,2:TBC1D8:ENSG00000204634.8:-:insertionNFS:2/2:TBC1D8-011:ENST00000376840.4:3423_3374_1125_F->SF:TBC1D8-001:ENST00000409318.1:3468_3419_1140_F->SF
chr2	101911464	.	TA	T	4.64	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=642;BaseQRankSum=2.289;DP=1372;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=10.7743;InbreedingCoeff=0.0657;MQ=73.02;MQ0=0;MQRankSum=0.559;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.253;SB=-29.88;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF149:ENSG00000163162.4:-:deletionFS:1/1:RNF149-001:ENST00000295317.3:1203_640
chr2	102014028	.	T	TTC	23.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1066;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.4661;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RFX8:ENSG00000196460.7:-:insertionFS:2/3:RFX8-201:ENST00000376826.2:1761_1743:RFX8-001:ENST00000428343.1:1422_1404
chr2	102019104	.	GC	G	376.79	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=678;DP=1568;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=9.0926;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RFX8:ENSG00000196460.7:-:deletionFS:2/3:RFX8-201:ENST00000376826.2:1761_1378:RFX8-001:ENST00000428343.1:1422_1039
chr2	102022451	.	GAGA	G	1529.84	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0265;AN=716;BaseQRankSum=9.088;DP=1989;DS;FS=9.022;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.7815;InbreedingCoeff=0.0857;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=0.379;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.381;SB=-680.23;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=7.7586;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RFX8:ENSG00000196460.7:-:deletionNFS:2/3:RFX8-201:ENST00000376826.2:1761_1221_407_LT->T:RFX8-001:ENST00000428343.1:1422_882_294_LT->T
chr2	102791096	.	C	CA	13.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1034;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0141;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL1R1:ENSG00000115594.7:+:insertionFS:6/7:IL1R1-201:ENST00000233946.3:1710_1041:IL1R1-006:ENST00000409929.1:1617_1041:IL1R1-001:ENST00000410023.1:1710_1041:IL1R1-002:ENST00000409288.1:1344_1041:IL1R1-004:ENST00000409329.1:1344_1041:IL1R1-013:ENST00000424272.1:1344_1041
chr2	102968209	.	TC	T	13168.40	PASS	AA=0;AC=647;AF=0.33981;AN=1904;BaseQRankSum=37.003;DP=4565;DS;FS=15.446;HR=2;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=19.4118;InbreedingCoeff=0.0899;MQ=66.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.353;QD=8.48;ReadPosRankSum=1.027;SB=-4828.97;SZ=-1;TR=8;TU=CCCT;VQSLOD=5.6627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL1RL1:ENSG00000115602.12:+:deletionFS:1/5:IL1RL1-001:ENST00000233954.1:1671_1499
chr2	102968212	.	A	AG	18867.25	PASS	AA=0;AC=685;AF=0.36129;AN=1896;BaseQRankSum=37.569;DP=4550;DS;FS=7.866;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=19.0456;InbreedingCoeff=0.0740;MQ=66.08;MQ0=0;MQRankSum=0.346;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.358;SB=-7400.78;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.4993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL1RL1:ENSG00000115602.12:+:insertionFS:1/5:IL1RL1-001:ENST00000233954.1:1671_1502
chr2	103353105	.	C	CAAG	124.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=362;DP=727;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.8230;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MFSD9:ENSG00000135953.6:-:insertionNFS:1/1:MFSD9-001:ENST00000258436.5:1425_165_55_L->FL
chr2	103414321	.	G	GTT	9.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=546;DP=1319;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=1;SZ=2;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.2959;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM182:ENSG00000170417.10:+:spliceOverlap:3/3:TMEM182-004:ENST00000409173.1:561:TMEM182-001:ENST00000412401.2:690:TMEM182-003:ENST00000409528.1:402
chr2	104995632	.	TGTCA	T	326.89	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0071;AN=560;DP=1731;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.9782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC068535.1:ENSG00000255677.1:-:deletionFS:1/1:AC068535.1-201:ENST00000539614.1:567_474
chr2	105472775	.	GCAC	G	63.76	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0302;AN=398;BaseQRankSum=1.934;DP=462;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=7.2320;InbreedingCoeff=0.1505;MQ=53.04;MQ0=0;MQRankSum=0.788;QD=2.20;ReadPosRankSum=0.911;SB=-25.37;SZ=-3;TR=24;TU=ACC;VQSLOD=6.2160;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:POU3F3:ENSG00000198914.1:+:deletionNFS:1/1:POU3F3-001:ENST00000361360.1:1503_807_269_EH->E
chr2	105713681	.	CAG	C	87.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1160;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.2568;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MRPS9:ENSG00000135972.4:+:deletionFS:1/1:MRPS9-001:ENST00000258455.3:1191_998
chr2	105953938	rs3217439	G	GC	52154.40	PASS	AA=1;AC=1274;AF=0.75029;AN=1698;BaseQRankSum=-9.684;DB;DP=2790;FS=5.347;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=9.4249;InbreedingCoeff=0.1278;MQ=69.57;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=36.04;ReadPosRankSum=1.628;SB=-18997.46;SZ=-1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=10.4607;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2orf49:ENSG00000135974.5:+:insertionFS:1/3:C2orf49-201:ENST00000437250.2:687_8
chr2	108924881	.	GA	G	2351.38	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0592;AN=456;BaseQRankSum=9.191;DP=1230;DS;FS=4.672;HR=1;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=14.0995;InbreedingCoeff=0.1201;MQ=62.72;MQ0=0;MQRankSum=2.498;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.723;SB=-1227.76;SZ=-1;TR=8;TU=AAAG;VQSLOD=8.4727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SULT1C2:ENSG00000198203.5:+:deletionFS:4/4:SULT1C2-001:ENST00000251481.6:891_852:SULT1C2-002:ENST00000326853.5:924_885:SULT1C2-005:ENST00000409880.1:780_741:SULT1C2-007:ENST00000437390.2:933_894
chr2	109381108	.	A	AT	8.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=508;DP=1532;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.4931;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RANBP2:ENSG00000153201.10:+:insertionFS:1/2:RANBP2-001:ENST00000283195.6:9675_4113
chr2	109382540	.	GCTT	G	22.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1342;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6617;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RANBP2:ENSG00000153201.10:+:deletionNFS:1/2:RANBP2-001:ENST00000283195.6:9675_5545_1849_AS->A
chr2	109432454	.	GATC	G	142.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=888;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SB=-91.25;SZ=-3;TR=9;TU=ATC;VQSLOD=7.4620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC138:ENSG00000163006.6:+:deletionNFS:2/2:CCDC138-001:ENST00000295124.4:1998_1099_367_DH->D:CCDC138-002:ENST00000412964.2:1734_1099_367_DH->D
chr2	109745782	rs11272340	TGGCCGGTCCCCGCCACGCA	T	3991.99	PASS	AA=0;AC=216;AF=0.8244;AN=262;BaseQRankSum=6.714;DB;DP=399;FS=46.544;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=33.9469;InbreedingCoeff=0.3287;MQ=56.82;MQ0=0;MQRankSum=2.432;QD=7.14;ReadPosRankSum=4.549;SB=-628.70;SZ=-19;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7956;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC133109.1:ENSG00000256140.1:-:spliceOverlap:1/1:AC133109.1-201:ENST00000540446.1:792
chr2	109960829	.	AGC	A	72.53	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00382;AN=1048;BaseQRankSum=9.396;DP=2772;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.4227;InbreedingCoeff=0.0373;MQ=69.30;MQ0=0;MQRankSum=2.125;QD=2.42;ReadPosRankSum=-0.062;SB=-122.83;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.4908;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC109344.1:ENSG00000255842.1:-:deletionFS:1/1:AC109344.1-201:ENST00000545863.1:690_546
chr2	109960830	.	GCT	G	983.46	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.01245;AN=1044;BaseQRankSum=7.166;DP=2761;DS;FS=0.639;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.2264;InbreedingCoeff=0.0443;MQ=69.29;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=16.96;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-565.15;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.9760;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC109344.1:ENSG00000255842.1:-:deletionFS:1/1:AC109344.1-201:ENST00000545863.1:690_545
chr2	109961045	.	G	GC	6.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1220;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.5711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC109344.1:ENSG00000255842.1:-:insertionFS:1/1:AC109344.1-201:ENST00000545863.1:690_330
chr2	110053502	.	G	GGCCCAC	197.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=370;DP=774;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=6;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4393;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SH3RF3:ENSG00000172985.8:+:insertionNFS:1/1:SH3RF3-201:ENST00000309415.6:2649_1728_576_Q->QAH
chr2	110301827	.	GT	G,GTT	338.29	PASS	AA=.;AC=24,16;AF=0.0241,0.0161;AN=994;BaseQRankSum=1.905;DP=2237;DS;FS=0.000;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=10.6659;InbreedingCoeff=0.2337;MQ=65.39;MQ0=0;MQRankSum=1.470;QD=1.66;ReadPosRankSum=-2.235;SB=-375.45;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=7.6360;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SEPT10:ENSG00000186522.9:-:deletionFS:1/8:SEPT10-002:ENST00000356688.4:1635_1507,2:SEPT10:ENSG00000186522.9:-:insertionFS:1/8:SEPT10-002:ENST00000356688.4:1635_1507
chr2	110323407	.	AC	A	11.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;DP=1739;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5452;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEPT10:ENSG00000186522.9:-:deletionFS:8/8:SEPT10-002:ENST00000356688.4:1635_792:SEPT10-001:ENST00000397712.2:1365_792:SEPT10-006:ENST00000397714.2:1296_723:SEPT10-201:ENST00000334001.6:966_393:SEPT10-003:ENST00000437928.1:1422_747:SEPT10-004:ENST00000415095.1:1353_792:SEPT10-203:ENST00000545389.1:852_291:SEPT10-202:ENST00000352314.2:954_666
chr2	110372801	.	ATCGGTGGCC	A	142.50	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=452;DP=878;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-9;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6875;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD57:ENSG00000198142.3:+:deletionNFS:1/1:ANKRD57-001:ENST00000356454.3:1578_735_245_ASVA->A
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chr2	111408258	.	C	CA	57.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1341;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.4598;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BUB1:ENSG00000169679.9:-:insertionFS:4/4:BUB1-001:ENST00000302759.6:3258_2068:BUB1-002:ENST00000409311.1:3087_2068:BUB1-201:ENST00000535254.1:3198_2008:BUB1-202:ENST00000541432.1:2473_2068
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chr2	113074058	.	A	AG	7.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=937;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.0249;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZC3H6:ENSG00000188177.8:+:insertionFS:3/3:ZC3H6-201:ENST00000343936.4:3570_759:ZC3H6-001:ENST00000409871.1:3570_759:ZC3H6-202:ENST00000542974.1:2676_690
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chr2	114392640	.	CG	C	4282.42	PASS	AA=0;AC=84;AF=0.05957;AN=1410;BaseQRankSum=9.501;DP=2622;DS;FS=1.937;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.9492;InbreedingCoeff=0.1171;MQ=29.23;MQ0=737;MQRankSum=-1.316;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.989;SB=-1888.69;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.6699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RABL2A:ENSG00000144134.12:+:deletionFS:4/6:RABL2A-003:ENST00000393165.3:690_230:RABL2A-001:ENST00000393166.3:687_230:RABL2A-002:ENST00000393167.3:687_230:RABL2A-013:ENST00000409875.1:717_230
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chr2	118575157	.	CAAG	C	667.17	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0163;AN=552;DP=1306;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.8716;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX18:ENSG00000088205.7:+:deletionNFS:1/2:DDX18-001:ENST00000263239.2:2013_223_75_QE->Q
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chr2	122486058	.	C	CT	8.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1218;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.9751;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MKI67IP:ENSG00000155438.6:-:insertionFS:1/2:MKI67IP-001:ENST00000285814.4:882_619
chr2	127810999	.	TC	T	4.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=298;BaseQRankSum=1.005;DP=663;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=12.6895;InbreedingCoeff=0.0093;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=0.785;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.573;SB=-29.01;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8357;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BIN1:ENSG00000136717.10:-:deletionFS:2/11:BIN1-001:ENST00000316724.5:1782_1262:BIN1-002:ENST00000357970.3:1653_1133
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chr2	128431254	.	C	CCA	88.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1325;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=13;TU=ACCTCC;VQSLOD=8.3730;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LIMS2:ENSG00000072163.11:-:insertionFS:2/15:LIMS2-206:ENST00000544917.1:1092_75:LIMS2-207:ENST00000545738.1:1092_75
chr2	128459631	.	GTGGCCGCGCTGC	G	357.54	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0076;AN=394;BaseQRankSum=3.411;DP=611;FS=10.203;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.8270;InbreedingCoeff=0.1411;MQ=55.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.542;QD=39.73;ReadPosRankSum=2.006;SB=-86.92;SZ=-12;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9149;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SFT2D3:ENSG00000173349.4:+:deletionNFS:1/1:SFT2D3-001:ENST00000310981.4:648_529_177_VAALL->V
chr2	128631758	.	GC	G	4.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;BaseQRankSum=2.470;DP=1446;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.3518;InbreedingCoeff=0.0463;MQ=60.43;MQ0=0;MQRankSum=-1.934;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.421;SB=-43.97;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0166;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMMECR1L:ENSG00000144233.5:-:deletionFS:2/2:AMMECR1L-201:ENST00000272647.5:933_51:AMMECR1L-001:ENST00000393001.1:933_51
chr2	128757378	.	TA	T	4.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;BaseQRankSum=1.354;DP=1922;DS;FS=2.558;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.2450;InbreedingCoeff=0.1312;MQ=67.18;MQ0=0;MQRankSum=0.823;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.523;SB=-31.04;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.2357;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SAP130:ENSG00000136715.13:-:deletionFS:3/3:SAP130-001:ENST00000259235.3:3147_1228:SAP130-201:ENST00000357702.5:3252_1228:SAP130-002:ENST00000259234.6:3171_1150
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chr2	130869599	.	C	CTT	98.50	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0060;AN=336;DP=470;HR=6;HRun=6;HU=T;SZ=2;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.5493;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:POTEF:ENSG00000196604.7:-:insertionFS:4/4:POTEF-201:ENST00000357462.5:3228_886:POTEF-001:ENST00000409914.2:3228_886:POTEF-202:ENST00000360967.5:1131_886:POTEF-203:ENST00000361163.4:1185_916
chr2	130872899	.	GT	G	40.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=352;DP=897;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;SB=-31.67;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.1416;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POTEF:ENSG00000196604.7:-:deletionFS:4/4:POTEF-201:ENST00000357462.5:3228_524:POTEF-001:ENST00000409914.2:3228_524:POTEF-202:ENST00000360967.5:1131_524:POTEF-203:ENST00000361163.4:1185_524
chr2	130900829	.	GCC	G	10.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;DP=1521;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3772;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC74B:ENSG00000152076.13:-:deletionFS:1/6:CCDC74B-011:ENST00000409234.3:678_308
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chr2	131127740	.	TG	T	11.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=651;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2849;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTPN18:ENSG00000072135.7:+:deletionFS:3/3:PTPN18-003:ENST00000409022.1:1332_603:PTPN18-001:ENST00000175756.5:1383_666:PTPN18-002:ENST00000347849.3:1062_345
chr2	131129928	rs112040677	AGACGGG	A	6857.72	PASS	AA=.;AC=287;AF=0.3113;AN=922;BaseQRankSum=12.121;DB;DP=1326;FS=3.124;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.3575;InbreedingCoeff=0.2483;MQ=61.20;MQ0=0;MQRankSum=-4.034;QD=18.00;ReadPosRankSum=1.997;SB=-2747.16;SZ=.;TR=25;TU=ACGGGG;VQSLOD=9.6205;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PTPN18:ENSG00000072135.7:+:deletionNFS:3/3:PTPN18-003:ENST00000409022.1:1332_1049_350_QTG->Q:PTPN18-001:ENST00000175756.5:1383_1112_371_QTG->Q:PTPN18-002:ENST00000347849.3:1062_791_264_QTG->Q
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chr2	131519747	.	A	ACT	55.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=386;DP=784;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM123C:ENSG00000178171.6:+:insertionFS:2/2:FAM123C-201:ENST00000321420.4:2586_102:FAM123C-001:ENST00000423981.1:2586_102
chr2	131796503	.	CA	C	4.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=596;BaseQRankSum=1.669;DP=1356;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.0484;InbreedingCoeff=0.0750;MQ=71.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.549;QD=0.87;ReadPosRankSum=-0.518;SB=-33.30;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4486;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF4:ENSG00000136002.12:+:deletionFS:5/7:ARHGEF4-001:ENST00000326016.5:2073_645:ARHGEF4-005:ENST00000409303.1:1893_645:ARHGEF4-201:ENST00000392953.3:2013_645:ARHGEF4-002:ENST00000525839.1:2013_645:ARHGEF4-009:ENST00000355771.3:1860_432
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chr2	133403080	rs10631541	T	TAAG	5455.11	PASS	AA=0;AC=40;AF=0.02639;AN=1516;BaseQRankSum=-10.588;DB;DP=3539;DS;FS=3.174;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.5604;InbreedingCoeff=0.0854;MQ=57.22;MQ0=0;MQRankSum=0.127;QD=36.37;ReadPosRankSum=2.875;SB=-1997.88;SZ=3;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.7157;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR39:ENSG00000183840.5:+:insertionNFS:1/1:GPR39-001:ENST00000329321.3:1362_1263_421_S->SK
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chr2	135744831	.	CT	C	7.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1385;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.4272;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:YSK4:ENSG00000176601.7:-:deletionFS:3/7:YSK4-002:ENST00000358371.4:3648_1272:YSK4-001:ENST00000375845.3:3987_1611:YSK4-006:ENST00000392915.1:3459_1662
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chr2	141607766	.	G	GC	7.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=964;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.7911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRP1B:ENSG00000168702.11:-:insertionFS:2/2:LRP1B-001:ENST00000389484.3:13800_4844:LRP1B-201:ENST00000544579.1:13614_4658
chr2	141660673	.	T	TC	12.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1142;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0750;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRP1B:ENSG00000168702.11:-:insertionFS:2/2:LRP1B-001:ENST00000389484.3:13800_3582:LRP1B-201:ENST00000544579.1:13614_3396
chr2	148683668	.	CA	C	6.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1402;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACVR2A:ENSG00000121989.10:+:deletionFS:3/3:ACVR2A-001:ENST00000241416.7:1542_1285:ACVR2A-002:ENST00000404590.1:1542_1285:ACVR2A-201:ENST00000535787.1:1218_961
chr2	149541310	.	GTTGT	G	54.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=1325;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=5.1544;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPC2:ENSG00000135999.7:+:deletionFS:1/2:EPC2-001:ENST00000258484.6:2424_2002
chr2	149542570	.	GGT	G,GGTGT	108.25	PASS	AA=0;AC=3,2;AF=0.0063,0.0042;AN=480;DP=1614;DS;HR=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=14;TU=GT;VQSLOD=7.5065;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPC2:ENSG00000135999.7:+:spliceOverlap:1/2:EPC2-001:ENST00000258484.6:2424,2:EPC2:ENSG00000135999.7:+:spliceOverlap:1/2:EPC2-001:ENST00000258484.6:2424
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chr2	152236045	rs35060021	TAA	T,TA,TAAA	12285.71	PASS	AA=.;AC=62,709,136;AF=0.03656,0.41804,0.08019;AN=1696;BaseQRankSum=11.959;DB;DP=3398;FS=1.773;HR=14;HU=A;HaplotypeScore=13.8766;InbreedingCoeff=0.3567;MQ=65.97;MQ0=0;MQRankSum=2.416;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.932;SB=-5904.23;SZ=.;TR=14;TU=A;VQSLOD=9.1368;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TNFAIP6:ENSG00000123610.3:+:deletionFS:1/1:TNFAIP6-001:ENST00000243347.3:834_832,2:TNFAIP6:ENSG00000123610.3:+:deletionFS:1/1:TNFAIP6-001:ENST00000243347.3:834_832,3:TNFAIP6:ENSG00000123610.3:+:endOverlap:1/1:TNFAIP6-001:ENST00000243347.3:834
chr2	152300057	.	TG	T	6.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=622;DP=1248;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.2928;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:deletionFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_1820:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_1820:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_1820:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_1820:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_1820
chr2	152316607	.	AAAG	A	65.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=534;DP=1187;DS;HR=6;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.5599;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:deletionNFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_3049_1017_KE->K:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_3049_1017_KE->K:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_3049_1017_KE->K:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_3049_1017_KE->K:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_3049_1017_KE->K
chr2	152319851	.	TC	T	4.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;BaseQRankSum=1.674;DP=1423;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=9.9182;InbreedingCoeff=0.1035;MQ=76.52;MQ0=0;MQRankSum=0.175;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.587;SB=-28.02;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.2866;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:deletionFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_3817:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_3817:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_3817:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_3817:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_3817
chr2	152320712	.	AAAG	A	317.71	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0057;AN=526;DP=1368;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=7.7574;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:deletionNFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_4678_1560_KE->K:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_4678_1560_KE->K:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_4678_1560_KE->K:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_4678_1560_KE->K:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_4678_1560_KE->K
chr2	152320880	.	TCTC	T	120.54	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0067;AN=446;DP=1276;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.1145;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:deletionNFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_4846_1616_SP->S:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_4846_1616_SP->S:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_4846_1616_SP->S:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_4846_1616_SP->S:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_4846_1616_SP->S
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chr2	152321664	.	T	TG	4.39	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=472;BaseQRankSum=2.146;DP=1285;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.1401;InbreedingCoeff=0.0387;MQ=78.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.719;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.001;SB=-3.77;SZ=.;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.2704;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RIF1:ENSG00000080345.12:+:insertionFS:5/6:RIF1-001:ENST00000243326.4:7419_5630:RIF1-004:ENST00000428287.2:7341_5630:RIF1-007:ENST00000430328.2:7341_5630:RIF1-003:ENST00000444746.2:7419_5630:RIF1-002:ENST00000453091.2:7341_5630
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chr2	157435634	.	GA	G	95.90	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=716;DP=1505;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.6590;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPD2:ENSG00000115159.10:+:deletionFS:4/5:GPD2-001:ENST00000310454.5:2184_1917:GPD2-003:ENST00000409674.1:2184_1917:GPD2-002:ENST00000438166.2:2184_1917:GPD2-201:ENST00000409125.4:1503_1236
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chr2	159530217	.	G	GC	16.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1016;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;SZ=1;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=6.0313;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PKP4:ENSG00000144283.15:+:insertionFS:2/4:PKP4-001:ENST00000389757.3:3450_2953:PKP4-002:ENST00000389759.3:3579_2953
chr2	160205275	.	A	AG	11.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1114;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.1051;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BAZ2B:ENSG00000123636.11:-:insertionFS:4/7:BAZ2B-201:ENST00000343439.5:6207_4907:BAZ2B-202:ENST00000355831.2:6405_5105:BAZ2B-002:ENST00000392782.1:6399_5099:BAZ2B-001:ENST00000392783.2:6507_5207
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chr2	163250930	.	CCTT	C	548.20	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0107;AN=840;BaseQRankSum=6.084;DP=2639;DS;FS=0.890;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.6485;InbreedingCoeff=0.0223;MQ=77.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.020;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.686;SB=-336.01;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.8254;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNH7:ENSG00000184611.7:-:deletionNFS:1/2:KCNH7-001:ENST00000332142.5:3591_2679_893_RK->K
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chr2	165755018	.	TGA	T	74.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1291;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=8;TU=AG;VQSLOD=7.4550;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC38A11:ENSG00000169507.5:-:deletionFS:4/4:SLC38A11-002:ENST00000409058.1:1314_1243:SLC38A11-001:ENST00000303735.4:1155_1084:SLC38A11-003:ENST00000409149.3:1221_1150:SLC38A11-009:ENST00000409662.1:1221_1150
chr2	166011016	.	C	CTA	29.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=704;DP=1302;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.3904;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN3A:ENSG00000153253.10:-:insertionFS:3/4:SCN3A-001:ENST00000283254.7:6003_1326:SCN3A-201:ENST00000360093.3:6003_1326:SCN3A-002:ENST00000409101.3:5856_1326
chr2	166032775	rs72471101	CATT	C	7431.38	PASS	AA=0;AC=104;AF=0.06887;AN=1510;BaseQRankSum=18.705;DB;DP=3612;DS;FS=1.966;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.7021;InbreedingCoeff=0.1838;MQ=68.64;MQ0=0;MQRankSum=2.145;QD=24.45;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-3512.11;SZ=-3;TR=10;TU=ATC;VQSLOD=9.5012;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SCN3A:ENSG00000153253.10:-:deletionNFS:3/4:SCN3A-001:ENST00000283254.7:6003_130_44_DD->D:SCN3A-201:ENST00000360093.3:6003_130_44_DD->D:SCN3A-002:ENST00000409101.3:5856_130_44_DD->D
chr2	166032878	.	T	TG	5.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;BaseQRankSum=-2.440;DP=1426;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=10.4161;InbreedingCoeff=0.1207;MQ=74.84;MQ0=0;MQRankSum=-2.169;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-31.90;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.5445;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SCN3A:ENSG00000153253.10:-:insertionFS:3/4:SCN3A-001:ENST00000283254.7:6003_27:SCN3A-201:ENST00000360093.3:6003_27:SCN3A-002:ENST00000409101.3:5856_27
chr2	166167052	.	C	CT	13.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=919;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ACT;VQSLOD=5.0627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN2A:ENSG00000136531.9:+:insertionFS:4/4:SCN2A-201:ENST00000283256.6:6018_917:SCN2A-202:ENST00000357398.3:6018_917:SCN2A-002:ENST00000375427.2:6018_917:SCN2A-001:ENST00000375437.2:6018_917
chr2	166210771	.	G	GA	18.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1249;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=ATG;VQSLOD=5.2963;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN2A:ENSG00000136531.9:+:insertionFS:4/4:SCN2A-201:ENST00000283256.6:6018_2989:SCN2A-202:ENST00000357398.3:6018_2989:SCN2A-002:ENST00000375427.2:6018_2989:SCN2A-001:ENST00000375437.2:6018_2989
chr2	166243373	.	C	CA	12.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1209;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4148;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN2A:ENSG00000136531.9:+:insertionFS:4/4:SCN2A-201:ENST00000283256.6:6018_4669:SCN2A-202:ENST00000357398.3:6018_4669:SCN2A-002:ENST00000375427.2:6018_4669:SCN2A-001:ENST00000375437.2:6018_4669
chr2	166606361	.	TG	T	6.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1558;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4625;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GALNT3:ENSG00000115339.9:-:deletionFS:2/2:GALNT3-001:ENST00000392701.3:1902_1670:GALNT3-010:ENST00000409882.1:1116_884
chr2	166799830	.	G	GC	4.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;BaseQRankSum=-0.624;DP=1069;FS=2.624;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.8415;InbreedingCoeff=-0.0143;MQ=68.57;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.594;SB=-30.24;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC21B:ENSG00000123607.10:-:insertionFS:1/2:TTC21B-001:ENST00000243344.7:3951_451
chr2	166810193	.	A	ACCCGCTCC	8130.02	PASS	AA=.;AC=339;AF=0.29894;AN=1134;BaseQRankSum=7.385;DP=1079;FS=16.089;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.3658;InbreedingCoeff=0.1384;MQ=71.04;MQ0=1;MQRankSum=-4.233;QD=24.49;ReadPosRankSum=1.791;SB=-2878.82;SZ=.;TR=34;TU=ACCCGCTC;VQSLOD=6.1994;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTC21B:ENSG00000123607.10:-:spliceOverlap:1/2:TTC21B-001:ENST00000243344.7:3951
chr2	167273376	.	A	AAG	46.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1292;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6010;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN7A:ENSG00000136546.8:-:insertionFS:2/2:SCN7A-201:ENST00000259060.4:5049_3255:SCN7A-001:ENST00000409855.1:5049_3255
chr2	167300134	.	T	TG	4.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=522;BaseQRankSum=-2.416;DP=1149;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=10.8486;InbreedingCoeff=0.0747;MQ=60.79;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=0.56;ReadPosRankSum=1.907;SB=-28.27;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.9959;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SCN7A:ENSG00000136546.8:-:insertionFS:2/2:SCN7A-201:ENST00000259060.4:5049_1679:SCN7A-001:ENST00000409855.1:5049_1679
chr2	167327138	.	A	AC	46.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=1043;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.5364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN7A:ENSG00000136546.8:-:insertionFS:2/2:SCN7A-201:ENST00000259060.4:5049_651:SCN7A-001:ENST00000409855.1:5049_651
chr2	168103793	.	T	TA	15.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;BaseQRankSum=-2.444;DP=1427;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=4.8983;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XIRP2:ENSG00000163092.14:+:insertionFS:3/9:XIRP2-201:ENST00000295237.9:10650_5891:XIRP2-001:ENST00000409195.1:10650_5891:XIRP2-005:ENST00000409273.1:9984_5225
chr2	168105734	.	G	GC	44.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1399;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=AGCCC;VQSLOD=5.5421;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XIRP2:ENSG00000163092.14:+:insertionFS:4/9:XIRP2-201:ENST00000295237.9:10650_7832:XIRP2-001:ENST00000409195.1:10650_7832:XIRP2-005:ENST00000409273.1:9984_7166:XIRP2-203:ENST00000413534.2:2892_74
chr2	169103796	.	C	CGGG	67.71	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0439;AN=114;DP=75;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=28;TU=CCGGGG;VQSLOD=5.2719;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STK39:ENSG00000198648.6:-:insertionNFS:1/1:STK39-001:ENST00000355999.4:1638_150_50_A->AP
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chr2	169938100	.	T	TC	19.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=518;DP=1307;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.2094;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHRS9:ENSG00000073737.11:+:insertionFS:6/7:DHRS9-202:ENST00000432060.2:1140_189:DHRS9-002:ENST00000327239.4:960_9:DHRS9-001:ENST00000357546.2:960_9:DHRS9-201:ENST00000412271.1:960_9:DHRS9-005:ENST00000428522.1:960_9:DHRS9-004:ENST00000436483.2:960_9
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chr2	170428292	.	GTCT	G	69.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=528;DP=1175;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.6607;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FASTKD1:ENSG00000138399.13:-:deletionNFS:2/2:FASTKD1-001:ENST00000453153.2:2544_248_83_TS->S:FASTKD1-003:ENST00000453929.2:2415_248_83_TS->S
chr2	170489784	.	T	TA	17.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=338;DP=791;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.3112;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPIG:ENSG00000138398.10:+:insertionFS:1/5:PPIG-002:ENST00000462903.1:1074_1044
chr2	170489796	.	ATT	A	293.87	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0119;AN=420;DP=977;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.5399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPIG:ENSG00000138398.10:+:deletionFS:1/5:PPIG-002:ENST00000462903.1:1074_1056
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chr2	173852959	.	AT	A	4.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;BaseQRankSum=1.692;DP=1436;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=10.1940;InbreedingCoeff=0.0828;MQ=71.40;MQ0=1;MQRankSum=0.668;QD=1.09;ReadPosRankSum=0.049;SB=-31.52;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.1713;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAPGEF4:ENSG00000091428.10:+:deletionFS:9/10:RAPGEF4-201:ENST00000264111.6:3033_1183:RAPGEF4-001:ENST00000397081.3:3036_1186:RAPGEF4-011:ENST00000409036.1:2832_1186:RAPGEF4-004:ENST00000397087.3:2604_754:RAPGEF4-204:ENST00000538974.1:2523_673:RAPGEF4-205:ENST00000539331.1:2577_727:RAPGEF4-207:ENST00000540783.1:2577_727:RAPGEF4-206:ENST00000539767.1:1200_667:RAPGEF4-202:ENST00000535187.1:2376_526
chr2	173891810	.	TG	T	7.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=518;DP=1121;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3286;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAPGEF4:ENSG00000091428.10:+:deletionFS:8/10:RAPGEF4-201:ENST00000264111.6:3033_2378:RAPGEF4-001:ENST00000397081.3:3036_2381:RAPGEF4-011:ENST00000409036.1:2832_2381:RAPGEF4-004:ENST00000397087.3:2604_1949:RAPGEF4-204:ENST00000538974.1:2523_1868:RAPGEF4-205:ENST00000539331.1:2577_1922:RAPGEF4-207:ENST00000540783.1:2577_1922:RAPGEF4-202:ENST00000535187.1:2376_1721
chr2	174086198	.	TGAC	T	51.57	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=566;DP=1675;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9098;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013461.1:ENSG00000091436.12:+:deletionNFS:3/5:AC013461.1-201:ENST00000338983.3:1368_1308_436_GD->G:AC013461.1-002:ENST00000539448.1:1368_1308_436_GD->G:AC013461.1-202:ENST00000431503.2:1065_1005_335_GD->G
chr2	174086201	.	CGAT	C,CGATGATGAT	67.99	PASS	AA=.;AC=12,5;AF=0.01109,0.00462;AN=1082;BaseQRankSum=3.173;DP=3281;DS;FS=0.000;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=33.1360;InbreedingCoeff=0.1336;MQ=73.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.024;QD=0.65;ReadPosRankSum=-0.113;SB=-82.22;SZ=.;TR=17;TU=ATG;VQSLOD=5.7865;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC013461.1:ENSG00000091436.12:+:deletionNFS:3/5:AC013461.1-201:ENST00000338983.3:1368_1311_437_DD->D:AC013461.1-002:ENST00000539448.1:1368_1311_437_DD->D:AC013461.1-202:ENST00000431503.2:1065_1008_336_DD->D,2:AC013461.1:ENSG00000091436.12:+:insertionNFS:3/5:AC013461.1-201:ENST00000338983.3:1368_1311_437_D->DDDD:AC013461.1-002:ENST00000539448.1:1368_1311_437_D->DDDD:AC013461.1-202:ENST00000431503.2:1065_1008_336_D->DDDD
chr2	175292580	.	TTCAAATTTATCAG	T	36447.88	PASS	AA=0;AC=427;AF=0.22079;AN=1934;BaseQRankSum=32.519;DP=4568;DS;FS=2.763;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=46.8275;InbreedingCoeff=0.1224;MQ=75.86;MQ0=0;MQRankSum=-15.545;QD=31.47;ReadPosRankSum=2.698;SB=-17330.68;SZ=-13;TR=31;TU=AAATTTATCAGTC;VQSLOD=5.9218;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCRN3:ENSG00000144306.8:+:deletionFS:2/2:SCRN3-006:ENST00000409673.3:1254_1211:SCRN3-001:ENST00000272732.5:1275_1232
chr2	175335251	.	A	AC	18.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1203;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.9284;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR155:ENSG00000163328.8:-:insertionFS:3/4:GPR155-002:ENST00000295500.4:2613_893:GPR155-003:ENST00000392551.2:2613_893:GPR155-001:ENST00000392552.2:2613_893
chr2	175618467	.	TC	T	45.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1308;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.4609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHRNA1:ENSG00000138435.10:-:deletionFS:5/5:CHRNA1-002:ENST00000261007.5:1449_617:CHRNA1-001:ENST00000348749.5:1374_542:CHRNA1-005:ENST00000409219.1:1134_542:CHRNA1-003:ENST00000409542.1:1128_296:CHRNA1-004:ENST00000409323.1:810_542
chr2	175957905	.	T	TG	11.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1216;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SB=0.96;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7338;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATF2:ENSG00000115966.11:-:insertionFS:8/12:ATF2-001:ENST00000264110.2:1518_1069:ATF2-002:ENST00000392544.1:1518_1069:ATF2-205:ENST00000542046.1:1449_1000:ATF2-011:ENST00000409437.1:1170_721:ATF2-202:ENST00000426833.3:1464_1015:ATF2-013:ENST00000345739.5:1344_895:ATF2-012:ENST00000409635.1:1344_895:ATF2-204:ENST00000538946.1:1134_1015
chr2	176988290	rs10665265	C	CGCA	24064.76	PASS	AA=.;AC=527;AF=0.32056;AN=1644;BaseQRankSum=-17.380;DB;DP=2785;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.8978;InbreedingCoeff=0.2513;MQ=68.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.930;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.628;SB=-9724.50;SZ=.;TR=12;TU=AGC;VQSLOD=8.5449;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HOXD9:ENSG00000128709.8:+:insertionNFS:1/1:HOXD9-001:ENST00000249499.5:1059_794_265_P->PQ
chr2	176988302	rs74937422	A	AGCC	11642.67	PASS	AA=.;AC=436;AF=0.24142;AN=1806;BaseQRankSum=24.678;DB;DP=3081;FS=1.097;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.4339;InbreedingCoeff=0.0669;MQ=69.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.482;QD=13.99;ReadPosRankSum=8.671;SB=-4163.53;SZ=.;TR=12;TU=AGC;VQSLOD=4.8424;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HOXD9:ENSG00000128709.8:+:insertionNFS:1/1:HOXD9-001:ENST00000249499.5:1059_806_269_Q->QP
chr2	176995302	.	G	GCGCACC	346.74	PASS	AA=.;AC=17;AF=0.0313;AN=544;BaseQRankSum=1.336;DP=607;FS=1.225;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3805;InbreedingCoeff=0.1779;MQ=55.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.831;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-186.21;SZ=.;TR=14;TU=ACCCGC;VQSLOD=7.1028;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HOXD8:ENSG00000175879.6:+:insertionNFS:2/2:HOXD8-001:ENST00000313173.4:873_208_70_A->AHP:HOXD8-201:ENST00000544999.1:870_208_70_A->AHP
chr2	178081611	.	GGCA	G	46.16	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0056;AN=356;DP=1044;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;SZ=-3;TR=8;TU=GGT;VQSLOD=6.8078;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HNRNPA3:ENSG00000170144.11:+:deletionNFS:3/6:HNRNPA3-001:ENST00000392524.2:1137_763_255_GS->G:HNRNPA3-002:ENST00000411529.1:1071_697_233_GS->G:HNRNPA3-014:ENST00000435711.1:1137_763_255_GS->G
chr2	178096593	.	A	AG	7.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1386;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.5289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NFE2L2:ENSG00000116044.10:-:insertionFS:3/4:NFE2L2-001:ENST00000397062.3:1818_738:NFE2L2-002:ENST00000397063.4:1770_690:NFE2L2-008:ENST00000446151.2:1749_669
chr2	178482215	.	ATC	A	25.90	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0036;AN=562;DP=1624;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SB=-37.36;SZ=-2;TR=8;TU=ATC;VQSLOD=6.1865;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC30A:ENSG00000197557.4:-:deletionFS:1/2:TTC30A-001:ENST00000355689.4:1998_1215
chr2	178494173	rs55716909	G	GA,GGGA	78317.80	PASS	AA=0;AC=2,1173;AF=0.00104,0.61157;AN=1918;BaseQRankSum=-26.503;DB;DP=4930;DS;FS=5.176;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=18.1553;InbreedingCoeff=0.1842;MQ=68.56;MQ0=0;MQRankSum=-6.213;QD=34.89;ReadPosRankSum=1.178;SB=-29044.22;SZ=1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=9.8757;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PDE11A:ENSG00000128655.10:-:insertionFS:6/7:PDE11A-002:ENST00000358450.4:2052_2014:PDE11A-001:ENST00000286063.5:2802_2764:PDE11A-004:ENST00000409504.1:1728_1690:PDE11A-202:ENST00000449286.2:1728_1690:PDE11A-003:ENST00000389683.3:1470_1432:PDE11A-203:ENST00000450799.2:375_337,2:PDE11A:ENSG00000128655.10:-:insertionNFS:6/7:PDE11A-002:ENST00000358450.4:2052_2014_672_P->SP:PDE11A-001:ENST00000286063.5:2802_2764_922_P->SP:PDE11A-004:ENST00000409504.1:1728_1690_564_P->SP:PDE11A-202:ENST00000449286.2:1728_1690_564_P->SP:PDE11A-003:ENST00000389683.3:1470_1432_478_P->SP:PDE11A-203:ENST00000450799.2:375_337_113_P->SP
chr2	178494176	.	A	AGGG,AGGT	46465.03	PASS	AA=0;AC=1045,44;AF=0.54145,0.02280;AN=1930;BaseQRankSum=26.719;DP=5041;DS;FS=16.245;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=27.1359;InbreedingCoeff=0.5340;MQ=72.41;MQ0=0;MQRankSum=-11.946;QD=19.77;ReadPosRankSum=10.043;SB=-21627.89;SZ=3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.2928;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PDE11A:ENSG00000128655.10:-:insertionNFS:6/7:PDE11A-002:ENST00000358450.4:2052_2011_671_S->PS:PDE11A-001:ENST00000286063.5:2802_2761_921_S->PS:PDE11A-004:ENST00000409504.1:1728_1687_563_S->PS:PDE11A-202:ENST00000449286.2:1728_1687_563_S->PS:PDE11A-003:ENST00000389683.3:1470_1429_477_S->PS:PDE11A-203:ENST00000450799.2:375_334_112_S->PS,2:PDE11A:ENSG00000128655.10:-:insertionNFS:6/7:PDE11A-002:ENST00000358450.4:2052_2011_671_S->TS:PDE11A-001:ENST00000286063.5:2802_2761_921_S->TS:PDE11A-004:ENST00000409504.1:1728_1687_563_S->TS:PDE11A-202:ENST00000449286.2:1728_1687_563_S->TS:PDE11A-003:ENST00000389683.3:1470_1429_477_S->TS:PDE11A-203:ENST00000450799.2:375_334_112_S->TS
chr2	178565852	.	AC	A	6.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=994;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1098;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE11A:ENSG00000128655.10:-:deletionFS:5/7:PDE11A-002:ENST00000358450.4:2052_1491:PDE11A-001:ENST00000286063.5:2802_2241:PDE11A-004:ENST00000409504.1:1728_1167:PDE11A-202:ENST00000449286.2:1728_1167:PDE11A-003:ENST00000389683.3:1470_909
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chr2	187373435	.	T	TA	10.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1378;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2647;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZC3H15:ENSG00000065548.12:+:insertionFS:1/3:ZC3H15-001:ENST00000337859.6:1281_1256
chr2	187559026	.	C	CCAA	1221.87	PASS	AA=.;AC=300;AF=0.21038;AN=1426;BaseQRankSum=11.964;DP=2022;FS=2.220;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.2395;InbreedingCoeff=0.1560;MQ=64.04;MQ0=2;MQRankSum=-0.364;QD=4.56;ReadPosRankSum=-2.982;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9649;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FAM171B:ENSG00000144369.7:+:insertionNFS:2/2:FAM171B-001:ENST00000304698.5:2481_126_42_I->IQ:FAM171B-201:ENST00000272804.4:1284_126_42_I->IQ
chr2	187559029	rs10693920	A	ACAG,ACAGCAG,ACAGCAGCAG	20641.30	PASS	AA=.;AC=658,151,23;AF=0.51811,0.11890,0.01811;AN=1270;BaseQRankSum=-1.486;DB;DP=1902;FS=10.094;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=23.7847;InbreedingCoeff=0.5527;MQ=61.23;MQ0=13;MQRankSum=-0.007;QD=20.12;ReadPosRankSum=-2.301;SB=-5073.01;SZ=.;TR=20;TU=AGC;VQSLOD=8.4411;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM171B:ENSG00000144369.7:+:insertionNFS:2/2:FAM171B-001:ENST00000304698.5:2481_129_43_Q->QQ:FAM171B-201:ENST00000272804.4:1284_129_43_Q->QQ,2:FAM171B:ENSG00000144369.7:+:insertionNFS:2/2:FAM171B-001:ENST00000304698.5:2481_129_43_Q->QQQ:FAM171B-201:ENST00000272804.4:1284_129_43_Q->QQQ,3:FAM171B:ENSG00000144369.7:+:insertionNFS:2/2:FAM171B-001:ENST00000304698.5:2481_129_43_Q->QQQQ:FAM171B-201:ENST00000272804.4:1284_129_43_Q->QQQQ
chr2	187559047	rs71017336	G	GCAA	532.07	PASS	AA=.;AC=143;AF=0.08228;AN=1738;BaseQRankSum=12.321;DB;DP=2711;FS=52.824;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.9298;InbreedingCoeff=0.0564;MQ=59.67;MQ0=28;MQRankSum=-2.704;QD=1.80;ReadPosRankSum=11.122;SB=-243.48;SZ=.;TR=20;TU=AGC;VQSLOD=5.9207;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FAM171B:ENSG00000144369.7:+:insertionNFS:2/2:FAM171B-001:ENST00000304698.5:2481_147_49_Q->QQ:FAM171B-201:ENST00000272804.4:1284_147_49_Q->QQ
chr2	189872243	.	TG	T	9.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=1193;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.2340;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COL3A1:ENSG00000168542.8:+:deletionFS:1/2:COL3A1-001:ENST00000304636.3:4401_3273
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chr2	190617411	.	T	TA	60.86	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=658;DP=1663;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.0167;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OSGEPL1:ENSG00000128694.7:-:insertionFS:2/3:OSGEPL1-001:ENST00000264151.5:1245_1134:OSGEPL1-003:ENST00000522700.1:1245_1134
chr2	190670539	rs3214425	T	TA,TAA	11317.99	PASS	AA=.;AC=450,24;AF=0.23462,0.01251;AN=1918;BaseQRankSum=-20.473;DB;DP=4195;DS;FS=1.029;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=14.0802;InbreedingCoeff=0.1772;MQ=71.14;MQ0=0;MQRankSum=1.924;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.290;SB=-5413.25;SZ=.;TR=11;TU=A;VQSLOD=8.7986;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PMS1:ENSG00000064933.11:+:insertionFS:1/8:PMS1-004:ENST00000409985.1:546_477,2:PMS1:ENSG00000064933.11:+:insertionFS:1/8:PMS1-004:ENST00000409985.1:546_477
chr2	190682795	.	GTT	G	5.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;BaseQRankSum=1.968;DP=1214;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=13.9906;InbreedingCoeff=-0.0118;MQ=62.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.295;QD=0.74;ReadPosRankSum=-0.026;SB=-29.51;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.7943;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PMS1:ENSG00000064933.11:+:deletionFS:3/8:PMS1-003:ENST00000409823.3:2682_471:PMS1-001:ENST00000441310.2:2799_471:PMS1-010:ENST00000447232.2:2313_471
chr2	190717392	.	T	TG	4.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;BaseQRankSum=-2.437;DP=1055;DS;FS=2.966;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.5081;InbreedingCoeff=0.0411;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.619;SB=1.18;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9197;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PMS1:ENSG00000064933.11:+:insertionFS:6/8:PMS1-003:ENST00000409823.3:2682_594:PMS1-001:ENST00000441310.2:2799_711:PMS1-010:ENST00000447232.2:2313_711:PMS1-202:ENST00000418224.3:2271_183:PMS1-203:ENST00000432292.3:2271_183:PMS1-201:ENST00000392338.2:1707_183
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chr2	191301052	.	TC	T	4.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;BaseQRankSum=1.429;DP=1385;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=10.4465;InbreedingCoeff=0.0837;MQ=70.75;MQ0=0;MQRankSum=1.483;QD=1.10;ReadPosRankSum=0.275;SB=-31.23;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.2027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFSD6:ENSG00000151690.9:+:deletionFS:2/4:MFSD6-201:ENST00000281416.7:2376_297:MFSD6-001:ENST00000392328.1:2376_297
chr2	191795264	.	C	CA	7.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1306;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5958;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLS:ENSG00000115419.8:+:insertionFS:5/5:GLS-001:ENST00000320717.3:2010_1527:GLS-002:ENST00000338435.4:1797_1527:GLS-009:ENST00000409626.1:510_240:GLS-011:ENST00000409428.1:525_42:GLS-012:ENST00000409215.1:312_42
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chr2	196602649	.	G	GAATT	589.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1402;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.7699;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DNAH7:ENSG00000118997.8:-:insertionFS:2/4:DNAH7-001:ENST00000312428.6:12075_12071:DNAH7-008:ENST00000409063.1:1524_1520
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chr2	197002244	.	ATGC	A	26.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1323;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=5.7289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STK17B:ENSG00000081320.5:-:deletionNFS:2/2:STK17B-001:ENST00000263955.4:1119_1046_349_MV->V:STK17B-002:ENST00000409228.1:1119_1046_349_MV->V
chr2	197021184	.	T	TC	11.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1202;DS;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5203;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:STK17B:ENSG00000081320.5:-:insertionFS:2/2:STK17B-001:ENST00000263955.4:1119_314:STK17B-002:ENST00000409228.1:1119_314
chr2	197105274	.	T	TC	15.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1321;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5039;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HECW2:ENSG00000138411.5:-:insertionFS:2/2:HECW2-001:ENST00000260983.2:4719_3663:HECW2-002:ENST00000409111.1:3651_2595
chr2	197184267	.	ACTC	A	401.19	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0069;AN=724;DP=2138;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=ACT;VQSLOD=8.0599;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HECW2:ENSG00000138411.5:-:deletionNFS:2/2:HECW2-001:ENST00000260983.2:4719_1347_449_SS->S:HECW2-002:ENST00000409111.1:3651_279_93_SS->S
chr2	197187279	.	CT	C	7	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1164;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.7737;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HECW2:ENSG00000138411.5:-:deletionFS:1/2:HECW2-001:ENST00000260983.2:4719_807
chr2	197521468	.	CTG	C	1280.77	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.01280;AN=1562;BaseQRankSum=8.941;DP=4377;DS;FS=2.651;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0284;InbreedingCoeff=0.0942;MQ=73.70;MQ0=1;MQRankSum=1.259;QD=14.39;ReadPosRankSum=-1.436;SB=-711.40;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=8.3403;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:deletionFS:2/6:CCDC150-001:ENST00000389175.4:3306_288:CCDC150-204:ENST00000536389.1:891_288
chr2	197531518	.	CAA	C,CA,CAAA	767.92	PASS	AA=0;AC=12,102,162;AF=0.00613,0.05209,0.08274;AN=1958;BaseQRankSum=0.413;DP=4727;DS;FS=20.456;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=15.3420;InbreedingCoeff=0.2132;MQ=67.82;MQ0=0;MQRankSum=1.652;QD=0.90;ReadPosRankSum=-4.931;SB=-939.58;SZ=-2;TR=11;TU=A;VQSLOD=6.5902;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:deletionFS:2/6:CCDC150-001:ENST00000389175.4:3306_838:CCDC150-204:ENST00000536389.1:891_838,2:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:deletionFS:2/6:CCDC150-001:ENST00000389175.4:3306_838:CCDC150-204:ENST00000536389.1:891_838,3:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:insertionFS:1/6:CCDC150-001:ENST00000389175.4:3306_838,3:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:spliceOverlap:1/6:CCDC150-204:ENST00000536389.1:891
chr2	197578169	.	A	AC	14.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1136;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.8661;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC150:ENSG00000144395.12:+:insertionFS:1/6:CCDC150-006:ENST00000409270.1:1767_89
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chr2	197657761	.	TTCCTCC	T,TTCC	97.16	PASS	AA=.;AC=14,16;AF=0.00853,0.00974;AN=1642;BaseQRankSum=3.375;DP=3859;DS;FS=0.778;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=24.6181;InbreedingCoeff=0.2515;MQ=66.41;MQ0=8;MQRankSum=-0.501;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.868;SB=-132.90;SZ=.;TR=23;TU=CCT;VQSLOD=8.3323;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GTF3C3:ENSG00000119041.6:-:deletionNFS:2/2:GTF3C3-001:ENST00000263956.3:2661_330_110_EET->T:GTF3C3-004:ENST00000409364.3:1242_330_110_EET->T,2:GTF3C3:ENSG00000119041.6:-:deletionNFS:2/2:GTF3C3-001:ENST00000263956.3:2661_330_110_EE->E:GTF3C3-004:ENST00000409364.3:1242_330_110_EE->E
chr2	197755565	.	T	TG	10.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=404;DP=1075;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.3590;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGAP1:ENSG00000197121.8:-:insertionFS:3/4:PGAP1-001:ENST00000354764.3:2769_1160:PGAP1-201:ENST00000422382.1:1290_500:PGAP1-005:ENST00000409475.1:1779_1160
chr2	197943382	.	ATG	A,ATGTG	762.67	PASS	AA=.;AC=101,39;AF=0.04810,0.01857;AN=2100;BaseQRankSum=8.472;DP=5659;DS;FS=0.805;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=16.0003;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=71.55;MQ0=1;MQRankSum=0.406;QD=1.64;ReadPosRankSum=-2.531;SB=-686.23;SZ=.;TR=17;TU=GT;VQSLOD=7.1027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD44:ENSG00000065413.12:-:deletionFS:2/7:ANKRD44-003:ENST00000409153.1:1740_1695:ANKRD44-204:ENST00000539527.1:1524_1479,2:ANKRD44:ENSG00000065413.12:-:insertionFS:2/7:ANKRD44-003:ENST00000409153.1:1740_1695:ANKRD44-204:ENST00000539527.1:1524_1479
chr2	198262786	.	T	TA	4.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;BaseQRankSum=-2.430;DP=1080;FS=2.981;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=11.5157;InbreedingCoeff=0.0229;MQ=55.62;MQ0=0;MQRankSum=1.310;QD=0.67;ReadPosRankSum=-0.048;SB=0.50;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.0326;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SF3B1:ENSG00000115524.10:-:insertionFS:1/4:SF3B1-001:ENST00000335508.5:3915_3189
chr2	198285833	.	T	TG	21.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1165;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SF3B1:ENSG00000115524.10:-:insertionFS:4/4:SF3B1-001:ENST00000335508.5:3915_220:SF3B1-005:ENST00000409915.4:435_220:SF3B1-014:ENST00000414963.2:435_220:SF3B1-004:ENST00000487698.1:465_220
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chr2	202137362	.	A	AC	12.12	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=472;DP=1290;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8137;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP8:ENSG00000064012.15:+:insertionFS:9/9:CASP8-002:ENST00000358485.4:1617_590:CASP8-201:ENST00000264274.9:1188_413:CASP8-006:ENST00000264275.5:1491_509:CASP8-012:ENST00000323492.7:1395_413:CASP8-014:ENST00000432109.2:1440_413:CASP8-203:ENST00000392261.3:837_413:CASP8-004:ENST00000392258.3:708_413:CASP8-202:ENST00000392259.2:708_413:CASP8-204:ENST00000392266.3:663_413
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chr2	202357477	.	CTGTT	C	403.85	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0085;AN=468;DP=1165;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.7072;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALS2CR11:ENSG00000155754.10:-:deletionFS:1/4:ALS2CR11-003:ENST00000439140.1:5463_3587
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chr2	203848307	.	C	CA	77.55	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0066;AN=916;BaseQRankSum=-3.575;DP=2139;DS;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=11.0424;InbreedingCoeff=0.1226;MQ=68.92;MQ0=0;MQRankSum=1.028;QD=2.28;ReadPosRankSum=-2.000;SB=-95.72;SZ=.;TR=8;TU=A;VQSLOD=6.0848;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALS2CR8:ENSG00000138380.11:+:insertionFS:7/10:ALS2CR8-204:ENST00000545253.1:1914_1874:ALS2CR8-001:ENST00000320443.8:2178_2138:ALS2CR8-201:ENST00000402905.2:2178_2138:ALS2CR8-005:ENST00000428585.1:1950_1910:ALS2CR8-202:ENST00000438828.1:2178_2138:ALS2CR8-205:ENST00000545262.1:1950_1910:ALS2CR8-004:ENST00000414439.1:1872_1832
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chr2	204820578	.	C	CT	5.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1218;DS;HR=7;HRun=7;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=T;VQSLOD=5.8837;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ICOS:ENSG00000163600.8:+:insertionFS:2/2:ICOS-001:ENST00000316386.6:600_278:ICOS-002:ENST00000435193.1:507_278
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chr2	206641245	.	T	TA	1764.66	PASS	AA=0;AC=45;AF=0.03160;AN=1424;BaseQRankSum=11.070;DP=3113;DS;FS=8.427;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.2748;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=69.23;MQ0=1;MQRankSum=-5.994;QD=13.54;ReadPosRankSum=3.260;SB=-670.08;SZ=1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.1164;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NRP2:ENSG00000118257.11:+:insertionFS:2/10:NRP2-002:ENST00000272849.3:2721_2716:NRP2-003:ENST00000357118.4:2706_2701
chr2	206874513	.	AT	A	7.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1313;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.9377;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INO80D:ENSG00000114933.10:-:deletionFS:2/2:INO80D-001:ENST00000403263.1:3084_1548:INO80D-201:ENST00000233270.9:2637_1548
chr2	207472682	.	C	CCT	25490.72	PASS	AA=1;AC=1542;AF=0.84170;AN=1832;BaseQRankSum=21.311;DP=4117;FS=4.489;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.5878;InbreedingCoeff=0.2116;MQ=77.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=21.00;ReadPosRankSum=2.725;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.2067;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ADAM23:ENSG00000114948.7:+:insertionFS:1/4:ADAM23-202:ENST00000431817.2:2100_1922
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chr2	208478105	.	C	CA	18.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;BaseQRankSum=-2.448;DP=1340;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8078;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM119A:ENSG00000144401.9:-:insertionFS:6/10:FAM119A-010:ENST00000272839.3:711_376:FAM119A-201:ENST00000406927.2:657_322:FAM119A-001:ENST00000411432.1:657_322:FAM119A-007:ENST00000426075.1:657_322:FAM119A-202:ENST00000442521.1:657_322:FAM119A-203:ENST00000448007.2:657_322
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chr2	210818870	.	C	CA	8.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1139;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.0138;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UNC80:ENSG00000144406.11:+:insertionFS:2/4:UNC80-007:ENST00000272845.5:9705_7120:UNC80-202:ENST00000439458.1:9777_7135
chr2	210882889	rs111271913	T	TAA	312.46	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0085;AN=468;DB;DP=1109;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.5742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPE:ENSG00000197713.9:+:insertionFS:1/12:RPE-011:ENST00000429907.1:426_373
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chr2	211421452	rs3835047	A	ATCT	74022.66	PASS	AA=1;AC=873;AF=0.44091;AN=1980;BaseQRankSum=-35.295;DB;DP=4866;DS;FS=0.752;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.4857;InbreedingCoeff=0.1480;MQ=70.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.923;QD=40.10;ReadPosRankSum=2.196;SB=-30867.75;SZ=-3;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=8.8077;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CPS1:ENSG00000021826.9:+:insertionNFS:2/6:CPS1-011:ENST00000430249.2:4521_13_5_I->IF:CPS1-202:ENST00000539150.1:4527_19_7_I->IF
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chr2	217057409	.	G	GA	4.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=350;BaseQRankSum=-1.003;DP=992;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=13.6494;InbreedingCoeff=0.0941;MQ=70.75;MQ0=0;MQRankSum=0.063;QD=0.60;ReadPosRankSum=-1.034;SB=-37.68;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.6792;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:XRCC5:ENSG00000079246.11:+:insertionFS:2/2:XRCC5-201:ENST00000392132.2:2199_1992:XRCC5-001:ENST00000392133.3:2199_1992
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chr2	218762662	.	GTCC	G	1135.04	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01178;AN=1358;BaseQRankSum=7.429;DP=3919;DS;FS=3.147;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.0903;InbreedingCoeff=0.0627;MQ=64.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.548;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.636;SB=-667.20;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=8.1609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNS1:ENSG00000079308.10:-:deletionNFS:5/5:TNS1-008:ENST00000310858.6:1251_120_40_DS->S:TNS1-201:ENST00000543102.1:1197_27_9_DS->S:TNS1-001:ENST00000171887.4:5208_27_9_DS->S:TNS1-004:ENST00000419504.1:5166_27_9_DS->S:TNS1-005:ENST00000430930.1:5145_27_9_DS->S
chr2	219029802	.	C	CGAG	232.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=558;DP=1853;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=3;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=6.4511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CXCR1:ENSG00000163464.6:-:insertionNFS:2/2:CXCR1-001:ENST00000295683.2:1053_133_45_A->LA:CXCR1-201:ENST00000421691.2:885_133_45_A->LA
chr2	219247730	.	TCCAGCCCGA	T	531.46	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.0120;AN=666;BaseQRankSum=4.514;DP=1593;DS;FS=4.991;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=35.4041;InbreedingCoeff=0.1325;MQ=56.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.717;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.125;SB=-206.62;SZ=.;TR=25;TU=ACCAGCCCG;VQSLOD=7.1540;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC11A1:ENSG00000018280.12:+:deletionNFS:1/2:SLC11A1-001:ENST00000233202.6:1653_55_19_SSPT->S
chr2	219295499	.	AATG	A	81.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=682;DP=1571;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=6.6189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VIL1:ENSG00000127831.6:+:deletionNFS:3/3:VIL1-001:ENST00000248444.5:2484_1000_334_ND->N:VIL1-003:ENST00000440053.1:1266_1000_334_ND->N:VIL1-002:ENST00000392114.2:1551_67_23_ND->N
chr2	219341629	.	A	AG	18.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1114;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.7464;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP37:ENSG00000135913.6:-:insertionFS:4/5:USP37-001:ENST00000258399.3:2940_1977:USP37-005:ENST00000418019.1:2940_1977:USP37-004:ENST00000454775.1:2940_1977:USP37-002:ENST00000415516.1:2658_1695
chr2	219503440	.	T	TG	6.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DP=1976;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SB=0.85;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF142:ENSG00000115568.11:-:insertionFS:2/2:ZNF142-201:ENST00000411696.2:5064_4686:ZNF142-001:ENST00000449707.1:5064_4686
chr2	219507224	.	T	TG	6.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1051;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.5202;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF142:ENSG00000115568.11:-:insertionFS:2/2:ZNF142-201:ENST00000411696.2:5064_4015:ZNF142-001:ENST00000449707.1:5064_4015
chr2	219537588	.	A	AG	11.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;DP=1437;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1946;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STK36:ENSG00000163482.6:+:insertionFS:4/4:STK36-001:ENST00000295709.3:3948_36:STK36-002:ENST00000392105.3:3885_36:STK36-201:ENST00000392106.2:3885_36:STK36-003:ENST00000440309.1:3948_36
chr2	219616476	.	A	AC	13.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1054;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9397;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTLL4:ENSG00000135912.6:+:insertionFS:4/4:TTLL4-201:ENST00000258398.4:3600_2923:TTLL4-001:ENST00000392102.1:3600_2923:TTLL4-003:ENST00000442769.1:3408_2731:TTLL4-002:ENST00000457313.1:2922_2428
chr2	219724789	.	GGCT	G	14.83	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0241;AN=166;BaseQRankSum=1.809;DP=169;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=7.4930;InbreedingCoeff=0.1374;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.139;QD=1.85;ReadPosRankSum=-0.226;SB=-2.06;SZ=-3;TR=18;TU=CTG;VQSLOD=5.0216;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WNT6:ENSG00000115596.3:+:deletionNFS:1/1:WNT6-001:ENST00000233948.3:1098_29_10_GL->G
chr2	220039711	.	AT	A	5.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;BaseQRankSum=1.842;DP=1322;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.2049;InbreedingCoeff=0.0007;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=-1.202;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-28.96;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0205;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2orf24:ENSG00000115649.11:-:deletionFS:2/2:C2orf24-001:ENST00000360507.5:1233_380:C2orf24-003:ENST00000409789.1:1233_380
chr2	220046874	.	G	GGAGGAA	780.82	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0287;AN=418;DP=1117;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=6;TR=17;TU=AAGAGG;VQSLOD=6.6035;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM134A:ENSG00000144567.5:+:insertionNFS:2/2:FAM134A-001:ENST00000430297.2:1632_1155_385_S->SEE:FAM134A-201:ENST00000443518.2:906_534_178_S->SEE
chr2	220082936	.	AG	A	65.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1025;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.3569;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCB6:ENSG00000115657.7:-:deletionFS:3/3:ABCB6-001:ENST00000265316.3:2529_460:ABCB6-202:ENST00000439002.2:2391_460:ABCB6-201:ENST00000427013.2:636_393
chr2	220085929	.	T	TC	4.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;BaseQRankSum=-0.730;DP=974;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=13.4233;InbreedingCoeff=0.0694;MQ=56.01;MQ0=0;MQRankSum=1.400;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.290;SB=-29.13;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.3605;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATG9A:ENSG00000198925.6:-:insertionFS:4/4:ATG9A-003:ENST00000361242.4:2520_2241:ATG9A-001:ENST00000396761.2:2520_2241:ATG9A-004:ENST00000409618.1:2520_2241:ATG9A-021:ENST00000409422.1:2337_2058
chr2	220096748	.	AACC	A	160.34	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=670;DP=1737;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=7.2103;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKZF1:ENSG00000163516.8:+:deletionNFS:2/3:ANKZF1-001:ENST00000323348.5:2181_247_83_NH->N:ANKZF1-008:ENST00000410034.3:2181_247_83_NH->N
chr2	220101968	.	T	TC	24.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1248;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.2823;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLB1L:ENSG00000163521.11:-:insertionFS:4/4:GLB1L-001:ENST00000295759.7:1965_1791:GLB1L-201:ENST00000356283.3:1695_1521:GLB1L-002:ENST00000392089.2:1965_1791:GLB1L-003:ENST00000409640.1:1695_1521
chr2	220102292	.	GT	G	83.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=676;DP=1607;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.1913;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLB1L:ENSG00000163521.11:-:deletionFS:4/4:GLB1L-001:ENST00000295759.7:1965_1631:GLB1L-201:ENST00000356283.3:1695_1361:GLB1L-002:ENST00000392089.2:1965_1631:GLB1L-003:ENST00000409640.1:1695_1361
chr2	220102422	.	G	GC	39.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1453;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.3821;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLB1L:ENSG00000163521.11:-:insertionFS:4/4:GLB1L-001:ENST00000295759.7:1965_1501:GLB1L-201:ENST00000356283.3:1695_1231:GLB1L-002:ENST00000392089.2:1965_1501:GLB1L-003:ENST00000409640.1:1695_1231
chr2	220102613	.	TG	T	5.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;BaseQRankSum=2.526;DP=1423;DS;FS=4.194;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.2998;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=61.73;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=1.26;ReadPosRankSum=-2.286;SB=-35.82;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1032;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GLB1L:ENSG00000163521.11:-:deletionFS:4/4:GLB1L-001:ENST00000295759.7:1965_1408:GLB1L-201:ENST00000356283.3:1695_1138:GLB1L-002:ENST00000392089.2:1965_1408:GLB1L-003:ENST00000409640.1:1695_1138
chr2	220147886	.	TGG	T	7.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;DP=1603;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.0334;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJB2:ENSG00000135924.11:+:deletionFS:2/2:DNAJB2-002:ENST00000392086.4:834_477:DNAJB2-001:ENST00000336576.5:975_477
chr2	220193655	.	TATAG	T	279.55	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0040;AN=504;DP=1468;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=AT;VQSLOD=7.7297;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RESP18:ENSG00000182698.7:-:deletionFS:1/2:RESP18-001:ENST00000333527.5:687_631
chr2	220332136	.	GC	G	5.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;BaseQRankSum=0.618;DP=1132;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.6316;InbreedingCoeff=-0.0616;MQ=55.76;MQ0=0;MQRankSum=-2.182;QD=0.85;ReadPosRankSum=1.865;SB=-30.17;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.7920;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEG:ENSG00000072195.9:+:deletionFS:2/7:SPEG-201:ENST00000265327.5:9672_3122:SPEG-004:ENST00000312358.7:9804_3122
chr2	220333609	.	GC	G	5.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=909;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=12;TU=CGGCTG;VQSLOD=4.7879;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPEG:ENSG00000072195.9:+:deletionFS:2/7:SPEG-201:ENST00000265327.5:9672_3330:SPEG-004:ENST00000312358.7:9804_3330
chr2	220414015	.	A	AT	10358.81	PASS	AA=0;AC=763;AF=0.43650;AN=1748;BaseQRankSum=20.080;DP=3531;DS;FS=15.158;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.8498;InbreedingCoeff=0.2220;MQ=63.40;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.039;SB=-3510.95;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.8023;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMEM198:ENSG00000188760.6:+:insertionFS:2/2:TMEM198-002:ENST00000344458.2:1083_884:TMEM198-001:ENST00000373883.3:1083_884
chr2	220430080	.	A	AC	15.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1272;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ACC;VQSLOD=5.9733;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OBSL1:ENSG00000124006.8:-:insertionFS:5/6:OBSL1-001:ENST00000373876.1:5415_2291:OBSL1-014:ENST00000404537.1:5691_2291:OBSL1-202:ENST00000265318.4:4206_2291:OBSL1-002:ENST00000373873.4:3078_2291:OBSL1-003:ENST00000289656.3:1839_1052
chr2	220496756	.	GC	G	15.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=568;DP=1139;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.0682;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC4A3:ENSG00000114923.11:+:deletionFS:4/5:SLC4A3-201:ENST00000273063.6:3780_959:SLC4A3-002:ENST00000317151.3:3699_878:SLC4A3-010:ENST00000373760.2:3699_878:SLC4A3-001:ENST00000373762.3:3780_959
chr2	220496798	.	GGAA	G	99.99	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0104;AN=288;DP=490;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=15;TU=AAG;VQSLOD=7.0716;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC4A3:ENSG00000114923.11:+:deletionNFS:4/5:SLC4A3-201:ENST00000273063.6:3780_1001_334_RK->R:SLC4A3-002:ENST00000317151.3:3699_920_307_RK->R:SLC4A3-010:ENST00000373760.2:3699_920_307_RK->R:SLC4A3-001:ENST00000373762.3:3780_1001_334_RK->R
chr2	220586367	rs67404120	AAGAG	A,AAG,AAGAGAG	986.80	PASS	AA=.;AC=27,141,108;AF=0.01441,0.07524,0.05763;AN=1874;BaseQRankSum=6.463;DB;DP=4023;FS=0.369;HR=5;HU=A;HaplotypeScore=17.9995;InbreedingCoeff=0.3252;MQ=67.63;MQ0=27;MQRankSum=0.794;QD=1.53;ReadPosRankSum=-1.805;SB=-712.71;SZ=.;TR=26;TU=AG;VQSLOD=9.5981;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DNPEP:ENSG00000123992.13:-:deletionFS:1/5:DNPEP-202:ENST00000535056.1:1137_27,2:DNPEP:ENSG00000123992.13:-:deletionFS:1/5:DNPEP-202:ENST00000535056.1:1137_27,3:DNPEP:ENSG00000123992.13:-:insertionFS:1/5:DNPEP-202:ENST00000535056.1:1137_27
chr2	223484389	.	C	CT	4.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;BaseQRankSum=-1.008;DP=1232;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.7863;InbreedingCoeff=0.0101;MQ=69.05;MQ0=0;MQRankSum=-2.874;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.134;SB=-29.84;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8831;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FARSB:ENSG00000116120.8:-:insertionFS:2/2:FARSB-001:ENST00000281828.6:1770_1319:FARSB-201:ENST00000536361.1:1473_1022
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chr2	238454143	.	AAC	A	950.61	PASS	AA=0;AC=105;AF=0.05193;AN=2022;BaseQRankSum=20.464;DP=4604;DS;FS=3.872;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.3083;InbreedingCoeff=0.0783;MQ=71.45;MQ0=1;MQRankSum=-2.159;QD=2.94;ReadPosRankSum=2.065;SB=-725.59;SZ=-2;TR=10;TU=AC;VQSLOD=6.2743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MLPH:ENSG00000115648.9:+:deletionFS:1/5:MLPH-201:ENST00000445024.2:1656_1583
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chr2	238726136	.	GA	G	4.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=1.813;DP=1675;DS;FS=3.011;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=11.7224;InbreedingCoeff=0.0998;MQ=70.46;MQ0=1;MQRankSum=-0.822;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.642;SB=-4.86;SZ=-1;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=5.7031;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM44:ENSG00000177483.7:+:deletionFS:2/2:RBM44-201:ENST00000316997.4:3159_577:RBM44-004:ENST00000409864.1:3159_577
chr2	238978072	.	C	CTCCA	157.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=382;DP=905;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=4;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9362;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCLY:ENSG00000132330.11:+:insertionFS:3/5:SCLY-001:ENST00000254663.6:1338_438:SCLY-003:ENST00000409736.1:954_438:SCLY-201:ENST00000373332.3:708_127
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chr2	239039382	.	C	CGG	39.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=300;DP=515;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.7324;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ESPNL:ENSG00000144488.10:+:insertionFS:3/3:ESPNL-001:ENST00000343063.3:3018_2027:ESPNL-002:ENST00000409169.1:2886_1895:ESPNL-003:ENST00000409506.1:1914_923
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chr2	239056630	.	G	GA	108.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=894;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=12;TU=CCCTGG;VQSLOD=5.8461;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHL30:ENSG00000168427.7:+:insertionFS:2/2:KLHL30-001:ENST00000409223.1:1737_1306:KLHL30-201:ENST00000305959.4:1683_1252
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chr2	239237713	.	GGA	G	84.36	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.01603;AN=1684;BaseQRankSum=3.725;DP=4103;DS;FS=0.763;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.0732;InbreedingCoeff=0.0672;MQ=71.15;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=0.66;ReadPosRankSum=-0.849;SB=-146.19;SZ=-2;TR=13;TU=AG;VQSLOD=6.8681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRAF3IP1:ENSG00000204104.6:+:deletionFS:4/4:TRAF3IP1-001:ENST00000373327.4:2076_645:TRAF3IP1-002:ENST00000391993.3:1878_645:TRAF3IP1-201:ENST00000391994.2:2076_645:TRAF3IP1-202:ENST00000440998.2:1878_645
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chr2	240083965	.	AG	A	2852.14	PASS	AA=0;AC=61;AF=0.1597;AN=382;DP=714;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.8250;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC017028.1:ENSG00000213828.1:-:deletionFS:1/1:AC017028.1-201:ENST00000396489.1:264_89
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chr2	240702103	.	CT	C	597.70	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0207;AN=386;DP=874;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.5058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093802.1:ENSG00000220256.3:+:deletionFS:1/1:AC093802.1-001:ENST00000407524.1:177_153
chr2	240923106	rs112676299	T	TC	1386.10	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0381;AN=472;DB;DP=1141;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=8.1521;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFA10:ENSG00000130414.6:-:insertionFS:1/5:NDUFA10-004:ENST00000307300.4:1290_1118
chr2	240968926	.	C	CA	100.29	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=500;DP=1604;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=12;TU=AAGCCC;VQSLOD=8.0677;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6B2:ENSG00000182083.6:-:insertionFS:1/1:OR6B2-001:ENST00000402971.2:939_921
chr2	241496696	.	G	GC	7.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=372;DP=613;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=4.7890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKMY1:ENSG00000144504.10:-:insertionFS:6/12:ANKMY1-005:ENST00000403283.1:2532_294:ANKMY1-002:ENST00000361678.4:2154_57:ANKMY1-012:ENST00000373318.2:2163_57:ANKMY1-010:ENST00000401804.1:3093_57:ANKMY1-011:ENST00000406958.1:2109_57:ANKMY1-009:ENST00000405523.3:1320_57
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chr2	241628128	rs72334094	CCCCT	C	4386.55	PASS	AA=0;AC=70;AF=0.04009;AN=1746;BaseQRankSum=11.469;DB;DP=3798;DS;FS=1.294;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.3724;InbreedingCoeff=0.1540;MQ=54.09;MQ0=0;MQRankSum=-3.360;QD=23.97;ReadPosRankSum=0.852;SB=-1989.68;SZ=-4;TR=8;TU=CCCT;VQSLOD=8.6328;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC011298.2:ENSG00000219159.1:+:deletionFS:1/1:AC011298.2-001:ENST00000407635.1:234_224
chr2	241696840	rs10594016	ATCCTCC	A,ATCC,ATCCTCCTCC	10383.29	PASS	AA=.;AC=41,574,67;AF=0.04076,0.57058,0.06660;AN=1006;BaseQRankSum=10.784;DB;DP=1895;DS;FS=4.547;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=19.4367;InbreedingCoeff=0.5919;MQ=58.94;MQ0=46;MQRankSum=6.867;QD=10.04;ReadPosRankSum=-1.108;SB=-4297.78;SZ=.;TR=33;TU=CCT;VQSLOD=10.4523;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIF1A:ENSG00000130294.9:-:deletionNFS:2/3:KIF1A-201:ENST00000373308.4:5400_2754_918_DEE->E:KIF1A-202:ENST00000498729.2:5376_2754_918_DEE->E,2:KIF1A:ENSG00000130294.9:-:deletionNFS:2/3:KIF1A-201:ENST00000373308.4:5400_2754_918_DE->E:KIF1A-202:ENST00000498729.2:5376_2754_918_DE->E,3:KIF1A:ENSG00000130294.9:-:insertionNFS:2/3:KIF1A-201:ENST00000373308.4:5400_2754_918_D->EEED:KIF1A-202:ENST00000498729.2:5376_2754_918_D->EEED
chr2	241702148	.	GCTC	G	14.75	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0133;AN=452;BaseQRankSum=2.723;DP=1021;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.5146;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=0.38;ReadPosRankSum=0.828;SB=-42.75;SZ=-3;TR=15;TU=CCT;VQSLOD=5.3641;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF1A:ENSG00000130294.9:-:deletionNFS:3/3:KIF1A-001:ENST00000320389.7:5073_2077_693_PE->E:KIF1A-201:ENST00000373308.4:5400_2104_702_PE->E:KIF1A-202:ENST00000498729.2:5376_2104_702_PE->E
chr2	241874856	.	C	CA	12.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=532;DP=1014;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.8912;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC104809.3:ENSG00000226321.3:+:insertionFS:1/1:AC104809.3-201:ENST00000430980.2:3060_1702
chr2	241889808	.	CAGG	C	166.56	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1276;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1557;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC104809.3:ENSG00000226321.3:+:deletionNFS:1/1:AC104809.3-201:ENST00000430980.2:3060_2392_798_QE->Q
chr2	242029836	rs79342625	CT	C	9.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DB;DP=1315;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=T;VQSLOD=5.0505;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTERFD2:ENSG00000122085.11:-:deletionFS:1/4:MTERFD2-016:ENST00000495694.1:750_549
chr2	242035458	rs112664190	CTCG	C	4118.70	PASS	AA=.;AC=46;AF=0.0596;AN=772;BaseQRankSum=12.976;DB;DP=2533;DS;FS=3.140;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=25.3258;InbreedingCoeff=0.1479;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=15.03;ReadPosRankSum=2.131;SB=-1738.43;SZ=.;TR=11;TU=CGT;VQSLOD=7.7458;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MTERFD2:ENSG00000122085.11:-:deletionNFS:2/4:MTERFD2-001:ENST00000391980.2:1146_1101_367_EA->A:MTERFD2-017:ENST00000406593.1:582_537_179_EA->A
chr2	242035490	rs10552585	CATT	C	767.50	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0123;AN=486;DB;DP=1638;DS;FS=0.768;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=33;TU=ATCATTGTCATCCTC;VQSLOD=6.7341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTERFD2:ENSG00000122085.11:-:deletionNFS:2/4:MTERFD2-001:ENST00000391980.2:1146_1069_357_DE->E:MTERFD2-017:ENST00000406593.1:582_505_169_DE->E
chr2	242035524	rs11277653	GTCATCC	G	577.56	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0105;AN=476;DB;DP=1630;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-6;TR=18;TU=ATCCTC;VQSLOD=6.8504;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MTERFD2:ENSG00000122085.11:-:deletionNFS:2/4:MTERFD2-001:ENST00000391980.2:1146_1035_345_DDD->D:MTERFD2-017:ENST00000406593.1:582_471_157_DDD->D
chr2	242162759	.	CG	C	38.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=610;DP=1692;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.0993;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANO7:ENSG00000146205.9:+:deletionFS:1/3:ANO7-010:ENST00000402430.3:2652_2639
chr2	242163365	rs60985508	TCA	T	13093.55	PASS	AA=0;AC=150;AF=0.11737;AN=1278;BaseQRankSum=5.611;DB;DP=2934;DS;FS=7.930;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.0259;InbreedingCoeff=0.1924;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=0.844;QD=24.20;ReadPosRankSum=-1.744;SB=-5793.35;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=8.4591;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ANO7:ENSG00000146205.9:+:deletionFS:1/3:ANO7-001:ENST00000274979.8:2802_2740
chr2	242277184	.	AC	A	6.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=678;DP=1390;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;SB=-40.26;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9977;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SEPT2:ENSG00000168385.12:+:deletionFS:7/7:SEPT2-201:ENST00000391972.3:1191_678:SEPT2-001:ENST00000360051.3:1086_573:SEPT2-007:ENST00000391971.2:1086_573:SEPT2-002:ENST00000391973.2:1086_573:SEPT2-004:ENST00000401990.1:1116_603:SEPT2-008:ENST00000402092.2:1086_573:SEPT2-005:ENST00000407971.1:966_453
chr2	242403362	.	G	GA	20.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1354;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.1008;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FARP2:ENSG00000006607.8:+:insertionFS:3/3:FARP2-001:ENST00000264042.3:3165_1860:FARP2-201:ENST00000545004.1:1917_1860:FARP2-002:ENST00000373287.4:1944_1860
chr2	242430968	.	AGAT	A	29.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=298;DP=627;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=6.1270;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FARP2:ENSG00000006607.8:+:deletionNFS:1/3:FARP2-001:ENST00000264042.3:3165_2661_887_ED->E
chr2	242432411	.	T	TC	60.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1413;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CGT;VQSLOD=7.3855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FARP2:ENSG00000006607.8:+:insertionFS:1/3:FARP2-001:ENST00000264042.3:3165_2855
chr2	242945498	.	G	GAA	220.81	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0323;AN=372;DP=923;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.0508;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_22
chr2	242945515	.	C	CG	100.35	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0067;AN=744;BaseQRankSum=1.257;DP=1503;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.8205;InbreedingCoeff=-0.0247;MQ=37.06;MQ0=509;MQRankSum=0.866;QD=3.04;ReadPosRankSum=-0.839;SB=-78.44;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8082;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_39
chr2	242945519	.	G	GTAAA	411.03	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01211;AN=1404;BaseQRankSum=5.424;DP=3020;DS;FS=2.912;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.0967;InbreedingCoeff=0.0313;MQ=37.72;MQ0=358;MQRankSum=-0.188;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-171.82;SZ=4;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5624;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_43
chr2	242945557	rs11285701	CG	C	10.12	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0138;AN=436;BaseQRankSum=5.173;DB;DP=1071;DS;FS=9.604;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.8845;InbreedingCoeff=0.0113;MQ=45.71;MQ0=34;MQRankSum=-3.135;QD=0.31;ReadPosRankSum=-0.874;SB=-77.75;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.1423;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:deletionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_81
chr2	242945583	.	GAA	G	37.81	PASS	AA=1;AC=4;AF=0.0060;AN=664;DP=1887;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;SZ=2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0198;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:deletionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_107
chr2	242945602	.	C	CG	30.16	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0075;AN=664;DP=1791;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.1818;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_126
chr2	242946021	rs34951216	GAA	G	1441.49	PASS	AA=.;AC=93;AF=0.05196;AN=1790;BaseQRankSum=9.674;DB;DP=3556;DS;FS=0.980;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.0092;InbreedingCoeff=0.0170;MQ=37.45;MQ0=659;MQRankSum=-0.333;QD=4.12;ReadPosRankSum=7.667;SB=-886.79;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.1011;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:deletionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_285
chr2	242946044	.	G	GTAAA	153.68	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0072;AN=696;BaseQRankSum=1.836;DP=954;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.3761;InbreedingCoeff=0.0879;MQ=23.25;MQ0=860;MQRankSum=-2.548;QD=2.89;ReadPosRankSum=0.328;SB=-105.12;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.8513;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_308
chr2	242946086	.	G	GTAAA	253.18	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0242;AN=454;BaseQRankSum=4.329;DP=486;DS;FS=5.844;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.4439;InbreedingCoeff=-0.0053;MQ=18.07;MQ0=979;MQRankSum=2.390;QD=3.13;ReadPosRankSum=-0.197;SB=-107.98;SZ=4;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0760;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:spliceOverlap:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669
chr2	242946195	.	G	GAA	490.33	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0305;AN=426;BaseQRankSum=1.492;DP=468;DS;FS=1.013;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=10.5865;InbreedingCoeff=0.0789;MQ=18.21;MQ0=1001;MQRankSum=4.475;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.932;SB=-216.11;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.7220;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC093642.1:ENSG00000256485.1:+:insertionFS:1/1:AC093642.1-201:ENST00000544296.1:669_371
chr3	383760	.	A	AC	4.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;BaseQRankSum=-0.666;DP=1525;DS;FS=10.170;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.0983;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=0.60;ReadPosRankSum=0.867;SB=1.23;SZ=1;TR=15;TU=AACAGTT;VQSLOD=5.1716;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CHL1:ENSG00000134121.5:+:insertionFS:2/2:CHL1-001:ENST00000256509.2:3675_674:CHL1-002:ENST00000397491.2:3627_674
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chr3	1414150	.	AT	A	4.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=624;BaseQRankSum=1.598;DP=1345;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=10.2393;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=72.98;MQ0=1;MQRankSum=-2.345;QD=1.12;ReadPosRankSum=0.242;SB=-31.67;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2019;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNTN6:ENSG00000134115.8:+:deletionFS:3/3:CNTN6-004:ENST00000350110.2:3087_1660:CNTN6-001:ENST00000446702.2:3087_1660:CNTN6-201:ENST00000539053.1:2871_1444
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chr3	9876871	.	AGG	A	326.39	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0089;AN=790;BaseQRankSum=7.013;DP=2091;DS;FS=4.782;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.5659;InbreedingCoeff=-0.0280;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-6.539;QD=6.40;ReadPosRankSum=2.380;SB=-191.27;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5437;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTLL3:ENSG00000214021.8:+:deletionFS:1/7:TTLL3-003:ENST00000426895.3:2319_2017
chr3	9876874	.	TCA	T,TA	205.41	PASS	AA=0;AC=7,0;AF=0.0089,0.0000;AN=788;BaseQRankSum=6.207;DP=2067;DS;FS=1.111;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=16.1672;InbreedingCoeff=0.1109;MQ=67.17;MQ0=0;MQRankSum=-5.814;QD=2.98;ReadPosRankSum=2.349;SB=-70.07;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.6296;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TTLL3:ENSG00000214021.8:+:deletionFS:1/7:TTLL3-003:ENST00000426895.3:2319_2020,2:TTLL3:ENSG00000214021.8:+:deletionFS:1/7:TTLL3-003:ENST00000426895.3:2319_2020
chr3	9876876	.	AAG	A	324.43	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0089;AN=786;BaseQRankSum=6.880;DP=2071;DS;FS=3.348;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.5107;InbreedingCoeff=-0.0276;MQ=57.68;MQ0=0;MQRankSum=-6.215;QD=7.37;ReadPosRankSum=3.038;SB=-200.53;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTLL3:ENSG00000214021.8:+:deletionFS:1/7:TTLL3-003:ENST00000426895.3:2319_2022
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chr3	12877697	.	TG	T	8.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=732;DP=1936;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.2706;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL32:ENSG00000144713.8:-:deletionFS:5/5:RPL32-002:ENST00000273223.6:462_358:RPL32-003:ENST00000396953.2:408_304:RPL32-001:ENST00000396957.1:408_304:RPL32-201:ENST00000429711.2:408_304:RPL32-202:ENST00000435983.1:408_304
chr3	12881082	.	TC	T	219.34	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=1087;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.8812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL32:ENSG00000144713.8:-:deletionFS:1/5:RPL32-002:ENST00000273223.6:462_98
chr3	12942757	.	TGGC	T	553.06	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0688;AN=276;DP=382;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=7.6936;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IQSEC1:ENSG00000144711.8:-:deletionNFS:1/2:IQSEC1-201:ENST00000435445.1:3345_3070_1024_MH->H
chr3	12942850	rs67067889	GC	G	25136.80	PASS	AA=1;AC=1158;AF=1.00000;AN=1158;DB;DP=1299;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=7.0501;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=77.16;MQ0=0;QD=32.06;SB=-12153.65;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.5804;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IQSEC1:ENSG00000144711.8:-:spliceOverlap:1/2:IQSEC1-201:ENST00000435445.1:3345
chr3	13368856	.	G	GC	23.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1150;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3779;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUP210:ENSG00000132182.7:-:insertionFS:1/1:NUP210-001:ENST00000254508.5:5664_4368
chr3	13417857	.	A	AG	19.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;BaseQRankSum=-2.448;DP=1350;DS;FS=2.948;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.8349;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUP210:ENSG00000132182.7:-:insertionFS:1/1:NUP210-001:ENST00000254508.5:5664_1227
chr3	13611894	.	T	TCTGGGC	329.99	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0088;AN=342;DP=632;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=6;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.2543;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBLN2:ENSG00000163520.9:+:insertionNFS:4/4:FBLN2-201:ENST00000535798.1:3633_117_39_A->ALG:FBLN2-002:ENST00000295760.7:3555_39_13_A->ALG:FBLN2-001:ENST00000404922.3:3696_39_13_A->ALG:FBLN2-008:ENST00000492059.1:3696_39_13_A->ALG
chr3	13689469	.	AC	A	9.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1465;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.2565;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC090509.1:ENSG00000256846.1:-:deletionFS:1/1:AC090509.1-201:ENST00000537977.1:585_567
chr3	14105864	.	GCAGCCC	G	54.21	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0088;AN=226;DP=282;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=34;TU=AGCAGCAGCCCC;VQSLOD=6.0293;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_188_63_SSP->S:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_188_63_SSP->S:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_188_63_SSP->S
chr3	14105867	rs113851563	GCCC	G	275.44	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.01473;AN=1018;BaseQRankSum=3.835;DB;DP=1444;DS;FS=6.783;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=12.9493;InbreedingCoeff=0.0389;MQ=51.18;MQ0=20;MQRankSum=-2.715;QD=4.44;ReadPosRankSum=0.099;SB=-117.51;SZ=.;TR=34;TU=AGCAGCAGCCCC;VQSLOD=5.5258;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_191_64_SP->S:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_191_64_SP->S:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_191_64_SP->S
chr3	14105879	rs113575909	GCCC	G	44.45	PASS	AA=.;AC=17;AF=0.0224;AN=760;BaseQRankSum=1.486;DB;DP=1133;FS=5.649;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.6758;InbreedingCoeff=0.1010;MQ=48.77;MQ0=17;MQRankSum=-0.350;QD=0.72;ReadPosRankSum=-0.242;SZ=.;TR=37;TU=AGCAGCAGCAGCCCC;VQSLOD=5.7375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_203_68_SP->S:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_203_68_SP->S:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_203_68_SP->S
chr3	14105882	.	CCAG	C	113.27	PASS	AA=.;AC=18;AF=0.0255;AN=706;BaseQRankSum=5.076;DP=1071;DS;FS=13.810;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3672;InbreedingCoeff=0.1983;MQ=54.48;MQ0=36;MQRankSum=-2.601;QD=1.83;ReadPosRankSum=-2.723;SB=-38.51;SZ=.;TR=37;TU=AGCAGCAGCAGCCCC;VQSLOD=6.1656;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_206_69_PS->P:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_206_69_PS->P:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_206_69_PS->P
chr3	14105961	.	CTCT	C	75.80	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0208;AN=432;DP=659;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.0300;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_285_95_SS->S:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_285_95_SS->S:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_285_95_SS->S
chr3	14105964	.	T	TAGC	7323.29	PASS	AA=.;AC=241;AF=0.20355;AN=1184;BaseQRankSum=-8.235;DP=2083;DS;FS=8.556;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.5248;InbreedingCoeff=0.2927;MQ=53.10;MQ0=7;MQRankSum=-4.469;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.102;SB=-2371.28;SZ=.;TR=18;TU=AGC;VQSLOD=7.7983;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:insertionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_288_96_S->SS:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_288_96_S->SS:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_288_96_S->SS
chr3	14106025	.	CCCAGCAGTAGCT	C	1887.74	PASS	AA=.;AC=64;AF=0.05674;AN=1128;BaseQRankSum=5.531;DP=1986;DS;FS=38.894;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=31.3015;InbreedingCoeff=0.1392;MQ=55.41;MQ0=10;MQRankSum=-4.999;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.720;SB=-749.61;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=4.8641;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_349_117_PSSSS->P:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_349_117_PSSSS->P:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_349_117_PSSSS->P
chr3	14106092	.	CCAG	C	40.24	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0230;AN=174;DP=215;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=49;TU=AGCAGCCCCAGTAGCAGCTCC;VQSLOD=6.4016;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionNFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_416_139_SS->S:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_416_139_SS->S:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_416_139_SS->S
chr3	14106363	.	CA	C	732.72	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0302;AN=398;DP=764;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;SZ=.;TR=10;TU=AGC;VQSLOD=8.0179;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPRXL:ENSG00000180438.9:+:deletionFS:3/4:TPRXL-001:ENST00000326972.8:759_687:TPRXL-003:ENST00000424053.1:759_687:TPRXL-002:ENST00000429201.1:759_687
chr3	14176371	.	G	GA	5.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=636;BaseQRankSum=-0.103;DP=1511;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=12.3721;InbreedingCoeff=0.1157;MQ=68.76;MQ0=0;MQRankSum=0.635;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.443;SB=-30.41;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.6455;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMEM43:ENSG00000170876.7:+:insertionFS:1/1:TMEM43-001:ENST00000306077.4:1203_685
chr3	14183211	.	CCT	C	163.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=306;DP=483;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.6760;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM43:ENSG00000170876.7:+:deletionFS:1/1:TMEM43-001:ENST00000306077.4:1203_1119
chr3	14214397	.	TC	T	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;BaseQRankSum=1.484;DP=1541;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.2132;InbreedingCoeff=0.0474;MQ=68.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.302;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.140;SB=-31.51;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0788;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XPC:ENSG00000154767.9:-:deletionFS:2/5:XPC-001:ENST00000285021.7:2823_269:XPC-201:ENST00000449060.2:2712_269
chr3	14219965	.	CCCT	C	75.53	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0189;AN=370;DP=642;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=16;TU=CCT;VQSLOD=6.7589;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XPC:ENSG00000154767.9:-:spliceOverlap:2/5:XPC-001:ENST00000285021.7:2823:XPC-201:ENST00000449060.2:2712
chr3	14744675	.	C	CA	17.61	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1532;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.9153;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3orf20:ENSG00000131379.5:+:insertionFS:3/3:C3orf20-001:ENST00000253697.3:2715_784:C3orf20-004:ENST00000412910.1:2349_418:C3orf20-003:ENST00000435614.1:2349_418
chr3	14905721	.	CGGAGGA	C	229.04	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0075;AN=532;DP=1257;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-6;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=6.5275;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FGD5:ENSG00000154783.6:+:deletionNFS:2/2:FGD5-001:ENST00000285046.5:4389_2612_871_SEE->S:FGD5-201:ENST00000543601.1:3537_1889_630_SEE->S
chr3	15123885	.	TC	T	5.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1477;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFYVE20:ENSG00000131381.7:-:deletionFS:2/5:ZFYVE20-001:ENST00000253699.3:2355_829:ZFYVE20-002:ENST00000476527.2:2355_829
chr3	15345682	.	T	TC	24.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=1304;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SH3BP5:ENSG00000131370.11:-:insertionFS:1/4:SH3BP5-001:ENST00000383791.3:1368_258
chr3	15457039	.	C	CA	37.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=654;DP=1931;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.1634;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:METTL6:ENSG00000206562.5:-:insertionFS:1/3:METTL6-003:ENST00000383789.5:723_583
chr3	15473642	.	CAG	C	4.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;BaseQRankSum=1.673;DP=1253;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6252;InbreedingCoeff=0.0047;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=1.215;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.048;SB=-29.98;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1274;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC027125.1:ENSG00000144597.9:+:deletionFS:1/2:AC027125.1-001:ENST00000396842.2:807_247
chr3	15711983	.	C	CA	12.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1316;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8219;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD28:ENSG00000206560.6:-:insertionFS:3/3:ANKRD28-003:ENST00000399451.2:3162_2956:ANKRD28-001:ENST00000412318.1:3162_2956:ANKRD28-201:ENST00000383777.1:3261_3055
chr3	16254210	.	GC	G	49.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1224;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CTGG;VQSLOD=5.3420;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GALNTL2:ENSG00000131386.12:+:deletionFS:2/3:GALNTL2-002:ENST00000437509.1:1854_1332:GALNTL2-001:ENST00000339732.5:1920_1332
chr3	16273323	.	TG	T	14.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1307;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=12;TU=CTG;VQSLOD=4.8719;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GALNTL2:ENSG00000131386.12:+:deletionFS:1/3:GALNTL2-002:ENST00000437509.1:1854_1797
chr3	17052662	.	TG	T	6.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=1005;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.9102;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCL2:ENSG00000154822.10:+:deletionFS:4/4:PLCL2-201:ENST00000285094.6:3387_1827:PLCL2-002:ENST00000418129.2:3006_1446:PLCL2-003:ENST00000432376.1:3006_1446:PLCL2-202:ENST00000396755.2:2883_1446
chr3	17446239	.	C	CG	9.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1090;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=5.8483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBC1D5:ENSG00000131374.9:-:insertionFS:4/4:TBC1D5-001:ENST00000253692.6:2388_388:TBC1D5-002:ENST00000429383.4:2388_388:TBC1D5-004:ENST00000446818.2:2454_388:TBC1D5-005:ENST00000429924.2:1782_244
chr3	18391132	.	CCTG	C	126.14	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0256;AN=586;BaseQRankSum=3.818;DP=896;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.7699;InbreedingCoeff=0.1748;MQ=62.03;MQ0=1;MQRankSum=-2.360;QD=2.52;ReadPosRankSum=-0.776;SB=-49.86;SZ=-3;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=7.0159;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SATB1:ENSG00000182568.10:-:deletionNFS:3/3:SATB1-001:ENST00000338745.5:2292_1822_608_AP->P:SATB1-004:ENST00000417717.1:2388_1918_640_AP->P:SATB1-002:ENST00000454909.2:2292_1822_608_AP->P
chr3	18392822	.	G	GC	12.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=985;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SATB1:ENSG00000182568.10:-:insertionFS:1/3:SATB1-004:ENST00000417717.1:2388_1858
chr3	19490427	.	G	GT	4.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;BaseQRankSum=-0.573;DP=1377;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.4111;InbreedingCoeff=0.0590;MQ=72.82;MQ0=0;MQRankSum=0.579;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.653;SB=-30.04;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4318;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KCNH8:ENSG00000183960.4:+:insertionFS:1/2:KCNH8-201:ENST00000537696.1:558_306
chr3	19956795	.	CT	C	286.39	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0063;AN=796;BaseQRankSum=4.353;DP=2080;DS;FS=1.059;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.9667;InbreedingCoeff=-0.0049;MQ=56.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.706;SB=-183.53;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.6552;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFHB:ENSG00000163576.13:-:deletionFS:2/2:EFHB-002:ENST00000344838.4:2112_898:EFHB-001:ENST00000295824.9:2502_1288
chr3	19956820	.	A	AACAT	44.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=344;DP=967;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-49.70;SZ=4;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=5.4768;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EFHB:ENSG00000163576.13:-:insertionFS:2/2:EFHB-002:ENST00000344838.4:2112_873:EFHB-001:ENST00000295824.9:2502_1263
chr3	19977692	.	AT	A	476.63	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0166;AN=482;DP=1280;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.5396;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFHB:ENSG00000163576.13:-:deletionFS:1/2:EFHB-002:ENST00000344838.4:2112_104
chr3	20042893	.	AT	A	352.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=546;DP=1387;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.8903;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3orf48:ENSG00000183977.9:-:deletionFS:1/1:C3orf48-001:ENST00000389050.4:1893_719
chr3	20043188	.	G	GT	5.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1324;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.5419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3orf48:ENSG00000183977.9:-:insertionFS:1/1:C3orf48-001:ENST00000389050.4:1893_424
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chr3	20225116	.	G	GT	9.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1344;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=GTTT;VQSLOD=4.8439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SGOL1:ENSG00000129810.9:-:insertionFS:18/18:SGOL1-009:ENST00000263753.4:1686_323:SGOL1-001:ENST00000306698.2:879_323:SGOL1-007:ENST00000383774.1:648_323:SGOL1-005:ENST00000419233.2:930_323:SGOL1-010:ENST00000421451.1:1686_323:SGOL1-006:ENST00000425061.1:930_323:SGOL1-016:ENST00000440105.2:879_323:SGOL1-204:ENST00000443724.1:648_323:SGOL1-015:ENST00000452020.1:879_323:SGOL1-008:ENST00000472533.1:930_323:SGOL1-011:ENST00000482867.1:1686_323:SGOL1-002:ENST00000412868.1:1584_323:SGOL1-201:ENST00000412997.1:1584_323:SGOL1-004:ENST00000417364.1:828_323:SGOL1-202:ENST00000427162.1:777_323:SGOL1-012:ENST00000429446.3:777_323:SGOL1-003:ENST00000437051.1:828_323:SGOL1-203:ENST00000442720.1:777_323
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chr3	25904851	.	C	CT	17.83	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0098;AN=716;BaseQRankSum=4.254;DP=1687;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.2690;InbreedingCoeff=0.0482;MQ=70.26;MQ0=5;MQRankSum=-3.666;QD=0.59;ReadPosRankSum=-1.729;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9079;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC103588.1:ENSG00000230891.2:-:insertionFS:1/1:AC103588.1-001:ENST00000451284.1:333_20
chr3	27763419	rs71677387	C	CGGG	68.90	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.0758;AN=462;BaseQRankSum=3.860;DB;DP=476;FS=1.181;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=14.0514;InbreedingCoeff=0.2286;MQ=49.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.078;QD=2.30;ReadPosRankSum=4.223;SZ=.;TR=23;TU=CGG;VQSLOD=6.1022;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EOMES:ENSG00000163508.6:-:insertionNFS:3/5:EOMES-001:ENST00000295743.4:2061_367_123_A->PA:EOMES-002:ENST00000449599.1:2118_367_123_A->PA:EOMES-202:ENST00000537409.1:1767_367_123_A->PA
chr3	27763427	rs1874198	G	GAGGCGC,GCGC,GCGGCGC,GGGGCGC	5502.65	PASS	AA=.;AC=8,126,175,20;AF=0.0123,0.1944,0.2701,0.0309;AN=648;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=604;FS=17.124;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=16.4509;InbreedingCoeff=0.6056;MQ=51.37;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=23.32;ReadPosRankSum=-0.564;SB=-1669.03;SZ=.;TR=23;TU=CGG;VQSLOD=8.0807;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:EOMES:ENSG00000163508.6:-:insertionNFS:3/5:EOMES-001:ENST00000295743.4:2061_359_120_A->GAS:EOMES-002:ENST00000449599.1:2118_359_120_A->GAS:EOMES-202:ENST00000537409.1:1767_359_120_A->GAS,2:EOMES:ENSG00000163508.6:-:insertionNFS:3/5:EOMES-001:ENST00000295743.4:2061_359_120_A->GA:EOMES-002:ENST00000449599.1:2118_359_120_A->GA:EOMES-202:ENST00000537409.1:1767_359_120_A->GA,3:EOMES:ENSG00000163508.6:-:insertionNFS:3/5:EOMES-001:ENST00000295743.4:2061_359_120_A->GAA:EOMES-002:ENST00000449599.1:2118_359_120_A->GAA:EOMES-202:ENST00000537409.1:1767_359_120_A->GAA,4:EOMES:ENSG00000163508.6:-:insertionNFS:3/5:EOMES-001:ENST00000295743.4:2061_359_120_A->GAP:EOMES-002:ENST00000449599.1:2118_359_120_A->GAP:EOMES-202:ENST00000537409.1:1767_359_120_A->GAP
chr3	28381938	.	T	TA	12.48	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1200;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=12;TU=CTCTTT;VQSLOD=5.5195;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AZI2:ENSG00000163512.9:-:insertionFS:4/4:AZI2-001:ENST00000479665.1:1179_171:AZI2-005:ENST00000420543.2:732_171:AZI2-009:ENST00000457172.1:732_171:AZI2-014:ENST00000334100.6:699_171
chr3	28617459	.	GGCGCC	G	129.02	PASS	AA=.;AC=48;AF=0.0803;AN=598;BaseQRankSum=7.217;DP=543;FS=14.305;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.7963;InbreedingCoeff=0.1569;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-4.649;QD=2.35;ReadPosRankSum=3.206;SB=-88.80;SZ=.;TR=4;TU=CG;VQSLOD=5.1103;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC109586.1:ENSG00000256866.1:-:deletionFS:1/1:AC109586.1-201:ENST00000545591.1:663_360
chr3	28617460	rs72166860	GCGCCGC	G	1199.01	PASS	AA=.;AC=80;AF=0.4762;AN=168;BaseQRankSum=2.215;DB;DP=177;FS=2.354;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.4583;InbreedingCoeff=0.3106;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.160;QD=5.60;ReadPosRankSum=3.729;SB=-426.22;SZ=.;TR=29;TU=CCG;VQSLOD=8.5249;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC109586.1:ENSG00000256866.1:-:deletionNFS:1/1:AC109586.1-201:ENST00000545591.1:663_359_120_ASQ->Q
chr3	30032697	.	C	CTAAG	539	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0069;AN=728;BaseQRankSum=-4.579;DP=2500;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.5953;InbreedingCoeff=0.0081;MQ=57.60;MQ0=0;MQRankSum=-1.371;QD=17.97;ReadPosRankSum=-1.451;SB=-326.67;SZ=4;TR=9;TU=AAGT;VQSLOD=5.9922;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBMS3:ENSG00000144642.15:+:insertionFS:2/8:RBMS3-007:ENST00000273139.9:1263_1256:RBMS3-006:ENST00000456853.1:1302_1295,1:RBMS3:ENSG00000144642.15:+:spliceOverlap:5/8:RBMS3-005:ENST00000383766.2:1260:RBMS3-001:ENST00000383767.2:1314:RBMS3-201:ENST00000396583.3:1305:RBMS3-002:ENST00000434693.1:1311:RBMS3-008:ENST00000452462.1:1266
chr3	30691871	rs79375991	GA	G,GAA	236.44	PASS	AA=0;AC=111,49;AF=0.05600,0.02472;AN=1982;BaseQRankSum=6.437;DB;DP=4695;DS;FS=4.458;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=11.6338;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=69.44;MQ0=0;MQRankSum=2.060;QD=0.58;ReadPosRankSum=-1.153;SB=-482.23;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.8667;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TGFBR2:ENSG00000163513.12:+:deletionFS:2/4:TGFBR2-001:ENST00000295754.5:1704_373:TGFBR2-002:ENST00000359013.4:1779_448,2:TGFBR2:ENSG00000163513.12:+:insertionFS:2/4:TGFBR2-001:ENST00000295754.5:1704_373:TGFBR2-002:ENST00000359013.4:1779_448
chr3	30827866	.	CCTT	C	241.84	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=430;DP=1066;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7612;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GADL1:ENSG00000144644.10:-:deletionNFS:1/2:GADL1-001:ENST00000282538.5:1566_1283_428_GF->F
chr3	30842513	.	ACAT	A	244.36	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0069;AN=432;DP=1296;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=7.9426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GADL1:ENSG00000144644.10:-:deletionNFS:2/2:GADL1-001:ENST00000282538.5:1566_1118_373_VS->S:GADL1-002:ENST00000454381.3:1257_1118_373_VS->S
chr3	31621586	.	T	TG	7.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1173;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5764;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:STT3B:ENSG00000163527.5:+:insertionFS:1/1:STT3B-001:ENST00000295770.2:2481_709
chr3	32030579	.	GT	G	34988.77	PASS	AA=0;AC=2051;AF=0.97020;AN=2114;BaseQRankSum=7.782;DP=5969;DS;FS=4.186;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=38.8290;InbreedingCoeff=0.0742;MQ=64.97;MQ0=29;MQRankSum=2.527;QD=10.13;ReadPosRankSum=3.770;SB=-17344.52;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0731;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF860:ENSG00000197385.5:+:deletionFS:1/1:ZNF860-001:ENST00000360311.4:1899_8
chr3	32031812	.	C	CA	87.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1258;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.2353;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF860:ENSG00000197385.5:+:insertionFS:1/1:ZNF860-001:ENST00000360311.4:1899_1241
chr3	32409461	.	ACAG	A	28.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1035;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.1664;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CMTM8:ENSG00000170293.4:+:deletionNFS:2/2:CMTM8-001:ENST00000307526.3:522_419_140_NS->N:CMTM8-002:ENST00000458535.2:348_245_82_NS->N
chr3	32571819	.	GACT	G,GAACT	39.92	PASS	AA=.;AC=13,10;AF=0.0142,0.0109;AN=916;BaseQRankSum=3.464;DP=1915;DS;FS=19.771;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=19.1033;InbreedingCoeff=0.1644;MQ=65.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.528;QD=0.45;ReadPosRankSum=-1.534;SB=-11.68;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6054;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DYNC1LI1:ENSG00000144635.4:-:spliceOverlap:2/2:DYNC1LI1-001:ENST00000273130.4:1572:DYNC1LI1-003:ENST00000432458.2:1224,2:DYNC1LI1:ENSG00000144635.4:-:spliceOverlap:2/2:DYNC1LI1-001:ENST00000273130.4:1572:DYNC1LI1-003:ENST00000432458.2:1224
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chr3	40529111	.	AC	A	177.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=1041;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.4253;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF619:ENSG00000177873.7:+:deletionFS:7/8:ZNF619-204:ENST00000456778.1:1599_978:ZNF619-201:ENST00000429348.2:1731_1110:ZNF619-008:ENST00000432264.2:1731_1110:ZNF619-203:ENST00000447116.2:1851_1230:ZNF619-010:ENST00000521353.1:1851_1230:ZNF619-001:ENST00000314686.5:1683_1062:ZNF619-007:ENST00000522736.1:1704_1083
chr3	40574167	.	G	GA	5.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1720;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.0041;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF621:ENSG00000172888.7:+:insertionFS:3/4:ZNF621-001:ENST00000339296.5:1320_906:ZNF621-002:ENST00000403205.2:1320_906:ZNF621-003:ENST00000431278.1:987_573
chr3	41267330	.	CT	C	7.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1480;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2326;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTNNB1:ENSG00000168036.12:+:deletionFS:5/5:CTNNB1-001:ENST00000349496.5:2346_914:CTNNB1-003:ENST00000396183.3:2346_914:CTNNB1-002:ENST00000396185.3:2346_914:CTNNB1-007:ENST00000405570.1:2346_914:CTNNB1-005:ENST00000453024.1:2325_893
chr3	41746780	.	TA	T	5.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=959;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.7820;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ULK4:ENSG00000168038.6:-:deletionFS:1/3:ULK4-001:ENST00000301831.4:3828_2652
chr3	41860984	rs76318575	C	CT	221.46	PASS	AA=0;AC=77;AF=0.04240;AN=1816;BaseQRankSum=-4.258;DB;DP=4308;DS;FS=1.651;HR=10;HRun=10;HU=T;HaplotypeScore=13.6952;InbreedingCoeff=0.0452;MQ=66.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.496;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.114;SB=-330.44;SZ=1;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.0988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ULK4:ENSG00000168038.6:-:insertionFS:1/3:ULK4-001:ENST00000301831.4:3828_1779
chr3	41923743	.	CAA	C	177.51	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0061;AN=488;DP=1643;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.4053;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ULK4:ENSG00000168038.6:-:deletionFS:1/3:ULK4-002:ENST00000420927.1:1743_1686
chr3	42244386	.	TC	T	41.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1394;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SB=-38.11;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.2393;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRAK1:ENSG00000182606.9:+:deletionFS:1/5:TRAK1-003:ENST00000449246.1:1671_1664
chr3	42251577	rs10634555	CGGA	C,CGGAGGA,CGGAGGAGGA	11680.77	PASS	AA=.;AC=179,258,223;AF=0.1849,0.2665,0.2304;AN=968;BaseQRankSum=1.284;DB;DP=1746;FS=1.966;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=19.7965;InbreedingCoeff=0.7572;MQ=65.72;MQ0=1;MQRankSum=0.462;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.015;SB=-733.99;SZ=.;TR=32;TU=AGG;VQSLOD=10.2014;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TRAK1:ENSG00000182606.9:+:deletionNFS:1/5:TRAK1-002:ENST00000341421.3:2061_1889_630_TE->T,2:TRAK1:ENSG00000182606.9:+:insertionNFS:1/5:TRAK1-002:ENST00000341421.3:2061_1889_630_T->TEE,3:TRAK1:ENSG00000182606.9:+:insertionNFS:1/5:TRAK1-002:ENST00000341421.3:2061_1889_630_T->TEEE
chr3	42438815	.	GA	G	181.93	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0075;AN=402;DP=1014;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.5667;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LYZL4:ENSG00000157093.4:-:deletionFS:2/2:LYZL4-001:ENST00000287748.3:441_383:LYZL4-002:ENST00000441172.1:441_383
chr3	42679660	.	GCC	G	10.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=672;DP=1656;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=1;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.7666;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NKTR:ENSG00000114857.13:+:deletionFS:1/2:NKTR-001:ENST00000232978.8:4389_2464
chr3	42700746	.	GGGA	G	258.19	PASS	AA=.;AC=19;AF=0.0228;AN=832;BaseQRankSum=4.686;DP=1883;DS;FS=8.351;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.3273;InbreedingCoeff=0.1796;MQ=65.70;MQ0=0;MQRankSum=0.382;QD=2.37;ReadPosRankSum=-1.478;SB=-93.11;SZ=.;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=7.5609;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZBTB47:ENSG00000114853.8:+:deletionNFS:2/4:ZBTB47-002:ENST00000232974.6:2244_899_300_RE->R:ZBTB47-202:ENST00000542870.1:1941_899_300_RE->R
chr3	42733380	.	CGAG	C	1285.88	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.0262;AN=764;BaseQRankSum=6.608;DP=1639;FS=1.259;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.4688;InbreedingCoeff=0.1315;MQ=63.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.647;QD=16.49;ReadPosRankSum=0.354;SB=-654.19;SZ=-3;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=8.6332;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KBTBD5:ENSG00000157119.10:+:deletionNFS:2/2:KBTBD5-001:ENST00000287777.4:1866_1761_587_NE->N:KBTBD5-201:ENST00000452129.2:1101_996_332_NE->N
chr3	42835702	.	T	TC	18.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1142;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4309;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HIGD1A:ENSG00000181061.9:-:insertionFS:4/4:HIGD1A-006:ENST00000452906.2:324_86:HIGD1A-001:ENST00000321331.7:282_44:HIGD1A-002:ENST00000418900.2:282_44:HIGD1A-005:ENST00000430190.1:291_44
chr3	42906884	.	CAG	C	43.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=2048;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=6.4033;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCBP2:ENSG00000144648.8:+:deletionFS:3/3:CCBP2-003:ENST00000273145.2:1155_890:CCBP2-001:ENST00000422265.1:1155_890:CCBP2-201:ENST00000442925.1:1155_890
chr3	42906990	.	ATGGCACC	A	360.70	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0067;AN=450;DP=1278;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-7;TR=20;TU=ACCTGGC;VQSLOD=7.1554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCBP2:ENSG00000144648.8:+:deletionFS:3/3:CCBP2-003:ENST00000273145.2:1155_996:CCBP2-001:ENST00000422265.1:1155_996:CCBP2-201:ENST00000442925.1:1155_996
chr3	42955839	.	AAAG	A	605.97	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00654;AN=1070;BaseQRankSum=6.474;DP=2824;DS;FS=11.142;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.7817;InbreedingCoeff=0.1124;MQ=79.47;MQ0=0;MQRankSum=2.042;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.855;SB=-238.88;SZ=-3;TR=9;TU=AAAG;VQSLOD=7.8410;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF662:ENSG00000182983.10:+:deletionNFS:3/4:ZNF662-201:ENST00000440367.2:1281_274_92_KE->K:ZNF662-001:ENST00000541208.1:1281_274_92_KE->K:ZNF662-003:ENST00000328199.6:1359_352_118_KE->K
chr3	42956732	rs76978847	AT	A	37.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0013;AN=746;DB;DP=1918;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.1173;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF662:ENSG00000182983.10:+:deletionFS:3/4:ZNF662-201:ENST00000440367.2:1281_1167:ZNF662-001:ENST00000541208.1:1281_1167:ZNF662-003:ENST00000328199.6:1359_1245
chr3	42956831	.	CCTT	C	361.30	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00188;AN=1064;BaseQRankSum=4.600;DP=2834;DS;FS=1.201;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.8943;InbreedingCoeff=0.1101;MQ=75.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.377;QD=22.58;ReadPosRankSum=1.351;SB=-179.90;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=8.4609;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF662:ENSG00000182983.10:+:deletionNFS:3/4:ZNF662-201:ENST00000440367.2:1281_1266_422_HL->H:ZNF662-001:ENST00000541208.1:1281_1266_422_HL->H:ZNF662-003:ENST00000328199.6:1359_1344_448_HL->H
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chr3	45939063	.	GC	G	25.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;BaseQRankSum=1.564;DP=1120;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.1382;InbreedingCoeff=-0.0237;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=2.040;QD=3.16;ReadPosRankSum=1.474;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=4.9966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCR9:ENSG00000173585.11:+:deletionFS:1/4:CCR9-003:ENST00000422395.1:324_32
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chr3	46007825	rs71622515	T	TC	1173.41	PASS	AA=0;AC=76;AF=0.07480;AN=1016;BaseQRankSum=22.906;DB;DP=2380;DS;FS=8.724;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.8104;InbreedingCoeff=0.0877;MQ=69.26;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=2.91;ReadPosRankSum=-1.606;SB=-626.73;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.9242;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FYCO1:ENSG00000163820.10:-:insertionFS:2/3:FYCO1-001:ENST00000296137.2:4437_3001:FYCO1-201:ENST00000535325.1:4497_3001
chr3	46062685	.	CG	C	8.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=670;DP=1721;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7172;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:XCR1:ENSG00000173578.6:-:deletionFS:2/2:XCR1-001:ENST00000309285.3:1002_755:XCR1-201:ENST00000542109.1:1002_755
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chr3	52727464	.	ACTC	A	39.30	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0037;AN=542;DP=1489;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CCT;VQSLOD=5.9901;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GNL3:ENSG00000163938.12:+:deletionNFS:2/2:GNL3-001:ENST00000418458.1:1650_1228_410_TP->T:GNL3-002:ENST00000394799.2:1614_1192_398_TP->T
chr3	52727764	rs111396798	CAGG	C	4950.20	PASS	AA=0;AC=52;AF=0.0615;AN=846;BaseQRankSum=14.285;DB;DP=2776;DS;FS=12.268;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.1661;InbreedingCoeff=0.1022;MQ=73.51;MQ0=0;MQRankSum=0.016;QD=18.27;ReadPosRankSum=-0.168;SB=-2165.81;SZ=-3;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=6.8779;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GNL3:ENSG00000163938.12:+:deletionNFS:2/2:GNL3-001:ENST00000418458.1:1650_1441_481_QE->Q:GNL3-002:ENST00000394799.2:1614_1405_469_QE->Q
chr3	52731876	.	CTT	C	169.09	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=684;DP=1781;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.9819;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLT8D1:ENSG00000016864.11:-:deletionFS:5/6:GLT8D1-002:ENST00000266014.5:1116_190:GLT8D1-201:ENST00000394783.3:1116_190:GLT8D1-001:ENST00000407584.3:1116_190:GLT8D1-203:ENST00000478968.2:1116_190:GLT8D1-204:ENST00000491606.1:1116_190
chr3	52745882	.	G	GT	17.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=694;DP=1395;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6746;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEK4:ENSG00000114904.8:-:insertionFS:2/3:NEK4-001:ENST00000233027.5:2526_2437:NEK4-201:ENST00000535191.1:2259_2170
chr3	52812518	.	G	GCC	336.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1586;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.1063;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITIH1:ENSG00000055957.5:+:insertionFS:3/6:ITIH1-204:ENST00000542999.1:2034_301:ITIH1-001:ENST00000273283.2:2736_301:ITIH1-203:ENST00000542827.1:1938_301
chr3	52821987	rs3214326	TC	T	5329.36	PASS	AA=0;AC=539;AF=0.28549;AN=1888;BaseQRankSum=28.036;DB;DP=4668;FS=0.409;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=18.9496;InbreedingCoeff=0.2294;MQ=70.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.191;QD=6.11;ReadPosRankSum=-0.168;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.3368;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ITIH1:ENSG00000055957.5:+:deletionFS:1/6:ITIH1-003:ENST00000405128.3:834_8
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chr3	53889346	.	T	TA	47.81	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0152;AN=330;DP=877;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.8785;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL17RB:ENSG00000056736.5:+:insertionFS:1/1:IL17RB-001:ENST00000288167.3:1509_507
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chr3	57276139	.	A	AT	4.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;BaseQRankSum=-1.161;DP=937;FS=2.053;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.0669;InbreedingCoeff=0.0454;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.518;QD=0.59;ReadPosRankSum=2.057;SB=-9.95;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.0633;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:APPL1:ENSG00000157500.5:+:insertionFS:1/1:APPL1-001:ENST00000288266.3:2130_384
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chr3	57294020	.	AT	A	4.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=662;BaseQRankSum=2.114;DP=1228;DS;FS=2.255;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=9.4652;InbreedingCoeff=0.0191;MQ=81.18;MQ0=0;MQRankSum=0.665;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.213;SB=-32.82;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=4.8208;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APPL1:ENSG00000157500.5:+:deletionFS:1/1:APPL1-001:ENST00000288266.3:2130_1631
chr3	57317209	.	CAGA	C	22.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1571;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=0.81;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.1520;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ASB14:ENSG00000239388.3:-:deletionNFS:1/3:ASB14-201:ENST00000389601.3:1764_731_244_CL->L
chr3	57317267	.	CAGCAAG	C	185	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=899;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-6;TR=14;TU=AAGAGC;VQSLOD=5.9960;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASB14:ENSG00000239388.3:-:deletionNFS:3/3:ASB14-201:ENST00000389601.3:1764_673_225_AQS->S:ASB14-001:ENST00000487349.1:1764_670_224_AQS->S:ASB14-202:ENST00000438870.2:1272_178_60_AQS->S
chr3	57357238	.	C	CT	10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1081;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5753;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNAH12:ENSG00000174844.10:-:insertionFS:2/4:DNAH12-202:ENST00000351747.2:9279_7576:DNAH12-201:ENST00000344804.4:2040_475
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chr3	67054522	.	TC	T	6.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=2019;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1871;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KBTBD8:ENSG00000163376.7:+:deletionFS:2/3:KBTBD8-001:ENST00000417314.2:1806_1131:KBTBD8-201:ENST00000295568.4:1728_1053
chr3	67411172	.	CT	C	367.70	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.0317;AN=442;BaseQRankSum=6.346;DP=1120;DS;FS=11.127;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=17.5101;InbreedingCoeff=0.0863;MQ=63.82;MQ0=0;MQRankSum=2.356;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.889;SB=-212.87;SZ=.;TR=8;TU=T;VQSLOD=7.0692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUCLG2:ENSG00000172340.9:-:deletionFS:1/4:SUCLG2-002:ENST00000493112.1:1323_1204
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chr3	71007469	.	T	TTTCTG,TTTTCTG,TTTTTCTG	9566.27	PASS	AA=.;AC=9,56,26;AF=0.0205,0.1273,0.0591;AN=440;DP=965;HR=10;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=7.9395;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FOXP1:ENSG00000114861.13:-:spliceOverlap:1/11:FOXP1-202:ENST00000339693.4:1506,2:FOXP1:ENSG00000114861.13:-:spliceOverlap:1/11:FOXP1-202:ENST00000339693.4:1506,3:FOXP1:ENSG00000114861.13:-:spliceOverlap:1/11:FOXP1-202:ENST00000339693.4:1506
chr3	71804045	.	T	TG	42.63	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.0733;AN=300;BaseQRankSum=2.476;DP=378;FS=17.175;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=9.4368;InbreedingCoeff=0.1900;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-3.298;QD=0.82;ReadPosRankSum=-4.388;SB=-2.45;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.8816;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:GPR27:ENSG00000170837.2:+:insertionFS:1/1:GPR27-001:ENST00000304411.2:1128_845
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chr3	73111481	rs3832186	C	CA	22142.84	PASS	AA=0;AC=377;AF=0.19863;AN=1898;BaseQRankSum=-15.284;DB;DP=4592;DS;FS=6.885;HR=1;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=13.4030;InbreedingCoeff=0.1457;MQ=63.55;MQ0=0;MQRankSum=1.803;QD=23.94;ReadPosRankSum=-2.925;SB=-9739.53;SZ=1;TR=8;TU=ACAG;VQSLOD=7.2288;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC103559.1:ENSG00000255423.1:+:insertionFS:1/1:AC103559.1-001:ENST00000533473.1:819_249
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chr3	74344340	.	AG	A	8.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=891;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9302;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNTN3:ENSG00000113805.8:-:deletionFS:1/1:CNTN3-001:ENST00000263665.6:3087_2449
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chr3	75714805	.	TG	T	671.22	PASS	AA=.;AC=50;AF=0.2451;AN=204;BaseQRankSum=4.186;DP=279;DS;FS=15.887;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=10.8085;InbreedingCoeff=0.1078;MQ=11.23;MQ0=2041;MQRankSum=1.592;QD=7.07;ReadPosRankSum=2.053;SB=-302.88;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4053;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FRG2C:ENSG00000172969.3:+:deletionFS:2/2:FRG2C-001:ENST00000308062.3:849_462:FRG2C-002:ENST00000464571.1:846_459
chr3	75786847	.	CTG	C	322.93	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=712;BaseQRankSum=-0.608;DP=1836;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=35.6431;InbreedingCoeff=0.0429;MQ=37.17;MQ0=239;MQRankSum=-0.452;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.543;SB=-195.71;SZ=-2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.7937;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:deletionFS:3/4:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_1927:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_1906:ZNF717-002:ENST00000478296.1:2595_1777
chr3	75786894	.	GT	G	17703.57	PASS	AA=0;AC=524;AF=0.35841;AN=1462;BaseQRankSum=27.636;DP=2802;DS;FS=7.831;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=18.2554;InbreedingCoeff=-0.0501;MQ=29.90;MQ0=998;MQRankSum=-1.814;QD=9.52;ReadPosRankSum=2.445;SB=-7553.87;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.2483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:deletionFS:3/4:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_1880:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_1859:ZNF717-002:ENST00000478296.1:2595_1730
chr3	75787266	.	CCT	C	7975.25	PASS	AA=.;AC=260;AF=0.3037;AN=856;BaseQRankSum=20.276;DP=1014;FS=16.150;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=25.1723;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=18.51;MQ0=1163;MQRankSum=1.110;QD=12.19;ReadPosRankSum=5.427;SB=-1095.84;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.1006;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:deletionFS:3/4:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_1508:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_1487:ZNF717-002:ENST00000478296.1:2595_1358
chr3	75787686	.	CCT	C	142.03	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0150;AN=200;DP=310;HR=4;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.1558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:deletionFS:3/4:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_1088:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_1067:ZNF717-002:ENST00000478296.1:2595_938
chr3	75787812	.	C	CT	1412.11	PASS	AA=0;AC=87;AF=0.1169;AN=744;BaseQRankSum=2.794;DP=747;FS=3.595;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=7.3507;InbreedingCoeff=0.0416;MQ=17.04;MQ0=1260;MQRankSum=1.313;QD=6.76;ReadPosRankSum=-2.051;SB=-731.21;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.3927;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:insertionFS:3/4:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_962:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_941:ZNF717-002:ENST00000478296.1:2595_812
chr3	75790810	.	G	GT	1684.63	PASS	AA=0;AC=124;AF=0.1319;AN=940;BaseQRankSum=12.848;DP=979;FS=10.494;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.4443;InbreedingCoeff=0.1282;MQ=23.78;MQ0=314;MQRankSum=6.050;QD=9.46;ReadPosRankSum=6.265;SB=-603.70;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.7919;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:insertionFS:3/4:ZNF717-005:ENST00000477374.1:345_135:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_135:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_114
chr3	75790880	.	AC	A	21.46	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0250;AN=160;DP=146;HR=2;HRun=2;HU=C;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.9972;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF717:ENSG00000227124.4:-:deletionFS:3/4:ZNF717-005:ENST00000477374.1:345_65:ZNF717-202:ENST00000422325.1:2745_65:ZNF717-201:ENST00000400845.3:2724_44
chr3	77614247	.	A	AC	18.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1127;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3225;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ROBO2:ENSG00000185008.11:+:insertionFS:6/6:ROBO2-001:ENST00000487694.2:4185_1873:ROBO2-203:ENST00000403211.1:4182_1873:ROBO2-201:ENST00000343019.7:3210_1885:ROBO2-003:ENST00000332191.8:4320_1825:ROBO2-002:ENST00000461745.1:4137_1825:ROBO2-202:ENST00000398467.3:1713_988
chr3	78680431	.	G	GCCC	186.95	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0045;AN=670;DP=1293;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.2561;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ROBO1:ENSG00000169855.14:-:insertionNFS:6/6:ROBO1-001:ENST00000464233.1:4956_3506_1169_A->GA:ROBO1-201:ENST00000398412.3:4821_3371_1124_A->GA:ROBO1-203:ENST00000436010.2:4839_3389_1130_A->GA:ROBO1-005:ENST00000467549.1:4656_3206_1069_A->GA:ROBO1-003:ENST00000495273.1:4821_3371_1124_A->GA:ROBO1-202:ENST00000398414.3:4965_3518_1173_A->GA
chr3	81810702	rs11391701	A	AG	46988.08	PASS	AA=1;AC=1427;AF=0.99790;AN=1430;BaseQRankSum=-1.290;DB;DP=2169;FS=6.295;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.2797;InbreedingCoeff=0.1083;MQ=67.96;MQ0=1;MQRankSum=-2.443;QD=36.06;ReadPosRankSum=1.818;SB=-22616.02;SZ=-1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=9.9529;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GBE1:ENSG00000114480.7:-:insertionFS:1/4:GBE1-201:ENST00000264326.4:2262_120
chr3	87027856	.	TCTC	T	45.25	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0102;AN=490;DP=1094;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=4;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.9188;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:VGLL3:ENSG00000206538.3:-:deletionNFS:2/2:VGLL3-001:ENST00000398399.2:981_223_75_KD->D:VGLL3-002:ENST00000383698.3:963_223_75_KD->D
chr3	88040567	.	A	AG	27.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=1587;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=6.1411;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HTR1F:ENSG00000179097.4:+:insertionFS:1/1:HTR1F-001:ENST00000319595.4:1101_668
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chr3	107647001	rs79095333	CAA	C,CA,CAAA,CAAAA	31306.36	PASS	AA=.;AC=15,910,349,38;AF=0.00739,0.44828,0.17192,0.01872;AN=2030;BaseQRankSum=13.673;DB;DP=4542;DS;FS=0.431;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=17.1062;InbreedingCoeff=0.5296;MQ=62.77;MQ0=1;MQRankSum=1.342;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.391;SB=-9350.48;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=8.9986;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-631B21.2:ENSG00000240423.1:+:deletionFS:1/1:RP11-631B21.2-001:ENST00000494231.1:429_357,2:RP11-631B21.2:ENSG00000240423.1:+:deletionFS:1/1:RP11-631B21.2-001:ENST00000494231.1:429_357,3:RP11-631B21.2:ENSG00000240423.1:+:insertionFS:1/1:RP11-631B21.2-001:ENST00000494231.1:429_357,4:RP11-631B21.2:ENSG00000240423.1:+:insertionFS:1/1:RP11-631B21.2-001:ENST00000494231.1:429_357
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chr3	108409698	.	CAGA	C	254.64	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0076;AN=528;DP=1293;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=7.4606;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DZIP3:ENSG00000198919.6:+:deletionNFS:3/5:DZIP3-001:ENST00000361582.3:3627_3581_1194_PE->P:DZIP3-004:ENST00000463306.1:3627_3581_1194_PE->P:DZIP3-202:ENST00000437062.1:1890_1844_615_PE->P
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chr3	108635005	.	CA	C	136.67	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1167;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.5860;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GUCA1C:ENSG00000138472.6:-:deletionFS:3/3:GUCA1C-001:ENST00000261047.3:630_411:GUCA1C-002:ENST00000393963.3:591_411:GUCA1C-003:ENST00000471108.1:486_411
chr3	108682418	.	AT	A,ATT	47.22	PASS	AA=0;AC=21,18;AF=0.01747,0.01498;AN=1202;BaseQRankSum=2.499;DP=2513;DS;FS=0.608;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=12.3554;InbreedingCoeff=0.1521;MQ=67.62;MQ0=0;MQRankSum=0.976;QD=0.25;ReadPosRankSum=-0.918;SB=-206.31;SZ=-1;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.5907;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MORC1:ENSG00000114487.5:-:deletionFS:2/2:MORC1-001:ENST00000232603.5:2955_2642:MORC1-002:ENST00000483760.1:2892_2579,2:MORC1:ENSG00000114487.5:-:insertionFS:2/2:MORC1-001:ENST00000232603.5:2955_2642:MORC1-002:ENST00000483760.1:2892_2579
chr3	109056314	.	C	CTTGCCTT	154.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=672;BaseQRankSum=-0.999;DP=1371;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=7;TR=14;TU=CCTTTTG;VQSLOD=5.6545;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DPPA4:ENSG00000121570.8:-:insertionFS:1/1:DPPA4-001:ENST00000335658.6:915_51
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chr3	111564725	.	GAGGA	G	124.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1435;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=4.8364;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PHLDB2:ENSG00000144824.14:+:deletionFS:2/9:PHLDB2-002:ENST00000393923.3:3714_10:PHLDB2-201:ENST00000359729.5:2598_10
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chr3	111603966	.	TCCTGTG	T	59.57	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0021;AN=932;BaseQRankSum=2.292;DP=1962;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.1247;InbreedingCoeff=0.1034;MQ=66.44;MQ0=0;MQRankSum=-2.727;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.853;SB=-43.94;SZ=-6;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=5.9266;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PHLDB2:ENSG00000144824.14:+:deletionNFS:8/9:PHLDB2-002:ENST00000393923.3:3714_1123_375_SCA->S:PHLDB2-201:ENST00000359729.5:2598_1123_375_SCA->S:PHLDB2-009:ENST00000393925.3:3762_1042_348_SCA->S:PHLDB2-202:ENST00000412622.1:3633_1042_348_SCA->S:PHLDB2-001:ENST00000431670.2:3762_1042_348_SCA->S:PHLDB2-003:ENST00000481953.1:3633_1042_348_SCA->S:PHLDB2-006:ENST00000477695.1:1746_1042_348_SCA->S:PHLDB2-005:ENST00000478922.1:1560_1042_348_SCA->S
chr3	111604409	.	CCTT	C	425.92	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0061;AN=990;BaseQRankSum=5.265;DP=2459;DS;FS=11.827;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.3684;InbreedingCoeff=0.1156;MQ=67.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.390;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.604;SB=-160.59;SZ=.;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=7.7670;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHLDB2:ENSG00000144824.14:+:deletionNFS:1/9:PHLDB2-005:ENST00000478922.1:1560_1485_495_IL->I
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chr3	111732464	.	ATAGT	A	193.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=456;DP=1285;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=AGTT;VQSLOD=7.0328;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAGLN3:ENSG00000144834.7:+:multiExonHit:1/6:TAGLN3-203:ENST00000540095.1:666
chr3	111766748	.	AC	A	1874.41	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.0402;AN=498;BaseQRankSum=6.910;DP=1335;FS=1.571;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.4855;InbreedingCoeff=-0.0013;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.856;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.390;SB=-1013.57;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.9551;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMPRSS7:ENSG00000176040.7:+:deletionFS:3/3:TMPRSS7-201:ENST00000437906.1:2454_815:TMPRSS7-202:ENST00000443106.1:2496_857:TMPRSS7-001:ENST00000419127.1:2154_515
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chr3	111983183	.	T	TA	13.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=850;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3298;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC9A10:ENSG00000172139.10:-:insertionFS:1/2:SLC9A10-001:ENST00000305815.5:3534_886
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chr3	112063839	.	A	AC	22.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1464;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=6.6681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD200:ENSG00000091972.13:+:insertionFS:2/3:CD200-001:ENST00000315711.8:810_125:CD200-002:ENST00000473539.1:885_200
chr3	112253058	rs72243791	C	CA,CAA	41729.26	PASS	AA=.;AC=1142,81;AF=0.62747,0.04451;AN=1820;BaseQRankSum=-15.508;DB;DP=3705;DS;FS=9.069;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=13.5496;InbreedingCoeff=0.2904;MQ=67.19;MQ0=0;MQRankSum=1.665;QD=20.02;ReadPosRankSum=-3.482;SB=-18585.48;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.5180;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ATG3:ENSG00000144848.6:-:insertionFS:1/2:ATG3-003:ENST00000402314.2:936_921,2:ATG3:ENSG00000144848.6:-:insertionFS:1/2:ATG3-003:ENST00000402314.2:936_921
chr3	112545909	.	TG	T	5868.19	PASS	AA=.;AC=288;AF=0.14104;AN=2042;BaseQRankSum=33.992;DP=4522;DS;FS=8.141;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.0128;InbreedingCoeff=0.1662;MQ=67.52;MQ0=0;MQRankSum=3.506;QD=6.14;ReadPosRankSum=2.305;SB=-2519.35;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.1309;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CD200R1L:ENSG00000206531.6:-:deletionFS:3/3:CD200R1L-001:ENST00000398214.1:816_610:CD200R1L-201:ENST00000448932.1:753_547:CD200R1L-002:ENST00000488794.1:753_547
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chr3	112648126	.	GT	G	18754.73	PASS	AA=0;AC=1220;AF=0.57277;AN=2130;BaseQRankSum=44.444;DP=5761;DS;FS=6.237;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=26.0200;InbreedingCoeff=0.1133;MQ=60.41;MQ0=11;MQRankSum=-1.114;QD=7.32;ReadPosRankSum=3.821;SB=-9157.38;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD200R1:ENSG00000163606.6:-:deletionFS:5/5:CD200R1-001:ENST00000308611.3:1047_431:CD200R1-002:ENST00000471858.1:978_362:CD200R1-005:ENST00000295863.4:639_296:CD200R1-003:ENST00000440122.2:567_431:CD200R1-004:ENST00000490004.1:498_362
chr3	112693645	.	TAAG	T	31.91	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=656;DP=1558;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.1790;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CD200R1:ENSG00000163606.6:-:deletionNFS:5/5:CD200R1-001:ENST00000308611.3:1047_60_20_LV->V:CD200R1-002:ENST00000471858.1:978_60_20_LV->V:CD200R1-005:ENST00000295863.4:639_60_20_LV->V:CD200R1-003:ENST00000440122.2:567_60_20_LV->V:CD200R1-004:ENST00000490004.1:498_60_20_LV->V
chr3	112724769	.	GA	G	19.46	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=474;DP=1397;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=7.3854;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C3orf17:ENSG00000163608.9:-:deletionFS:4/4:C3orf17-001:ENST00000314400.5:1704_1318:C3orf17-002:ENST00000383675.2:1494_1108:C3orf17-201:ENST00000393857.2:1296_910:C3orf17-202:ENST00000412848.1:645_259
chr3	113012860	.	ACTTAG	A	313.54	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0088;AN=452;DP=1245;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-5;TR=10;TU=AGCTT;VQSLOD=6.6730;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:WDR52:ENSG00000206530.4:-:startOverlap:1/3:WDR52-201:ENST00000308346.6:1206
chr3	113098246	.	TTCC	T	22.29	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0147;AN=340;DP=798;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=5.7008;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR52:ENSG00000206530.4:-:deletionNFS:2/3:WDR52-202:ENST00000393845.2:5565_2205_735_EE->E:WDR52-001:ENST00000295868.2:2949_2205_735_EE->E
chr3	113303554	.	AC	A	39.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=530;DP=1323;DS;HR=4;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.3064;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIDT1:ENSG00000072858.6:+:deletionFS:2/2:SIDT1-001:ENST00000264852.4:2484_845:SIDT1-201:ENST00000393830.3:2499_845
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chr3	122180155	.	A	AG	45.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1033;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.0070;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KPNA1:ENSG00000114030.8:-:insertionFS:1/1:KPNA1-001:ENST00000344337.6:1617_348
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chr3	122459289	.	T	TGA	6721.98	PASS	AA=.;AC=266;AF=0.14149;AN=1880;BaseQRankSum=29.654;DP=5147;DS;FS=8.137;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.4428;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=66.41;MQ0=0;MQRankSum=-3.205;QD=9.40;ReadPosRankSum=2.668;SB=-3058.89;SZ=.;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.3017;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSPBAP1:ENSG00000169087.6:-:insertionFS:1/2:HSPBAP1-001:ENST00000306103.2:1467_1370
chr3	122459290	rs16338	G	GA,GAGA	23369.07	PASS	AA=2;AC=0,284;AF=0.00000,0.15074;AN=1884;BaseQRankSum=-25.182;DB;DP=5158;DS;FS=9.174;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=18.7360;InbreedingCoeff=0.1137;MQ=66.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.329;QD=32.14;ReadPosRankSum=2.562;SB=-11093.63;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=9.4170;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSPBAP1:ENSG00000169087.6:-:insertionFS:1/2:HSPBAP1-001:ENST00000306103.2:1467_1369,2:HSPBAP1:ENSG00000169087.6:-:insertionNFS:1/2:HSPBAP1-001:ENST00000306103.2:1467_1369_457_Q->SQ
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chr3	123419116	rs75967604	GTTC	G	26807.20	PASS	AA=0;AC=274;AF=0.13010;AN=2106;BaseQRankSum=27.548;DB;DP=6163;DS;FS=1.297;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.2921;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=53.23;MQ0=0;MQRankSum=-7.388;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.877;SB=-12858.17;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=8.0047;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYLK:ENSG00000065534.13:-:deletionNFS:5/8:MYLK-003:ENST00000346322.5:5538_2992_998_LK->K:MYLK-202:ENST00000359169.1:5592_3199_1067_LK->K:MYLK-203:ENST00000360304.3:5745_3199_1067_LK->K:MYLK-001:ENST00000360772.3:5592_3199_1067_LK->K:MYLK-004:ENST00000475616.1:5745_3199_1067_LK->K
chr3	123650166	.	CTTG	C	32.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=694;DP=1431;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.3555;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC14:ENSG00000175455.10:-:deletionNFS:5/5:CCDC14-001:ENST00000433542.2:2739_1655_552_RI->I:CCDC14-202:ENST00000488653.2:2862_1778_593_RI->I:CCDC14-201:ENST00000310351.4:2382_1298_433_RI->I:CCDC14-022:ENST00000485727.1:2262_1178_393_RI->I:CCDC14-017:ENST00000489746.1:2262_1178_393_RI->I
chr3	124482494	rs2228676	TTTGTTGAAC	T	16488.38	PASS	AA=.;AC=136;AF=0.07211;AN=1886;BaseQRankSum=22.808;DB;DP=5913;DS;FS=0.792;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=43.5517;InbreedingCoeff=0.1585;MQ=63.45;MQ0=0;MQRankSum=-11.682;QD=30.09;ReadPosRankSum=1.338;SB=-7659.99;SZ=.;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.3854;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ITGB5:ENSG00000082781.5:-:deletionNFS:1/1:ITGB5-001:ENST00000296181.4:2400_2376_792_KSYN->N
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chr3	124629302	.	CAA	C	62.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1693;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.4266;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC13:ENSG00000173702.3:-:deletionFS:1/1:MUC13-001:ENST00000311075.3:1536_1294
chr3	124646705	rs10630030	A	AAAG,AAG,AAGG,AG	177350.08	PASS	AA=1;AC=1972,0,4,2;AF=0.96667,0.00000,0.00196,0.00098;AN=2040;BaseQRankSum=-4.119;DB;DP=5359;DS;FS=3.178;HR=3;HU=A;HaplotypeScore=15.5058;InbreedingCoeff=0.2702;MQ=61.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.646;QD=58.78;ReadPosRankSum=1.506;SB=-73946.57;SZ=-3;TR=3;TU=A;VQSLOD=9.3444;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MUC13:ENSG00000173702.3:-:insertionNFS:1/1:MUC13-001:ENST00000311075.3:1536_185_62_F->SF,2:MUC13:ENSG00000173702.3:-:insertionFS:1/1:MUC13-001:ENST00000311075.3:1536_185,3:MUC13:ENSG00000173702.3:-:insertionNFS:1/1:MUC13-001:ENST00000311075.3:1536_185_62_F->SF,4:MUC13:ENSG00000173702.3:-:insertionFS:1/1:MUC13-001:ENST00000311075.3:1536_185
chr3	124774665	.	G	GCAT	1032.41	PASS	AA=0;AC=29;AF=0.1510;AN=192;BaseQRankSum=-4.631;DP=177;FS=1.645;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.4031;InbreedingCoeff=0.1727;MQ=52.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.034;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.054;SB=-544.78;SZ=3;TR=14;TU=AGC;VQSLOD=6.9501;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HEG1:ENSG00000173706.8:-:insertionNFS:1/1:HEG1-001:ENST00000311127.4:4146_70_24_P->MP
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chr3	125172707	.	TTC	T	13.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1250;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=5.3153;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX4:ENSG00000114520.6:-:deletionFS:2/2:SNX4-001:ENST00000251775.4:1353_1137:SNX4-201:ENST00000536067.1:918_702
chr3	125648220	.	GAGA	G	93.93	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0044;AN=454;DP=791;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.0689;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALG1L:ENSG00000189366.5:-:deletionNFS:1/1:ALG1L-001:ENST00000340333.3:564_539_180_SE->E
chr3	125725255	.	T	TA	117.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;BaseQRankSum=-1.721;DP=1337;DS;HR=1;HRun=3;HU=A;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.3835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC41A3:ENSG00000114544.10:-:insertionFS:2/6:SLC41A3-024:ENST00000315891.6:1524_1519:SLC41A3-001:ENST00000346785.5:1416_1411
chr3	125725268	rs111477552	TAACA	T	22974.53	PASS	AA=0;AC=304;AF=0.14873;AN=2044;BaseQRankSum=29.587;DB;DP=5784;DS;FS=1.618;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.2376;InbreedingCoeff=0.0163;MQ=67.77;MQ0=2;MQRankSum=-11.511;QD=21.67;ReadPosRankSum=1.270;SB=-11248.43;SZ=-4;TR=10;TU=AAAC;VQSLOD=7.3016;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC41A3:ENSG00000114544.10:-:deletionFS:2/6:SLC41A3-024:ENST00000315891.6:1524_1506:SLC41A3-001:ENST00000346785.5:1416_1398
chr3	125877314	.	CG	C,CGG	110.36	PASS	AA=0;AC=1,4;AF=0.0025,0.0101;AN=396;DP=971;HR=6;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=8.5026;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALDH1L1:ENSG00000144908.9:-:deletionFS:5/6:ALDH1L1-001:ENST00000273450.3:2739_326:ALDH1L1-002:ENST00000393434.2:2709_296:ALDH1L1-016:ENST00000452905.2:2406_296:ALDH1L1-007:ENST00000472186.1:2709_296:ALDH1L1-201:ENST00000393431.2:1518_296,2:ALDH1L1:ENSG00000144908.9:-:insertionFS:5/6:ALDH1L1-001:ENST00000273450.3:2739_326:ALDH1L1-002:ENST00000393434.2:2709_296:ALDH1L1-016:ENST00000452905.2:2406_296:ALDH1L1-007:ENST00000472186.1:2709_296:ALDH1L1-201:ENST00000393431.2:1518_296
chr3	126142433	rs35351151	CGGA	C	7518.35	PASS	AA=0;AC=91;AF=0.06399;AN=1422;BaseQRankSum=13.254;DB;DP=2868;DS;FS=3.794;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.9327;InbreedingCoeff=0.0792;MQ=75.27;MQ0=0;MQRankSum=-7.109;QD=21.24;ReadPosRankSum=-0.252;SB=-3077.43;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.8378;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC37:ENSG00000163885.7:+:deletionNFS:3/4:CCDC37-001:ENST00000352312.1:1836_1232_411_TE->T:CCDC37-201:ENST00000393425.1:1839_1235_412_TE->T:CCDC37-002:ENST00000505024.1:1839_1235_412_TE->T
chr3	126142436	rs35657615	A	AC	26.98	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0045;AN=662;DB;DP=1256;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.0657;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC37:ENSG00000163885.7:+:insertionFS:3/4:CCDC37-001:ENST00000352312.1:1836_1235:CCDC37-201:ENST00000393425.1:1839_1238:CCDC37-002:ENST00000505024.1:1839_1238
chr3	126151931	.	C	CT	290.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1172;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.6312;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC37:ENSG00000163885.7:+:insertionFS:3/4:CCDC37-001:ENST00000352312.1:1836_1306:CCDC37-201:ENST00000393425.1:1839_1309:CCDC37-002:ENST00000505024.1:1839_1309
chr3	126155145	.	ACTGGTATGCCG	A	234.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1134;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-11;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.8740;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCDC37:ENSG00000163885.7:+:deletionFS:3/4:CCDC37-001:ENST00000352312.1:1836_1734:CCDC37-201:ENST00000393425.1:1839_1737:CCDC37-002:ENST00000505024.1:1839_1737
chr3	126291136	.	TG	T	34.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1215;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.9712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TXNRD3IT1:ENSG00000206483.4:-:deletionFS:2/2:TXNRD3IT1-201:ENST00000383572.2:402_251:TXNRD3IT1-001:ENST00000404489.2:402_251
chr3	126291218	rs57404214	CCT	C	5556.66	PASS	AA=.;AC=54;AF=0.03750;AN=1440;BaseQRankSum=12.311;DB;DP=3422;DS;FS=0.326;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.1691;InbreedingCoeff=0.0433;MQ=60.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.622;QD=22.14;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-2700.31;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.5588;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TXNRD3IT1:ENSG00000206483.4:-:deletionFS:2/2:TXNRD3IT1-201:ENST00000383572.2:402_169:TXNRD3IT1-001:ENST00000404489.2:402_169
chr3	126736667	.	A	AC	13.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=386;DP=946;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.5691;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLXNA1:ENSG00000114554.7:+:insertionFS:2/2:PLXNA1-001:ENST00000393409.2:5691_3592:PLXNA1-201:ENST00000251772.4:5622_3523
chr3	126915683	.	TAACTG	T	113.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=440;DP=1020;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-5;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5006;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3orf56:ENSG00000214324.1:+:deletionFS:1/1:C3orf56-001:ENST00000398112.1:729_155
chr3	127379363	.	AGAAGAG	A	1370.93	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.01459;AN=1028;BaseQRankSum=7.151;DP=2778;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=29.4043;InbreedingCoeff=0.0414;MQ=62.48;MQ0=2;MQRankSum=-4.264;QD=22.15;ReadPosRankSum=1.815;SB=-638.19;SZ=.;TR=20;TU=AAGAGG;VQSLOD=6.6645;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PODXL2:ENSG00000114631.9:+:deletionNFS:2/2:PODXL2-201:ENST00000302192.7:1593_492_164_EEE->E:PODXL2-001:ENST00000342480.6:1818_492_164_EEE->E
chr3	127779405	.	TA	T	4.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=694;BaseQRankSum=1.997;DP=1780;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.2158;InbreedingCoeff=0.1229;MQ=72.20;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=0.68;ReadPosRankSum=0.167;SB=-28.50;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.7128;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SEC61A1:ENSG00000058262.5:+:deletionFS:3/3:SEC61A1-002:ENST00000464451.1:1449_535:SEC61A1-001:ENST00000243253.3:1431_517:SEC61A1-003:ENST00000424880.2:1071_157
chr3	127816186	.	G	GA	4.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=-1.397;DP=1836;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.2865;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=67.44;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=0.51;ReadPosRankSum=-2.283;SB=-28.65;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4882;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RUVBL1:ENSG00000175792.6:-:insertionFS:3/3:RUVBL1-001:ENST00000322623.5:1371_973:RUVBL1-201:ENST00000417360.1:1161_973:RUVBL1-002:ENST00000464873.1:948_793
chr3	127872599	.	GC	G	4.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=0.705;DP=647;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=10.1547;InbreedingCoeff=0.0889;MQ=61.96;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=0.82;ReadPosRankSum=1.937;SB=-28.42;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0344;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EEFSEC:ENSG00000132394.6:+:deletionFS:2/2:EEFSEC-001:ENST00000254730.6:1791_249:EEFSEC-002:ENST00000483457.1:1311_249
chr3	128199986	.	AC	A	4.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=614;BaseQRankSum=0.739;DP=1429;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.1613;InbreedingCoeff=0.0789;MQ=68.67;MQ0=0;MQRankSum=0.936;QD=0.75;ReadPosRankSum=0.200;SB=-28.27;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.4896;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GATA2:ENSG00000179348.7:-:deletionFS:3/3:GATA2-001:ENST00000341105.2:1443_1319:GATA2-003:ENST00000430265.2:1401_1277:GATA2-002:ENST00000487848.1:1443_1319
chr3	128292318	.	ATC	A,ATCTC	417.57	PASS	AA=.;AC=98,32;AF=0.05158,0.01684;AN=1900;BaseQRankSum=8.459;DP=4700;DS;FS=6.013;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=14.7835;InbreedingCoeff=0.1527;MQ=65.71;MQ0=1;MQRankSum=0.411;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.003;SB=-512.57;SZ=.;TR=18;TU=CT;VQSLOD=8.0811;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C3orf27:ENSG00000198685.2:-:deletionFS:1/1:C3orf27-001:ENST00000356020.2:450_255,2:C3orf27:ENSG00000198685.2:-:insertionFS:1/1:C3orf27-001:ENST00000356020.2:450_255
chr3	128350955	.	TG	T	4.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=716;BaseQRankSum=2.616;DP=1756;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.8201;InbreedingCoeff=0.0394;MQ=73.99;MQ0=0;MQRankSum=0.718;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.109;SB=-31.33;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0717;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPN1:ENSG00000163902.6:-:deletionFS:3/4:RPN1-001:ENST00000296255.3:1824_679:RPN1-202:ENST00000545956.1:1746_601:RPN1-002:ENST00000497289.1:1308_163
chr3	128612478	.	CT	C	228.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1476;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8134;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACAD9:ENSG00000177646.12:+:deletionFS:1/3:ACAD9-001:ENST00000308982.7:1866_325
chr3	128629172	.	CCTGA	C	282.77	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0027;AN=754;BaseQRankSum=3.088;DP=1798;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.7187;InbreedingCoeff=0.1137;MQ=62.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.368;QD=31.42;ReadPosRankSum=-1.103;SB=-164.40;SZ=-4;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.8210;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIAA1257:ENSG00000114656.6:-:deletionFS:1/3:KIAA1257-002:ENST00000511438.1:1203_1173,1:RP11-723O4.6:ENSG00000187695.5:-:deletionFS:2/2:RP11-723O4.6-201:ENST00000344062.4:1719_1689:RP11-723O4.6-001:ENST00000508239.1:1719_1689
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chr3	128634311	rs112169753	TTTC	T	398.08	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0161;AN=434;DB;DP=1066;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.5364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-723O4.6:ENSG00000187695.5:-:deletionNFS:2/2:RP11-723O4.6-201:ENST00000344062.4:1719_1416_472_KS->S:RP11-723O4.6-001:ENST00000508239.1:1719_1416_472_KS->S
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chr3	129546679	.	TGCA	T	123.95	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0175;AN=802;BaseQRankSum=2.448;DP=2087;DS;FS=3.756;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.3470;InbreedingCoeff=0.1551;MQ=65.62;MQ0=1;MQRankSum=0.599;QD=1.24;ReadPosRankSum=-0.595;SB=-96.87;SZ=-3;TR=24;TU=AGC;VQSLOD=7.3449;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TMCC1:ENSG00000172765.12:-:deletionNFS:2/4:TMCC1-001:ENST00000393238.3:1962_543_181_AC->C:TMCC1-202:ENST00000426664.2:1620_201_67_AC->C
chr3	130190720	rs34711813	AT	A	70146.80	PASS	AA=0;AC=980;AF=0.50830;AN=1928;BaseQRankSum=15.263;DB;DP=5577;DS;FS=1.757;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=19.9292;InbreedingCoeff=0.2059;MQ=67.41;MQ0=0;MQRankSum=1.110;QD=25.90;ReadPosRankSum=1.503;SB=-33600.66;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=9.4737;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:COL6A5:ENSG00000172752.10:+:deletionFS:1/2:COL6A5-201:ENST00000265379.6:7848_7769
chr3	130380516	.	AG	A	286.42	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=420;DP=1305;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.5484;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COL6A6:ENSG00000206384.5:+:deletionFS:2/2:COL6A6-001:ENST00000358511.5:6792_5866:COL6A6-201:ENST00000453409.2:6792_5866
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chr3	130748576	.	T	TA	8.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1291;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3137;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEK11:ENSG00000114670.8:+:insertionFS:8/9:NEK11-003:ENST00000383366.4:1938_24:NEK11-202:ENST00000429253.2:1938_24:NEK11-010:ENST00000508196.1:1938_24:NEK11-005:ENST00000510769.1:1623_24:NEK11-006:ENST00000510688.1:1800_24:NEK11-001:ENST00000356918.4:1449_24:NEK11-203:ENST00000507910.1:1449_24:NEK11-004:ENST00000511262.1:1413_24
chr3	130828729	.	T	TG	18.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1120;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8718;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEK11:ENSG00000114670.8:+:insertionFS:8/9:NEK11-003:ENST00000383366.4:1938_419:NEK11-202:ENST00000429253.2:1938_419:NEK11-010:ENST00000508196.1:1938_419:NEK11-005:ENST00000510769.1:1623_419:NEK11-006:ENST00000510688.1:1800_419:NEK11-001:ENST00000356918.4:1449_419:NEK11-203:ENST00000507910.1:1449_419:NEK11-004:ENST00000511262.1:1413_419
chr3	131101242	.	GAA	G	103.63	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0029;AN=346;DP=925;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.4419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUDT16:ENSG00000198585.7:+:deletionFS:1/4:NUDT16-002:ENST00000502852.1:684_491
chr3	132056325	.	GC	G	5.63	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=718;BaseQRankSum=1.298;DP=1602;DS;FS=2.338;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=10.6050;InbreedingCoeff=0.0347;MQ=80.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.964;QD=0.94;ReadPosRankSum=-2.486;SB=-27.51;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACPP:ENSG00000014257.11:+:deletionFS:2/3:ACPP-003:ENST00000351273.7:1257_482:ACPP-001:ENST00000336375.5:1161_482
chr3	132071617	.	CCTT	C	40.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1236;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CCTT;VQSLOD=5.3640;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACPP:ENSG00000014257.11:+:deletionNFS:3/3:ACPP-003:ENST00000351273.7:1257_918_306_LL->L:ACPP-001:ENST00000336375.5:1161_918_306_LL->L:ACPP-002:ENST00000475741.1:1062_819_273_LL->L
chr3	132071620	.	T	TC	15.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1252;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=CCTT;VQSLOD=5.3369;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACPP:ENSG00000014257.11:+:insertionFS:3/3:ACPP-003:ENST00000351273.7:1257_921:ACPP-001:ENST00000336375.5:1161_921:ACPP-002:ENST00000475741.1:1062_822
chr3	132075688	.	AC	A	114.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1260;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.3884;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACPP:ENSG00000014257.11:+:deletionFS:3/3:ACPP-003:ENST00000351273.7:1257_1127:ACPP-001:ENST00000336375.5:1161_1127:ACPP-002:ENST00000475741.1:1062_1028
chr3	132172538	.	AG	A	14.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;DP=1283;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=AAGT;VQSLOD=5.7931;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJC13:ENSG00000138246.10:+:spliceOverlap:1/2:DNAJC13-001:ENST00000260818.6:6732
chr3	132217979	.	C	CT	5.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;BaseQRankSum=-2.447;DP=1212;DS;FS=2.927;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.6014;InbreedingCoeff=-0.0393;MQ=56.79;MQ0=0;MQRankSum=2.007;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.364;SB=0.81;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.7548;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJC13:ENSG00000138246.10:+:insertionFS:2/2:DNAJC13-001:ENST00000260818.6:6732_4166:DNAJC13-201:ENST00000538066.1:2673_107
chr3	132242387	.	C	CAGAT	95.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=674;DP=1393;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=4;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7955;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJC13:ENSG00000138246.10:+:insertionFS:2/2:DNAJC13-001:ENST00000260818.6:6732_5890:DNAJC13-201:ENST00000538066.1:2673_1831
chr3	132278688	.	AGG	A	54.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1297;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.6465;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACAD11:ENSG00000240303.3:-:deletionFS:3/4:ACAD11-001:ENST00000264990.6:2343_2217:ACAD11-201:ENST00000355458.3:2031_1905:ACAD11-202:ENST00000545291.1:918_792
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chr3	132408107	.	CCT	C	63.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1437;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.9532;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPHP3:ENSG00000113971.13:-:spliceOverlap:2/6:NPHP3-006:ENST00000337331.5:3993:NPHP3-204:ENST00000393144.2:1914
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chr3	134885794	.	T	TA	22.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=1114;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.0084;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPHB1:ENSG00000154928.12:+:insertionFS:2/2:EPHB1-005:ENST00000398015.3:2955_1705:EPHB1-006:ENST00000493838.1:1638_388
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chr3	135863904	.	G	GA,GATGA	1288.46	PASS	AA=0;AC=1,11;AF=0.0023,0.0253;AN=434;DP=1205;DS;HR=1;HU=A;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.4089;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PPP2R3A:ENSG00000073711.6:+:insertionFS:3/4:PPP2R3A-001:ENST00000264977.3:3453_3349:PPP2R3A-003:ENST00000334546.2:1590_1486:PPP2R3A-002:ENST00000490467.1:1245_1141,2:PPP2R3A:ENSG00000073711.6:+:insertionFS:3/4:PPP2R3A-001:ENST00000264977.3:3453_3349:PPP2R3A-003:ENST00000334546.2:1590_1486:PPP2R3A-002:ENST00000490467.1:1245_1141
chr3	135870030	.	TATC	T	66.17	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00183;AN=1090;BaseQRankSum=2.162;DP=3202;DS;FS=2.153;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.0989;InbreedingCoeff=0.0602;MQ=57.65;MQ0=1;MQRankSum=0.699;QD=4.71;ReadPosRankSum=-0.256;SB=-38.15;SZ=-3;TR=8;TU=ATC;VQSLOD=7.1531;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MSL2:ENSG00000174579.3:-:deletionNFS:2/2:MSL2-001:ENST00000309993.2:1734_1693_565_KS->S:MSL2-002:ENST00000434835.2:1512_1471_491_KS->S
chr3	135969391	.	GC	G	83.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=860;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=6.3360;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCCB:ENSG00000114054.8:+:deletionFS:10/11:PCCB-006:ENST00000478469.1:912_174:PCCB-002:ENST00000471595.1:1653_174:PCCB-001:ENST00000251654.4:1620_174:PCCB-010:ENST00000462637.1:1551_174:PCCB-011:ENST00000466072.1:1680_174:PCCB-009:ENST00000468777.1:1713_174:PCCB-003:ENST00000469217.1:1680_174:PCCB-008:ENST00000483687.1:1563_174:PCCB-007:ENST00000490504.1:1449_174:PCCB-201:ENST00000546174.1:1344_174
chr3	136035815	.	G	GC	12.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1355;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SB=-5.18;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.9286;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCCB:ENSG00000114054.8:+:insertionFS:10/11:PCCB-002:ENST00000471595.1:1653_999:PCCB-001:ENST00000251654.4:1620_999:PCCB-010:ENST00000462637.1:1551_930:PCCB-011:ENST00000466072.1:1680_999:PCCB-009:ENST00000468777.1:1713_1092:PCCB-003:ENST00000469217.1:1680_1059:PCCB-013:ENST00000482086.1:1272_651:PCCB-008:ENST00000483687.1:1563_942:PCCB-007:ENST00000490504.1:1449_828:PCCB-201:ENST00000546174.1:1344_723
chr3	136573392	.	TC	T	6.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=849;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.4274;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM22:ENSG00000168917.8:+:deletionFS:2/2:TMEM22-002:ENST00000393079.3:1239_90:TMEM22-001:ENST00000446465.2:1239_90
chr3	136573485	.	GA	G,GAA	63.74	PASS	AA=0;AC=11,15;AF=0.0325,0.0444;AN=338;DP=875;HR=9;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=10;TU=AAATG;VQSLOD=6.7038;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM22:ENSG00000168917.8:+:deletionFS:2/2:TMEM22-002:ENST00000393079.3:1239_183:TMEM22-001:ENST00000446465.2:1239_183,2:TMEM22:ENSG00000168917.8:+:insertionFS:2/2:TMEM22-002:ENST00000393079.3:1239_183:TMEM22-001:ENST00000446465.2:1239_183
chr3	137484349	.	AC	A	609.21	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0191;AN=576;DP=1308;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.7578;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SOX14:ENSG00000168875.1:+:endOverlap:1/1:SOX14-001:ENST00000306087.1:723
chr3	137811325	.	T	TC	9.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1355;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.4427;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DZIP1L:ENSG00000158163.9:-:insertionFS:3/3:DZIP1L-001:ENST00000327532.2:2304_770:DZIP1L-002:ENST00000469243.1:1620_770:DZIP1L-201:ENST00000536706.1:1617_770
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chr3	138668457	.	CGGCATTCGAA	C	1943.59	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.01988;AN=1006;BaseQRankSum=8.453;DP=2047;DS;FS=0.738;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=32.4277;InbreedingCoeff=0.1222;MQ=71.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.208;QD=35.99;ReadPosRankSum=0.451;SB=-600.26;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.4682;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C3orf72:ENSG00000206262.4:+:deletionFS:1/1:C3orf72-001:ENST00000383165.3:528_196
chr3	138762796	.	CCAGAA	C	71.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=858;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=-5;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7032;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRR23C:ENSG00000233701.2:-:deletionFS:2/2:PRR23C-001:ENST00000413199.1:789_667:PRR23C-201:ENST00000502927.2:789_667
chr3	139346563	.	T	TA	139.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=698;BaseQRankSum=-1.508;DP=1858;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.9159;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NMNAT3:ENSG00000163864.10:-:insertionFS:4/8:NMNAT3-004:ENST00000296202.7:759_4:NMNAT3-003:ENST00000413939.2:492_4:NMNAT3-006:ENST00000512391.1:303_4:NMNAT3-014:ENST00000514703.1:297_4
chr3	140284996	rs10573488	AGAGGAG	A	405.15	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0088;AN=454;DB;DP=1217;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-6;TR=17;TU=AGG;VQSLOD=6.1730;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLSTN2:ENSG00000158258.10:+:deletionNFS:1/1:CLSTN2-001:ENST00000458420.2:2868_2769_923_EEE->E
chr3	140407114	.	GC	G	43.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=710;DP=1921;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.6052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM42:ENSG00000155890.3:+:deletionFS:1/1:TRIM42-001:ENST00000286349.3:2172_1590
chr3	140409876	.	TCTC	T	150.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=1481;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.8630;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM42:ENSG00000155890.3:+:deletionNFS:1/1:TRIM42-001:ENST00000286349.3:2172_1927_643_SP->S
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chr3	141163617	.	C	CG	11.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1551;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4468;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZBTB38:ENSG00000177311.6:+:insertionFS:3/3:ZBTB38-201:ENST00000321464.5:3591_2390:ZBTB38-007:ENST00000441582.2:3588_2387:ZBTB38-001:ENST00000514251.1:3588_2387
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chr3	142141574	.	A	AT	7.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1119;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=4.9143;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XRN1:ENSG00000114127.6:-:insertionFS:4/4:XRN1-001:ENST00000264951.4:5121_817:XRN1-004:ENST00000392981.2:5085_817:XRN1-003:ENST00000463916.1:1380_817:XRN1-201:ENST00000544157.1:750_187
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chr3	142274739	.	A	AT	242.20	PASS	AA=0;AC=57;AF=0.04095;AN=1392;BaseQRankSum=-2.146;DP=3632;DS;FS=0.469;HR=10;HRun=10;HU=T;HaplotypeScore=12.8992;InbreedingCoeff=0.0185;MQ=67.71;MQ0=0;MQRankSum=1.790;QD=0.91;ReadPosRankSum=-1.801;SB=-372.94;SZ=1;TR=10;TU=T;VQSLOD=5.4964;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATR:ENSG00000175054.9:-:insertionFS:2/2:ATR-001:ENST00000350721.4:7935_2321:ATR-201:ENST00000383101.3:7743_2129
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chr3	145803137	.	T	TA	121.77	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0051;AN=782;BaseQRankSum=3.996;DP=1869;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=25.7114;InbreedingCoeff=0.0369;MQ=66.88;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=4.88;ReadPosRankSum=1.356;SB=-36.68;SZ=1;TR=10;TU=AT;VQSLOD=5.9418;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLOD2:ENSG00000152952.7:-:insertionFS:1/4:PLOD2-005:ENST00000461497.1:1257_31
chr3	146173048	.	C	CA	6.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1322;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=11;TU=AAC;VQSLOD=5.2317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLSCR2:ENSG00000163746.6:-:insertionFS:3/3:PLSCR2-201:ENST00000535500.1:951_575:PLSCR2-002:ENST00000497985.1:894_518:PLSCR2-001:ENST00000336685.2:675_299
chr3	147108744	.	CG	C	8.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;BaseQRankSum=2.561;DP=749;FS=1.459;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.8210;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=69.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.689;QD=1.18;ReadPosRankSum=1.097;SZ=-1;TR=7;TU=CCG;VQSLOD=5.9814;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZIC4:ENSG00000174963.13:-:deletionFS:6/6:ZIC4-201:ENST00000425731.3:1119_1092:ZIC4-202:ENST00000525172.2:1155_1128:ZIC4-001:ENST00000383075.3:1005_978:ZIC4-003:ENST00000473123.1:1005_978:ZIC4-004:ENST00000484399.1:1005_978:ZIC4-009:ENST00000491672.1:387_360
chr3	148459841	.	G	GC	7.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1226;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.0120;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AGTR1:ENSG00000144891.13:+:insertionFS:9/9:AGTR1-201:ENST00000349243.3:1080_1019:AGTR1-003:ENST00000402260.1:1080_1019:AGTR1-202:ENST00000404754.2:1080_1019:AGTR1-006:ENST00000418473.2:1080_1019:AGTR1-203:ENST00000461609.1:1080_1019:AGTR1-204:ENST00000474935.1:1080_1019:AGTR1-205:ENST00000475347.1:1080_1019:AGTR1-206:ENST00000497524.1:1080_1019:AGTR1-207:ENST00000542281.1:1080_1019
chr3	148545862	.	CA	C	8.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1480;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.5364;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CPB1:ENSG00000153002.7:+:deletionFS:2/2:CPB1-201:ENST00000282957.4:1254_145:CPB1-001:ENST00000491148.1:1254_145
chr3	148562369	.	G	GAC	117.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1523;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.5757;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CPB1:ENSG00000153002.7:+:insertionFS:2/2:CPB1-201:ENST00000282957.4:1254_681:CPB1-001:ENST00000491148.1:1254_681
chr3	148780854	.	CT	C,CTT	185.98	PASS	AA=.;AC=30,67;AF=0.02092,0.04672;AN=1434;BaseQRankSum=1.004;DP=3167;DS;FS=0.949;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=10.8319;InbreedingCoeff=0.2540;MQ=64.66;MQ0=13;MQRankSum=1.604;QD=0.56;ReadPosRankSum=-0.419;SB=-330.21;SZ=.;TR=13;TU=CTTTTT;VQSLOD=6.8849;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLTF:ENSG00000071794.10:-:deletionFS:1/6:HLTF-201:ENST00000392913.2:1176_1164,2:HLTF:ENSG00000071794.10:-:insertionFS:1/6:HLTF-201:ENST00000392913.2:1176_1164
chr3	148899817	.	A	ACT	23.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=336;DP=773;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.5862;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CP:ENSG00000047457.9:-:insertionFS:1/1:CP-001:ENST00000264613.6:3198_2529
chr3	149051086	.	CA	C	73.82	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0081;AN=494;DP=1353;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=AAT;VQSLOD=7.3749;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TM4SF18:ENSG00000163762.2:-:deletionFS:2/2:TM4SF18-001:ENST00000296059.2:606_84:TM4SF18-004:ENST00000470080.1:606_84
chr3	149093535	.	AG	A	4.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;BaseQRankSum=1.140;DP=931;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.2728;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=1.38;ReadPosRankSum=-2.506;SB=-28.74;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.8340;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TM4SF1:ENSG00000169908.5:-:deletionFS:2/3:TM4SF1-201:ENST00000383054.2:699_199:TM4SF1-001:ENST00000305366.3:609_199
chr3	149238591	.	A	ATTAC	9930.08	PASS	AA=0;AC=212;AF=0.11398;AN=1860;BaseQRankSum=15.903;DP=4980;FS=1.617;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.5359;InbreedingCoeff=0.1061;MQ=55.53;MQ0=0;MQRankSum=-9.204;QD=27.28;ReadPosRankSum=1.314;SZ=4;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1135;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WWTR1:ENSG00000018408.10:-:startOverlap:3/3:WWTR1-004:ENST00000360632.3:1203:WWTR1-001:ENST00000465804.1:1203:WWTR1-003:ENST00000467467.1:1203
chr3	149238595	rs71717642	C	CTTAA,CTTAG	20689.61	PASS	AA=0;AC=220,0;AF=0.11702,0.00000;AN=1880;BaseQRankSum=-18.490;DB;DP=5040;FS=2.229;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=23.3436;InbreedingCoeff=0.1247;MQ=57.26;MQ0=0;MQRankSum=-9.343;QD=40.97;ReadPosRankSum=1.418;SB=-10087.58;SZ=4;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.6948;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WWTR1:ENSG00000018408.10:-:insertionFS:3/3:WWTR1-004:ENST00000360632.3:1203_1200:WWTR1-001:ENST00000465804.1:1203_1200:WWTR1-003:ENST00000467467.1:1203_1200,2:WWTR1:ENSG00000018408.10:-:insertionFS:3/3:WWTR1-004:ENST00000360632.3:1203_1200:WWTR1-001:ENST00000465804.1:1203_1200:WWTR1-003:ENST00000467467.1:1203_1200
chr3	149468611	.	CAG	C	61.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1226;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.4452;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COMMD2:ENSG00000114744.4:-:deletionFS:1/1:COMMD2-001:ENST00000473414.1:600_256
chr3	149481752	.	TG	T	673.71	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0085;AN=824;BaseQRankSum=6.033;DP=2829;DS;FS=11.632;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=17.5151;InbreedingCoeff=0.0378;MQ=65.57;MQ0=0;MQRankSum=2.514;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.445;SB=-239.09;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1366;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3orf16:ENSG00000206199.5:-:deletionFS:1/3:C3orf16-201:ENST00000383050.3:1275_1255
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chr3	150398672	.	CATAGAT	C	133.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1144;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-6;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.9059;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM194A:ENSG00000163645.9:-:deletionNFS:3/3:FAM194A-001:ENST00000295910.6:1992_928_310_EEQ->Q:FAM194A-201:ENST00000313811.4:1866_802_268_EEQ->Q:FAM194A-002:ENST00000491361.1:1554_490_164_EEQ->Q
chr3	150421522	.	A	ACCT,ACCTCCT	1301.83	PASS	AA=.;AC=31,53;AF=0.0334,0.0571;AN=928;BaseQRankSum=3.638;DP=2381;DS;FS=0.000;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=26.9990;InbreedingCoeff=0.4806;MQ=61.15;MQ0=13;MQRankSum=-2.715;QD=0.14;ReadPosRankSum=-3.329;SB=-67.42;SZ=.;TR=20;TU=CCT;VQSLOD=5.9367;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM194A:ENSG00000163645.9:-:insertionNFS:1/3:FAM194A-001:ENST00000295910.6:1992_164_55_V->EV,2:FAM194A:ENSG00000163645.9:-:insertionNFS:1/3:FAM194A-001:ENST00000295910.6:1992_164_55_V->EEV
chr3	150421528	.	T	TCCTCCC,TCCTCCT	1298.83	PASS	AA=.;AC=9,112;AF=0.0147,0.1830;AN=612;BaseQRankSum=3.701;DP=1122;DS;FS=0.000;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=26.7119;InbreedingCoeff=0.3902;MQ=60.24;MQ0=23;MQRankSum=-3.554;QD=0.41;ReadPosRankSum=-5.946;SB=-70.79;SZ=.;TR=78;TU=ACCTCTTCCTCCTCCTCCTCC;VQSLOD=4.9890;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:FAM194A:ENSG00000163645.9:-:insertionNFS:1/3:FAM194A-001:ENST00000295910.6:1992_158_53_E->GEE,2:FAM194A:ENSG00000163645.9:-:insertionNFS:1/3:FAM194A-001:ENST00000295910.6:1992_158_53_E->EEE
chr3	150916230	.	CA	C	8.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=710;DP=1546;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.3628;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR171:ENSG00000174946.5:-:deletionFS:1/1:GPR171-001:ENST00000309180.5:960_944
chr3	151056009	.	A	AACAT	8.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0023;AN=884;BaseQRankSum=-1.732;DP=2432;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.7475;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=66.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.370;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.243;SZ=4;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.0213;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:P2RY12:ENSG00000169313.8:-:insertionFS:2/2:P2RY12-001:ENST00000302632.3:1029_625:P2RY12-201:ENST00000455408.2:738_334
chr3	151148113	.	CCAG	C	29.23	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00784;AN=1148;BaseQRankSum=3.795;DP=2500;DS;FS=1.391;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.0994;InbreedingCoeff=0.0995;MQ=69.63;MQ0=0;MQRankSum=-1.735;QD=0.49;ReadPosRankSum=1.156;SB=-46.26;SZ=-3;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=5.9984;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED12L:ENSG00000144893.8:+:deletionNFS:2/4:MED12L-005:ENST00000273432.4:5430_5322_1774_TQ->T:MED12L-001:ENST00000474524.1:6438_6330_2110_TQ->T
chr3	151154833	.	A	AGAT	119.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=1095;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.4901;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:insertionNFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_7516_2506_C->IC
chr3	151161092	.	GC	G	8.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1667;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1682;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:2/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_5643:IGSF10-201:ENST00000544042.1:1899_1524
chr3	151161615	.	G	GTACC	10.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;BaseQRankSum=-1.732;DP=1680;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8955;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:insertionFS:2/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_5120:IGSF10-201:ENST00000544042.1:1899_1001
chr3	151164247	.	ATC	A	48.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1527;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.0556;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_3522
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chr3	151165557	.	TAA	T	21.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=330;DP=984;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.0582;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_2212
chr3	151165617	rs61498889	TCTTA	T	281.05	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0072;AN=414;DB;DP=1456;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.2645;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_2152
chr3	151166016	.	CTG	C	99.07	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00285;AN=1054;BaseQRankSum=2.777;DP=3454;DS;FS=4.159;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.0349;InbreedingCoeff=0.0323;MQ=72.02;MQ0=0;MQRankSum=1.135;QD=10.55;ReadPosRankSum=2.290;SB=-40.34;SZ=-2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=7.8536;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_1753
chr3	151166471	.	TG	T	454.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1489;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.2354;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF10:ENSG00000152580.7:-:deletionFS:1/2:IGSF10-001:ENST00000282466.3:7872_1298
chr3	151598705	.	AGTAT	A	49.81	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0039;AN=518;DP=1529;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9950;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUCNR1:ENSG00000198829.4:+:deletionFS:1/1:SUCNR1-001:ENST00000362032.4:1005_374
chr3	153839957	.	TC	T	11554.25	PASS	AA=0;AC=785;AF=0.50515;AN=1554;BaseQRankSum=20.209;DP=2482;DS;FS=3.262;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.5394;InbreedingCoeff=0.1902;MQ=70.34;MQ0=0;MQRankSum=0.733;QD=9.38;ReadPosRankSum=2.700;SB=-5526.82;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.4725;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:deletionFS:3/3:ARHGEF26-004:ENST00000465817.1:1341_176:ARHGEF26-001:ENST00000356448.4:2616_176:ARHGEF26-002:ENST00000465093.1:2616_176
chr3	153839959	.	CT	C	8559.86	PASS	AA=0;AC=796;AF=0.51091;AN=1558;BaseQRankSum=21.099;DP=2429;DS;FS=4.272;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=20.5156;InbreedingCoeff=0.2263;MQ=70.55;MQ0=0;MQRankSum=1.106;QD=7.05;ReadPosRankSum=0.561;SB=-4114.79;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.5016;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:deletionFS:3/3:ARHGEF26-004:ENST00000465817.1:1341_178:ARHGEF26-001:ENST00000356448.4:2616_178:ARHGEF26-002:ENST00000465093.1:2616_178
chr3	153839960	.	T	TC	17026.75	PASS	AA=0;AC=903;AF=0.57959;AN=1558;BaseQRankSum=18.468;DP=2437;FS=0.631;HR=1;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.1542;InbreedingCoeff=0.2268;MQ=70.47;MQ0=0;MQRankSum=2.501;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.276;SB=-8245.04;SZ=1;TR=10;TU=AGCGC;VQSLOD=7.1258;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:insertionFS:3/3:ARHGEF26-004:ENST00000465817.1:1341_179:ARHGEF26-001:ENST00000356448.4:2616_179:ARHGEF26-002:ENST00000465093.1:2616_179
chr3	153840835	.	GAGA	G	169.34	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0036;AN=550;DP=1366;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.2259;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:deletionNFS:3/3:ARHGEF26-004:ENST00000465817.1:1341_1054_352_EK->E:ARHGEF26-001:ENST00000356448.4:2616_1054_352_EK->E:ARHGEF26-002:ENST00000465093.1:2616_1054_352_EK->E
chr3	153935685	.	C	CG	6.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;BaseQRankSum=-0.999;DP=1227;DS;HR=3;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.1657;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:insertionFS:2/3:ARHGEF26-001:ENST00000356448.4:2616_1873:ARHGEF26-002:ENST00000465093.1:2616_1873
chr3	153974675	.	T	TTATC	527.16	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0092;AN=436;DP=1172;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.6627;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF26:ENSG00000114790.8:+:insertionFS:1/3:ARHGEF26-004:ENST00000465817.1:1341_1283
chr3	154010421	.	T	TC	9.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1169;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8007;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHX36:ENSG00000174953.9:-:insertionFS:4/4:DHX36-002:ENST00000308361.6:2940_1733:DHX36-003:ENST00000329463.5:2985_1691:DHX36-001:ENST00000496811.1:3027_1733:DHX36-201:ENST00000544526.1:2985_1691
chr3	154032977	.	A	AT	40.64	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0265;AN=340;DP=878;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=T;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=4.9402;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DHX36:ENSG00000174953.9:-:insertionFS:4/4:DHX36-002:ENST00000308361.6:2940_461:DHX36-003:ENST00000329463.5:2985_461:DHX36-001:ENST00000496811.1:3027_461:DHX36-201:ENST00000544526.1:2985_461
chr3	155093569	.	AAGCT	A	16294.55	PASS	AA=0;AC=174;AF=0.11647;AN=1494;BaseQRankSum=25.174;DP=3359;DS;FS=1.055;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=29.6678;InbreedingCoeff=0.2074;MQ=63.56;MQ0=0;MQRankSum=-18.686;QD=27.28;ReadPosRankSum=4.862;SB=-6968.54;SZ=-4;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.7055;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLCH1:ENSG00000114805.12:-:deletionFS:1/6:PLCH1-001:ENST00000494598.1:3045_2948
chr3	155093571	rs60031929	GC	G,GTC	13344.73	PASS	AA=0;AC=17,161;AF=0.01132,0.10719;AN=1502;BaseQRankSum=27.760;DB;DP=3278;DS;FS=2.649;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=20.0463;InbreedingCoeff=0.3185;MQ=64.54;MQ0=0;MQRankSum=-20.672;QD=21.84;ReadPosRankSum=1.916;SB=-3545.69;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.5360;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLCH1:ENSG00000114805.12:-:deletionFS:1/6:PLCH1-001:ENST00000494598.1:3045_2946,2:PLCH1:ENSG00000114805.12:-:insertionFS:1/6:PLCH1-001:ENST00000494598.1:3045_2946
chr3	155093572	rs60031929	CTAGAG	C,CG	20294.48	PASS	AA=0;AC=153,21;AF=0.10186,0.01398;AN=1502;BaseQRankSum=28.188;DB;DP=3249;DS;FS=0.929;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=29.4630;InbreedingCoeff=0.3400;MQ=65.92;MQ0=0;MQRankSum=-20.628;QD=36.30;ReadPosRankSum=2.315;SB=-8646.83;SZ=-5;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.0178;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLCH1:ENSG00000114805.12:-:deletionFS:1/6:PLCH1-001:ENST00000494598.1:3045_2945,2:PLCH1:ENSG00000114805.12:-:deletionFS:1/6:PLCH1-001:ENST00000494598.1:3045_2945
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chr3	155654293	.	TG	T	5.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=1337;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;QD=0.84;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.0284;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GMPS:ENSG00000163655.8:+:deletionFS:4/4:GMPS-002:ENST00000295920.7:1785_1677:GMPS-001:ENST00000496455.1:2082_1974:GMPS-202:ENST00000541628.1:2082_1974:GMPS-201:ENST00000537975.1:1929_1821
chr3	155655422	.	A	AT	10.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1141;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.6920;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GMPS:ENSG00000163655.8:+:insertionFS:4/4:GMPS-002:ENST00000295920.7:1785_1726:GMPS-001:ENST00000496455.1:2082_2023:GMPS-202:ENST00000541628.1:2082_2023:GMPS-201:ENST00000537975.1:1929_1870
chr3	156254515	.	CAAG	C	22.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1410;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.9739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNAB1:ENSG00000169282.13:+:deletionNFS:5/5:KCNAB1-003:ENST00000389636.5:1173_1152_384_SK->S:KCNAB1-002:ENST00000490337.1:1260_1239_413_SK->S:KCNAB1-004:ENST00000471742.1:1227_1206_402_SK->S:KCNAB1-001:ENST00000302490.8:1206_1185_395_SK->S:KCNAB1-006:ENST00000389634.5:1119_1098_366_SK->S
chr3	156570648	.	TG	T	4.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;BaseQRankSum=2.047;DP=1175;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=9.1315;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=73.23;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=1.17;ReadPosRankSum=-1.064;SB=-31.44;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1846;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LEKR1:ENSG00000178110.6:+:deletionFS:1/2:LEKR1-201:ENST00000356539.4:2079_140,1:RP11-6F2.7:ENSG00000197980.6:+:deletionFS:3/3:RP11-6F2.7-002:ENST00000477399.1:399_140:RP11-6F2.7-001:ENST00000483177.1:372_140:RP11-6F2.7-003:ENST00000498839.1:333_140
chr3	156645261	.	T	TC	13.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=911;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ=59.73;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4915;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LEKR1:ENSG00000178110.6:+:insertionFS:1/2:LEKR1-201:ENST00000356539.4:2079_427
chr3	156697055	.	A	AT	1057.40	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0115;AN=956;BaseQRankSum=-0.731;DP=2505;DS;FS=2.314;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.9229;InbreedingCoeff=0.1206;MQ=65.75;MQ0=0;MQRankSum=-2.052;QD=19.95;ReadPosRankSum=2.241;SB=-588.81;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.3622;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:LEKR1:ENSG00000178110.6:+:insertionFS:1/2:LEKR1-201:ENST00000356539.4:2079_818
chr3	157082281	.	A	AT	5.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1069;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5597;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:VEPH1:ENSG00000197415.7:-:insertionFS:4/7:VEPH1-001:ENST00000362010.2:2502_1148:VEPH1-005:ENST00000392832.2:2502_1148:VEPH1-201:ENST00000392833.2:2367_1148:VEPH1-004:ENST00000543418.1:2367_1148
chr3	157155540	.	GA	G	19.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0065;AN=154;DP=196;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.6081;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PTX3:ENSG00000163661.3:+:deletionFS:1/1:PTX3-001:ENST00000295927.3:1146_369
chr3	157823581	.	A	ACACCTCCTC	185.53	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0188;AN=478;BaseQRankSum=1.577;DP=599;FS=6.071;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.4342;InbreedingCoeff=0.1876;MQ=60.83;MQ0=1;MQRankSum=-1.510;QD=18.55;ReadPosRankSum=-2.001;SB=-86.42;SZ=9;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.7736;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SHOX2:ENSG00000168779.11:-:insertionNFS:3/5:SHOX2-002:ENST00000389589.3:996_233_78_V->GGGV:SHOX2-001:ENST00000425436.2:1068_233_78_V->GGGV:SHOX2-003:ENST00000483851.1:960_233_78_V->GGGV
chr3	158315888	.	C	CA	12.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=298;BaseQRankSum=-2.445;DP=630;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MLF1:ENSG00000178053.13:+:insertionFS:7/8:MLF1-001:ENST00000355893.5:807_299:MLF1-201:ENST00000392822.3:900_392:MLF1-004:ENST00000359117.5:732_224:MLF1-002:ENST00000471745.1:777_269:MLF1-008:ENST00000478894.2:777_269:MLF1-007:ENST00000482628.1:732_224:MLF1-005:ENST00000484955.1:732_224
chr3	158428700	.	C	CT	42.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1404;DS;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.0618;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RARRES1:ENSG00000118849.5:-:insertionFS:2/2:RARRES1-001:ENST00000237696.5:885_362:RARRES1-002:ENST00000479756.1:687_362
chr3	158428701	.	C	CT	42.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1401;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.0727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RARRES1:ENSG00000118849.5:-:insertionFS:2/2:RARRES1-001:ENST00000237696.5:885_361:RARRES1-002:ENST00000479756.1:687_361
chr3	158450019	.	CGCCTGCTGCAGGA	C	201.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0049;AN=206;DP=251;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-13;TR=7;TU=CCG;VQSLOD=5.1277;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RARRES1:ENSG00000118849.5:-:deletionFS:2/2:RARRES1-001:ENST00000237696.5:885_186:RARRES1-002:ENST00000479756.1:687_186
chr3	158450074	.	T	TC,TCGGGGCCC	122.26	PASS	AA=0;AC=0,15;AF=0.0000,0.1087;AN=138;DP=179;HR=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=CGT;VQSLOD=5.0860;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RARRES1:ENSG00000118849.5:-:insertionFS:2/2:RARRES1-001:ENST00000237696.5:885_131:RARRES1-002:ENST00000479756.1:687_131,2:RARRES1:ENSG00000118849.5:-:insertionFS:2/2:RARRES1-001:ENST00000237696.5:885_131:RARRES1-002:ENST00000479756.1:687_131
chr3	158538037	.	TCTC	T	74.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1071;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.1899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFSD1:ENSG00000118855.12:+:deletionNFS:4/4:MFSD1-203:ENST00000392813.4:1428_815_272_FS->F:MFSD1-001:ENST00000415822.2:1545_932_311_FS->F:MFSD1-201:ENST00000264266.7:1398_785_262_FS->F:MFSD1-202:ENST00000361159.5:759_557_186_FS->F
chr3	159482271	.	GGCA	G	59.91	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0385;AN=260;DP=394;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=20;TU=AGC;VQSLOD=7.6122;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC063955.1:ENSG00000151967.13:+:deletionNFS:3/6:AC063955.1-201:ENST00000397830.4:1689_328_110_GS->G:AC063955.1-202:ENST00000543209.1:1608_247_83_GS->G:AC063955.1-203:ENST00000486290.2:1464_103_35_GS->G,1:IQCJ-SCHIP1:ENSG00000250588.2:+:deletionNFS:5/6:IQCJ-SCHIP1-002:ENST00000476809.1:1611_250_84_GS->G:IQCJ-SCHIP1-001:ENST00000485419.1:1692_331_111_GS->G:IQCJ-SCHIP1-008:ENST00000337808.6:1464_103_35_GS->G:IQCJ-SCHIP1-010:ENST00000412423.2:1425_103_35_GS->G:IQCJ-SCHIP1-011:ENST00000460298.1:1356_22_8_GS->G
chr3	159482461	.	GGGA	G	78.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=404;DP=606;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=6.0723;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC063955.1:ENSG00000151967.13:+:deletionNFS:3/6:AC063955.1-201:ENST00000397830.4:1689_518_173_GE->G:AC063955.1-202:ENST00000543209.1:1608_437_146_GE->G:AC063955.1-203:ENST00000486290.2:1464_293_98_GE->G,1:IQCJ-SCHIP1:ENSG00000250588.2:+:deletionNFS:5/6:IQCJ-SCHIP1-002:ENST00000476809.1:1611_440_147_GE->G:IQCJ-SCHIP1-001:ENST00000485419.1:1692_521_174_GE->G:IQCJ-SCHIP1-008:ENST00000337808.6:1464_293_98_GE->G:IQCJ-SCHIP1-010:ENST00000412423.2:1425_293_98_GE->G:IQCJ-SCHIP1-011:ENST00000460298.1:1356_212_71_GE->G
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chr3	160155932	.	AAG	A	205.69	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=494;DP=1217;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=A;VQSLOD=7.7961;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM59:ENSG00000213186.3:-:deletionFS:1/2:TRIM59-001:ENST00000309784.4:1212_1040
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chr3	167742353	.	GTCC	G	615.68	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0063;AN=954;BaseQRankSum=6.199;DP=2751;DS;FS=4.324;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.9039;InbreedingCoeff=0.1159;MQ=65.82;MQ0=0;MQRankSum=1.964;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.197;SB=-346.71;SZ=-3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=8.2864;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLIM4:ENSG00000173905.4:-:deletionNFS:2/2:GOLIM4-002:ENST00000309027.4:2007_1737_579_DN->N:GOLIM4-001:ENST00000470487.1:2091_1821_607_DN->N
chr3	167747641	.	CCTG	C,CCTGCTG	32.93	PASS	AA=.;AC=4,12;AF=0.0093,0.0278;AN=432;DP=794;HR=2;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=15;TU=CTG;VQSLOD=7.3198;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GOLIM4:ENSG00000173905.4:-:deletionNFS:2/2:GOLIM4-002:ENST00000309027.4:2007_1276_426_VA->A:GOLIM4-001:ENST00000470487.1:2091_1360_454_VA->A,2:GOLIM4:ENSG00000173905.4:-:insertionNFS:2/2:GOLIM4-002:ENST00000309027.4:2007_1276_426_V->QQV:GOLIM4-001:ENST00000470487.1:2091_1360_454_V->QQV
chr3	167747803	.	T	TTGG	332.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=470;DP=1170;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=3;TR=11;TU=CTTGG;VQSLOD=8.0888;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLIM4:ENSG00000173905.4:-:insertionNFS:2/2:GOLIM4-002:ENST00000309027.4:2007_1114_372_M->PM:GOLIM4-001:ENST00000470487.1:2091_1198_400_M->PM
chr3	167759246	.	C	CA	5.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1026;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CT;VQSLOD=4.8829;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLIM4:ENSG00000173905.4:-:insertionFS:2/2:GOLIM4-002:ENST00000309027.4:2007_534:GOLIM4-001:ENST00000470487.1:2091_534
chr3	169496829	.	AAAG	A	11.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1512;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=AAG;VQSLOD=4.9553;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYNN:ENSG00000085274.10:+:deletionNFS:4/4:MYNN-201:ENST00000349841.4:1833_540_180_KK->K:MYNN-202:ENST00000356716.3:1833_540_180_KK->K:MYNN-204:ENST00000544106.1:1746_540_180_KK->K:MYNN-203:ENST00000392733.1:1503_540_180_KK->K
chr3	169514072	.	TAAAGG	T	1628.60	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.0263;AN=836;BaseQRankSum=8.776;DP=2274;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.7540;InbreedingCoeff=0.1578;MQ=69.97;MQ0=0;MQRankSum=-0.266;QD=20.11;ReadPosRankSum=-1.173;SB=-866.60;SZ=-5;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.8723;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LRRC34:ENSG00000171757.10:-:deletionFS:4/4:LRRC34-003:ENST00000446859.1:1395_994:LRRC34-005:ENST00000522526.2:1299_898:LRRC34-201:ENST00000316515.7:1260_859:LRRC34-001:ENST00000522830.1:1212_811
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chr3	169656143	.	C	CT	7.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;DP=1282;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.6527;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SAMD7:ENSG00000187033.5:+:insertionFS:2/2:SAMD7-002:ENST00000335556.3:1341_1190:SAMD7-001:ENST00000428432.2:1341_1190
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chr3	170715887	.	G	GA	6.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1418;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.1139;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC2A2:ENSG00000163581.9:-:insertionFS:2/2:SLC2A2-001:ENST00000314251.3:1575_1380:SLC2A2-201:ENST00000382808.4:1218_1023
chr3	171510291	.	AG	A	21.66	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=496;BaseQRankSum=2.347;DP=1197;FS=2.042;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=13.7487;InbreedingCoeff=0.0217;MQ=57.61;MQ0=1;MQRankSum=1.406;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.406;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.5934;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC078953.1:ENSG00000183657.2:-:deletionFS:1/1:AC078953.1-201:ENST00000331659.2:459_308
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chr3	174815067	.	T	TAAG	37.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1391;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;MQRankSum=-2.256;SZ=3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.0106;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NAALADL2:ENSG00000177694.9:+:insertionNFS:1/2:NAALADL2-001:ENST00000454872.1:2388_531_177_I->IK
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chr3	178954521	.	AAATT	A	67.55	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0041;AN=486;DP=1142;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=AATT;VQSLOD=6.7855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC076966.1:ENSG00000256279.1:+:spliceOverlap:1/1:AC076966.1-201:ENST00000540976.1:225
chr3	178960766	.	CT	C	5733.86	PASS	AA=0;AC=129;AF=0.09281;AN=1390;BaseQRankSum=16.760;DP=2649;DS;FS=9.976;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=8.5961;InbreedingCoeff=0.0965;MQ=45.15;MQ0=842;MQRankSum=1.329;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.332;SB=-2589.41;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.5636;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNMB3:ENSG00000171121.12:-:deletionFS:4/5:KCNMB3-007:ENST00000349697.2:834_760:KCNMB3-001:ENST00000485523.1:774_700:KCNMB3-004:ENST00000314235.5:840_766:KCNMB3-005:ENST00000392685.2:828_754
chr3	178968852	.	CA	C	124.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1629;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=1;SZ=-1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=5.2562;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNMB3:ENSG00000171121.12:-:deletionFS:1/5:KCNMB3-004:ENST00000314235.5:840_40
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chr3	179103389	.	TC	T	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=346;BaseQRankSum=1.633;DP=817;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.7038;InbreedingCoeff=0.0022;MQ=56.09;MQ0=2;MQRankSum=-0.933;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.130;SB=-28.75;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9408;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFN1:ENSG00000171109.13:+:deletionFS:3/4:MFN1-003:ENST00000263969.5:2226_1695:MFN1-201:ENST00000280653.7:1893_1362:MFN1-001:ENST00000471841.1:2226_1695
chr3	179325566	rs59238224	G	GCTGT,GT	19633.72	PASS	AA=.;AC=211,0;AF=0.09851,0.00000;AN=2142;BaseQRankSum=-24.171;DB;DP=6623;DS;FS=0.703;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=25.3319;InbreedingCoeff=0.1575;MQ=71.37;MQ0=0;MQRankSum=-6.492;QD=30.07;ReadPosRankSum=4.827;SB=-9025.85;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=8.4521;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NDUFB5:ENSG00000136521.8:+:insertionFS:1/3:NDUFB5-005:ENST00000472629.1:534_145,2:NDUFB5:ENSG00000136521.8:+:insertionFS:1/3:NDUFB5-005:ENST00000472629.1:534_145
chr3	179437814	.	A	AT	14.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=710;DP=1588;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.9472;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP13:ENSG00000058056.4:+:insertionFS:2/2:USP13-001:ENST00000263966.3:2592_892:USP13-003:ENST00000496897.1:2397_697
chr3	179483622	.	A	AGGAT	72.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=-2.448;DP=1515;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=8;TU=ATGG;VQSLOD=4.9975;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP13:ENSG00000058056.4:+:insertionFS:2/2:USP13-001:ENST00000263966.3:2592_2399:USP13-003:ENST00000496897.1:2397_2204
chr3	179527297	.	T	TG	8.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1318;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6889;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEX5L:ENSG00000114757.13:-:insertionFS:11/11:PEX5L-005:ENST00000263962.8:1875_1308:PEX5L-004:ENST00000465751.1:1809_1242:PEX5L-001:ENST00000467460.1:1881_1314:PEX5L-003:ENST00000472994.1:1704_1137:PEX5L-002:ENST00000485199.1:1776_1209:PEX5L-201:ENST00000382596.3:1875_1308:PEX5L-202:ENST00000392649.3:1557_990:PEX5L-008:ENST00000464614.1:1557_990:PEX5L-007:ENST00000476138.1:1752_1185:PEX5L-009:ENST00000467440.2:1545_978:PEX5L-006:ENST00000468741.1:1305_738
chr3	180326541	.	CAAAG	C	93.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1128;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC14:ENSG00000163728.6:+:deletionFS:2/3:TTC14-005:ENST00000382584.4:1962_1343:TTC14-001:ENST00000296015.4:2313_1343
chr3	180334077	.	T	TA	1394.62	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.01479;AN=1420;BaseQRankSum=-6.985;DP=3443;DS;FS=1.787;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.2995;InbreedingCoeff=0.1775;MQ=68.41;MQ0=0;MQRankSum=0.887;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.004;SB=-807.70;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.5919;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC39:ENSG00000145075.7:-:insertionFS:1/2:CCDC39-001:ENST00000442201.2:2826_2661
chr3	180334625	.	CTCTT	C	150.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1151;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.5325;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC39:ENSG00000145075.7:-:deletionFS:1/2:CCDC39-001:ENST00000442201.2:2826_2395
chr3	180397545	.	C	CG	119	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=893;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.3015;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC39:ENSG00000145075.7:-:insertionFS:1/2:CCDC39-201:ENST00000273654.4:2268_101
chr3	182545985	.	A	AT	6.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=903;DS;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.8206;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATP11B:ENSG00000058063.8:+:insertionFS:3/4:ATP11B-001:ENST00000323116.5:3534_222:ATP11B-201:ENST00000433285.3:1347_222:ATP11B-002:ENST00000493826.1:588_222
chr3	183493743	rs71658013	CGGAGGA	C,CGGA,CGGAGGAGGA	10267.75	PASS	AA=.;AC=16,602,149;AF=0.01140,0.42877,0.10613;AN=1404;BaseQRankSum=11.196;DB;DP=2494;FS=1.721;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=17.8271;InbreedingCoeff=0.5886;MQ=66.62;MQ0=2;MQRankSum=2.339;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-4623.81;SZ=.;TR=29;TU=AGG;VQSLOD=10.3685;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:YEATS2:ENSG00000163872.9:+:deletionNFS:2/3:YEATS2-202:ENST00000305135.5:4269_2409_803_AGG->A:YEATS2-001:ENST00000421660.1:4269_2409_803_AGG->A,2:YEATS2:ENSG00000163872.9:+:deletionNFS:2/3:YEATS2-202:ENST00000305135.5:4269_2409_803_AG->A:YEATS2-001:ENST00000421660.1:4269_2409_803_AG->A,3:YEATS2:ENSG00000163872.9:+:insertionNFS:2/3:YEATS2-202:ENST00000305135.5:4269_2409_803_A->AGGG:YEATS2-001:ENST00000421660.1:4269_2409_803_A->AGGG
chr3	183772667	.	C	CT	184.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=955;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.3056;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HTR3C:ENSG00000178084.1:+:insertionFS:1/1:HTR3C-001:ENST00000318351.1:1344_226
chr3	183818221	rs5855015	AG	A	5564.85	PASS	AA=0;AC=88;AF=0.0942;AN=934;BaseQRankSum=11.670;DB;DP=1891;DS;FS=0.286;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=11.3119;InbreedingCoeff=0.0932;MQ=64.80;MQ0=0;MQRankSum=0.953;QD=16.08;ReadPosRankSum=-1.406;SB=-2309.51;SZ=-1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=8.6858;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HTR3E:ENSG00000186038.5:+:deletionFS:3/5:HTR3E-001:ENST00000335304.2:1416_61:HTR3E-004:ENST00000436361.2:1371_61:HTR3E-007:ENST00000440596.2:1449_61
chr3	183952155	.	C	CG	7.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=1024;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6232;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VWA5B2:ENSG00000145198.10:+:insertionFS:2/2:VWA5B2-001:ENST00000426955.2:3729_790:VWA5B2-006:ENST00000273794.5:3075_133
chr3	183959513	.	A	ACCT	164.37	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0054;AN=372;DP=583;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=12;TU=AGGCC;VQSLOD=5.8133;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VWA5B2:ENSG00000145198.10:+:insertionNFS:2/2:VWA5B2-001:ENST00000426955.2:3729_3416_1139_Q->HL:VWA5B2-006:ENST00000273794.5:3075_2762_921_Q->HL
chr3	183967616	.	TCTC	T	72.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=300;DP=557;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.0354;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ECE2:ENSG00000145194.13:+:deletionNFS:2/5:ECE2-001:ENST00000402825.3:2652_134_45_FS->F:ECE2-002:ENST00000324557.4:768_134_45_FS->F
chr3	184039743	.	GGAA	G	82.67	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01029;AN=1652;BaseQRankSum=3.361;DP=3610;DS;FS=1.142;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.4395;InbreedingCoeff=0.0373;MQ=65.17;MQ0=0;MQRankSum=-2.226;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.359;SB=-61.53;SZ=-3;TR=17;TU=AAG;VQSLOD=6.2613;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF4G1:ENSG00000114867.14:+:deletionNFS:13/13:EIF4G1-201:ENST00000319274.6:4800_1371_457_ME->M:EIF4G1-001:ENST00000342981.4:4803_1371_457_ME->M:EIF4G1-007:ENST00000346169.2:4800_1371_457_ME->M:EIF4G1-202:ENST00000352767.3:4821_1392_464_ME->M:EIF4G1-014:ENST00000382330.3:4821_1392_464_ME->M:EIF4G1-013:ENST00000424196.1:4821_1392_464_ME->M:EIF4G1-038:ENST00000411531.1:4683_1251_417_ME->M:EIF4G1-010:ENST00000414031.1:4680_1251_417_ME->M:EIF4G1-003:ENST00000392537.2:4539_1110_370_ME->M:EIF4G1-012:ENST00000427845.1:4542_1110_370_ME->M:EIF4G1-009:ENST00000350481.5:4308_879_293_ME->M:EIF4G1-039:ENST00000441154.1:4311_879_293_ME->M:EIF4G1-016:ENST00000434061.2:4215_783_261_ME->M
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chr3	184063358	.	CAG	C	20.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1171;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM131A:ENSG00000175182.9:+:deletionFS:1/6:FAM131A-003:ENST00000418281.1:756_695
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chr3	184090934	.	CT	C	140.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1663;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.0488;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:THPO:ENSG00000090534.12:-:deletionFS:4/4:THPO-001:ENST00000204615.7:1062_429:THPO-201:ENST00000353488.4:945_429:THPO-002:ENST00000445696.2:1050_417:THPO-003:ENST00000421442.2:861_429
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chr3	184429326	.	CTCT	C	71.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=547;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=5.8860;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAGEF1:ENSG00000177383.3:-:deletionNFS:1/1:MAGEF1-001:ENST00000317897.3:924_284_95_SP->P
chr3	184907503	.	CTTTT	C,CTT,CTTT,CTTTTT	573.88	PASS	AA=.;AC=24,94,190,654;AF=0.01609,0.06300,0.12735,0.43834;AN=1492;BaseQRankSum=0.483;DP=3266;DS;FS=5.587;HR=24;HU=T;HaplotypeScore=18.6081;InbreedingCoeff=0.7998;MQ=59.87;MQ0=41;MQRankSum=1.289;QD=0.30;ReadPosRankSum=2.799;SB=-331.85;SZ=.;TR=24;TU=T;VQSLOD=8.7305;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:deletionFS:1/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_1461,2:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:deletionFS:1/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_1461,3:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:deletionFS:1/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_1461,4:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:insertionFS:1/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_1461
chr3	184910917	.	ATC	A	99.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1541;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.4201;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:deletionFS:3/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_1269:EHHADH-001:ENST00000231887.3:2172_1269:EHHADH-002:ENST00000456310.1:1884_981
chr3	184966299	.	AGTC	A	23.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;DP=1569;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.4914;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHHADH:ENSG00000113790.5:-:deletionNFS:3/4:EHHADH-201:ENST00000537544.1:1461_81_27_TL->L:EHHADH-001:ENST00000231887.3:2172_81_27_TL->L:EHHADH-005:ENST00000440662.1:231_81_27_TL->L
chr3	185161317	.	CA	C	9.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1288;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0868;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAP3K13:ENSG00000073803.9:+:deletionFS:5/8:MAP3K13-004:ENST00000446828.1:2280_123:MAP3K13-006:ENST00000443863.1:2469_312:MAP3K13-201:ENST00000535426.1:2469_312:MAP3K13-001:ENST00000265026.3:2901_744:MAP3K13-003:ENST00000424227.1:2901_744
chr3	185198302	.	GGAA	G	450.35	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0090;AN=444;DP=1226;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.3584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAP3K13:ENSG00000073803.9:+:deletionNFS:5/8:MAP3K13-004:ENST00000446828.1:2280_2163_721_EE->E:MAP3K13-006:ENST00000443863.1:2469_2352_784_EE->E:MAP3K13-201:ENST00000535426.1:2469_2352_784_EE->E:MAP3K13-001:ENST00000265026.3:2901_2784_928_EE->E:MAP3K13-003:ENST00000424227.1:2901_2784_928_EE->E
chr3	185214768	.	AC	A	44.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1504;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.9003;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM41A:ENSG00000163900.6:-:deletionFS:2/2:TMEM41A-001:ENST00000421852.1:795_121:TMEM41A-005:ENST00000296254.3:279_121
chr3	185329463	.	AT	A	6.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=724;DP=1583;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.0989;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP2:ENSG00000163904.7:+:deletionFS:4/4:SENP2-203:ENST00000545472.1:1740_717:SENP2-001:ENST00000296257.5:1770_747:SENP2-202:ENST00000437107.2:1383_360:SENP2-201:ENST00000427465.2:1242_219
chr3	185341851	.	AT	A	8.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=849;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2185;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP2:ENSG00000163904.7:+:deletionFS:4/4:SENP2-203:ENST00000545472.1:1740_1562:SENP2-001:ENST00000296257.5:1770_1592:SENP2-202:ENST00000437107.2:1383_1205:SENP2-201:ENST00000427465.2:1242_1064
chr3	186268991	.	T	TG	15.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1049;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBCCD1:ENSG00000113838.8:-:insertionFS:3/3:TBCCD1-002:ENST00000446782.1:1386_1334:TBCCD1-201:ENST00000338733.5:1674_1622:TBCCD1-001:ENST00000424280.1:1674_1622
chr3	186330745	rs57177528	GT	G,GTT,GTTT	7266.92	PASS	AA=.;AC=155,228,59;AF=0.07727,0.11366,0.02941;AN=2006;BaseQRankSum=0.744;DB;DP=5833;DS;FS=15.415;HR=11;HU=T;HaplotypeScore=18.4388;InbreedingCoeff=0.2891;MQ=71.93;MQ0=0;MQRankSum=1.944;QD=1.85;ReadPosRankSum=-3.352;SB=-2451.02;SZ=.;TR=11;TU=T;VQSLOD=8.7881;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AHSG:ENSG00000145192.7:+:deletionFS:1/3:AHSG-201:ENST00000541510.1:1302_14,2:AHSG:ENSG00000145192.7:+:spliceOverlap:1/3:AHSG-201:ENST00000541510.1:1302,3:AHSG:ENSG00000145192.7:+:spliceOverlap:1/3:AHSG-201:ENST00000541510.1:1302
chr3	186358434	.	TGA	T	66.40	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=650;DP=1736;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.7136;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FETUB:ENSG00000090512.7:+:deletionFS:4/5:FETUB-001:ENST00000265029.3:1149_185:FETUB-004:ENST00000382134.3:954_185:FETUB-005:ENST00000382136.3:1038_185:FETUB-002:ENST00000450521.1:1149_185
chr3	186390587	.	AG	A	7.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1392;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=AAGG;VQSLOD=5.0615;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HRG:ENSG00000113905.4:+:deletionFS:1/1:HRG-001:ENST00000232003.4:1578_570
chr3	186394947	rs112594124	GATC	G	978.06	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0228;AN=788;BaseQRankSum=9.385;DB;DP=1829;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.4137;InbreedingCoeff=0.0624;MQ=66.02;MQ0=0;MQRankSum=-4.042;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-458.02;SZ=-3;TR=12;TU=ATC;VQSLOD=7.9502;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HRG:ENSG00000113905.4:+:deletionNFS:1/1:HRG-001:ENST00000232003.4:1578_853_285_DH->D
chr3	186460047	.	CAGTT	C	18.21	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0019;AN=516;DP=1434;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.5959;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KNG1:ENSG00000113889.6:+:deletionFS:1/4:KNG1-002:ENST00000265023.4:1935_1862
chr3	186503994	.	GA	G	5.76	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0062;AN=486;BaseQRankSum=3.149;DP=1516;DS;FS=4.265;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.3379;InbreedingCoeff=0.0238;MQ=56.29;MQ0=11;MQRankSum=-0.351;QD=0.38;ReadPosRankSum=-0.420;SB=-31.33;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF4A2:ENSG00000156976.10:+:deletionFS:3/3:EIF4A2-001:ENST00000323963.5:1224_559:EIF4A2-004:ENST00000440191.2:1227_562:EIF4A2-201:ENST00000356531.5:939_274
chr3	186518914	.	C	CT	10.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1115;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4429;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RFC4:ENSG00000163918.6:-:insertionFS:3/3:RFC4-201:ENST00000296273.2:1092_202:RFC4-001:ENST00000392481.2:1092_202:RFC4-003:ENST00000433496.1:1011_202
chr3	186570868	.	TCTA	T	23.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1589;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.9062;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADIPOQ:ENSG00000181092.5:+:deletionNFS:3/3:ADIPOQ-201:ENST00000320741.2:735_21_7_VL->V:ADIPOQ-002:ENST00000412955.2:735_21_7_VL->V:ADIPOQ-001:ENST00000444204.2:735_21_7_VL->V
chr3	186953716	.	A	AGGTC	152.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=819;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.1884;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MASP1:ENSG00000127241.11:-:insertionFS:3/7:MASP1-003:ENST00000296280.6:2187_1943:MASP1-005:ENST00000392472.2:1848_1604:MASP1-201:ENST00000541811.1:249_5
chr3	187416758	.	T	TA	156.35	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0165;AN=424;DP=827;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.4770;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RTP2:ENSG00000198471.1:-:insertionFS:1/1:RTP2-001:ENST00000358241.1:678_206
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chr3	187447701	.	CT	C	7785.51	PASS	AA=0;AC=1447;AF=0.79244;AN=1826;BaseQRankSum=9.239;DP=3867;FS=1.497;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.4302;InbreedingCoeff=0.0541;MQ=69.14;MQ0=0;MQRankSum=2.862;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.556;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.3467;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BCL6:ENSG00000113916.13:-:deletionFS:3/3:BCL6-004:ENST00000232014.4:2121_492:BCL6-001:ENST00000406870.2:2121_492:BCL6-010:ENST00000450123.2:1953_492
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chr3	194338422	.	A	AT	4505.47	PASS	AA=0;AC=265;AF=0.14434;AN=1836;BaseQRankSum=20.758;DP=3905;DS;FS=0.488;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.7940;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=57.32;MQ0=0;MQRankSum=0.923;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.524;SB=-1535.38;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.3195;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMEM44:ENSG00000145014.13:-:insertionFS:1/6:TMEM44-002:ENST00000392432.2:1428_696
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chr3	195346654	.	T	TA	8727.89	PASS	AA=0;AC=170;AF=0.11394;AN=1492;BaseQRankSum=13.797;DP=4870;DS;FS=3.560;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=40.1812;InbreedingCoeff=0.1882;MQ=47.52;MQ0=31;MQRankSum=1.586;QD=12.22;ReadPosRankSum=-5.189;SB=-3567.63;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.7712;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:MUC20:ENSG00000176945.11:+:insertionFS:1/5:MUC20-202:ENST00000381954.5:1563_956
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chr3	195447911	.	TTTC	T	1195.83	PASS	AA=0;AC=39;AF=0.02523;AN=1546;BaseQRankSum=3.280;DP=6495;DS;FS=12.601;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=37.3038;InbreedingCoeff=-0.0321;MQ=48.14;MQ0=9;MQRankSum=1.265;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.104;SB=-501.79;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=5.2913;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC20:ENSG00000176945.11:+:deletionNFS:3/5:MUC20-002:ENST00000436408.1:2172_33_11_LF->L:MUC20-201:ENST00000320736.6:1617_33_11_LF->L:MUC20-001:ENST00000447234.2:2130_33_11_LF->L
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chr3	195456537	.	TC	T	61.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=1207;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=10;TU=CCT;VQSLOD=5.3535;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC20:ENSG00000176945.11:+:deletionFS:5/5:MUC20-002:ENST00000436408.1:2172_1988:MUC20-201:ENST00000320736.6:1617_1475:MUC20-001:ENST00000447234.2:2130_1988:MUC20-004:ENST00000445522.2:2025_1883:MUC20-202:ENST00000381954.5:1563_1421
chr3	195477965	.	GGCCGGTGCT	G	653.54	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0353;AN=312;DP=357;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-9;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.8401;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC4:ENSG00000145113.16:-:deletionNFS:5/5:MUC4-015:ENST00000346145.4:3531_2958_986_ASGS->S:MUC4-014:ENST00000349607.4:3378_2805_935_ASGS->S:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_15666_5222_ASGS->S:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_15510_5170_ASGS->S:MUC4-201:ENST00000392409.2:5739_5166_1722_ASGS->S
chr3	195506150	.	T	TC	47.66	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0283;AN=318;DP=646;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2574;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MUC4:ENSG00000145113.16:-:insertionFS:2/5:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_12301:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_12301
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chr3	195512373	rs112774151	G	GAT,GGAT	31372.11	PASS	AA=0;AC=2,552;AF=0.00107,0.29456;AN=1874;BaseQRankSum=-5.728;DB;DP=8517;DS;FS=0.315;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=38.4131;InbreedingCoeff=-0.2775;MQ=48.64;MQ0=69;MQRankSum=-5.156;QD=9.56;ReadPosRankSum=3.490;SB=-15777.79;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0552;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC4:ENSG00000145113.16:-:insertionFS:2/5:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_6078:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_6078,2:MUC4:ENSG00000145113.16:-:insertionNFS:2/5:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_6078_2026_S->SS:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_6078_2026_S->SS
chr3	195518112	rs71180965	T	TGTCTCCTGCGTAACA	282050.49	PASS	AA=.;AC=1330;AF=0.70594;AN=1884;BaseQRankSum=-15.956;DB;DP=5132;DS;FS=1.189;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=48.1354;InbreedingCoeff=0.2013;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=-29.853;QD=119.87;ReadPosRankSum=6.804;SB=-126693.27;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1695;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MUC4:ENSG00000145113.16:-:insertionNFS:3/5:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_339_113_T->TVTQET:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_339_113_T->TVTQET:MUC4-201:ENST00000392409.2:5739_261_87_T->TVTQET
chr3	195538657	.	CA	C	178.95	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0035;AN=578;DP=1176;DS;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.9609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC4:ENSG00000145113.16:-:deletionFS:4/5:MUC4-015:ENST00000346145.4:3531_32:MUC4-014:ENST00000349607.4:3378_32:MUC4-001:ENST00000463781.3:16239_32:MUC4-007:ENST00000475231.1:16083_32
chr3	195599161	.	CGG	C	11.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=582;DP=1246;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5074;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNK2:ENSG00000061938.12:-:deletionFS:5/5:TNK2-005:ENST00000381916.2:3261_1626:TNK2-007:ENST00000428187.1:3123_1533:TNK2-202:ENST00000333602.6:3117_1437:TNK2-002:ENST00000392400.1:3117_1437:TNK2-201:ENST00000316664.3:1587_1437
chr3	195668179	.	AG	A	734.36	PASS	AA=.;AC=31;AF=0.02156;AN=1438;BaseQRankSum=3.146;DP=2041;DS;FS=10.093;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=9.5591;InbreedingCoeff=0.0464;MQ=36.29;MQ0=570;MQRankSum=-1.751;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-402.35;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.7647;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC124944.2:ENSG00000249598.2:-:deletionFS:1/1:AC124944.2-201:ENST00000510248.2:627_357
chr3	195668443	.	GA	G	1467.40	PASS	AA=0;AC=79;AF=0.05281;AN=1496;BaseQRankSum=5.596;DP=2353;DS;FS=1.064;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.4693;InbreedingCoeff=0.0069;MQ=31.37;MQ0=611;MQRankSum=0.125;QD=4.28;ReadPosRankSum=1.379;SB=-530.82;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.9807;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC124944.2:ENSG00000249598.2:-:deletionFS:1/1:AC124944.2-201:ENST00000510248.2:627_95
chr3	195955099	.	CCTG	C	262.25	PASS	AA=0;AC=39;AF=0.02278;AN=1712;BaseQRankSum=5.052;DP=3993;DS;FS=4.351;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.7305;InbreedingCoeff=0.1331;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.196;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.668;SB=-191.02;SZ=-3;TR=16;TU=CTG;VQSLOD=7.5698;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC069257.9:ENSG00000163959.5:+:deletionNFS:1/1:AC069257.9-001:ENST00000296327.5:1023_476_159_PC->P
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chr3	196042137	rs34104361	CTT	C,CT,CTTT	10130.83	PASS	AA=.;AC=61,547,177;AF=0.03653,0.32754,0.10599;AN=1670;BaseQRankSum=11.025;DB;DP=3701;DS;FS=0.516;HR=14;HU=T;HaplotypeScore=15.4712;InbreedingCoeff=0.4620;MQ=55.39;MQ0=36;MQRankSum=1.025;QD=6.62;ReadPosRankSum=3.497;SB=-3209.04;SZ=.;TR=14;TU=T;VQSLOD=9.3883;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TCTEX1D2:ENSG00000213123.4:-:startOverlap:1/2:TCTEX1D2-201:ENST00000545438.1:252,2:TCTEX1D2:ENSG00000213123.4:-:startOverlap:1/2:TCTEX1D2-201:ENST00000545438.1:252,3:TCTEX1D2:ENSG00000213123.4:-:startOverlap:1/2:TCTEX1D2-201:ENST00000545438.1:252
chr3	196046838	.	A	AC	25.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1035;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.5175;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TM4SF19:ENSG00000145107.10:-:insertionFS:1/3:TM4SF19-002:ENST00000446879.1:900_831
chr3	196281205	.	CT	C	9.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=726;DP=1588;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4182;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WDR53:ENSG00000185798.6:-:deletionFS:3/3:WDR53-002:ENST00000433160.1:600_477:WDR53-001:ENST00000332629.5:1077_954:WDR53-003:ENST00000429115.1:594_471
chr3	196281207	.	T	TGGTAAA	513.82	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00184;AN=1086;BaseQRankSum=-3.123;DP=2601;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=31.0147;InbreedingCoeff=0.0532;MQ=66.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=34.25;ReadPosRankSum=-1.422;SB=-286.54;SZ=6;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.7164;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR53:ENSG00000185798.6:-:insertionNFS:3/3:WDR53-002:ENST00000433160.1:600_475_159_K->FTK:WDR53-001:ENST00000332629.5:1077_952_318_K->FTK:WDR53-003:ENST00000429115.1:594_469_157_K->FTK
chr3	196455036	.	T	TG	14.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1570;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.9031;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PIGX:ENSG00000163964.9:+:insertionFS:1/3:PIGX-008:ENST00000421265.1:453_438
chr3	196612054	.	T	TG	17.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;BaseQRankSum=-2.448;DP=1325;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2666;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP5:ENSG00000119231.6:+:insertionFS:2/3:SENP5-001:ENST00000323460.5:2268_2:SENP5-002:ENST00000445299.2:2130_2
chr3	196613201	.	TACC	T	1781	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0216;AN=510;DP=1708;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.2611;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP5:ENSG00000119231.6:+:deletionNFS:2/3:SENP5-001:ENST00000323460.5:2268_1149_383_NT->N:SENP5-002:ENST00000445299.2:2130_1149_383_NT->N
chr3	196657792	.	TG	T	6.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=704;DP=1532;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2618;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP5:ENSG00000119231.6:+:deletionFS:3/3:SENP5-001:ENST00000323460.5:2268_2266:SENP5-002:ENST00000445299.2:2130_2128:SENP5-003:ENST00000419026.1:738_736
chr3	196674359	.	C	CG	34.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=396;DP=874;HR=7;HRun=7;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=G;VQSLOD=5.5822;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PIGZ:ENSG00000119227.3:-:insertionFS:1/2:PIGZ-001:ENST00000412723.1:1740_1409
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chr3	196817835	.	T	TA	10.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=398;DP=955;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3262;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DLG1:ENSG00000075711.14:-:insertionFS:12/12:DLG1-201:ENST00000314062.3:2562_1555:DLG1-001:ENST00000346964.2:2781_1708:DLG1-202:ENST00000357674.4:2682_1609:DLG1-203:ENST00000359922.5:2754_1708:DLG1-204:ENST00000381807.5:2676_1708:DLG1-013:ENST00000392382.2:2616_1609:DLG1-008:ENST00000419354.1:2715_1708:DLG1-019:ENST00000422288.1:2562_1555:DLG1-007:ENST00000448528.2:2715_1708:DLG1-027:ENST00000450955.1:2682_1609:DLG1-020:ENST00000443183.1:2403_1360:DLG1-011:ENST00000452595.1:2367_1360
chr3	197427676	.	TGGA	T	94.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1576;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=7.1137;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0226:ENSG00000145016.9:-:deletionNFS:4/4:KIAA0226-011:ENST00000296343.5:2919_1069_357_SS->S:KIAA0226-001:ENST00000273582.5:2784_889_297_SS->S:KIAA0226-201:ENST00000389665.5:2766_1069_357_SS->S:KIAA0226-003:ENST00000449205.1:1308_1069_357_SS->S
chr3	197746232	.	TA	T	10.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=1185;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.8397;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMLN:ENSG00000185621.7:+:deletionFS:4/4:LMLN-001:ENST00000330198.4:1968_1341:LMLN-004:ENST00000420910.2:2079_1452:LMLN-005:ENST00000332636.5:1812_1185:LMLN-002:ENST00000482695.1:1923_1296
chr3	197880130	.	GGCAGCAGCA	G,GGCA	2285.84	PASS	AA=.;AC=194,57;AF=0.3277,0.0963;AN=592;BaseQRankSum=3.901;DP=1331;DS;FS=22.328;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=32.3905;InbreedingCoeff=0.6207;MQ=35.68;MQ0=125;MQRankSum=-0.034;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.440;SB=-578.17;SZ=.;TR=42;TU=AGC;VQSLOD=7.1780;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FAM157A:ENSG00000236438.1:+:deletionNFS:1/1:FAM157A-201:ENST00000431569.1:1152_209_70_WQQQ->W,2:FAM157A:ENSG00000236438.1:+:deletionNFS:1/1:FAM157A-201:ENST00000431569.1:1152_209_70_WQQ->W
chr3	197880164	.	GCAGCAGCAA	G	1529.51	PASS	AA=.;AC=105;AF=0.1241;AN=846;BaseQRankSum=9.452;DP=745;FS=4.090;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6976;InbreedingCoeff=0.0771;MQ=19.23;MQ0=682;MQRankSum=5.509;QD=7.69;ReadPosRankSum=3.201;SZ=.;TR=42;TU=AGC;VQSLOD=5.6186;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM157A:ENSG00000236438.1:+:deletionNFS:1/1:FAM157A-201:ENST00000431569.1:1152_243_81_QQQQ->Q
chr4	265729	.	TAG	T	45.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=564;DP=1700;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.2402;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF732:ENSG00000186777.7:-:deletionFS:1/1:ZNF732-001:ENST00000419098.1:1758_917
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chr4	1809110	.	CTGTG	C,CTG	711.03	PASS	AA=.;AC=24,131;AF=0.01342,0.07327;AN=1788;BaseQRankSum=4.492;DP=4435;DS;FS=9.270;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=29.8389;InbreedingCoeff=0.1724;MQ=62.31;MQ0=18;MQRankSum=-6.411;QD=1.32;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-820.44;SZ=.;TR=16;TU=GT;VQSLOD=5.8159;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FGFR3:ENSG00000068078.12:+:deletionFS:1/7:FGFR3-201:ENST00000312875.5:513_226,2:FGFR3:ENSG00000068078.12:+:deletionFS:1/7:FGFR3-201:ENST00000312875.5:513_226
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chr4	2073772	.	GGT	G	11.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1387;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1989;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POLN:ENSG00000130997.11:-:deletionFS:1/4:POLN-201:ENST00000253313.6:1908_1814
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chr4	3117841	.	TC	T	4.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;BaseQRankSum=2.534;DP=1851;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.1071;InbreedingCoeff=0.1188;MQ=67.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.614;SB=-43.22;SZ=-1;TR=10;TU=ACTCC;VQSLOD=5.9448;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HTT:ENSG00000197386.6:+:deletionFS:1/1:HTT-001:ENST00000355072.5:9429_919
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chr4	3430398	.	G	GA	34.10	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0091;AN=328;DP=948;DS;HR=9;HRun=9;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=5.6327;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RGS12:ENSG00000159788.13:+:insertionFS:4/7:RGS12-001:ENST00000344733.5:4344_3525:RGS12-202:ENST00000336727.3:4131_3525:RGS12-002:ENST00000382788.3:4131_3525:RGS12-003:ENST00000338806.4:2400_1581
chr4	3443797	.	CCTG	C	69.73	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.0209;AN=718;BaseQRankSum=3.066;DP=1362;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.6488;InbreedingCoeff=0.1998;MQ=68.44;MQ0=0;MQRankSum=0.872;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.052;SB=-83.18;SZ=.;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=6.7927;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HGFAC:ENSG00000109758.4:+:deletionNFS:2/2:HGFAC-001:ENST00000382774.3:1968_69_23_LL->L:HGFAC-004:ENST00000511533.1:1989_69_23_LL->L
chr4	3590823	rs72442405	GACACAC	G,GAC,GACAC,GACACACAC	124719.40	PASS	AA=.;AC=41,958,898,73;AF=0.01932,0.45146,0.42319,0.03440;AN=2122;BaseQRankSum=18.990;DB;DP=10060;DS;FS=5.738;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=67.9121;InbreedingCoeff=0.8340;MQ=60.28;MQ0=62;MQRankSum=-4.687;QD=21.11;ReadPosRankSum=4.451;SB=-27022.49;SZ=.;TR=21;TU=AC;VQSLOD=8.1524;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:deletionNFS:1/2:RP3-368B9.1-001:ENST00000514422.1:585_308_103_RHT->R,1:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:multiExonHit:1/2:RP3-368B9.1-201:ENST00000404649.2:528,2:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:deletionFS:1/2:RP3-368B9.1-001:ENST00000514422.1:585_308,2:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:multiExonHit:1/2:RP3-368B9.1-201:ENST00000404649.2:528,3:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:deletionFS:1/2:RP3-368B9.1-001:ENST00000514422.1:585_308,3:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:multiExonHit:1/2:RP3-368B9.1-201:ENST00000404649.2:528,4:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:insertionFS:1/2:RP3-368B9.1-001:ENST00000514422.1:585_308,4:RP3-368B9.1:ENSG00000216560.3:+:multiExonHit:1/2:RP3-368B9.1-201:ENST00000404649.2:528
chr4	3769295	rs61767072	AGGGGGCGGGGCC	A	1547.51	PASS	AA=.;AC=47;AF=0.1794;AN=262;BaseQRankSum=6.095;DB;DP=190;FS=6.913;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.4068;InbreedingCoeff=0.3690;MQ=48.96;MQ0=0;MQRankSum=-1.313;QD=36.85;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-232.19;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=8.5002;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ADRA2C:ENSG00000184160.6:+:deletionNFS:2/2:ADRA2C-001:ENST00000509482.1:1125_962_321_QGAGP->Q:ADRA2C-002:ENST00000330055.5:1389_962_321_QGAGP->Q
chr4	4198947	.	GGCGTT	G	4969.85	PASS	AA=0;AC=113;AF=0.07366;AN=1534;BaseQRankSum=21.173;DP=4231;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.1326;InbreedingCoeff=0.1109;MQ=56.04;MQ0=251;MQRankSum=-7.460;QD=11.07;ReadPosRankSum=2.356;SB=-2045.72;SZ=-5;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3036;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OTOP1:ENSG00000163982.5:-:deletionFS:1/1:OTOP1-001:ENST00000296358.4:1839_1614
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chr4	4199018	.	TCTC	T	125.51	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.00833;AN=1200;BaseQRankSum=4.482;DP=2809;DS;FS=14.658;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.5054;InbreedingCoeff=0.1282;MQ=67.27;MQ0=12;MQRankSum=-4.179;QD=1.50;ReadPosRankSum=0.748;SB=3.24;SZ=.;TR=11;TU=CCT;VQSLOD=5.6827;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OTOP1:ENSG00000163982.5:-:deletionNFS:1/1:OTOP1-001:ENST00000296358.4:1839_1543_515_KQ->Q
chr4	4228209	.	GC	G	92.02	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=496;DP=1000;DS;HR=1;HRun=3;HU=C;SZ=-1;TR=9;TU=CGTG;VQSLOD=6.7057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTOP1:ENSG00000163982.5:-:deletionFS:1/1:OTOP1-001:ENST00000296358.4:1839_383
chr4	4269745	.	T	TA	18.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1082;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.5503;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LYAR:ENSG00000145220.9:-:insertionFS:2/2:LYAR-201:ENST00000343470.4:1140_1011:LYAR-001:ENST00000452476.1:1140_1011
chr4	4269749	.	A	AC	13.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1105;FS=0.000;HR=4;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.2249;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LYAR:ENSG00000145220.9:-:insertionFS:2/2:LYAR-201:ENST00000343470.4:1140_1007:LYAR-001:ENST00000452476.1:1140_1007
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chr4	36285633	.	AC	A	84.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=1360;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.0058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DTHD1:ENSG00000197057.4:+:deletionFS:1/3:DTHD1-002:ENST00000507598.1:2466_52
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chr4	37592164	.	TC	T	8.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1308;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;ReadPosRankSum=-2.129;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf19:ENSG00000154274.10:+:deletionFS:2/3:C4orf19-001:ENST00000284437.6:945_487:C4orf19-002:ENST00000381980.4:945_487
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chr4	37868303	.	C	CT	342.90	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0075;AN=802;BaseQRankSum=-2.487;DP=2399;DS;FS=7.510;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=15.3312;InbreedingCoeff=0.0836;MQ=63.48;MQ0=1;MQRankSum=2.306;QD=7.45;ReadPosRankSum=-1.899;SB=-168.58;SZ=.;TR=8;TU=T;VQSLOD=6.8391;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC021106.2:ENSG00000255826.1:-:insertionFS:1/1:AC021106.2-201:ENST00000542595.1:156_136
chr4	37962340	.	GA	G	110.23	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0041;AN=488;DP=1559;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=1;SZ=-1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.8836;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTTG2:ENSG00000250254.1:+:deletionFS:1/1:PTTG2-001:ENST00000504686.1:576_285
chr4	37962608	.	CAT	C	1586.28	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.01253;AN=2154;BaseQRankSum=8.627;DP=5945;DS;FS=5.242;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.2562;InbreedingCoeff=0.1323;MQ=64.04;MQ0=22;MQRankSum=1.714;QD=18.23;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-672.28;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.1863;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PTTG2:ENSG00000250254.1:+:deletionFS:1/1:PTTG2-001:ENST00000504686.1:576_553
chr4	38020052	.	C	CT	4.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;BaseQRankSum=-1.001;DP=1042;FS=10.323;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=12.1084;InbreedingCoeff=0.0602;MQ=61.68;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.364;SB=-3.49;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.9249;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBC1D1:ENSG00000065882.9:+:insertionFS:2/4:TBC1D1-001:ENST00000261439.4:3507_960:TBC1D1-009:ENST00000508802.1:3480_960
chr4	38023220	.	TG	T	7.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1281;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=5.3117;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBC1D1:ENSG00000065882.9:+:deletionFS:2/4:TBC1D1-001:ENST00000261439.4:3507_1091:TBC1D1-009:ENST00000508802.1:3480_1091
chr4	38774827	.	A	AT	5.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1229;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.0084;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR10:ENSG00000174123.6:-:insertionFS:4/4:TLR10-001:ENST00000308973.4:2436_2385:TLR10-003:ENST00000361424.2:2436_2385:TLR10-201:ENST00000506111.1:2436_2385:TLR10-202:ENST00000508334.1:2436_2385
chr4	38775385	.	C	CA	18.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=556;DP=1569;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.6857;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR10:ENSG00000174123.6:-:insertionFS:4/4:TLR10-001:ENST00000308973.4:2436_1827:TLR10-003:ENST00000361424.2:2436_1827:TLR10-201:ENST00000506111.1:2436_1827:TLR10-202:ENST00000508334.1:2436_1827
chr4	38828771	.	GC	G	6.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1280;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3671;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR6:ENSG00000174130.7:-:deletionFS:3/3:TLR6-001:ENST00000381950.1:2391_2324:TLR6-201:ENST00000436693.2:2391_2324:TLR6-202:ENST00000508542.2:1443_1376
chr4	38930898	.	CT	C	6.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=328;DP=905;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2634;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM114A1:ENSG00000197712.6:+:deletionFS:3/3:FAM114A1-001:ENST00000358869.2:1692_1105:FAM114A1-201:ENST00000355404.3:1071_484:FAM114A1-002:ENST00000515037.1:1071_484
chr4	38933971	.	A	AG	24.98	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=1285;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9114;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM114A1:ENSG00000197712.6:+:insertionFS:3/3:FAM114A1-001:ENST00000358869.2:1692_1439:FAM114A1-201:ENST00000355404.3:1071_818:FAM114A1-002:ENST00000515037.1:1071_818
chr4	39046584	.	GA	G	236.42	PASS	AA=1;AC=111;AF=0.2803;AN=396;BaseQRankSum=-3.261;DP=353;FS=8.656;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.9606;InbreedingCoeff=0.2016;MQ=53.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.710;QD=3.28;ReadPosRankSum=-0.531;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0549;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHL5:ENSG00000109790.11:+:deletionFS:1/8:KLHL5-202:ENST00000544221.1:2370_14
chr4	39046586	rs111344840	CA	C	10087.91	PASS	AA=1;AC=461;AF=0.9978;AN=462;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=401;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=5.8520;InbreedingCoeff=0.0088;MQ=54.38;MQ0=0;MQRankSum=1.641;QD=37.09;ReadPosRankSum=-0.638;SB=-4347.33;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.2316;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHL5:ENSG00000109790.11:+:deletionFS:1/8:KLHL5-202:ENST00000544221.1:2370_16
chr4	39077597	.	T	TA	21.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1306;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AGT;VQSLOD=4.7649;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHL5:ENSG00000109790.11:+:insertionFS:5/8:KLHL5-201:ENST00000359687.2:2313_534:KLHL5-006:ENST00000504108.1:2268_534:KLHL5-001:ENST00000381930.3:2274_534:KLHL5-003:ENST00000261425.3:2130_396:KLHL5-202:ENST00000544221.1:2370_636
chr4	39191300	.	T	TA	14.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1057;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.9782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR19:ENSG00000157796.11:+:insertionFS:4/5:WDR19-001:ENST00000399820.3:4029_189:WDR19-203:ENST00000544243.1:3849_189:WDR19-006:ENST00000506503.1:1446_189:WDR19-202:ENST00000399836.1:1443_186
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chr4	39236400	.	A	AC	7.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1131;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7064;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:WDR19:ENSG00000157796.11:+:insertionFS:2/5:WDR19-001:ENST00000399820.3:4029_2268:WDR19-201:ENST00000288634.7:3549_1788
chr4	39409194	.	TG	T,TGG	17.33	PASS	AA=0;AC=0,2;AF=0.0000,0.0042;AN=480;DP=1421;DS;HR=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1997;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLB:ENSG00000134962.6:+:deletionFS:1/1:KLB-001:ENST00000257408.4:3135_625,2:KLB:ENSG00000134962.6:+:insertionFS:1/1:KLB-001:ENST00000257408.4:3135_625
chr4	39439402	.	TG	T	10.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1334;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1259;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KLB:ENSG00000134962.6:+:deletionFS:1/1:KLB-001:ENST00000257408.4:3135_1392
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chr4	39515752	.	G	GA	63.35	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0201;AN=598;DP=1124;DS;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=5.3589;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UGDH:ENSG00000109814.7:-:insertionFS:3/4:UGDH-001:ENST00000316423.6:1485_215:UGDH-003:ENST00000501493.2:1284_215:UGDH-005:ENST00000506179.1:1485_215
chr4	39876003	.	G	GC	4.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;BaseQRankSum=-1.499;DP=1160;DS;FS=5.327;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.1990;InbreedingCoeff=0.0655;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=0.869;QD=0.51;ReadPosRankSum=1.522;SB=-38.38;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8159;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDS5A:ENSG00000121892.10:-:insertionFS:1/2:PDS5A-001:ENST00000303538.8:4014_2183
chr4	40104251	.	C	CA	15.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1306;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AATC;VQSLOD=5.6660;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:N4BP2:ENSG00000078177.8:+:insertionFS:2/2:N4BP2-001:ENST00000261435.6:5313_786:N4BP2-201:ENST00000381804.3:5073_546
chr4	40104656	.	T	TC	4.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;BaseQRankSum=-0.654;DP=1425;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=17.6736;InbreedingCoeff=0.0964;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=2.017;QD=0.69;ReadPosRankSum=1.659;SB=-26.62;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.7926;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:N4BP2:ENSG00000078177.8:+:insertionFS:2/2:N4BP2-001:ENST00000261435.6:5313_1191:N4BP2-201:ENST00000381804.3:5073_951
chr4	40122999	.	G	GA	9.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;BaseQRankSum=-2.447;DP=944;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.3720;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:N4BP2:ENSG00000078177.8:+:insertionFS:2/2:N4BP2-001:ENST00000261435.6:5313_3268:N4BP2-201:ENST00000381804.3:5073_3028
chr4	40127843	.	G	GC	17.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=418;DP=1072;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3143;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:N4BP2:ENSG00000078177.8:+:insertionFS:2/2:N4BP2-001:ENST00000261435.6:5313_4420:N4BP2-201:ENST00000381804.3:5073_4180
chr4	40138659	.	A	AG	4.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;BaseQRankSum=-2.447;DP=1177;DS;FS=2.942;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.2430;InbreedingCoeff=0.0974;MQ=62.31;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.733;SB=0.79;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.7682;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:N4BP2:ENSG00000078177.8:+:insertionFS:2/2:N4BP2-001:ENST00000261435.6:5313_4742:N4BP2-201:ENST00000381804.3:5073_4502
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chr4	47667264	.	AATT	A	32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1179;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5082;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CORIN:ENSG00000145244.7:-:deletionNFS:5/5:CORIN-001:ENST00000273857.4:3129_1374_458_IT->T:CORIN-005:ENST00000502252.1:2928_1173_391_IT->T:CORIN-003:ENST00000505909.1:3018_1263_421_IT->T:CORIN-009:ENST00000508498.1:2712_957_319_IT->T:CORIN-010:ENST00000504584.1:2205_1263_421_IT->T
chr4	47839958	.	C	CT	713	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0210;AN=476;DP=963;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.4494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CORIN:ENSG00000145244.7:-:insertionFS:4/5:CORIN-001:ENST00000273857.4:3129_9:CORIN-005:ENST00000502252.1:2928_9:CORIN-003:ENST00000505909.1:3018_9:CORIN-010:ENST00000504584.1:2205_9
chr4	47900871	.	C	CT	9.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;BaseQRankSum=-0.999;DP=1224;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2665;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NFXL1:ENSG00000170448.7:-:insertionFS:3/3:NFXL1-001:ENST00000381538.3:2736_992:NFXL1-002:ENST00000507489.1:2736_992:NFXL1-201:ENST00000329043.3:2202_992
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chr4	47940945	.	AAG	A	68.94	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0174;AN=518;DP=1046;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=17;TU=AAAG;VQSLOD=5.4240;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:deletionFS:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102_36
chr4	47940976	.	GGAAA	G,GGAAAGAAA	502.19	PASS	AA=.;AC=4,9;AF=0.0093,0.0208;AN=432;DP=1019;HR=3;HU=G;SZ=.;TR=20;TU=AAAG;VQSLOD=6.5753;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:deletionFS:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102_67,2:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:insertionFS:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102_67
chr4	47940994	.	AAAAG	A	2187.39	PASS	AA=.;AC=37;AF=0.0523;AN=708;BaseQRankSum=5.588;DP=1835;DS;FS=6.358;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.0514;InbreedingCoeff=0.2383;MQ=53.77;MQ0=26;MQRankSum=3.290;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.798;SB=-1074.40;SZ=.;TR=42;TU=AAAGAAAGAAAGAAAGAG;VQSLOD=7.8356;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:deletionFS:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102_85
chr4	47941008	rs34131738	AAG	A,AAGAG	174.34	PASS	AA=.;AC=29,8;AF=0.02710,0.00748;AN=1070;BaseQRankSum=10.498;DB;DP=2191;DS;FS=13.490;HR=3;HU=A;HaplotypeScore=14.4354;InbreedingCoeff=0.1082;MQ=54.82;MQ0=45;MQRankSum=0.589;QD=1.69;ReadPosRankSum=1.062;SB=-184.60;SZ=.;TR=42;TU=AAAGAAAGAAAGAAAGAG;VQSLOD=7.7107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:deletionFS:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102_99,2:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:endOverlap:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102
chr4	47941010	rs34131738	G	GAA,GAGAA	1512.25	PASS	AA=.;AC=9,33;AF=0.00833,0.03056;AN=1080;BaseQRankSum=4.495;DB;DP=2174;DS;FS=8.113;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=25.0626;InbreedingCoeff=0.2369;MQ=53.45;MQ0=39;MQRankSum=1.500;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.922;SB=-681.49;SZ=.;TR=42;TU=AAAGAAAGAAAGAAAGAG;VQSLOD=6.4029;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:endOverlap:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102,2:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:endOverlap:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102
chr4	47941011	rs71200903	AG	A	563.21	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.0359;AN=418;DB;DP=1002;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=.;TR=42;TU=AAAGAAAGAAAGAAAGAG;VQSLOD=5.1129;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC107068.2:ENSG00000256054.1:+:endOverlap:1/1:AC107068.2-201:ENST00000425920.2:102
chr4	48069654	.	TCA	T	6.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1078;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1475;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TXK:ENSG00000074966.6:-:deletionFS:2/2:TXK-001:ENST00000264316.4:1584_1584:TXK-002:ENST00000507351.1:549_549
chr4	48514635	.	C	CAGAA	78.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;BaseQRankSum=-2.448;DP=1624;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=4;TR=9;TU=AAAG;VQSLOD=7.0358;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FRYL:ENSG00000075539.9:-:insertionFS:5/7:FRYL-202:ENST00000358350.4:9042_8008:FRYL-011:ENST00000503238.1:9042_8008:FRYL-203:ENST00000537810.1:9042_8008:FRYL-201:ENST00000264319.7:1212_196:FRYL-002:ENST00000507873.2:1212_196
chr4	48553562	.	G	GT	13.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1153;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5591;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FRYL:ENSG00000075539.9:-:insertionFS:4/7:FRYL-202:ENST00000358350.4:9042_4469:FRYL-011:ENST00000503238.1:9042_4469:FRYL-203:ENST00000537810.1:9042_4469:FRYL-007:ENST00000507711.1:4662_4469
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chr4	49034669	.	CA	C	2493.71	PASS	AA=0;AC=37;AF=0.02524;AN=1466;BaseQRankSum=8.784;DP=4111;DS;FS=0.393;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.2537;InbreedingCoeff=0.0673;MQ=64.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.704;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.198;SB=-1381.49;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.6446;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CWH43:ENSG00000109182.7:+:deletionFS:2/2:CWH43-001:ENST00000226432.4:2100_1595:CWH43-002:ENST00000513409.1:2019_1514
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chr4	52861063	.	A	AC	50.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=672;DP=1859;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.2494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC66:ENSG00000188993.3:-:insertionFS:1/1:LRRC66-001:ENST00000343457.3:2643_2125
chr4	52861333	.	CCA	C	21.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1525;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1453;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC66:ENSG00000188993.3:-:deletionFS:1/1:LRRC66-001:ENST00000343457.3:2643_1855
chr4	52938242	.	GT	G	183.40	PASS	AA=0;AC=37;AF=0.03223;AN=1148;BaseQRankSum=5.951;DP=2715;DS;FS=8.259;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=18.7926;InbreedingCoeff=0.1152;MQ=68.33;MQ0=0;MQRankSum=4.213;QD=1.26;ReadPosRankSum=-3.453;SB=-263.31;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3631;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SPATA18:ENSG00000163071.6:+:deletionFS:2/2:SPATA18-001:ENST00000295213.4:1617_678:SPATA18-002:ENST00000419395.2:1521_582
chr4	54319247	.	CAG	C	433.04	PASS	AA=0;AC=71;AF=0.03477;AN=2042;BaseQRankSum=9.152;DP=5253;DS;FS=5.853;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.7007;InbreedingCoeff=0.0340;MQ=74.55;MQ0=0;MQRankSum=1.199;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.846;SB=-422.04;SZ=-2;TR=14;TU=AG;VQSLOD=7.0734;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FIP1L1:ENSG00000145216.11:+:deletionFS:3/5:FIP1L1-003:ENST00000306932.6:1563_1224:FIP1L1-001:ENST00000337488.6:1785_1446:FIP1L1-002:ENST00000358575.5:1767_1428
chr4	54324890	.	AAAG	A	44.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1220;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=6.2783;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FIP1L1:ENSG00000145216.11:+:deletionNFS:3/5:FIP1L1-003:ENST00000306932.6:1563_1348_450_KE->K:FIP1L1-001:ENST00000337488.6:1785_1570_524_KE->K:FIP1L1-002:ENST00000358575.5:1767_1552_518_KE->K
chr4	54327102	.	A	ATAGT	10.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;BaseQRankSum=-1.732;DP=1046;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.8769;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LNX1:ENSG00000072201.8:-:insertionFS:3/3:LNX1-001:ENST00000263925.7:2187_2159:LNX1-002:ENST00000306888.2:1899_1871:LNX1-201:ENST00000538207.1:1701_1673
chr4	54439808	.	TC	T	43.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=966;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7351;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LNX1:ENSG00000072201.8:-:deletionFS:1/3:LNX1-001:ENST00000263925.7:2187_362
chr4	54440146	.	G	GT	16.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1482;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1618;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LNX1:ENSG00000072201.8:-:insertionFS:1/3:LNX1-001:ENST00000263925.7:2187_24
chr4	55953873	.	T	TC	15.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1569;DS;HR=1;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.8910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KDR:ENSG00000128052.8:-:insertionFS:1/1:KDR-001:ENST00000263923.4:4071_3563
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chr4	56291618	.	AAC	A	21734.04	PASS	AA=0;AC=679;AF=0.35072;AN=1936;BaseQRankSum=37.741;DP=4714;DS;FS=6.816;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.7904;InbreedingCoeff=0.1287;MQ=63.85;MQ0=1;MQRankSum=1.166;QD=13.72;ReadPosRankSum=3.334;SB=-9380.70;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4196;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TMEM165:ENSG00000134851.7:+:endOverlap:3/3:TMEM165-001:ENST00000381334.5:975:TMEM165-006:ENST00000506198.1:390:TMEM165-201:ENST00000542052.1:786
chr4	56304529	.	TCTG	T,TCTGCTG	79.71	PASS	AA=.;AC=16,19;AF=0.01047,0.01243;AN=1528;BaseQRankSum=3.299;DP=3638;DS;FS=3.802;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=16.5461;InbreedingCoeff=0.2328;MQ=70.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.142;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.051;SB=-70.02;SZ=.;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=8.2550;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CLOCK:ENSG00000134852.9:-:deletionNFS:1/1:CLOCK-002:ENST00000381322.1:2541_2281_761_SS->S,2:CLOCK:ENSG00000134852.9:-:insertionNFS:1/1:CLOCK-002:ENST00000381322.1:2541_2281_761_S->QQS
chr4	56310033	.	T	TA	4.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;BaseQRankSum=1.279;DP=1103;DS;FS=2.800;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.2209;InbreedingCoeff=0.0396;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=2.098;QD=0.83;ReadPosRankSum=1.703;SB=0.69;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6971;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLOCK:ENSG00000134852.9:-:insertionFS:1/1:CLOCK-002:ENST00000381322.1:2541_1723
chr4	56502273	rs3838644	GAGC	G	27.08	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0196;AN=358;DB;DP=564;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=20;TU=AGC;VQSLOD=6.0902;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NMU:ENSG00000109255.6:-:deletionNFS:4/4:NMU-001:ENST00000264218.3:525_87_29_LA->A:NMU-005:ENST00000505262.1:444_87_29_LA->A:NMU-002:ENST00000511469.1:477_87_29_LA->A:NMU-201:ENST00000541393.1:474_87_29_LA->A
chr4	56750068	.	GC	G	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;BaseQRankSum=3.065;DP=935;FS=2.118;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.1645;InbreedingCoeff=0.1563;MQ=60.86;MQ0=1;MQRankSum=-0.230;QD=0.62;ReadPosRankSum=0.144;SB=-28.81;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.2683;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EXOC1:ENSG00000090989.13:+:deletionFS:3/3:EXOC1-001:ENST00000346134.7:2685_1304:EXOC1-002:ENST00000349598.6:2640_1304:EXOC1-003:ENST00000381295.2:2685_1304
chr4	56768634	.	T	TA	33.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=696;DP=1406;DS;HR=7;HRun=7;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=A;VQSLOD=5.4151;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC1:ENSG00000090989.13:+:insertionFS:3/3:EXOC1-001:ENST00000346134.7:2685_2462:EXOC1-002:ENST00000349598.6:2640_2417:EXOC1-003:ENST00000381295.2:2685_2462
chr4	56831978	.	AAAG	A	116.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1232;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=7.4662;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CEP135:ENSG00000174799.5:+:deletionNFS:1/2:CEP135-001:ENST00000257287.3:3423_997_333_KE->K
chr4	56865790	.	GCAA	G	62.04	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0061;AN=330;DP=1046;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3322;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CEP135:ENSG00000174799.5:+:deletionNFS:1/2:CEP135-001:ENST00000257287.3:3423_2259_753_LQ->L
chr4	56885606	.	GA	G	148.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=714;DP=1483;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.8020;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP135:ENSG00000174799.5:+:deletionFS:1/2:CEP135-001:ENST00000257287.3:3423_3100
chr4	57180576	rs71921617	C	CGGAGCGGAG,CGGAGCGGAGGGAGCGGAG	35793.07	PASS	AA=.;AC=92,269;AF=0.06336,0.18526;AN=1452;BaseQRankSum=-12.223;DB;DP=2769;DS;FS=45.004;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=47.5654;InbreedingCoeff=0.3872;MQ=63.28;MQ0=0;MQRankSum=-13.899;QD=46.79;ReadPosRankSum=0.602;SB=-12824.88;SZ=.;TR=11;TU=AGCGG;VQSLOD=5.6774;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIAA1211:ENSG00000109265.7:+:insertionNFS:4/4:KIAA1211-002:ENST00000264229.6:3702_908_303_A->AERR:KIAA1211-001:ENST00000504228.1:3702_908_303_A->AERR:KIAA1211-201:ENST00000541073.1:3681_887_296_A->AERR:KIAA1211-202:ENST00000546221.1:2607_638_213_A->AERR,2:KIAA1211:ENSG00000109265.7:+:insertionNFS:4/4:KIAA1211-002:ENST00000264229.6:3702_908_303_A->AERRERR:KIAA1211-001:ENST00000504228.1:3702_908_303_A->AERRERR:KIAA1211-201:ENST00000541073.1:3681_887_296_A->AERRERR:KIAA1211-202:ENST00000546221.1:2607_638_213_A->AERRERR
chr4	57180594	.	A	AG	1091	PASS	AA=0;AC=76;AF=0.05499;AN=1382;BaseQRankSum=11.391;DP=2661;DS;FS=4.943;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=17.0796;InbreedingCoeff=0.0476;MQ=61.00;MQ0=0;MQRankSum=-10.154;QD=4.61;ReadPosRankSum=0.047;SB=-556.67;SZ=1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.7749;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1211:ENSG00000109265.7:+:insertionFS:4/4:KIAA1211-002:ENST00000264229.6:3702_926:KIAA1211-001:ENST00000504228.1:3702_926:KIAA1211-201:ENST00000541073.1:3681_905:KIAA1211-202:ENST00000546221.1:2607_656
chr4	57181628	.	C	CT	5384.47	PASS	AA=0;AC=340;AF=0.19608;AN=1734;BaseQRankSum=16.165;DP=3077;DS;FS=7.806;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.6388;InbreedingCoeff=0.1388;MQ=68.13;MQ0=0;MQRankSum=2.715;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.295;SB=-2028.75;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.7753;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:KIAA1211:ENSG00000109265.7:+:insertionFS:4/4:KIAA1211-002:ENST00000264229.6:3702_1960:KIAA1211-001:ENST00000504228.1:3702_1960:KIAA1211-201:ENST00000541073.1:3681_1939:KIAA1211-202:ENST00000546221.1:2607_1690
chr4	57182825	.	CCTT	C	238.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0042;AN=720;BaseQRankSum=2.656;DP=1566;FS=3.458;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.6404;InbreedingCoeff=0.0504;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=1.388;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.477;SB=-138.06;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.1371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1211:ENSG00000109265.7:+:deletionNFS:3/4:KIAA1211-002:ENST00000264229.6:3702_3157_1053_PS->P:KIAA1211-001:ENST00000504228.1:3702_3157_1053_PS->P:KIAA1211-201:ENST00000541073.1:3681_3136_1046_PS->P
chr4	57204927	.	A	AGAT	63.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=1021;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.9707;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AASDH:ENSG00000157426.8:-:insertionNFS:5/6:AASDH-001:ENST00000205214.6:3297_2938_980_F->IF:AASDH-002:ENST00000513376.1:2997_2638_880_F->IF:AASDH-201:ENST00000434343.2:1842_1483_495_F->IF:AASDH-202:ENST00000451613.1:2574_2519_840_L->HL:AASDH-003:ENST00000503808.1:2370_2315_772_L->HL
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chr4	57244435	.	GTTC	G	5219.01	PASS	AA=.;AC=45;AF=0.0602;AN=748;BaseQRankSum=15.210;DP=2340;DS;FS=2.462;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.5807;InbreedingCoeff=0.0919;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=23.20;ReadPosRankSum=1.075;SB=-2204.17;SZ=.;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=8.2087;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AASDH:ENSG00000157426.8:-:deletionNFS:5/6:AASDH-001:ENST00000205214.6:3297_547_183_HM->M:AASDH-002:ENST00000513376.1:2997_247_83_HM->M:AASDH-202:ENST00000451613.1:2574_547_183_HM->M:AASDH-003:ENST00000503808.1:2370_88_30_HM->M:AASDH-006:ENST00000502617.1:2526_547_183_HM->M
chr4	57314763	rs112629919	GGTACAGATAAAACAA	G,GCAGATAAAACAA	10197.06	PASS	AA=.;AC=104,0;AF=0.1244,0.0000;AN=836;BaseQRankSum=16.692;DB;DP=2310;DS;FS=0.368;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=60.0141;InbreedingCoeff=0.3071;MQ=61.02;MQ0=3;MQRankSum=-5.784;QD=29.30;ReadPosRankSum=1.300;SB=-4817.12;SZ=.;TR=30;TU=AAAACAAGTACAGAT;VQSLOD=6.3265;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PAICS:ENSG00000128050.4:+:spliceOverlap:4/4:PAICS-201:ENST00000264221.2:1278:PAICS-003:ENST00000399688.3:1299:PAICS-006:ENST00000512576.1:1278:PAICS-002:ENST00000514888.1:1002,2:PAICS:ENSG00000128050.4:+:spliceOverlap:4/4:PAICS-201:ENST00000264221.2:1278:PAICS-003:ENST00000399688.3:1299:PAICS-006:ENST00000512576.1:1278:PAICS-002:ENST00000514888.1:1002
chr4	57340249	.	C	CT	11.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=558;DP=1443;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SRP72:ENSG00000174780.10:+:insertionFS:3/3:SRP72-201:ENST00000537129.1:1878_402:SRP72-001:ENST00000342756.5:2016_384:SRP72-005:ENST00000510663.1:1833_384
chr4	57377453	.	AC	A	1334.47	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.01235;AN=1862;BaseQRankSum=8.259;DP=4602;DS;FS=8.550;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=11.7580;InbreedingCoeff=0.0829;MQ=66.25;MQ0=0;MQRankSum=3.440;QD=12.83;ReadPosRankSum=-1.578;SB=-645.31;SZ=-1;TR=10;TU=ACCC;VQSLOD=7.4832;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARL9:ENSG00000196503.1:+:deletionFS:1/1:ARL9-201:ENST00000360096.1:564_148
chr4	57796245	.	C	CT	9.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1193;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.0246;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:REST:ENSG00000084093.10:+:insertionFS:3/3:REST-202:ENST00000456010.2:1380_1221:REST-001:ENST00000309042.7:3294_1221:REST-201:ENST00000358605.3:3225_1152
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chr4	57829681	.	T	TA	17.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1144;DS;HR=4;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5645;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf14:ENSG00000084092.6:-:insertionFS:1/1:C4orf14-001:ENST00000264230.4:2097_2032
chr4	57871442	.	A	AC	17.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1201;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.8607;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POLR2B:ENSG00000047315.10:+:insertionFS:3/3:POLR2B-201:ENST00000314595.5:3525_931:POLR2B-001:ENST00000381227.1:3525_931:POLR2B-014:ENST00000431623.2:3300_706
chr4	57976266	.	GCC	G	25.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=370;DP=526;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.9965;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGFBP7:ENSG00000163453.6:-:deletionFS:2/2:IGFBP7-001:ENST00000295666.4:849_252:IGFBP7-201:ENST00000537922.1:840_252
chr4	62599243	.	T	TG	6.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1364;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5442;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LPHN3:ENSG00000150471.9:+:insertionFS:18/18:LPHN3-203:ENST00000534975.1:2124_1166:LPHN3-202:ENST00000295349.8:4344_1166:LPHN3-008:ENST00000506720.1:4743_1370:LPHN3-009:ENST00000506746.1:4716_1370:LPHN3-016:ENST00000507625.1:4587_1370:LPHN3-007:ENST00000508946.1:4539_1166:LPHN3-003:ENST00000514591.1:4410_1166:LPHN3-010:ENST00000514996.1:4512_1166:LPHN3-204:ENST00000545650.1:4410_1166:LPHN3-201:ENST00000280009.7:3723_1166:LPHN3-012:ENST00000504896.1:3852_1166:LPHN3-015:ENST00000506700.1:3696_1166:LPHN3-004:ENST00000507164.1:4029_1370:LPHN3-011:ENST00000508693.1:4056_1370:LPHN3-013:ENST00000509896.1:3927_1370:LPHN3-014:ENST00000511324.1:3900_1370:LPHN3-001:ENST00000512091.1:3723_1166:LPHN3-006:ENST00000514157.1:3825_1166
chr4	62936374	.	T	TG	79	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0306;AN=392;DP=830;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;QD=1.22;SZ=1;TR=8;TU=CTGG;VQSLOD=5.6088;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LPHN3:ENSG00000150471.9:+:insertionFS:8/18:LPHN3-202:ENST00000295349.8:4344_4092:LPHN3-008:ENST00000506720.1:4743_4491:LPHN3-009:ENST00000506746.1:4716_4464:LPHN3-016:ENST00000507625.1:4587_4335:LPHN3-007:ENST00000508946.1:4539_4287:LPHN3-003:ENST00000514591.1:4410_4158:LPHN3-010:ENST00000514996.1:4512_4260:LPHN3-204:ENST00000545650.1:4410_4158
chr4	66509130	.	G	GA	5	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;BaseQRankSum=1.845;DP=1019;FS=2.273;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.4711;InbreedingCoeff=-0.0065;MQ=67.49;MQ0=0;MQRankSum=0.968;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.163;SB=1.59;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0720;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPHA5:ENSG00000145242.9:-:insertionFS:4/4:EPHA5-001:ENST00000273854.3:3114_197:EPHA5-002:ENST00000354839.4:3048_197:EPHA5-003:ENST00000432638.2:2625_197:EPHA5-004:ENST00000511294.1:3015_197
chr4	68384039	.	TTATC	T	92.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=678;DP=1448;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=-4;TR=7;TU=ATT;VQSLOD=6.7249;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CENPC1:ENSG00000145241.6:-:deletionFS:1/1:CENPC1-001:ENST00000273853.6:2832_665
chr4	68424546	.	C	CG	19.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1067;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.3270;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STAP1:ENSG00000035720.3:+:insertionFS:2/2:STAP1-001:ENST00000265404.2:888_19:STAP1-002:ENST00000396225.1:888_19
chr4	68442930	.	A	AC	8.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1231;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SB=-31.64;SZ=1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.3215;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STAP1:ENSG00000035720.3:+:insertionFS:2/2:STAP1-001:ENST00000265404.2:888_316:STAP1-002:ENST00000396225.1:888_316
chr4	68459038	.	T	TA	7.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1224;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SB=-31.87;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4031;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STAP1:ENSG00000035720.3:+:insertionFS:2/2:STAP1-001:ENST00000265404.2:888_790:STAP1-002:ENST00000396225.1:888_790
chr4	68536237	.	T	TC	10.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=941;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.7797;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBA6:ENSG00000033178.7:-:insertionFS:2/2:UBA6-001:ENST00000322244.4:3159_620:UBA6-002:ENST00000420827.2:1170_620
chr4	68606363	.	A	AG	9.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1045;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ=58.39;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9553;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GNRHR:ENSG00000109163.6:-:insertionFS:2/2:GNRHR-001:ENST00000226413.4:987_822:GNRHR-002:ENST00000420975.2:750_694
chr4	68964611	.	CA	C	6.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=979;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=9;TU=AAC;VQSLOD=5.0486;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMPRSS11F:ENSG00000198092.5:-:deletionFS:1/1:TMPRSS11F-001:ENST00000356291.2:1317_157
chr4	69198525	.	A	AC	5.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=949;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ=58.73;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0977;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YTHDC1:ENSG00000083896.7:-:insertionFS:1/2:YTHDC1-001:ENST00000344157.4:2184_1014
chr4	69202890	.	TTCC	T,TATCC	323.36	PASS	AA=0;AC=38,2;AF=0.02530,0.00133;AN=1502;BaseQRankSum=3.531;DP=3708;DS;FS=11.405;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=18.1485;InbreedingCoeff=0.2618;MQ=64.65;MQ0=38;MQRankSum=-3.242;QD=2.34;ReadPosRankSum=-2.800;SB=-136.20;SZ=-3;TR=20;TU=CCT;VQSLOD=6.9438;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:YTHDC1:ENSG00000083896.7:-:deletionNFS:2/2:YTHDC1-001:ENST00000344157.4:2184_738_246_EE->E:YTHDC1-002:ENST00000355665.3:2130_738_246_EE->E,2:YTHDC1:ENSG00000083896.7:-:insertionFS:2/2:YTHDC1-001:ENST00000344157.4:2184_738:YTHDC1-002:ENST00000355665.3:2130_738
chr4	69202926	.	TTCC	T	211.75	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.0080;AN=1000;BaseQRankSum=2.737;DP=2236;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.0345;InbreedingCoeff=0.0882;MQ=59.93;MQ0=73;MQRankSum=-0.865;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.259;SB=-122.68;SZ=.;TR=45;TU=CCTCCTCCTCCTCTT;VQSLOD=6.9675;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YTHDC1:ENSG00000083896.7:-:deletionNFS:2/2:YTHDC1-001:ENST00000344157.4:2184_702_234_EE->E:YTHDC1-002:ENST00000355665.3:2130_702_234_EE->E
chr4	69202984	.	ACTT	A	147.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;DP=1261;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.2202;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YTHDC1:ENSG00000083896.7:-:deletionNFS:2/2:YTHDC1-001:ENST00000344157.4:2184_644_215_VE->E:YTHDC1-002:ENST00000355665.3:2130_644_215_VE->E
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chr4	70512652	.	A	AG	7.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1190;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.3993;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UGT2A1:ENSG00000173610.6:-:insertionFS:4/5:UGT2A1-004:ENST00000286604.4:1584_711:UGT2A1-001:ENST00000503640.1:1584_711:UGT2A1-002:ENST00000512704.1:1452_711:UGT2A1-003:ENST00000514019.1:2082_711
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chr4	71346700	rs34918942	A	AC	68.15	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=692;BaseQRankSum=-3.479;DB;DP=1695;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=C;HaplotypeScore=14.7824;InbreedingCoeff=0.1549;MQ=71.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.159;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.699;SB=-77.55;SZ=1;TR=7;TU=C;VQSLOD=7.7169;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MUC7:ENSG00000171195.5:+:insertionFS:3/3:MUC7-001:ENST00000304887.5:1134_239:MUC7-201:ENST00000413702.1:1134_239:MUC7-202:ENST00000456088.1:1134_239
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chr4	71554690	rs72049616	GGGA	G	798.29	PASS	AA=.;AC=64;AF=0.03309;AN=1934;BaseQRankSum=7.273;DB;DP=5086;DS;FS=9.793;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.8747;InbreedingCoeff=0.0775;MQ=64.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.628;QD=4.34;ReadPosRankSum=-0.488;SB=-493.18;SZ=.;TR=19;TU=AGG;VQSLOD=6.2914;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UTP3:ENSG00000132467.2:+:deletionNFS:1/1:UTP3-001:ENST00000254803.2:1440_296_99_GE->G
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chr4	71665889	.	TTAAAC	T	108.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1251;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-5;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8740;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RUFY3:ENSG00000018189.7:+:deletionFS:2/5:RUFY3-002:ENST00000381006.3:1863_1589:RUFY3-003:ENST00000502653.1:1704_1430
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chr4	72623850	.	TCAG	T	565.41	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0109;AN=732;BaseQRankSum=5.737;DP=2387;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.6027;InbreedingCoeff=0.0378;MQ=57.36;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.177;SB=-302.42;SZ=-3;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=7.5277;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GC:ENSG00000145321.8:-:deletionNFS:3/3:GC-006:ENST00000504199.1:1482_797_266_DL->L:GC-001:ENST00000273951.8:1425_740_247_DL->L:GC-004:ENST00000513476.1:1431_740_247_DL->L
chr4	72631170	.	T	TC	9.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1202;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GC:ENSG00000145321.8:-:insertionFS:3/3:GC-006:ENST00000504199.1:1482_509:GC-001:ENST00000273951.8:1425_452:GC-004:ENST00000513476.1:1431_452
chr4	73013184	.	A	AT	28.01	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1399;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.6860;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPFFR2:ENSG00000056291.13:+:insertionFS:3/4:NPFFR2-001:ENST00000308744.6:1569_1224:NPFFR2-002:ENST00000395999.1:1272_927:NPFFR2-003:ENST00000358749.3:1263_918
chr4	73149291	.	TG	T	4.43	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=664;BaseQRankSum=1.387;DP=1664;DS;FS=5.105;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.8179;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=70.07;MQ0=0;MQRankSum=1.915;QD=0.49;ReadPosRankSum=0.875;SB=-38.79;SZ=-1;TR=9;TU=GGT;VQSLOD=5.4100;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTS3:ENSG00000156140.4:-:deletionFS:1/1:ADAMTS3-001:ENST00000286657.4:3618_3180
chr4	73943247	.	TTGTC	T	38.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=518;DP=1206;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.8186;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD17:ENSG00000132466.11:-:spliceOverlap:5/6:ANKRD17-002:ENST00000330838.6:7059:ANKRD17-001:ENST00000358602.4:7812:ANKRD17-203:ENST00000426990.1:6033:ANKRD17-003:ENST00000509867.1:7473:ANKRD17-202:ENST00000426917.3:2463
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chr4	81124314	.	C	CG	50.68	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.1194;AN=134;DP=147;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=14;TU=CGG;VQSLOD=5.7628;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRDM8:ENSG00000152784.9:+:insertionFS:3/3:PRDM8-201:ENST00000339711.4:2070_1698:PRDM8-001:ENST00000415738.2:2070_1698:PRDM8-003:ENST00000504452.1:2070_1698
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chr4	83745799	.	A	AT	201.91	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0095;AN=316;DP=956;DS;HR=8;HRun=8;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=7.5558;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SEC31A:ENSG00000138674.12:-:insertionFS:15/16:SEC31A-007:ENST00000443462.2:3603_3260:SEC31A-004:ENST00000311785.7:3321_2978:SEC31A-002:ENST00000326950.5:3546_3203:SEC31A-201:ENST00000348405.4:3546_3203:SEC31A-003:ENST00000355196.2:3663_3320:SEC31A-202:ENST00000395310.2:3663_3320:SEC31A-203:ENST00000432794.1:3702_3359:SEC31A-001:ENST00000448323.1:3663_3320:SEC31A-013:ENST00000500777.2:3204_2861:SEC31A-012:ENST00000505472.1:3756_3413:SEC31A-010:ENST00000505984.1:3501_3158:SEC31A-005:ENST00000508502.1:3618_3275:SEC31A-204:ENST00000509142.1:3321_2978:SEC31A-009:ENST00000513858.1:3204_2861:SEC31A-011:ENST00000264405.5:2910_2567
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chr4	83791519	.	T	TA	19.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1208;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5781;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEC31A:ENSG00000138674.12:-:insertionFS:16/16:SEC31A-007:ENST00000443462.2:3603_826:SEC31A-004:ENST00000311785.7:3321_841:SEC31A-002:ENST00000326950.5:3546_841:SEC31A-201:ENST00000348405.4:3546_841:SEC31A-003:ENST00000355196.2:3663_841:SEC31A-202:ENST00000395310.2:3663_841:SEC31A-203:ENST00000432794.1:3702_841:SEC31A-001:ENST00000448323.1:3663_841:SEC31A-013:ENST00000500777.2:3204_841:SEC31A-012:ENST00000505472.1:3756_841:SEC31A-010:ENST00000505984.1:3501_841:SEC31A-005:ENST00000508502.1:3618_841:SEC31A-204:ENST00000509142.1:3321_841:SEC31A-009:ENST00000513858.1:3204_841:SEC31A-011:ENST00000264405.5:2910_157:SEC31A-008:ENST00000508479.1:2634_841
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chr4	84200163	.	TAG	T	13.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1557;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8017;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COQ2:ENSG00000173085.9:-:deletionFS:3/3:COQ2-001:ENST00000311469.4:1266_508:COQ2-201:ENST00000439031.2:1155_397:COQ2-003:ENST00000311461.7:987_358
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chr4	88411518	.	CATAGGTCTGA	C	633.82	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0065;AN=310;DP=939;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-10;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0329;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPARCL1:ENSG00000152583.7:-:deletionFS:4/4:SPARCL1-001:ENST00000282470.6:1995_1438:SPARCL1-201:ENST00000418378.1:1995_1438:SPARCL1-202:ENST00000438050.2:1620_1063:SPARCL1-005:ENST00000503414.1:1620_1063
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chr4	88535845	.	CAGCAGT	C	832.92	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0103;AN=484;DP=2237;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=12;TU=AGCAGT;VQSLOD=5.6970;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DSPP:ENSG00000152591.8:+:deletionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_2031_677_SSS->S:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_2031_677_SSS->S
chr4	88536316	.	TAGC	T	12917.58	PASS	AA=.;AC=167;AF=0.07789;AN=2144;BaseQRankSum=18.363;DP=9176;DS;FS=5.648;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=36.4296;InbreedingCoeff=0.0247;MQ=55.51;MQ0=9;MQRankSum=-6.013;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.836;SB=-6161.59;SZ=.;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=6.2261;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DSPP:ENSG00000152591.8:+:deletionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_2502_834_DS->D:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_2502_834_DS->D
chr4	88536457	.	T	TAGCAGTGAC,TAGTAGTGAC	196775.97	PASS	AA=0;AC=40,1173;AF=0.02002,0.58709;AN=1998;BaseQRankSum=-40.531;DP=7296;DS;FS=29.630;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=48.9687;InbreedingCoeff=0.1077;MQ=51.12;MQ0=164;MQRankSum=-19.794;QD=54.24;ReadPosRankSum=-2.681;SB=-111400.45;SZ=9;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.9709;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DSPP:ENSG00000152591.8:+:insertionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_2643_881_D->DSSD:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_2643_881_D->DSSD,2:DSPP:ENSG00000152591.8:+:insertionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_2643_881_D->DSSD:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_2643_881_D->DSSD
chr4	88536580	.	TAGC	T	249.84	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=568;DP=2437;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.5952;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DSPP:ENSG00000152591.8:+:deletionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_2766_922_DS->D:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_2766_922_DS->D
chr4	88537384	.	TGACAGCAGC	T	932	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0133;AN=452;DP=1523;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=.;TR=20;TU=ACAGCAGCG;VQSLOD=5.2097;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DSPP:ENSG00000152591.8:+:deletionNFS:2/2:DSPP-001:ENST00000282478.7:3906_3570_1190_SDSS->S:DSPP-201:ENST00000399271.1:3906_3570_1190_SDSS->S
chr4	88584048	.	GTT	G	16.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;DP=1798;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5794;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMP1:ENSG00000152592.9:+:deletionFS:2/2:DMP1-002:ENST00000282479.7:1494_1070:DMP1-001:ENST00000339673.6:1542_1118
chr4	88766193	.	T	TATC	60.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=964;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=7.0396;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MEPE:ENSG00000152595.10:+:insertionNFS:5/7:MEPE-201:ENST00000361056.3:1578_173_58_L->LS:MEPE-001:ENST00000395102.4:1671_266_89_L->LS:MEPE-002:ENST00000424957.3:1578_173_58_L->LS:MEPE-202:ENST00000535138.1:828_173_58_L->LS:MEPE-003:ENST00000497649.2:1506_101_34_L->LS
chr4	88929173	.	CGAG	C	120.77	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0218;AN=550;BaseQRankSum=2.559;DP=841;FS=2.763;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.6081;InbreedingCoeff=0.1147;MQ=63.64;MQ0=1;MQRankSum=0.813;QD=2.95;ReadPosRankSum=0.738;SB=-104.01;SZ=.;TR=19;TU=AGG;VQSLOD=7.3663;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PKD2:ENSG00000118762.3:+:deletionNFS:1/3:PKD2-001:ENST00000237596.2:2907_288_96_AE->A
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chr4	106588843	.	CAAG	C	113.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1414;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.6770;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARHGEF38:ENSG00000236699.3:+:deletionNFS:1/2:ARHGEF38-001:ENST00000420470.2:2334_2131_711_QE->Q
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chr4	107092300	.	CG	C	4.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=803;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;QD=0.63;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.7745;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBCK:ENSG00000145348.11:-:deletionFS:5/5:TBCK-001:ENST00000273980.4:2682_2187:TBCK-002:ENST00000361687.4:2493_1998:TBCK-003:ENST00000394706.3:2565_2070:TBCK-201:ENST00000394708.2:2682_2187:TBCK-006:ENST00000432496.2:2682_2187
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chr4	110791654	.	CCTT	C	444.53	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0074;AN=674;DP=1904;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CT;VQSLOD=8.2062;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LRIT3:ENSG00000183423.6:+:deletionNFS:3/3:LRIT3-002:ENST00000379920.2:1905_1614_538_LL->L:LRIT3-001:ENST00000327908.3:1491_1200_400_LL->L:LRIT3-201:ENST00000409621.2:1491_1200_400_LL->L
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chr4	110932389	rs11569144	G	GC	8440.31	PASS	AA=0;AC=112;AF=0.2258;AN=496;BaseQRankSum=-10.229;DB;DP=1244;DS;FS=3.796;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.6615;InbreedingCoeff=0.0843;MQ=57.27;MQ0=0;MQRankSum=2.286;QD=19.27;ReadPosRankSum=-0.964;SB=-3667.84;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.5059;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EGF:ENSG00000138798.7:+:insertionFS:3/3:EGF-001:ENST00000265171.5:3624_3402:EGF-003:ENST00000503392.1:3501_3279:EGF-002:ENST00000509793.1:3498_3276
chr4	110932392	.	C	CA	1434.23	PASS	AA=0;AC=82;AF=0.1633;AN=502;BaseQRankSum=20.338;DP=1256;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.8768;InbreedingCoeff=0.0624;MQ=57.54;MQ0=0;MQRankSum=4.302;QD=3.98;ReadPosRankSum=0.692;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.8692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EGF:ENSG00000138798.7:+:insertionFS:3/3:EGF-001:ENST00000265171.5:3624_3405:EGF-003:ENST00000503392.1:3501_3282:EGF-002:ENST00000509793.1:3498_3279
chr4	111398102	.	AC	A	72.10	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0037;AN=534;BaseQRankSum=1.726;DP=1115;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=11.6299;InbreedingCoeff=-0.0030;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=1.454;QD=4.51;ReadPosRankSum=-0.786;SB=-59.68;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.0671;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ENPEP:ENSG00000138792.5:+:deletionFS:1/1:ENPEP-001:ENST00000265162.5:2874_532
chr4	113153274	.	C	CCAA	73.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=296;DP=492;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5137;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP1AR:ENSG00000138660.7:+:insertionNFS:2/2:AP1AR-001:ENST00000274000.5:909_27_9_C->CQ:AP1AR-002:ENST00000309703.6:810_27_9_C->CQ
chr4	113199088	.	T	TC	11.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;DP=1313;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4608;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TIFA:ENSG00000145365.8:-:insertionFS:2/3:TIFA-001:ENST00000361717.2:555_485:TIFA-002:ENST00000500655.2:555_485
chr4	113351694	.	G	GA	15.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1358;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.7752;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALPK1:ENSG00000073331.12:+:insertionFS:3/4:ALPK1-201:ENST00000177648.9:3735_991:ALPK1-001:ENST00000458497.1:3735_991:ALPK1-203:ENST00000504176.2:3501_757
chr4	113352331	.	AT	A	43.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=698;DP=1958;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8106;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALPK1:ENSG00000073331.12:+:deletionFS:3/4:ALPK1-201:ENST00000177648.9:3735_1628:ALPK1-001:ENST00000458497.1:3735_1628:ALPK1-203:ENST00000504176.2:3501_1394
chr4	113353522	.	GTTC	G	4108.34	PASS	AA=0;AC=44;AF=0.02165;AN=2032;BaseQRankSum=12.914;DP=5513;DS;FS=0.779;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.6626;InbreedingCoeff=0.0933;MQ=65.57;MQ0=0;MQRankSum=-2.942;QD=21.74;ReadPosRankSum=0.556;SB=-1988.74;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=8.2640;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALPK1:ENSG00000073331.12:+:deletionNFS:3/4:ALPK1-201:ENST00000177648.9:3735_2819_940_GS->G:ALPK1-001:ENST00000458497.1:3735_2819_940_GS->G:ALPK1-203:ENST00000504176.2:3501_2585_862_GS->G
chr4	113353696	.	A	AT	59.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1446;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.2686;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALPK1:ENSG00000073331.12:+:insertionFS:3/4:ALPK1-201:ENST00000177648.9:3735_2993:ALPK1-001:ENST00000458497.1:3735_2993:ALPK1-203:ENST00000504176.2:3501_2759
chr4	113360939	.	CAG	C	579.51	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0162;AN=494;BaseQRankSum=4.274;DP=1080;DS;FS=0.863;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.1137;InbreedingCoeff=-0.0561;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=0.343;QD=15.25;ReadPosRankSum=2.723;SB=-320.02;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALPK1:ENSG00000073331.12:+:deletionFS:3/4:ALPK1-201:ENST00000177648.9:3735_3449:ALPK1-001:ENST00000458497.1:3735_3449:ALPK1-203:ENST00000504176.2:3501_3215
chr4	113524736	.	AG	A	129.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1364;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.4370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf21:ENSG00000138658.11:-:deletionFS:2/3:C4orf21-003:ENST00000505019.1:6315_2920:C4orf21-001:ENST00000309071.5:3189_2920
chr4	113574311	.	ACTC	A	195.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1389;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-92.16;SZ=-3;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.4966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LARP7:ENSG00000174720.11:+:deletionNFS:3/3:LARP7-002:ENST00000509061.1:1770_1516_506_TP->T:LARP7-001:ENST00000324052.6:1749_1495_499_TP->T:LARP7-201:ENST00000344442.5:1749_1495_499_TP->T
chr4	113578482	.	GA	G,GAA	173.22	PASS	AA=.;AC=45,67;AF=0.03045,0.04533;AN=1478;BaseQRankSum=1.632;DP=2947;DS;FS=7.568;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=10.2492;InbreedingCoeff=0.2119;MQ=66.93;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.147;SB=-352.64;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.8778;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LARP7:ENSG00000174720.11:+:deletionFS:3/3:LARP7-002:ENST00000509061.1:1770_1769:LARP7-001:ENST00000324052.6:1749_1748:LARP7-201:ENST00000344442.5:1749_1748,2:LARP7:ENSG00000174720.11:+:endOverlap:3/3:LARP7-002:ENST00000509061.1:1770:LARP7-001:ENST00000324052.6:1749:LARP7-201:ENST00000344442.5:1749
chr4	114278374	.	CCA	C	7.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=1129;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.1726;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANK2:ENSG00000145362.11:+:deletionFS:2/8:ANK2-026:ENST00000264366.6:11775_8501:ANK2-001:ENST00000357077.4:11874_8600
chr4	114899635	.	T	TG	9.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1296;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4714;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARSJ:ENSG00000180801.10:-:insertionFS:2/3:ARSJ-201:ENST00000541197.1:1791_356:ARSJ-001:ENST00000315366.7:1800_356
chr4	115769427	.	C	CT	7.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1054;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SB=1.18;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.8682;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NDST4:ENSG00000138653.5:-:insertionFS:1/1:NDST4-001:ENST00000264363.2:2619_1884
chr4	118005617	.	TA	T	4.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=2.294;DP=1579;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.4377;InbreedingCoeff=0.0639;MQ=71.11;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.071;SB=-31.17;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1511;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TRAM1L1:ENSG00000174599.4:-:deletionFS:1/1:TRAM1L1-001:ENST00000310754.4:1110_933
chr4	119203249	.	C	CT	20.38	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=416;DP=1157;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.0909;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS12:ENSG00000164099.3:-:insertionFS:1/1:PRSS12-001:ENST00000296498.3:2628_2470
chr4	119754738	.	T	TG	12.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1310;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6383;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEC24D:ENSG00000150961.10:-:insertionFS:2/5:SEC24D-001:ENST00000280551.6:3099_114:SEC24D-201:ENST00000379735.5:3102_114
chr4	119947960	.	CA	C	257.17	PASS	AA=0;AC=139;AF=0.1576;AN=882;BaseQRankSum=35.063;DP=1972;FS=3.067;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=23.1812;InbreedingCoeff=0.3747;MQ=69.58;MQ0=0;MQRankSum=-11.978;QD=0.60;ReadPosRankSum=7.010;SB=-482.76;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.7069;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SYNPO2:ENSG00000172403.6:+:deletionFS:3/4:SYNPO2-001:ENST00000307142.4:3786_436:SYNPO2-002:ENST00000434046.2:3330_436:SYNPO2-003:ENST00000429713.2:3282_436
chr4	119947961	rs111228039	AAAG	A	33030.96	PASS	AA=0;AC=710;AF=0.34634;AN=2050;BaseQRankSum=32.420;DB;DP=4616;FS=8.835;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.3708;InbreedingCoeff=0.1054;MQ=80.95;MQ0=1;MQRankSum=-11.297;QD=24.14;ReadPosRankSum=3.487;SB=-15029.73;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.5678;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYNPO2:ENSG00000172403.6:+:deletionNFS:3/4:SYNPO2-001:ENST00000307142.4:3786_437_146_QR->Q:SYNPO2-002:ENST00000434046.2:3330_437_146_QR->Q:SYNPO2-003:ENST00000429713.2:3282_437_146_QR->Q
chr4	120116602	.	GC	G	21.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=706;DP=1682;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.2023;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-455G16.1:ENSG00000178636.4:-:deletionFS:1/1:RP11-455G16.1-201:ENST00000326780.3:402_369
chr4	120116876	.	G	GA	53.96	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.01128;AN=1064;BaseQRankSum=-3.927;DP=2698;DS;FS=1.907;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=12.7479;InbreedingCoeff=0.1355;MQ=64.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.834;QD=0.79;ReadPosRankSum=0.694;SB=-135.38;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=6.6332;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-455G16.1:ENSG00000178636.4:-:insertionFS:1/1:RP11-455G16.1-201:ENST00000326780.3:402_237
chr4	120188611	.	A	AT	15.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1066;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.0550;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP53:ENSG00000145390.6:+:insertionFS:2/2:USP53-001:ENST00000274030.5:3222_1109:USP53-201:ENST00000450251.1:3222_1109
chr4	120325654	rs35329900	GC	G	15706.31	PASS	AA=0;AC=497;AF=0.29868;AN=1664;BaseQRankSum=25.695;DB;DP=3372;DS;FS=12.740;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=13.7773;InbreedingCoeff=0.1455;MQ=44.79;MQ0=511;MQRankSum=0.418;QD=13.44;ReadPosRankSum=2.071;SB=-5194.69;SZ=-1;TR=12;TU=CCCCTG;VQSLOD=7.5841;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC110373.1:ENSG00000229450.2:+:spliceOverlap:1/1:AC110373.1-201:ENST00000307499.5:405
chr4	120325844	.	AAAG	A	39.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=560;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.4157;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC110373.1:ENSG00000229450.2:+:deletionNFS:1/1:AC110373.1-201:ENST00000307499.5:405_348_116_PK->P
chr4	120325868	rs71595378	A	AC	8401.06	PASS	AA=0;AC=192;AF=0.10922;AN=1758;BaseQRankSum=-13.190;DB;DP=3452;DS;FS=6.257;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=9.7556;InbreedingCoeff=0.1600;MQ=53.73;MQ0=212;MQRankSum=0.225;QD=15.70;ReadPosRankSum=-0.313;SB=-3926.84;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=8.6951;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC110373.1:ENSG00000229450.2:+:insertionFS:1/1:AC110373.1-201:ENST00000307499.5:405_372
chr4	120325871	.	C	CA	316.53	PASS	AA=0;AC=100;AF=0.05525;AN=1810;BaseQRankSum=16.802;DP=3546;FS=3.846;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.5172;InbreedingCoeff=0.1077;MQ=55.04;MQ0=174;MQRankSum=-0.604;QD=1.39;ReadPosRankSum=1.704;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4159;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC110373.1:ENSG00000229450.2:+:insertionFS:1/1:AC110373.1-201:ENST00000307499.5:405_375
chr4	120423751	.	G	GA	18.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1119;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.2603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE5A:ENSG00000138735.11:-:insertionFS:3/3:PDE5A-001:ENST00000354960.3:2628_2391:PDE5A-002:ENST00000264805.5:2502_2265:PDE5A-201:ENST00000394439.1:2472_2235
chr4	120528330	.	CTG	C	23.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1263;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0488;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDE5A:ENSG00000138735.11:-:deletionFS:3/3:PDE5A-001:ENST00000354960.3:2628_275:PDE5A-002:ENST00000264805.5:2502_149:PDE5A-201:ENST00000394439.1:2472_119
chr4	122078299	.	CTCTCTGCCTGTCGTCCTT	C	2956.10	PASS	AA=0;AC=59;AF=0.03300;AN=1788;BaseQRankSum=12.838;DP=3214;FS=2.950;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=44.9704;InbreedingCoeff=0.1572;MQ=62.98;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=22.39;ReadPosRankSum=-1.365;SB=-1320.47;SZ=-18;TR=8;TU=CT;VQSLOD=5.0574;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TNIP3:ENSG00000050730.11:-:deletionNFS:4/4:TNIP3-003:ENST00000509841.1:1131_544_182_EDDRQRD->D:TNIP3-004:ENST00000507879.1:1110_523_175_EDDRQRD->D:TNIP3-001:ENST00000057513.3:978_313_105_EDDRQRD->D:TNIP3-201:ENST00000454328.1:978_313_105_EDDRQRD->D
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chr4	128590268	.	CTG	C	53.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=328;DP=985;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.0877;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INTU:ENSG00000164066.7:+:deletionFS:2/2:INTU-003:ENST00000335251.5:2829_1050:INTU-201:ENST00000296461.5:1227_1050
chr4	128807333	.	TCAA	T	170.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1043;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.7184;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLK4:ENSG00000142731.6:+:deletionNFS:5/5:PLK4-001:ENST00000270861.5:2913_808_270_ST->S:PLK4-005:ENST00000507249.1:2730_808_270_ST->S:PLK4-003:ENST00000513090.1:2817_712_238_ST->S:PLK4-004:ENST00000515069.1:2679_808_270_ST->S:PLK4-002:ENST00000514379.1:2790_685_229_ST->S
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chr4	128842776	.	TG	T	32.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=694;DP=1532;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.4230;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFSD8:ENSG00000164073.5:-:deletionFS:2/3:MFSD8-001:ENST00000296468.3:1557_1253:MFSD8-003:ENST00000513559.1:1422_1118
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chr4	129924994	.	A	AT	36.72	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0156;AN=320;DP=839;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=6.0396;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCLT1:ENSG00000151466.7:-:insertionFS:3/7:SCLT1-001:ENST00000281142.5:2067_328:SCLT1-201:ENST00000434680.1:924_328:SCLT1-005:ENST00000503215.1:855_259
chr4	134085049	.	CAG	C,CAAG	30.71	PASS	AA=.;AC=1,0;AF=0.0024,0.0000;AN=420;DP=879;HR=1;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.1252;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCDH10:ENSG00000138650.5:+:deletionFS:1/2:PCDH10-201:ENST00000394248.1:3120_3112,2:PCDH10:ENSG00000138650.5:+:insertionFS:1/2:PCDH10-201:ENST00000394248.1:3120_3112
chr4	139966017	.	CACA	C	155.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=1626;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=6.9251;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCRN4L:ENSG00000151014.4:+:deletionNFS:1/1:CCRN4L-001:ENST00000280614.2:1296_685_229_HN->H
chr4	139966467	.	A	AC	22.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1478;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SB=-3.89;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.1460;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCRN4L:ENSG00000151014.4:+:insertionFS:1/1:CCRN4L-001:ENST00000280614.2:1296_1135
chr4	140187980	.	TCGCCG	T	52.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;DP=746;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-5;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=4.8303;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf49:ENSG00000137463.4:-:deletionFS:1/1:C4orf49-001:ENST00000398955.1:723_496
chr4	140468150	.	A	AG	9.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1145;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=5.7865;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SETD7:ENSG00000145391.7:-:insertionFS:4/4:SETD7-004:ENST00000506866.1:1089_94:SETD7-001:ENST00000274031.3:1101_94:SETD7-002:ENST00000404104.3:408_94:SETD7-003:ENST00000406354.1:210_42
chr4	140651584	rs5862430	TCTGCTG	T,TCTG	43043.93	PASS	AA=2;AC=31,1504;AF=0.01815,0.88056;AN=1708;BaseQRankSum=-0.509;DB;DP=4138;DS;FS=3.898;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=26.2069;InbreedingCoeff=0.3862;MQ=63.83;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=19.06;ReadPosRankSum=2.974;SB=-17836.04;SZ=3;TR=28;TU=CTG;VQSLOD=9.5506;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionNFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_2317_773_ILA->A:MAML3-203:ENST00000538400.1:1338_238_80_ILA->A,2:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionNFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_2317_773_IL->L:MAML3-203:ENST00000538400.1:1338_238_80_IL->L
chr4	140810463	.	A	AAATGCACC	426.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1350;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=8;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4629;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:insertionFS:1/4:MAML3-202:ENST00000398940.1:831_711
chr4	140810638	.	GGCT	G,GGCTGCT	266.52	PASS	AA=.;AC=72,87;AF=0.05021,0.06067;AN=1434;BaseQRankSum=-1.520;DP=3197;DS;FS=11.243;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=21.5059;InbreedingCoeff=0.5077;MQ=64.61;MQ0=16;MQRankSum=-1.257;QD=0.75;ReadPosRankSum=-4.573;SB=-93.91;SZ=.;TR=25;TU=CTG;VQSLOD=8.3765;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionNFS:3/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1952_651_PP->P:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1484_495_PP->P:MAML3-202:ENST00000398940.1:831_536_179_PP->P,2:MAML3:ENSG00000196782.7:-:insertionNFS:3/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1952_651_P->QQP:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1484_495_P->QQP:MAML3-202:ENST00000398940.1:831_536_179_P->QQP
chr4	140811063	rs71855026	TTGCTGCTGCTGC	T,TTGCTGCTGC	6427.22	PASS	AA=.;AC=241,24;AF=0.7774,0.0774;AN=310;BaseQRankSum=2.583;DB;DP=877;DS;FS=0.000;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=39.4775;InbreedingCoeff=0.6480;MQ=76.41;MQ0=24;MQRankSum=-1.392;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.421;SB=-2091.85;SZ=.;TR=59;TU=CTG;VQSLOD=9.0651;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionNFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1527_509_QQHSN->N:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1059_353_QQHSN->N,1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:spliceOverlap:1/4:MAML3-202:ENST00000398940.1:831,2:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionNFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1527_509_QQ->Q:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1059_353_QQ->Q,2:MAML3:ENSG00000196782.7:-:spliceOverlap:1/4:MAML3-202:ENST00000398940.1:831
chr4	140811083	.	GCTGCTGCTGC	G,GTGCTGCTGC	4777.58	PASS	AA=.;AC=199,2;AF=0.12164,0.00122;AN=1636;BaseQRankSum=10.030;DP=2394;DS;FS=46.583;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=28.5244;InbreedingCoeff=0.1938;MQ=66.09;MQ0=153;MQRankSum=2.132;QD=10.41;ReadPosRankSum=6.753;SB=-1473.11;SZ=.;TR=59;TU=CTG;VQSLOD=5.2682;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1507:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1039,2:MAML3:ENSG00000196782.7:-:deletionFS:2/4:MAML3-001:ENST00000509479.1:3417_1507:MAML3-201:ENST00000327122.5:1629_1039
chr4	141313416	rs74491777	C	CAAG	752.96	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0165;AN=424;BaseQRankSum=-6.104;DB;DP=1065;FS=17.976;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.8852;InbreedingCoeff=0.0562;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.506;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-131.69;SZ=3;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.6604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLGN:ENSG00000153132.6:-:insertionNFS:5/5:CLGN-201:ENST00000325617.5:1833_1608_536_L->LL:CLGN-202:ENST00000414773.1:1833_1608_536_L->LL:CLGN-203:ENST00000458601.2:1218_993_331_L->LL:CLGN-001:ENST00000537281.1:1833_1608_536_L->LL:CLGN-204:ENST00000545667.1:1584_1359_453_L->LL
chr4	141320162	.	C	CT	172.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=947;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.5318;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLGN:ENSG00000153132.6:-:insertionFS:5/5:CLGN-201:ENST00000325617.5:1833_727:CLGN-202:ENST00000414773.1:1833_727:CLGN-203:ENST00000458601.2:1218_253:CLGN-001:ENST00000537281.1:1833_727:CLGN-204:ENST00000545667.1:1584_478
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chr4	144442738	.	T	TC	9.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1064;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8865;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SMARCA5:ENSG00000153147.4:+:insertionFS:3/3:SMARCA5-001:ENST00000283131.3:3159_409:SMARCA5-201:ENST00000535006.1:2988_238:SMARCA5-202:ENST00000536484.1:2988_238
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chr4	144797970	.	T	TA	10.85	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0047;AN=424;DP=1095;DS;HR=2;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4794;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GYPE:ENSG00000197465.8:-:insertionFS:2/3:GYPE-001:ENST00000358615.4:237_175:GYPE-003:ENST00000437468.2:237_175
chr4	146076838	.	GC	G	12.61	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1210;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.0204;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTUD4:ENSG00000164164.11:-:spliceOverlap:2/4:OTUD4-004:ENST00000447906.2:3345:OTUD4-001:ENST00000454497.2:3150
chr4	146077122	.	TCAG	T	33.17	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0060;AN=998;BaseQRankSum=4.518;DP=2787;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.9869;InbreedingCoeff=0.0541;MQ=65.81;MQ0=10;MQRankSum=1.199;QD=0.45;ReadPosRankSum=-0.055;SB=-100.53;SZ=.;TR=18;TU=AGC;VQSLOD=6.6017;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OTUD4:ENSG00000164164.11:-:deletionNFS:2/4:OTUD4-004:ENST00000447906.2:3345_656_219_DV->V:OTUD4-001:ENST00000454497.2:3150_461_154_DV->V
chr4	146601514	.	G	GA	395.13	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0167;AN=420;DP=1301;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=8.6150;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C4orf51:ENSG00000237136.2:+:insertionFS:1/1:C4orf51-201:ENST00000438731.1:609_159
chr4	146648065	.	C	CTA	390.57	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0096;AN=418;DP=1236;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8868;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf51:ENSG00000237136.2:+:insertionFS:1/1:C4orf51-201:ENST00000438731.1:609_310
chr4	146770536	.	C	CG	26.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1127;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=CT;VQSLOD=6.1015;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF827:ENSG00000151612.10:-:insertionFS:5/5:ZNF827-001:ENST00000508784.1:3246_2159:ZNF827-002:ENST00000513320.1:2196_1109:ZNF827-201:ENST00000281318.5:3243_2156:ZNF827-202:ENST00000440280.2:2193_1109:ZNF827-003:ENST00000379448.4:3234_2159
chr4	146823380	.	TGTG	T	10.97	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0070;AN=430;DP=803;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=.;TR=16;TU=GGT;VQSLOD=5.5735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF827:ENSG00000151612.10:-:deletionNFS:3/5:ZNF827-001:ENST00000508784.1:3246_1031_344_QS->S:ZNF827-201:ENST00000281318.5:3243_1028_343_QS->S:ZNF827-003:ENST00000379448.4:3234_1031_344_QS->S
chr4	146823400	.	TGGTGGAGGTGGC	T	86.16	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0024;AN=850;BaseQRankSum=0.937;DP=1375;FS=3.496;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=29.1035;InbreedingCoeff=0.1337;MQ=74.56;MQ0=65;MQRankSum=-1.509;QD=10.77;ReadPosRankSum=-0.176;SB=-3.60;SZ=.;TR=26;TU=AGGTGGCGGTGG;VQSLOD=5.2257;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF827:ENSG00000151612.10:-:deletionNFS:3/5:ZNF827-001:ENST00000508784.1:3246_1011_337_PPPPP->P:ZNF827-201:ENST00000281318.5:3243_1008_336_PPPPP->P:ZNF827-003:ENST00000379448.4:3234_1011_337_PPPPP->P
chr4	147560457	rs5862765	TGGCGGCGGC	T,TGGCGGCGGCGGC	662.07	PASS	AA=.;AC=26,108;AF=0.1250,0.5192;AN=208;BaseQRankSum=0.974;DB;DP=228;FS=2.667;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=14.1622;InbreedingCoeff=0.6380;MQ=57.70;MQ0=8;MQRankSum=-0.866;QD=4.70;ReadPosRankSum=1.137;SB=-187.05;SZ=.;TR=35;TU=CGG;VQSLOD=10.0963;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:POU4F2:ENSG00000151615.3:+:deletionNFS:1/1:POU4F2-001:ENST00000281321.3:1230_165_55_GGGG->G,2:POU4F2:ENSG00000151615.3:+:insertionNFS:1/1:POU4F2-001:ENST00000281321.3:1230_165_55_G->GGGGG
chr4	147628309	.	T	TTTAAG	53.12	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=934;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.8926;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC29:ENSG00000137473.12:-:multiExonHit:3/4:TTC29-203:ENST00000398886.4:1506:TTC29-001:ENST00000513335.1:1506:TTC29-201:ENST00000325106.4:1428
chr4	148559763	.	TG	T	4.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;BaseQRankSum=1.720;DP=1427;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=10.4502;InbreedingCoeff=0.1179;MQ=71.73;MQ0=0;MQRankSum=0.849;QD=1.37;ReadPosRankSum=-0.069;SB=-32.59;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4538;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRMT10:ENSG00000164169.8:-:deletionFS:2/2:PRMT10-001:ENST00000322396.6:2538_2458:PRMT10-201:ENST00000541232.1:2199_2119
chr4	149002016	rs10708334	ATT	A,AT	36921.95	PASS	AA=.;AC=2,1198;AF=0.00103,0.61880;AN=1936;BaseQRankSum=25.206;DB;DP=3988;FS=11.900;HR=7;HU=T;HaplotypeScore=12.9698;InbreedingCoeff=0.2181;MQ=70.17;MQ0=9;MQRankSum=-2.575;QD=19.41;ReadPosRankSum=1.610;SB=-16762.85;SZ=.;TR=7;TU=T;VQSLOD=8.3394;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NR3C2:ENSG00000151623.9:-:deletionFS:1/7:NR3C2-202:ENST00000544252.1:1920_1809,2:NR3C2:ENSG00000151623.9:-:deletionFS:1/7:NR3C2-202:ENST00000544252.1:1920_1809
chr4	149075964	.	CGGGGGTGGGGGT	C,CGGGGTGGGGGT	425.34	PASS	AA=0;AC=2,3;AF=0.0073,0.0109;AN=274;DP=228;HR=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-12;TR=23;TU=GGGGGT;VQSLOD=9.0919;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NR3C2:ENSG00000151623.9:-:deletionNFS:4/7:NR3C2-001:ENST00000344721.4:2955_2103_701_PQSPE->E:NR3C2-201:ENST00000355292.3:2967_2115_705_PQSPE->E:NR3C2-003:ENST00000358102.3:2955_2103_701_PQSPE->E:NR3C2-009:ENST00000511528.1:2967_2115_705_PQSPE->E,2:NR3C2:ENSG00000151623.9:-:deletionFS:4/7:NR3C2-001:ENST00000344721.4:2955_2103:NR3C2-201:ENST00000355292.3:2967_2115:NR3C2-003:ENST00000358102.3:2955_2103:NR3C2-009:ENST00000511528.1:2967_2115
chr4	151114345	.	CAG	C	9.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1261;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.3416;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DCLK2:ENSG00000170390.10:+:deletionFS:3/3:DCLK2-001:ENST00000296550.7:2301_812:DCLK2-003:ENST00000302176.8:2352_812:DCLK2-004:ENST00000506325.1:2298_812
chr4	151789436	.	G	GT	13.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=1030;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8305;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRBA:ENSG00000198589.6:-:insertionFS:4/4:LRBA-002:ENST00000357115.3:8592_2471:LRBA-001:ENST00000510413.1:8556_2471:LRBA-201:ENST00000535741.1:8559_2471:LRBA-008:ENST00000507224.1:7728_2471
chr4	151842416	.	C	CA	15.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1280;DS;HR=1;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ACAG;VQSLOD=5.1668;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRBA:ENSG00000198589.6:-:insertionFS:4/4:LRBA-002:ENST00000357115.3:8592_579:LRBA-001:ENST00000510413.1:8556_579:LRBA-201:ENST00000535741.1:8559_579:LRBA-008:ENST00000507224.1:7728_579
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chr4	169292772	.	T	TG	7.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1020;HR=7;HRun=2;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=7;TU=T;VQSLOD=5.1494;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DDX60L:ENSG00000181381.9:-:insertionFS:2/3:DDX60L-201:ENST00000260184.7:5121_4919:DDX60L-001:ENST00000511577.1:5121_4919
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chr4	169369792	.	G	GA	13.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=942;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0023;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DDX60L:ENSG00000181381.9:-:insertionFS:3/3:DDX60L-201:ENST00000260184.7:5121_1135:DDX60L-001:ENST00000511577.1:5121_1135:DDX60L-002:ENST00000505890.1:3927_1135
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chr4	169799384	.	A	ACCG	307.26	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0698;AN=172;DP=190;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=8;TU=ACC;VQSLOD=6.0390;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PALLD:ENSG00000129116.13:+:insertionNFS:2/6:PALLD-202:ENST00000335742.7:3006_1329_443_P->PP:PALLD-005:ENST00000507735.1:2019_342_114_P->PP
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chr4	170398597	.	TG	T	14.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;DP=953;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;QD=2.87;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=5.4999;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEK1:ENSG00000137601.11:-:deletionFS:5/5:NEK1-001:ENST00000439128.2:3777_2107:NEK1-004:ENST00000507142.1:3861_2191:NEK1-002:ENST00000510533.1:3645_1975:NEK1-003:ENST00000511633.1:3729_2059:NEK1-005:ENST00000512193.1:3570_1900
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chr4	175688140	.	AG	A	7432.25	PASS	AA=0;AC=488;AF=0.26580;AN=1836;BaseQRankSum=33.398;DP=4291;DS;FS=7.401;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=23.3167;InbreedingCoeff=0.1857;MQ=65.27;MQ0=2;MQRankSum=3.435;QD=6.59;ReadPosRankSum=2.767;SB=-2800.34;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.2289;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:GLRA3:ENSG00000145451.8:-:deletionFS:2/2:GLRA3-001:ENST00000274093.3:1395_241:GLRA3-002:ENST00000340217.5:1350_241
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chr4	175898743	.	TTTA	T	2560.59	PASS	AA=0;AC=31;AF=0.02914;AN=1064;BaseQRankSum=10.410;DP=2775;DS;FS=3.987;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.5933;InbreedingCoeff=0.1140;MQ=75.88;MQ0=0;MQRankSum=-2.189;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.592;SB=-1227.06;SZ=-3;TR=11;TU=ATTTT;VQSLOD=8.3823;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAM29:ENSG00000168594.10:+:deletionNFS:4/4:ADAM29-201:ENST00000359240.3:2463_2067_689_IL->I:ADAM29-202:ENST00000404450.3:2463_2067_689_IL->I:ADAM29-001:ENST00000445694.1:2463_2067_689_IL->I:ADAM29-002:ENST00000514159.1:2463_2067_689_IL->I
chr4	176573066	.	T	TG	13.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1191;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2406;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPM6A:ENSG00000150625.12:-:insertionFS:4/4:GPM6A-001:ENST00000506894.1:804_427:GPM6A-003:ENST00000280187.7:837_460:GPM6A-002:ENST00000393658.2:837_460:GPM6A-004:ENST00000515090.1:816_439
chr4	177106009	rs28381989	TTCTC	T	12066.60	PASS	AA=0;AC=132;AF=0.09510;AN=1388;BaseQRankSum=20.994;DB;DP=3406;DS;FS=5.680;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.9189;InbreedingCoeff=0.1791;MQ=67.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.978;QD=26.06;ReadPosRankSum=-0.706;SB=-5202.26;SZ=-4;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.6484;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SPATA4:ENSG00000150628.2:-:deletionFS:2/2:SPATA4-001:ENST00000280191.2:918_840:SPATA4-002:ENST00000515234.1:399_321
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chr4	177113985	.	GGA	G	23.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=676;DP=1402;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=2;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8322;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPATA4:ENSG00000150628.2:-:deletionFS:1/2:SPATA4-001:ENST00000280191.2:918_481
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chr4	183836646	.	A	AT	135.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1041;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.2792;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCTD:ENSG00000129187.10:-:insertionFS:2/2:DCTD-001:ENST00000357067.3:570_109:DCTD-002:ENST00000438320.2:537_76
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chr4	184577071	.	C	CT	6.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1086;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.1651;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RWDD4:ENSG00000182552.10:-:insertionFS:2/4:RWDD4-001:ENST00000326397.5:567_68:RWDD4-201:ENST00000327570.9:564_68
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chr4	184628077	.	T	TC	6.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1352;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.4501;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C4orf41:ENSG00000168538.10:+:insertionFS:3/4:C4orf41-001:ENST00000334690.6:3402_3173:C4orf41-201:ENST00000357207.4:3261_3173:C4orf41-004:ENST00000512476.1:2220_1991
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chr4	185615691	rs56823761	ACAGATGAAG	A	15521.43	PASS	AA=0;AC=102;AF=0.1266;AN=806;BaseQRankSum=21.472;DB;DP=2426;DS;FS=2.978;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=45.9673;InbreedingCoeff=0.1124;MQ=61.04;MQ0=1;MQRankSum=-11.974;QD=29.91;ReadPosRankSum=0.376;SB=-7091.45;SZ=-9;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.1103;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC111:ENSG00000164306.6:+:deletionNFS:4/4:CCDC111-001:ENST00000314970.6:1683_1441_481_TDEA->T:CCDC111-005:ENST00000503752.1:1683_1441_481_TDEA->T:CCDC111-002:ENST00000512834.1:1680_1438_480_TDEA->T:CCDC111-003:ENST00000515774.1:1296_1054_352_TDEA->T
chr4	185615701	.	C	CT	31.11	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0125;AN=480;DP=1350;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.1986;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC111:ENSG00000164306.6:+:insertionFS:4/4:CCDC111-001:ENST00000314970.6:1683_1451:CCDC111-005:ENST00000503752.1:1683_1451:CCDC111-002:ENST00000512834.1:1680_1448:CCDC111-003:ENST00000515774.1:1296_1064
chr4	186111971	rs71921691	CCTT	C	184.17	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0094;AN=318;DB;DP=1007;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=9.1023;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIAA1430:ENSG00000164323.8:-:deletionNFS:3/3:KIAA1430-001:ENST00000458385.2:1599_380_127_GE->E:KIAA1430-002:ENST00000296775.6:1362_380_127_GE->E:KIAA1430-201:ENST00000514798.1:1362_380_127_GE->E
chr4	186320910	.	TG	T	67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=896;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.3918;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD37:ENSG00000186352.4:+:deletionFS:1/1:ANKRD37-001:ENST00000335174.4:477_459
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chr4	186336915	.	G	GT	7.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1115;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3568;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UFSP2:ENSG00000109775.6:-:insertionFS:1/1:UFSP2-001:ENST00000264689.6:1410_440
chr4	186366177	rs35715260	TG	T	743.38	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0083;AN=962;BaseQRankSum=5.117;DB;DP=2378;DS;FS=5.963;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.6773;InbreedingCoeff=0.0609;MQ=63.20;MQ0=1;MQRankSum=2.740;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.195;SB=-408.11;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=8.6269;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C4orf47:ENSG00000205129.4:+:deletionFS:1/1:C4orf47-001:ENST00000378850.4:930_774
chr4	186379943	.	T	TC	19.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1018;FS=0.000;HR=6;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.9403;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC110:ENSG00000168491.5:-:insertionFS:3/3:CCDC110-001:ENST00000307588.3:2502_1798:CCDC110-002:ENST00000393540.3:2391_1687:CCDC110-003:ENST00000510617.1:2511_1798
chr4	186380555	.	CTT	C	18.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=1023;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=9;TU=CTTT;VQSLOD=5.4185;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC110:ENSG00000168491.5:-:deletionFS:3/3:CCDC110-001:ENST00000307588.3:2502_1186:CCDC110-002:ENST00000393540.3:2391_1075:CCDC110-003:ENST00000510617.1:2511_1186
chr4	186435460	.	AT	A	7.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1268;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.5732;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDLIM3:ENSG00000154553.8:-:deletionFS:2/3:PDLIM3-001:ENST00000284770.4:1095_362:PDLIM3-201:ENST00000284767.5:570_550
chr4	186533018	rs3833628	GTTC	G	60.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DB;DP=1197;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=6.3327;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SORBS2:ENSG00000154556.13:-:deletionNFS:9/9:SORBS2-003:ENST00000355634.5:3603_3300_1100_NT->T:SORBS2-006:ENST00000393528.3:2001_1698_566_NT->T:SORBS2-203:ENST00000448662.2:1986_1683_561_NT->T:SORBS2-008:ENST00000319471.9:2196_1893_631_NT->T:SORBS2-007:ENST00000449407.2:1935_1632_544_NT->T:SORBS2-009:ENST00000437304.2:2475_2172_724_NT->T:SORBS2-001:ENST00000284776.7:3303_3000_1000_NT->T:SORBS2-202:ENST00000431808.1:3303_3000_1000_NT->T:SORBS2-201:ENST00000418609.1:3015_2712_904_NT->T
chr4	186578599	.	T	TC	9.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=1225;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7683;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SORBS2:ENSG00000154556.13:-:insertionFS:8/9:SORBS2-003:ENST00000355634.5:3603_546:SORBS2-006:ENST00000393528.3:2001_384:SORBS2-203:ENST00000448662.2:1986_453:SORBS2-008:ENST00000319471.9:2196_504:SORBS2-007:ENST00000449407.2:1935_504:SORBS2-009:ENST00000437304.2:2475_783:SORBS2-001:ENST00000284776.7:3303_246:SORBS2-202:ENST00000431808.1:3303_246
chr4	186998121	.	T	TA	48.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1392;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.4024;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TLR3:ENSG00000164342.6:+:insertionFS:2/3:TLR3-201:ENST00000542020.1:2610_348:TLR3-001:ENST00000296795.2:2715_348
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chr4	187153438	.	G	GA	8.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1248;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.3389;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLKB1:ENSG00000164344.10:+:insertionFS:3/3:KLKB1-001:ENST00000264690.6:1917_216:KLKB1-007:ENST00000513864.1:1659_216:KLKB1-201:ENST00000418715.2:1545_102
chr4	187158050	.	G	GT	451.58	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0142;AN=424;DP=1116;HR=7;HRun=7;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=T;VQSLOD=8.3147;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KLKB1:ENSG00000164344.10:+:insertionFS:3/3:KLKB1-001:ENST00000264690.6:1917_444:KLKB1-007:ENST00000513864.1:1659_444:KLKB1-201:ENST00000418715.2:1545_330
chr4	187455279	.	CAGA	C	31.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1433;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.5638;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTNR1A:ENSG00000168412.5:-:deletionNFS:1/1:MTNR1A-001:ENST00000307161.5:1053_617_206_CY->Y
chr4	187519247	.	CTA	C	154.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=939;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.4338;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAT1:ENSG00000083857.8:-:deletionFS:2/2:FAT1-201:ENST00000260147.5:13773_12142:FAT1-001:ENST00000441802.2:13767_12136
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chr4	187628477	.	C	CT	4.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;BaseQRankSum=0.621;DP=1390;DS;FS=2.266;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.8518;InbreedingCoeff=-0.0176;MQ=72.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=0.56;ReadPosRankSum=0.611;SB=-27.20;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.2293;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FAT1:ENSG00000083857.8:-:insertionFS:2/2:FAT1-201:ENST00000260147.5:13773_2505:FAT1-001:ENST00000441802.2:13767_2505
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chr5	602045	.	C	CT	8.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;DP=1169;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.0684;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC106772.1:ENSG00000246133.2:-:insertionFS:1/1:AC106772.1-201:ENST00000400810.4:618_432
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chr5	733919	.	CAT	C	139.10	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0111;AN=992;BaseQRankSum=7.708;DP=3259;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.9246;InbreedingCoeff=-0.0173;MQ=52.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.596;QD=2.63;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-192.05;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.7815;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZDHHC11B:ENSG00000206077.6:-:deletionFS:2/2:ZDHHC11B-001:ENST00000508859.2:1149_1004:ZDHHC11B-201:ENST00000382776.4:1116_971
chr5	795984	rs35267903	GAA	G	7755.81	PASS	AA=.;AC=169;AF=0.08244;AN=2050;BaseQRankSum=10.100;DB;DP=5984;DS;FS=11.846;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=60.5788;InbreedingCoeff=-0.2044;MQ=48.35;MQ0=3;MQRankSum=-3.916;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.152;SB=-3070.37;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.7596;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC026740.1:ENSG00000215247.3:-:deletionFS:1/1:AC026740.1-201:ENST00000436502.1:648_538
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chr5	1038587	rs3840988	G	GCCCCCAC	1246.52	PASS	AA=.;AC=69;AF=0.06150;AN=1122;BaseQRankSum=-2.911;DB;DP=2396;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=27.2552;InbreedingCoeff=0.1944;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-3.109;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.982;SB=-470.59;SZ=.;TR=15;TU=ACCCCCC;VQSLOD=7.1966;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NKD2:ENSG00000145506.9:+:insertionFS:1/4:NKD2-201:ENST00000382730.2:507_373
chr5	1225686	.	AC	A,ATC	22973.77	PASS	AA=0;AC=81,1106;AF=0.04576,0.62486;AN=1770;BaseQRankSum=19.233;DP=4035;DS;FS=19.985;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=35.4184;InbreedingCoeff=0.3733;MQ=63.99;MQ0=0;MQRankSum=-4.912;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.155;SB=-8618.47;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3849;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SLC6A18:ENSG00000164363.8:+:deletionFS:2/2:SLC6A18-001:ENST00000324642.3:1887_94:SLC6A18-201:ENST00000296821.4:1194_94,2:SLC6A18:ENSG00000164363.8:+:insertionFS:2/2:SLC6A18-001:ENST00000324642.3:1887_94:SLC6A18-201:ENST00000296821.4:1194_94
chr5	1244801	.	C	CCTG	643.01	PASS	AA=1;AC=7;AF=0.0073;AN=960;BaseQRankSum=-6.651;DP=2324;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.3083;InbreedingCoeff=-0.0061;MQ=55.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=16.24;ReadPosRankSum=-1.220;SB=-200.74;SZ=-3;TR=9;TU=CTG;VQSLOD=7.2964;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC6A18:ENSG00000164363.8:+:insertionNFS:1/2:SLC6A18-001:ENST00000324642.3:1887_1575_525_P->PL
chr5	1364099	.	TGAAA	T	402.59	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0094;AN=424;DP=1255;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=9;TU=AAAG;VQSLOD=7.3743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-325I22.2:ENSG00000250584.2:-:deletionFS:2/2:RP11-325I22.2-001:ENST00000504989.1:342_63:RP11-325I22.2-003:ENST00000523692.1:342_63
chr5	1879668	.	CCCT	C	23.02	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0113;AN=530;DP=1111;HR=6;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-3;TR=13;TU=CCT;VQSLOD=5.9746;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IRX4:ENSG00000113430.5:-:deletionNFS:3/3:IRX4-001:ENST00000231357.2:1560_686_229_GG->G:IRX4-004:ENST00000505790.1:1560_686_229_GG->G:IRX4-003:ENST00000513692.1:1560_686_229_GG->G
chr5	3599381	.	GC	G	4.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=588;BaseQRankSum=2.024;DP=1124;FS=1.790;HR=2;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=11.1606;InbreedingCoeff=0.0776;MQ=66.19;MQ0=0;MQRankSum=-3.409;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.015;SB=-38.33;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4277;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IRX1:ENSG00000170549.3:+:deletionFS:1/1:IRX1-001:ENST00000302006.3:1443_319
chr5	5463320	.	TAAC	T	26.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=530;DP=1314;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=6.1901;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0947:ENSG00000164151.7:+:deletionNFS:1/1:KIAA0947-001:ENST00000296564.7:6801_3873_1291_NN->N
chr5	6755012	.	AAC	A	18.63	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0137;AN=584;BaseQRankSum=3.302;DP=1522;FS=1.176;HR=6;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.4622;InbreedingCoeff=0.1995;MQ=70.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.077;QD=0.44;ReadPosRankSum=1.377;SZ=-2;TR=14;TU=AC;VQSLOD=6.5262;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PAPD7:ENSG00000112941.8:+:deletionFS:1/1:PAPD7-001:ENST00000230859.6:1629_1583
chr5	7706931	.	T	TG	18.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1383;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.9211;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADCY2:ENSG00000078295.10:+:insertionFS:3/4:ADCY2-001:ENST00000338316.4:3276_1184:ADCY2-203:ENST00000541993.1:2775_737:ADCY2-202:ENST00000537121.1:2736_644
chr5	7867477	.	TATA	T	680.48	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0081;AN=986;BaseQRankSum=6.677;DP=2374;DS;FS=1.800;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.2988;InbreedingCoeff=0.0980;MQ=65.31;MQ0=1;MQRankSum=-1.185;QD=18.39;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-338.87;SZ=-3;TR=4;TU=AT;VQSLOD=8.3735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FASTKD3:ENSG00000124279.7:-:deletionNFS:1/1:FASTKD3-001:ENST00000264669.5:1989_720_240_IN->N
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chr5	7886759	.	ATGT	A	147.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00189;AN=1056;BaseQRankSum=3.136;DP=2375;DS;FS=11.319;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.6690;InbreedingCoeff=0.0708;MQ=75.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.868;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.239;SB=-6.89;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.1073;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTRR:ENSG00000124275.10:+:deletionNFS:2/3:MTRR-001:ENST00000264668.2:2178_1170_390_GC->G:MTRR-009:ENST00000440940.2:2097_1089_363_GC->G
chr5	7896974	.	TAGAG	T,TAAGAG	137.14	PASS	AA=.;AC=3,2;AF=0.0030,0.0020;AN=988;BaseQRankSum=-0.977;DP=2238;DS;FS=0.000;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=22.7366;InbreedingCoeff=0.1687;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.278;SB=-86.08;SZ=.;TR=7;TU=AG;VQSLOD=6.5776;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MTRR:ENSG00000124275.10:+:spliceOverlap:2/3:MTRR-001:ENST00000264668.2:2178:MTRR-009:ENST00000440940.2:2097,2:MTRR:ENSG00000124275.10:+:spliceOverlap:2/3:MTRR-001:ENST00000264668.2:2178:MTRR-009:ENST00000440940.2:2097
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chr5	35910524	.	A	AC	6.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;DP=1297;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.8445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPSL:ENSG00000152611.7:-:insertionFS:3/3:CAPSL-001:ENST00000397366.1:627_259:CAPSL-201:ENST00000397367.2:627_259:CAPSL-003:ENST00000514524.1:543_259
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chr5	38821045	.	CTT	C	81.50	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0047;AN=422;BaseQRankSum=1.294;DP=1265;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=27.2230;InbreedingCoeff=-0.0037;MQ=51.47;MQ0=0;MQRankSum=2.167;QD=8.15;ReadPosRankSum=1.243;SZ=.;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.9890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:deletionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_494,1:AC091435.2:ENSG00000205785.4:+:deletionFS:1/1:AC091435.2-201:ENST00000431698.1:519_275
chr5	38821129	.	AAT	A	809.75	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.0361;AN=416;BaseQRankSum=9.027;DP=1194;DS;FS=2.106;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.6120;InbreedingCoeff=0.0566;MQ=49.31;MQ0=3;MQRankSum=-0.641;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.641;SB=-468.24;SZ=.;TR=5;TU=AT;VQSLOD=6.5131;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:deletionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_410,1:AC091435.2:ENSG00000205785.4:+:deletionFS:1/1:AC091435.2-201:ENST00000431698.1:519_359
chr5	38821149	.	TG	T	2351.72	PASS	AA=.;AC=53;AF=0.03691;AN=1436;BaseQRankSum=7.001;DP=4585;DS;FS=3.300;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=21.8765;InbreedingCoeff=-0.0979;MQ=49.05;MQ0=10;MQRankSum=-3.037;QD=7.10;ReadPosRankSum=0.922;SB=-1376.01;SZ=.;TR=11;TU=ATGC;VQSLOD=7.0740;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:deletionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_390,1:AC091435.2:ENSG00000205785.4:+:deletionFS:1/1:AC091435.2-201:ENST00000431698.1:519_379
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chr5	38821228	.	CAT	C	266.36	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0075;AN=800;BaseQRankSum=2.037;DP=1935;DS;FS=1.070;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=31.8211;InbreedingCoeff=0.0424;MQ=48.72;MQ0=28;MQRankSum=0.435;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.498;SB=-145.09;SZ=.;TR=6;TU=AT;VQSLOD=6.7893;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:deletionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_311
chr5	38821324	.	AAT	A	149.81	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0583;AN=206;DP=291;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=5;TU=AT;VQSLOD=4.8741;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:deletionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_215
chr5	38821398	.	C	CAT	17.84	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0066;AN=302;DP=696;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.0655;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091435.1:ENSG00000205783.4:-:insertionFS:1/1:AC091435.1-201:ENST00000381778.3:711_141
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chr5	41176606	.	TG	T	59.55	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=408;DP=1086;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SB=1.52;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.3591;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6:ENSG00000039537.9:-:deletionFS:2/2:C6-001:ENST00000263413.3:2805_1139:C6-002:ENST00000337836.5:2805_1139
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chr5	54618191	.	T	TAATAATGGA	371.93	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0034;AN=596;DP=1226;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=9;TR=7;TU=AAT;VQSLOD=6.6586;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SKIV2L2:ENSG00000039123.11:+:insertionNFS:1/2:SKIV2L2-001:ENST00000230640.5:3129_171_57_T->TNNG
chr5	54636004	.	A	AC	7.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=1017;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8786;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SKIV2L2:ENSG00000039123.11:+:insertionFS:2/2:SKIV2L2-001:ENST00000230640.5:3129_682:SKIV2L2-201:ENST00000545714.1:2826_379
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chr5	77396835	.	TTTC	T	1499.46	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0284;AN=634;BaseQRankSum=9.250;DP=1319;DS;FS=9.716;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.5444;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=92.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.685;QD=17.04;ReadPosRankSum=2.676;SB=-600.81;SZ=-3;TR=13;TU=CTTTT;VQSLOD=7.6422;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP3B1:ENSG00000132842.8:-:deletionNFS:2/4:AP3B1-001:ENST00000255194.6:3285_2412_804_KT->T:AP3B1-002:ENST00000519295.1:3138_2265_755_KT->T
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chr5	79950741	rs3045983	GCCCCCAGCT	G	2903.06	PASS	AA=.;AC=148;AF=0.2418;AN=612;BaseQRankSum=10.341;DB;DP=562;FS=13.520;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.8756;InbreedingCoeff=0.2352;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.808;QD=19.62;ReadPosRankSum=1.490;SB=-1495.87;SZ=.;TR=22;TU=AGCGCCCCC;VQSLOD=8.2776;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MSH3:ENSG00000113318.8:+:deletionNFS:2/2:MSH3-001:ENST00000265081.6:3414_195_65_APPA->A:MSH3-201:ENST00000535995.1:3387_168_56_APPA->A
chr5	79952301	.	A	AC	13.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1404;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=18;TU=AAAGAAAGT;VQSLOD=4.8045;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MSH3:ENSG00000113318.8:+:insertionFS:2/2:MSH3-001:ENST00000265081.6:3414_309:MSH3-201:ENST00000535995.1:3387_282
chr5	79952322	.	AAGT	A	37.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=1442;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=5.2065;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MSH3:ENSG00000113318.8:+:deletionNFS:2/2:MSH3-001:ENST00000265081.6:3414_330_110_GS->G:MSH3-201:ENST00000535995.1:3387_303_101_GS->G
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chr5	86697557	.	TTC	T	45.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=996;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=10;TU=CTGTT;VQSLOD=5.7284;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCNH:ENSG00000134480.9:-:deletionFS:3/3:CCNH-001:ENST00000256897.4:972_722:CCNH-002:ENST00000504878.1:750_500:CCNH-003:ENST00000508855.1:768_500
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chr5	87485872	.	A	AAGGACATC	4846.99	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0229;AN=918;BaseQRankSum=-7.731;DP=2512;DS;FS=10.641;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=37.0411;InbreedingCoeff=-0.0111;MQ=52.75;MQ0=52;MQRankSum=-7.613;QD=49.97;ReadPosRankSum=1.271;SB=-1720.91;SZ=8;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.5986;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM161B:ENSG00000164180.8:-:insertionFS:1/7:TMEM161B-006:ENST00000514135.1:1509_1506
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chr5	89703539	.	C	CT	7.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=955;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.0420;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CETN3:ENSG00000153140.4:-:insertionFS:5/5:CETN3-001:ENST00000283122.3:504_130:CETN3-002:ENST00000522083.1:576_130:CETN3-003:ENST00000522864.1:462_130:CETN3-004:ENST00000522565.1:471_130:CETN3-005:ENST00000522842.1:336_130
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chr5	89953863	.	T	TA	12.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1145;DS;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.1779;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:insertionFS:3/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_4520:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_4520:GPR98-202:ENST00000399043.4:6921_4520
chr5	89970041	.	T	TC	11.26	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=426;DP=1190;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=6.1295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:insertionFS:3/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_5100:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_5100:GPR98-202:ENST00000399043.4:6921_5100
chr5	89992872	.	CG	C	4.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;BaseQRankSum=2.280;DP=1225;DS;FS=1.962;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.4172;InbreedingCoeff=0.0360;MQ=74.24;MQ0=0;MQRankSum=1.892;QD=0.87;ReadPosRankSum=-1.959;SB=-41.99;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8138;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:deletionFS:2/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_8064:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_8064
chr5	90012289	.	AT	A	4.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=334;BaseQRankSum=1.704;DP=920;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.9949;InbreedingCoeff=0.1550;MQ=64.50;MQ0=0;MQRankSum=0.032;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.972;SB=-28.50;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=6.0572;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:deletionFS:2/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_9190:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_9190
chr5	90020983	.	AAG	A	63.63	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=508;DP=942;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=10;TU=AAAG;VQSLOD=5.9711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:deletionFS:2/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_9987:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_9987
chr5	90151569	.	ACAGT	A	81.39	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1552;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=AGTC;VQSLOD=5.2966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR98:ENSG00000164199.10:+:deletionFS:3/4:GPR98-001:ENST00000405460.2:18921_17606:GPR98-201:ENST00000296619.6:18921_17606:GPR98-004:ENST00000425867.2:5904_4589
chr5	93732116	.	G	GA	76.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1207;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ACAG;VQSLOD=6.4661;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIAA0825:ENSG00000185261.8:-:insertionFS:2/4:KIAA0825-202:ENST00000427991.2:3828_2986:KIAA0825-001:ENST00000513200.2:3828_2986
chr5	93798199	.	CA	C	96.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=994;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.5005;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0825:ENSG00000185261.8:-:deletionFS:3/4:KIAA0825-202:ENST00000427991.2:3828_2139:KIAA0825-001:ENST00000513200.2:3828_2139:KIAA0825-201:ENST00000312498.7:2817_2139
chr5	93990420	.	T	TA	4.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;BaseQRankSum=1.243;DP=894;FS=1.940;HR=6;HRun=6;HU=A;HaplotypeScore=10.5579;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=0.90;ReadPosRankSum=0.809;SB=-42.14;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.3908;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD32:ENSG00000133302.8:+:insertionFS:1/1:ANKRD32-001:ENST00000265140.5:3177_1118
chr5	94727179	.	CA	C	1269.23	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0413;AN=436;DP=1215;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=A;VQSLOD=8.3213;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM81B:ENSG00000153347.5:+:deletionFS:1/1:FAM81B-001:ENST00000283357.5:1359_86
chr5	94728564	.	GC	G	76.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=1035;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.1063;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM81B:ENSG00000153347.5:+:deletionFS:1/1:FAM81B-001:ENST00000283357.5:1359_191
chr5	94772571	.	A	AC	187.75	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00364;AN=1374;BaseQRankSum=3.809;DP=3291;FS=0.000;HR=5;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=19.5718;InbreedingCoeff=0.0265;MQ=66.17;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.319;SB=-151.80;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.1920;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM81B:ENSG00000153347.5:+:insertionFS:1/1:FAM81B-001:ENST00000283357.5:1359_854
chr5	94772576	.	G	GA	281.20	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00368;AN=1360;BaseQRankSum=1.907;DP=3294;DS;FS=1.038;HR=5;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=18.4393;InbreedingCoeff=0.0590;MQ=66.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.165;SB=-226.39;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.1787;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM81B:ENSG00000153347.5:+:insertionFS:1/1:FAM81B-001:ENST00000283357.5:1359_859
chr5	94834210	.	C	CT	23	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=500;DP=1201;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=6.4432;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC37:ENSG00000198677.6:-:insertionFS:1/1:TTC37-001:ENST00000358746.2:4695_3427
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chr5	98195784	.	T	TA	66.55	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=498;DP=1002;DS;HR=7;HRun=7;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=A;VQSLOD=7.3838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHD1:ENSG00000153922.5:-:insertionFS:1/3:CHD1-201:ENST00000422663.2:903_186
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chr5	108294957	.	CA	C	4.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;BaseQRankSum=1.142;DP=815;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=11.7773;InbreedingCoeff=0.2029;MQ=61.02;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=1.00;ReadPosRankSum=-1.409;SB=-29.64;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.1555;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FER:ENSG00000151422.8:+:deletionFS:2/3:FER-001:ENST00000281092.4:2469_1565:FER-201:ENST00000438717.2:1944_1040
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chr5	109963486	.	T	TA	5.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=906;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.7415;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM232:ENSG00000186952.10:-:insertionFS:2/2:TMEM232-001:ENST00000455884.2:1974_597:TMEM232-201:ENST00000429839.2:1521_597
chr5	110097160	.	C	CTTA	117.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1766;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.4669;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A46:ENSG00000164209.11:+:insertionNFS:7/7:SLC25A46-201:ENST00000509442.2:984_662_221_A->AY:SLC25A46-001:ENST00000355943.3:1257_935_312_A->AY:SLC25A46-004:ENST00000447245.2:1014_692_231_A->AY:SLC25A46-011:ENST00000504098.1:819_497_166_A->AY:SLC25A46-202:ENST00000514046.1:819_497_166_A->AY:SLC25A46-002:ENST00000513807.1:771_449_150_A->AY:SLC25A46-005:ENST00000509432.1:618_296_99_A->AY
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chr5	111540176	.	GT	G	8.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=328;DP=871;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPB41L4A:ENSG00000129595.7:-:deletionFS:1/1:EPB41L4A-001:ENST00000261486.5:2061_1272
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chr5	113698635	.	G	GCCC	1971.32	PASS	AA=.;AC=222;AF=0.2606;AN=852;BaseQRankSum=2.254;DP=1084;FS=7.619;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.8243;InbreedingCoeff=0.1643;MQ=49.57;MQ0=0;MQRankSum=1.741;QD=10.89;ReadPosRankSum=6.277;SZ=.;TR=14;TU=CCG;VQSLOD=5.2468;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KCNN2:ENSG00000080709.9:+:insertionNFS:2/3:KCNN2-001:ENST00000264773.2:1740_163_55_A->AP:KCNN2-006:ENST00000512097.2:1326_163_55_A->AP
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chr5	113808913	.	G	GTGTT,GTT	1545.57	PASS	AA=0;AC=4,0;AF=0.0085,0.0000;AN=472;DP=1302;DS;HR=1;HU=T;MQ0=0;SZ=4;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.8384;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNN2:ENSG00000080709.9:+:insertionFS:1/3:KCNN2-006:ENST00000512097.2:1326_1306,2:KCNN2:ENSG00000080709.9:+:insertionFS:1/3:KCNN2-006:ENST00000512097.2:1326_1306
chr5	115202417	rs80118146	TAAGA	T	1194.14	PASS	AA=0;AC=69;AF=0.03460;AN=1994;BaseQRankSum=9.468;DB;DP=4580;DS;FS=13.524;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.3635;InbreedingCoeff=-0.0134;MQ=61.79;MQ0=142;MQRankSum=-7.329;QD=3.38;ReadPosRankSum=2.539;SB=-698.67;SZ=-4;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP3S1:ENSG00000177879.10:+:deletionFS:1/1:AP3S1-001:ENST00000316788.7:582_120
chr5	115320313	.	A	AC	20.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1642;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.6239;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC010282.1:ENSG00000172901.12:+:insertionFS:2/4:AC010282.1-001:ENST00000357872.4:2973_885:AC010282.1-201:ENST00000379578.3:2940_852
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chr5	115815843	.	G	GC	4.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;BaseQRankSum=-2.448;DP=1353;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.9728;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=1.420;QD=0.70;ReadPosRankSum=1.264;SB=-30.02;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4857;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEMA6A:ENSG00000092421.12:-:insertionFS:3/6:SEMA6A-002:ENST00000257414.8:3144_1225:SEMA6A-001:ENST00000343348.6:3093_1225:SEMA6A-003:ENST00000510263.1:3093_1225
chr5	118280298	.	GA	G	4.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;BaseQRankSum=0.028;DP=957;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.6902;InbreedingCoeff=0.0017;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=1.335;QD=1.49;ReadPosRankSum=0.125;SB=-26.79;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=4.8426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DTWD2:ENSG00000169570.4:-:deletionFS:3/3:DTWD2-001:ENST00000510708.1:897_265:DTWD2-002:ENST00000515439.2:609_265:DTWD2-004:ENST00000304058.4:699_67
chr5	118485546	.	G	GC	9.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1392;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.1841;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMXL1:ENSG00000172869.10:+:insertionFS:2/2:DMXL1-001:ENST00000311085.8:9084_4024:DMXL1-201:ENST00000539542.1:9147_4024
chr5	118506202	.	CCTT	C	115.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1244;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.3382;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMXL1:ENSG00000172869.10:+:deletionNFS:2/2:DMXL1-001:ENST00000311085.8:9084_5716_1906_PS->P:DMXL1-201:ENST00000539542.1:9147_5716_1906_PS->P
chr5	118506264	.	G	GA	9.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;BaseQRankSum=-2.448;DP=1355;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.8097;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMXL1:ENSG00000172869.10:+:insertionFS:2/2:DMXL1-001:ENST00000311085.8:9084_5778:DMXL1-201:ENST00000539542.1:9147_5778
chr5	118529594	.	CAAT	C	1011.18	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0108;AN=830;BaseQRankSum=8.128;DP=2400;DS;FS=1.353;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.5171;InbreedingCoeff=0.0142;MQ=70.17;MQ0=1;MQRankSum=-0.936;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.570;SB=-492.64;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.3523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMXL1:ENSG00000172869.10:+:deletionNFS:2/2:DMXL1-001:ENST00000311085.8:9084_7386_2462_DN->D:DMXL1-201:ENST00000539542.1:9147_7386_2462_DN->D
chr5	118529595	.	AATG	A	467.89	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.0186;AN=806;BaseQRankSum=8.947;DP=2374;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.8560;InbreedingCoeff=0.0728;MQ=70.50;MQ0=1;MQRankSum=-0.160;QD=4.82;ReadPosRankSum=-5.611;SB=-260.01;SZ=.;TR=18;TU=ATG;VQSLOD=4.9118;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DMXL1:ENSG00000172869.10:+:deletionNFS:2/2:DMXL1-001:ENST00000311085.8:9084_7387_2463_ND->N:DMXL1-201:ENST00000539542.1:9147_7387_2463_ND->N
chr5	118728666	.	C	CA,CT	22.10	PASS	AA=0;AC=0,1;AF=0.0000,0.0023;AN=430;DP=1211;DS;HR=4;HU=A;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.5059;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TNFAIP8:ENSG00000145779.6:+:insertionFS:5/6:TNFAIP8-006:ENST00000274456.6:567_157:TNFAIP8-007:ENST00000513374.1:633_223:TNFAIP8-004:ENST00000504642.1:603_193:TNFAIP8-002:ENST00000503646.1:597_187:TNFAIP8-001:ENST00000504771.1:597_187,2:TNFAIP8:ENSG00000145779.6:+:insertionFS:5/6:TNFAIP8-006:ENST00000274456.6:567_157:TNFAIP8-007:ENST00000513374.1:633_223:TNFAIP8-004:ENST00000504642.1:603_193:TNFAIP8-002:ENST00000503646.1:597_187:TNFAIP8-001:ENST00000504771.1:597_187
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chr5	121488635	rs77246849	AT	A	19234.54	PASS	AA=0;AC=333;AF=0.17254;AN=1930;BaseQRankSum=21.612;DB;DP=5244;DS;FS=1.863;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=16.2495;InbreedingCoeff=0.1852;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=3.477;QD=21.18;ReadPosRankSum=-1.120;SB=-9472.11;SZ=-1;TR=12;TU=AATTTG;VQSLOD=9.3025;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF474:ENSG00000164185.4:+:deletionFS:1/1:ZNF474-001:ENST00000296600.4:1095_950
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chr5	127712460	.	C	CG	19.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1353;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.8747;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBN2:ENSG00000138829.6:-:insertionFS:3/4:FBN2-201:ENST00000262464.4:8739_1936:FBN2-001:ENST00000508053.1:8739_1936:FBN2-005:ENST00000508989.1:4422_1837
chr5	128301890	.	GAAACT	G,GAACT	177.70	PASS	AA=0;AC=6,1;AF=0.00578,0.00096;AN=1038;BaseQRankSum=3.694;DP=2307;DS;FS=4.247;HR=3;HU=A;HaplotypeScore=25.1666;InbreedingCoeff=0.1572;MQ=78.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.951;QD=25.39;ReadPosRankSum=-0.540;SB=-62.26;SZ=-5;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.0299;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC27A6:ENSG00000113396.8:+:deletionFS:3/3:SLC27A6-001:ENST00000262462.4:1860_60:SLC27A6-003:ENST00000395266.1:1860_60:SLC27A6-004:ENST00000506176.1:1860_60,2:SLC27A6:ENSG00000113396.8:+:deletionFS:3/3:SLC27A6-001:ENST00000262462.4:1860_60:SLC27A6-003:ENST00000395266.1:1860_60:SLC27A6-004:ENST00000506176.1:1860_60
chr5	128430592	.	GC	G	18.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=330;DP=414;HR=4;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CGGG;VQSLOD=5.2139;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ISOC1:ENSG00000066583.6:+:deletionFS:1/1:ISOC1-001:ENST00000173527.5:897_133
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chr5	128797315	rs3980042	T	TCCCGGC	5295.41	PASS	AA=.;AC=112;AF=0.09349;AN=1198;BaseQRankSum=-8.401;DB;DP=1651;FS=4.271;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.5875;InbreedingCoeff=0.2445;MQ=57.01;MQ0=1;MQRankSum=-9.558;QD=37.82;ReadPosRankSum=1.251;SB=-240.69;SZ=.;TR=15;TU=CCCCGG;VQSLOD=8.1794;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ADAMTS19:ENSG00000145808.4:+:insertionNFS:1/1:ADAMTS19-001:ENST00000274487.4:3624_594_198_N->NPG
chr5	131007616	.	CATT	C	80.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=1077;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=ATC;VQSLOD=6.3483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FNIP1:ENSG00000217128.5:-:deletionNFS:4/6:FNIP1-004:ENST00000307954.8:3366_2386_796_DD->D:FNIP1-005:ENST00000307968.7:3417_2437_813_DD->D:FNIP1-003:ENST00000510461.1:3501_2521_841_DD->D:FNIP1-201:ENST00000544351.1:2757_1777_593_DD->D
chr5	131324250	rs3043838	C	CTG	78863.11	PASS	AA=0;AC=955;AF=0.52015;AN=1836;BaseQRankSum=-26.245;DB;DP=5133;DS;FS=2.255;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.7004;InbreedingCoeff=0.2205;MQ=64.96;MQ0=5;MQRankSum=1.426;QD=33.86;ReadPosRankSum=2.453;SB=-37189.86;SZ=2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=8.9512;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ACSL6:ENSG00000164398.8:-:insertionFS:2/12:ACSL6-204:ENST00000379272.2:2139_621:ACSL6-018:ENST00000431707.1:2034_516
chr5	131324253	.	T	TGC,TGG	32536.77	PASS	AA=0;AC=262,608;AF=0.14147,0.32829;AN=1852;BaseQRankSum=31.239;DP=5253;DS;FS=5.356;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=26.9561;InbreedingCoeff=0.5220;MQ=64.95;MQ0=5;MQRankSum=-1.211;QD=13.60;ReadPosRankSum=10.599;SB=-16053.43;SZ=2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.1478;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ACSL6:ENSG00000164398.8:-:insertionFS:2/12:ACSL6-204:ENST00000379272.2:2139_618:ACSL6-018:ENST00000431707.1:2034_513,2:ACSL6:ENSG00000164398.8:-:insertionFS:2/12:ACSL6-204:ENST00000379272.2:2139_618:ACSL6-018:ENST00000431707.1:2034_513
chr5	131324255	.	T	TGG	31748.85	PASS	AA=0;AC=857;AF=0.46576;AN=1840;BaseQRankSum=30.837;DP=5188;DS;FS=0.598;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=26.5592;InbreedingCoeff=0.0685;MQ=65.12;MQ0=5;MQRankSum=1.702;QD=13.40;ReadPosRankSum=9.103;SB=-15832.24;SZ=2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.5660;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACSL6:ENSG00000164398.8:-:insertionFS:2/12:ACSL6-204:ENST00000379272.2:2139_616:ACSL6-018:ENST00000431707.1:2034_511
chr5	131533957	.	T	TC	12.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=444;DP=1567;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=5.0323;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:P4HA2:ENSG00000072682.12:-:insertionFS:3/6:P4HA2-003:ENST00000166534.4:1608_1313:P4HA2-202:ENST00000379104.2:1608_1313:P4HA2-001:ENST00000401867.1:1608_1313
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chr5	131822311	.	TGGTCATCA	T	261.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1361;DS;FS=2.042;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-8;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.6329;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IRF1:ENSG00000125347.8:-:deletionFS:2/2:IRF1-001:ENST00000245414.4:978_482:IRF1-008:ENST00000405885.1:978_482
chr5	131877750	.	AAT	A	102.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1390;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.4331;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL5:ENSG00000113525.5:-:deletionFS:1/1:IL5-001:ENST00000231454.1:405_263
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chr5	132269900	.	T	TC	7.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1590;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5202;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AFF4:ENSG00000072364.8:-:insertionFS:2/2:AFF4-001:ENST00000265343.5:3492_857:AFF4-004:ENST00000378595.3:2703_857
chr5	133295235	.	AAAT	A	108.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1011;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=14;TU=AAAAAGC;VQSLOD=6.7654;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C5orf15:ENSG00000113583.5:-:deletionNFS:2/2:C5orf15-001:ENST00000231512.3:798_616_206_FA->A:C5orf15-201:ENST00000451255.2:498_316_106_FA->A
chr5	133450620	.	GGGGCGGCGC	G	141.63	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.019;AN=52;DP=54;HR=5;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=6.2248;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TCF7:ENSG00000081059.14:+:deletionNFS:6/11:TCF7-203:ENST00000361590.4:1485_23_8_GGGA->G:TCF7-002:ENST00000395029.1:1446_23_8_GGGA->G:TCF7-001:ENST00000342854.5:1155_23_8_GGGA->G:TCF7-202:ENST00000321603.6:1098_23_8_GGGA->G:TCF7-201:ENST00000321584.4:1155_23_8_GGGA->G:TCF7-204:ENST00000378564.1:1110_23_8_GGGA->G
chr5	133710078	.	CAA	C	16.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=704;DP=1442;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3505;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBE2B:ENSG00000119048.3:+:deletionFS:1/1:UBE2B-001:ENST00000265339.2:459_49
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chr5	133996993	.	T	TC	9.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;BaseQRankSum=-2.448;DP=1372;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2003;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SEC24A:ENSG00000113615.8:+:insertionFS:2/2:SEC24A-001:ENST00000398844.2:3282_282:SEC24A-002:ENST00000322887.4:1842_282
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chr5	137902680	rs41295719	G	GGTAACTCACCTCTCTCT	1674.33	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0086;AN=700;BaseQRankSum=-5.258;DB;DP=1767;DS;FS=13.722;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=57.6798;InbreedingCoeff=0.1231;MQ=72.74;MQ0=0;MQRankSum=-4.249;QD=47.84;ReadPosRankSum=0.485;SB=-219.30;SZ=17;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.7647;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HSPA9:ENSG00000113013.7:-:spliceOverlap:3/3:HSPA9-001:ENST00000297185.3:2040:HSPA9-201:ENST00000540484.1:1998:HSPA9-202:ENST00000541333.1:1899
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chr5	140181306	.	CTGAA	C	1702.56	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.01194;AN=1508;BaseQRankSum=8.933;DP=3663;DS;FS=0.599;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.6808;InbreedingCoeff=0.1338;MQ=80.24;MQ0=1;MQRankSum=-0.555;QD=21.28;ReadPosRankSum=4.209;SB=-936.34;SZ=-4;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.1831;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PCDHA3:ENSG00000255408.2:+:deletionFS:2/2:PCDHA3-001:ENST00000522353.2:2853_524:PCDHA3-201:ENST00000532566.2:2475_524
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chr5	140201759	.	CAG	C	23.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;DP=1312;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0271;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDHA5:ENSG00000204965.4:+:deletionFS:3/3:PCDHA5-002:ENST00000529619.1:2673_399:PCDHA5-001:ENST00000529859.1:2811_399:PCDHA5-201:ENST00000378126.3:2451_399
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chr5	140230508	.	AT	A,ATT	83.42	PASS	AA=.;AC=0,14;AF=0.0000,0.0324;AN=432;DP=842;DS;HR=8;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=T;VQSLOD=7.0442;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PCDHA9:ENSG00000204961.5:+:deletionFS:1/2:PCDHA9-201:ENST00000378122.3:2529_2428,2:PCDHA9:ENSG00000204961.5:+:insertionFS:1/2:PCDHA9-201:ENST00000378122.3:2529_2428
chr5	140237620	.	ACTGTG	A	117.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=624;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-5;TR=14;TU=ACGGCC;VQSLOD=5.9221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDHA10:ENSG00000250120.2:+:deletionFS:1/2:PCDHA10-002:ENST00000307360.5:2847_1987
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chr5	140242453	.	CA	C	12909.21	PASS	AA=1;AC=1100;AF=0.58635;AN=1876;BaseQRankSum=36.697;DP=4524;DS;FS=1.569;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=28.2903;InbreedingCoeff=0.2559;MQ=65.53;MQ0=1;MQRankSum=1.565;QD=6.18;ReadPosRankSum=5.105;SB=-6006.77;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0590;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC005609.17:ENSG00000249034.1:-:deletionFS:1/1:AC005609.17-001:ENST00000502505.1:579_523
chr5	140255810	.	GT	G	52.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1324;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.4399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDHA12:ENSG00000251664.2:+:deletionFS:1/1:PCDHA12-001:ENST00000398631.2:2826_753
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chr5	141024690	.	AAGTC	A	238.81	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0060;AN=666;DP=1474;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.7793;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCHSD1:ENSG00000197948.5:-:deletionFS:3/4:FCHSD1-001:ENST00000435817.2:2073_1337:FCHSD1-005:ENST00000522783.1:1797_1115:FCHSD1-003:ENST00000522126.1:1230_1109
chr5	141033714	.	ACCCCCGTGCCTG	A,ACCCCGTGCCTG	861.57	PASS	AA=0;AC=4,3;AF=0.0044,0.0033;AN=904;BaseQRankSum=4.100;DP=1563;DS;FS=2.787;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=31.6856;InbreedingCoeff=0.1318;MQ=66.73;MQ0=1;MQRankSum=-4.376;QD=50.68;ReadPosRankSum=1.678;SB=-452.53;SZ=-12;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.8150;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARAP3:ENSG00000120318.10:-:deletionNFS:3/4:ARAP3-001:ENST00000239440.4:4635_4438_1480_SLEEQ->Q:ARAP3-002:ENST00000508305.1:4128_3931_1311_SLEEQ->Q:ARAP3-004:ENST00000513878.1:3582_3385_1129_SLEEQ->Q,2:ARAP3:ENSG00000120318.10:-:deletionFS:3/4:ARAP3-001:ENST00000239440.4:4635_4438:ARAP3-002:ENST00000508305.1:4128_3931:ARAP3-004:ENST00000513878.1:3582_3385
chr5	141243132	.	CGGGCTTTGG	C	118.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=971;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-9;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDH1:ENSG00000156453.9:-:deletionNFS:4/5:PCDH1-002:ENST00000287008.3:3714_2764_922_VKPV->V:PCDH1-001:ENST00000394536.3:3183_2764_922_VKPV->V:PCDH1-201:ENST00000456271.1:3147_2728_910_VKPV->V:PCDH1-202:ENST00000536585.1:3117_2698_900_VKPV->V
chr5	141243607	.	TC	T	18.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=410;DP=1307;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1770;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDH1:ENSG00000156453.9:-:deletionFS:4/5:PCDH1-002:ENST00000287008.3:3714_2289:PCDH1-001:ENST00000394536.3:3183_2289:PCDH1-201:ENST00000456271.1:3147_2253:PCDH1-202:ENST00000536585.1:3117_2223
chr5	141324955	rs5871792	C	CCTGCTG,CCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTG	26392.83	PASS	AA=.;AC=111,355,136;AF=0.08009,0.25613,0.09812;AN=1386;BaseQRankSum=-9.764;DB;DP=2923;DS;FS=15.715;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=32.3355;InbreedingCoeff=0.6815;MQ=57.85;MQ0=0;MQRankSum=-5.556;QD=27.18;ReadPosRankSum=1.262;SB=-1966.16;SZ=.;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=8.6972;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCDH12:ENSG00000113555.4:-:insertionNFS:1/1:PCDH12-001:ENST00000231484.3:3555_3546_1182_R->SSR,2:PCDH12:ENSG00000113555.4:-:insertionNFS:1/1:PCDH12-001:ENST00000231484.3:3555_3546_1182_R->SSSR,3:PCDH12:ENSG00000113555.4:-:insertionNFS:1/1:PCDH12-001:ENST00000231484.3:3555_3546_1182_R->SSSSR
chr5	141335181	.	CCTT	C	95.03	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0073;AN=412;DP=1108;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.9148;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDH12:ENSG00000113555.4:-:deletionNFS:1/1:PCDH12-001:ENST00000231484.3:3555_2236_746_DN->N
chr5	141511399	.	A	AG	11.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1182;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8195;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDFIP1:ENSG00000131507.7:+:insertionFS:2/2:NDFIP1-201:ENST00000313129.4:462_90:NDFIP1-001:ENST00000253814.3:666_90
chr5	141532826	rs11437340	A	AT	9997.11	PASS	AA=0;AC=260;AF=0.14100;AN=1844;BaseQRankSum=-18.582;DB;DP=4352;DS;FS=3.487;HR=7;HRun=7;HU=T;HaplotypeScore=12.6351;InbreedingCoeff=0.0835;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=2.515;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.197;SB=-4676.65;SZ=1;TR=7;TU=T;VQSLOD=9.0994;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDFIP1:ENSG00000131507.7:+:insertionFS:1/2:NDFIP1-201:ENST00000313129.4:462_250
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chr5	145493804	.	T	TC	13.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=1181;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.2607;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LARS:ENSG00000133706.12:-:insertionFS:5/7:LARS-201:ENST00000274562.9:3450_3315:LARS-001:ENST00000394434.2:3531_3396:LARS-205:ENST00000545646.1:3393_3258:LARS-002:ENST00000510191.1:3369_3234:LARS-204:ENST00000540713.1:1458_1323
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chr5	145647319	.	TA	T,TAA	225.19	PASS	AA=0;AC=20,42;AF=0.01359,0.02853;AN=1472;BaseQRankSum=1.035;DP=3072;DS;FS=0.000;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=9.8809;InbreedingCoeff=0.1774;MQ=70.80;MQ0=0;MQRankSum=3.177;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.402;SB=-327.04;SZ=-1;TR=9;TU=A;VQSLOD=6.8066;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RBM27:ENSG00000091009.6:+:deletionFS:1/1:RBM27-001:ENST00000265271.5:3183_2439,2:RBM27:ENSG00000091009.6:+:insertionFS:1/1:RBM27-001:ENST00000265271.5:3183_2439
chr5	145664189	.	C	CA	10.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=900;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1668;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM27:ENSG00000091009.6:+:insertionFS:1/1:RBM27-001:ENST00000265271.5:3183_2993
chr5	145838635	.	TCAGGCCCAGGCC	T,TGCAGGCCCAGGCC	603.65	PASS	AA=.;AC=97,2;AF=0.06745,0.00139;AN=1438;BaseQRankSum=4.306;DP=1868;FS=27.173;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=26.0800;InbreedingCoeff=0.3766;MQ=61.09;MQ0=9;MQRankSum=-2.211;QD=5.39;ReadPosRankSum=3.600;SB=-282.84;SZ=.;TR=38;TU=AGGCCC;VQSLOD=6.0577;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TCERG1:ENSG00000113649.6:+:deletionNFS:2/2:TCERG1-001:ENST00000296702.5:3297_627_209_AQAQA->A:TCERG1-007:ENST00000394421.2:3234_627_209_AQAQA->A,2:TCERG1:ENSG00000113649.6:+:insertionFS:2/2:TCERG1-001:ENST00000296702.5:3297_627:TCERG1-007:ENST00000394421.2:3234_627
chr5	145858200	.	GGAATT	G	55.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1167;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-5;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.2110;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCERG1:ENSG00000113649.6:+:deletionFS:2/2:TCERG1-001:ENST00000296702.5:3297_1746:TCERG1-007:ENST00000394421.2:3234_1683
chr5	145878183	.	G	GT	7.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1271;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5605;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TCERG1:ENSG00000113649.6:+:insertionFS:2/2:TCERG1-001:ENST00000296702.5:3297_2316:TCERG1-007:ENST00000394421.2:3234_2253
chr5	147011062	.	GTC	G	41.45	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0117;AN=682;DP=1336;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-2;TR=12;TU=CT;VQSLOD=5.8496;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:JAKMIP2:ENSG00000176049.10:-:deletionFS:4/4:JAKMIP2-003:ENST00000333010.6:2337_1663:JAKMIP2-002:ENST00000507386.1:2400_1726:JAKMIP2-201:ENST00000539401.1:2367_1726:JAKMIP2-001:ENST00000265272.5:2433_1789
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chr5	153414358	.	TC	T	87.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1125;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6142;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM114A2:ENSG00000055147.11:-:deletionFS:5/7:FAM114A2-001:ENST00000351797.4:1518_156:FAM114A2-203:ENST00000442256.2:1386_156:FAM114A2-006:ENST00000520667.1:1518_156:FAM114A2-005:ENST00000522858.1:1518_156:FAM114A2-201:ENST00000433795.1:750_156
chr5	154179578	.	TC	T	9.07	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1523;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3766;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LARP1:ENSG00000155506.12:+:deletionFS:1/1:LARP1-001:ENST00000336314.4:3060_1461
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chr5	156184725	.	GAGA	G	1019.40	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0267;AN=450;DP=1120;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.9418;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SGCD:ENSG00000170624.8:+:deletionNFS:2/4:SGCD-201:ENST00000447401.1:771_709_237_EK->E:SGCD-003:ENST00000517913.1:771_709_237_EK->E
chr5	156378744	.	CTTG	C	10.20	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0056;AN=536;BaseQRankSum=2.546;DP=1478;DS;FS=1.801;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.5747;InbreedingCoeff=0.0939;MQ=67.98;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=0.93;ReadPosRankSum=1.618;SB=-22.49;SZ=-3;TR=14;TU=GTT;VQSLOD=6.0331;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TIMD4:ENSG00000145850.4:-:deletionNFS:2/3:TIMD4-001:ENST00000274532.2:1137_458_153_SP->P:TIMD4-002:ENST00000407087.3:1053_458_153_SP->P
chr5	156479443	rs45439103	CTTG	C	28114.19	PASS	AA=0;AC=479;AF=0.23366;AN=2050;BaseQRankSum=8.645;DB;DP=7308;DS;FS=11.007;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=42.6060;InbreedingCoeff=0.1301;MQ=63.35;MQ0=1;MQRankSum=-9.654;QD=16.77;ReadPosRankSum=2.610;SB=-10680.78;SZ=-3;TR=12;TU=GTT;VQSLOD=7.0043;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HAVCR1:ENSG00000113249.8:-:deletionNFS:5/5:HAVCR1-201:ENST00000425854.1:1206_602_201_SV->V:HAVCR1-002:ENST00000522693.1:1206_602_201_SV->V:HAVCR1-003:ENST00000339252.3:1095_602_201_SV->V:HAVCR1-202:ENST00000523175.1:1095_602_201_SV->V:HAVCR1-001:ENST00000544197.1:1095_602_201_SV->V
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chr5	156565868	.	T	TC	9.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;BaseQRankSum=-2.448;DP=1369;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=6.0041;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED7:ENSG00000155868.7:-:insertionFS:2/2:MED7-201:ENST00000286317.5:702_575:MED7-001:ENST00000420343.1:702_575
chr5	156589630	.	G	GT	5.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=528;DP=1451;DS;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.5295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM71B:ENSG00000170613.4:-:insertionFS:1/1:FAM71B-001:ENST00000302938.4:1818_1646
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chr5	156752556	.	T	TG	7.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1248;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8847;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CYFIP2:ENSG00000055163.13:+:insertionFS:8/9:CYFIP2-201:ENST00000318218.6:3837_1967:CYFIP2-202:ENST00000347377.6:3762_1892:CYFIP2-203:ENST00000377576.3:3762_1892:CYFIP2-204:ENST00000398252.4:3354_1484:CYFIP2-001:ENST00000521420.1:3684_1814:CYFIP2-007:ENST00000522463.1:3174_1304:CYFIP2-207:ENST00000541131.1:3537_1667:CYFIP2-205:ENST00000435847.2:2859_989
chr5	156788598	.	CA	C	4.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;BaseQRankSum=1.586;DP=904;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.1025;InbreedingCoeff=0.0321;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.314;SB=-28.42;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2869;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYFIP2:ENSG00000055163.13:+:deletionFS:8/9:CYFIP2-201:ENST00000318218.6:3837_3106:CYFIP2-202:ENST00000347377.6:3762_3031:CYFIP2-203:ENST00000377576.3:3762_3031:CYFIP2-204:ENST00000398252.4:3354_2623:CYFIP2-001:ENST00000521420.1:3684_2953:CYFIP2-007:ENST00000522463.1:3174_2443:CYFIP2-207:ENST00000541131.1:3537_2806:CYFIP2-205:ENST00000435847.2:2859_2128
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chr5	156890236	.	A	AT	17.05	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1338;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SB=-6.47;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NIPAL4:ENSG00000172548.10:+:insertionFS:2/2:NIPAL4-001:ENST00000311946.7:1401_358:NIPAL4-002:ENST00000435489.2:1344_358
chr5	156915296	.	CG	C,CGG	34.21	PASS	AA=0;AC=0,2;AF=0.0000,0.0050;AN=404;DP=1090;DS;HR=6;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.9734;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ADAM19:ENSG00000135074.11:-:deletionFS:4/4:ADAM19-001:ENST00000257527.4:2757_2527:ADAM19-201:ENST00000394020.1:2763_2533:ADAM19-003:ENST00000517905.1:2868_2527:ADAM19-202:ENST00000430702.2:1917_1726,2:ADAM19:ENSG00000135074.11:-:insertionFS:4/4:ADAM19-001:ENST00000257527.4:2757_2527:ADAM19-201:ENST00000394020.1:2763_2533:ADAM19-003:ENST00000517905.1:2868_2527:ADAM19-202:ENST00000430702.2:1917_1726
chr5	156923994	.	ATC	A	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;BaseQRankSum=0.933;DP=1544;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.4469;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=70.00;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=0.48;ReadPosRankSum=-1.385;SB=-30.31;SZ=-2;TR=9;TU=ATCC;VQSLOD=5.3346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAM19:ENSG00000135074.11:-:deletionFS:4/4:ADAM19-001:ENST00000257527.4:2757_1502:ADAM19-201:ENST00000394020.1:2763_1508:ADAM19-003:ENST00000517905.1:2868_1502:ADAM19-202:ENST00000430702.2:1917_701
chr5	157065242	.	A	AG	6.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1393;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5092;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SOX30:ENSG00000039600.6:-:insertionFS:2/3:SOX30-004:ENST00000519442.1:1347_961:SOX30-001:ENST00000265007.6:2262_1876
chr5	157102127	.	GA	G	98.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1453;DS;HR=7;HRun=7;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=A;VQSLOD=7.7302;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C5orf52:ENSG00000187658.6:+:deletionFS:1/1:C5orf52-001:ENST00000409999.3:480_240
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chr5	158603749	.	A	AG	12.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=546;DP=1307;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;SZ=1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=5.7246;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF145:ENSG00000145860.5:-:insertionFS:8/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_602:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_563:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_560:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_596:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_554:RNF145-002:ENST00000424310.2:1992_512:RNF145-005:ENST00000519865.1:1992_512:RNF145-202:ENST00000535312.1:1992_512
chr5	158630629	rs76451527	GT	G,GTT,GTTTTTT	514.22	PASS	AA=.;AC=92,111,152;AF=0.05000,0.06033,0.08261;AN=1840;BaseQRankSum=9.725;DB;DP=4709;DS;FS=11.178;HR=11;HU=T;HaplotypeScore=29.8604;InbreedingCoeff=0.3434;MQ=64.94;MQ0=3;MQRankSum=-1.159;QD=0.34;ReadPosRankSum=-7.883;SB=-1205.87;SZ=.;TR=26;TU=CTTTTTTTTTTT;VQSLOD=5.5442;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RNF145:ENSG00000145860.5:-:deletionFS:5/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_87:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_48:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_45:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_81:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_39,2:RNF145:ENSG00000145860.5:-:insertionFS:5/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_87:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_48:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_45:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_81:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_39,3:RNF145:ENSG00000145860.5:-:insertionFS:5/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_87:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_48:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_45:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_81:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_39
chr5	158630641	rs74770414	CT	C,CTT	377.82	PASS	AA=.;AC=111,144;AF=0.06201,0.08045;AN=1790;BaseQRankSum=8.870;DB;DP=4220;DS;FS=28.226;HR=11;HU=T;HaplotypeScore=15.9236;InbreedingCoeff=0.2575;MQ=65.59;MQ0=4;MQRankSum=2.432;QD=0.39;ReadPosRankSum=-5.257;SB=-852.02;SZ=.;TR=26;TU=CTTTTTTTTTTT;VQSLOD=5.2766;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RNF145:ENSG00000145860.5:-:deletionFS:5/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_75:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_36:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_33:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_69:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_27,2:RNF145:ENSG00000145860.5:-:insertionFS:5/8:RNF145-003:ENST00000518802.1:2082_75:RNF145-006:ENST00000413445.2:2043_36:RNF145-201:ENST00000521606.1:2040_33:RNF145-001:ENST00000274542.2:2076_69:RNF145-004:ENST00000520638.1:2034_27
chr5	159707586	.	CGTT	C	34.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=991;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.5699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCNJL:ENSG00000135083.10:-:deletionNFS:5/5:CCNJL-201:ENST00000505287.2:501_361_121_VT->T:CCNJL-002:ENST00000257536.7:1164_226_76_VT->T:CCNJL-001:ENST00000393977.3:1308_226_76_VT->T:CCNJL-003:ENST00000519673.1:759_226_76_VT->T:CCNJL-202:ENST00000541762.1:756_223_75_VT->T
chr5	159820997	.	TA	T	170.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=999;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SB=-122.34;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.4620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C5orf54:ENSG00000221886.3:-:deletionFS:2/2:C5orf54-001:ENST00000408953.3:1785_1501:C5orf54-002:ENST00000523213.1:1785_1501
chr5	159831522	.	TTTC	T	480.39	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0097;AN=828;BaseQRankSum=5.536;DP=2525;DS;FS=0.941;HR=5;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.8813;InbreedingCoeff=0.0759;MQ=70.90;MQ0=1;MQRankSum=-0.674;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.405;SB=-254.96;SZ=-3;TR=17;TU=CTTTTT;VQSLOD=8.0802;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLU7:ENSG00000164609.5:-:deletionNFS:1/1:SLU7-001:ENST00000297151.4:1761_1506_502_KK->K
chr5	160018146	.	A	AC	15.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1464;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9657;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP10B:ENSG00000118322.8:-:spliceOverlap:1/1:ATP10B-001:ENST00000327245.5:4386
chr5	161530992	.	T	TG	12.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1013;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=4.7956;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GABRG2:ENSG00000113327.10:+:insertionFS:4/4:GABRG2-001:ENST00000356592.3:1428_729:GABRG2-002:ENST00000361925.4:1404_729:GABRG2-003:ENST00000414552.2:1548_849:GABRG2-201:ENST00000393933.4:1119_444
chr5	162868280	.	C	CG	5.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;BaseQRankSum=-2.448;DP=1341;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8465;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCNG1:ENSG00000113328.13:+:insertionFS:6/7:CCNG1-012:ENST00000504553.1:324_59:CCNG1-004:ENST00000511683.2:486_59:CCNG1-002:ENST00000512163.1:486_59:CCNG1-001:ENST00000340828.2:888_461:CCNG1-201:ENST00000393929.1:888_461:CCNG1-010:ENST00000510664.1:504_77
chr5	162869381	.	T	TA	5.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1097;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2223;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCNG1:ENSG00000113328.13:+:insertionFS:5/7:CCNG1-004:ENST00000511683.2:486_296:CCNG1-002:ENST00000512163.1:486_296:CCNG1-001:ENST00000340828.2:888_698:CCNG1-201:ENST00000393929.1:888_698:CCNG1-010:ENST00000510664.1:504_314
chr5	162943719	.	TAAG	T	126.24	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=424;DP=1165;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.4798;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAT2B:ENSG00000038274.10:+:deletionNFS:1/5:MAT2B-004:ENST00000518095.1:780_722_241_VR->V
chr5	162945369	.	GTTTA	G	237.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=452;DP=1070;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.7771;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAT2B:ENSG00000038274.10:+:endOverlap:3/5:MAT2B-001:ENST00000280969.5:972:MAT2B-002:ENST00000321757.6:1005:MAT2B-201:ENST00000415433.2:687
chr5	167641850	.	TAAGTCC	T	177.70	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0072;AN=418;DP=1452;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-6;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.9374;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ODZ2:ENSG00000145934.11:+:spliceOverlap:1/5:ODZ2-202:ENST00000545108.1:8322
chr5	167858371	.	GT	G	2283.28	PASS	AA=0;AC=210;AF=0.11693;AN=1796;BaseQRankSum=22.874;DP=3730;DS;FS=0.524;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.3096;InbreedingCoeff=0.1322;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=0.380;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.017;SB=-1277.62;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.4327;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:WWC1:ENSG00000113645.7:+:deletionFS:3/3:WWC1-001:ENST00000265293.4:3342_2202:WWC1-002:ENST00000521089.1:3360_2202:WWC1-201:ENST00000545198.1:2151_1920
chr5	167881029	rs111457550	TGGA	T	26157.92	PASS	AA=0;AC=778;AF=0.39135;AN=1988;BaseQRankSum=23.283;DB;DP=4626;DS;FS=1.935;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.1126;InbreedingCoeff=0.1257;MQ=60.65;MQ0=1;MQRankSum=3.555;QD=20.31;ReadPosRankSum=4.865;SB=-12022.91;SZ=-3;TR=14;TU=AGG;VQSLOD=7.7099;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:WWC1:ENSG00000113645.7:+:deletionNFS:2/3:WWC1-001:ENST00000265293.4:3342_2582_861_VE->V:WWC1-002:ENST00000521089.1:3360_2582_861_VE->V
chr5	167881042	.	GGGA	G	1758.40	PASS	AA=0;AC=28;AF=0.0603;AN=464;BaseQRankSum=1.860;DP=1125;FS=29.295;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=29.5355;InbreedingCoeff=0.0865;MQ=60.74;MQ0=3;MQRankSum=-1.206;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.065;SB=-1044.45;SZ=-3;TR=14;TU=AGG;VQSLOD=5.6528;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WWC1:ENSG00000113645.7:+:deletionNFS:2/3:WWC1-001:ENST00000265293.4:3342_2595_865_EG->E:WWC1-002:ENST00000521089.1:3360_2595_865_EG->E
chr5	168113999	.	CA	C	16.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=1093;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.5487;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLIT3:ENSG00000184347.10:-:deletionFS:3/3:SLIT3-002:ENST00000332966.8:4593_3320:SLIT3-001:ENST00000519560.1:4572_3299:SLIT3-201:ENST00000404867.3:4419_3299
chr5	169028497	.	GTC	G	51.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=1419;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=8;TU=CT;VQSLOD=5.8480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC99:ENSG00000040275.10:+:deletionFS:3/3:CCDC99-001:ENST00000265295.4:1818_1538:CCDC99-201:ENST00000274631.6:1521_1241:CCDC99-202:ENST00000446362.2:1584_1304
chr5	169504757	.	T	TGC	21.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1095;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=6.8723;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DOCK2:ENSG00000134516.10:+:insertionFS:3/4:DOCK2-001:ENST00000256935.8:5493_4910:DOCK2-004:ENST00000520908.1:3969_3386:DOCK2-202:ENST00000540750.1:2676_2093
chr5	169680141	.	TG	T	29.69	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0015;AN=664;DP=1248;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.3559;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LCP2:ENSG00000043462.6:-:deletionFS:3/3:LCP2-001:ENST00000046794.5:1602_1227:LCP2-201:ENST00000545585.1:1467_1092:LCP2-005:ENST00000521416.1:987_612
chr5	170222411	.	C	CGGTCCTG	270.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1881;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=7;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8918;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GABRP:ENSG00000094755.10:+:insertionFS:5/6:GABRP-201:ENST00000265294.4:1323_440:GABRP-001:ENST00000518525.1:1323_440:GABRP-003:ENST00000519385.1:870_440:GABRP-002:ENST00000519598.1:1050_440:GABRP-202:ENST00000539175.1:564_134
chr5	170232775	.	G	GC	6.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1473;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.2812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GABRP:ENSG00000094755.10:+:insertionFS:6/6:GABRP-201:ENST00000265294.4:1323_597:GABRP-001:ENST00000518525.1:1323_597:GABRP-003:ENST00000519385.1:870_597:GABRP-002:ENST00000519598.1:1050_597:GABRP-202:ENST00000539175.1:564_291:GABRP-203:ENST00000542994.1:840_114
chr5	170343549	.	TTTAA	T	80.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=682;DP=1120;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=10;TU=AATTT;VQSLOD=5.8811;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RANBP17:ENSG00000204764.6:+:deletionFS:2/3:RANBP17-001:ENST00000523189.1:3267_915:RANBP17-202:ENST00000545246.1:1416_603
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chr5	170863211	.	A	AC	23.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=924;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.5729;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FGF18:ENSG00000156427.7:+:insertionFS:1/1:FGF18-001:ENST00000274625.5:624_184
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chr5	176517136	rs59390048	CGT	C,CATGTGT,CGTGT,CGTGTGT,CGTGTGTGT,CGTGTGTGTGT	109035.54	PASS	AA=.;AC=1189,10,20,92,573,131;AF=0.58629,0.00493,0.00986,0.04536,0.28254,0.06460;AN=2028;BaseQRankSum=-1.186;DB;DP=6295;DS;FS=5.756;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=80.8800;InbreedingCoeff=0.8202;MQ=59.10;MQ0=23;MQRankSum=-0.863;QD=28.50;ReadPosRankSum=-0.897;SB=-31681.37;SZ=.;TR=20;TU=GT;VQSLOD=4.9958;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:deletionFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67,2:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:insertionFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67,3:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:insertionFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67,4:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:insertionFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67,5:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:insertionNFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67_23_R->RVC,6:FGFR4:ENSG00000160867.9:+:insertionFS:1/6:FGFR4-202:ENST00000377207.4:3093_67
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chr5	176700677	.	TC	T	7.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1076;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2586;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NSD1:ENSG00000165671.12:+:deletionFS:4/6:NSD1-203:ENST00000361032.4:7782_5205:NSD1-001:ENST00000439151.2:8091_5514:NSD1-201:ENST00000347982.4:7284_4707:NSD1-002:ENST00000354179.4:7284_4707
chr5	176798212	.	TG	T	10.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=669;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=5.0554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RGS14:ENSG00000169220.12:+:deletionFS:2/2:RGS14-201:ENST00000336477.4:1044_644:RGS14-001:ENST00000408923.3:1701_1301
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chr5	176884901	.	C	CA	114.05	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0152;AN=394;DP=664;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.8107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DBN1:ENSG00000113758.9:-:insertionFS:1/5:DBN1-006:ENST00000512501.1:1176_1130
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chr5	176930171	.	AGAG	A	44107.08	PASS	AA=.;AC=901;AF=0.51019;AN=1766;BaseQRankSum=15.285;DP=4339;DS;FS=1.232;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.7942;InbreedingCoeff=0.1845;MQ=63.01;MQ0=0;MQRankSum=-7.344;QD=27.04;ReadPosRankSum=1.309;SB=-17247.65;SZ=.;TR=15;TU=AGCAGG;VQSLOD=8.4195;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DOK3:ENSG00000146094.9:-:deletionNFS:2/4:DOK3-002:ENST00000312943.6:993_868_290_CS->S:DOK3-005:ENST00000377112.4:687_562_188_CS->S
chr5	176939549	.	A	AG	51.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1447;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.5830;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX41:ENSG00000183258.7:-:insertionFS:1/1:DDX41-001:ENST00000507955.1:1869_1497
chr5	176949003	.	C	CT	12.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1542;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8243;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM193B:ENSG00000146067.11:-:insertionFS:3/3:FAM193B-003:ENST00000514747.1:2469_2442:FAM193B-202:ENST00000443375.2:2370_2343:FAM193B-201:ENST00000329540.5:1347_1320
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chr5	177637160	.	AC	A	7.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1115;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3458;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HNRNPAB:ENSG00000197451.6:+:deletionFS:3/7:HNRNPAB-001:ENST00000358344.3:999_815:HNRNPAB-008:ENST00000504898.1:999_815:HNRNPAB-005:ENST00000506339.1:984_800
chr5	177637589	.	CGTG	C	235.53	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0114;AN=528;DP=1215;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=GGT;VQSLOD=7.7515;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPAB:ENSG00000197451.6:+:deletionNFS:7/7:HNRNPAB-003:ENST00000355836.5:858_823_275_RG->R:HNRNPAB-001:ENST00000358344.3:999_964_322_RG->R:HNRNPAB-008:ENST00000504898.1:999_964_322_RG->R:HNRNPAB-004:ENST00000506259.1:858_823_275_RG->R:HNRNPAB-005:ENST00000506339.1:984_949_317_RG->R:HNRNPAB-002:ENST00000514633.1:852_817_273_RG->R:HNRNPAB-006:ENST00000515193.1:843_808_270_RG->R
chr5	177674785	.	TGGGGGGCCA	T,TGGGGGGGCCA	215.24	PASS	AA=.;AC=3,3;AF=0.0075,0.0075;AN=402;DP=807;DS;HR=6;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=23;TU=AGGGGGGCC;VQSLOD=6.0448;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:COL23A1:ENSG00000050767.11:-:deletionNFS:1/2:COL23A1-001:ENST00000390654.3:1623_1260_420_PGPM->M,2:COL23A1:ENSG00000050767.11:-:insertionFS:1/2:COL23A1-001:ENST00000390654.3:1623_1260
chr5	178139818	.	T	TAGG	549.55	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0108;AN=834;BaseQRankSum=-4.403;DP=2495;DS;FS=5.109;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.8958;InbreedingCoeff=0.0757;MQ=53.52;MQ0=95;MQRankSum=-0.709;QD=11.69;ReadPosRankSum=-0.406;SB=-241.97;SZ=3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.7838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF354A:ENSG00000169131.6:-:insertionNFS:1/1:ZNF354A-001:ENST00000335815.2:1818_1061_354_Y->SY
chr5	178358597	.	ATG	A	22.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=330;DP=1096;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=0.82;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.3994;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFP2:ENSG00000198939.3:+:deletionFS:4/4:ZFP2-001:ENST00000361362.2:1386_283:ZFP2-002:ENST00000503510.2:1386_283:ZFP2-201:ENST00000520301.1:1386_283:ZFP2-003:ENST00000523286.1:1386_283
chr5	178358707	.	GTGTAA	G	163.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1015;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-5;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.7348;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFP2:ENSG00000198939.3:+:deletionFS:4/4:ZFP2-001:ENST00000361362.2:1386_393:ZFP2-002:ENST00000503510.2:1386_393:ZFP2-201:ENST00000520301.1:1386_393:ZFP2-003:ENST00000523286.1:1386_393
chr5	178392082	.	AC	A	4.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=536;BaseQRankSum=1.973;DP=1518;DS;FS=2.264;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.2800;InbreedingCoeff=0.1138;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=1.20;ReadPosRankSum=-0.871;SB=-53.10;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.2018;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF454:ENSG00000178187.3:+:deletionFS:2/2:ZNF454-001:ENST00000320129.3:1569_677:ZNF454-002:ENST00000519564.1:1569_677
chr5	178404400	rs112529258	T	TCACCAGA	235.57	PASS	AA=1;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DB;DP=1121;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-7;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8354;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRM6:ENSG00000113262.9:-:spliceOverlap:1/3:GRM6-202:ENST00000319065.5:3273
chr5	178419148	.	AG	A,AGG	354.35	PASS	AA=0;AC=24,7;AF=0.01737,0.00507;AN=1382;BaseQRankSum=7.751;DP=3153;DS;FS=1.595;HR=6;HU=G;HaplotypeScore=12.9216;InbreedingCoeff=0.1472;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=2.376;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.914;SB=-213.17;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=8.4823;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GRM6:ENSG00000113262.9:-:deletionFS:1/3:GRM6-202:ENST00000319065.5:3273_285,2:GRM6:ENSG00000113262.9:-:insertionFS:1/3:GRM6-202:ENST00000319065.5:3273_285
chr5	178419279	rs11283410	G	GGGCAAGGTCT	189516.07	PASS	AA=1;AC=1461;AF=0.90971;AN=1606;BaseQRankSum=2.182;DB;DP=2811;DS;FS=3.890;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=28.4401;InbreedingCoeff=0.1015;MQ=54.86;MQ0=0;MQRankSum=-12.619;QD=123.54;ReadPosRankSum=1.392;SB=-86643.53;SZ=-10;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=7.7312;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRM6:ENSG00000113262.9:-:insertionFS:1/3:GRM6-202:ENST00000319065.5:3273_154
chr5	178419396	rs74329491	A	AC	78612.29	PASS	AA=1;AC=1814;AF=0.99890;AN=1816;BaseQRankSum=-1.632;DB;DP=4242;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=11.6923;InbreedingCoeff=0.0694;MQ=65.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=33.13;ReadPosRankSum=1.798;SB=-34283.32;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=9.9940;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRM6:ENSG00000113262.9:-:insertionFS:1/3:GRM6-202:ENST00000319065.5:3273_37
chr5	179013357	.	AAGG	A	18.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=670;DP=1559;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.7917;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RUFY1:ENSG00000176783.9:+:deletionNFS:1/5:RUFY1-202:ENST00000377001.2:1239_1052_351_KG->K
chr5	179071809	.	GTCC	G	4096.59	PASS	AA=0;AC=97;AF=0.05036;AN=1926;BaseQRankSum=13.447;DP=4249;DS;FS=9.969;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.1486;InbreedingCoeff=0.0742;MQ=47.29;MQ0=443;MQRankSum=-1.122;QD=12.12;ReadPosRankSum=1.246;SB=-1261.74;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.6319;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C5orf60:ENSG00000204661.5:-:deletionNFS:1/1:C5orf60-001:ENST00000448248.2:834_213_71_DS->S
chr5	179071853	.	AG	A	31.11	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0038;AN=532;DP=1119;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.5221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C5orf60:ENSG00000204661.5:-:deletionFS:1/1:C5orf60-001:ENST00000448248.2:834_169
chr5	179078992	.	G	GGGC	515.45	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00963;AN=1142;BaseQRankSum=-3.031;DP=3002;DS;FS=13.256;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.6801;InbreedingCoeff=0.1017;MQ=50.89;MQ0=87;MQRankSum=-1.056;QD=6.61;ReadPosRankSum=-1.710;SB=-164.59;SZ=3;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.3417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC136604.1:ENSG00000228259.2:+:insertionNFS:1/2:AC136604.1-202:ENST00000425471.1:777_475_159_G->GR
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chr5	179221088	.	G	GA	131.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=610;DP=1698;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.8437;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LTC4S:ENSG00000213316.5:+:insertionFS:2/2:LTC4S-001:ENST00000292596.10:453_7:LTC4S-003:ENST00000401985.3:282_7
chr5	179264436	.	T	TA	100.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1229;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.3009;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C5orf45:ENSG00000161010.10:-:insertionFS:3/8:C5orf45-001:ENST00000292586.6:1032_987:C5orf45-002:ENST00000376931.2:867_822:C5orf45-009:ENST00000523084.1:630_585
chr5	179287622	rs1611076	G	GTA	68207.42	PASS	AA=0;AC=904;AF=0.43841;AN=2062;BaseQRankSum=0.078;DB;DP=4689;DS;FS=4.320;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.2532;InbreedingCoeff=0.1549;MQ=57.32;MQ0=1;MQRankSum=-12.400;QD=39.54;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-26415.58;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.9054;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CTC-241N9.1:ENSG00000245317.2:+:insertionFS:1/1:CTC-241N9.1-001:ENST00000499601.2:471_313
chr5	179287650	.	T	TTAAA	194.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=522;DP=1214;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=4;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.0577;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTC-241N9.1:ENSG00000245317.2:+:insertionFS:1/1:CTC-241N9.1-001:ENST00000499601.2:471_341
chr5	179287779	.	G	GA	341.17	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0041;AN=978;BaseQRankSum=-4.580;DP=2026;DS;FS=0.873;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=9.9305;InbreedingCoeff=0.0491;MQ=71.65;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=8.75;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-211.84;SZ=.;TR=8;TU=A;VQSLOD=7.1008;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTC-241N9.1:ENSG00000245317.2:+:insertionFS:1/1:CTC-241N9.1-001:ENST00000499601.2:471_470
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chr6	29556342	.	G	GC	36.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1492;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=2;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.4604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2H2:ENSG00000204657.2:+:insertionFS:1/1:OR2H2-001:ENST00000383640.2:939_621
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chr6	29910719	.	G	GA	685.76	PASS	AA=.;AC=87;AF=0.0888;AN=980;BaseQRankSum=3.795;DP=1295;FS=3.782;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=29.2839;InbreedingCoeff=0.1592;MQ=49.21;MQ0=4;MQRankSum=-0.842;QD=4.67;ReadPosRankSum=4.191;SB=-332.00;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.2157;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-A:ENSG00000206503.6:+:insertionFS:5/6:HLA-A-003:ENST00000376802.2:900_259:HLA-A-002:ENST00000376806.5:1116_259:HLA-A-202:ENST00000376809.5:1098_259:HLA-A-001:ENST00000396634.1:1098_259:HLA-A-201:ENST00000355767.6:465_259
chr6	29911318	.	CG	C	190.10	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.02586;AN=1044;BaseQRankSum=3.058;DP=2955;DS;FS=15.888;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=21.8497;InbreedingCoeff=0.1543;MQ=43.78;MQ0=22;MQRankSum=-1.472;ReadPosRankSum=0.441;SB=-71.84;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.3454;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-A:ENSG00000206503.6:+:deletionFS:4/6:HLA-A-003:ENST00000376802.2:900_617:HLA-A-002:ENST00000376806.5:1116_617:HLA-A-202:ENST00000376809.5:1098_617:HLA-A-001:ENST00000396634.1:1098_617
chr6	30080252	.	TC	T	123.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=348;BaseQRankSum=2.389;DP=923;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SB=-52.65;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.7371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM31:ENSG00000204616.4:-:deletionFS:3/3:TRIM31-201:ENST00000376728.2:1278_331:TRIM31-001:ENST00000376734.3:1278_331:TRIM31-202:ENST00000540829.1:1278_331
chr6	30124754	.	TG	T	4.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;BaseQRankSum=1.535;DP=1324;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=10.4988;InbreedingCoeff=0.0773;MQ=72.30;MQ0=1;MQRankSum=-0.076;QD=0.78;ReadPosRankSum=-0.908;SB=-34.57;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.1743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM10:ENSG00000204613.5:-:deletionFS:3/4:TRIM10-001:ENST00000376704.3:1188_857:TRIM10-201:ENST00000376706.2:1446_857:TRIM10-002:ENST00000449742.2:1446_857
chr6	30124792	.	C	CTGG	220.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1466;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=3;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.8224;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM10:ENSG00000204613.5:-:insertionNFS:3/4:TRIM10-001:ENST00000376704.3:1188_819_273_S->SQ:TRIM10-201:ENST00000376706.2:1446_819_273_S->SQ:TRIM10-002:ENST00000449742.2:1446_819_273_S->SQ
chr6	30126977	.	C	CCT	5.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=1154;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=10;TU=CT;VQSLOD=5.1466;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM10:ENSG00000204613.5:-:insertionFS:3/4:TRIM10-001:ENST00000376704.3:1188_475:TRIM10-201:ENST00000376706.2:1446_475:TRIM10-002:ENST00000449742.2:1446_475
chr6	30153986	.	TTCC	T	15.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DP=1340;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SB=-35.51;SZ=-3;TR=19;TU=CCTCCTCTT;VQSLOD=5.0872;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM26:ENSG00000234127.3:-:deletionNFS:3/3:TRIM26-003:ENST00000437089.1:1620_1287_429_EE->E:TRIM26-001:ENST00000453195.1:1620_1287_429_EE->E:TRIM26-002:ENST00000454678.2:1620_1287_429_EE->E
chr6	30154079	.	TTCC	T	195.75	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00452;AN=1106;BaseQRankSum=4.374;DP=2992;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.0421;InbreedingCoeff=0.1292;MQ=66.43;MQ0=2;MQRankSum=-1.492;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-138.78;SZ=-3;TR=14;TU=CCT;VQSLOD=6.7666;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TRIM26:ENSG00000234127.3:-:deletionNFS:3/3:TRIM26-003:ENST00000437089.1:1620_1194_398_EE->E:TRIM26-001:ENST00000453195.1:1620_1194_398_EE->E:TRIM26-002:ENST00000454678.2:1620_1194_398_EE->E
chr6	30229031	.	A	AC	5203.23	PASS	AA=0;AC=536;AF=0.28942;AN=1852;BaseQRankSum=22.936;DP=4445;FS=5.116;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=21.8604;InbreedingCoeff=0.1136;MQ=52.60;MQ0=45;MQRankSum=1.205;QD=6.96;ReadPosRankSum=3.474;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.6881;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-L:ENSG00000236406.3:+:insertionFS:1/1:HLA-L-201:ENST00000433815.1:648_106
chr6	30229034	rs111358359	C	CT	30864.12	PASS	AA=0;AC=611;AF=0.32885;AN=1858;BaseQRankSum=16.432;DB;DP=4410;DS;FS=2.266;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.5553;InbreedingCoeff=0.0832;MQ=54.32;MQ0=54;MQRankSum=2.174;QD=24.59;ReadPosRankSum=0.816;SB=-14375.29;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=9.3686;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-L:ENSG00000236406.3:+:insertionFS:1/1:HLA-L-201:ENST00000433815.1:648_109
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chr6	30545661	rs111358819	GAGC	G	12.21	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0069;AN=720;BaseQRankSum=2.155;DB;DP=1752;FS=1.845;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.1262;InbreedingCoeff=0.0661;MQ=78.09;MQ0=0;MQRankSum=0.776;QD=0.44;ReadPosRankSum=-1.207;SB=-10.44;SZ=.;TR=16;TU=AGC;VQSLOD=5.8976;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCF1:ENSG00000204574.6:+:deletionNFS:4/4:ABCF1-001:ENST00000326195.8:2538_187_63_EQ->E:ABCF1-002:ENST00000376545.3:2424_187_63_EQ->E:ABCF1-004:ENST00000396515.3:717_187_63_EQ->E:ABCF1-201:ENST00000455943.1:1602_187_63_EQ->E
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chr6	30558478	rs76018112	A	AG	21550.92	PASS	AA=0;AC=1235;AF=0.63990;AN=1930;BaseQRankSum=38.389;DB;DP=5248;DS;FS=0.144;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=21.4227;InbreedingCoeff=0.1930;MQ=69.03;MQ0=1;MQRankSum=-0.394;QD=9.15;ReadPosRankSum=2.937;SB=-10311.56;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1134;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCF1:ENSG00000204574.6:+:endOverlap:4/4:ABCF1-001:ENST00000326195.8:2538:ABCF1-002:ENST00000376545.3:2424:ABCF1-004:ENST00000396515.3:717:ABCF1-201:ENST00000455943.1:1602
chr6	30570678	.	AGGACCCCCT	A	644.56	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00370;AN=1080;BaseQRankSum=5.059;DP=2500;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=32.5706;InbreedingCoeff=0.1168;MQ=67.90;MQ0=0;MQRankSum=-2.404;QD=19.53;ReadPosRankSum=-1.042;SB=-303.56;SZ=-9;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.3498;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PPP1R10:ENSG00000204569.4:-:deletionNFS:1/2:PPP1R10-001:ENST00000376511.2:2823_1902_634_PGGP->P
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chr6	31380161	rs67841474	G	GCT,GCTGCTGCT,GCTGCTGCTGCT	74574.33	PASS	AA=.;AC=758,121,281;AF=0.36337,0.05801,0.13471;AN=2086;BaseQRankSum=-13.678;DB;DP=3779;DS;FS=0.943;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=45.2588;InbreedingCoeff=0.6152;MQ=78.43;MQ0=2;MQRankSum=-3.588;QD=36.61;ReadPosRankSum=3.316;SB=-19516.94;SZ=.;TR=14;TU=CTGCTGG;VQSLOD=6.3318;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MICA:ENSG00000204520.7:+:insertionFS:4/4:MICA-001:ENST00000364810.3:999_952:MICA-002:ENST00000399172.3:870_823:MICA-201:ENST00000449934.1:999_952:MICA-003:ENST00000376222.2:585_538,2:MICA:ENSG00000204520.7:+:insertionFS:4/4:MICA-001:ENST00000364810.3:999_952:MICA-002:ENST00000399172.3:870_823:MICA-201:ENST00000449934.1:999_952:MICA-003:ENST00000376222.2:585_538,3:MICA:ENSG00000204520.7:+:insertionFS:4/4:MICA-001:ENST00000364810.3:999_952:MICA-002:ENST00000399172.3:870_823:MICA-201:ENST00000449934.1:999_952:MICA-003:ENST00000376222.2:585_538
chr6	31474942	.	T	TG	25.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;DP=1878;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=G;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.7517;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MICB:ENSG00000204516.5:+:insertionFS:3/4:MICB-001:ENST00000252229.6:1152_757:MICB-002:ENST00000399150.3:1023_628:MICB-202:ENST00000538442.1:1056_661
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chr6	31595772	.	GCCTGCTGCCCCA	G	14431.11	PASS	AA=.;AC=180;AF=0.10321;AN=1744;BaseQRankSum=19.654;DP=3892;DS;FS=2.129;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=39.7170;InbreedingCoeff=0.2268;MQ=66.34;MQ0=0;MQRankSum=-10.233;QD=35.99;ReadPosRankSum=6.719;SB=-5800.54;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.6928;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PRRC2A:ENSG00000204469.6:+:deletionNFS:5/6:PRRC2A-001:ENST00000376007.4:6474_1521_507_EPAAP->E:PRRC2A-002:ENST00000376033.2:6474_1521_507_EPAAP->E:PRRC2A-203:ENST00000424184.2:6450_1521_507_EPAAP->E:PRRC2A-204:ENST00000435052.2:6417_1488_496_EPAAP->E:PRRC2A-202:ENST00000414096.2:1650_1521_507_EPAAP->E
chr6	31597337	.	A	AAGC	19.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=588;DP=1126;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=16;TU=AGC;VQSLOD=6.7019;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PRRC2A:ENSG00000204469.6:+:insertionNFS:4/6:PRRC2A-001:ENST00000376007.4:6474_1969_657_K->KQ:PRRC2A-002:ENST00000376033.2:6474_1969_657_K->KQ:PRRC2A-203:ENST00000424184.2:6450_1969_657_K->KQ:PRRC2A-204:ENST00000435052.2:6417_1936_646_K->KQ
chr6	31598488	.	TAGG	T	299.71	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0099;AN=404;DP=885;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0061;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRRC2A:ENSG00000204469.6:+:deletionNFS:5/6:PRRC2A-001:ENST00000376007.4:6474_2375_792_VG->V:PRRC2A-002:ENST00000376033.2:6474_2375_792_VG->V:PRRC2A-203:ENST00000424184.2:6450_2375_792_VG->V:PRRC2A-204:ENST00000435052.2:6417_2342_781_VG->V:PRRC2A-201:ENST00000376010.5:4149_50_17_VG->V
chr6	31599981	.	CCCT	C	146.41	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0055;AN=546;DP=964;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=6.6874;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRRC2A:ENSG00000204469.6:+:deletionNFS:3/6:PRRC2A-001:ENST00000376007.4:6474_3531_1177_PP->P:PRRC2A-002:ENST00000376033.2:6474_3531_1177_PP->P:PRRC2A-201:ENST00000376010.5:4149_1206_402_PP->P,1:PRRC2A:ENSG00000204469.6:+:spliceOverlap:2/6:PRRC2A-203:ENST00000424184.2:6450:PRRC2A-204:ENST00000435052.2:6417
chr6	31611874	.	TG	T,TGG	6.07	PASS	AA=0;AC=1,5;AF=0.0031,0.0154;AN=324;DP=592;DS;HR=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.1971;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BAG6:ENSG00000204463.7:-:deletionFS:6/6:BAG6-001:ENST00000211379.5:3381_1545:BAG6-201:ENST00000362049.6:3234_1545:BAG6-002:ENST00000375964.5:3399_1563:BAG6-003:ENST00000375976.4:3381_1545:BAG6-202:ENST00000404765.2:3489_1653:BAG6-203:ENST00000439687.2:2712_1545,2:BAG6:ENSG00000204463.7:-:insertionFS:6/6:BAG6-001:ENST00000211379.5:3381_1545:BAG6-201:ENST00000362049.6:3234_1545:BAG6-002:ENST00000375964.5:3399_1563:BAG6-003:ENST00000375976.4:3381_1545:BAG6-202:ENST00000404765.2:3489_1653:BAG6-203:ENST00000439687.2:2712_1545
chr6	31656875	.	TA	T	86.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1802;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.6901;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABHD16A:ENSG00000204427.7:-:deletionFS:3/4:ABHD16A-001:ENST00000395952.3:1677_1103:ABHD16A-005:ENST00000440843.2:1578_1004:ABHD16A-201:ENST00000375842.4:1020_446
chr6	31704065	.	GTTC	G	2697.93	PASS	AA=0;AC=65;AF=0.03330;AN=1952;BaseQRankSum=9.501;DP=4109;DS;FS=0.430;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.1692;InbreedingCoeff=0.0528;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-4.379;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.623;SB=-1373.72;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.5511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLIC1:ENSG00000213719.4:-:deletionNFS:4/4:CLIC1-004:ENST00000375779.2:726_13_5_QP->P:CLIC1-002:ENST00000375780.2:726_13_5_QP->P:CLIC1-001:ENST00000375784.3:726_13_5_QP->P:CLIC1-003:ENST00000395892.1:726_13_5_QP->P
chr6	31735288	.	AC	A	23.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1486;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.3336;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:deletionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1640:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1640:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1640
chr6	31736973	.	A	AGACTC	924.04	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00336;AN=1486;BaseQRankSum=5.382;DP=4148;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.8286;InbreedingCoeff=0.1191;MQ=65.46;MQ0=0;MQRankSum=-5.868;QD=44.00;ReadPosRankSum=2.144;SB=-487.87;SZ=5;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9798;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:insertionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1325:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1325:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1325
chr6	31736974	.	A	ACC	166.96	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00336;AN=1488;BaseQRankSum=4.871;DP=4144;DS;FS=5.238;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.5957;InbreedingCoeff=0.1034;MQ=65.44;MQ0=0;MQRankSum=-4.546;QD=11.02;ReadPosRankSum=1.717;SB=-50.80;SZ=2;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.0702;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:insertionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1324:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1324:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1324
chr6	31736977	.	T	TAC	8.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0063;AN=316;DP=904;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5909;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:insertionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1321:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1321:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1321
chr6	31740760	.	T	TGGACAGGCTCCATG	7228.17	PASS	AA=0;AC=65;AF=0.03842;AN=1692;BaseQRankSum=-5.989;DP=4323;DS;FS=2.075;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=51.6241;InbreedingCoeff=0.1302;MQ=60.47;MQ0=0;MQRankSum=-3.060;QD=29.99;ReadPosRankSum=0.234;SB=-3424.31;SZ=14;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4472;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:insertionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1058:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1058:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1058
chr6	31740763	.	A	ACAGGCTCCATGGGG	10034.59	PASS	AA=0;AC=70;AF=0.04118;AN=1700;BaseQRankSum=-3.773;DP=4274;DS;FS=7.686;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=51.5125;InbreedingCoeff=0.1256;MQ=60.77;MQ0=0;MQRankSum=-4.292;QD=41.64;ReadPosRankSum=0.899;SB=-4501.78;SZ=14;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7130;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf27:ENSG00000204396.6:-:insertionFS:3/3:C6orf27-001:ENST00000375688.4:2676_1055:C6orf27-201:ENST00000375686.3:2559_1055:C6orf27-202:ENST00000447450.1:2067_1055
chr6	31777876	.	CCT	C	19.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1551;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.9314;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSPA1L:ENSG00000204390.7:-:deletionFS:3/4:HSPA1L-201:ENST00000375653.4:1761_1709:HSPA1L-202:ENST00000375654.4:1926_1874:HSPA1L-001:ENST00000417199.3:1926_1874
chr6	31855825	.	GAGA	G	120.94	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0099;AN=404;DP=798;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.0596;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHMT2:ENSG00000204371.6:-:deletionNFS:5/5:EHMT2-007:ENST00000375530.4:3531_1636_546_QP->P:EHMT2-001:ENST00000375537.4:3633_1738_580_QP->P:EHMT2-009:ENST00000375528.4:3702_1807_603_QP->P:EHMT2-008:ENST00000395728.3:3804_1909_637_QP->P:EHMT2-201:ENST00000442298.2:3096_1180_394_QP->P
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chr6	31922345	.	CTCTCGG	C	5895.16	PASS	AA=0;AC=55;AF=0.0755;AN=728;BaseQRankSum=8.041;DP=1987;DS;FS=20.188;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=36.3603;InbreedingCoeff=0.1237;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.418;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.646;SB=-2605.57;SZ=-6;TR=17;TU=CGGTCT;VQSLOD=5.9277;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RDBP:ENSG00000204356.6:-:deletionNFS:3/3:RDBP-013:ENST00000375425.5:1164_750_250_EGP->P:RDBP-001:ENST00000375429.3:1143_729_243_EGP->P:RDBP-012:ENST00000444811.2:1053_639_213_EGP->P
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chr6	32097317	.	G	GA,GAGA,GAGACTTATGAGA	1872.46	PASS	AA=0;AC=0,5,5;AF=0.0000,0.0062,0.0062;AN=808;BaseQRankSum=-4.653;DP=2311;DS;FS=1.098;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=47.7569;InbreedingCoeff=0.2139;MQ=65.61;MQ0=0;MQRankSum=-4.199;QD=4.71;ReadPosRankSum=2.270;SB=472.20;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.2971;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FKBPL:ENSG00000204315.3:-:insertionFS:1/1:FKBPL-001:ENST00000375156.3:1050_241,2:FKBPL:ENSG00000204315.3:-:insertionNFS:1/1:FKBPL-001:ENST00000375156.3:1050_241_81_H->SH,3:FKBPL:ENSG00000204315.3:-:insertionNFS:1/1:FKBPL-001:ENST00000375156.3:1050_241_81_H->SHKSH
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chr6	32164110	.	C	CT	20.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=603;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NOTCH4:ENSG00000204301.5:-:insertionFS:1/2:NOTCH4-001:ENST00000375023.3:6012_5289
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chr6	32489747	.	G	GCC	581.78	PASS	AA=0;AC=112;AF=0.1256;AN=892;BaseQRankSum=6.436;DP=1020;FS=12.272;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.7663;InbreedingCoeff=0.2278;MQ=59.78;MQ0=18;MQRankSum=-8.373;QD=4.89;ReadPosRankSum=-3.114;SB=-264.86;SZ=2;TR=6;TU=CG;VQSLOD=5.7455;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB5:ENSG00000198502.5:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB5-001:ENST00000374975.3:801_305
chr6	32489754	.	T	TCC	1092.88	PASS	AA=0;AC=80;AF=0.0913;AN=876;BaseQRankSum=10.720;DP=1001;FS=14.143;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=19.7227;InbreedingCoeff=0.1678;MQ=42.49;MQ0=6;MQRankSum=-4.139;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.112;SB=-413.76;SZ=2;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7521;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB5:ENSG00000198502.5:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB5-001:ENST00000374975.3:801_298
chr6	32489757	.	CT	C	69	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0772;AN=272;DP=297;HR=2;HRun=2;HU=T;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5500;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB5:ENSG00000198502.5:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB5-001:ENST00000374975.3:801_295
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chr6	32489873	.	A	AAG	727.32	PASS	AA=0;AC=81;AF=0.1038;AN=780;BaseQRankSum=8.286;DP=894;FS=7.484;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5127;InbreedingCoeff=0.2480;MQ=77.76;MQ0=6;MQRankSum=-6.850;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.160;SB=-119.38;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.7035;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB5:ENSG00000198502.5:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB5-001:ENST00000374975.3:801_179
chr6	32549402	.	C	CT	6295.60	PASS	AA=0;AC=209;AF=0.11598;AN=1802;BaseQRankSum=15.347;DP=3545;DS;FS=19.556;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=28.9357;InbreedingCoeff=-0.0202;MQ=38.83;MQ0=716;MQRankSum=-2.337;QD=6.96;ReadPosRankSum=-1.979;SB=-1605.08;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.5271;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_584
chr6	32549579	rs67245200	TG	T	4707.80	PASS	AA=0;AC=174;AF=0.08071;AN=2156;BaseQRankSum=4.469;DB;DP=7589;DS;FS=2.937;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=51.4849;InbreedingCoeff=-0.1146;MQ=47.73;MQ0=122;MQRankSum=-9.715;QD=4.05;ReadPosRankSum=1.991;SB=-1957.38;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.5542;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_407
chr6	32549584	rs66896735	C	CT	4831.10	PASS	AA=0;AC=165;AF=0.07717;AN=2138;BaseQRankSum=5.862;DB;DP=6800;DS;FS=0.256;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=51.2203;InbreedingCoeff=-0.1103;MQ=49.15;MQ0=107;MQRankSum=-8.562;QD=4.76;ReadPosRankSum=2.547;SB=-2013.33;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4012;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_402
chr6	32551947	rs67476479	CG	C	1638.58	PASS	AA=0;AC=615;AF=0.54813;AN=1122;BaseQRankSum=-0.398;DB;DP=1296;FS=3.966;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=23.4351;InbreedingCoeff=0.2698;MQ=67.23;MQ0=24;MQRankSum=2.742;QD=2.67;ReadPosRankSum=1.730;SB=-659.99;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=8.4315;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_309
chr6	32551951	rs67187877	GCC	G	186.32	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0355;AN=592;BaseQRankSum=4.366;DB;DP=648;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=20.0053;InbreedingCoeff=0.1318;MQ=41.68;MQ0=6;MQRankSum=-1.735;QD=3.65;ReadPosRankSum=1.147;SB=-83.01;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.7874;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_305
chr6	32551953	rs67187877	CCG	C	946.86	PASS	AA=0;AC=253;AF=0.25149;AN=1006;BaseQRankSum=10.173;DB;DP=1200;FS=22.411;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.0324;InbreedingCoeff=0.3424;MQ=68.32;MQ0=17;MQRankSum=-5.982;QD=4.86;ReadPosRankSum=1.419;SB=-367.34;SZ=-2;TR=5;TU=CG;VQSLOD=5.8190;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_303
chr6	32551954	rs28993507	CG	C	678.48	PASS	AA=0;AC=144;AF=0.13091;AN=1100;BaseQRankSum=12.218;DB;DP=1243;FS=28.788;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=18.9513;InbreedingCoeff=0.2641;MQ=69.00;MQ0=17;MQRankSum=-5.972;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-149.18;SZ=-1;TR=5;TU=CG;VQSLOD=6.2038;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_302
chr6	32551955	rs28993507	G	GC,GT	163.55	PASS	AA=0;AC=94,0;AF=0.1399,0.0000;AN=672;BaseQRankSum=4.930;DB;DP=707;FS=1.878;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=21.1249;InbreedingCoeff=0.4038;MQ=41.78;MQ0=5;MQRankSum=-4.645;QD=1.33;ReadPosRankSum=-5.080;SB=-125.69;SZ=1;TR=5;TU=CG;VQSLOD=6.5964;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_301,2:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_301
chr6	32551958	.	C	CTT	5265.88	PASS	AA=0;AC=381;AF=0.35876;AN=1062;BaseQRankSum=9.420;DP=1094;FS=0.327;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.8391;InbreedingCoeff=0.3120;MQ=71.70;MQ0=21;MQRankSum=-8.421;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.759;SB=-1811.03;SZ=2;TR=5;TU=CG;VQSLOD=8.8798;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_298
chr6	32551960	.	T	TCC	728.97	PASS	AA=0;AC=88;AF=0.07774;AN=1132;BaseQRankSum=2.764;DP=1221;FS=7.118;HR=1;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=21.8624;InbreedingCoeff=0.1304;MQ=41.40;MQ0=6;MQRankSum=-3.801;QD=9.35;ReadPosRankSum=-3.240;SB=-417.88;SZ=2;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.0939;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_296
chr6	32551961	rs28986201	G	GCT,GT	367.46	PASS	AA=0;AC=30,62;AF=0.02582,0.05336;AN=1162;BaseQRankSum=5.582;DB;DP=1266;FS=3.108;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=23.3781;InbreedingCoeff=0.3008;MQ=41.15;MQ0=6;MQRankSum=-1.233;QD=3.64;ReadPosRankSum=-0.645;SB=-145.40;SZ=2;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.2529;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_295,2:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_295
chr6	32551962	rs71689970	C	CT	561.45	PASS	AA=0;AC=95;AF=0.08162;AN=1164;BaseQRankSum=7.014;DB;DP=1296;FS=9.923;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=19.2537;InbreedingCoeff=0.1052;MQ=69.46;MQ0=26;MQRankSum=-4.026;QD=6.17;ReadPosRankSum=3.860;SB=-320.93;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.0241;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:insertionFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_294
chr6	32552093	rs66939620	ACCGCAC	A	851.85	PASS	AA=0;AC=36;AF=0.02264;AN=1590;BaseQRankSum=6.742;DB;DP=2585;FS=4.095;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=35.2356;InbreedingCoeff=0.0895;MQ=59.62;MQ0=18;MQRankSum=-4.143;QD=18.52;ReadPosRankSum=2.072;SB=-330.88;SZ=-6;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.6866;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DRB1:ENSG00000196126.6:-:deletionNFS:1/1:HLA-DRB1-001:ENST00000360004.5:801_163_55_FLD->D
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chr6	32609228	.	G	GA	1691.45	PASS	AA=0;AC=199;AF=0.12756;AN=1560;BaseQRankSum=20.441;DP=2929;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=43.7308;InbreedingCoeff=0.2554;MQ=68.84;MQ0=0;MQRankSum=-18.012;QD=5.08;ReadPosRankSum=3.759;SB=-1038.38;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1973;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HLA-DQA1:ENSG00000196735.6:+:insertionFS:4/4:HLA-DQA1-001:ENST00000343139.5:768_224:HLA-DQA1-009:ENST00000374949.2:768_224:HLA-DQA1-004:ENST00000395363.1:768_224:HLA-DQA1-005:ENST00000395364.1:768_224
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chr6	32634301	.	TA	T,TGA	2631.01	PASS	AA=0;AC=78,309;AF=0.05439,0.21548;AN=1434;BaseQRankSum=5.969;DP=2046;FS=23.426;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=24.1970;InbreedingCoeff=0.4872;MQ=66.73;MQ0=4;MQRankSum=-4.796;QD=5.24;ReadPosRankSum=-2.490;SB=-19.04;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4582;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DQB1:ENSG00000179344.11:-:deletionFS:5/5:HLA-DQB1-002:ENST00000374943.4:810_84:HLA-DQB1-004:ENST00000399079.3:675_84:HLA-DQB1-007:ENST00000399082.3:405_84:HLA-DQB1-003:ENST00000399084.1:786_84:HLA-DQB1-001:ENST00000434651.2:786_84,2:HLA-DQB1:ENSG00000179344.11:-:insertionFS:5/5:HLA-DQB1-002:ENST00000374943.4:810_84:HLA-DQB1-004:ENST00000399079.3:675_84:HLA-DQB1-007:ENST00000399082.3:405_84:HLA-DQB1-003:ENST00000399084.1:786_84:HLA-DQB1-001:ENST00000434651.2:786_84
chr6	32782224	.	GC	G	123.39	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=662;DP=2092;DS;HR=3;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=8.0766;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DOB:ENSG00000241106.2:-:deletionFS:1/1:HLA-DOB-001:ENST00000438763.2:822_516
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chr6	32945683	.	AGAG	A	214.12	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0085;AN=472;DP=1364;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=11;TU=AGG;VQSLOD=7.4567;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BRD2:ENSG00000204256.6:+:deletionNFS:6/6:BRD2-001:ENST00000374825.4:2406_1479_493_EE->E:BRD2-002:ENST00000374831.4:2406_1479_493_EE->E:BRD2-005:ENST00000395287.1:2511_1479_493_EE->E:BRD2-201:ENST00000395289.2:2511_1479_493_EE->E:BRD2-203:ENST00000449085.2:2265_1338_446_EE->E:BRD2-202:ENST00000443797.2:2046_1119_373_EE->E
chr6	32945698	rs3918142	TGAG	T	2063.15	PASS	AA=.;AC=34;AF=0.01619;AN=2100;BaseQRankSum=11.165;DB;DP=5668;DS;FS=13.602;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.1985;InbreedingCoeff=0.0828;MQ=69.61;MQ0=2;MQRankSum=1.370;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.917;SB=-788.56;SZ=.;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=6.9534;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRD2:ENSG00000204256.6:+:deletionNFS:6/6:BRD2-001:ENST00000374825.4:2406_1494_498_DE->D:BRD2-002:ENST00000374831.4:2406_1494_498_DE->D:BRD2-005:ENST00000395287.1:2511_1494_498_DE->D:BRD2-201:ENST00000395289.2:2511_1494_498_DE->D:BRD2-203:ENST00000449085.2:2265_1353_451_DE->D:BRD2-202:ENST00000443797.2:2046_1134_378_DE->D
chr6	32948186	.	GC	G	6.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;DP=1369;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2691;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRD2:ENSG00000204256.6:+:deletionFS:6/6:BRD2-001:ENST00000374825.4:2406_2214:BRD2-002:ENST00000374831.4:2406_2214:BRD2-005:ENST00000395287.1:2511_2319:BRD2-201:ENST00000395289.2:2511_2319:BRD2-203:ENST00000449085.2:2265_2073:BRD2-202:ENST00000443797.2:2046_1854
chr6	33048688	.	G	GA	11012.95	PASS	AA=0;AC=615;AF=0.39474;AN=1558;BaseQRankSum=24.821;DP=2696;DS;FS=17.653;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.0534;InbreedingCoeff=0.2612;MQ=50.98;MQ0=0;MQRankSum=-18.019;QD=16.89;ReadPosRankSum=0.142;SB=-4546.90;SZ=1;TR=8;TU=CGGG;VQSLOD=4.9545;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HLA-DPB1:ENSG00000223865.4:+:insertionFS:3/4:HLA-DPB1-003:ENST00000411942.2:687_340:HLA-DPB1-001:ENST00000418931.2:777_340:HLA-DPB1-202:ENST00000535465.1:372_340
chr6	33048693	.	CA	C	2369.51	PASS	AA=0;AC=437;AF=0.28864;AN=1514;BaseQRankSum=23.668;DP=2586;DS;FS=19.708;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=23.5654;InbreedingCoeff=0.2733;MQ=50.13;MQ0=0;MQRankSum=-14.156;QD=4.95;ReadPosRankSum=4.002;SB=-1401.66;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.8356;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HLA-DPB1:ENSG00000223865.4:+:deletionFS:3/4:HLA-DPB1-003:ENST00000411942.2:687_345:HLA-DPB1-001:ENST00000418931.2:777_345:HLA-DPB1-202:ENST00000535465.1:372_345
chr6	33054013	rs67523850	TA	T	4735.56	PASS	AA=0;AC=124;AF=0.05773;AN=2148;BaseQRankSum=14.425;DB;DP=6625;DS;FS=1.681;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=26.5258;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=60.98;MQ0=3;MQRankSum=-8.004;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.181;SB=-2269.25;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.5604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HLA-DPB1:ENSG00000223865.4:+:deletionFS:3/4:HLA-DPB1-201:ENST00000422592.2:249_206:HLA-DPB1-003:ENST00000411942.2:687_685:HLA-DPB1-001:ENST00000418931.2:777_775
chr6	33139286	.	AC	A	4.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;BaseQRankSum=1.346;DP=1261;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.0906;InbreedingCoeff=0.0949;MQ=66.33;MQ0=5;MQRankSum=0.578;QD=1.17;ReadPosRankSum=1.739;SB=-30.98;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4256;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:COL11A2:ENSG00000204248.5:-:deletionFS:8/10:COL11A2-201:ENST00000341947.2:5211_3216:COL11A2-202:ENST00000357486.1:5148_3153:COL11A2-203:ENST00000361917.1:4890_2895:COL11A2-001:ENST00000374708.4:4953_2958:COL11A2-204:ENST00000374712.1:4968_2973:COL11A2-205:ENST00000374713.1:5070_3075:COL11A2-206:ENST00000374714.1:5133_3138:COL11A2-208:ENST00000395197.1:5031_3036
chr6	33169596	.	TC	T	23.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1636;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.2742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC39A7:ENSG00000112473.10:+:deletionFS:4/4:SLC39A7-002:ENST00000374675.3:1410_486:SLC39A7-001:ENST00000374677.3:1410_486:SLC39A7-201:ENST00000445037.2:1125_202:SLC39A7-202:ENST00000446283.2:1353_429
chr6	33170415	.	GCA	G	5.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=678;BaseQRankSum=0.595;DP=1817;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.3668;InbreedingCoeff=0.1343;MQ=66.30;MQ0=0;MQRankSum=-2.384;QD=0.52;ReadPosRankSum=-0.001;SB=-31.14;SZ=-2;TR=8;TU=AGGG;VQSLOD=6.0556;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC39A7:ENSG00000112473.10:+:deletionFS:4/4:SLC39A7-002:ENST00000374675.3:1410_878:SLC39A7-001:ENST00000374677.3:1410_878:SLC39A7-201:ENST00000445037.2:1125_593:SLC39A7-202:ENST00000446283.2:1353_821
chr6	33173024	.	CGTT	C	189.33	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0121;AN=414;BaseQRankSum=3.340;DP=1123;DS;FS=1.315;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.5793;InbreedingCoeff=0.0028;MQ=57.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.529;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.739;SB=-125.18;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1682;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD17B8:ENSG00000204228.3:+:deletionNFS:1/1:HSD17B8-001:ENST00000374662.3:786_297_99_VV->V
chr6	33173036	.	TGCGG	T	117.38	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=480;DP=1153;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.7466;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD17B8:ENSG00000204228.3:+:deletionFS:1/1:HSD17B8-001:ENST00000374662.3:786_309
chr6	33173440	.	CTA	C	381.33	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00294;AN=1362;BaseQRankSum=4.309;DP=3938;DS;FS=3.927;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.9302;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=64.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.362;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.597;SB=-216.75;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.6813;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD17B8:ENSG00000204228.3:+:deletionFS:1/1:HSD17B8-001:ENST00000374662.3:786_504
chr6	33236327	.	G	GC	12.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=1172;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.4078;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VPS52:ENSG00000223501.3:-:insertionFS:3/4:VPS52-001:ENST00000445902.2:2172_648:VPS52-201:ENST00000418054.2:2106_582:VPS52-202:ENST00000436044.2:1797_273
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chr6	33287897	.	TTCC	T	86.44	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.00413;AN=1212;BaseQRankSum=5.084;DP=3483;DS;FS=3.478;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.8787;InbreedingCoeff=0.1320;MQ=66.44;MQ0=8;MQRankSum=-0.720;QD=1.22;ReadPosRankSum=-0.835;SB=-67.64;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=6.7644;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DAXX:ENSG00000204209.6:-:deletionNFS:3/3:DAXX-002:ENST00000266000.6:2223_1356_452_EE->E:DAXX-001:ENST00000374542.5:2223_1356_452_EE->E:DAXX-201:ENST00000414083.2:1998_1131_377_EE->E
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chr6	36698917	.	T	TAC	34.64	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0044;AN=688;DP=2237;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=.;TR=13;TU=AC;VQSLOD=5.5060;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:Z85996.2:ENSG00000256231.1:+:insertionFS:1/1:Z85996.2-201:ENST00000535661.1:81_68
chr6	36891235	.	AG	A	72.17	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0019;AN=528;DP=1503;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.5891;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf89:ENSG00000198663.9:+:deletionFS:1/5:C6orf89-202:ENST00000540072.1:702_591
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chr6	51923310	.	A	AC	32.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1280;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PKHD1:ENSG00000170927.9:-:insertionFS:3/3:PKHD1-001:ENST00000371117.3:12225_1323:PKHD1-002:ENST00000340994.4:10191_1323:PKHD1-201:ENST00000393616.1:10188_1323
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chr6	87994592	.	TACTCC	T	2214.01	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.0282;AN=744;BaseQRankSum=6.394;DP=2230;DS;FS=0.544;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=40.1914;InbreedingCoeff=0.0135;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-9.858;QD=18.61;ReadPosRankSum=1.154;SB=-1041.32;SZ=.;TR=10;TU=ATTT;VQSLOD=6.7027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJB7:ENSG00000164411.6:-:deletionFS:2/2:GJB7-201:ENST00000296882.3:672_39:GJB7-001:ENST00000525899.1:672_39
chr6	88108048	rs67076383	AGAT	A	83189.42	PASS	AA=0;AC=1348;AF=0.68496;AN=1968;BaseQRankSum=33.874;DB;DP=5195;DS;FS=15.346;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.6670;InbreedingCoeff=0.1154;MQ=66.09;MQ0=13;MQRankSum=-0.981;QD=32.45;ReadPosRankSum=0.527;SB=-24775.61;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=7.5053;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf164:ENSG00000203871.3:+:deletionNFS:2/2:C6orf164-201:ENST00000369570.3:231_116_39_KM->K:C6orf164-001:ENST00000369572.1:180_116_39_KM->K
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chr6	117884417	.	TTAA	T	1159.93	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0302;AN=430;DP=1126;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=8.2240;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOPC:ENSG00000047932.9:-:spliceOverlap:3/3:GOPC-001:ENST00000052569.6:1365:GOPC-002:ENST00000368498.2:1389:GOPC-201:ENST00000535237.1:1389
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chr6	123758526	rs78866607	ATTTTTTTTTTT	A,AT,ATT,ATTTTT,ATTTTTT,ATTTTTTTT,ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT	315.49	PASS	AA=.;AC=13,48,9,9,9,53,79,140;AF=0.00788,0.02909,0.00545,0.00545,0.00545,0.03212,0.04788,0.08485;AN=1650;BaseQRankSum=8.594;DB;DP=3473;DS;FS=37.962;HR=27;HU=T;HaplotypeScore=44.2392;InbreedingCoeff=0.7855;MQ=52.56;MQ0=92;MQRankSum=-0.904;QD=0.51;ReadPosRankSum=3.261;SB=-439.97;SZ=.;TR=27;TU=T;VQSLOD=6.4462;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,2:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,3:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,4:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,5:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,6:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,7:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035,8:TRDN:ENSG00000186439.7:-:startOverlap:1/9:TRDN-205:ENST00000542014.1:1035
chr6	123759208	.	C	CT	59.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1280;HR=8;HRun=8;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=6.1215;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRDN:ENSG00000186439.7:-:insertionFS:3/9:TRDN-001:ENST00000334268.4:2166_1051:TRDN-204:ENST00000398178.3:2190_1051:TRDN-203:ENST00000398161.1:2196_1051
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chr6	123786032	.	GA	G	120.81	PASS	AA=.;AC=34;AF=0.0359;AN=946;BaseQRankSum=5.625;DP=2088;FS=3.726;HR=10;HRun=10;HU=A;HaplotypeScore=11.9462;InbreedingCoeff=0.1261;MQ=62.37;MQ0=0;MQRankSum=1.669;QD=1.11;ReadPosRankSum=-0.230;SB=-185.26;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.9738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRDN:ENSG00000186439.7:-:deletionFS:1/9:TRDN-208:ENST00000546248.1:894_890
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chr6	126307727	.	C	CT	63.57	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0051;AN=392;DP=885;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6956;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRMT11:ENSG00000066651.12:+:insertionFS:3/3:TRMT11-201:ENST00000334379.5:1392_31:TRMT11-006:ENST00000368332.3:1377_31:TRMT11-202:ENST00000450358.1:774_31
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chr6	127607961	.	G	GA	15.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=520;DP=1205;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.8630;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF146:ENSG00000118518.10:+:insertionFS:3/3:RNF146-001:ENST00000368314.1:1080_203:RNF146-201:ENST00000309649.3:1077_200:RNF146-002:ENST00000356799.2:1077_200
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chr6	128321486	rs113113294	GA	G,GAA	200.64	PASS	AA=.;AC=124,60;AF=0.06645,0.03215;AN=1866;BaseQRankSum=8.282;DB;DP=4304;DS;FS=1.565;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=10.9146;InbreedingCoeff=0.2227;MQ=68.61;MQ0=0;MQRankSum=2.906;QD=0.41;ReadPosRankSum=-2.688;SB=-555.07;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.1095;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PTPRK:ENSG00000152894.9:-:deletionFS:1/9:PTPRK-202:ENST00000427676.2:2244_2175,2:PTPRK:ENSG00000152894.9:-:spliceOverlap:1/9:PTPRK-202:ENST00000427676.2:2244
chr6	129511474	.	A	AT	4.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;BaseQRankSum=2.121;DP=1541;FS=6.295;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.1171;InbreedingCoeff=0.1014;MQ=72.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.382;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.634;SB=1.24;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2007;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LAMA2:ENSG00000196569.6:+:insertionFS:3/4:LAMA2-201:ENST00000354729.5:9366_1592:LAMA2-202:ENST00000358023.3:9369_1592:LAMA2-001:ENST00000421865.2:9369_1592
chr6	129634164	.	TGG	T	4.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;BaseQRankSum=1.669;DP=1277;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=18.9733;InbreedingCoeff=0.1510;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.213;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.189;SB=-29.86;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.1917;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LAMA2:ENSG00000196569.6:+:deletionFS:3/4:LAMA2-201:ENST00000354729.5:9366_3333:LAMA2-202:ENST00000358023.3:9369_3333:LAMA2-001:ENST00000421865.2:9369_3333
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chr6	136359367	.	ACAG	A,ACAGCAG	149.89	PASS	AA=.;AC=8,21;AF=0.0202,0.0530;AN=396;DP=869;HR=2;HU=A;SZ=.;TR=31;TU=AACAGCAGCAGCAGC;VQSLOD=7.8181;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PDE7B:ENSG00000171408.8:+:deletionNFS:1/2:PDE7B-201:ENST00000367787.4:1761_191_64_NS->N,2:PDE7B:ENSG00000171408.8:+:insertionNFS:1/2:PDE7B-201:ENST00000367787.4:1761_191_64_N->NSS
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chr6	146126186	.	AT	A	19.66	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=662;DP=1934;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.7942;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXO30:ENSG00000118496.3:-:deletionFS:1/1:FBXO30-001:ENST00000237281.3:2238_1356
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chr6	146755629	.	GGAC	G	75.43	PASS	AA=.;AC=11;AF=0.0122;AN=902;BaseQRankSum=3.849;DP=1765;DS;FS=2.499;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.5223;InbreedingCoeff=0.1562;MQ=69.18;MQ0=0;MQRankSum=-0.833;QD=1.03;ReadPosRankSum=0.895;SB=-94.16;SZ=.;TR=15;TU=ACG;VQSLOD=7.3997;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GRM1:ENSG00000152822.9:+:deletionNFS:2/6:GRM1-001:ENST00000282753.1:3585_3282_1094_AD->A:GRM1-201:ENST00000361719.2:3585_3282_1094_AD->A
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chr6	148792600	.	C	CG	10.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1241;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1073;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SASH1:ENSG00000111961.11:+:insertionFS:1/5:SASH1-001:ENST00000367467.3:3744_475
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chr6	150001408	.	TG	T	11.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=328;DP=1075;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=5.7898;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LATS1:ENSG00000131023.8:-:deletionFS:2/3:LATS1-005:ENST00000253339.5:3393_2196:LATS1-001:ENST00000543571.1:3393_2196
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chr6	151140910	.	GGTAA	G	4562.75	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.0880;AN=466;BaseQRankSum=12.992;DP=1204;FS=4.148;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.2731;InbreedingCoeff=0.1480;MQ=70.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.816;QD=23.89;ReadPosRankSum=1.325;SB=-1965.72;SZ=-4;TR=9;TU=AAGT;VQSLOD=8.3388;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PLEKHG1:ENSG00000120278.9:+:spliceOverlap:3/3:PLEKHG1-001:ENST00000358517.2:4158:PLEKHG1-201:ENST00000367328.1:4158:PLEKHG1-202:ENST00000535018.1:2859
chr6	151358163	.	C	CA,CAA	50.56	PASS	AA=0;AC=9,1;AF=0.0165,0.0018;AN=544;DP=1433;DS;HR=6;HU=A;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.6730;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTHFD1L:ENSG00000120254.10:+:insertionFS:1/3:MTHFD1L-003:ENST00000367321.3:2937_2757,2:MTHFD1L:ENSG00000120254.10:+:insertionFS:1/3:MTHFD1L-003:ENST00000367321.3:2937_2757
chr6	151670329	.	AAGG	A	7347.65	PASS	AA=0;AC=75;AF=0.05459;AN=1374;BaseQRankSum=15.414;DP=3553;DS;FS=0.603;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.0774;InbreedingCoeff=0.0991;MQ=68.89;MQ0=0;MQRankSum=0.344;QD=23.40;ReadPosRankSum=-0.558;SB=-3172.45;SZ=-3;TR=8;TU=AAGG;VQSLOD=8.2743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKAP12:ENSG00000131016.12:+:deletionNFS:4/4:AKAP12-001:ENST00000253332.1:5349_803_268_EG->E:AKAP12-202:ENST00000402676.2:5349_803_268_EG->E:AKAP12-002:ENST00000354675.6:5055_509_170_EG->E:AKAP12-201:ENST00000359755.5:5034_488_163_EG->E
chr6	151672283	.	AGAACCTCTT	A	728.67	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0072;AN=418;DP=1114;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-9;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.8204;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKAP12:ENSG00000131016.12:+:deletionNFS:4/4:AKAP12-001:ENST00000253332.1:5349_2757_919_TEPL->T:AKAP12-202:ENST00000402676.2:5349_2757_919_TEPL->T:AKAP12-002:ENST00000354675.6:5055_2463_821_TEPL->T:AKAP12-201:ENST00000359755.5:5034_2442_814_TEPL->T
chr6	151674116	rs113116275	T	TGAG	115207.26	PASS	AA=1;AC=1327;AF=0.71730;AN=1850;BaseQRankSum=-32.086;DB;DP=5371;DS;FS=2.127;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.3579;InbreedingCoeff=0.1403;MQ=62.07;MQ0=0;MQRankSum=-8.800;QD=43.33;ReadPosRankSum=4.924;SB=-54849.01;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=9.0688;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AKAP12:ENSG00000131016.12:+:insertionNFS:4/4:AKAP12-001:ENST00000253332.1:5349_4590_1530_I->IE:AKAP12-202:ENST00000402676.2:5349_4590_1530_I->IE:AKAP12-002:ENST00000354675.6:5055_4296_1432_I->IE:AKAP12-201:ENST00000359755.5:5034_4275_1425_I->IE
chr6	151674312	.	AAAG	A	694.52	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0049;AN=816;BaseQRankSum=1.227;DP=2469;DS;FS=7.825;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=28.5308;InbreedingCoeff=0.1368;MQ=66.41;MQ0=0;MQRankSum=0.362;QD=23.15;ReadPosRankSum=-0.212;SB=-255.00;SZ=-3;TR=8;TU=AAAG;VQSLOD=6.8962;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AKAP12:ENSG00000131016.12:+:deletionNFS:4/4:AKAP12-001:ENST00000253332.1:5349_4786_1596_KE->K:AKAP12-202:ENST00000402676.2:5349_4786_1596_KE->K:AKAP12-002:ENST00000354675.6:5055_4492_1498_KE->K:AKAP12-201:ENST00000359755.5:5034_4471_1491_KE->K
chr6	151869585	.	AG	A	128.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1212;DS;HR=6;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=A;VQSLOD=7.1909;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf97:ENSG00000120262.8:+:deletionFS:2/2:C6orf97-001:ENST00000239374.7:2148_735:C6orf97-201:ENST00000367290.5:2169_735
chr6	151907076	.	AG	A	103.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=496;DP=1143;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2773;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf97:ENSG00000120262.8:+:deletionFS:2/2:C6orf97-001:ENST00000239374.7:2148_1145:C6orf97-201:ENST00000367290.5:2169_1145
chr6	152385454	.	ATG	A	112	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1095;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.8362;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL078582.1:ENSG00000256881.1:-:deletionFS:1/1:AL078582.1-201:ENST00000538578.1:78_23
chr6	152599399	.	A	AT	10.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1209;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.3249;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SYNE1:ENSG00000131018.15:-:insertionFS:6/15:SYNE1-201:ENST00000265368.4:26394_18398:SYNE1-203:ENST00000341594.5:25230_17234:SYNE1-001:ENST00000367255.5:26394_18398:SYNE1-002:ENST00000423061.1:26250_18185:SYNE1-206:ENST00000448038.1:26250_18185:SYNE1-204:ENST00000356820.4:9966_1970
chr6	152605178	.	T	TGAGC	77.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;BaseQRankSum=-2.448;DP=1541;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7121;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYNE1:ENSG00000131018.15:-:insertionFS:6/15:SYNE1-201:ENST00000265368.4:26394_18142:SYNE1-203:ENST00000341594.5:25230_16978:SYNE1-001:ENST00000367255.5:26394_18142:SYNE1-002:ENST00000423061.1:26250_17929:SYNE1-206:ENST00000448038.1:26250_17929:SYNE1-204:ENST00000356820.4:9966_1714
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chr6	152728210	.	GC	G	4.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;BaseQRankSum=1.782;DP=1295;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=9.9589;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=65.38;MQ0=0;MQRankSum=-2.153;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.320;SB=-31.93;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9228;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYNE1:ENSG00000131018.15:-:deletionFS:5/15:SYNE1-201:ENST00000265368.4:26394_6662:SYNE1-203:ENST00000341594.5:25230_6773:SYNE1-001:ENST00000367255.5:26394_6662:SYNE1-002:ENST00000423061.1:26250_6683:SYNE1-206:ENST00000448038.1:26250_6683
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chr6	152774686	.	AG	A	272.45	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0031;AN=968;BaseQRankSum=3.687;DP=2524;DS;FS=1.130;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.7970;InbreedingCoeff=0.0926;MQ=64.74;MQ0=0;MQRankSum=2.841;QD=14.34;ReadPosRankSum=2.571;SB=-140.23;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.2088;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYNE1:ENSG00000131018.15:-:deletionFS:1/15:SYNE1-022:ENST00000495090.2:1839_1763
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chr6	153315749	.	C	CA	33.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1126;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4528;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTRF1L:ENSG00000112031.11:-:insertionFS:3/3:MTRF1L-003:ENST00000367233.5:1143_586:MTRF1L-006:ENST00000367230.1:708_478:MTRF1L-005:ENST00000367231.5:816_586
chr6	153345585	.	C	CA	6.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1170;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.4909;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RGS17:ENSG00000091844.2:-:insertionFS:2/2:RGS17-201:ENST00000206262.1:633_256:RGS17-001:ENST00000367225.1:633_256
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chr6	155606366	.	CAG	C	47.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1852;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.6057;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TFB1M:ENSG00000029639.6:-:deletionFS:1/1:TFB1M-001:ENST00000367166.4:1041_592
chr6	157099165	.	GTCC	G	76.32	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0172;AN=290;DP=437;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=5.5666;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARID1B:ENSG00000049618.14:+:deletionNFS:3/6:ARID1B-001:ENST00000346085.4:6750_102_34_LS->L:ARID1B-009:ENST00000350026.5:6711_102_34_LS->L:ARID1B-203:ENST00000367148.1:6870_102_34_LS->L
chr6	157099186	.	CGCGGCGGCA	C	179.67	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0143;AN=280;BaseQRankSum=2.509;DP=329;FS=9.596;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.7120;InbreedingCoeff=0.2368;MQ=53.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.085;QD=35.35;ReadPosRankSum=1.721;SB=5.63;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.2444;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ARID1B:ENSG00000049618.14:+:deletionNFS:3/6:ARID1B-001:ENST00000346085.4:6750_123_41_SAAA->S:ARID1B-009:ENST00000350026.5:6711_123_41_SAAA->S:ARID1B-203:ENST00000367148.1:6870_123_41_SAAA->S
chr6	157099402	.	C	CCAG,CCAGCAG	506.48	PASS	AA=.;AC=23,15;AF=0.0635,0.0414;AN=362;BaseQRankSum=-1.324;DP=583;FS=1.725;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=15.3019;InbreedingCoeff=0.5131;MQ=69.17;MQ0=3;MQRankSum=-1.550;QD=4.20;ReadPosRankSum=-0.022;SB=-209.03;SZ=.;TR=53;TU=AACAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGC;VQSLOD=8.4177;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ARID1B:ENSG00000049618.14:+:insertionNFS:4/6:ARID1B-001:ENST00000346085.4:6750_339_113_F->FQ:ARID1B-009:ENST00000350026.5:6711_339_113_F->FQ:ARID1B-203:ENST00000367148.1:6870_339_113_F->FQ:ARID1B-201:ENST00000275248.4:6696_165_55_F->FQ,2:ARID1B:ENSG00000049618.14:+:insertionNFS:4/6:ARID1B-001:ENST00000346085.4:6750_339_113_F->FQQ:ARID1B-009:ENST00000350026.5:6711_339_113_F->FQQ:ARID1B-203:ENST00000367148.1:6870_339_113_F->FQQ:ARID1B-201:ENST00000275248.4:6696_165_55_F->FQQ
chr6	157256707	.	A	AC	12.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1331;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1323;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARID1B:ENSG00000049618.14:+:insertionFS:6/6:ARID1B-001:ENST00000346085.4:6750_2034:ARID1B-009:ENST00000350026.5:6711_1995:ARID1B-203:ENST00000367148.1:6870_1995:ARID1B-201:ENST00000275248.4:6696_1821:ARID1B-202:ENST00000354354.3:2172_258:ARID1B-204:ENST00000535255.1:1053_105
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chr6	158327229	.	GA	G	8.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=1257;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.9913;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX9:ENSG00000130340.9:+:deletionFS:3/3:SNX9-001:ENST00000392185.3:1788_690:SNX9-202:ENST00000539592.1:1788_690:SNX9-201:ENST00000252631.5:1188_90
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chr6	160560897	rs113569197	CTGGTAAGT	C	60536.77	PASS	AA=1;AC=1067;AF=0.61748;AN=1728;BaseQRankSum=30.615;DB;DP=3247;DS;FS=1.032;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=31.3204;InbreedingCoeff=0.2486;MQ=67.46;MQ0=0;MQRankSum=-20.260;QD=41.79;ReadPosRankSum=5.044;SB=-24052.86;SZ=8;TR=18;TU=AAGTTGGT;VQSLOD=7.7446;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC22A1:ENSG00000175003.8:+:spliceOverlap:3/3:SLC22A1-001:ENST00000366963.4:1665:SLC22A1-007:ENST00000457470.2:1452:SLC22A1-006:ENST00000324965.4:1521
chr6	160679656	rs72552765	A	AT	62.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;DB;DP=1042;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.2806;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC22A2:ENSG00000112499.7:-:insertionFS:2/2:SLC22A2-001:ENST00000366953.3:1668_134:SLC22A2-003:ENST00000366952.1:1005_71
chr6	161020676	.	GT	G	28.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1325;DS;HR=5;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.0343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LPA:ENSG00000198670.6:-:deletionFS:2/2:LPA-001:ENST00000316300.5:6123_3143:LPA-201:ENST00000447678.1:6123_3143
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chr6	161412732	.	C	CCGG	227.63	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0401;AN=324;BaseQRankSum=-0.217;DP=316;FS=4.173;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.2540;InbreedingCoeff=0.1488;MQ=53.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.103;SB=-40.32;SZ=.;TR=17;TU=CCG;VQSLOD=6.7270;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139393.1:ENSG00000257054.1:-:insertionNFS:1/1:AL139393.1-201:ENST00000541985.1:519_297_99_G->GR
chr6	161519350	rs71679592	CCTGCTGCTGCTG	C,CCTGCTG,CCTGCTGCTG	9149.24	PASS	AA=.;AC=11,18,592;AF=0.01007,0.01648,0.54212;AN=1092;BaseQRankSum=4.742;DB;DP=2227;DS;FS=0.895;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=30.0009;InbreedingCoeff=0.6654;MQ=67.55;MQ0=10;MQRankSum=0.374;QD=10.98;ReadPosRankSum=3.071;SB=-3765.36;SZ=.;TR=33;TU=CTG;VQSLOD=10.0757;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAP3K4:ENSG00000085511.14:+:deletionNFS:2/6:MAP3K4-006:ENST00000366920.2:4815_3553_1185_PAAAA->P:MAP3K4-001:ENST00000392142.4:4827_3565_1189_PAAAA->P,2:MAP3K4:ENSG00000085511.14:+:deletionNFS:2/6:MAP3K4-006:ENST00000366920.2:4815_3553_1185_PAA->P:MAP3K4-001:ENST00000392142.4:4827_3565_1189_PAA->P,3:MAP3K4:ENSG00000085511.14:+:deletionNFS:2/6:MAP3K4-006:ENST00000366920.2:4815_3553_1185_PA->P:MAP3K4-001:ENST00000392142.4:4827_3565_1189_PA->P
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chr6	163984756	.	GTTC	G	15.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1171;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=5.8895;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:QKI:ENSG00000112531.12:+:deletionNFS:1/6:QKI-004:ENST00000392127.2:960_939_313_KF->K
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chr6	165715373	.	G	GA	6.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1208;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AAGG;VQSLOD=5.4209;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C6orf118:ENSG00000112539.9:-:insertionFS:2/2:C6orf118-002:ENST00000230301.8:1410_438:C6orf118-201:ENST00000543069.1:912_126
chr6	166308089	.	TA	T	18501.66	PASS	AA=0;AC=951;AF=0.49275;AN=1930;BaseQRankSum=32.870;DP=4635;DS;FS=8.591;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=22.9606;InbreedingCoeff=0.1529;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=6.124;QD=11.75;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-8053.95;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.0387;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SDIM1:ENSG00000256391.1:-:deletionFS:1/1:SDIM1-201:ENST00000545867.1:441_65
chr6	166308091	rs34086702	T	TC	16234.65	PASS	AA=0;AC=1035;AF=0.55288;AN=1872;BaseQRankSum=36.787;DB;DP=4558;DS;FS=6.351;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=31.3641;InbreedingCoeff=0.2938;MQ=66.57;MQ0=0;MQRankSum=1.231;QD=9.53;ReadPosRankSum=-3.301;SB=-6592.51;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.0736;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SDIM1:ENSG00000256391.1:-:insertionFS:1/1:SDIM1-201:ENST00000545867.1:441_63
chr6	166720805	.	CGGA	C	197.72	PASS	AA=0;AC=62;AF=0.0713;AN=870;BaseQRankSum=-4.411;DP=1217;DS;FS=2.989;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.3541;InbreedingCoeff=0.1574;MQ=50.43;MQ0=0;MQRankSum=2.205;QD=2.60;ReadPosRankSum=-5.267;SB=-156.55;SZ=-3;TR=4;TU=CG;VQSLOD=4.8575;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PRR18:ENSG00000176381.4:-:deletionNFS:1/1:PRR18-001:ENST00000322583.3:888_826_276_AA->A
chr6	167438307	.	TCG	T	18.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=974;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.1391;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FGFR1OP:ENSG00000213066.5:+:deletionFS:3/3:FGFR1OP-201:ENST00000420493.2:1095_703:FGFR1OP-002:ENST00000349556.4:1140_784:FGFR1OP-001:ENST00000366847.3:1200_844
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chr7	4169587	.	CG	C	4.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=572;BaseQRankSum=1.345;DP=1374;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.3171;InbreedingCoeff=0.1309;MQ=67.57;MQ0=0;MQRankSum=-1.055;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.819;SB=-28.64;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8566;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SDK1:ENSG00000146555.13:+:deletionFS:2/3:SDK1-004:ENST00000389531.3:6582_3987:SDK1-001:ENST00000404826.2:6642_3987
chr7	4823853	.	T	TG	232.21	PASS	AA=0;AC=84;AF=0.0959;AN=876;BaseQRankSum=-1.715;DP=1173;FS=21.298;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.8518;InbreedingCoeff=0.2191;MQ=54.78;MQ0=0;MQRankSum=0.515;QD=2.21;ReadPosRankSum=-4.378;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9886;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KIAA0415:ENSG00000242802.2:+:insertionFS:2/2:KIAA0415-001:ENST00000348624.4:2424_641:KIAA0415-201:ENST00000401897.1:1842_641
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chr7	4830404	.	A	AG	15.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=987;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4409;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0415:ENSG00000242802.2:+:insertionFS:1/2:KIAA0415-001:ENST00000348624.4:2424_2039
chr7	4830796	.	CCAGCTCCACGCA	C	5545.64	PASS	AA=0;AC=39;AF=0.03294;AN=1184;BaseQRankSum=11.758;DP=2741;DS;FS=18.510;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=40.7276;InbreedingCoeff=0.1251;MQ=55.68;MQ0=0;MQRankSum=-7.670;QD=33.21;ReadPosRankSum=2.535;SB=-1351.43;SZ=-12;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.0774;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA0415:ENSG00000242802.2:+:deletionNFS:1/2:KIAA0415-001:ENST00000348624.4:2424_2204_735_TSSTH->T
chr7	4843213	.	C	CCTGCCAGGG	1380.47	PASS	AA=.;AC=56;AF=0.0685;AN=818;BaseQRankSum=2.937;DP=1134;FS=4.341;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.0480;InbreedingCoeff=0.2527;MQ=51.59;MQ0=0;MQRankSum=-2.134;QD=17.47;ReadPosRankSum=-3.817;SB=-115.35;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4031;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RADIL:ENSG00000157927.11:-:insertionNFS:4/5:RADIL-001:ENST00000399583.3:3228_2463_821_R->SPGR:RADIL-201:ENST00000316919.4:3141_2376_792_R->SPGR:RADIL-203:ENST00000538469.1:2508_1743_581_R->SPGR:RADIL-204:ENST00000544486.1:2085_1665_555_R->SPGR
chr7	4998635	.	C	CG	14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0067;AN=150;DP=144;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.2427;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMD2:ENSG00000136297.10:-:insertionFS:3/3:MMD2-002:ENST00000401401.3:741_14:MMD2-001:ENST00000404774.3:813_14:MMD2-003:ENST00000406755.1:582_14
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chr7	5254065	.	TGC	T	16.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;DP=1535;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SB=1.09;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1767;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WIPI2:ENSG00000157954.9:+:deletionFS:1/6:WIPI2-201:ENST00000315176.6:1314_97
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chr7	5974763	.	CT	C	4.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.014;AN=70;BaseQRankSum=1.410;DP=92;DS;FS=9.351;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=6.0868;InbreedingCoeff=0.1610;MQ=10.07;MQ0=1726;MQRankSum=0.370;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.890;SB=3.76;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.9444;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RSPH10B:ENSG00000155026.10:-:deletionFS:5/6:RSPH10B-001:ENST00000337579.3:2613_2027:RSPH10B-002:ENST00000404406.1:2613_2027:RSPH10B-202:ENST00000405415.1:2613_2027:RSPH10B-203:ENST00000441023.2:2613_2027:RSPH10B-201:ENST00000354951.3:1857_1604
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chr7	6026530	.	CAT	C	100.42	PASS	AA=.;AC=19;AF=0.00918;AN=2070;BaseQRankSum=5.077;DP=4566;FS=2.744;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.3421;InbreedingCoeff=0.0029;MQ=55.39;MQ0=18;MQRankSum=-4.926;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.306;SB=-93.56;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.7067;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PMS2:ENSG00000122512.9:-:deletionFS:3/5:PMS2-001:ENST00000265849.7:2589_1866:PMS2-201:ENST00000382322.4:2448_1725:PMS2-202:ENST00000441476.2:2271_1548
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chr7	6196632	.	CACTT	C	864.77	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0154;AN=520;DP=1194;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-4;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.4025;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP42:ENSG00000106346.7:+:deletionFS:1/1:USP42-005:ENST00000306177.5:3951_3889
chr7	6621848	rs34551853	G	GT	42.88	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0124;AN=322;DB;DP=870;DS;HR=8;HRun=8;HU=T;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=6.5722;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZDHHC4:ENSG00000136247.10:+:insertionFS:6/6:ZDHHC4-201:ENST00000335965.6:1035_336:ZDHHC4-202:ENST00000396706.2:1035_336:ZDHHC4-203:ENST00000396707.2:1035_336:ZDHHC4-204:ENST00000396709.1:1035_336:ZDHHC4-002:ENST00000396713.2:1035_336:ZDHHC4-205:ENST00000405731.3:1035_336
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chr7	6713940	rs58381208	CAG	C,CG	27980.87	PASS	AA=.;AC=473,6;AF=0.22123,0.00281;AN=2138;BaseQRankSum=34.428;DB;DP=5985;DS;FS=1.957;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=30.1644;InbreedingCoeff=0.1370;MQ=62.03;MQ0=9;MQRankSum=-5.184;QD=23.55;ReadPosRankSum=0.232;SB=-12332.58;SZ=.;TR=6;TU=AC;VQSLOD=7.4456;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC073343.1:ENSG00000198580.6:+:deletionFS:3/5:AC073343.1-201:ENST00000399484.3:1140_188:AC073343.1-203:ENST00000401847.1:1167_212:AC073343.1-202:ENST00000544825.1:1170_212,2:AC073343.1:ENSG00000198580.6:+:deletionFS:3/5:AC073343.1-201:ENST00000399484.3:1140_188:AC073343.1-203:ENST00000401847.1:1167_212:AC073343.1-202:ENST00000544825.1:1170_212
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chr7	6715484	.	AG	A	995.71	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0253;AN=356;DP=1115;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.9454;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC073343.1:ENSG00000198580.6:+:deletionFS:5/5:AC073343.1-201:ENST00000399484.3:1140_637:AC073343.1-203:ENST00000401847.1:1167_745:AC073343.1-202:ENST00000544825.1:1170_748:AC073343.1-204:ENST00000328239.7:609_190:AC073343.1-205:ENST00000542006.1:669_190
chr7	6715613	.	TACACC	T	7.95	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=720;DP=1916;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-5;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.7090;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC073343.1:ENSG00000198580.6:+:deletionFS:3/5:AC073343.1-201:ENST00000399484.3:1140_766:AC073343.1-204:ENST00000328239.7:609_238:AC073343.1-205:ENST00000542006.1:669_319
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chr7	16128821	rs72031454	GTA	G	2490.37	PASS	AA=.;AC=50;AF=0.04266;AN=1172;BaseQRankSum=12.475;DB;DP=3213;DS;FS=5.739;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.5844;InbreedingCoeff=0.1268;MQ=56.39;MQ0=2;MQRankSum=4.692;QD=13.99;ReadPosRankSum=3.213;SB=-1360.64;SZ=.;TR=7;TU=GT;VQSLOD=7.9441;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_42
chr7	16128840	.	CAT	C	110.23	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0033;AN=306;DP=941;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=6;TU=AT;VQSLOD=5.4188;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_61
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chr7	16128927	.	ATATG	A	450.09	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0030;AN=658;BaseQRankSum=4.323;DP=1807;DS;FS=1.187;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=32.1707;InbreedingCoeff=0.0193;MQ=50.33;MQ0=113;MQRankSum=-3.387;QD=20.34;ReadPosRankSum=0.320;SB=-247.00;SZ=.;TR=6;TU=AT;VQSLOD=5.5923;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_148
chr7	16128946	rs72267760	TATATAA	T	975.98	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.0120;AN=832;BaseQRankSum=1.913;DB;DP=1982;DS;FS=10.249;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=35.5685;InbreedingCoeff=0.1784;MQ=52.25;MQ0=27;MQRankSum=-4.931;QD=27.11;ReadPosRankSum=2.288;SB=-377.08;SZ=.;TR=8;TU=ACGT;VQSLOD=8.3683;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionNFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_167_56_VYK->V
chr7	16128976	.	TATAC	T	12710.66	PASS	AA=.;AC=188;AF=0.11020;AN=1706;BaseQRankSum=8.550;DP=4647;DS;FS=6.462;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=40.6020;InbreedingCoeff=0.1733;MQ=53.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.435;QD=22.61;ReadPosRankSum=1.764;SB=-5564.84;SZ=.;TR=14;TU=ACAT;VQSLOD=7.0326;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_197
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chr7	16128998	.	C	CATAA,CATAT	52412.13	PASS	AA=.;AC=1160,33;AF=0.70133,0.01995;AN=1654;BaseQRankSum=19.985;DP=4736;FS=10.808;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=34.0768;InbreedingCoeff=0.6756;MQ=67.57;MQ0=1;MQRankSum=-5.530;QD=32.94;ReadPosRankSum=8.171;SZ=.;TR=7;TU=AT;VQSLOD=4.8709;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:insertionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_219,2:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:insertionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_219
chr7	16129090	.	A	ATATG	5449.18	PASS	AA=.;AC=47;AF=0.03712;AN=1266;BaseQRankSum=-3.442;DP=3660;DS;FS=4.949;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=38.5569;InbreedingCoeff=0.0954;MQ=54.84;MQ0=1;MQRankSum=1.272;QD=23.90;ReadPosRankSum=1.728;SB=-2571.64;SZ=.;TR=7;TU=AT;VQSLOD=6.8323;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:insertionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_311
chr7	16129093	rs58170479	T	TGTAC	6006.72	PASS	AA=.;AC=51;AF=0.04035;AN=1264;BaseQRankSum=-6.614;DB;DP=3663;DS;FS=5.508;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=38.3083;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=54.76;MQ0=1;MQRankSum=-2.074;QD=25.13;ReadPosRankSum=0.973;SB=-2620.66;SZ=.;TR=8;TU=ACGT;VQSLOD=6.6946;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:insertionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_314
chr7	16129260	rs71007743	AT	A,ATT	66.14	PASS	AA=0;AC=8,6;AF=0.0187,0.0140;AN=428;DB;DP=1051;DS;HR=9;HU=T;SZ=-1;TR=15;TU=ATGT;VQSLOD=5.7659;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:deletionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_481,2:AC006035.2:ENSG00000236112.2:+:insertionFS:1/1:AC006035.2-201:ENST00000444738.2:486_481
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chr7	38813800	.	TGGCTGGATG	T	309.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=320;DP=901;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SB=-94.02;SZ=-9;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8759;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VPS41:ENSG00000006715.11:-:deletionNFS:2/2:VPS41-001:ENST00000310301.4:2565_927_309_PLSE->E:VPS41-002:ENST00000395969.2:2490_852_284_PLSE->E
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chr7	45118659	.	AG	A	1492.37	PASS	AA=0;AC=75;AF=0.0947;AN=792;BaseQRankSum=16.421;DP=2287;DS;FS=8.810;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=29.6626;InbreedingCoeff=0.1578;MQ=49.83;MQ0=40;MQRankSum=-13.762;QD=4.89;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-973.00;SZ=-1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=4.8806;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC013416.1:ENSG00000256677.1:-:deletionFS:1/1:AC013416.1-201:ENST00000544864.1:1365_718
chr7	45118726	.	TGAG	T	374.47	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.00721;AN=1110;BaseQRankSum=4.915;DP=3395;DS;FS=0.912;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.9448;InbreedingCoeff=0.0837;MQ=48.16;MQ0=501;MQRankSum=-0.594;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.639;SB=-243.36;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.7364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013416.1:ENSG00000256677.1:-:deletionNFS:1/1:AC013416.1-201:ENST00000544864.1:1365_651_217_SL->L
chr7	45118761	.	AGAGT	A,AAGT	117.79	PASS	AA=.;AC=4,14;AF=0.00397,0.01389;AN=1008;BaseQRankSum=8.969;DP=3192;DS;FS=0.718;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=32.4186;InbreedingCoeff=0.0675;MQ=49.43;MQ0=52;MQRankSum=-4.373;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.860;SB=-157.25;SZ=.;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.5320;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013416.1:ENSG00000256677.1:-:deletionFS:1/1:AC013416.1-201:ENST00000544864.1:1365_616,2:AC013416.1:ENSG00000256677.1:-:deletionFS:1/1:AC013416.1-201:ENST00000544864.1:1365_616
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chr7	45119053	.	TGAG	T	1062.68	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.00592;AN=1520;BaseQRankSum=7.053;DP=6350;DS;FS=3.109;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=38.1088;InbreedingCoeff=0.0397;MQ=46.88;MQ0=191;MQRankSum=-1.980;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.445;SB=-511.16;SZ=.;TR=46;TU=AATGAGGGGACATCAGAGAGT;VQSLOD=7.2229;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013416.1:ENSG00000256677.1:-:deletionNFS:1/1:AC013416.1-201:ENST00000544864.1:1365_324_108_SL->L
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chr7	45148836	rs36007488	TG	T	762.45	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0113;AN=970;BaseQRankSum=4.836;DB;DP=2478;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.4735;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=65.46;MQ0=1;MQRankSum=1.394;QD=13.86;ReadPosRankSum=-1.489;SB=-427.28;SZ=-1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=8.6620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBRG4:ENSG00000136270.9:-:endOverlap:4/4:TBRG4-003:ENST00000258770.3:1896:TBRG4-001:ENST00000361278.3:1566:TBRG4-002:ENST00000395655.4:1566:TBRG4-004:ENST00000494076.1:1896
chr7	45765206	.	AC	A	51.01	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00891;AN=1122;BaseQRankSum=0.608;DP=2181;DS;FS=1.389;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=12.4182;InbreedingCoeff=0.0825;MQ=49.53;MQ0=353;MQRankSum=-3.012;QD=1.76;ReadPosRankSum=-1.849;SB=-53.70;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.6575;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC091439.1:ENSG00000253815.2:-:deletionFS:2/3:AC091439.1-202:ENST00000417129.1:858_843:AC091439.1-203:ENST00000443269.1:297_282
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chr7	72984917	.	CGTT	C	354.86	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0185;AN=432;DP=805;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.9106;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBL2:ENSG00000106638.9:-:deletionNFS:3/4:TBL2-201:ENST00000541783.1:1341_1264_422_ES->S:TBL2-001:ENST00000305632.4:1344_1264_422_ES->S:TBL2-006:ENST00000432538.1:1236_1156_386_ES->S
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chr7	75051127	.	AAGG	A	72.92	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0051;AN=586;DP=974;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.7763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POM121C:ENSG00000135213.8:-:deletionNFS:2/2:POM121C-003:ENST00000257665.5:3690_3134_1045_FG->G:POM121C-001:ENST00000453279.2:2964_2408_803_FG->G
chr7	75191388	.	G	GT	7.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;BaseQRankSum=-2.448;DP=1433;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.0507;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HIP1:ENSG00000127946.12:-:insertionFS:2/2:HIP1-001:ENST00000336926.6:3114_1107:HIP1-002:ENST00000434438.2:2961_1107
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chr7	99722419	.	CAGGAGG	C	6610.41	PASS	AA=.;AC=57;AF=0.0690;AN=826;BaseQRankSum=15.860;DP=2372;DS;FS=0.668;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=33.1823;InbreedingCoeff=0.0542;MQ=60.25;MQ0=1;MQRankSum=-5.123;QD=20.15;ReadPosRankSum=-0.892;SB=-2834.20;SZ=.;TR=16;TU=AGG;VQSLOD=6.3840;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNPY4:ENSG00000166997.3:+:deletionNFS:1/1:CNPY4-001:ENST00000262932.3:747_655_219_QEE->Q
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chr7	104742574	.	A	AG	12.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1041;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=4.8196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MLL5:ENSG00000005483.13:+:insertionFS:5/8:MLL5-205:ENST00000393656.2:4962_2129:MLL5-201:ENST00000257745.4:5577_2129:MLL5-001:ENST00000311117.3:5577_2129:MLL5-202:ENST00000334877.4:5451_2129:MLL5-204:ENST00000351043.3:5337_1889
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chr7	106791416	.	G	GA	8.63	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0061;AN=328;DP=886;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.0469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRKAR2B:ENSG00000005249.6:+:insertionFS:3/3:PRKAR2B-001:ENST00000265717.4:1257_791:PRKAR2B-201:ENST00000539794.1:1218_752:PRKAR2B-202:ENST00000543645.1:1257_791
chr7	106826380	.	A	ATT	1483.98	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.0395;AN=506;DP=1262;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.6059;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HBP1:ENSG00000105856.8:+:insertionFS:3/3:HBP1-001:ENST00000222574.4:1545_533:HBP1-002:ENST00000468410.1:1545_533:HBP1-003:ENST00000485846.1:1545_533
chr7	106826381	.	C	CT	918.51	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0415;AN=506;DP=1274;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.4910;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HBP1:ENSG00000105856.8:+:insertionFS:3/3:HBP1-001:ENST00000222574.4:1545_534:HBP1-002:ENST00000468410.1:1545_534:HBP1-003:ENST00000485846.1:1545_534
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chr7	127975978	.	ATCT	A	405.85	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00673;AN=1040;BaseQRankSum=2.268;DP=3038;DS;FS=5.253;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.5010;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=73.28;MQ0=1;MQRankSum=0.413;QD=16.57;ReadPosRankSum=1.832;SB=-151.13;SZ=.;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.7040;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM28:ENSG00000106344.3:-:deletionNFS:2/2:RBM28-001:ENST00000223073.1:2280_732_244_DG->G:RBM28-002:ENST00000415472.2:1857_309_103_DG->G
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chr7	128587351	rs60344245	CACTCTGCAGCCGCCCACTCTGCGGCCGCCT	C	13289.24	PASS	AA=.;AC=488;AF=0.40599;AN=1202;BaseQRankSum=15.009;DB;DP=2258;DS;FS=4.462;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=66.1899;InbreedingCoeff=0.2785;MQ=64.13;MQ0=2;MQRankSum=0.138;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.887;SB=-6080.95;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.7560;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IRF5:ENSG00000128604.13:+:deletionNFS:5/8:IRF5-001:ENST00000249375.4:1497_501_167_PTLQPPTLRPP->P:IRF5-002:ENST00000357234.5:1545_549_183_PTLQPPTLRPP->P:IRF5-201:ENST00000402030.2:1497_501_167_PTLQPPTLRPP->P:IRF5-205:ENST00000473745.1:1497_501_167_PTLQPPTLRPP->P:IRF5-203:ENST00000430204.1:684_467_156_PLCSRPLCGRL->P,1:IRF5:ENSG00000128604.13:+:spliceOverlap:1/8:IRF5-202:ENST00000412326.2:1467
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chr7	129125665	.	CACTG	C	955.84	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0054;AN=734;BaseQRankSum=5.752;DP=2436;DS;FS=4.023;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=29.8462;InbreedingCoeff=0.0074;MQ=57.41;MQ0=0;MQRankSum=-4.647;QD=21.72;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-480.95;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.5702;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM40B:ENSG00000128578.4:+:multiExonHit:1/3:FAM40B-001:ENST00000249344.2:2505
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chr7	130417912	.	G	GC,GCGC	482.24	PASS	AA=0;AC=1,11;AF=0.0015,0.0166;AN=664;BaseQRankSum=1.934;DP=1156;DS;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=16.0253;InbreedingCoeff=0.1974;MQ=55.80;MQ0=0;MQRankSum=0.697;QD=1.60;ReadPosRankSum=-0.965;SB=-77.17;SZ=1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=8.3189;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KLF14:ENSG00000174595.4:-:insertionFS:1/1:KLF14-001:ENST00000310992.4:972_949,2:KLF14:ENSG00000174595.4:-:insertionNFS:1/1:KLF14-001:ENST00000310992.4:972_949_317_P->AP
chr7	131189174	.	TCTC	T	67.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1252;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=6.0827;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PODXL:ENSG00000128567.11:-:deletionNFS:5/5:PODXL-001:ENST00000322985.9:1581_1477_493_KK->K:PODXL-005:ENST00000378555.3:1677_1573_525_KK->K:PODXL-201:ENST00000537928.1:1581_1477_493_KK->K:PODXL-202:ENST00000541194.1:1683_1579_527_KK->K:PODXL-203:ENST00000544955.1:1551_1447_483_KK->K
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chr7	134722217	.	TAG	T	11.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1045;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AGT;VQSLOD=5.2921;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AGBL3:ENSG00000146856.10:+:deletionFS:3/4:AGBL3-006:ENST00000435976.2:2115_1386:AGBL3-007:ENST00000436302.2:2763_1386:AGBL3-202:ENST00000458078.1:2928_1308
chr7	134785933	.	GA	G	29.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1344;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0867;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AGBL3:ENSG00000146856.10:+:deletionFS:1/4:AGBL3-202:ENST00000458078.1:2928_2179
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chr7	139094364	.	AAG	A	128.75	PASS	AA=0;AC=35;AF=0.02114;AN=1656;BaseQRankSum=6.675;DP=4038;DS;FS=0.704;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.9616;InbreedingCoeff=0.0760;MQ=75.48;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=0.88;ReadPosRankSum=0.413;SB=-165.62;SZ=-2;TR=15;TU=AG;VQSLOD=7.3565;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LUC7L2:ENSG00000146963.10:+:deletionFS:5/5:LUC7L2-203:ENST00000541515.1:1377_941:LUC7L2-001:ENST00000354926.4:1179_743:LUC7L2-204:ENST00000545899.1:1179_743:LUC7L2-202:ENST00000541170.1:1170_734:LUC7L2-201:ENST00000263545.6:1176_740
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chr7	139168307	.	TG	T	4.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;BaseQRankSum=0.733;DP=666;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=9.3006;InbreedingCoeff=0.1248;MQ=68.72;MQ0=0;MQRankSum=-1.814;QD=1.36;ReadPosRankSum=-0.418;SB=-31.11;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.3937;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KLRG2:ENSG00000188883.4:-:deletionFS:2/2:KLRG2-003:ENST00000393039.2:945_82:KLRG2-001:ENST00000340940.4:1230_82
chr7	139316401	.	C	CA	4.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;BaseQRankSum=-0.603;DP=1389;DS;FS=3.014;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=17.6961;InbreedingCoeff=0.0608;MQ=66.02;MQ0=0;MQRankSum=0.170;QD=0.68;ReadPosRankSum=1.467;SB=1.18;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.8321;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HIPK2:ENSG00000064393.11:-:insertionFS:3/3:HIPK2-001:ENST00000406875.3:3597_1174:HIPK2-002:ENST00000428878.2:3516_1174:HIPK2-201:ENST00000342645.6:2757_1174
chr7	139796781	.	TG	T	6.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=1052;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:JHDM1D:ENSG00000006459.6:-:deletionFS:2/2:JHDM1D-001:ENST00000397560.2:2826_2083:JHDM1D-201:ENST00000006967.5:2430_2083
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chr7	140434551	.	A	AG	9.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=928;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=5.7701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRAF:ENSG00000157764.7:-:insertionFS:1/1:BRAF-001:ENST00000288602.6:2301_2147
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chr7	141537852	.	TTGTC	T	81.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1450;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8761;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS37:ENSG00000165076.9:-:deletionFS:2/2:PRSS37-001:ENST00000350549.3:708_238:PRSS37-004:ENST00000438520.1:708_238
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chr7	141673382	.	A	AC	4.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;BaseQRankSum=2.598;DP=1461;DS;FS=2.043;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.5020;InbreedingCoeff=0.0056;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.545;QD=1.20;ReadPosRankSum=0.296;SB=0.94;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.4196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAS2R38:ENSG00000183609.2:-:insertionFS:1/1:TAS2R38-001:ENST00000333797.2:1002_108
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chr7	141763309	.	A	ATGCC	376.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=853;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=4;TR=9;TU=AATG;VQSLOD=6.0243;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MGAM:ENSG00000179087.10:+:insertionFS:3/3:MGAM-001:ENST00000389322.3:5574_4268:MGAM-007:ENST00000475668.1:8265_4268:MGAM-201:ENST00000312952.7:4986_3899
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chr7	142562051	rs67146761	C	CCAT,CCCT,CCCTCCT,CCT	12058.56	PASS	AA=.;AC=47,125,175,2;AF=0.02482,0.06600,0.09240,0.00106;AN=1894;BaseQRankSum=-6.031;DB;DP=4005;DS;FS=7.080;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=23.5000;InbreedingCoeff=0.6855;MQ=59.78;MQ0=5;MQRankSum=-0.400;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.703;SB=-3237.71;SZ=.;TR=25;TU=CCT;VQSLOD=7.4189;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:EPHB6:ENSG00000106123.7:+:insertionNFS:2/3:EPHB6-001:ENST00000392957.2:3066_493_165_P->PS:EPHB6-202:ENST00000442129.1:3066_493_165_P->PS,2:EPHB6:ENSG00000106123.7:+:insertionNFS:2/3:EPHB6-001:ENST00000392957.2:3066_493_165_P->PS:EPHB6-202:ENST00000442129.1:3066_493_165_P->PS,3:EPHB6:ENSG00000106123.7:+:insertionNFS:2/3:EPHB6-001:ENST00000392957.2:3066_493_165_P->PSS:EPHB6-202:ENST00000442129.1:3066_493_165_P->PSS,4:EPHB6:ENSG00000106123.7:+:insertionFS:2/3:EPHB6-001:ENST00000392957.2:3066_493:EPHB6-202:ENST00000442129.1:3066_493
chr7	142639536	.	AAAG	A	68.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=630;DP=1304;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.5285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KEL:ENSG00000197993.2:-:deletionNFS:1/1:KEL-001:ENST00000355265.2:2199_2022_674_FR->R
chr7	142723515	.	G	GGA	178.83	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0207;AN=484;BaseQRankSum=8.226;DP=1415;DS;FS=12.988;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.9811;InbreedingCoeff=0.0741;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=2.98;ReadPosRankSum=1.157;SB=-122.58;SZ=2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.0605;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR9A2:ENSG00000179468.5:-:insertionFS:1/1:OR9A2-001:ENST00000350513.2:933_705
chr7	142723516	.	G	GA,GAGA	1396.69	PASS	AA=0;AC=0,14;AF=0.0000,0.0287;AN=488;DP=1433;DS;HR=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.6285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR9A2:ENSG00000179468.5:-:insertionFS:1/1:OR9A2-001:ENST00000350513.2:933_704,2:OR9A2:ENSG00000179468.5:-:insertionNFS:1/1:OR9A2-001:ENST00000350513.2:933_704_235_S->FS
chr7	142724039	.	A	AG	5.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1741;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.9023;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR9A2:ENSG00000179468.5:-:insertionFS:1/1:OR9A2-001:ENST00000350513.2:933_181
chr7	142919715	.	GAGA	G	411.48	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0105;AN=474;DP=1506;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=5.7707;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAS2R40:ENSG00000221937.3:+:deletionNFS:1/1:TAS2R40-001:ENST00000408947.3:972_544_182_EK->E
chr7	142965215	.	TG	T	6.67	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0032;AN=630;BaseQRankSum=1.394;DP=1530;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.4731;InbreedingCoeff=0.0556;MQ=65.84;MQ0=0;MQRankSum=0.671;QD=0.74;ReadPosRankSum=1.290;SB=-27.13;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.1322;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GSTK1:ENSG00000197448.9:+:deletionFS:4/4:GSTK1-001:ENST00000358406.5:681_569:GSTK1-007:ENST00000409500.3:645_533:GSTK1-009:ENST00000443571.2:552_440:GSTK1-004:ENST00000479303.1:849_737
chr7	142983519	.	AC	A	5.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=700;DP=1482;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0378;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM139:ENSG00000178826.6:+:deletionFS:5/5:TMEM139-001:ENST00000359333.3:651_248:TMEM139-006:ENST00000409102.1:651_248:TMEM139-003:ENST00000409244.1:651_248:TMEM139-005:ENST00000409541.1:651_248:TMEM139-002:ENST00000410004.1:651_248
chr7	143048918	.	G	GC	71.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1126;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.5836;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CLCN1:ENSG00000188037.6:+:insertionFS:1/1:CLCN1-001:ENST00000343257.2:2967_2827
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chr7	154760266	.	TCTGCTG	T,TCTG	130.50	PASS	AA=.;AC=5,47;AF=0.00271,0.02549;AN=1844;BaseQRankSum=5.919;DP=4910;DS;FS=2.833;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=28.8813;InbreedingCoeff=0.2408;MQ=64.79;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-174.83;SZ=.;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=7.1871;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PAXIP1:ENSG00000157212.13:-:deletionNFS:3/4:PAXIP1-203:ENST00000397192.1:3210_1645_549_MQS->S:PAXIP1-001:ENST00000404141.1:3210_1645_549_MQS->S:PAXIP1-201:ENST00000323199.7:3069_1504_502_MQS->S,2:PAXIP1:ENSG00000157212.13:-:deletionNFS:3/4:PAXIP1-203:ENST00000397192.1:3210_1645_549_MQ->Q:PAXIP1-001:ENST00000404141.1:3210_1645_549_MQ->Q:PAXIP1-201:ENST00000323199.7:3069_1504_502_MQ->Q
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chr8	19709183	.	T	TC	16.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1116;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INTS10:ENSG00000104613.6:+:insertionFS:1/1:INTS10-001:ENST00000397977.3:2133_2000
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chr8	41798419	.	GCTC	G	95.28	PASS	AA=.;AC=23;AF=0.01193;AN=1928;BaseQRankSum=4.430;DP=4546;DS;FS=6.066;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.7215;InbreedingCoeff=0.1024;MQ=74.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.356;QD=1.22;ReadPosRankSum=0.586;SB=-92.63;SZ=.;TR=15;TU=CCT;VQSLOD=6.7249;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYST3:ENSG00000083168.5:-:deletionNFS:3/4:MYST3-001:ENST00000265713.2:6015_2980_994_PE->E:MYST3-004:ENST00000396930.3:6015_2980_994_PE->E:MYST3-201:ENST00000406337.1:6015_2980_994_PE->E
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chr8	48771414	rs79703138	TCTC	T	155.11	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.00806;AN=1240;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=2606;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.6501;InbreedingCoeff=0.0487;MQ=74.43;MQ0=0;MQRankSum=-3.084;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.266;SB=-65.15;SZ=.;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=7.6180;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRKDC:ENSG00000253729.2:-:deletionNFS:2/3:PRKDC-201:ENST00000314191.2:12384_6338_2113_EE->E:PRKDC-202:ENST00000338368.3:12291_6338_2113_EE->E
chr8	48805814	.	G	GA	16334.88	PASS	AA=1;AC=1697;AF=0.95767;AN=1772;BaseQRankSum=6.763;DP=3570;FS=0.564;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=19.3521;InbreedingCoeff=0.0684;MQ=72.68;MQ0=0;MQRankSum=-2.098;QD=13.29;ReadPosRankSum=9.367;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9173;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRKDC:ENSG00000253729.2:-:spliceOverlap:2/3:PRKDC-201:ENST00000314191.2:12384:PRKDC-202:ENST00000338368.3:12291
chr8	48866909	.	AT	A,ATT	131.18	PASS	AA=0;AC=59,41;AF=0.04226,0.02937;AN=1396;BaseQRankSum=6.484;DP=3503;DS;FS=0.808;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=11.7766;InbreedingCoeff=0.1609;MQ=65.59;MQ0=1;MQRankSum=4.659;QD=0.33;ReadPosRankSum=-2.650;SB=-528.40;SZ=-1;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.2401;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PRKDC:ENSG00000253729.2:-:deletionFS:3/3:PRKDC-203:ENST00000546222.1:3393_497:PRKDC-201:ENST00000314191.2:12384_497:PRKDC-202:ENST00000338368.3:12291_497,2:PRKDC:ENSG00000253729.2:-:insertionFS:3/3:PRKDC-203:ENST00000546222.1:3393_497:PRKDC-201:ENST00000314191.2:12384_497:PRKDC-202:ENST00000338368.3:12291_497
chr8	49986889	.	C	CT	63.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=546;DP=1423;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.5027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C8orf22:ENSG00000168333.9:+:insertionFS:4/4:C8orf22-001:ENST00000399653.4:246_230:C8orf22-003:ENST00000517663.1:255_230:C8orf22-004:ENST00000522267.1:255_230:C8orf22-002:ENST00000303202.8:255_230
chr8	52370126	.	CA	C	1898.58	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.0344;AN=726;BaseQRankSum=8.496;DP=1820;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.5509;InbreedingCoeff=0.1166;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=1.517;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.255;SB=-1082.64;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.3027;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PXDNL:ENSG00000147485.8:-:deletionFS:2/2:PXDNL-002:ENST00000356297.4:4392_914:PXDNL-201:ENST00000543296.1:3951_914
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chr9	19063137	.	G	GT	57.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=546;DP=1244;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9055;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HAUS6:ENSG00000147874.6:-:insertionFS:2/2:HAUS6-001:ENST00000380502.3:2868_1498:HAUS6-002:ENST00000380496.1:2409_1090
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chr9	35674058	.	TG	T	6.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1492;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2867;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CA9:ENSG00000107159.7:+:deletionFS:2/2:CA9-001:ENST00000378357.4:1380_102:CA9-201:ENST00000544074.1:1071_102
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chr9	79318375	rs11267615	GGTGACAGCCTGCAAC	G	118802.79	PASS	AA=0;AC=1455;AF=0.79335;AN=1834;BaseQRankSum=31.433;DB;DP=3275;DS;FS=7.998;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=48.7947;InbreedingCoeff=0.1753;MQ=72.12;MQ0=0;MQRankSum=-15.446;QD=73.61;ReadPosRankSum=1.564;SB=-58273.24;SZ=-15;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.4658;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRUNE2:ENSG00000106772.11:-:deletionNFS:3/7:PRUNE2-003:ENST00000376718.3:9267_8154_2718_THDNEW->W:PRUNE2-203:ENST00000428286.1:8193_7077_2359_THDNEW->W:PRUNE2-202:ENST00000422033.2:9162_8151_2717_THDNEW->W
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chr9	86452118	.	CTG	C	416.34	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01156;AN=2076;BaseQRankSum=6.476;DP=5284;DS;FS=9.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.1344;InbreedingCoeff=0.0903;MQ=54.46;MQ0=60;MQRankSum=-6.794;QD=7.43;ReadPosRankSum=-3.634;SB=-114.86;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3950;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF27:ENSG00000165115.9:-:deletionFS:3/4:KIF27-001:ENST00000297814.2:4206_4004:KIF27-201:ENST00000334204.2:3915_3713:KIF27-202:ENST00000413982.1:4008_3806
chr9	86452357	.	GCCT	G	942.47	PASS	AA=0;AC=53;AF=0.02546;AN=2082;BaseQRankSum=9.148;DP=4625;DS;FS=3.602;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.6162;InbreedingCoeff=-0.0160;MQ=53.55;MQ0=171;MQRankSum=-8.627;QD=4.42;ReadPosRankSum=-1.139;SB=-425.90;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=5.5491;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIF27:ENSG00000165115.9:-:deletionNFS:3/4:KIF27-001:ENST00000297814.2:4206_3765_1255_GM->M:KIF27-201:ENST00000334204.2:3915_3474_1158_GM->M:KIF27-202:ENST00000413982.1:4008_3567_1189_GM->M
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chr9	113530331	.	TG	T	31.16	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0062;AN=646;DP=1413;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.9331;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MUSK:ENSG00000030304.6:+:deletionFS:4/10:MUSK-001:ENST00000189978.4:2628_1170:MUSK-204:ENST00000374448.4:2610_1152:MUSK-002:ENST00000416899.1:2604_1170:MUSK-205:ENST00000543335.1:2610_1152
chr9	113550123	.	G	GA	366.84	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0080;AN=500;DP=1453;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=8.4042;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUSK:ENSG00000030304.6:+:insertionFS:2/10:MUSK-004:ENST00000374438.1:570_480:MUSK-202:ENST00000374441.3:570_480
chr9	114128579	.	C	CG	9.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1329;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7000;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA0368:ENSG00000136813.8:-:insertionFS:3/5:KIAA0368-201:ENST00000259335.4:6054_5782:KIAA0368-001:ENST00000338205.4:5520_5248:KIAA0368-203:ENST00000543827.1:3945_3673
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chr9	119858329	.	TGCG	T	50.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=1052;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CGG;VQSLOD=6.7661;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASTN2:ENSG00000148219.12:-:deletionNFS:3/7:ASTN2-201:ENST00000313400.4:4020_1270_424_SK->K:ASTN2-001:ENST00000361209.2:3867_1117_373_SK->K:ASTN2-203:ENST00000373996.3:4008_1270_424_SK->K
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chr9	130953108	.	AGCT	A,AGCTGCT	160.96	PASS	AA=.;AC=24,36;AF=0.01500,0.02250;AN=1600;BaseQRankSum=4.956;DP=3455;DS;FS=1.217;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=13.6163;InbreedingCoeff=0.3960;MQ=57.80;MQ0=1;MQRankSum=-0.264;QD=0.56;ReadPosRankSum=-2.502;SB=-94.09;SZ=.;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=8.4291;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CIZ1:ENSG00000148337.11:-:deletionNFS:11/12:CIZ1-022:ENST00000277465.4:2613_29_10_LQ->Q:CIZ1-202:ENST00000325721.8:2610_29_10_LQ->Q:CIZ1-203:ENST00000357558.5:2613_29_10_LQ->Q:CIZ1-204:ENST00000372938.5:2697_29_10_LQ->Q:CIZ1-018:ENST00000372948.3:2529_29_10_LQ->Q:CIZ1-019:ENST00000372954.1:2457_29_10_LQ->Q:CIZ1-020:ENST00000393608.1:2697_29_10_LQ->Q:CIZ1-205:ENST00000537314.1:2514_29_10_LQ->Q:CIZ1-206:ENST00000538431.1:2775_29_10_LQ->Q:CIZ1-201:ENST00000325669.7:1245_29_10_LQ->Q:CIZ1-021:ENST00000372941.1:1245_29_10_LQ->Q,2:CIZ1:ENSG00000148337.11:-:insertionNFS:11/12:CIZ1-022:ENST00000277465.4:2613_29_10_L->QQL:CIZ1-202:ENST00000325721.8:2610_29_10_L->QQL:CIZ1-203:ENST00000357558.5:2613_29_10_L->QQL:CIZ1-204:ENST00000372938.5:2697_29_10_L->QQL:CIZ1-018:ENST00000372948.3:2529_29_10_L->QQL:CIZ1-019:ENST00000372954.1:2457_29_10_L->QQL:CIZ1-020:ENST00000393608.1:2697_29_10_L->QQL:CIZ1-205:ENST00000537314.1:2514_29_10_L->QQL:CIZ1-206:ENST00000538431.1:2775_29_10_L->QQL:CIZ1-201:ENST00000325669.7:1245_29_10_L->QQL:CIZ1-021:ENST00000372941.1:1245_29_10_L->QQL
chr9	131020351	.	GC	G	16.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=712;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0100;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLGA2:ENSG00000167110.10:-:deletionFS:2/2:GOLGA2-004:ENST00000421699.2:3009_2335:GOLGA2-201:ENST00000342583.4:861_187
chr9	131020795	rs112603354	GCCTCCT	G,GCCT	6054.11	PASS	AA=.;AC=34,289;AF=0.02234,0.18988;AN=1522;BaseQRankSum=11.037;DB;DP=2855;DS;FS=32.270;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=19.8473;InbreedingCoeff=0.4934;MQ=56.93;MQ0=14;MQRankSum=3.314;QD=14.05;ReadPosRankSum=2.713;SB=-1861.65;SZ=.;TR=22;TU=CCT;VQSLOD=6.9514;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GOLGA2:ENSG00000167110.10:-:deletionNFS:1/2:GOLGA2-004:ENST00000421699.2:3009_2147_716_AVA->A,2:GOLGA2:ENSG00000167110.10:-:deletionNFS:1/2:GOLGA2-004:ENST00000421699.2:3009_2147_716_AV->V
chr9	131083986	.	CG	C	165.92	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0062;AN=648;DP=1657;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.8247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRUB2:ENSG00000167112.7:-:deletionFS:1/2:TRUB2-001:ENST00000372890.4:996_133
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chr9	131394722	.	TG	T	6.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1557;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.7407;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTAN1:ENSG00000197694.7:+:deletionFS:4/6:SPTAN1-201:ENST00000358161.5:7434_6972:SPTAN1-202:ENST00000372719.5:7359_6897:SPTAN1-004:ENST00000372731.4:7419_6957:SPTAN1-005:ENST00000372739.3:7434_6972
chr9	131482214	.	AAG	A	16.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=606;DP=1439;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.7320;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PKN3:ENSG00000160447.6:+:deletionFS:1/1:PKN3-001:ENST00000291906.4:2670_2294
chr9	131584880	.	CAGTA	C	537.91	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0111;AN=898;BaseQRankSum=4.819;DP=1992;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.5725;InbreedingCoeff=0.0756;MQ=64.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.255;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.517;SB=-198.73;SZ=-4;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.9235;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ENDOG:ENSG00000167136.6:+:deletionFS:1/1:ENDOG-001:ENST00000372642.4:894_885
chr9	131591119	.	A	AT	93.95	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.02066;AN=1452;BaseQRankSum=-2.015;DP=3497;DS;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=11.7587;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=73.81;MQ0=0;MQRankSum=-0.406;QD=0.64;ReadPosRankSum=-0.738;SB=-223.33;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.5099;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C9orf114:ENSG00000198917.6:-:insertionFS:2/2:C9orf114-201:ENST00000372618.3:1167_103:C9orf114-001:ENST00000361256.5:1131_103
chr9	131602897	rs5900818	ATT	A,AT,ATTT	1483.50	PASS	AA=.;AC=32,229,213;AF=0.01808,0.12938,0.12034;AN=1770;BaseQRankSum=3.704;DB;DP=4480;DS;FS=0.975;HR=14;HU=T;HaplotypeScore=17.0345;InbreedingCoeff=0.4165;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=4.422;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.490;SB=-1159.06;SZ=.;TR=14;TU=T;VQSLOD=9.2399;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCBL1:ENSG00000171097.8:-:deletionFS:1/4:CCBL1-201:ENST00000372610.2:477_377,2:CCBL1:ENSG00000171097.8:-:deletionFS:1/4:CCBL1-201:ENST00000372610.2:477_377,3:CCBL1:ENSG00000171097.8:-:insertionFS:1/4:CCBL1-201:ENST00000372610.2:477_377
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chr9	131760437	.	TA	T	5.53	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=506;BaseQRankSum=1.709;DP=1464;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.3110;InbreedingCoeff=0.0388;MQ=57.10;MQ0=0;MQRankSum=1.581;QD=0.55;ReadPosRankSum=1.220;SB=-28.87;SZ=-1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.3336;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NUP188:ENSG00000095319.7:+:deletionFS:2/2:NUP188-201:ENST00000356693.5:4917_3026:NUP188-001:ENST00000372577.2:5250_3359
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chr9	132638424	.	C	CT	33.88	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0166;AN=422;DP=870;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=4.8288;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP20:ENSG00000136878.7:+:insertionFS:3/3:USP20-003:ENST00000315480.4:2745_2316:USP20-002:ENST00000358355.1:2745_2316:USP20-001:ENST00000372429.3:2745_2316
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chr9	133543700	.	GGT	G,GGTGT	1716.47	PASS	AA=.;AC=82,63;AF=0.04339,0.03333;AN=1890;BaseQRankSum=-1.841;DP=4850;DS;FS=0.870;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=16.2753;InbreedingCoeff=0.2201;MQ=60.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.633;QD=4.92;ReadPosRankSum=-0.781;SB=-984.30;SZ=.;TR=17;TU=GT;VQSLOD=8.8204;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PRDM12:ENSG00000130711.3:+:spliceOverlap:1/1:PRDM12-001:ENST00000253008.2:1104,2:PRDM12:ENSG00000130711.3:+:spliceOverlap:1/1:PRDM12-001:ENST00000253008.2:1104
chr9	133710720	.	C	CG	615.92	PASS	AA=1;AC=142;AF=0.9467;AN=150;BaseQRankSum=1.335;DP=109;FS=0.000;HR=2;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=9.8017;InbreedingCoeff=0.1540;MQ=47.80;MQ0=0;MQRankSum=0.359;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.513;SZ=-1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=5.9006;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABL1:ENSG00000097007.11:+:insertionFS:1/3:ABL1-201:ENST00000438426.3:483_42
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chr10	670815	.	C	CG	190.12	PASS	AA=.;AC=23;AF=0.0271;AN=850;BaseQRankSum=0.063;DP=1495;DS;FS=37.507;HR=8;HRun=8;HU=G;HaplotypeScore=11.3717;InbreedingCoeff=0.1659;MQ=58.04;MQ0=0;MQRankSum=2.249;QD=1.55;ReadPosRankSum=-1.919;SB=-59.43;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.1691;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL358216.1:ENSG00000236454.2:-:insertionFS:1/1:AL358216.1-201:ENST00000446257.2:603_198
chr10	696868	.	AC	A	438.31	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0230;AN=478;DP=1021;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.4940;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf108:ENSG00000180525.8:+:deletionFS:1/2:C10orf108-002:ENST00000441152.2:666_361
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chr10	1018756	.	CA	C	1516.21	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.0303;AN=826;BaseQRankSum=6.654;DP=2298;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.7447;InbreedingCoeff=0.0999;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=4.472;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.571;SB=-880.64;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.3171;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL359878.1:ENSG00000205740.1:-:deletionFS:1/1:AL359878.1-201:ENST00000381466.1:432_116
chr10	1065732	.	TGTG	T	75.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1305;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.4693;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IDI2:ENSG00000148377.5:-:deletionNFS:1/1:IDI2-001:ENST00000277517.1:684_409_137_KA->A
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chr10	18087629	.	CTG	C	10023.82	PASS	AA=0;AC=276;AF=0.25045;AN=1102;BaseQRankSum=11.855;DP=1481;DS;FS=4.567;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=8.8617;InbreedingCoeff=0.2747;MQ=21.00;MQ0=571;MQRankSum=4.645;QD=19.62;ReadPosRankSum=-1.749;SB=-4232.70;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.4323;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FAM23B:ENSG00000184040.6:+:deletionFS:1/4:FAM23B-201:ENST00000450905.1:825_767
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chr10	19678431	.	GCA	G	77.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=1246;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.4307;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf112:ENSG00000204740.5:+:deletionFS:1/2:C10orf112-201:ENST00000454679.2:4422_2806
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chr10	21435340	rs72102767	ACACT	A	24952.58	PASS	AA=0;AC=427;AF=0.22333;AN=1912;BaseQRankSum=26.455;DB;DP=4679;DS;FS=21.655;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.2635;InbreedingCoeff=0.1241;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-3.376;QD=28.62;ReadPosRankSum=-2.148;SB=-8437.53;SZ=-4;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.5284;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf113:ENSG00000204683.6:-:deletionFS:3/3:C10orf113-001:ENST00000534331.1:468_98:C10orf113-201:ENST00000377118.4:438_68:C10orf113-002:ENST00000529198.1:240_98
chr10	21805466	rs112207161	C	CCCTCCCT,CCCTCCT,CT	35767.57	PASS	AA=.;AC=17,932,2;AF=0.01029,0.56416,0.00121;AN=1652;BaseQRankSum=-19.059;DB;DP=2748;DS;FS=8.464;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=21.5886;InbreedingCoeff=0.4230;MQ=63.53;MQ0=8;MQRankSum=0.449;QD=32.46;ReadPosRankSum=1.702;SB=-8562.22;SZ=.;TR=13;TU=CCT;VQSLOD=8.1535;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C10orf140:ENSG00000180592.11:-:insertionFS:3/3:C10orf140-001:ENST00000317413.8:2457_1016:C10orf140-201:ENST00000444772.3:2490_1049:C10orf140-202:ENST00000449193.1:2727_1286,2:C10orf140:ENSG00000180592.11:-:insertionNFS:3/3:C10orf140-001:ENST00000317413.8:2457_1016_339_G->EEG:C10orf140-201:ENST00000444772.3:2490_1049_350_G->EEG:C10orf140-202:ENST00000449193.1:2727_1286_429_G->EEG,3:C10orf140:ENSG00000180592.11:-:insertionFS:3/3:C10orf140-001:ENST00000317413.8:2457_1016:C10orf140-201:ENST00000444772.3:2490_1049:C10orf140-202:ENST00000449193.1:2727_1286
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chr10	23297774	.	T	TG	9.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1180;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4683;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ARMC3:ENSG00000165309.8:+:insertionFS:4/5:ARMC3-001:ENST00000298032.5:2619_1959:ARMC3-009:ENST00000409983.3:2598_1938:ARMC3-010:ENST00000409049.3:2067_1959:ARMC3-201:ENST00000376528.4:1830_1170
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chr10	27342285	.	CTCT	C	5466.63	PASS	AA=0;AC=92;AF=0.04699;AN=1958;BaseQRankSum=13.584;DP=3763;FS=3.117;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=12.8094;InbreedingCoeff=0.1252;MQ=75.09;MQ0=0;MQRankSum=-5.121;QD=23.26;ReadPosRankSum=2.656;SB=-2551.02;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=8.1865;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ANKRD26:ENSG00000107890.12:-:deletionNFS:2/3:ANKRD26-001:ENST00000376087.4:5133_1599_533_EQ->Q:ANKRD26-202:ENST00000436985.2:5181_1647_549_EQ->Q
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chr10	27352939	.	AT	A	7.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=982;DS;HR=7;HRun=7;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=T;VQSLOD=4.8485;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD26:ENSG00000107890.12:-:deletionFS:2/3:ANKRD26-001:ENST00000376087.4:5133_1341:ANKRD26-202:ENST00000436985.2:5181_1488
chr10	27369089	.	A	AAAAAT	210.70	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0135;AN=370;BaseQRankSum=-1.636;DP=842;DS;FS=3.895;HR=8;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.3540;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=50.56;MQ0=49;MQRankSum=0.432;QD=11.09;ReadPosRankSum=1.741;SB=-82.88;SZ=.;TR=28;TU=AAAAT;VQSLOD=7.1554;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANKRD26:ENSG00000107890.12:-:insertionFS:1/3:ANKRD26-202:ENST00000436985.2:5181_759
chr10	27409415	.	CT	C	4.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=2.342;DP=1476;FS=2.932;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=10.4530;InbreedingCoeff=0.1026;MQ=68.23;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=2.19;ReadPosRankSum=-0.555;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.7104;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YME1L1:ENSG00000136758.12:-:deletionFS:5/7:YME1L1-201:ENST00000375969.5:2223_1531:YME1L1-005:ENST00000326799.3:2322_1531:YME1L1-202:ENST00000375972.3:2052_1261:YME1L1-004:ENST00000376016.3:2151_1360:YME1L1-203:ENST00000546122.1:1551_769
chr10	27436461	rs74970402	TGC	T	21196.69	PASS	AA=0;AC=159;AF=0.2065;AN=770;BaseQRankSum=22.926;DB;DP=2347;DS;FS=1.002;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.0282;InbreedingCoeff=0.1781;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=2.915;QD=25.03;ReadPosRankSum=-2.978;SB=-10508.24;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.7864;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:YME1L1:ENSG00000136758.12:-:deletionFS:2/7:YME1L1-201:ENST00000375969.5:2223_305:YME1L1-005:ENST00000326799.3:2322_305
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chr10	27687759	.	CT	C	649.43	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00851;AN=1058;BaseQRankSum=3.799;DP=2749;DS;FS=0.727;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=24.1743;InbreedingCoeff=0.0415;MQ=72.35;MQ0=0;MQRankSum=0.898;QD=9.69;ReadPosRankSum=1.875;SB=-389.86;SZ=-1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.5610;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTCHD3:ENSG00000182077.6:-:deletionFS:1/1:PTCHD3-001:ENST00000438700.3:2304_1768
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chr10	27702261	.	C	CT	1048.44	PASS	AA=0;AC=216;AF=0.10714;AN=2016;BaseQRankSum=23.553;DP=4323;FS=6.512;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.8800;InbreedingCoeff=0.1796;MQ=72.95;MQ0=0;MQRankSum=0.268;QD=2.89;ReadPosRankSum=5.196;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.5136;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PTCHD3:ENSG00000182077.6:-:insertionFS:1/1:PTCHD3-001:ENST00000438700.3:2304_919
chr10	27964316	.	C	CCTTG	85.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;DP=1696;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=8;TU=CTTG;VQSLOD=6.7090;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MKX:ENSG00000150051.7:-:insertionFS:2/2:MKX-201:ENST00000375790.3:1059_901:MKX-001:ENST00000419761.1:1059_901
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chr10	28142257	.	AC	A	286.12	PASS	AA=1;AC=15;AF=0.0194;AN=772;BaseQRankSum=9.057;DP=1556;FS=5.148;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=18.5016;InbreedingCoeff=0.0674;MQ=54.46;MQ0=5;MQRankSum=-6.882;QD=4.85;ReadPosRankSum=3.704;SB=-122.47;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6278;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARMC4:ENSG00000169126.10:-:deletionFS:1/5:ARMC4-204:ENST00000545014.1:1839_1632
chr10	28142260	.	GCAC	G	400.32	PASS	AA=.;AC=16;AF=0.0202;AN=792;BaseQRankSum=9.059;DP=1577;FS=5.091;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.9803;InbreedingCoeff=0.0705;MQ=54.32;MQ0=6;MQRankSum=-6.701;QD=6.67;ReadPosRankSum=3.759;SB=-137.57;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7559;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARMC4:ENSG00000169126.10:-:deletionNFS:1/5:ARMC4-204:ENST00000545014.1:1839_1629_543_CS->S
chr10	28343165	.	ATCT	A	25.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=516;DP=1172;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=6.8820;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPP7:ENSG00000150054.12:-:deletionNFS:4/5:MPP7-201:ENST00000337532.5:1731_1560_520_DF->F:MPP7-002:ENST00000375719.3:1731_1560_520_DF->F:MPP7-001:ENST00000375732.1:1731_1560_520_DF->F:MPP7-203:ENST00000540098.1:1731_1560_520_DF->F
chr10	28491123	.	AGAG	A	29.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1492;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.3284;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MPP7:ENSG00000150054.12:-:deletionNFS:4/5:MPP7-201:ENST00000337532.5:1731_115_39_WD->D:MPP7-002:ENST00000375719.3:1731_115_39_WD->D:MPP7-001:ENST00000375732.1:1731_115_39_WD->D:MPP7-203:ENST00000540098.1:1731_115_39_WD->D
chr10	29169157	.	CCTGCGGAGG	C	295.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=893;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-9;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.3502;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf126:ENSG00000204365.2:+:deletionNFS:1/1:C10orf126-001:ENST00000375520.1:519_301_101_PAEA->P
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chr10	32740798	.	C	CT	1630.86	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.0224;AN=980;BaseQRankSum=-9.049;DP=2522;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.4991;InbreedingCoeff=0.1011;MQ=65.02;MQ0=0;MQRankSum=1.445;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.229;SB=-908.51;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.1763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC7:ENSG00000216937.5:+:insertionFS:7/7:CCDC7-001:ENST00000277657.6:1461_228:CCDC7-002:ENST00000362006.5:1461_228:CCDC7-204:ENST00000539197.1:522_228:CCDC7-203:ENST00000537047.1:528_228:CCDC7-201:ENST00000324147.10:837_228:CCDC7-202:ENST00000535327.1:516_228:CCDC7-205:ENST00000545067.1:516_228
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chr10	37482182	.	AG	A	219.73	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0103;AN=780;BaseQRankSum=4.212;DP=1183;DS;FS=2.566;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=6.8798;InbreedingCoeff=0.0551;MQ=40.76;MQ0=878;MQRankSum=0.536;QD=4.99;ReadPosRankSum=0.225;SB=-55.93;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.9071;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD30A:ENSG00000148513.12:+:deletionFS:2/2:ANKRD30A-001:ENST00000361713.1:4026_2442:ANKRD30A-002:ENST00000374660.1:4383_2799
chr10	37490210	.	TACA	T	67.08	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0085;AN=468;DP=1051;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=5;TU=AC;VQSLOD=4.7780;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD30A:ENSG00000148513.12:+:deletionNFS:2/2:ANKRD30A-001:ENST00000361713.1:4026_2658_886_AT->A:ANKRD30A-002:ENST00000374660.1:4383_3015_1005_AT->A
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chr10	38328348	.	G	GT	64.73	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=462;DP=1051;HR=4;HRun=3;HU=G;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.7342;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF33A:ENSG00000189180.9:+:insertionFS:1/6:ZNF33A-201:ENST00000265892.6:330_138
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chr10	38407128	.	CAG	C	93.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1571;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=6;TU=AC;VQSLOD=6.9257;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF37A:ENSG00000075407.11:+:deletionFS:2/2:ZNF37A-201:ENST00000351773.3:1686_1049:ZNF37A-001:ENST00000361085.4:1686_1049
chr10	38740556	.	TCAGCC	T	217.93	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0141;AN=852;BaseQRankSum=2.158;DP=1373;DS;FS=3.598;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5287;InbreedingCoeff=0.1122;MQ=51.47;MQ0=148;MQRankSum=-4.659;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.335;SB=-120.31;SZ=.;TR=19;TU=AGCCC;VQSLOD=6.1294;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL133216.1:ENSG00000215153.2:+:deletionFS:1/1:AL133216.1-201:ENST00000399699.2:756_599
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chr10	38740601	.	GC	G	155.68	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0047;AN=636;BaseQRankSum=2.558;DP=987;DS;FS=9.194;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.0253;InbreedingCoeff=0.0449;MQ=45.16;MQ0=106;MQRankSum=0.540;QD=14.15;ReadPosRankSum=-0.216;SB=-72.36;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.0467;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL133216.1:ENSG00000215153.2:+:deletionFS:1/1:AL133216.1-201:ENST00000399699.2:756_644
chr10	43312859	.	AAGG	A	31.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1157;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5406;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BMS1:ENSG00000165733.6:+:deletionNFS:1/1:BMS1-001:ENST00000374518.4:3849_2497_833_KE->K
chr10	43971618	.	TA	T	51.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1146;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.0198;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF487P:ENSG00000243660.3:+:deletionFS:2/2:ZNF487P-201:ENST00000431662.1:1347_293:ZNF487P-202:ENST00000437590.1:627_101
chr10	43978110	.	AT	A	9.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1557;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2867;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF487P:ENSG00000243660.3:+:deletionFS:1/2:ZNF487P-201:ENST00000431662.1:1347_1025
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chr10	44340788	.	C	CA	1642.09	PASS	AA=0;AC=122;AF=0.08944;AN=1364;BaseQRankSum=20.016;DP=3233;FS=18.060;HR=5;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=21.0623;InbreedingCoeff=0.1686;MQ=57.42;MQ0=0;MQRankSum=1.696;QD=3.51;ReadPosRankSum=4.974;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=4.8368;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:C10orf136:ENSG00000204187.5:+:insertionFS:1/1:C10orf136-001:ENST00000374432.3:192_28
chr10	44788266	.	AC	A	573.15	PASS	AA=.;AC=67;AF=0.1081;AN=620;BaseQRankSum=2.634;DP=648;FS=0.000;HR=9;HRun=9;HU=C;HaplotypeScore=6.1536;InbreedingCoeff=0.2445;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=1.090;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.416;SB=-218.37;SZ=.;TR=9;TU=C;VQSLOD=6.0366;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL137026.1:ENSG00000256666.1:+:deletionFS:1/1:AL137026.1-201:ENST00000535869.1:393_58
chr10	45486501	.	TG	T	10.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=933;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9398;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RASSF4:ENSG00000107551.13:+:deletionFS:3/5:RASSF4-201:ENST00000334940.6:993_818:RASSF4-001:ENST00000340258.4:966_791:RASSF4-202:ENST00000374411.2:1239_1064
chr10	45799065	rs35302355	T	TA	5134.38	PASS	AA=0;AC=60;AF=0.04021;AN=1492;BaseQRankSum=-10.038;DB;DP=4253;DS;FS=0.325;HR=1;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.6626;InbreedingCoeff=0.1200;MQ=66.09;MQ0=0;MQRankSum=0.523;QD=21.66;ReadPosRankSum=0.270;SB=-2361.43;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.5909;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR13A1:ENSG00000172678.5:-:insertionFS:3/3:OR13A1-201:ENST00000309038.4:987_806:OR13A1-002:ENST00000374401.2:987_806:OR13A1-001:ENST00000513716.1:987_806
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chr10	52595978	.	A	AT	4.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=682;BaseQRankSum=2.380;DP=1521;DS;FS=6.938;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.1901;InbreedingCoeff=0.0767;MQ=72.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.074;QD=0.63;ReadPosRankSum=1.632;SB=1.72;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.9642;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A1CF:ENSG00000148584.8:-:insertionFS:8/8:A1CF-201:ENST00000282641.2:1785_460:A1CF-002:ENST00000373993.1:1785_460:A1CF-004:ENST00000373997.3:1761_460:A1CF-001:ENST00000374001.1:1761_460:A1CF-204:ENST00000395495.1:1620_460:A1CF-006:ENST00000373995.3:1785_484:A1CF-203:ENST00000395489.2:1764_439:A1CF-202:ENST00000395488.3:1710_409
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chr10	58118431	.	AGG	A	628.68	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0065;AN=464;DP=1198;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=19;TU=AGCCTC;VQSLOD=7.2945;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZWINT:ENSG00000122952.11:-:deletionFS:4/5:ZWINT-006:ENST00000361148.6:693_537:ZWINT-009:ENST00000373944.3:834_678:ZWINT-201:ENST00000395405.1:834_678:ZWINT-002:ENST00000318387.2:474_318
chr10	58118626	.	AC	A	56.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1288;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.2085;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZWINT:ENSG00000122952.11:-:deletionFS:3/5:ZWINT-009:ENST00000373944.3:834_563:ZWINT-201:ENST00000395405.1:834_563:ZWINT-002:ENST00000318387.2:474_203
chr10	60148569	.	CA	C	96.99	PASS	AA=0;AC=39;AF=0.02774;AN=1406;BaseQRankSum=9.128;DP=3190;DS;FS=0.487;HR=10;HRun=10;HU=A;HaplotypeScore=10.9052;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=67.07;MQ0=0;MQRankSum=2.594;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.921;SB=-252.23;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=5.7623;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TFAM:ENSG00000108064.6:+:deletionFS:2/2:TFAM-004:ENST00000373895.3:645_431:TFAM-002:ENST00000487519.1:741_431
chr10	60998464	.	CG	C	6.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=913;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;QD=1.39;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9984;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHYHIPL:ENSG00000165443.7:+:deletionFS:2/3:PHYHIPL-001:ENST00000373880.4:1131_595:PHYHIPL-002:ENST00000373878.3:1053_517
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chr10	76781905	rs111976843	GGAAGAA	G,GGAA,GGAAGAAGAA	32141.84	PASS	AA=.;AC=15,742,27;AF=0.00745,0.36842,0.01341;AN=2014;BaseQRankSum=22.945;DB;DP=5267;DS;FS=1.677;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=32.3487;InbreedingCoeff=0.3921;MQ=58.17;MQ0=15;MQRankSum=1.537;QD=20.13;ReadPosRankSum=-1.178;SB=-15578.57;SZ=.;TR=24;TU=AAG;VQSLOD=8.4700;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYST4:ENSG00000156650.7:+:deletionNFS:5/5:MYST4-003:ENST00000287239.4:6222_3288_1096_EEE->E:MYST4-004:ENST00000372711.1:5673_2739_913_EEE->E:MYST4-006:ENST00000372714.1:5346_2412_804_EEE->E:MYST4-001:ENST00000372724.1:5346_2412_804_EEE->E:MYST4-002:ENST00000372725.1:5346_2412_804_EEE->E,2:MYST4:ENSG00000156650.7:+:deletionNFS:5/5:MYST4-003:ENST00000287239.4:6222_3288_1096_EE->E:MYST4-004:ENST00000372711.1:5673_2739_913_EE->E:MYST4-006:ENST00000372714.1:5346_2412_804_EE->E:MYST4-001:ENST00000372724.1:5346_2412_804_EE->E:MYST4-002:ENST00000372725.1:5346_2412_804_EE->E,3:MYST4:ENSG00000156650.7:+:insertionNFS:5/5:MYST4-003:ENST00000287239.4:6222_3288_1096_E->EEEE:MYST4-004:ENST00000372711.1:5673_2739_913_E->EEEE:MYST4-006:ENST00000372714.1:5346_2412_804_E->EEEE:MYST4-001:ENST00000372724.1:5346_2412_804_E->EEEE:MYST4-002:ENST00000372725.1:5346_2412_804_E->EEEE
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chr10	79397263	.	AGAG	A	27.31	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.0156;AN=640;BaseQRankSum=0.351;DP=942;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=11.5446;InbreedingCoeff=0.1969;MQ=54.10;MQ0=23;MQRankSum=-0.409;QD=1.16;ReadPosRankSum=-1.583;SZ=.;TR=23;TU=AGG;VQSLOD=5.9934;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCNMA1:ENSG00000156113.13:-:deletionNFS:5/6:KCNMA1-003:ENST00000372440.1:3534_138_46_SS->S:KCNMA1-001:ENST00000286627.5:3537_138_46_SS->S:KCNMA1-201:ENST00000354353.5:3720_138_46_SS->S:KCNMA1-202:ENST00000404857.1:3660_138_46_SS->S:KCNMA1-203:ENST00000406533.3:3723_138_46_SS->S
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chr10	81904097	rs71482765	G	GA,GAGA	1753.98	PASS	AA=2;AC=0,36;AF=0.00000,0.03010;AN=1196;BaseQRankSum=-4.088;DB;DP=1676;FS=3.232;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=12.2156;InbreedingCoeff=0.1833;MQ=66.68;MQ0=0;MQRankSum=-3.110;QD=22.20;ReadPosRankSum=2.062;SB=-809.25;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.6658;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLAC9:ENSG00000189129.8:+:insertionFS:2/3:PLAC9-001:ENST00000372263.3:294_281:PLAC9-002:ENST00000372270.1:168_155,2:PLAC9:ENSG00000189129.8:+:spliceOverlap:2/3:PLAC9-001:ENST00000372263.3:294:PLAC9-002:ENST00000372270.1:168
chr10	82111750	.	C	CT	9.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1332;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.0186;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYDC1:ENSG00000170788.9:-:insertionFS:3/3:DYDC1-002:ENST00000372202.1:534_156:DYDC1-001:ENST00000372204.3:534_156:DYDC1-201:ENST00000421924.2:555_156
chr10	82280424	.	TA	T	380.26	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.0195;AN=514;BaseQRankSum=3.376;DP=1276;DS;FS=1.766;HR=5;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=13.5052;InbreedingCoeff=0.0985;MQ=62.44;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.949;SB=-249.76;SZ=.;TR=5;TU=A;VQSLOD=8.3863;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSPAN14:ENSG00000108219.8:+:deletionFS:1/7:TSPAN14-004:ENST00000372160.4:450_270
chr10	83635474	.	GACCACC	G	1275.79	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.0417;AN=600;BaseQRankSum=6.937;DP=870;DS;FS=6.610;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.3613;InbreedingCoeff=0.1233;MQ=63.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.641;QD=21.62;ReadPosRankSum=-1.171;SB=-528.43;SZ=.;TR=11;TU=ACC;VQSLOD=6.8499;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NRG3:ENSG00000185737.5:+:deletionNFS:4/7:NRG3-201:ENST00000372141.1:2091_378_126_ETT->E:NRG3-001:ENST00000372142.1:2142_378_126_ETT->E:NRG3-202:ENST00000404547.1:2163_378_126_ETT->E:NRG3-204:ENST00000537287.1:2088_378_126_ETT->E
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chr10	88441395	.	A	AG	38.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=978;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.0137;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LDB3:ENSG00000122367.14:+:insertionFS:6/10:LDB3-001:ENST00000361373.3:2184_524:LDB3-205:ENST00000429277.2:2199_524:LDB3-207:ENST00000539402.1:1947_524:LDB3-202:ENST00000310944.6:993_524:LDB3-204:ENST00000372056.4:1197_524:LDB3-208:ENST00000542786.1:696_524
chr10	88994265	.	TCTC	T	1512.72	PASS	AA=0;AC=48;AF=0.0956;AN=502;BaseQRankSum=7.692;DP=637;FS=23.124;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=9.4820;InbreedingCoeff=0.1138;MQ=16.24;MQ0=806;MQRankSum=2.820;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.969;SB=-605.62;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.9367;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM22A:ENSG00000184923.6:+:deletionNFS:3/4:FAM22A-202:ENST00000381707.1:2637_2437_813_SP->S:FAM22A-203:ENST00000416901.2:2418_2218_740_SP->S:FAM22A-204:ENST00000432986.2:789_589_197_SP->S
chr10	89268233	.	A	AC	13.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1053;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.8322;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MINPP1:ENSG00000107789.10:+:insertionFS:4/4:MINPP1-001:ENST00000371996.4:1464_778:MINPP1-002:ENST00000371994.4:939_778:MINPP1-202:ENST00000546140.1:1041_355:MINPP1-201:ENST00000536010.1:861_175
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chr10	91198393	.	G	GC	7.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1540;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2119;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC16A12:ENSG00000152779.11:-:insertionFS:3/3:SLC16A12-001:ENST00000371790.4:1551_996:SLC16A12-201:ENST00000341233.4:1461_906:SLC16A12-202:ENST00000544887.1:453_327
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chr10	93601945	.	C	CA	88.94	PASS	AA=.;AC=30;AF=0.02479;AN=1210;BaseQRankSum=-5.282;DP=3154;DS;FS=8.134;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=13.0406;InbreedingCoeff=0.0594;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=1.083;QD=0.70;ReadPosRankSum=-0.045;SB=-198.30;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=5.1417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNKS2:ENSG00000107854.5:+:insertionFS:1/1:TNKS2-001:ENST00000371627.4:3501_1856
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chr10	93999431	.	A	AC	30.95	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0333;AN=300;DP=439;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=5.9807;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CPEB3:ENSG00000107864.8:-:insertionFS:3/3:CPEB3-002:ENST00000265997.4:2097_677:CPEB3-001:ENST00000394210.1:2055_677:CPEB3-201:ENST00000412050.2:2055_677
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chr10	94733849	.	C	CT	9.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1169;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.9906;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXOC6:ENSG00000138190.12:+:insertionFS:4/5:EXOC6-201:ENST00000371547.4:2463_1861:EXOC6-202:ENST00000371552.4:2400_1798:EXOC6-001:ENST00000260762.6:2415_1813:EXOC6-203:ENST00000443748.2:2106_1504
chr10	94774024	.	A	AG	5.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1061;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.8274;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EXOC6:ENSG00000138190.12:+:spliceOverlap:4/5:EXOC6-201:ENST00000371547.4:2463:EXOC6-202:ENST00000371552.4:2400:EXOC6-001:ENST00000260762.6:2415:EXOC6-203:ENST00000443748.2:2106
chr10	94824276	.	T	TCCATGCA	820.60	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0032;AN=634;DP=1690;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=2;SZ=7;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9638;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP26C1:ENSG00000187553.5:+:insertionFS:1/1:CYP26C1-001:ENST00000285949.5:1569_844
chr10	95088614	.	A	AT	85.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=430;BaseQRankSum=0.664;DP=1370;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=17.2084;InbreedingCoeff=0.1385;MQ=58.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=7.73;ReadPosRankSum=0.532;SB=-78.92;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.3030;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYOF:ENSG00000138119.10:-:insertionFS:5/7:MYOF-004:ENST00000358334.5:6147_4998:MYOF-005:ENST00000359263.4:6186_5037:MYOF-202:ENST00000371501.4:6186_5037:MYOF-203:ENST00000371502.4:6156_5094:MYOF-201:ENST00000347778.6:732_225
chr10	95126218	.	TTGAG	T	39.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1117;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.5871;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYOF:ENSG00000138119.10:-:deletionFS:4/7:MYOF-004:ENST00000358334.5:6147_2645:MYOF-005:ENST00000359263.4:6186_2684:MYOF-202:ENST00000371501.4:6186_2684:MYOF-203:ENST00000371502.4:6156_2684
chr10	95163810	.	CAGAG	C	91.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1339;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.2671;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYOF:ENSG00000138119.10:-:deletionFS:5/7:MYOF-004:ENST00000358334.5:6147_813:MYOF-005:ENST00000359263.4:6186_813:MYOF-202:ENST00000371501.4:6186_813:MYOF-203:ENST00000371502.4:6156_813:MYOF-003:ENST00000371489.1:1338_813
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chr10	96087731	.	A	ATCTT	75.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;BaseQRankSum=-0.999;DP=1189;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=4;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4643;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCE1:ENSG00000138193.8:+:insertionFS:1/4:PLCE1-001:ENST00000371380.1:6939_6913
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chr10	99126521	rs28362479	GCTC	G	19.35	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0079;AN=382;DB;DP=789;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.6513;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRP12:ENSG00000052749.9:-:deletionNFS:4/4:RRP12-008:ENST00000315563.6:3594_2893_965_PA->A:RRP12-007:ENST00000370992.4:3894_3193_1065_PA->A:RRP12-201:ENST00000414986.1:3711_3010_1004_PA->A:RRP12-202:ENST00000536831.1:3048_2347_783_PA->A
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chr10	99229886	.	CAG	C	7.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=536;DP=1506;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.9571;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMS19:ENSG00000155229.13:-:deletionFS:5/7:MMS19-018:ENST00000327238.10:2799_846:MMS19-203:ENST00000355839.6:2964_717:MMS19-006:ENST00000370782.1:3093_846:MMS19-204:ENST00000422291.2:3030_783:MMS19-005:ENST00000438925.2:3093_846
chr10	99439661	.	AT	A	530.27	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0224;AN=402;DP=1018;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.0741;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AVPI1:ENSG00000119986.6:-:deletionFS:1/1:AVPI1-001:ENST00000370626.3:444_2
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chr10	105795283	.	GC	G	59.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;DP=1306;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.6436;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COL17A1:ENSG00000065618.11:-:deletionFS:2/4:COL17A1-001:ENST00000353479.5:4494_3457:COL17A1-003:ENST00000369733.3:4248_3322
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chr10	111860445	.	ACTC	A	9.59	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0087;AN=458;BaseQRankSum=2.876;DP=1452;DS;FS=4.773;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.7501;InbreedingCoeff=0.1643;MQ=67.51;MQ0=0;MQRankSum=2.204;QD=0.44;ReadPosRankSum=0.841;SB=-9.74;SZ=-3;TR=13;TU=CCT;VQSLOD=5.9066;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ADD3:ENSG00000148700.8:+:deletionNFS:3/3:ADD3-002:ENST00000277900.8:2025_34_12_TP->T:ADD3-001:ENST00000356080.4:2121_34_12_TP->T:ADD3-003:ENST00000360162.3:2025_34_12_TP->T
chr10	111893349	.	C	CA	48.62	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0229;AN=350;DP=1061;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.0049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADD3:ENSG00000148700.8:+:insertionFS:3/3:ADD3-002:ENST00000277900.8:2025_1998:ADD3-001:ENST00000356080.4:2121_2094:ADD3-003:ENST00000360162.3:2025_1998
chr10	112350173	.	A	AT	8.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1226;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.0092;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SMC3:ENSG00000108055.9:+:insertionFS:1/1:SMC3-001:ENST00000361804.4:3654_1513
chr10	112838557	.	TGGGCCCCGAGCGCAGCGC	T	300.09	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0175;AN=228;DP=289;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-18;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6831;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ADRA2A:ENSG00000150594.5:+:deletionNFS:1/1:ADRA2A-001:ENST00000280155.2:1398_803_268_LGPERSA->L
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chr10	120900788	.	T	TC	18.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=1134;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=5.5407;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SFXN4:ENSG00000183605.10:-:insertionFS:3/3:SFXN4-201:ENST00000330036.6:987_953:SFXN4-001:ENST00000355697.2:1014_980:SFXN4-202:ENST00000392875.2:663_629
chr10	120927991	.	T	TAG	94.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=1016;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6535;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRDX3:ENSG00000165672.5:-:startOverlap:2/2:PRDX3-001:ENST00000298510.2:771:PRDX3-201:ENST00000356951.3:717
chr10	121429647	.	A	AGCG	185.43	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0159;AN=314;DP=694;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=11;TU=CGG;VQSLOD=6.7419;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:BAG3:ENSG00000151929.5:+:insertionNFS:1/1:BAG3-001:ENST00000369085.3:1728_465_155_A->AA
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chr10	124345798	.	TG	T	154.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1492;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=7.2268;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DMBT1:ENSG00000187908.8:+:deletionFS:9/16:DMBT1-001:ENST00000338354.3:7242_1682:DMBT1-005:ENST00000339871.3:7242_1682:DMBT1-003:ENST00000341278.4:7242_1682:DMBT1-008:ENST00000344338.3:7212_1652:DMBT1-204:ENST00000368909.3:7242_1682:DMBT1-002:ENST00000368915.1:7629_1682:DMBT1-006:ENST00000368942.1:7239_1682:DMBT1-004:ENST00000368953.1:7242_1682:DMBT1-205:ENST00000368955.3:7212_1652
chr10	124691980	.	TA	T	4.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=718;BaseQRankSum=2.114;DP=1607;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=10.1003;InbreedingCoeff=0.0568;MQ=73.66;MQ0=1;MQRankSum=0.312;QD=1.02;ReadPosRankSum=0.207;SB=-31.05;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9438;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf88:ENSG00000119965.8:-:deletionFS:1/1:C10orf88-001:ENST00000481909.1:1338_1301
chr10	125426141	.	C	CG	12.42	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0833;AN=156;BaseQRankSum=1.779;DP=199;FS=3.364;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.7808;InbreedingCoeff=0.2599;MQ=48.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.879;QD=0.54;ReadPosRankSum=0.252;SZ=1;TR=8;TU=CGGG;VQSLOD=6.2601;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GPR26:ENSG00000154478.3:+:insertionFS:1/1:GPR26-001:ENST00000284674.1:1014_218
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chr10	125780755	.	G	GGT	682.43	PASS	AA=.;AC=28;AF=0.0538;AN=520;BaseQRankSum=-5.134;DP=585;FS=18.371;HR=12;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.2153;InbreedingCoeff=0.1516;MQ=57.03;MQ0=0;MQRankSum=1.663;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.261;SB=-276.56;SZ=.;TR=12;TU=G;VQSLOD=6.5038;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CHST15:ENSG00000182022.12:-:insertionFS:2/5:CHST15-201:ENST00000421115.1:1521_1364:CHST15-204:ENST00000546346.1:1449_1363
chr10	125804363	.	G	GC	6.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=388;DP=900;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.5221;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CHST15:ENSG00000182022.12:-:insertionFS:4/5:CHST15-001:ENST00000346248.5:1686_619:CHST15-203:ENST00000435907.1:1686_619:CHST15-201:ENST00000421115.1:1521_619:CHST15-204:ENST00000546346.1:1449_619
chr10	125805262	.	ATAAT	A	43.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=982;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=9;TU=AATT;VQSLOD=5.4583;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHST15:ENSG00000182022.12:-:deletionFS:5/5:CHST15-202:ENST00000434607.2:624_467:CHST15-001:ENST00000346248.5:1686_467:CHST15-203:ENST00000435907.1:1686_467:CHST15-201:ENST00000421115.1:1521_467:CHST15-204:ENST00000546346.1:1449_467
chr10	126463302	.	GC	G	4.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=338;BaseQRankSum=2.749;DP=828;FS=2.057;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=11.0135;InbreedingCoeff=0.0515;MQ=66.30;MQ0=0;MQRankSum=1.105;QD=0.71;ReadPosRankSum=-2.017;SB=-28.36;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:METTL10:ENSG00000203791.6:-:deletionFS:2/2:METTL10-001:ENST00000368836.2:876_341:METTL10-201:ENST00000358960.6:576_341
chr10	126673560	rs112752280	G	GA,GAA	6569.63	PASS	AA=.;AC=143,5;AF=0.07274,0.00254;AN=1966;BaseQRankSum=-15.141;DB;DP=5125;DS;FS=2.253;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=15.7390;InbreedingCoeff=0.1796;MQ=76.78;MQ0=0;MQRankSum=1.879;QD=9.97;ReadPosRankSum=-2.397;SB=-3107.68;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.9825;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZRANB1:ENSG00000019995.6:+:insertionFS:1/1:ZRANB1-001:ENST00000359653.4:2127_2126,2:ZRANB1:ENSG00000019995.6:+:endOverlap:1/1:ZRANB1-001:ENST00000359653.4:2127
chr10	126715803	.	CCT	C	264.22	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0051;AN=592;DP=1247;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.0082;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTBP2:ENSG00000175029.11:-:deletionFS:1/6:CTBP2-006:ENST00000309035.6:2958_526
chr10	127422012	.	G	GA	41.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=456;DP=1124;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.4090;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf137:ENSG00000107938.12:+:insertionFS:3/3:C10orf137-001:ENST00000337623.3:3615_1066:C10orf137-007:ENST00000356792.4:3717_1168:C10orf137-201:ENST00000392732.3:2388_1168
chr10	127668863	.	TGAA	T	1533.87	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.02166;AN=1062;BaseQRankSum=9.486;DP=2529;DS;FS=9.675;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.4397;InbreedingCoeff=0.0985;MQ=77.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.772;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.131;SB=-591.42;SZ=-3;TR=11;TU=AAG;VQSLOD=7.9230;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANK1:ENSG00000203780.5:+:deletionNFS:5/5:FANK1-202:ENST00000368693.1:1038_147_49_IE->I:FANK1-201:ENST00000368692.2:1116_147_49_IE->I:FANK1-001:ENST00000368695.1:1020_129_43_IE->I:FANK1-010:ENST00000368689.1:402_129_43_IE->I:FANK1-203:ENST00000449042.2:441_129_43_IE->I
chr10	127697944	.	TG	T	33.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1223;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.2743;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANK1:ENSG00000203780.5:+:deletionFS:3/5:FANK1-202:ENST00000368693.1:1038_975:FANK1-201:ENST00000368692.2:1116_1053:FANK1-001:ENST00000368695.1:1020_957
chr10	127697994	.	C	CT	24.09	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=442;DP=1156;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.0340;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANK1:ENSG00000203780.5:+:insertionFS:3/5:FANK1-202:ENST00000368693.1:1038_1025:FANK1-201:ENST00000368692.2:1116_1103:FANK1-001:ENST00000368695.1:1020_1007
chr10	129536992	.	G	GGCC	346.22	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0190;AN=578;BaseQRankSum=-2.052;DP=762;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=12.9448;InbreedingCoeff=0.1005;MQ=55.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.878;QD=17.31;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-184.05;SZ=3;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=6.9365;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FOXI2:ENSG00000186766.7:+:insertionNFS:1/1:FOXI2-001:ENST00000388920.4:957_720_240_E->EA
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chr10	129901545	.	CT	C	7.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1341;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.5834;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MKI67:ENSG00000148773.7:-:deletionFS:3/5:MKI67-002:ENST00000368653.3:8691_7479:MKI67-001:ENST00000368654.3:9771_8559:MKI67-202:ENST00000537609.1:9768_8556
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chr10	129905753	.	T	TGCTGGG	5254.66	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0227;AN=836;BaseQRankSum=7.196;DP=2500;DS;FS=7.709;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=35.0263;InbreedingCoeff=0.1814;MQ=56.03;MQ0=25;MQRankSum=-7.103;QD=54.17;ReadPosRankSum=0.461;SB=-2245.28;SZ=6;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.3178;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MKI67:ENSG00000148773.7:-:insertionNFS:3/5:MKI67-002:ENST00000368653.3:8691_3271_1091_S->PSS:MKI67-001:ENST00000368654.3:9771_4351_1451_S->PSS:MKI67-202:ENST00000537609.1:9768_4348_1450_S->PSS
chr10	129906388	.	T	TC	12.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1257;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0759;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MKI67:ENSG00000148773.7:-:insertionFS:3/5:MKI67-002:ENST00000368653.3:8691_2636:MKI67-001:ENST00000368654.3:9771_3716:MKI67-202:ENST00000537609.1:9768_3713
chr10	129913973	.	AT	A	17.54	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0044;AN=680;DP=1624;DS;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=T;VQSLOD=5.9916;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MKI67:ENSG00000148773.7:-:deletionFS:2/5:MKI67-001:ENST00000368654.3:9771_699:MKI67-202:ENST00000537609.1:9768_699
chr10	133784202	.	T	TC	12.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1482;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8517;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BNIP3:ENSG00000176171.7:-:insertionFS:2/2:BNIP3-001:ENST00000368636.4:585_479:BNIP3-201:ENST00000540159.1:543_479
chr10	133784400	.	AT	A	54.59	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00548;AN=1278;BaseQRankSum=3.328;DP=3103;DS;FS=9.819;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.4593;InbreedingCoeff=0.0397;MQ=62.52;MQ0=0;MQRankSum=-4.416;QD=1.30;ReadPosRankSum=-1.023;SB=-36.28;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9042;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BNIP3:ENSG00000176171.7:-:deletionFS:2/2:BNIP3-001:ENST00000368636.4:585_357:BNIP3-201:ENST00000540159.1:543_357
chr10	134013964	.	CCT	C	104.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=588;DP=1395;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=8.1258;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DPYSL4:ENSG00000151640.7:+:deletionFS:3/3:DPYSL4-001:ENST00000338492.3:1719_916:DPYSL4-004:ENST00000368627.1:1239_616:DPYSL4-201:ENST00000368629.1:1239_616
chr10	134188670	.	TG	T	6.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;DP=766;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8572;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC27:ENSG00000148814.13:+:deletionFS:4/9:LRRC27-005:ENST00000368613.4:1593_1517:LRRC27-004:ENST00000368614.3:1593_1517:LRRC27-202:ENST00000368610.3:1407_1331:LRRC27-009:ENST00000368612.1:1407_1331
chr10	134598915	.	GCTT	G	114.62	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0372;AN=188;DP=211;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=5.4603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NKX6-2:ENSG00000148826.5:-:deletionNFS:1/1:NKX6-2-001:ENST00000368592.4:834_448_150_HS->S
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chr10	134686119	.	ATGT	A	33.69	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0036;AN=552;DP=1463;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=GTT;VQSLOD=5.7975;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C10orf93:ENSG00000171811.7:-:deletionNFS:1/4:C10orf93-202:ENST00000368582.2:4593_4572_1524_HV->V
chr10	134743219	.	ATCT	A	64.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=404;DP=1170;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.2557;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C10orf93:ENSG00000171811.7:-:deletionNFS:3/4:C10orf93-001:ENST00000368586.4:8148_956_319_ME->E:C10orf93-202:ENST00000368582.2:4593_956_319_ME->E:C10orf93-008:ENST00000368585.3:1218_956_319_ME->E
chr10	134885480	.	AG	A	569.93	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0243;AN=370;DP=820;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.8977;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR123:ENSG00000197177.8:+:deletionFS:2/4:GPR123-201:ENST00000368577.4:3837_239:GPR123-202:ENST00000392609.3:2559_239
chr10	134902448	.	T	TG	78.45	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0089;AN=672;BaseQRankSum=-1.619;DP=917;FS=1.803;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=10.8829;InbreedingCoeff=0.1182;MQ=55.58;MQ0=0;MQRankSum=1.658;QD=8.17;ReadPosRankSum=-0.670;SB=-51.87;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=7.2301;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPR123:ENSG00000197177.8:+:insertionFS:2/4:GPR123-201:ENST00000368577.4:3837_1667:GPR123-202:ENST00000392609.3:2559_1667
chr10	134999613	.	C	CCAGA	94.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=374;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.7051;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNDC1:ENSG00000171798.12:+:insertionFS:3/3:KNDC1-006:ENST00000304613.3:5250_761:KNDC1-201:ENST00000368572.2:5256_761:KNDC1-001:ENST00000368571.2:3426_566
chr10	135020737	.	CT	C	64.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=412;DP=840;HR=5;HRun=1;HU=C;InbreedingCoeff=-0.0531;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.0153;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNDC1:ENSG00000171798.12:+:deletionFS:2/3:KNDC1-006:ENST00000304613.3:5250_3676:KNDC1-201:ENST00000368572.2:5256_3682
chr10	135026424	rs79042700	C	CA	64.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DB;DP=844;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=7.5516;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNDC1:ENSG00000171798.12:+:insertionFS:2/3:KNDC1-006:ENST00000304613.3:5250_4441:KNDC1-201:ENST00000368572.2:5256_4447
chr10	135270836	.	CT	C	473.02	PASS	AA=0;AC=86;AF=0.1059;AN=812;BaseQRankSum=17.842;DP=1498;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.8082;InbreedingCoeff=0.2091;MQ=56.44;MQ0=0;MQRankSum=3.681;QD=2.37;ReadPosRankSum=3.026;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.1114;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:deletionFS:1/2:RP11-108K14.4-002:ENST00000333815.6:3084_439
chr10	135270837	.	TC	T	7767.60	PASS	AA=0;AC=307;AF=0.19164;AN=1602;BaseQRankSum=8.011;DP=2994;DS;FS=2.635;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=11.1959;InbreedingCoeff=0.1910;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=1.217;QD=19.27;ReadPosRankSum=1.777;SB=-3556.41;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.5217;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:deletionFS:1/2:RP11-108K14.4-002:ENST00000333815.6:3084_440
chr10	135278244	rs111769579	CTGGGGTG	C	20092.94	PASS	AA=1;AC=405;AF=0.28047;AN=1444;BaseQRankSum=15.579;DB;DP=2249;DS;FS=48.434;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.7869;InbreedingCoeff=0.2130;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-10.897;QD=32.25;ReadPosRankSum=5.103;SB=-8779.47;SZ=7;TR=19;TU=GGGGTGT;VQSLOD=5.1401;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:deletionFS:1/2:RP11-108K14.4-002:ENST00000333815.6:3084_2104,1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:spliceOverlap:1/2:RP11-108K14.4-201:ENST00000356567.5:2082
chr10	135278257	.	TGTGGGGA	T	10771.34	PASS	AA=1;AC=288;AF=0.18414;AN=1564;BaseQRankSum=20.617;DP=2342;DS;FS=29.999;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.3997;InbreedingCoeff=0.0689;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-15.044;QD=20.44;ReadPosRankSum=11.606;SB=-4447.23;SZ=7;TR=19;TU=GGGGTGT;VQSLOD=5.1058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:deletionFS:2/2:RP11-108K14.4-002:ENST00000333815.6:3084_2117:RP11-108K14.4-201:ENST00000356567.5:2082_1508
chr10	135281453	.	TGGA	T	897.55	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0223;AN=448;DP=1590;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=8.0219;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-108K14.4:ENSG00000214279.6:+:deletionNFS:1/2:RP11-108K14.4-002:ENST00000333815.6:3084_3065_1022_LE->L
chr10	135368489	rs71228758	A	AGCTGAGACGG	36960.25	PASS	AA=1;AC=227;AF=0.10977;AN=2068;BaseQRankSum=5.554;DB;DP=5081;DS;FS=3.028;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=40.0470;InbreedingCoeff=0.1693;MQ=65.72;MQ0=0;MQRankSum=-22.650;QD=64.28;ReadPosRankSum=2.861;SB=-13579.01;SZ=-10;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.7192;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SYCE1:ENSG00000171772.10:-:startOverlap:1/4:SYCE1-202:ENST00000343131.5:1056
chr10	135381830	.	G	GC	122.57	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0048;AN=626;BaseQRankSum=-2.150;DP=998;FS=1.619;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=9.3382;InbreedingCoeff=0.1500;MQ=59.58;MQ0=1;MQRankSum=0.186;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.478;SB=-78.49;SZ=1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=7.3741;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SPRNP1:ENSG00000230786.2:-:insertionFS:1/1:SPRNP1-201:ENST00000450958.2:510_14
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chr11	209893	.	AACC	A	16924.65	PASS	AA=1;AC=697;AF=0.35817;AN=1946;BaseQRankSum=35.006;DP=4832;DS;FS=11.422;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.9455;InbreedingCoeff=0.1290;MQ=63.12;MQ0=0;MQRankSum=-9.045;QD=11.53;ReadPosRankSum=6.559;SB=-8348.94;SZ=3;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9064;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RIC8A:ENSG00000177963.7:+:deletionNFS:3/4:RIC8A-001:ENST00000325207.5:1614_619_207_NP->T:RIC8A-002:ENST00000526104.1:1596_619_207_NP->T:RIC8A-003:ENST00000527696.1:1578_601_201_NP->T
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chr11	209897	rs4029256	C	CA	4854.08	PASS	AA=.;AC=298;AF=0.15472;AN=1926;BaseQRankSum=-3.286;DB;DP=2967;DS;FS=4.443;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=25.6021;InbreedingCoeff=0.1363;MQ=63.34;MQ0=0;MQRankSum=12.831;QD=6.72;ReadPosRankSum=-13.460;SB=-2110.08;SZ=.;TR=9;TU=ACCC;VQSLOD=4.8626;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RIC8A:ENSG00000177963.7:+:insertionFS:3/4:RIC8A-001:ENST00000325207.5:1614_623:RIC8A-002:ENST00000526104.1:1596_623:RIC8A-003:ENST00000527696.1:1578_605
chr11	209898	.	CCCA	C	16780.43	PASS	AA=1;AC=718;AF=0.37631;AN=1908;BaseQRankSum=34.371;DP=4794;DS;FS=15.110;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=28.4243;InbreedingCoeff=0.1766;MQ=62.87;MQ0=0;MQRankSum=-6.950;QD=11.58;ReadPosRankSum=6.239;SB=-7981.73;SZ=3;TR=9;TU=ACCC;VQSLOD=4.8982;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RIC8A:ENSG00000177963.7:+:deletionNFS:3/4:RIC8A-001:ENST00000325207.5:1614_624_208_PP->P:RIC8A-002:ENST00000526104.1:1596_624_208_PP->P:RIC8A-003:ENST00000527696.1:1578_606_202_PP->P
chr11	281552	.	AGAG	A	19.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=930;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=16;TU=AGG;VQSLOD=6.5705;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NLRP6:ENSG00000174885.8:+:deletionNFS:2/2:NLRP6-001:ENST00000312165.5:2679_1818_606_PE->P:NLRP6-002:ENST00000534750.1:2676_1818_606_PE->P
chr11	281784	.	GAGA	G	1532.82	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0652;AN=414;DP=1009;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=15;TU=AAG;VQSLOD=7.6324;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NLRP6:ENSG00000174885.8:+:deletionNFS:2/2:NLRP6-001:ENST00000312165.5:2679_2050_684_EK->E:NLRP6-002:ENST00000534750.1:2676_2050_684_EK->E
chr11	292622	.	TCCA	T	84.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1089;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4929;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATHL1:ENSG00000142102.11:+:deletionNFS:3/3:ATHL1-002:ENST00000409479.1:2295_1103_368_VH->V:ATHL1-004:ENST00000409548.2:2214_1103_368_VH->V:ATHL1-001:ENST00000409655.1:1470_572_191_VH->V
chr11	418966	.	TG	T	7.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=584;DP=1187;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANO9:ENSG00000185101.8:-:deletionFS:1/1:ANO9-001:ENST00000332826.6:2349_1958
chr11	502129	rs71462090	ACTGGATGTCCAGGCT	A	7795.07	PASS	AA=.;AC=77;AF=0.06790;AN=1134;BaseQRankSum=12.461;DB;DP=2644;DS;FS=7.583;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=46.0836;InbreedingCoeff=0.2151;MQ=65.64;MQ0=1;MQRankSum=-6.432;QD=29.42;ReadPosRankSum=4.499;SB=-2760.15;SZ=.;TR=31;TU=AGGCTCTGGATGTCC;VQSLOD=6.0311;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RNH1:ENSG00000023191.11:-:deletionNFS:8/8:RNH1-004:ENST00000354420.2:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-201:ENST00000356187.5:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-202:ENST00000397604.3:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-012:ENST00000397614.1:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-011:ENST00000397615.2:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-203:ENST00000438658.2:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-005:ENST00000533410.1:1386_34_12_CEELSD->D:RNH1-009:ENST00000534797.1:1386_34_12_CEELSD->D
chr11	502145	.	CTGG	C,CATGG	681.12	PASS	AA=.;AC=39,19;AF=0.0461,0.0225;AN=846;BaseQRankSum=13.013;DP=1703;FS=8.668;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=17.7684;InbreedingCoeff=0.1605;MQ=66.96;MQRankSum=-7.027;QD=3.20;ReadPosRankSum=4.667;SB=-459.08;SZ=.;TR=31;TU=AGGCTCTGGATGTCC;VQSLOD=6.0871;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RNH1:ENSG00000023191.11:-:deletionNFS:8/8:RNH1-004:ENST00000354420.2:1386_18_6_QS->S:RNH1-201:ENST00000356187.5:1386_18_6_QS->S:RNH1-202:ENST00000397604.3:1386_18_6_QS->S:RNH1-012:ENST00000397614.1:1386_18_6_QS->S:RNH1-011:ENST00000397615.2:1386_18_6_QS->S:RNH1-203:ENST00000438658.2:1386_18_6_QS->S:RNH1-005:ENST00000533410.1:1386_18_6_QS->S:RNH1-009:ENST00000534797.1:1386_18_6_QS->S,2:RNH1:ENSG00000023191.11:-:insertionFS:8/8:RNH1-004:ENST00000354420.2:1386_18:RNH1-201:ENST00000356187.5:1386_18:RNH1-202:ENST00000397604.3:1386_18:RNH1-012:ENST00000397614.1:1386_18:RNH1-011:ENST00000397615.2:1386_18:RNH1-203:ENST00000438658.2:1386_18:RNH1-005:ENST00000533410.1:1386_18:RNH1-009:ENST00000534797.1:1386_18
chr11	502754	.	GC	G	8417.19	PASS	AA=.;AC=124;AF=0.09873;AN=1256;BaseQRankSum=9.202;DP=2589;DS;FS=6.576;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.9301;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=64.32;MQ0=0;MQRankSum=0.806;QD=18.66;ReadPosRankSum=3.787;SB=-3893.47;SZ=.;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=8.0018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC137894.1:ENSG00000256595.1:-:deletionFS:1/1:AC137894.1-201:ENST00000426245.2:597_69
chr11	608502	rs113708663	CGGACGCGCTCTG	C	10879.28	PASS	AA=.;AC=88;AF=0.07261;AN=1212;BaseQRankSum=16.213;DB;DP=2913;DS;FS=6.494;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=38.9715;InbreedingCoeff=0.1582;MQ=56.12;MQ0=0;MQRankSum=-11.467;QD=36.26;ReadPosRankSum=5.370;SB=-4744.72;SZ=.;TR=24;TU=ACGCGCTCTGGG;VQSLOD=6.5315;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PHRF1:ENSG00000070047.6:+:deletionNFS:4/4:PHRF1-001:ENST00000264555.5:4950_3046_1016_RTRSG->R:PHRF1-007:ENST00000413872.2:4944_3040_1014_RTRSG->R:PHRF1-008:ENST00000416188.2:4947_3043_1015_RTRSG->R:PHRF1-003:ENST00000533464.1:4938_3034_1012_RTRSG->R
chr11	614904	.	C	CG	7.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=688;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3014;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IRF7:ENSG00000185507.14:-:insertionFS:5/7:IRF7-005:ENST00000348655.6:1425_287:IRF7-203:ENST00000397570.1:1425_287:IRF7-002:ENST00000397574.2:1512_287:IRF7-001:ENST00000330243.5:1551_326:IRF7-202:ENST00000397566.1:1551_326
chr11	617406	.	G	GCGCCCT	394.88	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.0330;AN=424;BaseQRankSum=-3.907;DP=609;FS=0.978;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=25.6773;InbreedingCoeff=0.2217;MQ=54.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.427;QD=10.39;ReadPosRankSum=-2.306;SB=-214.35;SZ=.;TR=13;TU=CCCTCG;VQSLOD=7.2034;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDHR5:ENSG00000099834.13:-:insertionNFS:3/4:CDHR5-002:ENST00000349570.7:1956_1901_634_A->EGA:CDHR5-001:ENST00000358353.3:2538_2483_828_A->EGA:CDHR5-202:ENST00000397542.2:2538_2483_828_A->EGA
chr11	618820	.	TGA	T	362.20	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0254;AN=394;DP=892;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.1783;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDHR5:ENSG00000099834.13:-:deletionFS:2/4:CDHR5-001:ENST00000358353.3:2538_1739:CDHR5-202:ENST00000397542.2:2538_1739
chr11	704602	.	AG	A	7319.42	PASS	AA=0;AC=558;AF=0.30931;AN=1804;BaseQRankSum=29.460;DP=4358;FS=5.091;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=22.9169;InbreedingCoeff=0.1344;MQ=70.99;MQ0=1;MQRankSum=0.265;QD=6.77;ReadPosRankSum=4.802;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4980;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TMEM80:ENSG00000177042.9:+:deletionFS:1/3:TMEM80-005:ENST00000526170.1:633_589
chr11	704604	rs35782494	GA	G	32668.86	PASS	AA=0;AC=634;AF=0.35105;AN=1806;BaseQRankSum=31.669;DB;DP=4319;DS;FS=1.546;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.3005;InbreedingCoeff=0.1537;MQ=67.87;MQ0=1;MQRankSum=2.507;QD=22.03;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-15976.56;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=9.4401;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMEM80:ENSG00000177042.9:+:deletionFS:1/3:TMEM80-005:ENST00000526170.1:633_591
chr11	720552	.	GC	G	432.74	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0157;AN=830;BaseQRankSum=5.051;DP=1520;DS;FS=4.287;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=10.2922;InbreedingCoeff=0.0752;MQ=65.09;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.152;SB=-261.72;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.7275;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPS8L2:ENSG00000177106.9:+:deletionFS:1/4:EPS8L2-006:ENST00000526198.1:2196_331
chr11	837352	.	G	GT	9.84	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0016;AN=608;DP=1495;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.7689;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD151:ENSG00000177697.12:+:insertionFS:4/5:CD151-001:ENST00000322008.4:762_454:CD151-201:ENST00000397420.3:762_454:CD151-202:ENST00000397421.1:762_454:CD151-014:ENST00000528011.1:756_454
chr11	869858	.	C	CT	24.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=292;DP=601;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.6234;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHID1:ENSG00000177830.13:-:insertionFS:8/8:CHID1-201:ENST00000323541.7:1272_1272:CHID1-202:ENST00000323578.8:1182_1182:CHID1-203:ENST00000336845.5:1257_1257:CHID1-003:ENST00000429789.2:1089_1089:CHID1-004:ENST00000436108.2:1182_1182:CHID1-001:ENST00000449825.1:1182_1182:CHID1-204:ENST00000454838.2:1257_1257:CHID1-002:ENST00000528581.1:1257_1257
chr11	900079	.	G	GT	56.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;DP=1575;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.6398;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHID1:ENSG00000177830.13:-:insertionFS:8/8:CHID1-201:ENST00000323541.7:1272_561:CHID1-202:ENST00000323578.8:1182_471:CHID1-203:ENST00000336845.5:1257_546:CHID1-003:ENST00000429789.2:1089_471:CHID1-004:ENST00000436108.2:1182_471:CHID1-001:ENST00000449825.1:1182_471:CHID1-204:ENST00000454838.2:1257_546:CHID1-002:ENST00000528581.1:1257_546
chr11	1016390	.	GGCA	G	20.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=542;DP=1745;DS;HR=5;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.1585;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC6:ENSG00000184956.11:-:deletionNFS:1/1:MUC6-001:ENST00000421673.2:7320_6411_2137_AP->P
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chr11	1029105	.	TGTC	T	75.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=396;DP=670;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1641;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC6:ENSG00000184956.11:-:deletionNFS:1/1:MUC6-001:ENST00000421673.2:7320_1321_441_KS->S
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chr11	1251777	.	GACA	G	114.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=368;DP=778;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.5413;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC5B:ENSG00000117983.12:+:deletionNFS:4/8:MUC5B-202:ENST00000406844.3:16584_1525_509_DN->D:MUC5B-201:ENST00000349637.6:17121_1420_474_DN->D:MUC5B-203:ENST00000447027.1:17298_1426_476_DN->D:MUC5B-002:ENST00000529681.1:17289_1417_473_DN->D
chr11	1262965	.	GCCA	G	108.38	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.01351;AN=1036;BaseQRankSum=1.585;DP=1982;DS;FS=1.305;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.9274;InbreedingCoeff=0.1281;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.339;QD=3.74;ReadPosRankSum=0.220;SB=-82.50;SZ=.;TR=17;TU=ACC;VQSLOD=7.3313;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MUC5B:ENSG00000117983.12:+:deletionNFS:4/8:MUC5B-202:ENST00000406844.3:16584_5065_1689_AT->A:MUC5B-201:ENST00000349637.6:17121_4858_1620_AT->A:MUC5B-203:ENST00000447027.1:17298_4864_1622_AT->A:MUC5B-002:ENST00000529681.1:17289_4855_1619_AT->A
chr11	1266625	.	ACCACGG	A	335.18	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0129;AN=620;BaseQRankSum=4.819;DP=964;DS;FS=12.471;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.7707;InbreedingCoeff=0.1816;MQ=36.04;MQ0=395;MQRankSum=0.455;QD=16.76;ReadPosRankSum=-0.276;SB=6.47;SZ=-6;TR=16;TU=ACGGCC;VQSLOD=6.1112;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MUC5B:ENSG00000117983.12:+:deletionNFS:4/8:MUC5B-202:ENST00000406844.3:16584_8395_2799_TTA->T:MUC5B-201:ENST00000349637.6:17121_8431_2811_TTA->T:MUC5B-203:ENST00000447027.1:17298_8524_2842_TTA->T:MUC5B-002:ENST00000529681.1:17289_8515_2839_TTA->T
chr11	1267057	.	CCCT	C	222.92	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0152;AN=394;DP=760;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.8187;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC5B:ENSG00000117983.12:+:deletionNFS:4/8:MUC5B-202:ENST00000406844.3:16584_8827_2943_PS->P:MUC5B-201:ENST00000349637.6:17121_8863_2955_PS->P:MUC5B-203:ENST00000447027.1:17298_8956_2986_PS->P:MUC5B-002:ENST00000529681.1:17289_8947_2983_PS->P
chr11	1271218	rs61430934	GCCA	G	4296.11	PASS	AA=0;AC=91;AF=0.05597;AN=1626;BaseQRankSum=9.210;DB;DP=3207;DS;FS=11.866;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.2758;InbreedingCoeff=0.0684;MQ=32.50;MQ0=628;MQRankSum=1.246;QD=14.56;ReadPosRankSum=2.478;SB=-1636.28;SZ=-3;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=7.0417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MUC5B:ENSG00000117983.12:+:deletionNFS:5/8:MUC5B-202:ENST00000406844.3:16584_12658_4220_AT->A:MUC5B-201:ENST00000349637.6:17121_12940_4314_AT->A:MUC5B-203:ENST00000447027.1:17298_13117_4373_AT->A:MUC5B-002:ENST00000529681.1:17289_13108_4370_AT->A:MUC5B-204:ENST00000535652.1:1608_445_149_AT->A
chr11	1606491	rs113310229	AT	A	299.21	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0122;AN=410;DB;DP=676;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1110;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP006285.1:ENSG00000197001.2:+:deletionFS:1/1:AP006285.1-201:ENST00000359696.2:597_430
chr11	1651645	.	A	AG	77.05	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0177;AN=848;BaseQRankSum=6.719;DP=1284;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.7659;InbreedingCoeff=0.0577;MQ=54.32;MQ0=31;MQRankSum=0.281;QD=1.64;ReadPosRankSum=-1.405;SB=-42.23;SZ=1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=5.8351;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-5:ENSG00000185940.8:+:insertionFS:2/2:KRTAP5-5-001:ENST00000399676.2:714_575:KRTAP5-5-201:ENST00000422553.2:627_488
chr11	1887911	.	A	AT	12.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=568;DP=1136;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.0046;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LSP1:ENSG00000130592.9:+:insertionFS:1/4:LSP1-001:ENST00000381775.1:1404_207
chr11	1901358	.	TC	T	6.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=380;DP=886;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0442;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LSP1:ENSG00000130592.9:+:deletionFS:2/4:LSP1-004:ENST00000311604.3:1020_95:LSP1-001:ENST00000381775.1:1404_479
chr11	1905553	.	GGTCT	G	66.16	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0110;AN=544;DP=1386;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=21;TU=CTGT;VQSLOD=6.3858;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LSP1:ENSG00000130592.9:+:spliceOverlap:4/4:LSP1-004:ENST00000311604.3:1020:LSP1-001:ENST00000381775.1:1404:LSP1-005:ENST00000405957.2:834:LSP1-002:ENST00000406638.2:834
chr11	1950227	.	AAG	A	1611.52	PASS	AA=.;AC=43;AF=0.03656;AN=1176;BaseQRankSum=6.270;DP=1844;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=10.5256;InbreedingCoeff=0.0910;MQ=55.89;MQ0=0;MQRankSum=2.603;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.085;SB=-798.89;SZ=.;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.1655;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TNNT3:ENSG00000130595.11:+:deletionFS:1/13:TNNT3-205:ENST00000397309.3:813_101
chr11	2168443	.	TC	T	1790.10	PASS	AA=.;AC=177;AF=0.09031;AN=1960;BaseQRankSum=21.974;DP=4105;FS=6.184;HR=4;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=12.7018;InbreedingCoeff=0.1904;MQ=72.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=4.71;ReadPosRankSum=1.242;SZ=.;TR=16;TU=CCCTTTTT;VQSLOD=6.2495;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC132217.1:ENSG00000255930.1:+:deletionFS:1/1:AC132217.1-201:ENST00000543903.1:600_367
chr11	2168445	.	CCT	C	15694.24	PASS	AA=.;AC=206;AF=0.10436;AN=1974;BaseQRankSum=17.587;DP=4095;DS;FS=5.603;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.7660;InbreedingCoeff=0.1734;MQ=69.37;MQ0=1;MQRankSum=1.003;QD=24.87;ReadPosRankSum=1.208;SB=-7235.36;SZ=.;TR=16;TU=CCCTTTTT;VQSLOD=7.8265;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC132217.1:ENSG00000255930.1:+:deletionFS:1/1:AC132217.1-201:ENST00000543903.1:600_369
chr11	2170533	.	TC	T	8.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1498;DS;HR=1;HRun=3;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.9293;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-889I17.1:ENSG00000129965.9:-:deletionFS:1/1:RP11-889I17.1-001:ENST00000397270.1:603_230
chr11	2320865	.	T	TG	240.18	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0193;AN=466;DP=933;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7822;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf21:ENSG00000110665.7:-:insertionFS:1/1:C11orf21-001:ENST00000381153.3:399_220
chr11	2920745	.	G	GC	6.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=680;DP=1620;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5209;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC22A18AS:ENSG00000254827.1:-:insertionFS:1/3:SLC22A18AS-001:ENST00000533594.1:762_187
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chr11	3380702	.	AT	A	6.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=568;DP=1765;DS;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF195:ENSG00000005801.11:-:deletionFS:6/8:ZNF195-006:ENST00000005082.9:1821_1467:ZNF195-002:ENST00000354599.6:1674_1320:ZNF195-001:ENST00000399602.4:1890_1536:ZNF195-201:ENST00000343338.7:1686_1332:ZNF195-003:ENST00000429541.2:1686_1332:ZNF195-004:ENST00000526601.1:1833_1479
chr11	3661231	.	AGCT	A	33.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=320;DP=555;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=5.5739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ART5:ENSG00000167311.9:-:deletionNFS:3/3:ART5-002:ENST00000359918.4:876_428_143_LL->L:ART5-001:ENST00000397068.3:876_428_143_LL->L:ART5-005:ENST00000397067.3:720_428_143_LL->L
chr11	3661585	rs57062968	A	AGGG,ATGG	106098.19	PASS	AA=0;AC=14,1594;AF=0.00817,0.92999;AN=1714;BaseQRankSum=-6.025;DB;DP=3368;DS;FS=5.026;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=13.0879;InbreedingCoeff=0.1931;MQ=63.07;MQ0=0;MQRankSum=-2.702;QD=57.57;ReadPosRankSum=-0.689;SB=-49953.07;SZ=3;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.7741;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ART5:ENSG00000167311.9:-:insertionNFS:3/3:ART5-002:ENST00000359918.4:876_74_25_I->TL:ART5-001:ENST00000397068.3:876_74_25_I->TL:ART5-005:ENST00000397067.3:720_74_25_I->TL,2:ART5:ENSG00000167311.9:-:insertionNFS:3/3:ART5-002:ENST00000359918.4:876_74_25_I->TI:ART5-001:ENST00000397068.3:876_74_25_I->TI:ART5-005:ENST00000397067.3:720_74_25_I->TI
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chr11	3661589	.	G	GGT,GT	172.14	PASS	AA=0;AC=71,2;AF=0.0947,0.0027;AN=750;BaseQRankSum=-0.677;DP=1438;FS=18.610;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=29.1657;InbreedingCoeff=0.2500;MQ=64.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.014;QD=0.71;ReadPosRankSum=-3.163;SB=-297.46;SZ=2;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.8666;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ART5:ENSG00000167311.9:-:insertionFS:3/3:ART5-002:ENST00000359918.4:876_70:ART5-001:ENST00000397068.3:876_70:ART5-005:ENST00000397067.3:720_70,2:ART5:ENSG00000167311.9:-:insertionFS:3/3:ART5-002:ENST00000359918.4:876_70:ART5-001:ENST00000397068.3:876_70:ART5-005:ENST00000397067.3:720_70
chr11	3720359	.	A	AG	12.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1111;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3841;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUP98:ENSG00000110713.11:-:insertionFS:3/5:NUP98-001:ENST00000324932.7:5403_3962:NUP98-013:ENST00000355260.3:5181_3962:NUP98-201:ENST00000359171.4:4917_3962
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chr11	4389407	.	GC	G	9036.42	PASS	AA=0;AC=548;AF=0.29274;AN=1872;BaseQRankSum=41.419;DP=5836;DS;FS=2.893;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=20.9780;InbreedingCoeff=0.0777;MQ=63.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=5.62;ReadPosRankSum=5.239;SB=-3286.22;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.3276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52B4:ENSG00000221996.2:-:deletionFS:1/1:OR52B4-001:ENST00000408920.2:945_119
chr11	4406666	.	TG	T	4.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;BaseQRankSum=1.664;DP=1696;DS;FS=2.199;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.1353;InbreedingCoeff=0.1562;MQ=68.03;MQ0=0;MQRankSum=0.569;QD=1.07;ReadPosRankSum=0.603;SB=-43.17;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2651;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM21:ENSG00000132109.8:-:deletionFS:2/2:TRIM21-001:ENST00000254436.7:1428_1277:TRIM21-201:ENST00000543625.1:1428_1277
chr11	4470710	.	CCTT	C	88.28	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=480;DP=1569;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=12;SZ=-3;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.9273;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52K2:ENSG00000181963.5:+:deletionNFS:1/1:OR52K2-001:ENST00000325719.4:945_141_47_LL->L
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chr11	4566459	rs77893620	CT	C	1366.17	PASS	AA=0;AC=28;AF=0.02115;AN=1324;BaseQRankSum=6.988;DB;DP=3612;DS;FS=1.698;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=13.9581;InbreedingCoeff=0.0724;MQ=63.28;MQ0=0;MQRankSum=3.506;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.360;SB=-745.87;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.3773;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52M1:ENSG00000197790.1:+:deletionFS:1/1:OR52M1-001:ENST00000360213.1:954_39
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chr11	4567158	.	T	TCA	2361.75	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.0472;AN=424;DP=1433;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.6737;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52M1:ENSG00000197790.1:+:insertionFS:1/1:OR52M1-001:ENST00000360213.1:954_738
chr11	4567236	.	T	TC	962.69	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0300;AN=466;DP=1418;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=8.6132;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR52M1:ENSG00000197790.1:+:insertionFS:1/1:OR52M1-001:ENST00000360213.1:954_816
chr11	4567359	.	AATGAAGATT	A	1077.94	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00480;AN=1042;BaseQRankSum=4.451;DP=2839;DS;FS=13.663;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=41.8887;InbreedingCoeff=0.0986;MQ=67.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.462;QD=34.77;ReadPosRankSum=-0.293;SB=-423.74;SZ=-9;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.9835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52M1:ENSG00000197790.1:+:deletionNFS:1/1:OR52M1-001:ENST00000360213.1:954_939_313_EMKI->E
chr11	4592706	rs71280817	T	TAC	61687.36	PASS	AA=.;AC=1180;AF=0.61651;AN=1914;BaseQRankSum=1.911;DB;DP=5918;DS;FS=12.426;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.0472;InbreedingCoeff=0.0671;MQ=65.95;MQ0=5;MQRankSum=2.579;QD=23.64;ReadPosRankSum=2.367;SB=-28051.57;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.6589;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf40:ENSG00000171987.1:-:insertionFS:1/1:C11orf40-001:ENST00000307616.1:654_601
chr11	4592708	rs78576140	C	CAG	63097.70	PASS	AA=.;AC=1176;AF=0.61059;AN=1926;BaseQRankSum=2.687;DB;DP=5982;DS;FS=6.359;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.3864;InbreedingCoeff=0.0420;MQ=66.22;MQ0=5;MQRankSum=1.524;QD=23.93;ReadPosRankSum=1.941;SB=-30399.56;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.9993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf40:ENSG00000171987.1:-:insertionFS:1/1:C11orf40-001:ENST00000307616.1:654_599
chr11	4594558	.	T	TG	7124.57	PASS	AA=0;AC=61;AF=0.04351;AN=1402;BaseQRankSum=-9.483;DP=4040;DS;FS=2.242;HR=4;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.0499;InbreedingCoeff=0.1073;MQ=65.27;MQ0=1;MQRankSum=2.135;QD=20.53;ReadPosRankSum=-1.538;SB=-3489.29;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.4753;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf40:ENSG00000171987.1:-:insertionFS:1/1:C11orf40-001:ENST00000307616.1:654_286
chr11	4594588	.	C	CA	22.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1125;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.9003;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C11orf40:ENSG00000171987.1:-:insertionFS:1/1:C11orf40-001:ENST00000307616.1:654_256
chr11	4608042	.	CAT	C	141.94	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0035;AN=570;DP=1959;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.1014;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52I2:ENSG00000226288.1:+:startOverlap:1/1:OR52I2-001:ENST00000312614.4:1053
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chr11	4608563	.	TGAGTATG	T	1915.24	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0255;AN=824;BaseQRankSum=5.222;DP=2129;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=34.5351;InbreedingCoeff=0.0529;MQ=46.81;MQ0=159;MQRankSum=-4.630;QD=19.95;ReadPosRankSum=0.900;SB=-885.22;SZ=-7;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.8334;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52I2:ENSG00000226288.1:+:deletionFS:1/1:OR52I2-001:ENST00000312614.4:1053_521
chr11	4608884	.	AC	A	49.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1121;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.5711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52I2:ENSG00000226288.1:+:deletionFS:1/1:OR52I2-001:ENST00000312614.4:1053_842
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chr11	4712033	.	CTGTT	C	337.77	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0082;AN=490;DP=1692;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.7187;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51C1P:ENSG00000197674.3:-:deletionFS:1/1:OR51C1P-201:ENST00000357764.1:939_894
chr11	4712360	.	GC	G	5.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=738;DP=2330;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=7;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.2654;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51C1P:ENSG00000197674.3:-:deletionFS:1/1:OR51C1P-201:ENST00000357764.1:939_567
chr11	4790873	rs34672924	CG	C	30811.56	PASS	AA=0;AC=423;AF=0.30043;AN=1408;BaseQRankSum=40.320;DB;DP=4579;DS;FS=2.207;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=21.7025;InbreedingCoeff=0.0709;MQ=64.38;MQ0=0;MQRankSum=-3.771;QD=20.79;ReadPosRankSum=-0.027;SB=-13968.60;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=9.2000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51F1:ENSG00000188069.3:-:deletionFS:2/2:OR51F1-201:ENST00000380383.1:960_296:OR51F1-001:ENST00000343430.3:939_275
chr11	4881704	rs111292219	AG	A	4907.58	PASS	AA=0;AC=64;AF=0.0782;AN=818;BaseQRankSum=13.023;DB;DP=2338;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.2917;InbreedingCoeff=0.1320;MQ=64.02;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.056;SB=-1944.98;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.4104;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR51H1P:ENSG00000176904.1:-:deletionFS:1/1:OR51H1P-001:ENST00000322059.1:909_91
chr11	4903673	.	T	TACCACCCC	1348.74	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0041;AN=978;BaseQRankSum=-1.079;DP=2780;DS;FS=3.658;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=38.5709;InbreedingCoeff=0.1060;MQ=64.68;MQ0=0;MQRankSum=-4.029;QD=40.87;ReadPosRankSum=0.375;SB=-612.53;SZ=8;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=7.3806;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51T1:ENSG00000176900.2:+:insertionFS:2/2:OR51T1-201:ENST00000380378.1:1065_625:OR51T1-001:ENST00000322049.1:984_544
chr11	4945102	.	GA	G	160.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=2149;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SB=-74.10;SZ=-1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=8.3998;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51G1:ENSG00000176879.2:-:deletionFS:1/1:OR51G1-001:ENST00000321961.2:966_468
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chr11	5172795	rs112098990	A	AC	25414.58	PASS	AA=0;AC=369;AF=0.17488;AN=2110;BaseQRankSum=-12.431;DB;DP=5604;DS;FS=2.452;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=24.6967;InbreedingCoeff=0.1570;MQ=68.29;MQ0=0;MQRankSum=4.639;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.806;SB=-11100.27;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.0637;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR52A1:ENSG00000182070.4:-:insertionFS:2/2:OR52A1-201:ENST00000328942.1:939_805:OR52A1-001:ENST00000380367.1:939_805
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chr11	5220971	.	T	TC	7.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1294;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=21;TU=AATATCTCTC;VQSLOD=5.3770;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51V1:ENSG00000176742.1:-:insertionFS:1/1:OR51V1-001:ENST00000321255.1:966_960
chr11	5221426	.	TG	T	182.69	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0070;AN=428;DP=1319;DS;HR=6;HRun=6;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=8.0887;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR51V1:ENSG00000176742.1:-:deletionFS:1/1:OR51V1-001:ENST00000321255.1:966_505
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chr11	5221477	.	TGA	T	4.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;BaseQRankSum=2.669;DP=1026;DS;FS=3.014;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.0977;InbreedingCoeff=0.0646;MQ=59.98;MQ0=0;MQRankSum=1.764;QD=1.14;ReadPosRankSum=-2.677;SB=0.82;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.2544;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR51V1:ENSG00000176742.1:-:deletionFS:1/1:OR51V1-001:ENST00000321255.1:966_454
chr11	5247992	rs80356821	CAAAG	C	99.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DB;DP=1475;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.6158;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HBB:ENSG00000244734.1:-:deletionFS:1/1:HBB-001:ENST00000335295.3:444_130
chr11	5269581	rs34752752	C	CA	47878.87	PASS	AA=0;AC=1289;AF=0.68857;AN=1872;BaseQRankSum=33.139;DB;DP=3876;DS;FS=4.102;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=28.1655;InbreedingCoeff=0.0060;MQ=56.97;MQ0=30;MQRankSum=3.431;QD=23.32;ReadPosRankSum=5.805;SB=-19182.32;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.3869;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HBG1:ENSG00000213934.4:-:insertionFS:1/2:HBG1-201:ENST00000380256.1:477_450
chr11	5269585	.	GA	G	39474.96	PASS	AA=0;AC=1215;AF=0.66758;AN=1820;BaseQRankSum=33.830;DP=3579;DS;FS=3.318;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=28.5634;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=57.21;MQ0=46;MQRankSum=2.310;QD=21.25;ReadPosRankSum=10.214;SB=-15560.59;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.1170;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HBG1:ENSG00000213934.4:-:deletionFS:1/2:HBG1-201:ENST00000380256.1:477_446
chr11	5269586	rs112035948	A	AG,AT	48002.80	PASS	AA=0;AC=1231,0;AF=0.68086,0.00000;AN=1808;BaseQRankSum=32.062;DB;DP=2475;DS;FS=2.862;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=27.1833;InbreedingCoeff=0.1080;MQ=56.85;MQ0=47;MQRankSum=2.423;QD=27.31;ReadPosRankSum=-6.234;SB=-19124.54;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.8984;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:HBG1:ENSG00000213934.4:-:insertionFS:1/2:HBG1-201:ENST00000380256.1:477_445,2:HBG1:ENSG00000213934.4:-:insertionFS:1/2:HBG1-201:ENST00000380256.1:477_445
chr11	5322399	.	TG	T	9.48	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=566;DP=1519;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.0499;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR51B4:ENSG00000183251.3:-:deletionFS:1/1:OR51B4-001:ENST00000380224.1:933_778
chr11	5372732	.	CTGGCAATGG	C	928.10	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1474;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-9;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9912;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51B6:ENSG00000176239.6:+:startOverlap:1/2:OR51B6-001:ENST00000380219.1:939
chr11	5373307	.	C	CA	2606.19	PASS	AA=0;AC=117;AF=0.06158;AN=1900;BaseQRankSum=19.708;DP=5840;DS;FS=4.210;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=31.4786;InbreedingCoeff=0.0921;MQ=56.90;MQ0=0;MQRankSum=1.898;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.171;SB=-1386.05;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8101;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51B6:ENSG00000176239.6:+:insertionFS:2/2:OR51B6-201:ENST00000537299.1:915_567:OR51B6-001:ENST00000380219.1:939_570
chr11	5373310	.	CT	C	1513.32	PASS	AA=0;AC=103;AF=0.05404;AN=1906;BaseQRankSum=19.689;DP=5941;DS;FS=3.910;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=30.5221;InbreedingCoeff=0.0869;MQ=57.02;MQ0=0;MQRankSum=-1.916;QD=4.23;ReadPosRankSum=-0.346;SB=-938.41;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8801;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51B6:ENSG00000176239.6:+:deletionFS:2/2:OR51B6-201:ENST00000537299.1:915_570:OR51B6-001:ENST00000380219.1:939_573
chr11	5424387	rs113047337	T	TTATC	23430.25	PASS	AA=1;AC=272;AF=0.14256;AN=1908;BaseQRankSum=-25.636;DB;DP=6077;DS;FS=34.715;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.5306;InbreedingCoeff=0.1415;MQ=59.45;MQ0=1;MQRankSum=-2.423;QD=31.37;ReadPosRankSum=2.044;SB=-8573.11;SZ=-4;TR=9;TU=ATCT;VQSLOD=6.7458;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR51J1:ENSG00000184321.1:+:insertionFS:1/1:OR51J1-001:ENST00000332043.1:951_561
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chr11	5452122	.	T	TCC	147.21	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=1753;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9849;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51I1:ENSG00000167359.7:-:insertionFS:1/3:OR51I1-201:ENST00000317283.5:891_667
chr11	5475021	.	GTT	G	83.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=2225;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.8089;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51I2:ENSG00000187918.3:+:deletionFS:1/1:OR51I2-001:ENST00000341449.2:939_303
chr11	5475427	.	G	GCT	14428.69	PASS	AA=0;AC=396;AF=0.18893;AN=2096;BaseQRankSum=30.847;DP=6649;FS=10.215;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.9180;InbreedingCoeff=0.1908;MQ=71.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.000;QD=12.04;ReadPosRankSum=1.459;SZ=2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.6435;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR51I2:ENSG00000187918.3:+:insertionFS:1/1:OR51I2-001:ENST00000341449.2:939_709
chr11	5475431	rs71053261	T	TCA	54201.21	PASS	AA=0;AC=421;AF=0.19784;AN=2128;BaseQRankSum=-35.085;DB;DP=6784;DS;FS=14.659;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6979;InbreedingCoeff=0.1471;MQ=71.18;MQ0=0;MQRankSum=1.286;QD=28.68;ReadPosRankSum=-0.514;SB=-26678.00;SZ=2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.5311;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR51I2:ENSG00000187918.3:+:insertionFS:1/1:OR51I2-001:ENST00000341449.2:939_713
chr11	5475640	rs79947333	CA	C	9086.47	PASS	AA=.;AC=88;AF=0.1192;AN=738;BaseQRankSum=14.677;DB;DP=2318;DS;FS=11.059;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=17.7394;InbreedingCoeff=0.0904;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.916;QD=19.13;ReadPosRankSum=-4.699;SB=-3754.65;SZ=.;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.6107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR51I2:ENSG00000187918.3:+:deletionFS:1/1:OR51I2-001:ENST00000341449.2:939_922
chr11	5510252	.	TG	T	8.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=2243;DS;HR=4;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.8295;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR52D1:ENSG00000181609.5:+:deletionFS:1/1:OR52D1-001:ENST00000322641.5:957_316
chr11	5510423	rs35986511	ATCT	A	17528.51	PASS	AA=0;AC=207;AF=0.10999;AN=1882;BaseQRankSum=16.491;DB;DP=5469;DS;FS=9.277;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.9172;InbreedingCoeff=0.0978;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=-2.125;QD=21.40;ReadPosRankSum=-1.061;SB=-7105.21;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=8.0549;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52D1:ENSG00000181609.5:+:deletionNFS:1/1:OR52D1-001:ENST00000322641.5:957_487_163_IF->I
chr11	5510709	.	CCTT	C	169.46	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00247;AN=1216;BaseQRankSum=3.448;DP=3838;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.7844;InbreedingCoeff=0.0304;MQ=70.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.691;QD=6.28;ReadPosRankSum=-1.518;SB=-129.93;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=5.8914;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52D1:ENSG00000181609.5:+:deletionNFS:1/1:OR52D1-001:ENST00000322641.5:957_773_258_AF->A
chr11	5529480	.	G	GT	19.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1369;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9952;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UBQLN3:ENSG00000175520.8:-:insertionFS:1/1:UBQLN3-001:ENST00000311659.4:1968_1309
chr11	5565875	.	AGG	A	68.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=1053;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.5290;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52H1:ENSG00000181616.7:-:deletionFS:1/1:OR52H1-001:ENST00000322653.4:963_879
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chr11	5566550	.	GA	G	455.63	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0107;AN=748;BaseQRankSum=5.218;DP=2472;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=20.2704;InbreedingCoeff=0.0108;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.958;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.079;SB=-290.02;SZ=-1;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.5813;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52H1:ENSG00000181616.7:-:deletionFS:1/1:OR52H1-001:ENST00000322653.4:963_204
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chr11	5863096	.	G	GTA	660.53	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0059;AN=844;BaseQRankSum=6.460;DP=2714;DS;FS=4.582;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.6269;InbreedingCoeff=0.0237;MQ=57.11;MQ0=2;MQRankSum=0.570;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.064;SB=-371.65;SZ=2;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=5.8512;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52E6:ENSG00000205409.3:-:insertionFS:2/2:OR52E6-201:ENST00000379946.2:954_44:OR52E6-001:ENST00000329322.5:942_32
chr11	6173684	.	AG	A	461.58	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0095;AN=420;DP=1674;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.8523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC022762.1:ENSG00000180909.1:-:deletionFS:1/1:AC022762.1-201:ENST00000316506.1:813_135
chr11	6221238	.	TCTC	T	148.16	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0036;AN=554;DP=1679;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.9346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR52W1:ENSG00000175485.2:+:deletionNFS:1/1:OR52W1-001:ENST00000311352.2:963_785_262_FS->F
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chr11	6411930	.	CCTGGTGCTGGCGCTGGCG	C,CCTGGCG	10052.47	PASS	AA=.;AC=243,366;AF=0.17558,0.26445;AN=1384;BaseQRankSum=-8.321;DP=1873;FS=9.274;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=35.9222;InbreedingCoeff=0.4177;MQ=65.65;MQ0=2;MQRankSum=-1.361;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.266;SB=-3015.11;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0971;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SMPD1:ENSG00000166311.5:+:deletionNFS:4/4:SMPD1-201:ENST00000299397.3:1764_102_34_GLVLALA->G:SMPD1-001:ENST00000342245.4:1896_102_34_GLVLALA->G:SMPD1-202:ENST00000356761.2:1728_102_34_GLVLALA->G:SMPD1-008:ENST00000527275.1:1893_102_34_GLVLALA->G,2:SMPD1:ENSG00000166311.5:+:deletionNFS:4/4:SMPD1-201:ENST00000299397.3:1764_102_34_GLVLA->G:SMPD1-001:ENST00000342245.4:1896_102_34_GLVLA->G:SMPD1-202:ENST00000356761.2:1728_102_34_GLVLA->G:SMPD1-008:ENST00000527275.1:1893_102_34_GLVLA->G
chr11	6411935	rs71467507	TGCTGGC	T	39055.29	PASS	AA=.;AC=1222;AF=0.86790;AN=1408;BaseQRankSum=-13.652;DB;DP=1802;FS=54.052;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.5624;InbreedingCoeff=0.0354;MQ=65.27;MQ0=7;MQRankSum=-0.451;QD=36.50;ReadPosRankSum=0.270;SB=-15381.02;SZ=.;TR=36;TU=CGCTGG;VQSLOD=5.9921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMPD1:ENSG00000166311.5:+:deletionNFS:4/4:SMPD1-201:ENST00000299397.3:1764_107_36_VLA->V:SMPD1-001:ENST00000342245.4:1896_107_36_VLA->V:SMPD1-202:ENST00000356761.2:1728_107_36_VLA->V:SMPD1-008:ENST00000527275.1:1893_107_36_VLA->V
chr11	6411966	rs79099937	GCTGGCT	G	15610.77	PASS	AA=.;AC=1129;AF=0.80874;AN=1396;BaseQRankSum=-5.827;DB;DP=1831;FS=3.321;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.4994;InbreedingCoeff=0.0879;MQ=69.49;MQ0=8;MQRankSum=0.355;QD=22.62;ReadPosRankSum=0.296;SZ=.;TR=36;TU=CGCTGG;VQSLOD=5.5587;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMPD1:ENSG00000166311.5:+:deletionNFS:4/4:SMPD1-201:ENST00000299397.3:1764_138_46_ALA->A:SMPD1-001:ENST00000342245.4:1896_138_46_ALA->A:SMPD1-202:ENST00000356761.2:1728_138_46_ALA->A:SMPD1-008:ENST00000527275.1:1893_138_46_ALA->A
chr11	6502754	.	GGCA	G	43.38	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0109;AN=552;DP=1290;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=6.6399;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FXC1:ENSG00000132286.6:+:deletionNFS:4/4:FXC1-001:ENST00000254616.6:312_8_3_RQ->R:FXC1-005:ENST00000530751.1:216_8_3_RQ->R:FXC1-007:ENST00000531462.1:216_8_3_RQ->R:FXC1-006:ENST00000533379.1:312_8_3_RQ->R
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chr11	6578613	.	TGAG	T	268.23	PASS	AA=.;AC=34;AF=0.02205;AN=1542;BaseQRankSum=6.294;DP=3603;DS;FS=5.198;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.2821;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=67.67;MQ0=1;MQRankSum=-0.546;QD=1.71;ReadPosRankSum=-0.649;SB=-130.80;SZ=.;TR=21;TU=AGG;VQSLOD=7.2862;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DNHD1:ENSG00000179532.7:+:deletionNFS:3/9:DNHD1-201:ENST00000254579.6:14262_8088_2696_SE->S:DNHD1-007:ENST00000527990.2:14262_8088_2696_SE->S:DNHD1-009:ENST00000534210.1:2247_1329_443_SE->S
chr11	6591345	.	C	CT	205.36	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0067;AN=448;DP=1123;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=8.0962;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNHD1:ENSG00000179532.7:+:insertionFS:1/9:DNHD1-013:ENST00000525883.1:1893_1774
chr11	6642757	.	TGAG	T	549.86	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0197;AN=456;DP=1136;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.8183;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCHS1:ENSG00000166341.5:-:deletionNFS:1/2:DCHS1-201:ENST00000442153.2:462_429_143_SV->V
chr11	6662745	rs56194704	CCAG	C,CCAGCAG	5038.08	PASS	AA=.;AC=29,197;AF=0.02057,0.13972;AN=1410;BaseQRankSum=-5.554;DB;DP=3040;DS;FS=1.787;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=14.9790;InbreedingCoeff=0.4284;MQ=56.92;MQ0=1;MQRankSum=-0.539;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.124;SB=-1708.84;SZ=.;TR=26;TU=AGC;VQSLOD=8.6125;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DCHS1:ENSG00000166341.5:-:deletionNFS:1/2:DCHS1-001:ENST00000299441.3:9897_100_34_GA->A,2:DCHS1:ENSG00000166341.5:-:insertionNFS:1/2:DCHS1-001:ENST00000299441.3:9897_100_34_G->LLG
chr11	6703990	.	G	GTCT	5.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=-1.732;DP=1235;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=3;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6226;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MRPL17:ENSG00000158042.8:-:insertionNFS:1/1:MRPL17-001:ENST00000288937.6:528_231_77_D->ED
chr11	6816288	rs71946386	CAG	C	1142.05	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.0213;AN=752;BaseQRankSum=7.517;DB;DP=2305;DS;FS=5.597;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.0656;InbreedingCoeff=0.0001;MQ=58.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.270;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.580;SB=-638.23;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.2086;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6A2:ENSG00000184933.3:-:deletionFS:1/1:OR6A2-001:ENST00000332601.3:984_652
chr11	6898706	.	ACT	A	11.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=712;DP=1766;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.1510;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR10A4:ENSG00000170782.3:+:deletionFS:1/1:OR10A4-001:ENST00000379829.2:948_828
chr11	6912921	rs79606742	ATT	A	4486.70	PASS	AA=0;AC=49;AF=0.0593;AN=826;BaseQRankSum=14.513;DB;DP=2589;DS;FS=0.325;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=20.0736;InbreedingCoeff=0.1117;MQ=69.87;MQ0=2;MQRankSum=0.318;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.561;SB=-2020.03;SZ=-2;TR=5;TU=T;VQSLOD=8.2718;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2D2:ENSG00000166368.2:-:deletionFS:1/1:OR2D2-001:ENST00000299459.2:927_811
chr11	6912927	.	CCT	C	126.01	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0128;AN=468;DP=1487;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=2;SZ=-2;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.9813;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2D2:ENSG00000166368.2:-:deletionFS:1/1:OR2D2-001:ENST00000299459.2:927_805
chr11	6942588	rs59264610	TC	T	6871.72	PASS	AA=0;AC=120;AF=0.08322;AN=1442;BaseQRankSum=11.409;DB;DP=4301;DS;FS=1.486;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.1082;InbreedingCoeff=0.1315;MQ=65.36;MQ0=0;MQRankSum=1.380;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.076;SB=-3108.71;SZ=-1;TR=8;TU=CTTT;VQSLOD=9.9830;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR2D3:ENSG00000178358.3:+:deletionFS:1/1:OR2D3-001:ENST00000317834.3:993_356
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chr11	7021946	.	CTT	C	230.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1240;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.9514;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF214:ENSG00000149050.5:-:deletionFS:2/2:ZNF214-001:ENST00000278314.4:1821_968:ZNF214-201:ENST00000536068.1:1821_968
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chr11	7686602	rs16411	G	GTGCT,GTGTT,GTT	73482.37	PASS	AA=0;AC=9,852,0;AF=0.00480,0.45416,0.00000;AN=1876;BaseQRankSum=19.911;DB;DP=4843;DS;FS=15.263;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=32.8559;InbreedingCoeff=0.2805;MQ=61.90;MQ0=0;MQRankSum=-29.371;QD=42.56;ReadPosRankSum=3.912;SB=-31225.00;SZ=4;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.9937;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CYB5R2:ENSG00000166394.10:-:startOverlap:2/4:CYB5R2-003:ENST00000299498.6:831:CYB5R2-001:ENST00000533558.1:831,2:CYB5R2:ENSG00000166394.10:-:startOverlap:2/4:CYB5R2-003:ENST00000299498.6:831:CYB5R2-001:ENST00000533558.1:831
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chr11	10516495	.	CTG	C	88.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=700;DP=1686;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.0231;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMPD3:ENSG00000133805.9:+:deletionFS:3/3:AMPD3-001:ENST00000396554.3:2331_1211:AMPD3-202:ENST00000444303.2:1827_707:AMPD3-201:ENST00000256183.3:1635_515
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chr11	12316344	rs3841216	GCTCCTCCTC	G,GCTC,GCTCCTC,GCTCCTCCTCCTC	753.46	PASS	AA=.;AC=17,24,17,217;AF=0.0343,0.0484,0.0343,0.4375;AN=496;BaseQRankSum=-2.520;DB;DP=831;FS=3.834;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=18.8576;InbreedingCoeff=0.8282;MQ=63.04;MQ0=18;MQRankSum=-2.318;QD=1.79;ReadPosRankSum=-1.326;SB=-18.45;SZ=.;TR=44;TU=CCT;VQSLOD=10.5840;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MICALCL:ENSG00000133808.4:+:deletionNFS:1/1:MICALCL-001:ENST00000256186.2:2088_1366_456_APPP->A,2:MICALCL:ENSG00000133808.4:+:deletionNFS:1/1:MICALCL-001:ENST00000256186.2:2088_1366_456_APP->A,3:MICALCL:ENSG00000133808.4:+:deletionNFS:1/1:MICALCL-001:ENST00000256186.2:2088_1366_456_AP->A,4:MICALCL:ENSG00000133808.4:+:insertionNFS:1/1:MICALCL-001:ENST00000256186.2:2088_1366_456_A->APPPP
chr11	12316383	.	CCTCCTA	C	10030.46	PASS	AA=.;AC=485;AF=0.32119;AN=1510;BaseQRankSum=13.600;DP=1724;FS=20.580;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.4368;InbreedingCoeff=0.1357;MQ=75.09;MQ0=49;MQRankSum=16.355;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.931;SB=-3981.25;SZ=.;TR=44;TU=CCT;VQSLOD=5.9682;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MICALCL:ENSG00000133808.4:+:deletionNFS:1/1:MICALCL-001:ENST00000256186.2:2088_1405_469_PPT->P
chr11	12518086	.	T	TG	11.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1480;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1077;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARVA:ENSG00000197702.6:+:insertionFS:3/3:PARVA-001:ENST00000334956.7:1119_482:PARVA-202:ENST00000539723.1:1119_482:PARVA-201:ENST00000538608.1:873_323
chr11	13380131	.	AT	A	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;BaseQRankSum=1.706;DP=1632;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.1070;InbreedingCoeff=0.1200;MQ=68.89;MQ0=0;MQRankSum=0.891;QD=1.06;ReadPosRankSum=0.326;SB=-32.01;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7090;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ARNTL:ENSG00000133794.12:+:deletionFS:9/9:ARNTL-202:ENST00000361003.4:1527_372:ARNTL-001:ENST00000389707.4:1878_372:ARNTL-204:ENST00000396441.3:1878_372:ARNTL-004:ENST00000403290.1:1881_372:ARNTL-203:ENST00000389708.3:1581_372:ARNTL-003:ENST00000401424.1:1752_243:ARNTL-002:ENST00000403510.3:1749_243:ARNTL-201:ENST00000339640.6:1749_240:ARNTL-005:ENST00000403482.3:1875_366
chr11	13716495	.	TG	T	10.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0057;AN=350;DP=988;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2118;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAR1:ENSG00000197601.7:+:deletionFS:2/3:FAR1-001:ENST00000354817.3:1548_183:FAR1-201:ENST00000355107.6:1026_183
chr11	13744909	rs71041543	CAAA	C,CA,CAA,CAAAA,CAAAAA,CAAAAAA	8122.78	PASS	AA=.;AC=24,64,234,329,148,184;AF=0.01485,0.03960,0.14480,0.20359,0.09158,0.11386;AN=1616;BaseQRankSum=-4.014;DB;DP=3357;DS;FS=89.424;HR=21;HU=A;HaplotypeScore=16.0684;InbreedingCoeff=0.7841;MQ=58.64;MQ0=112;MQRankSum=4.959;QD=4.55;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-2318.52;SZ=.;TR=21;TU=A;VQSLOD=5.3838;culprit=QD;set=Intersection;VA=4:FAR1:ENSG00000197601.7:+:spliceOverlap:1/3:FAR1-201:ENST00000355107.6:1026,5:FAR1:ENSG00000197601.7:+:spliceOverlap:1/3:FAR1-201:ENST00000355107.6:1026,6:FAR1:ENSG00000197601.7:+:spliceOverlap:1/3:FAR1-201:ENST00000355107.6:1026
chr11	13744930	.	A	AC	119.47	PASS	AA=.;AC=71;AF=0.03686;AN=1926;BaseQRankSum=11.340;DP=5220;FS=0.691;HR=21;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=20.5187;InbreedingCoeff=0.2078;MQ=53.96;MQ0=195;MQRankSum=2.737;QD=0.81;ReadPosRankSum=-1.482;SZ=.;TR=21;TU=A;VQSLOD=6.4206;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAR1:ENSG00000197601.7:+:endOverlap:1/3:FAR1-201:ENST00000355107.6:1026
chr11	14276275	.	GGT	G	79.52	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0186;AN=322;DP=759;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=13;TU=GT;VQSLOD=6.1502;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SPON1:ENSG00000152268.8:+:spliceOverlap:2/2:SPON1-201:ENST00000310358.7:2421:SPON1-001:ENST00000533633.1:1623
chr11	14901998	.	CAAG	C	68.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1282;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.0937;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP2R1:ENSG00000186104.6:-:deletionNFS:1/2:CYP2R1-001:ENST00000334636.5:1506_684_228_LY->Y
chr11	14990455	.	A	ACGTTC	115.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=919;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=5;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4567;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CALCA:ENSG00000110680.8:-:insertionFS:3/5:CALCA-201:ENST00000359642.3:426_316:CALCA-001:ENST00000331587.4:426_316:CALCA-003:ENST00000396372.2:426_316
chr11	15134078	.	GGGAGTCCA	G	215.38	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0051;AN=392;DP=758;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;SZ=-8;TR=20;TU=AGGAGTCC;VQSLOD=6.0626;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INSC:ENSG00000188487.6:+:deletionFS:1/7:INSC-001:ENST00000379554.3:1740_63
chr11	15197346	.	CCGAGTG	C	64.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1331;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-6;TR=13;TU=AGTGCG;VQSLOD=4.7954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INSC:ENSG00000188487.6:+:deletionNFS:7/7:INSC-001:ENST00000379554.3:1740_257_86_TEC->T:INSC-002:ENST00000379556.3:1599_116_39_TEC->T:INSC-202:ENST00000424273.1:1473_116_39_TEC->T:INSC-004:ENST00000525218.1:1473_116_39_TEC->T:INSC-003:ENST00000530161.1:1599_116_39_TEC->T:INSC-006:ENST00000528567.1:1563_116_39_TEC->T:INSC-201:ENST00000416761.1:924_116_39_TEC->T
chr11	16876442	.	G	GC	9.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1086;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.5494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLEKHA7:ENSG00000166689.9:-:insertionFS:3/4:PLEKHA7-002:ENST00000531066.1:3816_516:PLEKHA7-001:ENST00000355661.2:3366_516:PLEKHA7-201:ENST00000448080.2:3369_516
chr11	17177094	.	G	GC	11.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1007;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3640;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PIK3C2A:ENSG00000011405.8:-:insertionFS:3/3:PIK3C2A-001:ENST00000265970.7:5061_1148:PIK3C2A-201:ENST00000540361.1:3921_8:PIK3C2A-202:ENST00000544896.1:1944_1148
chr11	17352477	rs3842269	TACA	T	25530.32	PASS	AA=0;AC=489;AF=0.26634;AN=1836;BaseQRankSum=27.911;DB;DP=3990;DS;FS=0.974;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.0776;InbreedingCoeff=0.1984;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-7.332;QD=27.54;ReadPosRankSum=-1.159;SB=-12121.67;SZ=-3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=8.8564;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NUCB2:ENSG00000070081.9:+:deletionNFS:3/3:NUCB2-201:ENST00000458064.2:1173_1112_371_LQ->L:NUCB2-005:ENST00000529010.1:1263_1202_401_LQ->L:NUCB2-004:ENST00000323688.6:1263_1202_401_LQ->L
chr11	17378367	.	A	AT	56.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;DP=1345;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.0370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP1-239B22.1:ENSG00000188211.4:+:insertionFS:1/1:RP1-239B22.1-001:ENST00000338965.4:1365_240
chr11	17394037	rs61406813	CTT	C	6133.28	PASS	AA=0;AC=80;AF=0.04115;AN=1944;BaseQRankSum=10.217;DB;DP=5164;DS;FS=5.544;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=20.8219;InbreedingCoeff=0.1452;MQ=66.57;MQ0=1;MQRankSum=5.045;QD=19.23;ReadPosRankSum=-0.654;SB=-2668.21;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=8.4965;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RP1-239B22.1:ENSG00000188211.4:+:deletionFS:1/1:RP1-239B22.1-001:ENST00000338965.4:1365_1343
chr11	17417216	.	G	GGT	29.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=1118;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=6.0815;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCC8:ENSG00000006071.6:-:insertionFS:2/3:ABCC8-201:ENST00000302539.4:4749_4251:ABCC8-001:ENST00000389817.3:4746_4248
chr11	17418753	.	GT	G	6.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=444;BaseQRankSum=0.186;DP=963;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=33.2807;InbreedingCoeff=0.1191;MQ=64.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=3.38;ReadPosRankSum=0.610;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2478;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCC8:ENSG00000006071.6:-:deletionFS:2/3:ABCC8-201:ENST00000302539.4:4749_3978:ABCC8-001:ENST00000389817.3:4746_3975
chr11	17548830	.	TAC	T	8.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=598;DP=1199;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5303;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USH1C:ENSG00000006611.10:-:deletionFS:4/4:USH1C-006:ENST00000005226.7:2700_436:USH1C-001:ENST00000318024.4:1659_436:USH1C-003:ENST00000527020.1:1602_436:USH1C-005:ENST00000527720.1:1566_343
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chr11	18044409	.	TA	T	11.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=320;DP=1119;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.5199;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TPH1:ENSG00000129167.5:-:deletionFS:2/2:TPH1-201:ENST00000341556.2:1401_1096:TPH1-001:ENST00000250018.2:1335_1096
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chr11	18291354	.	CAA	C	1311.19	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0315;AN=476;DP=1191;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.7676;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SAA1:ENSG00000173432.6:+:deletionFS:3/3:SAA1-001:ENST00000356524.4:369_321:SAA1-003:ENST00000405158.2:369_321:SAA1-002:ENST00000532858.1:369_321
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chr11	18327766	.	T	TC	272.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=843;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=8.3772;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HPS5:ENSG00000110756.12:-:insertionFS:4/5:HPS5-001:ENST00000349215.3:3390_740:HPS5-002:ENST00000396253.3:3048_398:HPS5-005:ENST00000438420.2:3048_398:HPS5-003:ENST00000531848.1:1203_398
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chr11	18478278	.	C	CA	6.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1396;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9543;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LDHAL6A:ENSG00000166800.5:+:insertionFS:2/2:LDHAL6A-002:ENST00000280706.2:999_51:LDHAL6A-001:ENST00000396213.3:999_51
chr11	18553941	.	CT	C	163.11	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0038;AN=796;BaseQRankSum=4.210;DP=2085;DS;FS=6.972;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=12.7692;InbreedingCoeff=0.0133;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=1.273;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.300;SB=-38.01;SZ=-1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=6.7842;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UEVLD:ENSG00000151116.10:-:deletionFS:3/8:UEVLD-010:ENST00000379387.4:1350_1276:UEVLD-007:ENST00000396197.2:1416_1342:UEVLD-201:ENST00000540110.1:747_673
chr11	18637497	.	CCT	C	36.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=892;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=9;TU=CCTG;VQSLOD=5.8510;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTY2D1:ENSG00000179119.9:-:deletionFS:2/2:SPTY2D1-201:ENST00000333429.6:1059_324:SPTY2D1-001:ENST00000336349.5:2058_324
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chr11	18728475	.	ATGAGCCAGG	A	280.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1731;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-9;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.1357;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF22:ENSG00000179057.9:-:deletionNFS:1/1:IGSF22-001:ENST00000513874.1:3981_3566_1189_INKD->D
chr11	18728590	.	TGAA	T	20.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;DP=777;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.8558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IGSF22:ENSG00000179057.9:-:deletionNFS:1/1:IGSF22-001:ENST00000513874.1:3981_3451_1151_SN->N
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chr11	18754173	.	GT	G	44.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=302;DP=798;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.6185;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTPN5:ENSG00000110786.13:-:deletionFS:6/7:PTPN5-201:ENST00000358540.2:1698_1295:PTPN5-002:ENST00000396167.2:1602_1199:PTPN5-202:ENST00000396170.1:1602_1199:PTPN5-001:ENST00000396171.4:1698_1295:PTPN5-006:ENST00000396168.1:1626_1223:PTPN5-004:ENST00000477854.1:1110_707
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chr11	19187874	.	A	AT	9.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1269;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=5.3249;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZDHHC13:ENSG00000177054.9:+:insertionFS:2/2:ZDHHC13-001:ENST00000446113.2:1869_1416:ZDHHC13-002:ENST00000399351.3:1479_1026
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chr11	19799526	rs11353368	CG	C	4020.96	PASS	AA=0;AC=83;AF=0.07118;AN=1166;BaseQRankSum=7.556;DB;DP=2371;FS=8.679;HR=4;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.8933;InbreedingCoeff=0.1277;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=1.899;QD=19.71;ReadPosRankSum=-0.626;SB=-1807.90;SZ=-1;TR=12;TU=AGTG;VQSLOD=8.9371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NAV2:ENSG00000166833.14:+:deletionFS:1/9:NAV2-204:ENST00000540292.1:7260_55
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chr11	22398989	.	C	CT	17.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=969;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.1895;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC17A6:ENSG00000091664.6:+:insertionFS:2/2:SLC17A6-001:ENST00000263160.3:1749_1452:SLC17A6-201:ENST00000546171.1:1413_1116
chr11	24784844	.	TC	T,TCC	8.01	PASS	AA=0;AC=1,4;AF=0.0021,0.0086;AN=466;DP=777;DS;HR=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.4743;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LUZP2:ENSG00000187398.7:+:deletionFS:2/2:LUZP2-004:ENST00000336930.6:1041_386:LUZP2-001:ENST00000533227.1:783_128,2:LUZP2:ENSG00000187398.7:+:insertionFS:2/2:LUZP2-004:ENST00000336930.6:1041_386:LUZP2-001:ENST00000533227.1:783_128
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chr11	32987931	.	T	TG	9.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;BaseQRankSum=-1.003;DP=1186;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.8685;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:QSER1:ENSG00000060749.9:+:insertionFS:2/3:QSER1-002:ENST00000527788.1:4590_3951:QSER1-001:ENST00000399302.2:5208_4668
chr11	33106521	.	C	CA	5.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;BaseQRankSum=-0.999;DP=1253;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3006;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TCP11L1:ENSG00000176148.10:+:insertionFS:1/4:TCP11L1-201:ENST00000324357.9:1125_980
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chr11	33739012	.	T	TA	5.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1425;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SB=-31.70;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.3560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD59:ENSG00000085063.10:-:insertionFS:11/11:CD59-012:ENST00000534312.1:393_73:CD59-013:ENST00000527926.1:327_73:CD59-001:ENST00000351554.3:387_73:CD59-002:ENST00000395850.3:387_73:CD59-003:ENST00000415002.2:387_73:CD59-007:ENST00000426650.2:387_73:CD59-009:ENST00000437761.2:387_73:CD59-008:ENST00000445143.2:387_73:CD59-005:ENST00000527577.1:387_73:CD59-006:ENST00000528700.1:387_73:CD59-010:ENST00000533403.1:360_73
chr11	33763580	.	TTCC	T	335.58	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0072;AN=552;DP=1372;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-3;TR=20;TU=CCTCCTCTT;VQSLOD=6.5870;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXO3:ENSG00000110429.8:-:deletionNFS:4/8:FBXO3-001:ENST00000265651.3:1416_1290_430_EE->E:FBXO3-008:ENST00000526785.1:1077_951_317_EE->E:FBXO3-005:ENST00000531080.1:477_351_117_EE->E:FBXO3-006:ENST00000532057.1:477_351_117_EE->E
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chr11	34129870	.	G	GAAA	964.22	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0143;AN=420;DP=1353;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.7372;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:NAT10:ENSG00000135372.4:+:insertionNFS:2/3:NAT10-001:ENST00000257829.3:3078_98_33_G->GK:NAT10-003:ENST00000527971.1:867_98_33_G->GK
chr11	34133603	.	C	CG	12.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1422;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7707;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NAT10:ENSG00000135372.4:+:insertionFS:2/3:NAT10-001:ENST00000257829.3:3078_205:NAT10-003:ENST00000527971.1:867_205
chr11	34167718	.	G	GA	251.72	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00250;AN=1202;BaseQRankSum=-3.690;DP=3036;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.0344;InbreedingCoeff=0.0280;MQ=74.81;MQ0=0;MQRankSum=0.419;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.229;SB=-166.90;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.9370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NAT10:ENSG00000135372.4:+:insertionFS:3/3:NAT10-001:ENST00000257829.3:3078_3057:NAT10-003:ENST00000527971.1:867_846:NAT10-002:ENST00000531159.2:2862_2841
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chr11	36614525	.	TTCA	T	20.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1521;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=ATC;VQSLOD=5.9487;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RAG2:ENSG00000175097.3:-:deletionNFS:1/1:RAG2-001:ENST00000311485.3:1584_1194_398_EF->F
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chr11	43776426	.	AT	A	11.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=941;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8759;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSD17B12:ENSG00000149084.7:+:deletionFS:1/2:HSD17B12-002:ENST00000395700.4:297_287
chr11	44331287	.	TGCTGCGGCTGCG	T	549.33	PASS	AA=.;AC=19;AF=0.1056;AN=180;BaseQRankSum=-0.626;DP=179;FS=4.218;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.9560;InbreedingCoeff=0.2483;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-1.461;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.564;SB=-177.55;SZ=.;TR=20;TU=CGGCTG;VQSLOD=6.6540;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ALX4:ENSG00000052850.5:-:deletionNFS:1/1:ALX4-001:ENST00000329255.3:1236_326_109_QQQPQ->Q
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chr11	46387930	.	GCCT	G	44.77	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=884;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CCT;VQSLOD=6.3324;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DGKZ:ENSG00000149091.10:+:deletionNFS:1/10:DGKZ-002:ENST00000454345.1:3354_124_42_AS->A
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chr11	46776446	.	T	TG	8.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1582;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6065;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CKAP5:ENSG00000175216.8:-:insertionFS:2/5:CKAP5-203:ENST00000415402.1:6120_4861:CKAP5-002:ENST00000529230.1:6099_4861
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chr11	47356644	.	G	GC	18.11	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0190;AN=526;BaseQRankSum=2.954;DP=1019;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.3113;InbreedingCoeff=0.1592;MQ=72.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=0.39;ReadPosRankSum=-3.265;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3420;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYBPC3:ENSG00000134571.6:-:insertionFS:3/4:MYBPC3-201:ENST00000256993.4:3822_2851:MYBPC3-202:ENST00000399249.2:3825_2854:MYBPC3-001:ENST00000545968.1:3825_2854
chr11	47380218	.	TACAC	T	1972.08	PASS	AA=.;AC=27;AF=0.01345;AN=2008;BaseQRankSum=7.989;DP=5496;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.4059;InbreedingCoeff=0.0782;MQ=69.46;MQ0=1;MQRankSum=-1.936;QD=16.16;ReadPosRankSum=3.464;SB=-928.76;SZ=.;TR=11;TU=AC;VQSLOD=7.0558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPI1:ENSG00000066336.7:-:deletionFS:1/4:SPI1-002:ENST00000533968.1:738_670
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chr11	47380288	.	A	ACC	5380.87	PASS	AA=.;AC=325;AF=0.16753;AN=1940;BaseQRankSum=19.389;DP=5388;DS;FS=6.408;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=22.3462;InbreedingCoeff=-0.0163;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.366;QD=6.41;ReadPosRankSum=5.311;SB=-1664.73;SZ=.;TR=15;TU=AC;VQSLOD=4.8271;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPI1:ENSG00000066336.7:-:insertionFS:1/4:SPI1-002:ENST00000533968.1:738_600
chr11	47380290	.	A	ACG	5555.47	PASS	AA=.;AC=355;AF=0.18943;AN=1874;BaseQRankSum=18.628;DP=5274;DS;FS=6.575;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.9326;InbreedingCoeff=0.0297;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.006;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.277;SB=-1703.07;SZ=.;TR=15;TU=AC;VQSLOD=6.2693;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPI1:ENSG00000066336.7:-:insertionFS:1/4:SPI1-002:ENST00000533968.1:738_598
chr11	47436693	.	GGAA	G	108.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;DP=1324;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.4911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC39A13:ENSG00000165915.9:+:deletionNFS:2/5:SLC39A13-011:ENST00000354884.4:1095_1002_334_LE->L:SLC39A13-012:ENST00000362021.4:1116_1023_341_LE->L
chr11	47446784	.	TCA	T	4.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=542;BaseQRankSum=-0.262;DP=1445;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.7648;InbreedingCoeff=0.0653;MQ=62.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.264;QD=0.41;ReadPosRankSum=-0.038;SB=-23.45;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6666;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PSMC3:ENSG00000165916.3:-:deletionFS:3/4:PSMC3-001:ENST00000298852.3:1320_173:PSMC3-009:ENST00000531653.1:420_125:PSMC3-008:ENST00000528362.1:363_125
chr11	47609357	.	CG	C	243.77	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0051;AN=394;DP=959;DS;HR=4;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.8562;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM180B:ENSG00000196666.3:+:deletionFS:2/2:FAM180B-201:ENST00000356737.2:675_263:FAM180B-001:ENST00000538490.1:606_194
chr11	47611668	.	GAGA	G	198.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=865;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=6.8387;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1QTNF4:ENSG00000172247.3:-:deletionNFS:1/1:C1QTNF4-001:ENST00000302514.3:990_695_232_SF->F
chr11	47711779	.	CA	C	88.79	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0058;AN=518;DP=1520;DS;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.6739;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AGBL2:ENSG00000165923.10:-:deletionFS:4/6:AGBL2-201:ENST00000298861.4:2709_1480:AGBL2-202:ENST00000357610.3:2715_1480:AGBL2-001:ENST00000525123.1:2709_1480:AGBL2-003:ENST00000528244.1:2475_1366
chr11	47753028	.	TTTC	T	15.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=678;DP=1485;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=CTT;VQSLOD=5.7963;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FNBP4:ENSG00000109920.7:-:deletionNFS:1/1:FNBP4-001:ENST00000263773.5:3054_1906_636_SQ->Q
chr11	47788663	rs67450550	CGGTGGT	C	7777.91	PASS	AA=.;AC=197;AF=0.2270;AN=868;BaseQRankSum=10.487;DB;DP=1180;FS=16.055;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.5592;InbreedingCoeff=0.2785;MQ=55.20;MQ0=0;MQRankSum=-5.538;QD=25.93;ReadPosRankSum=0.353;SB=-2926.64;SZ=.;TR=12;TU=GGT;VQSLOD=6.8765;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FNBP4:ENSG00000109920.7:-:deletionNFS:1/1:FNBP4-001:ENST00000263773.5:3054_178_60_AVT->T
chr11	48152110	.	TCA	T	11.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1497;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AC;VQSLOD=6.0231;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTPRJ:ENSG00000149177.7:+:deletionFS:2/3:PTPRJ-001:ENST00000418331.2:4014_1457:PTPRJ-002:ENST00000440289.2:1620_1457
chr11	48166599	.	A	AC	16.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1350;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.2419;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PTPRJ:ENSG00000149177.7:+:insertionFS:1/3:PTPRJ-001:ENST00000418331.2:4014_2834
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chr11	48239137	.	CT	C	559.33	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0060;AN=828;BaseQRankSum=5.477;DP=2653;DS;FS=4.001;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=18.0873;InbreedingCoeff=0.0187;MQ=65.70;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.654;SB=-288.83;SZ=-1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.7494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4B1:ENSG00000175619.2:+:deletionFS:1/1:OR4B1-001:ENST00000309562.2:930_776
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chr11	55406761	.	CAACT	C	328.16	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0071;AN=708;BaseQRankSum=3.444;DP=1821;DS;FS=3.729;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.3651;InbreedingCoeff=0.0701;MQ=61.21;MQ0=0;MQRankSum=-2.941;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.995;SB=-35.57;SZ=-4;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.2469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4P4:ENSG00000181927.2:+:deletionFS:1/1:OR4P4-001:ENST00000314612.2:939_928
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chr11	55594979	.	AG	A	636.52	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0134;AN=820;BaseQRankSum=5.069;DP=2419;DS;FS=5.905;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.3773;InbreedingCoeff=0.0614;MQ=50.45;MQ0=146;MQRankSum=0.101;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.879;SB=-280.84;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.1245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5L2:ENSG00000205030.1:+:deletionFS:1/1:OR5L2-001:ENST00000378397.1:936_285
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chr11	55861277	.	GT	G	5019.33	PASS	AA=.;AC=74;AF=0.04793;AN=1544;BaseQRankSum=17.873;DP=4536;DS;FS=28.737;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=14.7816;InbreedingCoeff=0.0757;MQ=64.21;MQ0=0;MQRankSum=-4.784;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.608;SB=-1597.35;SZ=.;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.7670;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8I2:ENSG00000172154.2:+:deletionFS:1/1:OR8I2-001:ENST00000302124.2:933_494
chr11	55861306	.	CA	C,CTA	6166.52	PASS	AA=.;AC=77,0;AF=0.04898,0.00000;AN=1572;BaseQRankSum=21.036;DP=4753;DS;FS=23.011;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=15.3390;InbreedingCoeff=0.1171;MQ=64.11;MQ0=0;MQRankSum=-7.230;QD=15.98;ReadPosRankSum=-3.017;SB=-2340.40;SZ=.;TR=8;TU=AATC;VQSLOD=4.8680;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8I2:ENSG00000172154.2:+:deletionFS:1/1:OR8I2-001:ENST00000302124.2:933_523,2:OR8I2:ENSG00000172154.2:+:insertionFS:1/1:OR8I2-001:ENST00000302124.2:933_523
chr11	55926910	.	TC	T	24.42	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0036;AN=554;DP=1184;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3476;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8K5:ENSG00000181752.3:-:deletionFS:1/1:OR8K5-001:ENST00000313447.1:924_884
chr11	56128671	.	T	TA	186.58	PASS	AA=.;AC=48;AF=0.04082;AN=1176;BaseQRankSum=16.793;DP=2557;FS=4.201;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=11.2080;InbreedingCoeff=0.1219;MQ=73.56;MQ0=0;MQRankSum=0.983;QD=1.11;ReadPosRankSum=2.202;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4847;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8J1:ENSG00000172487.3:+:insertionFS:1/1:OR8J1-001:ENST00000303039.3:951_949
chr11	56128673	rs34649252	A	AT	6227.42	PASS	AA=.;AC=134;AF=0.06950;AN=1928;BaseQRankSum=-16.007;DB;DP=4664;DS;FS=10.701;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=12.0122;InbreedingCoeff=0.1443;MQ=67.81;MQ0=0;MQRankSum=1.722;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.467;SB=-2485.60;SZ=.;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.4531;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR8J1:ENSG00000172487.3:+:endOverlap:1/1:OR8J1-001:ENST00000303039.3:951
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chr11	56344843	.	CCATTGAAG	C	9169.98	PASS	AA=0;AC=68;AF=0.04315;AN=1576;BaseQRankSum=17.339;DP=4607;DS;FS=1.030;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=37.4728;InbreedingCoeff=0.0287;MQ=54.96;MQ0=127;MQRankSum=-8.201;QD=23.51;ReadPosRankSum=-1.763;SB=-4159.38;SZ=-8;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4864;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5M10:ENSG00000254834.2:-:deletionFS:1/1:OR5M10-001:ENST00000526812.2:948_355
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chr11	56380551	.	CAGA	C	1345.47	PASS	AA=0;AC=190;AF=0.08929;AN=2128;BaseQRankSum=23.817;DP=6271;FS=2.125;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.0108;InbreedingCoeff=0.0785;MQ=63.65;MQ0=1;MQRankSum=-5.241;QD=2.70;ReadPosRankSum=4.151;SZ=-3;TR=10;TU=ACAG;VQSLOD=5.7243;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5M1:ENSG00000255012.1:-:deletionNFS:1/1:OR5M1-001:ENST00000526538.1:948_428_143_CL->L
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chr11	57471518	.	GGCT	G	116.42	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00744;AN=1478;BaseQRankSum=3.728;DP=3729;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.0979;InbreedingCoeff=0.1174;MQ=67.65;MQ0=1;MQRankSum=0.500;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.031;SB=-106.59;SZ=-3;TR=16;TU=CTG;VQSLOD=7.6362;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MED19:ENSG00000156603.10:-:deletionNFS:1/2:MED19-002:ENST00000431606.2:735_727_243_LR->R
chr11	57505484	.	TCA	T	182.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=1020;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.3538;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMX2:ENSG00000213593.5:+:deletionFS:1/2:TMX2-002:ENST00000278422.4:891_350
chr11	57561544	.	CG	C	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=710;BaseQRankSum=1.396;DP=1385;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=9.4557;InbreedingCoeff=0.0478;MQ=75.93;MQ0=0;MQRankSum=1.373;QD=1.06;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-30.99;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.7573;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTNND1:ENSG00000198561.8:+:deletionFS:19/32:CTNND1-201:ENST00000358694.6:2802_258:CTNND1-202:ENST00000360682.6:2844_258:CTNND1-008:ENST00000361332.4:2889_258:CTNND1-007:ENST00000361391.6:2826_258:CTNND1-011:ENST00000361796.4:2802_258:CTNND1-203:ENST00000399039.4:2817_258:CTNND1-006:ENST00000399050.4:2907_258:CTNND1-017:ENST00000428599.2:2802_258:CTNND1-204:ENST00000524630.1:2802_258:CTNND1-030:ENST00000526938.1:2757_258:CTNND1-001:ENST00000529919.1:2817_258:CTNND1-025:ENST00000526357.1:2727_96:CTNND1-015:ENST00000528621.1:2640_96:CTNND1-003:ENST00000529526.1:2640_96:CTNND1-022:ENST00000529873.1:2664_96:CTNND1-016:ENST00000530748.1:2658_96:CTNND1-014:ENST00000532649.1:2640_96:CTNND1-024:ENST00000532844.1:2745_96:CTNND1-029:ENST00000534579.1:2640_96
chr11	57799108	rs34846253	AC	A	20144.51	PASS	AA=0;AC=237;AF=0.12434;AN=1906;BaseQRankSum=18.830;DB;DP=5530;DS;FS=1.956;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.0953;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=64.41;MQ0=0;MQRankSum=2.331;QD=19.50;ReadPosRankSum=0.189;SB=-9388.43;SZ=-1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=9.0805;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6Q1:ENSG00000172381.3:+:deletionFS:1/1:OR6Q1-001:ENST00000302622.3:954_684
chr11	57947416	.	CCTT	C	67.09	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0057;AN=524;DP=1502;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=CT;VQSLOD=6.5176;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR9Q1:ENSG00000186509.3:+:deletionNFS:1/1:OR9Q1-001:ENST00000335397.3:933_500_167_SF->S
chr11	57995449	.	TTGTTCC	T	482.73	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00368;AN=1086;BaseQRankSum=4.257;DP=2951;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.6808;InbreedingCoeff=0.0505;MQ=66.25;MQ0=0;MQRankSum=-4.701;QD=28.40;ReadPosRankSum=3.366;SB=-283.81;SZ=-6;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1279;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10Q1:ENSG00000180475.4:-:deletionNFS:1/1:OR10Q1-001:ENST00000316770.2:960_899_300_KDV->V
chr11	57995878	.	AG	A	299.18	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0124;AN=484;DP=1011;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.2179;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10Q1:ENSG00000180475.4:-:deletionFS:1/1:OR10Q1-001:ENST00000316770.2:960_470
chr11	58034648	.	GC	G	312.85	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0076;AN=526;DP=1189;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.8342;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10W1:ENSG00000172772.3:-:deletionFS:1/1:OR10W1-001:ENST00000395079.2:918_683
chr11	58170792	.	AG	A	1575.48	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.0307;AN=978;BaseQRankSum=5.420;DP=2478;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=14.2611;InbreedingCoeff=0.1046;MQ=67.01;MQ0=0;MQRankSum=2.532;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.447;SB=-930.00;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=8.2737;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5B3:ENSG00000172769.2:-:deletionFS:1/1:OR5B3-001:ENST00000309403.2:945_91
chr11	58207035	.	AT	A	548.93	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0132;AN=682;DP=1742;DS;HR=8;HRun=1;HU=A;MQ0=1;SZ=.;TR=8;TU=A;VQSLOD=7.9191;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5B12:ENSG00000172362.2:-:deletionFS:1/1:OR5B12-001:ENST00000302572.2:945_590
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chr11	58386157	.	CAT	C	104.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=1094;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.9346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFP91:ENSG00000186660.13:+:deletionFS:1/2:ZFP91-201:ENST00000389918.3:1587_1582
chr11	58891961	.	GT	G	1641.50	PASS	AA=0;AC=29;AF=0.01981;AN=1464;BaseQRankSum=10.613;DP=3959;DS;FS=20.206;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=12.3337;InbreedingCoeff=0.1632;MQ=71.75;MQ0=0;MQRankSum=2.591;QD=12.44;ReadPosRankSum=-2.561;SB=-663.26;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.3167;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:FAM111B:ENSG00000189057.6:+:deletionFS:3/3:FAM111B-001:ENST00000343597.3:2205_391:FAM111B-201:ENST00000411426.1:2115_301:FAM111B-002:ENST00000529618.1:2115_301
chr11	58892376	.	CA	C,CAA	186.13	PASS	AA=.;AC=49,26;AF=0.0505,0.0268;AN=970;BaseQRankSum=8.156;DP=2466;DS;FS=3.134;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=12.3623;InbreedingCoeff=0.1533;MQ=65.41;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=0.41;ReadPosRankSum=-2.513;SB=-548.59;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.3893;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM111B:ENSG00000189057.6:+:deletionFS:3/3:FAM111B-001:ENST00000343597.3:2205_806:FAM111B-201:ENST00000411426.1:2115_716:FAM111B-002:ENST00000529618.1:2115_716,2:FAM111B:ENSG00000189057.6:+:insertionFS:3/3:FAM111B-001:ENST00000343597.3:2205_806:FAM111B-201:ENST00000411426.1:2115_716:FAM111B-002:ENST00000529618.1:2115_716
chr11	58920175	.	AAGT	A	21.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=334;DP=1064;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGT;VQSLOD=5.4245;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM111A:ENSG00000166801.11:+:deletionNFS:5/5:FAM111A-001:ENST00000361723.3:1836_1034_345_KV->K:FAM111A-002:ENST00000420244.1:1836_1034_345_KV->K:FAM111A-201:ENST00000528737.1:1836_1034_345_KV->K:FAM111A-004:ENST00000531147.1:1836_1034_345_KV->K:FAM111A-003:ENST00000533703.1:1836_1034_345_KV->K
chr11	58920610	.	A	AG	6.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;BaseQRankSum=-2.448;DP=1552;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM111A:ENSG00000166801.11:+:insertionFS:5/5:FAM111A-001:ENST00000361723.3:1836_1469:FAM111A-002:ENST00000420244.1:1836_1469:FAM111A-201:ENST00000528737.1:1836_1469:FAM111A-004:ENST00000531147.1:1836_1469:FAM111A-003:ENST00000533703.1:1836_1469
chr11	59132131	.	TG	T	122.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1689;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.7250;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR5AN1:ENSG00000176495.2:+:deletionFS:1/1:OR5AN1-001:ENST00000313940.2:936_200
chr11	59225129	rs77048571	GC	G	6568.99	PASS	AA=0;AC=80;AF=0.03941;AN=2030;BaseQRankSum=11.164;DB;DP=5218;DS;FS=3.193;HR=4;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.9506;InbreedingCoeff=0.2015;MQ=62.99;MQ0=0;MQRankSum=1.358;QD=20.53;ReadPosRankSum=-0.741;SB=-2943.26;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=8.3126;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR4D6:ENSG00000166884.2:+:deletionFS:1/1:OR4D6-001:ENST00000300127.2:945_696
chr11	59245838	.	G	GA	193.83	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0209;AN=478;DP=1183;DS;HR=9;HRun=9;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=15;TU=AAAATAG;VQSLOD=6.7533;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4D10:ENSG00000254466.1:+:endOverlap:1/1:OR4D10-001:ENST00000530162.1:936
chr11	59271099	.	TACTC	T	464.07	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0090;AN=442;DP=1265;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.7603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4D11:ENSG00000176200.1:+:deletionFS:1/1:OR4D11-001:ENST00000313253.1:936_51
chr11	59377901	.	GC	G	6.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;DP=1465;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6964;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OSBP:ENSG00000110048.6:-:deletionFS:1/2:OSBP-001:ENST00000263847.1:2424_524
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chr11	59712646	.	T	TG	15.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;BaseQRankSum=-0.986;DP=1455;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.7979;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP000790.1:ENSG00000214788.1:+:insertionFS:1/1:AP000790.1-201:ENST00000398992.1:369_263
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chr11	61015821	.	AG	A	557.32	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0171;AN=468;DP=1364;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=-1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=7.6835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PGA5:ENSG00000256713.1:+:deletionFS:1/5:PGA5-006:ENST00000451616.2:705_125
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chr11	61503226	.	CT	C	12.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=594;DP=1261;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=10;TU=ACCTG;VQSLOD=5.0675;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DAGLA:ENSG00000134780.5:+:deletionFS:1/1:DAGLA-001:ENST00000257215.5:3129_1228
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chr11	61551777	.	CTG	C	9.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1399;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.9954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf9:ENSG00000124920.9:+:deletionFS:3/4:C11orf9-001:ENST00000278836.5:3456_3220:C11orf9-002:ENST00000265460.5:3336_3100:C11orf9-003:ENST00000389602.4:1614_1378
chr11	61588857	.	G	GA	164.12	PASS	AA=.;AC=22;AF=0.01440;AN=1528;BaseQRankSum=4.283;DP=4011;DS;FS=24.262;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=15.6869;InbreedingCoeff=0.0314;MQ=68.47;MQ0=0;MQRankSum=-1.971;QD=1.31;ReadPosRankSum=-3.548;SB=-240.58;SZ=.;TR=13;TU=AAAAG;VQSLOD=4.8819;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FADS2:ENSG00000134824.8:+:insertionFS:1/6:FADS2-011:ENST00000517839.1:159_119
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chr11	62186581	.	TC	T	1181.64	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0288;AN=416;DP=1207;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=13;TU=ACCCTC;VQSLOD=7.5475;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCGB1A1:ENSG00000149021.2:+:deletionFS:1/2:SCGB1A1-001:ENST00000278282.2:276_14
chr11	62201326	.	AAG	A	4.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;BaseQRankSum=1.533;DP=1561;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.4899;InbreedingCoeff=0.0286;MQ=85.23;MQ0=1;MQRankSum=-0.703;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.999;SB=-27.69;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.5842;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:deletionFS:1/4:AHNAK-011:ENST00000530124.1:396_380
chr11	62286009	.	T	TA	56.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=944;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=8.1635;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:insertionFS:1/4:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_15880
chr11	62288979	.	CA	C	42.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=903;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.6393;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:deletionFS:1/4:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_12910
chr11	62295652	.	GACA	G	61.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=542;DP=1524;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=9;TU=AAC;VQSLOD=4.9644;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:deletionNFS:2/4:AHNAK-201:ENST00000244934.4:2376_504_168_VS->S:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_6237_2079_VS->S
chr11	62303554	.	G	GTC	1496.31	PASS	AA=.;AC=96;AF=0.07595;AN=1264;BaseQRankSum=19.105;DP=2518;DS;FS=3.508;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0606;InbreedingCoeff=0.0106;MQ=56.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=4.55;ReadPosRankSum=3.910;SB=-1061.92;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.1553;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:insertionFS:3/4:AHNAK-011:ENST00000530124.1:396_17:AHNAK-001:ENST00000257247.7:450_17:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_17
chr11	62303555	rs113658672	T	TC,TCTC	10605.40	PASS	AA=2;AC=1,140;AF=0.00058,0.08083;AN=1732;BaseQRankSum=-12.692;DB;DP=3505;DS;FS=3.297;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=15.9756;InbreedingCoeff=0.1683;MQ=56.49;MQ0=0;MQRankSum=-4.125;QD=27.33;ReadPosRankSum=2.167;SB=-5092.79;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=8.3850;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:insertionFS:3/4:AHNAK-011:ENST00000530124.1:396_16:AHNAK-001:ENST00000257247.7:450_16:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_16,2:AHNAK:ENSG00000124942.7:-:insertionNFS:3/4:AHNAK-011:ENST00000530124.1:396_16_6_T->ET:AHNAK-001:ENST00000257247.7:450_16_6_T->ET:AHNAK-005:ENST00000378024.4:17673_16_6_T->ET
chr11	62343139	.	ACCGTCC	A	367.97	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0043;AN=460;DP=1287;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.2457;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUT1:ENSG00000149016.11:-:deletionNFS:2/2:TUT1-201:ENST00000308436.7:2739_2166_722_GGE->E:TUT1-001:ENST00000476907.1:2625_2052_684_GGE->E
chr11	62346485	.	TG	T	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=692;BaseQRankSum=0.184;DP=1352;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=9.9645;InbreedingCoeff=0.0704;MQ=83.36;MQ0=1;MQRankSum=-0.032;QD=1.08;ReadPosRankSum=-1.896;SB=-31.07;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0372;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUT1:ENSG00000149016.11:-:deletionFS:2/2:TUT1-201:ENST00000308436.7:2739_822:TUT1-001:ENST00000476907.1:2625_708
chr11	62359024	.	C	CT	218.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=1045;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.2680;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUT1:ENSG00000149016.11:-:insertionFS:1/2:TUT1-201:ENST00000308436.7:2739_48
chr11	62359060	.	AG	A	122.67	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0032;AN=618;DP=1494;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9998;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUT1:ENSG00000149016.11:-:deletionFS:1/2:TUT1-201:ENST00000308436.7:2739_12
chr11	62369880	.	T	TA	3157.99	PASS	AA=.;AC=199;AF=0.15145;AN=1314;BaseQRankSum=17.028;DP=1726;FS=12.409;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.5128;InbreedingCoeff=0.2247;MQ=65.21;MQ0=0;MQRankSum=0.644;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.766;SB=-1161.85;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.2405;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EML3:ENSG00000149499.6:-:insertionFS:2/5:EML3-014:ENST00000529309.1:2754_2648:EML3-016:ENST00000494176.2:2670_2564
chr11	62381245	.	G	GA	44.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1605;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.3419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ROM1:ENSG00000149489.4:+:insertionFS:1/2:ROM1-001:ENST00000278833.3:1056_492
chr11	62382122	.	GC	G	392.72	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0099;AN=706;BaseQRankSum=3.898;DP=1827;DS;FS=0.953;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.3746;InbreedingCoeff=0.0371;MQ=57.44;MQ0=0;MQRankSum=2.006;QD=11.90;ReadPosRankSum=2.334;SB=-228.57;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.9595;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ROM1:ENSG00000149489.4:+:deletionFS:2/2:ROM1-001:ENST00000278833.3:1056_867:ROM1-003:ENST00000534093.1:318_239
chr11	62383706	.	ACT	A	208.03	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0106;AN=564;DP=955;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.8107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:B3GAT3:ENSG00000149541.5:-:deletionFS:2/3:B3GAT3-002:ENST00000531383.1:960_912:B3GAT3-004:ENST00000534026.1:948_916
chr11	62384006	.	AGGTCCTTG	A	96.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=689;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;SZ=-8;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8828;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:B3GAT3:ENSG00000149541.5:-:deletionFS:3/3:B3GAT3-001:ENST00000265471.5:1008_881:B3GAT3-002:ENST00000531383.1:960_881:B3GAT3-004:ENST00000534026.1:948_881
chr11	62415504	.	G	GC	12.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1241;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9175;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INTS5:ENSG00000185085.2:-:insertionFS:1/1:INTS5-001:ENST00000330574.2:3060_2048
chr11	62495923	rs35329194	C	CG	752.36	PASS	AA=.;AC=99;AF=0.07195;AN=1376;BaseQRankSum=3.743;DB;DP=2568;DS;FS=43.772;HR=9;HRun=9;HU=G;HaplotypeScore=14.2715;InbreedingCoeff=0.1921;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=2.464;QD=4.04;ReadPosRankSum=-3.294;SB=-412.31;SZ=.;TR=9;TU=G;VQSLOD=5.6629;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTC9C:ENSG00000162222.8:+:insertionFS:1/3:TTC9C-201:ENST00000513247.2:648_88
chr11	62495993	.	TG	T	16.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1045;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC9C:ENSG00000162222.8:+:deletionFS:1/3:TTC9C-201:ENST00000513247.2:648_158
chr11	62496182	.	CTG	C	5.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;DP=1406;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3864;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC9C:ENSG00000162222.8:+:deletionFS:1/3:TTC9C-201:ENST00000513247.2:648_347
chr11	62532677	.	G	GC	6.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1451;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3754;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POLR2G:ENSG00000168002.7:+:insertionFS:1/1:POLR2G-001:ENST00000301788.7:519_306
chr11	62558340	.	GCA	G	62.08	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=440;BaseQRankSum=1.915;DP=1169;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.7748;InbreedingCoeff=0.0205;MQ=64.92;MQ0=0;MQRankSum=0.080;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.021;SB=-73.45;SZ=-2;TR=4;TU=CG;VQSLOD=6.8969;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM223:ENSG00000168569.7:-:deletionFS:1/2:TMEM223-001:ENST00000307366.7:609_364
chr11	62598584	.	T	TG	13.49	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0083;AN=362;DP=523;HR=8;HRun=8;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.0586;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:STX5:ENSG00000162236.7:-:insertionFS:2/4:STX5-001:ENST00000294179.3:1068_132:STX5-002:ENST00000377897.4:966_132
chr11	62638220	.	T	TG	163.37	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0052;AN=386;DP=599;HR=4;HRun=4;HU=G;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.7883;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC3A2:ENSG00000168003.10:+:insertionFS:3/9:SLC3A2-001:ENST00000377890.2:1893_116:SLC3A2-202:ENST00000377892.1:1986_116:SLC3A2-003:ENST00000542007.1:1896_116
chr11	62655976	.	C	CT	4.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;BaseQRankSum=0.749;DP=1451;DS;FS=2.088;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=12.7854;InbreedingCoeff=0.1175;MQ=66.71;MQ0=0;MQRankSum=-2.666;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.164;SB=-31.27;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.0088;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC3A2:ENSG00000168003.10:+:insertionFS:9/9:SLC3A2-002:ENST00000377889.2:1707_1518:SLC3A2-001:ENST00000377890.2:1893_1704:SLC3A2-201:ENST00000377891.1:1896_1707:SLC3A2-202:ENST00000377892.1:1986_1797:SLC3A2-026:ENST00000535296.1:1800_1611:SLC3A2-003:ENST00000542007.1:1896_1707:SLC3A2-004:ENST00000338663.7:1590_1401:SLC3A2-203:ENST00000422606.2:1536_1347:SLC3A2-022:ENST00000536981.1:528_339
chr11	62768252	.	TGG	T,TG	10.42	PASS	AA=0;AC=1,0;AF=0.0015,0.0000;AN=650;DP=1982;DS;HR=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.3231;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC22A8:ENSG00000149452.10:-:deletionFS:6/6:SLC22A8-001:ENST00000336232.2:1629_377:SLC22A8-002:ENST00000430500.2:1629_377:SLC22A8-201:ENST00000540631.1:1587_335:SLC22A8-003:ENST00000545207.1:1356_104:SLC22A8-008:ENST00000535878.1:1260_8:SLC22A8-004:ENST00000311438.8:1602_377,2:SLC22A8:ENSG00000149452.10:-:deletionFS:6/6:SLC22A8-001:ENST00000336232.2:1629_377:SLC22A8-002:ENST00000430500.2:1629_377:SLC22A8-201:ENST00000540631.1:1587_335:SLC22A8-003:ENST00000545207.1:1356_104:SLC22A8-008:ENST00000535878.1:1260_8:SLC22A8-004:ENST00000311438.8:1602_377
chr11	62995941	.	C	CA	9.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1356;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4320;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC22A25:ENSG00000196600.7:-:insertionFS:2/3:SLC22A25-001:ENST00000306494.6:1644_498:SLC22A25-202:ENST00000451441.1:609_498
chr11	62996774	rs112260121	C	CA	1752.19	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0439;AN=478;DB;DP=1436;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=6;TU=AC;VQSLOD=8.5580;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC22A25:ENSG00000196600.7:-:insertionFS:2/3:SLC22A25-001:ENST00000306494.6:1644_351:SLC22A25-202:ENST00000451441.1:609_351
chr11	63072236	.	A	AT	11.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1167;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=4.8386;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC22A10:ENSG00000184999.7:+:insertionFS:1/4:SLC22A10-004:ENST00000332793.6:1626_1473
chr11	63078478	rs10718324	GA	G,GAA	632.78	PASS	AA=1;AC=37,30;AF=0.02824,0.02290;AN=1310;BaseQRankSum=5.978;DB;DP=2776;DS;FS=17.206;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=9.8343;InbreedingCoeff=0.2767;MQ=67.03;MQ0=0;MQRankSum=0.532;QD=1.32;ReadPosRankSum=0.416;SB=-347.79;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=8.6167;culprit=QD;set=Intersection;VA=2:SLC22A10:ENSG00000184999.7:+:spliceOverlap:2/4:SLC22A10-004:ENST00000332793.6:1626:SLC22A10-005:ENST00000526800.1:618
chr11	63149670	rs78765214	CAA	C,CA,CAAA	571.50	PASS	AA=0;AC=2,116,176;AF=0.00103,0.05998,0.09100;AN=1934;BaseQRankSum=3.260;DB;DP=4744;DS;FS=19.304;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=14.9465;InbreedingCoeff=0.2696;MQ=68.11;MQ0=0;MQRankSum=-2.084;QD=0.66;ReadPosRankSum=-4.020;SB=-1006.30;SZ=-2;TR=11;TU=A;VQSLOD=6.7857;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SLC22A9:ENSG00000149742.5:+:deletionFS:1/2:SLC22A9-001:ENST00000279178.3:1662_994,2:SLC22A9:ENSG00000149742.5:+:deletionFS:1/2:SLC22A9-001:ENST00000279178.3:1662_994,3:SLC22A9:ENSG00000149742.5:+:insertionFS:1/2:SLC22A9-001:ENST00000279178.3:1662_994
chr11	63277972	.	ATG	A	278.48	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0099;AN=404;DP=1049;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.4720;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LGALS12:ENSG00000133317.10:+:spliceOverlap:5/5:LGALS12-003:ENST00000255684.5:984:LGALS12-002:ENST00000340246.5:1014:LGALS12-001:ENST00000394618.3:1011:LGALS12-004:ENST00000415491.2:828:LGALS12-005:ENST00000425950.2:801
chr11	63398907	.	T	TG	12.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=526;DP=1376;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.0778;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATL3:ENSG00000184743.8:-:insertionFS:3/3:ATL3-201:ENST00000332645.4:1707_1225:ATL3-001:ENST00000398868.3:1626_1144:ATL3-002:ENST00000538786.1:1572_1090
chr11	63419980	.	G	GTA	32.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1157;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATL3:ENSG00000184743.8:-:insertionFS:3/3:ATL3-201:ENST00000332645.4:1707_554:ATL3-001:ENST00000398868.3:1626_473:ATL3-002:ENST00000538786.1:1572_419
chr11	63486197	.	GA	G	14.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=692;DP=1349;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.6092;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RTN3:ENSG00000133318.9:+:deletionFS:2/7:RTN3-001:ENST00000339997.4:3042_166:RTN3-002:ENST00000377819.5:3099_223
chr11	63533334	.	TTCC	T	55.03	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0105;AN=382;DP=721;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=-3;TR=20;TU=CCT;VQSLOD=6.7143;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C11orf95:ENSG00000188070.6:-:deletionNFS:1/1:C11orf95-201:ENST00000433688.1:2037_582_194_EE->E
chr11	63963276	.	TAAG	T	25.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1298;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.8294;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STIP1:ENSG00000168439.11:+:deletionNFS:4/4:STIP1-010:ENST00000358794.5:1773_804_268_NK->N:STIP1-001:ENST00000305218.4:1632_663_221_NK->N:STIP1-003:ENST00000538945.1:1560_591_197_NK->N:STIP1-012:ENST00000543847.1:711_663_221_NK->N
chr11	63967470	.	TGGA	T	15.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1058;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=2;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=4.9477;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STIP1:ENSG00000168439.11:+:deletionNFS:3/4:STIP1-010:ENST00000358794.5:1773_1223_408_LE->L:STIP1-001:ENST00000305218.4:1632_1082_361_LE->L:STIP1-003:ENST00000538945.1:1560_1010_337_LE->L
chr11	63992348	.	CT	C	41.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=608;DP=1419;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.9279;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRPT1:ENSG00000149743.9:-:deletionFS:5/6:TRPT1-002:ENST00000317459.6:762_252:TRPT1-201:ENST00000394546.2:768_252:TRPT1-202:ENST00000541278.1:651_252:TRPT1-001:ENST00000394547.3:615_105:TRPT1-014:ENST00000546089.1:504_105
chr11	63999355	.	TACTTATTATGAA	T	426.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DP=1529;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-12;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4551;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAJC4:ENSG00000110011.9:+:deletionNFS:3/3:DNAJC4-001:ENST00000321685.3:726_99_33_STYYE->S:DNAJC4-013:ENST00000321460.5:750_99_33_STYYE->S:DNAJC4-002:ENST00000355040.4:204_99_33_STYYE->S
chr11	64011496	.	C	CTG	136.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1026;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.1276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FKBP2:ENSG00000173486.8:+:insertionFS:3/3:FKBP2-003:ENST00000309366.4:429_424:FKBP2-001:ENST00000394540.3:429_424:FKBP2-004:ENST00000449942.2:429_424
chr11	64031023	.	T	TA	13.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1078;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCB3:ENSG00000149782.7:+:insertionFS:3/3:PLCB3-001:ENST00000279230.6:3705_2409:PLCB3-004:ENST00000325234.5:3504_2208:PLCB3-002:ENST00000540288.1:3705_2409
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chr11	64064640	.	C	CA	8.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=863;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.7718;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNK4:ENSG00000182450.7:+:insertionFS:6/6:KCNK4-006:ENST00000538767.1:933_164:KCNK4-202:ENST00000544845.1:1368_549:KCNK4-201:ENST00000539852.1:1257_438:KCNK4-003:ENST00000394525.2:1182_363:KCNK4-001:ENST00000422670.2:1182_363:KCNK4-002:ENST00000539216.1:1182_363
chr11	64065115	.	CTA	C	121.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1272;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.6195;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNK4:ENSG00000182450.7:+:deletionFS:6/6:KCNK4-006:ENST00000538767.1:933_304:KCNK4-202:ENST00000544845.1:1368_837:KCNK4-201:ENST00000539852.1:1257_726:KCNK4-003:ENST00000394525.2:1182_651:KCNK4-001:ENST00000422670.2:1182_651:KCNK4-002:ENST00000539216.1:1182_651
chr11	64083295	.	CGGG	C	516.99	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.01951;AN=1538;BaseQRankSum=7.833;DP=2696;DS;FS=5.160;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=14.6741;InbreedingCoeff=0.0662;MQ=62.49;MQ0=11;MQRankSum=-6.294;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.877;SB=-112.62;SZ=-3;TR=11;TU=CGGG;VQSLOD=5.4170;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ESRRA:ENSG00000173153.9:+:deletionNFS:3/3:ESRRA-002:ENST00000000442.6:1272_1129_377_RA->P:ESRRA-003:ENST00000405666.1:1272_1129_377_RA->P:ESRRA-001:ENST00000406310.1:1269_1126_376_RA->P
chr11	64110986	.	ACT	A	49.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=947;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.8422;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC88B:ENSG00000168071.15:+:deletionFS:2/4:CCDC88B-001:ENST00000356786.5:4431_1217:CCDC88B-202:ENST00000377638.3:4077_1217
chr11	64111062	.	GC	G	9.63	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0033;AN=598;DP=1132;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3473;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC88B:ENSG00000168071.15:+:deletionFS:2/4:CCDC88B-001:ENST00000356786.5:4431_1293:CCDC88B-202:ENST00000377638.3:4077_1293
chr11	64121193	.	GC	G	10.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1011;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2575;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCDC88B:ENSG00000168071.15:+:deletionFS:3/4:CCDC88B-005:ENST00000359902.2:2139_1296:CCDC88B-001:ENST00000356786.5:4431_3840:CCDC88B-202:ENST00000377638.3:4077_3486
chr11	64457918	.	G	GC	58.78	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0241;AN=290;DP=502;DS;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=C;VQSLOD=5.4966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NRXN2:ENSG00000110076.13:-:insertionFS:3/6:NRXN2-201:ENST00000265459.6:5139_809:NRXN2-001:ENST00000377551.1:5139_809:NRXN2-015:ENST00000409571.1:5118_809
chr11	64521735	.	TC	T	4.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=570;BaseQRankSum=1.588;DP=1335;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.1900;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=72.51;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=0.80;ReadPosRankSum=1.081;SB=-30.73;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PYGM:ENSG00000068976.7:-:deletionFS:3/4:PYGM-202:ENST00000540450.1:2499_1025:PYGM-001:ENST00000164139.3:2529_1082:PYGM-002:ENST00000377432.3:2265_818
chr11	64543927	rs71537800	G	GT	35727.23	PASS	AA=0;AC=384;AF=0.20084;AN=1912;BaseQRankSum=-28.434;DB;DP=6354;DS;FS=6.543;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.1396;InbreedingCoeff=0.0643;MQ=59.80;MQ0=1;MQRankSum=0.158;QD=23.05;ReadPosRankSum=0.373;SB=-16950.18;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8029;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SF1:ENSG00000168066.15:-:insertionFS:1/8:SF1-201:ENST00000416674.3:243_203
chr11	64808680	.	CA	C	1873.18	PASS	AA=1;AC=470;AF=0.5556;AN=846;BaseQRankSum=6.541;DP=945;FS=14.444;HR=4;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.0796;InbreedingCoeff=0.2290;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=4.645;QD=3.95;ReadPosRankSum=7.212;SB=-621.00;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.0821;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SAC3D1:ENSG00000168061.8:+:deletionFS:1/3:SAC3D1-201:ENST00000301885.7:1212_55
chr11	64808681	rs67264208	AC	A	13281.90	PASS	AA=1;AC=705;AF=0.8769;AN=804;BaseQRankSum=2.333;DB;DP=891;FS=3.170;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=8.4810;InbreedingCoeff=0.2109;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=22.14;ReadPosRankSum=0.765;SB=-6133.61;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=8.5947;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SAC3D1:ENSG00000168061.8:+:deletionFS:1/3:SAC3D1-201:ENST00000301885.7:1212_56
chr11	64815818	.	C	CA	85.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=588;DP=1386;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=1;HU=C;MQ0=2;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=7.5870;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NAALADL1:ENSG00000168060.9:-:insertionFS:7/9:NAALADL1-020:ENST00000340252.4:2376_1391:NAALADL1-021:ENST00000355721.3:2100_1115:NAALADL1-022:ENST00000356632.3:2118_1133:NAALADL1-001:ENST00000358658.3:2223_1238:NAALADL1-203:ENST00000453486.2:2220_1238:NAALADL1-202:ENST00000355369.2:1569_1238:NAALADL1-201:ENST00000339885.2:1635_1238
chr11	64846751	.	CAA	C	199.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1115;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.4657;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDCA5:ENSG00000146670.5:-:deletionFS:1/3:CDCA5-005:ENST00000404147.3:924_752
chr11	64875815	.	TGG	T	6.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=880;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.9295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf2:ENSG00000149823.3:+:deletionFS:1/1:C11orf2-001:ENST00000279281.3:2349_872
chr11	65143960	.	A	AC	40.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=645;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.1538;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC25A45:ENSG00000162241.8:-:insertionFS:8/8:SLC25A45-201:ENST00000360662.3:795_713:SLC25A45-203:ENST00000398802.1:867_785:SLC25A45-006:ENST00000526432.1:681_599:SLC25A45-005:ENST00000527174.1:867_785:SLC25A45-004:ENST00000534028.1:795_713:SLC25A45-003:ENST00000294187.6:741_659:SLC25A45-202:ENST00000377152.2:555_473:SLC25A45-204:ENST00000417511.2:741_659
chr11	65310946	.	G	GC	18.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=404;DP=899;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.0399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LTBP3:ENSG00000168056.9:-:insertionFS:4/7:LTBP3-001:ENST00000301873.5:3912_2428:LTBP3-002:ENST00000322147.4:3771_2428:LTBP3-202:ENST00000536982.1:2649_1306:LTBP3-007:ENST00000532932.1:2202_718
chr11	65321668	.	AG	A	6.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0045;AN=222;DP=337;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.1097;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LTBP3:ENSG00000168056.9:-:deletionFS:2/7:LTBP3-001:ENST00000301873.5:3912_515:LTBP3-002:ENST00000322147.4:3771_515
chr11	65349916	.	GT	G	42.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1165;DS;HR=4;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SB=0.42;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.7237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHBP1L1:ENSG00000173442.7:+:deletionFS:1/2:EHBP1L1-001:ENST00000309295.4:4572_1773
chr11	65350002	.	CAG	C	50.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=676;DP=1679;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.2417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHBP1L1:ENSG00000173442.7:+:deletionFS:1/2:EHBP1L1-001:ENST00000309295.4:4572_1859
chr11	65351028	.	TAG	T	57.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=650;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.8492;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EHBP1L1:ENSG00000173442.7:+:deletionFS:1/2:EHBP1L1-001:ENST00000309295.4:4572_2885
chr11	65359237	rs71036214	A	AC	408.92	PASS	AA=.;AC=24;AF=0.0686;AN=350;BaseQRankSum=-0.791;DB;DP=387;FS=2.419;HR=7;HRun=7;HU=C;HaplotypeScore=6.2416;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=79.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.683;QD=6.10;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-125.27;SZ=.;TR=7;TU=C;VQSLOD=7.8185;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:EHBP1L1:ENSG00000173442.7:+:insertionFS:1/2:EHBP1L1-010:ENST00000533364.1:387_65
chr11	65384456	.	T	TC	23.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=608;DP=1278;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.0668;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCNXL3:ENSG00000197136.4:+:insertionFS:1/1:PCNXL3-001:ENST00000355703.3:6105_315
chr11	65404247	.	ACCTCAGCCTCAG	A	913.20	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0148;AN=610;BaseQRankSum=5.609;DP=1021;DS;FS=6.171;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.5459;InbreedingCoeff=0.1781;MQ=57.47;MQ0=1;MQRankSum=-4.654;QD=24.03;ReadPosRankSum=-1.377;SB=-252.20;SZ=.;TR=32;TU=AGCCTC;VQSLOD=5.6851;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCNXL3:ENSG00000197136.4:+:deletionNFS:1/1:PCNXL3-001:ENST00000355703.3:6105_5903_1968_DLSLS->D
chr11	65423152	rs55764628	TC	T	1152.33	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0294;AN=510;DB;DP=1419;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.5926;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RELA:ENSG00000173039.12:-:deletionFS:1/5:RELA-006:ENST00000525693.1:1134_1040
chr11	65487790	.	CCTT	C	2383.52	PASS	AA=0;AC=53;AF=0.0597;AN=888;BaseQRankSum=8.655;DP=1755;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.4006;InbreedingCoeff=0.1438;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=-3.989;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.482;SB=-1056.42;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=8.3184;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RNASEH2C:ENSG00000172922.4:-:deletionNFS:3/3:RNASEH2C-005:ENST00000527610.1:744_271_91_VS->S:RNASEH2C-001:ENST00000308418.4:495_271_91_VS->S:RNASEH2C-002:ENST00000528220.1:246_22_8_VS->S
chr11	65618019	.	A	AC	265.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1124;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=8.2154;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX32:ENSG00000172803.11:+:insertionFS:2/3:SNX32-001:ENST00000308342.6:1212_492:SNX32-201:ENST00000435160.2:426_84
chr11	65620804	.	T	TA	346.54	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=420;DP=1164;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.9125;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX32:ENSG00000172803.11:+:insertionFS:1/3:SNX32-001:ENST00000308342.6:1212_1210
chr11	65647350	.	TGCCTCCTG	T	327.36	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0064;AN=628;DP=1559;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-8;TR=14;TU=CCTCCTG;VQSLOD=6.1703;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CTSW:ENSG00000172543.3:+:deletionFS:2/2:CTSW-001:ENST00000307886.3:1131_25:CTSW-002:ENST00000528419.1:1095_25
chr11	65688021	.	G	GGACT	159.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1026;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2932;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DRAP1:ENSG00000175550.3:+:insertionFS:1/4:DRAP1-008:ENST00000376991.2:639_332
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chr11	66473230	.	C	CAA	39.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=572;DP=1514;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2418;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTBN2:ENSG00000173898.6:-:insertionFS:4/4:SPTBN2-201:ENST00000309996.2:7173_1732:SPTBN2-202:ENST00000443262.2:2805_1732:SPTBN2-001:ENST00000533211.1:7173_1732:SPTBN2-003:ENST00000529997.1:7098_1732
chr11	66512290	rs71045961	G	GGGC	1229.15	PASS	AA=.;AC=106;AF=0.4953;AN=214;BaseQRankSum=-2.293;DB;DP=207;FS=3.648;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=8.5332;InbreedingCoeff=0.3397;MQ=55.56;MQ0=2;MQRankSum=0.454;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.890;SB=-526.14;SZ=.;TR=26;TU=CGG;VQSLOD=7.8360;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C11orf80:ENSG00000173715.9:+:insertionNFS:1/6:C11orf80-202:ENST00000360962.4:2034_77_26_G->GA
chr11	66515892	.	G	GT	51.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=1002;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3684;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf80:ENSG00000173715.9:+:insertionFS:1/6:C11orf80-202:ENST00000360962.4:2034_220
chr11	66619921	.	TC	T	4.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;BaseQRankSum=1.465;DP=1490;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.0439;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=71.07;MQ0=0;MQRankSum=0.915;QD=1.14;ReadPosRankSum=-0.737;SB=-31.20;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.5429;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PC:ENSG00000173599.9:-:deletionFS:3/6:PC-005:ENST00000393955.2:3537_1814:PC-001:ENST00000393958.2:3537_1814:PC-202:ENST00000393960.1:3537_1814
chr11	66691674	.	GA	G,GAA	785.41	PASS	AA=.;AC=128,200;AF=0.08050,0.12579;AN=1590;BaseQRankSum=3.857;DP=3224;DS;FS=0.618;HR=15;HU=A;HaplotypeScore=10.4787;InbreedingCoeff=0.3356;MQ=55.87;MQ0=67;MQRankSum=0.175;QD=0.70;ReadPosRankSum=-1.527;SB=-698.75;SZ=.;TR=15;TU=A;VQSLOD=7.1217;culprit=FS;set=Intersection;VA=2:LRFN4:ENSG00000173621.6:+:spliceOverlap:1/4:LRFN4-201:ENST00000536516.1:1623
chr11	66772316	.	GA	G,GAA	146.54	PASS	AA=.;AC=67,52;AF=0.04564,0.03542;AN=1468;BaseQRankSum=4.263;DP=3223;DS;FS=30.688;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=17.2482;InbreedingCoeff=0.1658;MQ=58.22;MQ0=42;MQRankSum=-1.185;QD=0.30;ReadPosRankSum=-2.117;SB=-611.72;SZ=.;TR=23;TU=AAAAG;VQSLOD=4.8856;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:LRFN4:ENSG00000173621.6:+:deletionFS:1/4:LRFN4-201:ENST00000536516.1:1623_1609,2:LRFN4:ENSG00000173621.6:+:insertionFS:1/4:LRFN4-201:ENST00000536516.1:1623_1609
chr11	67018078	.	AGAG	A	80.26	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0102;AN=884;BaseQRankSum=1.776;DP=1878;DS;FS=1.078;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.8280;InbreedingCoeff=0.1488;MQ=62.54;MQ0=18;MQRankSum=-0.029;QD=1.78;ReadPosRankSum=-0.545;SB=-69.02;SZ=-3;TR=24;TU=AAGAGGAGGAGG;VQSLOD=7.4716;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KDM2A:ENSG00000173120.8:+:deletionNFS:3/5:KDM2A-010:ENST00000530342.1:2172_1260_420_EE->E:KDM2A-201:ENST00000308783.5:1863_951_317_EE->E:KDM2A-002:ENST00000529006.1:3489_2577_859_EE->E
chr11	67053893	.	TC	T	130.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=522;DP=971;DS;HR=7;HRun=7;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=C;VQSLOD=6.4396;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ADRBK1:ENSG00000173020.6:+:deletionFS:1/2:ADRBK1-011:ENST00000526285.1:1227_1125
chr11	67132618	.	GAGCCCCC	G	1439.38	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0147;AN=748;BaseQRankSum=6.810;DP=1822;DS;FS=12.520;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=31.4592;InbreedingCoeff=0.0582;MQ=60.11;MQ0=0;MQRankSum=-6.291;QD=27.68;ReadPosRankSum=1.811;SB=-419.59;SZ=-7;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.7786;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLCF1:ENSG00000175505.9:-:deletionFS:3/3:CLCF1-002:ENST00000312438.7:678_667:CLCF1-003:ENST00000528474.1:648_637:CLCF1-001:ENST00000533438.1:648_637
chr11	67176519	.	GGGCCT	G	206.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=572;DP=1287;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-5;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.8957;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBC1D10C:ENSG00000175463.7:+:deletionFS:3/3:TBC1D10C-201:ENST00000312390.5:1341_908:TBC1D10C-007:ENST00000542590.1:1341_908:TBC1D10C-001:ENST00000526387.1:933_714
chr11	67187070	.	TGGA	T	97.63	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0033;AN=606;BaseQRankSum=2.620;DP=1518;DS;FS=7.082;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.7091;InbreedingCoeff=0.1877;MQ=71.18;MQ0=0;MQRankSum=-1.431;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.388;SB=-35.64;SZ=-3;TR=13;TU=AGG;VQSLOD=8.1714;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CARNS1:ENSG00000172508.5:+:deletionNFS:5/6:CARNS1-001:ENST00000307823.3:2484_596_199_LE->L:CARNS1-201:ENST00000423745.2:2484_596_199_LE->L:CARNS1-202:ENST00000445895.2:2853_965_322_LE->L:CARNS1-002:ENST00000531040.1:2775_965_322_LE->L:CARNS1-204:ENST00000542831.1:2775_965_322_LE->L
chr11	67209167	.	TG	T,TGG	151.62	PASS	AA=.;AC=61,66;AF=0.0669,0.0724;AN=912;BaseQRankSum=2.734;DP=1352;FS=1.475;HR=10;HU=G;HaplotypeScore=8.9986;InbreedingCoeff=0.4646;MQ=72.39;MQ0=0;MQRankSum=1.593;QD=0.42;ReadPosRankSum=-1.189;SB=-101.26;SZ=.;TR=10;TU=G;VQSLOD=8.3274;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CORO1B:ENSG00000172725.8:-:deletionFS:1/5:CORO1B-002:ENST00000545016.1:552_491,2:CORO1B:ENSG00000172725.8:-:insertionFS:1/5:CORO1B-002:ENST00000545016.1:552_491
chr11	67219693	.	AC	A	30.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;DP=1559;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;SZ=-1;TR=8;TU=AGCC;VQSLOD=6.1058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR152:ENSG00000175514.2:-:deletionFS:1/1:GPR152-001:ENST00000312457.2:1413_503
chr11	67258258	.	GACA	G	32.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=386;DP=963;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9731;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AIP:ENSG00000110711.4:+:spliceOverlap:1/1:AIP-001:ENST00000279146.3:993
chr11	67261289	.	CG	C	40.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1002;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0652;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PITPNM1:ENSG00000110697.8:-:deletionFS:3/3:PITPNM1-201:ENST00000356404.3:3735_3028:PITPNM1-001:ENST00000436757.2:3732_3025:PITPNM1-002:ENST00000534749.1:3735_3028
chr11	67371792	.	GT	G	6377.12	PASS	AA=0;AC=67;AF=0.1379;AN=486;DP=1541;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.6434;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C11orf72:ENSG00000184224.3:-:deletionFS:2/2:C11orf72-001:ENST00000333139.3:756_749:C11orf72-002:ENST00000446232.1:756_749
chr11	67372014	.	C	CTT	133.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1488;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.9823;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf72:ENSG00000184224.3:-:insertionFS:2/2:C11orf72-001:ENST00000333139.3:756_527:C11orf72-002:ENST00000446232.1:756_527
chr11	67402570	.	T	TG	87.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=296;DP=615;DS;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.8283;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBX10:ENSG00000167800.9:-:insertionFS:1/1:TBX10-001:ENST00000335385.3:1158_172
chr11	67765161	.	G	GA	27938.35	PASS	AA=1;AC=1624;AF=0.96667;AN=1680;BaseQRankSum=7.893;DP=3445;DS;FS=1.576;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=20.8672;InbreedingCoeff=0.0731;MQ=69.75;MQ0=0;MQRankSum=-3.933;QD=13.80;ReadPosRankSum=10.007;SB=-12972.92;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3989;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UNC93B1:ENSG00000110057.3:-:insertionFS:1/1:UNC93B1-201:ENST00000227471.2:1791_888
chr11	67765163	rs11428176	A	AC,AG,AT	78950.03	PASS	AA=1;AC=12,1690,5;AF=0.00701,0.98715,0.00292;AN=1712;BaseQRankSum=-1.459;DB;DP=3463;DS;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=11.3760;InbreedingCoeff=0.2360;MQ=70.79;MQ0=0;MQRankSum=-1.723;QD=39.51;ReadPosRankSum=1.658;SB=-35811.73;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=10.3372;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UNC93B1:ENSG00000110057.3:-:spliceOverlap:1/1:UNC93B1-201:ENST00000227471.2:1791,2:UNC93B1:ENSG00000110057.3:-:spliceOverlap:1/1:UNC93B1-201:ENST00000227471.2:1791,3:UNC93B1:ENSG00000110057.3:-:spliceOverlap:1/1:UNC93B1-201:ENST00000227471.2:1791
chr11	67817991	.	A	AGGCCTG	2108.31	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.0473;AN=634;BaseQRankSum=-4.351;DP=1422;DS;FS=8.427;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=29.3623;InbreedingCoeff=0.1688;MQ=56.25;MQ0=0;MQRankSum=-6.960;QD=18.82;ReadPosRankSum=-1.188;SB=-989.94;SZ=6;TR=16;TU=CCTGGG;VQSLOD=6.2544;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TCIRG1:ENSG00000110719.4:+:insertionNFS:2/3:TCIRG1-001:ENST00000265686.3:2493_2274_758_I->IGL:TCIRG1-016:ENST00000532635.1:1845_1626_542_I->IGL
chr11	67818007	.	C	CT	186.27	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0339;AN=384;DP=924;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=16;TU=CCTGGG;VQSLOD=5.6019;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCIRG1:ENSG00000110719.4:+:insertionFS:2/3:TCIRG1-001:ENST00000265686.3:2493_2290:TCIRG1-016:ENST00000532635.1:1845_1642
chr11	67925281	.	GTCA	G	93.14	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0070;AN=430;DP=1553;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=ATC;VQSLOD=5.9251;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SUV420H1:ENSG00000110066.10:-:deletionNFS:1/5:SUV420H1-001:ENST00000304363.4:2658_2532_844_DF->F
chr11	67939096	.	T	TG	7.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=1325;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1589;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUV420H1:ENSG00000110066.10:-:insertionFS:5/5:SUV420H1-001:ENST00000304363.4:2658_734:SUV420H1-009:ENST00000402789.1:1209_734:SUV420H1-010:ENST00000401547.2:1182_734:SUV420H1-005:ENST00000402185.2:1113_665:SUV420H1-003:ENST00000405515.1:1182_734
chr11	68216402	.	A	AC	119.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;DP=893;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.2626;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRP5:ENSG00000162337.7:+:insertionFS:1/1:LRP5-001:ENST00000294304.7:4848_4712
chr11	68305139	.	TG	T	6.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=636;DP=1494;HR=4;HRun=2;HU=T;MQ0=1;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.6368;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PPP6R3:ENSG00000110075.8:+:deletionFS:9/11:PPP6R3-004:ENST00000529710.1:2376_7:PPP6R3-003:ENST00000265636.5:2382_7:PPP6R3-021:ENST00000265637.4:2484_7:PPP6R3-201:ENST00000393799.2:2640_7:PPP6R3-001:ENST00000393800.2:2622_7:PPP6R3-005:ENST00000393801.3:2640_7:PPP6R3-026:ENST00000524845.1:2535_7:PPP6R3-007:ENST00000524904.1:2604_7:PPP6R3-020:ENST00000527403.1:2517_7
chr11	68382344	.	G	GATA	1238.29	PASS	AA=0;AC=31;AF=0.0443;AN=700;BaseQRankSum=11.851;DP=1971;DS;FS=14.597;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.6115;InbreedingCoeff=0.1652;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-4.573;QD=7.55;ReadPosRankSum=-2.064;SB=-615.32;SZ=3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=4.8643;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PPP6R3:ENSG00000110075.8:+:insertionNFS:1/11:PPP6R3-202:ENST00000413788.2:747_496_166_D->DN
chr11	68382345	rs113019159	A	AT,ATAAT	4764.23	PASS	AA=0;AC=0,38;AF=0.0000,0.0529;AN=718;BaseQRankSum=-12.315;DB;DP=1994;DS;FS=20.829;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=25.2742;InbreedingCoeff=0.1764;MQ=57.08;MQ0=0;MQRankSum=-5.211;QD=26.92;ReadPosRankSum=-2.204;SB=-1799.37;SZ=1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.0758;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PPP6R3:ENSG00000110075.8:+:insertionFS:1/11:PPP6R3-202:ENST00000413788.2:747_497,2:PPP6R3:ENSG00000110075.8:+:insertionFS:1/11:PPP6R3-202:ENST00000413788.2:747_497
chr11	69063723	.	TG	T,TGG	62.04	PASS	AA=.;AC=7,6;AF=0.0164,0.0140;AN=428;DP=886;DS;HR=7;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=G;VQSLOD=6.7723;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MYEOV:ENSG00000172927.3:+:deletionFS:3/3:MYEOV-004:ENST00000308946.3:942_806:MYEOV-002:ENST00000441339.2:942_806:MYEOV-001:ENST00000535407.1:768_632,2:MYEOV:ENSG00000172927.3:+:insertionFS:3/3:MYEOV-004:ENST00000308946.3:942_806:MYEOV-002:ENST00000441339.2:942_806:MYEOV-001:ENST00000535407.1:768_632
chr11	69462882	.	TC	T	6.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;DP=708;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9801;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCND1:ENSG00000110092.2:+:deletionFS:2/3:CCND1-001:ENST00000227507.2:888_695:CCND1-201:ENST00000542897.1:486_293
chr11	69469100	.	AG	A	119.40	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0079;AN=380;DP=716;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.6763;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ORAOV1:ENSG00000149716.5:-:deletionFS:2/10:ORAOV1-201:ENST00000376587.3:666_477:ORAOV1-017:ENST00000538554.1:666_477
chr11	69472548	.	G	GTGGA	1110.98	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0157;AN=510;BaseQRankSum=-4.482;DP=1190;DS;FS=12.033;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.7378;InbreedingCoeff=0.1042;MQ=60.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.080;QD=27.77;ReadPosRankSum=1.220;SB=-389.71;SZ=4;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.1041;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP001888.1:ENSG00000256398.1:-:insertionFS:1/1:AP001888.1-201:ENST00000546240.1:705_136
chr11	70016243	.	A	AG	72.65	PASS	AA=1;AC=16;AF=0.01455;AN=1100;BaseQRankSum=1.930;DP=2245;DS;FS=2.379;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=22.6361;InbreedingCoeff=0.0436;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.864;QD=0.85;ReadPosRankSum=-2.269;SB=-221.68;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0861;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANO1:ENSG00000131620.12:+:insertionFS:1/8:ANO1-203:ENST00000539321.1:942_150
chr11	70016244	.	G	GT	9071.64	PASS	AA=1;AC=1272;AF=0.70432;AN=1806;BaseQRankSum=22.649;DP=3725;FS=9.602;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=17.3034;InbreedingCoeff=0.1876;MQ=71.68;MQ0=0;MQRankSum=1.785;QD=8.16;ReadPosRankSum=2.993;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.9504;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ANO1:ENSG00000131620.12:+:insertionFS:1/8:ANO1-203:ENST00000539321.1:942_151
chr11	70016247	rs35843284	T	TG	54277.16	PASS	AA=1;AC=1406;AF=0.77852;AN=1806;BaseQRankSum=-17.490;DB;DP=3717;DS;FS=1.016;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=10.2605;InbreedingCoeff=0.0964;MQ=67.90;MQ0=0;MQRankSum=4.036;QD=29.39;ReadPosRankSum=0.085;SB=-24277.70;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=9.2863;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANO1:ENSG00000131620.12:+:insertionFS:1/8:ANO1-203:ENST00000539321.1:942_154
chr11	70016248	.	G	GA,GT	10621.42	PASS	AA=1;AC=1278,14;AF=0.70220,0.00769;AN=1820;BaseQRankSum=21.014;DP=3759;FS=8.795;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=17.2973;InbreedingCoeff=0.6299;MQ=72.54;MQ0=0;MQRankSum=1.697;QD=9.95;ReadPosRankSum=6.097;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.7653;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ANO1:ENSG00000131620.12:+:insertionFS:1/8:ANO1-203:ENST00000539321.1:942_155,2:ANO1:ENSG00000131620.12:+:insertionFS:1/8:ANO1-203:ENST00000539321.1:942_155
chr11	70118468	.	A	AC	10.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1218;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.2189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPFIA1:ENSG00000131626.10:+:insertionFS:2/3:PPFIA1-001:ENST00000253925.7:3609_190:PPFIA1-002:ENST00000389547.3:3558_190
chr11	70279816	.	A	AC	12.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=915;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0694;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTTN:ENSG00000085733.11:+:insertionFS:4/4:CTTN-008:ENST00000376561.3:1905_1397:CTTN-002:ENST00000301843.8:1653_1508:CTTN-001:ENST00000346329.3:1542_1397:CTTN-201:ENST00000538675.1:945_560
chr11	71152431	.	CA	C	9.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1398;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0917;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHCR7:ENSG00000172893.9:-:deletionFS:2/3:DHCR7-001:ENST00000355527.3:1428_468:DHCR7-003:ENST00000407721.2:1428_468
chr11	71238662	.	G	GCT	83.03	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0089;AN=338;DP=550;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9725;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-7:ENSG00000244411.2:+:insertionFS:1/1:KRTAP5-7-001:ENST00000398536.4:498_316
chr11	71249117	.	T	TCCG	311.18	PASS	AA=.;AC=22;AF=0.01351;AN=1628;BaseQRankSum=4.459;DP=2486;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.1497;InbreedingCoeff=0.0018;MQ=43.89;MQ0=74;MQRankSum=-2.146;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.491;SB=-126.42;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.1154;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-8:ENSG00000241233.1:+:insertionNFS:1/1:KRTAP5-8-001:ENST00000398534.3:564_16_6_C->SG
chr11	71249125	rs55848980	A	AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG	10659.96	PASS	AA=.;AC=468;AF=0.45087;AN=1038;BaseQRankSum=4.290;DB;DP=1722;FS=10.011;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=42.7685;InbreedingCoeff=0.2935;MQ=50.19;MQ0=124;MQRankSum=-10.420;QD=14.60;ReadPosRankSum=-2.811;SB=-3032.09;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1640;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-8:ENSG00000241233.1:+:insertionNFS:1/1:KRTAP5-8-001:ENST00000398534.3:564_24_8_G->GGCGSGCG
chr11	71276657	rs71049990	A	AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG	6993.40	PASS	AA=0;AC=414;AF=0.4277;AN=968;BaseQRankSum=1.559;DB;DP=1265;FS=3.546;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=35.2455;InbreedingCoeff=0.3075;MQ=53.59;MQ0=58;MQRankSum=-9.839;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.517;SB=-139.92;SZ=21;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6075;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-10:ENSG00000204572.5:+:insertionNFS:2/2:KRTAP5-10-201:ENST00000376536.4:513_24_8_G->GGCGSGCG:KRTAP5-10-001:ENST00000398531.1:609_24_8_G->GGCGSGCG
chr11	71277128	.	C	CCG	84.53	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0068;AN=444;DP=900;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;SZ=2;TR=10;TU=CTG;VQSLOD=5.6890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-10:ENSG00000204572.5:+:insertionFS:2/2:KRTAP5-10-201:ENST00000376536.4:513_351:KRTAP5-10-001:ENST00000398531.1:609_495
chr11	71277130	.	GC	G	22.32	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0091;AN=438;DP=875;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=.;TR=10;TU=CTG;VQSLOD=4.7738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-10:ENSG00000204572.5:+:deletionFS:2/2:KRTAP5-10-201:ENST00000376536.4:513_353:KRTAP5-10-001:ENST00000398531.1:609_497
chr11	71279951	.	GT	G	53.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0037;AN=534;DP=1415;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;SZ=-1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=6.1677;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRTAP5-10:ENSG00000204572.5:+:deletionFS:1/2:KRTAP5-10-201:ENST00000376536.4:513_484
chr11	71711496	.	CAGTT	C	84.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;DP=1533;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.7993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL18BP:ENSG00000137496.13:+:deletionFS:8/8:IL18BP-004:ENST00000393707.4:348_128:IL18BP-013:ENST00000260049.5:585_128:IL18BP-005:ENST00000337131.5:585_128:IL18BP-201:ENST00000393703.4:585_128:IL18BP-002:ENST00000393705.4:585_128:IL18BP-202:ENST00000404792.1:585_128:IL18BP-008:ENST00000497194.2:600_128:IL18BP-012:ENST00000531053.1:600_128
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chr11	73104840	.	C	CT	1412.84	PASS	AA=.;AC=159;AF=0.08475;AN=1876;BaseQRankSum=18.682;DP=4200;DS;FS=1.096;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.0413;InbreedingCoeff=0.1310;MQ=62.71;MQ0=0;MQRankSum=1.037;QD=3.32;ReadPosRankSum=1.900;SB=-887.22;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.3504;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RELT:ENSG00000054967.7:+:insertionFS:1/3:RELT-201:ENST00000438119.2:897_190
chr11	73104842	.	T	TC	8714.81	PASS	AA=.;AC=221;AF=0.11856;AN=1864;BaseQRankSum=-10.331;DP=4145;DS;FS=4.901;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=13.9673;InbreedingCoeff=0.1283;MQ=63.42;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.176;SB=-4146.31;SZ=.;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.8726;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RELT:ENSG00000054967.7:+:insertionFS:1/3:RELT-201:ENST00000438119.2:897_192
chr11	73104846	.	C	CT	872.73	PASS	AA=.;AC=123;AF=0.08736;AN=1408;BaseQRankSum=17.522;DP=3098;DS;FS=2.732;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.9068;InbreedingCoeff=0.0849;MQ=64.61;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=2.49;ReadPosRankSum=2.832;SB=-675.32;SZ=.;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.5619;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RELT:ENSG00000054967.7:+:insertionFS:1/3:RELT-201:ENST00000438119.2:897_196
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chr11	73371884	.	A	AAGTCT,AGGTAAGTCT	1081.11	PASS	AA=0;AC=0,10;AF=0.0000,0.0250;AN=400;DP=1023;DS;FS=0.000;HR=2;HU=C;MQ0=0;SZ=5;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8595;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLEKHB1:ENSG00000021300.7:+:insertionFS:6/8:PLEKHB1-001:ENST00000354190.5:732_582:PLEKHB1-002:ENST00000398492.4:627_477:PLEKHB1-003:ENST00000227214.6:570_420:PLEKHB1-004:ENST00000398494.4:675_525:PLEKHB1-007:ENST00000535129.1:570_420:PLEKHB1-010:ENST00000543085.1:417_267,2:PLEKHB1:ENSG00000021300.7:+:insertionNFS:6/8:PLEKHB1-001:ENST00000354190.5:732_582_194_G->GGKS:PLEKHB1-002:ENST00000398492.4:627_477_159_G->GGKS:PLEKHB1-003:ENST00000227214.6:570_420_140_G->GGKS:PLEKHB1-004:ENST00000398494.4:675_525_175_G->GGKS:PLEKHB1-007:ENST00000535129.1:570_420_140_G->GGKS:PLEKHB1-010:ENST00000543085.1:417_267_89_G->GGKS
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chr11	73760438	.	T	TC	4.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=556;BaseQRankSum=-0.770;DP=1465;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.1235;InbreedingCoeff=0.0337;MQ=61.50;MQ0=0;MQRankSum=0.669;QD=0.52;ReadPosRankSum=1.481;SB=-30.63;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1135;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2CD3:ENSG00000168014.11:-:insertionFS:3/5:C2CD3-203:ENST00000334126.7:7062_5305:C2CD3-001:ENST00000313663.7:5892_5305:C2CD3-202:ENST00000313681.6:5583_5248
chr11	73785479	.	AT	A	84.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;DP=1228;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=7.5996;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2CD3:ENSG00000168014.11:-:deletionFS:3/5:C2CD3-203:ENST00000334126.7:7062_4770:C2CD3-001:ENST00000313663.7:5892_4770:C2CD3-202:ENST00000313681.6:5583_4713
chr11	73809250	.	G	GCAA	106.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1246;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=4.7888;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C2CD3:ENSG00000168014.11:-:insertionNFS:3/5:C2CD3-203:ENST00000334126.7:7062_2783_928_A->VA:C2CD3-001:ENST00000313663.7:5892_2783_928_A->VA:C2CD3-202:ENST00000313681.6:5583_2783_928_A->VA
chr11	74336608	.	GA	G,GAA	24.40	PASS	AA=0;AC=14,10;AF=0.0300,0.0215;AN=466;DP=1188;DS;HR=9;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=9;TU=A;VQSLOD=6.2792;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:POLD3:ENSG00000077514.3:+:deletionFS:4/4:POLD3-001:ENST00000263681.2:1401_889:POLD3-201:ENST00000538052.1:804_790:POLD3-002:ENST00000527458.1:1284_772:POLD3-003:ENST00000532497.1:1083_571,2:POLD3:ENSG00000077514.3:+:insertionFS:4/4:POLD3-001:ENST00000263681.2:1401_889:POLD3-201:ENST00000538052.1:804_790:POLD3-002:ENST00000527458.1:1284_772:POLD3-003:ENST00000532497.1:1083_571
chr11	74441871	.	CA	C	250.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=380;DP=715;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9828;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHRDL2:ENSG00000054938.10:-:deletionFS:2/4:CHRDL2-001:ENST00000263671.5:1356_63:CHRDL2-002:ENST00000376332.3:1290_63
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chr11	74716789	.	C	CCTA	53.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1430;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=7;TU=ACT;VQSLOD=4.9476;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEU3:ENSG00000162139.5:+:insertionNFS:4/9:NEU3-001:ENST00000294064.4:1386_638_213_T->TY:NEU3-002:ENST00000531509.1:1386_638_213_T->TY:NEU3-201:ENST00000544263.1:1287_539_180_T->TY:NEU3-202:ENST00000545272.1:1059_311_104_T->TY
chr11	74873754	rs72408262	GCACAGAAAA	G	7324.30	PASS	AA=0;AC=69;AF=0.03647;AN=1892;BaseQRankSum=15.201;DB;DP=4827;DS;FS=1.685;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=37.0507;InbreedingCoeff=0.1159;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-9.430;QD=26.25;ReadPosRankSum=1.044;SB=-3462.50;SZ=-9;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.6023;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLCO2B1:ENSG00000137491.9:+:deletionNFS:2/7:SLCO2B1-001:ENST00000289575.5:2130_71_24_GTEN->G:SLCO2B1-005:ENST00000428359.2:2064_5_2_GTEN->G
chr11	74974784	.	GAA	G,GA,GAAA	1910.86	PASS	AA=.;AC=55,280,403;AF=0.03172,0.16148,0.23241;AN=1734;BaseQRankSum=-0.612;DP=4219;DS;FS=9.014;HR=16;HU=A;HaplotypeScore=16.2428;InbreedingCoeff=0.4274;MQ=64.20;MQ0=2;MQRankSum=1.425;QD=1.21;ReadPosRankSum=-4.259;SB=-1892.54;SZ=.;TR=16;TU=A;VQSLOD=7.7269;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AP001972.1:ENSG00000255877.1:-:deletionFS:1/1:AP001972.1-201:ENST00000543222.1:510_279,2:AP001972.1:ENSG00000255877.1:-:deletionFS:1/1:AP001972.1-201:ENST00000543222.1:510_279,3:AP001972.1:ENSG00000255877.1:-:insertionFS:1/1:AP001972.1-201:ENST00000543222.1:510_279
chr11	75113357	.	ATGG	A,AGG	4023.09	PASS	AA=0;AC=31,1;AF=0.0745,0.0024;AN=416;DP=1446;DS;HR=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=7.3032;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPS3:ENSG00000149273.8:+:deletionNFS:1/7:RPS3-014:ENST00000278572.6:780_265_89_MV->M,2:RPS3:ENSG00000149273.8:+:deletionFS:1/7:RPS3-014:ENST00000278572.6:780_265
chr11	75319214	.	C	CTTA	2371.33	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01610;AN=1056;BaseQRankSum=-8.875;DP=3266;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.9491;InbreedingCoeff=0.0346;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.493;QD=24.21;ReadPosRankSum=-0.143;SB=-1172.65;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.0233;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAP6:ENSG00000171533.6:-:insertionNFS:4/4:MAP6-001:ENST00000304771.3:2442_1059_353_K->NK:MAP6-004:ENST00000526740.1:1455_72_24_K->NK:MAP6-201:ENST00000545476.1:1455_72_24_K->NK:MAP6-002:ENST00000434603.2:1320_1059_353_K->NK
chr11	75501727	.	T	TA	10.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;BaseQRankSum=-2.448;DP=1312;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DGAT2:ENSG00000062282.8:+:insertionFS:2/2:DGAT2-001:ENST00000228027.5:1167_380:DGAT2-201:ENST00000376262.3:1038_251
chr11	75694430	.	GA	G,GAA	111.66	PASS	AA=0;AC=7,21;AF=0.0207,0.0621;AN=338;DP=940;HR=10;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=5.8717;culprit=FS;set=Intersection;VA=2:UVRAG:ENSG00000198382.4:+:spliceOverlap:2/7:UVRAG-001:ENST00000356136.3:2100:UVRAG-002:ENST00000528420.1:1797
chr11	75852111	.	AAGG	A	105.31	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=424;DP=1160;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5543;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UVRAG:ENSG00000198382.4:+:deletionNFS:7/7:UVRAG-001:ENST00000356136.3:2100_1754_585_QG->Q:UVRAG-002:ENST00000528420.1:1797_1451_484_QG->Q:UVRAG-201:ENST00000531818.1:984_638_213_QG->Q:UVRAG-202:ENST00000532130.1:984_638_213_QG->Q:UVRAG-005:ENST00000533454.1:984_638_213_QG->Q:UVRAG-003:ENST00000539288.1:984_638_213_QG->Q:UVRAG-203:ENST00000538870.1:768_422_141_QG->Q
chr11	75897939	.	CCTT	C	28.70	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0063;AN=480;DP=1013;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3820;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WNT11:ENSG00000085741.6:-:deletionNFS:2/3:WNT11-201:ENST00000447195.2:762_691_231_VW->W:WNT11-002:ENST00000531317.1:762_691_231_VW->W
chr11	76256852	.	AATT	A	27.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1307;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2942;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf30:ENSG00000158636.11:+:deletionNFS:8/10:C11orf30-201:ENST00000334736.3:3969_3285_1095_PI->P:C11orf30-203:ENST00000393457.2:3015_2331_777_PI->P:C11orf30-005:ENST00000524490.1:3675_2991_997_PI->P:C11orf30-002:ENST00000524767.1:4014_3330_1110_PI->P:C11orf30-004:ENST00000525038.1:3972_3288_1096_PI->P:C11orf30-012:ENST00000525919.1:3972_3288_1096_PI->P:C11orf30-001:ENST00000529032.1:3969_3285_1095_PI->P:C11orf30-003:ENST00000533248.1:3696_3012_1004_PI->P
chr11	76506672	.	CCTG	C	189.20	PASS	AA=0;AC=29;AF=0.02393;AN=1212;BaseQRankSum=4.732;DP=2701;DS;FS=1.932;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.2691;InbreedingCoeff=0.1169;MQ=67.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.199;QD=1.80;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-132.84;SZ=-3;TR=15;TU=CTG;VQSLOD=7.7946;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TSKU:ENSG00000182704.5:+:deletionNFS:3/3:TSKU-001:ENST00000333090.4:1062_12_4_PL->P:TSKU-201:ENST00000439807.1:966_12_4_PL->P:TSKU-004:ENST00000527881.1:1062_12_4_PL->P
chr11	76751541	rs11292198	CT	C	45088.80	PASS	AA=1;AC=1324;AF=1.00000;AN=1324;DB;DP=2116;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.0709;InbreedingCoeff=0.0638;MQ=60.10;MQ0=1;QD=34.37;SB=-11840.99;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.8796;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:B3GNT6:ENSG00000198488.6:+:deletionFS:1/3:B3GNT6-001:ENST00000533140.1:1158_946
chr11	76751584	rs11292199	CT	C	45759.76	PASS	AA=1;AC=1326;AF=1.00000;AN=1326;DB;DP=2094;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=21.3291;InbreedingCoeff=0.0780;MQ=53.88;MQ0=0;QD=36.00;SB=-13888.74;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.2202;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:B3GNT6:ENSG00000198488.6:+:deletionFS:1/3:B3GNT6-001:ENST00000533140.1:1158_989
chr11	76751603	rs56105863	CT	C	12094.03	PASS	AA=1;AC=1385;AF=0.95124;AN=1456;BaseQRankSum=11.075;DB;DP=2379;DS;FS=13.154;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=28.4405;InbreedingCoeff=0.1615;MQ=55.33;MQ0=0;MQRankSum=-8.395;QD=8.57;ReadPosRankSum=11.489;SB=-4639.92;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.0969;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:B3GNT6:ENSG00000198488.6:+:deletionFS:2/3:B3GNT6-202:ENST00000421061.1:792_642:B3GNT6-001:ENST00000533140.1:1158_1008
chr11	76751605	.	TG	T	13060.31	PASS	AA=1;AC=1393;AF=0.95150;AN=1464;BaseQRankSum=9.428;DP=2333;DS;FS=3.246;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=26.8184;InbreedingCoeff=0.1439;MQ=55.75;MQ0=0;MQRankSum=-5.754;QD=9.51;ReadPosRankSum=10.943;SB=-5488.18;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.7754;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:B3GNT6:ENSG00000198488.6:+:deletionFS:3/3:B3GNT6-201:ENST00000354301.5:1155_1007:B3GNT6-202:ENST00000421061.1:792_644:B3GNT6-001:ENST00000533140.1:1158_1010
chr11	76895770	rs34444879	GGGAGGCGGGGACACCAGGGCCT	G	73672	PASS	AA=0;AC=713;AF=0.39392;AN=1810;BaseQRankSum=36.637;DB;DP=4132;DS;FS=3.995;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=74.1332;InbreedingCoeff=0.1496;MQ=64.21;MQ0=0;MQRankSum=-12.002;QD=49.15;ReadPosRankSum=1.491;SB=-36236.13;SZ=-22;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3378;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MYO7A:ENSG00000137474.12:+:multiExonHit:1/10:MYO7A-203:ENST00000343419.4:3609,1:MYO7A:ENSG00000137474.12:+:spliceOverlap:1/10:MYO7A-005:ENST00000409893.1:3537
chr11	76905163	.	A	AT	142.95	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0048;AN=626;DP=1647;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=12;TU=AGTGCC;VQSLOD=8.2079;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO7A:ENSG00000137474.12:+:insertionFS:1/10:MYO7A-205:ENST00000544424.1:2532_88
chr11	76918385	.	GC	G	4.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=660;BaseQRankSum=1.107;DP=1586;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.9540;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=72.53;MQ0=0;MQRankSum=1.137;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.725;SB=-31.31;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.5604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO7A:ENSG00000137474.12:+:deletionFS:8/10:MYO7A-001:ENST00000409709.3:6648_5794:MYO7A-002:ENST00000458637.2:6528_5680:MYO7A-201:ENST00000341717.5:6276_5422:MYO7A-202:ENST00000343356.5:6555_5701:MYO7A-204:ENST00000358342.3:6645_5791:MYO7A-009:ENST00000409619.2:6501_5647:MYO7A-206:ENST00000545136.1:4167_3313:MYO7A-205:ENST00000544424.1:2532_1639
chr11	76928090	.	G	GGTGA	109.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1263;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.1407;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GDPD4:ENSG00000178795.5:-:insertionFS:1/2:GDPD4-002:ENST00000376217.2:1872_1764
chr11	76944072	.	TGAA	T	83.09	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=714;DP=1853;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.0031;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GDPD4:ENSG00000178795.5:-:deletionNFS:2/2:GDPD4-002:ENST00000376217.2:1872_1387_463_MT->T:GDPD4-001:ENST00000315938.4:1563_1387_463_MT->T
chr11	76954788	rs71272231	T	TA	25663.49	PASS	AA=0;AC=475;AF=0.24611;AN=1930;BaseQRankSum=9.923;DB;DP=4168;FS=12.047;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.5274;InbreedingCoeff=0.1787;MQ=71.15;MQ0=0;MQRankSum=1.430;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.021;SB=-11475.12;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=8.1222;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GDPD4:ENSG00000178795.5:-:insertionFS:2/2:GDPD4-002:ENST00000376217.2:1872_1192:GDPD4-001:ENST00000315938.4:1563_1192
chr11	76954789	rs76229203	A	AT	6920.50	PASS	AA=0;AC=422;AF=0.22002;AN=1918;BaseQRankSum=34.259;DB;DP=4189;FS=17.009;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.3530;InbreedingCoeff=0.2063;MQ=71.41;MQ0=0;MQRankSum=3.186;QD=6.87;ReadPosRankSum=0.184;SB=-3115.89;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.7879;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GDPD4:ENSG00000178795.5:-:insertionFS:2/2:GDPD4-002:ENST00000376217.2:1872_1191:GDPD4-001:ENST00000315938.4:1563_1191
chr11	77069989	.	GCAT	G,GCATCAT	194.77	PASS	AA=.;AC=26,10;AF=0.01619,0.00623;AN=1606;BaseQRankSum=3.839;DP=4140;DS;FS=2.429;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=18.8010;InbreedingCoeff=0.1176;MQ=66.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.442;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.073;SB=-135.86;SZ=.;TR=19;TU=ATC;VQSLOD=8.4120;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAK1:ENSG00000149269.5:-:deletionNFS:4/4:PAK1-003:ENST00000530617.1:1569_551_184_AT->T:PAK1-001:ENST00000356341.3:1638_551_184_AT->T:PAK1-002:ENST00000278568.4:1662_551_184_AT->T:PAK1-004:ENST00000528203.1:1368_257_86_AT->T,2:PAK1:ENSG00000149269.5:-:insertionNFS:4/4:PAK1-003:ENST00000530617.1:1569_551_184_A->DDA:PAK1-001:ENST00000356341.3:1638_551_184_A->DDA:PAK1-002:ENST00000278568.4:1662_551_184_A->DDA:PAK1-004:ENST00000528203.1:1368_257_86_A->DDA
chr11	77340891	.	GT	G	55.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1230;DS;FS=2.027;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=16;SB=-34.82;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.0755;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLNS1A:ENSG00000074201.3:-:deletionFS:5/5:CLNS1A-002:ENST00000263309.3:612_179:CLNS1A-007:ENST00000525064.1:540_179:CLNS1A-001:ENST00000525428.1:714_179:CLNS1A-006:ENST00000528364.1:714_179:CLNS1A-003:ENST00000532069.1:504_179
chr11	77553568	.	TATC	T	26.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=714;DP=1539;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6660;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf67:ENSG00000087884.10:+:deletionNFS:8/8:C11orf67-003:ENST00000532481.1:267_26_9_LS->L:C11orf67-002:ENST00000304716.8:444_26_9_LS->L:C11orf67-009:ENST00000527134.1:414_26_9_LS->L:C11orf67-001:ENST00000393427.2:369_26_9_LS->L:C11orf67-008:ENST00000525409.1:273_26_9_LS->L:C11orf67-005:ENST00000526415.1:369_26_9_LS->L:C11orf67-007:ENST00000533193.1:507_26_9_LS->L:C11orf67-010:ENST00000525034.1:426_83_28_LS->L
chr11	77588088	.	C	CA	28.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=456;DP=1347;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.8892;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf67:ENSG00000087884.10:+:insertionFS:2/8:C11orf67-002:ENST00000304716.8:444_321:C11orf67-009:ENST00000527134.1:414_321
chr11	77622040	.	GCTGT	G	72.30	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.00556;AN=1620;BaseQRankSum=0.885;DP=3580;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.2979;InbreedingCoeff=-0.0095;MQ=51.47;MQ0=226;MQRankSum=-2.179;QD=1.57;ReadPosRankSum=-2.627;SB=-31.88;SZ=.;TR=8;TU=CTGT;VQSLOD=4.8645;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:INTS4:ENSG00000149262.10:-:deletionFS:1/5:INTS4-202:ENST00000535943.1:1017_23
chr11	77629132	rs112620226	A	AT	62455.60	PASS	AA=1;AC=1433;AF=0.72228;AN=1984;BaseQRankSum=-27.016;DB;DP=4155;DS;FS=6.077;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=9.7633;InbreedingCoeff=0.1581;MQ=55.61;MQ0=39;MQRankSum=-3.620;QD=28.35;ReadPosRankSum=6.168;SB=-27335.05;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.2181;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:C11orf67:ENSG00000087884.10:+:insertionFS:1/8:C11orf67-003:ENST00000532481.1:267_254
chr11	77921059	.	GAGA	G	836.24	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0159;AN=820;BaseQRankSum=6.052;DP=2028;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.0887;InbreedingCoeff=-0.0257;MQ=64.94;MQ0=0;MQRankSum=-3.988;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.471;SB=-432.47;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.7188;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP35:ENSG00000118369.8:+:deletionNFS:4/4:USP35-001:ENST00000529308.1:3057_2158_720_EK->E:USP35-007:ENST00000526425.1:2250_1351_451_EK->E:USP35-201:ENST00000441408.2:1815_916_306_EK->E:USP35-004:ENST00000530267.1:1761_862_288_EK->E
chr11	78279775	.	AC	A	6.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=704;DP=1443;DS;HR=1;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.4149;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NARS2:ENSG00000137513.5:-:deletionFS:1/2:NARS2-001:ENST00000281038.5:1434_275
chr11	82561043	.	C	CG	15.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=508;DP=962;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.4819;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRCP:ENSG00000137509.5:-:insertionFS:3/3:PRCP-001:ENST00000313010.3:1491_664:PRCP-002:ENST00000393399.2:1554_727:PRCP-201:ENST00000535099.1:1176_349
chr11	82571082	.	AT	A	25.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=928;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.6268;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRCP:ENSG00000137509.5:-:deletionFS:2/3:PRCP-001:ENST00000313010.3:1491_246:PRCP-002:ENST00000393399.2:1554_309
chr11	82611444	.	TG	T	43.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=380;DP=716;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRCP:ENSG00000137509.5:-:endOverlap:2/3:PRCP-001:ENST00000313010.3:1491:PRCP-002:ENST00000393399.2:1554
chr11	82643143	.	AATG	A	74.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1625;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=ATG;VQSLOD=6.7127;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C11orf82:ENSG00000165490.8:+:deletionNFS:2/7:C11orf82-202:ENST00000430323.2:2997_763_255_ND->N:C11orf82-001:ENST00000533655.1:2997_763_255_ND->N
chr11	82644704	.	CT	C	83.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1612;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.1412;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf82:ENSG00000165490.8:+:deletionFS:3/7:C11orf82-202:ENST00000430323.2:2997_2324:C11orf82-001:ENST00000533655.1:2997_2324:C11orf82-201:ENST00000329143.3:2094_1421
chr11	82644887	.	G	GC	139.17	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0038;AN=532;DP=1310;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.6701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf82:ENSG00000165490.8:+:insertionFS:3/7:C11orf82-202:ENST00000430323.2:2997_2507:C11orf82-001:ENST00000533655.1:2997_2507:C11orf82-201:ENST00000329143.3:2094_1604
chr11	82645140	.	A	AC	15.86	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=478;DP=1346;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.0694;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf82:ENSG00000165490.8:+:insertionFS:3/7:C11orf82-202:ENST00000430323.2:2997_2760:C11orf82-001:ENST00000533655.1:2997_2760:C11orf82-201:ENST00000329143.3:2094_1857
chr11	82877098	.	C	CA	10.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1297;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4716;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCF11:ENSG00000165494.5:+:insertionFS:1/1:PCF11-001:ENST00000298281.4:4668_1159
chr11	82894109	.	T	TAA	31.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1116;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7088;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCF11:ENSG00000165494.5:+:insertionFS:1/1:PCF11-001:ENST00000298281.4:4668_4446
chr11	82947478	.	T	TG	15.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=1012;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1510;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD42:ENSG00000137494.8:+:insertionFS:5/9:ANKRD42-004:ENST00000260047.6:1554_943:ANKRD42-002:ENST00000531895.1:1509_946:ANKRD42-008:ENST00000533342.1:1584_946:ANKRD42-001:ENST00000393392.2:1170_862:ANKRD42-201:ENST00000342658.3:777_166
chr11	82966930	.	T	TA	72.87	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0220;AN=820;BaseQRankSum=-2.295;DP=2050;FS=3.747;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=11.7489;InbreedingCoeff=0.0484;MQ=75.44;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=0.35;ReadPosRankSum=-2.413;SB=-112.53;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=4.8485;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD42:ENSG00000137494.8:+:insertionFS:3/9:ANKRD42-004:ENST00000260047.6:1554_1508:ANKRD42-002:ENST00000531895.1:1509_1507:ANKRD42-201:ENST00000342658.3:777_731
chr11	82984770	rs60237170	T	TA	1687.66	PASS	AA=.;AC=93;AF=0.04799;AN=1938;BaseQRankSum=-9.815;DB;DP=4363;DS;FS=3.294;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=11.1790;InbreedingCoeff=0.0923;MQ=72.61;MQ0=0;MQRankSum=0.367;QD=5.82;ReadPosRankSum=0.670;SB=-1100.75;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=8.1384;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC90B:ENSG00000137500.5:-:insertionFS:1/5:CCDC90B-017:ENST00000529073.1:627_480
chr11	84865616	.	G	GT	5.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1208;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.8210;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DLG2:ENSG00000150672.11:-:insertionFS:3/17:DLG2-003:ENST00000376104.2:2928_266:DLG2-204:ENST00000543673.1:2928_266:DLG2-205:ENST00000546021.1:2928_266
chr11	85367359	.	ATCAGC	A	178.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1176;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-5;TR=8;TU=AATC;VQSLOD=6.3344;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM126A:ENSG00000171202.2:+:deletionFS:3/3:TMEM126A-001:ENST00000304511.2:588_402:TMEM126A-003:ENST00000528105.1:378_192:TMEM126A-004:ENST00000532180.1:378_192
chr11	85435355	.	T	TG	42.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=902;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=G;VQSLOD=6.1798;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYTL2:ENSG00000137501.11:-:insertionFS:3/12:SYTL2-201:ENST00000359152.5:5343_3717:SYTL2-010:ENST00000354566.3:3819_2145:SYTL2-008:ENST00000525423.1:3771_2145
chr11	85436812	.	TGTC	T	42.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1841;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.8072;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SYTL2:ENSG00000137501.11:-:deletionNFS:3/12:SYTL2-201:ENST00000359152.5:5343_2260_754_KT->T:SYTL2-010:ENST00000354566.3:3819_688_230_KT->T:SYTL2-008:ENST00000525423.1:3771_688_230_KT->T
chr11	85627198	.	T	TA	10.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1209;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=AGAT;VQSLOD=5.5866;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCDC83:ENSG00000150676.7:+:insertionFS:3/3:CCDC83-001:ENST00000280245.4:1335_1095:CCDC83-002:ENST00000342404.3:1242_1002:CCDC83-201:ENST00000376067.1:942_702
chr11	86108740	.	AG	A	29.83	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0015;AN=670;DP=1571;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=1;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.5959;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC81:ENSG00000149201.5:+:deletionFS:4/4:CCDC81-001:ENST00000354755.1:1689_443:CCDC81-002:ENST00000445632.2:1959_713:CCDC81-201:ENST00000278487.3:1164_62:CCDC81-003:ENST00000528728.1:1164_62
chr11	86108766	.	AAAG	A	65.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1361;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=6.9663;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC81:ENSG00000149201.5:+:deletionNFS:4/4:CCDC81-001:ENST00000354755.1:1689_469_157_KE->K:CCDC81-002:ENST00000445632.2:1959_739_247_KE->K:CCDC81-201:ENST00000278487.3:1164_88_30_KE->K:CCDC81-003:ENST00000528728.1:1164_88_30_KE->K
chr11	86133733	.	GC	G	137.69	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0056;AN=534;DP=1225;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CCTG;VQSLOD=6.6049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC81:ENSG00000149201.5:+:deletionFS:4/4:CCDC81-001:ENST00000354755.1:1689_1665:CCDC81-002:ENST00000445632.2:1959_1935:CCDC81-201:ENST00000278487.3:1164_1140:CCDC81-003:ENST00000528728.1:1164_1140
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chr11	88924475	rs61754376	A	AC	47.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DB;DP=1229;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.1028;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TYR:ENSG00000077498.7:+:insertionFS:1/1:TYR-001:ENST00000263321.4:1590_925
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chr11	93129484	.	A	ACG	4915.58	PASS	AA=0;AC=330;AF=0.17704;AN=1864;BaseQRankSum=33.657;DP=4868;DS;FS=0.886;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.6653;InbreedingCoeff=0.1645;MQ=65.48;MQ0=1;MQRankSum=0.553;QD=5.74;ReadPosRankSum=-2.009;SB=-1978.94;SZ=2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=6.1511;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC67:ENSG00000165325.8:+:insertionFS:2/4:CCDC67-201:ENST00000298050.3:1815_1319:CCDC67-006:ENST00000525646.1:1041_545
chr11	93431550	.	G	GC	9.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1392;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.1092;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1731:ENSG00000166004.9:+:insertionFS:2/4:KIAA1731-001:ENST00000325212.6:7806_3472:KIAA1731-202:ENST00000411936.1:7809_3472
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chr11	94113837	.	CA	C	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=1.355;DP=1755;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=13.6125;InbreedingCoeff=0.0730;MQ=66.52;MQ0=0;MQRankSum=1.962;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.932;SB=-31.53;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4431;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR83:ENSG00000123901.3:-:deletionFS:2/2:GPR83-001:ENST00000243673.2:1272_750:GPR83-002:ENST00000539203.1:1146_624
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chr11	94230119	.	TA	T,TAA	90.05	PASS	AA=2;AC=33,55;AF=0.02324,0.03873;AN=1420;BaseQRankSum=3.173;DP=3219;DS;FS=7.464;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=11.4577;InbreedingCoeff=0.2313;MQ=66.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.093;QD=0.26;ReadPosRankSum=-1.229;SB=-363.32;SZ=-1;TR=11;TU=A;VQSLOD=6.5267;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANKRD49:ENSG00000168876.4:+:deletionFS:2/4:ANKRD49-009:ENST00000540349.1:378_260:ANKRD49-002:ENST00000544253.1:378_260,2:ANKRD49:ENSG00000168876.4:+:insertionFS:2/4:ANKRD49-009:ENST00000540349.1:378_260:ANKRD49-002:ENST00000544253.1:378_260
chr11	94918613	.	A	AG	6.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DP=1106;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.7742;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SESN3:ENSG00000149212.6:-:insertionFS:4/4:SESN3-001:ENST00000536441.1:1479_569:SESN3-003:ENST00000278499.2:1062_152:SESN3-201:ENST00000393234.1:954_569:SESN3-002:ENST00000416495.2:966_569
chr11	94918656	.	T	TC	21.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1069;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5533;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SESN3:ENSG00000149212.6:-:spliceOverlap:4/4:SESN3-001:ENST00000536441.1:1479:SESN3-003:ENST00000278499.2:1062:SESN3-201:ENST00000393234.1:954:SESN3-002:ENST00000416495.2:966
chr11	95621319	.	CCCT	C	131.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1080;DS;HR=3;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=ACAT;VQSLOD=5.8083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTMR2:ENSG00000087053.12:-:spliceOverlap:2/5:MTMR2-001:ENST00000346299.5:1932:MTMR2-202:ENST00000546018.1:978
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chr11	95713116	.	T	TG	25.88	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=442;DP=1356;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.0114;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAML2:ENSG00000184384.8:-:insertionFS:2/2:MAML2-002:ENST00000440572.2:3471_2467:MAML2-001:ENST00000524717.1:3471_2467
chr11	95825203	.	TTGC	T	2768.85	PASS	AA=.;AC=57;AF=0.05044;AN=1130;BaseQRankSum=10.952;DP=3429;DS;FS=7.404;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.2655;InbreedingCoeff=0.1873;MQ=61.71;MQ0=7;MQRankSum=1.432;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.953;SB=-916.00;SZ=.;TR=20;TU=CTG;VQSLOD=7.5987;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MAML2:ENSG00000184384.8:-:deletionNFS:2/2:MAML2-002:ENST00000440572.2:3471_1992_664_QQ->Q:MAML2-001:ENST00000524717.1:3471_1992_664_QQ->Q
chr11	95825260	.	TTGC	T	51.67	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1161;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=47;TU=CTGCTGCTGCTGCTGTTGTTG;VQSLOD=6.2650;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAML2:ENSG00000184384.8:-:deletionNFS:2/2:MAML2-002:ENST00000440572.2:3471_1935_645_QQ->Q:MAML2-001:ENST00000524717.1:3471_1935_645_QQ->Q
chr11	95825374	rs11277537	TTGCTGCTGC	T,TTGC	14883.49	PASS	AA=.;AC=652,21;AF=0.8274,0.0266;AN=788;BaseQRankSum=4.533;DB;DP=1735;DS;FS=7.349;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=27.2324;InbreedingCoeff=0.5586;MQ=52.06;MQ0=136;MQRankSum=4.501;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.911;SB=-4034.09;SZ=.;TR=41;TU=CTG;VQSLOD=9.5152;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MAML2:ENSG00000184384.8:-:deletionNFS:2/2:MAML2-002:ENST00000440572.2:3471_1821_607_QQQQ->Q:MAML2-001:ENST00000524717.1:3471_1821_607_QQQQ->Q,2:MAML2:ENSG00000184384.8:-:deletionNFS:2/2:MAML2-002:ENST00000440572.2:3471_1821_607_QQQ->Q:MAML2-001:ENST00000524717.1:3471_1821_607_QQQ->Q
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chr11	96124151	.	T	TG	9.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1463;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.9844;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:JRKL:ENSG00000183340.5:+:insertionFS:2/2:JRKL-001:ENST00000332349.4:1575_338:JRKL-201:ENST00000458427.1:1575_338
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chr11	100998472	.	C	CG	268.58	PASS	AA=0;AC=69;AF=0.1683;AN=410;BaseQRankSum=-1.507;DP=557;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=12.6862;InbreedingCoeff=0.3112;MQ=62.47;MQ0=0;MQRankSum=1.730;QD=1.22;ReadPosRankSum=-8.088;SB=-171.46;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.2770;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PGR:ENSG00000082175.9:-:insertionFS:3/4:PGR-006:ENST00000263463.5:2496_1330:PGR-001:ENST00000325455.5:2802_1330:PGR-201:ENST00000537623.1:2073_1330
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chr11	101775622	.	T	TC	4.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;BaseQRankSum=-0.739;DP=1258;DS;FS=3.010;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.9014;InbreedingCoeff=0.0797;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.829;QD=0.47;ReadPosRankSum=1.707;SB=0.89;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANGPTL5:ENSG00000187151.3:-:insertionFS:1/1:ANGPTL5-001:ENST00000334289.3:1167_362
chr11	101828931	.	C	CA	27.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=1160;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.9189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1377:ENSG00000110318.9:+:insertionFS:1/2:KIAA1377-001:ENST00000263468.8:3354_539
chr11	101833266	.	TAAA	T	826.73	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00591;AN=1522;BaseQRankSum=5.943;DP=3751;DS;FS=14.429;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=17.0299;InbreedingCoeff=0.0373;MQ=72.49;MQ0=1;MQRankSum=1.296;QD=19.68;ReadPosRankSum=0.057;SB=-286.43;SZ=-3;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.9622;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1377:ENSG00000110318.9:+:deletionNFS:2/2:KIAA1377-001:ENST00000263468.8:3354_1500_500_GK->G:KIAA1377-201:ENST00000537689.1:2757_903_301_GK->G
chr11	101833424	.	A	AT	7.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1067;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6008;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1377:ENSG00000110318.9:+:insertionFS:2/2:KIAA1377-001:ENST00000263468.8:3354_1658:KIAA1377-201:ENST00000537689.1:2757_1061
chr11	101833587	.	AGCT	A	811.05	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0136;AN=738;BaseQRankSum=3.083;DP=2064;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.6463;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=1.103;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.224;SB=-386.27;SZ=-3;TR=9;TU=AGC;VQSLOD=7.2693;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1377:ENSG00000110318.9:+:deletionNFS:2/2:KIAA1377-001:ENST00000263468.8:3354_1821_607_AA->A:KIAA1377-201:ENST00000537689.1:2757_1224_408_AA->A
chr11	101918587	.	AC	A	9.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;DP=1205;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4564;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf70:ENSG00000137691.6:+:deletionFS:5/5:C11orf70-001:ENST00000434758.2:804_152:C11orf70-004:ENST00000526781.1:726_152:C11orf70-003:ENST00000534360.1:300_152:C11orf70-202:ENST00000423732.1:690_38:C11orf70-201:ENST00000393209.2:165_38
chr11	101929612	.	CT	C,CTT	26.99	PASS	AA=0;AC=4,1;AF=0.0063,0.0016;AN=634;DP=1122;DS;FS=0.000;HR=6;HU=T;SZ=-1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.4417;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C11orf70:ENSG00000137691.6:+:deletionFS:5/5:C11orf70-001:ENST00000434758.2:804_194:C11orf70-004:ENST00000526781.1:726_194:C11orf70-003:ENST00000534360.1:300_194:C11orf70-202:ENST00000423732.1:690_80:C11orf70-201:ENST00000393209.2:165_81,2:C11orf70:ENSG00000137691.6:+:insertionFS:5/5:C11orf70-001:ENST00000434758.2:804_194:C11orf70-004:ENST00000526781.1:726_194:C11orf70-003:ENST00000534360.1:300_194:C11orf70-202:ENST00000423732.1:690_80:C11orf70-201:ENST00000393209.2:165_81
chr11	102221389	.	A	AC	38.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1598;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.2563;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BIRC2:ENSG00000110330.3:+:insertionFS:4/4:BIRC2-001:ENST00000227758.2:1857_804:BIRC2-201:ENST00000541741.1:1602_804:BIRC2-003:ENST00000532672.1:1794_741:BIRC2-002:ENST00000530675.1:1710_657
chr11	102272797	.	GTGT	G	151.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1356;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=GTT;VQSLOD=7.2939;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM123:ENSG00000152558.10:-:deletionNFS:3/3:TMEM123-002:ENST00000361236.3:570_241_81_PG->G:TMEM123-001:ENST00000398136.2:627_298_100_PG->G:TMEM123-004:ENST00000532161.1:363_34_12_PG->G
chr11	102589147	.	T	TAG	259.01	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=424;DP=1417;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.2891;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP8:ENSG00000118113.5:-:insertionFS:3/3:MMP8-001:ENST00000236826.3:1404_782:MMP8-202:ENST00000544383.1:1281_713:MMP8-201:ENST00000534942.1:918_587
chr11	102592353	.	TA	T	211.03	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0038;AN=520;DP=1660;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=8.4114;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMP8:ENSG00000118113.5:-:deletionFS:3/3:MMP8-001:ENST00000236826.3:1404_488:MMP8-202:ENST00000544383.1:1281_419:MMP8-201:ENST00000534942.1:918_293
chr11	102643608	.	GT	G	37.45	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=474;DP=1406;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.9614;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP10:ENSG00000166670.5:-:deletionFS:1/1:MMP10-001:ENST00000279441.4:1431_1196
chr11	102651289	.	GAC	G	114.14	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0020;AN=978;BaseQRankSum=3.797;DP=2846;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.8565;InbreedingCoeff=0.1735;MQ=66.78;MQ0=0;MQRankSum=0.540;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.106;SB=-76.25;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=8.0696;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMP10:ENSG00000166670.5:-:deletionFS:1/1:MMP10-001:ENST00000279441.4:1431_34
chr11	102663380	.	GC	G	123.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1352;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.1368;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP1:ENSG00000196611.4:-:deletionFS:1/1:MMP1-001:ENST00000315274.6:1410_989
chr11	102667446	rs17879749	CA	C	688.23	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.01044;AN=1054;BaseQRankSum=6.040;DB;DP=2763;DS;FS=10.327;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=12.5273;InbreedingCoeff=0.1325;MQ=68.31;MQ0=0;MQRankSum=0.039;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.238;SB=-262.33;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.6955;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMP1:ENSG00000196611.4:-:deletionFS:1/1:MMP1-001:ENST00000315274.6:1410_574
chr11	102668191	.	CT	C	5.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1384;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8374;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MMP1:ENSG00000196611.4:-:deletionFS:1/1:MMP1-001:ENST00000315274.6:1410_146
chr11	102668223	.	C	CA	58.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=724;DP=1679;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1594;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP1:ENSG00000196611.4:-:insertionFS:1/1:MMP1-001:ENST00000315274.6:1410_114
chr11	102824899	.	GT	G	8.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1443;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5652;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MMP13:ENSG00000137745.6:-:deletionFS:3/3:MMP13-201:ENST00000546012.1:1152_623:MMP13-001:ENST00000260302.3:1416_623:MMP13-002:ENST00000340273.4:1470_623
chr11	103024208	.	T	TG	7.87	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0048;AN=414;DP=937;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=4.8722;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYNC2H1:ENSG00000187240.8:+:insertionFS:2/4:DYNC2H1-001:ENST00000375735.2:12924_3273:DYNC2H1-005:ENST00000398093.3:12945_3273
chr11	103047097	.	T	TG	14.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1101;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=5.7460;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYNC2H1:ENSG00000187240.8:+:insertionFS:2/4:DYNC2H1-001:ENST00000375735.2:12924_5808:DYNC2H1-005:ENST00000398093.3:12945_5808
chr11	103124075	.	CT	C	145.88	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=938;DS;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=7.3285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYNC2H1:ENSG00000187240.8:+:deletionFS:2/4:DYNC2H1-001:ENST00000375735.2:12924_10104:DYNC2H1-005:ENST00000398093.3:12945_10125
chr11	103128412	.	A	AT	18.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=999;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.2756;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYNC2H1:ENSG00000187240.8:+:insertionFS:2/4:DYNC2H1-001:ENST00000375735.2:12924_10537:DYNC2H1-005:ENST00000398093.3:12945_10558
chr11	103270504	.	CCA	C	4.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;BaseQRankSum=1.732;DP=1207;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.9194;InbreedingCoeff=0.0037;MQ=73.54;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.303;SB=-29.18;SZ=-2;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=5.0794;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYNC2H1:ENSG00000187240.8:+:deletionFS:3/4:DYNC2H1-001:ENST00000375735.2:12924_12270:DYNC2H1-005:ENST00000398093.3:12945_12291:DYNC2H1-201:ENST00000540621.1:1515_1008
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chr11	104757516	.	T	TG	112.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0041;AN=488;DP=1160;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.4676;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP12:ENSG00000204403.5:-:insertionFS:6/9:CASP12-002:ENST00000375726.2:1026_951:CASP12-008:ENST00000422698.2:1026_951:CASP12-006:ENST00000433738.1:429_354:CASP12-005:ENST00000441710.1:888_813:CASP12-010:ENST00000494737.1:681_606:CASP12-011:ENST00000508062.1:774_699
chr11	104763207	.	CTCTT	C	135.51	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0057;AN=530;DP=1331;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=6;TU=CT;VQSLOD=7.4664;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CASP12:ENSG00000204403.5:-:deletionFS:9/9:CASP12-002:ENST00000375726.2:1026_283:CASP12-008:ENST00000422698.2:1026_283:CASP12-006:ENST00000433738.1:429_31:CASP12-005:ENST00000441710.1:888_283:CASP12-010:ENST00000494737.1:681_283:CASP12-011:ENST00000508062.1:774_31:CASP12-004:ENST00000446862.1:834_283:CASP12-003:ENST00000447913.1:423_31:CASP12-007:ENST00000448103.1:675_283
chr11	104767968	.	TC	T	37.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=342;DP=951;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0188;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP12:ENSG00000204403.5:-:deletionFS:6/9:CASP12-002:ENST00000375726.2:1026_235:CASP12-008:ENST00000422698.2:1026_235:CASP12-005:ENST00000441710.1:888_235:CASP12-010:ENST00000494737.1:681_235:CASP12-004:ENST00000446862.1:834_235:CASP12-007:ENST00000448103.1:675_235
chr11	104815501	.	G	GA	14.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=352;DP=1148;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.0186;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP4:ENSG00000196954.7:-:insertionFS:3/3:CASP4-001:ENST00000444739.2:1134_1113:CASP4-201:ENST00000355546.4:993_972:CASP4-004:ENST00000393150.3:966_945
chr11	104822640	.	TAC	T	11.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1344;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=9;TU=CTTT;VQSLOD=5.0212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP4:ENSG00000196954.7:-:deletionFS:3/3:CASP4-001:ENST00000444739.2:1134_355:CASP4-201:ENST00000355546.4:993_214:CASP4-004:ENST00000393150.3:966_187
chr11	104878040	rs112680102	GT	G,GTT,GTTT	1499.43	PASS	AA=.;AC=91,146,42;AF=0.04681,0.07510,0.02160;AN=1944;BaseQRankSum=0.815;DB;DP=4654;DS;FS=0.000;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=14.6753;InbreedingCoeff=0.2209;MQ=70.95;MQ0=0;MQRankSum=1.921;QD=1.22;ReadPosRankSum=-1.682;SB=-1234.50;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=7.9171;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CASP5:ENSG00000137757.6:-:deletionFS:5/7:CASP5-001:ENST00000260315.3:1305_203:CASP5-202:ENST00000393141.2:1344_242:CASP5-002:ENST00000444749.2:1131_29:CASP5-006:ENST00000526056.1:1344_242:CASP5-201:ENST00000393139.2:402_104,2:CASP5:ENSG00000137757.6:-:insertionFS:5/7:CASP5-001:ENST00000260315.3:1305_203:CASP5-202:ENST00000393141.2:1344_242:CASP5-002:ENST00000444749.2:1131_29:CASP5-006:ENST00000526056.1:1344_242:CASP5-201:ENST00000393139.2:402_104,3:CASP5:ENSG00000137757.6:-:insertionFS:5/7:CASP5-001:ENST00000260315.3:1305_203:CASP5-202:ENST00000393141.2:1344_242:CASP5-002:ENST00000444749.2:1131_29:CASP5-006:ENST00000526056.1:1344_242:CASP5-201:ENST00000393139.2:402_104
chr11	104879686	.	CT	C,CTT	131.73	PASS	AA=0;AC=113,77;AF=0.05885,0.04010;AN=1920;BaseQRankSum=5.454;DP=4682;DS;FS=7.772;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=12.0095;InbreedingCoeff=0.2859;MQ=71.44;MQ0=0;MQRankSum=1.933;QD=0.21;ReadPosRankSum=-1.397;SB=-569.02;SZ=-1;TR=10;TU=T;VQSLOD=6.6887;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CASP5:ENSG00000137757.6:-:deletionFS:3/7:CASP5-001:ENST00000260315.3:1305_29:CASP5-202:ENST00000393141.2:1344_68:CASP5-006:ENST00000526056.1:1344_68,2:CASP5:ENSG00000137757.6:-:insertionFS:3/7:CASP5-001:ENST00000260315.3:1305_29:CASP5-202:ENST00000393141.2:1344_68:CASP5-006:ENST00000526056.1:1344_68
chr11	104897719	rs56039250	GC	G	2779.06	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.0492;AN=834;BaseQRankSum=11.079;DB;DP=2379;DS;FS=3.267;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=13.9071;InbreedingCoeff=0.0558;MQ=55.59;MQ0=12;MQRankSum=1.473;QD=12.99;ReadPosRankSum=-1.208;SB=-1347.09;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.2031;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CASP1:ENSG00000137752.17:-:deletionFS:1/12:CASP1-005:ENST00000528974.1:906_891
chr11	105009568	.	T	TG	9.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=444;DP=1430;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SB=-34.53;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1930;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CARD18:ENSG00000255501.1:-:insertionFS:3/3:CARD18-001:ENST00000530950.1:273_245:CARD18-002:ENST00000526823.1:156_128:CARD18-003:ENST00000532895.1:156_128
chr11	105775927	.	G	GA	7.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1113;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0980;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRIA4:ENSG00000152578.7:+:insertionFS:6/8:GRIA4-201:ENST00000282499.5:2709_1058:GRIA4-005:ENST00000530497.1:2709_1058:GRIA4-202:ENST00000393127.2:2655_1058:GRIA4-006:ENST00000525187.1:2655_1058:GRIA4-001:ENST00000393125.2:1302_1058:GRIA4-004:ENST00000428631.2:1302_1058
chr11	105804655	.	A	AG	18.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1371;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4410;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRIA4:ENSG00000152578.7:+:insertionFS:5/8:GRIA4-201:ENST00000282499.5:2709_2254:GRIA4-005:ENST00000530497.1:2709_2254:GRIA4-202:ENST00000393127.2:2655_2254:GRIA4-006:ENST00000525187.1:2655_2254:GRIA4-203:ENST00000539249.1:360_169
chr11	105923826	.	A	AC	19.83	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=466;BaseQRankSum=-2.448;DP=1308;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.4302;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KBTBD3:ENSG00000182359.9:-:insertionFS:3/3:KBTBD3-001:ENST00000526793.1:1839_1590:KBTBD3-002:ENST00000531837.1:1839_1590:KBTBD3-003:ENST00000534815.1:1602_1353
chr11	107219689	.	CCAA	C	51.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0033;AN=612;DP=1129;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=6.6700;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CWF19L2:ENSG00000152404.10:-:deletionNFS:2/3:CWF19L2-001:ENST00000282251.5:2685_2176_726_DE->E:CWF19L2-202:ENST00000433523.1:2229_2176_726_DE->E
chr11	107375567	.	T	TC	16.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1385;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SB=1.15;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1451;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALKBH8:ENSG00000137760.10:-:insertionFS:3/4:ALKBH8-005:ENST00000417449.2:2004_1821:ALKBH8-002:ENST00000389568.3:1995_1812:ALKBH8-001:ENST00000428149.2:1995_1812
chr11	107381667	.	A	AC	9.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=556;DP=1385;DS;HR=1;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0826;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ALKBH8:ENSG00000137760.10:-:insertionFS:3/4:ALKBH8-005:ENST00000417449.2:2004_1392:ALKBH8-002:ENST00000389568.3:1995_1383:ALKBH8-001:ENST00000428149.2:1995_1383
chr11	107833012	.	TGG	T	15.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0013;AN=742;DP=1826;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.2812;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RAB39:ENSG00000179331.2:+:deletionFS:1/1:RAB39-001:ENST00000320578.2:654_568
chr11	107833070	.	TA	T	11.79	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0027;AN=734;DP=1787;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3417;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAB39:ENSG00000179331.2:+:deletionFS:1/1:RAB39-001:ENST00000320578.2:654_626
chr11	107965240	.	A	AG	7.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=845;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8874;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CUL5:ENSG00000166266.9:+:insertionFS:1/1:CUL5-001:ENST00000393094.2:2343_1566
chr11	108032097	.	C	CT	7.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1267;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.7739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPAT:ENSG00000149308.10:-:insertionFS:1/1:NPAT-001:ENST00000278612.8:4284_3716
chr11	108043535	.	TAGA	T	970.18	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.01250;AN=1040;BaseQRankSum=7.656;DP=2735;DS;FS=0.688;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.9321;InbreedingCoeff=0.0187;MQ=72.92;MQ0=1;MQRankSum=-2.450;QD=12.44;ReadPosRankSum=0.212;SB=-545.73;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.8313;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPAT:ENSG00000149308.10:-:deletionNFS:1/1:NPAT-001:ENST00000278612.8:4284_2176_726_SN->N
chr11	108122626	.	T	TG	5.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1189;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.8365;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATM:ENSG00000149311.9:+:insertionFS:2/3:ATM-201:ENST00000278616.4:9171_1670:ATM-003:ENST00000452508.2:9171_1670
chr11	108163506	.	GAGGTTC	G	211.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1176;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-6;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3581;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATM:ENSG00000149311.9:+:deletionNFS:2/3:ATM-201:ENST00000278616.4:9171_4597_1533_EVQ->E:ATM-003:ENST00000452508.2:9171_4597_1533_EVQ->E
chr11	108180913	.	A	AT	7.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=989;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.0066;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATM:ENSG00000149311.9:+:insertionFS:2/3:ATM-201:ENST00000278616.4:9171_5789:ATM-003:ENST00000452508.2:9171_5789
chr11	108352073	.	GCT	G	465.79	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0158;AN=444;DP=979;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=8;TU=CT;VQSLOD=8.2262;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KDELC2:ENSG00000178202.8:-:deletionFS:3/3:KDELC2-001:ENST00000323468.5:1524_932:KDELC2-002:ENST00000434945.2:1356_764:KDELC2-201:ENST00000375648.1:1230_764
chr11	108380285	.	A	AT	6.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1429;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.6455;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EXPH5:ENSG00000110723.6:-:insertionFS:5/5:EXPH5-007:ENST00000525344.1:5949_5928:EXPH5-001:ENST00000265843.4:5970_5949:EXPH5-201:ENST00000428840.1:5742_5721:EXPH5-202:ENST00000439956.2:2460_2439:EXPH5-203:ENST00000443411.1:5406_5385
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chr11	108384246	.	G	GT	12.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1294;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AGGC;VQSLOD=5.0027;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EXPH5:ENSG00000110723.6:-:insertionFS:5/5:EXPH5-007:ENST00000525344.1:5949_1967:EXPH5-001:ENST00000265843.4:5970_1988:EXPH5-201:ENST00000428840.1:5742_1760:EXPH5-202:ENST00000439956.2:2460_1520:EXPH5-203:ENST00000443411.1:5406_1424
chr11	108385309	.	C	CT	4.17	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=430;BaseQRankSum=0.548;DP=1344;DS;FS=2.066;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=16.1956;InbreedingCoeff=0.0909;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=2.061;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.933;SB=-19.85;SZ=1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=6.0072;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EXPH5:ENSG00000110723.6:-:insertionFS:5/5:EXPH5-007:ENST00000525344.1:5949_904:EXPH5-001:ENST00000265843.4:5970_925:EXPH5-201:ENST00000428840.1:5742_697:EXPH5-202:ENST00000439956.2:2460_457:EXPH5-203:ENST00000443411.1:5406_361
chr11	108593970	.	GGAA	G	190.31	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0103;AN=484;DP=1711;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=14;TU=AAG;VQSLOD=6.3738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX10:ENSG00000178105.4:+:deletionNFS:3/3:DDX10-001:ENST00000322536.3:2628_1746_582_QE->Q:DDX10-201:ENST00000456020.1:2346_1464_488_QE->Q:DDX10-003:ENST00000526794.1:2508_1746_582_QE->Q
chr11	108788634	.	GTGA	G,GTGATGA,GTGATGATGA	934.53	PASS	AA=.;AC=27,15,63;AF=0.01396,0.00776,0.03257;AN=1934;BaseQRankSum=-3.392;DP=4920;DS;FS=0.000;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=29.7901;InbreedingCoeff=0.3034;MQ=62.03;MQ0=0;MQRankSum=-5.560;QD=3.56;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-555.23;SZ=.;TR=26;TU=ATG;VQSLOD=7.6307;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DDX10:ENSG00000178105.4:+:deletionNFS:3/3:DDX10-001:ENST00000322536.3:2628_2339_780_SD->S:DDX10-201:ENST00000456020.1:2346_2057_686_SD->S:DDX10-003:ENST00000526794.1:2508_2339_780_SD->S,2:DDX10:ENSG00000178105.4:+:insertionNFS:3/3:DDX10-001:ENST00000322536.3:2628_2339_780_S->SDD:DDX10-201:ENST00000456020.1:2346_2057_686_S->SDD:DDX10-003:ENST00000526794.1:2508_2339_780_S->SDD,3:DDX10:ENSG00000178105.4:+:insertionNFS:3/3:DDX10-001:ENST00000322536.3:2628_2339_780_S->SDDD:DDX10-201:ENST00000456020.1:2346_2057_686_S->SDDD:DDX10-003:ENST00000526794.1:2508_2339_780_S->SDDD
chr11	110001810	.	G	GTATTT	4976.12	PASS	AA=0;AC=32;AF=0.0418;AN=766;BaseQRankSum=12.236;DP=2336;FS=5.660;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.9729;InbreedingCoeff=0.1303;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=-11.107;QD=27.34;ReadPosRankSum=0.468;SB=-2417.61;SZ=5;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.6519;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZC3H12C:ENSG00000149289.6:+:insertionFS:1/3:ZC3H12C-003:ENST00000528673.1:2655_3
chr11	110001811	.	T	TATTTTC,TC	8293.69	PASS	AA=0;AC=34,0;AF=0.0442,0.0000;AN=770;BaseQRankSum=-10.530;DP=2337;FS=5.639;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=33.6259;InbreedingCoeff=0.1493;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=-10.099;QD=44.59;ReadPosRankSum=0.083;SB=-4036.11;SZ=6;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.0095;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZC3H12C:ENSG00000149289.6:+:insertionNFS:1/3:ZC3H12C-003:ENST00000528673.1:2655_4_2_S->YFP,2:ZC3H12C:ENSG00000149289.6:+:insertionFS:1/3:ZC3H12C-003:ENST00000528673.1:2655_4
chr11	110050600	.	GTTCTTT	G	1518.49	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.01938;AN=1290;BaseQRankSum=2.228;DP=3186;DS;FS=0.563;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.8269;InbreedingCoeff=0.2129;MQ=56.80;MQ0=2;MQRankSum=-0.429;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.262;SB=-783.62;SZ=.;TR=26;TU=CTTTTT;VQSLOD=7.2962;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RDX:ENSG00000137710.9:-:startOverlap:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017
chr11	110050615	.	C	CT	643.36	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.0270;AN=742;BaseQRankSum=6.506;DP=1685;DS;FS=10.434;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=16.5763;InbreedingCoeff=0.1385;MQ=54.52;MQ0=44;MQRankSum=1.162;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.837;SB=-343.32;SZ=.;TR=26;TU=CTTTTT;VQSLOD=6.0636;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RDX:ENSG00000137710.9:-:insertionFS:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017_1005
chr11	110050628	.	C	CT,CTT,CTTT	11644.72	PASS	AA=.;AC=375,250,178;AF=0.27943,0.18629,0.13264;AN=1342;BaseQRankSum=-9.109;DP=2841;DS;FS=12.134;HR=16;HU=T;HaplotypeScore=16.7948;InbreedingCoeff=0.6585;MQ=56.55;MQ0=82;MQRankSum=3.511;QD=7.05;ReadPosRankSum=-1.332;SB=-3175.26;SZ=.;TR=19;TU=CTTTTTT;VQSLOD=6.7264;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RDX:ENSG00000137710.9:-:insertionFS:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017_992,2:RDX:ENSG00000137710.9:-:insertionFS:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017_992,3:RDX:ENSG00000137710.9:-:insertionNFS:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017_992_331_R->KR
chr11	110050631	.	T	TC	299.21	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0125;AN=400;DP=771;HR=16;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=19;TU=CTTTTTT;VQSLOD=7.1243;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RDX:ENSG00000137710.9:-:insertionFS:1/7:RDX-201:ENST00000429481.2:1017_989
chr11	111597761	.	AC	A	115.95	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0121;AN=494;DP=1272;DS;HR=1;HRun=2;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.6046;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPP2R1B:ENSG00000137713.10:-:deletionFS:2/7:PPP2R1B-004:ENST00000311129.5:2004_1932:PPP2R1B-002:ENST00000426998.2:1812_1740
chr11	111742144	.	GC	G,GCC	13148.18	PASS	AA=1;AC=1199,73;AF=0.92231,0.05615;AN=1300;BaseQRankSum=0.680;DP=1650;FS=0.000;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=13.8299;InbreedingCoeff=0.3513;MQ=61.59;MQ0=0;MQRankSum=-1.592;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.656;SB=-4404.96;SZ=1;TR=5;TU=CG;VQSLOD=6.6877;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FDXACB1:ENSG00000086848.6:-:deletionFS:1/3:FDXACB1-201:ENST00000428306.2:2535_761,2:FDXACB1:ENSG00000086848.6:-:spliceOverlap:1/3:FDXACB1-201:ENST00000428306.2:2535
chr11	111742145	rs10708475	CG	C	35966.74	PASS	AA=1;AC=1298;AF=1.00000;AN=1298;BaseQRankSum=-1.583;DB;DP=1626;FS=0.000;HR=1;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=8.2785;InbreedingCoeff=0.0508;MQ=61.97;MQ0=0;MQRankSum=1.020;QD=36.40;ReadPosRankSum=1.301;SB=-13109.48;SZ=1;TR=5;TU=CG;VQSLOD=9.0447;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FDXACB1:ENSG00000086848.6:-:spliceOverlap:1/3:FDXACB1-201:ENST00000428306.2:2535
chr11	111853106	rs67635503	G	GC,GCC,GGC	70596.44	PASS	AA=1;AC=1866,10,18;AF=0.98004,0.00525,0.00945;AN=1904;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=3562;DS;FS=0.000;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=13.0842;InbreedingCoeff=0.2584;MQ=74.55;MQ0=0;MQRankSum=-2.296;QD=36.48;ReadPosRankSum=2.935;SB=4507.90;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.7519;culprit=FS;set=Intersection;VA=2:DIXDC1:ENSG00000150764.9:+:spliceOverlap:2/4:DIXDC1-202:ENST00000440460.2:2049:DIXDC1-201:ENST00000315253.5:1416,3:DIXDC1:ENSG00000150764.9:+:spliceOverlap:2/4:DIXDC1-202:ENST00000440460.2:2049:DIXDC1-201:ENST00000315253.5:1416
chr11	111888581	.	AT	A	8.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=344;DP=1043;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3995;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DIXDC1:ENSG00000150764.9:+:deletionFS:2/4:DIXDC1-202:ENST00000440460.2:2049_1940:DIXDC1-201:ENST00000315253.5:1416_1307
chr11	111958635	.	A	AG	15.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=444;DP=1379;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SDHD:ENSG00000204370.4:+:insertionFS:5/6:SDHD-004:ENST00000528021.1:315_107:SDHD-001:ENST00000375549.3:480_107:SDHD-003:ENST00000528048.1:258_107:SDHD-002:ENST00000528182.1:396_107:SDHD-006:ENST00000526592.1:432_107
chr11	112126311	.	T	TA	716.38	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0134;AN=748;BaseQRankSum=-4.621;DP=2145;DS;FS=3.598;HR=1;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.1376;InbreedingCoeff=0.0355;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=13.03;ReadPosRankSum=-0.357;SB=-423.90;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.0385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf34:ENSG00000188771.3:-:insertionFS:1/1:C11orf34-201:ENST00000338832.2:624_186
chr11	113073066	rs5794855	TTTTTG	T,TGTTTTG,TTTGTTTTG,TTTTTGTTTTG,TTTTTGTTTTGTTTTG,TTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG	41422.85	PASS	AA=.;AC=68,1,1,377,184,61;AF=0.03257,0.00048,0.00048,0.18056,0.08812,0.02921;AN=2088;BaseQRankSum=-20.438;DB;DP=5606;DS;FS=2.992;HR=6;HU=T;HaplotypeScore=66.6605;InbreedingCoeff=0.5675;MQ=57.53;MQ0=53;MQRankSum=-4.899;QD=32.00;ReadPosRankSum=0.384;SB=-15015.44;SZ=.;TR=29;TU=GTTTT;VQSLOD=6.5860;culprit=FS;set=Intersection;VA=5:NCAM1:ENSG00000149294.11:+:spliceOverlap:1/4:NCAM1-202:ENST00000401611.2:1995,5:NCAM1:ENSG00000149294.11:+:startOverlap:1/4:NCAM1-201:ENST00000316851.7:2547,6:NCAM1:ENSG00000149294.11:+:spliceOverlap:1/4:NCAM1-202:ENST00000401611.2:1995,6:NCAM1:ENSG00000149294.11:+:startOverlap:1/4:NCAM1-201:ENST00000316851.7:2547
chr11	113073095	.	T	TG	834.87	PASS	AA=.;AC=98;AF=0.04627;AN=2118;BaseQRankSum=25.069;DP=5726;DS;FS=3.995;HR=6;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.6378;InbreedingCoeff=-0.0389;MQ=57.60;MQ0=17;MQRankSum=-15.266;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.709;SB=-768.05;SZ=.;TR=29;TU=GTTTT;VQSLOD=5.2500;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NCAM1:ENSG00000149294.11:+:insertionFS:2/4:NCAM1-201:ENST00000316851.7:2547_17:NCAM1-202:ENST00000401611.2:1995_44
chr11	113212624	.	GGCAA	G	200.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1388;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1172;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC12:ENSG00000149292.11:+:deletionFS:4/4:TTC12-005:ENST00000393020.1:2010_962:TTC12-201:ENST00000314756.3:2199_962:TTC12-014:ENST00000483239.2:2136_980:TTC12-001:ENST00000529221.1:2118_962
chr11	113567640	.	TG	T	626.54	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0219;AN=502;DP=1335;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.9882;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMPRSS5:ENSG00000166682.6:-:deletionFS:5/7:TMPRSS5-001:ENST00000299882.5:1374_518:TMPRSS5-007:ENST00000544634.1:1167_518:TMPRSS5-002:ENST00000545579.1:1347_491:TMPRSS5-003:ENST00000538955.1:1242_386:TMPRSS5-005:ENST00000544476.1:1035_386
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chr11	113631264	.	ACTT	A	24.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1230;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=-44.33;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=5.8470;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZW10:ENSG00000086827.3:-:deletionNFS:2/2:ZW10-001:ENST00000200135.3:2340_391_131_YV->V:ZW10-201:ENST00000537437.1:789_391_131_YV->V
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chr11	113803794	.	AT	A	292.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1415;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.5880;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HTR3B:ENSG00000149305.2:+:deletionFS:2/2:HTR3B-001:ENST00000260191.2:1326_675:HTR3B-002:ENST00000537778.1:1293_642
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chr11	113853842	.	CG	C	51.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1405;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9338;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HTR3A:ENSG00000166736.7:+:deletionFS:5/6:HTR3A-201:ENST00000355556.2:1551_393:HTR3A-202:ENST00000375498.2:1455_393:HTR3A-001:ENST00000504030.2:1437_375:HTR3A-002:ENST00000506841.2:1533_375:HTR3A-003:ENST00000299961.5:1392_330
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chr11	114182866	.	ACC	A	92.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;DP=1396;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.7067;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NNMT:ENSG00000166741.3:+:deletionFS:2/5:NNMT-004:ENST00000299964.3:795_462:NNMT-001:ENST00000535401.1:795_462
chr11	114441847	.	T	TC	15.09	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1315;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=5.7654;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM55D:ENSG00000137634.5:-:insertionFS:2/2:FAM55D-001:ENST00000375478.3:1635_1448:FAM55D-002:ENST00000424261.2:783_596
chr11	115080311	.	ATGG	A	475.75	PASS	AA=.;AC=70;AF=0.05418;AN=1292;BaseQRankSum=4.456;DP=2401;FS=0.837;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.7092;InbreedingCoeff=0.2604;MQ=62.70;MQ0=29;MQRankSum=0.092;QD=3.33;ReadPosRankSum=-0.119;SB=-128.93;SZ=.;TR=34;TU=GGT;VQSLOD=8.2172;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CADM1:ENSG00000182985.8:-:deletionNFS:4/7:CADM1-003:ENST00000331581.6:1416_1061_354_IL->L:CADM1-001:ENST00000452722.2:1329_1061_354_IL->L:CADM1-005:ENST00000537058.1:1362_1061_354_IL->L:CADM1-202:ENST00000541325.1:384_83_28_IL->L
chr11	115375029	.	AAGCCGG	A	249.89	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0139;AN=576;BaseQRankSum=3.448;DP=837;FS=1.500;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.7713;InbreedingCoeff=0.1532;MQ=63.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.397;QD=16.66;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-146.66;SZ=-6;TR=16;TU=AGCCGG;VQSLOD=7.6405;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CADM1:ENSG00000182985.8:-:deletionNFS:5/7:CADM1-003:ENST00000331581.6:1416_84_28_LLL->L:CADM1-001:ENST00000452722.2:1329_84_28_LLL->L:CADM1-006:ENST00000536727.1:1332_84_28_LLL->L:CADM1-005:ENST00000537058.1:1362_84_28_LLL->L:CADM1-002:ENST00000542447.1:1245_84_28_LLL->L
chr11	116653726	.	T	TC	5.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=560;DP=1664;DS;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.6630;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF259:ENSG00000109917.6:-:insertionFS:1/1:ZNF259-001:ENST00000227322.3:1380_1001
chr11	116691612	.	CCTGCTCCTGCTG	C	344.05	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1049;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=27;TU=CCTGCTGCTGCT;VQSLOD=5.4598;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOA4:ENSG00000110244.5:-:deletionNFS:1/1:APOA4-001:ENST00000357780.3:1191_1162_388_VQMLA->A
chr11	116719900	.	TG	T	4.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;BaseQRankSum=1.035;DP=1546;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.0666;InbreedingCoeff=0.0878;MQ=69.79;MQ0=0;MQRankSum=0.342;QD=1.05;ReadPosRankSum=0.278;SB=-31.49;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6023;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIK3:ENSG00000160584.10:-:deletionFS:5/5:SIK3-001:ENST00000375300.1:3966_3611:SIK3-201:ENST00000292055.4:3792_3437:SIK3-204:ENST00000542607.1:3612_3257:SIK3-203:ENST00000434315.2:3309_2954:SIK3-202:ENST00000375288.1:1797_1442
chr11	117057301	.	CAGA	C	146.51	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=472;DP=967;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=AAG;VQSLOD=6.4839;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIDT2:ENSG00000149577.9:+:deletionNFS:2/4:SIDT2-001:ENST00000324225.4:2499_964_322_QK->Q:SIDT2-202:ENST00000431081.2:2490_964_322_QK->Q
chr11	117153501	.	G	GCCC	865.55	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0094;AN=744;BaseQRankSum=-5.986;DP=2203;DS;FS=0.914;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=24.3515;InbreedingCoeff=-0.0089;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.599;QD=22.19;ReadPosRankSum=1.047;SB=-418.10;SZ=3;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.3845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF214:ENSG00000167257.6:+:insertionNFS:4/5:RNF214-201:ENST00000300650.4:2112_1885_629_A->AP:RNF214-002:ENST00000531287.1:1647_1420_474_A->AP:RNF214-001:ENST00000531452.1:2112_1885_629_A->AP:RNF214-007:ENST00000534709.1:768_541_181_A->AP
chr11	117222647	.	GAA	G,GA,GAAA	381.42	PASS	AA=0;AC=8,116,120;AF=0.00401,0.05812,0.06012;AN=1996;BaseQRankSum=6.213;DP=4629;DS;FS=1.650;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=15.0311;InbreedingCoeff=0.2850;MQ=67.34;MQ0=1;MQRankSum=-0.347;QD=0.40;ReadPosRankSum=-4.983;SB=-865.09;SZ=-2;TR=11;TU=A;VQSLOD=6.5261;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CEP164:ENSG00000110274.7:+:deletionFS:3/4:CEP164-001:ENST00000278935.3:4383_336:CEP164-202:ENST00000444913.2:3261_336:CEP164-203:ENST00000545330.1:954_198,2:CEP164:ENSG00000110274.7:+:deletionFS:3/4:CEP164-001:ENST00000278935.3:4383_336:CEP164-202:ENST00000444913.2:3261_336:CEP164-203:ENST00000545330.1:954_198,3:CEP164:ENSG00000110274.7:+:insertionFS:3/4:CEP164-001:ENST00000278935.3:4383_336:CEP164-202:ENST00000444913.2:3261_336:CEP164-203:ENST00000545330.1:954_198
chr11	117233238	.	A	AG	6.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;BaseQRankSum=-2.448;DP=1445;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=19;TU=AGGAGGATG;VQSLOD=5.3808;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEP164:ENSG00000110274.7:+:insertionFS:3/4:CEP164-001:ENST00000278935.3:4383_671:CEP164-202:ENST00000444913.2:3261_671:CEP164-201:ENST00000375253.2:2526_452
chr11	117789312	rs58754377	CGGGCTGGAGATGCCT	C	28637.45	PASS	AA=.;AC=915;AF=0.67678;AN=1352;BaseQRankSum=19.675;DB;DP=2649;DS;FS=6.538;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=44.7350;InbreedingCoeff=0.2870;MQ=65.06;MQ0=6;MQRankSum=9.571;QD=18.30;ReadPosRankSum=-3.374;SB=-13638.76;SZ=.;TR=44;TU=AGATGCCTGGGCTGG;VQSLOD=5.5915;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMPRSS13:ENSG00000137747.9:-:deletionNFS:5/6:TMPRSS13-002:ENST00000524993.1:1704_263_88_RASPAL->L:TMPRSS13-003:ENST00000528626.1:1599_263_88_RASPAL->L:TMPRSS13-006:ENST00000430170.2:1692_263_88_RASPAL->L:TMPRSS13-004:ENST00000445164.2:1761_263_88_RASPAL->L:TMPRSS13-001:ENST00000526090.1:1476_263_88_RASPAL->L,1:TMPRSS13:ENSG00000137747.9:-:spliceOverlap:1/6:TMPRSS13-201:ENST00000336500.5:1689
chr11	117869705	rs56384274	TGGCAGCAGC	T	831.61	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0066;AN=302;DB;DP=599;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-9;TR=6;TU=AGT;VQSLOD=7.5453;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL10RA:ENSG00000110324.4:+:deletionNFS:4/4:IL10RA-001:ENST00000227752.3:1737_1086_362_SGSS->S:IL10RA-202:ENST00000541785.1:1677_1026_342_SGSS->S:IL10RA-201:ENST00000536858.1:1500_1026_342_SGSS->S:IL10RA-203:ENST00000545409.1:1290_639_213_SGSS->S
chr11	117899620	.	CAGG	C	101.12	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0144;AN=348;DP=782;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=15;TU=AGG;VQSLOD=6.8002;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP002962.1:ENSG00000198230.3:-:deletionNFS:1/1:AP002962.1-201:ENST00000356822.3:942_286_96_VL->L
chr11	117899651	.	AGAG	A	660.51	PASS	AA=.;AC=17;AF=0.01586;AN=1072;BaseQRankSum=7.131;DP=2725;FS=2.309;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.6836;InbreedingCoeff=0.0882;MQ=71.35;MQ0=0;MQRankSum=1.636;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.476;SB=-329.37;SZ=.;TR=15;TU=AGG;VQSLOD=8.3135;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP002962.1:ENSG00000198230.3:-:deletionNFS:1/1:AP002962.1-201:ENST00000356822.3:942_255_85_SS->S
chr11	118065087	.	CAAGT	C,CAGT	285.67	PASS	AA=0;AC=1,2;AF=0.00100,0.00199;AN=1004;BaseQRankSum=4.704;DP=2702;DS;FS=6.644;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=23.5037;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=63.42;MQ0=0;MQRankSum=0.022;QD=9.70;ReadPosRankSum=-1.407;SB=-72.22;SZ=-4;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.7963;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMICA1:ENSG00000160593.11:-:deletionFS:4/6:AMICA1-001:ENST00000356289.5:1185_1138:AMICA1-004:ENST00000533261.1:1152_1105:AMICA1-003:ENST00000292067.7:1155_1108:AMICA1-002:ENST00000526620.1:1068_1021,2:AMICA1:ENSG00000160593.11:-:deletionFS:4/6:AMICA1-001:ENST00000356289.5:1185_1138:AMICA1-004:ENST00000533261.1:1152_1105:AMICA1-003:ENST00000292067.7:1155_1108:AMICA1-002:ENST00000526620.1:1068_1021
chr11	118104210	.	TAC	T	824.39	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0214;AN=468;DP=1472;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.8999;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPZL3:ENSG00000160588.5:-:deletionFS:3/3:MPZL3-004:ENST00000525386.1:198_102:MPZL3-001:ENST00000278949.4:708_646:MPZL3-002:ENST00000527472.1:672_610
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chr11	118221347	.	G	GC	11730	PASS	AA=0;AC=436;AF=0.23167;AN=1882;BaseQRankSum=34.440;DP=5472;DS;FS=25.864;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=21.8078;InbreedingCoeff=0.2396;MQ=55.49;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.022;SB=-5130.26;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0066;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CD3G:ENSG00000160654.5:+:insertionFS:1/2:CD3G-001:ENST00000532917.1:549_388
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chr11	118404839	.	CCA	C	22.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=786;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3518;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM25:ENSG00000149582.10:+:deletionFS:9/9:TMEM25-030:ENST00000354284.4:1056_932:TMEM25-004:ENST00000442938.2:921_800:TMEM25-001:ENST00000533102.1:1146_932:TMEM25-009:ENST00000313236.5:1101_932:TMEM25-003:ENST00000354064.7:657_488:TMEM25-006:ENST00000359862.4:969_800:TMEM25-201:ENST00000411589.2:969_800:TMEM25-002:ENST00000524725.1:969_800:TMEM25-202:ENST00000544878.1:810_641
chr11	118406328	rs45576832	CAGTGTGGA	C	34779.13	PASS	AA=0;AC=339;AF=0.18404;AN=1842;BaseQRankSum=27.862;DB;DP=4202;FS=0.642;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=32.1583;InbreedingCoeff=0.2811;MQ=53.01;MQ0=0;MQRankSum=-18.093;QD=46.13;ReadPosRankSum=1.129;SB=-12668.20;SZ=-8;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.1466;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMEM25:ENSG00000149582.10:+:deletionFS:1/9:TMEM25-001:ENST00000533102.1:1146_1130
chr11	118427682	.	AATC	A	68.71	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.01094;AN=1188;BaseQRankSum=5.212;DP=3680;DS;FS=3.887;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.8894;InbreedingCoeff=0.1261;MQ=79.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=0.82;ReadPosRankSum=0.092;SB=-109.49;SZ=-3;TR=18;TU=ATC;VQSLOD=6.6714;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:IFT46:ENSG00000118096.3:-:deletionNFS:3/3:IFT46-013:ENST00000264020.2:1068_277_93_SS->S:IFT46-001:ENST00000264021.3:915_124_42_SS->S:IFT46-002:ENST00000530872.1:894_277_93_SS->S
chr11	118427747	.	GTCT	G	1255.67	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01130;AN=1416;BaseQRankSum=8.358;DP=3931;DS;FS=1.240;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.8434;InbreedingCoeff=0.0592;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.608;QD=12.81;ReadPosRankSum=-2.146;SB=-612.00;SZ=-3;TR=12;TU=CTT;VQSLOD=7.4128;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IFT46:ENSG00000118096.3:-:deletionNFS:3/3:IFT46-013:ENST00000264020.2:1068_212_71_TS->S:IFT46-001:ENST00000264021.3:915_59_20_TS->S:IFT46-002:ENST00000530872.1:894_212_71_TS->S
chr11	118505673	.	CT	C	231.40	PASS	AA=1;AC=108;AF=0.07521;AN=1436;BaseQRankSum=-2.765;DP=1944;FS=21.700;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=18.5209;InbreedingCoeff=0.1311;MQ=78.54;MQ0=0;MQRankSum=0.539;QD=1.81;ReadPosRankSum=-0.306;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8870;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PHLDB1:ENSG00000019144.11:+:deletionFS:1/9:PHLDB1-201:ENST00000358191.5:2193_379
chr11	118529044	rs11448549	C	CA,CG	77884.79	PASS	AA=1;AC=7,1681;AF=0.00415,0.99585;AN=1688;DB;DP=3188;DS;FS=0.000;HR=4;HU=C;HaplotypeScore=25.9768;InbreedingCoeff=0.1310;MQ=63.33;MQ0=2;QD=43.32;SB=-16811.04;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.4804;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TREH:ENSG00000118094.6:-:insertionFS:3/6:TREH-002:ENST00000525958.1:1641_1613:TREH-001:ENST00000529101.1:1734_1706:TREH-003:ENST00000530256.1:1365_1337,2:TREH:ENSG00000118094.6:-:insertionFS:3/6:TREH-002:ENST00000525958.1:1641_1613:TREH-001:ENST00000529101.1:1734_1706:TREH-003:ENST00000530256.1:1365_1337
chr11	118744625	.	CA	C,CAA	707.93	PASS	AA=.;AC=154,146;AF=0.08508,0.08066;AN=1810;BaseQRankSum=2.978;DP=4206;FS=2.129;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=15.1332;InbreedingCoeff=0.2997;MQ=60.26;MQ0=4;MQRankSum=0.285;QD=0.64;ReadPosRankSum=-2.849;SB=-1084.16;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=8.2405;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1043,2:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:insertionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1043
chr11	118744636	.	AAG	A	96.87	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.03217;AN=1088;BaseQRankSum=24.636;DP=2290;DS;FS=1.232;HR=12;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.2948;InbreedingCoeff=0.1384;MQ=59.20;MQ0=11;MQRankSum=-9.698;QD=0.48;ReadPosRankSum=3.476;SB=-345.40;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=6.0185;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1054
chr11	118744638	rs57576205	GAGAA	G	14664.71	PASS	AA=.;AC=228;AF=0.11801;AN=1932;BaseQRankSum=15.344;DB;DP=4538;DS;FS=0.671;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=25.3853;InbreedingCoeff=0.1084;MQ=58.68;MQ0=14;MQRankSum=-8.004;QD=20.48;ReadPosRankSum=0.133;SB=-6222.57;SZ=.;TR=14;TU=AAAG;VQSLOD=7.5453;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1056
chr11	118744681	.	AAAAG	A	227.44	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0088;AN=342;DP=1142;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=30;TU=AAAGAAAGAAAGAG;VQSLOD=5.9876;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1099
chr11	118744701	rs60167799	A	AAAAG	119472.07	PASS	AA=.;AC=1367;AF=0.76029;AN=1798;BaseQRankSum=-25.731;DB;DP=4922;DS;FS=4.537;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.1259;InbreedingCoeff=0.2287;MQ=56.61;MQ0=16;MQRankSum=2.432;QD=44.46;ReadPosRankSum=5.033;SB=-55130.12;SZ=.;TR=15;TU=AAAG;VQSLOD=8.6363;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:insertionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1119
chr11	118744727	.	GAAGA	G,GAGA	1845.38	PASS	AA=.;AC=47,25;AF=0.02908,0.01547;AN=1616;BaseQRankSum=4.030;DP=4335;DS;FS=7.829;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=38.8525;InbreedingCoeff=0.2064;MQ=56.02;MQ0=19;MQRankSum=-5.372;QD=7.63;ReadPosRankSum=-3.704;SB=-867.34;SZ=.;TR=22;TU=AAAGAAAGAAG;VQSLOD=5.4724;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1145,2:UBE4A:ENSG00000110344.4:+:deletionFS:1/4:UBE4A-201:ENST00000458214.2:1176_1145
chr11	118757056	rs66542467	GAAA	G,GA,GAA,GAAAA,GAAAAA	3184.04	PASS	AA=.;AC=40,250,451,178,225;AF=0.02577,0.16108,0.29059,0.11469,0.14497;AN=1552;BaseQRankSum=0.575;DB;DP=2733;FS=31.241;HR=16;HU=A;HaplotypeScore=13.5653;InbreedingCoeff=0.8187;MQ=64.45;MQ0=0;MQRankSum=2.215;QD=2.02;ReadPosRankSum=-3.779;SB=-2212.12;SZ=.;TR=16;TU=A;VQSLOD=8.6314;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:RP11-158I9.5:ENSG00000245869.2:-:deletionNFS:1/1:RP11-158I9.5-001:ENST00000498872.2:210_163_55_LA->A,2:RP11-158I9.5:ENSG00000245869.2:-:deletionFS:1/1:RP11-158I9.5-001:ENST00000498872.2:210_163,3:RP11-158I9.5:ENSG00000245869.2:-:deletionFS:1/1:RP11-158I9.5-001:ENST00000498872.2:210_163,4:RP11-158I9.5:ENSG00000245869.2:-:insertionFS:1/1:RP11-158I9.5-001:ENST00000498872.2:210_163,5:RP11-158I9.5:ENSG00000245869.2:-:insertionFS:1/1:RP11-158I9.5-001:ENST00000498872.2:210_163
chr11	118765359	.	T	TCA	22.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1790;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=7;TU=CT;VQSLOD=6.9842;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CXCR5:ENSG00000160683.4:+:insertionFS:1/1:CXCR5-001:ENST00000292174.4:1119_1106
chr11	118927013	rs68156900	T	TC	100559.09	PASS	AA=1;AC=1983;AF=0.99950;AN=1984;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=4901;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=10.6629;InbreedingCoeff=0.0650;MQ=79.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.624;QD=37.15;ReadPosRankSum=1.694;SB=-47292.00;SZ=-1;TR=16;TU=CCCTTCT;VQSLOD=10.4096;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HYOU1:ENSG00000149428.11:-:insertionFS:1/11:HYOU1-207:ENST00000544701.1:2943_102
chr11	119056818	.	C	CAA	245.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=516;DP=1326;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=2;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.7010;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDZD3:ENSG00000172367.10:+:insertionFS:3/6:PDZD3-005:ENST00000322712.4:1476_62:PDZD3-001:ENST00000355547.5:1518_62:PDZD3-202:ENST00000454065.2:1518_62
chr11	119077232	.	G	GCAC	167.28	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0057;AN=174;DP=198;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;ReadPosRankSum=0.669;SZ=.;TR=22;TU=ACC;VQSLOD=6.3141;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CBL:ENSG00000110395.3:+:insertionNFS:1/1:CBL-001:ENST00000264033.3:2721_105_35_P->PH
chr11	119149355	.	TATG	T	35.34	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0178;AN=338;DP=675;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=-3;TR=19;TU=ATG;VQSLOD=5.9231;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CBL:ENSG00000110395.3:+:deletionNFS:1/1:CBL-001:ENST00000264033.3:2721_1363_455_YD->Y
chr11	119169229	.	C	CG	15.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1230;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SB=1.22;SZ=1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.1257;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CBL:ENSG00000110395.3:+:insertionFS:1/1:CBL-001:ENST00000264033.3:2721_2413
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chr11	119182766	.	TCTC	T	52.12	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0052;AN=386;DP=639;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.1565;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MCAM:ENSG00000076706.7:-:deletionNFS:2/3:MCAM-001:ENST00000264036.4:1941_1139_380_EE->E:MCAM-201:ENST00000392814.1:1584_986_329_EE->E
chr11	119183661	.	T	TGGGCA	661.68	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0128;AN=468;DP=1217;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=5;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.1024;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MCAM:ENSG00000076706.7:-:insertionFS:1/3:MCAM-201:ENST00000392814.1:1584_405
chr11	119210189	.	G	GC	146.30	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0215;AN=372;DP=829;DS;HR=8;HRun=8;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=C;VQSLOD=6.3207;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AP003396.1:ENSG00000223953.2:-:insertionFS:1/1:AP003396.1-201:ENST00000445041.2:732_584,1:C1QTNF5:ENSG00000254908.1:-:insertionFS:1/1:C1QTNF5-001:ENST00000528368.1:732_584
chr11	119210246	.	GC	G	9.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=969;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8021;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP003396.1:ENSG00000223953.2:-:deletionFS:1/1:AP003396.1-201:ENST00000445041.2:732_527,1:C1QTNF5:ENSG00000254908.1:-:deletionFS:1/1:C1QTNF5-001:ENST00000528368.1:732_527
chr11	119535677	rs3833765	C	CCCT	1111.03	PASS	AA=.;AC=48;AF=0.0512;AN=938;BaseQRankSum=-3.704;DB;DP=1754;DS;FS=2.282;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.5176;InbreedingCoeff=0.2832;MQ=65.51;MQ0=3;MQRankSum=1.777;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.024;SB=-552.08;SZ=.;TR=25;TU=CCT;VQSLOD=8.4968;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PVRL1:ENSG00000110400.5:-:insertionNFS:1/3:PVRL1-002:ENST00000264025.3:1554_1334_445_G->EG
chr11	119993897	rs66674912	CCT	C	80001.10	PASS	AA=1;AC=1662;AF=0.91218;AN=1822;BaseQRankSum=20.778;DB;DP=4602;DS;FS=1.141;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.0987;InbreedingCoeff=0.1674;MQ=67.53;MQ0=6;MQRankSum=0.225;QD=32.72;ReadPosRankSum=0.950;SB=-37466.42;SZ=2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=9.4607;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TRIM29:ENSG00000137699.10:-:spliceOverlap:1/5:TRIM29-007:ENST00000524816.1:465
chr11	120041077	.	G	GCT	38.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1020;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=11;TU=CTCTG;VQSLOD=5.8176;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP000679.2:ENSG00000176984.2:+:insertionFS:1/1:AP000679.2-001:ENST00000319763.1:972_560
chr11	120041085	.	GGA	G	413.91	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0270;AN=408;DP=935;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=8.0585;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP000679.2:ENSG00000176984.2:+:deletionFS:1/1:AP000679.2-001:ENST00000319763.1:972_568
chr11	120107402	.	CT	C	407.03	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0131;AN=458;DP=1230;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.9973;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POU2F3:ENSG00000137709.4:+:deletionFS:1/4:POU2F3-201:ENST00000543440.1:1317_20
chr11	120168982	.	CG	C	11.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=662;DP=1685;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6263;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POU2F3:ENSG00000137709.4:+:deletionFS:2/4:POU2F3-201:ENST00000543440.1:1317_147:POU2F3-001:ENST00000260264.3:1311_141
chr11	120200975	.	C	CT	114.92	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0059;AN=506;DP=1611;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.3898;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM136:ENSG00000181264.4:+:insertionFS:2/3:TMEM136-003:ENST00000314475.2:804_555:TMEM136-002:ENST00000375095.2:738_489
chr11	120310900	.	AGAT	A	23.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1216;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=ATG;VQSLOD=5.3910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF12:ENSG00000196914.4:+:deletionNFS:3/3:ARHGEF12-201:ENST00000356641.3:4578_1005_335_ED->E:ARHGEF12-001:ENST00000397843.2:4635_1062_354_ED->E:ARHGEF12-003:ENST00000532993.1:4326_753_251_ED->E
chr11	120742514	.	GGA	G	86.92	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.01744;AN=1204;BaseQRankSum=6.365;DP=3684;DS;FS=0.731;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.1061;InbreedingCoeff=0.0966;MQ=71.88;MQ0=1;MQRankSum=3.280;QD=0.76;ReadPosRankSum=-1.953;SB=-135.23;SZ=.;TR=11;TU=AG;VQSLOD=6.3236;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-640N11.2:ENSG00000250493.2:-:deletionFS:1/1:RP11-640N11.2-001:ENST00000505153.2:507_203
chr11	121061432	.	G	GA	6.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1351;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.1590;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TECTA:ENSG00000109927.5:+:insertionFS:2/2:TECTA-201:ENST00000264037.2:6468_6385:TECTA-001:ENST00000392793.1:6468_6385
chr11	121393322	.	G	GC	16.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1224;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SORL1:ENSG00000137642.7:+:insertionFS:1/5:SORL1-001:ENST00000260197.6:6645_1432
chr11	121416132	.	A	AT	45.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1332;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.4565;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SORL1:ENSG00000137642.7:+:insertionFS:1/5:SORL1-001:ENST00000260197.6:6645_2045
chr11	122774941	.	TGGA	T	182.31	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0064;AN=314;DP=792;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=7.8679;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C11orf63:ENSG00000109944.5:+:deletionNFS:3/3:C11orf63-201:ENST00000227349.2:2337_653_218_LE->L:C11orf63-002:ENST00000531316.1:2337_653_218_LE->L:C11orf63-001:ENST00000307257.5:924_653_218_LE->L
chr11	123598265	.	TAAC	T	54.46	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0061;AN=330;DP=1006;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=6;TU=CT;VQSLOD=4.9872;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF202:ENSG00000166261.6:-:deletionNFS:3/3:ZNF202-001:ENST00000336139.4:1947_871_291_RE->E:ZNF202-003:ENST00000529691.1:1947_871_291_RE->E:ZNF202-002:ENST00000530393.1:1947_871_291_RE->E
chr11	123755982	.	T	TC	10.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1429;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ATC;VQSLOD=5.7701;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM225:ENSG00000204300.2:-:insertionFS:1/1:TMEM225-001:ENST00000375026.2:678_151
chr11	123777441	rs74740497	G	GT	2295.51	PASS	AA=0;AC=44;AF=0.0580;AN=758;BaseQRankSum=4.461;DB;DP=2450;DS;FS=2.656;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=24.5992;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=2.240;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.642;SB=-1342.37;SZ=1;TR=8;TU=T;VQSLOD=7.2152;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8D4:ENSG00000181518.2:+:insertionFS:1/1:OR8D4-001:ENST00000321355.2:945_303
chr11	123886753	.	CA	C	55.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=735;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9451;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10G4:ENSG00000254737.1:+:deletionFS:1/1:OR10G4-001:ENST00000320891.4:936_472
chr11	123886808	.	ACTT	A	186.16	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0138;AN=434;BaseQRankSum=3.757;DP=934;DS;FS=8.146;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.6442;InbreedingCoeff=0.0162;MQ=31.88;MQ0=491;MQRankSum=0.015;QD=4.33;ReadPosRankSum=-1.122;SB=-149.47;SZ=-3;TR=6;TU=ACT;VQSLOD=5.0684;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10G4:ENSG00000254737.1:+:deletionNFS:1/1:OR10G4-001:ENST00000320891.4:936_527_176_YF->Y
chr11	123900579	.	GTGTTCCCA	G	754.38	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0041;AN=488;DP=1601;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;InbreedingCoeff=-0.0408;MQ0=0;SZ=-8;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.6212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10G8:ENSG00000234560.3:+:deletionFS:1/1:OR10G8-001:ENST00000431524.1:936_250
chr11	123994135	.	TGG	T	24.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1142;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1238;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VWA5A:ENSG00000110002.10:+:deletionFS:6/8:VWA5A-202:ENST00000392748.1:2361_993:VWA5A-001:ENST00000456829.2:2361_993:VWA5A-201:ENST00000360334.4:1281_993:VWA5A-005:ENST00000361352.5:1248_993:VWA5A-004:ENST00000449321.1:1248_993:VWA5A-006:ENST00000392744.4:1296_1041
chr11	124016588	.	CG	C	30.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1409;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.9744;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VWA5A:ENSG00000110002.10:+:deletionFS:2/8:VWA5A-202:ENST00000392748.1:2361_2297:VWA5A-001:ENST00000456829.2:2361_2297
chr11	124189228	.	AT	A	163.58	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0041;AN=486;DP=1354;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.7385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8D2:ENSG00000197263.2:-:deletionFS:1/1:OR8D2-001:ENST00000357438.2:936_866
chr11	124253078	.	GT	G	14132.30	PASS	AA=0;AC=1919;AF=0.94346;AN=2034;BaseQRankSum=5.199;DP=4575;FS=4.076;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=27.2290;InbreedingCoeff=0.1083;MQ=48.93;MQ0=324;MQRankSum=3.036;QD=7.28;ReadPosRankSum=2.794;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4612;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR8B2:ENSG00000204293.2:-:deletionFS:1/1:OR8B2-001:ENST00000375013.2:942_162
chr11	124266697	.	A	AG	1011.67	PASS	AA=0;AC=36;AF=0.0410;AN=878;BaseQRankSum=-6.087;DP=1462;DS;FS=4.633;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=8.0900;InbreedingCoeff=0.1628;MQ=31.51;MQ0=1323;MQRankSum=-1.061;QD=5.47;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-583.64;SZ=1;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=7.1777;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OR8B3:ENSG00000196661.3:-:insertionFS:1/1:OR8B3-001:ENST00000354597.3:942_551
chr11	124413048	.	CAGA	C	4487.54	PASS	AA=0;AC=31;AF=0.0394;AN=786;BaseQRankSum=12.337;DP=2483;DS;FS=0.778;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.0282;InbreedingCoeff=0.1400;MQ=57.99;MQ0=0;MQRankSum=0.009;QD=23.37;ReadPosRankSum=1.190;SB=-2205.95;SZ=-3;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.0880;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR8B12:ENSG00000170953.2:-:deletionNFS:1/1:OR8B12-001:ENST00000306842.2:933_503_168_CA->A
chr11	124539410	.	A	AC	11.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1420;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=2;HU=A;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.9635;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIAE:ENSG00000110013.8:-:insertionFS:1/2:SIAE-001:ENST00000263593.3:1572_75
chr11	124745539	.	T	TC	22.96	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0041;AN=490;DP=896;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3583;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ROBO3:ENSG00000154134.10:+:insertionFS:2/3:ROBO3-001:ENST00000397801.1:4161_2379:ROBO3-021:ENST00000538940.1:4095_2313
chr11	124750447	rs71859853	CCGGAGT	C	20850.76	PASS	AA=.;AC=614;AF=0.36548;AN=1680;BaseQRankSum=20.064;DB;DP=3098;DS;FS=4.644;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.6340;InbreedingCoeff=0.2718;MQ=58.58;MQ0=0;MQRankSum=-5.794;QD=30.80;ReadPosRankSum=0.930;SB=-9557.92;SZ=.;TR=13;TU=AGCCGG;VQSLOD=9.3789;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ROBO3:ENSG00000154134.10:+:deletionNFS:3/3:ROBO3-001:ENST00000397801.1:4161_4092_1364_SRS->S:ROBO3-021:ENST00000538940.1:4095_4026_1342_SRS->S:ROBO3-201:ENST00000543966.1:450_381_127_SRS->S
chr11	124750455	.	GGAGTCA	G	8898.89	PASS	AA=.;AC=440;AF=0.25611;AN=1718;BaseQRankSum=21.476;DP=3077;DS;FS=1.783;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.3504;InbreedingCoeff=0.1492;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-12.018;QD=15.48;ReadPosRankSum=9.357;SB=-4072.63;SZ=.;TR=13;TU=AGTCGG;VQSLOD=5.1818;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ROBO3:ENSG00000154134.10:+:deletionNFS:3/3:ROBO3-001:ENST00000397801.1:4161_4100_1367_RSQ->R:ROBO3-021:ENST00000538940.1:4095_4034_1345_RSQ->R:ROBO3-201:ENST00000543966.1:450_389_130_RSQ->R
chr11	124765077	.	G	GGGGCACT	42.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;BaseQRankSum=-1.732;DP=1085;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=7;TR=16;TU=ACTGGGC;VQSLOD=4.9391;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ROBO4:ENSG00000154133.8:-:insertionFS:3/3:ROBO4-001:ENST00000306534.3:3024_1049:ROBO4-003:ENST00000533054.1:2589_614:ROBO4-201:ENST00000374963.2:2103_719
chr11	124789742	.	AAGG	A	101.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1329;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=5.4180;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEPN1:ENSG00000221932.4:+:deletionNFS:1/1:HEPN1-001:ENST00000408930.4:267_96_32_LR->L
chr11	124908850	.	G	GA	155.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=994;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.8638;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC15:ENSG00000149548.9:+:insertionFS:2/2:CCDC15-001:ENST00000344762.5:2856_2619:CCDC15-002:ENST00000529051.1:2889_2652
chr11	124955551	.	CCGA	C	76.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1314;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.1387;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC37A2:ENSG00000134955.7:+:deletionNFS:3/4:SLC37A2-002:ENST00000403796.2:1506_1406_469_AD->A:SLC37A2-001:ENST00000308074.4:1518_1406_469_AD->A:SLC37A2-202:ENST00000407458.1:1518_1406_469_AD->A
chr11	125301192	rs10531638	AGAG	A	4508.58	PASS	AA=0;AC=134;AF=0.07105;AN=1886;BaseQRankSum=12.901;DB;DP=4507;DS;FS=4.146;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.2286;InbreedingCoeff=0.1894;MQ=64.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.811;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.032;SB=-1665.75;SZ=-3;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=8.8248;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PKNOX2:ENSG00000165495.8:+:deletionNFS:4/5:PKNOX2-001:ENST00000298282.7:1419_1323_441_EE->E:PKNOX2-202:ENST00000542175.1:1227_1131_377_EE->E:PKNOX2-002:ENST00000530517.1:1332_1236_412_EE->E:PKNOX2-004:ENST00000531116.1:1332_1236_412_EE->E
chr11	125301208	rs79349589	GAGC	G	574.40	PASS	AA=0;AC=59;AF=0.03797;AN=1554;BaseQRankSum=17.147;DB;DP=3612;DS;FS=3.762;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.4697;InbreedingCoeff=0.0448;MQ=63.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=2.31;ReadPosRankSum=4.027;SB=-419.81;SZ=-3;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=5.9057;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PKNOX2:ENSG00000165495.8:+:deletionNFS:4/5:PKNOX2-001:ENST00000298282.7:1419_1339_447_EL->V:PKNOX2-202:ENST00000542175.1:1227_1147_383_EL->V:PKNOX2-002:ENST00000530517.1:1332_1252_418_EL->V:PKNOX2-004:ENST00000531116.1:1332_1252_418_EL->V
chr11	125443361	.	CA	C	205.91	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0107;AN=468;DP=1143;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=2;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.4106;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-791J7.2:ENSG00000254671.1:-:deletionFS:2/2:RP11-791J7.2-001:ENST00000530526.1:150_143:RP11-791J7.2-002:ENST00000532714.1:150_143
chr11	125452300	rs55912941	A	AC	73993.23	PASS	AA=.;AC=1940;AF=1.00000;AN=1940;DB;DP=3350;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=9.4913;InbreedingCoeff=0.0359;MQ=62.96;MQ0=5;QD=38.08;SB=-34727.29;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=9.5699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EI24:ENSG00000149547.9:+:insertionFS:1/3:EI24-202:ENST00000343678.4:786_732
chr11	125497584	.	GA	G,GAA	6.49	PASS	AA=0;AC=0,2;AF=0.0000,0.0048;AN=418;DP=1063;DS;HR=4;HU=A;MQ0=0;SB=1.47;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.3478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHEK1:ENSG00000149554.7:+:deletionFS:6/7:CHEK1-006:ENST00000278916.3:1299_148:CHEK1-002:ENST00000428830.2:1431_148:CHEK1-007:ENST00000438015.1:1431_148:CHEK1-201:ENST00000524737.1:1431_148:CHEK1-202:ENST00000534070.1:1431_148:CHEK1-203:ENST00000544373.1:1329_148,2:CHEK1:ENSG00000149554.7:+:insertionFS:6/7:CHEK1-006:ENST00000278916.3:1299_148:CHEK1-002:ENST00000428830.2:1431_148:CHEK1-007:ENST00000438015.1:1431_148:CHEK1-201:ENST00000524737.1:1431_148:CHEK1-202:ENST00000534070.1:1431_148:CHEK1-203:ENST00000544373.1:1329_148
chr11	125547972	.	ACT	A	5.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=933;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.1106;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACRV1:ENSG00000134940.8:-:deletionFS:2/10:ACRV1-207:ENST00000433875.1:741_273:ACRV1-001:ENST00000533904.1:798_273
chr11	125795378	.	AT	A	1056.15	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0291;AN=412;DP=1335;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.1083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-680F20.9:ENSG00000255027.1:-:deletionFS:1/1:RP11-680F20.9-001:ENST00000526211.1:114_20
chr11	125810663	rs71994840	CTT	C,CT,CTTT,CTTTT	15334.96	PASS	AA=.;AC=217,90,393,111;AF=0.12302,0.05102,0.22279,0.06293;AN=1764;BaseQRankSum=-0.356;DB;DP=4227;DS;FS=9.111;HR=14;HU=T;HaplotypeScore=15.4851;InbreedingCoeff=0.5446;MQ=63.92;MQ0=9;MQRankSum=2.416;QD=8.41;ReadPosRankSum=1.551;SB=-4301.24;SZ=.;TR=14;TU=T;VQSLOD=9.6405;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RP11-680F20.4:ENSG00000254790.1:-:deletionFS:1/1:RP11-680F20.4-001:ENST00000524467.1:129_88,2:RP11-680F20.4:ENSG00000254790.1:-:deletionFS:1/1:RP11-680F20.4-001:ENST00000524467.1:129_88,3:RP11-680F20.4:ENSG00000254790.1:-:insertionFS:1/1:RP11-680F20.4-001:ENST00000524467.1:129_88,4:RP11-680F20.4:ENSG00000254790.1:-:insertionFS:1/1:RP11-680F20.4-001:ENST00000524467.1:129_88
chr11	126176478	.	C	CTGGGGA	1136.20	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01206;AN=1410;BaseQRankSum=-2.301;DP=3274;DS;FS=6.221;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=24.2189;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=72.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.292;QD=14.20;ReadPosRankSum=-2.004;SB=-624.88;SZ=6;TR=15;TU=ATGGGG;VQSLOD=6.9288;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DCPS:ENSG00000110063.4:+:insertionNFS:1/1:DCPS-001:ENST00000263579.4:1014_215_72_S->SGD
chr11	128786338	.	TAC	T	103.86	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1288;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.0032;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNJ5:ENSG00000120457.6:+:deletionFS:3/3:KCNJ5-003:ENST00000338350.4:1260_972:KCNJ5-001:ENST00000529694.1:1260_972:KCNJ5-002:ENST00000533599.1:1260_972
chr11	128807650	.	G	GC	201.93	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0062;AN=648;DP=1433;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.5653;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53AIP1:ENSG00000120471.8:-:insertionFS:4/4:TP53AIP1-005:ENST00000458238.2:261_64:TP53AIP1-004:ENST00000530777.1:363_64:TP53AIP1-003:ENST00000531399.1:375_64:TP53AIP1-201:ENST00000263583.2:327_64
chr11	128844537	.	G	GT	7.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1485;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.2852;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGAP32:ENSG00000134909.12:-:insertionFS:5/6:ARHGAP32-001:ENST00000310343.8:6264_2513:ARHGAP32-006:ENST00000392657.3:5217_1466:ARHGAP32-002:ENST00000527272.1:5217_1466:ARHGAP32-005:ENST00000524655.1:2841_2291:ARHGAP32-202:ENST00000457677.2:2865_2315
chr11	129722424	.	T	TC	57.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1255;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9146;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM45B:ENSG00000151715.3:+:insertionFS:2/2:TMEM45B-001:ENST00000281441.3:828_47:TMEM45B-002:ENST00000524567.1:828_47
chr11	129780428	rs113169112	TCTG	T	30.01	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0170;AN=766;BaseQRankSum=3.201;DB;DP=1857;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.2403;InbreedingCoeff=0.2211;MQ=68.69;MQ0=0;MQRankSum=-2.339;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.055;SB=-36.07;SZ=.;TR=25;TU=CTG;VQSLOD=6.9547;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRDM10:ENSG00000170325.10:-:deletionNFS:6/6:PRDM10-005:ENST00000358825.5:3483_3118_1040_NS->S:PRDM10-001:ENST00000360871.3:3471_3106_1036_NS->S:PRDM10-003:ENST00000528746.1:3354_2989_997_NS->S:PRDM10-004:ENST00000304538.6:3072_2707_903_NS->S:PRDM10-006:ENST00000423662.2:3186_2821_941_NS->S:PRDM10-008:ENST00000526082.1:3225_2860_954_NS->S
chr11	129991652	rs3837393	TGAAGAG	T	12938.23	PASS	AA=.;AC=222;AF=0.10745;AN=2066;BaseQRankSum=23.415;DB;DP=5943;DS;FS=3.369;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=31.2352;InbreedingCoeff=0.0738;MQ=66.49;MQ0=3;MQRankSum=4.580;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.384;SB=-5343.25;SZ=.;TR=53;TU=AAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGATG;VQSLOD=6.9207;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APLP2:ENSG00000084234.10:+:deletionNFS:6/8:APLP2-005:ENST00000263574.5:2292_660_220_DEE->D:APLP2-001:ENST00000338167.5:2256_660_220_DEE->D:APLP2-003:ENST00000528499.1:2088_660_220_DEE->D:APLP2-008:ENST00000278756.7:2286_690_230_DEE->D:APLP2-203:ENST00000543137.1:1977_381_127_DEE->D:APLP2-202:ENST00000539648.1:1656_192_64_DEE->D
chr11	130298117	rs72161928	GGCA	G,GGCAGCA	9174.75	PASS	AA=1;AC=359,10;AF=0.9447,0.0263;AN=380;BaseQRankSum=-2.384;DB;DP=328;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=9.1636;InbreedingCoeff=0.3549;MQ=52.04;MQ0=1;MQRankSum=0.919;QD=38.71;ReadPosRankSum=-1.503;SB=-2314.78;SZ=3;TR=25;TU=AGC;VQSLOD=9.2280;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ADAMTS8:ENSG00000134917.8:-:deletionNFS:2/3:ADAMTS8-201:ENST00000414575.1:2757_297_99_AA->A:ADAMTS8-001:ENST00000257359.6:2670_65_22_PL->L,2:ADAMTS8:ENSG00000134917.8:-:insertionNFS:2/3:ADAMTS8-201:ENST00000414575.1:2757_297_99_A->AAA:ADAMTS8-001:ENST00000257359.6:2670_65_22_P->LLP
chr11	130331440	.	G	GT	16.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1096;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.6651;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADAMTS15:ENSG00000166106.2:+:insertionFS:1/1:ADAMTS15-001:ENST00000299164.2:2853_1014
chr11	130716061	.	AC	A	42.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1193;HR=4;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.0819;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-890B15.2:ENSG00000254842.1:-:deletionFS:1/1:RP11-890B15.2-001:ENST00000533812.1:525_493
chr11	131240700	.	TCA	T,TACA	54.43	PASS	AA=0;AC=2,0;AF=0.0043,0.0000;AN=470;DP=1394;DS;HR=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5098;culprit=QD;set=Intersection;VA=2:NTM:ENSG00000182667.8:+:startOverlap:2/6:NTM-002:ENST00000374791.3:1035:NTM-202:ENST00000539799.1:1068
chr11	134093332	.	CAT	C	27.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=1101;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8400;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NCAPD3:ENSG00000151503.7:-:deletionFS:1/2:NCAPD3-006:ENST00000526422.1:114_109
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chr11	134208803	.	ACT	A	90.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1078;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.2100;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP000859.2:ENSG00000257039.1:-:deletionFS:1/1:AP000859.2-201:ENST00000538286.1:384_106
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chr12	990870	.	GTC	G	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=730;BaseQRankSum=1.067;DP=1697;FS=5.224;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.9440;InbreedingCoeff=0.0520;MQ=83.22;MQ0=1;MQRankSum=0.555;QD=0.71;ReadPosRankSum=-1.711;SB=-30.34;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.0924;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WNK1:ENSG00000060237.10:+:deletionFS:6/8:WNK1-001:ENST00000315939.6:7149_3124:WNK1-203:ENST00000530271.2:8643_4618:WNK1-002:ENST00000535572.1:6405_2383:WNK1-205:ENST00000537687.1:7929_3904:WNK1-202:ENST00000340908.4:5928_1903:WNK1-201:ENST00000252477.7:4668_643
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chr12	4736363	.	CG	C	115.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1581;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.8105;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKAP3:ENSG00000111254.2:-:deletionFS:2/2:AKAP3-201:ENST00000228850.1:2562_1705:AKAP3-001:ENST00000545990.1:2562_1705
chr12	4794301	.	TA	T,TAA	578.16	PASS	AA=.;AC=165,107;AF=0.08890,0.05765;AN=1856;BaseQRankSum=5.696;DP=4297;FS=0.000;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=13.3242;InbreedingCoeff=0.2595;MQ=62.76;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=0.26;ReadPosRankSum=-0.236;SB=-697.39;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=7.8930;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NDUFA9:ENSG00000139180.5:+:deletionFS:1/2:NDUFA9-008:ENST00000540688.1:411_50,2:NDUFA9:ENSG00000139180.5:+:insertionFS:1/2:NDUFA9-008:ENST00000540688.1:411_50
chr12	5154455	.	CA	C	13.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=778;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0094;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNA5:ENSG00000130037.3:+:deletionFS:1/1:KCNA5-001:ENST00000252321.3:1842_1142
chr12	6135076	.	CTGG	C	476.62	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0102;AN=488;DP=1394;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.0868;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VWF:ENSG00000110799.7:-:deletionNFS:1/3:VWF-002:ENST00000261405.5:8442_3104_1035_RK->K
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chr12	6573094	.	AG	A	34.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1418;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.2155;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:VAMP1:ENSG00000139190.11:-:deletionFS:1/7:VAMP1-201:ENST00000355479.4:432_420
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chr12	6639950	.	CAG	C	4.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;BaseQRankSum=1.099;DP=1436;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.9378;InbreedingCoeff=0.0817;MQ=75.86;MQ0=1;MQRankSum=0.776;QD=0.59;ReadPosRankSum=0.132;SB=-30.85;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.5597;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NCAPD2:ENSG00000010292.7:+:deletionFS:2/3:NCAPD2-001:ENST00000315579.5:4206_3931:NCAPD2-202:ENST00000545962.1:4071_3796
chr12	6675768	.	TCTC	T	505.02	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00655;AN=1068;BaseQRankSum=4.315;DP=2740;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.9893;InbreedingCoeff=0.0805;MQ=67.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.360;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.771;SB=-330.48;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.9728;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NOP2:ENSG00000111641.6:-:deletionNFS:8/8:NOP2-007:ENST00000322166.5:2439_165_55_RL->L:NOP2-001:ENST00000382421.3:2538_165_55_RL->L:NOP2-002:ENST00000399466.2:2427_165_55_RL->L:NOP2-003:ENST00000537442.1:2439_165_55_RL->L:NOP2-005:ENST00000541778.1:2427_165_55_RL->L:NOP2-004:ENST00000545200.1:1887_165_55_RL->L:NOP2-016:ENST00000540228.1:246_165_55_RL->L:NOP2-015:ENST00000545915.1:246_165_55_RL->L
chr12	6691902	.	TA	T	4.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;BaseQRankSum=0.385;DP=1001;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=14.6729;InbreedingCoeff=0.0089;MQ=63.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.154;QD=1.38;ReadPosRankSum=-0.782;SB=-31.81;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.1069;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHD4:ENSG00000111642.8:-:deletionFS:5/5:CHD4-201:ENST00000309577.6:5823_4333:CHD4-202:ENST00000357008.2:5739_4249:CHD4-002:ENST00000544040.1:5718_4228:CHD4-013:ENST00000544484.1:5814_4324:CHD4-203:ENST00000537464.1:5661_4171
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chr12	6711206	.	GCTT	G	182.28	PASS	AA=0;AC=20;AF=0.01330;AN=1504;BaseQRankSum=3.749;DP=4119;DS;FS=0.924;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.5550;InbreedingCoeff=0.0982;MQ=70.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=1.67;ReadPosRankSum=-0.798;SB=-136.84;SZ=-3;TR=18;TU=CTT;VQSLOD=7.5995;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CHD4:ENSG00000111642.8:-:deletionNFS:5/5:CHD4-201:ENST00000309577.6:5823_358_120_LG->G:CHD4-202:ENST00000357008.2:5739_358_120_LG->G:CHD4-002:ENST00000544040.1:5718_337_113_LG->G:CHD4-013:ENST00000544484.1:5814_349_117_LG->G:CHD4-203:ENST00000537464.1:5661_280_94_LG->G
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chr12	6777069	rs3835029	TTGCTGC	T,TGTGCTGC,TTGC	4863.18	PASS	AA=.;AC=32,8,335;AF=0.01902,0.00476,0.19917;AN=1682;BaseQRankSum=3.902;DB;DP=2465;DS;FS=0.967;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=16.5361;InbreedingCoeff=0.6543;MQ=63.32;MQ0=28;MQRankSum=0.044;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.421;SB=-1075.97;SZ=.;TR=44;TU=CTG;VQSLOD=11.1065;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF384:ENSG00000126746.12:-:deletionNFS:6/8:ZNF384-201:ENST00000319770.3:1503_1314_438_QQP->P:ZNF384-003:ENST00000355772.4:1386_1197_399_QQP->P:ZNF384-004:ENST00000361959.3:1734_1545_515_QQP->P:ZNF384-202:ENST00000396795.1:1551_1362_454_QQP->P:ZNF384-002:ENST00000396799.2:1551_1362_454_QQP->P:ZNF384-001:ENST00000396801.3:1734_1545_515_QQP->P,1:AC125494.1:ENSG00000219410.2:+:deletionNFS:1/1:AC125494.1-201:ENST00000407384.2:420_373_125_LLL->L,2:ZNF384:ENSG00000126746.12:-:insertionFS:6/8:ZNF384-201:ENST00000319770.3:1503_1314:ZNF384-003:ENST00000355772.4:1386_1197:ZNF384-004:ENST00000361959.3:1734_1545:ZNF384-202:ENST00000396795.1:1551_1362:ZNF384-002:ENST00000396799.2:1551_1362:ZNF384-001:ENST00000396801.3:1734_1545,2:AC125494.1:ENSG00000219410.2:+:insertionFS:1/1:AC125494.1-201:ENST00000407384.2:420_373,3:ZNF384:ENSG00000126746.12:-:deletionNFS:6/8:ZNF384-201:ENST00000319770.3:1503_1314_438_QQ->Q:ZNF384-003:ENST00000355772.4:1386_1197_399_QQ->Q:ZNF384-004:ENST00000361959.3:1734_1545_515_QQ->Q:ZNF384-202:ENST00000396795.1:1551_1362_454_QQ->Q:ZNF384-002:ENST00000396799.2:1551_1362_454_QQ->Q:ZNF384-001:ENST00000396801.3:1734_1545_515_QQ->Q,3:AC125494.1:ENSG00000219410.2:+:deletionNFS:1/1:AC125494.1-201:ENST00000407384.2:420_373_125_LL->L
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chr12	6935987	rs72270259	TGGAGGACGA	T	162.06	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0076;AN=396;DB;DP=774;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-9;TR=21;TU=ACGAGGAGG;VQSLOD=5.8430;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR162:ENSG00000250510.2:+:deletionNFS:3/3:GPR162-001:ENST00000428545.2:915_533_178_LEDE->L:GPR162-003:ENST00000311268.3:1767_1385_462_LEDE->L:GPR162-004:ENST00000382315.3:855_473_158_LEDE->L
chr12	6936172	.	TCTC	T	168.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=968;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.6856;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR162:ENSG00000250510.2:+:deletionNFS:3/3:GPR162-001:ENST00000428545.2:915_718_240_SP->S:GPR162-003:ENST00000311268.3:1767_1570_524_SP->S:GPR162-004:ENST00000382315.3:855_658_220_SP->S
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chr12	7045888	.	GCAA	G	1120.13	PASS	AA=.;AC=83;AF=0.07358;AN=1128;BaseQRankSum=8.787;DP=1745;DS;FS=8.863;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.6119;InbreedingCoeff=0.1356;MQ=58.62;MQ0=27;MQRankSum=-2.226;QD=7.04;ReadPosRankSum=-1.791;SB=-619.63;SZ=.;TR=17;TU=AACAGC;VQSLOD=6.2974;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATN1:ENSG00000111676.8:+:deletionNFS:4/4:ATN1-002:ENST00000356654.3:3573_1458_486_QQ->Q:ATN1-001:ENST00000396684.2:3573_1458_486_QQ->Q:ATN1-003:ENST00000544325.1:3573_1458_486_QQ->Q:ATN1-201:ENST00000229279.5:2328_213_71_QQ->Q
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chr12	7047727	.	TGC	T	37.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=962;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.7562;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATN1:ENSG00000111676.8:+:deletionFS:4/4:ATN1-002:ENST00000356654.3:3573_2601:ATN1-001:ENST00000396684.2:3573_2601:ATN1-003:ENST00000544325.1:3573_2601:ATN1-201:ENST00000229279.5:2328_1356
chr12	7069947	.	G	GC	36.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=1178;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.5237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PTPN6:ENSG00000111679.11:+:insertionFS:1/5:PTPN6-202:ENST00000456013.1:1875_1795
chr12	7074876	rs111523336	CTG	C	1306.92	PASS	AA=.;AC=19;AF=0.0203;AN=936;BaseQRankSum=6.605;DB;DP=2577;DS;FS=16.985;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.0972;InbreedingCoeff=0.0002;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=0.656;QD=16.07;ReadPosRankSum=1.653;SB=-552.72;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.2299;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHB2:ENSG00000215021.3:-:deletionFS:1/6:PHB2-201:ENST00000399433.2:900_872
chr12	7091928	.	T	TG	7.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1302;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1682;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LPCAT3:ENSG00000111684.5:-:insertionFS:1/2:LPCAT3-001:ENST00000261407.4:1464_275
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chr12	7244125	.	TGG	T	96.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=831;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.4119;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C1R:ENSG00000159403.9:-:deletionFS:5/5:C1R-003:ENST00000535233.1:1029_154:C1R-001:ENST00000542220.1:1131_154:C1R-004:ENST00000536053.1:1173_196:C1R-201:ENST00000290575.8:2007_196:C1R-202:ENST00000542285.1:1962_151
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chr12	7890075	.	A	AC	17.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1038;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8862;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC4C:ENSG00000198178.6:-:insertionFS:4/4:CLEC4C-004:ENST00000354629.5:549_238:CLEC4C-003:ENST00000360345.3:642_331:CLEC4C-201:ENST00000540085.1:549_238:CLEC4C-001:ENST00000542353.1:642_331
chr12	7947685	.	CGT	C	476.18	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0214;AN=608;BaseQRankSum=4.117;DP=1087;DS;FS=5.896;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.1964;InbreedingCoeff=0.0435;MQ=20.51;MQ0=1265;MQRankSum=-0.785;QD=5.07;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-228.16;SZ=-2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.5330;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NANOG:ENSG00000111704.6:+:deletionFS:2/2:NANOG-001:ENST00000229307.4:918_912:NANOG-002:ENST00000526286.1:870_864
chr12	8200557	.	ACAG	A,ACAGCAG	63.30	PASS	AA=.;AC=23,58;AF=0.0260,0.0656;AN=884;BaseQRankSum=3.844;DP=1618;FS=4.055;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=13.9571;InbreedingCoeff=0.4872;MQ=57.07;MQ0=3;MQRankSum=-2.819;QD=0.14;ReadPosRankSum=-0.768;SB=-3.65;SZ=.;TR=22;TU=AGC;VQSLOD=8.7171;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FOXJ2:ENSG00000065970.4:+:deletionNFS:2/2:FOXJ2-001:ENST00000162391.3:1725_897_299_QQ->Q:FOXJ2-002:ENST00000428177.2:1581_897_299_QQ->Q,2:FOXJ2:ENSG00000065970.4:+:insertionNFS:2/2:FOXJ2-001:ENST00000162391.3:1725_897_299_Q->QQQ:FOXJ2-002:ENST00000428177.2:1581_897_299_Q->QQQ
chr12	8212209	.	TG	T	4	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;BaseQRankSum=1.281;DP=1775;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.4087;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=83.24;MQ0=0;MQRankSum=0.199;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.724;SB=-31.40;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C3AR1:ENSG00000171860.4:-:deletionFS:1/1:C3AR1-001:ENST00000307637.4:1449_573
chr12	8374781	rs71265055	C	CACG,CATG,CG	62478.68	PASS	AA=0;AC=761,4,7;AF=0.44244,0.00233,0.00407;AN=1720;BaseQRankSum=-15.673;DB;DP=3271;DS;FS=39.953;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=24.2691;InbreedingCoeff=0.2129;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-11.253;QD=44.25;ReadPosRankSum=2.430;SB=-297.12;SZ=3;TR=8;TU=ACGT;VQSLOD=5.1358;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM90A1:ENSG00000171847.6:-:insertionNFS:2/2:FAM90A1-001:ENST00000307435.6:1395_1032_344_T->TV:FAM90A1-002:ENST00000538603.1:1395_1032_344_T->TV,2:FAM90A1:ENSG00000171847.6:-:insertionNFS:2/2:FAM90A1-001:ENST00000307435.6:1395_1032_344_T->TM:FAM90A1-002:ENST00000538603.1:1395_1032_344_T->TM,3:FAM90A1:ENSG00000171847.6:-:insertionFS:2/2:FAM90A1-001:ENST00000307435.6:1395_1032:FAM90A1-002:ENST00000538603.1:1395_1032
chr12	8629934	.	GC	G	70.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DP=1487;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=8.1599;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC6A:ENSG00000205846.3:+:deletionFS:1/1:CLEC6A-001:ENST00000382073.3:630_504
chr12	8671613	.	TG	T	129.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1392;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9143;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC4D:ENSG00000166527.3:+:deletionFS:1/1:CLEC4D-001:ENST00000299665.2:648_241
chr12	8800764	.	TA	T	189.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1192;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.9399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MFAP5:ENSG00000197614.5:-:deletionFS:6/6:MFAP5-001:ENST00000359478.2:522_445:MFAP5-003:ENST00000396549.2:492_415:MFAP5-002:ENST00000433590.2:447_370:MFAP5-007:ENST00000535336.1:330_253:MFAP5-201:ENST00000540087.1:492_415:MFAP5-010:ENST00000543369.1:456_379
chr12	8976338	.	CAGA	C	23.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=636;DP=1414;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=6.5005;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:deletionNFS:3/4:A2ML1-001:ENST00000299698.7:4365_269_90_TE->T:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365_269_90_TE->T:A2ML1-201:ENST00000536725.1:2529_269_90_TE->T
chr12	8982338	.	TCA	T	13.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1575;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5380;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:deletionFS:3/4:A2ML1-001:ENST00000299698.7:4365_425:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365_425:A2ML1-201:ENST00000536725.1:2529_425
chr12	8982391	.	GAGA	G	28.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1246;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=AGG;VQSLOD=5.2624;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:spliceOverlap:1/4:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365
chr12	8995924	rs77957210	AAG	A	1719.11	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0457;AN=416;DB;DP=1051;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.8064;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:deletionFS:3/4:A2ML1-001:ENST00000299698.7:4365_1443:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365_1443:A2ML1-201:ENST00000536725.1:2529_1443
chr12	9001397	.	T	TG	16.29	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=408;DP=1051;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.7252;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:insertionFS:4/4:A2ML1-001:ENST00000299698.7:4365_1915:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365_1915:A2ML1-201:ENST00000536725.1:2529_1915:A2ML1-004:ENST00000539547.1:2892_442
chr12	9016562	.	GGC	G	2567.16	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.03097;AN=1324;BaseQRankSum=4.863;DP=2827;DS;FS=3.615;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.5144;InbreedingCoeff=0.0307;MQ=66.07;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=17.23;ReadPosRankSum=1.085;SB=-730.26;SZ=-2;TR=8;TU=GGTT;VQSLOD=7.7850;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2ML1:ENSG00000166535.13:+:deletionFS:3/4:A2ML1-001:ENST00000299698.7:4365_3675:A2ML1-202:ENST00000539161.1:4365_3675:A2ML1-004:ENST00000539547.1:2892_2202
chr12	9098995	rs3217106	G	GAAC	18409.89	PASS	AA=0;AC=220;AF=0.11530;AN=1908;BaseQRankSum=-22.629;DB;DP=4908;DS;FS=1.502;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.0642;InbreedingCoeff=0.2104;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-7.649;QD=32.35;ReadPosRankSum=0.581;SB=-8373.72;SZ=3;TR=3;TU=G;VQSLOD=8.1416;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:M6PR:ENSG00000003056.3:-:insertionNFS:1/1:M6PR-001:ENST00000000412.3:834_6_2_F->LF
chr12	9098998	.	C	CAAG	9652.67	PASS	AA=0;AC=215;AF=0.11175;AN=1924;BaseQRankSum=20.159;DP=4949;FS=0.495;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.9174;InbreedingCoeff=0.1485;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=-5.070;QD=19.46;ReadPosRankSum=1.722;SZ=3;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.2368;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:M6PR:ENSG00000003056.3:-:endOverlap:1/1:M6PR-001:ENST00000000412.3:834
chr12	9258839	.	A	AC	8.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=508;DP=1262;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=4.9241;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2M:ENSG00000175899.9:-:insertionFS:2/2:A2M-201:ENST00000540099.1:4470_1142:A2M-001:ENST00000318602.7:4425_1097
chr12	9346822	.	C	CA	22.43	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=500;DP=1145;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ATCC;VQSLOD=5.8387;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PZP:ENSG00000126838.5:-:insertionFS:2/2:PZP-001:ENST00000261336.2:4449_1105:PZP-201:ENST00000381997.2:3807_712
chr12	9353591	.	C	CA	10.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;DP=1765;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.4300;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PZP:ENSG00000126838.5:-:insertionFS:2/2:PZP-001:ENST00000261336.2:4449_567:PZP-201:ENST00000381997.2:3807_174
chr12	9885707	rs112979434	A	ATAAGT	95631.65	PASS	AA=1;AC=928;AF=0.48536;AN=1912;BaseQRankSum=-38.433;DB;DP=5048;DS;FS=19.728;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.3907;InbreedingCoeff=0.1486;MQ=66.03;MQ0=0;MQRankSum=-17.271;QD=49.37;ReadPosRankSum=5.916;SB=-46102.82;SZ=-5;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.1982;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CLECL1:ENSG00000184293.3:-:insertionFS:1/1:CLECL1-002:ENST00000327839.3:504_154
chr12	9985984	.	TA	T	6.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1458;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.4241;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KLRF1:ENSG00000150045.7:+:deletionFS:2/4:KLRF1-001:ENST00000279544.3:699_270:KLRF1-004:ENST00000537723.1:345_270
chr12	9994445	rs33911869	GTGT	G	117967.57	PASS	AA=1;AC=1892;AF=0.99474;AN=1902;DB;DP=4688;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.2596;InbreedingCoeff=0.0834;MQ=70.08;MQ0=0;QD=42.63;SB=-53955.85;SZ=3;TR=7;TU=GTT;VQSLOD=8.4060;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLRF1:ENSG00000150045.7:+:deletionNFS:2/4:KLRF1-001:ENST00000279544.3:699_372_124_KC->K:KLRF1-006:ENST00000324214.4:549_222_74_KC->K
chr12	9994447	rs33911869	GTT	G,GT	21961.54	PASS	AA=.;AC=1482,162;AF=0.77268,0.08446;AN=1918;BaseQRankSum=20.128;DB;DP=283;DS;FS=16.100;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=34.6984;InbreedingCoeff=0.4674;MQ=70.47;MQ0=0;MQRankSum=-13.410;QD=8.44;ReadPosRankSum=-3.173;SB=-7130.97;SZ=.;TR=7;TU=GTT;VQSLOD=5.4533;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KLRF1:ENSG00000150045.7:+:deletionFS:2/4:KLRF1-001:ENST00000279544.3:699_374:KLRF1-006:ENST00000324214.4:549_224,2:KLRF1:ENSG00000150045.7:+:deletionFS:2/4:KLRF1-001:ENST00000279544.3:699_374:KLRF1-006:ENST00000324214.4:549_224
chr12	10034223	.	TGA	T	582.25	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0121;AN=494;DP=1285;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.8880;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLRF2:ENSG00000256797.1:+:deletionFS:1/1:KLRF2-201:ENST00000535540.1:624_29
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chr12	12630665	rs59897494	TGCACGCTGG	T,TGGGCACGCTGG	6723.01	PASS	AA=0;AC=185,3;AF=0.10657,0.00173;AN=1736;BaseQRankSum=14.289;DB;DP=3764;DS;FS=15.764;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=31.0407;InbreedingCoeff=0.3884;MQ=55.84;MQ0=0;MQRankSum=-8.632;QD=21.83;ReadPosRankSum=0.374;SB=-1722.25;SZ=-9;TR=27;TU=ACGCTGGGC;VQSLOD=7.4319;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DUSP16:ENSG00000111266.4:-:deletionNFS:1/2:DUSP16-001:ENST00000228862.2:1998_1100_367_QPSL->L,2:DUSP16:ENSG00000111266.4:-:insertionFS:1/2:DUSP16-001:ENST00000228862.2:1998_1100
chr12	12630672	rs5796494	TGG	T	228.41	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.0489;AN=838;BaseQRankSum=13.622;DB;DP=1630;DS;FS=24.701;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=17.7196;InbreedingCoeff=0.0969;MQ=54.05;MQ0=1;MQRankSum=-8.932;QD=2.35;ReadPosRankSum=0.221;SB=-191.54;SZ=-2;TR=27;TU=ACGCTGGGC;VQSLOD=4.9539;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DUSP16:ENSG00000111266.4:-:deletionFS:1/2:DUSP16-001:ENST00000228862.2:1998_1093
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chr12	12630681	rs2111269	TGGGC	T	1485.13	PASS	AA=0;AC=84;AF=0.07229;AN=1162;BaseQRankSum=14.690;DB;DP=2223;DS;FS=26.868;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7938;InbreedingCoeff=0.0806;MQ=55.41;MQ0=1;MQRankSum=-10.340;QD=8.49;ReadPosRankSum=7.339;SB=-346.62;SZ=-4;TR=27;TU=ACGCTGGGC;VQSLOD=4.9669;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP16:ENSG00000111266.4:-:deletionFS:1/2:DUSP16-001:ENST00000228862.2:1998_1084
chr12	12674031	.	A	AG	21.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=1533;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.4523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP16:ENSG00000111266.4:-:insertionFS:2/2:DUSP16-001:ENST00000228862.2:1998_2:DUSP16-201:ENST00000298573.4:432_2
chr12	12814716	.	AG	A	65.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=895;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2928;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR19:ENSG00000183150.3:-:deletionFS:2/2:GPR19-201:ENST00000332427.2:1248_667:GPR19-001:ENST00000540510.1:1248_667
chr12	12974190	.	CCTTTG	C	169.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1136;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-5;TR=11;TU=CTTTG;VQSLOD=6.3860;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX47:ENSG00000213782.3:+:deletionFS:2/2:DDX47-002:ENST00000352940.4:1221_230:DDX47-001:ENST00000358007.3:1368_230
chr12	13061364	.	AG	A	8.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=702;DP=1986;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPRC5A:ENSG00000013588.5:+:deletionFS:1/1:GPRC5A-001:ENST00000014914.5:1074_181
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chr12	16347340	.	A	AG,AGAG	591.93	PASS	AA=0;AC=0,5;AF=0.0000,0.0116;AN=432;DP=1188;HR=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=13;TU=AAG;VQSLOD=6.3094;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC15A5:ENSG00000188991.3:-:insertionFS:1/1:SLC15A5-001:ENST00000344941.3:1740_1531,2:SLC15A5:ENSG00000188991.3:-:insertionNFS:1/1:SLC15A5-001:ENST00000344941.3:1740_1531_511_F->LF
chr12	16510581	rs4149213	GAA	G	5.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DB;DP=1489;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.9706;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MGST1:ENSG00000008394.7:+:deletionFS:5/6:MGST1-004:ENST00000535309.1:264_169:MGST1-002:ENST00000010404.2:468_169:MGST1-201:ENST00000396207.1:468_169:MGST1-202:ENST00000396209.1:468_169:MGST1-203:ENST00000396210.3:468_169
chr12	18234171	.	G	GC	161.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=498;DP=1131;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.3320;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RERGL:ENSG00000111404.2:-:insertionFS:2/3:RERGL-002:ENST00000538724.1:615_569:RERGL-001:ENST00000229002.2:618_572
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chr12	18238616	.	TATAG	T	306.91	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0133;AN=450;BaseQRankSum=3.665;DP=931;FS=4.754;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.5880;InbreedingCoeff=0.0122;MQ=62.20;MQ0=0;MQRankSum=0.884;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.547;SB=-150.60;SZ=-4;TR=10;TU=AGAT;VQSLOD=7.5845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RERGL:ENSG00000111404.2:-:deletionFS:3/3:RERGL-002:ENST00000538724.1:615_121:RERGL-001:ENST00000229002.2:618_124:RERGL-003:ENST00000536890.1:189_121
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chr12	18435398	rs35277916	GCCC	G	37242.58	PASS	AA=0;AC=547;AF=0.26657;AN=2052;BaseQRankSum=35.097;DB;DP=4748;DS;FS=6.871;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=18.1553;InbreedingCoeff=0.1486;MQ=73.12;MQ0=0;MQRankSum=-7.750;QD=28.78;ReadPosRankSum=2.244;SB=-17038.25;SZ=-3;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.7451;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PIK3C2G:ENSG00000139144.5:+:deletionNFS:4/4:PIK3C2G-002:ENST00000266497.5:4338_383_128_SP->S:PIK3C2G-201:ENST00000433979.1:4338_383_128_SP->S:PIK3C2G-202:ENST00000538779.1:4461_383_128_SP->S:PIK3C2G-004:ENST00000535651.1:1752_383_128_SP->S
chr12	18852853	.	G	GA	48.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=873;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.9086;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCZ1:ENSG00000139151.10:-:insertionFS:6/7:PLCZ1-001:ENST00000266505.7:1827_1049:PLCZ1-004:ENST00000539875.1:1248_470:PLCZ1-201:ENST00000435379.1:1242_464:PLCZ1-202:ENST00000447925.2:1821_1043:PLCZ1-002:ENST00000538330.1:1173_395:PLCZ1-203:ENST00000541695.1:1212_638
chr12	18854540	rs10589202	ATCCTCCTCCTCC	A,ATCC,ATCCTCC,ATCCTCCTCC	612.49	PASS	AA=.;AC=125,106,9,10;AF=0.2867,0.2431,0.0206,0.0229;AN=436;BaseQRankSum=0.802;DB;DP=732;FS=25.594;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=25.3836;InbreedingCoeff=0.8533;MQ=62.73;MQ0=7;MQRankSum=2.306;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.625;SB=-132.35;SZ=.;TR=47;TU=CCT;VQSLOD=9.5960;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PLCZ1:ENSG00000139151.10:-:deletionNFS:1/7:PLCZ1-002:ENST00000538330.1:1173_258_86_DKFKE->E,2:PLCZ1:ENSG00000139151.10:-:deletionNFS:1/7:PLCZ1-002:ENST00000538330.1:1173_258_86_DKFK->K,3:PLCZ1:ENSG00000139151.10:-:deletionNFS:1/7:PLCZ1-002:ENST00000538330.1:1173_258_86_DKF->F,4:PLCZ1:ENSG00000139151.10:-:deletionNFS:1/7:PLCZ1-002:ENST00000538330.1:1173_258_86_DK->K
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chr12	19408026	.	G	GA	28.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1057;DS;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9601;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLEKHA5:ENSG00000052126.9:+:insertionFS:11/13:PLEKHA5-002:ENST00000299275.6:3351_359:PLEKHA5-202:ENST00000317589.4:3540_359:PLEKHA5-001:ENST00000355397.3:3525_359:PLEKHA5-203:ENST00000359180.3:3183_359:PLEKHA5-004:ENST00000429027.2:3849_359:PLEKHA5-206:ENST00000538714.1:3525_359:PLEKHA5-208:ENST00000542828.1:3552_359:PLEKHA5-201:ENST00000309364.4:1953_359:PLEKHA5-204:ENST00000412219.2:960_359:PLEKHA5-205:ENST00000424268.1:3318_35:PLEKHA5-209:ENST00000543806.1:3297_35
chr12	19441011	rs72465960	CAAAAAAAAAAA	C,CAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAA,CAAAAAAAAAAAA	876.22	PASS	AA=.;AC=211,69,105,410;AF=0.14755,0.04825,0.07343,0.28671;AN=1430;BaseQRankSum=1.153;DB;DP=2227;DS;FS=49.512;HR=20;HU=A;HaplotypeScore=26.2902;InbreedingCoeff=0.7573;MQ=53.48;MQ0=78;MQRankSum=-2.628;QD=0.87;ReadPosRankSum=1.537;SB=-989.89;SZ=.;TR=20;TU=A;VQSLOD=6.7674;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLEKHA5:ENSG00000052126.9:+:spliceOverlap:1/13:PLEKHA5-204:ENST00000412219.2:960,2:PLEKHA5:ENSG00000052126.9:+:spliceOverlap:1/13:PLEKHA5-204:ENST00000412219.2:960,3:PLEKHA5:ENSG00000052126.9:+:spliceOverlap:1/13:PLEKHA5-204:ENST00000412219.2:960,4:PLEKHA5:ENSG00000052126.9:+:spliceOverlap:1/13:PLEKHA5-204:ENST00000412219.2:960
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chr12	21172196	.	ATTGTAT	A	128.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=702;BaseQRankSum=2.738;DP=1591;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=13;SZ=-6;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-545J16.2:ENSG00000205754.4:+:deletionNFS:1/2:RP11-545J16.2-001:ENST00000421593.2:1923_100_34_IVF->I
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chr12	21377659	.	GA	G	26.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=706;DP=1343;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;SZ=-1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=5.3635;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLCO1B1:ENSG00000134538.2:+:deletionFS:1/1:SLCO1B1-001:ENST00000256958.2:2076_1751
chr12	21428238	.	AAATAAT	A	68.66	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0059;AN=340;DP=798;DS;HR=6;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=16;TU=AAT;VQSLOD=5.0800;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLCO1A2:ENSG00000084453.12:-:deletionNFS:1/5:SLCO1A2-201:ENST00000390670.3:1740_1725_575_FFI->I
chr12	21457401	.	TA	T	53.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=690;DP=1395;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AT;VQSLOD=7.1724;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLCO1A2:ENSG00000084453.12:-:deletionFS:5/5:SLCO1A2-001:ENST00000307378.6:2013_549:SLCO1A2-202:ENST00000452078.1:2013_549:SLCO1A2-002:ENST00000458504.1:1617_153:SLCO1A2-203:ENST00000537524.1:1617_153:SLCO1A2-201:ENST00000390670.3:1740_543
chr12	21615008	.	C	CT	73.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=542;DP=1149;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.1579;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PYROXD1:ENSG00000121350.10:+:insertionFS:3/4:PYROXD1-001:ENST00000240651.9:1503_947:PYROXD1-005:ENST00000538582.1:1290_734:PYROXD1-002:ENST00000536935.1:621_65
chr12	21799886	.	T	TC	9.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DP=1223;HR=2;HRun=2;HU=C;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2872;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LDHB:ENSG00000111716.8:-:insertionFS:2/2:LDHB-001:ENST00000350669.1:1005_194:LDHB-002:ENST00000396076.1:1005_194
chr12	21799950	.	ACT	A	74.48	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0115;AN=348;DP=1005;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.2689;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LDHB:ENSG00000111716.8:-:spliceOverlap:2/2:LDHB-001:ENST00000350669.1:1005:LDHB-002:ENST00000396076.1:1005
chr12	21997711	.	C	CA	4.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;BaseQRankSum=2.197;DP=1252;FS=1.889;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=14.3055;InbreedingCoeff=0.0430;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-1.867;QD=0.69;ReadPosRankSum=-1.137;SB=-4.45;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.5812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCC9:ENSG00000069431.6:-:insertionFS:3/5:ABCC9-001:ENST00000261200.4:4650_3235:ABCC9-002:ENST00000261201.4:4650_3235:ABCC9-201:ENST00000345162.2:4542_3127
chr12	22015983	.	TTC	T	26.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=342;DP=908;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.0698;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCC9:ENSG00000069431.6:-:deletionFS:3/5:ABCC9-001:ENST00000261200.4:4650_2243:ABCC9-002:ENST00000261201.4:4650_2243:ABCC9-201:ENST00000345162.2:4542_2135
chr12	22606870	.	AT	A	6.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=925;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6413;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:deletionFS:7/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_2831:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_2957:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_2984:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_2990:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_2984:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_2993:KIAA0528-201:ENST00000544930.1:2571_2399
chr12	22610036	.	GAGC	G	9.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=306;DP=814;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9948;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:deletionNFS:7/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_2593_865_PP->P:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_2719_907_PP->P:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_2746_916_PP->P:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_2752_918_PP->P:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_2746_916_PP->P:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_2755_919_PP->P:KIAA0528-201:ENST00000544930.1:2571_2161_721_PP->P
chr12	22625275	.	TA	T,TAA	4.37	PASS	AA=0;AC=1,0;AF=0.0030,0.0000;AN=328;BaseQRankSum=1.944;DP=828;FS=0.000;HR=4;HU=A;HaplotypeScore=10.9438;InbreedingCoeff=0.2270;MQ=63.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.978;QD=1.09;ReadPosRankSum=-0.200;SB=-31.59;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.0820;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:deletionFS:7/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_2114:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_2087:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_2114:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_2120:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_2114:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_2153:KIAA0528-201:ENST00000544930.1:2571_1559,2:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:insertionFS:7/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_2114:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_2087:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_2114:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_2120:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_2114:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_2153:KIAA0528-201:ENST00000544930.1:2571_1559
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chr12	22677475	.	A	AT	18.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1161;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9789;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:insertionFS:6/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_532:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_532:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_532:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_532:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_532:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_532
chr12	22688268	.	C	CG	16.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1059;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0528:ENSG00000111731.8:-:insertionFS:6/7:KIAA0528-001:ENST00000333957.4:3003_101:KIAA0528-006:ENST00000396028.2:3129_101:KIAA0528-003:ENST00000446597.1:3156_101:KIAA0528-005:ENST00000536386.1:3162_101:KIAA0528-002:ENST00000542676.1:3156_101:KIAA0528-007:ENST00000545552.1:3165_101
chr12	22796931	.	C	CA	12.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=558;DP=1175;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.7554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ETNK1:ENSG00000139163.8:+:insertionFS:3/3:ETNK1-001:ENST00000266517.3:1359_658:ETNK1-201:ENST00000381409.4:1305_658:ETNK1-002:ENST00000335148.3:777_658
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chr12	29920971	.	AG	A	4.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;BaseQRankSum=2.380;DP=1550;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=10.0144;InbreedingCoeff=0.0349;MQ=81.19;MQ0=1;MQRankSum=1.404;QD=0.59;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-29.08;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.7886;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMTC1:ENSG00000133687.9:-:deletionFS:3/5:TMTC1-204:ENST00000539277.1:2649_340:TMTC1-201:ENST00000256062.4:2325_16:TMTC1-203:ENST00000381224.2:1725_16
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chr12	47170721	.	CA	C	7.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=712;DP=1335;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC38A4:ENSG00000139209.9:-:deletionFS:2/3:SLC38A4-201:ENST00000266579.3:1644_1140:SLC38A4-203:ENST00000447411.1:1644_1140
chr12	48057347	.	CTA	C	18.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=897;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5149;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPAP3:ENSG00000005175.4:-:deletionFS:3/3:RPAP3-201:ENST00000005386.2:1998_1939:RPAP3-202:ENST00000380650.3:1896_1837:RPAP3-203:ENST00000432584.2:1521_1462
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chr12	49332342	.	AG	A	27.91	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=456;DP=958;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.8040;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC073610.1:ENSG00000224453.2:-:deletionFS:1/1:AC073610.1-201:ENST00000456304.2:402_133
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chr12	49332449	.	G	GGT	6192.87	PASS	AA=0;AC=552;AF=0.28454;AN=1940;BaseQRankSum=23.442;DP=4004;FS=8.417;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.4024;InbreedingCoeff=-0.0069;MQ=83.42;MQ0=1;MQRankSum=-0.877;QD=7.38;ReadPosRankSum=2.482;SZ=2;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.8817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC073610.1:ENSG00000224453.2:-:insertionFS:1/1:AC073610.1-201:ENST00000456304.2:402_26
chr12	49332451	rs3209193	T	TGA	29605.08	PASS	AA=0;AC=670;AF=0.35944;AN=1864;BaseQRankSum=-23.545;DB;DP=3941;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=12.3672;InbreedingCoeff=0.1644;MQ=84.31;MQ0=1;MQRankSum=0.893;QD=22.26;ReadPosRankSum=-1.661;SB=-13586.51;SZ=2;TR=11;TU=AG;VQSLOD=9.0069;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC073610.1:ENSG00000224453.2:-:insertionFS:1/1:AC073610.1-201:ENST00000456304.2:402_24
chr12	49332462	rs35516122	G	GA	2856.13	PASS	AA=0;AC=408;AF=0.20988;AN=1944;BaseQRankSum=24.366;DB;DP=4060;DS;FS=19.967;HR=4;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.3499;InbreedingCoeff=0.0901;MQ=76.39;MQ0=0;MQRankSum=1.626;QD=3.45;ReadPosRankSum=4.538;SB=-1504.12;SZ=1;TR=11;TU=AG;VQSLOD=5.3421;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC073610.1:ENSG00000224453.2:-:insertionFS:1/1:AC073610.1-201:ENST00000456304.2:402_13
chr12	49396964	.	G	GTC	56.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1863;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.2587;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRKAG1:ENSG00000181929.5:-:insertionFS:2/2:PRKAG1-201:ENST00000316299.4:996_851:PRKAG1-202:ENST00000395170.3:744_599
chr12	49426729	.	AGCT	A	88.65	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0144;AN=834;BaseQRankSum=3.367;DP=2195;DS;FS=3.300;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.8828;InbreedingCoeff=0.2046;MQ=56.20;MQ0=0;MQRankSum=-2.081;QD=2.11;ReadPosRankSum=-0.501;SB=-9.90;SZ=.;TR=22;TU=CTG;VQSLOD=7.7696;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MLL2:ENSG00000167548.9:-:deletionNFS:1/2:MLL2-001:ENST00000301067.6:16614_11759_3920_LQ->Q
chr12	49426905	.	T	TTGC	56.06	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0026;AN=390;DP=1082;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=6.3477;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MLL2:ENSG00000167548.9:-:insertionNFS:1/2:MLL2-001:ENST00000301067.6:16614_11583_3861_Q->QQ
chr12	49427265	.	TTGC	T,TTGCTGC	53.37	PASS	AA=.;AC=6,13;AF=0.0152,0.0328;AN=396;DP=949;DS;HR=2;HU=T;SZ=.;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=7.3622;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MLL2:ENSG00000167548.9:-:deletionNFS:2/2:MLL2-001:ENST00000301067.6:16614_11223_3741_QQ->Q:MLL2-201:ENST00000538773.1:474_183_61_QQ->Q,2:MLL2:ENSG00000167548.9:-:insertionNFS:2/2:MLL2-001:ENST00000301067.6:16614_11223_3741_Q->QQQ:MLL2-201:ENST00000538773.1:474_183_61_Q->QQQ
chr12	49495320	.	GCA	G	11.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1389;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.7139;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMBR1L:ENSG00000139636.10:-:deletionFS:2/3:LMBR1L-001:ENST00000267102.8:1470_943:LMBR1L-201:ENST00000395141.4:1455_928
chr12	49667057	.	TTTTG	T	824.59	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00567;AN=1586;BaseQRankSum=4.444;DP=5169;DS;FS=2.753;HR=5;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=32.2913;InbreedingCoeff=0.0519;MQ=68.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.860;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.342;SB=-469.37;SZ=-4;TR=5;TU=T;VQSLOD=7.1945;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUBA1C:ENSG00000167553.8:+:deletionFS:1/3:TUBA1C-202:ENST00000321665.5:981_922
chr12	49724077	.	GCATAACTC	G	305.77	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=468;DP=1322;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-8;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.6267;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TROAP:ENSG00000135451.7:+:deletionFS:1/2:TROAP-201:ENST00000257909.2:2337_1449
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chr12	49863340	.	A	AG	1161.56	PASS	AA=.;AC=65;AF=0.04584;AN=1418;BaseQRankSum=1.095;DP=2880;FS=8.570;HR=22;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.6608;InbreedingCoeff=0.0654;MQ=49.18;MQ0=76;MQRankSum=3.532;QD=4.94;ReadPosRankSum=2.235;SB=-754.02;SZ=.;TR=22;TU=A;VQSLOD=5.6099;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPATS2:ENSG00000123352.10:+:insertionFS:1/2:SPATS2-202:ENST00000395063.2:1638_21
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chr12	49993453	.	AT	A	203.88	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0074;AN=408;DP=1277;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=8.2418;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM186B:ENSG00000135436.3:-:deletionFS:2/2:FAM186B-001:ENST00000257894.2:2682_1970:FAM186B-201:ENST00000544141.1:2346_1700
chr12	49993819	.	AC	A	267.10	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0103;AN=484;DP=1125;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.3114;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM186B:ENSG00000135436.3:-:deletionFS:2/2:FAM186B-001:ENST00000257894.2:2682_1604:FAM186B-201:ENST00000544141.1:2346_1334
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chr12	50749738	.	CAT	C	761.96	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0137;AN=510;DP=1490;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.8989;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM186A:ENSG00000185958.5:-:deletionFS:2/3:FAM186A-001:ENST00000543111.1:7047_877:FAM186A-002:ENST00000327337.5:7056_877
chr12	50757073	.	G	GT	209.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=548;DP=1242;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.6690;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM186A:ENSG00000185958.5:-:insertionFS:2/3:FAM186A-001:ENST00000543111.1:7047_267:FAM186A-002:ENST00000327337.5:7056_267
chr12	50821663	.	TAGC	T	63.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1115;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.8838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LARP4:ENSG00000161813.13:+:deletionNFS:8/10:LARP4-201:ENST00000293618.8:1962_137_46_IA->I:LARP4-001:ENST00000347328.5:1962_137_46_IA->I:LARP4-002:ENST00000398473.2:2175_137_46_IA->I:LARP4-203:ENST00000429001.2:2193_137_46_IA->I:LARP4-003:ENST00000518444.1:2172_134_45_IA->I:LARP4-005:ENST00000520064.1:1818_134_45_IA->I:LARP4-004:ENST00000522085.1:1338_137_46_IA->I:LARP4-202:ENST00000398464.3:1125_137_46_IA->I
chr12	50860865	.	A	AT	17.52	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1393;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9601;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LARP4:ENSG00000161813.13:+:insertionFS:6/10:LARP4-201:ENST00000293618.8:1962_1294:LARP4-001:ENST00000347328.5:1962_1294:LARP4-002:ENST00000398473.2:2175_1507:LARP4-203:ENST00000429001.2:2193_1525:LARP4-003:ENST00000518444.1:2172_1504:LARP4-005:ENST00000520064.1:1818_1210
chr12	51054095	.	ACCT	A	83.92	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=648;DP=1444;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=-47.59;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.1966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DIP2B:ENSG00000066084.6:+:deletionNFS:2/2:DIP2B-201:ENST00000301180.4:4731_420_140_TP->T:DIP2B-202:ENST00000455310.1:1179_450_150_TP->T
chr12	51089120	.	T	TC	7.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1393;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1267;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DIP2B:ENSG00000066084.6:+:insertionFS:1/2:DIP2B-201:ENST00000301180.4:4731_1790
chr12	51354841	.	TGA	T	189.90	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0084;AN=476;DP=1391;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.8748;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HIGD1C:ENSG00000214511.2:+:deletionFS:1/1:HIGD1C-201:ENST00000398455.2:294_185
chr12	51723598	rs60311818	A	AG	15100.66	PASS	AA=0;AC=281;AF=0.15124;AN=1858;BaseQRankSum=-17.502;DB;DP=4142;DS;FS=2.295;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=11.3369;InbreedingCoeff=0.1369;MQ=69.52;MQ0=0;MQRankSum=2.575;QD=17.26;ReadPosRankSum=-1.069;SB=-7064.03;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=9.3529;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CELA1:ENSG00000139610.1:-:insertionFS:1/1:CELA1-001:ENST00000293636.1:777_629
chr12	51723603	.	G	GC	1255.75	PASS	AA=0;AC=150;AF=0.10870;AN=1380;BaseQRankSum=27.237;DP=3114;DS;FS=14.705;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=13.4610;InbreedingCoeff=0.1284;MQ=71.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.744;QD=2.18;ReadPosRankSum=2.039;SB=-1098.53;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4594;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CELA1:ENSG00000139610.1:-:insertionFS:1/1:CELA1-001:ENST00000293636.1:777_624
chr12	51735071	.	AG	A	113.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0060;AN=502;DP=1315;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SB=-41.65;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.7702;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CELA1:ENSG00000139610.1:-:deletionFS:1/1:CELA1-001:ENST00000293636.1:777_420
chr12	51751177	.	T	TC	5.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;BaseQRankSum=1.556;DP=1339;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=12.5740;InbreedingCoeff=0.1087;MQ=70.72;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.771;SB=-32.47;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.7364;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GALNT6:ENSG00000139629.9:-:insertionFS:3/3:GALNT6-201:ENST00000356317.2:1869_1558:GALNT6-202:ENST00000543196.1:1869_1558:GALNT6-203:ENST00000546163.1:1812_1501
chr12	52201212	.	AGAG	A	62.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1459;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.8083;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SCN8A:ENSG00000196876.5:+:endOverlap:3/4:SCN8A-201:ENST00000354534.4:5943:SCN8A-204:ENST00000545061.1:5820:SCN8A-202:ENST00000355133.2:5682
chr12	52284539	.	T	TGGCCCA	239.62	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0047;AN=644;BaseQRankSum=-1.442;DP=1172;FS=1.690;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.2615;InbreedingCoeff=0.2477;MQ=69.05;MQ0=0;MQRankSum=-1.897;QD=18.43;ReadPosRankSum=-1.067;SB=-115.18;SZ=6;TR=26;TU=AGGCCC;VQSLOD=7.3902;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ANKRD33:ENSG00000167612.7:+:insertionNFS:3/3:ANKRD33-202:ENST00000340970.3:819_434_145_V->VAQ:ANKRD33-203:ENST00000538991.1:612_227_76_V->VAQ:ANKRD33-201:ENST00000301190.5:1359_809_270_V->VAQ
chr12	52370208	.	CATT	C	105.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1267;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=13;TU=ATC;VQSLOD=6.3111;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACVR1B:ENSG00000135503.5:+:deletionNFS:5/5:ACVR1B-002:ENST00000257963.4:1518_429_143_II->I:ACVR1B-004:ENST00000541224.1:1641_429_143_II->I:ACVR1B-005:ENST00000426655.2:1431_429_143_II->I:ACVR1B-201:ENST00000415850.1:1464_429_143_II->I:ACVR1B-001:ENST00000542485.1:1362_273_91_II->I
chr12	52565298	.	TGG	T	8.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=662;DP=1104;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4464;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT80:ENSG00000167767.9:-:deletionFS:1/2:KRT80-002:ENST00000394815.2:1359_1243
chr12	52629031	.	CA	C	15.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1107;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.8441;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT7:ENSG00000135480.7:+:deletionFS:3/3:KRT7-203:ENST00000543899.1:1209_417:KRT7-201:ENST00000331817.4:1410_417:KRT7-202:ENST00000422319.2:1338_345
chr12	52629088	.	T	TG	5.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=590;DP=1298;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.6400;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT7:ENSG00000135480.7:+:insertionFS:3/3:KRT7-203:ENST00000543899.1:1209_474:KRT7-201:ENST00000331817.4:1410_474:KRT7-202:ENST00000422319.2:1338_402
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chr12	52681496	.	TCTC	T	305.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1456;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.7811;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT81:ENSG00000205426.4:-:deletionNFS:2/2:KRT81-001:ENST00000327741.4:1518_910_304_MK->K:KRT81-201:ENST00000389388.2:1455_910_304_MK->K
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chr12	53009994	.	C	CG	5.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1148;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2070;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT73:ENSG00000186049.3:-:insertionFS:1/1:KRT73-201:ENST00000305748.2:1623_618
chr12	53045600	.	ACTG	A	691.77	PASS	AA=.;AC=37;AF=0.03491;AN=1060;BaseQRankSum=8.135;DP=1899;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.1913;InbreedingCoeff=-0.0069;MQ=54.50;MQ0=0;MQRankSum=-5.637;QD=5.88;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-211.10;SZ=.;TR=11;TU=ACC;VQSLOD=5.3285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT2:ENSG00000172867.2:-:deletionNFS:1/1:KRT2-201:ENST00000309680.2:1920_327_109_SG->G
chr12	53069311	rs58193503	GAGCCATAGCTGCTACCTCCAGAGCCGT	G	604.95	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0051;AN=394;DB;DP=624;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-27;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6852;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT1:ENSG00000167768.3:-:deletionNFS:1/1:KRT1-201:ENST00000252244.3:1935_1601_534_SGGGSYGSGG->G
chr12	53086337	.	T	TC	278.23	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0222;AN=586;DP=1294;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.7021;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KRT77:ENSG00000189182.4:-:insertionFS:2/2:KRT77-201:ENST00000341809.3:1737_1295:KRT77-202:ENST00000537195.1:1038_596
chr12	53086539	.	C	CT	393.34	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0120;AN=418;DP=1220;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.0433;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT77:ENSG00000189182.4:-:insertionFS:2/2:KRT77-201:ENST00000341809.3:1737_1206:KRT77-202:ENST00000537195.1:1038_507
chr12	53091466	.	TTGC	T	36.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1729;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2064;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT77:ENSG00000189182.4:-:deletionNFS:2/2:KRT77-201:ENST00000341809.3:1737_758_253_KY->Y:KRT77-202:ENST00000537195.1:1038_59_20_KY->Y
chr12	53207583	rs71092788	C	CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGC,CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCA,CCACCAAAGCCACCAGTGCCGAAACCAGCT,CCGG	97777.44	PASS	AA=.;AC=234,71,1006,54;AF=0.13684,0.04152,0.58830,0.03158;AN=1710;BaseQRankSum=6.328;DB;DP=3073;DS;FS=3.103;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=74.4844;InbreedingCoeff=0.6142;MQ=60.85;MQ0=0;MQRankSum=-10.208;QD=67.11;ReadPosRankSum=1.457;SB=-33103.85;SZ=.;TR=9;TU=ACC;VQSLOD=7.1087;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:KRT4:ENSG00000170477.7:-:insertionFS:2/2:KRT4-201:ENST00000293774.4:1785_482:KRT4-202:ENST00000458244.2:1503_200,2:KRT4:ENSG00000170477.7:-:insertionFS:2/2:KRT4-201:ENST00000293774.4:1785_482:KRT4-202:ENST00000458244.2:1503_200,3:KRT4:ENSG00000170477.7:-:insertionFS:2/2:KRT4-201:ENST00000293774.4:1785_482:KRT4-202:ENST00000458244.2:1503_200,4:KRT4:ENSG00000170477.7:-:insertionNFS:2/2:KRT4-201:ENST00000293774.4:1785_482_161_G->AG:KRT4-202:ENST00000458244.2:1503_200_67_G->AG
chr12	53207602	.	C	CG	4744.07	PASS	AA=.;AC=185;AF=0.13543;AN=1366;BaseQRankSum=15.822;DP=2956;DS;FS=5.043;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.5287;InbreedingCoeff=-0.0637;MQ=48.30;MQ0=0;MQRankSum=-9.531;QD=7.84;ReadPosRankSum=-1.216;SB=-2219.84;SZ=.;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.0419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRT4:ENSG00000170477.7:-:insertionFS:2/2:KRT4-201:ENST00000293774.4:1785_463:KRT4-202:ENST00000458244.2:1503_181
chr12	53242597	.	TCCTGCTGCTGAAGCCGCC	T	579.70	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0103;AN=584;BaseQRankSum=3.587;DP=952;FS=2.149;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=39.5154;InbreedingCoeff=0.1504;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.551;QD=41.41;ReadPosRankSum=0.895;SB=-261.95;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7526;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KRT78:ENSG00000170423.6:-:deletionNFS:1/3:KRT78-201:ENST00000304620.4:1563_118_40_SLNSFGG->G
chr12	53460140	.	ATCCTCT	A	261.06	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0030;AN=334;DP=904;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=23;TU=CCTCTT;VQSLOD=6.4117;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SPRYD3:ENSG00000167778.3:-:deletionNFS:1/2:SPRYD3-201:ENST00000301463.3:1329_1152_384_DGE->E
chr12	53585394	.	GGC	G	5.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1453;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITGB7:ENSG00000139626.7:-:deletionFS:3/4:ITGB7-201:ENST00000267082.3:2397_2343:ITGB7-202:ENST00000338737.4:1953_1899:ITGB7-203:ENST00000422257.2:1881_1827
chr12	53613789	.	G	GC	31.84	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0215;AN=186;DP=220;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=CCG;VQSLOD=5.6730;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RARG:ENSG00000172819.9:-:insertionFS:2/6:RARG-205:ENST00000543726.1:1299_212:RARG-202:ENST00000338561.4:1332_96
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chr12	53837277	.	GTCC	G	208.76	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0039;AN=774;BaseQRankSum=2.468;DP=993;FS=10.635;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=9.8250;InbreedingCoeff=0.0621;MQ=39.94;MQ0=506;MQRankSum=2.127;QD=9.94;ReadPosRankSum=-0.090;SB=-77.99;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=5.4356;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRR13:ENSG00000205352.5:+:deletionNFS:1/2:PRR13-202:ENST00000429243.1:447_122_41_CP->C
chr12	53898206	.	CCT	C	46.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1133;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.7061;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TARBP2:ENSG00000139546.4:+:deletionFS:3/3:TARBP2-201:ENST00000266987.1:1101_448:TARBP2-202:ENST00000394357.1:1038_385:TARBP2-203:ENST00000456234.1:1038_385
chr12	53928439	.	ACCT	A	31.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1270;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.4683;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATF7:ENSG00000170653.11:-:deletionNFS:4/5:ATF7-202:ENST00000328463.7:1485_440_147_VT->T:ATF7-203:ENST00000415113.1:1389_344_115_VT->T:ATF7-204:ENST00000420353.1:1452_407_136_VT->T:ATF7-205:ENST00000456903.2:681_122_41_VT->T
chr12	54106586	.	GGAGA	G	96.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;DP=1405;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=7;TU=AG;VQSLOD=6.3372;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CALCOCO1:ENSG00000012822.7:-:deletionFS:1/5:CALCOCO1-202:ENST00000342760.4:1179_974
chr12	54332733	rs34421542	C	CTTA	154.01	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0073;AN=686;BaseQRankSum=-2.560;DB;DP=1032;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=12.5985;InbreedingCoeff=0.0583;MQ=60.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.680;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.107;SB=-88.16;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1895;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HOXC13:ENSG00000123364.2:+:insertionNFS:1/1:HOXC13-001:ENST00000243056.2:993_43_15_L->LI
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chr12	54676986	.	ACGGAGG	A	282.41	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0159;AN=440;DP=912;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-6;TR=15;TU=AGGCGG;VQSLOD=6.3883;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPA1:ENSG00000135486.10:+:deletionNFS:1/3:HNRNPA1-202:ENST00000340913.5:1119_875_292_NGG->N
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chr12	55641345	.	TACA	T	291.13	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0054;AN=740;BaseQRankSum=3.606;DP=2358;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=29.7701;InbreedingCoeff=-0.0043;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.179;QD=10.59;ReadPosRankSum=1.443;SB=-163.38;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.3261;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6C74:ENSG00000197706.3:+:deletionNFS:1/1:OR6C74-001:ENST00000343870.4:939_274_92_YN->Y
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chr12	55794393	.	CTTT	C	293.64	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0113;AN=442;DP=1188;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.7991;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6C65:ENSG00000205328.2:+:deletionNFS:1/1:OR6C65-201:ENST00000379665.2:939_81_27_FF->F
chr12	55805996	.	AT	A,ATT	682.51	PASS	AA=0;AC=18,1;AF=0.0425,0.0024;AN=424;DP=896;DS;HR=7;HU=T;SZ=-1;TR=7;TU=T;VQSLOD=7.2058;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PHC1B:ENSG00000179899.6:-:deletionFS:4/4:PHC1B-201:ENST00000326184.6:3015_2525:PHC1B-202:ENST00000379664.4:2880_2390:PHC1B-203:ENST00000539230.1:1833_1343:PHC1B-204:ENST00000541780.1:492_2,2:PHC1B:ENSG00000179899.6:-:endOverlap:1/4:PHC1B-204:ENST00000541780.1:492,2:PHC1B:ENSG00000179899.6:-:insertionFS:3/4:PHC1B-201:ENST00000326184.6:3015_2525:PHC1B-202:ENST00000379664.4:2880_2390:PHC1B-203:ENST00000539230.1:1833_1343
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chr12	55820902	rs58396798	C	CT	1863.28	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0565;AN=478;BaseQRankSum=-7.685;DB;DP=1193;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.1551;InbreedingCoeff=0.0567;MQ=71.67;MQ0=0;MQRankSum=0.557;QD=15.66;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-852.29;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.6555;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR6C76:ENSG00000185821.3:+:insertionFS:1/1:OR6C76-201:ENST00000328314.3:939_865
chr12	55820958	rs57387180	CAA	C,CA,CAAA	10629.06	PASS	AA=.;AC=35,390,206;AF=0.01829,0.20376,0.10763;AN=1914;BaseQRankSum=11.851;DB;DP=3933;DS;FS=0.000;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=13.3869;InbreedingCoeff=0.3585;MQ=67.08;MQ0=1;MQRankSum=1.031;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.970;SB=-4381.81;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=9.4904;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR6C76:ENSG00000185821.3:+:deletionFS:1/1:OR6C76-201:ENST00000328314.3:939_921,2:OR6C76:ENSG00000185821.3:+:deletionFS:1/1:OR6C76-201:ENST00000328314.3:939_921,3:OR6C76:ENSG00000185821.3:+:insertionFS:1/1:OR6C76-201:ENST00000328314.3:939_921
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chr12	56080059	.	G	GA	1591.68	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.0354;AN=706;BaseQRankSum=-8.791;DP=2047;DS;FS=3.670;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=18.4915;InbreedingCoeff=0.1277;MQ=57.16;MQ0=0;MQRankSum=1.173;QD=10.40;ReadPosRankSum=2.262;SB=-819.46;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=8.3743;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ITGA7:ENSG00000135424.9:-:insertionFS:4/7:ITGA7-202:ENST00000257880.7:3489_3355:ITGA7-204:ENST00000353687.5:2976_2842:ITGA7-205:ENST00000394229.2:3357_3223:ITGA7-206:ENST00000394230.2:3369_3235
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chr12	56120555	.	AGTT	A	27.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1542;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.2166;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD63:ENSG00000135404.4:-:deletionNFS:2/2:CD63-201:ENST00000257857.3:717_355_119_FR->R:CD63-202:ENST00000420846.1:711_355_119_FR->R
chr12	56232471	.	GCT	G	15.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=678;DP=1750;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=-40.09;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.4987;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP19:ENSG00000123342.10:-:deletionFS:2/3:MMP19-201:ENST00000322569.3:1527_814:MMP19-203:ENST00000409200.3:918_568
chr12	56355478	.	G	GT	9.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1266;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.9480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PMEL:ENSG00000185664.7:-:insertionFS:3/4:PMEL-201:ENST00000360714.4:2007_115:PMEL-202:ENST00000449260.1:1986_115:PMEL-203:ENST00000536427.1:1881_115
chr12	56363271	.	TGG	T	5.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;BaseQRankSum=0.665;DP=1552;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.0260;InbreedingCoeff=0.0936;MQ=69.25;MQ0=0;MQRankSum=1.121;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.404;SB=-29.24;SZ=-2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.7666;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDK2:ENSG00000123374.5:+:deletionFS:1/3:CDK2-201:ENST00000266970.3:897_499
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chr12	56489475	.	C	CT	16.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1779;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5240;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ERBB3:ENSG00000065361.6:+:insertionFS:3/5:ERBB3-201:ENST00000267101.2:4029_1940:ERBB3-204:ENST00000415288.2:3852_1763:ERBB3-205:ENST00000450146.2:2100_11
chr12	56509933	rs72044263	AAAAG	A,AAAAGAAAG	11416.19	PASS	AA=.;AC=24,200;AF=0.01351,0.11261;AN=1776;BaseQRankSum=0.087;DB;DP=3793;DS;FS=6.611;HR=7;HU=A;HaplotypeScore=24.0536;InbreedingCoeff=0.3044;MQ=50.76;MQ0=72;MQRankSum=3.822;QD=18.53;ReadPosRankSum=3.261;SB=-4609.74;SZ=.;TR=37;TU=AAAAGAAAGAAAGAAAG;VQSLOD=8.6402;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PA2G4:ENSG00000170515.6:+:endOverlap:1/2:PA2G4-202:ENST00000417031.2:1215,2:PA2G4:ENSG00000170515.6:+:endOverlap:1/2:PA2G4-202:ENST00000417031.2:1215
chr12	56552230	.	G	GA	103.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=384;DP=725;HR=1;HRun=1;HU=A;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.7981;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYL6:ENSG00000092841.12:+:insertionFS:1/3:MYL6-203:ENST00000536128.1:717_45
chr12	56552255	.	CGAG	C	99.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=530;DP=1183;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.0668;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYL6:ENSG00000092841.12:+:deletionNFS:1/3:MYL6-203:ENST00000536128.1:717_70_24_RG->R
chr12	56552365	.	GGAGTTTGTGGGTCA	G	2344.37	PASS	AA=.;AC=29;AF=0.01908;AN=1520;BaseQRankSum=8.650;DP=3504;DS;FS=3.489;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=49.8996;InbreedingCoeff=0.0880;MQ=63.62;MQ0=0;MQRankSum=-4.514;QD=21.06;ReadPosRankSum=1.274;SB=-900.72;SZ=.;TR=39;TU=AGAGTTTGTGGGTC;VQSLOD=5.1892;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MYL6:ENSG00000092841.12:+:deletionFS:1/3:MYL6-203:ENST00000536128.1:717_180
chr12	56558378	.	CAGG	C	54.09	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0137;AN=438;DP=999;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=6.8049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMARCC2:ENSG00000139613.6:-:deletionNFS:1/3:SMARCC2-201:ENST00000267064.3:3645_3277_1093_AP->P
chr12	56558475	.	CATT	C	26.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=946;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=6.0144;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMARCC2:ENSG00000139613.6:-:deletionNFS:3/3:SMARCC2-203:ENST00000394023.2:3495_3309_1103_MM->M:SMARCC2-201:ENST00000267064.3:3645_3180_1060_MM->M:SMARCC2-202:ENST00000347471.3:3393_3273_1091_MM->M
chr12	56647540	.	GC	G	6.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1665;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5867;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ANKRD52:ENSG00000139645.7:-:deletionFS:2/2:ANKRD52-201:ENST00000267116.6:3231_951:ANKRD52-202:ENST00000417002.2:3231_951
chr12	56817433	.	T	TTCC	507.31	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.00849;AN=1414;BaseQRankSum=-1.607;DP=4064;DS;FS=0.903;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.7450;InbreedingCoeff=0.1936;MQ=59.54;MQ0=3;MQRankSum=0.291;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.855;SB=-295.69;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=8.6371;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TIMELESS:ENSG00000111602.5:-:insertionNFS:1/2:TIMELESS-201:ENST00000229201.3:3627_2025_675_E->EE
chr12	56817451	.	T	TCC	20.71	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1316;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=3;SZ=.;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=6.0602;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TIMELESS:ENSG00000111602.5:-:insertionFS:1/2:TIMELESS-201:ENST00000229201.3:3627_2007
chr12	56826838	.	TG	T	8.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1348;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.8942;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TIMELESS:ENSG00000111602.5:-:deletionFS:2/2:TIMELESS-201:ENST00000229201.3:3627_503:TIMELESS-202:ENST00000447258.2:2118_503
chr12	57004243	.	AC	A	4.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=1.020;DP=1750;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.3042;InbreedingCoeff=0.0892;MQ=66.33;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.310;SB=-31.50;SZ=-1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.6735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BAZ2A:ENSG00000076108.6:-:deletionFS:2/2:BAZ2A-202:ENST00000379441.2:5718_1735:BAZ2A-201:ENST00000179765.5:5622_1639
chr12	57029964	.	ACC	A,ACCC	15.21	PASS	AA=0;AC=1,2;AF=0.0021,0.0043;AN=468;DP=867;FS=0.000;HR=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.2671;culprit=FS;set=Intersection;VA=2:BAZ2A:ENSG00000076108.6:-:spliceOverlap:1/2:BAZ2A-202:ENST00000379441.2:5718
chr12	57346751	rs3215090	AC	A	474.53	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0101;AN=888;BaseQRankSum=4.282;DB;DP=2292;DS;FS=2.711;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=14.0133;InbreedingCoeff=-0.0191;MQ=63.38;MQ0=0;MQRankSum=1.807;QD=10.10;ReadPosRankSum=1.238;SB=-295.38;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.1561;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RDH16:ENSG00000139547.5:-:deletionFS:2/2:RDH16-202:ENST00000398138.2:954_596:RDH16-201:ENST00000360752.3:582_224
chr12	57348803	.	CCTCA	C	249.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1256;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=7.5250;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RDH16:ENSG00000139547.5:-:deletionFS:1/2:RDH16-202:ENST00000398138.2:954_459
chr12	57407436	.	T	TG	7.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1146;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5943;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAC3:ENSG00000166863.7:-:insertionFS:3/3:TAC3-010:ENST00000415231.1:366_134:TAC3-006:ENST00000441881.1:312_134:TAC3-001:ENST00000458521.2:366_134
chr12	57466666	.	G	GA	9.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1317;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0644;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMEM194A:ENSG00000166881.4:-:insertionFS:2/2:TMEM194A-201:ENST00000300128.3:1335_157:TMEM194A-202:ENST00000379391.2:1116_157
chr12	57619187	.	T	TGGC	1352	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.0641;AN=468;BaseQRankSum=-1.595;DP=563;FS=4.600;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.7670;InbreedingCoeff=0.1609;MQ=56.64;MQ0=0;MQRankSum=-2.443;QD=19.04;ReadPosRankSum=0.137;SB=-677.83;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9313;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NXPH4:ENSG00000182379.8:+:insertionNFS:1/1:NXPH4-201:ENST00000349394.4:927_584_195_M->MA
chr12	57627582	.	GA	G	11.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1561;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=ATGG;VQSLOD=5.7589;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SHMT2:ENSG00000182199.5:+:deletionFS:4/4:SHMT2-201:ENST00000328923.2:1515_1174:SHMT2-203:ENST00000414700.2:1452_1111:SHMT2-204:ENST00000449049.2:1452_1111:SHMT2-202:ENST00000393827.4:1227_886
chr12	57674204	.	TTGC	T	125.80	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.01479;AN=1420;BaseQRankSum=4.208;DP=3633;DS;FS=7.294;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.4118;InbreedingCoeff=0.1649;MQ=67.31;MQ0=2;MQRankSum=-1.987;QD=1.14;ReadPosRankSum=0.783;SB=-80.58;SZ=.;TR=20;TU=CTG;VQSLOD=7.0361;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:R3HDM2:ENSG00000179912.12:-:deletionNFS:7/7:R3HDM2-001:ENST00000347140.3:2931_1239_413_QL->L:R3HDM2-201:ENST00000358907.2:2931_1239_413_QL->L:R3HDM2-003:ENST00000402412.1:2973_1281_427_QL->L:R3HDM2-007:ENST00000403821.1:3129_1335_445_QL->L:R3HDM2-005:ENST00000393811.2:2112_420_140_QL->L:R3HDM2-203:ENST00000441731.2:2016_222_74_QL->L:R3HDM2-202:ENST00000413953.2:1791_420_140_QL->L
chr12	57723528	.	C	CA	879.31	PASS	AA=.;AC=212;AF=0.11289;AN=1878;BaseQRankSum=27.165;DP=4050;DS;FS=5.240;HR=9;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=16.6702;InbreedingCoeff=0.1374;MQ=63.28;MQ0=21;MQRankSum=-24.108;QD=1.37;ReadPosRankSum=6.014;SB=-859.15;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=6.3208;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:insertionFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_80
chr12	57723532	.	A	AAAAAAG,AG	41609.68	PASS	AA=.;AC=568,5;AF=0.29128,0.00256;AN=1950;BaseQRankSum=-20.284;DP=4103;DS;FS=7.807;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=22.7906;InbreedingCoeff=0.3144;MQ=62.73;MQ0=23;MQRankSum=-15.132;QD=35.66;ReadPosRankSum=7.573;SB=-15109.02;SZ=.;TR=17;TU=AAAAAG;VQSLOD=7.5552;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:insertionNFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_84_28_K->KKK,2:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:insertionFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_84
chr12	57723538	.	G	GAAAAAA	17207.19	PASS	AA=.;AC=502;AF=0.25876;AN=1940;BaseQRankSum=15.809;DP=4433;FS=4.212;HR=5;HRun=9;HU=A;HaplotypeScore=21.9360;InbreedingCoeff=0.0901;MQ=66.03;MQ0=20;MQRankSum=-10.676;QD=22.84;ReadPosRankSum=8.425;SZ=.;TR=17;TU=AAAAAG;VQSLOD=4.8373;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:insertionNFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_90_30_K->KKK
chr12	57723544	rs71084743	GA	G,GAA,GAAAAAGAA	31842.03	PASS	AA=.;AC=11,31,474;AF=0.00551,0.01552,0.23724;AN=1998;BaseQRankSum=19.480;DB;DP=4503;DS;FS=1.504;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=28.2898;InbreedingCoeff=0.1268;MQ=61.48;MQ0=22;MQRankSum=-14.369;QD=21.66;ReadPosRankSum=8.574;SB=-12413.09;SZ=.;TR=17;TU=AAAAAG;VQSLOD=4.9372;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:deletionFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_96,2:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:insertionFS:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102_96,3:AC126614.1:ENSG00000255952.1:+:endOverlap:1/1:AC126614.1-201:ENST00000537337.1:102
chr12	57883052	.	A	AT	65.55	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0301;AN=332;DP=886;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.4458;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MARS:ENSG00000166986.7:+:insertionFS:2/5:MARS-201:ENST00000262027.4:2703_203:MARS-204:ENST00000537638.1:1641_203
chr12	57965905	.	CAG	C	50.60	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1760;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.2907;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF5A:ENSG00000155980.5:+:deletionFS:2/2:KIF5A-201:ENST00000286452.5:2832_1157:KIF5A-202:ENST00000455537.2:3099_1424
chr12	58017863	.	CA	C	4.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;BaseQRankSum=1.072;DP=1916;DS;FS=2.230;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=14.9025;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=68.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.018;QD=0.61;ReadPosRankSum=-2.380;SB=-28.83;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.6606;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC26A10:ENSG00000135502.12:+:deletionFS:2/2:SLC26A10-001:ENST00000320442.4:1692_1209:SLC26A10-201:ENST00000379218.2:1365_1209,1:ARHGEF25:ENSG00000240771.1:+:deletionFS:1/3:ARHGEF25-201:ENST00000300189.5:921_825
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chr12	58019428	.	T	TTG	101.65	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=642;DP=1681;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.1713;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC26A10:ENSG00000135502.12:+:insertionFS:1/2:SLC26A10-001:ENST00000320442.4:1692_1592
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chr12	64712665	.	CG	C	6.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1078;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6330;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf56:ENSG00000185306.6:-:deletionFS:2/3:C12orf56-201:ENST00000433716.1:1878_590:C12orf56-008:ENST00000543942.1:1872_584
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chr12	65477613	rs57300955	TTTC	T	61940.17	PASS	AA=.;AC=940;AF=0.45809;AN=2052;BaseQRankSum=-21.313;DB;DP=5450;DS;FS=2.018;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=43.9921;InbreedingCoeff=0.0508;MQ=54.39;MQ0=36;MQRankSum=18.652;QD=26.52;ReadPosRankSum=-5.505;SB=-29862.36;SZ=.;TR=31;TU=CTTTT;VQSLOD=5.5836;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WIF1:ENSG00000156076.4:-:deletionNFS:1/2:WIF1-201:ENST00000535025.1:120_21_7_KR->R
chr12	66531936	.	TA	T,TAA	77.84	PASS	AA=0;AC=30,40;AF=0.02555,0.03407;AN=1174;BaseQRankSum=2.418;DP=2259;DS;FS=0.489;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=10.8136;InbreedingCoeff=0.1685;MQ=69.13;MQ0=2;MQRankSum=0.890;QD=0.06;ReadPosRankSum=-2.355;SB=-295.68;SZ=-1;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.6968;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMBIM4:ENSG00000155957.8:-:deletionFS:6/9:TMBIM4-006:ENST00000286424.7:858_662:TMBIM4-001:ENST00000358230.3:717_521:TMBIM4-203:ENST00000539427.1:852_656:TMBIM4-002:ENST00000542724.1:624_428:TMBIM4-202:ENST00000539043.1:636_521:TMBIM4-004:ENST00000398033.4:486_475,2:TMBIM4:ENSG00000155957.8:-:insertionFS:6/9:TMBIM4-006:ENST00000286424.7:858_662:TMBIM4-001:ENST00000358230.3:717_521:TMBIM4-203:ENST00000539427.1:852_656:TMBIM4-002:ENST00000542724.1:624_428:TMBIM4-202:ENST00000539043.1:636_521:TMBIM4-004:ENST00000398033.4:486_475
chr12	66605332	.	AGT	A	11.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1256;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.5964;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IRAK3:ENSG00000090376.4:+:deletionFS:2/3:IRAK3-001:ENST00000261233.4:1791_543:IRAK3-003:ENST00000457197.2:1608_360
chr12	66704273	.	AG	A	1015.57	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01181;AN=1440;BaseQRankSum=11.447;DP=3770;DS;FS=3.359;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.2848;InbreedingCoeff=0.1274;MQ=67.58;MQ0=0;MQRankSum=2.029;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.610;SB=-551.96;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.3666;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HELB:ENSG00000127311.5:+:deletionFS:1/1:HELB-001:ENST00000247815.4:3264_1565
chr12	66704275	.	CA	C	1018.46	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01148;AN=1394;BaseQRankSum=11.333;DP=3735;DS;FS=2.591;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.8890;InbreedingCoeff=0.0463;MQ=64.91;MQ0=0;MQRankSum=2.635;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.554;SB=-573.03;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.9527;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HELB:ENSG00000127311.5:+:deletionFS:1/1:HELB-001:ENST00000247815.4:3264_1567
chr12	66909407	.	G	GA	10.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1330;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SB=0.88;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.0755;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRIP1:ENSG00000155974.7:-:insertionFS:3/3:GRIP1-201:ENST00000286445.7:3342_716:GRIP1-202:ENST00000359742.4:3387_716:GRIP1-001:ENST00000398016.3:3231_716
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chr12	68051759	.	C	CA	15.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1555;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=5.2523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DYRK2:ENSG00000127334.10:+:insertionFS:2/2:DYRK2-001:ENST00000344096.3:1806_1072:DYRK2-002:ENST00000393555.3:1587_853
chr12	68720440	.	AT	A	39.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;DP=1504;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.0379;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MDM1:ENSG00000111554.10:-:deletionFS:3/5:MDM1-001:ENST00000303145.7:2145_495:MDM1-005:ENST00000411698.2:2040_495:MDM1-002:ENST00000430606.2:669_495
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chr12	69651543	.	TA	T	15.59	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0032;AN=624;DP=1297;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.7658;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CPSF6:ENSG00000111605.11:+:deletionFS:2/3:CPSF6-201:ENST00000266679.7:1767_552:CPSF6-202:ENST00000435070.1:1656_552
chr12	69783940	.	A	AG	13.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1129;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3748;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:YEATS4:ENSG00000127337.1:+:insertionFS:1/1:YEATS4-201:ENST00000247843.1:684_528
chr12	69991800	.	A	AG	15.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1215;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ=59.26;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=4.9772;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCT2:ENSG00000166226.6:+:insertionFS:3/3:CCT2-201:ENST00000299300.5:1608_1284:CCT2-203:ENST00000544368.1:1425_1101:CCT2-202:ENST00000543146.1:1467_1143
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chr12	75816818	rs79401024	A	ACAG	13664.11	PASS	AA=1;AC=611;AF=0.31889;AN=1916;BaseQRankSum=26.258;DB;DP=4453;FS=3.538;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.3923;InbreedingCoeff=0.0717;MQ=74.49;MQ0=0;MQRankSum=-7.700;QD=17.29;ReadPosRankSum=4.650;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.7735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GLIPR1L2:ENSG00000180481.5:+:insertionNFS:1/5:GLIPR1L2-201:ENST00000320460.4:762_719_240_K->NR
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chr12	75905353	.	GC	G	4.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;BaseQRankSum=1.181;DP=1357;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.3172;InbreedingCoeff=0.0544;MQ=73.48;MQ0=0;MQRankSum=0.637;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.032;SB=-31.37;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1227;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KRR1:ENSG00000111615.7:-:deletionFS:2/2:KRR1-201:ENST00000229214.3:1146_25:KRR1-202:ENST00000438169.2:975_25
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chr12	89744493	.	A	AT	19.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1706;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DUSP6:ENSG00000139318.5:-:insertionFS:1/2:DUSP6-201:ENST00000279488.5:1146_710
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chr12	89917788	.	ACT	A	98.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=522;DP=1551;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.5049;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POC1B:ENSG00000139323.7:-:deletionFS:1/7:POC1B-001:ENST00000529983.1:1737_539
chr12	91340252	rs35419097	CTT	C,CT,CTTT,CTTTT	3122.71	PASS	AA=.;AC=17,244,113,36;AF=0.00918,0.13175,0.06102,0.01944;AN=1852;BaseQRankSum=12.347;DB;DP=4808;DS;FS=15.955;HR=12;HU=T;HaplotypeScore=19.2835;InbreedingCoeff=0.2882;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=1.607;QD=3.22;ReadPosRankSum=-0.937;SB=-2038.36;SZ=.;TR=12;TU=T;VQSLOD=8.1754;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C12orf37:ENSG00000196243.3:+:spliceOverlap:1/1:C12orf37-201:ENST00000359455.3:399,2:C12orf37:ENSG00000196243.3:+:spliceOverlap:1/1:C12orf37-201:ENST00000359455.3:399,3:C12orf37:ENSG00000196243.3:+:multiExonHit:1/1:C12orf37-201:ENST00000359455.3:399,4:C12orf37:ENSG00000196243.3:+:multiExonHit:1/1:C12orf37-201:ENST00000359455.3:399
chr12	91341586	rs35443391	T	TC	5951.85	PASS	AA=1;AC=56;AF=0.0662;AN=846;BaseQRankSum=-10.171;DB;DP=2519;DS;FS=5.617;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=17.2499;InbreedingCoeff=0.0002;MQ=58.00;MQ0=0;MQRankSum=-3.067;QD=18.37;ReadPosRankSum=0.197;SB=-2707.59;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=8.6313;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf37:ENSG00000196243.3:+:insertionFS:1/1:C12orf37-201:ENST00000359455.3:399_299
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chr12	91347770	.	CAG	C	152.15	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0022;AN=930;BaseQRankSum=2.567;DP=2081;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.1995;InbreedingCoeff=0.0711;MQ=63.84;MQ0=0;MQRankSum=0.521;ReadPosRankSum=0.401;SB=-83.33;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.2789;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf12:ENSG00000197651.2:-:deletionFS:1/1:C12orf12-201:ENST00000358859.2:1221_750
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chr12	94727384	.	G	GA	7.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1277;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.0988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC41:ENSG00000173588.8:-:insertionFS:3/3:CCDC41-201:ENST00000339839.4:2106_1451:CCDC41-203:ENST00000397809.3:2106_1451:CCDC41-202:ENST00000397807.2:1707_1352
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chr12	95416021	.	AT	A	4.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;BaseQRankSum=1.295;DP=1244;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=12.4085;InbreedingCoeff=0.0252;MQ=56.98;MQ0=1;MQRankSum=-2.244;QD=0.91;ReadPosRankSum=-0.430;SB=-30.65;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.0520;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NR2C1:ENSG00000120798.10:-:deletionFS:1/4:NR2C1-202:ENST00000333003.3:1812_1796
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chr12	95486485	.	GCC	G	13.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1436;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3908;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FGD6:ENSG00000180263.8:-:deletionFS:2/2:FGD6-202:ENST00000451107.2:1920_1364:FGD6-201:ENST00000343958.4:4293_3737
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chr12	95663912	.	C	CT	23.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=927;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.8997;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VEZT:ENSG00000028203.11:+:insertionFS:5/5:VEZT-205:ENST00000436874.1:2340_796:VEZT-202:ENST00000356859.3:1854_796:VEZT-204:ENST00000397796.1:2340_796:VEZT-201:ENST00000261219.6:2196_652:VEZT-203:ENST00000397792.3:1707_652
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chr12	96415979	.	T	TC	21.21	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=424;DP=1075;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7372;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LTA4H:ENSG00000111144.4:-:insertionFS:2/3:LTA4H-202:ENST00000413268.2:1527_459:LTA4H-201:ENST00000228740.1:1836_531
chr12	96915867	.	TG	T	7.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1220;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.4991;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf63:ENSG00000188596.2:+:deletionFS:2/3:C12orf63-001:ENST00000524981.1:9291_1058:C12orf63-201:ENST00000298953.3:2415_1058
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chr12	97159033	.	GA	G	7.31	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=870;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AT;VQSLOD=4.7953;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf63:ENSG00000188596.2:+:deletionFS:1/3:C12orf63-202:ENST00000342887.1:3594_3593
chr12	97178518	.	A	AT	20.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=444;DP=1166;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf63:ENSG00000188596.2:+:insertionFS:1/3:C12orf63-001:ENST00000524981.1:9291_8305
chr12	98849525	.	AAGAG	A	328.40	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0055;AN=732;DP=2110;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=AAAG;VQSLOD=7.7199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013418.1:ENSG00000227825.2:-:deletionFS:1/1:AC013418.1-201:ENST00000370696.3:885_373
chr12	98849586	.	GA	G	82.64	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0062;AN=484;DP=1501;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=6.1516;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013418.1:ENSG00000227825.2:-:deletionFS:1/1:AC013418.1-201:ENST00000370696.3:885_312
chr12	98849802	rs61677852	CAT	C	12382.35	PASS	AA=0;AC=180;AF=0.08483;AN=2122;BaseQRankSum=18.264;DB;DP=5732;DS;FS=18.654;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.0482;InbreedingCoeff=0.0880;MQ=54.42;MQ0=11;MQRankSum=3.331;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.226;SB=-4666.73;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.5130;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013418.1:ENSG00000227825.2:-:deletionFS:1/1:AC013418.1-201:ENST00000370696.3:885_96
chr12	98849817	.	CGCCGTCTCCA	C	261.48	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0063;AN=480;DP=1367;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-10;TR=4;TU=CG;VQSLOD=4.8421;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC013418.1:ENSG00000227825.2:-:deletionFS:1/1:AC013418.1-201:ENST00000370696.3:885_81
chr12	98928026	.	CT	C	11.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1671;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.7792;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMPO:ENSG00000120802.6:+:deletionFS:1/4:TMPO-202:ENST00000266732.2:2085_1991
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chr12	102158001	.	CTTT	C,CTT	59.71	PASS	AA=0;AC=2,6;AF=0.0028,0.0085;AN=706;DP=1740;DS;HR=8;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=T;VQSLOD=7.1961;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GNPTAB:ENSG00000111670.8:-:deletionNFS:1/2:GNPTAB-201:ENST00000299314.6:3771_2694_898_KY->Y,2:GNPTAB:ENSG00000111670.8:-:deletionFS:1/2:GNPTAB-201:ENST00000299314.6:3771_2694
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chr12	102542227	.	AAC	A	357.92	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0159;AN=504;BaseQRankSum=5.081;DP=1114;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.1975;InbreedingCoeff=-0.0176;MQ=64.00;MQ0=0;MQRankSum=0.617;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.575;SB=-200.08;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.0861;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf48:ENSG00000185480.7:+:deletionFS:6/7:C12orf48-001:ENST00000358383.5:1740_373:C12orf48-002:ENST00000541394.1:1971_373:C12orf48-202:ENST00000378128.3:894_373:C12orf48-007:ENST00000537257.1:402_373:C12orf48-201:ENST00000327680.2:1497_130:C12orf48-006:ENST00000392911.2:1497_130
chr12	103352171	rs3832799	C	CGCA	554.02	PASS	AA=.;AC=61;AF=0.2460;AN=248;BaseQRankSum=-1.993;DB;DP=354;FS=1.225;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=11.6382;InbreedingCoeff=0.3095;MQ=56.80;MQ0=13;MQRankSum=2.261;QD=2.38;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-194.19;SZ=.;TR=37;TU=AGC;VQSLOD=8.7785;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ASCL1:ENSG00000139352.2:+:insertionNFS:1/1:ASCL1-201:ENST00000266744.2:711_149_50_A->AQ
chr12	103695959	.	C	CG	71.87	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=746;HR=7;HRun=7;HU=G;MQ0=16;SZ=.;TR=7;TU=G;VQSLOD=6.1447;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf42:ENSG00000179088.9:-:insertionFS:1/2:C12orf42-202:ENST00000378113.2:1083_1010
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chr12	104341187	rs5800607	TGAA	T	21781.44	PASS	AA=.;AC=271;AF=0.12735;AN=2128;BaseQRankSum=29.291;DB;DP=6918;DS;FS=14.034;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.3658;InbreedingCoeff=0.1427;MQ=70.61;MQ0=1;MQRankSum=-1.998;QD=20.13;ReadPosRankSum=1.359;SB=-10428.84;SZ=.;TR=12;TU=AAG;VQSLOD=7.8069;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HSP90B1:ENSG00000166598.6:+:deletionNFS:2/4:HSP90B1-201:ENST00000299767.4:2412_2361_787_DE->D:HSP90B1-202:ENST00000421266.1:1662_1611_537_DE->D
chr12	104697811	.	CGAG	C	370.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=853;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.7993;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EID3:ENSG00000255150.1:+:deletionNFS:1/1:EID3-001:ENST00000527879.1:1002_99_33_DE->D
chr12	104703738	rs36017377	G	GTGC	2560.87	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0145;AN=964;BaseQRankSum=-7.060;DB;DP=2487;DS;FS=5.109;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.0935;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=64.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.095;QD=21.34;ReadPosRankSum=0.718;SB=-1381.24;SZ=3;TR=10;TU=CTGTG;VQSLOD=7.7604;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TXNRD1:ENSG00000198431.10:+:insertionNFS:2/15:TXNRD1-205:ENST00000427956.1:1839_170_57_S->SA:TXNRD1-009:ENST00000526950.1:1707_32_11_S->SA
chr12	105239745	.	A	AC	5.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;BaseQRankSum=-0.999;DP=1208;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=5.3446;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC41A2:ENSG00000136052.4:-:insertionFS:2/2:SLC41A2-201:ENST00000258538.2:1722_1263:SLC41A2-001:ENST00000378068.2:1722_1263
chr12	105440494	.	T	TG	8.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1137;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2481;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH1L2:ENSG00000136010.8:-:insertionFS:1/2:ALDH1L2-201:ENST00000258494.8:2772_1857
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chr12	106641489	rs35596656	GGGCGGC	G,GGGC	1005.73	PASS	AA=.;AC=3,66;AF=0.0197,0.4342;AN=152;BaseQRankSum=4.236;DB;DP=130;FS=11.313;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=9.6540;InbreedingCoeff=0.5376;MQ=51.09;MQ0=0;MQRankSum=-1.376;QD=18.62;ReadPosRankSum=1.470;SB=-430.13;SZ=.;TR=15;TU=CGG;VQSLOD=9.0203;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CKAP4:ENSG00000136026.8:-:deletionNFS:2/3:CKAP4-203:ENST00000437873.2:1782_188_63_PRR->R:CKAP4-202:ENST00000378026.3:1809_141_47_PAP->P,2:CKAP4:ENSG00000136026.8:-:deletionNFS:2/3:CKAP4-203:ENST00000437873.2:1782_188_63_PR->R:CKAP4-202:ENST00000378026.3:1809_141_47_PA->A
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chr12	110969388	.	GGAAA	G	3810.70	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0351;AN=770;BaseQRankSum=11.357;DP=2455;DS;FS=13.605;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=27.9851;InbreedingCoeff=0.1359;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=1.992;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.720;SB=-1765.46;SZ=-4;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.3714;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RAD9B:ENSG00000151164.13:+:deletionFS:2/6:RAD9B-201:ENST00000409778.3:1026_928:RAD9B-003:ENST00000392672.3:1290_1244
chr12	111020739	rs35409332	TCGC	T	155.05	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0432;AN=324;BaseQRankSum=2.235;DB;DP=419;FS=4.435;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=9.5086;InbreedingCoeff=0.2857;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.246;QD=3.88;ReadPosRankSum=0.878;SB=-97.28;SZ=-3;TR=20;TU=CCG;VQSLOD=7.6841;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PPTC7:ENSG00000196850.3:-:deletionNFS:1/1:PPTC7-201:ENST00000354300.2:915_98_33_DY->Y
chr12	111099109	.	GCTC	G	86.79	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0169;AN=474;DP=1010;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.8005;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HVCN1:ENSG00000122986.8:-:deletionNFS:3/3:HVCN1-202:ENST00000356742.4:822_166_56_QP->P:HVCN1-201:ENST00000242607.7:822_166_56_QP->P:HVCN1-203:ENST00000439744.2:762_106_36_QP->P
chr12	111375076	rs112974205	C	CA,CAG	1515.61	PASS	AA=2;AC=1,21;AF=0.0015,0.0316;AN=664;BaseQRankSum=-5.070;DB;DP=1316;DS;FS=0.000;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=16.5077;InbreedingCoeff=0.1902;MQ=56.27;MQ0=0;MQRankSum=-2.089;QD=20.48;ReadPosRankSum=-1.444;SB=-738.63;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.3526;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC002351.1:ENSG00000185847.2:+:insertionFS:1/1:AC002351.1-201:ENST00000331096.2:231_73,2:AC002351.1:ENSG00000185847.2:+:insertionFS:1/1:AC002351.1-201:ENST00000331096.2:231_73
chr12	111757887	.	GC	G	9.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=607;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4914;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CUX2:ENSG00000111249.6:+:deletionFS:1/2:CUX2-201:ENST00000261726.5:4461_2074
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chr12	111872803	.	CTCT	C	25.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=674;DP=1461;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=6.1237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SH2B3:ENSG00000111252.4:+:deletionNFS:1/2:SH2B3-202:ENST00000538307.1:1122_98_33_PL->P
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chr12	112690348	.	A	AG	124.95	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0127;AN=472;BaseQRankSum=-0.668;DP=1317;DS;FS=1.124;HR=7;HRun=7;HU=G;HaplotypeScore=14.7468;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=66.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.331;QD=4.03;ReadPosRankSum=-2.008;SB=-96.79;SZ=.;TR=8;TU=AAGG;VQSLOD=6.5474;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf51:ENSG00000173064.4:-:insertionFS:2/2:C12orf51-201:ENST00000377560.5:12741_2916:C12orf51-202:ENST00000430131.2:11991_2166
chr12	112846124	.	CCTT	C	83.61	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=1439;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=3;SZ=-3;TR=12;TU=CCTTCT;VQSLOD=6.2445;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL6:ENSG00000089009.8:-:deletionNFS:2/2:RPL6-201:ENST00000202773.8:867_256_86_EK->K:RPL6-202:ENST00000424576.1:867_256_86_EK->K
chr12	113338145	rs34869025	CA	C,CAA,CAAA	3132.85	PASS	AA=.;AC=228,286,193;AF=0.14144,0.17742,0.11973;AN=1612;BaseQRankSum=0.630;DB;DP=3803;DS;FS=0.218;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=18.7093;InbreedingCoeff=0.6633;MQ=58.80;MQ0=39;MQRankSum=-0.239;QD=1.51;ReadPosRankSum=-3.114;SB=-2353.51;SZ=.;TR=17;TU=A;VQSLOD=9.2853;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RPH3A:ENSG00000089169.8:+:deletionFS:1/5:RPH3A-205:ENST00000543106.1:1863_1812,2:RPH3A:ENSG00000089169.8:+:insertionFS:1/5:RPH3A-205:ENST00000543106.1:1863_1812,3:RPH3A:ENSG00000089169.8:+:insertionFS:1/5:RPH3A-205:ENST00000543106.1:1863_1812
chr12	113369715	rs11352835	TA	T	72765.48	PASS	AA=0;AC=1558;AF=0.77205;AN=2018;BaseQRankSum=29.440;DB;DP=5033;DS;FS=19.848;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=18.0130;InbreedingCoeff=0.1311;MQ=79.08;MQ0=0;MQRankSum=2.465;QD=29.81;ReadPosRankSum=0.605;SB=-35576.50;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=8.1348;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OAS1:ENSG00000089127.6:+:spliceOverlap:2/5:OAS1-205:ENST00000540589.1:246:OAS1-202:ENST00000377508.3:1146
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chr12	113640839	.	CTT	C,CT,CTTT	407.80	PASS	AA=.;AC=11,123,101;AF=0.00535,0.05982,0.04912;AN=2056;BaseQRankSum=4.639;DP=5712;DS;FS=0.281;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=16.5109;InbreedingCoeff=0.1981;MQ=66.09;MQ0=4;MQRankSum=0.544;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.091;SB=-880.50;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=7.5108;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IQCD:ENSG00000166578.3:-:deletionFS:1/3:IQCD-202:ENST00000392574.1:1110_1099,2:IQCD:ENSG00000166578.3:-:deletionFS:1/3:IQCD-202:ENST00000392574.1:1110_1099,3:IQCD:ENSG00000166578.3:-:insertionFS:1/3:IQCD-202:ENST00000392574.1:1110_1099
chr12	113645152	.	T	TA	89.33	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.00677;AN=1330;BaseQRankSum=-5.187;DP=3862;DS;FS=1.484;HR=10;HRun=10;HU=A;HaplotypeScore=14.1039;InbreedingCoeff=0.1232;MQ=63.36;MQRankSum=0.662;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.293;SB=-191.75;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=6.4475;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IQCD:ENSG00000166578.3:-:insertionFS:1/3:IQCD-202:ENST00000392574.1:1110_820
chr12	113704095	.	CCTG	C	92.31	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0120;AN=832;BaseQRankSum=3.180;DP=1639;DS;FS=2.883;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3858;InbreedingCoeff=0.1446;MQ=71.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.695;QD=1.71;ReadPosRankSum=0.623;SB=-63.06;SZ=-3;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=7.3348;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TPCN1:ENSG00000186815.7:+:deletionNFS:4/4:TPCN1-204:ENST00000541517.1:2667_564_188_AL->A:TPCN1-201:ENST00000335509.5:2451_348_116_AL->A:TPCN1-202:ENST00000392569.4:2247_144_48_AL->A:TPCN1-203:ENST00000428632.2:1653_144_48_AL->A
chr12	113711078	.	CCTT	C	95.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1330;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=-66.11;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9257;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPCN1:ENSG00000186815.7:+:deletionNFS:4/4:TPCN1-204:ENST00000541517.1:2667_1041_347_VL->V:TPCN1-201:ENST00000335509.5:2451_825_275_VL->V:TPCN1-202:ENST00000392569.4:2247_621_207_VL->V:TPCN1-203:ENST00000428632.2:1653_621_207_VL->V
chr12	113874567	.	GC	G	204.30	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0135;AN=592;DP=1295;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.8832;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SDSL:ENSG00000139410.9:+:deletionFS:2/2:SDSL-201:ENST00000345635.3:990_683:SDSL-202:ENST00000403593.3:990_683
chr12	114392971	rs71443069	C	CGGT	1694.90	PASS	AA=0;AC=28;AF=0.0295;AN=948;BaseQRankSum=-4.366;DB;DP=2266;DS;FS=2.870;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.6583;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=63.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.438;QD=15.27;ReadPosRankSum=-2.254;SB=-781.17;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.4600;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM19:ENSG00000122965.5:-:insertionNFS:3/3:RBM19-201:ENST00000261741.4:2883_886_296_V->TV:RBM19-202:ENST00000392561.2:2883_886_296_V->TV:RBM19-203:ENST00000545145.1:2883_886_296_V->TV
chr12	114793285	.	CCT	C	165.84	PASS	AA=.;AC=28;AF=0.01818;AN=1540;BaseQRankSum=4.400;DP=4049;DS;FS=18.043;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.3244;InbreedingCoeff=0.0167;MQ=68.70;MQ0=3;MQRankSum=0.253;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.519;SB=-187.35;SZ=.;TR=14;TU=CT;VQSLOD=5.5823;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TBX5:ENSG00000089225.13:-:deletionFS:1/5:TBX5-201:ENST00000448888.2:1269_1160
chr12	116421132	.	G	GA	12.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1410;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.6482;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED13L:ENSG00000123066.2:-:insertionFS:1/1:MED13L-201:ENST00000281928.2:6633_4745
chr12	116421299	.	TG	T	6.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1700;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.4320;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MED13L:ENSG00000123066.2:-:deletionFS:1/1:MED13L-201:ENST00000281928.2:6633_4578
chr12	116434822	.	T	TC	7.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1231;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5206;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED13L:ENSG00000123066.2:-:insertionFS:1/1:MED13L-201:ENST00000281928.2:6633_2783
chr12	117188104	.	A	AT	19.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=855;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4778;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNFT2:ENSG00000135119.9:+:insertionFS:4/4:RNFT2-002:ENST00000407967.3:1263_542:RNFT2-201:ENST00000319176.6:966_542:RNFT2-001:ENST00000257575.4:1335_542:RNFT2-202:ENST00000392549.2:1335_542
chr12	117289548	.	TA	T,TAA	325.08	PASS	AA=.;AC=111,77;AF=0.06133,0.04254;AN=1810;BaseQRankSum=3.281;DP=3791;DS;FS=12.780;HR=11;HU=A;HaplotypeScore=12.3674;InbreedingCoeff=0.2858;MQ=61.98;MQ0=42;MQRankSum=0.833;QD=0.38;ReadPosRankSum=-1.293;SB=-496.91;SZ=.;TR=11;TU=A;VQSLOD=7.7567;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RNFT2:ENSG00000135119.9:+:deletionFS:1/4:RNFT2-201:ENST00000319176.6:966_765,2:RNFT2:ENSG00000135119.9:+:insertionFS:1/4:RNFT2-201:ENST00000319176.6:966_765
chr12	117289581	.	G	GAGGA	300.52	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0051;AN=786;BaseQRankSum=-0.093;DP=2069;DS;FS=1.108;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=34.3780;InbreedingCoeff=0.1104;MQ=54.24;MQ0=66;MQRankSum=-1.468;QD=26.84;ReadPosRankSum=2.248;SB=-112.65;SZ=.;TR=21;TU=AAGG;VQSLOD=5.0154;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RNFT2:ENSG00000135119.9:+:insertionFS:1/4:RNFT2-201:ENST00000319176.6:966_798
chr12	117289599	.	GGAAA	G	19829.15	PASS	AA=.;AC=487;AF=0.23190;AN=2100;BaseQRankSum=-15.361;DP=5589;DS;FS=9.309;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=31.7739;InbreedingCoeff=0.0704;MQ=62.82;MQ0=37;MQRankSum=9.613;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.108;SB=-6957.49;SZ=.;TR=21;TU=AAGG;VQSLOD=6.7233;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNFT2:ENSG00000135119.9:+:deletionFS:1/4:RNFT2-201:ENST00000319176.6:966_816
chr12	117448195	.	CGT	C	308.25	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0047;AN=634;DP=1911;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=GT;VQSLOD=8.1737;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXW8:ENSG00000174989.6:+:deletionFS:3/3:FBXW8-201:ENST00000309909.4:1797_1307:FBXW8-202:ENST00000455858.1:1599_1109:FBXW8-203:ENST00000505227.2:1599_1109
chr12	117646196	rs71444610	CGTGT	C,CGT,CGTGTGT,CGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,CGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	17314.70	PASS	AA=.;AC=15,110,73,35,235,54,80,117;AF=0.01068,0.07835,0.05199,0.02493,0.16738,0.03846,0.05698,0.08333;AN=1404;BaseQRankSum=0.470;DB;DP=3298;DS;FS=3.987;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=54.2942;InbreedingCoeff=0.8797;MQ=60.77;MQ0=46;MQRankSum=-1.912;QD=2.15;ReadPosRankSum=-0.224;SB=-840.23;SZ=.;TR=31;TU=GT;VQSLOD=10.0954;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NOS1:ENSG00000089250.12:-:deletionFS:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621_3570,2:NOS1:ENSG00000089250.12:-:deletionFS:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621_3570,3:NOS1:ENSG00000089250.12:-:insertionFS:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621_3570,4:NOS1:ENSG00000089250.12:-:insertionFS:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621_3570,5:NOS1:ENSG00000089250.12:-:spliceOverlap:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621,6:NOS1:ENSG00000089250.12:-:spliceOverlap:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621,7:NOS1:ENSG00000089250.12:-:spliceOverlap:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621,8:NOS1:ENSG00000089250.12:-:spliceOverlap:1/6:NOS1-203:ENST00000541241.1:3621
chr12	118463589	.	ACT	A	54.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1440;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.8609;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RFC5:ENSG00000111445.9:+:deletionFS:3/3:RFC5-002:ENST00000454402.2:1023_619:RFC5-001:ENST00000392542.2:960_556:RFC5-201:ENST00000229043.3:768_364
chr12	118506327	rs72125532	TTCCTCC	T,TTCC,TTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCC	23787.57	PASS	AA=.;AC=582,61,36,53;AF=0.31873,0.03341,0.01972,0.02903;AN=1826;BaseQRankSum=22.090;DB;DP=4478;DS;FS=1.488;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=27.1495;InbreedingCoeff=0.4514;MQ=58.54;MQ0=3;MQRankSum=-5.389;QD=18.61;ReadPosRankSum=-1.858;SB=-9909.39;SZ=.;TR=26;TU=CCT;VQSLOD=8.6506;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:VSIG10:ENSG00000176834.9:-:deletionNFS:1/1:VSIG10-001:ENST00000359236.5:1623_1422_474_EDA->A,2:VSIG10:ENSG00000176834.9:-:deletionNFS:1/1:VSIG10-001:ENST00000359236.5:1623_1422_474_ED->D,3:VSIG10:ENSG00000176834.9:-:insertionNFS:1/1:VSIG10-001:ENST00000359236.5:1623_1422_474_E->EEEE,4:VSIG10:ENSG00000176834.9:-:insertionNFS:1/1:VSIG10-001:ENST00000359236.5:1623_1422_474_E->EEEEE
chr12	118520043	.	A	AG	19.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1105;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.5453;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VSIG10:ENSG00000176834.9:-:insertionFS:1/1:VSIG10-001:ENST00000359236.5:1623_553
chr12	118582790	.	ACT	A	154.91	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0037;AN=538;DP=1182;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=12;TU=ACTC;VQSLOD=7.6775;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PEBP1:ENSG00000089220.3:+:deletionFS:1/2:PEBP1-201:ENST00000418769.2:468_440
chr12	118673436	.	G	GC	12.73	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0046;AN=436;BaseQRankSum=-0.998;DP=1239;FS=2.440;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.2895;InbreedingCoeff=0.0171;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.091;QD=0.98;ReadPosRankSum=0.635;SB=-8.32;SZ=1;TR=10;TU=ACCTG;VQSLOD=5.5306;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAOK3:ENSG00000135090.8:-:insertionFS:2/5:TAOK3-001:ENST00000392533.3:2697_478:TAOK3-002:ENST00000419821.2:2697_478
chr12	120190037	.	CG	C	21.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=458;DP=1160;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=4.8402;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CIT:ENSG00000122966.9:-:deletionFS:2/2:CIT-001:ENST00000261833.7:6084_2596:CIT-005:ENST00000392521.2:6210_2722
chr12	120534974	.	TC	T	25.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=972;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.7608;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAB35:ENSG00000111737.6:-:deletionFS:2/4:RAB35-201:ENST00000427416.2:483_287:RAB35-202:ENST00000432953.2:831_76
chr12	120586052	.	C	CG	4.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;BaseQRankSum=-0.322;DP=1881;DS;FS=3.012;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.7269;InbreedingCoeff=0.1113;MQ=67.27;MQ0=0;MQRankSum=-1.012;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.770;SB=1.25;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.2326;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GCN1L1:ENSG00000089154.5:-:insertionFS:1/1:GCN1L1-201:ENST00000300648.5:8016_4645
chr12	120649756	rs35391916	G	GC	1828.63	PASS	AA=0;AC=35;AF=0.0512;AN=684;BaseQRankSum=-7.001;DB;DP=1572;DS;FS=1.455;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=13.5135;InbreedingCoeff=0.2008;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.142;QD=15.50;ReadPosRankSum=-3.123;SB=-1053.08;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=8.6559;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PXN:ENSG00000089159.9:-:insertionFS:2/9:PXN-204:ENST00000440827.2:480_419:PXN-202:ENST00000331257.5:702_641
chr12	120763704	.	C	CG	160.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=384;DP=748;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.1474;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLA2G1B:ENSG00000170890.8:-:insertionFS:2/2:PLA2G1B-201:ENST00000308366.3:447_154:PLA2G1B-202:ENST00000423423.2:213_154
chr12	121093621	.	AGTGC	A	40448.34	PASS	AA=.;AC=1270;AF=0.64928;AN=1956;BaseQRankSum=24.568;DP=5135;DS;FS=0.509;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=28.4431;InbreedingCoeff=0.1706;MQ=67.50;MQ0=5;MQRankSum=1.056;QD=16.83;ReadPosRankSum=2.805;SB=-18916.04;SZ=.;TR=15;TU=CGTG;VQSLOD=6.8283;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CABP1:ENSG00000157782.5:+:deletionFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_8
chr12	121093629	rs112935060	CGTGCGTGT	C,CGT	56218.06	PASS	AA=.;AC=147,1051;AF=0.07321,0.52341;AN=2008;BaseQRankSum=22.262;DB;DP=5067;DS;FS=0.624;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=38.3666;InbreedingCoeff=0.2683;MQ=67.78;MQ0=14;MQRankSum=2.864;QD=24.28;ReadPosRankSum=1.525;SB=-27307.51;SZ=.;TR=15;TU=CGTG;VQSLOD=8.7483;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CABP1:ENSG00000157782.5:+:deletionFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_16,2:CABP1:ENSG00000157782.5:+:deletionNFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_16_6_RAC->R
chr12	121093633	rs112935060	CGTGT	C,CGT,CGTGTGT	54879.60	PASS	AA=.;AC=1504,6,479;AF=0.74900,0.00299,0.23855;AN=2008;BaseQRankSum=-0.494;DB;DP=2568;DS;FS=0.843;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=48.2798;InbreedingCoeff=0.5366;MQ=66.67;MQ0=20;MQRankSum=-1.831;QD=20.23;ReadPosRankSum=1.552;SB=-21949.07;SZ=.;TR=21;TU=GT;VQSLOD=7.3749;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CABP1:ENSG00000157782.5:+:deletionFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_20,2:CABP1:ENSG00000157782.5:+:deletionFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_20,3:CABP1:ENSG00000157782.5:+:insertionFS:1/4:CABP1-004:ENST00000453000.1:921_20
chr12	121134165	.	GGAA	G	91.31	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.01139;AN=1580;BaseQRankSum=3.903;DP=4330;DS;FS=2.177;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.8634;InbreedingCoeff=0.0637;MQ=78.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.976;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.106;SB=-124.87;SZ=-3;TR=18;TU=AAG;VQSLOD=7.0288;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MLEC:ENSG00000110917.3:+:deletionNFS:2/2:MLEC-004:ENST00000412616.2:654_461_154_RK->R:MLEC-001:ENST00000228506.3:879_696_232_EE->E
chr12	121164967	.	AG	A	192.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1419;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.3472;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACADS:ENSG00000122971.4:+:deletionFS:2/2:ACADS-001:ENST00000242592.4:1239_185:ACADS-002:ENST00000411593.2:1227_185
chr12	121416857	.	G	GA	24.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0036;AN=274;DP=496;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=6.0945;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNF1A:ENSG00000135100.8:+:insertionFS:13/14:HNF1A-206:ENST00000543536.1:1185_286:HNF1A-207:ENST00000544680.1:1416_286:HNF1A-208:ENST00000545458.1:1359_286:HNF1A-203:ENST00000537424.1:1812_286:HNF1A-001:ENST00000257555.3:1896_286:HNF1A-201:ENST00000340577.3:1719_286:HNF1A-202:ENST00000344370.6:1566_286:HNF1A-006:ENST00000535125.1:1572_286:HNF1A-023:ENST00000541395.1:1989_286:HNF1A-204:ENST00000543027.1:1359_286:HNF1A-025:ENST00000544413.1:1917_286:HNF1A-002:ENST00000400024.2:1629_286:HNF1A-003:ENST00000402929.1:1563_286
chr12	121434630	rs111633572	C	CG,CTCATTCAT	89107.32	PASS	AA=.;AC=59,1317;AF=0.03026,0.67538;AN=1950;BaseQRankSum=-23.903;DB;DP=3883;DS;FS=2.914;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=21.3539;InbreedingCoeff=0.2930;MQ=70.60;MQ0=0;MQRankSum=-16.221;QD=50.03;ReadPosRankSum=2.456;SB=-39561.49;SZ=.;TR=16;TU=ATTC;VQSLOD=6.5852;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HNF1A:ENSG00000135100.8:+:insertionFS:3/14:HNF1A-202:ENST00000344370.6:1566_1394:HNF1A-003:ENST00000402929.1:1563_1394:HNF1A-205:ENST00000543427.1:1212_1043,2:HNF1A:ENSG00000135100.8:+:insertionFS:3/14:HNF1A-202:ENST00000344370.6:1566_1394:HNF1A-003:ENST00000402929.1:1563_1394:HNF1A-205:ENST00000543427.1:1212_1043
chr12	121434725	.	C	CA	702.92	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00940;AN=1064;BaseQRankSum=-5.374;DP=2587;DS;FS=2.477;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=12.4617;InbreedingCoeff=0.1214;MQ=74.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.590;QD=13.52;ReadPosRankSum=1.157;SB=-298.27;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=8.4566;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HNF1A:ENSG00000135100.8:+:insertionFS:2/14:HNF1A-003:ENST00000402929.1:1563_1489:HNF1A-205:ENST00000543427.1:1212_1138
chr12	121458368	.	C	CT	10.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1401;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=AACT;VQSLOD=6.8824;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OASL:ENSG00000135114.7:-:insertionFS:1/2:OASL-001:ENST00000257570.4:1545_1541
chr12	121678327	rs63023660	CTT	C,CT,CTTT,CTTTT,CTTTTT,CTTTTTT	18053.97	PASS	AA=.;AC=16,103,86,84,308,202;AF=0.00956,0.06153,0.05137,0.05018,0.18399,0.12067;AN=1674;BaseQRankSum=-4.983;DB;DP=3303;FS=23.048;HR=13;HU=T;HaplotypeScore=20.8625;InbreedingCoeff=0.6550;MQ=62.36;MQ0=0;MQRankSum=-3.412;QD=12.72;ReadPosRankSum=-3.329;SB=-7576.80;SZ=.;TR=13;TU=T;VQSLOD=8.6407;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:deletionFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976,2:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:deletionFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976,3:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:insertionFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976,4:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:insertionFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976,5:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:insertionNFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615_539_G->KK:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976_326_G->KK,6:CAMKK2:ENSG00000110931.12:-:insertionFS:2/12:CAMKK2-011:ENST00000392474.2:1671_1615:CAMKK2-012:ENST00000545538.1:1032_976
chr12	121855522	.	A	AC	15.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1681;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.6479;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF34:ENSG00000170633.10:+:insertionFS:4/4:RNF34-202:ENST00000361234.4:1119_441:RNF34-204:ENST00000392465.2:1122_444:RNF34-201:ENST00000354795.4:1122_444:RNF34-203:ENST00000392464.1:1116_438
chr12	121858077	rs72059744	AGAT	A	6847.24	PASS	AA=0;AC=64;AF=0.0767;AN=834;BaseQRankSum=18.471;DB;DP=2619;DS;FS=3.949;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=24.1503;InbreedingCoeff=0.1335;MQ=64.50;MQ0=0;MQRankSum=0.969;QD=17.65;ReadPosRankSum=-0.091;SB=-2987.39;SZ=-3;TR=11;TU=ATG;VQSLOD=7.6616;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RNF34:ENSG00000170633.10:+:deletionNFS:4/4:RNF34-202:ENST00000361234.4:1119_666_222_ED->E:RNF34-204:ENST00000392465.2:1122_669_223_ED->E:RNF34-201:ENST00000354795.4:1122_669_223_ED->E:RNF34-203:ENST00000392464.1:1116_663_221_ED->E
chr12	122018732	.	CTG	C	121.36	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0031;AN=978;BaseQRankSum=2.833;DP=1781;FS=17.557;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=11.2000;InbreedingCoeff=0.0109;MQ=72.61;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.242;SB=-33.60;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9140;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KDM2B:ENSG00000089094.10:-:deletionFS:4/9:KDM2B-001:ENST00000377071.3:4011_85:KDM2B-203:ENST00000397480.2:3981_85:KDM2B-202:ENST00000397478.3:2121_85:KDM2B-201:ENST00000261824.7:3921_85
chr12	122064773	rs67647207	CCCGCCA	C	10775.80	PASS	AA=.;AC=568;AF=1.0000;AN=568;BaseQRankSum=-0.144;DB;DP=566;FS=16.239;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.0540;InbreedingCoeff=0.2204;MQ=52.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=27.92;ReadPosRankSum=2.040;SB=-1033.78;SZ=.;TR=17;TU=ACCGCC;VQSLOD=7.9622;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ORAI1:ENSG00000182500.7:+:deletionNFS:1/1:ORAI1-001:ENST00000330079.7:912_126_42_APP->A
chr12	122064788	.	G	GT	1144.18	PASS	AA=.;AC=106;AF=0.1370;AN=774;BaseQRankSum=2.455;DP=743;FS=1.559;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.2382;InbreedingCoeff=0.0587;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=2.908;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.666;SB=-195.53;SZ=.;TR=17;TU=ACCGCC;VQSLOD=5.7494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ORAI1:ENSG00000182500.7:+:insertionFS:1/1:ORAI1-001:ENST00000330079.7:912_141
chr12	122233904	.	T	TG	328.34	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0139;AN=360;DP=574;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7772;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC084018.1:ENSG00000212694.4:-:insertionFS:1/2:AC084018.1-201:ENST00000539299.1:726_545
chr12	122234150	.	TG	T	123.14	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0094;AN=424;DP=927;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.5673;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC084018.1:ENSG00000212694.4:-:deletionFS:1/2:AC084018.1-201:ENST00000539299.1:726_299
chr12	122248449	.	TCTC	T	12.47	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0092;AN=546;BaseQRankSum=3.095;DP=1269;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.0505;InbreedingCoeff=0.1725;MQ=66.53;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=0.34;ReadPosRankSum=0.081;SB=-41.58;SZ=-3;TR=16;TU=CCT;VQSLOD=6.3102;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SETD1B:ENSG00000139718.5:+:deletionNFS:2/2:SETD1B-201:ENST00000267197.5:5772_1598_533_IS->I:SETD1B-001:ENST00000542440.1:5772_1598_533_IS->I
chr12	122255354	.	TGCG	T	224.49	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0109;AN=368;DP=754;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=11;TU=CGG;VQSLOD=8.1932;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SETD1B:ENSG00000139718.5:+:deletionNFS:2/2:SETD1B-201:ENST00000267197.5:5772_3056_1019_VR->V:SETD1B-001:ENST00000542440.1:5772_3056_1019_VR->V
chr12	122255537	rs71079098	CGGA	C,CGGAGGA	68.18	PASS	AA=.;AC=18,29;AF=0.01478,0.02381;AN=1218;BaseQRankSum=-0.466;DB;DP=2734;DS;FS=3.798;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=15.6122;InbreedingCoeff=0.3489;MQ=61.65;MQ0=8;MQRankSum=0.214;QD=0.49;ReadPosRankSum=-1.758;SB=-90.66;SZ=.;TR=21;TU=AGG;VQSLOD=8.4596;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SETD1B:ENSG00000139718.5:+:deletionNFS:2/2:SETD1B-201:ENST00000267197.5:5772_3161_1054_AE->A:SETD1B-001:ENST00000542440.1:5772_3161_1054_AE->A,2:SETD1B:ENSG00000139718.5:+:insertionNFS:2/2:SETD1B-201:ENST00000267197.5:5772_3161_1054_A->AEE:SETD1B-001:ENST00000542440.1:5772_3161_1054_A->AEE
chr12	122281716	.	CCT	C	24.24	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0063;AN=632;DP=1671;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-2;TR=11;TU=CT;VQSLOD=6.5416;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HPD:ENSG00000158104.5:-:deletionFS:3/3:HPD-002:ENST00000289004.4:1182_854:HPD-201:ENST00000545969.1:1173_845:HPD-001:ENST00000543163.1:1065_737
chr12	122284969	.	ACTT	A	23.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=1087;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=6.2938;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HPD:ENSG00000158104.5:-:deletionNFS:3/3:HPD-002:ENST00000289004.4:1182_748_250_SQ->Q:HPD-201:ENST00000545969.1:1173_739_247_SQ->Q:HPD-001:ENST00000543163.1:1065_631_211_SQ->Q
chr12	122295273	.	A	AC	9.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=622;DP=1170;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.5047;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HPD:ENSG00000158104.5:-:insertionFS:3/3:HPD-002:ENST00000289004.4:1182_159:HPD-201:ENST00000545969.1:1173_150:HPD-001:ENST00000543163.1:1065_42
chr12	122359397	rs71082910	G	GAAA,GGAGGAGGAGGAGAAA	114228.14	PASS	AA=.;AC=9,1425;AF=0.00471,0.74529;AN=1912;BaseQRankSum=-15.325;DB;DP=3514;DS;FS=31.478;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=36.6544;InbreedingCoeff=0.3057;MQ=62.35;MQ0=1;MQRankSum=-9.616;QD=68.98;ReadPosRankSum=3.606;SB=-37413.93;SZ=.;TR=11;TU=AGG;VQSLOD=5.2671;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:WDR66:ENSG00000158023.5:+:insertionNFS:2/2:WDR66-001:ENST00000288912.4:3450_186_62_G->GK:WDR66-003:ENST00000397454.2:2826_186_62_G->GK,2:WDR66:ENSG00000158023.5:+:insertionNFS:2/2:WDR66-001:ENST00000288912.4:3450_186_62_G->GEEEEK:WDR66-003:ENST00000397454.2:2826_186_62_G->GEEEEK
chr12	122380819	.	TG	T	5	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=648;BaseQRankSum=2.778;DP=1927;DS;FS=4.573;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.1861;InbreedingCoeff=0.1442;MQ=65.15;MQ0=1;MQRankSum=0.975;QD=0.50;ReadPosRankSum=0.381;SB=-32.10;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1064;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WDR66:ENSG00000158023.5:+:deletionFS:2/2:WDR66-001:ENST00000288912.4:3450_1129:WDR66-003:ENST00000397454.2:2826_1129
chr12	122437767	.	G	GC	5.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;BaseQRankSum=-2.448;DP=1316;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.4632;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR66:ENSG00000158023.5:+:insertionFS:1/2:WDR66-001:ENST00000288912.4:3450_3152
chr12	122618566	.	T	TC	21.12	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0069;AN=290;DP=502;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.9527;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MLXIP:ENSG00000175727.7:+:insertionFS:1/4:MLXIP-201:ENST00000377037.2:657_534
chr12	122618617	.	G	GACC	127.25	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1002;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=15;TU=ACC;VQSLOD=7.3415;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MLXIP:ENSG00000175727.7:+:insertionNFS:1/4:MLXIP-201:ENST00000377037.2:657_585_195_V->VT
chr12	122622120	.	AAT	A	12.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;DP=1578;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.2979;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MLXIP:ENSG00000175727.7:+:deletionFS:3/4:MLXIP-004:ENST00000539039.1:1263_958:MLXIP-003:ENST00000538698.1:1581_958:MLXIP-001:ENST00000319080.6:2760_2137
chr12	122676072	.	TGAA	T	167.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1154;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=8.0006;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC43:ENSG00000158113.7:+:deletionNFS:3/3:LRRC43-001:ENST00000339777.4:1971_1047_349_DE->D:LRRC43-201:ENST00000289014.6:1584_660_220_DE->D:LRRC43-202:ENST00000425921.1:1416_492_164_DE->D
chr12	122677374	.	T	TTGAAGAGGTTAC	1786.84	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0189;AN=688;BaseQRankSum=-1.716;DP=1909;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=49.3014;InbreedingCoeff=0.2354;MQ=61.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.644;QD=22.62;ReadPosRankSum=-1.792;SB=-872.98;SZ=12;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=5.0301;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LRRC43:ENSG00000158113.7:+:insertionNFS:3/3:LRRC43-001:ENST00000339777.4:1971_1172_391_V->VEEVT:LRRC43-201:ENST00000289014.6:1584_785_262_V->VEEVT:LRRC43-202:ENST00000425921.1:1416_617_206_V->VEEVT
chr12	122677395	.	T	TTA	267.63	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0187;AN=428;DP=1142;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5512;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC43:ENSG00000158113.7:+:insertionFS:3/3:LRRC43-001:ENST00000339777.4:1971_1193:LRRC43-201:ENST00000289014.6:1584_806:LRRC43-202:ENST00000425921.1:1416_638
chr12	122685137	.	GAAA	G	969.39	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.02079;AN=1010;BaseQRankSum=7.773;DP=2202;DS;FS=9.188;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=17.2265;InbreedingCoeff=0.0350;MQ=70.61;MQ0=0;MQRankSum=-6.098;QD=7.76;ReadPosRankSum=-3.151;SB=-477.60;SZ=-3;TR=11;TU=AAAGG;VQSLOD=6.4791;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC43:ENSG00000158113.7:+:deletionNFS:3/3:LRRC43-001:ENST00000339777.4:1971_1550_517_GK->G:LRRC43-201:ENST00000289014.6:1584_1163_388_GK->G:LRRC43-202:ENST00000425921.1:1416_995_332_GK->G
chr12	122757471	.	TCA	T	228.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1267;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.4561;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLIP1:ENSG00000130779.13:-:deletionFS:8/9:CLIP1-001:ENST00000302528.7:4284_4235:CLIP1-201:ENST00000358808.2:4284_4235:CLIP1-002:ENST00000537178.1:4179_4130:CLIP1-003:ENST00000540338.1:4317_4268:CLIP1-204:ENST00000542885.1:3480_3431:CLIP1-008:ENST00000545889.1:3042_2993:CLIP1-202:ENST00000392458.3:1416_1367:CLIP1-015:ENST00000540539.1:354_305
chr12	122966531	.	ACTT	A	342.80	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0096;AN=314;DP=900;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=8.1756;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZCCHC8:ENSG00000033030.9:-:deletionNFS:3/4:ZCCHC8-201:ENST00000336229.4:2124_836_279_VE->E:ZCCHC8-003:ENST00000536306.1:1410_122_41_VE->E:ZCCHC8-002:ENST00000543897.1:1410_122_41_VE->E
chr12	123019273	.	CCAAT	C	49.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=1000;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.3784;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:deletionFS:2/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_192:KNTC1-002:ENST00000450485.2:3405_192
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chr12	123032058	.	TCTC	T	188.53	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0043;AN=696;BaseQRankSum=4.298;DP=1666;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.8250;InbreedingCoeff=0.1350;MQ=71.28;MQ0=0;MQRankSum=0.015;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.351;SB=-141.43;SZ=-3;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.3943;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:deletionNFS:2/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_913_305_SP->S:KNTC1-002:ENST00000450485.2:3405_802_268_SP->S
chr12	123032510	.	T	TA	10.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=954;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=5.0538;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:insertionFS:2/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_981:KNTC1-002:ENST00000450485.2:3405_870
chr12	123068914	.	T	TC	4.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;BaseQRankSum=0.641;DP=1335;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.8479;InbreedingCoeff=0.0485;MQ=57.12;MQ0=2;MQRankSum=-0.965;QD=0.80;ReadPosRankSum=0.447;SB=0.87;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3646;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:insertionFS:1/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_3353
chr12	123075985	.	T	TG	14.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1179;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:insertionFS:1/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_4230
chr12	123100068	.	T	TG	7.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1100;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5569;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KNTC1:ENSG00000184445.6:+:insertionFS:3/5:KNTC1-001:ENST00000333479.6:6630_6025:KNTC1-002:ENST00000450485.2:3405_2800:KNTC1-201:ENST00000537348.1:1332_1300
chr12	123186740	rs63475561	TAAGGA	T	66.33	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00458;AN=1746;BaseQRankSum=3.435;DB;DP=4448;DS;FS=3.616;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.4134;InbreedingCoeff=0.0098;MQ=49.46;MQ0=1;MQRankSum=-3.982;QD=2.00;ReadPosRankSum=0.200;SB=-84.75;SZ=-5;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.8488;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR109A:ENSG00000182782.6:-:multiExonHit:1/2:GPR109A-001:ENST00000328880.5:1092
chr12	123200786	.	ACTT	A	67.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;DP=2045;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=5.7551;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR109B:ENSG00000255398.2:-:deletionNFS:1/1:GPR109B-001:ENST00000528880.2:1164_499_167_LL->L
chr12	123201012	.	TG	T	121.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=346;DP=877;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.4296;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR109B:ENSG00000255398.2:-:deletionFS:1/1:GPR109B-001:ENST00000528880.2:1164_273
chr12	123214137	.	AC	A	77.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1261;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.7678;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR81:ENSG00000196917.4:-:deletionFS:3/3:GPR81-201:ENST00000356987.2:1041_750:GPR81-202:ENST00000432564.1:1041_750:GPR81-001:ENST00000436083.2:1041_750
chr12	123265759	.	TAAA	T	87.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=540;DP=1307;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.0297;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC62:ENSG00000130783.9:+:deletionNFS:2/4:CCDC62-005:ENST00000392441.4:2049_278_93_VK->V:CCDC62-001:ENST00000253079.6:2055_278_93_VK->V
chr12	123351891	.	TG	T	56.19	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.0470;AN=362;DP=443;HR=9;HRun=9;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=9;TU=G;VQSLOD=5.3903;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:VPS37B:ENSG00000139722.2:-:deletionFS:1/1:VPS37B-001:ENST00000267202.2:858_630
chr12	123461435	.	C	CG	99.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1190;DS;HR=5;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.6853;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OGFOD2:ENSG00000111325.12:+:insertionFS:2/8:OGFOD2-006:ENST00000228922.7:1053_321:OGFOD2-001:ENST00000397389.2:873_141
chr12	123466292	.	GGAA	G	91.08	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.0176;AN=964;BaseQRankSum=2.990;DP=2499;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.0074;InbreedingCoeff=0.0383;MQ=59.25;MQRankSum=-2.955;QD=1.52;ReadPosRankSum=-1.555;SB=-104.86;SZ=-3;TR=17;TU=AAG;VQSLOD=6.3765;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARL6IP4:ENSG00000182196.8:+:deletionNFS:9/9:ARL6IP4-001:ENST00000315580.5:1083_704_235_RK->R:ARL6IP4-003:ENST00000453766.2:1059_680_227_RK->R:ARL6IP4-002:ENST00000543566.1:1026_647_216_RK->R:ARL6IP4-018:ENST00000392435.2:1017_647_216_RK->R:ARL6IP4-011:ENST00000357866.4:546_311_104_RK->R:ARL6IP4-021:ENST00000412505.2:513_278_93_RK->R:ARL6IP4-014:ENST00000426960.2:657_278_93_RK->R:ARL6IP4-019:ENST00000439686.2:690_311_104_RK->R:ARL6IP4-004:ENST00000454885.2:681_302_101_RK->R
chr12	123480123	rs59914281	TGCCACCACC	T	2654.76	PASS	AA=.;AC=64;AF=0.1155;AN=554;BaseQRankSum=9.000;DB;DP=739;DS;FS=9.263;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.6572;InbreedingCoeff=0.2601;MQ=55.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.536;QD=24.13;ReadPosRankSum=0.977;SB=-457.64;SZ=.;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=7.7007;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PITPNM2:ENSG00000090975.8:-:deletionNFS:4/4:PITPNM2-001:ENST00000280562.5:4032_1867_623_SSGG->G:PITPNM2-201:ENST00000320201.4:4050_1867_623_SSGG->G:PITPNM2-202:ENST00000392428.1:3213_1030_344_SSGG->G:PITPNM2-005:ENST00000542749.1:4050_1867_623_SSGG->G
chr12	123687383	.	A	AT	6.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=1795;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.9343;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH9:ENSG00000051825.8:-:insertionFS:2/4:MPHOSPH9-201:ENST00000302349.5:3087_1113:MPHOSPH9-001:ENST00000541076.1:3096_1113
chr12	123706180	.	A	AT	24.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1209;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.6348;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH9:ENSG00000051825.8:-:insertionFS:2/4:MPHOSPH9-201:ENST00000302349.5:3087_155:MPHOSPH9-001:ENST00000541076.1:3096_155
chr12	123738356	.	CAAG	C	59.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1601;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AGGC;VQSLOD=5.7661;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C12orf65:ENSG00000130921.3:+:deletionNFS:3/3:C12orf65-201:ENST00000253233.1:501_135_45_GK->G:C12orf65-001:ENST00000366329.2:501_135_45_GK->G:C12orf65-007:ENST00000429587.2:501_135_45_GK->G
chr12	123900458	.	GA	G	48.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1255;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.5867;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RILPL2:ENSG00000150977.9:-:deletionFS:1/1:RILPL2-201:ENST00000280571.8:636_616
chr12	123950699	.	CAG	C	111.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=530;DP=1153;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-84.28;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.2375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNRNP35:ENSG00000184209.13:+:deletionFS:3/3:SNRNP35-002:ENST00000412157.2:756_627:SNRNP35-003:ENST00000350887.5:741_612:SNRNP35-001:ENST00000526639.2:741_612
chr12	123950762	.	GGA	G	15.45	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0103;AN=682;DP=1621;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=11;TU=AG;VQSLOD=6.7659;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNRNP35:ENSG00000184209.13:+:deletionFS:3/3:SNRNP35-002:ENST00000412157.2:756_690:SNRNP35-003:ENST00000350887.5:741_675:SNRNP35-001:ENST00000526639.2:741_675
chr12	124090693	.	TAA	T,TA	165.29	PASS	AA=0;AC=3,0;AF=0.0083,0.0000;AN=360;DP=1137;DS;HR=6;HU=A;MQ0=4;SZ=-2;TR=6;TU=A;VQSLOD=7.4168;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX55:ENSG00000111364.9:+:deletionFS:3/4:DDX55-001:ENST00000238146.3:1803_233:DDX55-004:ENST00000538744.1:1710_233:DDX55-201:ENST00000538449.1:1062_233,2:DDX55:ENSG00000111364.9:+:deletionFS:3/4:DDX55-001:ENST00000238146.3:1803_233:DDX55-004:ENST00000538744.1:1710_233:DDX55-201:ENST00000538449.1:1062_233
chr12	124104647	.	CAG	C	452.71	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0081;AN=492;DP=1652;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.2782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDX55:ENSG00000111364.9:+:deletionFS:3/4:DDX55-001:ENST00000238146.3:1803_1763:DDX55-004:ENST00000538744.1:1710_1670:DDX55-014:ENST00000421670.3:624_584
chr12	124158228	.	T	TC	6.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1564;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6087;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCTN2:ENSG00000168778.7:+:insertionFS:2/2:TCTN2-001:ENST00000303372.5:2094_334:TCTN2-002:ENST00000426174.2:2091_331
chr12	124163819	.	C	CGCT	51.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;BaseQRankSum=-2.448;DP=1731;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=10;TU=CTG;VQSLOD=5.9444;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCTN2:ENSG00000168778.7:+:insertionNFS:2/2:TCTN2-001:ENST00000303372.5:2094_547_183_R->RC:TCTN2-002:ENST00000426174.2:2091_544_182_R->RC
chr12	124229311	.	TAAG	T	320.32	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=420;DP=1362;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.8693;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP6V0A2:ENSG00000185344.7:+:deletionNFS:1/3:ATP6V0A2-001:ENST00000330342.2:2571_1494_498_HK->H
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chr12	124887058	rs35831183	GGCTGCTGCT	G,GGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCT,GGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCT	7027.12	PASS	AA=.;AC=36,260,116,146;AF=0.0403,0.2908,0.1298,0.1633;AN=894;BaseQRankSum=-1.584;DB;DP=1574;DS;FS=3.457;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=29.0769;InbreedingCoeff=0.7974;MQ=69.88;MQ0=14;MQRankSum=-0.455;QD=8.47;ReadPosRankSum=-0.301;SB=-2526.58;SZ=.;TR=37;TU=CTG;VQSLOD=10.7856;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NCOR2:ENSG00000196498.8:-:deletionNFS:7/8:NCOR2-201:ENST00000356219.3:7566_1532_511_PMPR->R:NCOR2-202:ENST00000397355.1:7380_1532_511_PMPR->R:NCOR2-002:ENST00000404621.1:7377_1529_510_PMPR->R:NCOR2-005:ENST00000405201.1:7545_1532_511_PMPR->R:NCOR2-001:ENST00000429285.2:7515_1529_510_PMPR->R:NCOR2-204:ENST00000447011.2:7542_1532_511_PMPR->R:NCOR2-203:ENST00000404121.2:6228_242_81_PMPR->R,2:NCOR2:ENSG00000196498.8:-:insertionNFS:7/8:NCOR2-201:ENST00000356219.3:7566_1532_511_P->QQQQP:NCOR2-202:ENST00000397355.1:7380_1532_511_P->QQQQP:NCOR2-002:ENST00000404621.1:7377_1529_510_P->QQQQP:NCOR2-005:ENST00000405201.1:7545_1532_511_P->QQQQP:NCOR2-001:ENST00000429285.2:7515_1529_510_P->QQQQP:NCOR2-204:ENST00000447011.2:7542_1532_511_P->QQQQP:NCOR2-203:ENST00000404121.2:6228_242_81_P->QQQQP,3:NCOR2:ENSG00000196498.8:-:insertionNFS:7/8:NCOR2-201:ENST00000356219.3:7566_1532_511_P->QQQQQP:NCOR2-202:ENST00000397355.1:7380_1532_511_P->QQQQQP:NCOR2-002:ENST00000404621.1:7377_1529_510_P->QQQQQP:NCOR2-005:ENST00000405201.1:7545_1532_511_P->QQQQQP:NCOR2-001:ENST00000429285.2:7515_1529_510_P->QQQQQP:NCOR2-204:ENST00000447011.2:7542_1532_511_P->QQQQQP:NCOR2-203:ENST00000404121.2:6228_242_81_P->QQQQQP,4:NCOR2:ENSG00000196498.8:-:insertionNFS:7/8:NCOR2-201:ENST00000356219.3:7566_1532_511_P->QQQQQQQP:NCOR2-202:ENST00000397355.1:7380_1532_511_P->QQQQQQQP:NCOR2-002:ENST00000404621.1:7377_1529_510_P->QQQQQQQP:NCOR2-005:ENST00000405201.1:7545_1532_511_P->QQQQQQQP:NCOR2-001:ENST00000429285.2:7515_1529_510_P->QQQQQQQP:NCOR2-204:ENST00000447011.2:7542_1532_511_P->QQQQQQQP:NCOR2-203:ENST00000404121.2:6228_242_81_P->QQQQQQQP
chr12	125465269	.	ACTC	A,ACTCCTCCTC	189.27	PASS	AA=.;AC=30,100;AF=0.02008,0.06693;AN=1494;BaseQRankSum=3.797;DP=3318;DS;FS=19.241;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=24.3938;InbreedingCoeff=0.4214;MQ=65.41;MQ0=0;MQRankSum=0.564;QD=0.53;ReadPosRankSum=-3.068;SB=-244.67;SZ=.;TR=27;TU=CCT;VQSLOD=6.9897;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:DHX37:ENSG00000150990.3:-:deletionNFS:1/2:DHX37-201:ENST00000308736.2:3474_505_169_SE->E,2:DHX37:ENSG00000150990.3:-:insertionNFS:1/2:DHX37-201:ENST00000308736.2:3474_505_169_S->EEES
chr12	125478381	rs61379857	C	CCTG,CCTGCTG	1147.12	PASS	AA=.;AC=59,20;AF=0.3073,0.1042;AN=192;BaseQRankSum=-1.446;DB;DP=245;FS=3.146;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=15.1471;InbreedingCoeff=0.5518;MQ=52.55;MQ0=2;MQRankSum=-0.260;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.853;SB=-288.53;SZ=.;TR=29;TU=CTG;VQSLOD=9.8214;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BRI3BP:ENSG00000184992.9:+:insertionNFS:1/1:BRI3BP-001:ENST00000341446.7:756_45_15_L->LL,2:BRI3BP:ENSG00000184992.9:+:insertionNFS:1/1:BRI3BP-001:ENST00000341446.7:756_45_15_L->LLL
chr12	125509852	.	GCCCCAGCAA	G,GCCCCAGCAACCCCAGCAA	217.44	PASS	AA=.;AC=2,70;AF=0.00200,0.06986;AN=1002;BaseQRankSum=-3.898;DP=1957;DS;FS=6.968;HR=4;HU=C;HaplotypeScore=26.8256;InbreedingCoeff=0.3452;MQ=70.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.691;QD=1.72;ReadPosRankSum=-4.776;SB=-14.96;SZ=.;TR=25;TU=AACCCCAGC;VQSLOD=5.2270;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:BRI3BP:ENSG00000184992.9:+:deletionNFS:1/1:BRI3BP-001:ENST00000341446.7:756_632_211_GPSN->G,2:BRI3BP:ENSG00000184992.9:+:insertionNFS:1/1:BRI3BP-001:ENST00000341446.7:756_632_211_G->GPSNPSN
chr12	126004100	.	AT	A	6.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=712;DP=1480;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=AGTG;VQSLOD=5.0122;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM132B:ENSG00000139364.6:+:deletionFS:1/2:TMEM132B-002:ENST00000299308.3:3237_1207
chr12	129328900	rs71449366	TA	T,TAA	3130.98	PASS	AA=.;AC=258,205;AF=0.13886,0.11033;AN=1858;BaseQRankSum=3.270;DB;DP=4280;DS;FS=9.036;HR=13;HU=A;HaplotypeScore=12.5554;InbreedingCoeff=0.3204;MQ=56.23;MQ0=7;MQRankSum=0.701;QD=1.93;ReadPosRankSum=-0.867;SB=-2102.24;SZ=.;TR=13;TU=A;VQSLOD=9.3167;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC108704.1:ENSG00000250369.2:-:deletionFS:1/1:AC108704.1-201:ENST00000514976.2:837_619,2:AC108704.1:ENSG00000250369.2:-:insertionFS:1/1:AC108704.1-201:ENST00000514976.2:837_619
chr12	129328938	.	C	CAGA	820.90	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0116;AN=518;DP=1436;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.5178;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC108704.1:ENSG00000250369.2:-:insertionNFS:1/1:AC108704.1-201:ENST00000514976.2:837_582_194_L->LL
chr12	129329988	.	G	GC	683.94	PASS	AA=.;AC=31;AF=0.02385;AN=1300;BaseQRankSum=-2.464;DP=2306;DS;FS=5.859;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=11.9856;InbreedingCoeff=0.0685;MQ=36.49;MQ0=361;MQRankSum=-1.736;QD=6.00;ReadPosRankSum=-0.392;SB=-278.08;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.9642;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC108704.1:ENSG00000250369.2:-:insertionFS:1/1:AC108704.1-201:ENST00000514976.2:837_22
chr12	130648946	.	AC	A	59.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1300;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FZD10:ENSG00000111432.4:+:deletionFS:2/2:FZD10-201:ENST00000229030.4:1746_1459:FZD10-001:ENST00000539839.1:1365_1361
chr12	131474152	.	CCA	C	4.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=636;BaseQRankSum=1.407;DP=1502;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.5464;InbreedingCoeff=0.0466;MQ=68.53;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.756;SB=-28.73;SZ=-2;TR=6;TU=AC;VQSLOD=5.2983;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC078925.1:ENSG00000255724.1:-:deletionFS:1/1:AC078925.1-201:ENST00000537846.1:423_48
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chr12	132313104	.	C	CGCT	2074.54	PASS	AA=0;AC=92;AF=0.3680;AN=250;BaseQRankSum=0.765;DP=259;FS=25.973;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.0569;InbreedingCoeff=0.1376;MQ=48.34;MQ0=0;MQRankSum=-0.097;QD=14.41;ReadPosRankSum=3.068;SB=-792.34;SZ=3;TR=17;TU=CCGCTG;VQSLOD=5.2555;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MMP17:ENSG00000198598.2:+:insertionNFS:1/3:MMP17-001:ENST00000360564.1:1812_65_22_P->PL
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chr12	132547068	rs60930033	GGCAGCA	G,GGCA,GGCAGCAGCA	4998.12	PASS	AA=.;AC=6,52,339;AF=0.00404,0.03499,0.22813;AN=1486;BaseQRankSum=3.623;DB;DP=2612;DS;FS=0.000;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=18.6233;InbreedingCoeff=0.5831;MQ=61.76;MQ0=3;MQRankSum=-1.632;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.897;SB=-1909.45;SZ=.;TR=21;TU=AGC;VQSLOD=9.2565;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EP400:ENSG00000183495.8:+:deletionNFS:6/7:EP400-201:ENST00000330386.6:9129_7913_2638_RQQ->R:EP400-202:ENST00000332482.4:9261_8045_2682_RQQ->R:EP400-203:ENST00000333577.4:9480_8264_2755_RQQ->R:EP400-204:ENST00000389561.2:9372_8156_2719_RQQ->R:EP400-205:ENST00000389562.2:9369_8153_2718_RQQ->R:EP400-001:ENST00000541296.1:9372_8156_2719_RQQ->R,2:EP400:ENSG00000183495.8:+:deletionNFS:6/7:EP400-201:ENST00000330386.6:9129_7913_2638_RQ->R:EP400-202:ENST00000332482.4:9261_8045_2682_RQ->R:EP400-203:ENST00000333577.4:9480_8264_2755_RQ->R:EP400-204:ENST00000389561.2:9372_8156_2719_RQ->R:EP400-205:ENST00000389562.2:9369_8153_2718_RQ->R:EP400-001:ENST00000541296.1:9372_8156_2719_RQ->R,3:EP400:ENSG00000183495.8:+:insertionNFS:6/7:EP400-201:ENST00000330386.6:9129_7913_2638_R->RQQQ:EP400-202:ENST00000332482.4:9261_8045_2682_R->RQQQ:EP400-203:ENST00000333577.4:9480_8264_2755_R->RQQQ:EP400-204:ENST00000389561.2:9372_8156_2719_R->RQQQ:EP400-205:ENST00000389562.2:9369_8153_2718_R->RQQQ:EP400-001:ENST00000541296.1:9372_8156_2719_R->RQQQ
chr12	132547093	rs10902490	A	ACAG	1163.38	PASS	AA=.;AC=123;AF=0.3844;AN=320;BaseQRankSum=1.957;DB;DP=670;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.3728;InbreedingCoeff=0.3224;MQ=61.78;MQ0=91;MQRankSum=-2.744;QD=1.58;ReadPosRankSum=-0.940;SB=-195.62;SZ=.;TR=44;TU=AGC;VQSLOD=8.4718;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EP400:ENSG00000183495.8:+:insertionNFS:6/7:EP400-201:ENST00000330386.6:9129_7938_2646_Q->QQ:EP400-202:ENST00000332482.4:9261_8070_2690_Q->QQ:EP400-203:ENST00000333577.4:9480_8289_2763_Q->QQ:EP400-204:ENST00000389561.2:9372_8181_2727_Q->QQ:EP400-205:ENST00000389562.2:9369_8178_2726_Q->QQ:EP400-001:ENST00000541296.1:9372_8181_2727_Q->QQ
chr12	132562146	.	C	CCAG	45.78	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0071;AN=282;DP=519;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=5.6887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EP400:ENSG00000183495.8:+:insertionNFS:6/7:EP400-201:ENST00000330386.6:9129_9057_3019_S->SQ:EP400-202:ENST00000332482.4:9261_9189_3063_S->SQ:EP400-203:ENST00000333577.4:9480_9408_3136_S->SQ:EP400-204:ENST00000389561.2:9372_9300_3100_S->SQ:EP400-205:ENST00000389562.2:9369_9297_3099_S->SQ:EP400-001:ENST00000541296.1:9372_9300_3100_S->SQ
chr12	132811498	rs77799724	TC	T	9965.79	PASS	AA=0;AC=309;AF=0.17944;AN=1722;BaseQRankSum=10.318;DB;DP=2862;DS;FS=0.777;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=9.4357;InbreedingCoeff=0.1603;MQ=61.49;MQ0=0;MQRankSum=-3.912;QD=20.63;ReadPosRankSum=1.306;SB=-4677.62;SZ=-1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=8.2907;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GALNT9:ENSG00000182870.8:-:deletionFS:1/4:GALNT9-201:ENST00000535228.1:1065_190
chr12	132811513	.	GC	G	4456.25	PASS	AA=0;AC=72;AF=0.05286;AN=1362;BaseQRankSum=7.595;DP=2403;DS;FS=10.825;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=11.5190;InbreedingCoeff=0.1440;MQ=69.14;MQ0=0;MQRankSum=1.890;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-1881.27;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.3517;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GALNT9:ENSG00000182870.8:-:deletionFS:1/4:GALNT9-201:ENST00000535228.1:1065_175
chr12	133084743	.	AT	A	7	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=602;DP=1146;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=4.8206;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBRSL1:ENSG00000112787.7:+:deletionFS:2/2:FBRSL1-201:ENST00000261673.6:2919_77:FBRSL1-001:ENST00000434748.2:3138_296
chr12	133196890	.	CTCA	C	33.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=691;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SB=0.80;SZ=-3;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=5.3987;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:P2RX2:ENSG00000187848.8:+:deletionNFS:7/7:P2RX2-003:ENST00000343948.4:1494_592_198_LI->L:P2RX2-010:ENST00000348800.5:1215_592_198_LI->L:P2RX2-009:ENST00000350048.5:1344_520_174_LI->L:P2RX2-008:ENST00000351222.4:1140_316_106_LI->L:P2RX2-007:ENST00000352418.4:1200_376_126_LI->L:P2RX2-006:ENST00000389110.3:1416_592_198_LI->L:P2RX2-001:ENST00000449132.2:1113_485_162_PH->P
chr12	133198463	.	ATCTCTGCCCCT	A	1186.34	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0263;AN=380;DP=769;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-11;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.6317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:P2RX2:ENSG00000187848.8:+:deletionFS:5/7:P2RX2-003:ENST00000343948.4:1494_1399:P2RX2-009:ENST00000350048.5:1344_1249:P2RX2-008:ENST00000351222.4:1140_1045:P2RX2-007:ENST00000352418.4:1200_1105:P2RX2-006:ENST00000389110.3:1416_1321
chr12	133256800	.	CAA	C	13.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1755;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.4337;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:POLE:ENSG00000177084.9:-:deletionFS:4/6:POLE-203:ENST00000455752.2:6894_327:POLE-001:ENST00000320574.5:6861_294:POLE-004:ENST00000535270.1:6780_213:POLE-202:ENST00000376577.2:3330_99
chr12	133277869	.	A	AG	51.88	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0051;AN=594;DP=1152;HR=7;HRun=7;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=G;VQSLOD=6.0699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PXMP2:ENSG00000176894.4:+:insertionFS:3/4:PXMP2-001:ENST00000317479.3:588_433:PXMP2-003:ENST00000539093.1:333_47:PXMP2-004:ENST00000428960.2:576_154,1:RP13-672B3.2:ENSG00000256632.1:+:insertionFS:1/1:RP13-672B3.2-201:ENST00000545677.1:504_47
chr12	133324454	.	G	GT	18.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1393;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2544;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKLE2:ENSG00000176915.10:-:insertionFS:3/5:ANKLE2-001:ENST00000357997.5:2817_1194:ANKLE2-002:ENST00000539605.1:2631_1008:ANKLE2-201:ENST00000337516.5:1947_1194
chr12	133502063	.	G	GA	12.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1477;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.1046;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF605:ENSG00000196458.5:-:insertionFS:2/2:ZNF605-001:ENST00000360187.3:1926_1822:ZNF605-002:ENST00000392321.3:2019_1915
chr12	133696867	.	CACTT	C	416.84	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0054;AN=556;DP=1388;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.5125;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF891:ENSG00000214029.3:-:startOverlap:2/2:ZNF891-201:ENST00000397313.2:1635:ZNF891-001:ENST00000537226.1:1635
chr12	133698114	.	AC	A	4.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=510;BaseQRankSum=1.943;DP=1461;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=15.1866;InbreedingCoeff=0.0494;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.083;QD=0.82;ReadPosRankSum=-0.546;SB=-28.86;SZ=-1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.4800;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF891:ENSG00000214029.3:-:deletionFS:2/2:ZNF891-201:ENST00000397313.2:1635_391:ZNF891-001:ENST00000537226.1:1635_391
chr12	133698495	.	TA	T	2419.12	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0365;AN=740;BaseQRankSum=8.238;DP=2358;DS;FS=7.475;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=17.9193;InbreedingCoeff=0.2162;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=3.000;QD=16.02;ReadPosRankSum=-3.060;SB=-1272.97;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.0280;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZNF891:ENSG00000214029.3:-:deletionFS:2/2:ZNF891-201:ENST00000397313.2:1635_10:ZNF891-001:ENST00000537226.1:1635_10
chr12	133778835	.	GTCT	G	21.05	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1315;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=5.4110;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF268:ENSG00000090612.12:+:deletionNFS:7/10:ZNF268-002:ENST00000228289.5:2844_563_188_CL->C:ZNF268-001:ENST00000541009.1:2844_563_188_CL->C:ZNF268-202:ENST00000536435.1:504_436_146_VF->V:ZNF268-003:ENST00000536899.1:207_139_47_VF->V:ZNF268-205:ENST00000542711.1:303_235_79_VF->V:ZNF268-203:ENST00000537565.1:2361_80_27_CL->C:ZNF268-204:ENST00000541019.1:2193_80_27_CL->C
chr12	133779602	.	T	TA	53.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1613;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.3798;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF268:ENSG00000090612.12:+:insertionFS:4/10:ZNF268-002:ENST00000228289.5:2844_1330:ZNF268-001:ENST00000541009.1:2844_1330:ZNF268-203:ENST00000537565.1:2361_847:ZNF268-204:ENST00000541019.1:2193_847
chr12	133780183	.	GA	G	26.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=732;DP=2025;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=3;SZ=-1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=6.7537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF268:ENSG00000090612.12:+:deletionFS:4/10:ZNF268-002:ENST00000228289.5:2844_1911:ZNF268-001:ENST00000541009.1:2844_1911:ZNF268-203:ENST00000537565.1:2361_1428:ZNF268-204:ENST00000541019.1:2193_1428
chr12	133780971	.	CCTT	C	122.36	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00155;AN=1292;BaseQRankSum=2.942;DP=3452;DS;FS=2.043;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.4739;InbreedingCoeff=0.1066;MQ=66.80;MQ0=1;MQRankSum=-3.269;QD=20.02;ReadPosRankSum=0.442;SB=-44.12;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.9830;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF268:ENSG00000090612.12:+:deletionNFS:3/10:ZNF268-002:ENST00000228289.5:2844_2699_900_TF->T:ZNF268-001:ENST00000541009.1:2844_2699_900_TF->T:ZNF268-203:ENST00000537565.1:2361_2216_739_TF->T
chr13	19748065	.	CCT	C	22.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=588;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9767;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUBA3C:ENSG00000198033.5:-:deletionFS:2/2:TUBA3C-201:ENST00000360801.4:1257_1195:TUBA3C-002:ENST00000400113.3:1353_1291
chr13	19748091	.	CG	C	87.75	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0045;AN=664;DP=1405;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=7.2151;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUBA3C:ENSG00000198033.5:-:deletionFS:1/2:TUBA3C-002:ENST00000400113.3:1353_1265
chr13	19999954	rs55704578	T	TGCGAA	4651.36	PASS	AA=.;AC=190;AF=0.14638;AN=1298;BaseQRankSum=-2.976;DB;DP=2194;DS;FS=4.107;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.9621;InbreedingCoeff=0.3085;MQ=40.15;MQ0=33;MQRankSum=-9.143;QD=25.48;ReadPosRankSum=-7.743;SB=-1207.94;SZ=.;TR=6;TU=GT;VQSLOD=5.8874;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TPTE2:ENSG00000132958.12:-:insertionFS:1/10:TPTE2-202:ENST00000343548.4:1467_1420,1:TPTE2:ENSG00000132958.12:-:multiExonHit:1/10:TPTE2-207:ENST00000419256.2:975
chr13	20041393	.	CA	C	10.63	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0074;AN=408;BaseQRankSum=3.404;DP=841;FS=0.000;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=11.0758;InbreedingCoeff=0.1609;MQ=45.93;MQ0=60;MQRankSum=-0.401;QD=0.53;ReadPosRankSum=0.406;SB=-44.99;SZ=-1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.6680;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TPTE2:ENSG00000132958.12:-:deletionFS:3/10:TPTE2-204:ENST00000382977.4:1569_484:TPTE2-206:ENST00000400230.2:1569_484:TPTE2-202:ENST00000343548.4:1467_484
chr13	20220793	.	GTT	G	284.05	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.01509;AN=1060;BaseQRankSum=6.624;DP=2298;DS;FS=0.816;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=13.0102;InbreedingCoeff=0.0023;MQ=60.72;MQ0=17;MQRankSum=-6.783;QD=3.12;ReadPosRankSum=-1.807;SB=-196.21;SZ=-2;TR=10;TU=AGTTT;VQSLOD=6.0025;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:deletionFS:3/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_580:MPHOSPH8-001:ENST00000361479.4:2583_580:MPHOSPH8-202:ENST00000414242.2:2604_580
chr13	20220889	.	GA	G	4.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=694;BaseQRankSum=2.425;DP=1655;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=11.4276;InbreedingCoeff=0.0581;MQ=66.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.239;QD=1.04;ReadPosRankSum=-0.399;SB=1.07;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:deletionFS:3/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_676:MPHOSPH8-001:ENST00000361479.4:2583_676:MPHOSPH8-202:ENST00000414242.2:2604_676
chr13	20247226	rs10706287	CGG	C,CG	57456.31	PASS	AA=.;AC=12,1209;AF=0.00647,0.65140;AN=1856;BaseQRankSum=14.657;DB;DP=4557;DS;FS=11.225;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=27.9961;InbreedingCoeff=0.2283;MQ=58.76;MQ0=1;MQRankSum=-14.458;QD=24.91;ReadPosRankSum=-0.193;SB=-23694.06;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.6005;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:spliceOverlap:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812,2:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:spliceOverlap:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812
chr13	20247238	rs68077392	GTTT	G,GT,GTT,GTTTT	20428.77	PASS	AA=.;AC=19,749,538,205;AF=0.01042,0.41064,0.29496,0.11239;AN=1824;BaseQRankSum=15.307;DB;DP=4413;DS;FS=14.944;HR=12;HU=T;HaplotypeScore=45.5378;InbreedingCoeff=0.8014;MQ=60.00;MQ0=1;MQRankSum=-10.624;QD=8.59;ReadPosRankSum=-2.904;SB=-6646.45;SZ=.;TR=20;TU=GTTTTTTTTT;VQSLOD=7.4690;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:deletionNFS:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_1770_590_LF->L,2:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:deletionFS:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_1770,3:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:deletionFS:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_1770,4:MPHOSPH8:ENSG00000196199.7:+:insertionFS:1/4:MPHOSPH8-203:ENST00000538024.1:1812_1770
chr13	20409751	.	T	TG	9.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1292;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1959;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZMYM5:ENSG00000132950.14:-:insertionFS:1/3:ZMYM5-201:ENST00000337963.4:2010_1117
chr13	20426012	.	TGAA	T	49.23	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0040;AN=494;DP=1281;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.1887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMYM5:ENSG00000132950.14:-:deletionNFS:3/3:ZMYM5-201:ENST00000337963.4:2010_309_103_SR->R:ZMYM5-003:ENST00000382905.4:1149_309_103_SR->R:ZMYM5-001:ENST00000382907.4:627_309_103_SR->R
chr13	20426142	rs112044779	ACAT	A,ACATCAT	78.65	PASS	AA=.;AC=13,9;AF=0.01220,0.00844;AN=1066;BaseQRankSum=5.078;DB;DP=2884;DS;FS=0.846;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=18.7808;InbreedingCoeff=0.1665;MQ=73.34;MQ0=0;MQRankSum=0.210;QD=0.37;ReadPosRankSum=0.740;SB=-107.90;SZ=.;TR=22;TU=ATC;VQSLOD=7.4928;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZMYM5:ENSG00000132950.14:-:deletionNFS:3/3:ZMYM5-201:ENST00000337963.4:2010_179_60_VV->V:ZMYM5-003:ENST00000382905.4:1149_179_60_VV->V:ZMYM5-001:ENST00000382907.4:627_179_60_VV->V,2:ZMYM5:ENSG00000132950.14:-:insertionNFS:3/3:ZMYM5-201:ENST00000337963.4:2010_179_60_V->DDV:ZMYM5-003:ENST00000382905.4:1149_179_60_V->DDV:ZMYM5-001:ENST00000382907.4:627_179_60_V->DDV
chr13	20567531	.	G	GCAT	187.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1421;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7211;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMYM2:ENSG00000121741.10:+:insertionNFS:5/7:ZMYM2-201:ENST00000382869.3:4134_319_107_A->AS:ZMYM2-005:ENST00000382871.1:4128_319_107_A->AS:ZMYM2-003:ENST00000382874.1:4128_319_107_A->AS:ZMYM2-203:ENST00000456228.2:4134_319_107_A->AS:ZMYM2-004:ENST00000382881.3:1389_319_107_A->AS
chr13	20567603	.	CA	C	4.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1531;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2205;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZMYM2:ENSG00000121741.10:+:deletionFS:5/7:ZMYM2-201:ENST00000382869.3:4134_391:ZMYM2-005:ENST00000382871.1:4128_391:ZMYM2-003:ENST00000382874.1:4128_391:ZMYM2-203:ENST00000456228.2:4134_391:ZMYM2-004:ENST00000382881.3:1389_391
chr13	20763485	rs80338943	AG	A	155.25	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0095;AN=524;DB;DP=1379;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.4072;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GJB2:ENSG00000165474.5:-:deletionFS:2/2:GJB2-002:ENST00000382844.1:681_236:GJB2-001:ENST00000382848.4:681_236
chr13	20763685	rs80338939	AC	A,ACC	169.53	PASS	AA=0;AC=7,2;AF=0.0107,0.0030;AN=656;DB;DP=1723;DS;HR=6;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=C;VQSLOD=8.2910;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GJB2:ENSG00000165474.5:-:deletionFS:2/2:GJB2-002:ENST00000382844.1:681_36:GJB2-001:ENST00000382848.4:681_36,2:GJB2:ENSG00000165474.5:-:insertionFS:2/2:GJB2-002:ENST00000382844.1:681_36:GJB2-001:ENST00000382848.4:681_36
chr13	21401267	.	T	TTC	33.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=1476;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=2;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.0221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:XPO4:ENSG00000132953.10:-:insertionFS:3/4:XPO4-001:ENST00000255305.6:3456_779:XPO4-201:ENST00000400602.2:3456_779:XPO4-202:ENST00000456108.3:2508_389
chr13	21619976	.	TCTG	T	25.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0065;AN=308;DP=827;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=13;TU=CTG;VQSLOD=6.7464;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LATS2:ENSG00000150457.6:-:deletionNFS:2/2:LATS2-201:ENST00000382592.4:3267_190_64_MR->R:LATS2-001:ENST00000542899.1:3267_190_64_MR->R
chr13	21729244	.	AT	A	8.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=708;DP=1452;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7777;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SKA3:ENSG00000165480.11:-:spliceOverlap:1/2:SKA3-006:ENST00000400018.3:1167
chr13	21729838	.	TC	T	49.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=342;DP=883;DS;HR=4;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.0419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SKA3:ENSG00000165480.11:-:deletionFS:1/2:SKA3-001:ENST00000314759.5:1239_1232
chr13	23238308	rs71767832	CTT	C,CT,CTTTT	1403.86	PASS	AA=.;AC=169,331,331;AF=0.13520,0.26480,0.26480;AN=1250;BaseQRankSum=-2.180;DB;DP=2467;DS;FS=1.091;HR=21;HU=T;HaplotypeScore=13.5542;InbreedingCoeff=0.8010;MQ=57.37;MQ0=122;MQRankSum=1.504;QD=0.91;ReadPosRankSum=0.684;SB=-373.94;SZ=.;TR=21;TU=T;VQSLOD=9.9749;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL354828.1:ENSG00000223616.2:+:deletionFS:1/1:AL354828.1-201:ENST00000419468.2:1212_217,2:AL354828.1:ENSG00000223616.2:+:deletionFS:1/1:AL354828.1-201:ENST00000419468.2:1212_217,3:AL354828.1:ENSG00000223616.2:+:insertionFS:1/1:AL354828.1-201:ENST00000419468.2:1212_217
chr13	23251016	rs35856253	CT	C	45523.10	PASS	AA=1;AC=1364;AF=0.84615;AN=1612;BaseQRankSum=6.723;DB;DP=2727;DS;FS=2.214;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=8.5835;InbreedingCoeff=0.2075;MQ=62.29;MQ0=63;MQRankSum=2.313;QD=28.67;ReadPosRankSum=0.787;SB=-22453.94;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=9.5311;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AL354828.1:ENSG00000223616.2:+:deletionFS:1/1:AL354828.1-201:ENST00000419468.2:1212_787
chr13	23253405	.	A	AT	9.13	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=554;DP=1560;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=AC;VQSLOD=5.7936;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL354828.1:ENSG00000223616.2:+:insertionFS:1/1:AL354828.1-201:ENST00000419468.2:1212_1090
chr13	23904437	.	CA	C	4.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;BaseQRankSum=2.687;DP=1059;DS;FS=2.237;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=15.4147;InbreedingCoeff=-0.0304;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.979;SB=-30.08;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9781;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SACS:ENSG00000151835.9:-:deletionFS:3/3:SACS-001:ENST00000382292.3:13740_13578:SACS-201:ENST00000382298.3:13740_13578:SACS-003:ENST00000402364.1:11490_11328
chr13	23908245	.	AC	A	11.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=732;DP=1868;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.0633;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SACS:ENSG00000151835.9:-:deletionFS:3/3:SACS-001:ENST00000382292.3:13740_9770:SACS-201:ENST00000382298.3:13740_9770:SACS-003:ENST00000402364.1:11490_7520
chr13	23909466	.	C	CG	9.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1321;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=5.1237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SACS:ENSG00000151835.9:-:insertionFS:3/3:SACS-001:ENST00000382292.3:13740_8549:SACS-201:ENST00000382298.3:13740_8549:SACS-003:ENST00000402364.1:11490_6299
chr13	23911598	.	A	AT	12.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1136;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.7041;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SACS:ENSG00000151835.9:-:insertionFS:3/3:SACS-001:ENST00000382292.3:13740_6417:SACS-201:ENST00000382298.3:13740_6417:SACS-003:ENST00000402364.1:11490_4167
chr13	23912145	.	G	GA	9.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1304;DS;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.5244;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SACS:ENSG00000151835.9:-:insertionFS:3/3:SACS-001:ENST00000382292.3:13740_5870:SACS-201:ENST00000382298.3:13740_5870:SACS-003:ENST00000402364.1:11490_3620
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chr13	25033172	.	A	ATGCACTAACCTT	642.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;DP=949;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=12;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.9838;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:spliceOverlap:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175
chr13	25049635	.	CCT	C	75.85	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.00730;AN=1780;BaseQRankSum=4.148;DP=4496;DS;FS=1.222;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.5750;InbreedingCoeff=0.0164;MQ=64.34;MQ0=9;MQRankSum=-4.184;QD=1.01;ReadPosRankSum=-0.873;SB=-92.53;SZ=-2;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.8976;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:deletionFS:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175_1889
chr13	25052272	.	GCA	G	199.84	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0066;AN=456;DP=1083;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.7199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:deletionFS:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175_1591
chr13	25052288	.	TG	T	19.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=897;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=-1;TR=8;TU=GGT;VQSLOD=4.8845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:deletionFS:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175_1575
chr13	25075817	.	CT	C	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;BaseQRankSum=1.016;DP=1350;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.6425;InbreedingCoeff=0.0720;MQ=72.87;MQ0=0;MQRankSum=1.087;QD=1.07;ReadPosRankSum=-0.335;SB=-30.46;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3816;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:deletionFS:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175_288
chr13	25075821	.	TA	T	8.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=886;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.2075;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP4:ENSG00000102699.5:-:deletionFS:1/1:PARP4-001:ENST00000381989.3:5175_284
chr13	25264500	.	GAGA	G	215.83	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1190;DS;FS=1.341;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=7.4812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP12A:ENSG00000075673.7:+:deletionNFS:2/2:ATP12A-201:ENST00000218548.6:3138_571_191_EK->E:ATP12A-001:ENST00000381946.3:3120_571_191_EK->E
chr13	25266666	.	TCGGA	T	572.09	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0190;AN=420;DP=1123;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9854;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP12A:ENSG00000075673.7:+:deletionFS:2/2:ATP12A-201:ENST00000218548.6:3138_1186:ATP12A-001:ENST00000381946.3:3120_1168
chr13	25266675	.	AC	A	358.81	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0191;AN=418;DP=1145;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.7817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP12A:ENSG00000075673.7:+:deletionFS:2/2:ATP12A-201:ENST00000218548.6:3138_1195:ATP12A-001:ENST00000381946.3:3120_1177
chr13	25266679	.	G	GA	461.93	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0190;AN=420;DP=1182;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3833;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP12A:ENSG00000075673.7:+:insertionFS:2/2:ATP12A-201:ENST00000218548.6:3138_1199:ATP12A-001:ENST00000381946.3:3120_1181
chr13	25353827	.	TTGA	T	124.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1488;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-3;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=7.9097;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF17:ENSG00000132972.11:+:deletionNFS:5/6:RNF17-003:ENST00000255324.5:4872_452_151_ID->I:RNF17-202:ENST00000381921.1:4746_452_151_ID->I:RNF17-004:ENST00000255325.5:1965_452_151_ID->I:RNF17-201:ENST00000255326.4:1350_452_151_ID->I:RNF17-203:ENST00000429047.2:3204_29_10_ID->I
chr13	25367226	.	TATA	T	207.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=1253;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAT;VQSLOD=6.1814;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF17:ENSG00000132972.11:+:deletionNFS:5/6:RNF17-003:ENST00000255324.5:4872_982_328_YN->Y:RNF17-202:ENST00000381921.1:4746_982_328_YN->Y:RNF17-004:ENST00000255325.5:1965_985_329_YN->Y:RNF17-201:ENST00000255326.4:1350_982_328_YN->Y:RNF17-203:ENST00000429047.2:3204_559_187_YN->Y
chr13	25439109	.	T	TG	15.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1128;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.3621;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF17:ENSG00000132972.11:+:insertionFS:1/6:RNF17-003:ENST00000255324.5:4872_4074
chr13	25444834	.	TAAG	T	596.88	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0190;AN=422;DP=1180;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAT;VQSLOD=8.1487;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RNF17:ENSG00000132972.11:+:deletionNFS:3/6:RNF17-003:ENST00000255324.5:4872_4404_1468_NK->N:RNF17-202:ENST00000381921.1:4746_4278_1426_NK->N:RNF17-002:ENST00000339524.3:1902_1434_478_NK->N
chr13	25463486	.	TC	T	14.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1110;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.6098;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CENPJ:ENSG00000151849.9:-:deletionFS:2/3:CENPJ-001:ENST00000381884.4:4017_3269:CENPJ-201:ENST00000445729.2:3411_3269
chr13	25517089	rs113852893	TC	T	10211.71	PASS	AA=0;AC=248;AF=0.13012;AN=1906;BaseQRankSum=15.874;DB;DP=4054;DS;FS=0.231;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=12.4232;InbreedingCoeff=0.1787;MQ=48.31;MQ0=90;MQRankSum=4.194;QD=16.11;ReadPosRankSum=-1.948;SB=-4199.99;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=8.4009;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TPTE2P1:ENSG00000205804.6:-:deletionFS:2/3:TPTE2P1-201:ENST00000381866.2:417_288:TPTE2P1-203:ENST00000543244.1:417_288
chr13	25671332	.	CA	C	1491.15	PASS	AA=0;AC=183;AF=0.08616;AN=2124;BaseQRankSum=16.658;DP=5798;DS;FS=1.575;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=15.0661;InbreedingCoeff=-0.0603;MQ=56.36;MQ0=158;MQRankSum=-13.623;QD=2.48;ReadPosRankSum=-0.219;SB=-1149.07;SZ=-1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.9527;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PABPC3:ENSG00000151846.5:+:deletionFS:1/1:PABPC3-001:ENST00000281589.3:1896_996
chr13	25895110	.	C	CA	7.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DP=846;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.4091;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NUPL1:ENSG00000139496.10:+:insertionFS:5/5:NUPL1-201:ENST00000313619.7:1731_761:NUPL1-007:ENST00000381718.3:1764_794:NUPL1-001:ENST00000381736.3:1800_830:NUPL1-202:ENST00000381745.2:1515_794:NUPL1-005:ENST00000463407.1:1458_830
chr13	26788877	.	CCTT	C	93.22	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=564;DP=1793;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=6.7330;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF6:ENSG00000127870.12:-:deletionNFS:4/4:RNF6-001:ENST00000346166.3:2058_1142_381_GE->E:RNF6-002:ENST00000381570.3:2058_1142_381_GE->E:RNF6-006:ENST00000381588.4:2058_1142_381_GE->E:RNF6-201:ENST00000399762.2:990_74_25_GE->E
chr13	26975608	.	CCAG	C	34.62	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0116;AN=346;DP=915;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=15;TU=AGC;VQSLOD=6.7131;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDK8:ENSG00000132964.6:+:deletionNFS:1/2:CDK8-001:ENST00000381527.3:1395_1116_372_NQ->N
chr13	28009723	rs60932480	AC	A	86.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DB;DP=1347;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.7584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GTF3A:ENSG00000122034.8:+:deletionFS:2/2:GTF3A-001:ENST00000381140.4:1098_1087:GTF3A-010:ENST00000439403.1:537_526
chr13	28136707	.	AC	A	6.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=894;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5780;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LNX2:ENSG00000139517.6:-:deletionFS:1/1:LNX2-001:ENST00000316334.3:2073_1067
chr13	28543089	.	GCA	G	22.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=390;DP=680;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CG;VQSLOD=5.1421;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDX2:ENSG00000165556.6:-:deletionFS:1/1:CDX2-001:ENST00000381020.4:942_55
chr13	28891675	.	CTT	C	11.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=554;DP=1511;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.4484;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FLT1:ENSG00000102755.5:-:deletionFS:3/8:FLT1-001:ENST00000282397.4:4017_3346:FLT1-203:ENST00000540678.1:1671_1000:FLT1-206:ENST00000543394.1:1086_415
chr13	28942716	rs112404448	TATG	T	4721.81	PASS	AA=.;AC=80;AF=0.03828;AN=2090;BaseQRankSum=14.201;DB;DP=6699;DS;FS=9.053;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.2475;InbreedingCoeff=0.1528;MQ=56.35;MQ0=0;MQRankSum=2.758;QD=12.43;ReadPosRankSum=1.589;SB=-1956.52;SZ=.;TR=19;TU=ATG;VQSLOD=7.2790;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FLT1:ENSG00000102755.5:-:multiExonHit:1/8:FLT1-205:ENST00000541932.1:2202
chr13	30804721	.	TAA	T	15.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=330;DP=943;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=4.8636;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KATNAL1:ENSG00000102781.9:-:deletionFS:2/2:KATNAL1-001:ENST00000380615.3:1473_896:KATNAL1-002:ENST00000380617.3:1473_896
chr13	31035509	.	ATCT	A	97.71	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=651;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=14;TU=ATC;VQSLOD=5.1722;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HMGB1:ENSG00000189403.9:-:deletionNFS:4/6:HMGB1-001:ENST00000339872.4:648_633_211_DD->D:HMGB1-004:ENST00000341423.5:648_633_211_DD->D:HMGB1-011:ENST00000399494.1:648_633_211_DD->D:HMGB1-012:ENST00000405805.1:648_633_211_DD->D
chr13	31513907	.	CTTAA	C	88.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1212;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=9;TU=CCTG;VQSLOD=5.0922;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C13orf26:ENSG00000175664.5:+:deletionFS:1/1:C13orf26-001:ENST00000380473.3:870_138
chr13	31526798	.	C	CA	17.99	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=408;DP=1011;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.4980;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C13orf26:ENSG00000175664.5:+:insertionFS:1/1:C13orf26-001:ENST00000380473.3:870_148
chr13	31803391	.	T	TA	4.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;BaseQRankSum=-1.139;DP=1130;DS;FS=9.209;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=11.1312;InbreedingCoeff=0.2534;MQ=66.03;MQ0=0;MQRankSum=2.094;QD=1.38;ReadPosRankSum=-1.843;SB=-0.56;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=6.2336;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:B3GALTL:ENSG00000187676.6:+:insertionFS:1/1:B3GALTL-001:ENST00000343307.4:1497_230
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chr13	32813477	.	G	GT	21.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1302;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7267;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FRY:ENSG00000073910.11:+:insertionFS:2/8:FRY-001:ENST00000380250.3:9042_6507:FRY-204:ENST00000380257.4:3846_3018
chr13	32907041	.	T	TC	9.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1355;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.4412;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:insertionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_1426:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_1426
chr13	32907414	.	A	AT	7.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1145;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=4.8677;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:insertionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_1799:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_1799
chr13	32910769	.	TTTATA	T	187.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1273;DS;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-5;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.6662;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:deletionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_2277:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_2277
chr13	32911201	.	A	AG	15.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1174;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0349;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:insertionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_2709:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_2709
chr13	32913422	rs80359472	GAAA	G	59.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=350;DB;DP=1195;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=5;TU=A;VQSLOD=6.9970;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:deletionNFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_4930_1644_EK->E:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_4930_1644_EK->E
chr13	32914077	rs80359523	TG	T	11.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=664;DB;DP=1587;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.6979;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:deletionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_5585:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_5585
chr13	32929108	.	G	GC	17.66	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1218;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.9251;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:insertionFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_7118:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_7118
chr13	32954043	.	A	AACT	182.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=1029;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=3;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=6.2058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCA2:ENSG00000139618.9:+:insertionNFS:2/2:BRCA2-001:ENST00000380152.3:10257_9110_3037_Q->QL:BRCA2-201:ENST00000544455.1:10257_9110_3037_Q->QL
chr13	33010526	.	ATCT	A	113.15	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1052;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=8.2584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-298P3.4:ENSG00000139617.10:-:deletionNFS:2/2:RP11-298P3.4-003:ENST00000503296.1:1995_1988_663_IG->G:RP11-298P3.4-001:ENST00000380121.2:1908_1901_634_IG->G,1:N4BP2L2:ENSG00000244754.3:-:deletionNFS:4/5:N4BP2L2-202:ENST00000399396.3:2259_2252_751_IG->G:N4BP2L2-011:ENST00000446957.2:1968_1961_654_IG->G:N4BP2L2-201:ENST00000357505.6:2214_2207_736_IG->G:N4BP2L2-004:ENST00000504114.1:2214_2207_736_IG->G
chr13	33017246	.	CT	C	135	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;DP=1759;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=8.1216;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-298P3.4:ENSG00000139617.10:-:deletionFS:2/2:RP11-298P3.4-003:ENST00000503296.1:1995_1164:RP11-298P3.4-001:ENST00000380121.2:1908_1077,1:N4BP2L2:ENSG00000244754.3:-:deletionFS:3/5:N4BP2L2-202:ENST00000399396.3:2259_1428:N4BP2L2-201:ENST00000357505.6:2214_1383:N4BP2L2-004:ENST00000504114.1:2214_1383
chr13	33018251	.	C	CA	11.16	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1260;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.7212;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-298P3.4:ENSG00000139617.10:-:insertionFS:2/2:RP11-298P3.4-003:ENST00000503296.1:1995_159:RP11-298P3.4-001:ENST00000380121.2:1908_72,1:N4BP2L2:ENSG00000244754.3:-:insertionFS:3/5:N4BP2L2-202:ENST00000399396.3:2259_423:N4BP2L2-201:ENST00000357505.6:2214_378:N4BP2L2-004:ENST00000504114.1:2214_378
chr13	33110144	.	TAC	T	191.25	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=512;DP=1447;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.1207;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:N4BP2L2:ENSG00000244754.3:-:deletionFS:2/5:N4BP2L2-011:ENST00000446957.2:1968_1021:N4BP2L2-001:ENST00000267068.3:1752_1021
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chr13	33334722	.	A	AC	9.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1287;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=4.8581;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDS5B:ENSG00000083642.13:+:insertionFS:2/2:PDS5B-201:ENST00000421084.2:3909_3382:PDS5B-006:ENST00000315596.10:4344_3382
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chr13	34398062	.	TAA	T,TA,TAAA	20.80	PASS	AA=0;AC=0,20,7;AF=0.0000,0.0395,0.0138;AN=506;DP=1134;HR=10;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.0397;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RFC3:ENSG00000133119.8:+:deletionFS:2/2:RFC3-201:ENST00000434425.1:918_234:RFC3-001:ENST00000380071.3:1071_234,2:RFC3:ENSG00000133119.8:+:deletionFS:2/2:RFC3-201:ENST00000434425.1:918_234:RFC3-001:ENST00000380071.3:1071_234,3:RFC3:ENSG00000133119.8:+:insertionFS:2/2:RFC3-201:ENST00000434425.1:918_234:RFC3-001:ENST00000380071.3:1071_234
chr13	36909500	.	A	AG	23.87	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0049;AN=410;DP=1089;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0677;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPG20:ENSG00000133104.7:-:insertionFS:4/4:SPG20-002:ENST00000355182.4:2001_468:SPG20-201:ENST00000423217.1:2001_468:SPG20-202:ENST00000438666.2:2001_468:SPG20-203:ENST00000451493.1:2001_468
chr13	37006865	.	AG	A	123.36	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=446;DP=692;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5190;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCNA1:ENSG00000133101.4:+:deletionFS:2/4:CCNA1-001:ENST00000255465.4:1398_107:CCNA1-201:ENST00000418263.1:1395_107
chr13	37016785	.	GTTC	G	53.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=334;DP=830;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=CTT;VQSLOD=6.6282;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCNA1:ENSG00000133101.4:+:deletionNFS:4/4:CCNA1-001:ENST00000255465.4:1398_1381_461_VL->V:CCNA1-201:ENST00000418263.1:1395_1378_460_VL->V:CCNA1-202:ENST00000440264.1:1266_1249_417_VL->V:CCNA1-203:ENST00000449823.1:1266_1249_417_VL->V
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chr13	43462434	rs61389340	T	TTCAGG	17301.32	PASS	AA=.;AC=203;AF=0.11057;AN=1836;BaseQRankSum=-18.453;DB;DP=4389;DS;FS=12.553;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.8428;InbreedingCoeff=0.0992;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-13.060;QD=37.12;ReadPosRankSum=0.404;SB=-6362.79;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2388;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPSTI1:ENSG00000133106.10:-:insertionFS:1/3:EPSTI1-003:ENST00000313640.7:1233_1185
chr13	43463359	.	G	GA	556.16	PASS	AA=0;AC=94;AF=0.04757;AN=1976;BaseQRankSum=-6.109;DP=4788;DS;FS=3.216;HR=6;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.4047;InbreedingCoeff=0.1990;MQ=70.59;MQ0=3;MQRankSum=1.242;QD=1.11;ReadPosRankSum=-14.772;SB=-379.96;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=4.8072;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:EPSTI1:ENSG00000133106.10:-:insertionFS:1/3:EPSTI1-003:ENST00000313640.7:1233_968
chr13	43537471	.	T	TA	106.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=532;DP=1266;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=6.0435;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPSTI1:ENSG00000133106.10:-:insertionFS:3/3:EPSTI1-003:ENST00000313640.7:1233_409:EPSTI1-001:ENST00000313624.7:924_409:EPSTI1-010:ENST00000398762.3:957_409
chr13	44432956	.	TTCC	T	34.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=951;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.6108;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC122:ENSG00000151773.6:-:deletionNFS:2/2:CCDC122-004:ENST00000444614.2:822_633_211_EE->E:CCDC122-201:ENST00000281508.3:855_633_211_EE->E
chr13	44433990	.	A	AT	11.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1016;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.6324;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC122:ENSG00000151773.6:-:insertionFS:2/2:CCDC122-004:ENST00000444614.2:822_373:CCDC122-201:ENST00000281508.3:855_373
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chr13	48611918	.	AGGAGTC	A,AGGAGTCGGAGTC	1069.52	PASS	AA=0;AC=2,57;AF=0.0021,0.0600;AN=950;BaseQRankSum=-2.807;DP=1688;DS;FS=0.891;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=19.0767;InbreedingCoeff=0.3253;MQ=57.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.347;QD=10.80;ReadPosRankSum=-2.957;SB=-322.27;SZ=-6;TR=19;TU=AGTCGG;VQSLOD=8.6242;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NUDT15:ENSG00000136159.2:+:deletionNFS:1/1:NUDT15-001:ENST00000258662.1:495_36_12_PGV->P,2:NUDT15:ENSG00000136159.2:+:insertionNFS:1/1:NUDT15-001:ENST00000258662.1:495_36_12_P->PGVGV
chr13	48660466	.	ACTGT	A	41.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1193;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0055;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED4:ENSG00000136146.8:-:deletionFS:3/3:MED4-001:ENST00000258648.2:813_315:MED4-201:ENST00000378594.3:747_249:MED4-002:ENST00000378586.1:675_177
chr13	48667697	.	CAT	C	3211.36	PASS	AA=0;AC=57;AF=0.04124;AN=1382;BaseQRankSum=12.524;DP=3153;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.4332;InbreedingCoeff=0.0189;MQ=67.23;MQ0=0;MQRankSum=1.861;QD=15.51;ReadPosRankSum=-1.927;SB=-1661.54;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.2408;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MED4:ENSG00000136146.8:-:deletionFS:1/3:MED4-201:ENST00000378594.3:747_46
chr13	49084791	.	A	AG	9.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1226;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=AGGAT;VQSLOD=5.4223;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RCBTB2:ENSG00000136161.7:-:insertionFS:3/6:RCBTB2-203:ENST00000452987.2:1671_915:RCBTB2-201:ENST00000430805.2:1671_915:RCBTB2-001:ENST00000344532.3:1656_900
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chr13	49795069	.	CCTCGCCT	C	96.04	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0090;AN=222;DP=329;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-7;TR=15;TU=CCTCTCG;VQSLOD=6.4394;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MLNR:ENSG00000102539.4:+:deletionFS:2/2:MLNR-001:ENST00000218721.1:1239_596:MLNR-201:ENST00000398307.1:1161_596
chr13	49848446	.	TG	T	9.90	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=456;DP=1108;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.3988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDADC1:ENSG00000102543.10:+:deletionFS:2/3:CDADC1-001:ENST00000251108.6:1545_1020:CDADC1-201:ENST00000444959.1:951_426
chr13	50097353	.	AAAG	A	117.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=979;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.6949;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHF11:ENSG00000136147.11:+:deletionNFS:3/3:PHF11-001:ENST00000378319.3:996_613_205_KE->K:PHF11-201:ENST00000357596.3:879_496_166_KE->K:PHF11-010:ENST00000488958.1:879_496_166_KE->K
chr13	50102722	.	TAAAAC	T	295.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1509;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-5;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.0722;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHF11:ENSG00000136147.11:+:deletionFS:3/3:PHF11-001:ENST00000378319.3:996_917:PHF11-201:ENST00000357596.3:879_800:PHF11-010:ENST00000488958.1:879_800
chr13	50589928	.	CA	C	263.59	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.00466;AN=1072;BaseQRankSum=4.313;DP=2628;DS;FS=5.813;HR=3;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.5164;InbreedingCoeff=0.0684;MQ=76.07;MQ0=0;MQRankSum=0.074;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.431;SB=-177.86;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.6199;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNRG:ENSG00000198553.4:+:deletionFS:2/2:KCNRG-002:ENST00000312942.1:819_299:KCNRG-001:ENST00000360473.4:690_299
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chr13	53216701	.	CA	C	682.53	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.01316;AN=1064;BaseQRankSum=5.311;DP=1972;DS;FS=7.495;HR=2;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=11.2349;InbreedingCoeff=0.1257;MQ=43.96;MQ0=206;MQRankSum=0.303;QD=11.42;ReadPosRankSum=1.024;SB=-274.00;SZ=-1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.3597;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPA1L2:ENSG00000139675.10:+:deletionFS:3/3:HNRNPA1L2-201:ENST00000342657.3:963_74:HNRNPA1L2-001:ENST00000357495.2:963_74:HNRNPA1L2-202:ENST00000398039.1:963_74
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chr13	58299038	.	A	AC	4.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;BaseQRankSum=-0.999;DP=1196;DS;FS=2.320;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.8281;InbreedingCoeff=0.0932;MQ=60.38;MQ0=0;MQRankSum=0.504;QD=0.46;ReadPosRankSum=0.839;SB=1.41;SZ=1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.9994;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDH17:ENSG00000118946.7:+:insertionFS:1/1:PCDH17-001:ENST00000377918.3:3480_3090
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chr13	61986426	.	T	TA	14.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1298;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=CTCTT;VQSLOD=4.7791;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCDH20:ENSG00000197991.8:-:insertionFS:3/3:PCDH20-002:ENST00000409186.1:2856_1806:PCDH20-001:ENST00000409204.3:2856_1806:PCDH20-201:ENST00000358674.6:2094_1044
chr13	61987181	.	T	TC	10.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=881;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.7448;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCDH20:ENSG00000197991.8:-:insertionFS:3/3:PCDH20-002:ENST00000409186.1:2856_1051:PCDH20-001:ENST00000409204.3:2856_1051:PCDH20-201:ENST00000358674.6:2094_289
chr13	64415048	.	T	TC	52.28	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.0207;AN=386;BaseQRankSum=5.254;DP=656;FS=4.831;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=11.5347;InbreedingCoeff=0.1192;MQ=46.28;MQ0=59;MQRankSum=-1.608;QD=1.31;ReadPosRankSum=-0.560;SZ=.;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.7099;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL445238.2:ENSG00000255911.1:-:insertionFS:1/1:AL445238.2-201:ENST00000536698.1:405_185
chr13	64415053	.	C	CG	123.08	PASS	AA=.;AC=10;AF=0.0101;AN=994;BaseQRankSum=2.425;DP=1564;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=9.9173;InbreedingCoeff=0.0261;MQ=52.66;MQ0=75;MQRankSum=-0.318;QD=1.88;ReadPosRankSum=1.350;SB=-38.71;SZ=.;TR=6;TU=C;VQSLOD=6.2337;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL445238.2:ENSG00000255911.1:-:insertionFS:1/1:AL445238.2-201:ENST00000536698.1:405_180
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chr13	73317740	rs10648315	G	GA,GGTGA	22880.70	PASS	AA=0;AC=0,209;AF=0.00000,0.11371;AN=1838;BaseQRankSum=-16.731;DB;DP=3740;FS=14.444;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=18.4983;InbreedingCoeff=0.2290;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=-3.737;QD=38.33;ReadPosRankSum=0.602;SB=-10527.05;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.9277;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C13orf34:ENSG00000136122.10:+:spliceOverlap:2/2:C13orf34-001:ENST00000390667.4:1680:C13orf34-201:ENST00000377815.3:1470,2:C13orf34:ENSG00000136122.10:+:spliceOverlap:2/2:C13orf34-001:ENST00000390667.4:1680:C13orf34-201:ENST00000377815.3:1470
chr13	73505352	.	A	AT	4.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;BaseQRankSum=-2.428;DP=1088;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=11.0847;InbreedingCoeff=0.0939;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=1.344;QD=0.58;ReadPosRankSum=1.213;SB=-30.41;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.3000;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PIBF1:ENSG00000083535.10:+:insertionFS:2/3:PIBF1-001:ENST00000326291.6:2274_1780:PIBF1-201:ENST00000326314.7:651_157
chr13	73547733	.	TTAAA	T	238.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=376;DP=796;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=AAAT;VQSLOD=7.6826;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PIBF1:ENSG00000083535.10:+:deletionFS:2/3:PIBF1-001:ENST00000326291.6:2274_1969:PIBF1-201:ENST00000326314.7:651_346
chr13	75876452	.	CTGT	C	269.04	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0074;AN=406;DP=1160;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=GTT;VQSLOD=7.1453;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TBC1D4:ENSG00000136111.8:-:deletionNFS:4/4:TBC1D4-201:ENST00000377625.2:3708_2649_883_QP->P:TBC1D4-001:ENST00000377636.3:3897_2838_946_QP->P:TBC1D4-203:ENST00000431480.2:3873_2814_938_QP->P:TBC1D4-202:ENST00000425511.1:1389_330_110_QP->P
chr13	76100728	.	C	CA	4.11	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=442;BaseQRankSum=-0.999;DP=1137;DS;FS=2.136;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.4660;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.480;QD=0.46;ReadPosRankSum=1.461;SB=-4.75;SZ=.;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.7161;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COMMD6:ENSG00000188243.8:-:insertionFS:4/4:COMMD6-005:ENST00000355801.4:297_294:COMMD6-001:ENST00000377615.3:258_255:COMMD6-201:ENST00000406936.3:258_255:COMMD6-003:ENST00000377619.5:303_300
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chr13	76164079	.	CTCG	C	7770.82	PASS	AA=0;AC=186;AF=0.09568;AN=1944;BaseQRankSum=29.534;DP=5262;DS;FS=13.276;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.1176;InbreedingCoeff=0.1030;MQ=67.68;MQ0=0;MQRankSum=-7.452;QD=10.84;ReadPosRankSum=2.772;SB=-1613.34;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.1511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UCHL3:ENSG00000118939.10:+:deletionNFS:1/2:UCHL3-201:ENST00000377589.1:756_351_117_SS->S
chr13	76397840	.	CAGA	C	138.53	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1252;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SB=-74.19;SZ=.;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=6.5728;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMO7:ENSG00000136153.13:+:deletionNFS:6/6:LMO7-201:ENST00000357063.3:5013_2936_979_TE->T:LMO7-202:ENST00000377534.3:4845_2936_979_TE->T:LMO7-001:ENST00000341547.4:4050_1934_645_TE->T:LMO7-012:ENST00000526202.1:3828_1631_544_TE->T:LMO7-002:ENST00000465261.2:4158_2081_694_TE->T:LMO7-005:ENST00000321797.8:4197_2081_694_TE->T
chr13	76432080	.	T	TG	7.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1135;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.9643;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMO7:ENSG00000136153.13:+:insertionFS:3/6:LMO7-201:ENST00000357063.3:5013_4944:LMO7-202:ENST00000377534.3:4845_4841:LMO7-002:ENST00000465261.2:4158_4089
chr13	76447820	.	CTGGAAGTGCGGTG	C	1105.61	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0165;AN=424;DP=1224;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-13;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.9868;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AL359392.1:ENSG00000178734.4:+:deletionFS:1/1:AL359392.1-201:ENST00000318245.4:369_145
chr13	77532064	.	CCAGAGGTAG	C	500.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1583;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-9;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.2105;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IRG1:ENSG00000102794.5:+:deletionNFS:2/2:IRG1-001:ENST00000377462.1:1446_1390_464_PEVA->P:IRG1-201:ENST00000449753.1:1446_1390_464_PEVA->P
chr13	77595877	.	A	AG	12.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1165;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2527;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXL3:ENSG00000005812.6:-:insertionFS:1/1:FBXL3-001:ENST00000355619.5:1287_119
chr13	77672428	.	C	CT	9.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1527;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=6.1245;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYCBP2:ENSG00000005810.12:-:insertionFS:4/4:MYCBP2-202:ENST00000407578.2:14037_8861:MYCBP2-001:ENST00000357337.5:13923_8747:MYCBP2-203:ENST00000544440.1:13923_8747:MYCBP2-201:ENST00000360084.5:1539_1316
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chr13	77779724	.	TC	T	11.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1473;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4208;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYCBP2:ENSG00000005810.12:-:deletionFS:3/4:MYCBP2-202:ENST00000407578.2:14037_3599:MYCBP2-001:ENST00000357337.5:13923_3485:MYCBP2-203:ENST00000544440.1:13923_3485
chr13	77798630	.	AC	A	6.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1250;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2610;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MYCBP2:ENSG00000005810.12:-:deletionFS:3/4:MYCBP2-202:ENST00000407578.2:14037_2895:MYCBP2-001:ENST00000357337.5:13923_2781:MYCBP2-203:ENST00000544440.1:13923_2781
chr13	78137975	.	TGA	T	42.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=930;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=8;TU=AG;VQSLOD=6.2196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCEL:ENSG00000136155.11:+:deletionFS:4/4:SCEL-002:ENST00000349847.3:2067_231:SCEL-001:ENST00000377246.3:2007_231:SCEL-202:ENST00000535157.1:1941_231:SCEL-201:ENST00000348770.5:846_231
chr13	78173472	.	G	GTC	654.03	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0104;AN=482;DP=1515;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.3463;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCEL:ENSG00000136155.11:+:insertionFS:4/4:SCEL-002:ENST00000349847.3:2067_806:SCEL-001:ENST00000377246.3:2007_746:SCEL-202:ENST00000535157.1:1941_740:SCEL-201:ENST00000348770.5:846_677
chr13	78272267	rs71735617	T	TGG	7242.03	PASS	AA=1;AC=248;AF=1.0000;AN=248;BaseQRankSum=-1.617;DB;DP=206;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.8867;InbreedingCoeff=0.1438;MQ=41.84;MQ0=0;MQRankSum=1.502;QD=40.92;ReadPosRankSum=-0.924;SB=-3206.51;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.4697;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLAIN1:ENSG00000139737.14:+:insertionFS:2/8:SLAIN1-203:ENST00000389459.4:1707_219:SLAIN1-009:ENST00000466548.1:1707_219
chr13	78272276	rs71102772	G	GC	5980.44	PASS	AA=.;AC=284;AF=1.0000;AN=284;DB;DP=229;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=10.7915;InbreedingCoeff=0.0279;MQ=42.35;MQ0=0;QD=34.37;SB=-2054.85;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.5547;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLAIN1:ENSG00000139737.14:+:insertionFS:2/8:SLAIN1-203:ENST00000389459.4:1707_228:SLAIN1-009:ENST00000466548.1:1707_228
chr13	78272277	.	C	CT	2078.77	PASS	AA=.;AC=296;AF=0.9673;AN=306;BaseQRankSum=-1.221;DP=249;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.6464;InbreedingCoeff=0.1316;MQ=42.78;MQ0=0;MQRankSum=-2.371;QD=11.42;ReadPosRankSum=5.149;SB=-725.23;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8094;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLAIN1:ENSG00000139737.14:+:insertionFS:2/8:SLAIN1-203:ENST00000389459.4:1707_229:SLAIN1-009:ENST00000466548.1:1707_229
chr13	79176323	.	G	GGCC	1292.23	PASS	AA=.;AC=32;AF=1.000;AN=32;DP=28;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=8.1009;MQ=44.89;MQ0=0;QD=30.77;SB=-127.78;SZ=.;TR=9;TU=CCG;VQSLOD=6.0281;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:POU4F1:ENSG00000152192.4:-:insertionNFS:1/1:POU4F1-001:ENST00000377208.3:1260_487_163_P->GP
chr13	79176483	.	CTGG	C	46.01	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0441;AN=136;BaseQRankSum=1.482;DP=210;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.4904;InbreedingCoeff=0.3000;MQ=53.94;MQ0=0;MQRankSum=-0.835;QD=1.35;ReadPosRankSum=0.865;SZ=.;TR=29;TU=GGT;VQSLOD=6.0381;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:POU4F1:ENSG00000152192.4:-:deletionNFS:1/1:POU4F1-001:ENST00000377208.3:1260_327_109_QA->A
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chr13	79918806	.	G	GT	145.49	PASS	AA=0;AC=37;AF=0.02658;AN=1392;BaseQRankSum=-3.189;DP=2985;FS=2.238;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=11.5517;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=58.31;MQ0=1;MQRankSum=1.615;QD=0.99;ReadPosRankSum=1.738;SB=-206.48;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.5996;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM26:ENSG00000139746.9:-:insertionFS:3/4:RBM26-002:ENST00000267229.7:2943_2101:RBM26-004:ENST00000327303.6:3024_2182:RBM26-201:ENST00000438724.1:2952_2110
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chr13	96277114	.	TTTC	T	214.70	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0084;AN=356;DP=1221;DS;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=7.8739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DZIP1:ENSG00000134874.13:-:deletionNFS:4/4:DZIP1-201:ENST00000347108.3:2604_880_294_KE->E:DZIP1-202:ENST00000361156.3:2547_880_294_KE->E:DZIP1-001:ENST00000361396.2:2547_880_294_KE->E:DZIP1-003:ENST00000376829.2:2604_880_294_KE->E
chr13	96743476	.	G	GC	16.52	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=456;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.8775;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HS6ST3:ENSG00000185352.7:+:insertionFS:1/1:HS6ST3-001:ENST00000376705.2:1416_360
chr13	97639879	.	GA	G	2846.02	PASS	AA=0;AC=36;AF=0.02449;AN=1470;BaseQRankSum=11.671;DP=4254;DS;FS=6.628;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.3475;InbreedingCoeff=0.0301;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=3.521;QD=15.64;ReadPosRankSum=-0.745;SB=-1310.35;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.5014;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OXGR1:ENSG00000165621.4:-:deletionFS:2/2:OXGR1-001:ENST00000298440.1:1014_135:OXGR1-002:ENST00000543457.1:1014_135
chr13	97986577	.	CT	C	6.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;DP=1488;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AC;VQSLOD=4.8436;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MBNL2:ENSG00000139793.13:+:deletionFS:5/6:MBNL2-004:ENST00000343600.4:1086_222:MBNL2-201:ENST00000376673.3:1122_222:MBNL2-203:ENST00000397601.1:1086_222:MBNL2-204:ENST00000445661.2:621_222:MBNL2-001:ENST00000345429.6:1104_222
chr13	99378708	.	C	CA	117.21	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=516;DP=1456;DS;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=7.9080;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC15A1:ENSG00000088386.9:-:insertionFS:1/3:SLC15A1-201:ENST00000313260.3:627_47
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chr13	100635007	.	CCCA	C,CCCACCA	320.08	PASS	AA=.;AC=13,59;AF=0.0232,0.1054;AN=560;BaseQRankSum=2.634;DP=745;FS=12.135;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=11.4912;InbreedingCoeff=0.4900;MQ=73.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.769;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.468;SB=-3.46;SZ=.;TR=29;TU=ACC;VQSLOD=8.0627;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZIC2:ENSG00000043355.5:+:deletionNFS:2/3:ZIC2-202:ENST00000425702.1:783_689_230_AH->A:ZIC2-001:ENST00000376335.3:1599_689_230_AH->A,2:ZIC2:ENSG00000043355.5:+:insertionNFS:2/3:ZIC2-202:ENST00000425702.1:783_689_230_A->AHH:ZIC2-001:ENST00000376335.3:1599_689_230_A->AHH
chr13	100764096	.	CTT	C	137.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1084;DS;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=1;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.2463;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCCA:ENSG00000175198.9:+:deletionFS:3/6:PCCA-203:ENST00000376279.3:2046_185:PCCA-001:ENST00000376285.1:2187_185:PCCA-204:ENST00000376286.4:2109_107
chr13	101184397	.	C	CG	8.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=578;DP=1003;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.3163;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:A2LD1:ENSG00000134864.5:-:insertionFS:2/2:A2LD1-001:ENST00000376250.1:462_449:A2LD1-201:ENST00000455100.1:462_449
chr13	101184686	.	GC	G	15.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=496;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=AGC;VQSLOD=5.5432;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:A2LD1:ENSG00000134864.5:-:deletionFS:2/2:A2LD1-001:ENST00000376250.1:462_160:A2LD1-201:ENST00000455100.1:462_160
chr13	101264736	.	TC	T	5.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=1344;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9640;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TMTC4:ENSG00000125247.11:-:deletionFS:2/2:TMTC4-001:ENST00000342624.5:2283_1980:TMTC4-009:ENST00000328767.5:1893_1590
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chr13	102250649	.	GGTAA	G	49.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=718;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.4486;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ITGBL1:ENSG00000198542.6:+:spliceOverlap:5/5:ITGBL1-003:ENST00000376180.3:1485:ITGBL1-202:ENST00000537118.1:1209:ITGBL1-201:ENST00000376162.3:1206:ITGBL1-203:ENST00000539955.1:1062:ITGBL1-204:ENST00000545560.1:1062
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chr13	103301421	.	AG	A	4.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;DP=1254;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.8603;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TPP2:ENSG00000134900.7:+:deletionFS:2/2:TPP2-002:ENST00000376052.3:3789_2793:TPP2-001:ENST00000376065.4:3750_2793
chr13	103338404	.	T	TA	102.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1316;DS;HR=5;HRun=5;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=A;VQSLOD=8.4446;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C13orf39:ENSG00000139780.6:-:insertionFS:1/1:C13orf39-001:ENST00000267273.5:795_772
chr13	103381995	rs5806321	CA	C,CAA	14.40	PASS	AA=.;AC=18,15;AF=0.0265,0.0221;AN=678;DB;DP=1298;DS;HR=9;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=6.7212;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:deletionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_7165,2:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:insertionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_7165
chr13	103383805	.	A	AT	38.15	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0093;AN=430;BaseQRankSum=0.865;DP=1230;DS;FS=2.957;HR=7;HRun=7;HU=T;HaplotypeScore=15.5819;InbreedingCoeff=0.0905;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.910;QD=1.91;ReadPosRankSum=-0.603;SB=-59.19;SZ=1;TR=7;TU=T;VQSLOD=6.1361;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:insertionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_5355
chr13	103383960	.	C	CT	39.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1089;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4332;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:insertionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_5200
chr13	103383961	.	T	TC	31.53	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1101;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.9735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:insertionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_5199
chr13	103386233	.	A	AG	8.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1483;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4941;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C13orf40:ENSG00000175820.2:-:insertionFS:1/1:C13orf40-201:ENST00000322527.2:7359_2927
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chr13	108861712	.	CT	C	36.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1186;DS;HR=2;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SB=-32.15;SZ=-1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=7.0181;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LIG4:ENSG00000174405.8:-:deletionFS:3/3:LIG4-201:ENST00000356922.3:2736_1905:LIG4-001:ENST00000405925.1:2736_1905:LIG4-202:ENST00000442234.1:2736_1905
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chr13	110862312	.	G	GC	6.64	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1119;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.8029;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COL4A1:ENSG00000187498.8:-:insertionFS:1/4:COL4A1-201:ENST00000375815.4:3939_603
chr13	111088472	.	GTTA	G	10355.57	PASS	AA=0;AC=158;AF=0.08342;AN=1894;BaseQRankSum=19.554;DP=4521;DS;FS=1.405;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.9852;InbreedingCoeff=0.1786;MQ=58.53;MQ0=0;MQRankSum=-0.850;QD=24.20;ReadPosRankSum=-0.624;SB=-4710.76;SZ=-3;TR=7;TU=ATT;VQSLOD=8.7313;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:COL4A2:ENSG00000134871.11:+:spliceOverlap:1/3:COL4A2-201:ENST00000257309.8:5139
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chr13	111268287	.	G	GA	116.67	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0100;AN=200;DP=271;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139385.1:ENSG00000215726.6:-:insertionFS:1/1:AL139385.1-201:ENST00000413618.3:822_340
chr13	111268303	.	T	TGACAGAGG	679.98	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0495;AN=202;DP=279;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=8;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.3936;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL139385.1:ENSG00000215726.6:-:insertionFS:1/1:AL139385.1-201:ENST00000413618.3:822_324
chr13	111293895	.	A	AT	272.62	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00296;AN=1014;BaseQRankSum=1.069;DP=2457;DS;FS=2.091;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=15.3619;InbreedingCoeff=0.0434;MQ=67.89;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=16.04;ReadPosRankSum=-2.277;SB=-135.70;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=7.8012;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CARS2:ENSG00000134905.10:-:insertionFS:1/2:CARS2-001:ENST00000257347.4:1695_1684
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chr13	111767914	.	TG	T	22.75	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0164;AN=122;DP=123;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.1778;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGEF7:ENSG00000102606.11:+:deletionFS:5/12:ARHGEF7-201:ENST00000370623.3:2196_41:ARHGEF7-008:ENST00000317133.5:2349_41:ARHGEF7-203:ENST00000375739.2:2262_41:ARHGEF7-204:ENST00000375741.2:2412_41:ARHGEF7-206:ENST00000545635.1:2070_37
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chr13	112723111	.	C	CGGGCGT	1207.40	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.0743;AN=552;BaseQRankSum=-3.261;DP=582;FS=5.352;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.0834;InbreedingCoeff=0.0877;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.234;QD=21.56;ReadPosRankSum=-2.249;SB=-557.58;SZ=6;TR=17;TU=CGCGGG;VQSLOD=7.2308;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SOX1:ENSG00000182968.3:+:insertionNFS:1/1:SOX1-001:ENST00000330949.1:1176_1139_380_A->AGV
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chr13	113979968	.	C	CCACA	16932.81	PASS	AA=.;AC=264;AF=0.23446;AN=1126;BaseQRankSum=17.601;DP=2358;FS=2.290;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=23.6704;InbreedingCoeff=0.2441;MQ=56.06;MQ0=0;MQRankSum=-7.601;QD=28.70;ReadPosRankSum=1.537;SZ=.;TR=7;TU=AC;VQSLOD=6.4492;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GRTP1:ENSG00000139835.8:-:insertionFS:2/3:GRTP1-201:ENST00000375430.4:1035_929:GRTP1-001:ENST00000326039.3:801_695
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chr13	115089834	.	TCTC	T	32.86	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1455;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=CCTT;VQSLOD=6.7628;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF828:ENSG00000198824.4:+:deletionNFS:1/1:ZNF828-001:ENST00000361283.1:2439_517_173_SP->S
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chr14	19562052	.	TC	T	2858.71	PASS	AA=0;AC=437;AF=0.7026;AN=622;BaseQRankSum=10.872;DP=1172;DS;FS=17.684;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.4934;InbreedingCoeff=0.2055;MQ=20.14;MQ0=675;MQRankSum=-2.073;QD=3.33;ReadPosRankSum=1.321;SB=-1082.32;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2361;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:POTEG:ENSG00000222036.2:+:deletionFS:1/1:POTEG-201:ENST00000409832.2:1527_869
chr14	20228362	.	T	TG	785.21	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0149;AN=470;DP=1949;DS;HR=4;HRun=1;HU=T;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.5596;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4H12P:ENSG00000176312.2:+:insertionFS:1/1:OR4H12P-201:ENST00000316004.2:879_294
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chr14	20528600	.	AG	A	1364.67	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.0377;AN=424;DP=1527;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=8.0604;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:OR4L1:ENSG00000176246.1:+:deletionFS:1/1:OR4L1-201:ENST00000315683.1:939_397
chr14	20665906	rs61106173	C	CA	2330.78	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.0388;AN=490;DB;DP=1683;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.1153;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR11G2:ENSG00000196832.3:+:insertionFS:1/1:OR11G2-001:ENST00000357366.3:1038_412
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chr14	20666175	rs67847713	C	CA	66113.46	PASS	AA=0;AC=1177;AF=0.61048;AN=1928;BaseQRankSum=-30.045;DB;DP=5796;DS;FS=10.147;HR=6;HRun=6;HU=A;HaplotypeScore=13.3790;InbreedingCoeff=0.0517;MQ=65.68;MQ0=0;MQRankSum=4.582;QD=23.25;ReadPosRankSum=0.286;SB=-31895.12;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=8.9331;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR11G2:ENSG00000196832.3:+:insertionFS:1/1:OR11G2-001:ENST00000357366.3:1038_681
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chr14	20822340	.	T	TG	13.49	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=420;BaseQRankSum=2.370;DP=1195;DS;FS=6.030;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.3124;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=1.12;ReadPosRankSum=1.841;SB=0.83;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.7906;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PARP2:ENSG00000129484.7:+:insertionFS:4/4:PARP2-002:ENST00000250416.5:1752_736:PARP2-001:ENST00000429687.2:1713_697:PARP2-003:ENST00000527915.1:1596_736:PARP2-201:ENST00000446919.2:1236_475
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chr14	20825321	rs10625811	T	TTTCAC	43002.14	PASS	AA=0;AC=384;AF=0.18182;AN=2112;BaseQRankSum=28.813;DB;DP=5796;DS;FS=10.005;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=26.8641;InbreedingCoeff=0.1628;MQ=78.20;MQ0=0;MQRankSum=-26.837;QD=46.69;ReadPosRankSum=3.983;SB=-19721.22;SZ=5;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.2471;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PARP2:ENSG00000129484.7:+:insertionFS:1/4:PARP2-201:ENST00000446919.2:1236_1219
chr14	20837533	.	TG	T	50.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1874;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.4090;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEP1:ENSG00000129566.6:-:deletionFS:2/3:TEP1-005:ENST00000262715.5:7884_7626:TEP1-201:ENST00000359243.4:7860_7602
chr14	20852013	.	TG	T	9.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=789;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0061;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEP1:ENSG00000129566.6:-:deletionFS:2/3:TEP1-005:ENST00000262715.5:7884_3599:TEP1-201:ENST00000359243.4:7860_3599
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chr14	20978653	.	TC	T	146.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=342;DP=1062;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8473;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNASE10:ENSG00000182545.5:+:deletionFS:2/2:RNASE10-202:ENST00000430083.1:735_107:RNASE10-201:ENST00000328444.4:651_23
chr14	21458320	rs3215962	CCCCG	C	19337.61	PASS	AA=0;AC=387;AF=0.23889;AN=1620;BaseQRankSum=21.869;DB;DP=3031;DS;FS=0.424;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.9012;InbreedingCoeff=0.1091;MQ=68.12;MQ0=0;MQRankSum=-9.245;QD=25.24;ReadPosRankSum=2.167;SB=-9372.63;SZ=-4;TR=5;TU=C;VQSLOD=9.0824;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:METT11D1:ENSG00000165792.10:+:deletionFS:1/3:METT11D1-201:ENST00000536700.1:591_121
chr14	21458351	rs71642204	T	TTG	3814.22	PASS	AA=0;AC=72;AF=0.04826;AN=1492;BaseQRankSum=-10.043;DB;DP=3022;DS;FS=0.443;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.3203;InbreedingCoeff=-0.0048;MQ=56.92;MQ0=0;MQRankSum=2.529;QD=26.83;ReadPosRankSum=0.467;SB=-1686.32;SZ=2;TR=10;TU=CCTTT;VQSLOD=7.7783;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:METT11D1:ENSG00000165792.10:+:insertionFS:1/3:METT11D1-201:ENST00000536700.1:591_152
chr14	21498756	.	G	GA	11.84	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1513;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=5.9095;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TPPP2:ENSG00000179636.9:+:insertionFS:3/3:TPPP2-002:ENST00000460647.1:357_16:TPPP2-001:ENST00000321760.5:513_16:TPPP2-010:ENST00000530140.1:513_16
chr14	21511583	.	AT	A	132.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=504;DP=1485;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.7846;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNASE7:ENSG00000165799.4:+:deletionFS:1/1:RNASE7-001:ENST00000298690.4:471_432
chr14	21526398	.	C	CA	692.56	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0165;AN=424;DP=1359;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.7734;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNASE8:ENSG00000173431.2:+:insertionFS:1/1:RNASE8-001:ENST00000308227.2:465_347
chr14	21542955	.	AGAGGAG	A,AGAG	633.92	PASS	AA=.;AC=10,5;AF=0.0144,0.0072;AN=696;BaseQRankSum=4.741;DP=1332;DS;FS=9.512;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=21.2054;InbreedingCoeff=0.2839;MQ=61.92;MQ0=0;MQRankSum=-4.437;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-163.71;SZ=.;TR=19;TU=AGG;VQSLOD=7.5006;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ARHGEF40:ENSG00000165801.3:+:deletionNFS:2/2:ARHGEF40-201:ENST00000298693.3:4416_1066_356_RGG->R:ARHGEF40-202:ENST00000298694.3:4560_1066_356_RGG->R,2:ARHGEF40:ENSG00000165801.3:+:deletionNFS:2/2:ARHGEF40-201:ENST00000298693.3:4416_1066_356_RG->R:ARHGEF40-202:ENST00000298694.3:4560_1066_356_RG->R
chr14	21558808	.	GC	G	7.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=524;BaseQRankSum=1.285;DP=938;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=10.0338;InbreedingCoeff=0.0356;MQ=69.35;MQ0=0;MQRankSum=1.120;QD=1.28;ReadPosRankSum=0.253;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=4.7990;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF219:ENSG00000165804.8:-:deletionFS:3/3:ZNF219-201:ENST00000360947.3:2169_2056:ZNF219-002:ENST00000421093.1:2169_2056:ZNF219-202:ENST00000451119.2:2169_2056
chr14	21560752	rs72383174	GGAGGCT	G	8569.95	PASS	AA=.;AC=275;AF=0.21351;AN=1288;BaseQRankSum=15.769;DB;DP=2201;DS;FS=2.091;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7412;InbreedingCoeff=0.2266;MQ=63.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.157;QD=20.26;ReadPosRankSum=-0.458;SB=-3741.33;SZ=.;TR=23;TU=AGGCTG;VQSLOD=9.7673;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZNF219:ENSG00000165804.8:-:deletionNFS:3/3:ZNF219-201:ENST00000360947.3:2169_704_235_PPQ->Q:ZNF219-002:ENST00000421093.1:2169_704_235_PPQ->Q:ZNF219-202:ENST00000451119.2:2169_704_235_PPQ->Q
chr14	21623496	rs112111446	CAGA	C	5592.80	PASS	AA=0;AC=50;AF=0.03333;AN=1500;BaseQRankSum=11.494;DB;DP=4695;DS;FS=0.676;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=34.3786;InbreedingCoeff=0.1222;MQ=65.46;MQ0=0;MQRankSum=-4.567;QD=19.56;ReadPosRankSum=-1.083;SB=-2617.88;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=5.7865;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:OR5AU1:ENSG00000169327.3:-:deletionNFS:1/1:OR5AU1-201:ENST00000304418.3:1089_689_230_CD->D
chr14	21680073	.	TCTC	T	32.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=724;DP=1649;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=2;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.1368;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNRNPC:ENSG00000092199.11:-:deletionNFS:7/9:HNRNPC-202:ENST00000320084.7:921_572_191_DD->D:HNRNPC-203:ENST00000336053.5:921_572_191_DD->D:HNRNPC-205:ENST00000420743.2:921_572_191_DD->D:HNRNPC-206:ENST00000430246.2:882_533_178_DD->D:HNRNPC-208:ENST00000449098.1:882_533_178_DD->D:HNRNPC-207:ENST00000445284.2:912_572_191_DD->D:HNRNPC-201:ENST00000216296.6:591_257_86_DD->D
chr14	21819346	.	AAGG	A	171.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1416;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.2435;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPGRIP1:ENSG00000092200.7:+:deletionNFS:4/4:RPGRIP1-201:ENST00000206660.6:3861_3832_1278_KE->K:RPGRIP1-204:ENST00000400017.1:3861_3832_1278_KE->K:RPGRIP1-203:ENST00000382933.3:1839_1810_604_KE->K:RPGRIP1-202:ENST00000307974.4:1938_1909_637_KE->K
chr14	21829470	rs71112579	CTTTTTT	C,CT,CTTTT,CTTTTT,CTTTTTTT,CTTTTTTTT,CTTTTTTTTT	11687.27	PASS	AA=.;AC=13,14,47,34,183,207,782;AF=0.00781,0.00841,0.02825,0.02043,0.10998,0.12440,0.46995;AN=1664;BaseQRankSum=-7.951;DB;DP=3759;DS;FS=10.253;HR=23;HU=T;HaplotypeScore=27.8299;InbreedingCoeff=0.8739;MQ=61.04;MQ0=34;MQRankSum=5.543;QD=5.28;ReadPosRankSum=-2.072;SB=-1923.87;SZ=.;TR=23;TU=T;VQSLOD=8.0434;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:deletionNFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189_397_AK*->*,2:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:deletionFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189,3:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:deletionFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189,4:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:deletionFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189,5:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:insertionFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189,6:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:insertionFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189,7:SUPT16H:ENSG00000092201.3:-:insertionNFS:1/2:SUPT16H-201:ENST00000538230.1:1197_1189_397_A->KKKA
chr14	21963397	.	CCTT	C	245.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1699;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.7052;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TOX4:ENSG00000092203.7:+:deletionNFS:4/4:TOX4-201:ENST00000262709.3:1866_1651_551_PS->P:TOX4-001:ENST00000405508.1:1866_1651_551_PS->P:TOX4-202:ENST00000448790.2:1797_1582_528_PS->P:TOX4-203:ENST00000545559.1:1650_1435_479_PS->P
chr14	21991333	.	AGGT	A,AGGTGGT	198.07	PASS	AA=.;AC=3,14;AF=0.0058,0.0272;AN=514;DP=1209;DS;FS=0.000;HR=2;HU=G;MQ0=1;SZ=.;TR=17;TU=GGT;VQSLOD=8.0412;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SALL2:ENSG00000165821.6:-:deletionNFS:2/5:SALL2-001:ENST00000327430.3:3024_2529_843_PD->D:SALL2-006:ENST00000450879.2:2721_2118_706_PD->D,2:SALL2:ENSG00000165821.6:-:insertionNFS:2/5:SALL2-001:ENST00000327430.3:3024_2529_843_P->PPP:SALL2-006:ENST00000450879.2:2721_2118_706_P->PPP
chr14	21993076	.	AGAG	A	32.10	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0066;AN=452;DP=1001;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=17;TU=AGG;VQSLOD=6.3499;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SALL2:ENSG00000165821.6:-:deletionNFS:2/5:SALL2-001:ENST00000327430.3:3024_786_262_SS->S:SALL2-201:ENST00000541876.1:1827_786_262_SS->S
chr14	22038337	.	CAGA	C	244.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1413;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.3228;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10G3:ENSG00000169208.1:-:deletionNFS:1/1:OR10G3-001:ENST00000303532.1:942_539_180_CD->D
chr14	22038470	.	GCA	G	345.83	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0064;AN=466;DP=1277;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.8196;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR10G3:ENSG00000169208.1:-:deletionFS:1/1:OR10G3-001:ENST00000303532.1:942_406
chr14	22133492	.	CT	C	9.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1712;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3336;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4E2:ENSG00000221977.1:+:deletionFS:1/1:OR4E2-001:ENST00000408935.1:942_196
chr14	23067266	.	TTC	T,TTCTC	92.45	PASS	AA=.;AC=27,23;AF=0.0311,0.0265;AN=868;BaseQRankSum=-1.074;DP=1636;FS=2.415;HR=3;HU=T;HaplotypeScore=12.0741;InbreedingCoeff=0.2500;MQ=68.67;MQ0=0;MQRankSum=0.815;QD=0.36;ReadPosRankSum=-2.696;SB=-112.55;SZ=.;TR=18;TU=CTCTCTTT;VQSLOD=7.8470;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL160314.1:ENSG00000228313.2:-:deletionFS:1/1:AL160314.1-201:ENST00000536432.1:474_172,2:AL160314.1:ENSG00000228313.2:-:insertionFS:1/1:AL160314.1-201:ENST00000536432.1:474_172
chr14	23235885	.	C	CA	460.75	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0051;AN=988;BaseQRankSum=-5.182;DP=2359;DS;FS=2.957;HR=4;HRun=4;HU=A;HaplotypeScore=13.3306;InbreedingCoeff=0.0587;MQ=68.42;MQ0=0;MQRankSum=1.461;QD=17.72;ReadPosRankSum=-1.094;SB=-276.98;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=8.2439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OXA1L:ENSG00000155463.6:+:insertionFS:1/2:OXA1L-001:ENST00000285848.5:1488_155
chr14	23240713	rs36078271	T	TAGC	22941.45	PASS	AA=.;AC=338;AF=0.18211;AN=1856;BaseQRankSum=-26.426;DB;DP=5501;DS;FS=4.911;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.3943;InbreedingCoeff=0.0679;MQ=67.18;MQ0=1;MQRankSum=0.017;QD=23.17;ReadPosRankSum=1.458;SB=-10236.25;SZ=.;TR=13;TU=AGC;VQSLOD=7.3252;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OXA1L:ENSG00000155463.6:+:insertionNFS:2/2:OXA1L-001:ENST00000285848.5:1488_1434_478_P->PS:OXA1L-003:ENST00000358043.4:1260_1206_402_P->PS
chr14	23240726	rs78597929	A	AGC	2830.04	PASS	AA=.;AC=270;AF=0.14196;AN=1902;BaseQRankSum=21.656;DB;DP=5572;FS=3.123;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.0439;InbreedingCoeff=-0.0511;MQ=73.44;MQ0=0;MQRankSum=1.827;QD=5.06;ReadPosRankSum=3.866;SZ=.;TR=13;TU=AGC;VQSLOD=4.8312;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OXA1L:ENSG00000155463.6:+:insertionFS:2/2:OXA1L-001:ENST00000285848.5:1488_1447:OXA1L-003:ENST00000358043.4:1260_1219
chr14	23355291	.	TC	T	10.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1235;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8569;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:REM2:ENSG00000139890.4:+:deletionFS:2/2:REM2-201:ENST00000267396.3:1023_578:REM2-202:ENST00000536884.1:666_504
chr14	23371255	rs61680322	G	GGGC	26689.28	PASS	AA=.;AC=832;AF=0.50000;AN=1664;BaseQRankSum=-14.488;DB;DP=3372;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.5442;InbreedingCoeff=0.2459;MQ=62.51;MQ0=0;MQRankSum=4.884;QD=20.44;ReadPosRankSum=-0.156;SB=-10004.73;SZ=.;TR=12;TU=CGG;VQSLOD=9.4244;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RBM23:ENSG00000100461.11:-:insertionNFS:5/6:RBM23-203:ENST00000346528.4:1218_1078_360_Q->AQ:RBM23-204:ENST00000359890.2:1320_1180_394_Q->AQ:RBM23-205:ENST00000399922.1:1272_1132_378_Q->AQ:RBM23-202:ENST00000338980.5:1251_1111_371_Q->AQ:RBM23-206:ENST00000542016.1:810_670_224_Q->AQ
chr14	23371265	.	G	GGCA	9711.05	PASS	AA=.;AC=398;AF=0.25190;AN=1580;BaseQRankSum=13.426;DP=3409;DS;FS=0.544;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.2045;InbreedingCoeff=0.0805;MQ=69.42;MQ0=2;MQRankSum=1.090;QD=8.94;ReadPosRankSum=13.168;SB=-3036.03;SZ=.;TR=19;TU=AGC;VQSLOD=5.1963;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM23:ENSG00000100461.11:-:insertionNFS:5/6:RBM23-203:ENST00000346528.4:1218_1068_356_A->AA:RBM23-204:ENST00000359890.2:1320_1170_390_A->AA:RBM23-205:ENST00000399922.1:1272_1122_374_A->AA:RBM23-202:ENST00000338980.5:1251_1101_367_A->AA:RBM23-206:ENST00000542016.1:810_660_220_A->AA
chr14	23375570	.	GACT	G	51.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1481;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=13;TU=ACGACT;VQSLOD=5.9225;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM23:ENSG00000100461.11:-:deletionNFS:5/6:RBM23-203:ENST00000346528.4:1218_187_63_RD->D:RBM23-204:ENST00000359890.2:1320_235_79_RD->D:RBM23-205:ENST00000399922.1:1272_187_63_RD->D:RBM23-202:ENST00000338980.5:1251_168_56_VE->E:RBM23-201:ENST00000307814.6:960_235_79_RD->D
chr14	23511669	.	GC	G	162.66	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0069;AN=580;DP=1717;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.1441;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PSMB11:ENSG00000222028.2:+:deletionFS:1/1:PSMB11-201:ENST00000408907.2:903_235
chr14	23523756	.	G	GTT	98.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;DP=1571;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.7093;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDH24:ENSG00000139880.13:-:insertionFS:2/3:CDH24-006:ENST00000267383.5:2460_743:CDH24-201:ENST00000397359.3:2460_743
chr14	23528501	.	TTC	T	133.79	PASS	AA=0;AC=40;AF=0.02541;AN=1574;BaseQRankSum=5.109;DP=3508;DS;FS=6.257;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.7394;InbreedingCoeff=0.0904;MQ=69.07;MQ0=0;MQRankSum=1.115;QD=0.81;ReadPosRankSum=0.204;SB=-221.92;SZ=-2;TR=14;TU=CT;VQSLOD=6.6294;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:deletionFS:5/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_3882:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_3762:ACIN1-002:ENST00000338631.6:1845_1701:ACIN1-001:ENST00000357481.1:1752_1608:ACIN1-004:ENST00000397341.2:1752_1608
chr14	23548783	rs3077646	A	AGAACGT,AGAACGTGAACGT	73542.16	PASS	AA=.;AC=764,92;AF=0.40381,0.04863;AN=1892;BaseQRankSum=-13.780;DB;DP=5554;DS;FS=16.254;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=49.6689;InbreedingCoeff=0.2562;MQ=67.75;MQ0=0;MQRankSum=-17.840;QD=34.34;ReadPosRankSum=4.803;SB=-24903.41;SZ=.;TR=14;TU=AACGTG;VQSLOD=6.2990;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:insertionNFS:2/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_1935_645_S->SRS:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_1815_605_S->SRS,2:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:insertionNFS:2/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_1935_645_S->SRSRS:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_1815_605_S->SRSRS
chr14	23548787	rs34870944	C	CGTGAAT	63853.19	PASS	AA=.;AC=795;AF=0.40233;AN=1976;BaseQRankSum=11.135;DB;DP=6169;DS;FS=20.043;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=33.3010;InbreedingCoeff=0.0355;MQ=69.16;MQ0=0;MQRankSum=-16.247;QD=32.64;ReadPosRankSum=0.897;SB=-28387.83;SZ=.;TR=14;TU=AACGTG;VQSLOD=4.8585;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:insertionNFS:2/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_1931_644_R->HSR:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_1811_604_R->HSR
chr14	23549878	rs3841035	TTCCTCC	T,TTCC	8110.77	PASS	AA=.;AC=3,225;AF=0.00146,0.10954;AN=2054;BaseQRankSum=19.500;DB;DP=6152;DS;FS=2.760;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=31.9349;InbreedingCoeff=0.1727;MQ=63.27;MQ0=8;MQRankSum=6.291;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.872;SB=-3599.54;SZ=.;TR=20;TU=CCT;VQSLOD=7.3770;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:deletionNFS:2/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_840_280_EED->D:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_720_240_EED->D,2:ACIN1:ENSG00000100813.8:-:deletionNFS:2/5:ACIN1-003:ENST00000262710.1:4026_840_280_EE->E:ACIN1-201:ENST00000457657.1:3906_720_240_EE->E
chr14	23624484	.	AAGCTGTG	A	79.43	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=1210;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.6019;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SLC7A8:ENSG00000092068.12:-:deletionFS:1/7:SLC7A8-005:ENST00000529705.1:1293_84
chr14	23624485	.	AGCTGTGAGG	A	301.57	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0046;AN=438;DP=1209;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4425;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SLC7A8:ENSG00000092068.12:-:deletionNFS:1/7:SLC7A8-005:ENST00000529705.1:1293_83_28_LLCT->T
chr14	23634572	.	TGGA	T	85.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=458;DP=755;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.8720;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC7A8:ENSG00000092068.12:-:deletionNFS:2/7:SLC7A8-001:ENST00000316902.7:1608_430_144_NY->Y:SLC7A8-004:ENST00000469263.1:870_430_144_NY->Y
chr14	23713565	.	CT	C	194.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=918;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=8.6216;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C14orf164:ENSG00000215277.4:+:deletionFS:2/3:C14orf164-001:ENST00000399910.1:903_188:C14orf164-201:ENST00000430154.2:903_188
chr14	23744800	rs71650135	ACATCATCAT	A,ACAT,ACATCAT,ACATCATCATCAT	25738.07	PASS	AA=.;AC=1,71,734,46;AF=0.00048,0.03420,0.35356,0.02216;AN=2076;BaseQRankSum=11.410;DB;DP=5695;DS;FS=1.308;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=40.6752;InbreedingCoeff=0.3240;MQ=70.19;MQ0=0;MQRankSum=10.249;QD=15.35;ReadPosRankSum=-0.299;SB=-12457.60;SZ=.;TR=25;TU=ATC;VQSLOD=7.1968;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:deletionNFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1643_548_VIIQ->Q:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1637_546_VIIQ->Q,2:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:deletionNFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1643_548_VII->I:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1637_546_VII->I,3:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:deletionNFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1643_548_VI->I:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1637_546_VI->I,4:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:insertionNFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1643_548_V->DDDDV:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1637_546_V->DDDDV
chr14	23744804	.	CAT	C	12.48	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.0365;AN=548;BaseQRankSum=23.472;DP=1424;FS=3.559;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.0176;InbreedingCoeff=0.0902;MQ=60.16;MQ0=1;MQRankSum=0.845;QD=0.11;ReadPosRankSum=0.936;SZ=.;TR=25;TU=ATC;VQSLOD=5.3268;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:deletionFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1639:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1633
chr14	23744886	.	CTCT	C	108.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=542;DP=1454;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=-3;TR=14;TU=CCTCTT;VQSLOD=7.1625;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HOMEZ:ENSG00000215271.3:-:deletionNFS:2/2:HOMEZ-202:ENST00000431326.2:1659_1557_519_EE->E:HOMEZ-201:ENST00000357460.3:1653_1551_517_EE->E
chr14	23847975	.	C	CCG,CG	2003.27	PASS	AA=.;AC=26,5;AF=0.0677,0.0130;AN=384;DP=864;HR=7;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=C;VQSLOD=7.8448;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CMTM5:ENSG00000166091.13:+:insertionFS:1/5:CMTM5-003:ENST00000339180.4:672_377,2:CMTM5:ENSG00000166091.13:+:insertionFS:1/5:CMTM5-003:ENST00000339180.4:672_377
chr14	23869974	.	GC	G	195.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=434;DP=1260;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=7.8119;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH6:ENSG00000197616.6:-:deletionFS:2/2:MYH6-001:ENST00000356287.2:5820_1354:MYH6-201:ENST00000405093.3:5820_1354
chr14	23888787	.	TCC	T	8.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=624;DP=1520;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0112;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYH7:ENSG00000092054.10:-:deletionFS:3/3:MYH7-201:ENST00000355349.2:5808_3758:MYH7-001:ENST00000361594.3:5808_3758:MYH7-202:ENST00000544444.1:5823_3773
chr14	23999625	.	AT	A	5673.66	PASS	AA=1;AC=368;AF=0.19764;AN=1862;BaseQRankSum=34.553;DP=5222;DS;FS=6.269;HR=2;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=24.9340;InbreedingCoeff=0.2795;MQ=57.93;MQ0=0;MQRankSum=5.507;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.332;SB=-2747.91;SZ=1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=6.3436;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZFHX2:ENSG00000136367.7:-:deletionFS:1/3:ZFHX2-201:ENST00000382785.3:2589_2582
chr14	23999627	rs35092523	TA	T	31930.88	PASS	AA=1;AC=507;AF=0.27229;AN=1862;BaseQRankSum=25.197;DB;DP=5207;DS;FS=10.827;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=16.4741;InbreedingCoeff=0.1497;MQ=58.12;MQ0=0;MQRankSum=2.827;QD=23.57;ReadPosRankSum=-1.355;SB=-14273.96;SZ=1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=9.6533;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZFHX2:ENSG00000136367.7:-:deletionFS:1/3:ZFHX2-201:ENST00000382785.3:2589_2580
chr14	24030824	.	A	AT	33.26	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=674;DP=1693;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.3585;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AP1G2:ENSG00000213983.4:-:insertionFS:4/4:AP1G2-002:ENST00000308724.5:2358_1754:AP1G2-003:ENST00000397120.2:2358_1754:AP1G2-202:ENST00000545295.1:1665_1061:AP1G2-201:ENST00000535852.1:1923_1319
chr14	24422778	rs3049857	C	CGCTTTGA	5386.57	PASS	AA=1;AC=76;AF=0.05073;AN=1498;BaseQRankSum=5.556;DB;DP=2125;DS;FS=9.339;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.5267;InbreedingCoeff=0.2879;MQ=52.54;MQ0=10;MQRankSum=-9.944;QD=68.18;ReadPosRankSum=-0.427;SB=-2052.14;SZ=-7;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.7447;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AL136419.1:ENSG00000215256.1:-:spliceOverlap:1/1:AL136419.1-201:ENST00000399886.1:153
chr14	24435589	.	TA	T	450.83	PASS	AA=0;AC=42;AF=0.02232;AN=1882;BaseQRankSum=5.433;DP=4380;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=10.9696;InbreedingCoeff=0.1713;MQ=42.23;MQ0=958;MQRankSum=-4.229;QD=5.71;ReadPosRankSum=-2.102;SB=-228.84;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8019;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DHRS4:ENSG00000157326.13:+:deletionFS:2/8:DHRS4-002:ENST00000313250.4:837_629:DHRS4-204:ENST00000421831.1:681_473
chr14	24458277	.	AC	A	11.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=390;DP=751;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.8549;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHRS4L2:ENSG00000187630.8:+:deletionFS:5/8:DHRS4L2-003:ENST00000397071.1:579_121:DHRS4L2-206:ENST00000545240.1:468_121:DHRS4L2-001:ENST00000335125.6:699_121:DHRS4L2-204:ENST00000537912.1:474_121:DHRS4L2-202:ENST00000382755.4:774_115
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chr14	24619473	.	G	GA	14.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1193;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.4432;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF31:ENSG00000092098.9:+:insertionFS:2/3:RNF31-001:ENST00000324103.5:3219_1013:RNF31-202:ENST00000382687.3:2766_560
chr14	24633131	.	GAGC	G	163.66	PASS	AA=1;AC=21;AF=0.01633;AN=1286;BaseQRankSum=3.720;DP=3009;DS;FS=15.653;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.2916;InbreedingCoeff=0.2037;MQ=62.34;MQ0=0;MQRankSum=-1.200;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.486;SB=-94.12;SZ=3;TR=21;TU=AGC;VQSLOD=7.0949;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:IRF9:ENSG00000213928.3:+:deletionNFS:1/1:IRF9-001:ENST00000396864.3:1182_540_180_GS->G
chr14	24646406	rs10690822	G	GGAA,GGCA	98592.44	PASS	AA=1;AC=1763,7;AF=0.96024,0.00381;AN=1836;BaseQRankSum=-7.458;DB;DP=3858;FS=3.165;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=13.9402;InbreedingCoeff=0.2106;MQ=66.45;MQ0=0;MQRankSum=-2.211;QD=47.77;ReadPosRankSum=4.021;SB=-49043.57;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=9.1602;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:REC8:ENSG00000100918.6:+:insertionNFS:2/2:REC8-201:ENST00000311457.2:1641_681_227_E->EE:REC8-202:ENST00000447460.2:1590_681_227_E->EE,2:REC8:ENSG00000100918.6:+:insertionNFS:2/2:REC8-201:ENST00000311457.2:1641_681_227_E->EA:REC8-202:ENST00000447460.2:1590_681_227_E->EA
chr14	24651624	rs74878837	CAG	C,CG	11274.91	PASS	AA=0;AC=227,7;AF=0.12753,0.00393;AN=1780;BaseQRankSum=14.651;DB;DP=4371;DS;FS=6.034;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=15.3005;InbreedingCoeff=0.1736;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=2.027;QD=23.27;ReadPosRankSum=0.602;SB=-5327.42;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.8536;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:IPO4:ENSG00000196497.8:-:deletionFS:1/3:IPO4-202:ENST00000458132.2:1956_1168,2:IPO4:ENSG00000196497.8:-:deletionFS:1/3:IPO4-202:ENST00000458132.2:1956_1168
chr14	24656159	.	A	AG	98.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=865;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.7018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IPO4:ENSG00000196497.8:-:insertionFS:1/3:IPO4-001:ENST00000354464.5:3246_681
chr14	24677343	rs34067514	TACG	T	7006.83	PASS	AA=0;AC=60;AF=0.0817;AN=734;BaseQRankSum=16.432;DB;DP=2228;DS;FS=4.436;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=23.6342;InbreedingCoeff=0.0503;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-5.780;QD=19.68;ReadPosRankSum=-0.109;SB=-2949.37;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.2772;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSSK4:ENSG00000139908.9:+:deletionNFS:2/2:TSSK4-001:ENST00000287913.6:987_978_326_IT->I:TSSK4-201:ENST00000339917.5:1017_1008_336_IT->I
chr14	24683266	rs3215610	CA	C	21820.51	PASS	AA=.;AC=354;AF=0.18910;AN=1872;BaseQRankSum=22.261;DB;DP=5706;DS;FS=0.900;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=18.4540;InbreedingCoeff=0.1436;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=18.62;ReadPosRankSum=-1.063;SB=-10757.13;SZ=.;TR=3;TU=A;VQSLOD=9.2103;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MDP1:ENSG00000213920.3:-:deletionFS:2/2:MDP1-004:ENST00000288087.7:531_495:MDP1-005:ENST00000396833.2:369_355
chr14	24683269	.	AG	A	2415.31	PASS	AA=.;AC=227;AF=0.12100;AN=1876;BaseQRankSum=28.430;DP=5701;FS=1.552;HR=3;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=26.7664;InbreedingCoeff=0.2307;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=2.206;QD=3.32;ReadPosRankSum=2.264;SZ=.;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.2459;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MDP1:ENSG00000213920.3:-:deletionFS:2/2:MDP1-004:ENST00000288087.7:531_492:MDP1-005:ENST00000396833.2:369_352
chr14	24710969	.	AG	A	4.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;BaseQRankSum=1.451;DP=1496;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.0843;InbreedingCoeff=0.0740;MQ=70.25;MQ0=0;MQRankSum=1.163;QD=0.73;ReadPosRankSum=0.948;SB=-28.76;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.1254;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TINF2:ENSG00000092330.10:-:deletionFS:3/4:TINF2-201:ENST00000267415.6:1356_311:TINF2-204:ENST00000540705.1:1251_206:TINF2-202:ENST00000399423.3:1065_311
chr14	24711412	.	CG	C	9.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1379;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CG;VQSLOD=5.3502;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TINF2:ENSG00000092330.10:-:deletionFS:3/4:TINF2-201:ENST00000267415.6:1356_127:TINF2-204:ENST00000540705.1:1251_127:TINF2-202:ENST00000399423.3:1065_127
chr14	24769748	.	GCT	G	19.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=300;DP=650;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.5051;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:deletionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_382:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_382
chr14	24769805	.	CA	C	34.08	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=636;DP=1694;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.7259;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:deletionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_439:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_439
chr14	24769848	rs34335779	C	CAG,CAGAGG,CAGAGGAGG	10435.03	PASS	AA=.;AC=0,264,200;AF=0.00000,0.13721,0.10395;AN=1924;BaseQRankSum=27.542;DB;DP=4128;DS;FS=4.365;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=30.3125;InbreedingCoeff=0.3457;MQ=65.00;MQ0=2;MQRankSum=-9.115;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.382;SB=-3947.79;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=6.5420;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_482:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_482,2:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_482:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_482,3:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_482:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_482
chr14	24769849	rs113258190	A	AG,AGAG,AGAGGAG,AGAGGAGGAG,AGGAG	34387.76	PASS	AA=.;AC=0,458,308,150,0;AF=0.00000,0.23633,0.15893,0.07740,0.00000;AN=1938;BaseQRankSum=-16.041;DB;DP=4114;DS;FS=16.461;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=28.3244;InbreedingCoeff=0.7401;MQ=65.27;MQ0=2;MQRankSum=-2.378;QD=21.68;ReadPosRankSum=0.010;SB=-9788.88;SZ=.;TR=26;TU=AGG;VQSLOD=6.5424;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_483:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_483,2:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionNFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_483_161_A->AE:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_483_161_A->AE,3:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionNFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_483_161_A->AEE:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_483_161_A->AEE,4:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionNFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_483_161_A->AEEE:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_483_161_A->AEEE,5:C14orf21:ENSG00000196943.6:+:insertionFS:2/3:C14orf21-004:ENST00000267425.3:1911_483:C14orf21-003:ENST00000396802.3:1608_483
chr14	24805462	.	TG	T,TGG	233.44	PASS	AA=0;AC=3,13;AF=0.0033,0.0145;AN=896;BaseQRankSum=-2.818;DP=1983;DS;FS=14.358;HR=6;HU=G;HaplotypeScore=12.9489;InbreedingCoeff=0.1996;MQ=63.97;MQ0=1;MQRankSum=2.941;QD=2.65;ReadPosRankSum=-2.324;SB=-130.54;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=7.1793;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RIPK3:ENSG00000129465.10:-:deletionFS:1/1:RIPK3-001:ENST00000216274.4:1557_1476,2:RIPK3:ENSG00000129465.10:-:insertionFS:1/1:RIPK3-001:ENST00000216274.4:1557_1476
chr14	24884631	.	ACC	A	8.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1309;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.1515;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NYNRIN:ENSG00000205978.3:+:deletionFS:1/2:NYNRIN-202:ENST00000382554.3:5697_3676
chr14	24898123	.	C	CA	19.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=710;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=5.7247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CBLN3:ENSG00000139899.5:-:insertionFS:1/1:CBLN3-201:ENST00000267406.5:618_138
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chr14	29261304	.	TA	T	14406.25	PASS	AA=.;AC=732;AF=0.35882;AN=2040;BaseQRankSum=-13.618;DP=4514;FS=7.229;HR=8;HRun=8;HU=A;HaplotypeScore=21.0472;InbreedingCoeff=-0.0249;MQ=77.83;MQ0=2;MQRankSum=16.206;QD=8.96;ReadPosRankSum=-5.633;SB=-5620.28;SZ=.;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.1010;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf23:ENSG00000186960.5:+:deletionFS:1/1:C14orf23-003:ENST00000399387.3:504_341
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chr14	29261309	rs113038327	A	AAAC,AAC,AACAAAC,AC	73766.28	PASS	AA=.;AC=1252,2,57,10;AF=0.60366,0.00096,0.02748,0.00482;AN=2074;BaseQRankSum=-6.909;DB;DP=4646;FS=26.959;HR=8;HU=A;HaplotypeScore=26.0377;InbreedingCoeff=0.2915;MQ=78.17;MQ0=3;MQRankSum=2.831;QD=32.79;ReadPosRankSum=1.906;SB=-24554.09;SZ=.;TR=18;TU=AAAC;VQSLOD=5.8926;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C14orf23:ENSG00000186960.5:+:insertionNFS:1/1:C14orf23-003:ENST00000399387.3:504_346_116_K->KQ,2:C14orf23:ENSG00000186960.5:+:insertionFS:1/1:C14orf23-003:ENST00000399387.3:504_346,3:C14orf23:ENSG00000186960.5:+:insertionNFS:1/1:C14orf23-003:ENST00000399387.3:504_346_116_K->NKQ,4:C14orf23:ENSG00000186960.5:+:insertionFS:1/1:C14orf23-003:ENST00000399387.3:504_346
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chr14	31074771	.	TA	T,TAA	79.42	PASS	AA=.;AC=9,12;AF=0.0257,0.0343;AN=350;DP=1014;DS;HR=10;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=5.8103;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:G2E3:ENSG00000092140.8:+:deletionFS:2/3:G2E3-001:ENST00000206595.5:2121_1071:G2E3-201:ENST00000438909.2:1983_933,2:G2E3:ENSG00000092140.8:+:insertionFS:2/3:G2E3-001:ENST00000206595.5:2121_1071:G2E3-201:ENST00000438909.2:1983_933
chr14	31081560	.	C	CAG	35.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=702;DP=1634;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.9731;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:G2E3:ENSG00000092140.8:+:insertionFS:2/3:G2E3-001:ENST00000206595.5:2121_1648:G2E3-201:ENST00000438909.2:1983_1510
chr14	31091566	.	ACAG	A,ACAGCAG	193.50	PASS	AA=.;AC=11,43;AF=0.0132,0.0516;AN=834;BaseQRankSum=0.154;DP=1235;FS=0.000;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=11.1947;InbreedingCoeff=0.4192;MQ=71.93;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=1.00;ReadPosRankSum=-0.669;SB=-48.84;SZ=.;TR=16;TU=AGC;VQSLOD=7.7339;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCFD1:ENSG00000092108.14:+:deletionNFS:1/5:SCFD1-006:ENST00000458591.1:1929_22_8_TA->T,2:SCFD1:ENSG00000092108.14:+:insertionNFS:1/5:SCFD1-006:ENST00000458591.1:1929_22_8_T->TAA
chr14	31185144	.	TC	T	4.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;BaseQRankSum=2.667;DP=1364;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.9887;InbreedingCoeff=0.0536;MQ=75.01;MQ0=0;MQRankSum=-0.300;QD=0.54;ReadPosRankSum=-1.454;SB=-27.70;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8310;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SCFD1:ENSG00000092108.14:+:deletionFS:5/5:SCFD1-006:ENST00000458591.1:1929_1644:SCFD1-202:ENST00000421551.3:1752_1467:SCFD1-204:ENST00000544052.1:1728_1443:SCFD1-201:ENST00000396629.2:1653_1368:SCFD1-203:ENST00000541123.1:1374_1089
chr14	31354230	.	AAG	A	125.14	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0038;AN=522;DP=1290;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=7;TU=AG;VQSLOD=7.6629;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COCH:ENSG00000100473.9:+:deletionFS:1/4:COCH-202:ENST00000382493.4:1206_269
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chr14	31358916	.	AAG	A	45.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1228;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=6.2235;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COCH:ENSG00000100473.9:+:deletionFS:3/4:COCH-201:ENST00000216361.3:1653_1572:COCH-005:ENST00000396618.3:1653_1572:COCH-202:ENST00000382493.4:1206_1125
chr14	31552794	.	TG	T	145.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=700;DP=1329;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=5;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.7132;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP4S1:ENSG00000100478.9:+:deletionFS:1/4:AP4S1-202:ENST00000334725.4:450_429
chr14	31575872	.	T	TG	8.13	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1206;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0655;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HECTD1:ENSG00000092148.6:-:insertionFS:2/3:HECTD1-201:ENST00000261312.4:7839_7212:HECTD1-203:ENST00000399332.1:7833_7206
chr14	31578724	.	G	GGAT	69.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=654;DP=1739;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=3;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6951;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HECTD1:ENSG00000092148.6:-:insertionNFS:2/3:HECTD1-201:ENST00000261312.4:7839_6365_2122_P->HP:HECTD1-203:ENST00000399332.1:7833_6359_2120_P->HP
chr14	31598494	.	G	GC	9.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1566;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.0886;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HECTD1:ENSG00000092148.6:-:insertionFS:2/3:HECTD1-201:ENST00000261312.4:7839_4089:HECTD1-203:ENST00000399332.1:7833_4083
chr14	31856395	.	CAAG	C	626.76	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0137;AN=948;BaseQRankSum=5.750;DP=2143;DS;FS=1.788;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.5141;InbreedingCoeff=0.0951;MQ=67.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.906;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.373;SB=-323.00;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=8.4265;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR5A:ENSG00000129493.9:-:deletionNFS:5/6:HEATR5A-202:ENST00000389961.3:6123_1102_368_GE->E:HEATR5A-204:ENST00000439348.1:5898_1102_368_GE->E:HEATR5A-001:ENST00000543095.1:6141_1120_374_GE->E:HEATR5A-205:ENST00000439727.1:5262_241_81_GE->E:HEATR5A-203:ENST00000404677.3:3423_1120_374_GE->E
chr14	31856531	.	A	AT	8.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=981;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.7266;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HEATR5A:ENSG00000129493.9:-:insertionFS:5/6:HEATR5A-202:ENST00000389961.3:6123_966:HEATR5A-204:ENST00000439348.1:5898_966:HEATR5A-001:ENST00000543095.1:6141_984:HEATR5A-205:ENST00000439727.1:5262_105:HEATR5A-203:ENST00000404677.3:3423_984
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chr14	32545209	.	TGG	T	6.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1260;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9450;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf128:ENSG00000257044.1:-:deletionFS:1/1:C14orf128-201:ENST00000539051.1:171_146
chr14	32621675	.	T	TA	12.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1161;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=3;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.7967;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGAP5:ENSG00000100852.7:+:insertionFS:5/6:ARHGAP5-203:ENST00000396582.1:714_327:ARHGAP5-202:ENST00000345122.3:4509_4122:ARHGAP5-204:ENST00000432921.1:4506_4119:ARHGAP5-206:ENST00000539826.1:4509_4122:ARHGAP5-205:ENST00000433497.1:726_339
chr14	33016085	.	A	AAG	9.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;DP=1329;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.5601;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKAP6:ENSG00000151320.5:+:insertionFS:1/1:AKAP6-001:ENST00000280979.3:6960_2226
chr14	33068662	.	TG	T	6.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=682;DP=1533;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=5.2793;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AKAP6:ENSG00000151320.5:+:deletionFS:1/1:AKAP6-001:ENST00000280979.3:6960_2516
chr14	35240732	.	G	GA	8.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1198;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=6.3416;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BAZ1A:ENSG00000198604.4:-:insertionFS:4/4:BAZ1A-201:ENST00000358716.3:4575_3190:BAZ1A-202:ENST00000360310.1:4671_3286:BAZ1A-001:ENST00000382422.2:4671_3286:BAZ1A-203:ENST00000543083.1:3702_2242
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chr14	35252433	.	C	CG	13.98	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0019;AN=532;DP=1133;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2907;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BAZ1A:ENSG00000198604.4:-:insertionFS:4/4:BAZ1A-201:ENST00000358716.3:4575_1907:BAZ1A-202:ENST00000360310.1:4671_2003:BAZ1A-001:ENST00000382422.2:4671_2003:BAZ1A-203:ENST00000543083.1:3702_959
chr14	35295293	.	G	GA	15.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1130;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1692;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BAZ1A:ENSG00000198604.4:-:insertionFS:3/4:BAZ1A-201:ENST00000358716.3:4575_462:BAZ1A-202:ENST00000360310.1:4671_462:BAZ1A-001:ENST00000382422.2:4671_462
chr14	35550227	.	GGAA	G	68.40	PASS	AA=.;AC=11;AF=0.00977;AN=1126;BaseQRankSum=3.354;DP=2490;FS=8.476;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.4442;InbreedingCoeff=0.1166;MQ=70.39;MQ0=0;MQRankSum=0.383;QD=1.09;ReadPosRankSum=1.480;SB=-49.43;SZ=.;TR=21;TU=AAG;VQSLOD=6.8143;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM177A1:ENSG00000151327.6:+:spliceOverlap:3/3:FAM177A1-001:ENST00000280987.4:711:FAM177A1-201:ENST00000382406.2:642:FAM177A1-202:ENST00000396472.1:642
chr14	35585934	.	CT	C,CTT	50.81	PASS	AA=0;AC=22,26;AF=0.0270,0.0319;AN=814;BaseQRankSum=0.357;DP=2021;DS;FS=0.551;HR=9;HU=T;HaplotypeScore=10.2997;InbreedingCoeff=0.1914;MQ=74.61;MQRankSum=1.338;QD=0.12;ReadPosRankSum=-0.455;SB=-267.46;SZ=-1;TR=9;TU=T;VQSLOD=6.4579;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PPP2R3C:ENSG00000092020.5:-:deletionFS:1/1:PPP2R3C-001:ENST00000261475.5:1362_68,2:PPP2R3C:ENSG00000092020.5:-:insertionFS:1/1:PPP2R3C-001:ENST00000261475.5:1362_68
chr14	35592699	.	A	AT	75.09	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0175;AN=744;BaseQRankSum=-2.782;DP=2362;DS;FS=0.772;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=16.1182;InbreedingCoeff=0.0053;MQ=57.84;MQ0=0;MQRankSum=3.304;QD=1.07;ReadPosRankSum=-1.470;SB=-158.75;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.7348;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0391:ENSG00000100890.8:+:insertionFS:2/3:KIAA0391-202:ENST00000321130.7:1704_248:KIAA0391-203:ENST00000534898.1:1752_248
chr14	35777224	.	A	AG	29.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;BaseQRankSum=-0.999;DP=1363;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.9023;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PSMA6:ENSG00000100902.5:+:insertionFS:2/2:PSMA6-201:ENST00000540871.1:684_44:PSMA6-001:ENST00000261479.4:741_101
chr14	36096946	.	AT	A	29.24	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0103;AN=486;BaseQRankSum=3.837;DP=1577;DS;FS=6.939;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=15.6622;InbreedingCoeff=0.0093;MQ=49.92;MQ0=38;MQRankSum=-4.479;QD=0.61;ReadPosRankSum=1.008;SB=-41.10;SZ=-1;TR=7;TU=ATT;VQSLOD=5.1238;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RALGAPA1:ENSG00000174373.9:-:deletionFS:5/5:RALGAPA1-202:ENST00000307138.5:6252_4689:RALGAPA1-203:ENST00000335518.4:6222_4689:RALGAPA1-201:ENST00000258840.6:6252_4830:RALGAPA1-204:ENST00000382366.3:6150_4728:RALGAPA1-205:ENST00000389698.2:6111_4689
chr14	36244844	.	T	TC	11.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=700;DP=1580;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.0816;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RALGAPA1:ENSG00000174373.9:-:insertionFS:5/5:RALGAPA1-202:ENST00000307138.5:6252_214:RALGAPA1-203:ENST00000335518.4:6222_214:RALGAPA1-201:ENST00000258840.6:6252_214:RALGAPA1-204:ENST00000382366.3:6150_214:RALGAPA1-205:ENST00000389698.2:6111_214
chr14	36840657	.	GT	G	48.48	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1044;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.1558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL137226.1:ENSG00000188831.2:+:deletionFS:1/1:AL137226.1-201:ENST00000340350.2:480_39
chr14	37283202	.	G	GA	27.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=873;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=12;TU=AATCTG;VQSLOD=4.9729;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A21:ENSG00000183032.5:-:insertionFS:1/2:SLC25A21-001:ENST00000331299.4:900_124
chr14	38286798	.	GC	G	7.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1256;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7386;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC6:ENSG00000139865.10:+:deletionFS:3/3:TTC6-201:ENST00000267368.7:1563_607:TTC6-002:ENST00000476979.1:1563_607:TTC6-202:ENST00000382320.3:1611_847
chr14	38306647	.	T	TC	2165.93	PASS	AA=0;AC=43;AF=0.0535;AN=804;BaseQRankSum=-9.828;DP=1843;DS;FS=3.562;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=11.4503;InbreedingCoeff=0.0381;MQ=74.13;MQ0=0;MQRankSum=1.492;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.536;SB=-1210.43;SZ=1;TR=14;TU=CCCCCCT;VQSLOD=7.1881;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTC6:ENSG00000139865.10:+:insertionFS:1/3:TTC6-202:ENST00000382320.3:1611_1561
chr14	38724040	.	AGAG	A	207.90	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0032;AN=944;BaseQRankSum=3.517;DP=2345;DS;FS=3.011;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.8620;InbreedingCoeff=0.0697;MQ=65.21;MQ0=0;MQRankSum=0.385;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.781;SB=-117.54;SZ=-3;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=7.6762;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC14A:ENSG00000176435.5:-:deletionNFS:2/2:CLEC14A-001:ENST00000342213.2:1473_1188_396_SA->A:CLEC14A-201:ENST00000546356.1:630_483_161_SA->A
chr14	38724206	.	GT	G	9.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=713;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.7642;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLEC14A:ENSG00000176435.5:-:deletionFS:2/2:CLEC14A-001:ENST00000342213.2:1473_1022:CLEC14A-201:ENST00000546356.1:630_317
chr14	39648641	.	A	AG	15.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1070;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.9343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PNN:ENSG00000100941.3:+:insertionFS:1/1:PNN-001:ENST00000216832.3:2154_768
chr14	39650144	.	G	GT	9.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=1610;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2616;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PNN:ENSG00000100941.3:+:insertionFS:1/1:PNN-001:ENST00000216832.3:2154_1231
chr14	39817985	.	T	TG	47.72	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=468;DP=1176;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.6375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTAGE5:ENSG00000150527.10:+:insertionFS:6/7:CTAGE5-201:ENST00000341502.5:2316_2052:CTAGE5-002:ENST00000280083.3:2415_2052:CTAGE5-003:ENST00000348007.3:2286_1923:CTAGE5-203:ENST00000396158.2:2430_2067:CTAGE5-004:ENST00000396165.3:2328_1965:CTAGE5-001:ENST00000341749.3:2379_2016
chr14	39819357	.	A	AT	82.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=815;HR=5;HRun=5;HU=T;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=6.4375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CTAGE5:ENSG00000150527.10:+:insertionFS:6/7:CTAGE5-002:ENST00000280083.3:2415_2304:CTAGE5-003:ENST00000348007.3:2286_2175:CTAGE5-203:ENST00000396158.2:2430_2319:CTAGE5-004:ENST00000396165.3:2328_2217:CTAGE5-001:ENST00000341749.3:2379_2268:CTAGE5-202:ENST00000382245.4:2019_1908
chr14	44974500	.	G	GC	14.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1212;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.1002;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FSCB:ENSG00000189139.4:-:insertionFS:1/2:FSCB-001:ENST00000340446.4:2478_1691
chr14	44975586	.	GTT	G	11.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;DP=1243;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=8;TU=GTTT;VQSLOD=5.1910;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FSCB:ENSG00000189139.4:-:deletionFS:2/2:FSCB-001:ENST00000340446.4:2478_605:FSCB-201:ENST00000537803.1:2157_605
chr14	45432508	.	AC	A	121.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=536;DP=1400;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.9885;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM179B:ENSG00000198718.6:+:deletionFS:4/4:FAM179B-002:ENST00000361462.2:5322_884:FAM179B-001:ENST00000361577.3:5163_884:FAM179B-202:ENST00000429476.2:3483_884:FAM179B-201:ENST00000382233.2:2988_884
chr14	45564695	.	T	TG	6.38	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1155;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.1617;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRPF39:ENSG00000185246.11:+:insertionFS:1/2:PRPF39-003:ENST00000355765.5:2010_253
chr14	45623917	.	A	AG	10.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=911;FS=0.000;HR=6;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=4.7660;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANCM:ENSG00000187790.5:+:insertionFS:2/2:FANCM-201:ENST00000267430.4:6147_1201:FANCM-202:ENST00000542564.1:6069_1123
chr14	45644539	.	TAAAA	T	29.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=336;DP=1004;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=A;MQ0=0;SZ=-4;TR=7;TU=A;VQSLOD=5.4827;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANCM:ENSG00000187790.5:+:deletionFS:2/2:FANCM-201:ENST00000267430.4:6147_2582:FANCM-202:ENST00000542564.1:6069_2504
chr14	45658082	.	TGAA	T	41.42	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=430;DP=1090;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=6.7828;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FANCM:ENSG00000187790.5:+:deletionNFS:2/2:FANCM-201:ENST00000267430.4:6147_4857_1619_SE->S:FANCM-202:ENST00000542564.1:6069_4779_1593_SE->S
chr14	45658232	.	AC	A	4.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=324;BaseQRankSum=1.970;DP=1060;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.1773;InbreedingCoeff=0.0654;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.199;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.416;SB=-29.14;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5861;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FANCM:ENSG00000187790.5:+:deletionFS:2/2:FANCM-201:ENST00000267430.4:6147_5007:FANCM-202:ENST00000542564.1:6069_4929
chr14	45716018	.	A	AT	117.98	PASS	AA=0;AC=57;AF=0.03745;AN=1522;BaseQRankSum=-1.129;DP=3905;DS;FS=0.000;HR=11;HRun=11;HU=T;HaplotypeScore=12.7559;InbreedingCoeff=0.1528;MQ=69.13;MQ0=0;MQRankSum=-1.436;QD=0.60;ReadPosRankSum=-2.181;SB=-319.97;SZ=1;TR=11;TU=T;VQSLOD=5.7834;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MIS18BP1:ENSG00000129534.8:-:insertionFS:1/2:MIS18BP1-001:ENST00000310806.4:3399_472
chr14	45716332	.	AAGG	A	507.83	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0053;AN=948;BaseQRankSum=5.242;DP=2304;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.1709;InbreedingCoeff=0.1241;MQ=65.50;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=16.93;ReadPosRankSum=2.605;SB=-298.89;SZ=-3;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=8.1584;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MIS18BP1:ENSG00000129534.8:-:deletionNFS:2/2:MIS18BP1-001:ENST00000310806.4:3399_158_53_LK->K:MIS18BP1-004:ENST00000451174.1:466_158_53_LK->K
chr14	45716353	.	A	AC	9.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1160;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9136;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MIS18BP1:ENSG00000129534.8:-:insertionFS:2/2:MIS18BP1-001:ENST00000310806.4:3399_137:MIS18BP1-004:ENST00000451174.1:466_137
chr14	47120776	.	TCAGA	T	95.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;DP=1598;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=6;TU=ATC;VQSLOD=6.5179;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPL10L:ENSG00000165496.3:-:deletionFS:1/1:RPL10L-001:ENST00000298283.3:645_164
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chr14	53217449	.	C	CA	10.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=614;DP=1147;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.1832;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STYX:ENSG00000198252.6:+:insertionFS:2/2:STYX-001:ENST00000354586.4:672_193:STYX-201:ENST00000442123.1:672_193
chr14	53235650	.	AGGT	A	196.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=516;DP=1033;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.8350;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STYX:ENSG00000198252.6:+:spliceOverlap:2/2:STYX-001:ENST00000354586.4:672:STYX-201:ENST00000442123.1:672
chr14	53326413	.	C	CT	5.58	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0060;AN=334;BaseQRankSum=-1.123;DP=932;DS;FS=2.351;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=21.0566;InbreedingCoeff=0.0733;MQ=64.37;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=0.51;ReadPosRankSum=0.060;SB=-19.59;SZ=1;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=5.9855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FERMT2:ENSG00000073712.8:-:insertionFS:4/4:FERMT2-001:ENST00000341590.3:2043_1747:FERMT2-201:ENST00000343279.4:2064_1768:FERMT2-002:ENST00000395631.1:2043_1747:FERMT2-202:ENST00000399304.2:1902_1768
chr14	53513587	.	TA	T	6.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=873;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=4.7887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDHD1:ENSG00000100523.8:-:deletionFS:4/4:DDHD1-003:ENST00000323669.5:2703_2602:DDHD1-001:ENST00000357758.3:2619_2518:DDHD1-002:ENST00000395606.1:2640_2539:DDHD1-201:ENST00000395610.2:2316_2215
chr14	53527900	.	GTTC	G	25.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=706;DP=1423;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=6.3727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DDHD1:ENSG00000100523.8:-:deletionNFS:4/4:DDHD1-003:ENST00000323669.5:2703_1786_596_RL->L:DDHD1-001:ENST00000357758.3:2619_1786_596_RL->L:DDHD1-002:ENST00000395606.1:2640_1807_603_RL->L:DDHD1-201:ENST00000395610.2:2316_1399_467_RL->L
chr14	53619480	rs55671452	T	TGCC,TGCCGCC,TGGCGCC	5025.13	PASS	AA=.;AC=56,267,7;AF=0.0895,0.4265,0.0112;AN=626;BaseQRankSum=0.765;DB;DP=561;FS=4.756;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=15.7125;InbreedingCoeff=0.7018;MQ=67.43;MQ0=0;MQRankSum=-4.070;QD=18.41;ReadPosRankSum=1.784;SB=-690.46;SZ=.;TR=14;TU=CCG;VQSLOD=9.2418;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DDHD1:ENSG00000100523.8:-:insertionNFS:4/4:DDHD1-003:ENST00000323669.5:2703_337_113_S->GS:DDHD1-001:ENST00000357758.3:2619_337_113_S->GS:DDHD1-002:ENST00000395606.1:2640_337_113_S->GS:DDHD1-201:ENST00000395610.2:2316_337_113_S->GS,2:DDHD1:ENSG00000100523.8:-:insertionNFS:4/4:DDHD1-003:ENST00000323669.5:2703_337_113_S->GGS:DDHD1-001:ENST00000357758.3:2619_337_113_S->GGS:DDHD1-002:ENST00000395606.1:2640_337_113_S->GGS:DDHD1-201:ENST00000395610.2:2316_337_113_S->GGS,3:DDHD1:ENSG00000100523.8:-:insertionNFS:4/4:DDHD1-003:ENST00000323669.5:2703_337_113_S->GAS:DDHD1-001:ENST00000357758.3:2619_337_113_S->GAS:DDHD1-002:ENST00000395606.1:2640_337_113_S->GAS:DDHD1-201:ENST00000395610.2:2316_337_113_S->GAS
chr14	55004480	.	A	AT	12.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;DP=1024;DS;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.0940;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CGRRF1:ENSG00000100532.6:+:insertionFS:1/1:CGRRF1-001:ENST00000216420.6:999_611
chr14	55169050	rs75516264	C	CCAG	7141.54	PASS	AA=0;AC=64;AF=0.03404;AN=1880;BaseQRankSum=-15.111;DB;DP=5447;DS;FS=2.917;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.0360;InbreedingCoeff=0.1825;MQ=67.14;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=29.63;ReadPosRankSum=1.371;SB=-3388.96;SZ=3;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.5755;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SAMD4A:ENSG00000020577.7:+:insertionNFS:3/4:SAMD4A-202:ENST00000305831.5:1893_467_156_T->TS:SAMD4A-204:ENST00000392067.3:2157_467_156_T->TS:SAMD4A-203:ENST00000357634.3:2154_464_155_T->TS
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chr14	61180766	.	G	GT	7.26	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;BaseQRankSum=-2.448;DP=1504;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.3374;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SIX4:ENSG00000100625.5:-:insertionFS:1/1:SIX4-001:ENST00000216513.4:2346_1705
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chr14	65878847	rs34007703	T	TG	8376.39	PASS	AA=.;AC=388;AF=0.23234;AN=1670;BaseQRankSum=-2.352;DB;DP=2659;DS;FS=8.719;HR=8;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.8451;InbreedingCoeff=0.2543;MQ=62.53;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=14.08;ReadPosRankSum=-7.054;SB=-3498.61;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=6.6845;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL359236.1:ENSG00000257055.1:-:insertionFS:1/1:AL359236.1-201:ENST00000541312.1:375_252
chr14	65878993	rs34697868	GAGC	G	2252.37	PASS	AA=0;AC=64;AF=0.05575;AN=1148;BaseQRankSum=9.576;DB;DP=2109;DS;FS=0.919;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.7356;InbreedingCoeff=0.1154;MQ=68.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.405;QD=12.51;ReadPosRankSum=0.858;SB=-1180.59;SZ=-3;TR=12;TU=AGC;VQSLOD=8.2940;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL359236.1:ENSG00000257055.1:-:deletionNFS:1/1:AL359236.1-201:ENST00000541312.1:375_106_36_QP->P
chr14	66028287	.	GC	G	5.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1326;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1580;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FUT8:ENSG00000033170.11:+:deletionFS:4/6:FUT8-202:ENST00000360689.5:1728_6:FUT8-001:ENST00000394585.1:1728_6:FUT8-203:ENST00000394586.1:1728_6:FUT8-201:ENST00000342677.5:927_6
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chr14	67664880	rs113466193	TGAA	T	7354.16	PASS	AA=0;AC=105;AF=0.05532;AN=1898;BaseQRankSum=16.777;DB;DP=5061;DS;FS=1.248;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.2274;InbreedingCoeff=0.1752;MQ=59.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.849;QD=19.20;ReadPosRankSum=-1.343;SB=-2873.73;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=8.4018;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM71D:ENSG00000172717.8:+:deletionNFS:2/2:FAM71D-001:ENST00000311864.3:1269_2_1_MK->M:FAM71D-003:ENST00000534174.1:1203_2_1_MK->M
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chr14	68108962	rs35418251	TACA	T	854.44	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00654;AN=1376;BaseQRankSum=7.166;DB;DP=3929;DS;FS=7.543;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.8612;InbreedingCoeff=0.0914;MQ=63.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.477;QD=14.01;ReadPosRankSum=0.595;SB=-350.63;SZ=-3;TR=8;TU=AAC;VQSLOD=8.4584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARG2:ENSG00000081181.2:+:deletionNFS:1/1:ARG2-201:ENST00000261783.2:1065_244_82_YN->Y
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chr14	70037551	.	CATT	C	432.24	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00473;AN=1058;BaseQRankSum=2.967;DP=2615;DS;FS=5.509;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.8796;InbreedingCoeff=0.0596;MQ=74.58;MQ0=0;MQRankSum=-3.609;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.583;SB=-210.26;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.5838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf162:ENSG00000255994.1:-:deletionNFS:1/1:C14orf162-201:ENST00000543986.1:267_199_67_VQ->Q
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chr14	71275773	rs3832971	GCCT	G	64.83	PASS	AA=.;AC=17;AF=0.0545;AN=312;BaseQRankSum=3.449;DB;DP=491;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.1177;InbreedingCoeff=0.2525;MQ=52.41;MQ0=24;MQRankSum=2.719;QD=1.12;ReadPosRankSum=-2.021;SB=-92.98;SZ=.;TR=28;TU=CCT;VQSLOD=8.2783;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MAP3K9:ENSG00000006432.8:-:deletionNFS:2/3:MAP3K9-201:ENST00000005198.6:3357_116_39_AA->A:MAP3K9-202:ENST00000381250.3:3315_116_39_AA->A
chr14	72128150	.	GT	G	11.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1847;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.0592;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SIPA1L1:ENSG00000197555.4:+:deletionFS:3/3:SIPA1L1-201:ENST00000358550.1:5415_2221:SIPA1L1-202:ENST00000381232.2:5352_2221:SIPA1L1-203:ENST00000537413.1:3774_646
chr14	72176329	.	C	CT	15.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1066;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.8597;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIPA1L1:ENSG00000197555.4:+:insertionFS:3/3:SIPA1L1-201:ENST00000358550.1:5415_4219:SIPA1L1-202:ENST00000381232.2:5352_4156:SIPA1L1-203:ENST00000537413.1:3774_2581
chr14	72457424	.	TCTC	T	109.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=534;DP=1426;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=7.1302;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C14orf57:ENSG00000257040.1:-:deletionNFS:1/1:C14orf57-201:ENST00000542853.1:384_219_73_RW->W
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chr14	73577823	.	TGA	T	13.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=668;DP=1654;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.2708;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM25:ENSG00000119707.9:+:deletionFS:2/5:RBM25-001:ENST00000261973.7:2532_1977:RBM25-007:ENST00000527432.1:2532_1977
chr14	73653611	.	TTC	T	9.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=716;DP=1467;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=10;TU=ATTC;VQSLOD=5.3573;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PSEN1:ENSG00000080815.10:+:deletionFS:6/8:PSEN1-201:ENST00000261970.3:1230_531:PSEN1-001:ENST00000324501.4:1404_531:PSEN1-002:ENST00000357710.4:1392_519:PSEN1-003:ENST00000394164.1:1392_519:PSEN1-202:ENST00000344094.3:1137_531:PSEN1-005:ENST00000406768.1:1128_255
chr14	73678588	.	A	AG	37.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;DP=1107;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7142;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PSEN1:ENSG00000080815.10:+:insertionFS:5/8:PSEN1-001:ENST00000324501.4:1404_1067:PSEN1-002:ENST00000357710.4:1392_1055:PSEN1-003:ENST00000394164.1:1392_1055:PSEN1-203:ENST00000542317.1:795_458:PSEN1-005:ENST00000406768.1:1128_791
chr14	73711365	.	GGC	G	6.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=602;DP=1143;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SB=-29.02;SZ=-2;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=5.2396;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAPLN:ENSG00000100767.8:+:deletionFS:5/5:PAPLN-202:ENST00000340738.4:3756_68:PAPLN-205:ENST00000427855.1:3837_68:PAPLN-203:ENST00000381166.3:3330_68:PAPLN-201:ENST00000216658.4:2427_68:PAPLN-204:ENST00000394134.1:387_68
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chr14	73989004	rs3217012	GCTT	G	756.25	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0074;AN=942;BaseQRankSum=6.124;DB;DP=2791;DS;FS=20.574;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=23.9076;InbreedingCoeff=0.1275;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=-2.086;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.397;SB=-150.53;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=6.7295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HEATR4:ENSG00000187105.1:-:deletionNFS:1/1:HEATR4-201:ENST00000334988.1:2940_712_238_PE->E
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chr14	75537321	.	T	TA	2170.50	PASS	AA=0;AC=32;AF=0.0658;AN=486;DP=1135;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.4237;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM164C:ENSG00000119703.11:+:insertionFS:2/3:FAM164C-201:ENST00000238686.7:1371_45:FAM164C-002:ENST00000439583.2:828_45
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chr14	76370545	rs71708480	CAAAAAAA	C,CAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAA	599.94	PASS	AA=.;AC=7,55,209,230;AF=0.00364,0.02862,0.10874,0.11967;AN=1922;BaseQRankSum=2.194;DB;DP=4346;DS;FS=0.222;HR=14;HU=A;HaplotypeScore=30.2613;InbreedingCoeff=0.4382;MQ=63.33;MQ0=7;MQRankSum=1.038;QD=0.32;ReadPosRankSum=-3.048;SB=-1304.57;SZ=.;TR=14;TU=A;VQSLOD=7.8036;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TTLL5:ENSG00000119685.11:+:deletionFS:1/5:TTLL5-205:ENST00000418433.2:2334_2319,2:TTLL5:ENSG00000119685.11:+:deletionFS:1/5:TTLL5-205:ENST00000418433.2:2334_2319,3:TTLL5:ENSG00000119685.11:+:deletionFS:1/5:TTLL5-205:ENST00000418433.2:2334_2319,4:TTLL5:ENSG00000119685.11:+:insertionFS:1/5:TTLL5-205:ENST00000418433.2:2334_2319
chr14	76949084	.	TGG	T	9.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1070;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5508;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ESRRB:ENSG00000119715.9:+:deletionFS:3/3:ESRRB-202:ENST00000380887.2:1527_769:ESRRB-003:ENST00000509242.1:1527_769:ESRRB-201:ENST00000261532.7:1503_769
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chr14	93264101	.	TC	T	6.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=716;DP=1804;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.2221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLGA5:ENSG00000066455.6:+:deletionFS:2/3:GOLGA5-201:ENST00000163416.1:2196_319:GOLGA5-202:ENST00000355976.2:2076_319
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chr14	93649907	.	TA	T	105.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1427;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.9564;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MOAP1:ENSG00000165943.3:-:deletionFS:1/1:MOAP1-001:ENST00000298894.3:1056_681
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chr14	93712185	.	ATGC	A	47.34	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0117;AN=426;DP=1069;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=20;TU=CTG;VQSLOD=6.3668;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:BTBD7:ENSG00000011114.9:-:deletionNFS:3/4:BTBD7-203:ENST00000355125.2:2346_1516_506_SE->E:BTBD7-202:ENST00000334746.4:3399_2569_857_SE->E:BTBD7-204:ENST00000393170.2:2121_1291_431_SE->E
chr14	93720076	.	T	TCCC	67.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=300;DP=673;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.6241;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BTBD7:ENSG00000011114.9:-:insertionNFS:3/4:BTBD7-203:ENST00000355125.2:2346_616_206_K->GK:BTBD7-202:ENST00000334746.4:3399_1669_557_K->GK:BTBD7-204:ENST00000393170.2:2121_391_131_K->GK
chr14	93934131	.	T	TG	12.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;DP=1039;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1554;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1409:ENSG00000133958.7:+:insertionFS:1/3:KIAA1409-201:ENST00000393153.2:7974_137
chr14	94046687	.	G	GA	12.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1329;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.7932;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA1409:ENSG00000133958.7:+:insertionFS:3/3:KIAA1409-201:ENST00000393153.2:7974_2626:KIAA1409-002:ENST00000256339.4:7377_2095:KIAA1409-001:ENST00000393151.1:7260_2095
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chr14	96794768	.	AT	A	4.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;BaseQRankSum=-0.090;DP=1299;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=9.3218;InbreedingCoeff=0.0637;MQ=71.26;MQ0=0;MQRankSum=0.583;QD=1.39;ReadPosRankSum=-0.298;SB=-32.62;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=4.9481;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATG2B:ENSG00000066739.6:-:deletionFS:1/2:ATG2B-001:ENST00000359933.4:6237_2079
chr14	98112583	.	G	GT	23.62	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0159;AN=440;DP=1135;DS;HR=9;HRun=9;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.9342;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL163872.1:ENSG00000197176.2:-:insertionFS:1/1:AL163872.1-201:ENST00000355909.2:246_33
chr14	99182526	.	TGGATGCATC	T	4514.69	PASS	AA=.;AC=44;AF=0.02458;AN=1790;BaseQRankSum=10.703;DP=4432;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=35.6338;InbreedingCoeff=0.1619;MQ=62.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.419;QD=36.70;ReadPosRankSum=0.942;SB=-1813.65;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.5282;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C14orf177:ENSG00000176605.2:+:startOverlap:1/1:C14orf177-001:ENST00000325812.2:378
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chr14	99641543	.	GCTC	G	116.03	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0362;AN=414;BaseQRankSum=1.762;DP=710;DS;FS=4.698;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.3111;InbreedingCoeff=0.1966;MQ=57.04;MQ0=2;MQRankSum=0.980;QD=1.79;ReadPosRankSum=0.258;SB=-34.42;SZ=-3;TR=27;TU=CCT;VQSLOD=7.0194;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BCL11B:ENSG00000127152.13:-:deletionNFS:3/3:BCL11B-002:ENST00000345514.2:2472_1417_473_LL->L:BCL11B-001:ENST00000357195.3:2685_1630_544_LL->L:BCL11B-003:ENST00000443726.2:2103_1048_350_LL->L
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chr14	102551160	.	ATCT	A,ATCTTCT	22.44	PASS	AA=0;AC=11,19;AF=0.00627,0.01083;AN=1754;BaseQRankSum=-0.136;DP=5547;DS;FS=1.240;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=22.7905;InbreedingCoeff=0.1785;MQ=60.84;MQ0=25;MQRankSum=-2.555;QD=0.12;ReadPosRankSum=-1.502;SB=-30.42;SZ=-3;TR=19;TU=CTT;VQSLOD=7.7795;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HSP90AA1:ENSG00000080824.10:-:deletionNFS:3/4:HSP90AA1-202:ENST00000334701.6:2565_1205_402_IK->K:HSP90AA1-201:ENST00000216281.6:2199_839_280_IK->K:HSP90AA1-203:ENST00000441629.2:1242_302_101_IK->K,2:HSP90AA1:ENSG00000080824.10:-:insertionNFS:3/4:HSP90AA1-202:ENST00000334701.6:2565_1205_402_I->KKI:HSP90AA1-201:ENST00000216281.6:2199_839_280_I->KKI:HSP90AA1-203:ENST00000441629.2:1242_302_101_I->KKI
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chr14	102551275	rs3832931	CTTT	C	1876.90	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.0435;AN=552;DB;DP=1706;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;SZ=-3;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=7.3112;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HSP90AA1:ENSG00000080824.10:-:deletionNFS:3/4:HSP90AA1-202:ENST00000334701.6:2565_1090_364_EE->E:HSP90AA1-201:ENST00000216281.6:2199_724_242_EE->E:HSP90AA1-203:ENST00000441629.2:1242_187_63_EE->E
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chr14	102965331	.	TGCACC	T,TGCACCGCACC	1064.81	PASS	AA=.;AC=6,54;AF=0.00563,0.05066;AN=1066;BaseQRankSum=-0.854;DP=3544;DS;FS=3.213;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=26.4942;InbreedingCoeff=0.3251;MQ=57.56;MQ0=3;MQRankSum=-4.548;QD=7.36;ReadPosRankSum=-2.663;SB=-320.00;SZ=.;TR=21;TU=ACCGC;VQSLOD=7.3041;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:deletionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_1968,2:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:insertionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_1968
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chr14	102965367	rs10531276	TCACCA	T	21862.54	PASS	AA=.;AC=334;AF=0.18251;AN=1830;BaseQRankSum=20.832;DB;DP=5392;DS;FS=1.135;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.5084;InbreedingCoeff=0.1850;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-10.897;QD=20.39;ReadPosRankSum=0.053;SB=-9418.55;SZ=.;TR=24;TU=ACACC;VQSLOD=8.5071;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:deletionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_2004
chr14	102965373	.	CACCA	C,CCCA	2967.49	PASS	AA=.;AC=208,0;AF=0.10645,0.00000;AN=1954;BaseQRankSum=26.302;DP=5571;DS;FS=3.529;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=28.0977;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=58.37;MQ0=0;MQRankSum=-14.478;QD=3.71;ReadPosRankSum=7.015;SB=-1872.04;SZ=.;TR=24;TU=ACACC;VQSLOD=4.9382;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:deletionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_2010,2:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:deletionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_2010
chr14	102965384	.	A	ACCACG	1221.06	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0112;AN=446;DP=1300;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=24;TU=ACACC;VQSLOD=6.1835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TECPR2:ENSG00000196663.7:+:insertionFS:1/3:TECPR2-202:ENST00000380088.4:2202_2021
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chr14	103592888	.	GAGA	G	670.71	PASS	AA=.;AC=15;AF=0.0338;AN=444;DP=1008;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=14;TU=AAG;VQSLOD=7.0933;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TNFAIP2:ENSG00000185215.3:+:deletionNFS:1/3:TNFAIP2-201:ENST00000333007.1:1965_94_32_EK->E
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chr14	104056603	.	CA	C	96.66	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=426;DP=1211;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.9924;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL139300.1:ENSG00000256053.1:+:deletionFS:2/2:AL139300.1-001:ENST00000409074.1:621_601:AL139300.1-201:ENST00000247618.4:582_562
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chr14	104206890	.	T	TG	15.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=450;DP=910;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0304;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPP1R13B:ENSG00000088808.10:-:insertionFS:3/3:PPP1R13B-201:ENST00000202556.8:3273_1863:PPP1R13B-203:ENST00000423488.2:1197_120:PPP1R13B-202:ENST00000380023.2:1884_1464
chr14	105055118	rs61397088	TGACGGGCAG	T	15225.99	PASS	AA=.;AC=496;AF=0.5061;AN=980;BaseQRankSum=11.944;DB;DP=1794;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.9664;InbreedingCoeff=0.3180;MQ=52.51;MQ0=0;MQRankSum=-6.199;QD=28.57;ReadPosRankSum=1.038;SB=-7127.90;SZ=.;TR=28;TU=ACGGGCAGG;VQSLOD=8.8872;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C14orf180:ENSG00000184601.4:+:endOverlap:2/2:C14orf180-001:ENST00000331952.1:483:C14orf180-201:ENST00000410013.1:483
chr14	105131350	.	CACAG	C	227.41	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0013;AN=744;DP=3323;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=17;TU=ACACACAG;VQSLOD=4.7955;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_511
chr14	105131384	.	C	CACAA,CACACACAG,CACAG,CAG	87310.61	PASS	AA=.;AC=5,728,42,2;AF=0.00233,0.33924,0.01957,0.00093;AN=2146;BaseQRankSum=0.220;DP=8492;DS;FS=4.511;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=59.1597;InbreedingCoeff=0.1826;MQ=54.22;MQ0=86;MQRankSum=-11.829;QD=30.73;ReadPosRankSum=4.752;SB=-32223.61;SZ=.;TR=38;TU=AAACACACAGACACACAC;VQSLOD=4.8062;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_477,2:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_477,3:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_477,4:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_477
chr14	105131468	.	C	CAA,CACAA	17253.43	PASS	AA=.;AC=173,273;AF=0.08199,0.12938;AN=2110;BaseQRankSum=21.429;DP=8279;DS;FS=12.224;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=64.9059;InbreedingCoeff=0.2380;MQ=52.13;MQ0=53;MQRankSum=-5.816;QD=10.97;ReadPosRankSum=2.759;SB=-6422.68;SZ=.;TR=35;TU=ACACACACACACAG;VQSLOD=4.9704;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_393,2:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_393
chr14	105131509	.	CCA	C,CCACA	26192.77	PASS	AA=.;AC=347,24;AF=0.16368,0.01132;AN=2120;BaseQRankSum=19.484;DP=8876;DS;FS=6.679;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=39.1896;InbreedingCoeff=0.1132;MQ=54.53;MQ0=26;MQRankSum=-1.313;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.319;SB=-13035.07;SZ=.;TR=14;TU=AC;VQSLOD=4.9796;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_352,2:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:insertionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_352
chr14	105131792	.	GACA	G,GA,GCA	2414.13	PASS	AA=.;AC=2,30,2;AF=0.0024,0.0355,0.0024;AN=844;BaseQRankSum=11.030;DP=3055;DS;FS=6.741;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=32.6510;InbreedingCoeff=0.0208;MQ=52.63;MQ0=22;MQRankSum=-5.210;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.510;SB=-1370.52;SZ=.;TR=20;TU=ACACACACAG;VQSLOD=6.4808;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionNFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_71_24_SV->V,2:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_71,3:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_71
chr14	105131809	.	GACAC	G,GCAC	310.35	PASS	AA=.;AC=3,0;AF=0.0083,0.0000;AN=362;DP=1081;DS;HR=1;HU=A;SZ=.;TR=14;TU=ACACAGC;VQSLOD=4.9426;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_54,2:AL583722.1:ENSG00000203486.3:-:deletionFS:1/1:AL583722.1-201:ENST00000366301.3:606_54
chr14	105173862	rs3840831	ACCCCACCCCCAC	A	1404.74	PASS	AA=.;AC=40;AF=0.1047;AN=382;BaseQRankSum=4.426;DB;DP=357;FS=5.380;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.0160;InbreedingCoeff=0.3168;MQ=73.62;MQ0=1;MQRankSum=-4.869;QD=27.01;ReadPosRankSum=1.765;SB=-1.17;SZ=.;TR=27;TU=ACCCCC;VQSLOD=7.6294;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:INF2:ENSG00000203485.6:+:deletionNFS:2/4:INF2-202:ENST00000330634.6:3723_1258_420_TPPPP->T:INF2-001:ENST00000392634.4:3750_1258_420_TPPPP->T
chr14	105187050	rs71129241	GCGTCGTCT	G	263.23	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0137;AN=366;BaseQRankSum=1.831;DB;DP=449;DS;FS=9.318;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.1399;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=16.73;MQ0=1074;MQRankSum=2.410;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.939;SB=-94.57;SZ=-8;TR=7;TU=CGT;VQSLOD=5.4203;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.4:ENSG00000256876.1:+:deletionFS:1/1:AL583722.4-201:ENST00000545547.1:990_229
chr14	105187291	.	GCGTCGTCCT	G	83.36	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0090;AN=554;BaseQRankSum=2.729;DP=475;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.7882;InbreedingCoeff=0.0448;MQ=9.74;MQ0=1584;MQRankSum=-0.039;QD=2.09;ReadPosRankSum=0.305;SB=-9.32;SZ=.;TR=7;TU=CGT;VQSLOD=5.2545;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.4:ENSG00000256876.1:+:deletionNFS:1/1:AL583722.4-201:ENST00000545547.1:990_468_156_LRRP->L
chr14	105187361	.	GCGTCGTCCT	G	69.55	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00280;AN=1070;BaseQRankSum=2.310;DP=1762;DS;FS=6.235;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.8450;InbreedingCoeff=0.1706;MQ=21.95;MQ0=1171;MQRankSum=-0.220;QD=4.97;ReadPosRankSum=0.870;SB=4.18;SZ=.;TR=7;TU=CGT;VQSLOD=5.2281;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL583722.4:ENSG00000256876.1:+:deletionNFS:1/1:AL583722.4-201:ENST00000545547.1:990_538_180_ASSS->A
chr14	105187396	rs72130729	GCGTAGTCT	G	17448.87	PASS	AA=0;AC=482;AF=0.5980;AN=806;BaseQRankSum=7.138;DB;DP=1001;DS;FS=70.533;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.0543;InbreedingCoeff=0.1496;MQ=20.23;MQ0=967;MQRankSum=6.518;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.410;SB=-1420.18;SZ=-8;TR=1;TU=C;VQSLOD=4.8271;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL583722.4:ENSG00000256876.1:+:deletionFS:1/1:AL583722.4-201:ENST00000545547.1:990_573
chr14	105187779	.	CAT	C	129.85	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0056;AN=538;DP=1758;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.4736;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL583722.4:ENSG00000256876.1:+:deletionFS:1/1:AL583722.4-201:ENST00000545547.1:990_954
chr14	105352884	rs60001925	CGCAGGA	C	3789.98	PASS	AA=0;AC=71;AF=0.06153;AN=1154;BaseQRankSum=10.064;DB;DP=1762;DS;FS=5.415;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.3778;InbreedingCoeff=0.1486;MQ=54.49;MQ0=0;MQRankSum=-6.694;QD=34.45;ReadPosRankSum=2.600;SB=-1471.61;SZ=-6;TR=1;TU=G;VQSLOD=9.5367;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:KIAA0284:ENSG00000099814.7:+:deletionNFS:3/5:KIAA0284-202:ENST00000414716.1:4665_2308_770_RRS->R:KIAA0284-205:ENST00000453495.1:4773_2311_771_RRS->R:KIAA0284-203:ENST00000418279.1:4455_2098_700_RRS->R
chr14	105404548	.	TCTTC	T	93.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1333;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=8;TU=CCTT;VQSLOD=6.1528;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AHNAK2:ENSG00000185567.5:-:deletionFS:1/1:AHNAK2-201:ENST00000333244.4:17388_17240
chr14	105453115	.	CAA	C	36.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1699;DS;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.1430;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C14orf79:ENSG00000140104.8:+:deletionFS:1/1:C14orf79-201:ENST00000389964.2:978_347
chr14	105642925	.	TC	T	17.97	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0074;AN=272;DP=444;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=5.5504;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUDT14:ENSG00000183828.7:-:deletionFS:3/3:NUDT14-001:ENST00000339418.4:669_374:NUDT14-002:ENST00000392568.1:669_374:NUDT14-201:ENST00000535832.1:450_374
chr14	105716848	.	A	AG	7.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1230;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7799;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BTBD6:ENSG00000184887.8:+:insertionFS:3/4:BTBD6-001:ENST00000392554.2:1458_1297:BTBD6-202:ENST00000536364.1:1458_1297:BTBD6-201:ENST00000327471.3:1233_1072
chr14	105716900	.	CG	C	75.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=520;DP=1319;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0381;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BTBD6:ENSG00000184887.8:+:deletionFS:3/4:BTBD6-001:ENST00000392554.2:1458_1349:BTBD6-202:ENST00000536364.1:1458_1349:BTBD6-201:ENST00000327471.3:1233_1124
chr14	105865808	.	G	GA	512.69	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0136;AN=736;BaseQRankSum=-5.830;DP=1386;DS;FS=5.925;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.5115;InbreedingCoeff=0.0343;MQ=60.64;MQ0=0;MQRankSum=2.424;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.705;SB=-206.94;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.5272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-521B24.1:ENSG00000226174.1:+:insertionFS:1/1:RP11-521B24.1-001:ENST00000451127.1:453_131
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chr14	105926767	.	CG	C	6.76	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=616;DP=1587;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=5.7624;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTA1:ENSG00000182979.10:+:deletionFS:4/5:MTA1-001:ENST00000331320.7:2148_726:MTA1-003:ENST00000405646.1:2097_675:MTA1-002:ENST00000406191.1:2112_726:MTA1-201:ENST00000414153.2:1887_453
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chr15	20739937	.	CCTCCTG	C	1163.45	PASS	AA=0;AC=52;AF=0.05159;AN=1008;BaseQRankSum=5.236;DP=1294;DS;FS=7.089;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.0601;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=13.14;MQ0=1434;MQRankSum=3.253;QD=3.53;ReadPosRankSum=-1.001;SB=-401.72;SZ=-6;TR=13;TU=CCTGCT;VQSLOD=6.1500;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GOLGA6L6:ENSG00000215405.3:-:deletionNFS:1/1:GOLGA6L6-201:ENST00000427390.2:2253_1813_605_EKM->M
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chr15	22382741	.	AG	A	204.98	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0127;AN=394;DP=1066;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=2;HU=A;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=5.2923;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR4N4:ENSG00000183706.4:+:deletionFS:1/1:OR4N4-201:ENST00000328795.4:951_269
chr15	22742654	.	AAGG	A	133.84	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0118;AN=422;DP=689;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=8;TU=AGG;VQSLOD=5.5375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLGA6L1:ENSG00000197414.6:+:deletionNFS:2/2:GOLGA6L1-201:ENST00000316397.3:2007_1039_347_KE->K:GOLGA6L1-202:ENST00000355145.6:1884_1039_347_KE->K
chr15	22956105	.	CTG	C	109.28	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1145;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.1107;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYFIP1:ENSG00000068793.10:+:deletionFS:1/3:CYFIP1-202:ENST00000435939.1:2469_49
chr15	23006299	.	T	TTCA	518.43	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.00746;AN=1206;BaseQRankSum=-2.791;DP=3073;FS=1.059;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.2654;InbreedingCoeff=0.0664;MQ=72.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.195;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.028;SB=-308.79;SZ=.;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=8.1918;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NIPA2:ENSG00000140157.9:-:insertionNFS:5/5:NIPA2-001:ENST00000337451.3:1083_1005_335_E->DE:NIPA2-201:ENST00000359727.3:1026_948_316_E->DE:NIPA2-202:ENST00000398013.2:1026_948_316_E->DE:NIPA2-203:ENST00000398014.2:1083_1005_335_E->DE:NIPA2-204:ENST00000539711.1:1083_1005_335_E->DE
chr15	23019801	.	T	TG	9.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1224;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.7630;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NIPA2:ENSG00000140157.9:-:insertionFS:3/5:NIPA2-001:ENST00000337451.3:1083_195:NIPA2-203:ENST00000398014.2:1083_195:NIPA2-204:ENST00000539711.1:1083_195
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chr15	23086364	.	GGCC	G	53.55	PASS	AA=.;AC=8;AF=0.500;AN=16;BaseQRankSum=0.937;DP=16;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=9.1320;InbreedingCoeff=0.3307;MQ=46.53;MQ0=0;MQRankSum=0.550;QD=1.73;ReadPosRankSum=1.300;SB=-17.07;SZ=.;TR=26;TU=CCG;VQSLOD=5.9473;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NIPA1:ENSG00000170113.10:-:deletionNFS:1/3:NIPA1-001:ENST00000337435.3:990_48_16_AG->G
chr15	23686246	.	ATCT	A	366.58	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0087;AN=460;DP=1525;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=2;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=5.4027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOLGA6L2:ENSG00000174450.5:-:deletionNFS:2/2:GOLGA6L2-201:ENST00000312015.3:1953_1376_459_MR->R:GOLGA6L2-202:ENST00000345070.5:945_557_186_MR->R
chr15	26260492	.	CT	C	106.74	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00691;AN=1158;BaseQRankSum=3.336;DP=1967;FS=8.602;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.9852;InbreedingCoeff=0.0076;MQ=61.96;MQ0=0;MQRankSum=0.677;QD=4.25;ReadPosRankSum=0.640;SB=-79.53;SZ=-1;TR=6;TU=ACT;VQSLOD=6.7390;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC044913.1:ENSG00000206187.2:+:deletionFS:1/1:AC044913.1-201:ENST00000383019.2:396_195
chr15	26866664	.	CA	C	6.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=702;DP=1536;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0789;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GABRB3:ENSG00000166206.7:-:deletionFS:5/5:GABRB3-202:ENST00000541819.1:1590_426:GABRB3-001:ENST00000299267.3:1422_258:GABRB3-002:ENST00000311550.4:1422_258:GABRB3-201:ENST00000400188.3:1209_45:GABRB3-203:ENST00000545868.1:1167_3
chr15	27725806	.	CAA	C	16.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;DP=1233;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.2638;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GABRG3:ENSG00000182256.7:+:deletionFS:1/1:GABRG3-003:ENST00000333743.6:1404_585
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chr15	28447519	.	GC	G	4.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=538;BaseQRankSum=1.238;DP=1571;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.8341;InbreedingCoeff=0.0517;MQ=36.68;MQ0=193;MQRankSum=2.355;QD=0.69;ReadPosRankSum=-0.728;SB=-28.55;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4244;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HERC2:ENSG00000128731.10:-:deletionFS:1/1:HERC2-001:ENST00000261609.7:14505_7454
chr15	29034098	.	A	AG	346.55	PASS	AA=.;AC=43;AF=0.0646;AN=666;BaseQRankSum=1.080;DP=705;FS=13.455;HR=6;HRun=6;HU=G;HaplotypeScore=9.0384;InbreedingCoeff=0.1708;MQ=40.23;MQ0=7;MQRankSum=0.443;QD=6.30;ReadPosRankSum=-2.686;SB=-114.45;SZ=.;TR=6;TU=G;VQSLOD=6.0850;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC055876.2:ENSG00000232431.2:+:insertionFS:1/1:AC055876.2-201:ENST00000430589.1:459_258
chr15	29090935	.	A	AT	183.68	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0192;AN=364;DP=390;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6591;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC055876.5:ENSG00000257051.1:-:insertionFS:1/1:AC055876.5-201:ENST00000418469.2:606_284
chr15	29561039	.	TCTC	T	113.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=960;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=6.5601;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDNL2:ENSG00000185115.4:-:deletionNFS:1/1:NDNL2-001:ENST00000332303.4:915_871_291_NR->R
chr15	29561272	.	TG	T	8.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=624;DP=1187;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.9191;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NDNL2:ENSG00000185115.4:-:deletionFS:1/1:NDNL2-001:ENST00000332303.4:915_638
chr15	30010796	.	TGG	T	5.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=704;BaseQRankSum=1.361;DP=1818;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=16.7364;InbreedingCoeff=0.0827;MQ=69.61;MQ0=0;MQRankSum=0.560;QD=0.60;ReadPosRankSum=-0.166;SB=-26.47;SZ=-2;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.7506;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TJP1:ENSG00000104067.9:-:deletionFS:5/5:TJP1-001:ENST00000346128.5:5247_3550:TJP1-202:ENST00000400007.2:5007_3310:TJP1-203:ENST00000545208.1:5307_3550:TJP1-002:ENST00000400011.1:5079_3322:TJP1-201:ENST00000356107.5:5007_3310
chr15	30665280	.	TCA	T	7273.26	PASS	AA=0;AC=270;AF=0.3132;AN=862;BaseQRankSum=12.444;DP=954;DS;FS=11.118;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=7.4336;InbreedingCoeff=0.0996;MQ=14.24;MQ0=2651;MQRankSum=-1.306;QD=9.04;ReadPosRankSum=2.173;SB=-1311.18;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.3200;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHRFAM7A:ENSG00000166664.7:-:deletionFS:1/3:CHRFAM7A-201:ENST00000299847.1:1239_229
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chr15	31776210	.	TGGC	T	976.05	PASS	AA=.;AC=92;AF=0.6301;AN=146;BaseQRankSum=3.490;DP=199;DS;FS=3.694;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=9.0493;InbreedingCoeff=0.3261;MQ=53.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.002;QD=4.90;ReadPosRankSum=0.094;SB=-262.09;SZ=.;TR=21;TU=CGG;VQSLOD=7.9145;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:OTUD7A:ENSG00000169918.4:-:deletionNFS:2/2:OTUD7A-001:ENST00000307050.3:2781_2068_690_TA->A:OTUD7A-201:ENST00000382902.1:2802_2089_697_TA->A
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chr15	33091102	.	CCTT	C	4958.41	PASS	AA=0;AC=55;AF=0.03917;AN=1404;BaseQRankSum=11.504;DP=3724;DS;FS=1.119;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.8926;InbreedingCoeff=0.0731;MQ=66.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.325;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.863;SB=-2327.81;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.2537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FMN1:ENSG00000248905.2:-:deletionNFS:1/1:FMN1-201:ENST00000334528.7:3591_3364_1122_EI->I
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chr15	34331113	.	CCCGCCGCCGCCT	C	515.97	PASS	AA=1;AC=16;AF=0.1096;AN=146;BaseQRankSum=3.574;DP=140;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.1677;InbreedingCoeff=0.2393;MQ=51.66;MQ0=0;MQRankSum=0.249;QD=20.64;ReadPosRankSum=0.218;SB=-66.71;SZ=12;TR=25;TU=CCGCCGCCGCCT;VQSLOD=7.3618;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AVEN:ENSG00000169857.2:-:deletionNFS:1/1:AVEN-001:ENST00000306730.2:1089_135_45_GDGGG->G
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chr15	34651446	.	TA	T	10.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=898;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=AGGT;VQSLOD=4.7928;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LPCAT4:ENSG00000176454.6:-:deletionFS:1/1:LPCAT4-201:ENST00000314891.4:1575_1457
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chr15	35271891	.	TCA	T	1127.28	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0172;AN=816;BaseQRankSum=6.814;DP=2070;DS;FS=5.123;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.9960;InbreedingCoeff=0.0691;MQ=66.89;MQ0=1;MQRankSum=1.645;QD=17.85;ReadPosRankSum=-2.452;SB=-616.70;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.2841;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC114546.1:ENSG00000212768.2:+:deletionFS:1/1:AC114546.1-201:ENST00000391457.2:204_118
chr15	35275243	.	AT	A	5.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=734;DP=1921;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.5317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF770:ENSG00000198146.3:-:deletionFS:1/1:ZNF770-001:ENST00000356321.3:2076_393
chr15	35609474	rs34564756	GAA	G	19932.02	PASS	AA=.;AC=444;AF=0.22112;AN=2008;BaseQRankSum=24.361;DB;DP=4256;FS=5.822;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=16.3436;InbreedingCoeff=0.0176;MQ=53.97;MQ0=61;MQRankSum=6.794;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.040;SB=-8713.65;SZ=.;TR=17;TU=AAAG;VQSLOD=7.3590;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_359
chr15	35609581	.	G	GA	34.58	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0158;AN=444;BaseQRankSum=5.314;DP=954;FS=21.585;HR=5;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=17.9544;InbreedingCoeff=0.1234;MQ=50.13;MQ0=17;MQRankSum=-2.739;QD=1.19;ReadPosRankSum=-0.267;SB=-53.73;SZ=.;TR=51;TU=AAAAAGAAAGAAAAGGAAAG;VQSLOD=4.8590;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:insertionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_252
chr15	35609603	.	AAAAG	A	31.97	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=927;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=51;TU=AAAAAGAAAGAAAAGGAAAG;VQSLOD=5.4304;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_230
chr15	35609607	.	GAA	G	22900.70	PASS	AA=.;AC=525;AF=0.25964;AN=2022;BaseQRankSum=25.016;DP=4465;DS;FS=10.206;HR=3;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=18.2629;InbreedingCoeff=0.0171;MQ=56.61;MQ0=26;MQRankSum=2.922;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.972;SB=-8761.52;SZ=.;TR=51;TU=AAAAAGAAAGAAAAGGAAAG;VQSLOD=6.3791;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_226
chr15	35609657	.	GGAAA	G,GGAAAGAAA	2327.47	PASS	AA=.;AC=24,53;AF=0.01232,0.02721;AN=1948;BaseQRankSum=-5.990;DP=5016;DS;FS=7.621;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=25.6646;InbreedingCoeff=0.1688;MQ=59.29;MQ0=10;MQRankSum=-1.388;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.759;SB=-922.53;SZ=.;TR=22;TU=AAAG;VQSLOD=7.7627;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_176,2:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:insertionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_176
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chr15	35609791	rs79613862	CAA	C,CA,CAAA,CAAAAAAAAAAAAGAAA,CGGCCAAA	12791.49	PASS	AA=.;AC=14,84,238,297,3;AF=0.00749,0.04492,0.12727,0.15882,0.00160;AN=1870;BaseQRankSum=3.173;DB;DP=3724;FS=0.783;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=46.5267;InbreedingCoeff=0.5753;MQ=57.12;MQ0=0;MQRankSum=-6.617;QD=13.70;ReadPosRankSum=-5.468;SB=-2792.31;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=5.8889;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_42,2:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:deletionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_42,3:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:insertionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_42,4:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:insertionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_42,5:AC107992.1:ENSG00000256055.1:-:insertionFS:1/1:AC107992.1-201:ENST00000437779.2:486_42
chr15	37242529	.	TG	T	14.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1375;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.2389;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MEIS2:ENSG00000134138.13:-:deletionFS:9/9:MEIS2-001:ENST00000314177.7:1434_973:MEIS2-002:ENST00000338564.4:1413_973:MEIS2-203:ENST00000382766.2:1413_973:MEIS2-206:ENST00000424352.1:1206_973:MEIS2-207:ENST00000444725.1:1185_973:MEIS2-202:ENST00000340545.5:1146_934:MEIS2-205:ENST00000397624.2:1167_934:MEIS2-204:ENST00000397620.1:921_709:MEIS2-201:ENST00000219869.9:768_535
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chr15	42166559	.	CAT	C	269.19	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0099;AN=406;DP=995;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.7010;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPTBN5:ENSG00000137877.7:-:deletionFS:1/1:SPTBN5-201:ENST00000320955.6:11025_4620
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chr15	43533085	.	GC	G	38.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=316;DP=673;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CCTG;VQSLOD=7.1623;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TGM5:ENSG00000104055.9:-:deletionFS:3/3:TGM5-201:ENST00000220420.5:2163_966:TGM5-202:ENST00000349114.3:1917_720:TGM5-203:ENST00000396996.2:2160_963
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chr15	43658415	rs10556664	CCCT	C	4026.31	PASS	AA=0;AC=41;AF=0.03648;AN=1124;BaseQRankSum=11.463;DB;DP=2748;DS;FS=2.273;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2511;InbreedingCoeff=0.1207;MQ=62.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.683;QD=20.97;ReadPosRankSum=1.057;SB=-1599.11;SZ=-3;TR=8;TU=CCCT;VQSLOD=9.2015;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZSCAN29:ENSG00000140265.7:-:deletionNFS:1/2:ZSCAN29-001:ENST00000396976.2:2559_1115_372_GA->A
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chr15	43724771	.	C	CTCA	56.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=662;DP=1700;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=3;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.3441;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53BP1:ENSG00000067369.7:-:insertionNFS:4/4:TP53BP1-004:ENST00000382039.3:5784_3296_1099_S->MS:TP53BP1-001:ENST00000382044.4:5934_3296_1099_S->MS:TP53BP1-201:ENST00000450115.1:5928_3296_1099_S->MS:TP53BP1-002:ENST00000263801.3:5919_3281_1094_S->MS
chr15	43762077	rs28903074	TGGGATA	T	881.88	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00645;AN=1086;BaseQRankSum=5.553;DB;DP=2640;FS=2.016;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.2362;InbreedingCoeff=0.0475;MQ=79.57;MQ0=0;MQRankSum=-5.463;QD=23.83;ReadPosRankSum=1.834;SB=-385.15;SZ=-6;TR=11;TU=ATGGG;VQSLOD=8.3018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53BP1:ENSG00000067369.7:-:deletionNFS:4/4:TP53BP1-004:ENST00000382039.3:5784_1368_456_PSQ->Q:TP53BP1-001:ENST00000382044.4:5934_1368_456_PSQ->Q:TP53BP1-201:ENST00000450115.1:5928_1368_456_PSQ->Q:TP53BP1-002:ENST00000263801.3:5919_1353_451_PSQ->Q
chr15	43817076	.	TGAG	T	223.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1612;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.0954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAP1A:ENSG00000166963.7:+:deletionNFS:3/4:MAP1A-001:ENST00000300231.5:8412_3405_1135_DE->D:MAP1A-201:ENST00000399453.1:8418_3405_1135_DE->D:MAP1A-002:ENST00000382031.1:9126_4119_1373_DE->D
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chr15	52488646	.	CT	C	5.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;BaseQRankSum=1.374;DP=1417;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=16.9813;InbreedingCoeff=0.0454;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.309;QD=1.01;ReadPosRankSum=0.030;SB=-33.23;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5220;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO5C:ENSG00000128833.7:-:deletionFS:1/3:MYO5C-201:ENST00000261839.6:5229_4855
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chr15	53908383	.	A	AT	128.29	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=440;DP=1168;HR=4;HRun=4;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=8.3285;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR72:ENSG00000166415.8:-:insertionFS:2/2:WDR72-001:ENST00000360509.4:3309_2020:WDR72-201:ENST00000396328.1:3309_2020
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chr15	56130316	.	CT	C,CTT	32.06	PASS	AA=0;AC=0,2;AF=0.0000,0.0047;AN=426;DP=953;HR=5;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=6.5217;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NEDD4:ENSG00000069869.9:-:deletionFS:4/4:NEDD4-006:ENST00000435532.2:2703_2190:NEDD4-001:ENST00000338963.2:3744_3231:NEDD4-003:ENST00000506154.1:3912_3399:NEDD4-002:ENST00000508342.1:3960_3447,2:NEDD4:ENSG00000069869.9:-:insertionFS:4/4:NEDD4-006:ENST00000435532.2:2703_2190:NEDD4-001:ENST00000338963.2:3744_3231:NEDD4-003:ENST00000506154.1:3912_3399:NEDD4-002:ENST00000508342.1:3960_3447
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chr15	56387061	.	AGTGGGT	A	425.90	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00499;AN=1002;BaseQRankSum=2.717;DP=2717;DS;FS=4.392;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=28.2691;InbreedingCoeff=0.1669;MQ=74.70;MQ0=0;MQRankSum=-2.039;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.284;SB=-154.60;SZ=-6;TR=27;TU=GGGTGT;VQSLOD=7.2535;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RFX7:ENSG00000181827.8:-:deletionNFS:3/3:RFX7-201:ENST00000317318.6:4122_2865_955_TPT->T:RFX7-203:ENST00000423270.1:4383_2865_955_TPT->T:RFX7-202:ENST00000422057.1:3846_2574_858_TPT->T
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chr15	56686900	.	TGAA	T,TAGAA	68.21	PASS	AA=0;AC=1,1;AF=0.0023,0.0023;AN=434;DP=875;DS;HR=4;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=7.6958;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TEX9:ENSG00000151575.8:+:deletionNFS:2/2:TEX9-001:ENST00000352903.2:1176_696_232_FE->F:TEX9-201:ENST00000537232.1:951_471_157_FE->F,2:TEX9:ENSG00000151575.8:+:insertionFS:2/2:TEX9-001:ENST00000352903.2:1176_696:TEX9-201:ENST00000537232.1:951_471
chr15	56720588	.	G	GCTAT	82.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DP=1235;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.5773;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TEX9:ENSG00000151575.8:+:insertionFS:2/2:TEX9-001:ENST00000352903.2:1176_1122:TEX9-201:ENST00000537232.1:951_897
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chr15	64422173	.	A	AC	11.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1223;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=4.9356;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SNX1:ENSG00000028528.9:+:insertionFS:3/3:SNX1-201:ENST00000261889.4:1374_671:SNX1-202:ENST00000353874.4:1425_866:SNX1-203:ENST00000380285.2:1569_866
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chr15	74536399	.	CTAA	C	8282.47	PASS	AA=0;AC=603;AF=0.32665;AN=1846;BaseQRankSum=27.442;DP=3805;FS=3.367;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.7996;InbreedingCoeff=0.1260;MQ=68.64;MQ0=0;MQRankSum=-4.253;QD=10.52;ReadPosRankSum=7.669;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.4116;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CCDC33:ENSG00000140481.7:+:deletionNFS:2/4:CCDC33-202:ENST00000321288.5:3072_704_235_SK->S:CCDC33-204:ENST00000398814.1:2268_95_32_SK->S
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chr15	74536404	rs74360605	AAGG	A	26123.04	PASS	AA=0;AC=861;AF=0.47464;AN=1814;BaseQRankSum=-25.211;DB;DP=3606;FS=0.223;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=29.1811;InbreedingCoeff=0.2505;MQ=69.16;MQ0=0;MQRankSum=-5.123;QD=29.69;ReadPosRankSum=-2.440;SZ=-3;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=5.2412;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC33:ENSG00000140481.7:+:deletionNFS:2/4:CCDC33-202:ENST00000321288.5:3072_709_237_KE->K:CCDC33-204:ENST00000398814.1:2268_100_34_KE->K
chr15	75015122	rs34045449	CG	C	72.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=308;DB;DP=524;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CCGG;VQSLOD=6.8593;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CYP1A1:ENSG00000140465.7:-:deletionFS:4/4:CYP1A1-201:ENST00000268062.7:1455_317:CYP1A1-202:ENST00000379727.3:1539_317:CYP1A1-001:ENST00000395048.2:1539_317:CYP1A1-203:ENST00000395049.4:1452_317
chr15	75143808	.	AGTT	A	80.60	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0030;AN=328;DP=710;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=5.5770;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCAMP2:ENSG00000140497.10:-:deletionNFS:2/2:SCAMP2-001:ENST00000268099.8:990_358_120_WP->P:SCAMP2-201:ENST00000543345.1:864_265_89_WP->P
chr15	75499694	.	AGCC	A	29.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=914;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C15orf39:ENSG00000167173.12:+:deletionNFS:2/3:C15orf39-001:ENST00000360639.2:3144_1305_435_EA->E:C15orf39-002:ENST00000394987.3:3144_1305_435_EA->E
chr15	75500608	.	A	ATCCAGC	260.56	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0018;AN=550;DP=1485;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=23;TU=AGCTCC;VQSLOD=5.5831;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C15orf39:ENSG00000167173.12:+:insertionNFS:3/3:C15orf39-001:ENST00000360639.2:3144_2219_740_D->DPA:C15orf39-002:ENST00000394987.3:3144_2219_740_D->DPA:C15orf39-201:ENST00000446981.2:1338_413_138_D->DPA
chr15	75648652	.	GTCTCCAATACGACC	G,GCTCCAATACGACC	987.25	PASS	AA=0;AC=1,1;AF=0.0025,0.0025;AN=400;DP=715;FS=0.000;HR=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-14;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.8543;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MAN2C1:ENSG00000140400.8:-:deletionFS:1/2:MAN2C1-201:ENST00000267978.4:3123_2876,2:MAN2C1:ENSG00000140400.8:-:deletionFS:1/2:MAN2C1-201:ENST00000267978.4:3123_2876
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chr15	81282061	.	TAGCAGC	T	86.76	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=812;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=17;TU=AGC;VQSLOD=6.3192;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MESDC2:ENSG00000117899.5:-:deletionNFS:2/2:MESDC2-202:ENST00000422879.2:417_72_24_LLL->L:MESDC2-201:ENST00000261758.3:705_72_24_LLL->L
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chr15	100252709	rs72198683	CCAGCAG	C,CCAG	1441.02	PASS	AA=.;AC=138,98;AF=0.1835,0.1303;AN=752;BaseQRankSum=7.202;DB;DP=1309;FS=9.988;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=15.8358;InbreedingCoeff=0.6469;MQ=70.15;MQ0=6;MQRankSum=0.072;QD=4.07;ReadPosRankSum=3.367;SB=-458.98;SZ=.;TR=34;TU=AGC;VQSLOD=10.5528;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MEF2A:ENSG00000068305.11:+:deletionNFS:4/4:MEF2A-201:ENST00000338042.6:1521_1254_418_FQQ->F:MEF2A-202:ENST00000354410.4:1500_1233_411_FQQ->F:MEF2A-203:ENST00000449277.1:1314_1047_349_FQQ->F:MEF2A-204:ENST00000453228.2:1494_1227_409_FQQ->F,2:MEF2A:ENSG00000068305.11:+:deletionNFS:4/4:MEF2A-201:ENST00000338042.6:1521_1254_418_FQ->F:MEF2A-202:ENST00000354410.4:1500_1233_411_FQ->F:MEF2A-203:ENST00000449277.1:1314_1047_349_FQ->F:MEF2A-204:ENST00000453228.2:1494_1227_409_FQ->F
chr15	100256857	rs78767524	A	ACG	812.22	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0111;AN=990;BaseQRankSum=-4.046;DB;DP=2040;FS=5.160;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.2032;InbreedingCoeff=0.0926;MQ=69.48;MQ0=0;MQRankSum=0.536;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.485;SB=-273.03;SZ=2;TR=2;TU=A;VQSLOD=8.0108;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC022692.1:ENSG00000214397.2:-:insertionFS:1/1:AC022692.1-201:ENST00000378904.2:396_146
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chr15	102029687	.	C	CGG	4685.55	PASS	AA=.;AC=296;AF=0.9801;AN=302;BaseQRankSum=1.748;DP=265;FS=2.176;HR=2;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=9.6215;InbreedingCoeff=0.0920;MQ=53.77;MQ0=0;MQRankSum=-2.555;QD=22.97;ReadPosRankSum=2.922;SB=-649.94;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6346;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCSK6:ENSG00000140479.11:-:insertionFS:1/6:PCSK6-205:ENST00000398181.2:1869_187,1:PCSK6:ENSG00000140479.11:-:spliceOverlap:3/6:PCSK6-203:ENST00000348070.1:2907:PCSK6-204:ENST00000358417.3:2868:PCSK6-202:ENST00000344273.2:1956
chr15	102215928	.	TTTC	T	16.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=346;DP=1093;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=5.8825;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TARSL2:ENSG00000185418.9:-:deletionNFS:3/3:TARSL2-201:ENST00000333018.5:2124_1378_460_IK->K:TARSL2-001:ENST00000335968.3:2409_1663_555_IK->K:TARSL2-202:ENST00000539112.1:2301_1663_555_IK->K
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chr16	778954	.	T	TG,TGG	119.13	PASS	AA=.;AC=9,12;AF=0.0556,0.0741;AN=162;DP=142;HR=8;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=G;VQSLOD=6.9571;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HAGHL:ENSG00000103253.9:+:insertionFS:1/3:HAGHL-201:ENST00000341413.4:873_659,2:HAGHL:ENSG00000103253.9:+:insertionFS:1/3:HAGHL-201:ENST00000341413.4:873_659
chr16	786268	.	A	AT	63.97	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1218;DS;FS=0.000;HR=7;HRun=7;HU=T;MQ0=1;SZ=.;TR=8;TU=ACCT;VQSLOD=6.7595;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NARFL:ENSG00000103245.6:-:insertionFS:2/4:NARFL-001:ENST00000251588.2:1431_437:NARFL-203:ENST00000540986.1:1125_131
chr16	825165	.	CCA	C	23.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0036;AN=278;DP=366;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=9;TU=AGGC;VQSLOD=5.8399;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MSLNL:ENSG00000162006.5:-:deletionFS:2/2:MSLNL-202:ENST00000442466.1:2109_484:MSLNL-201:ENST00000293892.3:3162_1462
chr16	830559	rs71836002	CG	C	2694.24	PASS	AA=.;AC=37;AF=0.01817;AN=2036;BaseQRankSum=8.133;DB;DP=7429;DS;FS=2.174;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=17.8146;InbreedingCoeff=0.1821;MQ=55.66;MQ0=0;MQRankSum=1.190;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.990;SB=-1317.27;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=9.8345;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MSLNL:ENSG00000162006.5:-:deletionFS:1/2:MSLNL-201:ENST00000293892.3:3162_442
chr16	830562	.	GT	G	598.58	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.01240;AN=1694;BaseQRankSum=16.429;DP=7919;DS;FS=1.112;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=24.8047;InbreedingCoeff=0.2384;MQ=55.36;MQ0=0;MQRankSum=3.005;QD=3.89;ReadPosRankSum=1.035;SZ=.;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.4637;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MSLNL:ENSG00000162006.5:-:deletionFS:1/2:MSLNL-201:ENST00000293892.3:3162_439
chr16	830766	.	C	CA	216.67	PASS	AA=.;AC=24;AF=0.01690;AN=1420;BaseQRankSum=8.323;DP=4675;DS;FS=0.609;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=21.5616;InbreedingCoeff=0.0164;MQ=54.23;MQ0=27;MQRankSum=-0.381;QD=1.55;ReadPosRankSum=0.798;SB=-229.30;SZ=.;TR=59;TU=ACGGGTAGGTGACGGTGTGC;VQSLOD=5.9797;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MSLNL:ENSG00000162006.5:-:insertionFS:1/2:MSLNL-201:ENST00000293892.3:3162_235
chr16	830787	.	G	GCT	483.99	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.01815;AN=1928;BaseQRankSum=8.312;DP=6186;DS;FS=17.642;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.2957;InbreedingCoeff=-0.0154;MQ=54.27;MQ0=16;MQRankSum=-2.944;QD=2.14;ReadPosRankSum=0.321;SB=-305.06;SZ=.;TR=59;TU=ACGGGTAGGTGACGGTGTGC;VQSLOD=5.3770;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MSLNL:ENSG00000162006.5:-:insertionFS:1/2:MSLNL-201:ENST00000293892.3:3162_214
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chr16	839075	.	GGAA	G	13.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=827;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.0779;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHTF18:ENSG00000127586.10:+:deletionNFS:3/3:CHTF18-201:ENST00000317063.6:3555_827_276_RK->R:CHTF18-001:ENST00000262315.8:2928_236_79_RK->R:CHTF18-006:ENST00000455171.1:3012_236_79_RK->R
chr16	855517	.	GGCAGCT	G	8574.93	PASS	AA=0;AC=103;AF=0.06023;AN=1710;BaseQRankSum=14.827;DP=3617;DS;FS=7.155;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.2186;InbreedingCoeff=0.1122;MQ=55.32;MQ0=0;MQRankSum=-12.529;QD=26.14;ReadPosRankSum=1.372;SB=-3598.24;SZ=-6;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.8732;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRR25:ENSG00000167945.1:+:deletionNFS:1/1:PRR25-201:ENST00000301698.1:1209_75_25_GAA->G
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chr16	863355	rs113623365	AGGACGCCGGACCGACAC	A	25205.15	PASS	AA=.;AC=291;AF=0.21118;AN=1378;BaseQRankSum=18.858;DB;DP=2257;DS;FS=6.397;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=44.2602;InbreedingCoeff=0.3502;MQ=52.19;MQ0=0;MQRankSum=-7.377;QD=59.03;ReadPosRankSum=0.618;SB=-11559.22;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.6684;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PRR25:ENSG00000167945.1:+:deletionFS:1/1:PRR25-201:ENST00000301698.1:1209_703
chr16	929571	.	TG	T	35.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=362;DP=574;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7898;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LMF1:ENSG00000103227.11:-:deletionFS:5/7:LMF1-001:ENST00000262301.10:1704_896:LMF1-201:ENST00000399843.2:1704_896:LMF1-204:ENST00000540070.1:1053_245:LMF1-205:ENST00000543238.1:993_185:LMF1-206:ENST00000545827.1:789_158
chr16	953871	rs71376582	G	GT	75.25	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0303;AN=198;DB;DP=225;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;SZ=.;TR=4;TU=G;VQSLOD=4.7550;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL008727.1:ENSG00000251181.2:-:insertionFS:1/1:AL008727.1-201:ENST00000536658.1:1077_199
chr16	1129898	.	CAGG	C	12.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=384;DP=674;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=10;TU=AGC;VQSLOD=5.8000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SSTR5:ENSG00000162009.5:+:deletionNFS:2/3:SSTR5-201:ENST00000293897.4:1095_1030_344_QE->Q:SSTR5-001:ENST00000397547.1:1095_1030_344_QE->Q
chr16	1143978	.	G	GC	305.19	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0284;AN=352;BaseQRankSum=-2.098;DP=436;DS;FS=7.734;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=8.5878;InbreedingCoeff=0.1199;MQ=55.74;MQ0=0;MQRankSum=0.256;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.452;SB=-196.75;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.4321;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C1QTNF8:ENSG00000184471.5:-:insertionFS:1/1:C1QTNF8-001:ENST00000328449.4:759_282
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chr16	1561117	.	A	AC,AGCC	93.60	PASS	AA=0;AC=4,12;AF=0.0101,0.0302;AN=398;DP=687;DS;HR=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=11;TU=CCG;VQSLOD=5.1918;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IFT140:ENSG00000187535.7:-:insertionFS:4/5:IFT140-001:ENST00000397417.1:4389_4217:IFT140-202:ENST00000426508.1:4389_4217:IFT140-204:ENST00000458658.2:3450_3278:IFT140-201:ENST00000361339.4:1971_1799,2:IFT140:ENSG00000187535.7:-:insertionNFS:4/5:IFT140-001:ENST00000397417.1:4389_4217_1406_L->RL:IFT140-202:ENST00000426508.1:4389_4217_1406_L->RL:IFT140-204:ENST00000458658.2:3450_3278_1093_L->RL:IFT140-201:ENST00000361339.4:1971_1799_600_L->RL
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chr16	1884290	.	TG	T	11.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;DP=1252;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C16orf73:ENSG00000162039.9:-:deletionFS:4/4:C16orf73-003:ENST00000325962.3:1416_1383:C16orf73-001:ENST00000397344.3:1329_1296:C16orf73-201:ENST00000412554.2:1416_1383:C16orf73-202:ENST00000452149.2:1329_1296
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chr16	1889400	.	CAT	C	177.79	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=662;DP=1626;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.4937;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C16orf73:ENSG00000162039.9:-:deletionFS:4/4:C16orf73-003:ENST00000325962.3:1416_1074:C16orf73-001:ENST00000397344.3:1329_1074:C16orf73-201:ENST00000412554.2:1416_1074:C16orf73-202:ENST00000452149.2:1329_1074
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chr16	2134981	.	CCTT	C	98.36	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0034;AN=582;DP=1482;DS;HR=5;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.2518;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSC2:ENSG00000103197.11:+:deletionNFS:6/6:TSC2-001:ENST00000219476.3:5424_4523_1508_PF->P:TSC2-004:ENST00000350773.4:5355_4454_1485_PF->P:TSC2-201:ENST00000353929.4:5295_4394_1465_PF->P:TSC2-003:ENST00000401874.1:5226_4325_1442_PF->P:TSC2-203:ENST00000439673.1:5115_4214_1405_PF->P:TSC2-202:ENST00000382538.5:5079_4178_1393_PF->P
chr16	2260585	.	CCAG	C	74.02	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0097;AN=514;DP=1079;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=18;TU=AGC;VQSLOD=7.2661;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C16orf79:ENSG00000182685.2:-:deletionNFS:1/1:C16orf79-001:ENST00000328540.2:687_118_40_VL->L
chr16	2511211	.	AC	A	10.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=512;DP=1128;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.4991;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C16orf59:ENSG00000162062.9:+:deletionFS:1/1:C16orf59-001:ENST00000361837.3:1302_591
chr16	2522334	.	T	TC	19.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=808;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0822;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NTN3:ENSG00000162068.1:+:insertionFS:1/1:NTN3-001:ENST00000293973.1:1743_632
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chr16	2880783	.	TCTC	T	1072.63	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0125;AN=722;BaseQRankSum=6.261;DP=2007;DS;FS=1.453;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.3282;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=57.37;MQ0=0;MQRankSum=0.521;QD=16.25;ReadPosRankSum=0.084;SB=-610.82;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=7.7074;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZG16B:ENSG00000162078.6:+:deletionNFS:1/1:ZG16B-001:ENST00000382280.3:627_249_83_LL->L
chr16	2903140	.	GC	G	6.20	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=446;BaseQRankSum=0.551;DP=652;DS;FS=1.955;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=9.0579;InbreedingCoeff=0.0673;MQ=67.48;MQ0=0;MQRankSum=-1.322;QD=0.89;ReadPosRankSum=0.269;SB=-32.76;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.0560;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRSS22:ENSG00000005001.3:-:deletionFS:1/1:PRSS22-001:ENST00000161006.3:954_908
chr16	3064011	.	CGT	C	4.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=456;BaseQRankSum=1.479;DP=948;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.5540;InbreedingCoeff=0.0417;MQ=56.40;MQ0=0;MQRankSum=1.348;QD=0.61;ReadPosRankSum=0.576;SB=-28.97;SZ=-2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.8333;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLDN9:ENSG00000213937.3:+:deletionFS:1/1:CLDN9-001:ENST00000445369.2:654_648
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chr16	3118218	rs111782051	CTTA	C	89.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DB;DP=1016;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=ATT;VQSLOD=7.2957;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL32:ENSG00000008517.11:+:deletionNFS:14/15:IL32-010:ENST00000008180.8:507_119_40_AY->A:IL32-008:ENST00000325568.4:567_179_60_AY->A:IL32-201:ENST00000382213.3:540_152_51_AY->A:IL32-004:ENST00000396887.2:396_179_60_AY->A:IL32-012:ENST00000396890.1:567_179_60_AY->A:IL32-202:ENST00000440815.2:567_179_60_AY->A:IL32-203:ENST00000444393.2:567_179_60_AY->A:IL32-204:ENST00000528163.1:567_179_60_AY->A:IL32-205:ENST00000529550.1:567_179_60_AY->A:IL32-011:ENST00000530538.1:540_152_51_AY->A:IL32-016:ENST00000530890.1:507_119_40_AY->A:IL32-206:ENST00000533097.1:567_179_60_AY->A:IL32-002:ENST00000534507.1:705_317_106_AY->A:IL32-003:ENST00000531965.1:537_149_50_AY->A
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chr16	3274139	.	CCA	C	5.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;BaseQRankSum=1.931;DP=1845;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.2689;InbreedingCoeff=0.1149;MQ=73.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.089;QD=0.89;ReadPosRankSum=-0.693;SB=-32.37;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.3805;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF200:ENSG00000010539.6:-:deletionFS:5/5:ZNF200-003:ENST00000396868.3:1185_938:ZNF200-201:ENST00000396870.3:1188_941:ZNF200-202:ENST00000396871.3:1185_938:ZNF200-002:ENST00000414144.1:1185_938:ZNF200-203:ENST00000431561.2:1188_941
chr16	3349405	.	AAAG	A	60.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=1134;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=6.9317;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TIGD7:ENSG00000140993.4:-:deletionNFS:3/3:TIGD7-202:ENST00000426381.1:1536_1210_404_YK->K:TIGD7-201:ENST00000268674.2:1650_1210_404_YK->K:TIGD7-001:ENST00000396862.1:1650_1210_404_YK->K
chr16	3350248	.	TG	T	6.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=684;DP=1810;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.5956;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TIGD7:ENSG00000140993.4:-:deletionFS:3/3:TIGD7-202:ENST00000426381.1:1536_367:TIGD7-201:ENST00000268674.2:1650_367:TIGD7-001:ENST00000396862.1:1650_367
chr16	3406756	.	GT	G	6083.22	PASS	AA=0;AC=74;AF=0.03887;AN=1904;BaseQRankSum=14.646;DP=5967;DS;FS=3.105;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=14.5452;InbreedingCoeff=0.0622;MQ=64.69;MQ0=0;MQRankSum=4.161;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.200;SB=-2828.79;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.3124;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OR2C1:ENSG00000168158.2:+:deletionFS:1/1:OR2C1-001:ENST00000304936.2:939_816
chr16	3440049	.	TGTA	T	863.80	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00977;AN=1024;BaseQRankSum=6.347;DP=2820;DS;FS=0.737;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.5201;InbreedingCoeff=0.0802;MQ=68.48;MQ0=1;MQRankSum=-2.704;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.075;SB=-462.28;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.0640;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF434:ENSG00000140987.12:-:deletionNFS:5/7:ZNF434-203:ENST00000422427.2:648_76_26_RG->G:ZNF434-202:ENST00000418960.2:771_709_237_RG->G:ZNF434-201:ENST00000396846.3:2094_712_238_RG->G:ZNF434-002:ENST00000396852.3:2094_712_238_RG->G:ZNF434-001:ENST00000304926.3:1458_76_26_RG->G
chr16	3602227	rs79241590	AG	A	98305.46	PASS	AA=1;AC=1876;AF=1.00000;AN=1876;BaseQRankSum=-0.457;DB;DP=5332;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=15.2381;InbreedingCoeff=0.0605;MQ=63.43;MQ0=0;MQRankSum=1.313;QD=34.10;ReadPosRankSum=1.672;SB=-43883.12;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=8.7027;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NLRC3:ENSG00000167984.9:-:spliceOverlap:3/5:NLRC3-205:ENST00000448023.2:3336:NLRC3-201:ENST00000301749.7:3198:NLRC3-203:ENST00000359128.5:3111
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chr16	3644573	.	AG	A	10.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1073;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3816;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLX4:ENSG00000188827.6:-:deletionFS:1/1:SLX4-001:ENST00000294008.3:5505_2041
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chr16	15797787	.	TTTTG	T	282.38	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00391;AN=1024;BaseQRankSum=2.635;DP=2991;DS;FS=1.115;HR=8;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=28.4451;InbreedingCoeff=0.0523;MQ=62.36;MQ0=2;MQRankSum=0.205;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.221;SB=-160.14;SZ=.;TR=15;TU=GTTT;VQSLOD=6.2833;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH11:ENSG00000133392.9:-:deletionFS:1/5:MYH11-201:ENST00000396320.3:6090_6039
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chr16	15967361	rs10656021	T	TCTA	13279.13	PASS	AA=0;AC=190;AF=0.09896;AN=1920;BaseQRankSum=-18.740;DB;DP=4420;DS;FS=2.128;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.2990;InbreedingCoeff=0.1981;MQ=60.13;MQ0=0;MQRankSum=-4.522;QD=31.25;ReadPosRankSum=-2.886;SB=-5551.40;SZ=3;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=7.7749;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C16orf63:ENSG00000133393.7:-:insertionNFS:1/1:C16orf63-001:ENST00000255759.5:525_435_145_R->SR
chr16	16271356	rs67867306	AT	A	274.38	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0060;AN=500;DB;DP=1212;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=8.0582;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCC6:ENSG00000091262.8:-:deletionFS:1/4:ABCC6-001:ENST00000205557.6:4512_2543
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chr16	19725766	.	GCCC	G	130.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0037;AN=804;BaseQRankSum=2.246;DP=1714;FS=2.327;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=16.4985;InbreedingCoeff=0.0248;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=8.75;ReadPosRankSum=0.033;SB=-40.64;SZ=-3;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.8564;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C16orf88:ENSG00000103550.7:-:deletionNFS:1/1:C16orf88-201:ENST00000219837.5:1377_592_198_QK->K
chr16	19869841	.	CAG	C	2699.50	PASS	AA=.;AC=40;AF=0.0833;AN=480;DP=1026;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AG;VQSLOD=8.4364;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GPRC5B:ENSG00000167191.5:-:deletionFS:1/4:GPRC5B-201:ENST00000535671.1:1215_1194
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chr16	20635457	.	A	AT	52.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=718;DP=2056;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=CTG;VQSLOD=6.0179;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACSM1:ENSG00000166743.5:-:insertionFS:3/3:ACSM1-001:ENST00000307493.4:1734_1608:ACSM1-002:ENST00000520010.1:1734_1608:ACSM1-201:ENST00000219151.4:687_561
chr16	20753267	.	TGCCCCGCCTCCC	T	231.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=748;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-12;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.5256;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:THUMPD1:ENSG00000066654.7:-:deletionNFS:1/3:THUMPD1-202:ENST00000431224.2:1320_53_18_QEAGL->L
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chr16	21415700	rs72285215	A	AG	340.41	PASS	AA=.;AC=36;AF=0.750;AN=48;BaseQRankSum=-0.910;DB;DP=23;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=5.6935;InbreedingCoeff=0.3210;MQ=35.48;MQ0=11;MQRankSum=-0.182;QD=8.30;ReadPosRankSum=-1.273;SB=-172.57;SZ=.;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.4852;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:insertionFS:2/5:NPIPL3-202:ENST00000447737.2:3189_1184:NPIPL3-204:ENST00000458643.2:2949_1007
chr16	21415827	.	T	TG	112.09	PASS	AA=.;AC=40;AF=0.556;AN=72;BaseQRankSum=1.262;DP=41;DS;FS=21.239;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=9.0141;InbreedingCoeff=0.3319;MQ=12.81;MQ0=196;MQRankSum=-1.446;QD=0.91;ReadPosRankSum=2.062;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4992;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:insertionFS:1/5:NPIPL3-204:ENST00000458643.2:2949_880
chr16	21415828	.	AC	A,AGC	191.58	PASS	AA=.;AC=38,30;AF=0.3654,0.2885;AN=104;BaseQRankSum=-0.612;DP=66;DS;FS=1.971;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=6.4983;InbreedingCoeff=0.6749;MQ=51.50;MQ0=14;MQRankSum=-0.087;QD=4.51;ReadPosRankSum=0.262;SB=-52.72;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.8879;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:deletionFS:1/5:NPIPL3-204:ENST00000458643.2:2949_879,2:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:insertionFS:1/5:NPIPL3-204:ENST00000458643.2:2949_879,2:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:spliceOverlap:1/5:NPIPL3-202:ENST00000447737.2:3189
chr16	21415829	.	C	CTA	121.61	PASS	AA=.;AC=21;AF=0.292;AN=72;BaseQRankSum=-0.317;DP=39;DS;FS=1.637;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=9.7206;InbreedingCoeff=0.3227;MQ=50.15;MQ0=15;MQRankSum=0.415;QD=3.23;ReadPosRankSum=1.244;SB=-31.44;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.3487;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:insertionFS:1/5:NPIPL3-202:ENST00000447737.2:3189_1062,1:NPIPL3:ENSG00000169246.11:-:spliceOverlap:1/5:NPIPL3-204:ENST00000458643.2:2949
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chr16	21995660	.	T	TGAGGTAGAG	208.45	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00165;AN=1212;BaseQRankSum=0.948;DP=3451;DS;FS=10.859;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=40.8581;InbreedingCoeff=0.1605;MQ=77.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.013;QD=28.41;ReadPosRankSum=-1.060;SB=-4.24;SZ=9;TR=22;TU=AGAGGAGGT;VQSLOD=5.5648;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PDZD9:ENSG00000155714.8:-:insertionNFS:3/3:PDZD9-003:ENST00000424898.2:795_723_241_S->SSTS:PDZD9-202:ENST00000537222.1:615_543_181_S->SSTS:PDZD9-201:ENST00000286143.6:609_537_179_S->SSTS
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chr16	22237160	.	ACTT	A	566.84	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0071;AN=420;DP=1170;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.0406;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EEF2K:ENSG00000103319.6:+:deletionNFS:1/1:EEF2K-001:ENST00000263026.4:2178_110_37_YF->Y
chr16	22360694	.	A	AC	17.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1115;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3984;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDR2:ENSG00000140743.2:-:insertionFS:1/1:CDR2-201:ENST00000268383.2:1365_412
chr16	22546087	.	TTCCACCCTCAGC	T	1585.43	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0974;AN=154;BaseQRankSum=5.188;DP=179;DS;FS=1.359;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.4702;InbreedingCoeff=0.2331;MQ=8.34;MQ0=3381;MQRankSum=3.225;QD=5.74;ReadPosRankSum=3.880;SZ=-12;TR=24;TU=ACCCTCAGCTCC;VQSLOD=6.4098;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RP11-368J21.2:ENSG00000243716.5:+:deletionNFS:4/7:RP11-368J21.2-202:ENST00000342168.7:3381_1781_594_LPPSA->L:RP11-368J21.2-201:ENST00000424340.1:3402_1783_595_FHPQL->F:RP11-368J21.2-002:ENST00000517539.1:3402_1783_595_FHPQL->F:RP11-368J21.2-206:ENST00000503072.2:3033_1417_473_FHPQL->F
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chr16	28511175	.	TCTC	T	33.97	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0155;AN=580;BaseQRankSum=1.383;DP=1184;FS=2.804;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.8008;InbreedingCoeff=0.1922;MQ=54.97;MQ0=16;MQRankSum=0.357;QD=0.89;ReadPosRankSum=-1.079;SB=-59.64;SZ=.;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.6377;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IL27:ENSG00000197272.1:-:deletionNFS:1/1:IL27-001:ENST00000356897.1:732_529_177_RK->K
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chr16	29790929	.	GGTCCGA	G	1706.49	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0178;AN=786;BaseQRankSum=6.089;DP=2095;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=31.0036;InbreedingCoeff=0.1901;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-7.049;QD=28.18;ReadPosRankSum=0.969;SB=-770.47;SZ=-6;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.7883;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZG16:ENSG00000174992.5:+:deletionNFS:1/1:ZG16-201:ENST00000400752.3:504_159_53_RVR->R
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chr16	29917125	.	GCCT	G	57.61	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0070;AN=284;DP=492;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.2133;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ASPHD1:ENSG00000174939.5:+:deletionNFS:2/2:ASPHD1-001:ENST00000308748.4:1173_1080_360_GP->G:ASPHD1-201:ENST00000414952.1:1173_1080_360_GP->G
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chr16	29994530	.	AGAG	A	57.15	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0119;AN=928;BaseQRankSum=3.038;DP=2022;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.8297;InbreedingCoeff=0.0763;MQ=63.95;MQ0=24;MQRankSum=1.456;QD=0.71;ReadPosRankSum=0.923;SB=-81.18;SZ=-3;TR=20;TU=AGG;VQSLOD=6.9419;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TAOK2:ENSG00000149930.11:+:deletionNFS:4/4:TAOK2-001:ENST00000279394.3:3150_1137_379_EE->E:TAOK2-201:ENST00000416441.1:2265_1137_379_EE->E:TAOK2-002:ENST00000308893.3:3708_1137_379_EE->E:TAOK2-202:ENST00000543033.1:3369_1137_379_EE->E
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chr16	30531248	.	GGCT	G	115.34	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0150;AN=932;BaseQRankSum=3.340;DP=2069;DS;FS=7.131;HR=6;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.5139;InbreedingCoeff=0.1408;MQ=67.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.288;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.951;SB=-65.35;SZ=-3;TR=18;TU=CTG;VQSLOD=6.6897;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ITGAL:ENSG00000005844.10:+:deletionNFS:3/4:ITGAL-201:ENST00000356798.4:3513_3299_1100_GL->G:ITGAL-202:ENST00000358164.4:3261_3047_1016_GL->G:ITGAL-203:ENST00000433423.2:1215_1001_334_GL->G
chr16	30536553	.	TC	T	4.44	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0015;AN=650;BaseQRankSum=2.035;DP=1589;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.6372;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=65.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.587;QD=0.74;ReadPosRankSum=-1.595;SB=-28.89;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4990;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF768:ENSG00000169957.6:-:deletionFS:1/2:ZNF768-001:ENST00000380412.4:1623_908
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chr16	30795513	.	TG	T	9.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=296;DP=472;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=ATG;VQSLOD=4.9646;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF629:ENSG00000102870.3:-:deletionFS:1/1:ZNF629-201:ENST00000262525.3:2610_136
chr16	30846350	.	CG	C	15.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0034;AN=290;DP=518;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9773;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BCL7C:ENSG00000099385.5:-:deletionFS:1/2:BCL7C-002:ENST00000380317.3:729_648
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chr16	31195692	.	TGGTGGA	T	140.56	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.00275;AN=1092;BaseQRankSum=2.707;DP=2564;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.2135;InbreedingCoeff=0.1496;MQ=62.12;MQ0=1;MQRankSum=-2.186;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.770;SB=1.42;SZ=.;TR=28;TU=AGGTGG;VQSLOD=7.0771;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FUS:ENSG00000089280.11:+:deletionNFS:1/3:FUS-001:ENST00000254108.6:1581_498_166_GGG->G
chr16	31336030	.	G	GA	14.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1421;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.6228;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITGAM:ENSG00000169896.8:+:insertionFS:3/3:ITGAM-201:ENST00000287497.7:3459_2216:ITGAM-203:ENST00000544665.1:3462_2219:ITGAM-202:ENST00000394880.3:1677_434
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chr16	31447374	.	G	GC	36.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=516;DP=1012;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.4685;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF843:ENSG00000176723.4:-:insertionFS:1/1:ZNF843-201:ENST00000315678.4:1047_797
chr16	31765367	.	TGTAA	T	56.99	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0039;AN=508;DP=1216;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=.;TR=10;TU=AAGT;VQSLOD=7.1160;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF720:ENSG00000197302.6:+:deletionFS:1/6:ZNF720-005:ENST00000398696.3:537_297
chr16	31770696	rs34487972	G	GA,GAA	36961.28	PASS	AA=0;AC=929,4;AF=0.48588,0.00209;AN=1912;BaseQRankSum=16.514;DB;DP=3969;FS=2.012;HR=7;HU=A;HaplotypeScore=15.9788;InbreedingCoeff=0.1339;MQ=69.02;MQ0=0;MQRankSum=0.479;QD=20.12;ReadPosRankSum=-0.343;SB=-16864.91;SZ=1;TR=7;TU=A;VQSLOD=8.8377;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZNF720:ENSG00000197302.6:+:insertionFS:2/6:ZNF720-001:ENST00000316491.9:381_380:ZNF720-012:ENST00000539915.1:171_170,2:ZNF720:ENSG00000197302.6:+:endOverlap:2/6:ZNF720-001:ENST00000316491.9:381:ZNF720-012:ENST00000539915.1:171
chr16	31770697	.	A	AC	1108.01	PASS	AA=0;AC=419;AF=0.21226;AN=1974;BaseQRankSum=38.353;DP=4057;FS=1.504;HR=7;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.7837;InbreedingCoeff=0.2596;MQ=71.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.953;QD=1.27;ReadPosRankSum=7.999;SB=-1211.65;SZ=1;TR=7;TU=A;VQSLOD=5.6835;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF720:ENSG00000197302.6:+:endOverlap:2/6:ZNF720-001:ENST00000316491.9:381:ZNF720-012:ENST00000539915.1:171
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chr16	33006575	.	TG	T	71.81	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0070;AN=428;DP=1646;DS;HR=6;HRun=6;HU=G;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=7.0299;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC142086.2:ENSG00000233732.2:+:deletionFS:1/1:AC142086.2-201:ENST00000425181.2:363_99
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chr16	48239341	.	GCCT	G	117.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;DP=1551;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=CG;VQSLOD=6.2063;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCC11:ENSG00000121270.10:-:deletionNFS:5/5:ABCC11-002:ENST00000353782.5:4035_1788_596_GA->A:ABCC11-201:ENST00000356608.2:4149_1788_596_GA->A:ABCC11-202:ENST00000394747.1:4149_1788_596_GA->A:ABCC11-001:ENST00000394748.1:4149_1788_596_GA->A:ABCC11-203:ENST00000537808.1:2268_1788_596_GA->A
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chr16	50250060	.	A	AC	12.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=1272;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=AC;VQSLOD=5.5970;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAPD5:ENSG00000121274.6:+:insertionFS:2/2:PAPD5-202:ENST00000436909.2:2097_839:PAPD5-201:ENST00000357464.3:1860_602
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chr16	50259156	.	T	TGTC	1597.95	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.01304;AN=1074;BaseQRankSum=-6.742;DP=3270;DS;FS=5.375;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.1307;InbreedingCoeff=0.2217;MQ=67.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.025;QD=17.76;ReadPosRankSum=0.652;SB=-553.64;SZ=3;TR=6;TU=CGT;VQSLOD=8.3879;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PAPD5:ENSG00000121274.6:+:insertionNFS:2/2:PAPD5-202:ENST00000436909.2:2097_1715_572_V->VS:PAPD5-201:ENST00000357464.3:1860_1478_493_V->VS
chr16	50261806	.	TGGG	T	220.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0064;AN=314;DP=781;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.6864;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAPD5:ENSG00000121274.6:+:deletionNFS:2/2:PAPD5-202:ENST00000436909.2:2097_1812_604_TG->T:PAPD5-201:ENST00000357464.3:1860_1575_525_TG->T
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chr16	52473512	rs71819850	TTGC	T,TTGCTGC	577.09	PASS	AA=.;AC=22,10;AF=0.0295,0.0134;AN=746;BaseQRankSum=5.168;DB;DP=2016;DS;FS=1.571;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=20.7015;InbreedingCoeff=0.3299;MQ=64.01;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=0.84;ReadPosRankSum=0.499;SB=-197.51;SZ=.;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=10.2348;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TOX3:ENSG00000103460.11:-:deletionNFS:2/2:TOX3-201:ENST00000219746.8:1731_1356_452_QQ->Q:TOX3-202:ENST00000407228.2:1716_1341_447_QQ->Q,2:TOX3:ENSG00000103460.11:-:insertionNFS:2/2:TOX3-201:ENST00000219746.8:1731_1356_452_Q->QQQ:TOX3-202:ENST00000407228.2:1716_1341_447_Q->QQQ
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chr16	53338409	rs56028815	GTTC	G	1452.26	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.01977;AN=1062;BaseQRankSum=9.681;DB;DP=2531;DS;FS=7.420;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.3911;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=70.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.103;QD=13.32;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-530.75;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.7498;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHD9:ENSG00000177200.9:+:deletionNFS:2/4:CHD9-202:ENST00000398510.2:8646_6491_2164_SS->S:CHD9-203:ENST00000447540.1:8649_6491_2164_SS->S
chr16	53338467	.	TTCC	T	31.35	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0057;AN=530;DP=1301;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=6.6034;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CHD9:ENSG00000177200.9:+:deletionNFS:2/4:CHD9-202:ENST00000398510.2:8646_6549_2183_SS->S:CHD9-203:ENST00000447540.1:8649_6549_2183_SS->S
chr16	53342598	.	G	GA	7.91	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0048;AN=414;BaseQRankSum=-1.279;DP=971;DS;FS=5.212;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=11.3971;InbreedingCoeff=0.0976;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.217;QD=0.72;ReadPosRankSum=0.706;SB=-1.25;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3330;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CHD9:ENSG00000177200.9:+:insertionFS:3/4:CHD9-202:ENST00000398510.2:8646_7006:CHD9-203:ENST00000447540.1:8649_7009:CHD9-204:ENST00000450543.1:2892_1252
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chr16	55600990	.	CT	C	130.61	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0047;AN=422;DP=1316;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.5643;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CAPNS2:ENSG00000256812.1:+:deletionFS:1/1:CAPNS2-001:ENST00000457326.2:747_322
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chr16	56441992	.	CG	C	5.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=648;DP=1762;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SB=-36.31;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6058;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMFR:ENSG00000159461.8:-:deletionFS:1/2:AMFR-001:ENST00000290649.4:1932_550
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chr16	56504531	rs3217263	GGAA	G	299.61	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0106;AN=566;DB;DP=1507;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=8.2128;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:OGFOD1:ENSG00000087263.10:+:deletionNFS:2/2:OGFOD1-001:ENST00000336111.4:1629_1113_371_SE->S:OGFOD1-201:ENST00000540727.1:1161_645_215_SE->S
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chr16	56539894	.	T	TC	4.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=424;BaseQRankSum=-2.443;DP=1474;DS;FS=6.111;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=17.2421;InbreedingCoeff=0.1035;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.125;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.418;SB=0.88;SZ=1;TR=8;TU=ATTC;VQSLOD=5.6319;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BBS2:ENSG00000125124.5:-:insertionFS:1/1:BBS2-201:ENST00000245157.4:2166_772
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chr16	56969328	.	GTT	G	5	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=696;BaseQRankSum=1.973;DP=1848;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=15.7623;InbreedingCoeff=0.0923;MQ=72.78;MQ0=0;MQRankSum=0.270;QD=0.62;ReadPosRankSum=1.875;SB=-30.82;SZ=-2;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.2537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HERPUD1:ENSG00000051108.9:+:deletionFS:3/4:HERPUD1-001:ENST00000300302.4:1176_241:HERPUD1-201:ENST00000344114.4:699_238:HERPUD1-203:ENST00000439977.1:1173_238
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chr16	57095835	.	T	TAAGAAAAAAAGA	12057.49	PASS	AA=.;AC=95;AF=0.1209;AN=786;BaseQRankSum=-11.807;DP=2004;DS;FS=0.624;HR=3;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=52.2381;InbreedingCoeff=0.1502;MQ=60.35;MQ0=1;MQRankSum=-9.903;QD=28.37;ReadPosRankSum=2.042;SB=-4884.83;SZ=.;TR=3;TU=T;VQSLOD=6.1296;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NLRC5:ENSG00000140853.10:+:endOverlap:1/5:NLRC5-202:ENST00000327982.4:2550
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chr16	57731884	.	TGGA	T	74.82	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.00928;AN=1078;BaseQRankSum=5.199;DP=2423;DS;FS=1.058;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.5184;InbreedingCoeff=0.1025;MQ=67.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.291;QD=0.88;ReadPosRankSum=-0.195;SB=-132.77;SZ=-3;TR=17;TU=AGG;VQSLOD=7.2068;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC135:ENSG00000159625.9:+:deletionNFS:3/3:CCDC135-201:ENST00000336825.7:2430_23_8_VE->V:CCDC135-001:ENST00000360716.2:2625_23_8_VE->V:CCDC135-202:ENST00000394337.3:2625_23_8_VE->V
chr16	57828998	.	TGCACTTCGG	T	736.04	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0086;AN=694;BaseQRankSum=5.472;DP=1586;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=34.2490;InbreedingCoeff=0.0121;MQ=56.85;MQ0=0;MQRankSum=-4.199;QD=22.30;ReadPosRankSum=0.441;SB=-373.85;SZ=-9;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.4378;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIFC3:ENSG00000140859.9:-:deletionNFS:3/7:KIFC3-205:ENST00000541240.1:2547_294_98_AARP->P:KIFC3-202:ENST00000445690.1:2481_228_76_AARP->P:KIFC3-001:ENST00000379655.3:2502_228_76_AARP->P
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chr16	69748962	.	C	CA	11.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1163;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3754;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NQO1:ENSG00000181019.7:-:insertionFS:2/4:NQO1-001:ENST00000320623.4:825_322:NQO1-002:ENST00000379047.2:723_322
chr16	69782977	.	TTCC	T	49.29	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0094;AN=530;DP=1463;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=7.3695;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NOB1:ENSG00000141101.6:-:deletionNFS:1/1:NOB1-001:ENST00000268802.4:1239_570_190_EE->E
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chr16	70166185	rs66937621	GA	G	5.58	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0061;AN=490;BaseQRankSum=2.741;DB;DP=2204;DS;FS=10.686;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=25.6993;InbreedingCoeff=-0.0256;MQ=48.62;MQ0=8;MQRankSum=-3.809;QD=0.20;ReadPosRankSum=-0.523;SB=-8.91;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=4.9624;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PDPR:ENSG00000090857.7:+:deletionFS:3/4:PDPR-201:ENST00000205055.4:1746_163:PDPR-202:ENST00000288050.3:2640_979:PDPR-203:ENST00000398122.3:2340_679
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chr16	75446540	.	CT	C,CTT	27.29	PASS	AA=0;AC=7,1;AF=0.0202,0.0029;AN=346;DP=908;DS;HR=5;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=6.0525;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CFDP1:ENSG00000153774.3:-:deletionFS:1/1:CFDP1-001:ENST00000283882.3:900_295,2:CFDP1:ENSG00000153774.3:-:insertionFS:1/1:CFDP1-001:ENST00000283882.3:900_295
chr16	75611267	.	AG	A	338.84	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0084;AN=474;DP=1280;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.3204;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GABARAPL2:ENSG00000034713.2:+:endOverlap:1/1:GABARAPL2-001:ENST00000037243.2:354
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chr16	76311602	rs78088927	G	GT	116586.95	PASS	AA=1;AC=2088;AF=1.00000;AN=2088;BaseQRankSum=-2.743;DB;DP=4995;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=10.8831;InbreedingCoeff=0.0191;MQ=83.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.818;QD=41.68;ReadPosRankSum=2.644;SB=-57381.74;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=9.7625;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNTNAP4:ENSG00000152910.12:+:spliceOverlap:2/4:CNTNAP4-201:ENST00000307431.8:3924:CNTNAP4-202:ENST00000377504.4:3780
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chr16	81242148	rs62734462	GTTT	G,GT	50452.83	PASS	AA=0;AC=51,886;AF=0.02621,0.45529;AN=1946;BaseQRankSum=26.923;DB;DP=5007;DS;FS=4.555;HR=3;HU=T;HaplotypeScore=35.4739;InbreedingCoeff=0.2819;MQ=56.36;MQ0=0;MQRankSum=-13.424;QD=30.34;ReadPosRankSum=2.456;SB=-27161.29;SZ=-3;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.6149;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:PKD1L2:ENSG00000166473.12:-:deletionNFS:2/5:PKD1L2-001:ENST00000525539.1:5343_708_236_NL->L:PKD1L2-201:ENST00000337114.4:2976_708_236_NL->L,2:PKD1L2:ENSG00000166473.12:-:deletionFS:2/5:PKD1L2-001:ENST00000525539.1:5343_708:PKD1L2-201:ENST00000337114.4:2976_708
chr16	81253916	.	AAC	A	341.49	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0072;AN=414;DP=1227;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.1701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PKD1L2:ENSG00000166473.12:-:deletionFS:2/5:PKD1L2-001:ENST00000525539.1:5343_60:PKD1L2-201:ENST00000337114.4:2976_60
chr16	84118608	.	A	AC	12.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=1171;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MBTPS1:ENSG00000140943.9:-:insertionFS:2/3:MBTPS1-202:ENST00000421130.2:2706_813:MBTPS1-001:ENST00000343411.2:3159_1266
chr16	84255863	.	AG	A	101.14	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1818;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.2887;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNG4:ENSG00000168418.5:-:deletionFS:1/1:KCNG4-001:ENST00000308251.3:1560_1520
chr16	84270565	.	G	GCCAGCTCCT	2674.12	PASS	AA=0;AC=29;AF=0.02369;AN=1224;BaseQRankSum=-2.320;DP=2619;DS;FS=1.540;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=29.5406;InbreedingCoeff=0.2034;MQ=60.55;MQ0=0;MQRankSum=-5.358;QD=26.74;ReadPosRankSum=2.102;SB=-1155.08;SZ=9;TR=24;TU=AGCTCCTCC;VQSLOD=7.9913;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCNG4:ENSG00000168418.5:-:insertionNFS:1/1:KCNG4-001:ENST00000308251.3:1560_527_176_A->EELA
chr16	84497336	.	T	TAGTGGA	1056.90	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0396;AN=454;DP=1119;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=6;TR=5;TU=GT;VQSLOD=5.0380;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ATP2C2:ENSG00000064270.6:+:endOverlap:3/3:ATP2C2-201:ENST00000262429.3:2841:ATP2C2-202:ENST00000416219.1:2928:ATP2C2-203:ENST00000420010.2:2388
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chr16	84529357	.	TCTC	T	500.81	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0160;AN=812;BaseQRankSum=4.155;DP=2186;DS;FS=7.840;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.6888;InbreedingCoeff=0.0876;MQ=66.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.399;QD=12.21;ReadPosRankSum=1.090;SB=-230.64;SZ=-3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=7.6942;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1609:ENSG00000140950.9:-:deletionNFS:2/3:KIAA1609-201:ENST00000343629.5:1371_316_106_KS->S:KIAA1609-202:ENST00000535580.1:1290_235_79_KS->S
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chr16	85689982	rs72432559	GGAGCGCGAGCGC	G,GGAGCGC	4421.52	PASS	AA=.;AC=4,124;AF=0.00256,0.07928;AN=1564;BaseQRankSum=11.670;DB;DP=2893;DS;FS=3.651;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=32.5079;InbreedingCoeff=0.2985;MQ=54.73;MQ0=0;MQRankSum=-6.860;QD=16.38;ReadPosRankSum=1.894;SB=-1439.58;SZ=.;TR=23;TU=AGCGCG;VQSLOD=8.8311;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA0182:ENSG00000131149.12:+:deletionNFS:3/3:KIAA0182-002:ENST00000253458.7:3654_1023_341_RERER->R:KIAA0182-001:ENST00000393243.1:3435_804_268_RERER->R:KIAA0182-003:ENST00000405402.1:3342_711_237_RERER->R,2:KIAA0182:ENSG00000131149.12:+:deletionNFS:3/3:KIAA0182-002:ENST00000253458.7:3654_1023_341_RER->R:KIAA0182-001:ENST00000393243.1:3435_804_268_RER->R:KIAA0182-003:ENST00000405402.1:3342_711_237_RER->R
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chr16	86371158	.	TCTC	T	247.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1208;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.9074;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC092327.1:ENSG00000168367.4:-:deletionNFS:1/1:AC092327.1-201:ENST00000304488.4:360_64_22_IR->R
chr16	87637893	rs71156237	CCTGCTGCTG	C,CCTGCTG,CCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTG,CCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTG,CGCTGCTGCTGCTG	1470.91	PASS	AA=.;AC=16,37,104,95,198,5;AF=0.00962,0.02224,0.06250,0.05709,0.11899,0.00300;AN=1664;BaseQRankSum=1.351;DB;DP=2634;DS;FS=0.659;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=31.8970;InbreedingCoeff=0.8823;MQ=65.18;MQ0=22;MQRankSum=-2.827;QD=2.18;ReadPosRankSum=-5.882;SB=-817.84;SZ=.;TR=42;TU=CTG;VQSLOD=7.8618;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:JPH3:ENSG00000154118.7:+:deletionNFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430_144_PAAA->P:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48_16_CLLL->C,2:JPH3:ENSG00000154118.7:+:deletionNFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430_144_PA->P:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48_16_CL->C,3:JPH3:ENSG00000154118.7:+:insertionNFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430_144_P->PAAAA:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48_16_C->CLLLL,4:JPH3:ENSG00000154118.7:+:insertionNFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430_144_P->PAAAAA:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48_16_C->CLLLLL,5:JPH3:ENSG00000154118.7:+:insertionNFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430_144_P->PAAAAAAA:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48_16_C->CLLLLLLL,6:JPH3:ENSG00000154118.7:+:insertionFS:2/4:JPH3-201:ENST00000301008.4:561_430:JPH3-202:ENST00000393224.1:93_48
chr16	87729333	.	T	TC,TCC	14131.01	PASS	AA=1;AC=840,9;AF=0.46980,0.00503;AN=1788;BaseQRankSum=32.169;DP=4203;DS;FS=0.502;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=20.7855;InbreedingCoeff=0.2019;MQ=66.32;MQ0=4;MQRankSum=2.369;QD=9.53;ReadPosRankSum=-0.428;SB=-5241.46;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.6331;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC010536.2:ENSG00000226180.2:-:insertionFS:1/1:AC010536.2-201:ENST00000538868.1:879_415,2:AC010536.2:ENSG00000226180.2:-:insertionFS:1/1:AC010536.2-201:ENST00000538868.1:879_415
chr16	87729334	rs34111279	C	CA,CG	39247.23	PASS	AA=1;AC=842,6;AF=0.46571,0.00332;AN=1808;BaseQRankSum=-20.282;DB;DP=4206;DS;FS=3.897;HR=5;HU=C;HaplotypeScore=12.8434;InbreedingCoeff=0.1283;MQ=66.41;MQ0=4;MQRankSum=0.202;QD=26.74;ReadPosRankSum=1.907;SB=-16583.96;SZ=-1;TR=5;TU=C;VQSLOD=9.7661;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC010536.2:ENSG00000226180.2:-:insertionFS:1/1:AC010536.2-201:ENST00000538868.1:879_414,2:AC010536.2:ENSG00000226180.2:-:insertionFS:1/1:AC010536.2-201:ENST00000538868.1:879_414
chr16	87735621	.	T	TCCTTACA	52.03	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=476;BaseQRankSum=-1.732;DP=1094;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.2848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC010536.1:ENSG00000205047.3:-:insertionFS:1/1:AC010536.1-201:ENST00000446344.1:876_500
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chr16	87742005	.	A	AC	12.98	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0050;AN=402;DP=834;HR=3;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.9139;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHDC4:ENSG00000104731.8:-:insertionFS:4/4:KLHDC4-001:ENST00000270583.4:1563_1515:KLHDC4-202:ENST00000347925.4:1470_1422:KLHDC4-203:ENST00000353170.4:1392_1344:KLHDC4-201:ENST00000316853.5:777_569
chr16	88105394	rs76138258	CT	C,CTT	900.46	PASS	AA=.;AC=171,173;AF=0.09365,0.09474;AN=1826;BaseQRankSum=4.997;DB;DP=4495;DS;FS=20.665;HR=12;HU=T;HaplotypeScore=12.7352;InbreedingCoeff=0.2875;MQ=67.53;MQ0=1;MQRankSum=0.442;QD=0.94;ReadPosRankSum=-1.719;SB=-1115.63;SZ=.;TR=12;TU=T;VQSLOD=7.4504;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BANP:ENSG00000172530.12:+:deletionFS:1/10:BANP-204:ENST00000537202.1:753_396,2:BANP:ENSG00000172530.12:+:insertionFS:1/10:BANP-204:ENST00000537202.1:753_396
chr16	88495401	.	CG	C	253.22	PASS	AA=0;AC=143;AF=0.13095;AN=1092;BaseQRankSum=-8.752;DP=1535;FS=5.808;HR=6;HRun=6;HU=G;HaplotypeScore=14.2475;InbreedingCoeff=0.1475;MQ=71.93;MQ0=0;MQRankSum=5.233;QD=1.27;ReadPosRankSum=-4.240;SZ=-1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.2856;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF469:ENSG00000225614.1:+:deletionFS:1/1:ZNF469-201:ENST00000437464.1:11778_1523
chr16	88496497	rs113102840	TTCCGGCCCCAGAGGTCCCAGC	T	554.46	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0148;AN=338;DB;DP=658;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-21;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2905;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF469:ENSG00000225614.1:+:deletionNFS:1/1:ZNF469-201:ENST00000437464.1:11778_2619_873_PSGPRGPS->P
chr16	88496502	rs113102840	G	GACA,GC	215.96	PASS	AA=0;AC=8,4;AF=0.0225,0.0112;AN=356;DB;DP=637;HR=4;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.1935;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF469:ENSG00000225614.1:+:insertionNFS:1/1:ZNF469-201:ENST00000437464.1:11778_2624_875_G->GH,2:ZNF469:ENSG00000225614.1:+:insertionFS:1/1:ZNF469-201:ENST00000437464.1:11778_2624
chr16	88496544	.	C	CG	7.08	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=460;BaseQRankSum=0.924;DP=785;DS;FS=1.809;HR=5;HRun=5;HU=G;HaplotypeScore=9.6321;InbreedingCoeff=0.1665;MQ=75.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.279;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.029;SB=-31.73;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.8010;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF469:ENSG00000225614.1:+:insertionFS:1/1:ZNF469-201:ENST00000437464.1:11778_2666
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chr16	88599695	rs67712719	GGA	G	16176.35	PASS	AA=.;AC=798;AF=0.9661;AN=826;BaseQRankSum=4.298;DB;DP=908;DS;FS=11.640;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.7172;InbreedingCoeff=0.1759;MQ=50.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.868;QD=26.52;ReadPosRankSum=3.378;SB=-5188.72;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.5744;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZFPM1:ENSG00000179588.2:+:deletionFS:1/1:ZFPM1-201:ENST00000319555.1:3021_1329
chr16	88599699	.	CCTCTGG	C	28426.46	PASS	AA=1;AC=815;AF=0.9749;AN=836;BaseQRankSum=3.828;DP=752;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.9944;InbreedingCoeff=-0.0052;MQ=49.66;MQ0=0;MQRankSum=-2.527;QD=61.00;ReadPosRankSum=0.838;SB=-9118.91;SZ=6;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.7592;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFPM1:ENSG00000179588.2:+:deletionNFS:1/1:ZFPM1-201:ENST00000319555.1:3021_1333_445_PLA->P
chr16	88599700	rs67322929	CT	C	9393.97	PASS	AA=.;AC=778;AF=0.9701;AN=802;BaseQRankSum=5.109;DB;DP=684;DS;FS=11.929;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=25.2127;InbreedingCoeff=0.0842;MQ=49.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.751;QD=20.60;ReadPosRankSum=3.112;SB=-3045.51;SZ=.;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.6879;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFPM1:ENSG00000179588.2:+:deletionFS:1/1:ZFPM1-201:ENST00000319555.1:3021_1334
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chr16	88809891	.	AGG	A	5393.90	PASS	AA=.;AC=386;AF=0.21833;AN=1768;BaseQRankSum=31.127;DP=4353;DS;FS=12.839;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=26.0734;InbreedingCoeff=0.2841;MQ=64.62;MQ0=0;MQRankSum=1.809;QD=5.36;ReadPosRankSum=2.389;SB=-2332.69;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4314;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC138028.1:ENSG00000182376.1:+:deletionFS:1/1:AC138028.1-201:ENST00000333666.1:558_523
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chr16	89016909	rs57686457	AG	A	56.15	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0113;AN=620;DB;DP=1241;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8000;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC092384.1:ENSG00000205018.1:+:deletionFS:1/1:AC092384.1-201:ENST00000378347.1:1242_383
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chr16	89167075	rs11273288	C	CCCCAGGAGGCTCCCGGGAG	140455.99	PASS	AA=1;AC=864;AF=0.56104;AN=1540;BaseQRankSum=17.342;DB;DP=2608;DS;FS=12.444;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=48.2645;InbreedingCoeff=0.2001;MQ=60.10;MQ0=0;MQRankSum=-21.418;QD=125.30;ReadPosRankSum=4.298;SB=-53871.08;SZ=-19;TR=6;TU=CCG;VQSLOD=6.3760;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ACSF3:ENSG00000176715.10:+:startOverlap:2/3:ACSF3-001:ENST00000317447.4:1731:ACSF3-003:ENST00000406948.3:1731
chr16	89293651	.	CCT	C	12.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=706;DP=1771;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.7929;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF778:ENSG00000170100.8:+:deletionFS:2/2:ZNF778-202:ENST00000433976.1:2190_871:ZNF778-201:ENST00000306502.6:2064_745
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chr17	636322	.	T	TC	5536.77	PASS	AA=.;AC=538;AF=0.38484;AN=1398;BaseQRankSum=22.954;DP=1812;FS=12.483;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.6551;InbreedingCoeff=0.2071;MQ=61.66;MQ0=0;MQRankSum=-11.500;QD=8.26;ReadPosRankSum=3.821;SB=-1521.66;SZ=.;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.7566;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM57A:ENSG00000167695.7:+:insertionFS:1/3:FAM57A-203:ENST00000451373.2:993_326
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chr17	1631350	rs35048651	GAGA	G	1020.42	PASS	AA=0;AC=202;AF=0.11995;AN=1684;BaseQRankSum=17.128;DB;DP=3235;FS=2.366;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.3303;InbreedingCoeff=0.1386;MQ=65.42;MQ0=0;MQRankSum=-2.306;QD=3.78;ReadPosRankSum=4.665;SZ=-3;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=6.6808;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WDR81:ENSG00000167716.11:+:deletionNFS:1/7:WDR81-001:ENST00000409644.1:5826_3097_1033_ES->G
chr17	1703603	.	TC	T	246.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1666;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.8769;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMYD4:ENSG00000186532.6:-:deletionFS:1/1:SMYD4-001:ENST00000305513.6:2415_1085
chr17	1703965	.	A	AG	7.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1606;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2019;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SMYD4:ENSG00000186532.6:-:insertionFS:1/1:SMYD4-001:ENST00000305513.6:2415_723
chr17	1715320	.	CCTT	C	165.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=346;DP=914;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=7.6073;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMYD4:ENSG00000186532.6:-:deletionNFS:1/1:SMYD4-001:ENST00000305513.6:2415_224_75_GN->N
chr17	2202341	.	A	ACCT	48.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;BaseQRankSum=-2.448;DP=1750;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=5.8512;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMG6:ENSG00000070366.7:-:insertionNFS:2/4:SMG6-201:ENST00000263073.4:4260_1706_569_V->EV:SMG6-204:ENST00000544865.1:4167_1613_538_V->EV
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chr17	2237938	.	CCCA	C	72.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00183;AN=1094;BaseQRankSum=2.427;DP=2751;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.6929;InbreedingCoeff=0.0434;MQ=62.73;MQ0=5;MQRankSum=0.991;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.361;SB=-75.13;SZ=-3;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=6.7286;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSR1:ENSG00000167721.4:-:deletionNFS:1/2:TSR1-201:ENST00000301364.3:2415_809_270_GT->T
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chr17	3594274	.	GT	G	4564.37	PASS	AA=0;AC=650;AF=0.36517;AN=1780;BaseQRankSum=27.015;DP=4455;DS;FS=0.855;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=24.6114;InbreedingCoeff=0.2186;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=1.354;QD=3.48;ReadPosRankSum=4.745;SB=-1879.60;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.5122;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:P2RX5:ENSG00000083454.13:-:deletionFS:3/4:P2RX5-202:ENST00000435558.1:1299_336:P2RX5-001:ENST00000225328.4:1269_336:P2RX5-203:ENST00000440619.1:537_336
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chr17	3594281	.	GT	G	8094.93	PASS	AA=0;AC=774;AF=0.43483;AN=1780;BaseQRankSum=26.736;DP=4313;DS;FS=20.984;HR=5;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=23.2608;InbreedingCoeff=0.2138;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.455;QD=5.51;ReadPosRankSum=5.871;SB=-2403.22;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.6017;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:P2RX5:ENSG00000083454.13:-:deletionFS:3/4:P2RX5-202:ENST00000435558.1:1299_329:P2RX5-001:ENST00000225328.4:1269_329:P2RX5-203:ENST00000440619.1:537_329
chr17	3721595	.	CAT	C	115.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=1034;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=8;TU=ACAT;VQSLOD=6.6433;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf85:ENSG00000074356.10:-:deletionFS:2/2:C17orf85-202:ENST00000389005.3:1863_1272:C17orf85-201:ENST00000158149.3:1023_432
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chr17	3909505	.	AAAC	A	125.44	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0042;AN=476;DP=1298;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=AAC;VQSLOD=7.3312;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC067815.1:ENSG00000256983.1:+:deletionNFS:1/1:AC067815.1-201:ENST00000414864.2:399_185_62_KT->K
chr17	3928318	.	G	GA	14.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1267;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5086;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZZEF1:ENSG00000074755.8:-:insertionFS:1/1:ZZEF1-001:ENST00000381638.2:8886_6987
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chr17	4100857	.	G	GT	21.43	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=446;DP=1384;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.9648;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKFY1:ENSG00000185722.8:-:insertionFS:3/3:ANKFY1-201:ENST00000341657.3:3513_914:ANKFY1-203:ENST00000535427.1:3336_737:ANKFY1-202:ENST00000433651.1:1464_914
chr17	4447922	.	AC	A	14.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0047;AN=212;DP=234;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5765;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYBBP1A:ENSG00000132382.8:-:deletionFS:2/3:MYBBP1A-201:ENST00000381556.2:3999_2501:MYBBP1A-001:ENST00000254718.3:3987_2501
chr17	4457334	.	G	GA	47.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1573;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ACTG;VQSLOD=6.5220;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYBBP1A:ENSG00000132382.8:-:insertionFS:3/3:MYBBP1A-201:ENST00000381556.2:3999_433:MYBBP1A-001:ENST00000254718.3:3987_433:MYBBP1A-202:ENST00000426435.1:1812_433
chr17	4461383	.	TG	T	40.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1167;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.1817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GGT6:ENSG00000167741.4:-:deletionFS:3/3:GGT6-201:ENST00000301395.2:1386_1313:GGT6-202:ENST00000381550.2:1482_1409:GGT6-203:ENST00000414312.2:1038_965
chr17	4575322	.	GGGAGGCAGAGCT	G	1397.92	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.0553;AN=452;BaseQRankSum=7.791;DP=910;FS=0.000;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=40.1855;InbreedingCoeff=0.1596;MQ=56.53;MQ0=0;MQRankSum=-2.366;QD=19.69;ReadPosRankSum=0.047;SB=-596.02;SZ=-12;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.2701;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:2/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2694_898_PPESP->P:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3396_1132_PPESP->P
chr17	4575436	.	ATCC	A	922.76	PASS	AA=.;AC=19;AF=0.01267;AN=1500;BaseQRankSum=6.690;DP=3807;DS;FS=0.610;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.5227;InbreedingCoeff=0.0164;MQ=66.45;MQ0=3;MQRankSum=-1.348;QD=11.53;ReadPosRankSum=2.190;SB=-538.00;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=7.2085;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:3/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2580_860_DE->E:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3282_1094_DE->E:AC091153.1-203:ENST00000436683.2:2721_2409_803_DE->E
chr17	4575442	.	CTCT	C	181.33	PASS	AA=0;AC=26;AF=0.01595;AN=1630;BaseQRankSum=8.134;DP=4220;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.7623;InbreedingCoeff=0.0421;MQ=64.73;MQ0=3;MQRankSum=-1.422;QD=2.96;ReadPosRankSum=3.559;SB=-172.63;SZ=-3;TR=14;TU=CTT;VQSLOD=6.3410;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:3/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2574_858_EE->E:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3276_1092_EE->E:AC091153.1-203:ENST00000436683.2:2721_2403_801_EE->E
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chr17	4575529	.	TTCC	T	314.87	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0148;AN=474;DP=1383;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.5299;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:3/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2487_829_EY->Y:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3189_1063_EY->Y:AC091153.1-203:ENST00000436683.2:2721_2316_772_EY->Y
chr17	4575532	.	CTCT	C	72.86	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0060;AN=504;DP=1168;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.2602;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:3/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2484_828_EE->E:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3186_1062_EE->E:AC091153.1-203:ENST00000436683.2:2721_2313_771_EE->E
chr17	4575598	.	CTCT	C	341.11	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.00387;AN=1034;BaseQRankSum=2.262;DP=2068;FS=6.046;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.7278;InbreedingCoeff=0.0365;MQ=64.66;MQ0=21;MQRankSum=-0.213;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.237;SB=-97.05;SZ=.;TR=32;TU=CCTCTTCTTCTTCTT;VQSLOD=6.1385;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC091153.1:ENSG00000141456.8:-:deletionNFS:3/3:AC091153.1-202:ENST00000269230.7:3123_2418_806_EE->E:AC091153.1-201:ENST00000301396.4:3825_3120_1040_EE->E:AC091153.1-203:ENST00000436683.2:2721_2247_749_EE->E
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chr17	5257740	.	T	TG	4.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;BaseQRankSum=-0.129;DP=1169;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.3617;InbreedingCoeff=0.0830;MQ=67.14;MQ0=0;MQRankSum=1.575;QD=0.60;ReadPosRankSum=1.540;SB=-28.15;SZ=1;TR=7;TU=GT;VQSLOD=5.3580;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RABEP1:ENSG00000029725.10:+:insertionFS:6/6:RABEP1-201:ENST00000262477.6:2589_1050:RABEP1-202:ENST00000341923.5:2490_1050:RABEP1-203:ENST00000408982.2:2490_1050:RABEP1-204:ENST00000537505.1:2460_921:RABEP1-206:ENST00000546142.1:2589_1050:RABEP1-205:ENST00000539669.1:2148_1029
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chr17	5334871	.	TG	T	6782.54	PASS	AA=0;AC=483;AF=0.23911;AN=2020;BaseQRankSum=22.402;DP=5222;FS=2.563;HR=3;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=32.8871;InbreedingCoeff=0.2661;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=1.641;QD=6.25;ReadPosRankSum=3.977;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4899;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC004148.1:ENSG00000215099.3:+:deletionFS:1/1:AC004148.1-201:ENST00000399576.3:561_457
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chr17	5334901	.	TCCA	T	1685.32	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.01458;AN=1440;BaseQRankSum=4.951;DP=3901;DS;FS=8.832;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.5393;InbreedingCoeff=0.1649;MQ=68.35;MQ0=0;MQRankSum=-4.018;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.108;SB=-585.33;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7525;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC004148.1:ENSG00000215099.3:+:deletionNFS:1/1:AC004148.1-201:ENST00000399576.3:561_486_162_VP->V
chr17	5342184	.	G	GCCCCAC,GGCCCCAC	12.63	PASS	AA=0;AC=17,3;AF=0.0478,0.0084;AN=356;BaseQRankSum=1.776;DP=410;FS=15.705;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=19.5581;InbreedingCoeff=0.3506;MQ=64.88;MQ0=0;MQRankSum=-1.100;QD=0.16;ReadPosRankSum=-2.585;SB=-41.35;SZ=6;TR=15;TU=ACAGCC;VQSLOD=6.2687;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C1QBP:ENSG00000108561.3:-:insertionNFS:1/1:C1QBP-201:ENST00000225698.3:849_210_70_G->GWG,2:C1QBP:ENSG00000108561.3:-:insertionFS:1/1:C1QBP-201:ENST00000225698.3:849_210
chr17	5356900	.	CT	C	11.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=889;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.6371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHX33:ENSG00000005100.7:-:deletionFS:2/2:DHX33-001:ENST00000225296.2:2124_1396:DHX33-201:ENST00000433302.2:1452_724
chr17	5383741	.	C	CA	7.96	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=666;DP=1363;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=AAC;VQSLOD=4.9738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DERL2:ENSG00000072849.5:-:insertionFS:1/1:DERL2-001:ENST00000158771.4:720_489
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chr17	7123240	rs3835013	T	TGGGCGTGCAGGACGC	48815.04	PASS	AA=.;AC=481;AF=0.36439;AN=1320;BaseQRankSum=-5.729;DB;DP=2084;DS;FS=1.128;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=31.6406;InbreedingCoeff=0.2421;MQ=66.55;MQ0=0;MQRankSum=-13.636;QD=67.70;ReadPosRankSum=5.120;SB=-23714.61;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.9869;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ACADVL:ENSG00000072778.11:+:insertionNFS:2/6:ACADVL-001:ENST00000356839.4:2106_75_25_R->RGRAGR:ACADVL-203:ENST00000542255.1:2106_75_25_R->RGRAGR
chr17	7123255	.	C	CGGG	7276.31	PASS	AA=.;AC=311;AF=0.20247;AN=1536;BaseQRankSum=23.150;DP=2493;DS;FS=4.015;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=23.6486;InbreedingCoeff=-0.0677;MQ=63.73;MQ0=0;MQRankSum=-21.431;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.961;SB=-3081.49;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9116;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ACADVL:ENSG00000072778.11:+:insertionNFS:2/6:ACADVL-001:ENST00000356839.4:2106_90_30_R->RG:ACADVL-203:ENST00000542255.1:2106_90_30_R->RG
chr17	7123830	.	GA	G,GAA	66.73	PASS	AA=0;AC=2,4;AF=0.0047,0.0094;AN=424;DP=955;DS;HR=6;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=A;VQSLOD=6.7812;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ACADVL:ENSG00000072778.11:+:deletionFS:4/6:ACADVL-204:ENST00000543245.1:2037_255:ACADVL-001:ENST00000356839.4:2106_324:ACADVL-203:ENST00000542255.1:2106_324:ACADVL-201:ENST00000322910.4:1968_186,2:ACADVL:ENSG00000072778.11:+:insertionFS:4/6:ACADVL-204:ENST00000543245.1:2037_255:ACADVL-001:ENST00000356839.4:2106_324:ACADVL-203:ENST00000542255.1:2106_324:ACADVL-201:ENST00000322910.4:1968_186
chr17	7139320	.	C	CTT	84.30	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0016;AN=630;DP=1594;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.8338;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHF23:ENSG00000040633.6:-:insertionFS:2/3:PHF23-202:ENST00000320316.2:1212_926:PHF23-203:ENST00000454255.2:1200_914
chr17	7192868	.	CGGGGGCCAGGGGCCTGCT	C,CGGGGCCAGGGGCCTGCT	184.13	PASS	AA=.;AC=12,2;AF=0.0392,0.0065;AN=306;DP=392;HR=5;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.4321;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:YBX2:ENSG00000006047.7:-:deletionNFS:1/1:YBX2-201:ENST00000007699.4:1095_1025_342_RQPAAPE->E,2:YBX2:ENSG00000006047.7:-:deletionFS:1/1:YBX2-201:ENST00000007699.4:1095_1025
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chr17	7329864	.	TGGA	T	138.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=626;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=12;TU=AGG;VQSLOD=8.2258;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C17orf74:ENSG00000184560.2:+:deletionNFS:1/1:C17orf74-201:ENST00000333870.2:1506_554_185_LE->L
chr17	7366348	.	ATCC	A	21.89	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=438;DP=980;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=3;SZ=.;TR=17;TU=CCT;VQSLOD=6.3810;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZBTB4:ENSG00000174282.6:-:deletionNFS:2/2:ZBTB4-201:ENST00000311403.3:3042_1953_651_DE->E:ZBTB4-001:ENST00000380599.3:3042_1953_651_DE->E
chr17	7369803	.	GGAA	G	340.06	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0208;AN=722;BaseQRankSum=4.173;DP=1317;FS=0.891;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.0226;InbreedingCoeff=0.0999;MQ=56.73;MQ0=3;MQRankSum=-0.332;QD=6.54;ReadPosRankSum=0.514;SB=-215.36;SZ=-3;TR=21;TU=AAGAGG;VQSLOD=7.5882;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZBTB4:ENSG00000174282.6:-:deletionNFS:2/2:ZBTB4-201:ENST00000311403.3:3042_318_106_SS->S:ZBTB4-001:ENST00000380599.3:3042_318_106_SS->S
chr17	7405851	.	CG	C	8.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=394;DP=1116;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CGG;VQSLOD=5.5465;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMAC1L3:ENSG00000181222.8:+:deletionFS:2/4:AMAC1L3-203:ENST00000535204.1:5781_2455:AMAC1L3-201:ENST00000322644.5:5913_2587
chr17	7466633	.	AGAG	A	71.04	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0034;AN=582;DP=1060;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=.;TR=17;TU=AGG;VQSLOD=6.2537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SENP3:ENSG00000161956.7:+:deletionNFS:2/2:SENP3-201:ENST00000321337.7:1722_240_80_EE->E:SENP3-202:ENST00000429205.2:1725_240_80_EE->E
chr17	7470285	rs66811745	CA	C	86379.88	PASS	AA=1;AC=1848;AF=1.00000;AN=1848;DB;DP=4688;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=12.9823;InbreedingCoeff=0.1173;MQ=64.22;MQ0=0;MQRankSum=-1.732;QD=33.91;SB=-36918.58;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=10.2964;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SENP3:ENSG00000161956.7:+:spliceOverlap:2/2:SENP3-201:ENST00000321337.7:1722:SENP3-202:ENST00000429205.2:1725
chr17	7478602	.	TC	T	138.85	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=500;DP=1353;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=8.2124;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EIF4A1:ENSG00000161960.9:+:deletionFS:1/3:EIF4A1-201:ENST00000380512.5:441_323
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chr17	7490923	.	TC	T	49.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=1269;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.9187;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MPDU1:ENSG00000129255.8:+:deletionFS:1/5:MPDU1-202:ENST00000359822.5:900_796
chr17	7557370	.	CT	C	4.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=326;BaseQRankSum=0.991;DP=852;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=18.5844;InbreedingCoeff=0.0543;MQ=60.33;MQ0=0;MQRankSum=-2.919;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.143;SB=-28.83;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP1B2:ENSG00000129244.3:+:deletionFS:1/1:ATP1B2-201:ENST00000250111.3:873_347
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chr17	7646596	.	CT	C,CTT	98.09	PASS	AA=.;AC=73,60;AF=0.03625,0.02979;AN=2014;BaseQRankSum=4.241;DP=5211;DS;FS=11.964;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=13.3580;InbreedingCoeff=0.2054;MQ=68.91;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=0.06;ReadPosRankSum=-1.217;SB=-361.37;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=7.1025;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DNAH2:ENSG00000183914.8:+:deletionFS:1/3:DNAH2-201:ENST00000082259.3:2619_2286,2:DNAH2:ENSG00000183914.8:+:insertionFS:1/3:DNAH2-201:ENST00000082259.3:2619_2286
chr17	7661817	.	AT	A	4.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;BaseQRankSum=2.804;DP=1594;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.9678;InbreedingCoeff=0.0635;MQ=68.56;MQ0=1;MQRankSum=-0.464;QD=1.08;ReadPosRankSum=0.063;SB=0.96;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.3157;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH2:ENSG00000183914.8:+:deletionFS:2/3:DNAH2-202:ENST00000360606.4:12588_2056:DNAH2-203:ENST00000389173.2:13284_2056
chr17	7667348	.	A	AAGTGC	280.99	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0044;AN=912;BaseQRankSum=-1.749;DP=1964;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.4466;InbreedingCoeff=0.0935;MQ=65.19;MQ0=1;MQRankSum=-3.771;QD=21.61;ReadPosRankSum=-2.464;SB=-138.04;SZ=5;TR=5;TU=AG;VQSLOD=6.2605;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH2:ENSG00000183914.8:+:spliceOverlap:2/3:DNAH2-202:ENST00000360606.4:12588:DNAH2-203:ENST00000389173.2:13284
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chr17	7750174	.	CATT	C	240.98	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.01857;AN=1346;BaseQRankSum=3.716;DP=1546;FS=4.526;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.6134;InbreedingCoeff=0.0273;MQ=57.49;MQ0=153;MQRankSum=-4.414;QD=4.46;ReadPosRankSum=-5.326;SB=-108.28;SZ=.;TR=9;TU=ACC;VQSLOD=4.7739;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KDM6B:ENSG00000132510.5:+:deletionNFS:2/2:KDM6B-201:ENST00000254846.4:5049_749_250_PL->P:KDM6B-202:ENST00000448097.1:4932_749_250_PL->P
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chr17	7751858	rs59627144	TCACCAC	T	757.20	PASS	AA=.;AC=35;AF=0.0648;AN=540;BaseQRankSum=3.851;DB;DP=640;FS=5.240;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=11.2092;InbreedingCoeff=0.3082;MQ=52.40;MQ0=43;MQRankSum=-0.902;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.595;SB=-402.42;SZ=.;TR=33;TU=ACC;VQSLOD=8.0142;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KDM6B:ENSG00000132510.5:+:deletionNFS:2/2:KDM6B-201:ENST00000254846.4:5049_2252_751_VTT->V:KDM6B-202:ENST00000448097.1:4932_2252_751_VTT->V
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chr17	7906488	.	CCTGCTT	C	70.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0065;AN=154;DP=142;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-6;TR=18;TU=CCTGCTGCT;VQSLOD=5.0805;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GUCY2D:ENSG00000132518.5:+:deletionNFS:1/1:GUCY2D-001:ENST00000254854.3:3312_123_41_LLL->L
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chr17	8452003	.	T	TC	4.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=438;BaseQRankSum=0.435;DP=1169;DS;FS=3.009;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=12.7266;InbreedingCoeff=0.1458;MQ=61.87;MQ0=0;MQRankSum=1.569;QD=0.70;ReadPosRankSum=0.449;SB=1.01;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1095;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MYH10:ENSG00000133026.7:-:insertionFS:4/4:MYH10-001:ENST00000269243.3:5931_992:MYH10-002:ENST00000360416.3:6024_1022:MYH10-201:ENST00000379980.4:5979_1040:MYH10-202:ENST00000396239.1:5994_992
chr17	9489207	.	A	AAGC	582.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=650;DP=1587;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=3;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR16:ENSG00000166596.9:+:insertionNFS:2/3:WDR16-001:ENST00000352665.5:1863_188_63_H->QA:WDR16-201:ENST00000299764.5:1893_218_73_H->QA
chr17	9680591	.	T	TGGGA	14.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=526;BaseQRankSum=-1.732;DP=1421;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4879;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHRS7C:ENSG00000184544.4:-:insertionFS:1/1:DHRS7C-201:ENST00000330255.4:939_493
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chr17	9862622	.	AT	A	92.29	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0031;AN=972;BaseQRankSum=2.336;DP=2574;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=14.6950;InbreedingCoeff=0.1283;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.686;SB=-42.70;SZ=-1;TR=6;TU=T;VQSLOD=7.8004;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GAS7:ENSG00000007237.9:-:deletionFS:2/9:GAS7-203:ENST00000432992.1:1011_2:GAS7-209:ENST00000543281.1:573_2
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chr17	10309711	.	G	GT	574.93	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0123;AN=486;DP=1440;DS;HR=1;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=8.3155;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH8:ENSG00000133020.3:-:insertionFS:2/2:MYH8-001:ENST00000252173.3:5814_2175:MYH8-201:ENST00000403437.1:5814_2175
chr17	10312441	.	A	AC	16.10	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;DP=1327;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ=59.34;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=4.9274;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH8:ENSG00000133020.3:-:insertionFS:2/2:MYH8-001:ENST00000252173.3:5814_1938:MYH8-201:ENST00000403437.1:5814_1938
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chr17	10400668	.	C	CT	7.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;DP=1183;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=12;TU=AATCTT;VQSLOD=5.3371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH1:ENSG00000109061.7:-:insertionFS:2/2:MYH1-001:ENST00000226207.3:5820_4467:MYH1-201:ENST00000379814.4:1881_1734
chr17	10405101	.	AGTT	A	105.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1153;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-11.13;SZ=-3;TR=9;TU=GTT;VQSLOD=5.6323;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH1:ENSG00000109061.7:-:deletionNFS:1/2:MYH1-001:ENST00000226207.3:5820_3239_1080_LD->D
chr17	10408307	.	A	AT	414.28	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0105;AN=478;DP=1261;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=A;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.8833;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH1:ENSG00000109061.7:-:insertionFS:1/2:MYH1-001:ENST00000226207.3:5820_2511
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chr17	10419937	.	GC	G	7.99	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0042;AN=710;BaseQRankSum=2.076;DP=1484;FS=4.788;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=10.8718;InbreedingCoeff=0.1069;MQ=64.04;MQ0=36;MQRankSum=0.445;QD=0.47;ReadPosRankSum=-0.507;SB=-25.58;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4371;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH1:ENSG00000109061.7:-:deletionFS:2/2:MYH1-001:ENST00000226207.3:5820_23:MYH1-201:ENST00000379814.4:1881_23
chr17	10608787	.	C	CA	12.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;BaseQRankSum=-2.448;DP=1318;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SB=-5.25;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.0021;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf48:ENSG00000170222.9:+:insertionFS:1/1:C17orf48-001:ENST00000379774.3:1029_544
chr17	10628413	.	GTA	G	54.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1593;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.9352;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM220:ENSG00000187824.3:-:deletionFS:2/2:TMEM220-201:ENST00000341871.2:483_202:TMEM220-202:ENST00000455996.1:453_172
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chr17	11604442	.	G	GA	5.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=-2.444;DP=1386;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5480;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH9:ENSG00000007174.10:+:insertionFS:2/4:DNAH9-001:ENST00000262442.3:13461_5029:DNAH9-202:ENST00000454412.1:13233_5029
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chr17	11738163	.	A	AG	6.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1345;DS;HR=3;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4801;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH9:ENSG00000007174.10:+:insertionFS:2/4:DNAH9-001:ENST00000262442.3:13461_9455:DNAH9-202:ENST00000454412.1:13233_9455
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chr17	11865482	.	CGAA	C	18.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=708;DP=1770;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SB=-39.85;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=5.4508;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH9:ENSG00000007174.10:+:deletionNFS:3/4:DNAH9-001:ENST00000262442.3:13461_13142_4381_TK->T:DNAH9-202:ENST00000454412.1:13233_12914_4305_TK->T:DNAH9-002:ENST00000396001.2:2397_2078_693_TK->T
chr17	11881815	.	AGTT	A	671.49	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0078;AN=512;DP=1306;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.8619;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF18:ENSG00000154957.6:-:deletionNFS:2/2:ZNF18-201:ENST00000322748.3:1650_1109_370_LG->G:ZNF18-202:ENST00000454073.2:1650_1109_370_LG->G
chr17	11886673	.	TC	T	97.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1357;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.6380;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF18:ENSG00000154957.6:-:deletionFS:2/2:ZNF18-201:ENST00000322748.3:1650_803:ZNF18-202:ENST00000454073.2:1650_803
chr17	12647691	.	CCAG	C	83.93	PASS	AA=.;AC=16;AF=0.01509;AN=1060;BaseQRankSum=3.708;DP=2404;FS=2.106;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.5988;InbreedingCoeff=0.1528;MQ=69.16;MQ0=0;MQRankSum=0.591;QD=1.31;ReadPosRankSum=0.240;SB=-103.60;SZ=.;TR=20;TU=AGC;VQSLOD=7.5576;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:MYOCD:ENSG00000141052.11:+:deletionNFS:4/4:MYOCD-004:ENST00000343344.4:2817_909_303_SQ->S:MYOCD-001:ENST00000425538.1:2961_909_303_SQ->S:MYOCD-002:ENST00000395988.1:2055_621_207_SQ->S:MYOCD-201:ENST00000395982.2:1989_66_22_SQ->S
chr17	12898341	.	ATC	A	9.95	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=702;DP=1614;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.5735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ELAC2:ENSG00000006744.10:-:deletionFS:3/3:ELAC2-001:ENST00000338034.3:2481_1847:ELAC2-002:ENST00000395962.1:2424_1790:ELAC2-201:ENST00000426905.2:2361_1727
chr17	12909290	.	AG	A	11.16	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=348;DP=979;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.6698;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ELAC2:ENSG00000006744.10:-:deletionFS:3/3:ELAC2-001:ENST00000338034.3:2481_745:ELAC2-002:ENST00000395962.1:2424_688:ELAC2-201:ENST00000426905.2:2361_625
chr17	14110457	.	CGCT	C	18.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=681;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=15;TU=CTG;VQSLOD=6.2625;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:COX10:ENSG00000006695.5:+:deletionNFS:3/3:COX10-001:ENST00000261643.3:1332_1259_420_PL->P:COX10-201:ENST00000536205.1:756_683_228_PL->P:COX10-202:ENST00000537334.1:681_608_203_PL->P
chr17	15215597	.	CTTA	C	365.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=1112;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1488;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEKT3:ENSG00000125409.7:-:deletionNFS:2/2:TEKT3-201:ENST00000338696.2:1473_1080_360_KI->I:TEKT3-001:ENST00000395930.1:1473_1080_360_KI->I
chr17	15234718	.	GA	G	184.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=1287;DS;HR=4;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=7.3511;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEKT3:ENSG00000125409.7:-:deletionFS:2/2:TEKT3-201:ENST00000338696.2:1473_185:TEKT3-001:ENST00000395930.1:1473_185
chr17	15343524	rs79770715	C	CCTT	97726.61	PASS	AA=.;AC=1769;AF=0.97305;AN=1818;BaseQRankSum=-6.451;DB;DP=3217;FS=5.592;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.7226;InbreedingCoeff=0.1244;MQ=70.23;MQ0=0;MQRankSum=-2.617;QD=51.52;ReadPosRankSum=-0.177;SB=-39766.30;SZ=.;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=9.0300;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM18B2:ENSG00000239704.4:-:spliceOverlap:2/2:FAM18B2-201:ENST00000312177.5:456:FAM18B2-001:ENST00000520956.1:459
chr17	15406368	.	TA	T	483.86	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0293;AN=444;DP=853;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.0392;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC005517.1:ENSG00000175106.9:-:deletionFS:1/6:AC005517.1-001:ENST00000225576.3:831_641
chr17	15406542	rs113252895	C	CCT	4893.93	PASS	AA=1;AC=46;AF=0.0567;AN=812;BaseQRankSum=0.733;DB;DP=1872;FS=1.778;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.0914;InbreedingCoeff=0.0849;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.872;QD=25.89;ReadPosRankSum=1.547;SB=-2202.18;SZ=-2;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.4364;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC005517.1:ENSG00000175106.9:-:insertionFS:2/6:AC005517.1-001:ENST00000225576.3:831_467:AC005517.1-005:ENST00000519970.1:558_338
chr17	15510892	.	CAGAG	C	40.90	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0045;AN=668;DP=1261;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-4;TR=7;TU=AG;VQSLOD=6.1318;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-385D13.1:ENSG00000251537.2:-:deletionFS:2/2:RP11-385D13.1-002:ENST00000261644.7:2349_1318:RP11-385D13.1-201:ENST00000395906.2:2259_1228
chr17	15517060	.	GAAA	G,GAA	392.53	PASS	AA=.;AC=27,159;AF=0.01474,0.08679;AN=1832;BaseQRankSum=7.618;DP=3316;DS;FS=5.414;HR=12;HU=A;HaplotypeScore=13.6125;InbreedingCoeff=0.1158;MQ=47.29;MQ0=234;MQRankSum=-0.312;QD=0.96;ReadPosRankSum=-0.898;SB=-459.91;SZ=.;TR=12;TU=A;VQSLOD=7.3170;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RP11-385D13.1:ENSG00000251537.2:-:deletionNFS:1/2:RP11-385D13.1-002:ENST00000261644.7:2349_958_320_PG->G,2:RP11-385D13.1:ENSG00000251537.2:-:deletionFS:1/2:RP11-385D13.1-002:ENST00000261644.7:2349_958
chr17	15878109	rs34931018	CCAA	C	4827.53	PASS	AA=.;AC=103;AF=0.05019;AN=2052;BaseQRankSum=14.219;DB;DP=5777;DS;FS=8.201;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.3299;InbreedingCoeff=0.0981;MQ=65.79;MQ0=1;MQRankSum=1.343;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.850;SB=-1911.39;SZ=.;TR=7;TU=AAC;VQSLOD=7.7110;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ADORA2B:ENSG00000170425.2:+:deletionNFS:1/1:ADORA2B-001:ENST00000304222.2:999_452_151_TN->T
chr17	15884427	.	CAT	C	147.46	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=1000;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.3131;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZSWIM7:ENSG00000214941.2:-:deletionFS:2/2:ZSWIM7-001:ENST00000399277.1:423_233:ZSWIM7-003:ENST00000472495.1:423_233
chr17	15961803	.	TAAC	T	933.70	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0311;AN=418;DP=1107;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.6932;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NCOR1:ENSG00000141027.13:-:deletionNFS:4/6:NCOR1-001:ENST00000268712.2:7323_5992_1998_KA->A:NCOR1-004:ENST00000395849.1:7032_5704_1902_KA->A:NCOR1-003:ENST00000395851.1:7014_5683_1895_KA->A:NCOR1-201:ENST00000395857.3:3075_1744_582_KA->A
chr17	16247920	.	C	CA	17.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=640;DP=1379;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.7082;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CENPV:ENSG00000166582.4:-:insertionFS:1/1:CENPV-001:ENST00000299736.4:819_685
chr17	16256685	.	C	CGCGGAG	131.61	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0512;AN=254;BaseQRankSum=6.629;DP=266;FS=2.003;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.6533;InbreedingCoeff=0.1662;MQ=50.47;MQ0=0;MQRankSum=-2.469;QD=2.86;ReadPosRankSum=2.739;SB=-70.32;SZ=6;TR=4;TU=CG;VQSLOD=6.3495;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CENPV:ENSG00000166582.4:-:insertionNFS:1/1:CENPV-001:ENST00000299736.4:819_66_22_A->ASA
chr17	16256686	.	G	GCCC,GCGGAGGCCC,GCGTAGGCCC	1116.24	PASS	AA=0;AC=9,81,2;AF=0.0199,0.1792,0.0044;AN=452;BaseQRankSum=5.024;DP=462;FS=0.000;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=23.8596;InbreedingCoeff=0.4156;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.795;QD=10.06;ReadPosRankSum=-0.854;SB=-625.61;SZ=3;TR=4;TU=CG;VQSLOD=7.3964;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CENPV:ENSG00000166582.4:-:insertionNFS:1/1:CENPV-001:ENST00000299736.4:819_65_22_A->GA,2:CENPV:ENSG00000166582.4:-:insertionNFS:1/1:CENPV-001:ENST00000299736.4:819_65_22_A->GASA,3:CENPV:ENSG00000166582.4:-:insertionNFS:1/1:CENPV-001:ENST00000299736.4:819_65_22_A->GAYA
chr17	16335489	.	GTGC	G	141.68	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.0160;AN=998;BaseQRankSum=4.450;DP=2490;DS;FS=1.932;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.4478;InbreedingCoeff=0.0960;MQ=66.23;MQ0=0;MQRankSum=0.448;QD=1.03;ReadPosRankSum=1.548;SB=-151.62;SZ=-3;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=7.6844;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRPV2:ENSG00000187688.8:+:deletionNFS:1/1:TRPV2-001:ENST00000338560.6:2295_1864_622_VL->V
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chr17	17039561	rs3833098	CCAGCAG	C,CCAG,CCAGCAGCAG	14163.87	PASS	AA=.;AC=43,695,127;AF=0.03713,0.60017,0.10967;AN=1158;BaseQRankSum=8.858;DB;DP=2701;DS;FS=0.848;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=21.2300;InbreedingCoeff=0.6365;MQ=64.06;MQ0=15;MQRankSum=0.040;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.356;SB=-6331.55;SZ=.;TR=35;TU=AGC;VQSLOD=9.7304;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MPRIP:ENSG00000133030.12:+:deletionNFS:4/7:MPRIP-001:ENST00000395811.3:3117_533_178_TSS->T:MPRIP-203:ENST00000444976.1:3003_533_178_TSS->T:MPRIP-002:ENST00000341712.4:3078_533_178_TSS->T:MPRIP-201:ENST00000395804.3:3078_533_178_TSS->T,2:MPRIP:ENSG00000133030.12:+:deletionNFS:4/7:MPRIP-001:ENST00000395811.3:3117_533_178_TS->T:MPRIP-203:ENST00000444976.1:3003_533_178_TS->T:MPRIP-002:ENST00000341712.4:3078_533_178_TS->T:MPRIP-201:ENST00000395804.3:3078_533_178_TS->T,3:MPRIP:ENSG00000133030.12:+:insertionNFS:4/7:MPRIP-001:ENST00000395811.3:3117_533_178_T->TSSS:MPRIP-203:ENST00000444976.1:3003_533_178_T->TSSS:MPRIP-002:ENST00000341712.4:3078_533_178_T->TSSS:MPRIP-201:ENST00000395804.3:3078_533_178_T->TSSS
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chr17	17697098	rs3840862	AGC	A	1901.24	PASS	AA=.;AC=250;AF=0.15489;AN=1614;BaseQRankSum=12.952;DB;DP=2434;DS;FS=0.330;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.6128;InbreedingCoeff=0.1198;MQ=52.76;MQ0=34;MQRankSum=-2.422;QD=5.48;ReadPosRankSum=1.329;SB=-906.47;SZ=.;TR=41;TU=AGC;VQSLOD=7.2914;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RAI1:ENSG00000108557.12:+:deletionFS:4/4:RAI1-203:ENST00000355970.2:2901_836:RAI1-201:ENST00000261641.6:4923_836:RAI1-001:ENST00000353383.1:5721_836:RAI1-202:ENST00000315321.6:5589_767
chr17	17697101	rs3840862	AG	A	891.56	PASS	AA=.;AC=174;AF=0.10875;AN=1600;BaseQRankSum=15.603;DB;DP=2367;DS;FS=1.160;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.1590;InbreedingCoeff=0.0833;MQ=52.56;MQ0=38;MQRankSum=-2.535;QD=3.47;ReadPosRankSum=5.320;SB=-489.39;SZ=.;TR=41;TU=AGC;VQSLOD=6.1380;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RAI1:ENSG00000108557.12:+:deletionFS:4/4:RAI1-203:ENST00000355970.2:2901_839:RAI1-201:ENST00000261641.6:4923_839:RAI1-001:ENST00000353383.1:5721_839:RAI1-202:ENST00000315321.6:5589_770
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chr17	17772622	rs72388285	GAAAAAAA	G,GAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAAA,GAAAAAAAAA	12878.85	PASS	AA=.;AC=22,32,170,454,252;AF=0.01211,0.01762,0.09361,0.25000,0.13877;AN=1816;BaseQRankSum=-4.550;DB;DP=3496;DS;FS=20.251;HR=15;HU=A;HaplotypeScore=24.4893;InbreedingCoeff=0.5266;MQ=62.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.986;QD=7.52;ReadPosRankSum=-2.476;SB=-4752.53;SZ=.;TR=15;TU=A;VQSLOD=8.5992;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:spliceOverlap:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834,2:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:spliceOverlap:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834,3:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:spliceOverlap:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834,4:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:spliceOverlap:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834,5:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:spliceOverlap:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834
chr17	17772637	.	AG	A	24624.55	PASS	AA=.;AC=1829;AF=0.97287;AN=1880;BaseQRankSum=5.743;DP=3923;DS;FS=1.607;HR=15;HRun=14;HU=A;HaplotypeScore=22.1344;InbreedingCoeff=0.0659;MQ=64.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.292;QD=10.95;ReadPosRankSum=6.670;SB=-10124.56;SZ=.;TR=15;TU=A;VQSLOD=5.4535;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TOM1L2:ENSG00000175662.12:-:deletionFS:1/7:TOM1L2-202:ENST00000537091.1:834_778
chr17	17881072	.	A	AGTAT	51.49	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=1043;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=4;TR=8;TU=ATGT;VQSLOD=6.1912;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC48:ENSG00000171962.9:+:spliceOverlap:7/7:LRRC48-201:ENST00000313838.8:1572:LRRC48-002:ENST00000399185.1:1572:LRRC48-001:ENST00000399187.1:1572:LRRC48-204:ENST00000448396.1:1572:LRRC48-004:ENST00000399182.1:1374:LRRC48-202:ENST00000399184.2:1374:LRRC48-203:ENST00000411504.2:1374
chr17	18111802	.	GTTTTTGT	G,GTTTTGT	20258.08	PASS	AA=.;AC=453,5;AF=0.21905,0.00242;AN=2068;BaseQRankSum=12.189;DP=4879;DS;FS=6.001;HR=6;HU=G;HaplotypeScore=31.2747;InbreedingCoeff=0.2164;MQ=66.26;MQ0=9;MQRankSum=-10.754;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.946;SB=-9572.87;SZ=.;TR=26;TU=GTTTTTT;VQSLOD=8.7585;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ALKBH5:ENSG00000091542.7:+:deletionFS:1/3:ALKBH5-201:ENST00000261650.5:1377_1228,2:ALKBH5:ENSG00000091542.7:+:deletionFS:1/3:ALKBH5-201:ENST00000261650.5:1377_1228
chr17	18111821	rs67189867	TG	T	1681.31	PASS	AA=.;AC=235;AF=0.11554;AN=2034;BaseQRankSum=25.902;DB;DP=4672;DS;FS=0.655;HR=6;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=19.0803;InbreedingCoeff=0.0590;MQ=66.06;MQ0=9;MQRankSum=-14.131;QD=2.73;ReadPosRankSum=9.712;SB=-1355.02;SZ=.;TR=26;TU=GTTTTTT;VQSLOD=5.6405;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALKBH5:ENSG00000091542.7:+:deletionFS:1/3:ALKBH5-201:ENST00000261650.5:1377_1247
chr17	18111822	rs67189867	G	GT	2264.60	PASS	AA=.;AC=57;AF=0.0720;AN=792;BaseQRankSum=-6.021;DB;DP=1962;DS;FS=0.366;HR=8;HRun=8;HU=T;HaplotypeScore=24.8632;InbreedingCoeff=0.1185;MQ=60.65;MQ0=6;MQRankSum=0.417;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.584;SB=-1349.95;SZ=.;TR=26;TU=GTTTTTT;VQSLOD=6.7445;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ALKBH5:ENSG00000091542.7:+:insertionFS:1/3:ALKBH5-201:ENST00000261650.5:1377_1248
chr17	18150087	.	TCTC	T	901.01	PASS	AA=.;AC=11;AF=0.00786;AN=1400;BaseQRankSum=7.033;DP=3111;DS;FS=11.649;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.9784;InbreedingCoeff=0.0900;MQ=73.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.419;QD=18.02;ReadPosRankSum=-0.210;SB=-232.49;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=7.7582;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FLII:ENSG00000177731.7:-:deletionNFS:3/4:FLII-001:ENST00000327031.3:3810_2872_958_KA->A:FLII-203:ENST00000545457.1:3447_2509_837_KA->A:FLII-201:ENST00000379450.4:3552_2614_872_KA->A
chr17	18251659	.	A	AC	15.80	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=508;DP=1094;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.2311;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SHMT1:ENSG00000176974.11:-:insertionFS:5/8:SHMT1-001:ENST00000316694.3:1452_338:SHMT1-202:ENST00000352886.6:1212_338:SHMT1-003:ENST00000354098.3:1335_338:SHMT1-002:ENST00000395685.3:1341_338:SHMT1-201:ENST00000329968.1:378_281
chr17	18315148	.	TCC	T	79.62	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0025;AN=804;BaseQRankSum=1.841;DP=2439;DS;FS=1.845;HR=5;HRun=5;HU=C;HaplotypeScore=22.4219;InbreedingCoeff=0.1084;MQ=35.02;MQ0=28;MQRankSum=0.303;QD=4.01;ReadPosRankSum=-0.506;SB=-37.33;SZ=.;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.7137;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL353997.1:ENSG00000220161.2:+:deletionFS:1/1:AL353997.1-201:ENST00000407600.2:666_298
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chr17	18647847	.	AAG	A	406.41	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0119;AN=838;BaseQRankSum=5.007;DP=2517;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.2216;InbreedingCoeff=0.0921;MQ=41.41;MQ0=142;MQRankSum=0.408;QD=6.86;ReadPosRankSum=-1.056;SB=-263.56;SZ=-2;TR=8;TU=AAAG;VQSLOD=8.2193;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXW10:ENSG00000171931.6:+:deletionFS:4/4:FBXW10-001:ENST00000301938.4:3000_290:FBXW10-002:ENST00000308799.4:3186_290:FBXW10-201:ENST00000395665.3:3159_290:FBXW10-003:ENST00000395667.1:3156_290
chr17	18681857	.	AG	A	814.92	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0441;AN=408;DP=1078;DS;HR=3;HRun=1;HU=A;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.9805;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FBXW10:ENSG00000171931.6:+:deletionFS:4/4:FBXW10-001:ENST00000301938.4:3000_2246:FBXW10-002:ENST00000308799.4:3186_2432:FBXW10-201:ENST00000395665.3:3159_2405:FBXW10-003:ENST00000395667.1:3156_2402
chr17	18770640	.	TA	T	6.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=720;DP=1657;DS;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.6251;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRPSAP2:ENSG00000141127.7:+:deletionFS:3/5:PRPSAP2-201:ENST00000268835.1:1110_165:PRPSAP2-001:ENST00000395656.1:1110_165:PRPSAP2-204:ENST00000542013.1:963_165
chr17	18874685	rs59007840	C	CGGG,CGGT	58210.97	PASS	AA=0;AC=11,976;AF=0.00661,0.58654;AN=1664;BaseQRankSum=-2.429;DB;DP=3282;DS;FS=4.792;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=15.7603;InbreedingCoeff=0.2285;MQ=61.38;MQ0=0;MQRankSum=-16.465;QD=41.58;ReadPosRankSum=5.006;SB=-25605.06;SZ=3;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.7510;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:FAM83G:ENSG00000188522.7:-:insertionNFS:2/3:FAM83G-201:ENST00000345041.4:2472_2459_820_R->PR:FAM83G-002:ENST00000388995.4:2472_2459_820_R->PR,2:FAM83G:ENSG00000188522.7:-:insertionNFS:2/3:FAM83G-201:ENST00000345041.4:2472_2459_820_R->HR:FAM83G-002:ENST00000388995.4:2472_2459_820_R->HR
chr17	18874688	rs76989481	T	TGGG	36420.61	PASS	AA=0;AC=953;AF=0.56059;AN=1700;BaseQRankSum=24.536;DB;DP=3416;DS;FS=7.520;HR=3;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=22.7695;InbreedingCoeff=0.0640;MQ=60.40;MQ0=0;MQRankSum=-15.850;QD=24.56;ReadPosRankSum=8.199;SB=-16969.04;SZ=3;TR=3;TU=C;VQSLOD=4.9667;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM83G:ENSG00000188522.7:-:insertionNFS:2/3:FAM83G-201:ENST00000345041.4:2472_2456_819_D->AH:FAM83G-002:ENST00000388995.4:2472_2456_819_D->AH
chr17	18996860	.	ACTT	A	346.01	PASS	AA=1;AC=24;AF=0.01546;AN=1552;BaseQRankSum=7.945;DP=5322;DS;FS=14.788;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=28.7435;InbreedingCoeff=0.0450;MQ=39.35;MQ0=62;MQRankSum=-4.384;QD=2.93;ReadPosRankSum=0.800;SB=-174.98;SZ=3;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=6.2171;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC007952.5:ENSG00000228157.1:+:deletionNFS:4/4:AC007952.5-201:ENST00000443876.1:393_198_66_PL->P:AC007952.5-202:ENST00000428928.1:504_198_66_PL->P:AC007952.5-001:ENST00000399093.1:345_150_50_PL->P:AC007952.5-002:ENST00000399091.1:456_150_50_PL->P
chr17	19061847	.	C	CAAG	328.50	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.1202;AN=208;BaseQRankSum=-2.495;DP=286;DS;FS=1.661;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=7.9313;InbreedingCoeff=0.1011;MQ=10.39;MQ0=2662;MQRankSum=-4.296;QD=4.88;ReadPosRankSum=-1.164;SB=7.85;SZ=3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2540;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC007952.6:ENSG00000197665.3:-:insertionNFS:3/3:AC007952.6-201:ENST00000436381.1:390_202_68_D->LD:AC007952.6-001:ENST00000399087.1:342_154_52_D->LD:AC007952.6-002:ENST00000399086.1:453_154_52_D->LD
chr17	19564539	.	A	AG	17.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1208;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=4.8939;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH3A2:ENSG00000072210.11:+:insertionFS:3/3:ALDH3A2-001:ENST00000176643.6:1458_898:ALDH3A2-004:ENST00000395575.1:1458_898:ALDH3A2-002:ENST00000339618.4:1527_898
chr17	19645328	.	G	GT	19.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1180;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH3A1:ENSG00000108602.11:-:insertionFS:6/6:ALDH3A1-202:ENST00000379258.2:1536_852:ALDH3A1-201:ENST00000225740.6:1362_678:ALDH3A1-007:ENST00000395555.3:1170_678:ALDH3A1-001:ENST00000444455.1:1362_678:ALDH3A1-203:ENST00000457500.1:1362_678:ALDH3A1-204:ENST00000457844.1:1203_459
chr17	19651700	.	G	GA	44.52	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0101;AN=496;DP=1249;DS;HR=9;HRun=9;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=5.6927;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ALDH3A1:ENSG00000108602.11:-:insertionFS:1/6:ALDH3A1-202:ENST00000379258.2:1536_45
chr17	19683848	.	CCT	C	186.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=1111;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.2296;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ULK2:ENSG00000083290.12:-:deletionFS:2/2:ULK2-002:ENST00000361658.2:3111_2853:ULK2-001:ENST00000395544.3:3111_2853
chr17	19813262	.	A	AC	23.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1301;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SB=-42.87;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.2832;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AKAP10:ENSG00000108599.7:-:insertionFS:2/2:AKAP10-001:ENST00000225737.5:1989_1864:AKAP10-201:ENST00000395536.2:1812_1690
chr17	20108049	.	TGAG	T	4989.13	PASS	AA=0;AC=54;AF=0.1038;AN=520;DP=1402;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=7.7454;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPECC1:ENSG00000128487.10:+:deletionNFS:5/6:SPECC1-201:ENST00000261503.5:3207_687_229_LE->L:SPECC1-001:ENST00000395530.1:3090_687_229_LE->L:SPECC1-002:ENST00000395529.2:2373_687_229_LE->L:SPECC1-004:ENST00000395527.3:2964_444_148_LE->L:SPECC1-202:ENST00000395525.2:2130_444_148_LE->L
chr17	20149285	.	CGGT	C	77.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=338;DP=796;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1584;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPECC1:ENSG00000128487.10:+:deletionNFS:4/6:SPECC1-201:ENST00000261503.5:3207_2398_800_RW->R:SPECC1-001:ENST00000395530.1:3090_2398_800_RW->R:SPECC1-004:ENST00000395527.3:2964_2155_719_RW->R:SPECC1-203:ENST00000536879.1:1227_418_140_RW->R
chr17	20265519	.	GA	G	108.52	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0275;AN=510;BaseQRankSum=4.023;DP=565;DS;FS=3.043;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=5.2227;InbreedingCoeff=0.1690;MQ=15.05;MQ0=2034;MQRankSum=3.432;QD=7.23;ReadPosRankSum=-2.838;SB=-67.68;SZ=-1;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=4.7864;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC144C:ENSG00000154898.10:+:deletionFS:1/2:CCDC144C-201:ENST00000425519.1:3714_1588
chr17	20269062	.	T	TA	752.34	PASS	AA=.;AC=12;AF=0.0221;AN=544;BaseQRankSum=-6.439;DP=1317;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=11.5158;InbreedingCoeff=0.0283;MQ=38.16;MQ0=299;MQRankSum=1.058;QD=11.57;ReadPosRankSum=-0.016;SB=-390.27;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1119;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC144C:ENSG00000154898.10:+:insertionFS:1/2:CCDC144C-201:ENST00000425519.1:3714_2521
chr17	20297436	.	AG	A	71.33	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0192;AN=730;BaseQRankSum=3.234;DP=797;DS;FS=3.498;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=5.5337;InbreedingCoeff=0.1344;MQ=24.99;MQ0=1847;MQRankSum=0.629;QD=3.63;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-33.15;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.2710;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CCDC144C:ENSG00000154898.10:+:deletionFS:1/2:CCDC144C-201:ENST00000425519.1:3714_3420
chr17	20370782	rs10687699	A	ATC	944.71	PASS	AA=1;AC=96;AF=0.1959;AN=490;BaseQRankSum=-0.207;DB;DP=380;FS=35.540;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=13.2534;InbreedingCoeff=0.2564;MQ=15.37;MQ0=563;MQRankSum=-1.929;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.139;SB=-59.59;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.9078;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LGALS9B:ENSG00000170298.10:-:endOverlap:2/2:LGALS9B-201:ENST00000324290.4:1071:LGALS9B-001:ENST00000423676.2:1068
chr17	20799319	.	A	AC	5.40	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0057;AN=352;BaseQRankSum=2.295;DP=584;FS=7.198;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=11.0218;InbreedingCoeff=0.1106;MQ=38.00;MQ0=125;MQRankSum=-0.406;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.378;SB=-7.41;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.2875;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC144NL:ENSG00000205212.3:-:insertionFS:1/1:CCDC144NL-001:ENST00000327925.5:666_15
chr17	21094330	.	GGAA	G	13.76	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0029;AN=692;DP=1557;DS;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=12;TU=AAG;VQSLOD=6.7037;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHRS7B:ENSG00000109016.12:+:deletionNFS:2/2:DHRS7B-202:ENST00000395511.2:978_842_281_GK->G:DHRS7B-201:ENST00000346603.3:978_842_281_GK->G
chr17	21438574	.	AAAG	A	170.62	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=722;BaseQRankSum=3.475;DP=2094;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.4039;InbreedingCoeff=0.0500;MQ=57.23;MQ0=0;MQRankSum=0.581;QD=11.13;ReadPosRankSum=2.361;SB=-115.49;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=7.1377;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf51:ENSG00000212719.4:-:deletionNFS:1/1:C17orf51-001:ENST00000391411.4:666_653_218_LK->K
chr17	21454387	.	CACGAAGTACAGG	C	1714.22	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0266;AN=790;BaseQRankSum=8.400;DP=1563;FS=3.864;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=36.1304;InbreedingCoeff=0.0246;MQ=60.04;MQRankSum=-3.424;QD=22.86;ReadPosRankSum=-0.677;SB=-637.40;SZ=-12;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.5319;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf51:ENSG00000212719.4:-:deletionNFS:1/1:C17orf51-001:ENST00000391411.4:666_299_100_WLQAP->P
chr17	21454583	.	A	AG	546.04	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.0592;AN=338;DP=510;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=7.2421;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf51:ENSG00000212719.4:-:insertionFS:1/1:C17orf51-001:ENST00000391411.4:666_103
chr17	26125739	.	AGG	A	7.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=448;DP=1317;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.1412;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NOS2:ENSG00000007171.11:-:deletionFS:3/3:NOS2-001:ENST00000313735.6:3462_97:NOS2-202:ENST00000379105.3:3345_97:NOS2-201:ENST00000302153.3:2190_97
chr17	26691490	.	ACACTGAGGTG	A	491.12	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0049;AN=616;DP=1606;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AC;VQSLOD=6.5705;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VTN:ENSG00000109072.5:-:deletionFS:4/4:VTN-202:ENST00000438614.1:648_448:VTN-203:ENST00000536498.1:648_448:VTN-201:ENST00000247029.1:663_463:VTN-001:ENST00000431468.1:651_451
chr17	26692224	rs11396339	A	AG	86270.54	PASS	AA=.;AC=1766;AF=1.00000;AN=1766;BaseQRankSum=-1.166;DB;DP=4071;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.3508;InbreedingCoeff=0.0665;MQ=63.80;MQ0=0;MQRankSum=1.245;QD=38.38;ReadPosRankSum=0.045;SB=-39134.11;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=9.7598;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VTN:ENSG00000109072.5:-:insertionFS:1/4:VTN-001:ENST00000431468.1:651_28,1:VTN:ENSG00000109072.5:-:spliceOverlap:1/4:VTN-201:ENST00000247029.1:663
chr17	26696772	.	G	GC	7.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;DP=708;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.8351;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC002094.1:ENSG00000255604.1:-:insertionFS:1/1:AC002094.1-001:ENST00000226218.3:1437_285
chr17	26699195	rs11437592	C	CG	22462.85	PASS	AA=1;AC=713;AF=0.9986;AN=714;DB;DP=845;FS=4.750;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.1291;InbreedingCoeff=0.0889;MQ=44.05;MQ0=0;QD=40.47;SB=-10126.95;SZ=-1;TR=12;TU=CCCGGG;VQSLOD=8.1673;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:2/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_142:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_42
chr17	26699199	rs11437593	G	GC	18575.97	PASS	AA=1;AC=735;AF=0.9986;AN=736;BaseQRankSum=-2.155;DB;DP=914;FS=3.010;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=23.5498;InbreedingCoeff=0.0792;MQ=42.25;MQ0=0;MQRankSum=1.516;QD=30.81;ReadPosRankSum=1.290;SB=-8845.32;SZ=-1;TR=12;TU=CCCGGG;VQSLOD=7.4765;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:2/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_146:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_46
chr17	26699205	rs71135831	GA	G	2937.34	PASS	AA=.;AC=623;AF=0.7768;AN=802;BaseQRankSum=2.743;DB;DP=952;FS=54.217;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.1430;InbreedingCoeff=0.2570;MQ=44.65;MQ0=0;MQRankSum=-2.003;QD=5.19;ReadPosRankSum=4.010;SB=-979.93;SZ=.;TR=4;TU=CG;VQSLOD=5.7002;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:deletionFS:2/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_152:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_52
chr17	26699365	.	C	CT	964.16	PASS	AA=1;AC=245;AF=0.21567;AN=1136;BaseQRankSum=-1.655;DP=1624;DS;FS=5.937;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=17.2148;InbreedingCoeff=0.1894;MQ=56.29;MQ0=0;MQRankSum=-0.672;QD=3.22;ReadPosRankSum=1.568;SB=-273.75;SZ=-1;TR=8;TU=CTG;VQSLOD=6.2790;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:2/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_310:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_212
chr17	26699367	rs11437594	G	GC	39007.24	PASS	AA=1;AC=1141;AF=0.99912;AN=1142;BaseQRankSum=0.313;DB;DP=1575;DS;FS=4.317;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.6346;InbreedingCoeff=0.0402;MQ=58.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.728;QD=38.89;ReadPosRankSum=1.694;SB=-14218.82;SZ=-1;TR=8;TU=CTG;VQSLOD=9.8529;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:1/3:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_214,1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:spliceOverlap:1/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169
chr17	26708318	.	G	GC	21.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0036;AN=276;DP=399;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.0189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:2/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_561:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_465
chr17	26708547	.	CT	C	7236.89	PASS	AA=0;AC=1041;AF=0.84087;AN=1238;BaseQRankSum=2.836;DP=2039;DS;FS=32.452;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=21.4799;InbreedingCoeff=0.1856;MQ=56.55;MQ0=0;MQRankSum=5.405;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.027;SB=-2954.13;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.6127;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:deletionFS:3/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_790:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_694:SARM1-201:ENST00000379061.4:1353_226
chr17	26722929	.	T	TG	20.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1470;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.3059;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SARM1:ENSG00000004139.8:+:insertionFS:3/3:SARM1-202:ENST00000457710.2:2169_1923:SARM1-001:ENST00000003834.4:2073_1827:SARM1-201:ENST00000379061.4:1353_1349
chr17	26925613	.	A	AG	6.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1309;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.2740;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG5:ENSG00000076382.8:-:insertionFS:1/2:SPAG5-001:ENST00000321765.4:3582_92
chr17	26940496	.	ACT	A	203.67	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0074;AN=408;DP=1112;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.5022;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC005726.6:ENSG00000167524.7:-:deletionFS:4/4:AC005726.6-201:ENST00000301037.4:1233_286:AC005726.6-002:ENST00000481916.1:516_286:AC005726.6-202:ENST00000534850.1:516_286:AC005726.6-203:ENST00000378976.3:447_286
chr17	26946999	.	T	TG	7.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1403;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2797;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0100:ENSG00000007202.7:-:insertionFS:4/4:KIAA0100-201:ENST00000005905.4:6708_5399:KIAA0100-202:ENST00000389003.2:6618_5309:KIAA0100-001:ENST00000528896.1:6708_5399:KIAA0100-203:ENST00000544884.1:6279_4970
chr17	26947577	.	T	TC	24.78	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;BaseQRankSum=0.043;DP=1398;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4277;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0100:ENSG00000007202.7:-:insertionFS:4/4:KIAA0100-201:ENST00000005905.4:6708_5314:KIAA0100-202:ENST00000389003.2:6618_5224:KIAA0100-001:ENST00000528896.1:6708_5314:KIAA0100-203:ENST00000544884.1:6279_4885
chr17	26988832	.	C	CA	93.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;DP=1492;DS;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.8408;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SDF2:ENSG00000132581.2:-:insertionFS:1/1:SDF2-001:ENST00000247020.2:636_63
chr17	27001302	.	TGAG	T	13	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.00681;AN=1028;BaseQRankSum=3.597;DP=3449;DS;FS=3.616;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.6162;InbreedingCoeff=0.0625;MQ=62.66;MQ0=1;MQRankSum=-0.429;QD=0.23;ReadPosRankSum=-0.684;SB=-125.36;SZ=-3;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=7.1906;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUPT6H:ENSG00000109111.9:+:deletionNFS:2/2:SUPT6H-201:ENST00000314616.5:5181_111_37_DE->D:SUPT6H-202:ENST00000347486.3:2181_111_37_DE->D
chr17	27030629	.	T	TG	121.02	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0075;AN=530;DP=1317;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.0352;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PROCA1:ENSG00000167525.8:-:insertionFS:3/3:PROCA1-001:ENST00000301039.2:1011_958:PROCA1-201:ENST00000415329.1:1095_1042:PROCA1-202:ENST00000439862.3:1017_964
chr17	27225548	.	GT	G	250.32	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0045;AN=448;DP=1237;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.1841;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHRS13:ENSG00000167536.8:-:deletionFS:3/3:DHRS13-001:ENST00000378895.4:1134_1045:DHRS13-201:ENST00000426464.2:891_802:DHRS13-002:ENST00000394901.3:984_895
chr17	27225574	.	T	TG	16.04	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=510;DP=1327;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=G;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=6.6583;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:DHRS13:ENSG00000167536.8:-:insertionFS:3/3:DHRS13-001:ENST00000378895.4:1134_1019:DHRS13-201:ENST00000426464.2:891_776:DHRS13-002:ENST00000394901.3:984_869
chr17	27401817	.	CTG	C	553.75	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0098;AN=408;DP=1277;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=7.1146;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO18A:ENSG00000196535.6:-:deletionFS:9/10:MYO18A-201:ENST00000354329.4:6165_6136:MYO18A-203:ENST00000359450.5:6009_5980:MYO18A-001:ENST00000527372.1:6165_6136:MYO18A-002:ENST00000531253.1:6120_6091:MYO18A-003:ENST00000533112.1:6009_5980:MYO18A-204:ENST00000458428.2:4929_4900:MYO18A-205:ENST00000529799.1:2808_2779:MYO18A-004:ENST00000540575.1:2808_2779:MYO18A-206:ENST00000546105.1:963_934
chr17	27442772	.	TG	T	11.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=604;DP=1422;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.7542;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO18A:ENSG00000196535.6:-:deletionFS:7/10:MYO18A-201:ENST00000354329.4:6165_2137:MYO18A-203:ENST00000359450.5:6009_2137:MYO18A-001:ENST00000527372.1:6165_2137:MYO18A-002:ENST00000531253.1:6120_2137:MYO18A-003:ENST00000533112.1:6009_2137:MYO18A-204:ENST00000458428.2:4929_973:MYO18A-202:ENST00000354682.5:3546_1144
chr17	27620989	.	GGCT	G,GGCTGCT	56.02	PASS	AA=0;AC=13,18;AF=0.0159,0.0220;AN=818;BaseQRankSum=2.133;DP=1596;DS;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=13.8024;InbreedingCoeff=0.4545;MQ=73.19;MQ0=0;MQRankSum=-0.601;QD=0.45;ReadPosRankSum=1.010;SB=-59.09;SZ=-3;TR=19;TU=CTG;VQSLOD=7.9331;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NUFIP2:ENSG00000108256.2:-:deletionNFS:1/1:NUFIP2-201:ENST00000225388.2:2088_89_30_PH->H,2:NUFIP2:ENSG00000108256.2:-:insertionNFS:1/1:NUFIP2-201:ENST00000225388.2:2088_89_30_P->QQP
chr17	27893565	.	CA	C	470.82	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0117;AN=770;BaseQRankSum=2.317;DP=1377;DS;FS=1.806;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=10.7122;InbreedingCoeff=0.0201;MQ=64.88;MQ0=0;MQRankSum=3.285;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.350;SB=-300.02;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=7.1900;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABHD15:ENSG00000168792.2:-:deletionFS:1/1:ABHD15-201:ENST00000307201.2:1407_420
chr17	27940656	.	CCAGA	C	415.01	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0184;AN=326;DP=466;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-4;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3840;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ANKRD13B:ENSG00000198720.6:+:deletionFS:1/2:ANKRD13B-201:ENST00000361220.4:654_426
chr17	28088244	rs111727573	AG	A	3859.14	PASS	AA=0;AC=89;AF=0.1030;AN=864;BaseQRankSum=6.160;DB;DP=1458;DS;FS=3.148;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=8.0644;InbreedingCoeff=0.1724;MQ=57.86;MQ0=0;MQRankSum=2.562;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.708;SB=-1153.51;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.2053;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SSH2:ENSG00000141298.10:-:deletionFS:1/4:SSH2-201:ENST00000324677.6:609_52
chr17	28296096	.	TG	T	4.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=696;BaseQRankSum=2.342;DP=1554;DS;FS=2.156;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=10.5462;InbreedingCoeff=0.0408;MQ=74.48;MQ0=0;MQRankSum=0.205;QD=1.04;ReadPosRankSum=0.978;SB=-34.09;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.0754;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFCAB5:ENSG00000176927.8:+:deletionFS:6/8:EFCAB5-201:ENST00000320856.5:4140_478:EFCAB5-203:ENST00000394832.2:2928_478:EFCAB5-003:ENST00000394835.3:4512_478:EFCAB5-202:ENST00000378738.3:2781_478:EFCAB5-206:ENST00000536908.1:2571_310:EFCAB5-204:ENST00000423598.1:2571_310
chr17	28296104	.	TAC	T	70.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0030;AN=332;DP=998;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-41.85;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.6818;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFCAB5:ENSG00000176927.8:+:deletionFS:6/8:EFCAB5-201:ENST00000320856.5:4140_486:EFCAB5-203:ENST00000394832.2:2928_486:EFCAB5-003:ENST00000394835.3:4512_486:EFCAB5-202:ENST00000378738.3:2781_486:EFCAB5-206:ENST00000536908.1:2571_318:EFCAB5-204:ENST00000423598.1:2571_318
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chr17	28400696	.	C	CA	11.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1196;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.1115;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EFCAB5:ENSG00000176927.8:+:insertionFS:3/8:EFCAB5-206:ENST00000536908.1:2571_2559:EFCAB5-204:ENST00000423598.1:2571_2559:EFCAB5-207:ENST00000541045.1:1710_1698
chr17	28445103	.	G	GT	15.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1275;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.5577;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC55:ENSG00000126653.9:+:insertionFS:1/3:CCDC55-001:ENST00000247026.5:1677_26
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chr17	28651866	.	G	GC	9.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;DP=1407;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=T;VQSLOD=4.8213;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TMIGD1:ENSG00000182271.7:-:insertionFS:2/2:TMIGD1-201:ENST00000328886.4:789_608:TMIGD1-202:ENST00000538566.1:654_608
chr17	28808204	.	GAA	G	32.67	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=468;DP=1145;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.2195;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOSR1:ENSG00000108587.9:+:deletionFS:4/5:GOSR1-001:ENST00000225724.4:753_75:GOSR1-203:ENST00000451249.1:747_75:GOSR1-202:ENST00000427274.2:525_75:GOSR1-204:ENST00000537788.1:528_75
chr17	28811834	.	GTT	G,GT,GTTT,GTTTT	1455.08	PASS	AA=.;AC=19,163,225,55;AF=0.01034,0.08868,0.12242,0.02992;AN=1838;BaseQRankSum=0.038;DP=4624;DS;FS=0.677;HR=13;HU=T;HaplotypeScore=15.3412;InbreedingCoeff=0.3540;MQ=65.56;MQ0=0;MQRankSum=4.534;QD=0.98;ReadPosRankSum=-3.798;SB=-1956.09;SZ=.;TR=13;TU=T;VQSLOD=7.9628;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GOSR1:ENSG00000108587.9:+:deletionFS:1/5:GOSR1-204:ENST00000537788.1:528_394,2:GOSR1:ENSG00000108587.9:+:deletionFS:1/5:GOSR1-204:ENST00000537788.1:528_394,3:GOSR1:ENSG00000108587.9:+:spliceOverlap:1/5:GOSR1-204:ENST00000537788.1:528,4:GOSR1:ENSG00000108587.9:+:spliceOverlap:1/5:GOSR1-204:ENST00000537788.1:528
chr17	28900731	.	AAGG	A	108.32	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=504;DP=1095;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3519;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC006050.2:ENSG00000231421.1:-:deletionNFS:1/1:AC006050.2-001:ENST00000436477.1:399_349_117_SV->V
chr17	29161955	rs72427574	ACAATGT	A	17692.04	PASS	AA=0;AC=208;AF=0.10901;AN=1908;BaseQRankSum=24.016;DB;DP=5229;DS;FS=5.524;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=30.7151;InbreedingCoeff=0.0741;MQ=60.21;MQ0=0;MQRankSum=-18.835;QD=27.51;ReadPosRankSum=1.459;SB=-8467.91;SZ=-6;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.1426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATAD5:ENSG00000176208.3:+:deletionNFS:1/1:ATAD5-001:ENST00000321990.3:5535_856_286_TMS->T
chr17	29162533	.	AAAG	A	108.35	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0037;AN=546;DP=1317;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=11;TU=AAG;VQSLOD=6.7350;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATAD5:ENSG00000176208.3:+:deletionNFS:1/1:ATAD5-001:ENST00000321990.3:5535_1434_478_LK->L
chr17	29221149	.	C	CA	10.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1154;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=10;TU=AGTC;VQSLOD=6.0541;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATAD5:ENSG00000176208.3:+:insertionFS:1/1:ATAD5-001:ENST00000321990.3:5535_5278
chr17	29557319	.	TA	T	23.83	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0043;AN=692;DP=1596;DS;HR=5;HRun=5;HU=A;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=4.8620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NF1:ENSG00000196712.10:+:deletionFS:2/5:NF1-002:ENST00000356175.3:8457_3032:NF1-001:ENST00000358273.4:8520_3032
chr17	29576012	.	TC	T	5.39	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0042;AN=474;BaseQRankSum=2.931;DP=1188;FS=5.186;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.4799;InbreedingCoeff=0.1392;MQ=66.32;MQ0=0;MQRankSum=3.327;QD=0.54;ReadPosRankSum=-3.281;SB=0.41;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2211;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NF1:ENSG00000196712.10:+:deletionFS:2/5:NF1-002:ENST00000356175.3:8457_3985:NF1-001:ENST00000358273.4:8520_3985
chr17	29676167	.	GC	G	8.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=658;DP=1477;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=6.1974;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NF1:ENSG00000196712.10:+:deletionFS:4/5:NF1-203:ENST00000444181.2:1917_598:NF1-201:ENST00000417592.2:615_358:NF1-002:ENST00000356175.3:8457_7156:NF1-001:ENST00000358273.4:8520_7219
chr17	30200705	.	TCA	T	14.65	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1266;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0412;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UTP6:ENSG00000108651.3:-:deletionFS:1/1:UTP6-001:ENST00000261708.3:1794_1373
chr17	30219337	.	AG	A	52.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=358;DP=953;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=AGT;VQSLOD=6.0727;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UTP6:ENSG00000108651.3:-:deletionFS:1/1:UTP6-001:ENST00000261708.3:1794_366
chr17	30219789	.	A	AG	6.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=476;DP=1390;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7548;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UTP6:ENSG00000108651.3:-:insertionFS:1/1:UTP6-001:ENST00000261708.3:1794_337
chr17	30362657	.	CTG	C	113.76	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=714;DP=1442;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.9606;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC37B:ENSG00000185158.7:+:spliceOverlap:4/4:LRRC37B-001:ENST00000327564.6:2925:LRRC37B-201:ENST00000341671.6:2844:LRRC37B-202:ENST00000394713.3:2691:LRRC37B-203:ENST00000543378.1:2598
chr17	30615995	.	G	GC	4.09	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=452;BaseQRankSum=-1.163;DP=891;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=12.0767;InbreedingCoeff=0.0868;MQ=55.88;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.628;SB=1.11;SZ=1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=5.3619;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RHBDL3:ENSG00000141314.7:+:insertionFS:4/4:RHBDL3-202:ENST00000431505.1:1287_479:RHBDL3-201:ENST00000269051.4:1215_479:RHBDL3-204:ENST00000538145.1:1191_455:RHBDL3-203:ENST00000536287.1:921_185
chr17	30661825	.	A	AT	4.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=440;BaseQRankSum=-0.221;DP=1277;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.5541;InbreedingCoeff=0.0815;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.643;QD=0.64;ReadPosRankSum=0.831;SB=-26.48;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7370;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf75:ENSG00000108666.4:-:insertionFS:1/1:C17orf75-201:ENST00000225805.4:1191_703
chr17	30669053	.	T	TG	248.05	PASS	AA=0;AC=84;AF=0.1151;AN=730;BaseQRankSum=-0.818;DP=895;FS=10.163;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.1497;InbreedingCoeff=0.2621;MQ=50.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.920;QD=1.71;ReadPosRankSum=-1.514;SB=-6.22;SZ=1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=6.2369;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C17orf75:ENSG00000108666.4:-:insertionFS:1/1:C17orf75-201:ENST00000225805.4:1191_106
chr17	33267567	.	TTTC	T	21.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1106;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=1;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=5.6805;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCT6B:ENSG00000132141.8:-:deletionNFS:3/3:CCT6B-201:ENST00000314144.4:1593_959_320_NM->M:CCT6B-202:ENST00000421975.2:1482_848_283_NM->M:CCT6B-203:ENST00000436961.2:1458_824_275_NM->M
chr17	33289068	.	TGAGGAGGAGGAG	T,TGAGGAGGAG	225.64	PASS	AA=0;AC=3,7;AF=0.0062,0.0145;AN=482;DP=1176;DS;HR=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-12;TR=14;TU=AGG;VQSLOD=5.5419;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF830:ENSG00000198783.3:+:deletionNFS:1/1:ZNF830-201:ENST00000361952.3:1119_483_161_DEEEE->D,2:ZNF830:ENSG00000198783.3:+:deletionNFS:1/1:ZNF830-201:ENST00000361952.3:1119_483_161_DE->D
chr17	33310485	.	C	CA	8.37	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0070;AN=426;DP=1156;DS;HR=8;HRun=8;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=4.8718;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LIG3:ENSG00000005156.5:+:insertionFS:2/2:LIG3-001:ENST00000378526.2:3030_461:LIG3-002:ENST00000262327.3:2850_461
chr17	33318739	.	T	TC	20.31	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0028;AN=706;DP=1810;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.1459;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LIG3:ENSG00000005156.5:+:insertionFS:2/2:LIG3-001:ENST00000378526.2:3030_1091:LIG3-002:ENST00000262327.3:2850_1091
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chr17	33897891	rs34882477	CT	C,CTT	1435.40	PASS	AA=.;AC=187,423;AF=0.14210,0.32143;AN=1316;BaseQRankSum=2.782;DB;DP=2552;DS;FS=40.938;HR=18;HU=T;HaplotypeScore=17.2679;InbreedingCoeff=0.5152;MQ=55.12;MQ0=117;MQRankSum=-3.037;QD=1.06;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-847.39;SZ=.;TR=38;TU=CTTTCTTTCTTTCTTTTT;VQSLOD=6.6349;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PEX12:ENSG00000108733.3:-:deletionFS:1/2:PEX12-201:ENST00000424525.1:972_930,2:PEX12:ENSG00000108733.3:-:insertionFS:1/2:PEX12-201:ENST00000424525.1:972_930
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chr17	34100350	rs58543174	G	GC	95134.80	PASS	AA=1;AC=1746;AF=1.00000;AN=1746;DB;DP=3923;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=12.7926;InbreedingCoeff=0.0493;MQ=64.04;MQ0=0;QD=43.64;SB=-47142.99;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.8255;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MMP28:ENSG00000129270.9:-:spliceOverlap:2/3:MMP28-202:ENST00000338839.3:1560:MMP28-203:ENST00000538544.1:1179
chr17	34182099	.	G	GT	1104.13	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0222;AN=496;DP=1329;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.8138;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf66:ENSG00000172653.5:-:insertionFS:1/1:C17orf66-001:ENST00000311880.2:1713_1681
chr17	34190017	.	AG	A	113.09	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=514;DP=1521;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=-1;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=7.3860;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf66:ENSG00000172653.5:-:deletionFS:1/1:C17orf66-001:ENST00000311880.2:1713_738
chr17	34257233	.	CTG	C	329.21	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0104;AN=480;DP=1349;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.4832;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RDM1:ENSG00000187456.8:-:deletionFS:8/8:RDM1-001:ENST00000293273.5:855_123:RDM1-201:ENST00000425909.2:501_123:RDM1-203:ENST00000431884.1:756_123:RDM1-005:ENST00000394529.3:786_54:RDM1-004:ENST00000394528.3:711_123:RDM1-202:ENST00000430160.2:642_54:RDM1-204:ENST00000436836.2:420_123:RDM1-003:ENST00000394527.1:351_54
chr17	34261856	.	A	AC	14.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;BaseQRankSum=-0.025;DP=1354;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.9241;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LYZL6:ENSG00000161572.4:-:insertionFS:2/2:LYZL6-001:ENST00000293274.3:447_391:LYZL6-003:ENST00000394523.2:447_391
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chr17	38328343	.	GT	G	45.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=728;BaseQRankSum=2.558;DP=2041;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=13.2676;InbreedingCoeff=0.1338;MQ=78.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.603;QD=5.73;ReadPosRankSum=-1.143;SZ=-1;TR=9;TU=GGT;VQSLOD=6.1477;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CASC3:ENSG00000108349.8:+:deletionFS:1/3:CASC3-202:ENST00000418132.2:1926_1867
chr17	38421205	.	T	TG	45.76	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0140;AN=430;DP=745;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.1266;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WIPF2:ENSG00000171475.8:+:insertionFS:1/3:WIPF2-001:ENST00000323571.4:1323_777
chr17	38565446	rs35266834	CAA	C,CA	427.77	PASS	AA=.;AC=128,183;AF=0.1478,0.2113;AN=866;BaseQRankSum=3.468;DB;DP=1579;FS=14.493;HR=26;HU=A;HaplotypeScore=12.0230;InbreedingCoeff=0.7859;MQ=48.05;MQ0=105;MQRankSum=0.894;QD=1.27;ReadPosRankSum=1.550;SZ=.;TR=26;TU=A;VQSLOD=8.4715;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TOP2A:ENSG00000131747.9:-:deletionFS:1/4:TOP2A-201:ENST00000269577.6:4836_1341,2:TOP2A:ENSG00000131747.9:-:deletionFS:1/4:TOP2A-201:ENST00000269577.6:4836_1341
chr17	38567835	.	AAAC	A	171.98	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0056;AN=536;DP=1170;DS;HR=5;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=5;TU=A;VQSLOD=8.3150;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TOP2A:ENSG00000131747.9:-:deletionNFS:1/4:TOP2A-203:ENST00000357601.2:4707_1026_342_FL->L
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chr17	39795579	rs10635628	T	TACTC,TC,TCCTC	11559.99	PASS	AA=0;AC=3,6,170;AF=0.00170,0.00340,0.09626;AN=1766;BaseQRankSum=-14.458;DB;DP=3724;FS=6.053;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=21.6028;InbreedingCoeff=0.3192;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-6.552;QD=27.01;ReadPosRankSum=0.798;SB=-5184.96;SZ=4;TR=11;TU=CCCT;VQSLOD=8.2527;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC130686.1:ENSG00000181508.4:-:insertionFS:1/1:AC130686.1-201:ENST00000544757.1:390_55,2:AC130686.1:ENSG00000181508.4:-:insertionFS:1/1:AC130686.1-201:ENST00000544757.1:390_55,3:AC130686.1:ENSG00000181508.4:-:insertionFS:1/1:AC130686.1-201:ENST00000544757.1:390_55
chr17	39872061	.	GGAA	G	51.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0035;AN=286;DP=629;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=13;TU=AAG;VQSLOD=7.0121;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GAST:ENSG00000184502.3:+:deletionNFS:1/1:GAST-001:ENST00000329402.3:306_243_81_EE->E
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chr17	40174438	.	AG	A	4.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;BaseQRankSum=1.405;DP=1587;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.1753;InbreedingCoeff=0.1019;MQ=67.18;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=1.12;ReadPosRankSum=-0.254;SB=-31.26;SZ=-1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=5.6821;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NKIRAS2:ENSG00000168256.12:+:deletionFS:8/8:NKIRAS2-010:ENST00000307641.5:576_116:NKIRAS2-008:ENST00000316082.4:690_116:NKIRAS2-002:ENST00000393880.1:576_116:NKIRAS2-003:ENST00000393881.3:576_116:NKIRAS2-201:ENST00000393884.2:570_110:NKIRAS2-001:ENST00000393885.3:576_116:NKIRAS2-006:ENST00000462043.1:408_116:NKIRAS2-202:ENST00000449471.3:294_116
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chr17	40345559	.	GGCA	G	122.66	PASS	AA=.;AC=11;AF=0.0236;AN=466;DP=1070;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=25;TU=AGC;VQSLOD=7.8190;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GHDC:ENSG00000167925.9:-:deletionNFS:5/5:GHDC-201:ENST00000301671.7:1593_41_14_PT->T:GHDC-202:ENST00000393854.3:1425_41_14_PT->T:GHDC-204:ENST00000428494.2:1476_41_14_PT->T:GHDC-203:ENST00000414034.2:1425_41_14_PT->T:GHDC-205:ENST00000436923.2:1425_41_14_PT->T
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chr17	40911775	rs3840868	CA	C	1924.22	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.0245;AN=940;BaseQRankSum=8.455;DB;DP=3031;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=15.4218;InbreedingCoeff=0.0878;MQ=58.22;MQ0=0;MQRankSum=2.139;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.988;SB=-849.04;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=9.0924;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC100793.1:ENSG00000197291.3:-:deletionFS:1/1:AC100793.1-201:ENST00000360166.3:666_665
chr17	40939853	rs61755595	CT	C	5.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DB;DP=1148;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.1095;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WNK4:ENSG00000126562.10:+:deletionFS:2/3:WNK4-201:ENST00000246914.4:3732_1799:WNK4-202:ENST00000316085.6:1992_1115
chr17	40940154	.	G	GT	18.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=-2.448;DP=1325;DS;HR=3;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.4617;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WNK4:ENSG00000126562.10:+:insertionFS:2/3:WNK4-201:ENST00000246914.4:3732_1870:WNK4-202:ENST00000316085.6:1992_1186
chr17	40945873	.	G	GC	58.56	PASS	AA=.;AC=29;AF=0.02757;AN=1052;BaseQRankSum=4.415;DP=1949;DS;FS=19.742;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.1658;InbreedingCoeff=0.1219;MQ=60.47;MQ0=21;MQRankSum=-0.631;QD=0.60;ReadPosRankSum=-2.734;SB=-183.02;SZ=.;TR=4;TU=CG;VQSLOD=4.8312;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WNK4:ENSG00000126562.10:+:insertionFS:1/3:WNK4-203:ENST00000442804.2:468_453
chr17	40945874	rs34930579	CT	C,CTT	2090.18	PASS	AA=.;AC=140,345;AF=0.08696,0.21429;AN=1610;BaseQRankSum=-1.324;DB;DP=3445;DS;FS=51.862;HR=14;HU=T;HaplotypeScore=11.6342;InbreedingCoeff=0.3594;MQ=60.32;MQ0=21;MQRankSum=3.970;QD=1.81;ReadPosRankSum=-1.918;SB=-1396.73;SZ=.;TR=14;TU=T;VQSLOD=6.0599;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:WNK4:ENSG00000126562.10:+:deletionFS:1/3:WNK4-203:ENST00000442804.2:468_454,2:WNK4:ENSG00000126562.10:+:insertionFS:1/3:WNK4-203:ENST00000442804.2:468_454
chr17	40975833	.	GC	G	16.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=404;DP=1094;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=9;TU=CTGG;VQSLOD=5.6850;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BECN1:ENSG00000126581.7:-:deletionFS:2/3:BECN1-201:ENST00000361523.3:1353_63:BECN1-202:ENST00000438274.2:840_63
chr17	40997558	.	T	TC	44.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1259;DS;HR=5;HRun=5;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=6.3940;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AOC2:ENSG00000131480.3:+:insertionFS:2/2:AOC2-201:ENST00000253799.2:2271_915:AOC2-202:ENST00000452774.1:2190_915
chr17	41001627	.	TGTG	T	407.42	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0069;AN=436;DP=1501;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.7448;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AOC2:ENSG00000131480.3:+:deletionNFS:2/2:AOC2-201:ENST00000253799.2:2271_1884_628_LV->L:AOC2-202:ENST00000452774.1:2190_1803_601_LV->L
chr17	41052969	rs80356479	TC	T	17.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=708;DB;DP=2038;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SB=1.28;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.9173;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:G6PC:ENSG00000131482.4:+:deletionFS:1/1:G6PC-201:ENST00000253801.2:1074_76
chr17	41165645	.	AG	A	62.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=1242;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.8712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IFI35:ENSG00000068079.3:+:deletionFS:2/2:IFI35-002:ENST00000415816.2:861_528:IFI35-001:ENST00000438323.2:867_534
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chr17	42427597	.	TAAC	T	344.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=949;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.5411;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRN:ENSG00000030582.9:+:deletionNFS:4/4:GRN-201:ENST00000053867.2:1782_351_117_GN->G:GRN-202:ENST00000357351.4:1317_351_117_GN->G:GRN-204:ENST00000446061.2:1311_351_117_GN->G:GRN-203:ENST00000393566.2:1242_71_24_VT->V
chr17	42456013	.	GC	G	4.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=634;BaseQRankSum=0.899;DP=1612;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.3415;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=68.29;MQ0=0;MQRankSum=-2.240;QD=0.64;ReadPosRankSum=1.092;SB=-28.74;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3275;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITGA2B:ENSG00000005961.11:-:deletionFS:2/3:ITGA2B-201:ENST00000262407.4:3120_1944:ITGA2B-202:ENST00000353281.4:3018_1944
chr17	42458063	.	CTCA	C	34	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=1311;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=12;TU=ATCTC;VQSLOD=5.6929;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ITGA2B:ENSG00000005961.11:-:deletionNFS:1/3:ITGA2B-203:ENST00000377068.3:660_632_211_RI->I
chr17	42476919	.	CTCT	C	532.10	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0107;AN=468;DP=1391;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=11;TU=CTT;VQSLOD=7.4327;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPATCH8:ENSG00000186566.5:-:deletionNFS:2/3:GPATCH8-201:ENST00000335500.3:4509_2526_842_EE->E:GPATCH8-202:ENST00000434000.1:4275_2292_764_EE->E
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chr17	42756252	.	C	CT	107.60	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.02162;AN=1064;BaseQRankSum=-3.812;DP=2666;DS;FS=6.609;HR=9;HRun=9;HU=T;HaplotypeScore=13.4868;InbreedingCoeff=0.0619;MQ=73.24;MQ0=0;MQRankSum=0.431;QD=0.86;ReadPosRankSum=-0.227;SB=-232.87;SZ=1;TR=9;TU=T;VQSLOD=5.2375;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC43:ENSG00000180329.8:-:insertionFS:1/2:CCDC43-201:ENST00000315286.7:675_647
chr17	42829315	.	CTTG	C	31.04	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1356;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9833;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DBF4B:ENSG00000161692.11:+:deletionNFS:1/5:DBF4B-003:ENST00000393547.2:1296_1280_427_PC->P
chr17	42829317	.	TG	T	4.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=660;BaseQRankSum=2.155;DP=1772;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.4591;InbreedingCoeff=0.0439;MQ=71.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.694;QD=0.71;ReadPosRankSum=-0.150;SB=-31.48;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2844;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DBF4B:ENSG00000161692.11:+:deletionFS:1/5:DBF4B-003:ENST00000393547.2:1296_1282
chr17	42981237	.	G	GGGA	12913.66	PASS	AA=1;AC=487;AF=0.26268;AN=1854;BaseQRankSum=20.218;DP=4218;FS=0.492;HR=5;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.8773;InbreedingCoeff=0.1870;MQ=72.52;MQ0=2;MQRankSum=-8.815;QD=24.23;ReadPosRankSum=3.152;SZ=-3;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.3689;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM187A:ENSG00000214447.3:+:insertionNFS:2/2:FAM187A-001:ENST00000331733.4:1242_40_14_G->GR:FAM187A-201:ENST00000412523.2:1242_40_14_G->GR
chr17	42981239	rs35098586	G	GAGT,GT	36832	PASS	AA=1;AC=510,5;AF=0.27099,0.00266;AN=1882;BaseQRankSum=-26.888;DB;DP=4209;DS;FS=0.179;HR=5;HU=G;HaplotypeScore=15.1821;InbreedingCoeff=0.2402;MQ=69.44;MQ0=2;MQRankSum=-8.255;QD=39.56;ReadPosRankSum=2.605;SB=-14017.65;SZ=-3;TR=5;TU=G;VQSLOD=8.7190;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM187A:ENSG00000214447.3:+:insertionNFS:2/2:FAM187A-001:ENST00000331733.4:1242_42_14_G->GS:FAM187A-201:ENST00000412523.2:1242_42_14_G->GS,2:FAM187A:ENSG00000214447.3:+:insertionFS:2/2:FAM187A-001:ENST00000331733.4:1242_42:FAM187A-201:ENST00000412523.2:1242_42
chr17	43112231	.	CCT	C	572.99	PASS	AA=0;AC=12;AF=0.0127;AN=944;BaseQRankSum=5.981;DP=2136;DS;FS=0.786;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.2124;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=67.23;MQ0=0;MQRankSum=1.403;QD=10.42;ReadPosRankSum=2.646;SB=-359.59;SZ=-2;TR=5;TU=C;VQSLOD=7.6848;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DCAKD:ENSG00000172992.6:-:deletionFS:3/3:DCAKD-202:ENST00000342350.4:696_23:DCAKD-203:ENST00000452796.1:696_23:DCAKD-201:ENST00000310604.4:399_23
chr17	43192549	rs75518897	T	TC	59095.55	PASS	AA=1;AC=1585;AF=0.99937;AN=1586;BaseQRankSum=-0.887;DB;DP=2543;DS;FS=4.311;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=9.1191;InbreedingCoeff=0.0625;MQ=68.69;MQ0=0;MQRankSum=-1.688;QD=39.50;ReadPosRankSum=1.435;SB=-21999.07;SZ=-1;TR=14;TU=AGGGTGC;VQSLOD=10.4995;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLCD3:ENSG00000161714.6:-:insertionFS:1/1:PLCD3-201:ENST00000322765.5:2367_1623
chr17	43192759	.	ATCC	A	51.32	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0092;AN=546;DP=1024;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=18;TU=CCT;VQSLOD=6.6393;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PLCD3:ENSG00000161714.6:-:deletionNFS:1/1:PLCD3-201:ENST00000322765.5:2367_1512_504_DD->D
chr17	43318777	.	G	GC	18569.34	PASS	AA=0;AC=1493;AF=0.96822;AN=1542;BaseQRankSum=1.291;DP=2471;FS=4.535;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.2936;InbreedingCoeff=0.1326;MQ=64.04;MQ0=0;MQRankSum=4.119;QD=12.97;ReadPosRankSum=1.262;SB=-8430.77;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.6037;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:FMNL1:ENSG00000184922.7:+:insertionFS:3/3:FMNL1-201:ENST00000328118.3:3315_1361:FMNL1-202:ENST00000331495.2:3303_1361:FMNL1-203:ENST00000539884.1:1881_515
chr17	43319434	.	TCCG	T	699.07	PASS	AA=.;AC=68;AF=0.2482;AN=274;BaseQRankSum=3.287;DP=209;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=6.7205;InbreedingCoeff=0.2881;MQ=52.54;MQ0=1;MQRankSum=-1.173;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.942;SB=2.90;SZ=.;TR=26;TU=CCG;VQSLOD=7.4293;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FMNL1:ENSG00000184922.7:+:deletionNFS:2/3:FMNL1-201:ENST00000328118.3:3315_1806_602_PP->P:FMNL1-202:ENST00000331495.2:3303_1806_602_PP->P
chr17	43535544	.	TC	T	4.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=706;BaseQRankSum=1.496;DP=1364;FS=2.367;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=9.5355;InbreedingCoeff=0.0510;MQ=61.76;MQ0=1;MQRankSum=2.504;QD=1.17;ReadPosRankSum=-0.371;SB=-35.63;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.0989;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PLEKHM1:ENSG00000225190.2:-:deletionFS:3/3:PLEKHM1-203:ENST00000446609.1:3003_1417:PLEKHM1-202:ENST00000430334.2:3171_1570:PLEKHM1-201:ENST00000421073.2:2904_1303
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chr17	44110777	.	TCTC	T	230.17	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0066;AN=454;DP=1388;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=7.1264;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1267:ENSG00000120071.7:-:deletionNFS:3/3:KIAA1267-201:ENST00000262419.5:3318_2716_906_NE->E:KIAA1267-203:ENST00000432791.1:3318_2716_906_NE->E:KIAA1267-202:ENST00000393476.3:1200_598_200_NE->E
chr17	44248553	.	ATGT	A	42.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1402;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=4.7845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1267:ENSG00000120071.7:-:deletionNFS:2/3:KIAA1267-201:ENST00000262419.5:3318_957_319_HQ->Q:KIAA1267-203:ENST00000432791.1:3318_957_319_HQ->Q
chr17	44626462	.	CAA	C	7.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=682;DP=2724;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.3246;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC37A2:ENSG00000238083.2:+:deletionFS:1/1:LRRC37A2-201:ENST00000333412.3:5103_3957
chr17	45009452	.	TATG	T	121.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=564;DP=1646;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=1;SZ=-3;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=6.1737;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GOSR2:ENSG00000108433.9:+:deletionNFS:4/4:GOSR2-204:ENST00000439730.2:699_223_75_YD->Y:GOSR2-201:ENST00000225567.3:642_223_75_YD->Y:GOSR2-202:ENST00000393456.1:639_223_75_YD->Y:GOSR2-203:ENST00000415811.1:588_223_75_YD->Y
chr17	45425216	.	GT	G	10.88	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=909;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9775;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf57:ENSG00000178852.9:+:deletionFS:1/5:C17orf57-001:ENST00000331493.2:2922_560
chr17	45425243	.	T	TG	5.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1068;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.3200;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C17orf57:ENSG00000178852.9:+:insertionFS:1/5:C17orf57-001:ENST00000331493.2:2922_587
chr17	45438886	rs10538163	CAGTG	C	58140.15	PASS	AA=0;AC=769;AF=0.42022;AN=1830;BaseQRankSum=39.329;DB;DP=4395;DS;FS=4.617;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=23.6416;InbreedingCoeff=0.1521;MQ=67.78;MQ0=1;MQRankSum=-12.414;QD=32.85;ReadPosRankSum=1.208;SB=-25772.43;SZ=-4;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.2151;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C17orf57:ENSG00000178852.9:+:spliceOverlap:2/5:C17orf57-001:ENST00000331493.2:2922:C17orf57-202:ENST00000344176.6:1596
chr17	45473343	.	GGTGA	G	2283.51	PASS	AA=0;AC=28;AF=0.0350;AN=800;BaseQRankSum=10.478;DP=2058;DS;FS=3.962;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=20.7074;InbreedingCoeff=0.1312;MQ=66.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.356;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.482;SB=-1069.21;SZ=-4;TR=2;TU=G;VQSLOD=8.4307;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C17orf57:ENSG00000178852.9:+:spliceOverlap:2/5:C17orf57-001:ENST00000331493.2:2922:C17orf57-003:ENST00000517484.1:2355
chr17	45567593	.	ATC	A,AGTC	47225.19	PASS	AA=.;AC=860,17;AF=0.41148,0.00813;AN=2090;BaseQRankSum=32.957;DP=4880;DS;FS=1.795;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=15.1852;InbreedingCoeff=0.1696;MQ=54.31;MQ0=22;MQRankSum=-8.173;QD=23.88;ReadPosRankSum=4.795;SB=-20142.59;SZ=.;TR=29;TU=AGTTCTCTCTATC;VQSLOD=7.8148;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MRPL45P2:ENSG00000228782.2:-:multiExonHit:1/1:MRPL45P2-201:ENST00000425159.2:315,2:MRPL45P2:ENSG00000228782.2:-:multiExonHit:1/1:MRPL45P2-201:ENST00000425159.2:315
chr17	45567597	rs56688472	CT	C	1087.26	PASS	AA=0;AC=479;AF=0.23118;AN=2072;BaseQRankSum=30.329;DB;DP=4801;FS=1.830;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.7781;InbreedingCoeff=0.3320;MQ=57.77;MQ0=40;MQRankSum=0.597;QD=1.80;ReadPosRankSum=5.579;SZ=-1;TR=6;TU=CT;VQSLOD=6.8608;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MRPL45P2:ENSG00000228782.2:-:deletionFS:1/1:MRPL45P2-201:ENST00000425159.2:315_309
chr17	45567599	.	CCT	C	273.19	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.01749;AN=1544;BaseQRankSum=1.852;DP=3516;DS;FS=0.674;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.7419;InbreedingCoeff=0.1144;MQ=52.19;MQ0=141;MQRankSum=5.390;QD=3.37;ReadPosRankSum=-2.941;SB=-226.43;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.1368;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MRPL45P2:ENSG00000228782.2:-:deletionFS:1/1:MRPL45P2-201:ENST00000425159.2:315_307
chr17	45567600	rs11312415	CTT	C	242.64	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01558;AN=1540;BaseQRankSum=0.995;DB;DP=3473;DS;FS=0.880;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=22.7636;InbreedingCoeff=0.1115;MQ=51.49;MQ0=181;MQRankSum=6.589;QD=3.73;ReadPosRankSum=-4.926;SB=-186.29;SZ=-2;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.2535;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:MRPL45P2:ENSG00000228782.2:-:deletionFS:1/1:MRPL45P2-201:ENST00000425159.2:315_306
chr17	45696437	.	TG	T	6.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=340;DP=936;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.1395;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NPEPPS:ENSG00000141279.6:+:deletionFS:4/5:NPEPPS-201:ENST00000538002.1:2271_2184:NPEPPS-001:ENST00000322157.4:2760_2466:NPEPPS-203:ENST00000544660.1:2520_2226:NPEPPS-002:ENST00000530173.1:2748_2454
chr17	45700384	rs3065062	C	CCTA	78016.35	PASS	AA=1;AC=1092;AF=0.58647;AN=1862;BaseQRankSum=-34.800;DB;DP=4333;DS;FS=2.128;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.2319;InbreedingCoeff=0.1413;MQ=72.76;MQ0=0;MQRankSum=-4.465;QD=39.89;ReadPosRankSum=3.235;SB=-32784.24;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.9459;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:NPEPPS:ENSG00000141279.6:+:multiExonHit:1/5:NPEPPS-201:ENST00000538002.1:2271
chr17	45914124	.	AAGGAGCTGGAGC	A	2670.94	PASS	AA=0;AC=34;AF=0.0483;AN=704;BaseQRankSum=9.942;DP=1342;DS;FS=4.759;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=35.2250;InbreedingCoeff=0.0943;MQ=61.74;MQ0=0;MQRankSum=-5.521;QD=26.44;ReadPosRankSum=1.853;SB=-1046.11;SZ=-12;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.6427;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC46:ENSG00000141294.4:+:deletionNFS:1/1:LRRC46-201:ENST00000269025.3:966_604_202_KELEQ->K
chr17	45915639	.	A	ATC	27.86	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=618;DP=1383;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=8;TU=CT;VQSLOD=6.5018;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCRN2:ENSG00000141295.8:-:insertionFS:2/2:SCRN2-201:ENST00000290216.8:1278_1116:SCRN2-202:ENST00000407215.2:1137_1116
chr17	46115072	.	C	CG	5362.14	PASS	AA=1;AC=346;AF=1.0000;AN=346;DP=243;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=7.9900;InbreedingCoeff=0.0814;MQ=47.56;MQ0=0;QD=30.12;SB=-843.02;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.9966;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:insertionFS:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627_66
chr17	46115083	.	C	CGG	528.93	PASS	AA=.;AC=166;AF=0.5570;AN=298;BaseQRankSum=-4.107;DP=230;FS=2.072;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.4707;InbreedingCoeff=0.3290;MQ=42.25;MQ0=0;MQRankSum=1.364;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.208;SB=-104.89;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.0410;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:insertionFS:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627_55
chr17	46115084	.	T	TGG	6990.30	PASS	AA=.;AC=289;AF=0.9966;AN=290;BaseQRankSum=-0.724;DP=225;FS=7.469;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=12.9443;InbreedingCoeff=0.1396;MQ=42.24;MQ0=0;MQRankSum=1.267;QD=42.89;ReadPosRankSum=1.267;SB=-1112.46;SZ=.;TR=8;TU=CCG;VQSLOD=8.1369;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:insertionFS:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627_54
chr17	46115085	.	G	GGC	4187.75	PASS	AA=.;AC=307;AF=0.9840;AN=312;BaseQRankSum=-0.270;DP=256;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.4738;InbreedingCoeff=0.1276;MQ=41.70;MQ0=0;MQRankSum=-3.160;QD=23.79;ReadPosRankSum=3.355;SB=-688.08;SZ=.;TR=8;TU=CCG;VQSLOD=6.0201;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:insertionFS:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627_53
chr17	46115121	.	C	CG	154.75	PASS	AA=1;AC=64;AF=0.2667;AN=240;BaseQRankSum=-2.339;DP=185;FS=8.296;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.2132;InbreedingCoeff=0.2256;MQ=51.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.332;QD=2.19;ReadPosRankSum=0.061;SB=-72.07;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.2219;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:insertionFS:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627_17
chr17	46115122	.	A	AC,AG	6257.39	PASS	AA=1;AC=4,273;AF=0.0142,0.9681;AN=282;DP=225;FS=0.000;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=7.8349;InbreedingCoeff=0.2958;MQ=51.22;MQ0=0;QD=37.92;SB=-906.80;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.5085;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:spliceOverlap:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627,2:COPZ2:ENSG00000005243.4:-:spliceOverlap:1/1:COPZ2-201:ENST00000006101.4:627
chr17	46608184	.	G	GGGGCGCTGT,GT	9862.27	PASS	AA=.;AC=207,1;AF=0.11629,0.00056;AN=1780;BaseQRankSum=-17.282;DP=3204;DS;FS=14.587;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=27.7718;InbreedingCoeff=0.2355;MQ=69.21;MQ0=0;MQRankSum=-6.376;QD=22.62;ReadPosRankSum=3.387;SB=-4077.91;SZ=.;TR=18;TU=CGCTGTGGG;VQSLOD=6.4069;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HOXB1:ENSG00000120094.4:-:insertionNFS:1/1:HOXB1-001:ENST00000239174.4:906_83_28_P->HSAP,2:HOXB1:ENSG00000120094.4:-:insertionFS:1/1:HOXB1-001:ENST00000239174.4:906_83
chr17	46804153	rs77179853	TA	T	40.10	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DB;DP=1122;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.4855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HOXB13:ENSG00000159184.6:-:deletionFS:1/1:HOXB13-001:ENST00000290295.6:855_854
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chr17	46877051	.	CA	C	11.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=544;DP=1453;DS;FS=3.006;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5506;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTLL6:ENSG00000170703.9:-:deletionFS:2/5:TTLL6-203:ENST00000440941.1:2676_683:TTLL6-003:ENST00000393382.3:2532_539
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chr17	48619583	.	CG	C	4.59	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0026;AN=380;BaseQRankSum=0.993;DP=481;FS=6.039;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=7.7862;InbreedingCoeff=0.1449;MQ=65.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.359;QD=1.53;ReadPosRankSum=1.415;SB=-29.18;SZ=.;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.1105;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:EPN3:ENSG00000049283.11:+:deletionFS:1/5:EPN3-202:ENST00000442715.2:1725_1699
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chr17	48777220	rs17358273	G	GTCA	2485.73	PASS	AA=.;AC=81;AF=0.04050;AN=2000;BaseQRankSum=-9.322;DB;DP=5139;DS;FS=21.293;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.1644;InbreedingCoeff=0.1428;MQ=66.65;MQ0=1;MQRankSum=1.957;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.396;SB=-1087.19;SZ=.;TR=23;TU=ATC;VQSLOD=6.8047;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ANKRD40:ENSG00000154945.5:-:insertionNFS:1/1:ANKRD40-001:ENST00000285243.5:1107_318_106_D->DD
chr17	48834053	rs72013111	CAAAAAAAAA	C,CA,CAA,CAAA,CAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAAA	1760	PASS	AA=.;AC=140,89,59,39,77,81,366;AF=0.12238,0.07780,0.05157,0.03409,0.06731,0.07080,0.31993;AN=1144;BaseQRankSum=1.632;DB;DP=2093;DS;FS=5.807;HR=27;HU=A;HaplotypeScore=28.7948;InbreedingCoeff=0.9264;MQ=61.41;MQ0=39;MQRankSum=0.509;QD=1.38;ReadPosRankSum=1.277;SB=-791.77;SZ=.;TR=27;TU=A;VQSLOD=8.8750;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,2:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,3:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,4:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,5:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,6:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708,7:LUC7L3:ENSG00000108848.9:+:spliceOverlap:1/6:LUC7L3-202:ENST00000542316.1:708
chr17	48940609	.	TGTG	T	38.79	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0106;AN=662;DP=1445;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=-3;TR=16;TU=GGT;VQSLOD=6.3726;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:TOB1:ENSG00000141232.4:-:deletionNFS:2/2:TOB1-002:ENST00000268957.3:1038_770_257_QQ->Q:TOB1-001:ENST00000499247.2:1038_770_257_QQ->Q
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chr17	49118875	.	TGA	T	10.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=930;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.1931;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPAG9:ENSG00000008294.13:-:deletionFS:5/9:SPAG9-001:ENST00000262013.7:3966_728:SPAG9-002:ENST00000357122.4:3924_728:SPAG9-003:ENST00000505279.1:3936_728:SPAG9-007:ENST00000510283.1:3534_299:SPAG9-205:ENST00000546269.1:825_728
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chr17	56682480	.	CT	C	184.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1312;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.9340;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEX14:ENSG00000121101.10:-:deletionFS:3/3:TEX14-201:ENST00000240361.7:4494_1213:TEX14-202:ENST00000349033.4:4356_1195:TEX14-203:ENST00000389934.2:4476_1195
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chr17	56833457	rs3834568	G	GGAACCC	12417.28	PASS	AA=.;AC=415;AF=0.5685;AN=730;BaseQRankSum=-5.490;DB;DP=1028;FS=2.298;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.2800;InbreedingCoeff=0.3077;MQ=66.80;MQ0=5;MQRankSum=0.390;QD=21.08;ReadPosRankSum=-1.559;SB=-5091.05;SZ=.;TR=32;TU=AACCCG;VQSLOD=8.5575;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:PPM1E:ENSG00000175175.3:+:insertionNFS:1/2:PPM1E-201:ENST00000308249.1:2268_99_33_P->PEP
chr17	56833484	.	A	ACCCGAG	6345.52	PASS	AA=.;AC=315;AF=0.26163;AN=1204;BaseQRankSum=13.291;DP=1577;FS=2.041;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.3748;InbreedingCoeff=0.0968;MQ=61.93;MQ0=4;MQRankSum=-0.068;QD=12.72;ReadPosRankSum=6.203;SB=-2157.53;SZ=.;TR=32;TU=AACCCG;VQSLOD=5.5962;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PPM1E:ENSG00000175175.3:+:insertionNFS:1/2:PPM1E-201:ENST00000308249.1:2268_126_42_E->EPE
chr17	56833643	.	TGAG	T	62.85	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0248;AN=322;DP=406;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=16;TU=AGG;VQSLOD=5.5627;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PPM1E:ENSG00000175175.3:+:deletionNFS:1/2:PPM1E-201:ENST00000308249.1:2268_285_95_GE->G
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chr17	57089696	.	AG	A	61.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=412;DP=966;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=6.8083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIM37:ENSG00000108395.8:-:deletionFS:4/4:TRIM37-204:ENST00000393066.2:2895_2688:TRIM37-201:ENST00000262294.6:2895_2688:TRIM37-203:ENST00000393065.2:2793_2586:TRIM37-202:ENST00000376149.3:2412_2322
chr17	57759199	.	TG	T	5.45	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=1386;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8494;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CLTC:ENSG00000141367.5:+:deletionFS:2/2:CLTC-001:ENST00000269122.3:5028_3441:CLTC-002:ENST00000393043.1:4920_3441
chr17	57955602	.	T	TA	99.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=492;DP=1321;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=ATGG;VQSLOD=6.7857;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TUBD1:ENSG00000108423.9:-:insertionFS:4/6:TUBD1-201:ENST00000325752.3:1362_631:TUBD1-202:ENST00000340993.5:1197_631:TUBD1-204:ENST00000376094.4:1056_631:TUBD1-205:ENST00000394239.3:1191_631
chr17	58094610	.	GC	G	238.96	PASS	AA=0;AC=15;AF=0.0179;AN=840;BaseQRankSum=3.988;DP=1386;DS;FS=3.324;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=8.4831;InbreedingCoeff=0.1230;MQ=30.32;MQ0=1379;MQRankSum=-2.357;QD=3.02;ReadPosRankSum=-1.007;SB=-192.57;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.5374;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC005702.1:ENSG00000238283.2:-:deletionFS:1/1:AC005702.1-201:ENST00000407042.3:876_88
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chr17	61910494	.	TCTC	T	18.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=530;DP=1352;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=4.8050;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SMARCD2:ENSG00000108604.10:-:deletionNFS:4/4:SMARCD2-203:ENST00000448276.1:1596_1477_493_RR->R:SMARCD2-204:ENST00000450364.2:1485_1366_456_RR->R:SMARCD2-201:ENST00000225742.8:1422_1303_435_RR->R:SMARCD2-202:ENST00000323347.10:1452_1333_445_RR->R
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chr17	61987594	.	CACCA	C	1488.68	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.0209;AN=812;BaseQRankSum=5.745;DP=1909;DS;FS=9.439;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.0254;InbreedingCoeff=0.0803;MQ=52.84;MQ0=48;MQRankSum=-4.092;QD=20.39;ReadPosRankSum=-0.591;SB=-548.03;SZ=-4;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.4711;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GH1:ENSG00000204414.5:-:deletionFS:5/10:GH1-202:ENST00000309894.4:669_399:GH1-208:ENST00000438387.1:420_150:GH1-201:ENST00000259003.9:654_384:GH1-205:ENST00000346606.5:387_117:GH1-209:ENST00000450719.2:771_384
chr17	62028923	.	GAT	G	21.03	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0051;AN=586;DP=1115;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3519;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCN4A:ENSG00000007314.6:-:deletionFS:1/1:SCN4A-201:ENST00000435607.1:5511_2714
chr17	62078473	.	TGAG	T	80.17	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0031;AN=320;DP=615;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=6.6417;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C17orf72:ENSG00000224383.2:+:deletionNFS:3/4:C17orf72-203:ENST00000425164.2:711_273_91_PE->P:C17orf72-202:ENST00000412177.1:570_273_91_PE->P:C17orf72-204:ENST00000539996.1:420_123_41_PE->P
chr17	62133220	.	AGCT	A,AGCTGCT	218.82	PASS	AA=.;AC=9,27;AF=0.0145,0.0434;AN=622;BaseQRankSum=2.985;DP=1403;DS;FS=1.222;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=16.4062;InbreedingCoeff=0.3941;MQ=69.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.530;QD=0.04;ReadPosRankSum=-1.684;SB=-59.76;SZ=.;TR=20;TU=CTG;VQSLOD=8.0726;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ERN1:ENSG00000178607.8:-:deletionNFS:1/1:ERN1-201:ENST00000433197.1:2934_1487_496_LP->P,2:ERN1:ENSG00000178607.8:-:insertionNFS:1/1:ERN1-201:ENST00000433197.1:2934_1487_496_L->QQL
chr17	62254798	.	G	GA	18.05	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=484;DP=1423;DS;FS=3.013;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=CTT;VQSLOD=5.4899;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEX2:ENSG00000136478.2:-:insertionFS:1/1:TEX2-201:ENST00000258991.2:3405_2479
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chr17	62856153	.	G	GA	1263.15	PASS	AA=0;AC=34;AF=0.0409;AN=832;BaseQRankSum=13.456;DP=2519;DS;FS=4.246;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.8363;InbreedingCoeff=0.0106;MQ=47.99;MQ0=11;MQRankSum=-1.234;QD=6.54;ReadPosRankSum=-2.127;SB=-847.72;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6043;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LRRC37A3:ENSG00000176809.5:-:insertionFS:4/4:LRRC37A3-201:ENST00000319651.5:4905_4111:LRRC37A3-202:ENST00000339474.4:2148_1354:LRRC37A3-203:ENST00000400877.3:2019_1225:LRRC37A3-001:ENST00000334962.5:1836_1042
chr17	62950240	.	CTCTGGGCATTAG	C	1686.19	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.0235;AN=468;DP=1464;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=-12;TR=4;TU=CT;VQSLOD=4.9189;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC037487.1:ENSG00000232457.2:+:startOverlap:1/1:AC037487.1-201:ENST00000413214.2:621
chr17	62950460	rs112952570	AT	A	11061.01	PASS	AA=0;AC=151;AF=0.1802;AN=838;BaseQRankSum=18.029;DB;DP=2525;DS;FS=26.164;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=15.7189;InbreedingCoeff=0.0589;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=1.675;QD=13.51;ReadPosRankSum=2.104;SB=-4476.20;SZ=-1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.5990;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC037487.1:ENSG00000232457.2:+:deletionFS:1/1:AC037487.1-201:ENST00000413214.2:621_219
chr17	63223504	.	C	CT	20.44	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=506;BaseQRankSum=-1.001;DP=1182;FS=5.712;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.1005;InbreedingCoeff=0.0467;MQ=62.69;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=2.56;ReadPosRankSum=-1.565;SB=0.52;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RGS9:ENSG00000108370.10:+:insertionFS:2/3:RGS9-201:ENST00000262406.8:2025_2004:RGS9-203:ENST00000449996.2:2016_1995
chr17	63532554	.	ACGGGGGGTGGTG	A	3166.87	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.0618;AN=372;DP=736;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-12;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.9414;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AXIN2:ENSG00000168646.7:-:deletionNFS:2/3:AXIN2-201:ENST00000307078.4:2532_2025_675_RAHLF->F:AXIN2-202:ENST00000375702.4:2337_1830_610_RAHLF->F
chr17	63532567	.	C	CG	12.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=368;DP=724;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=5.9391;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AXIN2:ENSG00000168646.7:-:insertionFS:2/3:AXIN2-201:ENST00000307078.4:2532_2012:AXIN2-202:ENST00000375702.4:2337_1817
chr17	64219860	.	CA	C	631.56	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0099;AN=506;DP=1508;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.9950;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APOH:ENSG00000091583.5:-:deletionFS:1/1:APOH-201:ENST00000205948.5:1038_371
chr17	65027843	.	CCTCA	C	54.85	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0050;AN=402;DP=1021;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=ACTC;VQSLOD=5.4919;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC005544.1:ENSG00000214167.1:+:deletionFS:1/1:AC005544.1-201:ENST00000375684.1:651_296
chr17	65116109	rs56893875	C	CT	2385.70	PASS	AA=.;AC=608;AF=0.8238;AN=738;BaseQRankSum=-3.527;DB;DP=1435;FS=35.913;HR=28;HRun=28;HU=T;HaplotypeScore=10.6125;InbreedingCoeff=0.3215;MQ=54.25;MQ0=247;MQRankSum=3.092;QD=1.36;ReadPosRankSum=1.402;SB=-992.29;SZ=.;TR=28;TU=T;VQSLOD=6.3371;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HELZ:ENSG00000198265.6:-:insertionFS:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362_1359
chr17	65146246	rs11372378	CTTT	C,CT,CTT,CTTTT,CTTTTT	6941.71	PASS	AA=.;AC=13,27,41,205,747;AF=0.00923,0.01918,0.02912,0.14560,0.53054;AN=1408;BaseQRankSum=-6.176;DB;DP=2907;DS;FS=16.584;HR=23;HU=T;HaplotypeScore=15.5891;InbreedingCoeff=0.8018;MQ=61.64;MQ0=129;MQRankSum=5.323;QD=3.83;ReadPosRankSum=-0.630;SB=-1171.19;SZ=.;TR=23;TU=T;VQSLOD=9.8483;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HELZ:ENSG00000198265.6:-:spliceOverlap:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362,2:HELZ:ENSG00000198265.6:-:spliceOverlap:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362,3:HELZ:ENSG00000198265.6:-:spliceOverlap:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362,4:HELZ:ENSG00000198265.6:-:spliceOverlap:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362,5:HELZ:ENSG00000198265.6:-:spliceOverlap:1/2:HELZ-202:ENST00000417253.2:1362
chr17	65822266	.	CGAG	C,CGAGGAGGAG	32.37	PASS	AA=0;AC=13,45;AF=0.01060,0.03670;AN=1226;BaseQRankSum=1.148;DP=2408;DS;FS=0.000;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=21.6081;InbreedingCoeff=0.3477;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.725;QD=0.23;ReadPosRankSum=0.922;SB=2.14;SZ=-3;TR=20;TU=AGG;VQSLOD=7.4316;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BPTF:ENSG00000171634.11:+:deletionNFS:5/7:BPTF-002:ENST00000306378.5:8763_426_142_SE->S:BPTF-201:ENST00000321892.4:9141_426_142_SE->S:BPTF-001:ENST00000335221.4:8712_426_142_SE->S:BPTF-205:ENST00000544778.1:2436_9_3_SE->S:BPTF-204:ENST00000544491.1:2469_141_47_SE->S,2:BPTF:ENSG00000171634.11:+:insertionNFS:5/7:BPTF-002:ENST00000306378.5:8763_426_142_S->SEEE:BPTF-201:ENST00000321892.4:9141_426_142_S->SEEE:BPTF-001:ENST00000335221.4:8712_426_142_S->SEEE:BPTF-205:ENST00000544778.1:2436_9_3_S->SEEE:BPTF-204:ENST00000544491.1:2469_141_47_S->SEEE
chr17	65850277	.	C	CA	4.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=422;BaseQRankSum=-0.013;DP=1470;DS;FS=2.934;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=18.0258;InbreedingCoeff=0.0551;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=0.69;ReadPosRankSum=0.097;SB=0.66;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.8633;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BPTF:ENSG00000171634.11:+:insertionFS:5/7:BPTF-002:ENST00000306378.5:8763_835:BPTF-201:ENST00000321892.4:9141_835:BPTF-001:ENST00000335221.4:8712_835:BPTF-205:ENST00000544778.1:2436_418:BPTF-204:ENST00000544491.1:2469_550
chr17	65899950	.	C	CA	70.85	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0168;AN=358;DP=926;DS;HR=9;HRun=9;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=9;TU=A;VQSLOD=5.3221;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BPTF:ENSG00000171634.11:+:insertionFS:4/7:BPTF-002:ENST00000306378.5:8763_2589:BPTF-201:ENST00000321892.4:9141_2967:BPTF-001:ENST00000335221.4:8712_2967:BPTF-205:ENST00000544778.1:2436_2361
chr17	65955758	rs60308484	T	TCCTCCAGCC	11761.39	PASS	AA=.;AC=270;AF=0.20706;AN=1304;BaseQRankSum=-10.043;DB;DP=2249;DS;FS=4.485;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.5636;InbreedingCoeff=0.2764;MQ=61.03;MQ0=0;MQRankSum=-6.458;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.530;SB=-3519.04;SZ=.;TR=24;TU=AGCCCCTCC;VQSLOD=9.3918;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:BPTF:ENSG00000171634.11:+:insertionNFS:4/7:BPTF-002:ENST00000306378.5:8763_8028_2676_A->APPA:BPTF-201:ENST00000321892.4:9141_8406_2802_A->APPA:BPTF-001:ENST00000335221.4:8712_7977_2659_A->APPA:BPTF-203:ENST00000424123.2:1221_990_330_A->APPA
chr17	65988107	.	G	GCTC	56.29	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=472;DP=1372;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=12;TU=CTG;VQSLOD=6.3063;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf58:ENSG00000186665.7:-:insertionNFS:1/3:C17orf58-202:ENST00000449250.1:294_216_72_S->RS
chr17	66251988	.	G	GTTA	260.82	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00574;AN=1568;BaseQRankSum=-2.950;DP=4245;DS;FS=2.503;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.3071;InbreedingCoeff=0.0479;MQ=64.71;MQ0=15;MQRankSum=-4.828;QD=3.84;ReadPosRankSum=-1.908;SB=-131.21;SZ=3;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.1252;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMZ2:ENSG00000196704.6:+:insertionNFS:3/3:AMZ2-201:ENST00000359783.3:909_724_242_V->VI:AMZ2-202:ENST00000359904.2:1083_898_300_V->VI:AMZ2-203:ENST00000392720.1:1083_898_300_V->VI
chr17	66252959	.	TGGTGA	T	293.09	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.00647;AN=1082;BaseQRankSum=3.645;DP=2934;DS;FS=9.677;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=25.6564;InbreedingCoeff=0.0863;MQ=59.74;MQ0=49;MQRankSum=-0.803;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.841;SB=-93.19;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.8408;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AMZ2:ENSG00000196704.6:+:deletionFS:3/3:AMZ2-201:ENST00000359783.3:909_758:AMZ2-202:ENST00000359904.2:1083_932:AMZ2-203:ENST00000392720.1:1083_932
chr17	66440724	.	G	GC	4.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;BaseQRankSum=1.658;DP=1106;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.5967;InbreedingCoeff=0.0204;MQ=56.11;MQ0=0;MQRankSum=1.343;QD=1.55;ReadPosRankSum=-0.897;SZ=1;TR=7;TU=AGC;VQSLOD=5.3226;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WIPI1:ENSG00000070540.7:-:insertionFS:2/2:WIPI1-201:ENST00000262139.4:1341_340:WIPI1-202:ENST00000546360.1:1095_94
chr17	66519047	.	GC	G	7.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=514;DP=1428;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.2845;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PRKAR1A:ENSG00000108946.7:+:deletionFS:4/4:PRKAR1A-201:ENST00000358598.1:1146_328:PRKAR1A-202:ENST00000392710.3:1146_328:PRKAR1A-203:ENST00000392711.1:1146_328:PRKAR1A-204:ENST00000536854.1:1146_328
chr17	66877297	.	C	CT	15.19	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=474;DP=1434;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5321;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA8:ENSG00000141338.6:-:insertionFS:2/6:ABCA8-201:ENST00000269080.1:4746_3882:ABCA8-204:ENST00000430352.2:4866_4002
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chr17	66928466	.	AG	A	2914.31	PASS	AA=0;AC=101;AF=0.1220;AN=828;BaseQRankSum=25.842;DP=2413;DS;FS=11.838;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=20.0705;InbreedingCoeff=0.1676;MQ=65.88;MQ0=0;MQRankSum=-5.607;QD=6.14;ReadPosRankSum=-2.120;SB=-1696.83;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.7879;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCA8:ENSG00000141338.6:-:deletionFS:5/6:ABCA8-202:ENST00000375538.4:2799_760:ABCA8-201:ENST00000269080.1:4746_760:ABCA8-204:ENST00000430352.2:4866_760:ABCA8-205:ENST00000541225.1:3312_577:ABCA8-203:ENST00000428549.3:801_760
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chr17	67094151	.	C	CCA	455.50	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=432;DP=1120;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.1363;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA6:ENSG00000154262.7:-:insertionFS:1/2:ABCA6-201:ENST00000284425.1:4854_3030
chr17	67097063	.	A	AC	10.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=496;DP=1153;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=4.8739;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ABCA6:ENSG00000154262.7:-:insertionFS:1/2:ABCA6-201:ENST00000284425.1:4854_2887
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chr17	67150465	.	C	CACCTGGAA	25932.45	PASS	AA=0;AC=143;AF=0.1783;AN=802;BaseQRankSum=-14.504;DP=1936;DS;FS=5.120;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=29.5499;InbreedingCoeff=0.1993;MQ=60.08;MQ0=7;MQRankSum=-19.437;QD=54.71;ReadPosRankSum=0.912;SB=-12800.19;SZ=8;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1480;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ABCA10:ENSG00000154263.11:-:spliceOverlap:1/4:ABCA10-001:ENST00000269081.4:4632
chr17	67187421	.	A	AT	47.67	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1165;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=T;VQSLOD=6.7311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA10:ENSG00000154263.11:-:insertionFS:1/4:ABCA10-001:ENST00000269081.4:4632_1907
chr17	67190117	rs111599831	AAT	A	12936.85	PASS	AA=0;AC=169;AF=0.2341;AN=722;BaseQRankSum=20.164;DB;DP=1686;FS=2.881;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.2823;InbreedingCoeff=0.2483;MQ=62.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.621;QD=26.40;ReadPosRankSum=-0.255;SB=-5616.33;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=8.8752;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCA10:ENSG00000154263.11:-:deletionFS:1/4:ABCA10-001:ENST00000269081.4:4632_1359
chr17	67190536	rs113082690	AACAG	A	13712.25	PASS	AA=0;AC=196;AF=0.09533;AN=2056;BaseQRankSum=21.780;DB;DP=4607;DS;FS=13.214;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.8626;InbreedingCoeff=0.0824;MQ=62.57;MQ0=1;MQRankSum=1.331;QD=28.27;ReadPosRankSum=1.651;SB=-6567.17;SZ=-4;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.7805;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA10:ENSG00000154263.11:-:deletionFS:2/4:ABCA10-001:ENST00000269081.4:4632_1335:ABCA10-201:ENST00000416101.2:1401_1335
chr17	67250586	.	A	AATC	29.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=478;DP=1233;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SB=-41.68;SZ=3;TR=9;TU=ATC;VQSLOD=5.6635;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA5:ENSG00000154265.10:-:insertionNFS:2/2:ABCA5-201:ENST00000392676.2:4929_4114_1372_S->DS:ABCA5-202:ENST00000392677.2:4932_4117_1373_S->DS
chr17	67305407	.	T	TG	20.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=855;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.7134;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ABCA5:ENSG00000154265.10:-:insertionFS:2/2:ABCA5-201:ENST00000392676.2:4929_465:ABCA5-202:ENST00000392677.2:4932_465
chr17	67309411	.	T	TA	57.55	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0154;AN=456;DP=930;HR=8;HRun=8;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=8;TU=A;VQSLOD=5.0784;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ABCA5:ENSG00000154265.10:-:insertionFS:2/2:ABCA5-201:ENST00000392676.2:4929_129:ABCA5-202:ENST00000392677.2:4932_129
chr17	71205858	.	ATGC	A	119.45	PASS	AA=.;AC=27;AF=0.02292;AN=1178;BaseQRankSum=1.353;DP=2314;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.6602;InbreedingCoeff=0.2291;MQ=67.57;MQ0=2;MQRankSum=-0.306;QD=1.36;ReadPosRankSum=0.375;SB=-111.74;SZ=.;TR=25;TU=CTG;VQSLOD=7.4770;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM104A:ENSG00000133193.7:-:deletionNFS:2/2:FAM104A-002:ENST00000403627.3:561_371_124_IN->N:FAM104A-001:ENST00000405159.3:624_434_145_IN->N
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chr17	71241321	.	CGTAA	C	360.86	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0128;AN=702;DP=1300;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.8641;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf80:ENSG00000141219.10:+:deletionFS:2/5:C17orf80-201:ENST00000255557.4:1644_1636:C17orf80-204:ENST00000426147.1:1752_1744
chr17	71747379	.	CT	C	1048.48	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01791;AN=1340;BaseQRankSum=7.095;DP=3122;FS=14.129;HR=1;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=24.4566;InbreedingCoeff=0.1354;MQ=62.84;MQ0=0;MQRankSum=0.307;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.903;SB=-412.70;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5182;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC125421.1:ENSG00000256854.1:+:deletionFS:1/1:AC125421.1-201:ENST00000537940.1:861_409
chr17	71752500	rs58614631	C	CT	138075.79	PASS	AA=1;AC=2047;AF=0.99951;AN=2048;BaseQRankSum=-4.270;DB;DP=5595;DS;FS=9.038;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=11.4921;InbreedingCoeff=0.0959;MQ=84.03;MQ0=0;MQRankSum=-3.826;QD=44.58;ReadPosRankSum=3.681;SB=-68131.39;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=9.3211;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC125421.1:ENSG00000256854.1:+:insertionFS:1/1:AC125421.1-201:ENST00000537940.1:861_848
chr17	72211845	.	GT	G	6983.38	PASS	AA=1;AC=120;AF=0.08584;AN=1398;BaseQRankSum=13.128;DP=3680;DS;FS=10.464;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=14.8272;InbreedingCoeff=0.1191;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.068;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.774;SB=-3332.44;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=8.1835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTYH2:ENSG00000141540.5:+:deletionFS:1/3:TTYH2-003:ENST00000529107.1:1542_60
chr17	72248481	.	GC	G	870.37	PASS	AA=0;AC=53;AF=0.05028;AN=1054;BaseQRankSum=11.198;DP=2268;DS;FS=5.304;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=19.5860;InbreedingCoeff=0.0998;MQ=60.54;MQ0=0;MQRankSum=4.644;QD=4.52;ReadPosRankSum=-1.669;SB=-624.88;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.5251;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TTYH2:ENSG00000141540.5:+:deletionFS:3/3:TTYH2-001:ENST00000269346.4:1605_1225:TTYH2-003:ENST00000529107.1:1542_1162:TTYH2-002:ENST00000441391.2:642_262
chr17	72340432	.	AG	A	88.73	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0048;AN=628;DP=1174;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.5726;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIF19:ENSG00000196169.9:+:deletionFS:1/2:KIF19-001:ENST00000389916.4:2997_527
chr17	72363857	rs59375334	GC	G	9527.50	PASS	AA=0;AC=101;AF=0.06946;AN=1454;BaseQRankSum=14.347;DB;DP=4043;DS;FS=2.197;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.0961;InbreedingCoeff=0.1160;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.295;QD=19.29;ReadPosRankSum=-2.367;SB=-4668.97;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.7157;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GPR142:ENSG00000257008.1:+:deletionFS:1/1:GPR142-201:ENST00000335666.3:1389_213
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chr17	72839130	rs67510083	A	AGCTCCGGGG	25218.46	PASS	AA=.;AC=331;AF=0.7592;AN=436;BaseQRankSum=-0.886;DB;DP=511;FS=12.407;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.6108;InbreedingCoeff=0.2975;MQ=53.80;MQ0=0;MQRankSum=-7.171;QD=73.95;ReadPosRankSum=2.236;SB=-6437.21;SZ=.;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.4683;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GRIN2C:ENSG00000161509.8:-:insertionNFS:1/2:GRIN2C-001:ENST00000293190.5:3702_3146_1049_L->PPEL
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chr17	73620970	.	AC	A	120.45	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0034;AN=594;DP=1387;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.2348;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYO15B:ENSG00000188126.7:+:deletionFS:1/1:MYO15B-201:ENST00000293201.8:1464_835
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chr17	74278067	.	CT	C	114.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=400;DP=1058;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=14;TU=AGGCTGC;VQSLOD=7.7786;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:QRICH2:ENSG00000129646.8:-:deletionFS:3/3:QRICH2-001:ENST00000262765.5:4992_3643:QRICH2-201:ENST00000301613.6:4290_3643:QRICH2-003:ENST00000447564.2:1488_667
chr17	74288564	rs34007000	CTGA	C	54069.93	PASS	AA=.;AC=898;AF=0.44020;AN=2040;BaseQRankSum=32.358;DB;DP=6929;DS;FS=1.090;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.3742;InbreedingCoeff=0.1567;MQ=55.27;MQ0=4;MQRankSum=-12.114;QD=26.80;ReadPosRankSum=2.477;SB=-23177.41;SZ=.;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=8.0148;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:QRICH2:ENSG00000129646.8:-:deletionNFS:2/3:QRICH2-001:ENST00000262765.5:4992_1746_582_QR->R:QRICH2-201:ENST00000301613.6:4290_1746_582_QR->R
chr17	74383055	.	TGA	T	5.51	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=612;BaseQRankSum=1.417;DP=1575;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=5.5388;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPHK1:ENSG00000176170.7:+:deletionFS:4/4:SPHK1-201:ENST00000323374.3:1413_801:SPHK1-202:ENST00000392496.2:1155_543:SPHK1-204:ENST00000545180.1:1155_543:SPHK1-203:ENST00000543830.1:1152_540
chr17	74383107	.	CG	C	262.33	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0064;AN=626;DP=1681;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=8.2691;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPHK1:ENSG00000176170.7:+:deletionFS:4/4:SPHK1-201:ENST00000323374.3:1413_853:SPHK1-202:ENST00000392496.2:1155_595:SPHK1-204:ENST00000545180.1:1155_595:SPHK1-203:ENST00000543830.1:1152_592
chr17	74568781	.	TG	T	69.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=414;DP=1417;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=7.2140;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ST6GALNAC2:ENSG00000070731.4:-:deletionFS:1/1:ST6GALNAC2-201:ENST00000225276.4:1125_607
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chr17	75549003	.	AGT	A	310.29	PASS	AA=.;AC=58;AF=0.02791;AN=2078;BaseQRankSum=4.250;DP=6242;DS;FS=1.914;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.6047;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=59.69;MQ0=1;MQRankSum=0.930;QD=1.45;ReadPosRankSum=1.039;SB=-320.11;SZ=.;TR=14;TU=GT;VQSLOD=7.5205;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC021683.7:ENSG00000257081.1:+:endOverlap:1/1:AC021683.7-201:ENST00000534984.1:372
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chr17	76047420	.	TACC	T	70.33	PASS	AA=1;AC=14;AF=0.01341;AN=1044;BaseQRankSum=3.964;DP=2033;FS=5.346;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=13.9674;InbreedingCoeff=0.1404;MQ=70.53;MQ0=1;MQRankSum=-0.456;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.519;SB=-35.92;SZ=3;TR=20;TU=ACC;VQSLOD=6.4582;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TNRC6C:ENSG00000078687.10:+:deletionNFS:6/6:TNRC6C-201:ENST00000301624.4:5073_2277_759_NT->N:TNRC6C-202:ENST00000335749.4:5181_2277_759_NT->N:TNRC6C-001:ENST00000395801.3:5181_2277_759_NT->N:TNRC6C-002:ENST00000455761.2:5073_2277_759_NT->N:TNRC6C-203:ENST00000541771.1:5073_2277_759_NT->N:TNRC6C-204:ENST00000544502.1:5181_2277_759_NT->N
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chr17	76267872	.	C	CG	113.18	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1218;DS;HR=5;HRun=5;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.5251;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC087645.1:ENSG00000204277.1:-:insertionFS:1/1:AC087645.1-201:ENST00000374945.1:618_143
chr17	76423214	.	CCT	C	774.59	PASS	AA=.;AC=13;AF=0.0314;AN=414;DP=974;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=7.9775;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH17:ENSG00000187775.9:-:spliceOverlap:1/2:DNAH17-201:ENST00000389840.5:13458
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chr17	76539946	.	ATGGCT	A	292.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=324;DP=905;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-5;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.6410;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH17:ENSG00000187775.9:-:deletionFS:2/2:DNAH17-001:ENST00000300671.2:13374_2525:DNAH17-201:ENST00000389840.5:13458_2525
chr17	76548779	.	CT	C	85.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=646;DP=1617;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.2954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DNAH17:ENSG00000187775.9:-:deletionFS:2/2:DNAH17-001:ENST00000300671.2:13374_2287:DNAH17-201:ENST00000389840.5:13458_2287
chr17	76798548	rs3830256	TTTTTTC	T	26071.55	PASS	AA=0;AC=583;AF=0.32353;AN=1802;BaseQRankSum=25.236;DB;DP=3590;DS;FS=24.489;HR=7;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.7119;InbreedingCoeff=0.2365;MQ=72.38;MQ0=0;MQRankSum=-8.987;QD=25.26;ReadPosRankSum=-0.581;SB=-8392.68;SZ=-6;TR=18;TU=CTTTTT;VQSLOD=7.0748;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:USP36:ENSG00000055483.10:-:deletionNFS:3/4:USP36-201:ENST00000312010.6:3372_2880_960_KRK->K:USP36-204:ENST00000542802.1:3372_2880_960_KRK->K:USP36-203:ENST00000449938.2:2187_1695_565_KRK->K
chr17	76831416	.	TC	T	9.42	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=588;DP=1563;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.0336;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:USP36:ENSG00000055483.10:-:deletionFS:3/4:USP36-201:ENST00000312010.6:3372_421:USP36-204:ENST00000542802.1:3372_421:USP36-202:ENST00000432878.2:1647_421
chr17	76887421	.	T	TC	928.86	PASS	AA=0;AC=18;AF=0.0254;AN=708;BaseQRankSum=-5.334;DP=1603;DS;FS=9.223;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.6981;InbreedingCoeff=0.0925;MQ=58.41;MQ0=0;MQRankSum=4.032;QD=14.98;ReadPosRankSum=-3.035;SB=-403.71;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.7916;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC100788.1:ENSG00000178404.3:-:insertionFS:1/1:AC100788.1-001:ENST00000322630.2:1866_1165
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chr17	77075670	.	C	CT	10717.36	PASS	AA=0;AC=540;AF=0.29573;AN=1826;BaseQRankSum=29.003;DP=4599;DS;FS=23.224;HR=5;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=26.6025;InbreedingCoeff=0.1319;MQ=55.72;MQ0=0;MQRankSum=-10.515;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.511;SB=-3910.50;SZ=1;TR=5;TU=C;VQSLOD=5.5460;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ENGASE:ENSG00000167280.9:+:insertionFS:2/2:ENGASE-201:ENST00000311595.8:1134_516:ENGASE-001:ENST00000545583.1:2232_516
chr17	77093774	.	CT	C	15.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0033;AN=304;DP=338;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8994;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBFOX3:ENSG00000167281.11:-:deletionFS:3/3:RBFOX3-002:ENST00000338834.4:1077_619:RBFOX3-201:ENST00000415831.1:939_622:RBFOX3-202:ENST00000453134.2:939_622
chr17	77755634	.	TC	T	81.45	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0051;AN=394;DP=854;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.9185;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CBX2:ENSG00000173894.5:+:deletionFS:1/2:CBX2-201:ENST00000269399.4:636_322
chr17	77755771	.	CT	C	245.11	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.00455;AN=1320;BaseQRankSum=2.663;DP=2429;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=9.6916;InbreedingCoeff=0.0495;MQ=65.20;MQ0=0;MQRankSum=0.314;QD=18.85;ReadPosRankSum=2.375;SB=-134.58;SZ=.;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=7.0626;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CBX2:ENSG00000173894.5:+:deletionFS:1/2:CBX2-201:ENST00000269399.4:636_459
chr17	77808240	rs3833850	CGTG	C,CGTGGTG	306.13	PASS	AA=.;AC=9,54;AF=0.0239,0.1436;AN=376;BaseQRankSum=1.657;DB;DP=687;FS=14.099;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=12.5536;InbreedingCoeff=0.5425;MQ=64.87;MQ0=10;MQRankSum=-1.340;QD=1.27;ReadPosRankSum=-2.473;SB=-73.10;SZ=.;TR=33;TU=GGT;VQSLOD=8.9381;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CBX4:ENSG00000141582.9:-:deletionNFS:2/2:CBX4-001:ENST00000269397.4:1683_1201_401_AV->V:CBX4-201:ENST00000343048.7:873_391_131_AV->V,2:CBX4:ENSG00000141582.9:-:insertionNFS:1/2:CBX4-001:ENST00000269397.4:1683_1201_401_A->HHA,2:CBX4:ENSG00000141582.9:-:spliceOverlap:1/2:CBX4-201:ENST00000343048.7:873
chr17	78023778	.	T	TC	137.55	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=526;DP=1293;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.3700;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC40:ENSG00000141519.9:+:insertionFS:4/4:CCDC40-001:ENST00000397545.3:3429_929:CCDC40-203:ENST00000374877.3:3093_929:CCDC40-201:ENST00000269318.4:1740_929:CCDC40-202:ENST00000374876.3:1437_929
chr17	78059861	.	GC	G	5.20	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=614;BaseQRankSum=0.141;DP=1357;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.7370;InbreedingCoeff=0.0653;MQ=67.54;MQ0=0;MQRankSum=2.434;QD=1.04;ReadPosRankSum=-1.026;SB=-37.88;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.3931;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CCDC40:ENSG00000141519.9:+:deletionFS:2/4:CCDC40-001:ENST00000397545.3:3429_2295:CCDC40-203:ENST00000374877.3:3093_2295
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chr17	78064074	.	AC	A	726.04	PASS	AA=.;AC=48;AF=0.03738;AN=1284;BaseQRankSum=1.139;DP=2196;DS;FS=10.278;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=14.2313;InbreedingCoeff=0.1252;MQ=50.40;MQ0=401;MQRankSum=-2.547;QD=4.43;ReadPosRankSum=-1.552;SB=-466.61;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.1989;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCDC40:ENSG00000141519.9:+:deletionFS:1/4:CCDC40-203:ENST00000374877.3:3093_2969
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chr17	78184584	.	G	GA	14.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0035;AN=286;BaseQRankSum=-1.016;DP=621;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.2701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SGSH:ENSG00000181523.6:-:insertionFS:2/3:SGSH-201:ENST00000326317.5:1509_1176:SGSH-202:ENST00000534910.1:900_567
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chr17	78264463	.	AGAG	A	259.51	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0058;AN=686;DP=1627;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=-3;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=7.6349;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RNF213:ENSG00000173821.12:+:deletionNFS:4/6:RNF213-203:ENST00000411702.2:15771_1354_452_RG->R:RNF213-001:ENST00000508628.1:15624_1207_403_RG->R:RNF213-205:ENST00000456466.1:4653_1207_403_RG->R:RNF213-201:ENST00000319921.3:3192_1207_403_RG->R
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chr17	78857651	.	GC	G	7.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=454;DP=1000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=5.2439;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RPTOR:ENSG00000141564.8:+:deletionFS:1/3:RPTOR-201:ENST00000306801.2:4008_1721
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chr17	79093270	.	C	CGGGCGT	297.09	PASS	AA=.;AC=18;AF=0.0193;AN=932;BaseQRankSum=5.053;DP=1546;DS;FS=23.895;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=26.2035;InbreedingCoeff=0.0890;MQ=52.56;MQ0=0;MQRankSum=-3.975;QD=9.28;ReadPosRankSum=1.032;SB=-45.61;SZ=.;TR=17;TU=CGTGGG;VQSLOD=6.2275;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AATK:ENSG00000181409.6:-:insertionNFS:1/2:AATK-001:ENST00000326724.4:4125_3994_1332_A->TPA
chr17	79094185	.	CT	C	5.29	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;BaseQRankSum=0.823;DP=1145;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.6803;InbreedingCoeff=0.1158;MQ=69.73;MQ0=0;MQRankSum=0.588;QD=0.88;ReadPosRankSum=2.143;SB=-28.74;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.5355;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AATK:ENSG00000181409.6:-:deletionFS:1/2:AATK-001:ENST00000326724.4:4125_3551
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chr17	79219500	rs10569617	AATG	A	28353.61	PASS	AA=0;AC=656;AF=0.40196;AN=1632;BaseQRankSum=18.026;DB;DP=3326;DS;FS=5.099;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.7559;InbreedingCoeff=0.1587;MQ=53.75;MQ0=0;MQRankSum=-9.440;QD=28.67;ReadPosRankSum=0.725;SB=-13380.87;SZ=-3;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=7.9611;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SLC38A10:ENSG00000157637.7:-:deletionNFS:1/2:SLC38A10-001:ENST00000374759.3:3360_3216_1072_IG->G
chr17	79219505	rs75790659	TGAC	T	10067.14	PASS	AA=0;AC=661;AF=0.40453;AN=1634;BaseQRankSum=-8.551;DB;DP=3176;FS=0.273;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=36.6540;InbreedingCoeff=0.0866;MQ=51.71;MQ0=0;MQRankSum=-5.714;QD=15.85;ReadPosRankSum=4.002;SZ=-3;TR=7;TU=ATG;VQSLOD=4.8735;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC38A10:ENSG00000157637.7:-:deletionNFS:1/2:SLC38A10-001:ENST00000374759.3:3360_3211_1071_II->I
chr17	79225074	.	G	GT	4205.62	PASS	AA=0;AC=93;AF=0.06284;AN=1480;BaseQRankSum=15.681;DP=3187;DS;FS=2.062;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=14.4421;InbreedingCoeff=0.1328;MQ=63.24;MQ0=0;MQRankSum=-3.849;QD=16.96;ReadPosRankSum=-2.665;SB=-1507.95;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=8.1041;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC38A10:ENSG00000157637.7:-:insertionFS:1/2:SLC38A10-002:ENST00000288439.5:2343_2284
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chr17	79279019	rs3215153	G	GC	4793.66	PASS	AA=0;AC=129;AF=0.07669;AN=1682;BaseQRankSum=11.849;DB;DP=3597;DS;FS=7.645;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.2433;InbreedingCoeff=0.1553;MQ=56.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.062;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.167;SB=-1998.15;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.4963;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C17orf55:ENSG00000185168.4:-:insertionFS:1/1:C17orf55-201:ENST00000332012.4:795_146
chr17	79279020	.	C	CA	902.75	PASS	AA=0;AC=87;AF=0.05046;AN=1724;BaseQRankSum=17.041;DP=3640;DS;FS=1.864;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=16.2525;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=56.70;MQ0=0;MQRankSum=3.058;QD=3.54;ReadPosRankSum=1.560;SB=-623.75;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.2662;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C17orf55:ENSG00000185168.4:-:insertionFS:1/1:C17orf55-201:ENST00000332012.4:795_145
chr17	79495628	.	TG	T	91.98	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0094;AN=426;DP=815;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.1141;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FSCN2:ENSG00000186765.7:+:deletionFS:2/2:FSCN2-003:ENST00000334850.7:1551_71:FSCN2-001:ENST00000417245.2:1479_71
chr17	79503252	.	TGAA	T	61.81	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=578;DP=1408;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=1;SZ=-3;TR=9;TU=AAG;VQSLOD=6.7552;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FSCN2:ENSG00000186765.7:+:deletionNFS:2/2:FSCN2-003:ENST00000334850.7:1551_1064_355_MK->M:FSCN2-001:ENST00000417245.2:1479_1064_355_MK->M
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chr17	79614937	.	TAAC	T	7058.40	PASS	AA=.;AC=1059;AF=0.69306;AN=1528;BaseQRankSum=11.542;DP=2703;FS=1.441;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.7619;InbreedingCoeff=0.0381;MQ=50.73;MQ0=1;MQRankSum=-3.125;QD=11.62;ReadPosRankSum=7.714;SZ=.;TR=9;TU=AACT;VQSLOD=4.9929;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TSPAN10:ENSG00000182612.5:+:spliceOverlap:1/2:TSPAN10-201:ENST00000328585.4:1068
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chr18	3452221	.	CCT	C	1065.92	PASS	AA=.;AC=213;AF=0.2210;AN=964;BaseQRankSum=18.364;DP=1183;FS=0.868;HR=7;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.8675;InbreedingCoeff=0.2594;MQ=69.86;MQ0=0;MQRankSum=0.533;QD=3.53;ReadPosRankSum=-3.714;SB=-682.51;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=5.9885;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TGIF1:ENSG00000177426.13:+:deletionFS:1/7:TGIF1-003:ENST00000330513.5:1206_244
chr18	3452222	rs11571510	CT	C	9522.66	PASS	AA=.;AC=311;AF=0.3193;AN=974;BaseQRankSum=8.945;DB;DP=1165;FS=2.980;HR=7;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=7.5703;InbreedingCoeff=0.2019;MQ=70.06;MQ0=0;MQRankSum=1.738;QD=20.88;ReadPosRankSum=-4.380;SB=-4072.69;SZ=.;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=7.4637;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TGIF1:ENSG00000177426.13:+:deletionFS:1/7:TGIF1-003:ENST00000330513.5:1206_245
chr18	3597089	.	CT	C,CTT	407.71	PASS	AA=.;AC=66,82;AF=0.03924,0.04875;AN=1682;BaseQRankSum=2.532;DP=4271;DS;FS=9.874;HR=10;HU=T;HaplotypeScore=12.8081;InbreedingCoeff=0.1818;MQ=73.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=0.29;ReadPosRankSum=-1.427;SB=-546.16;SZ=.;TR=10;TU=T;VQSLOD=7.5050;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AP002478.1:ENSG00000177337.1:+:deletionFS:1/1:AP002478.1-201:ENST00000317114.1:387_250,2:AP002478.1:ENSG00000177337.1:+:insertionFS:1/1:AP002478.1-201:ENST00000317114.1:387_250
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chr18	3597154	rs35111168	CTCTG	C	14552.60	PASS	AA=0;AC=238;AF=0.12435;AN=1914;BaseQRankSum=22.179;DB;DP=4873;DS;FS=0.230;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.5571;InbreedingCoeff=0.2193;MQ=68.10;MQ0=2;MQRankSum=-4.000;QD=25.54;ReadPosRankSum=1.571;SB=-6014.30;SZ=-4;TR=9;TU=CTGT;VQSLOD=9.8220;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AP002478.1:ENSG00000177337.1:+:deletionFS:1/1:AP002478.1-201:ENST00000317114.1:387_315
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chr18	6887226	.	AG	A	8.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=644;DP=1707;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=1;SZ=-1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.3904;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ARHGAP28:ENSG00000088756.7:+:deletionFS:8/8:ARHGAP28-201:ENST00000314319.3:1713_1047:ARHGAP28-001:ENST00000419673.2:1713_1047:ARHGAP28-004:ENST00000531294.1:1698_1032:ARHGAP28-204:ENST00000418986.1:1692_1047:ARHGAP28-002:ENST00000532996.1:1665_1020:ARHGAP28-202:ENST00000383472.3:1638_993:ARHGAP28-203:ENST00000400091.2:2169_1524:ARHGAP28-003:ENST00000262227.3:2013_1368
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chr18	9950407	.	A	AG	11.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;BaseQRankSum=-2.448;DP=1374;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.8923;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:VAPA:ENSG00000101558.8:+:insertionFS:2/2:VAPA-001:ENST00000340541.3:885_568:VAPA-002:ENST00000400000.2:750_433
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chr18	11610674	.	CAA	C,CA,CAAA,CAAAAA,CCAAA	19078.41	PASS	AA=.;AC=69,210,122,148,602;AF=0.04726,0.14384,0.08356,0.10137,0.41233;AN=1460;BaseQRankSum=5.315;DP=1779;FS=6.922;HR=17;HU=A;HaplotypeScore=15.4564;InbreedingCoeff=0.6986;MQ=34.80;MQ0=400;MQRankSum=-3.869;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.049;SB=-2335.12;SZ=.;TR=17;TU=A;VQSLOD=6.6672;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AMAC1L1:ENSG00000236396.2:+:deletionFS:1/1:AMAC1L1-201:ENST00000424015.2:924_911,2:AMAC1L1:ENSG00000236396.2:+:deletionFS:1/1:AMAC1L1-201:ENST00000424015.2:924_911,3:AMAC1L1:ENSG00000236396.2:+:insertionFS:1/1:AMAC1L1-201:ENST00000424015.2:924_911,4:AMAC1L1:ENSG00000236396.2:+:insertionNFS:1/1:AMAC1L1-201:ENST00000424015.2:924_911_304_T->TK,5:AMAC1L1:ENSG00000236396.2:+:insertionFS:1/1:AMAC1L1-201:ENST00000424015.2:924_911
chr18	11689669	rs10659865	C	CGGCCCT	117.99	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0352;AN=256;DB;DP=289;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=16;TU=CCCCGG;VQSLOD=7.4594;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GNAL:ENSG00000141404.7:+:insertionNFS:1/6:GNAL-001:ENST00000334049.5:1377_107_36_P->PAL
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chr18	34647320	.	TG	T	716.99	PASS	AA=0;AC=27;AF=0.0276;AN=980;BaseQRankSum=12.581;DP=2500;DS;FS=1.396;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=18.2092;InbreedingCoeff=-0.0046;MQ=63.40;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=4.37;ReadPosRankSum=-0.989;SB=-444.37;SZ=-1;TR=9;TU=GGT;VQSLOD=6.0937;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1328:ENSG00000150477.6:+:deletionFS:4/4:KIAA1328-204:ENST00000543923.1:1353_720:KIAA1328-203:ENST00000435985.2:840_192:KIAA1328-201:ENST00000280020.5:1734_1044:KIAA1328-202:ENST00000383055.3:1734_1044
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chr18	43833701	rs59370768	T	TCTG	112051.31	PASS	AA=1;AC=1386;AF=0.68546;AN=2022;BaseQRankSum=-33.032;DB;DP=4791;DS;FS=7.481;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.3848;InbreedingCoeff=0.0748;MQ=63.20;MQ0=0;MQRankSum=-11.103;QD=44.50;ReadPosRankSum=3.025;SB=-54870.89;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.2263;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C18orf25:ENSG00000152242.5:+:insertionNFS:2/2:C18orf25-201:ENST00000282059.5:1212_937_313_S->SA:C18orf25-202:ENST00000321319.5:1029_754_252_S->SA
chr18	43833703	rs76516801	T	TGCG	29493.18	PASS	AA=1;AC=1351;AF=0.66096;AN=2044;BaseQRankSum=24.159;DB;DP=4993;FS=0.920;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.6783;InbreedingCoeff=0.0717;MQ=70.53;MQ0=0;MQRankSum=-10.786;QD=23.88;ReadPosRankSum=4.176;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.5483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C18orf25:ENSG00000152242.5:+:insertionNFS:2/2:C18orf25-201:ENST00000282059.5:1212_939_313_S->SA:C18orf25-202:ENST00000321319.5:1029_756_252_S->SA
chr18	43833704	rs76516801	G	GCT	36161.29	PASS	AA=.;AC=1264;AF=0.61719;AN=2048;BaseQRankSum=40.028;DB;DP=4887;DS;FS=1.846;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=24.7502;InbreedingCoeff=-0.0183;MQ=64.03;MQ0=0;MQRankSum=-14.693;QD=14.56;ReadPosRankSum=9.073;SB=-17937.59;SZ=.;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.8920;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C18orf25:ENSG00000152242.5:+:insertionFS:2/2:C18orf25-201:ENST00000282059.5:1212_940:C18orf25-202:ENST00000321319.5:1029_757
chr18	44113212	.	G	GT	12.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=428;DP=1379;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.3485;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LOXHD1:ENSG00000167210.11:-:insertionFS:5/10:LOXHD1-203:ENST00000536736.1:6636_4288:LOXHD1-201:ENST00000441893.2:3435_1087:LOXHD1-001:ENST00000335730.2:4602_3454:LOXHD1-003:ENST00000398722.3:5844_3454:LOXHD1-002:ENST00000300591.6:3345_955
chr18	44140279	.	CTCT	C	423.76	PASS	AA=.;AC=22;AF=0.01760;AN=1250;BaseQRankSum=6.318;DP=2507;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=14.8986;InbreedingCoeff=0.1681;MQ=73.15;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.751;SB=-251.99;SZ=.;TR=14;TU=CTT;VQSLOD=7.8540;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LOXHD1:ENSG00000167210.11:-:deletionNFS:3/10:LOXHD1-203:ENST00000536736.1:6636_2828_943_RK->K:LOXHD1-001:ENST00000335730.2:4602_1994_665_RK->K:LOXHD1-003:ENST00000398722.3:5844_1994_665_RK->K
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chr18	60645534	.	CT	C	38.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=632;DP=2046;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SB=-31.88;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.5083;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PHLPP1:ENSG00000081913.8:+:deletionFS:2/2:PHLPP1-001:ENST00000262719.4:5154_4024:PHLPP1-201:ENST00000400316.4:3618_2488
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chr18	60646562	.	ACAG	A	65.59	PASS	AA=.;AC=7;AF=0.0176;AN=398;DP=836;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=16;TU=AGC;VQSLOD=6.8226;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PHLPP1:ENSG00000081913.8:+:deletionNFS:2/2:PHLPP1-001:ENST00000262719.4:5154_5052_1684_QQ->Q:PHLPP1-201:ENST00000400316.4:3618_3516_1172_QQ->Q
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chr18	72223591	rs10663835	GTGC	G,GCTGC,GGGCTGC,GTGCTGC,GTGCTGCTGC	35573.19	PASS	AA=.;AC=44,6,18,803,67;AF=0.02249,0.00307,0.00920,0.41053,0.03425;AN=1956;BaseQRankSum=-12.172;DB;DP=3816;DS;FS=0.547;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=21.7279;InbreedingCoeff=0.5245;MQ=59.97;MQ0=0;MQRankSum=-4.447;QD=26.69;ReadPosRankSum=-1.901;SB=-13378.57;SZ=.;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=8.6345;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:deletionNFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_43_15_VL->V,2:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:insertionFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_43,3:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:insertionNFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_43_15_V->GLL,4:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:insertionNFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_43_15_V->VLL,5:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:insertionNFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_43_15_V->VLLL
chr18	72229342	.	C	CTG	86.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=312;DP=929;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=2;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.8879;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:insertionFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_527
chr18	72251759	.	AT	A	4.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=506;BaseQRankSum=2.451;DP=1295;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=13.1388;InbreedingCoeff=0.0000;MQ=56.58;MQ0=0;MQRankSum=0.585;QD=1.54;ReadPosRankSum=0.147;SB=-33.52;SZ=-1;TR=6;TU=ATT;VQSLOD=5.4900;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CNDP1:ENSG00000150656.9:+:deletionFS:1/1:CNDP1-001:ENST00000358821.3:1524_1485
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chr19	1389043	.	CAT	C	19922.30	PASS	AA=0;AC=204;AF=0.09855;AN=2070;BaseQRankSum=0.077;DP=7567;DS;FS=3.688;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=25.6381;InbreedingCoeff=0.0782;MQ=57.35;MQ0=4;MQRankSum=5.927;QD=21.99;ReadPosRankSum=-0.541;SB=-6890.54;SZ=-2;TR=10;TU=ATGC;VQSLOD=6.9478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_334
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chr19	1389213	.	CAT	C	399.39	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0029;AN=350;DP=1070;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AC;VQSLOD=6.0948;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_504
chr19	1389215	.	TACAC	T	968.64	PASS	AA=.;AC=9;AF=0.0108;AN=830;BaseQRankSum=5.073;DP=3138;DS;FS=2.421;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=37.9690;InbreedingCoeff=0.0377;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=-2.536;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.045;SB=-370.97;SZ=.;TR=7;TU=AC;VQSLOD=6.5699;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_506
chr19	1389280	.	GCA	G	788.28	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0105;AN=478;DP=1933;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-2;TR=7;TU=AC;VQSLOD=6.3053;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_571
chr19	1389320	.	GCA	G	22996.31	PASS	AA=.;AC=720;AF=0.35363;AN=2036;BaseQRankSum=47.389;DP=7366;DS;FS=10.055;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=34.4499;InbreedingCoeff=0.1007;MQ=60.26;MQ0=26;MQRankSum=-1.178;QD=7.45;ReadPosRankSum=6.738;SB=-8112.59;SZ=.;TR=5;TU=AC;VQSLOD=4.7715;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_611
chr19	1389324	rs66919466	ACT	A	82941.18	PASS	AA=.;AC=848;AF=0.41285;AN=2054;BaseQRankSum=36.059;DB;DP=7317;DS;FS=4.232;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=24.7565;InbreedingCoeff=0.0549;MQ=60.60;MQ0=26;MQRankSum=4.470;QD=25.13;ReadPosRankSum=-0.787;SB=-32935.93;SZ=.;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.5470;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NDUFS7:ENSG00000115286.12:+:deletionFS:1/10:NDUFS7-202:ENST00000435801.2:885_615
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chr19	1474932	.	TG	T	2841.69	PASS	AA=0;AC=47;AF=0.03730;AN=1260;BaseQRankSum=8.065;DP=2571;DS;FS=4.225;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=11.1839;InbreedingCoeff=0.0174;MQ=64.05;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.554;SB=-1498.24;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.4347;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C19orf25:ENSG00000119559.9:-:deletionFS:1/3:C19orf25-201:ENST00000335104.5:486_368
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chr19	1497433	.	CTG	C	28.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=382;DP=614;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=14;TU=CTCTGG;VQSLOD=5.5311;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:REEP6:ENSG00000115255.5:+:deletionFS:1/3:REEP6-003:ENST00000395484.3:1443_980
chr19	1578371	.	GCTC	G	24.46	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0189;AN=318;DP=681;DS;HR=3;HRun=0;HU=G;SZ=-3;TR=21;TU=CCT;VQSLOD=6.7458;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MBD3:ENSG00000071655.9:-:deletionNFS:2/2:MBD3-201:ENST00000156825.1:876_844_282_PD->D:MBD3-202:ENST00000434436.1:780_748_250_PD->D
chr19	1621907	.	TGAG	T	158.21	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0038;AN=784;BaseQRankSum=2.862;DP=1343;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.1911;InbreedingCoeff=0.0676;MQ=69.21;MQ0=0;MQRankSum=0.402;QD=14.38;ReadPosRankSum=2.025;SB=-90.82;SZ=-3;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=6.2582;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TCF3:ENSG00000071564.8:-:deletionNFS:5/5:TCF3-201:ENST00000262965.4:1965_885_295_SA->A:TCF3-202:ENST00000344749.5:1956_885_295_SA->A:TCF3-203:ENST00000395423.3:1977_732_244_SA->A:TCF3-204:ENST00000453954.1:1956_885_295_SA->A:TCF3-205:ENST00000536553.1:471_66_22_SA->A
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chr19	1795906	.	C	CA	25.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;DP=1513;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=0;HU=C;MQ0=1;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=5.5502;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATP8B3:ENSG00000130270.8:-:insertionFS:3/5:ATP8B3-002:ENST00000310127.6:3903_2023:ATP8B3-202:ENST00000539485.1:3933_2023:ATP8B3-005:ENST00000525591.1:3792_1882
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chr19	7660931	.	AC	A	16.12	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0062;AN=162;DP=132;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=AGG;VQSLOD=5.5764;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA1543:ENSG00000076826.4:+:deletionFS:2/2:KIAA1543-201:ENST00000160298.3:3750_43:KIAA1543-202:ENST00000446248.1:3831_43
chr19	7704850	.	CTG	C	1650.02	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.01619;AN=1050;BaseQRankSum=8.210;DP=5067;DS;FS=0.492;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=44.1867;InbreedingCoeff=0.0104;MQ=56.04;MQ0=5;MQRankSum=-6.320;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.659;SB=-747.94;SZ=-2;TR=5;TU=GT;VQSLOD=4.8065;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_61
chr19	7704859	rs60534261	CAT	C	365.39	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0082;AN=490;DB;DP=2505;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.3600;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_70
chr19	7704869	.	CGT	C	247.62	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00189;AN=1056;BaseQRankSum=2.164;DP=5246;DS;FS=1.427;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=41.9335;InbreedingCoeff=0.0823;MQ=57.23;MQ0=2;MQRankSum=-1.378;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.019;SB=-69.37;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.4255;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:spliceOverlap:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197
chr19	7704878	.	ATG	A	2101.67	PASS	AA=.;AC=33;AF=0.01535;AN=2150;BaseQRankSum=9.877;DP=10644;DS;FS=7.708;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=40.1418;InbreedingCoeff=0.0874;MQ=57.95;MQ0=2;MQRankSum=-7.824;QD=10.29;ReadPosRankSum=-0.388;SB=-1075.61;SZ=.;TR=7;TU=GT;VQSLOD=6.3042;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_88
chr19	7704886	.	CTATG	C,CTG	7130.08	PASS	AA=.;AC=50,1;AF=0.02328,0.00047;AN=2148;BaseQRankSum=12.853;DP=10460;DS;FS=12.901;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=46.6875;InbreedingCoeff=0.1383;MQ=61.38;MQ0=5;MQRankSum=-8.279;QD=20.08;ReadPosRankSum=3.008;SB=-3312.19;SZ=.;TR=9;TU=ATGT;VQSLOD=5.4590;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_96,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_96
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chr19	7704943	.	T	TGC	44.77	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=490;DP=2472;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=2;TR=18;TU=ATGTGTGT;VQSLOD=5.0772;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_153
chr19	7704955	.	CG	C	35.11	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0013;AN=748;DP=4043;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;SZ=.;TR=8;TU=GT;VQSLOD=5.3335;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_165
chr19	7704972	.	CTG	C	3226.07	PASS	AA=.;AC=33;AF=0.03137;AN=1052;BaseQRankSum=10.373;DP=5080;DS;FS=4.756;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=36.1737;InbreedingCoeff=0.0918;MQ=58.13;MQ0=2;MQRankSum=-8.328;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.211;SB=-1743.50;SZ=.;TR=8;TU=GT;VQSLOD=6.7806;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_182
chr19	7704990	.	CTG	C	436.58	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.00472;AN=1060;BaseQRankSum=4.368;DP=5007;DS;FS=17.799;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=32.8404;InbreedingCoeff=0.0166;MQ=58.40;MQ0=3;MQRankSum=-1.666;QD=11.92;ReadPosRankSum=1.539;SB=-245.14;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3949;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_200
chr19	7705018	.	ATG	A,ATGTG	59449.79	PASS	AA=.;AC=622,12;AF=0.29065,0.00561;AN=2140;BaseQRankSum=30.565;DP=10091;DS;FS=11.244;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=34.2429;InbreedingCoeff=0.1465;MQ=59.61;MQ0=21;MQRankSum=2.983;QD=18.24;ReadPosRankSum=-4.060;SB=-26580.34;SZ=.;TR=11;TU=ATGT;VQSLOD=5.2428;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:spliceOverlap:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:multiExonHit:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197
chr19	7705044	.	GTA	G	422.79	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.01778;AN=1406;BaseQRankSum=10.774;DP=6548;DS;FS=6.208;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=35.8147;InbreedingCoeff=-0.0007;MQ=58.08;MQ0=2;MQRankSum=-0.976;QD=0.94;ReadPosRankSum=1.366;SB=-190.56;SZ=.;TR=23;TU=ATCTGTGTGC;VQSLOD=5.1862;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_252
chr19	7705046	.	ATG	A,ATGTG	5168.43	PASS	AA=.;AC=92,8;AF=0.04291,0.00373;AN=2144;BaseQRankSum=8.275;DP=10561;DS;FS=0.539;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=41.3638;InbreedingCoeff=0.1104;MQ=59.86;MQ0=16;MQRankSum=-3.311;QD=10.90;ReadPosRankSum=2.911;SB=-2518.47;SZ=.;TR=12;TU=GT;VQSLOD=6.0214;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_254,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_254
chr19	7705059	.	CGTCT	C	17838.83	PASS	AA=.;AC=98;AF=0.06226;AN=1574;BaseQRankSum=13.419;DP=7854;DS;FS=14.496;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=49.1653;InbreedingCoeff=0.0942;MQ=59.47;MQ0=6;MQRankSum=-6.218;QD=20.00;ReadPosRankSum=3.390;SB=-7913.65;SZ=.;TR=10;TU=CTGT;VQSLOD=5.3065;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_267
chr19	7705074	.	ATGTG	A	451.49	PASS	AA=.;AC=3;AF=0.0084;AN=358;DP=1365;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=3;SZ=.;TR=7;TU=GT;VQSLOD=6.1435;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_282
chr19	7705096	.	ATG	A	3100.58	PASS	AA=0;AC=30;AF=0.01661;AN=1806;BaseQRankSum=10.118;DP=9511;DS;FS=0.362;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=40.0784;InbreedingCoeff=0.0376;MQ=56.49;MQ0=6;MQRankSum=-6.875;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.374;SB=-1630.01;SZ=-2;TR=11;TU=ATGT;VQSLOD=6.0950;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_304
chr19	7705098	.	GTGTC	G	635.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=572;DP=2764;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=-4;TR=11;TU=ATGT;VQSLOD=5.6105;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_306
chr19	7705130	.	CTG	C	2728.23	PASS	AA=.;AC=25;AF=0.01768;AN=1414;BaseQRankSum=7.775;DP=6486;DS;FS=17.699;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=36.5687;InbreedingCoeff=0.1111;MQ=56.44;MQ0=6;MQRankSum=0.355;QD=11.37;ReadPosRankSum=1.873;SB=-1336.63;SZ=.;TR=8;TU=GT;VQSLOD=5.4764;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_338
chr19	7705184	.	CTATG	C	228.76	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0047;AN=850;BaseQRankSum=2.341;DP=3767;DS;FS=7.095;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=49.9139;InbreedingCoeff=0.0392;MQ=57.53;MQ0=3;MQRankSum=-1.613;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.337;SB=-155.89;SZ=.;TR=9;TU=ATGT;VQSLOD=5.3517;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_392
chr19	7705202	.	CTG	C	163.14	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0041;AN=490;DP=2473;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=4;SZ=.;TR=8;TU=GT;VQSLOD=4.9295;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_410
chr19	7705236	rs35042054	C	CTG	113188.83	PASS	AA=.;AC=1174;AF=0.54809;AN=2142;BaseQRankSum=-28.872;DB;DP=9970;DS;FS=17.484;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.2825;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=59.93;MQ0=4;MQRankSum=-10.169;QD=29.50;ReadPosRankSum=0.502;SB=-47588.26;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=6.0593;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_444
chr19	7705239	.	T	TGC,TGG	44042.80	PASS	AA=.;AC=631,462;AF=0.29322,0.21468;AN=2152;BaseQRankSum=52.530;DP=10214;DS;FS=20.278;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=43.1204;InbreedingCoeff=0.4000;MQ=60.02;MQ0=4;MQRankSum=-5.116;QD=11.38;ReadPosRankSum=8.087;SB=-20784.68;SZ=.;TR=4;TU=GT;VQSLOD=4.8849;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:spliceOverlap:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:spliceOverlap:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197
chr19	7705278	.	ATG	A	162.94	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0014;AN=738;DP=3860;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=20;TU=ATATGTGTGT;VQSLOD=4.8451;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_482
chr19	7705300	rs112703251	ATG	A,ATGTG	87628.48	PASS	AA=.;AC=115,1025;AF=0.05583,0.49757;AN=2060;BaseQRankSum=-16.685;DB;DP=8781;DS;FS=13.098;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=26.8068;InbreedingCoeff=0.2560;MQ=56.63;MQ0=11;MQRankSum=-0.968;QD=27.78;ReadPosRankSum=0.792;SB=-22473.01;SZ=.;TR=11;TU=ATGT;VQSLOD=6.5171;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_500,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_500
chr19	7705305	.	TGC	T,TGCGC	27413.57	PASS	AA=.;AC=111,845;AF=0.05517,0.41998;AN=2012;BaseQRankSum=36.581;DP=8670;DS;FS=17.680;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=36.4354;InbreedingCoeff=0.1346;MQ=56.66;MQ0=10;MQRankSum=-2.086;QD=9.44;ReadPosRankSum=10.343;SB=-8393.10;SZ=.;TR=8;TU=CG;VQSLOD=5.2222;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_505,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_505
chr19	7705316	rs112075879	CTG	C	1581.58	PASS	AA=.;AC=24;AF=0.0240;AN=998;BaseQRankSum=5.505;DB;DP=4060;DS;FS=7.081;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=43.6931;InbreedingCoeff=0.2094;MQ=54.59;MQ0=17;MQRankSum=-5.302;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.782;SB=-618.69;SZ=.;TR=10;TU=GT;VQSLOD=6.8255;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_516
chr19	7705370	.	GTA	G	324.92	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0107;AN=562;DP=2315;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;SZ=.;TR=16;TU=ATGTGTGT;VQSLOD=5.3835;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_570
chr19	7705386	rs76937271	CTGTG	C,CTG	4877.18	PASS	AA=.;AC=41,91;AF=0.01971,0.04375;AN=2080;BaseQRankSum=14.962;DB;DP=8262;DS;FS=2.582;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=39.9602;InbreedingCoeff=0.1210;MQ=54.59;MQ0=31;MQRankSum=-5.360;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.083;SB=-1247.96;SZ=.;TR=12;TU=GT;VQSLOD=7.0834;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_586,2:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_586
chr19	7705397	rs76937271	TGC	T	261.25	PASS	AA=.;AC=16;AF=0.01563;AN=1024;BaseQRankSum=15.809;DB;DP=4202;DS;FS=4.198;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=34.0897;InbreedingCoeff=0.0512;MQ=54.55;MQ0=6;MQRankSum=1.195;QD=1.67;ReadPosRankSum=5.180;SB=-181.58;SZ=.;TR=18;TU=ATGTGTGC;VQSLOD=4.8542;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_597
chr19	7705398	.	GCA	G	508.64	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0128;AN=468;DP=1883;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=18;TU=ATGTGTGC;VQSLOD=5.4261;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_598
chr19	7705418	.	ATG	A	294.58	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0050;AN=798;BaseQRankSum=6.357;DP=2852;DS;FS=18.852;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.9988;InbreedingCoeff=0.0763;MQ=55.37;MQ0=6;MQRankSum=-5.462;QD=8.42;ReadPosRankSum=-4.012;SB=-172.90;SZ=-2;TR=10;TU=GT;VQSLOD=5.0808;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_618
chr19	7705425	.	TGTGC	T	266.33	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.0028;AN=712;DP=3329;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=.;TR=12;TU=CGTG;VQSLOD=5.2596;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:deletionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_625
chr19	7705440	rs34833262	C	CTG	37604.76	PASS	AA=.;AC=316;AF=0.15505;AN=2038;BaseQRankSum=-24.470;DB;DP=8212;DS;FS=1.269;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=25.2885;InbreedingCoeff=0.1829;MQ=57.01;MQ0=6;MQRankSum=3.188;QD=23.08;ReadPosRankSum=-1.062;SB=-10855.30;SZ=.;TR=10;TU=GT;VQSLOD=6.8567;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_640
chr19	7705449	.	T	TGC	12991.80	PASS	AA=.;AC=260;AF=0.12695;AN=2048;BaseQRankSum=28.875;DP=8206;DS;FS=0.164;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=30.1057;InbreedingCoeff=-0.0115;MQ=57.94;MQ0=5;MQRankSum=1.610;QD=8.39;ReadPosRankSum=5.662;SB=-4434.66;SZ=.;TR=10;TU=GT;VQSLOD=5.8870;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STXBP2:ENSG00000076944.7:+:insertionFS:1/5:STXBP2-202:ENST00000320400.5:1197_649
chr19	7754090	.	GA	G	93.70	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0074;AN=406;DP=769;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=5.4178;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCER2:ENSG00000104921.9:-:deletionFS:2/2:FCER2-201:ENST00000346664.4:966_955:FCER2-202:ENST00000360067.4:963_952
chr19	7755419	.	TCAGGG	T	117.99	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=502;DP=1353;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=.;TR=4;TU=T;VQSLOD=7.1852;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCER2:ENSG00000104921.9:-:deletionFS:2/2:FCER2-201:ENST00000346664.4:966_494:FCER2-202:ENST00000360067.4:963_491
chr19	7764628	.	AAT	A	86.11	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=656;DP=1647;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AT;VQSLOD=6.2648;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCER2:ENSG00000104921.9:-:deletionFS:1/2:FCER2-201:ENST00000346664.4:966_19
chr19	7935874	.	CAG	C	344.76	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0025;AN=396;DP=501;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=.;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.6551;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC010336.1:ENSG00000183248.5:-:deletionFS:1/2:AC010336.1-201:ENST00000539422.1:4041_2256
chr19	7938306	rs78033634	A	AG,AGG	67990.48	PASS	AA=1;AC=1623,9;AF=0.99449,0.00551;AN=1632;DB;DP=3010;FS=0.000;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=11.9767;InbreedingCoeff=0.2031;MQ=64.84;MQ0=0;QD=39.03;SB=-25434.68;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=9.1100;culprit=FS;set=Intersection;VA=2:AC010336.1:ENSG00000183248.5:-:spliceOverlap:1/2:AC010336.1-201:ENST00000539422.1:4041
chr19	7944348	rs80161304	TC	T	59346.51	PASS	AA=1;AC=1689;AF=0.99823;AN=1692;BaseQRankSum=-0.807;DB;DP=3022;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=9.6909;InbreedingCoeff=0.1342;MQ=60.90;MQ0=4;MQRankSum=1.681;QD=32.81;ReadPosRankSum=1.003;SB=-28917.78;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=8.8744;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC010336.3:ENSG00000255898.1:-:deletionFS:1/1:AC010336.3-201:ENST00000540261.1:453_435
chr19	7987518	.	A	AC	10.69	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0035;AN=284;DP=480;DS;HR=7;HRun=7;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=7;TU=C;VQSLOD=6.3348;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:SNAPC2:ENSG00000104976.5:+:insertionFS:1/2:SNAPC2-201:ENST00000221573.5:1005_874
chr19	8138054	.	C	CA	427.25	PASS	AA=0;AC=139;AF=0.2081;AN=668;BaseQRankSum=11.048;DP=1230;DS;FS=1.988;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=38.3017;InbreedingCoeff=0.2337;MQ=55.13;MQ0=0;MQRankSum=6.284;QD=1.28;ReadPosRankSum=-0.225;SB=-431.31;SZ=1;TR=6;TU=CCT;VQSLOD=5.1324;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FBN3:ENSG00000142449.6:-:insertionFS:2/2:FBN3-201:ENST00000270509.2:8430_7830:FBN3-202:ENST00000341066.5:2619_2019
chr19	8367262	rs111715681	G	GT	1596.68	PASS	AA=0;AC=26;AF=0.02519;AN=1032;BaseQRankSum=10.291;DB;DP=2623;DS;FS=1.615;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.9866;InbreedingCoeff=0.0977;MQ=58.01;MQ0=0;MQRankSum=2.612;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.171;SB=-880.49;SZ=1;TR=5;TU=GT;VQSLOD=8.5620;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD320:ENSG00000167775.4:-:insertionFS:1/3:CD320-202:ENST00000323539.2:606_425
chr19	8367790	.	G	GA	16.61	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=442;DP=940;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=7;TU=AG;VQSLOD=5.5975;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD320:ENSG00000167775.4:-:insertionFS:3/3:CD320-201:ENST00000301458.4:849_577:CD320-203:ENST00000537716.1:723_451:CD320-202:ENST00000323539.2:606_70
chr19	8369918	.	ACTC	A	233.69	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.01072;AN=1026;BaseQRankSum=3.808;DP=2334;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.2128;InbreedingCoeff=0.0543;MQ=65.89;MQ0=0;MQRankSum=-0.098;QD=3.10;ReadPosRankSum=0.616;SB=-81.94;SZ=-3;TR=9;TU=CCT;VQSLOD=7.6343;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CD320:ENSG00000167775.4:-:deletionNFS:1/3:CD320-201:ENST00000301458.4:849_265_89_CR->R
chr19	8376451	.	CCTT	C	24.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=592;DP=1218;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=8;TU=CTT;VQSLOD=6.3946;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NDUFA7:ENSG00000167774.1:-:deletionNFS:1/1:NDUFA7-201:ENST00000301457.1:342_280_94_AV->V
chr19	8381414	.	GCGA	G	22.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=608;BaseQRankSum=1.694;DP=1492;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=ACG;VQSLOD=6.1543;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NDUFA7:ENSG00000167774.1:-:deletionNFS:1/1:NDUFA7-201:ENST00000301457.1:342_217_73_QK->K
chr19	8389892	rs111905975	GTCC	G	8658.16	PASS	AA=0;AC=233;AF=0.12845;AN=1814;BaseQRankSum=15.321;DB;DP=3836;DS;FS=2.157;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.0870;InbreedingCoeff=0.0839;MQ=68.50;MQ0=0;MQRankSum=-3.847;QD=18.08;ReadPosRankSum=0.102;SB=-3800.43;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=7.9257;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KANK3:ENSG00000186994.5:-:deletionNFS:1/2:KANK3-201:ENST00000330915.2:2466_2025_675_DM->M
chr19	8389898	rs35345733	CTCT	C	1420.76	PASS	AA=0;AC=165;AF=0.08929;AN=1848;BaseQRankSum=20.348;DB;DP=3951;DS;FS=2.861;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.9335;InbreedingCoeff=0.1202;MQ=58.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.810;QD=4.24;ReadPosRankSum=1.467;SB=-1040.02;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=6.2739;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KANK3:ENSG00000186994.5:-:deletionNFS:1/2:KANK3-201:ENST00000330915.2:2466_2019_673_EE->E
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chr19	11558340	rs3217229	AGAGGAG	A,AGAG,AGAGGAGGAG	10854.42	PASS	AA=.;AC=39,448,108;AF=0.03397,0.39024,0.09408;AN=1148;BaseQRankSum=11.238;DB;DP=2096;DS;FS=0.652;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=19.4824;InbreedingCoeff=0.5975;MQ=64.62;MQ0=4;MQRankSum=4.062;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.376;SB=-3899.50;SZ=.;TR=32;TU=AGG;VQSLOD=10.2284;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PRKCSH:ENSG00000130175.4:+:deletionNFS:2/2:PRKCSH-201:ENST00000252455.2:1587_936_312_TEE->T:PRKCSH-202:ENST00000412601.1:1578_936_312_TEE->T,2:PRKCSH:ENSG00000130175.4:+:deletionNFS:2/2:PRKCSH-201:ENST00000252455.2:1587_936_312_TE->T:PRKCSH-202:ENST00000412601.1:1578_936_312_TE->T,3:PRKCSH:ENSG00000130175.4:+:insertionNFS:2/2:PRKCSH-201:ENST00000252455.2:1587_936_312_T->TEEE:PRKCSH-202:ENST00000412601.1:1578_936_312_T->TEEE
chr19	11577604	.	GC	G,GCC	25.39	PASS	AA=0;AC=27,42;AF=0.0293,0.0457;AN=920;BaseQRankSum=2.026;DP=1715;DS;FS=12.702;HR=9;HU=C;HaplotypeScore=10.7120;InbreedingCoeff=0.2934;MQ=67.86;MQ0=0;MQRankSum=-0.542;QD=0.11;ReadPosRankSum=-2.248;SB=-214.07;SZ=-1;TR=18;TU=CCGGCCGGG;VQSLOD=6.4463;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ELAVL3:ENSG00000196361.3:-:deletionFS:2/2:ELAVL3-201:ENST00000359227.1:1104_48:ELAVL3-202:ENST00000438662.1:1083_48,2:ELAVL3:ENSG00000196361.3:-:insertionFS:2/2:ELAVL3-201:ENST00000359227.1:1104_48:ELAVL3-202:ENST00000438662.1:1083_48
chr19	11598118	.	TCGATGCCTG	T	1006.86	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.0228;AN=394;DP=921;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-9;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.2444;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF653:ENSG00000161914.3:-:deletionNFS:1/1:ZNF653-201:ENST00000293771.3:1848_1160_387_ETKK->K
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chr19	11978459	.	G	GA	137.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=1276;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=6.9197;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF439:ENSG00000171291.3:+:insertionFS:2/2:ZNF439-002:ENST00000304030.2:1500_575:ZNF439-001:ENST00000455282.1:1092_167
chr19	12015567	.	GCTT	G	44.22	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=700;DP=1411;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.0865;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF69:ENSG00000198429.5:+:deletionNFS:2/2:ZNF69-001:ENST00000340180.5:450_313_105_AS->A:ZNF69-002:ENST00000429654.2:1701_355_119_AS->A
chr19	12059980	.	GA	G	189.06	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=456;DP=1484;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=A;SZ=-1;TR=6;TU=A;VQSLOD=8.1226;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF700:ENSG00000196757.2:+:deletionFS:1/1:ZNF700-001:ENST00000254321.4:2229_1141
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chr19	12137863	.	ACT	A	8.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=1345;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.6404;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CTD-2006C1.2:ENSG00000219665.3:+:deletionFS:1/1:CTD-2006C1.2-002:ENST00000406892.2:495_359
chr19	12154673	.	C	CTA	351.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=738;DP=1995;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;SZ=2;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.5709;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF878:ENSG00000232371.1:-:insertionFS:1/1:ZNF878-201:ENST00000440730.1:1737_1684
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chr19	12186970	.	ATTATC	A	496.27	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00460;AN=1086;BaseQRankSum=4.553;DP=3379;DS;FS=13.750;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=30.5387;InbreedingCoeff=0.1336;MQ=66.96;MQ0=1;MQRankSum=-5.347;QD=21.58;ReadPosRankSum=1.361;SB=-110.23;SZ=-5;TR=13;TU=ATCTT;VQSLOD=6.9233;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF844:ENSG00000223547.3:+:deletionFS:3/3:ZNF844-202:ENST00000541708.1:1578_1035:ZNF844-001:ENST00000439326.2:2001_1035:ZNF844-201:ENST00000535505.1:1032_960
chr19	12187315	.	TCA	T	2302.26	PASS	AA=0;AC=26;AF=0.02226;AN=1168;BaseQRankSum=11.275;DP=3525;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=20.8415;InbreedingCoeff=0.1280;MQ=53.83;MQ0=79;MQRankSum=2.627;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.625;SB=-1246.17;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=7.6382;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF844:ENSG00000223547.3:+:deletionFS:2/3:ZNF844-202:ENST00000541708.1:1578_1380:ZNF844-001:ENST00000439326.2:2001_1380
chr19	12187319	rs61471402	ACC	A	341.16	PASS	AA=0;AC=16;AF=0.0346;AN=462;BaseQRankSum=13.562;DB;DP=1686;FS=1.442;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=23.4282;InbreedingCoeff=0.1343;MQ=53.43;MQ0=54;MQRankSum=3.303;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.110;SZ=-2;TR=5;TU=AC;VQSLOD=6.1606;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF844:ENSG00000223547.3:+:deletionFS:2/3:ZNF844-202:ENST00000541708.1:1578_1384:ZNF844-001:ENST00000439326.2:2001_1384
chr19	12187348	.	CAA	C	5.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=726;BaseQRankSum=-0.494;DP=2078;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=16.8775;InbreedingCoeff=0.0871;MQ=58.85;MQ0=4;MQRankSum=0.463;QD=0.58;ReadPosRankSum=-2.231;SB=-32.58;SZ=-2;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.3723;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF844:ENSG00000223547.3:+:deletionFS:2/3:ZNF844-202:ENST00000541708.1:1578_1413:ZNF844-001:ENST00000439326.2:2001_1413
chr19	12222404	.	TA	T	130.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=322;DP=1095;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=ATTT;VQSLOD=6.7803;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC022415.1:ENSG00000188474.6:+:deletionFS:1/2:AC022415.1-201:ENST00000339302.4:1848_42
chr19	12223498	.	CAT	C	392.88	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0043;AN=920;BaseQRankSum=4.736;DP=2946;DS;FS=1.105;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=19.2117;InbreedingCoeff=0.0439;MQ=61.88;MQ0=0;MQRankSum=1.923;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.790;SB=-179.80;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=8.1114;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC022415.1:ENSG00000188474.6:+:deletionFS:1/2:AC022415.1-201:ENST00000339302.4:1848_1136
chr19	12501312	.	TGA	T	55.09	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0021;AN=466;DP=1032;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=.;TR=6;TU=AG;VQSLOD=6.2066;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF799:ENSG00000196466.5:-:deletionFS:2/2:ZNF799-003:ENST00000430385.2:1932_1900:ZNF799-001:ENST00000419318.1:1836_1804
chr19	12542652	.	C	CGA	11300.89	PASS	AA=0;AC=573;AF=0.27312;AN=2098;BaseQRankSum=39.376;DP=5736;DS;FS=12.115;HR=5;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.4950;InbreedingCoeff=0.0898;MQ=55.78;MQ0=13;MQRankSum=-3.486;QD=7.47;ReadPosRankSum=3.136;SB=-3650.85;SZ=2;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.6469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF443:ENSG00000180855.10:-:insertionFS:2/2:ZNF443-001:ENST00000301547.5:2016_334:ZNF443-201:ENST00000411622.2:1932_334
chr19	12693716	.	A	AT	8.25	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=470;DP=1103;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SB=-34.73;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=4.7541;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF490:ENSG00000188033.5:-:insertionFS:1/1:ZNF490-001:ENST00000311437.6:1590_298
chr19	12721479	.	TG	T	4.82	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=574;BaseQRankSum=1.898;DP=1301;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.2444;InbreedingCoeff=0.1200;MQ=72.66;MQ0=0;MQRankSum=-1.197;QD=1.21;ReadPosRankSum=-2.093;SB=-31.03;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.5214;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF490:ENSG00000188033.5:-:deletionFS:1/1:ZNF490-001:ENST00000311437.6:1590_16
chr19	12739342	.	TG	T	5.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=354;DP=1058;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.1341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF791:ENSG00000173875.7:+:deletionFS:4/5:ZNF791-001:ENST00000343325.4:1731_999:ZNF791-201:ENST00000393303.2:1431_945:ZNF791-202:ENST00000458122.3:1635_903:ZNF791-203:ENST00000540038.1:1404_672
chr19	12739367	.	G	GT	43.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=1056;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0761;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF791:ENSG00000173875.7:+:insertionFS:4/5:ZNF791-001:ENST00000343325.4:1731_1024:ZNF791-201:ENST00000393303.2:1431_970:ZNF791-202:ENST00000458122.3:1635_928:ZNF791-203:ENST00000540038.1:1404_697
chr19	12784077	.	CAT	C	20.92	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=418;DP=1130;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=7;TU=AC;VQSLOD=5.6007;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR83:ENSG00000123154.6:+:deletionFS:2/2:WDR83-201:ENST00000242796.4:948_745:WDR83-202:ENST00000418543.2:948_745
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chr19	12810104	.	CAA	C	9.97	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=866;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=4.9123;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TNPO2:ENSG00000105576.9:-:deletionFS:1/7:TNPO2-202:ENST00000420511.1:2100_2044
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chr19	14495431	rs67810293	TCCGTTCCCCTG	T	28641.85	PASS	AA=0;AC=594;AF=0.33943;AN=1750;BaseQRankSum=22.770;DB;DP=3009;FS=6.721;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=32.9420;InbreedingCoeff=0.1681;MQ=56.99;MQ0=0;MQRankSum=-7.173;QD=37.89;ReadPosRankSum=-3.761;SB=-12658.65;SZ=-11;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1391;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AC008569.1:ENSG00000247801.2:+:deletionFS:1/1:AC008569.1-201:ENST00000502238.2:399_158
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chr19	14590241	.	C	CG	9.90	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0089;AN=224;DP=361;HR=4;HRun=4;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.7236;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GIPC1:ENSG00000123159.9:-:insertionFS:5/5:GIPC1-201:ENST00000345425.1:1002_751:GIPC1-202:ENST00000351277.5:1002_751:GIPC1-205:ENST00000393033.3:1002_751:GIPC1-203:ENST00000393028.1:711_460:GIPC1-204:ENST00000393029.3:711_460
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chr19	14829725	.	CAG	C	74.71	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0027;AN=736;BaseQRankSum=1.283;DP=2236;DS;FS=8.987;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.6274;InbreedingCoeff=0.1092;MQ=72.18;MQ0=0;MQRankSum=-2.051;QD=4.98;ReadPosRankSum=1.630;SB=-9.06;SZ=-2;TR=7;TU=AC;VQSLOD=5.9478;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF333:ENSG00000160961.6:+:deletionFS:2/4:ZNF333-201:ENST00000292530.5:1998_1586:ZNF333-203:ENST00000536363.1:1671_1259
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chr19	15133893	.	A	ACGC	125.24	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0095;AN=210;DP=362;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=3;TR=12;TU=CCG;VQSLOD=5.7112;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CCDC105:ENSG00000160994.2:+:insertionNFS:1/1:CCDC105-201:ENST00000292574.2:1500_1462_488_T->TP
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chr19	15881917	.	AGTC	A	25.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=410;DP=1139;DS;FS=3.010;HR=2;HRun=0;HU=A;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.8316;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC011537.1:ENSG00000225607.2:-:deletionNFS:1/1:AC011537.1-201:ENST00000412610.2:576_460_154_FT->T
chr19	16136526	.	GGGCAGCACCT	G,GGGCAGCACCTGGCAGCACCT	7942.38	PASS	AA=.;AC=11,181;AF=0.00681,0.11200;AN=1616;BaseQRankSum=13.388;DP=3087;DS;FS=8.548;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=29.6025;InbreedingCoeff=0.2093;MQ=68.11;MQ0=0;MQRankSum=-6.226;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.086;SB=-2591.57;SZ=.;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.4304;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC004790.2:ENSG00000205396.4:+:deletionFS:1/1:AC004790.2-201:ENST00000379899.4:549_59,2:AC004790.2:ENSG00000205396.4:+:insertionFS:1/1:AC004790.2-201:ENST00000379899.4:549_59
chr19	16136528	.	GCAGCACCTGGC	G,GCAGCACCTGGCCAGCACCTGGC,GCCAGCACCTGGC	14606.46	PASS	AA=.;AC=46,410,2;AF=0.02791,0.24879,0.00121;AN=1648;BaseQRankSum=-13.052;DP=3045;DS;FS=15.815;HR=4;HU=G;HaplotypeScore=30.1919;InbreedingCoeff=0.5038;MQ=67.78;MQ0=0;MQRankSum=-5.586;QD=17.75;ReadPosRankSum=1.241;SB=-4621.60;SZ=.;TR=26;TU=ACCTGGCCAGC;VQSLOD=7.1762;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AC004790.2:ENSG00000205396.4:+:deletionFS:1/1:AC004790.2-201:ENST00000379899.4:549_61,2:AC004790.2:ENSG00000205396.4:+:insertionFS:1/1:AC004790.2-201:ENST00000379899.4:549_61,3:AC004790.2:ENSG00000205396.4:+:insertionFS:1/1:AC004790.2-201:ENST00000379899.4:549_61
chr19	16268207	rs5827321	TAA	T,TA	66127.55	PASS	AA=2;AC=2,1787;AF=0.00111,0.99499;AN=1796;BaseQRankSum=-2.392;DB;DP=4123;DS;FS=3.517;HR=6;HU=A;HaplotypeScore=15.8696;InbreedingCoeff=0.1589;MQ=65.13;MQ0=0;MQRankSum=2.377;QD=28.19;ReadPosRankSum=1.252;SB=-29429.92;SZ=1;TR=6;TU=A;VQSLOD=8.7370;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HSH2D:ENSG00000196684.6:+:spliceOverlap:1/3:HSH2D-201:ENST00000253680.6:1059,2:HSH2D:ENSG00000196684.6:+:spliceOverlap:1/3:HSH2D-201:ENST00000253680.6:1059
chr19	16515463	.	TG	T	4.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;BaseQRankSum=1.899;DP=1683;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.8555;InbreedingCoeff=0.1230;MQ=64.25;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.099;SB=-30.88;SZ=-1;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=5.8562;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:EPS15L1:ENSG00000127527.7:-:deletionFS:3/3:EPS15L1-202:ENST00000455140.1:2733_1364:EPS15L1-201:ENST00000248070.5:2595_1364:EPS15L1-203:ENST00000535753.1:2265_1364
chr19	16535905	.	TG	T	10.66	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=638;DP=1257;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=4.9122;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:EPS15L1:ENSG00000127527.7:-:deletionFS:3/3:EPS15L1-202:ENST00000455140.1:2733_781:EPS15L1-201:ENST00000248070.5:2595_781:EPS15L1-203:ENST00000535753.1:2265_781
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chr19	19656436	rs34338257	C	CG	17.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0027;AN=376;DB;DP=705;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.3141;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CILP2:ENSG00000160161.3:+:insertionFS:1/1:CILP2-201:ENST00000291495.3:3471_3082
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chr19	19825281	.	CAA	C	78.67	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=350;DP=921;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.0662;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF14:ENSG00000105708.7:-:deletionFS:1/1:ZNF14-201:ENST00000344099.2:1929_19
chr19	19905599	.	TC	T	82.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=736;DP=1878;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;SZ=-1;TR=6;TU=CT;VQSLOD=7.6062;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF506:ENSG00000081665.7:-:deletionFS:3/4:ZNF506-201:ENST00000443905.2:1335_1097:ZNF506-202:ENST00000450683.1:1239_1001:ZNF506-203:ENST00000540806.1:1335_1097
chr19	20045019	.	CAT	C	419.91	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0061;AN=490;DP=1672;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=25;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.4988;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF93:ENSG00000184635.7:+:deletionFS:1/3:ZNF93-201:ENST00000343769.4:1863_1255
chr19	20045610	.	AC	A	1540.77	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.0165;AN=846;BaseQRankSum=6.987;DP=2810;DS;FS=2.463;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=17.3111;InbreedingCoeff=0.0240;MQ=57.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.304;QD=16.93;ReadPosRankSum=-1.492;SB=-754.24;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.9116;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF93:ENSG00000184635.7:+:deletionFS:2/3:ZNF93-201:ENST00000343769.4:1863_1846:ZNF93-202:ENST00000427325.2:1779_1762
chr19	20046846	.	GA	G,GAA	140.50	PASS	AA=.;AC=76,74;AF=0.03718,0.03620;AN=2044;BaseQRankSum=3.949;DP=5778;DS;FS=19.208;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=15.7402;InbreedingCoeff=0.1882;MQ=61.43;MQ0=2;MQRankSum=-0.907;QD=0.24;ReadPosRankSum=-2.712;SB=-497.98;SZ=.;TR=12;TU=AAAAAG;VQSLOD=5.5389;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZNF93:ENSG00000184635.7:+:deletionFS:1/3:ZNF93-203:ENST00000430434.2:180_166,2:ZNF93:ENSG00000184635.7:+:insertionFS:1/3:ZNF93-203:ENST00000430434.2:180_166
chr19	20116890	.	ACT	A	709.56	PASS	AA=.;AC=6;AF=0.0110;AN=546;DP=1374;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=6;TU=CT;VQSLOD=7.2093;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF682:ENSG00000197124.5:-:deletionFS:4/4:ZNF682-204:ENST00000397165.1:1497_1421:ZNF682-202:ENST00000358523.5:1401_1325:ZNF682-203:ENST00000397162.1:1401_1325:ZNF682-201:ENST00000341262.4:504_428
chr19	20117647	.	TTC	T	13.18	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=722;DP=1681;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=6.0960;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF682:ENSG00000197124.5:-:deletionFS:3/4:ZNF682-204:ENST00000397165.1:1497_664:ZNF682-202:ENST00000358523.5:1401_568:ZNF682-203:ENST00000397162.1:1401_568
chr19	20229261	.	CT	C	244.24	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00250;AN=1200;BaseQRankSum=4.176;DP=3257;DS;FS=14.691;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=13.1960;InbreedingCoeff=0.1247;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.786;QD=18.79;ReadPosRankSum=-1.774;SB=-68.10;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=7.0491;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF90:ENSG00000213988.5:+:deletionFS:1/1:ZNF90-001:ENST00000418063.2:1806_898
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chr19	20728107	.	G	GT	1214.60	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.01005;AN=1294;BaseQRankSum=-6.019;DP=3532;DS;FS=3.709;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=16.0411;InbreedingCoeff=-0.0109;MQ=57.14;MQ0=8;MQRankSum=-0.664;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.043;SB=-645.08;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.6701;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF737:ENSG00000237440.2:-:insertionFS:1/1:ZNF737-201:ENST00000427401.2:1611_902
chr19	20807177	rs35575803	G	GA	31926.74	PASS	AA=1;AC=890;AF=0.60792;AN=1464;BaseQRankSum=19.173;DB;DP=2409;DS;FS=4.768;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=11.2943;InbreedingCoeff=0.3334;MQ=58.28;MQ0=12;MQRankSum=-7.838;QD=32.28;ReadPosRankSum=4.765;SB=-14990.05;SZ=-1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1680;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ZNF626:ENSG00000188171.8:-:insertionFS:2/4:ZNF626-203:ENST00000392298.2:1587_1506:ZNF626-204:ENST00000453075.1:1359_1278
chr19	20807935	.	TTC	T	402.26	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0143;AN=560;DP=1512;DS;HR=3;HRun=0;HU=T;MQ0=7;SZ=-2;TR=5;TU=CT;VQSLOD=7.5962;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF626:ENSG00000188171.8:-:deletionFS:3/4:ZNF626-202:ENST00000305570.4:1623_748:ZNF626-203:ENST00000392298.2:1587_748:ZNF626-204:ENST00000453075.1:1359_520
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chr19	21299773	.	T	TTA	41917.79	PASS	AA=.;AC=1671;AF=0.83886;AN=1992;BaseQRankSum=25.848;DP=4221;DS;FS=4.688;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.7925;InbreedingCoeff=0.1873;MQ=64.87;MQ0=7;MQRankSum=-6.765;QD=17.51;ReadPosRankSum=3.398;SB=-18449.52;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.4602;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ZNF714:ENSG00000160352.9:+:insertionFS:2/2:ZNF714-202:ENST00000343332.5:1569_303:ZNF714-201:ENST00000291770.6:1665_303
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chr19	23927741	rs61397759	CCA	C	15089.49	PASS	AA=0;AC=240;AF=0.11538;AN=2080;BaseQRankSum=26.422;DB;DP=4755;DS;FS=6.169;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=13.9361;InbreedingCoeff=0.1634;MQ=66.34;MQ0=5;MQRankSum=0.928;QD=21.05;ReadPosRankSum=0.796;SB=-6890.71;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=8.8582;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF681:ENSG00000196172.8:-:deletionFS:2/2:ZNF681-001:ENST00000402377.3:1938_611:ZNF681-201:ENST00000395385.3:1731_404
chr19	23927835	.	TA	T	2096.43	PASS	AA=0;AC=29;AF=0.0374;AN=776;BaseQRankSum=10.044;DP=1924;DS;FS=2.016;HR=3;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.4880;InbreedingCoeff=0.1008;MQ=61.44;MQRankSum=1.551;QD=14.76;ReadPosRankSum=-2.802;SB=-1196.12;SZ=-1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=7.2621;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF681:ENSG00000196172.8:-:deletionFS:2/2:ZNF681-001:ENST00000402377.3:1938_517:ZNF681-201:ENST00000395385.3:1731_310
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chr19	24115405	.	TATAAG	T	55.63	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0026;AN=784;BaseQRankSum=1.845;DP=1795;DS;FS=2.912;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=21.2796;InbreedingCoeff=0.0568;MQ=56.43;MQ0=0;MQRankSum=-2.095;QD=26.87;ReadPosRankSum=0.359;SB=1.07;SZ=-5;TR=11;TU=AAGAT;VQSLOD=7.1585;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF726:ENSG00000213967.4:+:deletionFS:1/4:ZNF726-201:ENST00000322487.7:2217_487
chr19	24116010	.	T	TG	321.87	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=452;DP=1357;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.4244;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF726:ENSG00000213967.4:+:insertionFS:1/4:ZNF726-201:ENST00000322487.7:2217_1092
chr19	24116556	.	TAATC	T	2559.88	PASS	AA=0;AC=23;AF=0.01458;AN=1578;BaseQRankSum=11.112;DP=4576;DS;FS=8.169;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.8658;InbreedingCoeff=-0.0062;MQ=55.73;MQ0=10;MQRankSum=-3.744;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.051;SB=-1249.18;SZ=-4;TR=8;TU=AATC;VQSLOD=6.9946;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF726:ENSG00000213967.4:+:deletionFS:1/4:ZNF726-201:ENST00000322487.7:2217_1638
chr19	24118090	.	ACT	A	272.68	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0105;AN=478;DP=1375;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.9956;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF726:ENSG00000213967.4:+:deletionFS:1/4:ZNF726-201:ENST00000322487.7:2217_2031
chr19	24118136	.	GC	G	2208.82	PASS	AA=0;AC=62;AF=0.02938;AN=2110;BaseQRankSum=10.491;DP=5424;DS;FS=8.963;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=14.8458;InbreedingCoeff=0.0611;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.864;QD=11.63;ReadPosRankSum=-2.079;SB=-956.77;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=7.0911;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF726:ENSG00000213967.4:+:deletionFS:1/4:ZNF726-201:ENST00000322487.7:2217_2077
chr19	24309613	.	TGTG	T	503.01	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0083;AN=482;DP=1340;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=-3;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=6.4139;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF254:ENSG00000213096.3:+:deletionNFS:3/4:ZNF254-203:ENST00000357002.3:1980_811_271_CG->C:ZNF254-204:ENST00000392281.1:1056_811_271_CG->C:ZNF254-202:ENST00000342944.6:1725_556_186_CG->C
chr19	24309801	.	GTCC	G	347.12	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0062;AN=482;DP=1446;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=35;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.2782;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF254:ENSG00000213096.3:+:deletionNFS:2/4:ZNF254-203:ENST00000357002.3:1980_999_333_WS->W:ZNF254-202:ENST00000342944.6:1725_744_248_WS->W
chr19	30500118	rs112490410	GTGATGA	G,GTGA,GTGATGATGA	53948.61	PASS	AA=.;AC=33,1488,44;AF=0.01611,0.72656,0.02148;AN=2048;BaseQRankSum=21.649;DB;DP=5695;DS;FS=6.636;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=31.9620;InbreedingCoeff=0.3169;MQ=66.23;MQ0=5;MQRankSum=5.852;QD=17.36;ReadPosRankSum=1.440;SB=-23642.57;SZ=.;TR=27;TU=ATG;VQSLOD=9.2621;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:C19orf2:ENSG00000105176.11:+:deletionNFS:4/4:C19orf2-202:ENST00000360605.3:1476_887_296_SDD->S:C19orf2-204:ENST00000542441.1:1608_893_298_SDD->S:C19orf2-201:ENST00000312051.6:1488_773_258_SDD->S:C19orf2-203:ENST00000392271.1:1380_665_222_SDD->S,2:C19orf2:ENSG00000105176.11:+:deletionNFS:4/4:C19orf2-202:ENST00000360605.3:1476_887_296_SD->S:C19orf2-204:ENST00000542441.1:1608_893_298_SD->S:C19orf2-201:ENST00000312051.6:1488_773_258_SD->S:C19orf2-203:ENST00000392271.1:1380_665_222_SD->S,3:C19orf2:ENSG00000105176.11:+:insertionNFS:4/4:C19orf2-202:ENST00000360605.3:1476_887_296_S->SDDD:C19orf2-204:ENST00000542441.1:1608_893_298_S->SDDD:C19orf2-201:ENST00000312051.6:1488_773_258_S->SDDD:C19orf2-203:ENST00000392271.1:1380_665_222_S->SDDD
chr19	32873748	.	TTC	T	16.32	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0015;AN=652;DP=1534;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=2;SZ=-2;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.8575;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF507:ENSG00000168813.9:+:deletionFS:3/3:ZNF507-201:ENST00000311921.2:2862_2621:ZNF507-202:ENST00000355898.4:2862_2621:ZNF507-203:ENST00000544431.1:2874_2633
chr19	33200294	.	AC	A	77.28	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0039;AN=508;DP=1307;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.0836;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NUDT19:ENSG00000213965.2:+:deletionFS:1/1:NUDT19-201:ENST00000397061.2:1128_918
chr19	33309050	.	C	CA	4.57	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=626;BaseQRankSum=-0.291;DP=1379;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=12.8481;InbreedingCoeff=0.0977;MQ=69.92;MQ0=0;MQRankSum=1.179;QD=0.51;ReadPosRankSum=-1.603;SB=-31.10;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.4671;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TDRD12:ENSG00000173809.10:+:insertionFS:1/2:TDRD12-202:ENST00000444215.1:3534_3370
chr19	33490579	.	TCTC	T	5.83	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=682;BaseQRankSum=0.733;DP=2202;DS;FS=2.791;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=28.2117;InbreedingCoeff=0.1858;MQ=45.72;MQ0=363;MQRankSum=-0.294;QD=0.73;ReadPosRankSum=-0.341;SB=1.72;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.6691;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RHPN2:ENSG00000131941.2:-:deletionNFS:3/3:RHPN2-201:ENST00000254260.2:2061_1138_380_KC->C:RHPN2-202:ENST00000400226.4:1608_685_229_KC->C:RHPN2-203:ENST00000544458.1:1251_328_110_KC->C
chr19	33870598	rs111261412	GACCTC	G	6371.98	PASS	AA=0;AC=68;AF=0.0726;AN=936;BaseQRankSum=14.437;DB;DP=2742;DS;FS=4.756;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.3870;InbreedingCoeff=0.0745;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-8.104;QD=26.11;ReadPosRankSum=0.311;SB=-2961.40;SZ=-5;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.6921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CEBPG:ENSG00000153879.2:+:endOverlap:1/1:CEBPG-201:ENST00000284000.2:453
chr19	34304259	.	T	TA	12972.40	PASS	AA=.;AC=1061;AF=0.54410;AN=1950;BaseQRankSum=32.220;DP=4254;DS;FS=19.237;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=18.0593;InbreedingCoeff=0.2034;MQ=79.40;MQ0=0;MQRankSum=2.622;QD=6.83;ReadPosRankSum=4.785;SB=-6009.11;SZ=.;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.5649;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KCTD15:ENSG00000153885.7:+:insertionFS:1/4:KCTD15-202:ENST00000413790.2:915_882
chr19	34304260	rs60235724	A	AT	58832.94	PASS	AA=1;AC=1207;AF=0.62281;AN=1938;BaseQRankSum=-20.770;DB;DP=4223;DS;FS=11.292;HR=4;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=10.1146;InbreedingCoeff=0.2029;MQ=79.51;MQ0=0;MQRankSum=2.793;QD=28.98;ReadPosRankSum=-1.461;SB=-27855.08;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=9.3842;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCTD15:ENSG00000153885.7:+:insertionFS:1/4:KCTD15-202:ENST00000413790.2:915_883
chr19	34304262	.	T	TG	7798.55	PASS	AA=1;AC=1018;AF=0.51414;AN=1980;BaseQRankSum=24.645;DP=4373;FS=5.002;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.6841;InbreedingCoeff=0.2110;MQ=83.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.376;QD=6.83;ReadPosRankSum=6.767;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=5.4732;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KCTD15:ENSG00000153885.7:+:insertionFS:1/4:KCTD15-202:ENST00000413790.2:915_885
chr19	34304263	.	T	TC	8247.03	PASS	AA=1;AC=1028;AF=0.51972;AN=1978;BaseQRankSum=24.576;DP=4375;FS=1.410;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.6093;InbreedingCoeff=0.2063;MQ=84.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.969;QD=7.32;ReadPosRankSum=6.153;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.0837;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCTD15:ENSG00000153885.7:+:insertionFS:1/4:KCTD15-202:ENST00000413790.2:915_886
chr19	34304264	.	T	TG	8738.88	PASS	AA=1;AC=1025;AF=0.51663;AN=1984;BaseQRankSum=24.558;DP=4404;FS=1.675;HR=4;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=17.5121;InbreedingCoeff=0.2058;MQ=84.42;MQ0=0;MQRankSum=0.389;QD=7.68;ReadPosRankSum=6.093;SZ=-1;TR=4;TU=T;VQSLOD=6.1150;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCTD15:ENSG00000153885.7:+:insertionFS:1/4:KCTD15-202:ENST00000413790.2:915_887
chr19	34832292	rs76355025	CT	C,CTT	147.91	PASS	AA=.;AC=123,78;AF=0.07977,0.05058;AN=1542;BaseQRankSum=5.996;DB;DP=3782;DS;FS=4.292;HR=12;HU=T;HaplotypeScore=12.3364;InbreedingCoeff=0.3158;MQ=67.47;MQ0=3;MQRankSum=2.825;QD=0.23;ReadPosRankSum=-3.586;SB=-634.18;SZ=.;TR=12;TU=T;VQSLOD=6.7041;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:KIAA0355:ENSG00000166398.5:+:deletionFS:1/2:KIAA0355-202:ENST00000543188.1:618_611,2:KIAA0355:ENSG00000166398.5:+:insertionFS:1/2:KIAA0355-202:ENST00000543188.1:618_611
chr19	34843753	.	ACCCCACCCCAGC	A,ACCCACCCCAGC,ACCCCCACCCCAGC	861.38	PASS	AA=0;AC=32,0,9;AF=0.0388,0.0000,0.0109;AN=824;BaseQRankSum=1.724;DP=1377;DS;FS=5.514;HR=4;HU=C;HaplotypeScore=34.9694;InbreedingCoeff=0.3309;MQ=66.52;MQ0=0;MQRankSum=-3.126;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.338;SB=-256.95;SZ=-12;TR=11;TU=ACCCC;VQSLOD=7.3487;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA0355:ENSG00000166398.5:+:deletionNFS:1/2:KIAA0355-201:ENST00000299505.4:3213_3106_1036_TPPQP->T,2:KIAA0355:ENSG00000166398.5:+:deletionFS:1/2:KIAA0355-201:ENST00000299505.4:3213_3106,3:KIAA0355:ENSG00000166398.5:+:insertionFS:1/2:KIAA0355-201:ENST00000299505.4:3213_3106
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chr19	35250690	.	TAG	T	301.51	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00511;AN=1566;BaseQRankSum=5.066;DP=4445;DS;FS=1.026;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.4360;InbreedingCoeff=0.1046;MQ=68.01;MQ0=1;MQRankSum=0.403;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.694;SB=-180.55;SZ=-2;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.4350;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF599:ENSG00000153896.10:-:deletionFS:3/4:ZNF599-204:ENST00000392231.1:1764_1013:ZNF599-201:ENST00000329285.6:1767_1016:ZNF599-203:ENST00000392229.1:924_338
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chr19	36002418	rs113114216	GCCA	G	8359.36	PASS	AA=.;AC=355;AF=0.21489;AN=1652;BaseQRankSum=9.162;DB;DP=2975;DS;FS=32.068;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.5453;InbreedingCoeff=0.2536;MQ=52.13;MQ0=3;MQRankSum=-1.934;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.487;SB=-1231.50;SZ=.;TR=30;TU=ACCACTGCTGCTGCC;VQSLOD=7.5128;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DMKN:ENSG00000161249.12:-:deletionNFS:7/16:DMKN-001:ENST00000339686.3:1431_813_271_GS->S:DMKN-005:ENST00000418261.1:1161_813_271_GS->S:DMKN-006:ENST00000424570.2:1197_813_271_GS->S:DMKN-202:ENST00000440396.1:1251_813_271_GS->S:DMKN-004:ENST00000447113.2:1311_813_271_GS->S:DMKN-007:ENST00000451297.2:1110_813_271_GS->S:DMKN-201:ENST00000392207.3:1170_813_271_GS->S
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chr19	36211374	.	CAAG	C	1046.41	PASS	AA=.;AC=24;AF=0.02390;AN=1004;BaseQRankSum=6.527;DP=2008;DS;FS=0.704;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.4257;InbreedingCoeff=0.0554;MQ=73.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.578;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.974;SB=-420.85;SZ=.;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.4588;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AD000671.1:ENSG00000105663.8:+:deletionNFS:3/3:AD000671.1-001:ENST00000222270.6:8148_1125_375_DK->D:AD000671.1-201:ENST00000420124.1:8148_1125_375_DK->D:AD000671.1-202:ENST00000341701.1:1749_1125_375_DK->D
chr19	36230499	.	CAG	C	137.50	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00276;AN=1086;BaseQRankSum=1.956;DP=2730;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.9520;InbreedingCoeff=-0.0205;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.938;QD=19.04;ReadPosRankSum=1.600;SB=-92.47;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.4226;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM149:ENSG00000126246.4:-:deletionFS:2/2:TMEM149-201:ENST00000246532.1:1068_750:TMEM149-202:ENST00000344990.3:504_186
chr19	36234587	rs72334506	CAAA	C,CA,CAA,CAAAA,CAAAAA	1283.42	PASS	AA=.;AC=14,57,143,165,373;AF=0.01104,0.04495,0.11278,0.13013,0.29416;AN=1268;BaseQRankSum=-4.416;DB;DP=2218;DS;FS=11.294;HR=22;HU=A;HaplotypeScore=13.1394;InbreedingCoeff=0.8344;MQ=52.67;MQ0=96;MQRankSum=3.032;QD=1.07;ReadPosRankSum=-2.323;SB=-937.81;SZ=.;TR=22;TU=A;VQSLOD=9.1663;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:deletionNFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_343_115_EM->M,2:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:deletionFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_343,3:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:deletionFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_343,4:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:insertionFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_343,5:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:insertionFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_343
chr19	36234639	.	AG	A	78.37	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0060;AN=496;DP=1236;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.8788;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:deletionFS:1/4:U2AF1L4-203:ENST00000392196.4:552_293
chr19	36234943	.	CG	C	17.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=310;DP=810;DS;HR=3;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.6493;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:U2AF1L4:ENSG00000161265.6:-:deletionFS:2/4:U2AF1L4-202:ENST00000378975.2:546_335:U2AF1L4-204:ENST00000412391.2:663_452
chr19	36258937	rs66706567	AG	A	36067.91	PASS	AA=1;AC=1406;AF=1.00000;AN=1406;BaseQRankSum=-0.702;DB;DP=1940;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=8.2648;InbreedingCoeff=0.0759;MQ=70.18;MQ0=0;MQRankSum=0.911;QD=32.03;ReadPosRankSum=1.437;SB=-16950.85;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=8.7227;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C19orf55:ENSG00000167595.7:+:deletionFS:2/3:C19orf55-201:ENST00000396908.4:1440_1190:C19orf55-202:ENST00000396911.2:1278_1190
chr19	36268502	.	CT	C	36.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=630;DP=1444;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.1319;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ARHGAP33:ENSG00000004777.10:+:deletionFS:1/4:ARHGAP33-202:ENST00000221905.1:741_16
chr19	36362613	.	C	CG	18.30	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=406;DP=816;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1962;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:APLP1:ENSG00000105290.4:+:insertionFS:2/2:APLP1-202:ENST00000537454.1:1836_520:APLP1-201:ENST00000221891.3:1956_637
chr19	36530587	.	CTG	C	70.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=384;DP=755;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.2537;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:THAP8:ENSG00000161277.6:-:deletionFS:2/3:THAP8-002:ENST00000292894.1:825_310:THAP8-001:ENST00000392182.1:825_310
chr19	36593976	.	CG	C	6.94	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0017;AN=600;DP=1547;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.8007;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:WDR62:ENSG00000075702.9:+:spliceOverlap:2/4:WDR62-201:ENST00000270301.6:4557:WDR62-204:ENST00000401500.1:4572
chr19	36883720	.	A	AT	6.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=480;BaseQRankSum=-2.448;DP=1471;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=1;SZ=1;TR=18;TU=ACATTCCTT;VQSLOD=5.3006;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZFP82:ENSG00000181007.6:-:insertionFS:2/2:ZFP82-001:ENST00000392161.3:1599_1522:ZFP82-201:ENST00000392171.1:1599_1522
chr19	36940321	.	CG	C	5.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;BaseQRankSum=2.313;DP=1539;DS;FS=2.111;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.6209;InbreedingCoeff=0.0492;MQ=63.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=0.84;ReadPosRankSum=-0.220;SB=-28.82;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.3506;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF566:ENSG00000186017.9:-:deletionFS:4/4:ZNF566-201:ENST00000392170.2:1260_818:ZNF566-202:ENST00000424129.2:1257_815:ZNF566-002:ENST00000434377.2:1257_815:ZNF566-001:ENST00000454319.1:1260_818
chr19	36981136	.	GA	G	10958.81	PASS	AA=0;AC=133;AF=0.07052;AN=1886;BaseQRankSum=15.569;DP=4874;DS;FS=2.086;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.7141;InbreedingCoeff=0.1458;MQ=62.03;MQ0=1;MQRankSum=0.940;QD=19.67;ReadPosRankSum=1.344;SB=-4485.96;SZ=-1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=8.7013;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC092295.1:ENSG00000256109.1:+:deletionFS:1/1:AC092295.1-201:ENST00000543592.1:660_584
chr19	37129580	.	GGGA	G	1138.25	PASS	AA=0;AC=19;AF=0.01473;AN=1290;BaseQRankSum=6.646;DP=3383;DS;FS=4.068;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.2355;InbreedingCoeff=0.0634;MQ=60.80;MQ0=0;MQRankSum=-0.911;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.993;SB=-668.04;SZ=-3;TR=10;TU=AGGG;VQSLOD=7.9034;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF461:ENSG00000197808.5:-:deletionNFS:3/5:ZNF461-201:ENST00000360357.4:1623_1598_533_PP->P:ZNF461-203:ENST00000396893.1:1692_1667_556_PP->P:ZNF461-205:ENST00000540605.1:1311_1286_429_PP->P
chr19	37130785	.	ATGT	A	281.40	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0071;AN=422;BaseQRankSum=4.238;DP=1087;DS;FS=1.260;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=18.4322;InbreedingCoeff=0.0023;MQ=58.53;MQ0=1;MQRankSum=0.830;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.468;SB=-159.60;SZ=-3;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.8495;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF461:ENSG00000197808.5:-:deletionNFS:4/5:ZNF461-201:ENST00000360357.4:1623_393_131_HQ->Q:ZNF461-203:ENST00000396893.1:1692_462_154_HQ->Q:ZNF461-205:ENST00000540605.1:1311_81_27_HQ->Q:ZNF461-202:ENST00000396892.1:738_267_89_HQ->Q
chr19	37309656	.	AC	A	5.99	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=730;DP=1939;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.7401;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF790:ENSG00000197863.3:-:deletionFS:1/1:ZNF790-001:ENST00000356725.3:1911_1590
chr19	37310182	.	TGA	T	58.44	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=740;DP=1927;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=G;VQSLOD=7.4927;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF790:ENSG00000197863.3:-:deletionFS:1/1:ZNF790-001:ENST00000356725.3:1911_1064
chr19	37441760	.	CGA	C	4.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=722;BaseQRankSum=2.109;DP=1720;DS;FS=6.572;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=13.6738;InbreedingCoeff=0.0719;MQ=78.52;MQ0=0;MQRankSum=2.171;QD=0.41;ReadPosRankSum=-1.769;SB=1.46;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.0515;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF568:ENSG00000198453.7:+:deletionFS:2/4:ZNF568-005:ENST00000415168.1:1743_1513:ZNF568-002:ENST00000333987.7:1935_1705
chr19	37488325	.	CT	C	126.17	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0037;AN=810;BaseQRankSum=0.448;DP=2688;DS;FS=5.583;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=24.1422;InbreedingCoeff=0.1135;MQ=60.30;MQ0=0;MQRankSum=0.467;QD=10.51;ReadPosRankSum=1.589;SB=-65.93;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.2269;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF568:ENSG00000198453.7:+:deletionFS:1/4:ZNF568-201:ENST00000455427.2:1716_1540
chr19	37619430	.	A	AC	9.23	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=486;DP=1684;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=1;SB=-40.72;SZ=1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5045;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF420:ENSG00000197050.5:+:insertionFS:1/2:ZNF420-001:ENST00000337995.2:2067_1537
chr19	37678131	.	T	TC	10.12	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1239;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.9615;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ZNF585B:ENSG00000245680.4:-:insertionFS:3/4:ZNF585B-002:ENST00000532828.1:2310_308:ZNF585B-003:ENST00000531805.1:2145_143:ZNF585B-004:ENST00000527838.1:474_308
chr19	37758906	.	C	CG	113.26	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0058;AN=516;DP=1401;DS;HR=5;HRun=5;HU=G;SZ=1;TR=5;TU=G;VQSLOD=6.5067;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AC016590.1:ENSG00000257112.1:-:insertionFS:1/1:AC016590.1-201:ENST00000539530.1:405_152
chr19	37853585	.	TG	T,TGG	44.14	PASS	AA=0;AC=2,1;AF=0.0043,0.0021;AN=466;DP=1562;DS;HR=5;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=5;TU=G;VQSLOD=7.4233;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HKR1:ENSG00000181666.11:+:deletionFS:5/6:HKR1-205:ENST00000542144.1:2190_996:HKR1-202:ENST00000392153.3:1923_831:HKR1-201:ENST00000324411.3:1980_888:HKR1-204:ENST00000541583.1:1797_705:HKR1-206:ENST00000544914.1:1161_69,2:HKR1:ENSG00000181666.11:+:insertionFS:5/6:HKR1-205:ENST00000542144.1:2190_996:HKR1-202:ENST00000392153.3:1923_831:HKR1-201:ENST00000324411.3:1980_888:HKR1-204:ENST00000541583.1:1797_705:HKR1-206:ENST00000544914.1:1161_69
chr19	37854088	.	CAG	C	27.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1038;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.9712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HKR1:ENSG00000181666.11:+:deletionFS:6/6:HKR1-205:ENST00000542144.1:2190_1499:HKR1-202:ENST00000392153.3:1923_1334:HKR1-201:ENST00000324411.3:1980_1391:HKR1-203:ENST00000414402.2:1317_728:HKR1-204:ENST00000541583.1:1797_1208:HKR1-206:ENST00000544914.1:1161_572
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chr19	37879425	.	T	TG	4.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=558;BaseQRankSum=-0.071;DP=1428;DS;FS=2.256;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=12.7882;InbreedingCoeff=0.0574;MQ=73.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=0.67;ReadPosRankSum=1.304;SB=0.39;SZ=1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.4936;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF527:ENSG00000189164.8:+:insertionFS:2/2:ZNF527-201:ENST00000317566.3:1734_378:ZNF527-202:ENST00000356178.3:1830_474
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chr19	38056830	.	GA	G	233.84	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=718;DP=1744;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=1;SZ=-1;TR=4;TU=AG;VQSLOD=8.4230;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF571:ENSG00000180479.8:-:deletionFS:3/3:ZNF571-201:ENST00000328550.2:1830_500:ZNF571-202:ENST00000358744.3:1830_500:ZNF571-203:ENST00000451802.1:1830_500
chr19	38161020	.	ATT	A	86.27	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0030;AN=668;DP=1724;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-2;TR=4;TU=AC;VQSLOD=7.7303;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:ZNF781:ENSG00000196381.3:-:deletionFS:2/2:ZNF781-202:ENST00000545586.1:1059_30:ZNF781-201:ENST00000358582.2:984_30
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chr19	38377225	.	GTCAC	G	124.31	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0029;AN=700;DP=1683;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-4;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.2272;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR87:ENSG00000171804.5:-:deletionFS:2/2:WDR87-002:ENST00000303868.5:8622_6969:WDR87-001:ENST00000447313.2:8739_7086
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chr19	38378138	.	TG	T	44.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=562;DP=1613;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.8048;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR87:ENSG00000171804.5:-:deletionFS:2/2:WDR87-002:ENST00000303868.5:8622_6056:WDR87-001:ENST00000447313.2:8739_6173
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chr19	38380149	.	GTTC	G	743.25	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0078;AN=766;BaseQRankSum=7.091;DP=2335;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.5156;InbreedingCoeff=0.1030;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.515;QD=14.86;ReadPosRankSum=-1.142;SB=-325.39;SZ=-3;TR=9;TU=CTT;VQSLOD=7.8544;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR87:ENSG00000171804.5:-:deletionNFS:2/2:WDR87-002:ENST00000303868.5:8622_4045_1349_QA->A:WDR87-001:ENST00000447313.2:8739_4162_1388_QA->A
chr19	38385613	rs78221450	TGGA	T	5446.88	PASS	AA=0;AC=114;AF=0.06019;AN=1894;BaseQRankSum=11.926;DB;DP=4743;DS;FS=1.509;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7302;InbreedingCoeff=0.0804;MQ=60.35;MQ0=0;MQRankSum=-2.649;QD=17.86;ReadPosRankSum=1.497;SB=-2033.63;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=7.8321;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:WDR87:ENSG00000171804.5:-:deletionNFS:2/2:WDR87-002:ENST00000303868.5:8622_613_205_IT->T:WDR87-001:ENST00000447313.2:8739_730_244_IT->T
chr19	38655513	.	C	CG,CGG	286.63	PASS	AA=0;AC=55,52;AF=0.0607,0.0574;AN=906;BaseQRankSum=-1.262;DP=1853;DS;FS=62.874;HR=6;HU=G;HaplotypeScore=15.6811;InbreedingCoeff=0.5228;MQ=65.51;MQ0=0;MQRankSum=2.809;QD=0.40;ReadPosRankSum=-0.475;SB=-15.34;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.2585;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SIPA1L3:ENSG00000105738.5:+:insertionFS:1/1:SIPA1L3-001:ENST00000222345.5:5346_4175,2:SIPA1L3:ENSG00000105738.5:+:insertionFS:1/1:SIPA1L3-001:ENST00000222345.5:5346_4175
chr19	38795546	rs71821976	TGAA	T	11548.84	PASS	AA=0;AC=280;AF=0.15334;AN=1826;BaseQRankSum=19.084;DB;DP=3447;DS;FS=16.640;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=14.0322;InbreedingCoeff=0.2035;MQ=73.24;MQ0=1;MQRankSum=-1.357;QD=21.96;ReadPosRankSum=1.286;SB=-4560.63;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=7.2584;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:deletionNFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_263_88_VK->V
chr19	38795550	rs6146522	G	GAAGAAGGAGAAGGGC,GGGC	8511.75	PASS	AA=.;AC=229,1;AF=0.12233,0.00053;AN=1872;BaseQRankSum=-10.169;DB;DP=3506;DS;FS=0.407;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=40.8543;InbreedingCoeff=0.3691;MQ=65.66;MQ0=0;MQRankSum=-5.011;QD=20.56;ReadPosRankSum=1.871;SB=-4003.68;SZ=.;TR=36;TU=AAGAAGGAGAAGGGC;VQSLOD=8.1300;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:insertionNFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_267_89_K->KKKEKG,2:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:insertionNFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_267_89_K->KG
chr19	38795554	.	AAGG	A	2276.40	PASS	AA=.;AC=211;AF=0.11117;AN=1898;BaseQRankSum=23.468;DP=3716;DS;FS=12.294;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=16.0678;InbreedingCoeff=0.0961;MQ=72.99;MQ0=1;MQRankSum=-2.141;QD=4.77;ReadPosRankSum=5.277;SB=-1446.54;SZ=.;TR=36;TU=AAGAAGGAGAAGGGC;VQSLOD=6.0520;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:deletionNFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_271_91_KE->K
chr19	38795580	.	CAAG	C	2035.62	PASS	AA=.;AC=60;AF=0.04418;AN=1358;BaseQRankSum=8.561;DP=2755;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.6490;InbreedingCoeff=0.1847;MQ=69.30;MQ0=1;MQRankSum=-3.459;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.178;SB=-1008.62;SZ=.;TR=36;TU=AAGAAGGAGAAGGGC;VQSLOD=8.1001;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:deletionNFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_297_99_GK->G
chr19	38795585	.	A	AG	32.13	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0020;AN=500;DP=976;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=36;TU=AAGAAGGAGAAGGGC;VQSLOD=6.6767;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C19orf33:ENSG00000167644.5:+:insertionFS:1/1:C19orf33-201:ENST00000301246.4:321_302
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chr19	38877458	.	G	GGGC	57.71	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0070;AN=142;DP=194;HR=4;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=.;TR=15;TU=CGG;VQSLOD=7.0327;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:GGN:ENSG00000179168.8:-:insertionNFS:2/2:GGN-201:ENST00000334928.5:1959_444_148_P->PP:GGN-202:ENST00000392116.1:672_444_148_P->PP
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chr19	39423329	.	CAGA	C	496.89	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0080;AN=626;DP=1662;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=.;TR=8;TU=AAG;VQSLOD=8.2656;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MRPS12:ENSG00000128626.6:+:deletionNFS:3/3:MRPS12-201:ENST00000308018.3:417_406_136_QK->Q:MRPS12-202:ENST00000402029.2:417_406_136_QK->Q:MRPS12-203:ENST00000407800.1:417_406_136_QK->Q
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chr19	39944032	.	AAAG	A	231.98	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.0049;AN=816;BaseQRankSum=3.140;DP=1854;DS;FS=1.326;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=20.7082;InbreedingCoeff=0.0612;MQ=61.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.734;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.913;SB=-99.13;SZ=-3;TR=10;TU=AAG;VQSLOD=8.1812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUPT5H:ENSG00000196235.6:+:deletionNFS:4/5:SUPT5H-201:ENST00000359191.5:3264_112_38_KE->K:SUPT5H-202:ENST00000378524.5:3198_112_38_KE->K:SUPT5H-203:ENST00000402194.2:3252_112_38_KE->K:SUPT5H-204:ENST00000432763.2:3264_112_38_KE->K
chr19	39963056	.	AT	A	11.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=622;DP=1663;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.4757;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SUPT5H:ENSG00000196235.6:+:deletionFS:5/5:SUPT5H-201:ENST00000359191.5:3264_1958:SUPT5H-202:ENST00000378524.5:3198_1892:SUPT5H-203:ENST00000402194.2:3252_1946:SUPT5H-204:ENST00000432763.2:3264_1958:SUPT5H-205:ENST00000439225.2:2640_1334
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chr19	40570428	rs113984138	CTT	C,CT,CTTT,CTTTT,CTTTTT	7899.02	PASS	AA=.;AC=34,258,308,126,138;AF=0.01908,0.14478,0.17284,0.07071,0.07744;AN=1782;BaseQRankSum=-1.274;DB;DP=4218;DS;FS=9.480;HR=17;HU=T;HaplotypeScore=21.3855;InbreedingCoeff=0.6103;MQ=63.57;MQ0=0;MQRankSum=1.579;QD=1.63;ReadPosRankSum=-3.776;SB=-2416.11;SZ=.;TR=17;TU=T;VQSLOD=9.6998;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ZNF780A:ENSG00000197782.7:-:deletionFS:1/5:ZNF780A-203:ENST00000443072.2:345_345,2:ZNF780A:ENSG00000197782.7:-:deletionFS:1/5:ZNF780A-203:ENST00000443072.2:345_345,3:ZNF780A:ENSG00000197782.7:-:insertionFS:1/5:ZNF780A-203:ENST00000443072.2:345_345,4:ZNF780A:ENSG00000197782.7:-:insertionFS:1/5:ZNF780A-203:ENST00000443072.2:345_345,5:ZNF780A:ENSG00000197782.7:-:insertionNFS:1/5:ZNF780A-203:ENST00000443072.2:345_345_115_K->KK
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chr19	41123093	rs67216392	A	AG,AT	93983.33	PASS	AA=1;AC=1783,4;AF=0.99498,0.00223;AN=1792;BaseQRankSum=-2.690;DB;DP=4230;DS;FS=0.000;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=11.8610;InbreedingCoeff=0.1078;MQ=65.45;MQ0=0;MQRankSum=2.889;QD=39.11;ReadPosRankSum=2.240;SB=-40076.72;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=10.1614;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LTBP4:ENSG00000090006.12:+:insertionFS:4/7:LTBP4-201:ENST00000204005.9:4761_3122:LTBP4-203:ENST00000308370.7:4872_3233:LTBP4-205:ENST00000396819.3:4671_3032:LTBP4-202:ENST00000243562.9:558_395,2:LTBP4:ENSG00000090006.12:+:insertionFS:4/7:LTBP4-201:ENST00000204005.9:4761_3122:LTBP4-203:ENST00000308370.7:4872_3233:LTBP4-205:ENST00000396819.3:4671_3032:LTBP4-202:ENST00000243562.9:558_395
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chr19	41173879	.	GC	G	71.78	PASS	AA=.;AC=34;AF=0.0356;AN=954;BaseQRankSum=2.522;DP=1791;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=18.8985;InbreedingCoeff=0.1145;MQ=60.70;MQ0=30;MQRankSum=-3.760;QD=0.59;ReadPosRankSum=-3.285;SB=-193.42;SZ=.;TR=23;TU=CTG;VQSLOD=5.6545;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NUMBL:ENSG00000105245.4:-:deletionFS:2/2:NUMBL-201:ENST00000252891.3:1830_1324:NUMBL-202:ENST00000540131.1:1707_1201
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chr19	44589999	rs76588915	TCTC	T	76331.59	PASS	AA=0;AC=921;AF=0.43941;AN=2096;BaseQRankSum=39.187;DB;DP=5863;DS;FS=3.493;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=21.3188;InbreedingCoeff=0.1479;MQ=65.32;MQ0=0;MQRankSum=-14.604;QD=32.86;ReadPosRankSum=0.097;SB=-36288.48;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=7.8985;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF284:ENSG00000186026.5:+:deletionNFS:1/1:ZNF284-201:ENST00000421176.2:1782_368_123_FS->F
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chr19	47883157	.	TGGAGGAGGA	T,TGGA,TGGAGGAGGAGGA	865.25	PASS	AA=.;AC=2,20,44;AF=0.00178,0.01776,0.03908;AN=1126;BaseQRankSum=4.260;DP=2171;FS=6.887;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=30.1067;InbreedingCoeff=0.3704;MQ=64.52;MQ0=0;MQRankSum=-2.215;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.324;SB=-173.81;SZ=.;TR=18;TU=AGG;VQSLOD=8.0566;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:DHX34:ENSG00000134815.11:+:deletionNFS:1/3:DHX34-001:ENST00000328771.4:3432_2897_966_LEEE->L,2:DHX34:ENSG00000134815.11:+:deletionNFS:1/3:DHX34-001:ENST00000328771.4:3432_2897_966_LEE->L,3:DHX34:ENSG00000134815.11:+:insertionNFS:1/3:DHX34-001:ENST00000328771.4:3432_2897_966_L->LEEEE
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chr19	48735017	rs79434599	C	CTT	7237.93	PASS	AA=0;AC=87;AF=0.05762;AN=1510;BaseQRankSum=-16.573;DB;DP=4222;DS;FS=10.224;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=16.7893;InbreedingCoeff=0.1771;MQ=64.64;MQ0=0;MQRankSum=2.126;QD=26.07;ReadPosRankSum=0.461;SB=-3119.93;SZ=2;TR=3;TU=T;VQSLOD=8.2990;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CARD8:ENSG00000105483.10:-:insertionFS:8/12:CARD8-203:ENST00000391898.3:1614_442:CARD8-204:ENST00000447740.2:1464_292:CARD8-009:ENST00000519940.1:1614_442:CARD8-007:ENST00000520153.1:1464_292:CARD8-004:ENST00000521613.1:1464_292:CARD8-202:ENST00000359009.4:1296_127:CARD8-005:ENST00000520015.1:1179_442:CARD8-002:ENST00000520753.1:1179_442
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chr19	48950001	.	TGAA	T	5396.36	PASS	AA=.;AC=116;AF=0.05648;AN=2054;BaseQRankSum=15.825;DP=5324;DS;FS=10.933;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.1984;InbreedingCoeff=0.1232;MQ=68.98;MQ0=0;MQRankSum=1.634;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.790;SB=-1942.69;SZ=.;TR=11;TU=AAG;VQSLOD=7.9789;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:GRWD1:ENSG00000105447.6:+:deletionNFS:1/2:GRWD1-201:ENST00000253237.4:1341_369_123_DE->D
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chr19	48985178	rs34527214	TA	T	81310.43	PASS	AA=1;AC=1508;AF=0.76626;AN=1968;BaseQRankSum=17.187;DB;DP=4711;DS;FS=4.636;HR=2;HRun=2;HU=A;HaplotypeScore=13.3363;InbreedingCoeff=0.1486;MQ=74.34;MQ0=0;MQRankSum=-3.639;QD=30.79;ReadPosRankSum=-0.381;SB=-35707.59;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=9.5646;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AC008403.1:ENSG00000246646.2:+:spliceOverlap:1/1:AC008403.1-201:ENST00000500348.2:420
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chr19	49206990	rs35398918	TGTG	T	73.98	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=630;DB;DP=1855;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=4.7712;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FUT2:ENSG00000176920.10:+:deletionNFS:2/2:FUT2-201:ENST00000391876.4:1032_777_259_DV->D:FUT2-001:ENST00000425340.2:1032_777_259_DV->D
chr19	49207023	rs78000427	AC	A	919.41	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0237;AN=422;DB;DP=1213;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=8.1558;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FUT2:ENSG00000176920.10:+:deletionFS:2/2:FUT2-201:ENST00000391876.4:1032_810:FUT2-001:ENST00000425340.2:1032_810
chr19	49244218	.	C	CAA	17903.17	PASS	AA=0;AC=904;AF=0.46454;AN=1946;BaseQRankSum=27.366;DP=4276;DS;FS=3.480;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=28.5148;InbreedingCoeff=0.1830;MQ=62.99;MQ0=0;MQRankSum=4.619;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.151;SB=-6512.77;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.4404;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IZUMO1:ENSG00000182264.3:-:insertionFS:1/1:IZUMO1-201:ENST00000332955.2:1053_1000
chr19	49253986	.	ACT	A	21.09	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0044;AN=452;DP=1039;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CT;VQSLOD=5.5516;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:FUT1:ENSG00000174951.4:-:deletionFS:2/2:FUT1-201:ENST00000310160.3:1098_553:FUT1-202:ENST00000539428.1:1068_523
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chr19	49377030	.	AC	A	87.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=636;DP=1629;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=8.5964;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PPP1R15A:ENSG00000087074.5:+:deletionFS:3/3:PPP1R15A-202:ENST00000540695.1:1545_60:PPP1R15A-201:ENST00000200453.4:2025_540:PPP1R15A-203:ENST00000544084.1:1899_414
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chr19	49442854	.	G	GT	1315.10	PASS	AA=0;AC=180;AF=0.12397;AN=1452;BaseQRankSum=21.163;DP=3192;FS=0.733;HR=7;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.4158;InbreedingCoeff=0.0903;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=2.60;ReadPosRankSum=8.885;SZ=1;TR=7;TU=G;VQSLOD=4.9256;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DHDH:ENSG00000104808.3:+:insertionFS:2/3:DHDH-001:ENST00000221403.2:1005_515:DHDH-004:ENST00000522614.1:729_515
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chr19	49573362	rs10535426	TGGA	T	8765.46	PASS	AA=0;AC=235;AF=0.13475;AN=1744;BaseQRankSum=14.366;DB;DP=3196;DS;FS=12.459;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=15.6846;InbreedingCoeff=0.1241;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.638;QD=21.38;ReadPosRankSum=1.616;SB=-3483.68;SZ=-3;TR=2;TU=G;VQSLOD=9.1882;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:KCNA7:ENSG00000104848.1:-:deletionNFS:1/1:KCNA7-201:ENST00000221444.1:1371_1329_443_PL->L
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chr19	49656857	.	TTCC	T,TTCCTCC	190.97	PASS	AA=.;AC=7,17;AF=0.0076,0.0184;AN=922;BaseQRankSum=1.007;DP=2358;DS;FS=5.312;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=19.1579;InbreedingCoeff=0.1892;MQ=57.54;MQ0=3;MQRankSum=-2.071;QD=2.56;ReadPosRankSum=-2.960;SB=-126.14;SZ=.;TR=19;TU=CCT;VQSLOD=6.6156;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:HRC:ENSG00000130528.5:-:deletionNFS:1/3:HRC-201:ENST00000252825.3:2100_1638_546_EE->E,2:HRC:ENSG00000130528.5:-:insertionNFS:1/3:HRC-201:ENST00000252825.3:2100_1638_546_E->EEE
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chr19	49657889	rs57199624	TTCC	T,TTCCTCC,TTCCTCCTCCTCC	21916.78	PASS	AA=.;AC=31,405,92;AF=0.01836,0.23993,0.05450;AN=1688;BaseQRankSum=-17.608;DB;DP=5393;DS;FS=8.593;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=41.8612;InbreedingCoeff=0.4816;MQ=61.35;MQ0=10;MQRankSum=4.958;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.379;SB=-7499.67;SZ=.;TR=26;TU=CCT;VQSLOD=7.3690;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:HRC:ENSG00000130528.5:-:deletionNFS:2/3:HRC-201:ENST00000252825.3:2100_606_202_EE->E:HRC-203:ENST00000434964.1:1362_516_172_EE->E,2:HRC:ENSG00000130528.5:-:insertionNFS:2/3:HRC-201:ENST00000252825.3:2100_606_202_E->EEE:HRC-203:ENST00000434964.1:1362_516_172_E->EEE,3:HRC:ENSG00000130528.5:-:insertionNFS:2/3:HRC-201:ENST00000252825.3:2100_606_202_E->EEEEE:HRC-203:ENST00000434964.1:1362_516_172_E->EEEEE
chr19	49699758	rs113100797	TGCTGCGGGGGCC	T	1387.97	PASS	AA=.;AC=37;AF=0.0819;AN=452;BaseQRankSum=8.295;DB;DP=576;FS=1.592;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=22.8646;InbreedingCoeff=0.1829;MQ=55.28;MQ0=0;MQRankSum=-1.176;QD=25.24;ReadPosRankSum=0.964;SB=-574.50;SZ=.;TR=6;TU=CTG;VQSLOD=7.5210;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TRPM4:ENSG00000130529.10:+:deletionNFS:2/3:TRPM4-201:ENST00000252826.4:3645_2272_758_CCGGR->C:TRPM4-202:ENST00000355712.5:2583_1210_404_CCGGR->C
chr19	49703574	.	AC	A	140.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=642;DP=1239;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=6;TU=ACC;VQSLOD=7.4040;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRPM4:ENSG00000130529.10:+:deletionFS:3/3:TRPM4-201:ENST00000252826.4:3645_2663:TRPM4-203:ENST00000427978.1:3210_2228:TRPM4-202:ENST00000355712.5:2583_1601
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chr19	52084690	.	A	AG	1380.32	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.0387;AN=542;DP=1382;DS;HR=1;HRun=2;HU=G;SZ=1;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=8.3973;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF175:ENSG00000105497.2:+:insertionFS:2/3:ZNF175-003:ENST00000436511.2:339_119:ZNF175-001:ENST00000262259.2:2136_119
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chr19	52096033	rs3838908	GATAAA	G	29962.68	PASS	AA=0;AC=406;AF=0.19614;AN=2070;BaseQRankSum=32.662;DB;DP=5101;DS;FS=9.180;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=29.1512;InbreedingCoeff=0.2589;MQ=66.13;MQ0=0;MQRankSum=-23.397;QD=29.81;ReadPosRankSum=-0.903;SB=-14140.29;SZ=-5;TR=10;TU=AAAAT;VQSLOD=7.2394;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:AC018755.11:ENSG00000167765.2:-:deletionFS:1/1:AC018755.11-001:ENST00000301439.2:789_645
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chr19	52227137	rs58597876	TACACACACACACACACACACACACAC	T,TACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACACACACAC,TACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAC	16108.99	PASS	AA=.;AC=28,50,208,143,60,62,112,212;AF=0.01571,0.02806,0.11672,0.08025,0.03367,0.03479,0.06285,0.11897;AN=1782;BaseQRankSum=-7.297;DB;DP=3868;DS;FS=23.114;HR=1;HU=A;HaplotypeScore=72.8251;InbreedingCoeff=0.8951;MQ=65.51;MQ0=10;MQRankSum=2.590;QD=9.53;ReadPosRankSum=3.254;SB=-4196.54;SZ=.;TR=40;TU=AC;VQSLOD=6.0341;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=8:HAS1:ENSG00000105509.4:-:spliceOverlap:2/4:HAS1-201:ENST00000222115.1:1737:HAS1-204:ENST00000540069.1:1734
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chr19	52618115	.	T	TA	181.63	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=360;DP=1096;DS;HR=1;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.7841;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF616:ENSG00000204611.1:-:insertionFS:1/1:ZNF616-201:ENST00000330123.4:2346_2302
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chr19	52887145	rs34470614	TA	T	31804.47	PASS	AA=0;AC=662;AF=0.31735;AN=2086;BaseQRankSum=32.008;DB;DP=5804;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=A;HaplotypeScore=13.0127;InbreedingCoeff=0.1178;MQ=65.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.078;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.606;SB=-15648.48;SZ=-1;TR=5;TU=A;VQSLOD=9.6395;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF880:ENSG00000221923.3:+:deletionFS:1/3:ZNF880-001:ENST00000422689.2:1734_312
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chr19	52887248	.	A	AAC	7045.86	PASS	AA=.;AC=560;AF=0.27641;AN=2026;BaseQRankSum=28.540;DP=5371;FS=3.177;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=18.1229;InbreedingCoeff=0.0447;MQ=74.60;MQ0=0;MQRankSum=-8.513;QD=8.89;ReadPosRankSum=4.162;SZ=.;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=5.7151;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF880:ENSG00000221923.3:+:insertionFS:1/3:ZNF880-001:ENST00000422689.2:1734_415
chr19	52887516	.	TACA	T	203.58	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0043;AN=470;DP=1558;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=2;SZ=-3;TR=6;TU=AAC;VQSLOD=7.4527;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF880:ENSG00000221923.3:+:deletionNFS:1/3:ZNF880-001:ENST00000422689.2:1734_683_228_VQ->V
chr19	52887600	.	CACG	C	2398.38	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01462;AN=1642;BaseQRankSum=10.704;DP=4752;DS;FS=4.216;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.2530;InbreedingCoeff=0.0084;MQ=59.44;MQ0=2;MQRankSum=-4.657;QD=15.78;ReadPosRankSum=-0.537;SB=-1232.62;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.4870;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF880:ENSG00000221923.3:+:deletionNFS:1/3:ZNF880-001:ENST00000422689.2:1734_767_256_AR->A
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chr19	52942196	.	AAATGT	A	310.07	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0024;AN=828;BaseQRankSum=0.788;DP=2797;DS;FS=3.330;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=41.3950;InbreedingCoeff=-0.0052;MQ=54.67;MQ0=2;MQRankSum=-3.857;QD=19.38;ReadPosRankSum=0.518;SB=-124.18;SZ=-5;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.2394;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF534:ENSG00000198633.5:+:deletionFS:3/5:ZNF534-201:ENST00000332323.6:2025_1522:ZNF534-204:ENST00000433050.1:1986_1483:ZNF534-202:ENST00000391790.2:2022_1519
chr19	53057960	.	T	TG	18.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;DP=1641;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;SB=-5.08;SZ=1;TR=4;TU=GT;VQSLOD=5.3306;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF808:ENSG00000198482.5:+:insertionFS:1/1:ZNF808-001:ENST00000359798.4:2712_1791
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chr19	53453580	.	CAT	C	64.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=724;DP=1696;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.5585;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF816:ENSG00000180257.7:-:deletionFS:2/2:ZNF816-002:ENST00000357666.4:1956_1448:ZNF816-001:ENST00000444460.2:1956_1448
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chr19	53454471	.	G	GCAC	38784.52	PASS	AA=1;AC=985;AF=0.49103;AN=2006;BaseQRankSum=14.276;DP=5057;FS=1.495;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=28.5927;InbreedingCoeff=0.0937;MQ=58.99;MQ0=4;MQRankSum=-4.076;QD=32.24;ReadPosRankSum=0.934;SZ=-3;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.0257;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF816:ENSG00000180257.7:-:insertionNFS:2/2:ZNF816-002:ENST00000357666.4:1956_557_186_A->GA:ZNF816-001:ENST00000444460.2:1956_557_186_A->GA
chr19	53454475	rs76409413	C	CA,CACT	92926.74	PASS	AA=2;AC=1,1024;AF=0.00049,0.50098;AN=2044;BaseQRankSum=-21.222;DB;DP=5064;DS;FS=0.588;HR=2;HU=C;HaplotypeScore=18.0641;InbreedingCoeff=0.2218;MQ=63.67;MQ0=6;MQRankSum=-5.445;QD=55.15;ReadPosRankSum=-0.553;SB=-45191.85;SZ=-3;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.3230;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF816:ENSG00000180257.7:-:insertionFS:2/2:ZNF816-002:ENST00000357666.4:1956_553:ZNF816-001:ENST00000444460.2:1956_553,2:ZNF816:ENSG00000180257.7:-:insertionNFS:2/2:ZNF816-002:ENST00000357666.4:1956_553_185_G->SG:ZNF816-001:ENST00000444460.2:1956_553_185_G->SG
chr19	53454521	.	CAT	C	156.71	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0062;AN=486;DP=1469;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=17;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=7.1109;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF816:ENSG00000180257.7:-:deletionFS:2/2:ZNF816-002:ENST00000357666.4:1956_507:ZNF816-001:ENST00000444460.2:1956_507
chr19	53573175	.	A	ACATT	79.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0028;AN=362;DP=1087;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.5954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF160:ENSG00000170949.12:-:insertionFS:2/3:ZNF160-202:ENST00000418871.1:2457_612:ZNF160-203:ENST00000429604.1:2457_612
chr19	53612104	.	GCT	G	137.21	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.0082;AN=974;BaseQRankSum=2.940;DP=3333;DS;FS=21.262;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.6899;InbreedingCoeff=0.3109;MQ=57.61;MQ0=0;MQRankSum=1.188;QD=4.59;ReadPosRankSum=-4.185;SB=2.30;SZ=-2;TR=2;TU=G;VQSLOD=4.9606;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:ZNF415:ENSG00000170954.6:-:deletionFS:6/6:ZNF415-201:ENST00000243643.3:1668_1194:ZNF415-206:ENST00000500065.3:1668_1194:ZNF415-202:ENST00000421033.1:1704_1230:ZNF415-204:ENST00000448501.1:1812_1338:ZNF415-205:ENST00000455735.2:1812_1338:ZNF415-203:ENST00000440291.1:1629_1155
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chr19	53613001	.	CT	C	47.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=714;DP=1652;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;MQ0=1;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.4280;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF415:ENSG00000170954.6:-:deletionFS:6/6:ZNF415-201:ENST00000243643.3:1668_297:ZNF415-206:ENST00000500065.3:1668_297:ZNF415-202:ENST00000421033.1:1704_333:ZNF415-204:ENST00000448501.1:1812_441:ZNF415-205:ENST00000455735.2:1812_441:ZNF415-203:ENST00000440291.1:1629_258
chr19	53668533	.	A	AT	4.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=560;BaseQRankSum=-0.048;DP=1875;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=18.3428;InbreedingCoeff=0.0444;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.919;QD=0.73;ReadPosRankSum=1.916;SB=-31.73;SZ=1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.4873;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF665:ENSG00000197497.5:-:insertionFS:1/1:ZNF665-201:ENST00000396424.2:2037_1210
chr19	53727145	rs57371460	GGTTTT	G,GGTTTTGTTTT	14481.18	PASS	AA=.;AC=2,365;AF=0.00101,0.18509;AN=1972;BaseQRankSum=-11.597;DB;DP=4250;DS;FS=3.350;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=23.7982;InbreedingCoeff=0.3532;MQ=63.81;MQ0=4;MQRankSum=-8.830;QD=25.22;ReadPosRankSum=1.732;SB=-5093.23;SZ=.;TR=19;TU=GTTTT;VQSLOD=8.2805;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF677:ENSG00000197928.4:-:deletionFS:1/2:ZNF677-202:ENST00000416063.2:537_479,2:ZNF677:ENSG00000197928.4:-:insertionFS:1/2:ZNF677-202:ENST00000416063.2:537_479
chr19	53727161	.	G	GTTTTT	11915.51	PASS	AA=.;AC=289;AF=0.14194;AN=2036;BaseQRankSum=20.147;DP=4342;DS;FS=9.396;HR=3;HRun=4;HU=T;HaplotypeScore=24.8302;InbreedingCoeff=-0.0330;MQ=58.70;MQ0=4;MQRankSum=-10.037;QD=18.79;ReadPosRankSum=1.783;SB=-3976.53;SZ=.;TR=19;TU=GTTTT;VQSLOD=5.3843;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF677:ENSG00000197928.4:-:spliceOverlap:1/2:ZNF677-202:ENST00000416063.2:537
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chr19	54723026	.	ACGT	A	613.79	PASS	AA=.;AC=23;AF=0.0239;AN=962;BaseQRankSum=7.451;DP=2197;DS;FS=7.213;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=17.9497;InbreedingCoeff=0.1315;MQ=62.63;MQ0=0;MQRankSum=1.954;QD=4.75;ReadPosRankSum=0.129;SB=-347.24;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.8989;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:LILRB3:ENSG00000204577.7:-:deletionNFS:5/5:LILRB3-201:ENST00000407860.2:1947_1449_483_RQ->Q:LILRB3-009:ENST00000245620.9:1899_1398_466_RQ->Q:LILRB3-008:ENST00000346401.6:1932_1434_478_RQ->Q:LILRB3-001:ENST00000391750.1:1896_1398_466_RQ->Q:LILRB3-202:ENST00000424807.1:1896_1398_466_RQ->Q,1:LILRA6:ENSG00000244482.3:-:deletionNFS:3/7:LILRA6-201:ENST00000270464.5:1899_1398_466_RQ->Q:LILRA6-203:ENST00000419410.2:1899_1398_466_RQ->Q:LILRA6-205:ENST00000440558.2:1896_1398_466_RQ->Q
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chr19	54973987	.	TGCC	T	7591.61	PASS	AA=0;AC=542;AF=0.32769;AN=1654;BaseQRankSum=24.354;DP=2874;FS=3.328;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.7714;InbreedingCoeff=0.1373;MQ=69.63;MQ0=0;MQRankSum=-6.634;QD=11.28;ReadPosRankSum=3.962;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=6.1962;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:LENG9:ENSG00000182909.5:-:deletionNFS:1/1:LENG9-001:ENST00000333834.4:1506_789_263_AL->L
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chr19	54973993	rs76053645	CTCA	C	10245.23	PASS	AA=0;AC=558;AF=0.33942;AN=1644;BaseQRankSum=30.291;DB;DP=2839;DS;FS=6.750;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.0655;InbreedingCoeff=0.1827;MQ=66.06;MQ0=0;MQRankSum=-10.626;QD=10.66;ReadPosRankSum=5.300;SB=-4368.00;SZ=-3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=5.5594;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:LENG9:ENSG00000182909.5:-:deletionNFS:1/1:LENG9-001:ENST00000333834.4:1506_783_261_EE->E
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chr19	55396781	.	CGA	C	133.23	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0061;AN=494;DP=1273;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=AG;VQSLOD=7.8246;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FCAR:ENSG00000186431.12:+:deletionFS:8/9:FCAR-003:ENST00000345937.4:576_205:FCAR-001:ENST00000355524.3:864_205:FCAR-005:ENST00000359272.4:828_169:FCAR-008:ENST00000391724.3:762_169:FCAR-002:ENST00000391725.3:798_205:FCAR-009:ENST00000391726.3:540_169:FCAR-007:ENST00000391723.3:630_169:FCAR-201:ENST00000433231.3:720_205
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chr19	55740089	.	C	CCCCG	443.10	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.0109;AN=274;DP=518;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.2738;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM86B:ENSG00000180089.3:-:insertionFS:1/1:TMEM86B-201:ENST00000327042.3:681_21
chr19	55790886	rs3040014	A	AGCCGCCCCC,AGCCGCCGCC	8434.54	PASS	AA=.;AC=20,358;AF=0.0210,0.3753;AN=954;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=983;FS=3.285;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=20.7910;InbreedingCoeff=0.5259;MQ=50.50;MQ0=0;MQRankSum=-7.370;QD=30.51;ReadPosRankSum=-0.872;SB=-3040.23;SZ=.;TR=15;TU=CCG;VQSLOD=8.4109;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HSPBP1:ENSG00000133265.5:-:insertionNFS:3/3:HSPBP1-201:ENST00000255631.4:1080_91_31_S->GGGS:HSPBP1-202:ENST00000376343.3:774_91_31_S->GGGS:HSPBP1-203:ENST00000433386.1:1080_91_31_S->GGGS,2:HSPBP1:ENSG00000133265.5:-:insertionNFS:3/3:HSPBP1-201:ENST00000255631.4:1080_91_31_S->GGGS:HSPBP1-202:ENST00000376343.3:774_91_31_S->GGGS:HSPBP1-203:ENST00000433386.1:1080_91_31_S->GGGS
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chr19	58213885	.	A	AC	4.52	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=482;BaseQRankSum=-0.999;DP=1668;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=19.4357;InbreedingCoeff=-0.0364;MQ=66.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.356;QD=0.65;ReadPosRankSum=0.834;SB=0.77;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.7954;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF154:ENSG00000179909.9:-:insertionFS:3/3:ZNF154-202:ENST00000426889.1:1314_432:ZNF154-203:ENST00000512439.2:1314_432:ZNF154-201:ENST00000396157.1:429_45
chr19	58301766	rs76568043	TG	T	41079.87	PASS	AA=0;AC=778;AF=0.36837;AN=2112;BaseQRankSum=33.189;DB;DP=6308;DS;FS=1.804;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=14.0425;InbreedingCoeff=0.0360;MQ=61.28;MQ0=47;MQRankSum=7.118;QD=18.37;ReadPosRankSum=-0.185;SB=-18778.27;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.7469;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF586:ENSG00000083828.8:+:deletionFS:2/6:ZNF586-201:ENST00000308137.7:192_161:ZNF586-205:ENST00000430084.2:300_161
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chr20	3026346	rs67749149	G	GCCCC,GTCC	808.91	PASS	AA=.;AC=129,5;AF=0.09969,0.00386;AN=1294;BaseQRankSum=8.421;DB;DP=1607;FS=2.726;HR=4;HU=C;HaplotypeScore=14.2897;InbreedingCoeff=0.3209;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-5.460;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.799;SB=-471.86;SZ=.;TR=18;TU=CCCCG;VQSLOD=7.0207;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:GNRH2:ENSG00000125787.7:+:insertionFS:5/5:GNRH2-001:ENST00000245983.2:363_327:GNRH2-004:ENST00000359100.2:342_306:GNRH2-201:ENST00000359987.1:339_303:GNRH2-002:ENST00000380346.2:339_303:GNRH2-003:ENST00000380347.2:342_306,2:GNRH2:ENSG00000125787.7:+:insertionNFS:5/5:GNRH2-001:ENST00000245983.2:363_327_109_E->ES:GNRH2-004:ENST00000359100.2:342_306_102_E->ES:GNRH2-201:ENST00000359987.1:339_303_101_E->ES:GNRH2-002:ENST00000380346.2:339_303_101_E->ES:GNRH2-003:ENST00000380347.2:342_306_102_E->ES
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chr20	5975380	rs71953075	TAA	T,TA,TAAA,TAAAA	12790.66	PASS	AA=.;AC=25,146,660,181;AF=0.01490,0.08701,0.39333,0.10787;AN=1678;BaseQRankSum=-9.915;DB;DP=3510;FS=14.748;HR=18;HU=A;HaplotypeScore=13.0710;InbreedingCoeff=0.5256;MQ=60.78;MQ0=26;MQRankSum=1.791;QD=6.97;ReadPosRankSum=-1.800;SB=-5808.87;SZ=.;TR=18;TU=A;VQSLOD=8.0141;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MCM8:ENSG00000125885.8:+:deletionFS:1/5:MCM8-203:ENST00000399350.2:612_590,2:MCM8:ENSG00000125885.8:+:deletionFS:1/5:MCM8-203:ENST00000399350.2:612_590,3:MCM8:ENSG00000125885.8:+:insertionFS:1/5:MCM8-203:ENST00000399350.2:612_590,4:MCM8:ENSG00000125885.8:+:insertionFS:1/5:MCM8-203:ENST00000399350.2:612_590
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chr20	6759352	.	T	TG	9.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1996;BaseQRankSum=-2.448;DP=5386;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=15.5543;InbreedingCoeff=0.0739;MQ=61.83;MQ0=0;MQRankSum=1.600;ReadPosRankSum=1.596;SZ=1;TR=6;TU=ATG;VQSLOD=5.6851;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BMP2:ENSG00000125845.5:+:insertionFS:1/1:BMP2-001:ENST00000378827.3:1191_807
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chr20	9389733	.	A	AC	7.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=-0.796;DP=5021;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=13.5311;InbreedingCoeff=0.1283;MQ=64.07;MQ0=0;MQRankSum=0.839;ReadPosRankSum=-1.043;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.9857;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PLCB4:ENSG00000101333.11:+:insertionFS:5/5:PLCB4-202:ENST00000334005.3:3585_1868:PLCB4-011:ENST00000378501.2:3585_1868:PLCB4-201:ENST00000278655.4:3528_1868:PLCB4-203:ENST00000378473.3:3564_1904:PLCB4-001:ENST00000378493.1:3528_1868
chr20	9520111	.	AGTG	A	39.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=1.524;DP=5529;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.0000;InbreedingCoeff=0.0440;MQ=62.86;MQ0=0;MQRankSum=-2.216;ReadPosRankSum=-0.904;SZ=-3;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.7525;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PAK7:ENSG00000101349.11:-:multiExonHit:4/4:PAK7-002:ENST00000353224.5:2160:PAK7-003:ENST00000378423.1:2160:PAK7-001:ENST00000378429.3:2160:PAK7-201:ENST00000439520.2:1743
chr20	10541364	.	TAAAAG	T,TAAAG	161.89	PASS	AA=0;AC=1,0;AF=0.00054,0.00000;AN=1846;DP=4242;DS;FS=0.000;HR=4;HU=A;HaplotypeScore=21.8436;InbreedingCoeff=0.1209;MQ=67.90;MQ0=0;SZ=-5;TR=4;TU=A;VQSLOD=7.9788;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C20orf94:ENSG00000149346.10:+:deletionFS:1/1:C20orf94-002:ENST00000334534.5:1227_134,2:C20orf94:ENSG00000149346.10:+:deletionFS:1/1:C20orf94-002:ENST00000334534.5:1227_134
chr20	10632271	.	A	AC	9.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1976;BaseQRankSum=-2.439;DP=5065;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=13.4463;InbreedingCoeff=0.0299;MQ=60.59;MQ0=0;MQRankSum=0.293;ReadPosRankSum=0.532;SZ=1;TR=13;TU=ACACTC;VQSLOD=5.1906;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:JAG1:ENSG00000101384.6:-:insertionFS:2/2:JAG1-001:ENST00000254958.4:3657_1078:JAG1-201:ENST00000423891.2:3180_601
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chr20	13699617	.	A	AT	6.05	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1896;BaseQRankSum=1.388;DP=4143;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=11.2122;InbreedingCoeff=0.1666;MQ=61.05;MQ0=0;MQRankSum=0.349;QD=1.01;ReadPosRankSum=1.897;SB=-12.48;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.6457;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ESF1:ENSG00000089048.9:-:insertionFS:1/2:ESF1-001:ENST00000202816.1:2556_2053
chr20	13740447	.	CCTT	C	1642.75	PASS	AA=0;AC=25;AF=0.01197;AN=2088;BaseQRankSum=9.251;DP=4933;FS=10.124;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.9515;InbreedingCoeff=0.0140;MQ=62.16;MQ0=0;MQRankSum=-0.450;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.239;SB=-690.35;SZ=-3;TR=8;TU=ATC;VQSLOD=7.2591;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ESF1:ENSG00000089048.9:-:deletionNFS:1/2:ESF1-001:ENST00000202816.1:2556_1720_574_DD->D
chr20	13748176	rs34946385	CAA	C,CA,CAAA,CAAAA	2321.78	PASS	AA=.;AC=23,189,244,100;AF=0.01308,0.10751,0.13879,0.05688;AN=1758;BaseQRankSum=-1.607;DB;DP=3731;DS;FS=7.986;HR=16;HU=A;HaplotypeScore=14.4120;InbreedingCoeff=0.4875;MQ=58.47;MQ0=52;MQRankSum=-1.786;QD=1.78;ReadPosRankSum=-3.260;SB=-2147.69;SZ=.;TR=16;TU=A;VQSLOD=9.6535;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:deletionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_25,2:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:deletionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_25,3:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:insertionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_25,4:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:insertionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_25
chr20	13749238	rs113022572	C	CA,CAA	13193.71	PASS	AA=.;AC=420,30;AF=0.21830,0.01559;AN=1924;BaseQRankSum=-13.026;DB;DP=4287;DS;FS=0.399;HR=9;HU=A;HaplotypeScore=15.8488;InbreedingCoeff=0.2245;MQ=56.26;MQ0=6;MQRankSum=-0.816;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.865;SB=-6532.64;SZ=.;TR=9;TU=A;VQSLOD=9.2928;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:insertionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_68,2:AL161659.1:ENSG00000256160.1:+:insertionFS:1/1:AL161659.1-201:ENST00000542184.1:84_68
chr20	13755808	.	C	CG	7.75	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00051;AN=1976;BaseQRankSum=1.225;DP=4458;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=12.9938;InbreedingCoeff=0.0459;MQ=63.67;MQ0=1;MQRankSum=-0.422;ReadPosRankSum=-0.249;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.2629;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ESF1:ENSG00000089048.9:-:insertionFS:1/2:ESF1-001:ENST00000202816.1:2556_1144
chr20	13756717	.	ATCC	A	29.13	PASS	AA=.;AC=2;AF=0.00095;AN=2116;BaseQRankSum=1.827;DP=5778;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.6300;InbreedingCoeff=0.0125;MQ=67.86;MQ0=0;MQRankSum=0.476;ReadPosRankSum=-0.088;SZ=.;TR=41;TU=ATCCTCCTCTTCATCTTC;VQSLOD=6.6232;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ESF1:ENSG00000089048.9:-:deletionNFS:1/2:ESF1-001:ENST00000202816.1:2556_837_279_DE->E
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chr20	16240626	.	AC	A	672.60	PASS	AA=.;AC=87;AF=0.07373;AN=1180;BaseQRankSum=8.096;DP=1683;DS;FS=15.278;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=17.5337;InbreedingCoeff=0.0791;MQ=31.42;MQ0=169;MQRankSum=2.902;QD=7.82;ReadPosRankSum=-1.475;SB=-144.98;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.9294;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL117376.1:ENSG00000256224.1:+:deletionFS:1/1:AL117376.1-201:ENST00000537993.1:582_264
chr20	17389951	.	CT	C	5.35	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1894;BaseQRankSum=2.043;DP=4927;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=11.7453;InbreedingCoeff=0.1109;MQ=70.09;MQ0=1;MQRankSum=0.525;QD=1.34;ReadPosRankSum=-0.191;SB=-34.72;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.6933;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:PCSK2:ENSG00000125851.5:+:deletionFS:3/3:PCSK2-001:ENST00000262545.2:1917_587:PCSK2-201:ENST00000536609.1:1812_482:PCSK2-002:ENST00000377899.1:1860_530
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chr20	17581488	.	A	AT	27.80	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00213;AN=1874;BaseQRankSum=-1.865;DP=4499;DS;HR=6;HRun=6;HU=T;HaplotypeScore=12.6569;InbreedingCoeff=0.0891;MQ=50.43;MQ0=106;MQRankSum=-3.808;ReadPosRankSum=-0.965;SZ=1;TR=6;TU=T;VQSLOD=5.8140;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DSTN:ENSG00000125868.10:+:insertionFS:2/2:DSTN-001:ENST00000246069.6:498_109:DSTN-201:ENST00000543261.1:447_58
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chr20	18162362	.	G	GC	7.22	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;BaseQRankSum=-2.389;DP=5172;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.6968;InbreedingCoeff=0.0945;MQ=57.48;MQ0=1;MQRankSum=-0.385;ReadPosRankSum=1.366;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.0401;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CSRP2BP:ENSG00000149474.7:+:insertionFS:4/4:CSRP2BP-001:ENST00000278816.2:2349_1680:CSRP2BP-007:ENST00000377681.2:2346_1677:CSRP2BP-201:ENST00000435364.2:2349_1680:CSRP2BP-005:ENST00000489634.2:1965_1296
chr20	18163895	.	A	AG	21.07	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1854;BaseQRankSum=-0.082;DP=4399;DS;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=14.0561;InbreedingCoeff=-0.0237;MQ=57.24;MQ0=0;MQRankSum=2.282;ReadPosRankSum=1.788;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CSRP2BP:ENSG00000149474.7:+:insertionFS:4/4:CSRP2BP-001:ENST00000278816.2:2349_1937:CSRP2BP-007:ENST00000377681.2:2346_1934:CSRP2BP-201:ENST00000435364.2:2349_1937:CSRP2BP-005:ENST00000489634.2:1965_1553
chr20	18375448	.	T	TA	11.21	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00047;AN=2112;BaseQRankSum=-0.410;DP=5672;DS;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.4759;InbreedingCoeff=0.0274;MQ=74.42;MQ0=0;MQRankSum=0.704;ReadPosRankSum=1.563;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.2358;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C20orf12:ENSG00000089091.10:-:insertionFS:1/6:C20orf12-202:ENST00000329494.5:2193_1672
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chr20	23420989	.	GA	G	78.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=4.278;DP=5178;DS;HR=3;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.0847;InbreedingCoeff=0.0161;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=0.463;ReadPosRankSum=-0.331;SZ=-1;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.0780;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CSTL1:ENSG00000125823.7:+:deletionFS:2/3:CSTL1-001:ENST00000246020.2:438_85:CSTL1-201:ENST00000347397.1:438_85
chr20	23531166	.	GT	G	502.37	PASS	AA=0;AC=9;AF=0.00434;AN=2072;BaseQRankSum=5.499;DP=5698;DS;FS=2.443;HR=5;HRun=5;HU=T;HaplotypeScore=15.0946;InbreedingCoeff=0.0488;MQ=66.58;MQ0=0;MQRankSum=0.094;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.255;SB=-315.62;SZ=-1;TR=5;TU=T;VQSLOD=8.0702;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CST9LP1:ENSG00000204662.2:-:deletionFS:1/1:CST9LP1-001:ENST00000376987.1:444_124
chr20	23549069	.	TC	T	5.71	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1846;BaseQRankSum=1.180;DP=4770;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.4614;InbreedingCoeff=0.0036;MQ=57.13;MQ0=0;MQRankSum=-2.222;ReadPosRankSum=0.960;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.0393;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CST9L:ENSG00000101435.4:-:deletionFS:1/1:CST9L-001:ENST00000376979.3:444_19
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chr20	31022441	.	A	AG	69.62	PASS	AA=0;AC=22;AF=0.01713;AN=1284;BaseQRankSum=4.918;DP=1879;FS=9.946;HR=8;HRun=8;HU=G;HaplotypeScore=11.6674;InbreedingCoeff=0.1559;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-2.852;QD=1.05;ReadPosRankSum=1.872;SB=-99.36;SZ=1;TR=8;TU=G;VQSLOD=5.6552;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ASXL1:ENSG00000171456.10:+:insertionFS:4/8:ASXL1-202:ENST00000358956.4:4626_1926:ASXL1-001:ENST00000375687.4:4626_1926:ASXL1-204:ENST00000421155.2:4626_1926:ASXL1-201:ENST00000306058.5:4611_1911
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chr20	32664865	rs78510823	C	CAGT	18450	PASS	AA=.;AC=1061;AF=0.66814;AN=1588;BaseQRankSum=13.523;DB;DP=2712;DS;FS=41.880;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=21.0220;InbreedingCoeff=0.2042;MQ=66.82;MQ0=0;MQRankSum=5.913;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.627;SB=-2906.87;SZ=.;TR=15;TU=CGG;VQSLOD=5.4753;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:RALY:ENSG00000125970.7:+:insertionNFS:2/2:RALY-002:ENST00000246194.3:921_690_230_A->AS:RALY-001:ENST00000375114.3:873_642_214_A->AS
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chr20	33573904	.	TCTC	T	98.53	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00112;AN=1786;BaseQRankSum=2.383;DP=4558;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.5016;InbreedingCoeff=0.0167;MQ=56.16;MQ0=0;MQRankSum=1.187;ReadPosRankSum=-0.783;SZ=-3;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.3497;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MYH7B:ENSG00000078814.11:+:deletionNFS:1/1:MYH7B-001:ENST00000262873.7:5952_933_311_YL->Y
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chr20	34136602	.	G	GA	15.58	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1880;BaseQRankSum=-0.484;DP=5553;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=16.9226;InbreedingCoeff=0.0619;MQ=57.80;MQ0=0;MQRankSum=1.109;ReadPosRankSum=1.507;SZ=1;TR=6;TU=AGC;VQSLOD=5.4098;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ERGIC3:ENSG00000125991.12:+:insertionFS:5/5:ERGIC3-201:ENST00000279052.6:1167_669:ERGIC3-001:ENST00000348547.2:1152_669:ERGIC3-003:ENST00000357394.4:1167_669:ERGIC3-203:ENST00000447986.1:1197_669:ERGIC3-202:ENST00000355563.5:597_258
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chr20	34147882	.	TGTAATACCAA	T	381.93	PASS	AA=0;AC=4;AF=0.00223;AN=1792;BaseQRankSum=4.134;DP=4038;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=37.0330;InbreedingCoeff=0.0229;MQ=56.84;MQ0=0;MQRankSum=-3.364;ReadPosRankSum=1.366;SZ=-10;TR=2;TU=T;VQSLOD=5.1893;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL389875.1:ENSG00000253212.2:-:spliceOverlap:3/5:AL389875.1-201:ENST00000454891.2:6168:AL389875.1-202:ENST00000400459.3:5385:AL389875.1-203:ENST00000454463.2:987
chr20	34164203	.	GC	G	38.70	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2032;BaseQRankSum=1.591;DP=4907;DS;HR=3;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=13.7769;InbreedingCoeff=0.0541;MQ=66.00;MQ0=0;MQRankSum=0.957;ReadPosRankSum=-1.282;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.3681;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL389875.1:ENSG00000253212.2:-:deletionFS:4/5:AL389875.1-201:ENST00000454891.2:6168_4446:AL389875.1-202:ENST00000400459.3:5385_3657:AL389875.1-204:ENST00000426404.1:4104_3657:AL389875.1-205:ENST00000300494.6:450_345
chr20	34169980	rs34181398	A	AG	243.25	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00426;AN=1876;BaseQRankSum=-2.446;DB;DP=4738;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;HaplotypeScore=17.7922;InbreedingCoeff=0.1481;MQ=60.45;MQ0=0;MQRankSum=2.352;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.046;SB=-136.53;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=9.0352;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AL389875.1:ENSG00000253212.2:-:insertionFS:3/5:AL389875.1-201:ENST00000454891.2:6168_3716:AL389875.1-202:ENST00000400459.3:5385_2963:AL389875.1-204:ENST00000426404.1:4104_2963
chr20	34183672	.	ACTGT	A	146.29	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00113;AN=1766;DP=4736;DS;HR=4;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=22.1851;InbreedingCoeff=0.0733;MQ=63.89;MQ0=0;SZ=-4;TR=4;TU=A;VQSLOD=8.0296;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:AL389875.1:ENSG00000253212.2:-:deletionFS:3/5:AL389875.1-201:ENST00000454891.2:6168_2476:AL389875.1-202:ENST00000400459.3:5385_1762:AL389875.1-204:ENST00000426404.1:4104_1762
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chr20	34195078	.	C	CCT	61.83	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2050;BaseQRankSum=1.691;DP=5337;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.3083;InbreedingCoeff=0.0338;MQ=68.37;MQ0=1;MQRankSum=-0.760;ReadPosRankSum=-1.400;SZ=2;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.4815;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL389875.1:ENSG00000253212.2:-:spliceOverlap:1/5:AL389875.1-201:ENST00000454891.2:6168
chr20	34215234	rs76294482	C	CA	6969.65	PASS	AA=0;AC=164;AF=0.09041;AN=1814;BaseQRankSum=-13.290;DB;DP=4100;DS;FS=16.555;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=11.6746;InbreedingCoeff=0.1562;MQ=65.14;MQ0=0;MQRankSum=3.306;QD=17.51;ReadPosRankSum=-0.551;SB=-2408.74;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.1563;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:CPNE1:ENSG00000214078.6:-:insertionFS:7/7:CPNE1-005:ENST00000317677.5:1629_1219:CPNE1-004:ENST00000317619.3:1614_1204:CPNE1-201:ENST00000352393.4:1614_1204:CPNE1-032:ENST00000397442.1:1446_1204:CPNE1-202:ENST00000397443.1:1614_1204:CPNE1-203:ENST00000397445.1:1614_1204:CPNE1-204:ENST00000397446.1:1614_1204
chr20	34215236	.	A	AC	354.65	PASS	AA=0;AC=99;AF=0.05422;AN=1826;BaseQRankSum=13.673;DP=4118;FS=7.188;HR=3;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=11.8779;InbreedingCoeff=0.1207;MQ=69.76;MQ0=0;MQRankSum=3.261;QD=2.45;ReadPosRankSum=1.928;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.5710;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CPNE1:ENSG00000214078.6:-:insertionFS:7/7:CPNE1-005:ENST00000317677.5:1629_1217:CPNE1-004:ENST00000317619.3:1614_1202:CPNE1-201:ENST00000352393.4:1614_1202:CPNE1-032:ENST00000397442.1:1446_1202:CPNE1-202:ENST00000397443.1:1614_1202:CPNE1-203:ENST00000397445.1:1614_1202:CPNE1-204:ENST00000397446.1:1614_1202
chr20	34220291	.	A	AC	80.90	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1902;BaseQRankSum=-0.391;DP=5191;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.2032;InbreedingCoeff=0.1047;MQ=64.29;MQ0=0;MQRankSum=0.173;ReadPosRankSum=-0.932;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.1418;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CPNE1:ENSG00000214078.6:-:insertionFS:7/7:CPNE1-005:ENST00000317677.5:1629_341:CPNE1-004:ENST00000317619.3:1614_326:CPNE1-201:ENST00000352393.4:1614_326:CPNE1-032:ENST00000397442.1:1446_326:CPNE1-202:ENST00000397443.1:1614_326:CPNE1-203:ENST00000397445.1:1614_326:CPNE1-204:ENST00000397446.1:1614_326
chr20	34240734	.	T	TGGGCCA	1499.41	PASS	AA=.;AC=29;AF=0.01828;AN=1586;BaseQRankSum=2.051;DP=2723;FS=6.405;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.6569;InbreedingCoeff=0.1551;MQ=70.05;MQ0=0;MQRankSum=-5.093;QD=13.51;ReadPosRankSum=2.188;SB=-644.03;SZ=.;TR=3;TU=G;VQSLOD=7.4898;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RBM12:ENSG00000244462.2:-:insertionNFS:4/4:RBM12-003:ENST00000359646.1:2799_2511_837_P->PGP:RBM12-002:ENST00000374104.3:2799_2511_837_P->PGP:RBM12-001:ENST00000374114.3:2799_2511_837_P->PGP:RBM12-201:ENST00000349942.5:2196_1908_636_P->PGP
chr20	34240740	.	A	AGGGCCG	2252.11	PASS	AA=.;AC=51;AF=0.04087;AN=1248;BaseQRankSum=0.209;DP=2302;FS=3.206;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.8028;InbreedingCoeff=0.2624;MQ=69.95;MQ0=0;MQRankSum=-4.482;QD=12.31;ReadPosRankSum=-2.913;SB=-1105.65;SZ=.;TR=23;TU=CCGGGG;VQSLOD=8.0069;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RBM12:ENSG00000244462.2:-:insertionNFS:4/4:RBM12-003:ENST00000359646.1:2799_2505_835_P->PGP:RBM12-002:ENST00000374104.3:2799_2505_835_P->PGP:RBM12-001:ENST00000374114.3:2799_2505_835_P->PGP:RBM12-201:ENST00000349942.5:2196_1902_634_P->PGP
chr20	34241569	.	T	TC	9.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1926;BaseQRankSum=-0.947;DP=5522;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.1482;InbreedingCoeff=0.0366;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=0.336;ReadPosRankSum=0.774;SZ=1;TR=8;TU=ATCC;VQSLOD=5.4716;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBM12:ENSG00000244462.2:-:insertionFS:4/4:RBM12-003:ENST00000359646.1:2799_1676:RBM12-002:ENST00000374104.3:2799_1676:RBM12-001:ENST00000374114.3:2799_1676:RBM12-201:ENST00000349942.5:2196_1073
chr20	35269682	.	AGAG	A	236.77	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00100;AN=1994;DP=5229;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.6466;InbreedingCoeff=0.0607;MQ=68.03;MQ0=0;SZ=-3;TR=4;TU=AG;VQSLOD=7.4289;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLA2:ENSG00000101082.9:-:deletionNFS:2/2:SLA2-001:ENST00000262866.4:786_57_19_SV->V:SLA2-002:ENST00000360672.2:633_57_19_SV->V
chr20	35421731	.	ACCT	A	831.04	PASS	AA=0;AC=8;AF=0.00440;AN=1818;BaseQRankSum=5.585;DP=4619;DS;FS=1.643;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=19.5453;InbreedingCoeff=0.0497;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.734;SB=-422.41;SZ=-3;TR=7;TU=CCT;VQSLOD=7.8428;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KIAA0889:ENSG00000149639.8:-:deletionNFS:3/4:KIAA0889-005:ENST00000237536.4:4986_4754_1585_VR->R:KIAA0889-202:ENST00000357779.3:4272_4040_1347_VR->R:KIAA0889-203:ENST00000456801.2:3795_3563_1188_VR->R
chr20	35509131	.	TCTC	T	108.66	PASS	AA=0;AC=3;AF=0.00150;AN=1996;DP=4827;DS;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=19.3607;InbreedingCoeff=-0.0263;MQ=64.17;MQ0=0;SZ=-3;TR=13;TU=CCTTCT;VQSLOD=5.5248;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C20orf118:ENSG00000101342.4:+:deletionNFS:1/1:C20orf118-003:ENST00000217320.3:648_416_139_FS->F
chr20	35532626	.	CT	C	52.15	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1874;BaseQRankSum=2.193;DP=4124;DS;HR=2;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=12.2015;InbreedingCoeff=-0.0320;MQ=57.90;MQ0=0;MQRankSum=1.464;ReadPosRankSum=0.471;SZ=-1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=6.9474;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SAMHD1:ENSG00000101347.7:-:deletionFS:1/2:SAMHD1-001:ENST00000262878.4:1881_1437
chr20	35675513	.	A	AG	14.79	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1858;DP=4904;DS;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=15.4933;InbreedingCoeff=0.0801;MQ=57.67;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=6.1276;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBL1:ENSG00000080839.7:-:insertionFS:2/2:RBL1-001:ENST00000373664.3:3207_1548:RBL1-002:ENST00000344359.3:3045_1548
chr20	35740759	.	GT	G	33.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1868;BaseQRankSum=0.985;DP=5209;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=17.8637;InbreedingCoeff=-0.0073;MQ=57.47;MQ0=0;MQRankSum=2.490;ReadPosRankSum=0.902;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.3644;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:deletionFS:3/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129_2782:C20orf132-201:ENST00000217333.8:2616_2269:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799_2740
chr20	35807790	rs11467214	G	GCTTACAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTAT,GCTTATAGA,GCTTATAGACAGGGCCCCGCGGCCGGCACT,GCTTATC,GGCCCCGCGGCCGGCACT	147695.19	PASS	AA=1;AC=309,16,21,809,0,5;AF=0.25163,0.01303,0.01710,0.65879,0.00000,0.00407;AN=1228;BaseQRankSum=1.005;DB;DP=1289;FS=15.637;HR=2;HU=G;HaplotypeScore=40.8621;InbreedingCoeff=0.7010;MQ=61.01;MQ0=1;MQRankSum=-3.478;QD=205.99;ReadPosRankSum=1.611;SB=-66711.07;SZ=-29;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.6247;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:multiExonHit:1/3:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799,1:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:1/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129,2:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:insertionFS:1/3:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799_51,2:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:1/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129,3:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:multiExonHit:1/3:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799,3:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:1/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129,4:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:multiExonHit:1/3:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799,4:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:1/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129,5:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:2/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799,6:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:multiExonHit:1/3:C20orf132-203:ENST00000441008.2:2799,6:C20orf132:ENSG00000101353.10:-:spliceOverlap:1/3:C20orf132-202:ENST00000400441.3:3129
chr20	35869801	rs71750087	GA	G,GAA	241.07	PASS	AA=.;AC=68,69;AF=0.03462,0.03513;AN=1964;BaseQRankSum=0.284;DB;DP=5306;DS;FS=0.383;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=13.4049;InbreedingCoeff=0.2028;MQ=71.54;MQ0=0;MQRankSum=1.926;QD=0.59;ReadPosRankSum=-3.330;SB=-572.93;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=7.3288;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:RPN2:ENSG00000118705.11:+:deletionFS:1/5:RPN2-202:ENST00000373623.3:441_421,2:RPN2:ENSG00000118705.11:+:insertionFS:1/5:RPN2-202:ENST00000373623.3:441_421
chr20	36869261	.	G	GC	5.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1898;BaseQRankSum=4.270;DP=4220;DS;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.2160;InbreedingCoeff=0.0749;MQ=65.00;MQ0=0;MQRankSum=0.141;ReadPosRankSum=-2.270;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.3976;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA1755:ENSG00000149633.6:-:insertionFS:1/2:KIAA1755-001:ENST00000279024.4:3603_1272
chr20	36874523	.	A	AGGG	105.60	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00105;AN=1906;BaseQRankSum=0.188;DP=4376;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=18.0288;InbreedingCoeff=0.0573;MQ=69.64;MQ0=0;MQRankSum=0.432;ReadPosRankSum=-3.267;SZ=3;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.0331;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:KIAA1755:ENSG00000149633.6:-:insertionNFS:1/2:KIAA1755-001:ENST00000279024.4:3603_9_3_P->PP
chr20	36936014	.	T	TCAA	65.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1896;BaseQRankSum=-2.448;DP=5152;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.7825;InbreedingCoeff=0.0253;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=1.153;ReadPosRankSum=1.286;SZ=3;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.4982;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BPI:ENSG00000101425.8:+:insertionNFS:1/2:BPI-002:ENST00000262865.4:1464_188_63_I->IN
chr20	36952360	.	AC	A	16.41	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00107;AN=1868;BaseQRankSum=0.977;DP=4677;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=15.0996;InbreedingCoeff=0.0092;MQ=57.52;MQ0=0;MQRankSum=0.774;ReadPosRankSum=-0.590;SZ=-1;TR=4;TU=AT;VQSLOD=5.5341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BPI:ENSG00000101425.8:+:deletionFS:1/2:BPI-002:ENST00000262865.4:1464_857
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chr20	37153448	.	GC	G	14.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00049;AN=2048;BaseQRankSum=2.610;DP=5492;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;HaplotypeScore=15.4962;InbreedingCoeff=0.1789;MQ=64.77;MQ0=0;MQRankSum=2.858;ReadPosRankSum=-2.384;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=5.7375;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:RALGAPB:ENSG00000170471.9:+:deletionFS:5/6:RALGAPB-001:ENST00000262879.6:4485_1647:RALGAPB-201:ENST00000304939.4:2892_1647:RALGAPB-006:ENST00000397040.1:4485_1647:RALGAPB-005:ENST00000397042.3:4476_1647:RALGAPB-202:ENST00000397038.1:3822_981
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chr20	39990825	.	C	CCCA	4.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1792;BaseQRankSum=-0.428;DP=3859;DS;FS=2.127;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=18.0954;InbreedingCoeff=0.1553;MQ=71.14;MQ0=0;MQRankSum=0.623;QD=0.47;ReadPosRankSum=-1.203;SB=-17.27;SZ=3;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.4995;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:EMILIN3:ENSG00000183798.4:-:insertionNFS:1/1:EMILIN3-001:ENST00000332312.3:2301_1384_462_G->WG
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chr20	42694570	rs72172558	A	ACC,ACCC	56.81	PASS	AA=0;AC=1,38;AF=0.00073,0.02758;AN=1378;BaseQRankSum=9.897;DB;DP=2083;DS;HR=3;HU=C;HaplotypeScore=14.0313;InbreedingCoeff=0.2147;MQ=66.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.332;QD=0.43;ReadPosRankSum=1.434;SZ=2;TR=3;TU=C;VQSLOD=6.4686;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:TOX2:ENSG00000124191.11:+:insertionFS:5/6:TOX2-201:ENST00000341197.3:1521_1179:TOX2-001:ENST00000358131.5:1467_1125:TOX2-002:ENST00000372999.1:1395_1053:TOX2-203:ENST00000423191.1:1395_1053:TOX2-204:ENST00000435864.2:1155_813,2:TOX2:ENSG00000124191.11:+:insertionNFS:5/6:TOX2-201:ENST00000341197.3:1521_1179_393_P->PP:TOX2-001:ENST00000358131.5:1467_1125_375_P->PP:TOX2-002:ENST00000372999.1:1395_1053_351_P->PP:TOX2-203:ENST00000423191.1:1395_1053_351_P->PP:TOX2-204:ENST00000435864.2:1155_813_271_P->PP
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chr20	42969949	.	TG	T	157.21	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00253;AN=1976;BaseQRankSum=3.935;DP=5487;DS;FS=6.250;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=13.4290;InbreedingCoeff=0.0454;MQ=66.35;MQ0=0;MQRankSum=0.562;QD=6.84;ReadPosRankSum=-0.916;SB=-88.66;SZ=-1;TR=2;TU=G;VQSLOD=7.3436;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:R3HDML:ENSG00000101074.3:+:deletionFS:1/1:R3HDML-001:ENST00000217043.2:762_375
chr20	43052772	.	AGCT	A	66.96	PASS	AA=0;AC=14;AF=0.00736;AN=1902;BaseQRankSum=4.419;DP=4911;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=17.7381;InbreedingCoeff=0.0975;MQ=70.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.813;QD=0.61;ReadPosRankSum=-1.227;SB=-73.32;SZ=-3;TR=17;TU=CTG;VQSLOD=7.1307;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HNF4A:ENSG00000101076.10:+:deletionNFS:5/5:HNF4A-203:ENST00000457232.1:1329_941_314_EL->E:HNF4A-002:ENST00000316099.3:1425_1007_336_EL->E:HNF4A-201:ENST00000338692.4:1515_1097_366_EL->E:HNF4A-202:ENST00000415691.1:1395_1007_336_EL->E:HNF4A-004:ENST00000443598.2:1254_1007_336_EL->E
chr20	43133531	.	T	TC	8.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00053;AN=1892;BaseQRankSum=-0.245;DP=5238;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=16.1090;InbreedingCoeff=0.1367;MQ=58.07;MQ0=0;MQRankSum=0.310;ReadPosRankSum=0.641;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.1378;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SERINC3:ENSG00000132824.8:-:insertionFS:4/4:SERINC3-201:ENST00000255175.1:1422_785:SERINC3-001:ENST00000342374.4:1422_785:SERINC3-202:ENST00000538937.1:1323_686:SERINC3-203:ENST00000541235.1:1257_620
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chr20	43723668	.	C	CG	13.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1906;BaseQRankSum=1.681;DP=4677;DS;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=17.9587;InbreedingCoeff=0.0390;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=0.001;ReadPosRankSum=-0.893;SZ=1;TR=4;TU=CG;VQSLOD=6.4283;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KCNS1:ENSG00000124134.4:-:insertionFS:2/2:KCNS1-001:ENST00000306117.1:1581_1424:KCNS1-201:ENST00000537075.1:1581_1424
chr20	43851639	.	G	GATCA	87.36	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00048;AN=2094;BaseQRankSum=-2.448;DP=6164;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=27.3101;InbreedingCoeff=0.0821;MQ=52.23;MQ0=3;MQRankSum=-2.213;ReadPosRankSum=-1.795;SZ=4;TR=12;TU=AAGATC;VQSLOD=4.9180;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SEMG2:ENSG00000124157.5:+:insertionFS:2/2:SEMG2-201:ENST00000405932.2:1749_1366:SEMG2-001:ENST00000372769.3:1749_1366
chr20	43940530	.	ACAGCGCGTCCGG	A	1067.69	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00680;AN=1618;BaseQRankSum=6.111;DP=3396;DS;FS=3.569;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=35.6092;InbreedingCoeff=0.0733;MQ=56.45;MQ0=0;MQRankSum=-3.149;QD=23.73;ReadPosRankSum=0.130;SB=-568.10;SZ=-12;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.3021;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RBPJL:ENSG00000124232.6:+:deletionNFS:3/3:RBPJL-002:ENST00000343694.3:1554_380_127_DSASG->D:RBPJL-001:ENST00000372743.1:1551_380_127_DSASG->D:RBPJL-003:ENST00000372741.3:1416_380_127_DSASG->D
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chr20	44519224	.	C	CT	280.88	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.00331;AN=1512;BaseQRankSum=-1.174;DP=2561;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=10.9352;InbreedingCoeff=0.1086;MQ=67.48;MQ0=0;MQRankSum=-0.136;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.049;SB=-205.64;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.5232;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NEURL2:ENSG00000124257.6:-:insertionFS:1/1:NEURL2-001:ENST00000372518.4:858_407
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chr20	44572048	.	G	GC	8.62	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00055;AN=1802;BaseQRankSum=1.875;DP=4490;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=13.6377;InbreedingCoeff=0.0894;MQ=62.97;MQ0=0;MQRankSum=0.425;ReadPosRankSum=-2.458;SZ=1;TR=6;TU=CGG;VQSLOD=5.3623;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCIF1:ENSG00000100982.6:+:insertionFS:2/2:PCIF1-201:ENST00000443130.1:2133_891:PCIF1-001:ENST00000372409.3:2115_891
chr20	44576057	.	C	CT	10.37	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00056;AN=1770;BaseQRankSum=-1.215;DP=4074;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=13.6305;InbreedingCoeff=0.0048;MQ=55.61;MQ0=0;MQRankSum=-2.739;ReadPosRankSum=1.082;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0061;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:PCIF1:ENSG00000100982.6:+:insertionFS:2/2:PCIF1-201:ENST00000443130.1:2133_1863:PCIF1-001:ENST00000372409.3:2115_1863
chr20	44596460	.	GCAC	G	88.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00057;AN=1750;BaseQRankSum=3.541;DP=4375;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=21.0761;InbreedingCoeff=0.1174;MQ=56.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.059;ReadPosRankSum=-1.868;SZ=-3;TR=13;TU=ACC;VQSLOD=7.1450;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ZNF335:ENSG00000198026.5:-:deletionNFS:2/3:ZNF335-202:ENST00000426788.1:3564_262_88_QQ->Q:ZNF335-001:ENST00000322927.2:4029_727_243_QQ->Q
chr20	44600814	.	AT	A	96.53	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.00116;AN=1722;BaseQRankSum=1.737;DP=3530;DS;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=10.7815;InbreedingCoeff=-0.0034;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=1.821;ReadPosRankSum=0.151;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=6.8902;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF335:ENSG00000198026.5:-:deletionFS:2/3:ZNF335-201:ENST00000243961.5:3360_19:ZNF335-202:ENST00000426788.1:3564_2
chr20	44841732	.	T	TG	15.48	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=1986;DP=5260;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=14.6230;InbreedingCoeff=0.0111;MQ=68.96;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=G;VQSLOD=5.2502;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:CDH22:ENSG00000149654.5:-:insertionFS:2/2:CDH22-001:ENST00000372262.3:2487_934:CDH22-201:ENST00000537909.1:2487_934
chr20	45085385	.	CTT	C	60.44	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.00047;AN=2122;BaseQRankSum=1.114;DP=5801;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=24.5696;InbreedingCoeff=0.0118;MQ=70.77;MQ0=0;MQRankSum=0.192;ReadPosRankSum=0.719;SZ=.;TR=23;TU=AATCTTGTTTT;VQSLOD=5.5247;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF663:ENSG00000253419.2:-:deletionFS:1/1:ZNF663-201:ENST00000518147.2:321_268
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chr20	45085493	.	GATGTTGAGTA	G	1451.81	PASS	AA=0;AC=11;AF=0.00515;AN=2136;BaseQRankSum=5.988;DP=5588;DS;FS=4.854;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=44.0603;InbreedingCoeff=-0.0253;MQ=68.85;MQ0=0;MQRankSum=-6.592;QD=36.82;ReadPosRankSum=2.191;SB=-455.40;SZ=-10;TR=1;TU=A;VQSLOD=6.6361;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF663:ENSG00000253419.2:-:deletionFS:1/1:ZNF663-201:ENST00000518147.2:321_160
chr20	45130776	.	CCT	C	221.08	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00046;AN=2154;BaseQRankSum=3.828;DP=7058;DS;HR=4;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=22.1643;InbreedingCoeff=0.0125;MQ=60.39;MQ0=5;MQRankSum=-0.569;ReadPosRankSum=2.687;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.9455;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF334:ENSG00000198185.6:-:deletionFS:2/2:ZNF334-001:ENST00000347606.4:2043_1202:ZNF334-201:ENST00000457685.1:1929_1088
chr20	45318037	.	G	GCT	199.41	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00089;AN=1122;BaseQRankSum=0.046;DP=1412;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=12.9668;InbreedingCoeff=0.1985;MQ=54.23;MQ0=0;MQRankSum=0.879;ReadPosRankSum=0.783;SZ=2;TR=7;TU=AGT;VQSLOD=6.6855;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TP53RK:ENSG00000172315.5:-:insertionFS:1/1:TP53RK-002:ENST00000372102.3:366_17
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chr20	45858477	.	C	CA	16.74	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00050;AN=2012;DP=5704;DS;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=16.7159;InbreedingCoeff=-0.0109;MQ=62.81;MQ0=0;SZ=1;TR=1;TU=T;VQSLOD=5.0568;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZMYND8:ENSG00000101040.14:-:insertionFS:12/13:ZMYND8-015:ENST00000352431.2:3483_2794:ZMYND8-001:ENST00000360911.3:3408_2719:ZMYND8-011:ENST00000458360.2:3165_2476:ZMYND8-016:ENST00000461685.1:3567_2794:ZMYND8-014:ENST00000471951.1:3708_2935:ZMYND8-206:ENST00000540497.1:3405_2716:ZMYND8-205:ENST00000536340.1:3726_2953:ZMYND8-203:ENST00000396281.4:3561_2872:ZMYND8-013:ENST00000262975.3:3510_2737:ZMYND8-007:ENST00000311275.7:3561_2872:ZMYND8-201:ENST00000355972.4:3645_2872:ZMYND8-204:ENST00000446994.2:3318_2545
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chr20	46265048	.	T	TC	29.69	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1930;BaseQRankSum=-0.134;DP=5445;DS;HR=6;HRun=6;HU=C;HaplotypeScore=16.3220;InbreedingCoeff=0.0410;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.742;ReadPosRankSum=-1.094;SZ=1;TR=6;TU=C;VQSLOD=4.9704;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NCOA3:ENSG00000124151.11:+:insertionFS:5/6:NCOA3-001:ENST00000340189.4:4263_1918:NCOA3-201:ENST00000341724.6:4053_1948:NCOA3-002:ENST00000371997.3:4248_1948:NCOA3-003:ENST00000371998.3:4275_1918:NCOA3-202:ENST00000372004.1:4263_1918
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chr20	55071860	.	G	GT	12.27	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00052;AN=1936;BaseQRankSum=3.010;DP=5569;DS;HR=3;HRun=3;HU=T;HaplotypeScore=16.6632;InbreedingCoeff=0.1405;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.259;ReadPosRankSum=0.621;SZ=1;TR=6;TU=GGT;VQSLOD=5.7314;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:GCNT7:ENSG00000124091.5:-:insertionFS:1/1:GCNT7-001:ENST00000243913.4:927_439
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chr20	58471571	.	TAGG	T	52.68	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.00054;AN=1836;BaseQRankSum=2.357;DP=4012;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=17.7645;InbreedingCoeff=0.0266;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=2.016;ReadPosRankSum=-2.235;SZ=-3;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.5838;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SYCP2:ENSG00000196074.7:-:deletionNFS:2/2:SYCP2-001:ENST00000357552.2:4593_1417_473_SK->K:SYCP2-201:ENST00000371001.2:4593_1417_473_SK->K
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chr20	58587783	.	TAA	T,TA,TAAA	1302.48	PASS	AA=.;AC=5,62,84;AF=0.00253,0.03134,0.04247;AN=1978;BaseQRankSum=-2.775;DP=4515;DS;FS=2.978;HR=10;HU=A;HaplotypeScore=17.5560;InbreedingCoeff=0.2634;MQ=62.28;MQ0=0;MQRankSum=1.741;QD=3.50;ReadPosRankSum=-1.186;SB=-1045.53;SZ=.;TR=10;TU=A;VQSLOD=9.0165;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDH26:ENSG00000124215.12:+:deletionFS:3/4:CDH26-001:ENST00000348616.4:2499_2497:CDH26-006:ENST00000244049.3:375_373:CDH26-004:ENST00000350849.6:498_496,2:CDH26:ENSG00000124215.12:+:deletionFS:3/4:CDH26-001:ENST00000348616.4:2499_2497:CDH26-006:ENST00000244049.3:375_373:CDH26-004:ENST00000350849.6:498_496,3:CDH26:ENSG00000124215.12:+:endOverlap:3/4:CDH26-001:ENST00000348616.4:2499:CDH26-006:ENST00000244049.3:375:CDH26-004:ENST00000350849.6:498
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chr21	43411548	.	GCCT	G	5517.71	PASS	AA=0;AC=100;AF=0.06831;AN=1464;BaseQRankSum=14.365;DP=3111;DS;FS=1.070;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=15.3078;InbreedingCoeff=0.0665;MQ=72.54;MQ0=0;MQRankSum=-2.624;QD=19.43;ReadPosRankSum=1.240;SB=-1961.89;SZ=-3;TR=8;TU=CCT;VQSLOD=7.6853;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF295:ENSG00000173276.9:-:deletionNFS:4/4:ZNF295-005:ENST00000310826.5:3201_2657_886_AE->E:ZNF295-001:ENST00000398499.1:3201_2657_886_AE->E:ZNF295-004:ENST00000398505.3:2598_2054_685_AE->E:ZNF295-002:ENST00000398511.3:3201_2657_886_AE->E
chr21	43412779	.	C	CT	8.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0018;AN=552;DP=1393;DS;FS=0.000;HR=5;HRun=5;HU=T;MQ0=0;SZ=1;TR=5;TU=T;VQSLOD=5.3762;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF295:ENSG00000173276.9:-:insertionFS:4/4:ZNF295-005:ENST00000310826.5:3201_1426:ZNF295-001:ENST00000398499.1:3201_1426:ZNF295-004:ENST00000398505.3:2598_1426:ZNF295-002:ENST00000398511.3:3201_1426
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chr21	43505451	.	A	AC	17.47	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=416;DP=1164;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=A;VQSLOD=5.5902;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UMODL1:ENSG00000177398.12:+:insertionFS:7/8:UMODL1-002:ENST00000408910.2:3957_532:UMODL1-001:ENST00000408989.2:4341_532:UMODL1-004:ENST00000400424.1:3741_316:UMODL1-003:ENST00000400427.1:4125_316:UMODL1-201:ENST00000380462.3:759_70:UMODL1-202:ENST00000400417.2:555_70:UMODL1-203:ENST00000423139.1:234_37
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chr21	43543114	.	G	GCCAT	933.13	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0218;AN=458;DP=1237;DS;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=4;TR=2;TU=C;VQSLOD=7.7195;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:UMODL1:ENSG00000177398.12:+:insertionFS:4/8:UMODL1-002:ENST00000408910.2:3957_3001:UMODL1-001:ENST00000408989.2:4341_3385:UMODL1-004:ENST00000400424.1:3741_2785:UMODL1-003:ENST00000400427.1:4125_3169
chr21	43680106	.	CGGCATCCTGCACGTG	C	1740.81	PASS	AA=0;AC=10;AF=0.0105;AN=956;BaseQRankSum=6.874;DP=2069;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=46.0439;InbreedingCoeff=0.1417;MQ=67.69;MQ0=0;MQRankSum=-5.790;QD=48.36;ReadPosRankSum=2.866;SB=-805.64;SZ=-15;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.9567;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:ABCG1:ENSG00000160179.13:+:deletionNFS:2/7:ABCG1-008:ENST00000398437.1:2475_581_194_AASCTW->A:ABCG1-201:ENST00000340588.4:2361_467_156_AASCTW->A
chr21	44323668	.	A	AG	7.13	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0031;AN=318;DP=746;DS;FS=0.000;HR=6;HRun=6;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=5.9131;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:NDUFV3:ENSG00000160194.10:+:insertionFS:1/3:NDUFV3-002:ENST00000354250.2:1422_546
chr21	44589920	rs71699904	GC	G,GCC	1821.85	PASS	AA=.;AC=119,329;AF=0.1340,0.3705;AN=888;BaseQRankSum=0.449;DB;DP=1084;FS=1.980;HR=11;HU=C;HaplotypeScore=6.9951;InbreedingCoeff=0.5722;MQ=72.98;MQ0=0;MQRankSum=2.052;QD=3.56;ReadPosRankSum=0.279;SB=-991.19;SZ=.;TR=11;TU=C;VQSLOD=9.8036;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:CRYAA:ENSG00000160202.3:+:deletionFS:1/3:CRYAA-003:ENST00000398133.1:462_86,2:CRYAA:ENSG00000160202.3:+:insertionFS:1/3:CRYAA-003:ENST00000398133.1:462_86
chr21	44589926	.	C	CG	2983.24	PASS	AA=.;AC=71;AF=0.1392;AN=510;BaseQRankSum=-1.623;DP=574;HR=11;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=10.7531;InbreedingCoeff=0.2198;MQ=57.49;MQ0=0;MQRankSum=3.023;QD=19.12;ReadPosRankSum=5.787;SB=-1580.12;SZ=.;TR=11;TU=C;VQSLOD=7.0531;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:CRYAA:ENSG00000160202.3:+:insertionFS:1/3:CRYAA-003:ENST00000398133.1:462_92
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chr21	44840224	.	CGGG	C	173.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0029;AN=346;DP=604;DS;HR=3;HRun=3;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=G;VQSLOD=6.8957;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SIK1:ENSG00000142178.7:-:deletionNFS:1/1:SIK1-001:ENST00000270162.6:2352_862_288_AC->C
chr21	45064230	.	A	AT	23.34	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0032;AN=314;DP=970;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=A;VQSLOD=6.2540;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:HSF2BP:ENSG00000160207.4:-:insertionFS:2/2:HSF2BP-001:ENST00000291560.2:1005_231:HSF2BP-201:ENST00000542962.1:780_6
chr21	45181571	rs66486868	A	AG	25073.65	PASS	AA=0;AC=660;AF=0.36872;AN=1790;BaseQRankSum=-15.734;DB;DP=3939;DS;FS=3.649;HR=3;HRun=3;HU=G;HaplotypeScore=11.5866;InbreedingCoeff=0.1612;MQ=65.74;MQ0=0;MQRankSum=3.757;QD=20.87;ReadPosRankSum=0.460;SB=-11026.43;SZ=1;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=9.4820;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AP001053.1:ENSG00000255818.1:+:insertionFS:1/1:AP001053.1-201:ENST00000542141.1:687_532
chr21	45181573	.	G	GT	4970.90	PASS	AA=0;AC=540;AF=0.29867;AN=1808;BaseQRankSum=20.673;DP=4039;FS=1.243;HR=3;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=19.7522;InbreedingCoeff=0.0772;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=2.076;QD=7.01;ReadPosRankSum=3.564;SZ=1;TR=9;TU=AGG;VQSLOD=6.0352;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP001053.1:ENSG00000255818.1:+:insertionFS:1/1:AP001053.1-201:ENST00000542141.1:687_534
chr21	45217426	.	CGAG	C	21.85	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0026;AN=392;DP=943;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=-3;TR=7;TU=AGG;VQSLOD=6.2894;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RRP1:ENSG00000160214.6:+:deletionNFS:2/2:RRP1-201:ENST00000400387.3:1386_546_182_AE->A:RRP1-001:ENST00000497547.1:1386_546_182_AE->A
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chr21	46924433	rs56328291	CAGG	C,CGG	2267.86	PASS	AA=.;AC=289,241;AF=0.25943,0.21634;AN=1114;BaseQRankSum=9.846;DB;DP=397;FS=21.479;HR=6;HU=C;HaplotypeScore=16.5720;InbreedingCoeff=0.5048;MQ=75.62;MQ0=0;MQRankSum=-3.623;QD=4.25;ReadPosRankSum=-9.141;SB=-1517.32;SZ=.;TR=23;TU=AGGCCCCCC;VQSLOD=4.8545;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:COL18A1:ENSG00000182871.9:+:deletionNFS:5/5:COL18A1-002:ENST00000400337.2:4020_2831_944_PG->P:COL18A1-202:ENST00000400347.3:4020_2831_944_PG->P:COL18A1-201:ENST00000355480.5:4560_3371_1124_PG->P:COL18A1-001:ENST00000359759.4:5265_4076_1359_PG->P:COL18A1-203:ENST00000539645.1:5265_4076_1359_PG->P,2:COL18A1:ENSG00000182871.9:+:deletionFS:5/5:COL18A1-002:ENST00000400337.2:4020_2831:COL18A1-202:ENST00000400347.3:4020_2831:COL18A1-201:ENST00000355480.5:4560_3371:COL18A1-001:ENST00000359759.4:5265_4076:COL18A1-203:ENST00000539645.1:5265_4076
chr21	47581952	.	CCTT	C	15.14	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0028;AN=356;DP=507;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;MQ0=0;SZ=.;TR=2;TU=C;VQSLOD=4.8463;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C21orf56:ENSG00000160284.10:-:deletionNFS:2/2:C21orf56-002:ENST00000291672.5:1023_574_192_DA->A:C21orf56-001:ENST00000330205.6:561_112_38_DA->A
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chr21	47610285	.	C	CA	306.84	PASS	AA=0;AC=21;AF=0.02075;AN=1012;BaseQRankSum=10.781;DP=2576;DS;FS=7.938;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=15.4785;InbreedingCoeff=0.0811;MQ=64.50;MQ0=1;MQRankSum=-10.732;QD=2.44;ReadPosRankSum=-0.378;SB=-247.40;SZ=1;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=5.6046;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP001468.2:ENSG00000256842.1:-:insertionFS:1/1:AP001468.2-201:ENST00000540403.1:477_90
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chr21	47612512	rs3057237	C	CTG	22863.22	PASS	AA=.;AC=768;AF=0.51822;AN=1482;BaseQRankSum=19.949;DB;DP=3835;DS;FS=44.135;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=20.2025;InbreedingCoeff=0.2909;MQ=56.20;MQ0=83;MQRankSum=-11.412;QD=16.55;ReadPosRankSum=1.859;SB=-5696.15;SZ=.;TR=6;TU=GT;VQSLOD=7.1653;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:AP001468.1:ENSG00000235878.2:-:insertionFS:1/1:AP001468.1-201:ENST00000424538.1:927_801
chr21	47612517	.	T	TGG	8986.83	PASS	AA=.;AC=595;AF=0.35459;AN=1678;BaseQRankSum=18.721;DP=4388;DS;FS=21.450;HR=2;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=30.5823;InbreedingCoeff=0.1536;MQ=46.72;MQ0=37;MQRankSum=-3.643;QD=12.64;ReadPosRankSum=6.580;SZ=.;TR=6;TU=GT;VQSLOD=4.7703;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:AP001468.1:ENSG00000235878.2:-:insertionFS:1/1:AP001468.1-201:ENST00000424538.1:927_796
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chr21	47613646	.	ATG	A	561.51	PASS	AA=.;AC=38;AF=0.02669;AN=1424;BaseQRankSum=5.317;DP=6149;DS;FS=5.256;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=27.4715;InbreedingCoeff=0.1067;MQ=31.90;MQ0=1881;MQRankSum=-3.802;QD=1.66;ReadPosRankSum=-0.326;SB=-413.43;SZ=.;TR=10;TU=ATGT;VQSLOD=5.9426;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AP001468.1:ENSG00000235878.2:-:deletionFS:1/1:AP001468.1-201:ENST00000424538.1:927_28
chr21	47614418	.	GCC	G	5.40	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=628;BaseQRankSum=1.838;DP=1715;DS;FS=2.094;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=21.9375;InbreedingCoeff=0.0575;MQ=66.88;MQ0=0;MQRankSum=0.642;QD=0.77;ReadPosRankSum=-1.073;SB=-30.97;SZ=-2;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.2690;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:LSS:ENSG00000160285.9:-:deletionFS:4/4:LSS-002:ENST00000356396.3:2199_1975:LSS-001:ENST00000397728.2:2199_1975:LSS-010:ENST00000522411.1:2166_1942:LSS-201:ENST00000457828.2:1959_1735
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chr21	47681251	.	TC	T	4.93	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0019;AN=522;BaseQRankSum=1.408;DP=1371;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=14.4725;InbreedingCoeff=0.0033;MQ=61.21;MQ0=1;MQRankSum=-2.170;QD=0.82;ReadPosRankSum=2.220;SB=-31.08;SZ=-1;TR=7;TU=CTT;VQSLOD=4.9458;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MCM3AP:ENSG00000160294.5:-:deletionFS:2/3:MCM3AP-201:ENST00000291688.1:5943_3410:MCM3AP-001:ENST00000397708.1:5943_3410
chr21	47705089	.	GAGA	G	359.79	PASS	AA=0;AC=5;AF=0.0072;AN=696;DP=1589;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.8546;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MCM3AP:ENSG00000160294.5:-:deletionNFS:2/3:MCM3AP-201:ENST00000291688.1:5943_112_38_LF->F:MCM3AP-001:ENST00000397708.1:5943_112_38_LF->F
chr21	47721985	rs71318063	A	AGGG,ATGG	8524.30	PASS	AA=.;AC=11,326;AF=0.00682,0.20223;AN=1612;BaseQRankSum=-9.647;DB;DP=2648;DS;FS=0.000;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=16.3848;InbreedingCoeff=0.3683;MQ=66.08;MQ0=0;MQRankSum=-2.399;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.490;SB=-1819.55;SZ=.;TR=23;TU=GGT;VQSLOD=8.3310;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:C21orf58:ENSG00000160298.13:-:insertionNFS:5/6:C21orf58-002:ENST00000291691.7:969_897_299_H->HP:C21orf58-004:ENST00000397679.1:651_579_193_H->HP:C21orf58-003:ENST00000397680.1:651_579_193_H->HP:C21orf58-001:ENST00000397682.3:651_579_193_H->HP:C21orf58-005:ENST00000397683.1:651_579_193_H->HP,2:C21orf58:ENSG00000160298.13:-:insertionNFS:5/6:C21orf58-002:ENST00000291691.7:969_897_299_H->HH:C21orf58-004:ENST00000397679.1:651_579_193_H->HH:C21orf58-003:ENST00000397680.1:651_579_193_H->HH:C21orf58-001:ENST00000397682.3:651_579_193_H->HH:C21orf58-005:ENST00000397683.1:651_579_193_H->HH
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chr22	18072986	.	T	TA	23.73	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0031;AN=638;DP=1518;DS;HR=3;HRun=3;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=3;TU=A;VQSLOD=6.0077;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC25A18:ENSG00000182902.8:+:insertionFS:2/2:SLC25A18-001:ENST00000327451.5:948_932:SLC25A18-002:ENST00000399813.1:948_932
chr22	18222868	rs71690189	GGCCACGCTCAACT	G	23671.68	PASS	AA=0;AC=235;AF=0.14277;AN=1646;BaseQRankSum=22.319;DB;DP=3611;DS;FS=11.261;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=43.6793;InbreedingCoeff=0.2177;MQ=55.11;MQ0=0;MQRankSum=-8.082;QD=45.44;ReadPosRankSum=2.360;SB=-11629.32;SZ=-13;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.7414;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BID:ENSG00000015475.13:-:deletionFS:1/5:BID-003:ENST00000342111.5:414_298
chr22	18226711	.	GC	G	220.89	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=620;DP=1470;DS;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=C;VQSLOD=7.0817;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BID:ENSG00000015475.13:-:deletionFS:3/5:BID-002:ENST00000317361.7:726_219:BID-001:ENST00000399774.3:588_81:BID-003:ENST00000342111.5:414_81
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chr22	19435270	.	G	GA	81.52	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0061;AN=326;DP=571;HR=4;HRun=4;HU=A;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AAG;VQSLOD=6.3167;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:C22orf39:ENSG00000242259.3:-:insertionFS:2/4:C22orf39-202:ENST00000542103.1:354_53:C22orf39-001:ENST00000333059.4:429_53
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chr22	20100166	.	G	GC	152.93	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0068;AN=296;DP=664;DS;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=6.3633;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:TRMT2A:ENSG00000099899.9:-:insertionFS:3/4:TRMT2A-001:ENST00000252136.7:1878_1798:TRMT2A-005:ENST00000403707.3:1878_1798:TRMT2A-003:ENST00000439169.2:1932_1852
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chr22	20458100	.	A	ACACCTG	1204.86	PASS	AA=0;AC=24;AF=0.01319;AN=1820;BaseQRankSum=-3.168;DP=5372;DS;FS=1.993;HR=1;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=37.8357;InbreedingCoeff=-0.0243;MQ=30.91;MQ0=344;MQRankSum=-2.557;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.684;SB=-679.84;SZ=6;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.2881;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:RIMBP3:ENSG00000196622.5:-:insertionNFS:2/2:RIMBP3-201:ENST00000426804.1:4920_3202_1068_Y->QVY:RIMBP3-001:ENST00000355186.4:4638_2920_974_Y->QVY
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chr22	20780020	.	C	CG	2237.76	PASS	AA=1;AC=361;AF=0.8892;AN=406;BaseQRankSum=3.095;DP=412;FS=16.200;HR=4;HRun=4;HU=G;HaplotypeScore=15.3958;InbreedingCoeff=0.2309;MQ=45.89;MQ0=1;MQRankSum=-2.086;QD=11.02;ReadPosRankSum=4.302;SZ=-1;TR=4;TU=G;VQSLOD=5.3985;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2258:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2242:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2243
chr22	20780022	.	G	GC	49.94	PASS	AA=1;AC=16;AF=0.174;AN=92;BaseQRankSum=-0.021;DP=94;FS=13.224;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.1994;InbreedingCoeff=0.2304;MQ=41.52;MQ0=0;MQRankSum=1.486;QD=2.27;ReadPosRankSum=1.475;SZ=-1;TR=11;TU=CGCGG;VQSLOD=6.0567;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2256:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2240:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2241
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chr22	20780025	.	CG	C,CAG	2386.85	PASS	AA=2;AC=53,320;AF=0.1262,0.7619;AN=420;BaseQRankSum=-1.943;DP=432;FS=5.441;HR=1;HU=G;HaplotypeScore=16.0900;InbreedingCoeff=0.7895;MQ=44.40;MQ0=1;MQRankSum=1.000;QD=12.18;ReadPosRankSum=5.329;SZ=-1;TR=11;TU=CGCGG;VQSLOD=4.7746;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:deletionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2253:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2237:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2238,2:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:2/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2253:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2238,2:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:spliceOverlap:1/3:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595
chr22	20780027	.	C	CG	1948.46	PASS	AA=1;AC=398;AF=0.9900;AN=402;BaseQRankSum=-1.335;DP=406;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=22.2784;InbreedingCoeff=0.2568;MQ=43.79;MQ0=1;MQRankSum=-1.945;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.303;SZ=-1;TR=11;TU=CGCGG;VQSLOD=6.0399;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:2/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2251:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2236
chr22	20780029	rs5844422	G	GC	10184.35	PASS	AA=1;AC=424;AF=1.0000;AN=424;BaseQRankSum=-0.217;DB;DP=426;FS=4.275;HR=2;HRun=1;HU=G;HaplotypeScore=19.5331;InbreedingCoeff=0.0671;MQ=43.14;MQ0=1;MQRankSum=-1.659;QD=32.13;ReadPosRankSum=2.023;SB=-4847.50;SZ=-1;TR=11;TU=CGCGG;VQSLOD=8.6463;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2249:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2234:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2234
chr22	20780087	.	GC	G	2843.01	PASS	AA=0;AC=461;AF=0.7158;AN=644;BaseQRankSum=1.068;DP=668;FS=38.902;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=13.5063;InbreedingCoeff=0.2512;MQ=52.87;MQ0=0;MQRankSum=3.492;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.541;SB=-1419.39;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.5326;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:deletionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2191:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2176:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2176
chr22	20780097	.	G	GC	7146.66	PASS	AA=0;AC=675;AF=0.9754;AN=692;BaseQRankSum=-1.173;DP=723;FS=6.950;HR=6;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=18.5062;InbreedingCoeff=0.1643;MQ=53.00;MQ0=0;MQRankSum=3.498;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.622;SB=-2271.37;SZ=1;TR=6;TU=G;VQSLOD=7.1306;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SCARF2:ENSG00000244486.2:-:insertionFS:3/3:SCARF2-001:ENST00000266214.5:2613_2181:SCARF2-201:ENST00000341328.4:2595_2166:SCARF2-002:ENST00000405555.3:2598_2166
chr22	20795919	.	ATCTCTGC	A	141.06	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=462;DP=964;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-7;TR=5;TU=CT;VQSLOD=5.2936;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:KLHL22:ENSG00000099910.11:-:deletionFS:1/3:KLHL22-003:ENST00000399308.2:1578_1548
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chr22	20918816	.	ACAG	A	69.45	PASS	AA=.;AC=5;AF=0.0223;AN=224;DP=317;DS;HR=1;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=23;TU=AGC;VQSLOD=6.8242;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MED15:ENSG00000099917.11:+:deletionNFS:8/9:MED15-004:ENST00000263205.7:2367_531_177_LQ->L:MED15-001:ENST00000292733.7:2247_531_177_LQ->L:MED15-006:ENST00000382974.2:2034_318_106_LQ->L:MED15-203:ENST00000536994.1:720_318_106_LQ->L:MED15-201:ENST00000406969.1:2169_453_151_LQ->L:MED15-005:ENST00000541476.1:2169_453_151_LQ->L:MED15-204:ENST00000542312.1:2157_453_151_LQ->L:MED15-202:ENST00000425759.2:1914_198_66_LQ->L
chr22	20918896	.	TGCA	T	32.83	PASS	AA=.;AC=4;AF=0.0096;AN=416;DP=789;DS;HR=1;HRun=0;HU=G;SZ=.;TR=17;TU=AGC;VQSLOD=6.6356;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MED15:ENSG00000099917.11:+:deletionNFS:9/9:MED15-004:ENST00000263205.7:2367_611_204_VQ->V:MED15-001:ENST00000292733.7:2247_611_204_VQ->V:MED15-006:ENST00000382974.2:2034_398_133_VQ->V:MED15-203:ENST00000536994.1:720_398_133_VQ->V:MED15-201:ENST00000406969.1:2169_533_178_VQ->V:MED15-005:ENST00000541476.1:2169_533_178_VQ->V:MED15-204:ENST00000542312.1:2157_533_178_VQ->V:MED15-202:ENST00000425759.2:1914_278_93_VQ->V:MED15-205:ENST00000542773.1:570_26_9_VQ->V
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chr22	20920813	rs71769813	ACAG	A,ACAGCAG	1675.10	PASS	AA=.;AC=46,166;AF=0.0549,0.1981;AN=838;BaseQRankSum=-1.047;DB;DP=2178;DS;FS=1.647;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=16.7574;InbreedingCoeff=0.5610;MQ=61.85;MQ0=35;MQRankSum=-2.156;QD=2.71;ReadPosRankSum=-0.444;SB=-728.31;SZ=.;TR=36;TU=AGC;VQSLOD=10.4560;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:MED15:ENSG00000099917.11:+:deletionNFS:8/9:MED15-004:ENST00000263205.7:2367_750_250_QQ->Q:MED15-001:ENST00000292733.7:2247_750_250_QQ->Q:MED15-006:ENST00000382974.2:2034_537_179_QQ->Q:MED15-203:ENST00000536994.1:720_537_179_QQ->Q:MED15-201:ENST00000406969.1:2169_672_224_QQ->Q:MED15-005:ENST00000541476.1:2169_672_224_QQ->Q:MED15-202:ENST00000425759.2:1914_417_139_QQ->Q:MED15-205:ENST00000542773.1:570_165_55_QQ->Q,2:MED15:ENSG00000099917.11:+:insertionNFS:8/9:MED15-004:ENST00000263205.7:2367_750_250_Q->QQQ:MED15-001:ENST00000292733.7:2247_750_250_Q->QQQ:MED15-006:ENST00000382974.2:2034_537_179_Q->QQQ:MED15-203:ENST00000536994.1:720_537_179_Q->QQQ:MED15-201:ENST00000406969.1:2169_672_224_Q->QQQ:MED15-005:ENST00000541476.1:2169_672_224_Q->QQQ:MED15-202:ENST00000425759.2:1914_417_139_Q->QQQ:MED15-205:ENST00000542773.1:570_165_55_Q->QQQ
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chr22	24231164	rs11312267	GAAAA	G,GAA,GAAA,GAAAAA	1185.11	PASS	AA=.;AC=15,52,289,431;AF=0.00906,0.03140,0.17452,0.26027;AN=1656;BaseQRankSum=4.424;DB;DP=3325;FS=19.394;HR=18;HU=A;HaplotypeScore=19.6212;InbreedingCoeff=0.6425;MQ=61.54;MQ0=9;MQRankSum=2.450;QD=0.81;ReadPosRankSum=-2.129;SB=-1220.02;SZ=.;TR=18;TU=A;VQSLOD=8.9331;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:SLC2A11:ENSG00000133460.13:+:deletionFS:1/8:SLC2A11-201:ENST00000398359.3:1101_1095,2:SLC2A11:ENSG00000133460.13:+:deletionFS:1/8:SLC2A11-201:ENST00000398359.3:1101_1095,3:SLC2A11:ENSG00000133460.13:+:deletionFS:1/8:SLC2A11-201:ENST00000398359.3:1101_1095,4:SLC2A11:ENSG00000133460.13:+:insertionFS:1/8:SLC2A11-201:ENST00000398359.3:1101_1095
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chr22	29885567	rs59279731	A	AAAGTCCCCAGAGAAGGAC,AAAGTCCCCTGAGAAGGCC,ATGAGAAGGCC	106750.89	PASS	AA=.;AC=10,1230,0;AF=0.00473,0.58129,0.00000;AN=2116;BaseQRankSum=-31.040;DB;DP=5761;DS;FS=2.603;HR=3;HU=A;HaplotypeScore=59.2847;InbreedingCoeff=0.2269;MQ=57.55;MQ0=14;MQRankSum=-6.998;QD=42.29;ReadPosRankSum=6.736;SB=-48641.62;SZ=.;TR=3;TU=A;VQSLOD=5.4207;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:NEFH:ENSG00000100285.8:+:insertionNFS:2/2:NEFH-001:ENST00000310624.6:3063_1938_646_A->AKSPEKD:NEFH-201:ENST00000328842.5:2916_1938_646_A->AKSPEKD,2:NEFH:ENSG00000100285.8:+:insertionNFS:2/2:NEFH-001:ENST00000310624.6:3063_1938_646_A->AKSPEKA:NEFH-201:ENST00000328842.5:2916_1938_646_A->AKSPEKA,3:NEFH:ENSG00000100285.8:+:insertionFS:2/2:NEFH-001:ENST00000310624.6:3063_1938:NEFH-201:ENST00000328842.5:2916_1938
chr22	29885996	rs59551486	CAAG	C	8.33	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=732;DB;DP=1945;DS;HR=2;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-3;TR=2;TU=A;VQSLOD=5.9916;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:NEFH:ENSG00000100285.8:+:deletionNFS:1/2:NEFH-001:ENST00000310624.6:3063_2367_789_VK->V
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chr22	30824659	.	T	TA	1439.63	PASS	AA=0;AC=13;AF=0.0164;AN=792;BaseQRankSum=-7.816;DP=2072;DS;FS=2.627;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=15.8432;InbreedingCoeff=-0.0332;MQ=61.29;MQ0=0;MQRankSum=2.095;QD=15.65;ReadPosRankSum=-0.764;SB=-757.24;SZ=1;TR=5;TU=AG;VQSLOD=7.6607;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MTFP1:ENSG00000242114.1:+:insertionFS:1/3:MTFP1-003:ENST00000355143.4:408_406
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chr22	35782827	.	GC	G	5.02	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0035;AN=286;DP=537;DS;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=4;TU=C;VQSLOD=5.0553;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HMOX1:ENSG00000100292.12:+:deletionFS:1/1:HMOX1-001:ENST00000216117.8:867_294
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chr22	37964408	rs66468174	CCAGCGCCTGCTGCAAACCCCT	C	24988.24	PASS	AA=0;AC=450;AF=0.33235;AN=1354;BaseQRankSum=8.759;DB;DP=1981;FS=7.214;HR=6;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=41.1928;InbreedingCoeff=0.2473;MQ=66.78;MQ0=1;MQRankSum=-6.334;QD=39.17;ReadPosRankSum=-0.288;SB=-5084.64;SZ=-21;TR=6;TU=C;VQSLOD=7.6205;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:CDC42EP1:ENSG00000128283.6:+:deletionNFS:1/1:CDC42EP1-001:ENST00000249014.4:1176_757_253_PAPAANPS->P
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chr22	38120097	.	GCCTCCAGAA	G	8.62	PASS	AA=.;AC=1;AF=0.0023;AN=430;DP=631;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=C;SZ=.;TR=4;TU=AG;VQSLOD=4.8777;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TRIOBP:ENSG00000100106.14:+:deletionNFS:2/4:TRIOBP-001:ENST00000406386.3:7098_1534_512_ASRT->A:TRIOBP-201:ENST00000417174.1:5067_1534_512_ASRT->A
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chr22	38382843	.	GT	G	1068.58	PASS	AA=0;AC=17;AF=0.0235;AN=722;BaseQRankSum=5.213;DP=1431;DS;FS=0.605;HR=1;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=11.0009;InbreedingCoeff=-0.0363;MQ=62.16;MQ0=0;MQRankSum=2.424;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.632;SB=-520.50;SZ=-1;TR=1;TU=T;VQSLOD=7.1356;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL031587.1:ENSG00000256369.1:+:deletionFS:1/1:AL031587.1-201:ENST00000543569.1:900_375
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chr22	38383222	.	TC	T	4663.32	PASS	AA=0;AC=50;AF=0.0641;AN=780;BaseQRankSum=10.929;DP=2186;DS;FS=5.274;HR=2;HRun=2;HU=C;HaplotypeScore=14.9625;InbreedingCoeff=0.0344;MQ=63.14;MQ0=0;MQRankSum=0.997;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.774;SB=-2063.91;SZ=-1;TR=9;TU=CCTT;VQSLOD=7.7526;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:AL031587.1:ENSG00000256369.1:+:deletionFS:1/1:AL031587.1-201:ENST00000543569.1:900_754
chr22	38471033	.	GGGA	G	80.65	PASS	AA=.;AC=14;AF=0.0158;AN=886;BaseQRankSum=3.744;DP=2107;DS;FS=1.164;HR=4;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=16.4890;InbreedingCoeff=0.1780;MQ=71.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.331;QD=1.16;ReadPosRankSum=-0.172;SB=-80.28;SZ=.;TR=21;TU=AGG;VQSLOD=7.6252;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:PICK1:ENSG00000100151.11:+:deletionNFS:2/2:PICK1-002:ENST00000356976.3:1248_1142_381_GE->G:PICK1-001:ENST00000404072.3:1248_1142_381_GE->G
chr22	38477094	.	C	CA	30.91	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0035;AN=288;DP=391;DS;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=G;VQSLOD=5.6442;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SLC16A8:ENSG00000100156.6:-:insertionFS:1/1:SLC16A8-001:ENST00000320521.5:1515_951
chr22	38483155	rs11282310	T	TG,TTCATGGGTG	32018.08	PASS	AA=0;AC=0,434;AF=0.00000,0.25529;AN=1700;BaseQRankSum=-21.981;DB;DP=3026;FS=2.538;HR=2;HU=T;HaplotypeScore=24.8498;InbreedingCoeff=0.2592;MQ=62.94;MQ0=0;MQRankSum=-4.630;QD=42.07;ReadPosRankSum=5.008;SB=-15197.52;SZ=1;TR=2;TU=T;VQSLOD=6.9372;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:BAIAP2L2:ENSG00000128298.11:-:insertionFS:2/3:BAIAP2L2-001:ENST00000381669.3:1590_1235:BAIAP2L2-202:ENST00000402500.4:1548_1235,2:BAIAP2L2:ENSG00000128298.11:-:insertionNFS:2/3:BAIAP2L2-001:ENST00000381669.3:1590_1235_412_N->TPMN:BAIAP2L2-202:ENST00000402500.4:1548_1235_412_N->TPMN
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chr22	50699864	.	GGC	G	16.59	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0038;AN=264;DP=289;HR=2;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-2;TR=6;TU=CG;VQSLOD=5.3847;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:MAPK12:ENSG00000188130.8:-:deletionFS:3/4:MAPK12-001:ENST00000215659.8:1104_75:MAPK12-201:ENST00000438835.1:1074_75:MAPK12-009:ENST00000395778.3:360_75
chr22	50921148	rs72438078	AACACTCGGGCCCCCGAAG	A	6836.09	PASS	AA=0;AC=165;AF=0.12811;AN=1288;BaseQRankSum=14.099;DB;DP=2189;DS;FS=0.433;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=38.2657;InbreedingCoeff=0.2481;MQ=66.82;MQ0=0;MQRankSum=-2.741;QD=34.01;ReadPosRankSum=4.904;SB=-2540.96;SZ=-18;TR=4;TU=AC;VQSLOD=6.8746;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:ADM2:ENSG00000128165.7:+:deletionNFS:3/3:ADM2-201:ENST00000362068.2:699_13_5_NTRAPED->N:ADM2-002:ENST00000395737.1:447_263_88_QHSGPRR->Q:ADM2-001:ENST00000395738.2:447_263_88_QHSGPRR->Q
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chr22	50962438	.	CAG	C	28.73	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0016;AN=608;DP=1567;DS;HR=1;HRun=0;HU=A;MQ0=0;SZ=-2;TR=1;TU=A;VQSLOD=5.6277;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SCO2:ENSG00000130489.8:-:deletionFS:4/4:SCO2-201:ENST00000252785.3:801_403:SCO2-202:ENST00000395693.3:801_403:SCO2-203:ENST00000535425.1:801_403:SCO2-001:ENST00000543927.1:801_403
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chrX	13337104	.	CTTG	C	116.56	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=460;DP=987;DS;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=9;TU=GTT;VQSLOD=5.7967;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ATXN3L:ENSG00000123594.3:-:deletionNFS:1/1:ATXN3L-001:ENST00000380622.2:1068_950_317_SS->S
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chrX	50350776	.	C	CTGCTGTTGCTGT	16656.53	PASS	AA=.;AC=297;AF=0.16685;AN=1780;BaseQRankSum=4.066;DP=2578;FS=2.348;HR=2;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=26.8220;InbreedingCoeff=0.1373;MQ=70.53;MQ0=0;MQRankSum=-10.736;QD=44.42;ReadPosRankSum=8.880;SB=-7587.61;SZ=.;TR=7;TU=CTG;VQSLOD=4.7983;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:SHROOM4:ENSG00000158352.10:-:insertionNFS:3/3:SHROOM4-001:ENST00000289292.7:4482_3366_1122_K->KQQQQ:SHROOM4-201:ENST00000376020.2:4482_3366_1122_K->KQQQQ:SHROOM4-002:ENST00000460112.2:4134_3018_1006_K->KQQQQ
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chrX	53264130	.	ATGG	A	91.19	PASS	AA=0;AC=7;AF=0.0215;AN=326;DP=447;HR=1;HRun=0;HU=T;MQ0=0;SZ=-3;TR=23;TU=GGT;VQSLOD=7.3710;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:IQSEC2:ENSG00000124313.8:-:deletionNFS:2/3:IQSEC2-201:ENST00000375368.5:4437_3708_1236_HH->H:IQSEC2-012:ENST00000396435.3:4467_3738_1246_HH->H
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chrX	53661232	.	T	TC	5.31	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=494;BaseQRankSum=-0.836;DP=1164;DS;FS=6.756;HR=2;HRun=1;HU=T;HaplotypeScore=12.0788;InbreedingCoeff=0.1104;MQ=61.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.174;QD=0.76;ReadPosRankSum=1.821;SB=1.53;SZ=1;TR=4;TU=CT;VQSLOD=5.3849;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HUWE1:ENSG00000086758.10:-:insertionFS:4/6:HUWE1-201:ENST00000262854.6:13125_523:HUWE1-001:ENST00000342160.3:13125_523:HUWE1-007:ENST00000218328.8:5019_523:HUWE1-203:ENST00000432528.2:651_523
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chrX	67938301	.	GGAA	G	39.87	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0022;AN=918;BaseQRankSum=1.605;DP=1278;FS=9.346;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.2008;InbreedingCoeff=0.0260;MQ=60.02;MQ0=0;MQRankSum=-2.229;QD=9.05;ReadPosRankSum=0.775;SB=-2.70;SZ=-3;TR=7;TU=AAG;VQSLOD=5.2423;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:STARD8:ENSG00000130052.9:+:deletionNFS:3/3:STARD8-004:ENST00000374599.3:3312_1545_515_VE->V:STARD8-003:ENST00000252336.6:3072_1305_435_VE->V:STARD8-201:ENST00000374597.3:3072_1305_435_VE->V
chrX	68725178	.	TCTG	T,TCTGCTG	66.36	PASS	AA=0;AC=16,18;AF=0.0297,0.0335;AN=538;BaseQRankSum=2.797;DP=746;DS;FS=1.311;HR=1;HU=C;HaplotypeScore=10.0964;InbreedingCoeff=0.4104;MQ=62.99;MQ0=0;MQRankSum=-0.823;QD=0.68;ReadPosRankSum=-2.197;SB=-61.53;SZ=-3;TR=21;TU=CTG;VQSLOD=7.7363;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM155B:ENSG00000130054.4:+:deletionNFS:1/1:FAM155B-001:ENST00000252338.4:1419_53_18_IC->I,2:FAM155B:ENSG00000130054.4:+:insertionNFS:1/1:FAM155B-001:ENST00000252338.4:1419_53_18_I->ICC
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chrX	69668471	.	G	GC	13.39	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=408;DP=965;DS;HR=1;HRun=1;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=4;TU=AC;VQSLOD=5.5483;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:DLG3:ENSG00000082458.7:+:insertionFS:1/4:DLG3-003:ENST00000194900.4:2550_399
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chrX	104464281	rs56118606	TC	T	32185.50	PASS	AA=1;AC=1436;AF=1.00000;AN=1436;BaseQRankSum=-1.709;DB;DP=1893;FS=0.000;HR=4;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.9883;InbreedingCoeff=0.0858;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=1.686;QD=30.31;ReadPosRankSum=1.526;SB=-15340.25;SZ=1;TR=4;TU=C;VQSLOD=8.2448;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEX13A:ENSG00000133149.5:-:deletionFS:3/3:TEX13A-201:ENST00000413579.1:1230_596:TEX13A-002:ENST00000372575.1:1059_597:TEX13A-001:ENST00000372578.3:1059_597
chrX	104464285	.	CT	C	21282.44	PASS	AA=.;AC=1514;AF=1.00000;AN=1514;DP=1953;FS=0.000;HR=4;HRun=3;HU=C;HaplotypeScore=20.9443;InbreedingCoeff=0.0127;MQ=66.41;MQ0=0;QD=33.41;SZ=.;TR=4;TU=C;VQSLOD=4.8904;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TEX13A:ENSG00000133149.5:-:deletionFS:3/3:TEX13A-201:ENST00000413579.1:1230_593:TEX13A-002:ENST00000372575.1:1059_593:TEX13A-001:ENST00000372578.3:1059_593
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chrX	106070599	.	GA	G	438.96	PASS	AA=.;AC=20;AF=0.0280;AN=714;BaseQRankSum=2.999;DP=1454;FS=4.814;HR=7;HRun=7;HU=A;HaplotypeScore=11.4380;InbreedingCoeff=0.1708;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=1.303;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.236;SB=-196.60;SZ=.;TR=7;TU=A;VQSLOD=7.6941;culprit=HaplotypeScore;set=Intersection;VA=1:TBC1D8B:ENSG00000133138.13:+:deletionFS:1/6:TBC1D8B-003:ENST00000481617.2:1260_1235
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chrX	131214100	.	GTAA	G	89.87	PASS	AA=0;AC=2;AF=0.0040;AN=504;DP=1001;FS=0.000;HR=3;HRun=0;HU=G;MQ0=0;SZ=-3;TR=3;TU=G;VQSLOD=5.0500;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FRMD7:ENSG00000165694.5:-:deletionNFS:3/3:FRMD7-002:ENST00000298542.4:2145_984_328_YP->P:FRMD7-003:ENST00000464296.1:2100_939_313_YP->P:FRMD7-001:ENST00000370879.1:1785_624_208_YP->P
chrX	131842560	.	CT	C	148.24	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=426;DP=857;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=T;VQSLOD=7.4812;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:HS6ST2:ENSG00000171004.10:-:deletionFS:1/6:HS6ST2-203:ENST00000406696.3:996_55
chrX	132161877	.	C	CTG	1079.68	PASS	AA=.;AC=85;AF=0.0982;AN=866;BaseQRankSum=16.339;DP=1935;DS;FS=3.321;HR=1;HRun=0;HU=T;HaplotypeScore=14.4703;InbreedingCoeff=0.1712;MQ=57.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=5.43;ReadPosRankSum=2.688;SB=-709.06;SZ=.;TR=5;TU=GT;VQSLOD=6.9472;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:USP26:ENSG00000134588.8:-:insertionFS:3/3:USP26-001:ENST00000370832.1:2742_372:USP26-201:ENST00000406273.1:2742_372:USP26-002:ENST00000511190.1:2742_372
chrX	132161879	rs3840975	G	GT,GTGT	7271.81	PASS	AA=2;AC=3,125;AF=0.00166,0.06906;AN=1810;BaseQRankSum=-11.176;DB;DP=3865;DS;FS=0.698;HR=1;HU=T;HaplotypeScore=16.1635;InbreedingCoeff=0.2738;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.325;QD=30.30;ReadPosRankSum=-0.253;SB=-3322.53;SZ=-3;TR=6;TU=GTT;VQSLOD=7.9840;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:USP26:ENSG00000134588.8:-:insertionFS:3/3:USP26-001:ENST00000370832.1:2742_370:USP26-201:ENST00000406273.1:2742_370:USP26-002:ENST00000511190.1:2742_370,2:USP26:ENSG00000134588.8:-:insertionNFS:3/3:USP26-001:ENST00000370832.1:2742_370_124_Q->TQ:USP26-201:ENST00000406273.1:2742_370_124_Q->TQ:USP26-002:ENST00000511190.1:2742_370_124_Q->TQ
chrX	133988144	.	GA	G	270.29	PASS	AA=0;AC=6;AF=0.0065;AN=928;BaseQRankSum=4.005;DP=2037;DS;FS=2.271;HR=3;HRun=3;HU=A;HaplotypeScore=10.8217;InbreedingCoeff=0.0683;MQ=63.62;MQ0=0;MQRankSum=0.276;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.013;SB=-125.63;SZ=-1;TR=3;TU=A;VQSLOD=7.9523;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:FAM122C:ENSG00000156500.10:+:deletionFS:2/4:FAM122C-201:ENST00000370784.4:588_466:FAM122C-203:ENST00000445123.1:558_455
chrX	134494575	.	A	AC	13.17	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0021;AN=468;DP=1126;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=6;TU=AG;VQSLOD=5.2074;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:ZNF449:ENSG00000173275.8:+:insertionFS:1/3:ZNF449-002:ENST00000339249.4:1557_1131
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chrX	152864480	.	C	CG	774.58	PASS	AA=1;AC=188;AF=0.8103;AN=232;BaseQRankSum=0.788;DP=161;FS=4.242;HR=3;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=9.6033;InbreedingCoeff=0.2295;MQ=51.31;MQ0=3;MQRankSum=-0.710;QD=7.52;ReadPosRankSum=4.305;SB=-79.42;SZ=-1;TR=3;TU=C;VQSLOD=5.4936;culprit=ReadPosRankSum;set=Intersection;VA=1:FAM58A:ENSG00000147382.13:-:insertionFS:3/5:FAM58A-010:ENST00000276345.7:741_50:FAM58A-001:ENST00000370173.3:681_50:FAM58A-201:ENST00000406277.2:741_48
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chrX	152864515	.	C	CG	1842.46	PASS	AA=1;AC=253;AF=0.9370;AN=270;BaseQRankSum=2.092;DP=190;FS=12.331;HR=2;HRun=0;HU=C;HaplotypeScore=9.6970;InbreedingCoeff=0.1194;MQ=51.84;MQ0=1;MQRankSum=-0.742;QD=13.16;ReadPosRankSum=4.457;SB=-169.79;SZ=-1;TR=8;TU=CCG;VQSLOD=4.8834;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:FAM58A:ENSG00000147382.13:-:insertionFS:3/5:FAM58A-010:ENST00000276345.7:741_15:FAM58A-001:ENST00000370173.3:681_15:FAM58A-201:ENST00000406277.2:741_15
chrX	153129857	.	TG	T	10.54	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0022;AN=464;DP=731;FS=0.000;HR=1;HRun=1;HU=G;MQ0=0;SZ=-1;TR=1;TU=G;VQSLOD=4.7890;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:L1CAM:ENSG00000198910.7:-:deletionFS:7/8:L1CAM-002:ENST00000361699.4:3762_3242:L1CAM-201:ENST00000361981.3:3747_3227:L1CAM-006:ENST00000370055.1:3747_3227:L1CAM-202:ENST00000370057.3:3774_3242:L1CAM-001:ENST00000370060.1:3774_3242:L1CAM-203:ENST00000538883.1:3768_3248:L1CAM-205:ENST00000543994.1:3780_3248
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chrX	153151280	rs59857608	G	GCC	16751.24	PASS	AA=.;AC=684;AF=1.0000;AN=684;DB;DP=596;FS=0.000;HR=1;HRun=4;HU=C;HaplotypeScore=15.8517;InbreedingCoeff=-0.0005;MQ=54.33;MQ0=0;QD=46.40;SB=-2644.63;SZ=.;TR=1;TU=C;VQSLOD=6.8913;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:U52112.12:ENSG00000196987.2:+:insertionFS:1/1:U52112.12-201:ENST00000357566.1:492_145
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chrX	153151418	.	GC	G	389.66	PASS	AA=.;AC=65;AF=0.1912;AN=340;BaseQRankSum=2.361;DP=250;FS=1.741;HR=3;HRun=2;HU=G;HaplotypeScore=11.9529;InbreedingCoeff=0.1237;MQ=50.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.762;QD=6.19;ReadPosRankSum=-3.466;SB=-207.09;SZ=.;TR=10;TU=CCGGG;VQSLOD=5.3296;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:U52112.12:ENSG00000196987.2:+:deletionFS:1/1:U52112.12-201:ENST00000357566.1:492_283
chrX	153151423	rs58566947	G	GAGGC,GCGGC,GCGTC	10338.82	PASS	AA=.;AC=8,324,2;AF=0.0240,0.9701,0.0060;AN=334;DB;DP=244;FS=0.000;HR=3;HU=G;HaplotypeScore=11.1320;InbreedingCoeff=0.3968;MQ=45.01;MQ0=0;QD=71.30;SB=-3446.27;SZ=.;TR=10;TU=CCGGG;VQSLOD=6.6421;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:U52112.12:ENSG00000196987.2:+:insertionFS:1/1:U52112.12-201:ENST00000357566.1:492_288,2:U52112.12:ENSG00000196987.2:+:insertionFS:1/1:U52112.12-201:ENST00000357566.1:492_288,3:U52112.12:ENSG00000196987.2:+:insertionFS:1/1:U52112.12-201:ENST00000357566.1:492_288
chrX	153247946	.	CT	C	262.80	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0020;AN=488;DP=972;DS;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SZ=-1;TR=8;TU=CT;VQSLOD=8.7633;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:TMEM187:ENSG00000177854.7:+:deletionFS:1/1:TMEM187-001:ENST00000369982.4:786_433
chrX	154005088	.	CAAG	C,CAAGAAG	306.59	PASS	AA=0;AC=45,48;AF=0.02371,0.02529;AN=1898;BaseQRankSum=3.527;DP=3984;FS=2.102;HR=2;HU=A;HaplotypeScore=14.7473;InbreedingCoeff=0.3260;MQ=70.50;MQ0=0;MQRankSum=0.466;QD=1.15;ReadPosRankSum=0.040;SB=-249.96;SZ=-3;TR=23;TU=AAG;VQSLOD=8.9694;culprit=QD;set=Intersection;VA=1:DKC1:ENSG00000130826.11:+:deletionNFS:1/1:DKC1-001:ENST00000369550.5:1545_1491_497_TK->T,2:DKC1:ENSG00000130826.11:+:insertionNFS:1/1:DKC1-001:ENST00000369550.5:1545_1491_497_T->TKK
chrX	154065630	.	A	AT	13.01	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0025;AN=402;DP=929;HR=2;HRun=2;HU=T;MQ0=0;SB=1.07;SZ=1;TR=5;TU=AT;VQSLOD=5.2895;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:F8:ENSG00000185010.8:-:insertionFS:1/3:F8-201:ENST00000393517.4:1107_1053
chrX	154159156	.	C	CA	15.72	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0023;AN=436;DP=943;FS=0.000;HR=2;HRun=3;HU=C;MQ0=0;SZ=1;TR=2;TU=C;VQSLOD=5.1995;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:F8:ENSG00000185010.8:-:insertionFS:1/3:F8-001:ENST00000360256.4:7056_2909
chrX	154348278	.	TA	T	14.03	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0014;AN=712;DP=1359;DS;FS=0.000;HR=3;HRun=1;HU=T;SZ=-1;TR=3;TU=T;VQSLOD=5.5921;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:BRCC3:ENSG00000185515.9:+:deletionFS:6/6:BRCC3-002:ENST00000330045.7:876_729:BRCC3-006:ENST00000340647.4:879_732:BRCC3-004:ENST00000369459.2:744_597:BRCC3-001:ENST00000369462.1:951_804:BRCC3-201:ENST00000399042.1:954_807:BRCC3-202:ENST00000457026.2:747_600
chrX	155003620	.	AC	A	132.87	PASS	AA=0;AC=1;AF=0.0024;AN=420;DP=1288;DS;HR=2;HRun=1;HU=A;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=A;VQSLOD=7.6853;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:SPRY3:ENSG00000168939.5:+:deletionFS:2/2:SPRY3-001:ENST00000302805.2:867_87:SPRY3-201:ENST00000369437.3:378_87
chrX	155231142	.	GT	G	9067.83	PASS	AA=0;AC=100;AF=0.1217;AN=822;BaseQRankSum=11.262;DP=2129;DS;FS=8.236;HR=2;HRun=2;HU=T;HaplotypeScore=15.0649;InbreedingCoeff=0.1066;MQ=52.54;MQ0=0;MQRankSum=5.894;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.761;SB=-3094.62;SZ=-1;TR=7;TU=GGT;VQSLOD=7.7690;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL9R:ENSG00000124334.10:+:deletionFS:2/5:IL9R-203:ENST00000540897.1:999_84:IL9R-001:ENST00000369423.2:1029_114
chrX	155231144	.	TC	T	1373.51	PASS	AA=0;AC=73;AF=0.1540;AN=474;DP=1234;DS;HR=2;HRun=2;HU=C;MQ0=0;SZ=-1;TR=2;TU=C;VQSLOD=6.4341;culprit=InbreedingCoeff;set=Intersection;VA=1:IL9R:ENSG00000124334.10:+:deletionFS:2/5:IL9R-203:ENST00000540897.1:999_86:IL9R-001:ENST00000369423.2:1029_116
chrX	155239798	.	GAGC	G	1596.14	PASS	AA=0;AC=77;AF=0.1782;AN=432;BaseQRankSum=3.678;DP=703;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=G;HaplotypeScore=10.8912;InbreedingCoeff=0.3405;MQ=30.17;MQ0=102;MQRankSum=3.798;QD=6.57;ReadPosRankSum=4.204;SB=-832.88;SZ=-3;TR=25;TU=AGC;VQSLOD=6.8687;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:IL9R:ENSG00000124334.10:+:deletionNFS:2/5:IL9R-002:ENST00000244174.5:1566_1290_430_RS->R:IL9R-201:ENST00000424344.3:1503_1227_409_RS->R
chrX	155252987	.	A	ACAGCACCAC	6038.37	PASS	AA=1;AC=182;AF=0.5417;AN=336;BaseQRankSum=-2.671;DP=232;FS=0.000;HR=2;HRun=0;HU=A;HaplotypeScore=15.6721;InbreedingCoeff=0.2713;MQ=13.05;MQ0=371;MQRankSum=-1.731;QD=29.60;ReadPosRankSum=3.425;SB=-759.14;SZ=-9;TR=7;TU=ACC;VQSLOD=6.2665;culprit=FS;set=Intersection;VA=1:WASH6P:ENSG00000182484.9:+:insertionNFS:2/2:WASH6P-012:ENST00000359512.2:1437_943_315_T->TAPP:WASH6P-201:ENST00000285718.7:1344_850_284_T->TAPP